Changes between Initial Version and Version 1 of Ticket #5462


Ignore:
Timestamp:
Oct 25, 2021, 10:08:04 AM (4 years ago)
Author:
pett
Comment:

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified

  • Ticket #5462

    • Property Cc Tom Goddard added
    • Property Component Unassigned → Core
    • Property Owner set to pett
    • Property Platform → all
    • Property Project → ChimeraX
    • Property Status new → accepted
    • Property Summary ChimeraX bug report submission → Crash with largely trashed stack

  • Ticket #5462 – Description

    initial v1  
    66Last time you used ChimeraX it crashed.
    77Please describe steps that led to the crash here.
     8
     9
     10Process:               ChimeraX [39745]
     11Path:                  /private/var/folders/*/ChimeraX-1.2.5.app/Contents/MacOS/ChimeraX
     12Identifier:            edu.ucsf.cgl.ChimeraX
     13Version:               1.2.5 (1.2.5.0)
     14Code Type:             X86-64 (Translated)
     15Parent Process:        ??? [1]
     16Responsible:           ChimeraX [39745]
     17User ID:               501
     18
     19Date/Time:             2021-10-24 19:32:27.736 -0600
     20OS Version:            macOS 11.3.1 (20E241)
     21Report Version:        12
     22Anonymous UUID:        98AE7FC8-17A6-DBFF-22F3-B44B72B63E3B
     23
     24Sleep/Wake UUID:       4AB4F7EB-4800-4E43-8C72-88AB96945113
     25
     26Time Awake Since Boot: 22000 seconds
     27Time Since Wake:       1900 seconds
     28
     29System Integrity Protection: enabled
     30
     31Crashed Thread:        0  CrBrowserMain  Dispatch queue: com.apple.main-thread
     32
     33Exception Type:        EXC_BAD_ACCESS (SIGBUS)
     34Exception Codes:       KERN_MEMORY_ERROR at 0x000000010aa05950
     35Exception Note:        EXC_CORPSE_NOTIFY
     36
     37Termination Signal:    Bus error: 10
     38Termination Reason:    Namespace SIGNAL, Code 0xa
     39Terminating Process:   exc handler [39745]
     40
     41VM Regions Near 0x10aa05950:
     42    Rosetta Generic             10a836000-10a837000    [    4K] rw-/rwx SM=PRV 
     43--> mapped file                 10a837000-10aa6e000    [ 2268K] r-x/rwx SM=COW  Object_id=3179fec9
     44    mapped file                 10aa6e000-10aaa8000    [  232K] rw-/rwx SM=COW  Object_id=2cb421c9
     45
     46Thread 0 Crashed:: CrBrowserMain  Dispatch queue: com.apple.main-thread
     470   libsystem_platform.dylib            0x00007fff2039d552 _platform_strlen + 18
     481   ???                                 0x000000010a9dc667 ???
     492   libsystem_platform.dylib            0x00007fff2039fd7d _sigtramp + 29
     503   select.cpython-38-darwin.so         000000000000000000 0 + 0
     514   com.apple.CoreFoundation            0x00007fff204521c6 __CFRunLoopRun + 1663
     525   com.apple.CoreFoundation            0x00007fff20451480 CFRunLoopRunSpecific + 567
     536   ???                                 0x00007fff288d5203 ???
     547   ???                                 0x00007fff288d4f65 ???
     558   ???                                 0x00007fff288d4d03 ???
     569   ???                                 0x00007fff22b77b32 ???
     5710  ???                                 0x00007fff22b76305 ???
     5811  ???                                 0x00007fff22b68679 ???
     5912  ???                                 0x0000000148fa562f ???
     6013  ???                                 0x0000000123da5acf ???
     6114  ???                                 0x0000000123daa042 ???
     6215  ???                                 0x00000001269a4702 ???
     6316  ???                                 0x000000010a8580c2 ???
     6417  ???                                 0x000000010a857a85 ???
     6518  ???                                 0x000000010a926665 ???
     6619  ???                                 0x000000010a92346e ???
     6720  ???                                 0x000000010a8583d0 ???
     6821  ???                                 0x000000010a85aa9a ???
     6922  ???                                 0x000000010a92660c ???
     7023  ???                                 0x000000010a92346e ???
     7124  ???                                 0x000000010a927454 ???
     7225  ???                                 0x000000010a85856e ???
     7326  ???                                 0x000000010a92660c ???
     7427  ???                                 0x000000010a923505 ???
     7528  ???                                 0x000000010a927454 ???
     7629  ???                                 0x000000010a91cf44 ???
     7730  ???                                 0x000000010a91a332 ???
     7831  ???                                 0x000000010a8945ff ???
     7932  ???                                 0x000000010a92660c ???
     8033  ???                                 0x000000010a923505 ???
     8134  ???                                 0x000000010a927454 ???
     8235  ???                                 0x000000010a85856e ???
     8336  ???                                 0x000000010a92660c ???
     8437  ???                                 0x000000010a923505 ???
     8538  ???                                 0x000000010a927454 ???
     8639  ???                                 0x000000010a85856e ???
     8740  ???                                 0x000000010a857dad ???
     8841  ???                                 0x000000010a989eb3 ???
     8942  ???                                 0x000000010a989585 ???
     9043  ???                                 0x000000010a989bdf ???
     9144  ???                                 0x000000010a989aeb ???
     9245  ???                                 0x000000010256cdc8 ???
