Context Navigation

← Previous Ticket
Next Ticket →

#7680 closed defect (duplicate)

Crash in atom-spec parser

Reported by:	chimerax-bug-report@…	Owned by:	pett
Priority:	normal	Milestone:
Component:	Command Line	Version:
Keywords:		Cc:	chimera-programmers
Blocked By:		Blocking:
Notify when closed:		Platform:	all
Project:	ChimeraX

Description

The following bug report has been submitted:
Platform:        Windows-10-10.0.19044
ChimeraX Version: 1.3 (2021-12-08 23:08:33 UTC)
Description
Last time you used ChimeraX it crashed.
Please describe steps that led to the crash here.
Windows fatal exception: stack overflow

Current thread 0x000066c0 (most recent call first):
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\ast.py", line 129 in __hasattribute__
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\ast.py", line 138 in _safekey
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\ast.py", line 71 in set
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\ast.py", line 106 in __setitem__
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\ast.py", line 61 in upairs
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\ast.py", line 67 in update
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\ast.py", line 19 in __init__
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\ast.py", line 90 in copy
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 642 in _try
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\contextlib.py", line 117 in __enter__
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 679 in _choice
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\contextlib.py", line 117 in __enter__
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 688 in _optional
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\contextlib.py", line 117 in __enter__
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\chimerax\core\commands\_atomspec.py", line 427 in _part_range_list_
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 497 in _invoke_rule
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 458 in _call
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 59 in wrapper
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\chimerax\core\commands\_atomspec.py", line 409 in _part_list_
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 497 in _invoke_rule
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 458 in _call
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 59 in wrapper
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\chimerax\core\commands\_atomspec.py", line 412 in _part_list_
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 497 in _invoke_rule
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 458 in _call
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 59 in wrapper
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\chimerax\core\commands\_atomspec.py", line 412 in _part_list_
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 497 in _invoke_rule
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 458 in _call
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 59 in wrapper
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\chimerax\core\commands\_atomspec.py", line 412 in _part_list_
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 497 in _invoke_rule
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 458 in _call
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 59 in wrapper
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\chimerax\core\commands\_atomspec.py", line 412 in _part_list_
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 497 in _invoke_rule
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 458 in _call
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 59 in wrapper
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\chimerax\core\commands\_atomspec.py", line 412 in _part_list_
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 497 in _invoke_rule
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 458 in _call
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 59 in wrapper
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\chimerax\core\commands\_atomspec.py", line 412 in _part_list_
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 497 in _invoke_rule
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 458 in _call
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 59 in wrapper
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\chimerax\core\commands\_atomspec.py", line 412 in _part_list_
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 497 in _invoke_rule
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 458 in _call
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 59 in wrapper
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\chimerax\core\commands\_atomspec.py", line 412 in _part_list_
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 497 in _invoke_rule
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 458 in _call
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 59 in wrapper
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\chimerax\core\commands\_atomspec.py", line 412 in _part_list_
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 497 in _invoke_rule
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 458 in _call
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 59 in wrapper
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\chimerax\core\commands\_atomspec.py", line 412 in _part_list_
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 497 in _invoke_rule
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 458 in _call
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 59 in wrapper
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\chimerax\core\commands\_atomspec.py", line 412 in _part_list_
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 497 in _invoke_rule
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 458 in _call
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 59 in wrapper
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\chimerax\core\commands\_atomspec.py", line 412 in _part_list_
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 497 in _invoke_rule
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 458 in _call
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 59 in wrapper
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\chimerax\core\commands\_atomspec.py", line 412 in _part_list_
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 497 in _invoke_rule
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 458 in _call
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 59 in wrapper
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\chimerax\core\commands\_atomspec.py", line 412 in _part_list_
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 497 in _invoke_rule
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 458 in _call
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 59 in wrapper
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\chimerax\core\commands\_atomspec.py", line 412 in _part_list_
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 497 in _invoke_rule
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 458 in _call
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 59 in wrapper
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\chimerax\core\commands\_atomspec.py", line 412 in _part_list_
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 497 in _invoke_rule
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 458 in _call
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 59 in wrapper
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\chimerax\core\commands\_atomspec.py", line 412 in _part_list_
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 497 in _invoke_rule
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 458 in _call
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 59 in wrapper
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\chimerax\core\commands\_atomspec.py", line 412 in _part_list_
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 497 in _invoke_rule
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 458 in _call
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 59 in wrapper
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\chimerax\core\commands\_atomspec.py", line 412 in _part_list_
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 497 in _invoke_rule
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 458 in _call
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 59 in wrapper
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\chimerax\core\commands\_atomspec.py", line 412 in _part_list_
  File "C:\Program Files\ChimeraX 1.3\bin\lib\site-packages\grako\contexts.py", line 497 in _invoke_rule
  ...
===== Log before crash start =====
UCSF ChimeraX version: 1.3 (2021-12-08)  
© 2016-2021 Regents of the University of California. All rights reserved.  
How to cite UCSF ChimeraX  