     9346  libdyld.dylib                       0x00007fff20375f3d start + 1
     94
     95Thread 1:: com.apple.rosetta.exceptionserver
     960   runtime                             0x00007ffdffe9a878 0x7ffdffe99000 + 6264
     971   runtime                             0x00007ffdffea4d70 0x7ffdffe99000 + 48496
     982   runtime                             0x00007ffdffea5a40 0x7ffdffe99000 + 51776
     99
     100Thread 2:
     1010   ???                                 0x00007ffe94576ab8 ???
     1021   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff20327d4e __psynch_cvwait + 10
     1032   ???                                 0x000000010c93427b ???
     1043   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2035a954 _pthread_start + 224
     1054   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff203564a7 thread_start + 15
     106
     107Thread 3:
     1080   ???                                 0x00007ffe94576ab8 ???
     1091   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff20327d4e __psynch_cvwait + 10
     1102   ???                                 0x000000010c93427b ???
     1113   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2035a954 _pthread_start + 224
     1124   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff203564a7 thread_start + 15
     113
     114Thread 4:
     1150   ???                                 0x00007ffe94576ab8 ???
     1161   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff20327d4e __psynch_cvwait + 10
     1172   ???                                 0x000000010c93427b ???
     1183   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2035a954 _pthread_start + 224
     1194   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff203564a7 thread_start + 15
     120
     121Thread 5:
     1220   ???                                 0x00007ffe94576ab8 ???
     1231   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff20327d4e __psynch_cvwait + 10
     1242   ???                                 0x000000010c93427b ???
     1253   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2035a954 _pthread_start + 224
     1264   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff203564a7 thread_start + 15
     127
     128Thread 6:
     1290   ???                                 0x00007ffe94576ab8 ???
     1301   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff20327d4e __psynch_cvwait + 10
     1312   ???                                 0x000000010c93427b ???
     1323   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2035a954 _pthread_start + 224
     1334   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff203564a7 thread_start + 15
     134
     135Thread 7:
     1360   ???                                 0x00007ffe94576ab8 ???
     1371   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff20327d4e __psynch_cvwait + 10
     1382   ???                                 0x000000010c93427b ???
     1393   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2035a954 _pthread_start + 224
     1404   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff203564a7 thread_start + 15
     141
     142Thread 8:
     1430   ???                                 0x00007ffe94576ab8 ???
     1441   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff20327d4e __psynch_cvwait + 10
     1452   ???                                 0x000000010c93427b ???
     1463   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2035a954 _pthread_start + 224
     1474   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff203564a7 thread_start + 15
     148
     149Thread 9:: ThreadPoolServiceThread
     1500   ???                                 0x00007ffe94576ab8 ???
     1511   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff2032e1ea kevent64 + 10
     1522   ???                                 0x000000012c5e0cc7 ???
     1533   ???                                 0x000000012c56962b ???
     1544   ???                                 0x000000012c52d7cb ???
     1555   ???                                 0x000000012c574a94 ???
     1566   ???                                 0x000000012c588a7d ???
     1577   ???                                 0x000000012c5d1e07 ???
     1588   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2035a954 _pthread_start + 224
     1599   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff203564a7 thread_start + 15
     160
     161Thread 10:: ThreadPoolBackgroundWorker
     1620   ???                                 0x00007ffe94576ab8 ???
     1631   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff2032532a mach_msg_trap + 10
     1642   ???                                 0x000000012c5d6492 ???
     1653   ???                                 0x000000012c57e778 ???
     1664   ???                                 0x000000012c57f150 ???
     1675   ???                                 0x000000012c57ec44 ???
     1686   ???                                 0x000000012c5d1e07 ???
     1697   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2035a954 _pthread_start + 224
     1708   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff203564a7 thread_start + 15
     171
     172Thread 11:: Chrome_IOThread
     1730   ???                                 0x00007ffe94576ab8 ???
     1741   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff2032e1ea kevent64 + 10
     1752   ???                                 0x000000012c5e0cc7 ???
     1763   ???                                 0x000000012c56962b ???
     1774   ???                                 0x000000012c52d7cb ???
     1785   ???                                 0x00000001304adf06 ???
     1796   ???                                 0x000000012c588a7d ???
     1807   ???                                 0x000000012c5d1e07 ???
     1818   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2035a954 _pthread_start + 224
     1829   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff203564a7 thread_start + 15
     183
     184Thread 12:: NetworkConfigWatcher
     1850   ???                                 0x00007ffe94576ab8 ???
     1861   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff2032532a mach_msg_trap + 10
     1872   ???                                 0x000000012c5d6492 ???
     1883   ???                                 0x000000012c5d62cf ???
     1894   ???                                 0x000000012c4fe1db ???
     1905   ???                                 0x000000012c56962b ???
     1916   ???                                 0x000000012c52d7cb ???
     1927   ???                                 0x000000012c588a7d ???
     1938   ???                                 0x000000012c5d1e07 ???
     1949   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2035a954 _pthread_start + 224
     19510  libsystem_pthread.dylib             0x00007fff203564a7 thread_start + 15
     196
     197Thread 13:: CompositorTileWorker1
     1980   ???                                 0x00007ffe94576ab8 ???
     1991   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff20327d4e __psynch_cvwait + 10
     2002   ???                                 0x000000012c5cde18 ???
     2013   ???                                 0x000000012d8855f8 ???
     2024   ???                                 0x000000012c5d1e07 ???
     2035   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2035a954 _pthread_start + 224
     2046   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff203564a7 thread_start + 15
     205
     206Thread 14:: Chrome_InProcGpuThread
     2070   ???                                 0x00007ffe94576ab8 ???
     2081   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff2032532a mach_msg_trap + 10
     2092   ???                                 0x000000012c5d6492 ???
     2103   ???                                 0x000000012c4fe20f ???
     2114   ???                                 0x000000012c56962b ???
     2125   ???                                 0x000000012c52d7cb ???
     2136   ???                                 0x000000012c588a7d ???
     2147   ???                                 0x000000012c5d1e07 ???
     2158   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2035a954 _pthread_start + 224
     2169   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff203564a7 thread_start + 15
     217
     218Thread 15:: Chrome_ChildIOThread
     2190   ???                                 0x00007ffe94576ab8 ???
     2201   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff2032e1ea kevent64 + 10
     2212   ???                                 0x000000012c5e0cc7 ???
     2223   ???                                 0x000000012c56962b ???
     2234   ???                                 0x000000012c52d7cb ???
     2245   ???                                 0x000000012c588a7d ???
     2256   ???                                 0x000000012c5d1e07 ???
     2267   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2035a954 _pthread_start + 224
     2278   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff203564a7 thread_start + 15
     228
     229Thread 16:: VizCompositorThread
     2300   ???                                 0x00007ffe94576ab8 ???
     2311   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff2032532a mach_msg_trap + 10
     2322   ???                                 0x000000012c5d6492 ???
     2333   ???                                 0x000000012c5d62cf ???
     2344   ???                                 0x000000012c4fe1db ???
     2355   ???                                 0x000000012c56962b ???
     2366   ???                                 0x000000012c52d7cb ???
     2377   ???                                 0x000000012c588a7d ???
     2388   ???                                 0x000000012c5d1e07 ???
     2399   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2035a954 _pthread_start + 224
     24010  libsystem_pthread.dylib             0x00007fff203564a7 thread_start + 15
     241
     242Thread 17:: NetworkConfigWatcher
     2430   ???                                 0x00007ffe94576ab8 ???
     2441   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff2032532a mach_msg_trap + 10
     2452   ???                                 0x000000012c5d6492 ???
     2463   ???                                 0x000000012c5d62cf ???
     2474   ???                                 0x000000012c4fe1db ???
     2485   ???                                 0x000000012c56962b ???
     2496   ???                                 0x000000012c52d7cb ???
     2507   ???                                 0x000000012c588a7d ???
     2518   ???                                 0x000000012c5d1e07 ???
     2529   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2035a954 _pthread_start + 224
     25310  libsystem_pthread.dylib             0x00007fff203564a7 thread_start + 15
     254
     255Thread 18:: NetworkConfigWatcher
     2560   ???                                 0x00007ffe94576ab8 ???
     2571   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff2032532a mach_msg_trap + 10
     2582   ???                                 0x000000012c5d6492 ???
     2593   ???                                 0x000000012c5d62cf ???
     2604   ???                                 0x000000012c4fe1db ???
     2615   ???                                 0x000000012c56962b ???
     2626   ???                                 0x000000012c52d7cb ???
     2637   ???                                 0x000000012c588a7d ???
     2648   ???                                 0x000000012c5d1e07 ???
     2659   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2035a954 _pthread_start + 224
     26610  libsystem_pthread.dylib             0x00007fff203564a7 thread_start + 15
     267
     268Thread 19:: ThreadPoolSingleThreadForegroundBlocking0
     2690   ???                                 0x00007ffe94576ab8 ???
     2701   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff2032532a mach_msg_trap + 10
     2712   ???                                 0x000000012c5d6492 ???
     2723   ???                                 0x000000012c5d62cf ???
     2734   ???                                 0x000000012c57e76a ???
     2745   ???                                 0x000000012c57f150 ???
     2756   ???                                 0x000000012c57ed34 ???
     2767   ???                                 0x000000012c5d1e07 ???
     2778   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2035a954 _pthread_start + 224
     2789   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff203564a7 thread_start + 15
     279
     280Thread 20:: MemoryInfra
     2810   ???                                 0x00007ffe94576ab8 ???
     2821   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff2032532a mach_msg_trap + 10
     2832   ???                                 0x000000012c5d6492 ???
     2843   ???                                 0x000000012c5d62cf ???
     2854   ???                                 0x000000012c4fe1db ???
     2865   ???                                 0x000000012c56962b ???
     2876   ???                                 0x000000012c52d7cb ???
     2887   ???                                 0x000000012c588a7d ???
     2898   ???                                 0x000000012c5d1e07 ???
     2909   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2035a954 _pthread_start + 224
     29110  libsystem_pthread.dylib             0x00007fff203564a7 thread_start + 15
     292
     293Thread 21:: NetworkConfigWatcher
     2940   ???                                 0x00007ffe94576ab8 ???
     2951   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff2032532a mach_msg_trap + 10
     2962   ???                                 0x000000012c5d6492 ???
     2973   ???                                 0x000000012c5d62cf ???
     2984   ???                                 0x000000012c4fe1db ???
     2995   ???                                 0x000000012c56962b ???
     3006   ???                                 0x000000012c52d7cb ???
     3017   ???                                 0x000000012c588a7d ???
     3028   ???                                 0x000000012c5d1e07 ???
     3039   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2035a954 _pthread_start + 224
     30410  libsystem_pthread.dylib             0x00007fff203564a7 thread_start + 15
     305
     306Thread 22:: com.apple.NSEventThread
     3070   ???                                 0x00007ffe94576ab8 ???
     3081   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff2032532a mach_msg_trap + 10
     3092   com.apple.CoreFoundation            0x00007fff204539c5 __CFRunLoopServiceMachPort + 316
     3103   com.apple.CoreFoundation            0x00007fff2045207b __CFRunLoopRun + 1332
     3114   com.apple.CoreFoundation            0x00007fff20451480 CFRunLoopRunSpecific + 567
     3125   ???                                 0x00007fff22cfdbaa ???