> open "C:/Users/jcds/Box/Joao-Research/All Private De Souza Lab/GRANTS/R21
> NINDS resubmission Feb 2023/PDB from Jing/Kv2.1_ABCD.pdb"

Summary of feedback from opening C:/Users/jcds/Box/Joao-Research/All Private
De Souza Lab/GRANTS/R21 NINDS resubmission Feb 2023/PDB from
Jing/Kv2.1_ABCD.pdb  
---  
warning | Ignored bad PDB record found on line 1  
REMARK original generated coordinate pdb file  
  
Chain information for Kv2.1_ABCD.pdb #1  
---  
Chain | Description  
A | No description available  
  

> select /A:166-443

18328 atoms, 18512 bonds, 3 pseudobonds, 1112 residues, 2 models selected  

> select clear

> ui tool show "Show Sequence Viewer"

> sequence chain /A

Alignment identifier is 1/A  

> select /A:205

40 atoms, 36 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> select clear

> select /A:369

96 atoms, 100 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> style sel sphere

Changed 96 atom styles  

> show sel atoms

> rainbow sel

> select /A:372

56 atoms, 52 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> rainbow sel

> show sel surfaces

> rainbow sel

> style sel sphere

Changed 56 atom styles  

> hide sel surfaces

> show sel atoms

> select /A:376

56 atoms, 52 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> show sel atoms

> style sel sphere

Changed 56 atom styles  

> rainbow sel

> select /A:391

88 atoms, 84 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> select /A:395

28 atoms, 24 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> select add /A:391

116 atoms, 108 bonds, 8 residues, 2 models selected  

> select add /A:398

160 atoms, 148 bonds, 12 residues, 2 models selected  

> show sel atoms

> style sel sphere

Changed 160 atom styles  

> rainbow sel

> color sel bynucleotide

> color (#!1 & sel) forest green

> show sel atoms

> show sel cartoons

> style sel sphere

Changed 160 atom styles  

> style sel ball

Changed 160 atom styles  

> style sel sphere

Changed 160 atom styles  

> style sel stick

Changed 160 atom styles  

> style sel sphere

Changed 160 atom styles  

> color sel bychain

> select /A:347

44 atoms, 40 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> select add /A:304

120 atoms, 112 bonds, 8 residues, 2 models selected  

> show sel atoms

> style sel sphere

Changed 120 atom styles  

> color sel byhetero

> color sel bychain

> style sel sphere

Changed 120 atom styles  

> coulombic sel

The following residues are missing heavy (non-hydrogen) atoms, which may
result in inaccurate electrostatics:  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A GLY 443  
/A GLY 443  
/A GLY 443  
/A GLY 443  

Using Amber 20 recommended default charges and atom types for standard
residues  
Nonstandard name for heavy atom /A ILE 364 CD  

> coulombic sel

The following residues are missing heavy (non-hydrogen) atoms, which may
result in inaccurate electrostatics:  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A GLY 443  
/A GLY 443  
/A GLY 443  
/A GLY 443  

Using Amber 20 recommended default charges and atom types for standard
residues  
Nonstandard name for heavy atom /A ILE 364 CD  

> mlp sel

Map values for surface "Kv2.1_ABCD.pdb_A SES surface": minimum -27.42, mean
-0.09108, maximum 25.02  
To also show corresponding color key, enter the above mlp command and add key
true  

> hide sel surfaces

> coulombic sel

The following residues are missing heavy (non-hydrogen) atoms, which may
result in inaccurate electrostatics:  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A GLY 443  
/A GLY 443  
/A GLY 443  
/A GLY 443  

Using Amber 20 recommended default charges and atom types for standard
residues  
Nonstandard name for heavy atom /A ILE 364 CD  

> coulombic sel

The following residues are missing heavy (non-hydrogen) atoms, which may
result in inaccurate electrostatics:  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A GLY 443  
/A GLY 443  
/A GLY 443  
/A GLY 443  

Using Amber 20 recommended default charges and atom types for standard
residues  
Nonstandard name for heavy atom /A ILE 364 CD  

> style sel ball

Changed 120 atom styles  

> color sel byhetero

> color bfactor sel

120 atoms, 8 residues, 1 surfaces, atom bfactor range 0 to 0  

> color sel bypolymer

> color sel bynucleotide

> color sel byhetero

> color sel bychain

> rainbow sel

> coulombic sel

The following residues are missing heavy (non-hydrogen) atoms, which may
result in inaccurate electrostatics:  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A GLY 443  
/A GLY 443  
/A GLY 443  
/A GLY 443  

Using Amber 20 recommended default charges and atom types for standard
residues  
Nonstandard name for heavy atom /A ILE 364 CD  

> show sel surfaces

> mlp sel

Map values for surface "Kv2.1_ABCD.pdb_A SES surface": minimum -27.22, mean
1.149e+31, maximum 2.835e+34  
To also show corresponding color key, enter the above mlp command and add key
true  

> coulombic sel

The following residues are missing heavy (non-hydrogen) atoms, which may
result in inaccurate electrostatics:  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A GLY 443  
/A GLY 443  
/A GLY 443  
/A GLY 443  

Using Amber 20 recommended default charges and atom types for standard
residues  
Nonstandard name for heavy atom /A ILE 364 CD  

> coulombic sel

The following residues are missing heavy (non-hydrogen) atoms, which may
result in inaccurate electrostatics:  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A GLY 443  
/A GLY 443  
/A GLY 443  
/A GLY 443  

Using Amber 20 recommended default charges and atom types for standard
residues  
Nonstandard name for heavy atom /A ILE 364 CD  
Drag select of Kv2.1_ABCD.pdb_A SES surface, 5301 of 1494564 triangles, 320
atoms, 1106 residues, 3 pseudobonds, 72 bonds  
Drag select of Kv2.1_ABCD.pdb_A SES surface, 5301 of 1494564 triangles, 320
atoms, 1112 residues, 3 pseudobonds, 72 bonds  

> color sel bychain

> rainbow sel

> coulombic sel

The following residues are missing heavy (non-hydrogen) atoms, which may
result in inaccurate electrostatics:  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A GLY 443  
/A GLY 443  
/A GLY 443  
/A GLY 443  

Using Amber 20 recommended default charges and atom types for standard
residues  
Nonstandard name for heavy atom /A ILE 364 CD  

> show sel surfaces

> color sel bychain

> hide sel surfaces

> style sel stick

Changed 18328 atom styles  

> style sel stick

Changed 18328 atom styles  

> style sel ball

Changed 18328 atom styles  

> hide sel atoms

> color sel byhetero

> show sel atoms

> coulombic sel

The following residues are missing heavy (non-hydrogen) atoms, which may
result in inaccurate electrostatics:  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A GLY 443  
/A GLY 443  
/A GLY 443  
/A GLY 443  

Using Amber 20 recommended default charges and atom types for standard
residues  
Nonstandard name for heavy atom /A ILE 364 CD  

> show sel surfaces

> mlp sel

Map values for surface "Kv2.1_ABCD.pdb_A SES surface": minimum -27.42, mean
-0.09108, maximum 25.02  
To also show corresponding color key, enter the above mlp command and add key
true  

> color bfactor sel

18328 atoms, 1112 residues, 1 surfaces, atom bfactor range 0 to 0  

> coulombic sel

The following residues are missing heavy (non-hydrogen) atoms, which may
result in inaccurate electrostatics:  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A GLY 443  
/A GLY 443  
/A GLY 443  
/A GLY 443  

Using Amber 20 recommended default charges and atom types for standard
residues  
Nonstandard name for heavy atom /A ILE 364 CD  

> coulombic sel

The following residues are missing heavy (non-hydrogen) atoms, which may
result in inaccurate electrostatics:  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 190  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 193  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 194  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 196  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 199  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 204  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 237  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 265  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 270  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 277  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 298  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 301  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 304  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 307  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 335  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 342  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 344  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 364  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 373  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 383  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 392  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 399  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 405  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 409  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 411  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 412  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A ILE 430  
/A GLY 443  
/A GLY 443  
/A GLY 443  
/A GLY 443  