     3136   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2035a954 _pthread_start + 224
     3147   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff203564a7 thread_start + 15
     315
     316Thread 23:: ThreadPoolSingleThreadSharedBackgroundBlocking1
     3170   ???                                 0x00007ffe94576ab8 ???
     3181   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff2032532a mach_msg_trap + 10
     3192   ???                                 0x000000012c5d6492 ???
     3203   ???                                 0x000000012c5d62cf ???
     3214   ???                                 0x000000012c57e76a ???
     3225   ???                                 0x000000012c57ee3d ???
     3236   ???                                 0x000000012c57ec74 ???
     3247   ???                                 0x000000012c5d1e07 ???
     3258   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2035a954 _pthread_start + 224
     3269   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff203564a7 thread_start + 15
     327
     328Thread 24:: ThreadPoolForegroundWorker
     3290   ???                                 0x00007ffe94576ab8 ???
     3301   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff2032532a mach_msg_trap + 10
     3312   ???                                 0x000000012c5d6492 ???
     3323   ???                                 0x000000012c57e778 ???
     3334   ???                                 0x000000012c57f150 ???
     3345   ???                                 0x000000012c57ecd4 ???
     3356   ???                                 0x000000012c5d1e07 ???
     3367   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2035a954 _pthread_start + 224
     3378   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff203564a7 thread_start + 15
     338
     339Thread 25:
     3400   runtime                             0x00007ffdffef399c 0x7ffdffe99000 + 371100
     341
     342Thread 26:
     3430   runtime                             0x00007ffdffef399c 0x7ffdffe99000 + 371100
     344
     345Thread 27:
     3460   runtime                             0x00007ffdffef399c 0x7ffdffe99000 + 371100
     347
     348Thread 28:
     3490   runtime                             0x00007ffdffef399c 0x7ffdffe99000 + 371100
     350
     351Thread 29:
     3520   runtime                             0x00007ffdffef399c 0x7ffdffe99000 + 371100
     353
     354Thread 30:
     3550   runtime                             0x00007ffdffef399c 0x7ffdffe99000 + 371100
     356
     357Thread 31:
     3580   runtime                             0x00007ffdffef399c 0x7ffdffe99000 + 371100
     359
     360Thread 32:
     3610   runtime                             0x00007ffdffef399c 0x7ffdffe99000 + 371100
     362
     363Thread 33:
     3640   runtime                             0x00007ffdffef399c 0x7ffdffe99000 + 371100
     365
     366Thread 0 crashed with X86 Thread State (64-bit):
     367  rax: 0xffffffffffffffff  rbx: 0x000000010aaa6620  rcx: 0x000000010aa0595c  rdx: 0x000000010aa0595c
     368  rdi: 0x000000010aa05950  rsi: 0x000000010a9facc3  rbp: 0x00007ff3e0047fa0  rsp: 0x00007ff3e0047fa0
     369   r8: 0x000000010bb55088   r9: 0x700945d873584d56  r10: 0x0000000202769eac  r11: 0x00006000030ed428
     370  r12: 0x0000000000000000  r13: 0x000000000000000a  r14: 0x000000000000000b  r15: 0x000000010aa0595c
     371  rip: 0x00007fff2039d552  rfl: 0x0000000000000202
     372
     373
     374Binary Images:
     375                 0 - 0xffffffffffffffff +select.cpython-38-darwin.so (???) /private/var/folders/*/ChimeraX-1.2.5.app/Contents/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/lib/python3.8/lib-dynload/select.cpython-38-darwin.so
     376       0x202692000 -        0x20272dfff  dyld (851.27)  /usr/lib/dyld
     377    0x7ffdffe99000 -     0x7ffdfff0cfff +runtime (203.42)  /Library/Apple/*/runtime
     378    0x7fff20092000 -     0x7fff20093fff  libsystem_blocks.dylib (79)  /usr/lib/system/libsystem_blocks.dylib
     379    0x7fff20094000 -     0x7fff200c9fff  libxpc.dylib (2038.100.48)  /usr/lib/system/libxpc.dylib
     380    0x7fff200ca000 -     0x7fff200e1fff  libsystem_trace.dylib (1277.100.21)  /usr/lib/system/libsystem_trace.dylib
     381    0x7fff200e2000 -     0x7fff2017ffff  libcorecrypto.dylib (1000.100.38)  /usr/lib/system/libcorecrypto.dylib
     382    0x7fff20180000 -     0x7fff201acfff  libsystem_malloc.dylib (317.100.9)  /usr/lib/system/libsystem_malloc.dylib
     383    0x7fff201ad000 -     0x7fff201f1fff  libdispatch.dylib (1271.100.5)  /usr/lib/system/libdispatch.dylib