Using Amber 20 recommended default charges and atom types for standard
residues  
Nonstandard name for heavy atom /A ILE 364 CD  

> hide sel surfaces

> hide sel atoms

> color sel bychain

> select clear

> select /A:166

64 atoms, 60 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> select /A:166-399

15344 atoms, 15508 bonds, 936 residues, 1 model selected  

> select /A:166

64 atoms, 60 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> select /A:166

64 atoms, 60 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> hide #1.1 models

> hide #!1 models

> show #!1 models

> hide #1.2 models

> show #1.2 models

> hide #1.2 models

> ~select #1.2

60 bonds, 2 models selected  

> select /A:427

60 atoms, 56 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> interfaces select & ~solvent

Missing or invalid "atoms" argument: invalid atoms specifier  
Destroying pre-existing alignment with identifier 1/A  
Alignment identifier is 1/A  

> hbonds sel reveal true

8 hydrogen bonds found  

> select /A:166

64 atoms, 60 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> select /A:166-168

152 atoms, 148 bonds, 12 residues, 1 model selected  

> select /A:166

64 atoms, 60 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> select /A:166-172

436 atoms, 432 bonds, 28 residues, 1 model selected  

> select clear

Drag select of 1112 residues, 8 pseudobonds  

> color (#!1 & sel) dark gray

> select clear

> select /A:166

64 atoms, 60 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> select /A:166-184

1288 atoms, 1296 bonds, 76 residues, 1 model selected  
Drag select of 5 residues  

> select /A:377

56 atoms, 52 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> select /A:377-381

260 atoms, 260 bonds, 20 residues, 1 model selected  

> select clear

> color bychain

> color bypolymer

> rainbow

> select /A:166

64 atoms, 60 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> select /A:166-169

192 atoms, 188 bonds, 16 residues, 1 model selected  

> color sel bychain

> color sel byhetero

> show sel cartoons

> show sel atoms

> style sel sphere

Changed 192 atom styles  
Drag select of 104 atoms, 1112 residues, 8 pseudobonds  

> hide sel atoms

> show sel surfaces

> color sel bychain

> rainbow sel

> set bgColor white

> set bgColor gray

> set bgColor black

> lighting shadows true

> lighting shadows false

> graphics silhouettes true

> view orient

> view

> view sel

> save C:\Users\jcds\Desktop\image4.png supersample 3

> movie record

> turn y 2 180

> wait 180

> movie encode C:\Users\jcds\Desktop\movie5.mp4

Movie saved to \C:Users\\...\Desktop\movie5.mp4  
  

> movie record

> turn y 2 180

> wait 180

> movie encode C:\Users\jcds\Desktop\movie6.mp4

Movie saved to \C:Users\\...\Desktop\movie6.mp4  
  

> movie record

> turn y 2 180

> wait 180

> movie encode C:\Users\jcds\Desktop\movie7.mp4

Movie saved to \C:Users\\...\Desktop\movie7.mp4  
  

> hide sel surfaces

> select clear

> graphics silhouettes false

> select clear

> select /A:166

64 atoms, 60 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> select add /A:443

96 atoms, 88 bonds, 8 residues, 2 models selected  

> select /A:166

64 atoms, 60 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> select /A:166-229

4060 atoms, 4084 bonds, 256 residues, 1 model selected  
Drag select of 1112 residues, 8 pseudobonds  

> show sel surfaces

> hide sel surfaces

> show sel surfaces

> select /A:300

96 atoms, 92 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> select /A:300

96 atoms, 92 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> select /A:300,304

172 atoms, 164 bonds, 8 residues, 1 model selected  

> select /A:300,304,307

248 atoms, 236 bonds, 12 residues, 1 model selected  

> color (#!1 & sel) black

> color (#!1 & sel) magenta

> select /A:344

76 atoms, 72 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> select /A:344

76 atoms, 72 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> select /A:344,347

120 atoms, 112 bonds, 8 residues, 1 model selected  

> select /A:344,347,351

200 atoms, 192 bonds, 12 residues, 1 model selected  

> color (#!1 & sel) hot pink

> color sel bychain

> color (#!1 & sel) hot pink

> select /A:369

96 atoms, 100 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> select /A:369

96 atoms, 100 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> select /A:369,372

152 atoms, 152 bonds, 8 residues, 1 model selected  

> select /A:369,372,376

208 atoms, 204 bonds, 12 residues, 1 model selected  

> color (#!1 & sel) black

> select /A:391

88 atoms, 84 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> select /A:391

88 atoms, 84 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> select /A:391,394

116 atoms, 108 bonds, 8 residues, 1 model selected  

> select /A:391,394,397

160 atoms, 148 bonds, 12 residues, 1 model selected  

> color (#!1 & sel) black

> color (#!1 & sel) dim gray

> select clear

> select add @@serial_number=12887

1 atom, 1 residue, 1 model selected  

> select clear

> select @@serial_number=12884

1 atom, 1 residue, 1 model selected  

> select clear

> hide #!1 models

> show #!1 models

> show #1.1 models

> hide #1.1 models

> hide #1.3 models

> color #1.2 #eee8ee transparency 0

> color #1.2 #eeeeee transparency 0

> select /A:300

96 atoms, 92 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> select /A:300

96 atoms, 92 bonds, 4 residues, 1 model selected  

> select /A:300,304

172 atoms, 164 bonds, 8 residues, 1 model selected  

> select /A:300,304,307

248 atoms, 236 bonds, 12 residues, 1 model selected  

> color (#!1 & sel) blue


===== Log before crash end =====

Log:
UCSF ChimeraX version: 1.3 (2021-12-08)  
© 2016-2021 Regents of the University of California. All rights reserved.  
How to cite UCSF ChimeraX  




OpenGL version: 3.3.0 - Build 30.0.100.9864
OpenGL renderer: Intel(R) UHD Graphics 630
OpenGL vendor: Intel
Manufacturer: Dell Inc.
Model: OptiPlex 7060
OS: Microsoft Windows 10 Enterprise (Build 19044)
Memory: 16,966,266,880
MaxProcessMemory: 137,438,953,344
CPU: 12 Intel(R) Core(TM) i7-8700 CPU @ 3.20GHz
OSLanguage: en-US
Locale: ('en_US', 'cp1252')
PyQt5 5.15.2, Qt 5.15.2
Installed Packages:
    alabaster: 0.7.12
    appdirs: 1.4.4
    Babel: 2.9.1
    backcall: 0.2.0
    blockdiag: 2.0.1
    certifi: 2021.10.8
    cftime: 1.5.1.1
    charset-normalizer: 2.0.9
    ChimeraX-AddCharge: 1.2.2
    ChimeraX-AddH: 2.1.11
    ChimeraX-AlignmentAlgorithms: 2.0
    ChimeraX-AlignmentHdrs: 3.2
    ChimeraX-AlignmentMatrices: 2.0
    ChimeraX-Alignments: 2.2.3
    ChimeraX-AlphaFold: 1.0
    ChimeraX-AltlocExplorer: 1.0.1
    ChimeraX-AmberInfo: 1.0
    ChimeraX-Arrays: 1.0
    ChimeraX-Atomic: 1.31
    ChimeraX-AtomicLibrary: 4.2
    ChimeraX-AtomSearch: 2.0
    ChimeraX-AtomSearchLibrary: 1.0
    ChimeraX-AxesPlanes: 2.0
    ChimeraX-BasicActions: 1.1
    ChimeraX-BILD: 1.0
    ChimeraX-BlastProtein: 2.0
    ChimeraX-BondRot: 2.0
    ChimeraX-BugReporter: 1.0
    ChimeraX-BuildStructure: 2.6.1
    ChimeraX-Bumps: 1.0
    ChimeraX-BundleBuilder: 1.1
    ChimeraX-ButtonPanel: 1.0
    ChimeraX-CageBuilder: 1.0
    ChimeraX-CellPack: 1.0
    ChimeraX-Centroids: 1.2
    ChimeraX-ChemGroup: 2.0
    ChimeraX-Clashes: 2.2.2
    ChimeraX-ColorActions: 1.0
    ChimeraX-ColorGlobe: 1.0
    ChimeraX-ColorKey: 1.5
    ChimeraX-CommandLine: 1.1.5
    ChimeraX-ConnectStructure: 2.0
    ChimeraX-Contacts: 1.0