     384    0x7fff201f2000 -     0x7fff2022bfff  libobjc.A.dylib (824)  /usr/lib/libobjc.A.dylib
     385    0x7fff2022c000 -     0x7fff2022efff  libsystem_featureflags.dylib (28.60.1)  /usr/lib/system/libsystem_featureflags.dylib
     386    0x7fff2022f000 -     0x7fff202b7fff  libsystem_c.dylib (1439.100.3)  /usr/lib/system/libsystem_c.dylib
     387    0x7fff202b8000 -     0x7fff2030dfff  libc++.1.dylib (905.6)  /usr/lib/libc++.1.dylib
     388    0x7fff2030e000 -     0x7fff20323fff  libc++abi.dylib (905.6)  /usr/lib/libc++abi.dylib
     389    0x7fff20324000 -     0x7fff20353fff  libsystem_kernel.dylib (7195.101.2)  /usr/lib/system/libsystem_kernel.dylib
     390    0x7fff20354000 -     0x7fff2035ffff  libsystem_pthread.dylib (454.100.8)  /usr/lib/system/libsystem_pthread.dylib
     391    0x7fff20360000 -     0x7fff2039bfff  libdyld.dylib (851.27)  /usr/lib/system/libdyld.dylib
     392    0x7fff2039c000 -     0x7fff203a5fff  libsystem_platform.dylib (254.80.2)  /usr/lib/system/libsystem_platform.dylib
     393    0x7fff203a6000 -     0x7fff203d1fff  libsystem_info.dylib (542.40.3)  /usr/lib/system/libsystem_info.dylib
     394    0x7fff203d2000 -     0x7fff2086ffff  com.apple.CoreFoundation (6.9 - 1775.118.101)  /System/Library/Frameworks/CoreFoundation.framework/Versions/A/CoreFoundation
     395    0x7fff22460000 -     0x7fff226bffff  libicucore.A.dylib (66112)  /usr/lib/libicucore.A.dylib
     396    0x7fff226c0000 -     0x7fff226c9fff  libsystem_darwin.dylib (1439.100.3)  /usr/lib/system/libsystem_darwin.dylib
     397    0x7fff22adf000 -     0x7fff22aeafff  libsystem_notify.dylib (279.40.4)  /usr/lib/system/libsystem_notify.dylib
     398    0x7fff24a6c000 -     0x7fff24a7afff  libsystem_networkextension.dylib (1295.101.1)  /usr/lib/system/libsystem_networkextension.dylib
     399    0x7fff24ad9000 -     0x7fff24aeffff  libsystem_asl.dylib (385)  /usr/lib/system/libsystem_asl.dylib
     400    0x7fff261e7000 -     0x7fff261eefff  libsystem_symptoms.dylib (1431.100.22)  /usr/lib/system/libsystem_symptoms.dylib
     401    0x7fff284ee000 -     0x7fff284fefff  libsystem_containermanager.dylib (318.100.4)  /usr/lib/system/libsystem_containermanager.dylib
     402    0x7fff29205000 -     0x7fff29208fff  libsystem_configuration.dylib (1109.101.1)  /usr/lib/system/libsystem_configuration.dylib
     403    0x7fff29209000 -     0x7fff2920dfff  libsystem_sandbox.dylib (1441.101.1)  /usr/lib/system/libsystem_sandbox.dylib
     404    0x7fff29e0d000 -     0x7fff29e0ffff  libquarantine.dylib (119.40.2)  /usr/lib/system/libquarantine.dylib
     405    0x7fff2a3ab000 -     0x7fff2a3b7fff  libbz2.1.0.dylib (44)  /usr/lib/libbz2.1.0.dylib
     406    0x7fff2a3b8000 -     0x7fff2a3bcfff  libsystem_coreservices.dylib (127)  /usr/lib/system/libsystem_coreservices.dylib
     407    0x7fff2a5b9000 -     0x7fff2a5cbfff  libz.1.dylib (76)  /usr/lib/libz.1.dylib
     408    0x7fff2a5cc000 -     0x7fff2a617fff  libsystem_m.dylib (3186.100.3)  /usr/lib/system/libsystem_m.dylib
     409    0x7fff2a619000 -     0x7fff2a61efff  libmacho.dylib (980)  /usr/lib/system/libmacho.dylib
     410    0x7fff2a63b000 -     0x7fff2a646fff  libcommonCrypto.dylib (60178.100.1)  /usr/lib/system/libcommonCrypto.dylib
     411    0x7fff2a647000 -     0x7fff2a651fff  libunwind.dylib (201)  /usr/lib/system/libunwind.dylib
     412    0x7fff2a652000 -     0x7fff2a659fff  liboah.dylib (203.42)  /usr/lib/liboah.dylib
     413    0x7fff2a65a000 -     0x7fff2a664fff  libcopyfile.dylib (173.40.2)  /usr/lib/system/libcopyfile.dylib
     414    0x7fff2a665000 -     0x7fff2a66cfff  libcompiler_rt.dylib (102.2)  /usr/lib/system/libcompiler_rt.dylib
     415    0x7fff2a66d000 -     0x7fff2a66ffff  libsystem_collections.dylib (1439.100.3)  /usr/lib/system/libsystem_collections.dylib
     416    0x7fff2a670000 -     0x7fff2a672fff  libsystem_secinit.dylib (87.60.1)  /usr/lib/system/libsystem_secinit.dylib
     417    0x7fff2a673000 -     0x7fff2a675fff  libremovefile.dylib (49.101.1)  /usr/lib/system/libremovefile.dylib
     418    0x7fff2a676000 -     0x7fff2a676fff  libkeymgr.dylib (31)  /usr/lib/system/libkeymgr.dylib
     419    0x7fff2a677000 -     0x7fff2a67efff  libsystem_dnssd.dylib (1310.100.10)  /usr/lib/system/libsystem_dnssd.dylib
     420    0x7fff2a67f000 -     0x7fff2a684fff  libcache.dylib (83)  /usr/lib/system/libcache.dylib
     421    0x7fff2a685000 -     0x7fff2a686fff  libSystem.B.dylib (1292.100.5)  /usr/lib/libSystem.B.dylib
     422    0x7fff2a687000 -     0x7fff2a68afff  libfakelink.dylib (3)  /usr/lib/libfakelink.dylib
     423    0x7fff2a68b000 -     0x7fff2a68bfff  com.apple.SoftLinking (1.0 - 1)  /System/Library/PrivateFrameworks/SoftLinking.framework/Versions/A/SoftLinking
     424    0x7fff2dbcf000 -     0x7fff2dbcffff  liblaunch.dylib (2038.100.48)  /usr/lib/system/liblaunch.dylib
     425    0x7fff30053000 -     0x7fff30053fff  libsystem_product_info_filter.dylib (8.40.1)  /usr/lib/system/libsystem_product_info_filter.dylib
     426
     427Translated Code Information:
     428  tmp0: 0x00007ffe9498b37c tmp1: 0x000000010ae45e40 tmp2: 0x00007fff2039d540
     429
     430
     431External Modification Summary:
     432  Calls made by other processes targeting this process:
     433    task_for_pid: 0
     434    thread_create: 0
     435    thread_set_state: 0
     436  Calls made by this process:
     437    task_for_pid: 0
     438    thread_create: 0
     439    thread_set_state: 0
     440  Calls made by all processes on this machine:
     441    task_for_pid: 0
     442    thread_create: 0
     443    thread_set_state: 0
     444
     445VM Region Summary:
     446ReadOnly portion of Libraries: Total=518.6M resident=0K(0%) swapped_out_or_unallocated=518.6M(100%)
     447Writable regions: Total=2.1G written=0K(0%) resident=0K(0%) swapped_out=0K(0%) unallocated=2.1G(100%)
     448 
     449                                VIRTUAL   REGION
     450REGION TYPE                        SIZE    COUNT (non-coalesced)
     451===========                     =======  =======
     452Accelerate framework               256K        2
     453Activity Tracing                   256K        1
     454CG backing stores                 3264K        6
     455CG image                           164K       15
     456CoreAnimation                       72K       10
     457CoreGraphics                        12K        2
     458CoreUI image data                 2440K       19
     459Foundation                          16K        1
     460Kernel Alloc Once                    8K        1
     461MALLOC                           378.2M       73
     462MALLOC guard page                  192K        8
     463MALLOC_MEDIUM (reserved)         880.0M        8         reserved VM address space (unallocated)
     464MALLOC_NANO (reserved)           384.0M        1         reserved VM address space (unallocated)
     465Mach message                        24K        6
     466OpenGL GLSL                        384K        5
     467Rosetta Arena                     2048K        1
     468Rosetta Generic                   1516K      376
     469Rosetta IndirectBranch            1024K        1
     470Rosetta JIT                      128.0M        1
     471Rosetta Return Stack               660K       66
     472Rosetta Thread Context             660K       66
     473STACK GUARD                         36K        9
     474Stack                            136.6M       33
     475Stack Guard                       56.1M       24
     476VM_ALLOCATE                       97.8M      161
     477VM_ALLOCATE (reserved)           160.1M       10         reserved VM address space (unallocated)
     478__DATA                             500K       50
     479__DATA_CONST                      2983K       40
     480__DATA_DIRTY                        95K       24
     481__LINKEDIT                       506.2M        5
     482__OBJC_RO                         70.1M        1
     483__OBJC_RW                         2480K        2
     484__TEXT                            12.5M       50
     485__UNICODE                          588K        1
     486dylib                             2088K       23
     487dylib (reserved)                    88K        6         reserved VM address space (unallocated)
     488mapped file                        5.3G      844
     489shared memory                     8416K       36
     490unshared pmap                     10.5M        6
     491===========                     =======  =======
     492TOTAL                              8.1G     1994
     493TOTAL, minus reserved VM space     6.7G     1994
     494
     495
     496
     497Log:
     498UCSF ChimeraX version: 1.2.5 (2021-05-24) 
     499© 2016-2021 Regents of the University of California. All rights reserved. 
     500How to cite UCSF ChimeraX 
     501
     502
     503
     504
     505OpenGL version: 4.1 Metal - 71.5.9
     506OpenGL renderer: Apple M1
     507OpenGL vendor: AppleHardware:
     508
     509    Hardware Overview:
     510
     511      Model Name: MacBook Pro
     512      Model Identifier: MacBookPro17,1
     513      Processor Name: Unknown
     514      Processor Speed: 2.4 GHz
     515      Number of Processors: 1
     516      Total Number of Cores: 8
     517      L2 Cache (per Core): 4 MB
     518      Memory: 16 GB
     519
     520Software:
     521
     522    System Software Overview:
     523
     524      System Version: macOS 11.3.1 (20E241)
     525      Kernel Version: Darwin 20.4.0
     526      Time since boot: 2 days 9:53
     527
     528Graphics/Displays:
     529
     530    Apple M1:
     531
     532      Chipset Model: Apple M1
     533      Type: GPU
     534      Bus: Built-In
     535      Total Number of Cores: 8
     536      Vendor: Apple (0x106b)
     537      Metal Family: Supported, Metal GPUFamily Apple 7
     538      Displays:
     539        Color LCD:
     540          Resolution: 2880 x 1800
     541          UI Looks like: 1440 x 900 @ 60.00Hz
     542          Main Display: Yes
     543          Mirror: Off
     544          Online: Yes
     545          Automatically Adjust Brightness: No
     546          Connection Type: Internal
     547
     548Locale: (None, 'UTF-8')
     549PyQt5 5.15.2, Qt 5.15.2
     550Installed Packages:
     551    alabaster: 0.7.12
     552    appdirs: 1.4.4
     553    appnope: 0.1.2
     554    Babel: 2.9.1
     555    backcall: 0.2.0
     556    blockdiag: 2.0.1
     557    certifi: 2020.12.5
     558    cftime: 1.5.0
     559    chardet: 3.0.4
     560    ChimeraX-AddCharge: 1.0.1
     561    ChimeraX-AddH: 2.1.6
     562    ChimeraX-AlignmentAlgorithms: 2.0
     563    ChimeraX-AlignmentHdrs: 3.2
     564    ChimeraX-AlignmentMatrices: 2.0
     565    ChimeraX-Alignments: 2.1
     566    ChimeraX-AmberInfo: 1.0
     567    ChimeraX-Arrays: 1.0
     568    ChimeraX-Atomic: 1.13.2
     569    ChimeraX-AtomicLibrary: 3.1.3
     570    ChimeraX-AtomSearch: 2.0
     571    ChimeraX-AtomSearchLibrary: 1.0
     572    ChimeraX-AxesPlanes: 2.0
     573    ChimeraX-BasicActions: 1.1
     574    ChimeraX-BILD: 1.0
     575    ChimeraX-BlastProtein: 1.1
     576    ChimeraX-BondRot: 2.0
     577    ChimeraX-BugReporter: 1.0
     578    ChimeraX-BuildStructure: 2.5.2
     579    ChimeraX-Bumps: 1.0
     580    ChimeraX-BundleBuilder: 1.1
     581    ChimeraX-ButtonPanel: 1.0
     582    ChimeraX-CageBuilder: 1.0
     583    ChimeraX-CellPack: 1.0
     584    ChimeraX-Centroids: 1.1
     585    ChimeraX-ChemGroup: 2.0
     586    ChimeraX-Clashes: 2.1
     587    ChimeraX-ColorActions: 1.0
     588    ChimeraX-ColorGlobe: 1.0
     589    ChimeraX-ColorKey: 1.2.1
     590    ChimeraX-CommandLine: 1.1.4
     591    ChimeraX-ConnectStructure: 2.0
     592    ChimeraX-Contacts: 1.0
     593    ChimeraX-Core: 1.2.5
     594    ChimeraX-CoreFormats: 1.0
     595    ChimeraX-coulombic: 1.1.1
     596    ChimeraX-Crosslinks: 1.0
     597    ChimeraX-Crystal: 1.0
     598    ChimeraX-CrystalContacts: 1.0
     599    ChimeraX-DataFormats: 1.1
     600    ChimeraX-Dicom: 1.0
     601    ChimeraX-DistMonitor: 1.1.3
     602    ChimeraX-DistUI: 1.0
     603    ChimeraX-Dssp: 2.0
     604    ChimeraX-EMDB-SFF: 1.0
     605    ChimeraX-ExperimentalCommands: 1.0
     606    ChimeraX-FileHistory: 1.0
     607    ChimeraX-FunctionKey: 1.0
     608    ChimeraX-Geometry: 1.1
     609    ChimeraX-gltf: 1.0
     610    ChimeraX-Graphics: 1.0
     611    ChimeraX-Hbonds: 2.1
     612    ChimeraX-Help: 1.1
     613    ChimeraX-HKCage: 1.3
     614    ChimeraX-IHM: 1.0
     615    ChimeraX-ImageFormats: 1.1
     616    ChimeraX-IMOD: 1.0
     617    ChimeraX-IO: 1.0.1
     618    ChimeraX-Label: 1.0
     619    ChimeraX-ListInfo: 1.1.1
     620    ChimeraX-Log: 1.1.2
     621    ChimeraX-LookingGlass: 1.1
     622    ChimeraX-Maestro: 1.8.1
     623    ChimeraX-Map: 1.0.2
     624    ChimeraX-MapData: 2.0
     625    ChimeraX-MapEraser: 1.0
     626    ChimeraX-MapFilter: 2.0
     627    ChimeraX-MapFit: 2.0
     628    ChimeraX-MapSeries: 2.0
     629    ChimeraX-Markers: 1.0
     630    ChimeraX-Mask: 1.0
     631    ChimeraX-MatchMaker: 1.2.1
     632    ChimeraX-MDcrds: 2.2
     633    ChimeraX-MedicalToolbar: 1.0.1
     634    ChimeraX-Meeting: 1.0
     635    ChimeraX-MLP: 1.1
     636    ChimeraX-mmCIF: 2.3
     637    ChimeraX-MMTF: 2.1
     638    ChimeraX-Modeller: 1.0.1
     639    ChimeraX-ModelPanel: 1.0.1
     640    ChimeraX-ModelSeries: 1.0
     641    ChimeraX-Mol2: 2.0
     642    ChimeraX-Morph: 1.0
     643    ChimeraX-MouseModes: 1.1
     644    ChimeraX-Movie: 1.0
     645    ChimeraX-Neuron: 1.0
     646    ChimeraX-Nucleotides: 2.0.1
     647    ChimeraX-OpenCommand: 1.5
     648    ChimeraX-PDB: 2.4.1
     649    ChimeraX-PDBBio: 1.0
     650    ChimeraX-PDBLibrary: 1.0.1
     651    ChimeraX-PDBMatrices: 1.0
     652    ChimeraX-PickBlobs: 1.0
     653    ChimeraX-Positions: 1.0
     654    ChimeraX-PresetMgr: 1.0.1
     655    ChimeraX-PubChem: 2.0.1
     656    ChimeraX-ReadPbonds: 1.0
     657    ChimeraX-Registration: 1.1
     658    ChimeraX-RemoteControl: 1.0
     659    ChimeraX-ResidueFit: 1.0
     660    ChimeraX-RestServer: 1.1
     661    ChimeraX-RNALayout: 1.0
     662    ChimeraX-RotamerLibMgr: 2.0
     663    ChimeraX-RotamerLibsDunbrack: 2.0
     664    ChimeraX-RotamerLibsDynameomics: 2.0
     665    ChimeraX-RotamerLibsRichardson: 2.0
     666    ChimeraX-SaveCommand: 1.4
     667    ChimeraX-SchemeMgr: 1.0
     668    ChimeraX-SDF: 2.0
     669    ChimeraX-Segger: 1.0
     670    ChimeraX-Segment: 1.0
     671    ChimeraX-SeqView: 2.3
     672    ChimeraX-Shape: 1.0.1
     673    ChimeraX-Shell: 1.0
     674    ChimeraX-Shortcuts: 1.0
     675    ChimeraX-ShowAttr: 1.0
     676    ChimeraX-ShowSequences: 1.0
     677    ChimeraX-SideView: 1.0
     678    ChimeraX-Smiles: 2.0.1
     679    ChimeraX-SmoothLines: 1.0
     680    ChimeraX-SpaceNavigator: 1.0
     681    ChimeraX-StdCommands: 1.3.1
     682    ChimeraX-STL: 1.0
     683    ChimeraX-Storm: 1.0
     684    ChimeraX-Struts: 1.0
     685    ChimeraX-Surface: 1.0
     686    ChimeraX-SwapAA: 2.0
     687    ChimeraX-SwapRes: 2.1
     688    ChimeraX-TapeMeasure: 1.0
     689    ChimeraX-Test: 1.0
     690    ChimeraX-Toolbar: 1.0.1
     691    ChimeraX-ToolshedUtils: 1.2
     692    ChimeraX-Tug: 1.0
     693    ChimeraX-UI: 1.7.6
     694    ChimeraX-uniprot: 2.1
     695    ChimeraX-UnitCell: 1.0
     696    ChimeraX-ViewDockX: 1.0
     697    ChimeraX-Vive: 1.1
     698    ChimeraX-VolumeMenu: 1.0
     699    ChimeraX-VTK: 1.0
     700    ChimeraX-WavefrontOBJ: 1.0
     701    ChimeraX-WebCam: 1.0
     702    ChimeraX-WebServices: 1.0
     703    ChimeraX-Zone: 1.0
     704    colorama: 0.4.3
     705    comtypes: 1.1.7
     706    cxservices: 1.0
     707    cycler: 0.10.0
     708    Cython: 0.29.21
     709    decorator: 5.0.9
     710    distlib: 0.3.1
     711    docutils: 0.16
     712    filelock: 3.0.12
     713    funcparserlib: 0.3.6
     714    grako: 3.16.5
     715    h5py: 2.10.0
     716    html2text: 2020.1.16
     717    idna: 2.10
     718    ihm: 0.17
     719    imagecodecs: 2020.5.30
     720    imagesize: 1.2.0
     721    ipykernel: 5.3.4
     722    ipython: 7.18.1
     723    ipython-genutils: 0.2.0
     724    jedi: 0.17.2
     725    Jinja2: 2.11.2
     726    jupyter-client: 6.1.7
     727    jupyter-core: 4.7.1
     728    kiwisolver: 1.3.1
     729    line-profiler: 2.1.2
     730    lxml: 4.6.2
     731    lz4: 3.1.0
     732    MarkupSafe: 2.0.1
     733    matplotlib: 3.3.2
     734    matplotlib-inline: 0.1.2
     735    msgpack: 1.0.0
     736    netCDF4: 1.5.4
     737    networkx: 2.5
     738    numexpr: 2.7.3
     739    numpy: 1.19.2
     740    numpydoc: 1.1.0
     741    openvr: 1.14.1501
     742    packaging: 20.9
     743    ParmEd: 3.2.0
     744    parso: 0.7.1
     745    pexpect: 4.8.0
     746    pickleshare: 0.7.5
     747    Pillow: 7.2.0
     748    pip: 21.0.1
     749    pkginfo: 1.5.0.1
     750    prompt-toolkit: 3.0.18
     751    psutil: 5.7.2
     752    ptyprocess: 0.7.0
     753    pycollada: 0.7.1
     754    pydicom: 2.0.0
     755    Pygments: 2.7.1
     756    PyOpenGL: 3.1.5
     757    PyOpenGL-accelerate: 3.1.5
     758    pyparsing: 2.4.7
     759    PyQt5-commercial: 5.15.2
     760    PyQt5-sip: 12.8.1
     761    PyQtWebEngine-commercial: 5.15.2
     762    python-dateutil: 2.8.1
     763    pytz: 2021.1
     764    pyzmq: 22.0.3
     765    qtconsole: 4.7.7
     766    QtPy: 1.9.0
     767    RandomWords: 0.3.0
     768    requests: 2.24.0
     769    scipy: 1.5.2
     770    setuptools: 50.3.2
     771    sfftk-rw: 0.6.7.dev1
     772    six: 1.15.0
     773    snowballstemmer: 2.1.0
     774    sortedcontainers: 2.2.2
     775    Sphinx: 3.2.1
     776    sphinxcontrib-applehelp: 1.0.2
     777    sphinxcontrib-blockdiag: 2.0.0
     778    sphinxcontrib-devhelp: 1.0.2
     779    sphinxcontrib-htmlhelp: 2.0.0
     780    sphinxcontrib-jsmath: 1.0.1
     781    sphinxcontrib-qthelp: 1.0.3
     782    sphinxcontrib-serializinghtml: 1.1.5
     783    suds-jurko: 0.6
     784    tables: 3.6.1
     785    tifffile: 2020.9.3
     786    tinyarray: 1.2.3
     787    tornado: 6.1
     788    traitlets: 5.0.5
     789    urllib3: 1.25.11
     790    wcwidth: 0.2.5
     791    webcolors: 1.11.1
     792    wheel: 0.36.0
     793    wheel-filename: 1.3.0
     794
     795}}}