    ChimeraX-Core: 1.3
    ChimeraX-CoreFormats: 1.1
    ChimeraX-coulombic: 1.3.2
    ChimeraX-Crosslinks: 1.0
    ChimeraX-Crystal: 1.0
    ChimeraX-CrystalContacts: 1.0
    ChimeraX-DataFormats: 1.2.2
    ChimeraX-Dicom: 1.0
    ChimeraX-DistMonitor: 1.1.5
    ChimeraX-DistUI: 1.0
    ChimeraX-Dssp: 2.0
    ChimeraX-EMDB-SFF: 1.0
    ChimeraX-ExperimentalCommands: 1.0
    ChimeraX-FileHistory: 1.0
    ChimeraX-FunctionKey: 1.0
    ChimeraX-Geometry: 1.1
    ChimeraX-gltf: 1.0
    ChimeraX-Graphics: 1.1
    ChimeraX-Hbonds: 2.1.2
    ChimeraX-Help: 1.2
    ChimeraX-HKCage: 1.3
    ChimeraX-IHM: 1.1
    ChimeraX-ImageFormats: 1.2
    ChimeraX-IMOD: 1.0
    ChimeraX-IO: 1.0.1
    ChimeraX-ItemsInspection: 1.0
    ChimeraX-Label: 1.1
    ChimeraX-ListInfo: 1.1.1
    ChimeraX-Log: 1.1.4
    ChimeraX-LookingGlass: 1.1
    ChimeraX-Maestro: 1.8.1
    ChimeraX-Map: 1.1
    ChimeraX-MapData: 2.0
    ChimeraX-MapEraser: 1.0
    ChimeraX-MapFilter: 2.0
    ChimeraX-MapFit: 2.0
    ChimeraX-MapSeries: 2.1
    ChimeraX-Markers: 1.0
    ChimeraX-Mask: 1.0
    ChimeraX-MatchMaker: 2.0.4
    ChimeraX-MDcrds: 2.6
    ChimeraX-MedicalToolbar: 1.0.1
    ChimeraX-Meeting: 1.0
    ChimeraX-MLP: 1.1
    ChimeraX-mmCIF: 2.4
    ChimeraX-MMTF: 2.1
    ChimeraX-Modeller: 1.2.6
    ChimeraX-ModelPanel: 1.2.1
    ChimeraX-ModelSeries: 1.0
    ChimeraX-Mol2: 2.0
    ChimeraX-Morph: 1.0
    ChimeraX-MouseModes: 1.1
    ChimeraX-Movie: 1.0
    ChimeraX-Neuron: 1.0
    ChimeraX-Nucleotides: 2.0.2
    ChimeraX-OpenCommand: 1.7
    ChimeraX-PDB: 2.6.5
    ChimeraX-PDBBio: 1.0
    ChimeraX-PDBLibrary: 1.0.2
    ChimeraX-PDBMatrices: 1.0
    ChimeraX-PickBlobs: 1.0
    ChimeraX-Positions: 1.0
    ChimeraX-PresetMgr: 1.0.1
    ChimeraX-PubChem: 2.1
    ChimeraX-ReadPbonds: 1.0.1
    ChimeraX-Registration: 1.1
    ChimeraX-RemoteControl: 1.0
    ChimeraX-ResidueFit: 1.0
    ChimeraX-RestServer: 1.1
    ChimeraX-RNALayout: 1.0
    ChimeraX-RotamerLibMgr: 2.0.1
    ChimeraX-RotamerLibsDunbrack: 2.0
    ChimeraX-RotamerLibsDynameomics: 2.0
    ChimeraX-RotamerLibsRichardson: 2.0
    ChimeraX-SaveCommand: 1.5
    ChimeraX-SchemeMgr: 1.0
    ChimeraX-SDF: 2.0
    ChimeraX-Segger: 1.0
    ChimeraX-Segment: 1.0
    ChimeraX-SelInspector: 1.0
    ChimeraX-SeqView: 2.4.6
    ChimeraX-Shape: 1.0.1
    ChimeraX-Shell: 1.0
    ChimeraX-Shortcuts: 1.1
    ChimeraX-ShowAttr: 1.0
    ChimeraX-ShowSequences: 1.0
    ChimeraX-SideView: 1.0
    ChimeraX-Smiles: 2.1
    ChimeraX-SmoothLines: 1.0
    ChimeraX-SpaceNavigator: 1.0
    ChimeraX-StdCommands: 1.6.1
    ChimeraX-STL: 1.0
    ChimeraX-Storm: 1.0
    ChimeraX-Struts: 1.0
    ChimeraX-Surface: 1.0
    ChimeraX-SwapAA: 2.0
    ChimeraX-SwapRes: 2.1
    ChimeraX-TapeMeasure: 1.0
    ChimeraX-Test: 1.0
    ChimeraX-Toolbar: 1.1
    ChimeraX-ToolshedUtils: 1.2
    ChimeraX-Tug: 1.0
    ChimeraX-UI: 1.13.7
    ChimeraX-uniprot: 2.2
    ChimeraX-UnitCell: 1.0
    ChimeraX-ViewDockX: 1.0.1
    ChimeraX-VIPERdb: 1.0
    ChimeraX-Vive: 1.1
    ChimeraX-VolumeMenu: 1.0
    ChimeraX-VTK: 1.0
    ChimeraX-WavefrontOBJ: 1.0
    ChimeraX-WebCam: 1.0
    ChimeraX-WebServices: 1.0
    ChimeraX-Zone: 1.0
    colorama: 0.4.4
    comtypes: 1.1.10
    cxservices: 1.1
    cycler: 0.11.0
    Cython: 0.29.24
    decorator: 5.1.0
    docutils: 0.17.1
    filelock: 3.0.12
    funcparserlib: 0.3.6
    grako: 3.16.5
    h5py: 3.6.0
    html2text: 2020.1.16
    idna: 3.3
    ihm: 0.21
    imagecodecs: 2021.4.28
    imagesize: 1.3.0
    ipykernel: 5.5.5
    ipython: 7.23.1
    ipython-genutils: 0.2.0
    jedi: 0.18.0
    Jinja2: 3.0.1
    jupyter-client: 6.1.12
    jupyter-core: 4.9.1
    kiwisolver: 1.3.2
    lxml: 4.6.3
    lz4: 3.1.3
    MarkupSafe: 2.0.1
    matplotlib: 3.4.3
    matplotlib-inline: 0.1.3
    msgpack: 1.0.2
    netCDF4: 1.5.7
    networkx: 2.6.3
    numexpr: 2.8.0
    numpy: 1.21.2
    openvr: 1.16.801
    packaging: 21.3
    ParmEd: 3.2.0
    parso: 0.8.3
    pickleshare: 0.7.5
    Pillow: 8.3.2
    pip: 21.2.4
    pkginfo: 1.7.1
    prompt-toolkit: 3.0.23
    psutil: 5.8.0
    pycollada: 0.7.1
    pydicom: 2.1.2
    Pygments: 2.10.0
    PyOpenGL: 3.1.5
    PyOpenGL-accelerate: 3.1.5
    pyparsing: 3.0.6
    PyQt5-commercial: 5.15.2
    PyQt5-sip: 12.8.1
    PyQtWebEngine-commercial: 5.15.2
    python-dateutil: 2.8.2
    pytz: 2021.3
    pywin32: 228
    pyzmq: 22.3.0
    qtconsole: 5.1.1
    QtPy: 1.11.3
    RandomWords: 0.3.0
    requests: 2.26.0
    scipy: 1.7.1
    setuptools: 57.5.0
    sfftk-rw: 0.7.1
    six: 1.16.0
    snowballstemmer: 2.2.0
    sortedcontainers: 2.4.0
    Sphinx: 4.2.0
    sphinx-autodoc-typehints: 1.12.0
    sphinxcontrib-applehelp: 1.0.2
    sphinxcontrib-blockdiag: 2.0.0
    sphinxcontrib-devhelp: 1.0.2
    sphinxcontrib-htmlhelp: 2.0.0
    sphinxcontrib-jsmath: 1.0.1
    sphinxcontrib-qthelp: 1.0.3
    sphinxcontrib-serializinghtml: 1.1.5
    suds-jurko: 0.6
    tables: 3.6.1
    tifffile: 2021.4.8
    tinyarray: 1.2.3
    tornado: 6.1
    traitlets: 5.1.1
    urllib3: 1.26.7
    wcwidth: 0.2.5
    webcolors: 1.11.1
    wheel: 0.37.0
    wheel-filename: 1.3.0
    WMI: 1.5.1

Change History (2)

comment:1 by pett, 3 years ago

Cc:	chimera-programmers added
Component:	Unassigned → Command Line
Owner:	set to pett
Platform:	→ all
Project:	→ ChimeraX
Status:	new → accepted
Summary:	ChimeraX bug report submission → Crash in atom-spec parser

comment:2 by pett, 3 years ago

Resolution:	→ duplicate
Status:	accepted → closed

Probable duplicate of #4842

Note: See TracTickets for help on using tickets.

Download in other formats: