Changes between Initial Version and Version 1 of Ticket #3545


Ignore:
Timestamp:
Jul 23, 2020, 2:20:37 PM (5 years ago)
Author:
Eric Pettersen
Comment:

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified

  • Ticket #3545

    • Property Component Unassigned → Depiction
    • Property Owner set to Eric Pettersen
    • Property Platform → all
    • Property Project → ChimeraX
    • Property Status new → accepted
    • Property Summary ChimeraX bug report submission → Problem setting autochain attribute

  • Ticket #3545 – Description

    initial v1  
    3030registering illegal selector name "5A" 
    3131
    32 Log from Thu Jul 23 12:48:24 2020UCSF ChimeraX version: 1.0 (2020-06-04) 
    33 © 2016-2020 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    34 
    35 > open "C:\Users\dharr\Box\ChimeraX Movie\Final figure image.cxs" format
    36 > session
    37 
    38 registering illegal selector name "5A" 
    39 
    40 Log from Wed Jul 22 14:12:03 2020UCSF ChimeraX version: 1.0 (2020-06-04) 
    41 © 2016-2020 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    42 
    43 > open "C:\Users\dharr\Box\ChimeraX Movie\Alignments.cxs" format session
    44 
    45 registering illegal selector name "5A" 
    46 
    47 Log from Thu Jul 16 21:53:22 2020UCSF ChimeraX version: 1.0 (2020-06-04) 
    48 © 2016-2020 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    49 
    50 > open "C:\Users\dharr\Box\ChimeraX Movie\Alignments.cxs" format session
    51 
    52 registering illegal selector name "5A" 
    53 
    54 Frozen name "trash" not restored: nothing is selected by specifier 
    55 
    56 Frozen name "trashbonds" not restored: nothing is selected by specifier 
    57 
    58 Frozen name "junk" not restored: nothing is selected by specifier 
    59 
    60 Log from Thu Jul 16 16:41:32 2020UCSF ChimeraX version: 1.0 (2020-06-04) 
    61 © 2016-2020 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    62 
    63 > open "C:\Users\dharr\Box\ChimeraX Movie\All 3 N2ase
    64 > colored_labeled_master_view.cxs" format session
    65 
    66 Log from Thu Jul 16 10:00:20 2020UCSF ChimeraX version: 1.0 (2020-06-04) 
    67 © 2016-2020 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    68 
    69 > open "C:\Users\dharr\Box\ChimeraX Movie\All 3 N2ase
    70 > aligned_colored_labeled.cxs" format session
    71 
    72 Log from Fri Jul 10 09:45:41 2020UCSF ChimeraX version: 1.0 (2020-06-04) 
    73 © 2016-2020 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    74 
    75 > open "C:\Users\dharr\Box\ChimeraX Movie\All 3 N2ase
    76 > aligned_colored_labeled.cxs" format session
    77 
    78 Log from Thu Jul 9 13:23:53 2020UCSF ChimeraX version: 1.0 (2020-06-04) 
    79 © 2016-2020 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    80 How to cite UCSF ChimeraX 
    81 
    82 > open 3u7q
    83 
    84 3u7q title: 
    85 A. vinelandii nitrogenase MoFe protein at atomic resolution [more info...] 
    86  
    87 Chain information for 3u7q #1 
    88 --- 
    89 Chain | Description 
    90 A C | Nitrogenase molybdenum-iron protein α chain 
    91 B D | Nitrogenase molybdenum-iron protein β chain 
    92  
    93 Non-standard residues in 3u7q #1 
    94 --- 
    95 1CL — Fe(8)-S(7) cluster, oxidized 
    96 CA — calcium ion 
    97 CLF — Fe(8)-S(7) cluster 
    98 HCA — 3-hydroxy-3-carboxy-adipic acid 
    99 ICS — iron-sulfur-molybdenum cluster with interstitial carbon 
    100 IMD — imidazole 
    101 MG — magnesium ion 
    102  
    103 
    104 > open 5n6y
    105 
    106 5n6y title: 
    107 Azotobacter vinelandii vanadium nitrogenase [more info...] 
    108  
    109 Chain information for 5n6y #2 
    110 --- 
    111 Chain | Description 
    112 A D | Nitrogenase vanadium-iron protein α chain 
    113 B E | Nitrogenase vanadium-iron protein β chain 
    114 C F | Nitrogenase vanadium-iron protein δ chain 
    115  
    116 Non-standard residues in 5n6y #2 
    117 --- 
    118 8P8 — C Fe7 S8 V 
    119 CLF — Fe(8)-S(7) cluster 
    120 CO3 — carbonate ion 
    121 HCA — 3-hydroxy-3-carboxy-adipic acid 
    122 MG — magnesium ion 
    123  
    124 
    125 > hide water
    126 
    127 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    128 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    129 
    130 > select water
    131 
    132 Expected an objects specifier or a keyword 
    133 
    134 > cartoon
    135 
    136 > show cartoons
    137 
    138 > hide
    139 
    140 > ~ribbon
    141 
    142 > ribbon
    143 
    144 > ~sphere
    145 
    146 Unknown command: ~sphere 
    147 
    148 > open "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/FeN2ase Model Swiss Model
    149 > VN2ase.pdb"
    150 
    151 FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb title: 
    152 SWISS-MODEL SERVER (https://swissmodel.expasy.org) Untitled Project [more
    153 info...] 
    154  
    155 Chain information for FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb #3 
    156 --- 
    157 Chain | Description 
    158 A D | No description available 
    159 B E | No description available 
    160 C F | No description available 
    161  
    162 Non-standard residues in FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb #3 
    163 --- 
    164 MG — (MG) 
    165  
    166 Drag select of 29255 atoms, 56 pseudobonds, 2327 residues, 140 bonds 
    167 
    168 > style sel sphere
    169 
    170 Changed 37486 atom styles 
    171 
    172 > style sel sphere
    173 
    174 Changed 37486 atom styles 
    175 
    176 > show sel cartoons
    177 
    178 > hide sel cartoons
    179 
    180 > show sel cartoons
    181 
    182 > undo
    183 
    184 > undo
    185 
    186 > undo
    187 
    188 > undo
    189 
    190 > undo
    191 
    192 > style sel stick
    193 
    194 Changed 37486 atom styles 
    195 
    196 > style sel stick
    197 
    198 Changed 37486 atom styles 
    199 
    200 > hide sel atoms
    201 
    202 > stick
    203 
    204 Unknown command: stick 
    205 
    206 > show stick
    207 
    208 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    209 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    210 
    211 > hide ribbons
    212 
    213 > ribbon
    214 
    215 > cartoon
    216 
    217 > hide cartoons
    218 
    219 > cartoon
    220 
    221 Drag select of 596 atoms, 49 pseudobonds, 2170 residues, 538 bonds 
    222 
    223 > hide sel atoms
    224 
    225 > show sel cartoons
    226 
    227 > hide sel cartoons
    228 
    229 > show sel cartoons
    230 
    231 > select clear
    232 
    233 > select :1cl
    234 
    235 30 atoms, 44 bonds, 1 model selected 
    236 
    237 > style sel stick
    238 
    239 Changed 30 atom styles 
    240 
    241 > show sel atoms
    242 
    243 > color byelement
    244 
    245 > select clf
    246 
    247 Expected an objects specifier or a keyword 
    248 
    249 > select :clf
    250 
    251 60 atoms, 96 bonds, 2 models selected 
    252 
    253 > show sel atoms
    254 
    255 > style sel stick
    256 
    257 Changed 60 atom styles 
    258 
    259 > select :1cl
    260 
    261 30 atoms, 44 bonds, 1 model selected 
    262 
    263 > delete atoms sel
    264 
    265 > delete bonds sel
    266 
    267 > select :clf :hca :ics
    268 
    269 152 atoms, 208 bonds, 2 models selected 
    270 
    271 > help show
    272 
    273 > show atoms
    274 
    275 > show atoms :clf :hca :ics
    276 
    277 Expected ',' or a keyword 
    278 
    279 > show :clf :hca :ics atoms
    280 
    281 > select clear
    282 
    283 > select up
    284 
    285 Nothing selected 
    286 
    287 > select :clf :hca :ics
    288 
    289 152 atoms, 208 bonds, 2 models selected 
    290 
    291 > style sel stick
    292 
    293 Changed 152 atom styles 
    294 
    295 > select clear
    296 
    297 > hide #1 ribbons
    298 
    299 > select Mo
    300 
    301 2 atoms, 1 model selected 
    302 
    303 > color magenta
    304 
    305 > color Mo magenta
    306 
    307 > select clear
    308 
    309 Drag select of 94 atoms, 134 bonds 
    310 
    311 > select clear
    312 
    313 Drag select of 
    314 Drag select of 94 atoms, 134 bonds 
    315 
    316 > name frozen Mocos sel
    317 
    318 > name frozen Mocos sel
    319 
    320 > show #1 cartoons
    321 
    322 > select clear
    323 
    324 > hide #3 cartoons
    325 
    326 > hide #2 cartoons
    327 
    328 > select co3
    329 
    330 Expected an objects specifier or a keyword 
    331 
    332 > show :co3
    333 
    334 > show :8p8
    335 
    336 > select clear
    337 
    338 Drag select of 100 atoms, 8 pseudobonds, 136 bonds 
    339 
    340 > name frozen Vcos sel
    341 
    342 > hide vcos
    343 
    344 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    345 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    346 
    347 > hide sel vcos
    348 
    349 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    350 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    351 
    352 > select Mocos
    353 
    354 94 atoms, 134 bonds, 1 model selected 
    355 
    356 > select vcos
    357 
    358 Expected an objects specifier or a keyword 
    359 
    360 > select Mocos
    361 
    362 94 atoms, 134 bonds, 1 model selected 
    363 
    364 > select Vcos
    365 
    366 100 atoms, 136 bonds, 8 pseudobonds, 2 models selected 
    367 
    368 > help user-defined selectors
    369 
    370 No help found for 'user-defined selectors' 
    371 
    372 > help selectors
    373 
    374 No help found for 'selectors' 
    375 
    376 > select clear
    377 
    378 > select #1
    379 
    380 18668 atoms, 16490 bonds, 37 pseudobonds, 2 models selected 
    381 
    382 > hide
    383 
    384 > help hide
    385 
    386 > select clear
    387 
    388 > hide #1
    389 
    390 > hide #1 cartoons
    391 
    392 > hide #1 stick
    393 
    394 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    395 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    396 
    397 > hide #1 atoms
    398 
    399 > show #1 atoms
    400 
    401 > show #1 cartoons
    402 
    403 > hide #1 atoms
    404 
    405 > show Mocos
    406 
    407 > hide Mocos
    408 
    409 > hide Vcos
    410 
    411 > show Vcos
    412 
    413 > show Mocos
    414 
    415 > show #2 cartoons
    416 
    417 > show #3 cartoons
    418 
    419 > color Mocos dodger blue
    420 
    421 > color Mocos by element
    422 
    423 Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero',
    424 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', or 'random' or a keyword 
    425 
    426 > color Mocos byelement
    427 
    428 > color Mo magenta
    429 
    430 > help script
    431 
    432 No help found for 'script' 
    433 
    434 > mmaker #2 to #1 bring #3
    435 
    436 Parameters 
    437 --- 
    438 Chain pairing | bb 
    439 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    440 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    441 SS fraction | 0.3 
    442 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    443 Gap extend | 1 
    444 SS matrix |  |  | H | S | O 
    445 ---|---|---|--- 
    446 H | 6 | -9 | -6 
    447 S |  | 6 | -6 
    448 O |  |  | 4 
    449 Iteration cutoff | 2 
    450  
    451 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with 5n6y, chain A (#2), sequence alignment
    452 score = 1047.6 
    453 RMSD between 375 pruned atom pairs is 0.968 angstroms; (across all 450 pairs:
    454 2.998) 
    455  
    456 
    457 > hide Mocos
    458 
    459 > show Mocos
    460 
    461 > hide Vcos
    462 
    463 > show Vcos
    464 
    465 > hide #2 atoms
    466 
    467 > show #2 atoms
    468 
    469 > hide #2 atoms
    470 
    471 > show Vcos
    472 
    473 > hide #2 atoms Vcos
    474 
    475 Expected ',' or a keyword 
    476 
    477 > hide #2 atoms, Vcos
    478 
    479 Missing or invalid "what" argument: Should be one of 'atoms', 'bonds',
    480 'cartoons', 'models', 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' 
    481 
    482 > hide #2 cartoon, Vcos
    483 
    484 Missing or invalid "what" argument: Should be one of 'atoms', 'bonds',
    485 'cartoons', 'models', 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' 
    486 
    487 > hide #2 atoms
    488 
    489 > hide Vcos
    490 
    491 > show vcos
    492 
    493 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    494 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    495 
    496 > show Vcos
    497 
    498 > hide #2 cartoons
    499 
    500 > hide Vcos
    501 
    502 > show #2 cartoons
    503 
    504 > show Vcos
    505 
    506 > help wait
    507 
    508 > open "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Script.txt"
    509 
    510 Unrecognized file suffix '.txt' 
    511 
    512 > open Script
    513 
    514 'Script' has no suffix 
    515 
    516 > open Script.txt
    517 
    518 Unrecognized file suffix '.txt' 
    519 
    520 > pwd
    521 
    522 Current working directory is: C:\ProgramData\ChimeraX 
    523 
    524 > help cd
    525 
    526 > cd C:\Users\dharr\Box\ChimeraX Movie
    527 
    528 Expected a keyword 
    529 
    530 > cd "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie"
    531 
    532 Current working directory is: C:\Users\dharr\Box\ChimeraX Movie 
    533 
    534 > open Script.txt
    535 
    536 Unrecognized file suffix '.txt' 
    537 
    538 > open Script
    539 
    540 'Script' has no suffix 
    541 
    542 > open Script format txt
    543 
    544 Invalid "format" argument: Should be one of 'aln', 'amira', 'apbs', 'bild',
    545 'brix', 'ccd', 'ccp4', 'cellpack', 'cmap', 'cmd', 'collada', 'compiled
    546 python', 'cube', 'dcd', 'delphi', 'dicom', 'dock', 'dsn6', 'dv', 'emanhdf',
    547 'fasta', 'fsc', 'gltf', 'gopenmol', 'hdf', 'hssp', 'html', 'ihm', 'images',
    548 'imagic', 'imodmap', 'ims', 'macmolplt', 'markers', 'mmcif', 'mmtf', 'mol2',
    549 'mrc', 'msf', 'netcdf', 'obj', 'pdb', 'pdbqt', 'pfam', 'pif', 'pir', 'priism',
    550 'profec', 'pseudobonds', 'python', 'rsf', 'sdf', 'segger', 'session', 'situs',
    551 'smiles', 'spider', 'stl', 'stockholm', 'storm', 'tom_em', 'trr', 'uhbd',
    552 'uniprot', 'vtk', 'web fetch', 'xplor', or 'xtc' 
    553 
    554 > help movie
    555 
    556 > open Script.cxc
    557 
    558 > hide #2 cartoons
    559 
    560 > hide Vcos
    561 
    562 > hide #3 cartoons
    563 
    564 > wait 2
    565 
    566 > hide #1 cartoons
    567 
    568 > hide Mocos
    569 
    570 > wait 10
    571 
    572 > show #2 cartoons
    573 
    574 > show Vcos
    575 
    576 > wait 2
    577 
    578 > hide #2 cartoons
    579 
    580 > hide Vcos
    581 
    582 > wait 5
    583 
    584 > show #3 cartoons
    585 
    586 executed Script.cxc 
    587 
    588 > open Script.cxc
    589 
    590 > hide #2 cartoons
    591 
    592 > hide Vcos
    593 
    594 > hide #3 cartoons
    595 
    596 > wait 2
    597 
    598 > hide #1 cartoons
    599 
    600 > hide Mocos
    601 
    602 > wait 10
    603 
    604 > show #2 cartoons
    605 
    606 > show Vcos
    607 
    608 > wait 2
    609 
    610 > hide #2 cartoons
    611 
    612 > hide Vcos
    613 
    614 > wait 5
    615 
    616 > show #3 cartoons
    617 
    618 executed Script.cxc 
    619 
    620 > open Script.cxc
    621 
    622 > hide #2 cartoons
    623 
    624 > hide Vcos
    625 
    626 > hide #3 cartoons
    627 
    628 > wait 2
    629 
    630 > hide #1 cartoons
    631 
    632 > hide Mocos
    633 
    634 > wait 10
    635 
    636 > show #2 cartoons
    637 
    638 > show Vcos
    639 
    640 > wait 2
    641 
    642 > hide #2 cartoons
    643 
    644 > hide Vcos
    645 
    646 > wait 5
    647 
    648 > show #3 cartoons
    649 
    650 executed Script.cxc 
    651 
    652 > open Script.cxc
    653 
    654 > hide #2 cartoons
    655 
    656 > hide Vcos
    657 
    658 > hide #3 cartoons
    659 
    660 > wait 2
    661 
    662 > hide #1 cartoons
    663 
    664 > hide Mocos
    665 
    666 > wait 10
    667 
    668 > show #2 cartoons
    669 
    670 > show Vcos
    671 
    672 > wait 2
    673 
    674 > hide #2 cartoons
    675 
    676 > hide Vcos
    677 
    678 > wait 5
    679 
    680 > show #3 cartoons
    681 
    682 executed Script.cxc 
    683 
    684 > open Script.cxc
    685 
    686 > hide #2 cartoons
    687 
    688 > hide Vcos
    689 
    690 > hide #3 cartoons
    691 
    692 > wait 2
    693 
    694 > hide #1 cartoons
    695 
    696 > hide Mocos
    697 
    698 > wait 10
    699 
    700 > show #2 cartoons
    701 
    702 > show Vcos
    703 
    704 > wait 2
    705 
    706 > hide #2 cartoons
    707 
    708 > hide Vcos
    709 
    710 > wait 5
    711 
    712 > show #3 cartoons
    713 
    714 executed Script.cxc 
    715 
    716 > open Script.cxc
    717 
    718 > hide #2 cartoons
    719 
    720 > hide Vcos
    721 
    722 > hide #3 cartoons
    723 
    724 > wait 2
    725 
    726 > hide #1 cartoons
    727 
    728 > hide Mocos
    729 
    730 > wait 10
    731 
    732 > show #2 cartoons
    733 
    734 > show Vcos
    735 
    736 > wait 2
    737 
    738 > hide #2 cartoons
    739 
    740 > hide Vcos
    741 
    742 > wait 5
    743 
    744 > show #3 cartoons
    745 
    746 executed Script.cxc 
    747 
    748 > open Script.cxc
    749 
    750 > show #1 cartoons
    751 
    752 > show Mocos
    753 
    754 > show #2 cartoons
    755 
    756 > show Vcos
    757 
    758 > show #3 cartoons
    759 
    760 > color #3 purple
    761 
    762 executed Script.cxc 
    763 
    764 > undo
    765 
    766 > help wait
    767 
    768 > open Script.cxc
    769 
    770 > show #1 cartoons
    771 
    772 > show Mocos
    773 
    774 > wait 500
    775 
    776 > show #2 cartoons
    777 
    778 > show Vcos
    779 
    780 > show #3 cartoons
    781 
    782 > color #3 purple
    783 
    784 executed Script.cxc 
    785 
    786 > open Script.cxc
    787 
    788 > show #1 cartoons
    789 
    790 > show Mocos
    791 
    792 > wait 500
    793 
    794 > show #2 cartoons
    795 
    796 > show Vcos
    797 
    798 > show #3 cartoons
    799 
    800 > color #3 purple
    801 
    802 executed Script.cxc 
    803 
    804 > open Script.cxc
    805 
    806 > hide #1 cartoons
    807 
    808 > hide Mocos
    809 
    810 > hide #2 cartoons
    811 
    812 > hide Vcos
    813 
    814 > wait 500
    815 
    816 > color #3 red
    817 
    818 > wait 500
    819 
    820 > color #3 purple
    821 
    822 executed Script.cxc 
    823 
    824 > open Script.cxc
    825 
    826 > hide #1 cartoons
    827 
    828 > hide Mocos
    829 
    830 > hide #2 cartoons
    831 
    832 > hide Vcos
    833 
    834 > wait 500
    835 
    836 > color #3 red
    837 
    838 > wait 500
    839 
    840 > color #3 purple
    841 
    842 executed Script.cxc 
    843 
    844 > roll y 3
    845 
    846 > roll y 3 120
    847 
    848 > roll y 3 120
    849 
    850 > roll y 3 600
    851 
    852 > roll y 3
    853 
    854 > roll y 3
    855 
    856 > roll y 3
    857 
    858 > roll y 3
    859 
    860 > roll y 3
    861 
    862 > roll y 3
    863 
    864 > roll y 3
    865 
    866 > roll y 3
    867 
    868 > roll y 3
    869 
    870 > stop
    871 
    872 > roll y 3 120
    873 
    874 > roll y 3 120
    875 
    876 > wait
    877 
    878 > roll y 4
    879 
    880 > roll y 1
    881 
    882 > stop
    883 
    884 > roll y 1
    885 
    886 > stop
    887 
    888 > roll y
    889 
    890 > stop
    891 
    892 > roll y 360
    893 
    894 > roll y 1 360
    895 
    896 > roll y 1 720
    897 
    898 > roll x 1 360
    899 
    900 > roll x 1 360
    901 
    902 > wait
    903 
    904 > roll y 1 360
    905 
    906 > roll x 1 360
    907 
    908 > roll y 1 360
    909 
    910 > roll x 1 360
    911 
    912 > roll y 1 360
    913 
    914 > color #3 red
    915 
    916 > wait 240
    917 
    918 > color #3 purple
    919 
    920 > open Script.cxc
    921 
    922 > hide #1 cartoons
    923 
    924 > hide Mocos
    925 
    926 > hide #2 cartoons
    927 
    928 > hide Vcos
    929 
    930 > wait 500
    931 
    932 > color #3 red
    933 
    934 > wait 500
    935 
    936 > color #3 purple
    937 
    938 executed Script.cxc 
    939 
    940 > open Script.cxc
    941 
    942 > hide #1 cartoons
    943 
    944 > hide Mocos
    945 
    946 > hide #2 cartoons
    947 
    948 > hide Vcos
    949 
    950 > wait 500
    951 
    952 > color #3 red
    953 
    954 > wait 500
    955 
    956 > color #3 purple
    957 
    958 executed Script.cxc 
    959 
    960 > open Script.cxc
    961 
    962 > color #3 pink
    963 
    964 > wait 50
    965 
    966 > color #3 red
    967 
    968 > wait 50
    969 
    970 > color #3 purple
    971 
    972 > wait 5
    973 
    974 > color #3 blue
    975 
    976 executed Script.cxc 
    977 
    978 > hide #3 cartoons
    979 
    980 > show #1 cartoons
    981 
    982 > show Mocos
    983 
    984 > color #1 cartoon blue
    985 
    986 Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero',
    987 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', or 'random' or a keyword 
    988 
    989 > color #1 bymodel blue
    990 
    991 Expected a collection of one of 'All', 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'labels',
    992 'pseudobonds', 'ribbons', 'rings', or 'surfaces' or a keyword 
    993 
    994 > color #1 dodger blue
    995 
    996 > color cartoon blue
    997 
    998 Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero',
    999 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', or 'random' or a keyword 
    1000 
    1001 > color #1 bymodel
    1002 
    1003 > help 2dlabels
    1004 
    1005 > view
    1006 
    1007 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/All 3 N2ase aligned.cxs"
    1008 
    1009 > select #1/a
    1010 
    1011 4420 atoms, 3931 bonds, 1 pseudobond, 2 models selected 
    1012 
    1013 > color #1/a dodger blue
    1014 
    1015 > color #1/c dodger blue
    1016 
    1017 > color #1/b cyan
    1018 
    1019 > color #1/d cyan
    1020 
    1021 > color Mocos byelement
    1022 
    1023 > select clear
    1024 
    1025 > color #1/a cartoon dodger blue
    1026 
    1027 Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero',
    1028 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', or 'random' or a keyword 
    1029 
    1030 > color cartoon #1/a dodger blue
    1031 
    1032 Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero',
    1033 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', or 'random' or a keyword 
    1034 
    1035 > help 2dlabel
    1036 
    1037 > hide #2
    1038 
    1039 > hide #1
    1040 
    1041 > hide #2 cartoons
    1042 
    1043 > hide Mocos
    1044 
    1045 > hide #2 cartoons
    1046 
    1047 > hide #2 ribbons
    1048 
    1049 > hide cartoons #2
    1050 
    1051 Expected ',' or a keyword 
    1052 
    1053 > hide #2 cartoons
    1054 
    1055 > hide #1 cartoons
    1056 
    1057 > show #2 cartoons
    1058 
    1059 > show Vcos
    1060 
    1061 > ui tool show "Color Actions"
    1062 
    1063 > hide #2 cartoons
    1064 
    1065 > hide Vcos
    1066 
    1067 > show #1 cartoons
    1068 
    1069 > show Mocos
    1070 
    1071 > select /b/d
    1072 
    1073 25674 atoms, 23796 bonds, 33 pseudobonds, 5 models selected 
    1074 
    1075 > color dodger blue
    1076 
    1077 > select /a/c
    1078 
    1079 18894 atoms, 17589 bonds, 18 pseudobonds, 5 models selected 
    1080 
    1081 > color cyan
    1082 
    1083 > select clear
    1084 
    1085 > select /b/d
    1086 
    1087 25674 atoms, 23796 bonds, 33 pseudobonds, 5 models selected 
    1088 
    1089 > color dodger blue
    1090 
    1091 > color /a/c cyan
    1092 
    1093 > color Mocos byelement
    1094 
    1095 > select clear
    1096 
    1097 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/All 3 N2ase aligned.cxs"
    1098 
    1099 > hide #1 cartoons
    1100 
    1101 > hide Mocos
    1102 
    1103 > show #2 cartoons
    1104 
    1105 > show #1 cartoons
    1106 
    1107 > hide #1 cartoons
    1108 
    1109 > color #2/a green
    1110 
    1111 > show Vcos
    1112 
    1113 > color Vcos byelement
    1114 
    1115 > color chartreuse
    1116 
    1117 > undo
    1118 
    1119 > color #2/a chartreuse
    1120 
    1121 > color #2/a pale green
    1122 
    1123 > color #2/b dark sea green
    1124 
    1125 > color #2/b medium sea green
    1126 
    1127 > color #2/b sea green
    1128 
    1129 > color #2/a light green
    1130 
    1131 > select up
    1132 
    1133 Nothing selected 
    1134 
    1135 > select up
    1136 
    1137 Nothing selected 
    1138 
    1139 > select up
    1140 
    1141 Nothing selected 
    1142 
    1143 > select up
    1144 
    1145 Nothing selected 
    1146 
    1147 > color #2/b dark sea green
    1148 
    1149 > color #2/a light green
    1150 
    1151 > color #2/a medium spring green
    1152 
    1153 > color #2/a light green
    1154 
    1155 > color #2/b medium sea green
    1156 
    1157 > color #2/c light green
    1158 
    1159 > color dark sea green
    1160 
    1161 > undo
    1162 
    1163 > color #2/c dark sea green
    1164 
    1165 > color #2/c light green
    1166 
    1167 > color #2/a dark sea green
    1168 
    1169 > color #2/a medium sea green
    1170 
    1171 > color #2/b forest green
    1172 
    1173 > color #2/d forest green
    1174 
    1175 > color #2/c medium sea green
    1176 
    1177 > color #2/e forest green
    1178 
    1179 > color #2/d medium sea green
    1180 
    1181 > color #2/f light green
    1182 
    1183 > color Vcos byelement
    1184 
    1185 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/All 3 N2ase aligned.cxs"
    1186 
    1187 > hide #2 cartoons
    1188 
    1189 > hide Vcos
    1190 
    1191 > show #3 cartoons
    1192 
    1193 > color #3/a/e light salmon
    1194 
    1195 > color #3/a/d light salmon
    1196 
    1197 > color #3/a/d tomato
    1198 
    1199 > color #3/a/d salmon
    1200 
    1201 > color #3/c/f pink
    1202 
    1203 > color #3/c/f light salmon
    1204 
    1205 > color #3/c/f light salmon
    1206 
    1207 > color #3/b/e tomato
    1208 
    1209 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/All 3 N2ase aligned_colored.cxs"
    1210 
    1211 > show #2 cartoons
    1212 
    1213 > show #1 cartoons
    1214 
    1215 > show Mocos
    1216 
    1217 > show Vcos
    1218 
    1219 > hide #3
    1220 
    1221 > hide #3 cartoons
    1222 
    1223 > hide #2 cartoons
    1224 
    1225 > hide #1 cartoons
    1226 
    1227 > hide mocos
    1228 
    1229 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    1230 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    1231 
    1232 > hide Mocos
    1233 
    1234 > hide Vcos
    1235 
    1236 > color #1 cartoon red
    1237 
    1238 Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero',
    1239 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', or 'random' or a keyword 
    1240 
    1241 > color #1/a red
    1242 
    1243 > show #1 cartoons
    1244 
    1245 > help pair
    1246 
    1247 No help found for 'pair' 
    1248 
    1249 > help ss
    1250 
    1251 No help found for 'ss' 
    1252 
    1253 > help 2dlabels
    1254 
    1255 > 2dlabels text "MoFe protein" color cyan size 24 font arial bold true
    1256 
    1257 > 2dlabels 4.1 size 42
    1258 
    1259 Expected 'all' or a 2d label name or a label models specifier or a keyword 
    1260 
    1261 > 2dlabels #4.1 size 42
    1262 
    1263 > ui mousemode right "move label"
    1264 
    1265 > 2dlabels #4.1 xpos 0.377 ypos 0.865
    1266 
    1267 > 2dlabels #4.1 xpos 0.381 ypos 0.878
    1268 
    1269 > 2dlabels #4.1 size 50
    1270 
    1271 > 2dlabels #4.1 xpos 0.363 ypos 0.881
    1272 
    1273 > 2dlabels #4.1 xpos 0.358 ypos 0.873
    1274 
    1275 > 2dlabels text "α2β2 heterotetramer" size 30 color cyan font arial bold true
    1276 
    1277 > 2dlabels #4.2 xpos 0.366 ypos 0.809
    1278 
    1279 > 2dlabels text "α2 color cyan β2 color dodger blue heterotetramer" size 30
    1280 > color cyan font arial bold true
    1281 
    1282 > close #4.3
    1283 
    1284 > select up
    1285 
    1286 Nothing selected 
    1287 
    1288 > select up
    1289 
    1290 Nothing selected 
    1291 
    1292 > select up
    1293 
    1294 Nothing selected 
    1295 
    1296 > 2dlabels text "PDB: 3U7Q" color cyan font arial size 20 bold true
    1297 
    1298 > 2dlabels #4.3 xpos 0.556 ypos 0.081
    1299 
    1300 > 2dlabels text β color dodger blue size 30 font arial bold true
    1301 
    1302 > 2dlabels #4.4 xpos 0.336 ypos 0.742
    1303 
    1304 > 2dlabels text β color dodger blue size 30 font arial bold true
    1305 
    1306 > 2dlabels #4.5 xpos 0.530 ypos 0.271
    1307 
    1308 > 2dlabels #4.5 xpos 0.502 ypos 0.081
    1309 
    1310 > 2dlabels #4.3 xpos 0.626 ypos 0.115
    1311 
    1312 > 2dlabels #4.5 xpos 0.561 ypos 0.077
    1313 
    1314 > 2dlabels text α color dodger blue size 30 font arial bold true
    1315 
    1316 > close #4.6
    1317 
    1318 > 2dlabels text α color dodger blue size 30 font arial bold true
    1319 
    1320 > close #4.6
    1321 
    1322 > 2dlabels text α color cyan size 30 font arial bold true
    1323 
    1324 > 2dlabels #4.6 xpos 0.178 ypos 0.205
    1325 
    1326 > 2dlabels text α color cyan size 30 font arial bold true
    1327 
    1328 > 2dlabels #4.7 xpos 0.643 ypos 0.720
    1329 
    1330 > show #2 cartoons
    1331 
    1332 > show Vcos
    1333 
    1334 > hide Vcos
    1335 
    1336 > show Vcos
    1337 
    1338 > show #3 cartoons
    1339 
    1340 > mmaker #2/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    1341 
    1342 Parameters 
    1343 --- 
    1344 Chain pairing | ss 
    1345 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    1346 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    1347 SS fraction | 0.3 
    1348 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    1349 Gap extend | 1 
    1350 SS matrix |  |  | H | S | O 
    1351 ---|---|---|--- 
    1352 H | 6 | -9 | -6 
    1353 S |  | 6 | -6 
    1354 O |  |  | 4 
    1355 Iteration cutoff | 2 
    1356  
    1357 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with 5n6y, chain A (#2), sequence alignment
    1358 score = 1047.6 
    1359 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with 5n6y, chain B (#2), sequence alignment
    1360 score = 966.3 
    1361 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with 5n6y, chain D (#2), sequence alignment
    1362 score = 1014.6 
    1363 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with 5n6y, chain E (#2), sequence alignment
    1364 score = 957.8 
    1365 RMSD between 1026 pruned atom pairs is 1.314 angstroms; (across all 1783
    1366 pairs: 3.281) 
    1367  
    1368 
    1369 > select #3/E
    1370 
    1371 3581 atoms, 3656 bonds, 1 model selected 
    1372 
    1373 > select #3/A
    1374 
    1375 3795 atoms, 3889 bonds, 1 model selected 
    1376 
    1377 > select #3/B
    1378 
    1379 3581 atoms, 3656 bonds, 1 model selected 
    1380 
    1381 > select #3/C
    1382 
    1383 917 atoms, 937 bonds, 1 model selected 
    1384 
    1385 > mmaker #3/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    1386 
    1387 Parameters 
    1388 --- 
    1389 Chain pairing | ss 
    1390 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    1391 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    1392 SS fraction | 0.3 
    1393 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    1394 Gap extend | 1 
    1395 SS matrix |  |  | H | S | O 
    1396 ---|---|---|--- 
    1397 H | 6 | -9 | -6 
    1398 S |  | 6 | -6 
    1399 O |  |  | 4 
    1400 Iteration cutoff | 2 
    1401  
    1402 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    1403 A (#3), sequence alignment score = 984.1 
    1404 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    1405 B (#3), sequence alignment score = 918.6 
    1406 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    1407 D (#3), sequence alignment score = 987.1 
    1408 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    1409 E (#3), sequence alignment score = 899.3 
    1410 RMSD between 461 pruned atom pairs is 1.310 angstroms; (across all 1769 pairs:
    1411 37.860) 
    1412  
    1413 
    1414 > hide Vcos
    1415 
    1416 > hide #2 cartoons
    1417 
    1418 > hide #3 cartoons
    1419 
    1420 > 2dlabels #4.5 xpos 0.566 ypos 0.093
    1421 
    1422 > 2dlabels #4.3 xpos 0.637 ypos 0.126
    1423 
    1424 > 2dlabels #4.4 xpos 0.334 ypos 0.735
    1425 
    1426 > 2dlabels #4.7 xpos 0.641 ypos 0.715
    1427 
    1428 > 2dlabels #4.3 xpos 0.638 ypos 0.126
    1429 
    1430 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/All 3 N2ase
    1431 > aligned_colored_labeled.cxs"
    1432 
    1433 > 2dlabels #4.6 xpos 0.189 ypos 0.202
    1434 
    1435 > 2dlabels #4.5 xpos 0.574 ypos 0.103
    1436 
    1437 > 2dlabels #4.7 xpos 0.637 ypos 0.714
    1438 
    1439 > 2dlabels #4.4 xpos 0.335 ypos 0.735
    1440 
    1441 > 2dlabels #4.7 xpos 0.637 ypos 0.716
    1442 
    1443 > hide 4.1
    1444 
    1445 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    1446 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    1447 
    1448 > hide #4.1
    1449 
    1450 > hide #4.2
    1451 
    1452 > hide #4.3
    1453 
    1454 > hide #4.4
    1455 
    1456 > hide #4.5
    1457 
    1458 > hide #4.6
    1459 
    1460 > hide #4.7
    1461 
    1462 > hide Mocos
    1463 
    1464 > hide #1 cartoons
    1465 
    1466 > show #2 cartoons
    1467 
    1468 > show Vcos
    1469 
    1470 > 2dlabels text "VFe protein" color medium sea green size 50 font arial bold
    1471 > true
    1472 
    1473 > 2dlabels #4.8 xpos 0.393 ypos 0.883
    1474 
    1475 > 2dlabels text α2β2 color medium sea green size 30 font arial bold true
    1476 
    1477 > close #4.9
    1478 
    1479 > 2dlabels text "α2β2 heterohexamer" color medium sea green size 30 font arial
    1480 > bold true
    1481 
    1482 > 2dlabels #4.9 xpos 0.385 ypos 0.821
    1483 
    1484 > 2dlabels text α color medium sea green size 30 font arial bold true
    1485 
    1486 > 2dlabels #4.10 xpos 0.345 ypos 0.100
    1487 
    1488 > 2dlabels text α color medium sea green size 30 font arial bold true
    1489 
    1490 > 2dlabels #4.11 xpos 0.605 ypos 0.752
    1491 
    1492 > 2dlabels text β color forest green size 30 font arial bold true
    1493 
    1494 > 2dlabels #4.12 xpos 0.370 ypos 0.762
    1495 
    1496 > 2dlabels text β color forest green size 30 font arial bold true
    1497 
    1498 > 2dlabels #4.13 xpos 0.589 ypos 0.106
    1499 
    1500 > 2dlabels text δ color light green size 30 font arial bold true
    1501 
    1502 > 2dlabels #4.14 xpos 0.760 ypos 0.808
    1503 
    1504 > 2dlabels text δ color light green size 30 font arial bold true
    1505 
    1506 > 2dlabels #4.15 xpos 0.164 ypos 0.125
    1507 
    1508 > 2dlabels text "PDB: 5N6Y" color medium sea green size 20 font arial bold
    1509 > true
    1510 
    1511 > 2dlabels #4.16 xpos 0.644 ypos 0.140
    1512 
    1513 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/All 3 N2ase
    1514 > aligned_colored_labeled.cxs"
    1515 
    1516 > hide #4.8,4.9.4.10,4.11,4.12
    1517 
    1518 > hide #4.8
    1519 
    1520 > hide #4.9
    1521 
    1522 > hide #4.10
    1523 
    1524 > hide #4.11
    1525 
    1526 > hide #4.12
    1527 
    1528 > hide #4.13
    1529 
    1530 > hide #4.14
    1531 
    1532 > hide #4.15
    1533 
    1534 > hide #4.16
    1535 
    1536 > hide Vcos
    1537 
    1538 > hide #2 cartoons
    1539 
    1540 > show #3 cartoons
    1541 
    1542 > select clear
    1543 
    1544 > select up
    1545 
    1546 Nothing selected 
    1547 
    1548 > select up
    1549 
    1550 Nothing selected 
    1551 
    1552 > select up
    1553 
    1554 Nothing selected 
    1555 
    1556 > 2dlabels text "FeFe protein" color salmon size 50 font arial bold true
    1557 
    1558 > 2dlabels #4.17 xpos 0.352 ypos 0.870
    1559 
    1560 > 2dlabels #4.1 xpos 0.356 ypos 0.875
    1561 
    1562 > 2dlabels #4.1 xpos 0.352 ypos 0.871
    1563 
    1564 > hide #4.1 models
    1565 
    1566 > 2dlabels text δ color light salmon size 50 font arial bold true
    1567 
    1568 > 2dlabels #4.18 xpos 0.753 ypos 0.799
    1569 
    1570 > close #4.18
    1571 
    1572 > 2dlabels text δ color light salmon size 30 font arial bold true
    1573 
    1574 > 2dlabels #4.18 xpos 0.758 ypos 0.784
    1575 
    1576 > 2dlabels text δ color light salmon size 30 font arial bold true
    1577 
    1578 > 2dlabels #4.19 xpos 0.167 ypos 0.106
    1579 
    1580 > 2dlabels text α color salmon size 30 font arial bold true
    1581 
    1582 > 2dlabels #4.20 xpos 0.585 ypos 0.760
    1583 
    1584 > 2dlabels text α color salmon size 30 font arial bold true
    1585 
    1586 > 2dlabels #4.21 xpos 0.342 ypos 0.099
    1587 
    1588 > 2dlabels text β color tomato size 30 font arial bold true
    1589 
    1590 > 2dlabels #4.22 xpos 0.587 ypos 0.113
    1591 
    1592 > 2dlabels text β color tomato size 30 font arial bold true
    1593 
    1594 > 2dlabels #4.23 xpos 0.377 ypos 0.757
    1595 
    1596 > 2dlabels text α2β2 color light salmon size 30 font arial bold true
    1597 
    1598 > close #4.24
    1599 
    1600 > 2dlabels text "α2β2 heterohexamer" color light salmon size 30 font arial
    1601 > bold true
    1602 
    1603 > close #4.24
    1604 
    1605 > 2dlabels text "α2β2 heterohexamer" color salmon size 30 font arial bold true
    1606 
    1607 > 2dlabels #4.24 xpos 0.356 ypos 0.823
    1608 
    1609 > 2dlabels text "Homology model to PDB: 5N6Y generated with SWISS-MODEL" color
    1610 > salmon size 20 font arial bold true
    1611 
    1612 > 2dlabels #4.13 xpos 0.586 ypos 0.076
    1613 
    1614 > undo
    1615 
    1616 > hide #4.1 target m
    1617 
    1618 > 2dlabels #4.13 xpos 0.587 ypos 0.113
    1619 
    1620 > hide #4.13 target m
    1621 
    1622 > 2dlabels #4.13 xpos 0.587 ypos 0.114
    1623 
    1624 > 2dlabels #4.13 xpos 0.572 ypos 0.082
    1625 
    1626 > 2dlabels #4.22 xpos 0.556 ypos 0.089
    1627 
    1628 > hide #4.13 models
    1629 
    1630 > 2dlabels #4.15 xpos 0.164 ypos 0.116
    1631 
    1632 > 2dlabels #4.15 xpos 0.141 ypos 0.101
    1633 
    1634 > 2dlabels #4.19 xpos 0.172 ypos 0.095
    1635 
    1636 > 2dlabels #4.15 xpos 0.158 ypos 0.106
    1637 
    1638 > hide #4.15 models
    1639 
    1640 > 2dlabels #4.10 xpos 0.344 ypos 0.120
    1641 
    1642 > 2dlabels #4.10 xpos 0.337 ypos 0.131
    1643 
    1644 > 2dlabels #4.21 xpos 0.348 ypos 0.117
    1645 
    1646 > 2dlabels #4.10 xpos 0.336 ypos 0.122
    1647 
    1648 > hide #4.17 models
    1649 
    1650 > hide #4.18 models
    1651 
    1652 > hide #4.19 models
    1653 
    1654 > hide #4.22 models
    1655 
    1656 > hide #4.23 models
    1657 
    1658 > hide #4.24 models
    1659 
    1660 > hide #4.25 models
    1661 
    1662 > hide #4.20 models
    1663 
    1664 > hide #4.21 models
    1665 
    1666 > hide #4.10 models
    1667 
    1668 > show #4.17 models
    1669 
    1670 > show #4.18 models
    1671 
    1672 > show #4.19 models
    1673 
    1674 > show #4.21 models
    1675 
    1676 > show #4.20 models
    1677 
    1678 > show #4.22 models
    1679 
    1680 > show #4.23 models
    1681 
    1682 > show #4.24 models
    1683 
    1684 > show #4.25 models
    1685 
    1686 > 2dlabels #4.25 xpos 0.250 ypos 0.050
    1687 
    1688 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/All 3 N2ase
    1689 > aligned_colored_labeled.cxs"
    1690 
    1691 > hide #!1 models
    1692 
    1693 > hide #!2 models
    1694 
    1695 > hide #3 models
    1696 
    1697 > hide #!4 models
    1698 
    1699 > hide #4.17 models
    1700 
    1701 > hide #4.18 models
    1702 
    1703 > hide #4.19 models
    1704 
    1705 > hide #4.20 models
    1706 
    1707 > hide #4.21 models
    1708 
    1709 > hide #4.22 models
    1710 
    1711 > hide #4.23 models
    1712 
    1713 > hide #4.24 models
    1714 
    1715 > hide #4.25 models
    1716 
    1717 > open Script.cxc
    1718 
    1719 > show #1 cartoons
    1720 
    1721 > show Mocos
    1722 
    1723 > wait 20
    1724 
    1725 > show #4.1
    1726 
    1727 > show #4.2
    1728 
    1729 > show #4.3
    1730 
    1731 > wait 20
    1732 
    1733 > show #4.6
    1734 
    1735 > wait 10
    1736 
    1737 > show #4.7
    1738 
    1739 > wait 10
    1740 
    1741 > show #4.4
    1742 
    1743 > wait 10
    1744 
    1745 > show #4.5
    1746 
    1747 > wait 10
    1748 
    1749 executed Script.cxc 
    1750 
    1751 > show #!1 models
    1752 
    1753 > show #!2 models
    1754 
    1755 > show #3 models
    1756 
    1757 > hide #!1 models
    1758 
    1759 > hide #!2 models
    1760 
    1761 > hide #3 models
    1762 
    1763 > hide #!4 models
    1764 
    1765 > hide #4.1 models
    1766 
    1767 > hide #4.2 models
    1768 
    1769 > hide #4.3 models
    1770 
    1771 > hide #4.4 models
    1772 
    1773 > hide #4.5 models
    1774 
    1775 > hide #4.6 models
    1776 
    1777 > hide #4.7 models
    1778 
    1779 > open Script.cxc
    1780 
    1781 > show #1 cartoons
    1782 
    1783 > show Mocos
    1784 
    1785 > wait 20
    1786 
    1787 > show #4.1
    1788 
    1789 > show #4.2
    1790 
    1791 > show #4.3
    1792 
    1793 > wait 20
    1794 
    1795 > show #4.6
    1796 
    1797 > wait 10
    1798 
    1799 > show #4.7
    1800 
    1801 > wait 10
    1802 
    1803 > show #4.4
    1804 
    1805 > wait 10
    1806 
    1807 > show #4.5
    1808 
    1809 > wait 10
    1810 
    1811 executed Script.cxc 
    1812 
    1813 > show #1 cartoons
    1814 
    1815 > show #1
    1816 
    1817 > show #!1 models
    1818 
    1819 > style #!1 stick
    1820 
    1821 Changed 18668 atom styles 
    1822 
    1823 > style #!1 stick
    1824 
    1825 Changed 18668 atom styles 
    1826 
    1827 > hide #!1 atoms
    1828 
    1829 > show Mocos
    1830 
    1831 > hide Mocos
    1832 
    1833 > hide #1 cartoons
    1834 
    1835 > hide #!4 models
    1836 
    1837 > hide #4.1 models
    1838 
    1839 > hide #4.2 models
    1840 
    1841 > hide #4.3 models
    1842 
    1843 > hide #4.4 models
    1844 
    1845 > hide #4.5 models
    1846 
    1847 > hide #4.6 models
    1848 
    1849 > hide #4.7 models
    1850 
    1851 > open Script.cxc
    1852 
    1853 > show #1 cartoons
    1854 
    1855 > show Mocos
    1856 
    1857 > wait 20
    1858 
    1859 > show #4.1
    1860 
    1861 > show #4.2
    1862 
    1863 > show #4.3
    1864 
    1865 > wait 20
    1866 
    1867 > show #4.6
    1868 
    1869 > wait 10
    1870 
    1871 > show #4.7
    1872 
    1873 > wait 10
    1874 
    1875 > show #4.4
    1876 
    1877 > wait 10
    1878 
    1879 > show #4.5
    1880 
    1881 > wait 10
    1882 
    1883 executed Script.cxc 
    1884 
    1885 > hide #!4 models
    1886 
    1887 > hide #4.1 models
    1888 
    1889 > hide #4.2 models
    1890 
    1891 > hide #4.3 models
    1892 
    1893 > hide #4.4 models
    1894 
    1895 > hide #4.5 models
    1896 
    1897 > hide #4.6 models
    1898 
    1899 > hide #4.7 models
    1900 
    1901 > hide Mocos
    1902 
    1903 > hide #1 cartoons
    1904 
    1905 > open Script.cxc
    1906 
    1907 > show #1 cartoons
    1908 
    1909 > show Mocos
    1910 
    1911 > wait 20
    1912 
    1913 > show #4.1
    1914 
    1915 > show #4.2
    1916 
    1917 > show #4.3
    1918 
    1919 > wait 20
    1920 
    1921 > show #4.6
    1922 
    1923 > wait 10
    1924 
    1925 > show #4.7
    1926 
    1927 > wait 10
    1928 
    1929 > show #4.4
    1930 
    1931 > wait 10
    1932 
    1933 > show #4.5
    1934 
    1935 > wait 10
    1936 
    1937 executed Script.cxc 
    1938 
    1939 > hide #1 cartoons
    1940 
    1941 > hide Mocos
    1942 
    1943 > hide #!4 models
    1944 
    1945 > hide #4.1 models
    1946 
    1947 > hide #4.2 models
    1948 
    1949 > hide #4.3 models
    1950 
    1951 > hide #4.4 models
    1952 
    1953 > hide #4.5 models
    1954 
    1955 > hide #4.6 models
    1956 
    1957 > hide #4.7 models
    1958 
    1959 > open Script.cxc
    1960 
    1961 > show #1 cartoons
    1962 
    1963 > show Mocos
    1964 
    1965 > wait 200
    1966 
    1967 > show #4.1
    1968 
    1969 > show #4.2
    1970 
    1971 > show #4.3
    1972 
    1973 > wait 200
    1974 
    1975 > show #4.6
    1976 
    1977 > wait 100
    1978 
    1979 > show #4.7
    1980 
    1981 > wait 100
    1982 
    1983 > show #4.4
    1984 
    1985 > wait 100
    1986 
    1987 > show #4.5
    1988 
    1989 > wait 100
    1990 
    1991 executed Script.cxc 
    1992 
    1993 > hide #!4 models
    1994 
    1995 > hide #4.1 models
    1996 
    1997 > hide #4.2 models
    1998 
    1999 > hide #4.3 models
    2000 
    2001 > hide #4.4 models
    2002 
    2003 > hide #4.5 models
    2004 
    2005 > hide #4.6 models
    2006 
    2007 > hide #4.7 models
    2008 
    2009 > hide #1 cartoons
    2010 
    2011 > hide Mocos
    2012 
    2013 > open Script.cxc
    2014 
    2015 > show #1 cartoons
    2016 
    2017 > show Mocos
    2018 
    2019 > wait 200
    2020 
    2021 > show #4.1
    2022 
    2023 > show #4.2
    2024 
    2025 > show #4.3
    2026 
    2027 > wait 200
    2028 
    2029 > show #4.6
    2030 
    2031 > wait 100
    2032 
    2033 > show #4.7
    2034 
    2035 > wait 100
    2036 
    2037 > show #4.4
    2038 
    2039 > wait 100
    2040 
    2041 > show #4.5
    2042 
    2043 > wait 100
    2044 
    2045 executed Script.cxc 
    2046 
    2047 > hide #4.7 models
    2048 
    2049 > hide #4.6 models
    2050 
    2051 > hide #4.1 models
    2052 
    2053 > hide #4.2 models
    2054 
    2055 > hide #!4 models
    2056 
    2057 > hide #4.3 models
    2058 
    2059 > hide #4.4 models
    2060 
    2061 > hide #4.5 models
    2062 
    2063 > show #4.5 models
    2064 
    2065 > hide #4.5 models
    2066 
    2067 > hide #!4 models
    2068 
    2069 > show #!4 models
    2070 
    2071 > hide Mocos
    2072 
    2073 > hide #1 cartoons
    2074 
    2075 > open Script.cxc
    2076 
    2077 > show #1 cartoons
    2078 
    2079 > show Mocos
    2080 
    2081 > wait 200
    2082 
    2083 > show #4.1
    2084 
    2085 > show #4.2
    2086 
    2087 > show #4.3
    2088 
    2089 > wait 200
    2090 
    2091 > show #4.6
    2092 
    2093 > wait 100
    2094 
    2095 > show #4.7
    2096 
    2097 > wait 100
    2098 
    2099 > show #4.4
    2100 
    2101 > wait 100
    2102 
    2103 > show #4.5
    2104 
    2105 > wait 100
    2106 
    2107 executed Script.cxc 
    2108 
    2109 > hide #!4 models
    2110 
    2111 > hide #4.1 models
    2112 
    2113 > hide #4.2 models
    2114 
    2115 > hide #4.3 models
    2116 
    2117 > hide #4.4 models
    2118 
    2119 > hide #4.5 models
    2120 
    2121 > hide #4.6 models
    2122 
    2123 > hide #4.7 models
    2124 
    2125 > hide Mocos
    2126 
    2127 > hide #1 cartoons
    2128 
    2129 > open Script.cxc
    2130 
    2131 > show #1 cartoons
    2132 
    2133 > show Mocos
    2134 
    2135 > wait 200
    2136 
    2137 > show #4.1
    2138 
    2139 > show #4.2
    2140 
    2141 > show #4.3
    2142 
    2143 > wait 200
    2144 
    2145 > show #4.6
    2146 
    2147 > wait 100
    2148 
    2149 > show #4.7
    2150 
    2151 > wait 100
    2152 
    2153 > show #4.4
    2154 
    2155 > wait 100
    2156 
    2157 > show #4.5
    2158 
    2159 > wait 100
    2160 
    2161 executed Script.cxc 
    2162 
    2163 > help roll
    2164 
    2165 > open Script.cxc
    2166 
    2167 > show #1 cartoons
    2168 
    2169 > show Mocos
    2170 
    2171 > wait 200
    2172 
    2173 > show #4.1
    2174 
    2175 > show #4.2
    2176 
    2177 > show #4.3
    2178 
    2179 > wait 200
    2180 
    2181 > show #4.6
    2182 
    2183 > wait 100
    2184 
    2185 > show #4.7
    2186 
    2187 > wait 100
    2188 
    2189 > show #4.4
    2190 
    2191 > wait 100
    2192 
    2193 > show #4.5
    2194 
    2195 > wait 100
    2196 
    2197 > hide #4.4
    2198 
    2199 > hide #4.5
    2200 
    2201 > hide #4.6
    2202 
    2203 > hide #4.7
    2204 
    2205 > wait 100
    2206 
    2207 > roll x 1 360
    2208 
    2209 > wait
    2210 
    2211 > roll y 1 360
    2212 
    2213 > wait
    2214 
    2215 executed Script.cxc 
    2216 
    2217 > hide #4.1 models
    2218 
    2219 > hide #4.2 models
    2220 
    2221 > hide #4.3 models
    2222 
    2223 > hide Mocos
    2224 
    2225 > hide #1 cartoons
    2226 
    2227 > open Script.cxc
    2228 
    2229 > show #1 cartoons
    2230 
    2231 > show Mocos
    2232 
    2233 > wait 200
    2234 
    2235 > show #4.1
    2236 
    2237 > show #4.2
    2238 
    2239 > show #4.3
    2240 
    2241 > wait 200
    2242 
    2243 > show #4.6
    2244 
    2245 > wait 100
    2246 
    2247 > show #4.7
    2248 
    2249 > wait 100
    2250 
    2251 > show #4.4
    2252 
    2253 > wait 100
    2254 
    2255 > show #4.5
    2256 
    2257 > wait 100
    2258 
    2259 > hide #4.4
    2260 
    2261 > hide #4.5
    2262 
    2263 > hide #4.6
    2264 
    2265 > hide #4.7
    2266 
    2267 > wait 100
    2268 
    2269 > roll x 1 360
    2270 
    2271 > wait
    2272 
    2273 > roll y 1 360
    2274 
    2275 > wait
    2276 
    2277 executed Script.cxc 
    2278 
    2279 > hide #4.1 models
    2280 
    2281 > hide #4.2 models
    2282 
    2283 > hide #4.3 models
    2284 
    2285 > hide #1 cartoons
    2286 
    2287 > hide Mocos
    2288 
    2289 > open Script.cxc
    2290 
    2291 > show #1 cartoons
    2292 
    2293 > show Mocos
    2294 
    2295 > wait 200
    2296 
    2297 > show #4.1
    2298 
    2299 > show #4.2
    2300 
    2301 > show #4.3
    2302 
    2303 > wait 200
    2304 
    2305 > show #4.6
    2306 
    2307 > wait 100
    2308 
    2309 > show #4.7
    2310 
    2311 > wait 100
    2312 
    2313 > show #4.4
    2314 
    2315 > wait 100
    2316 
    2317 > show #4.5
    2318 
    2319 > wait 100
    2320 
    2321 > hide #4.4
    2322 
    2323 > hide #4.5
    2324 
    2325 > hide #4.6
    2326 
    2327 > hide #4.7
    2328 
    2329 > wait 100
    2330 
    2331 > roll x 1 360
    2332 
    2333 > wait
    2334 
    2335 > roll y 1 360
    2336 
    2337 > wait
    2338 
    2339 > show #4.4
    2340 
    2341 > show #4.5
    2342 
    2343 > show #4.5
    2344 
    2345 > show #4.7
    2346 
    2347 executed Script.cxc 
    2348 
    2349 > show #4.6 models
    2350 
    2351 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/All 3 N2ase
    2352 > aligned_colored_labeled.cxs"
    2353 
    2354 > hide #!4 models
    2355 
    2356 > hide #4.1 models
    2357 
    2358 > hide #4.2 models
    2359 
    2360 > hide #4.3 models
    2361 
    2362 > hide #4.4 models
    2363 
    2364 > hide #4.5 models
    2365 
    2366 > hide #4.6 models
    2367 
    2368 > hide #4.7 models
    2369 
    2370 > hide Mocos
    2371 
    2372 > hide #1 cartoons
    2373 
    2374 > open Script.cxc
    2375 
    2376 > show #1 cartoons
    2377 
    2378 > show Mocos
    2379 
    2380 > wait 200
    2381 
    2382 > show #4.1
    2383 
    2384 > show #4.2
    2385 
    2386 > show #4.3
    2387 
    2388 > wait 200
    2389 
    2390 > show #4.6
    2391 
    2392 > wait 100
    2393 
    2394 > show #4.7
    2395 
    2396 > wait 100
    2397 
    2398 > show #4.4
    2399 
    2400 > wait 100
    2401 
    2402 > show #4.5
    2403 
    2404 > wait 100
    2405 
    2406 > hide #4.4
    2407 
    2408 > hide #4.5
    2409 
    2410 > hide #4.6
    2411 
    2412 > hide #4.7
    2413 
    2414 > wait 100
    2415 
    2416 > roll x 1 360
    2417 
    2418 > wait
    2419 
    2420 > roll y 1 360
    2421 
    2422 > wait
    2423 
    2424 > show #4.4
    2425 
    2426 > show #4.5
    2427 
    2428 > show #4.6
    2429 
    2430 > show #4.7
    2431 
    2432 executed Script.cxc 
    2433 
    2434 > hide #!4 models
    2435 
    2436 > hide #4.1 models
    2437 
    2438 > hide #4.2 models
    2439 
    2440 > hide #4.3 models
    2441 
    2442 > hide #4.4 models
    2443 
    2444 > hide #4.5 models
    2445 
    2446 > hide #4.6 models
    2447 
    2448 > hide #4.7 models
    2449 
    2450 > hide Mocos
    2451 
    2452 > hide #1 cartoons
    2453 
    2454 > open Script.cxc
    2455 
    2456 > show #1 cartoons
    2457 
    2458 > show Mocos
    2459 
    2460 > wait 200
    2461 
    2462 > show #4.1
    2463 
    2464 > show #4.2
    2465 
    2466 > show #4.3
    2467 
    2468 > wait 200
    2469 
    2470 > show #4.6
    2471 
    2472 > wait 100
    2473 
    2474 > show #4.7
    2475 
    2476 > wait 100
    2477 
    2478 > show #4.4
    2479 
    2480 > wait 100
    2481 
    2482 > show #4.5
    2483 
    2484 > wait 100
    2485 
    2486 > hide #4.4
    2487 
    2488 > hide #4.5
    2489 
    2490 > hide #4.6
    2491 
    2492 > hide #4.7
    2493 
    2494 > wait 100
    2495 
    2496 > roll x 1 360
    2497 
    2498 > wait
    2499 
    2500 > roll y 1 360
    2501 
    2502 > wait
    2503 
    2504 > show #4.4
    2505 
    2506 > show #4.5
    2507 
    2508 > show #4.6
    2509 
    2510 > show #4.7
    2511 
    2512 executed Script.cxc 
    2513 
    2514 > 2dlabels text α/U2207Aβ/U2207A
    2515 
    2516 > 2dlabels #4.26 xpos 0.792 ypos 0.480
    2517 
    2518 > close #4.26
    2519 
    2520 > 2dlabels text α/U2082β/U2082
    2521 
    2522 > close #4.26
    2523 
    2524 > 2dlabels text α/U208xβ/U2082
    2525 
    2526 > close #4.26
    2527 
    2528 > 2dlabels text α/U+2082β/U2082
    2529 
    2530 > close #4.26
    2531 
    2532 > 2dlabels text "α\\\U+2082β/U2082"
    2533 
    2534 > 2dlabels text hello⁺
    2535 
    2536 > hide #4.26 models
    2537 
    2538 > close #4.26
    2539 
    2540 > close #4.27
    2541 
    2542 > 2dlabels text 'α\U+2082
    2543 
    2544 Invalid "text" argument: incomplete quoted text 
    2545 
    2546 > 2dlabels text α₂
    2547 
    2548 > close #4.26
    2549 
    2550 > 2dlabels text α₂
    2551 
    2552 > 2dlabels #4.26 xpos 0.830 ypos 0.530
    2553 
    2554 > 2dlabels text α2
    2555 
    2556 > close #4.27
    2557 
    2558 > close #4.26
    2559 
    2560 > 2dlabels text "α\\\U+2082βȈ2"
    2561 
    2562 > 2dlabels text α₂ β\u+2082
    2563 
    2564 Expected a keyword 
    2565 
    2566 > 2dlabels text "α\\\U+2082 β₂"
    2567 
    2568 > close #4.26
    2569 
    2570 > close #4.27
    2571 
    2572 > 2dlabels text "α\\\U+2082 β₂"
    2573 
    2574 > 2dlabels text α₂ β\U+2082
    2575 
    2576 Expected a keyword 
    2577 
    2578 > 2dlabels text "α\\\U+2082β₂"
    2579 
    2580 > close #4.26
    2581 
    2582 > close #4.27
    2583 
    2584 > 2dlabels text "α\\\U+2082β₂"
    2585 
    2586 > 2dlabels text "α\\\U+2082 β\\\U+2082 heterotetramer"
    2587 
    2588 > close #4.26
    2589 
    2590 > 2dlabels text α₂
    2591 
    2592 > close #4.26
    2593 
    2594 > close #4.27
    2595 
    2596 > 2dlabels text α₂ color cyan size 30 bold true font arial
    2597 
    2598 > 2dlabels #4.26 xpos 0.366 ypos 0.811
    2599 
    2600 > 2dlabels text β₂ color cyan size 30 bold true font arial
    2601 
    2602 > 2dlabels #4.27 xpos 0.398 ypos 0.810
    2603 
    2604 > 2dlabels text heterotetramer color cyan size 30 bold true font arial
    2605 
    2606 > 2dlabels #4.28 xpos 0.436 ypos 0.809
    2607 
    2608 > close #4.2
    2609 
    2610 > select #4.26
    2611 
    2612 1 model selected 
    2613 
    2614 > select #4.27
    2615 
    2616 1 model selected 
    2617 
    2618 > select #4.28
    2619 
    2620 1 model selected 
    2621 
    2622 > select #4.27
    2623 
    2624 1 model selected 
    2625 
    2626 > select #4.28
    2627 
    2628 1 model selected 
    2629 
    2630 > select #4.27
    2631 
    2632 1 model selected 
    2633 
    2634 > select clear
    2635 
    2636 > select clear
    2637 
    2638 > select clear
    2639 
    2640 Drag select of 
    2641 Drag select of 
    2642 Drag select of 
    2643 
    2644 > select #4.26
    2645 
    2646 1 model selected 
    2647 
    2648 > ui tool show "Model Panel"
    2649 
    2650 > view #4.28 clip false
    2651 
    2652 > view #4.28 clip false
    2653 
    2654 > view #4.28 clip false
    2655 
    2656 > undo
    2657 
    2658 > undo
    2659 
    2660 > undo
    2661 
    2662 > help model panel
    2663 
    2664 modeller comparative targets [block true or false] [multichain true or false]
    2665 [customScript name of a file to open/read] [distRestraints name of a file to
    2666 open/read] [executableLocation name of a file to open/read] [fast true or
    2667 false] [hetPreserve true or false] [hydrogens true or false] [licenseKey a
    2668 password] [numModels an integer] [showGui true or false] [tempPath name of a
    2669 folder to open/read] [thoroughOpt true or false] [waterPreserve true or false] 
    2670 — Use Modeller to generate comparative model 
    2671 targets: some [alignment-id:]sequence-name-or-number
    2672 
    2673 modeller scores structures [block true or false] [licenseKey a password]
    2674 [refresh true or false] 
    2675 — Fetch scores for models from Modeller web site 
    2676 
    2677 > help deactivate
    2678 
    2679 No help found for 'deactivate' 
    2680 
    2681 > deactivate
    2682 
    2683 Unknown command: deactivate 
    2684 
    2685 > lock
    2686 
    2687 Unknown command: lock 
    2688 
    2689 > help lock
    2690 
    2691 No help found for 'lock' 
    2692 
    2693 > hide #4.28 models
    2694 
    2695 > hide #4.27 models
    2696 
    2697 > hide #4.26 models
    2698 
    2699 > ~select #4.26
    2700 
    2701 Nothing selected 
    2702 
    2703 > show #4.26 models
    2704 
    2705 > show #4.27 models
    2706 
    2707 > show #4.28 models
    2708 
    2709 > hide #4.28 models
    2710 
    2711 > hide #4.27 models
    2712 
    2713 > hide #4.26 models
    2714 
    2715 > hide #4.1 models
    2716 
    2717 > show #4.8 models
    2718 
    2719 > show #4.24 models
    2720 
    2721 > show #4.9 models
    2722 
    2723 > hide #4.24 models
    2724 
    2725 > select up
    2726 
    2727 Nothing selected 
    2728 
    2729 > select up
    2730 
    2731 Nothing selected 
    2732 
    2733 > 2dlabels text α₂ color medium sea green size 30 bold true font arial
    2734 
    2735 > 2dlabels #4.2 xpos 0.385 ypos 0.822
    2736 
    2737 > 2dlabels text β₂ color medium sea green size 30 bold true font arial
    2738 
    2739 > 2dlabels #4.29 xpos 0.417 ypos 0.822
    2740 
    2741 > 2dlabels text heterohexamer color medium sea green size 30 bold true font
    2742 > arial
    2743 
    2744 > 2dlabels #4.30 xpos 0.455 ypos 0.822
    2745 
    2746 > close #4.9
    2747 
    2748 > hide #4.8 models
    2749 
    2750 > show #4.17 models
    2751 
    2752 > hide #4.29 models
    2753 
    2754 > hide #4.30 models
    2755 
    2756 > show #4.29 models
    2757 
    2758 > hide #4.29 models
    2759 
    2760 > show #4.30 models
    2761 
    2762 > hide #4.2 models
    2763 
    2764 > show #4.2 models
    2765 
    2766 > hide #4.2 models
    2767 
    2768 > close #4.2
    2769 
    2770 > show #4.29 models
    2771 
    2772 > select up
    2773 
    2774 Nothing selected 
    2775 
    2776 > 2dlabels text α₂ color salmon size 30 bold true font arial
    2777 
    2778 > 2dlabels #4.2 xpos 0.385 ypos 0.821
    2779 
    2780 > hide #4.2 models
    2781 
    2782 > show #4.2 models
    2783 
    2784 > 2dlabels text β₂ color salmon size 30 bold true font arial
    2785 
    2786 > 2dlabels #4.9 xpos 0.417 ypos 0.822
    2787 
    2788 > 2dlabels text heterohexamer color salmon size 30 bold true font arial
    2789 
    2790 > 2dlabels #4.31 xpos 0.455 ypos 0.822
    2791 
    2792 > 2dlabels #4.1 xpos 0.352 ypos 0.870
    2793 
    2794 > hide #4.1 models
    2795 
    2796 > hide #4.2 models
    2797 
    2798 > show #4.2 models
    2799 
    2800 > hide #4.3 models
    2801 
    2802 > show #4.3 models
    2803 
    2804 > 2dlabels #4.1 xpos 0.354 ypos 0.870
    2805 
    2806 > 2dlabels #4.1 xpos 0.370 ypos 0.874
    2807 
    2808 > 2dlabels #4.17 xpos 0.381 ypos 0.865
    2809 
    2810 > 2dlabels #4.1 xpos 0.379 ypos 0.864
    2811 
    2812 > hide #4.2 models
    2813 
    2814 > hide #4.9 models
    2815 
    2816 > close #4.29
    2817 
    2818 > close #4.30
    2819 
    2820 > hide #4.17 models
    2821 
    2822 > hide #4.31 models
    2823 
    2824 > show #4.28 models
    2825 
    2826 > show #4.26 models
    2827 
    2828 > show #4.27 models
    2829 
    2830 > 2dlabels #4.1 xpos 0.357 ypos 0.863
    2831 
    2832 > hide #!4 models
    2833 
    2834 > hide #4.1 models
    2835 
    2836 > hide #4.3 models
    2837 
    2838 > show #!4 models
    2839 
    2840 > hide #4.4 models
    2841 
    2842 > hide #4.5 models
    2843 
    2844 > hide #4.6 models
    2845 
    2846 > hide #4.7 models
    2847 
    2848 > hide #4.26 models
    2849 
    2850 > hide #4.27 models
    2851 
    2852 > hide #4.28 models
    2853 
    2854 > hide Mocos
    2855 
    2856 > hide #1 cartoons
    2857 
    2858 > open Script.cxc
    2859 
    2860 > show #1 cartoons
    2861 
    2862 > show Mocos
    2863 
    2864 > wait 200
    2865 
    2866 > show #4.1
    2867 
    2868 > show #4.2
    2869 
    2870 > show #4.3
    2871 
    2872 > wait 200
    2873 
    2874 > show #4.6
    2875 
    2876 > wait 100
    2877 
    2878 > show #4.7
    2879 
    2880 > wait 100
    2881 
    2882 > show #4.4
    2883 
    2884 > wait 100
    2885 
    2886 > show #4.5
    2887 
    2888 > wait 100
    2889 
    2890 > hide #4.4
    2891 
    2892 > hide #4.5
    2893 
    2894 > hide #4.6
    2895 
    2896 > hide #4.7
    2897 
    2898 > wait 100
    2899 
    2900 > roll x 1 360
    2901 
    2902 > wait
    2903 
    2904 > roll y 1 360
    2905 
    2906 > wait
    2907 
    2908 > show #4.4
    2909 
    2910 > show #4.5
    2911 
    2912 > show #4.6
    2913 
    2914 > show #4.7
    2915 
    2916 executed Script.cxc 
    2917 
    2918 > help roll
    2919 
    2920 > cofr
    2921 
    2922 Center of rotation: -4.05 -4.4166 21.151 center of view 
    2923 
    2924 > cofr centerOfView
    2925 
    2926 > roll x 1 360
    2927 
    2928 > cofr frontCenter
    2929 
    2930 > roll x 1 360
    2931 
    2932 > roll y 1 360
    2933 
    2934 > roll x 1 360
    2935 
    2936 > roll y 1 360
    2937 
    2938 > roll x 1 360
    2939 
    2940 > hide #4.2 models
    2941 
    2942 > hide #4.1 models
    2943 
    2944 > hide #4.3 models
    2945 
    2946 > hide #4.4 models
    2947 
    2948 > hide #4.5 models
    2949 
    2950 > hide #4.6 models
    2951 
    2952 > hide #4.7 models
    2953 
    2954 > hide #1 cartoons
    2955 
    2956 > hide Mocos
    2957 
    2958 > open Script.cxc
    2959 
    2960 > show #1 cartoons
    2961 
    2962 > show Mocos
    2963 
    2964 > wait 100
    2965 
    2966 > show #4.1
    2967 
    2968 > show #4.3
    2969 
    2970 > wait 100
    2971 
    2972 > show #4.26
    2973 
    2974 > show #4.6
    2975 
    2976 > wait 50
    2977 
    2978 > show #4.7
    2979 
    2980 > wait 50
    2981 
    2982 > show #4.4
    2983 
    2984 > wait 50
    2985 
    2986 > show #4.5
    2987 
    2988 > wait 50
    2989 
    2990 > hide #4.4
    2991 
    2992 > hide #4.5
    2993 
    2994 > hide #4.6
    2995 
    2996 > hide #4.7
    2997 
    2998 > wait 100
    2999 
    3000 > roll x 1 360
    3001 
    3002 > wait
    3003 
    3004 > roll y 1 360
    3005 
    3006 > wait
    3007 
    3008 > show #4.4
    3009 
    3010 > show #4.5
    3011 
    3012 > show #4.6
    3013 
    3014 > show #4.7
    3015 
    3016 executed Script.cxc 
    3017 
    3018 > hide #4.1 models
    3019 
    3020 > hide #4.3 models
    3021 
    3022 > hide #4.4 models
    3023 
    3024 > hide #4.5 models
    3025 
    3026 > hide #4.6 models
    3027 
    3028 > hide #4.7 models
    3029 
    3030 > hide #4.26 models
    3031 
    3032 > hide Mocos
    3033 
    3034 > hide #1 cartoons
    3035 
    3036 > open Script.cxc
    3037 
    3038 > show #1 cartoons
    3039 
    3040 > show Mocos
    3041 
    3042 > wait 100
    3043 
    3044 > show #4.1
    3045 
    3046 > show #4.3
    3047 
    3048 > wait 100
    3049 
    3050 > show #4.26
    3051 
    3052 > show #4.6
    3053 
    3054 > wait 50
    3055 
    3056 > show #4.7
    3057 
    3058 > wait 50
    3059 
    3060 > show #4.4
    3061 
    3062 > wait 50
    3063 
    3064 > show #4.5
    3065 
    3066 > wait 50
    3067 
    3068 > hide #4.4
    3069 
    3070 > hide #4.5
    3071 
    3072 > hide #4.6
    3073 
    3074 > hide #4.7
    3075 
    3076 > wait 100
    3077 
    3078 > roll x 1 360
    3079 
    3080 > wait
    3081 
    3082 > roll y 1 360
    3083 
    3084 > wait
    3085 
    3086 > show #4.4
    3087 
    3088 > show #4.5
    3089 
    3090 > show #4.6
    3091 
    3092 > show #4.7
    3093 
    3094 executed Script.cxc 
    3095 
    3096 > hide #4.1 models
    3097 
    3098 > hide #4.3 models
    3099 
    3100 > hide #4.4 models
    3101 
    3102 > hide #4.5 models
    3103 
    3104 > hide #4.6 models
    3105 
    3106 > hide #4.7 models
    3107 
    3108 > hide #4.26 models
    3109 
    3110 > hide Mocos
    3111 
    3112 > hide #1 cartoons
    3113 
    3114 > open Script.cxc
    3115 
    3116 > show #1 cartoons
    3117 
    3118 > show Mocos
    3119 
    3120 > wait 100
    3121 
    3122 > show #4.1
    3123 
    3124 > show #4.3
    3125 
    3126 > wait 100
    3127 
    3128 > show #4.26
    3129 
    3130 > show #4.27
    3131 
    3132 > show #4.28
    3133 
    3134 > wait 100
    3135 
    3136 > show #4.6
    3137 
    3138 > wait 50
    3139 
    3140 > show #4.7
    3141 
    3142 > wait 50
    3143 
    3144 > show #4.4
    3145 
    3146 > wait 50
    3147 
    3148 > show #4.5
    3149 
    3150 > wait 50
    3151 
    3152 > hide #4.4
    3153 
    3154 > hide #4.5
    3155 
    3156 > hide #4.6
    3157 
    3158 > hide #4.7
    3159 
    3160 > wait 100
    3161 
    3162 > roll x 1 360
    3163 
    3164 > wait
    3165 
    3166 > roll y 1 360
    3167 
    3168 > wait
    3169 
    3170 > show #4.4
    3171 
    3172 > show #4.5
    3173 
    3174 > show #4.6
    3175 
    3176 > show #4.7
    3177 
    3178 executed Script.cxc 
    3179 
    3180 > roll x 1 360
    3181 
    3182 > roll y 1 360
    3183 
    3184 > 2dlabels #4.4 xpos 0.340 ypos 0.737
    3185 
    3186 > open Script.cxc
    3187 
    3188 > show #1 cartoons
    3189 
    3190 > show Mocos
    3191 
    3192 > wait 100
    3193 
    3194 > show #4.1
    3195 
    3196 > show #4.3
    3197 
    3198 > wait 100
    3199 
    3200 > show #4.26
    3201 
    3202 > show #4.27
    3203 
    3204 > show #4.28
    3205 
    3206 > wait 100
    3207 
    3208 > show #4.6
    3209 
    3210 > wait 50
    3211 
    3212 > show #4.7
    3213 
    3214 > wait 50
    3215 
    3216 > show #4.4
    3217 
    3218 > wait 50
    3219 
    3220 > show #4.5
    3221 
    3222 > wait 50
    3223 
    3224 > hide #4.4
    3225 
    3226 > hide #4.5
    3227 
    3228 > hide #4.6
    3229 
    3230 > hide #4.7
    3231 
    3232 > wait 100
    3233 
    3234 > roll x 1 360
    3235 
    3236 > wait
    3237 
    3238 > roll y 1 360
    3239 
    3240 > wait
    3241 
    3242 > show #4.4
    3243 
    3244 > show #4.5
    3245 
    3246 > show #4.6
    3247 
    3248 > show #4.7
    3249 
    3250 > wait 200
    3251 
    3252 > hide Mocos
    3253 
    3254 > hide #1 cartoons
    3255 
    3256 > hide #4.1
    3257 
    3258 > hide #4.3
    3259 
    3260 > hide #4.26
    3261 
    3262 > hide #4.27
    3263 
    3264 > hide #4.28
    3265 
    3266 > hide #4.6
    3267 
    3268 > hide #4.4
    3269 
    3270 > hide #4.5
    3271 
    3272 > hide #4.7
    3273 
    3274 executed Script.cxc 
    3275 
    3276 > help movie
    3277 
    3278 > open Script.cxc
    3279 
    3280 > movie record
    3281 
    3282 > show #1 cartoons
    3283 
    3284 > show Mocos
    3285 
    3286 > wait 100
    3287 
    3288 > show #4.1
    3289 
    3290 > show #4.3
    3291 
    3292 > wait 100
    3293 
    3294 > show #4.26
    3295 
    3296 > show #4.27
    3297 
    3298 > show #4.28
    3299 
    3300 > wait 100
    3301 
    3302 > show #4.6
    3303 
    3304 > wait 50
    3305 
    3306 > show #4.7
    3307 
    3308 > wait 50
    3309 
    3310 > show #4.4
    3311 
    3312 > wait 50
    3313 
    3314 > show #4.5
    3315 
    3316 > wait 50
    3317 
    3318 > hide #4.4
    3319 
    3320 > hide #4.5
    3321 
    3322 > hide #4.6
    3323 
    3324 > hide #4.7
    3325 
    3326 > wait 100
    3327 
    3328 > roll x 1 360
    3329 
    3330 > wait
    3331 
    3332 > roll y 1 360
    3333 
    3334 > wait
    3335 
    3336 > show #4.4
    3337 
    3338 > show #4.5
    3339 
    3340 > show #4.6
    3341 
    3342 > show #4.7
    3343 
    3344 > wait 200
    3345 
    3346 > hide Mocos
    3347 
    3348 > hide #1 cartoons
    3349 
    3350 > hide #4.1
    3351 
    3352 > hide #4.3
    3353 
    3354 > hide #4.26
    3355 
    3356 > hide #4.27
    3357 
    3358 > hide #4.28
    3359 
    3360 > hide #4.6
    3361 
    3362 > hide #4.4
    3363 
    3364 > hide #4.5
    3365 
    3366 > hide #4.7
    3367 
    3368 > movie encode C:\Users\dharr/Desktop/movietest.mp4
    3369 
    3370 Movie saved to C:\Users\dharr/Desktop/movietest.mp4 
    3371  
    3372 executed Script.cxc 
    3373 
    3374 > show Mocos
    3375 
    3376 > 2dlabels text P-cluster size 20 color cyan bold true font arial
    3377 
    3378 > 2dlabels #4.29 xpos 0.206 ypos 0.569
    3379 
    3380 > 2dlabels text P-cluster size 20 color cyan bold true font arial
    3381 
    3382 > 2dlabels #4.30 xpos 0.694 ypos 0.363
    3383 
    3384 > 2dlabels text 'FeMoco with R-homocitrate size 20 color cyan bold true font
    3385 > arial
    3386 
    3387 Invalid "text" argument: incomplete quoted text 
    3388 
    3389 > 2dlabels text "FeMoco with R-homocitrate" size 20 color cyan bold true font
    3390 > arial
    3391 
    3392 > 2dlabels #4.32 xpos 0.672 ypos 0.534
    3393 
    3394 > 2dlabels text "FeMoco with R-homocitrate" size 20 color cyan bold true font
    3395 > arial
    3396 
    3397 > 2dlabels #4.33 xpos 0.046 ypos 0.361
    3398 
    3399 > select Mo
    3400 
    3401 2 atoms, 1 model selected 
    3402 
    3403 > color Mo magenta
    3404 
    3405 > select clear
    3406 
    3407 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/All 3 N2ase
    3408 > aligned_colored_labeled.cxs"
    3409 
    3410 opened ChimeraX session 
    3411 
    3412 > hide #4.1 models
    3413 
    3414 > hide #4.2 models
    3415 
    3416 > hide #4.3 models
    3417 
    3418 > hide #4.5 models
    3419 
    3420 > hide #4.4 models
    3421 
    3422 > hide #4.6 models
    3423 
    3424 > hide #4.7 models
    3425 
    3426 > hide #4.8 models
    3427 
    3428 > hide #4.10 models
    3429 
    3430 > hide #4.9 models
    3431 
    3432 > hide #4.11 models
    3433 
    3434 > hide #4.12 models
    3435 
    3436 > hide #4.13 models
    3437 
    3438 > hide #4.14 models
    3439 
    3440 > hide #4.15 models
    3441 
    3442 > hide #4.16 models
    3443 
    3444 > hide #4.17 models
    3445 
    3446 > hide #4.18 models
    3447 
    3448 > hide #4.19 models
    3449 
    3450 > hide #4.20 models
    3451 
    3452 > hide #4.21 models
    3453 
    3454 > hide #4.22 models
    3455 
    3456 > hide #4.23 models
    3457 
    3458 > hide #4.24 models
    3459 
    3460 > hide #4.25 models
    3461 
    3462 > hide #4.26 models
    3463 
    3464 > hide #4.28 models
    3465 
    3466 > hide #4.27 models
    3467 
    3468 > hide #4.29 models
    3469 
    3470 > hide #4.30 models
    3471 
    3472 > hide #4.31 models
    3473 
    3474 > hide #4.32 models
    3475 
    3476 > hide #4.33 models
    3477 
    3478 > 2dlabels text P-cluster size 20 color medium sea green font arial bold true
    3479 
    3480 > hide Mocos
    3481 
    3482 > show Vcos
    3483 
    3484 > show #!2 models
    3485 
    3486 > 2dlabels #4.34 xpos 0.678 ypos 0.338
    3487 
    3488 > show Vcos
    3489 
    3490 > 2dlabels text P-cluster size 20 color medium sea green font arial bold true
    3491 
    3492 > 2dlabels #4.35 xpos 0.207 ypos 0.555
    3493 
    3494 > 2dlabels text "FeVco with R-homocitrate" size 20 color medium sea green font
    3495 > arial bold true
    3496 
    3497 > 2dlabels #4.36 xpos 0.672 ypos 0.510
    3498 
    3499 > 2dlabels text "FeVco with R-homocitrate" size 20 color medium sea green font
    3500 > arial bold true
    3501 
    3502 > 2dlabels #4.37 xpos 0.062 ypos 0.372
    3503 
    3504 > 2dlabels #4.36 xpos 0.670 ypos 0.510
    3505 
    3506 > 2dlabels #4.36 xpos 0.674 ypos 0.521
    3507 
    3508 > 2dlabels #4.34 xpos 0.682 ypos 0.335
    3509 
    3510 > 2dlabels #4.33 xpos 0.047 ypos 0.371
    3511 
    3512 > hide #4.33 models
    3513 
    3514 > hide #4.34 models
    3515 
    3516 > hide #4.35 models
    3517 
    3518 > hide #4.36 models
    3519 
    3520 > hide #4.37 models
    3521 
    3522 > show #3 models
    3523 
    3524 > hide #3 cartoons
    3525 
    3526 > hide Vcos
    3527 
    3528 > help movie
    3529 
    3530 > open Script.cxc
    3531 
    3532 > movie record
    3533 
    3534 > show #1 cartoons
    3535 
    3536 > show Mocos
    3537 
    3538 > wait 100
    3539 
    3540 > show #4.1
    3541 
    3542 > show #4.2
    3543 
    3544 > wait 100
    3545 
    3546 > show #4.24
    3547 
    3548 > show #4.25
    3549 
    3550 > show #4.26
    3551 
    3552 > wait 100
    3553 
    3554 > show #4.5
    3555 
    3556 > wait 50
    3557 
    3558 > show #4.6
    3559 
    3560 > wait 50
    3561 
    3562 > show #4.3
    3563 
    3564 > wait 50
    3565 
    3566 > show #4.4
    3567 
    3568 > wait 50
    3569 
    3570 > hide #4.4
    3571 
    3572 > hide #4.5
    3573 
    3574 > hide #4.3
    3575 
    3576 > hide #4.4
    3577 
    3578 > wait 100
    3579 
    3580 > roll x 1 360
    3581 
    3582 > wait
    3583 
    3584 > roll y 1 360
    3585 
    3586 > wait
    3587 
    3588 > show #4.4
    3589 
    3590 > show #4.5
    3591 
    3592 > show #4.3
    3593 
    3594 > show #4.4
    3595 
    3596 > wait 200
    3597 
    3598 > hide #1 cartoons
    3599 
    3600 > hide #4.1
    3601 
    3602 > hide #4.2
    3603 
    3604 > hide #4.24
    3605 
    3606 > hide #4.25
    3607 
    3608 > hide #4.26
    3609 
    3610 > hide #4.5
    3611 
    3612 > hide #4.6
    3613 
    3614 > hide #4.3
    3615 
    3616 > hide #4.4
    3617 
    3618 > wait 100
    3619 
    3620 > show #4.30
    3621 
    3622 > show #4.31
    3623 
    3624 > show #4.32
    3625 
    3626 > show #4.33
    3627 
    3628 > wait 100
    3629 
    3630 > hide Mocos
    3631 
    3632 > hide #4.30
    3633 
    3634 > hide #4.31
    3635 
    3636 > hide #4.32
    3637 
    3638 > hide #4.33
    3639 
    3640 > wait 100
    3641 
    3642 > show #2 cartoons
    3643 
    3644 > show Vcos
    3645 
    3646 > wait 100
    3647 
    3648 > show #4.7
    3649 
    3650 > show #4.14
    3651 
    3652 > wait 100
    3653 
    3654 > show #4.27
    3655 
    3656 > show #4.28
    3657 
    3658 > show #4.29
    3659 
    3660 > wait 100
    3661 
    3662 > show #4.18
    3663 
    3664 > wait 50
    3665 
    3666 > show #4.19
    3667 
    3668 > wait 50
    3669 
    3670 > show #4.20
    3671 
    3672 > wait 50
    3673 
    3674 > show #4.21
    3675 
    3676 > wait 50
    3677 
    3678 > show #4.16
    3679 
    3680 > wait 50
    3681 
    3682 > show #4.17
    3683 
    3684 > wait 50
    3685 
    3686 > hide #4.18
    3687 
    3688 > hide #4.19
    3689 
    3690 > hide #4.20
    3691 
    3692 > hide #4.21
    3693 
    3694 > hide #4.16
    3695 
    3696 > hide #4.17
    3697 
    3698 > wait 100
    3699 
    3700 > roll x 1 360
    3701 
    3702 > wait
    3703 
    3704 > roll y 1 360
    3705 
    3706 > wait
    3707 
    3708 > show #4.18
    3709 
    3710 > show #4.19
    3711 
    3712 > show #4.20
    3713 
    3714 > show #4.21
    3715 
    3716 > show #4.16
    3717 
    3718 > show #4.17
    3719 
    3720 > wait 200
    3721 
    3722 > hide #2 cartoons
    3723 
    3724 > hide #4.7
    3725 
    3726 > hide #4.14
    3727 
    3728 > hide #4.27
    3729 
    3730 > hide #4.28
    3731 
    3732 > hide #4.29
    3733 
    3734 > hide #4.18
    3735 
    3736 > hide #4.19
    3737 
    3738 > hide #4.20
    3739 
    3740 > hide #4.21
    3741 
    3742 > hide #4.16
    3743 
    3744 > hide #4.17
    3745 
    3746 > wait 100
    3747 
    3748 > show #4.34
    3749 
    3750 > show #4.35
    3751 
    3752 > show #4.36
    3753 
    3754 > show #4.37
    3755 
    3756 > wait 100
    3757 
    3758 > hide Vcos
    3759 
    3760 > hide #4.34
    3761 
    3762 > hide #4.35
    3763 
    3764 > hide #4.36
    3765 
    3766 > hide #4.37
    3767 
    3768 > wait 100
    3769 
    3770 > show #3 cartoons
    3771 
    3772 > wait 100
    3773 
    3774 > show #4.15
    3775 
    3776 > show #4.23
    3777 
    3778 > wait 100
    3779 
    3780 > show #4.27
    3781 
    3782 > show #4.28
    3783 
    3784 > show #4.29
    3785 
    3786 > wait 100
    3787 
    3788 > show #4.18
    3789 
    3790 > wait 50
    3791 
    3792 > show #4.19
    3793 
    3794 > wait 50
    3795 
    3796 > show #4.20
    3797 
    3798 > wait 50
    3799 
    3800 > show #4.21
    3801 
    3802 > wait 50
    3803 
    3804 > show #4.16
    3805 
    3806 > wait 50
    3807 
    3808 > show #4.17
    3809 
    3810 > wait 50
    3811 
    3812 > hide #4.18
    3813 
    3814 > hide #4.19
    3815 
    3816 > hide #4.20
    3817 
    3818 > hide #4.21
    3819 
    3820 > hide #4.16
    3821 
    3822 > hide #4.17
    3823 
    3824 > roll x 1 360
    3825 
    3826 > wait
    3827 
    3828 > roll y 1 360
    3829 
    3830 > wait
    3831 
    3832 > show #4.18
    3833 
    3834 > show #4.19
    3835 
    3836 > show #4.20
    3837 
    3838 > show #4.21
    3839 
    3840 > show #4.16
    3841 
    3842 > show #4.17
    3843 
    3844 > wait 100
    3845 
    3846 > hide #3 cartoons
    3847 
    3848 > hide #4.15
    3849 
    3850 > hide #4.23
    3851 
    3852 > hide #4.27
    3853 
    3854 > hide #4.28
    3855 
    3856 > hide #4.29
    3857 
    3858 > hide #4.18
    3859 
    3860 > hide #4.19
    3861 
    3862 > hide #4.20
    3863 
    3864 > hide #4.21
    3865 
    3866 > hide #4.16
    3867 
    3868 > hide #4.17
    3869 
    3870 > hide #4.18
    3871 
    3872 > hide #4.19
    3873 
    3874 > hide #4.20
    3875 
    3876 > hide #4.21
    3877 
    3878 > hide #4.16
    3879 
    3880 > hide #4.17
    3881 
    3882 > move #3 x 160;move #1 x -160;show #1 cartoon;show Mocos;show #2 cartoon;show
    3883 > Vcos;show #3 cartoon;wait 100
    3884 
    3885 Missing or invalid "axis" argument: Axis argument requires 2 atoms, got 16588
    3886 atoms 
    3887 
    3888 > show #1 cartoons
    3889 
    3890 > show #2 cartoons
    3891 
    3892 > show #3 cartoons
    3893 
    3894 > help move
    3895 
    3896 > move x 160 #3
    3897 
    3898 Expected an integer >= 1 or a keyword 
    3899 
    3900 > help move
    3901 
    3902 > move x 160 models #3
    3903 
    3904 > move x -160 models #1
    3905 
    3906 > move x 160 models #1
    3907 
    3908 > move x -160 models #3
    3909 
    3910 > hide models #1
    3911 
    3912 Expected ',' or a keyword 
    3913 
    3914 > hide #1 cartoons
    3915 
    3916 > hide #2 cartoons
    3917 
    3918 > hide #3 cartoons
    3919 
    3920 > open Script.cxc
    3921 
    3922 > movie record
    3923 
    3924 Already recording a movie 
    3925 
    3926 > stop
    3927 
    3928 > movie stop
    3929 
    3930 > open Script.cxc
    3931 
    3932 > movie record
    3933 
    3934 > show #1 cartoons
    3935 
    3936 > show Mocos
    3937 
    3938 > wait 100
    3939 
    3940 > show #4.1
    3941 
    3942 > show #4.2
    3943 
    3944 > wait 100
    3945 
    3946 > show #4.24
    3947 
    3948 > show #4.25
    3949 
    3950 > show #4.26
    3951 
    3952 > wait 100
    3953 
    3954 > show #4.5
    3955 
    3956 > wait 50
    3957 
    3958 > show #4.6
    3959 
    3960 > wait 50
    3961 
    3962 > show #4.3
    3963 
    3964 > wait 50
    3965 
    3966 > show #4.4
    3967 
    3968 > wait 50
    3969 
    3970 > hide #4.4
    3971 
    3972 > hide #4.5
    3973 
    3974 > hide #4.3
    3975 
    3976 > hide #4.4
    3977 
    3978 > wait 100
    3979 
    3980 > roll x 1 360
    3981 
    3982 > wait
    3983 
    3984 > roll y 1 360
    3985 
    3986 > wait
    3987 
    3988 > show #4.4
    3989 
    3990 > show #4.5
    3991 
    3992 > show #4.3
    3993 
    3994 > show #4.4
    3995 
    3996 > wait 200
    3997 
    3998 > hide #1 cartoons
    3999 
    4000 > hide #4.1
    4001 
    4002 > hide #4.2
    4003 
    4004 > hide #4.24
    4005 
    4006 > hide #4.25
    4007 
    4008 > hide #4.26
    4009 
    4010 > hide #4.5
    4011 
    4012 > hide #4.6
    4013 
    4014 > hide #4.3
    4015 
    4016 > hide #4.4
    4017 
    4018 > wait 100
    4019 
    4020 > show #4.30
    4021 
    4022 > show #4.31
    4023 
    4024 > show #4.32
    4025 
    4026 > show #4.33
    4027 
    4028 > wait 100
    4029 
    4030 > hide Mocos
    4031 
    4032 > hide #4.30
    4033 
    4034 > hide #4.31
    4035 
    4036 > hide #4.32
    4037 
    4038 > hide #4.33
    4039 
    4040 > wait 100
    4041 
    4042 > show #2 cartoons
    4043 
    4044 > show Vcos
    4045 
    4046 > wait 100
    4047 
    4048 > show #4.7
    4049 
    4050 > show #4.14
    4051 
    4052 > wait 100
    4053 
    4054 > show #4.27
    4055 
    4056 > show #4.28
    4057 
    4058 > show #4.29
    4059 
    4060 > wait 100
    4061 
    4062 > show #4.18
    4063 
    4064 > wait 50
    4065 
    4066 > show #4.19
    4067 
    4068 > wait 50
    4069 
    4070 > show #4.20
    4071 
    4072 > wait 50
    4073 
    4074 > show #4.21
    4075 
    4076 > wait 50
    4077 
    4078 > show #4.16
    4079 
    4080 > wait 50
    4081 
    4082 > show #4.17
    4083 
    4084 > wait 50
    4085 
    4086 > hide #4.18
    4087 
    4088 > hide #4.19
    4089 
    4090 > hide #4.20
    4091 
    4092 > hide #4.21
    4093 
    4094 > hide #4.16
    4095 
    4096 > hide #4.17
    4097 
    4098 > wait 100
    4099 
    4100 > roll x 1 360
    4101 
    4102 > wait
    4103 
    4104 > roll y 1 360
    4105 
    4106 > wait
    4107 
    4108 > show #4.18
    4109 
    4110 > show #4.19
    4111 
    4112 > show #4.20
    4113 
    4114 > show #4.21
    4115 
    4116 > show #4.16
    4117 
    4118 > show #4.17
    4119 
    4120 > wait 200
    4121 
    4122 > hide #2 cartoons
    4123 
    4124 > hide #4.7
    4125 
    4126 > hide #4.14
    4127 
    4128 > hide #4.27
    4129 
    4130 > hide #4.28
    4131 
    4132 > hide #4.29
    4133 
    4134 > hide #4.18
    4135 
    4136 > hide #4.19
    4137 
    4138 > hide #4.20
    4139 
    4140 > hide #4.21
    4141 
    4142 > hide #4.16
    4143 
    4144 > hide #4.17
    4145 
    4146 > wait 100
    4147 
    4148 > show #4.34
    4149 
    4150 > show #4.35
    4151 
    4152 > show #4.36
    4153 
    4154 > show #4.37
    4155 
    4156 > wait 100
    4157 
    4158 > hide Vcos
    4159 
    4160 > hide #4.34
    4161 
    4162 > hide #4.35
    4163 
    4164 > hide #4.36
    4165 
    4166 > hide #4.37
    4167 
    4168 > wait 100
    4169 
    4170 > show #3 cartoons
    4171 
    4172 > wait 100
    4173 
    4174 > show #4.15
    4175 
    4176 > show #4.23
    4177 
    4178 > wait 100
    4179 
    4180 > show #4.27
    4181 
    4182 > show #4.28
    4183 
    4184 > show #4.29
    4185 
    4186 > wait 100
    4187 
    4188 > show #4.18
    4189 
    4190 > wait 50
    4191 
    4192 > show #4.19
    4193 
    4194 > wait 50
    4195 
    4196 > show #4.20
    4197 
    4198 > wait 50
    4199 
    4200 > show #4.21
    4201 
    4202 > wait 50
    4203 
    4204 > show #4.16
    4205 
    4206 > wait 50
    4207 
    4208 > show #4.17
    4209 
    4210 > wait 50
    4211 
    4212 > hide #4.18
    4213 
    4214 > hide #4.19
    4215 
    4216 > hide #4.20
    4217 
    4218 > hide #4.21
    4219 
    4220 > hide #4.16
    4221 
    4222 > hide #4.17
    4223 
    4224 > roll x 1 360
    4225 
    4226 > wait
    4227 
    4228 > roll y 1 360
    4229 
    4230 > wait
    4231 
    4232 > show #4.18
    4233 
    4234 > show #4.19
    4235 
    4236 > show #4.20
    4237 
    4238 > show #4.21
    4239 
    4240 > show #4.16
    4241 
    4242 > show #4.17
    4243 
    4244 > wait 100
    4245 
    4246 > hide #3 cartoons
    4247 
    4248 > hide #4.15
    4249 
    4250 > hide #4.23
    4251 
    4252 > hide #4.27
    4253 
    4254 > hide #4.28
    4255 
    4256 > hide #4.29
    4257 
    4258 > hide #4.18
    4259 
    4260 > hide #4.19
    4261 
    4262 > hide #4.20
    4263 
    4264 > hide #4.21
    4265 
    4266 > hide #4.16
    4267 
    4268 > hide #4.17
    4269 
    4270 > hide #4.18
    4271 
    4272 > hide #4.19
    4273 
    4274 > hide #4.20
    4275 
    4276 > hide #4.21
    4277 
    4278 > hide #4.16
    4279 
    4280 > hide #4.17
    4281 
    4282 > move x 160 models #3
    4283 
    4284 > move x -160 models #1
    4285 
    4286 > show #1 cartoons
    4287 
    4288 > show Mocos
    4289 
    4290 > show #2 cartoons
    4291 
    4292 > show Vcos
    4293 
    4294 > show #3 cartoons
    4295 
    4296 > wait 100
    4297 
    4298 > mmaker #2/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    4299 
    4300 Parameters 
    4301 --- 
    4302 Chain pairing | ss 
    4303 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    4304 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    4305 SS fraction | 0.3 
    4306 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    4307 Gap extend | 1 
    4308 SS matrix |  |  | H | S | O 
    4309 ---|---|---|--- 
    4310 H | 6 | -9 | -6 
    4311 S |  | 6 | -6 
    4312 O |  |  | 4 
    4313 Iteration cutoff | 2 
    4314  
    4315 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with 5n6y, chain A (#2), sequence alignment
    4316 score = 1047.6 
    4317 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with 5n6y, chain B (#2), sequence alignment
    4318 score = 966.3 
    4319 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with 5n6y, chain D (#2), sequence alignment
    4320 score = 1014.6 
    4321 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with 5n6y, chain E (#2), sequence alignment
    4322 score = 957.8 
    4323 RMSD between 1026 pruned atom pairs is 1.314 angstroms; (across all 1783
    4324 pairs: 3.281) 
    4325  
    4326 
    4327 > wait 100
    4328 
    4329 > roll x 1 360
    4330 
    4331 > wait
    4332 
    4333 > roll y 1 360
    4334 
    4335 > wait
    4336 
    4337 > movie encode C:\Users\dharr/Desktop/testmovie.mp4
    4338 
    4339 Movie saved to C:\Users\dharr/Desktop/testmovie.mp4 
    4340  
    4341 executed Script.cxc 
    4342 
    4343 > mmaker #3/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    4344 
    4345 Parameters 
    4346 --- 
    4347 Chain pairing | ss 
    4348 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    4349 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    4350 SS fraction | 0.3 
    4351 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    4352 Gap extend | 1 
    4353 SS matrix |  |  | H | S | O 
    4354 ---|---|---|--- 
    4355 H | 6 | -9 | -6 
    4356 S |  | 6 | -6 
    4357 O |  |  | 4 
    4358 Iteration cutoff | 2 
    4359  
    4360 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    4361 A (#3), sequence alignment score = 984.1 
    4362 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    4363 B (#3), sequence alignment score = 918.6 
    4364 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    4365 D (#3), sequence alignment score = 987.1 
    4366 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    4367 E (#3), sequence alignment score = 899.3 
    4368 RMSD between 461 pruned atom pairs is 1.310 angstroms; (across all 1769 pairs:
    4369 37.860) 
    4370  
    4371 
    4372 > hide Mocos
    4373 
    4374 > hide Vcos
    4375 
    4376 > hide #2 cartoons
    4377 
    4378 > hide #3 cartoons
    4379 
    4380 > show Mocos
    4381 
    4382 > show #4.1 models
    4383 
    4384 > show #4.2 models
    4385 
    4386 > 2dlabels #4.1 xpos 0.331 ypos 0.844
    4387 
    4388 > show #4.24 models
    4389 
    4390 > show #4.25 models
    4391 
    4392 > show #4.26 models
    4393 
    4394 > show #4.3 models
    4395 
    4396 > show #4.4 models
    4397 
    4398 > show #4.5 models
    4399 
    4400 > show #4.6 models
    4401 
    4402 > 2dlabels #4.5 xpos 0.210 ypos 0.165
    4403 
    4404 > 2dlabels #4.4 xpos 0.585 ypos 0.120
    4405 
    4406 > 2dlabels #4.6 xpos 0.638 ypos 0.732
    4407 
    4408 > 2dlabels #4.3 xpos 0.336 ypos 0.761
    4409 
    4410 > 2dlabels #4.1 xpos 0.349 ypos 0.858
    4411 
    4412 > 2dlabels #4.2 xpos 0.641 ypos 0.154
    4413 
    4414 > 2dlabels #4.5 xpos 0.216 ypos 0.157
    4415 
    4416 > 2dlabels #4.3 xpos 0.340 ypos 0.764
    4417 
    4418 > 2dlabels #4.6 xpos 0.628 ypos 0.752
    4419 
    4420 > 2dlabels #4.1 xpos 0.353 ypos 0.858
    4421 
    4422 > hide #4.1 models
    4423 
    4424 > hide #4.2 models
    4425 
    4426 > hide #4.3 models
    4427 
    4428 > hide #4.4 models
    4429 
    4430 > hide #4.5 models
    4431 
    4432 > hide #4.6 models
    4433 
    4434 > hide #4.24 models
    4435 
    4436 > hide #4.25 models
    4437 
    4438 > hide #4.26 models
    4439 
    4440 > hide #2 cartoons
    4441 
    4442 > hide #1 cartoons
    4443 
    4444 > hide Mocos
    4445 
    4446 > show #2 cartoons
    4447 
    4448 > show Vcos
    4449 
    4450 > show #4.7 models
    4451 
    4452 > show #4.8 models
    4453 
    4454 > show #4.9 models
    4455 
    4456 > show #4.10 models
    4457 
    4458 > show #4.11 models
    4459 
    4460 > show #4.12 models
    4461 
    4462 > show #4.13 models
    4463 
    4464 > show #4.14 models
    4465 
    4466 > 2dlabels #4.12 xpos 0.760 ypos 0.796
    4467 
    4468 > 2dlabels #4.9 xpos 0.599 ypos 0.779
    4469 
    4470 > 2dlabels #4.11 xpos 0.591 ypos 0.124
    4471 
    4472 > 2dlabels #4.8 xpos 0.344 ypos 0.121
    4473 
    4474 > 2dlabels #4.13 xpos 0.157 ypos 0.100
    4475 
    4476 > 2dlabels #4.2 xpos 0.643 ypos 0.154
    4477 
    4478 > 2dlabels #4.14 xpos 0.654 ypos 0.156
    4479 
    4480 > 2dlabels #4.2 xpos 0.643 ypos 0.145
    4481 
    4482 > 2dlabels #4.10 xpos 0.354 ypos 0.788
    4483 
    4484 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/All 3 N2ase
    4485 > aligned_colored_labeled.cxs"
    4486 
    4487 > 2dlabels text α₂ color medium sea green size 30 bold true font arial
    4488 
    4489 > 2dlabels #4.38 xpos 0.395 ypos 0.841
    4490 
    4491 > 2dlabels text β₂ color medium sea green size 30 bold true font arial
    4492 
    4493 > 2dlabels #4.39 xpos 0.428 ypos 0.841
    4494 
    4495 > 2dlabels text δ₂ color medium sea green size 30 bold true font arial
    4496 
    4497 > 2dlabels #4.40 xpos 0.460 ypos 0.839
    4498 
    4499 > 2dlabels #4.1 xpos 0.353 ypos 0.863
    4500 
    4501 > 2dlabels #4.1 xpos 0.354 ypos 0.859
    4502 
    4503 > 2dlabels #4.7 xpos 0.388 ypos 0.883
    4504 
    4505 > hide #4.1 models
    4506 
    4507 > 2dlabels text heterohexamer color medium sea green size 30 bold true font
    4508 > arial
    4509 
    4510 > 2dlabels #4.41 xpos 0.496 ypos 0.838
    4511 
    4512 > 2dlabels #4.1 xpos 0.351 ypos 0.859
    4513 
    4514 > 2dlabels #4.22 xpos 0.354 ypos 0.823
    4515 
    4516 > 2dlabels #4.22 xpos 0.354 ypos 0.823
    4517 
    4518 > hide #4.22 models
    4519 
    4520 > 2dlabels #4.1 xpos 0.353 ypos 0.862
    4521 
    4522 > 2dlabels #4.1 xpos 0.357 ypos 0.867
    4523 
    4524 > 2dlabels #4.22 xpos 0.354 ypos 0.816
    4525 
    4526 > 2dlabels #4.1 xpos 0.357 ypos 0.870
    4527 
    4528 > 2dlabels #4.1 xpos 0.358 ypos 0.873
    4529 
    4530 > 2dlabels #4.15 xpos 0.379 ypos 0.869
    4531 
    4532 > 2dlabels #4.22 xpos 0.364 ypos 0.794
    4533 
    4534 > 2dlabels #4.25 xpos 0.399 ypos 0.784
    4535 
    4536 > 2dlabels #4.27 xpos 0.374 ypos 0.792
    4537 
    4538 > 2dlabels #4.38 xpos 0.377 ypos 0.841
    4539 
    4540 > 2dlabels #4.28 xpos 0.417 ypos 0.804
    4541 
    4542 > 2dlabels #4.15 xpos 0.377 ypos 0.869
    4543 
    4544 > 2dlabels #4.39 xpos 0.409 ypos 0.842
    4545 
    4546 > 2dlabels #4.26 xpos 0.435 ypos 0.799
    4547 
    4548 > 2dlabels #4.29 xpos 0.456 ypos 0.806
    4549 
    4550 > 2dlabels #4.15 xpos 0.375 ypos 0.879
    4551 
    4552 > 2dlabels #4.40 xpos 0.442 ypos 0.841
    4553 
    4554 > 2dlabels #4.41 xpos 0.481 ypos 0.838
    4555 
    4556 > 2dlabels #4.21 xpos 0.366 ypos 0.739
    4557 
    4558 > 2dlabels #4.22 xpos 0.056 ypos 0.874
    4559 
    4560 > 2dlabels #4.24 xpos 0.362 ypos 0.816
    4561 
    4562 > 2dlabels #4.27 xpos 0.377 ypos 0.841
    4563 
    4564 > 2dlabels #4.25 xpos 0.391 ypos 0.778
    4565 
    4566 > 2dlabels #4.28 xpos 0.410 ypos 0.842
    4567 
    4568 > 2dlabels #4.29 xpos 0.481 ypos 0.838
    4569 
    4570 > select up
    4571 
    4572 Nothing selected 
    4573 
    4574 > 2dlabels text δ₂ color salmon size 30 bold true font arial
    4575 
    4576 > 2dlabels #4.42 xpos 0.442 ypos 0.841
    4577 
    4578 > hide #4.1 models
    4579 
    4580 > hide #4.2 models
    4581 
    4582 > hide #4.7 models
    4583 
    4584 > hide #4.8 models
    4585 
    4586 > hide #4.11 models
    4587 
    4588 > hide #4.10 models
    4589 
    4590 > hide #4.9 models
    4591 
    4592 > hide #4.12 models
    4593 
    4594 > hide #4.13 models
    4595 
    4596 > hide #4.14 models
    4597 
    4598 > hide #4.15 models
    4599 
    4600 > hide #4.21 models
    4601 
    4602 > hide #4.24 models
    4603 
    4604 > hide #4.22 models
    4605 
    4606 > hide #4.25 models
    4607 
    4608 > hide #4.26 models
    4609 
    4610 > hide #4.27 models
    4611 
    4612 > hide #4.28 models
    4613 
    4614 > hide #4.29 models
    4615 
    4616 > hide #4.42 models
    4617 
    4618 > hide #4.38 models
    4619 
    4620 > hide #4.39 models
    4621 
    4622 > hide #4.40 models
    4623 
    4624 > hide #4.41 models
    4625 
    4626 > hide #2 cartoons
    4627 
    4628 > hide Vcos
    4629 
    4630 > show Mocos
    4631 
    4632 > show #1 cartoons
    4633 
    4634 > show #4.1 models
    4635 
    4636 > show #4.2 models
    4637 
    4638 > show #4.3 models
    4639 
    4640 > show #4.4 models
    4641 
    4642 > show #4.5 models
    4643 
    4644 > show #4.6 models
    4645 
    4646 > show #4.24 models
    4647 
    4648 > show #4.25 models
    4649 
    4650 > show #4.26 models
    4651 
    4652 > 2dlabels #4.25 xpos 0.394 ypos 0.816
    4653 
    4654 > 2dlabels #4.26 xpos 0.434 ypos 0.815
    4655 
    4656 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/All 3 N2ase
    4657 > aligned_colored_labeled.cxs"
    4658 
    4659 > hide #1 cartoons
    4660 
    4661 > hide Mocos
    4662 
    4663 > hide #4.2 models
    4664 
    4665 > hide #4.1 models
    4666 
    4667 > hide #4.3 models
    4668 
    4669 > hide #4.4 models
    4670 
    4671 > hide #4.5 models
    4672 
    4673 > hide #4.6 models
    4674 
    4675 > hide #4.24 models
    4676 
    4677 > hide #4.25 models
    4678 
    4679 > hide #4.26 models
    4680 
    4681 > show #2 cartoons
    4682 
    4683 > show Vcos
    4684 
    4685 > show #4.7 models
    4686 
    4687 > show #4.8 models
    4688 
    4689 > show #4.9 models
    4690 
    4691 > show #4.10 models
    4692 
    4693 > show #4.11 models
    4694 
    4695 > show #4.12 models
    4696 
    4697 > show #4.13 models
    4698 
    4699 > show #4.14 models
    4700 
    4701 > show #4.34 models
    4702 
    4703 > hide #4.34 models
    4704 
    4705 > show #4.38 models
    4706 
    4707 > show #4.39 models
    4708 
    4709 > show #4.40 models
    4710 
    4711 > show #4.41 models
    4712 
    4713 > 2dlabels #4.29 xpos 0.483 ypos 0.810
    4714 
    4715 > 2dlabels #4.41 xpos 0.481 ypos 0.837
    4716 
    4717 > 2dlabels #4.1 xpos 0.358 ypos 0.913
    4718 
    4719 > 2dlabels #4.1 xpos 0.358 ypos 0.924
    4720 
    4721 > 2dlabels #4.7 xpos 0.389 ypos 0.889
    4722 
    4723 > hide #4.29 models
    4724 
    4725 > hide #4.38 models
    4726 
    4727 > hide #4.39 models
    4728 
    4729 > hide #4.40 models
    4730 
    4731 > hide #4.41 models
    4732 
    4733 > hide #4.7 models
    4734 
    4735 > hide #4.8 models
    4736 
    4737 > hide #4.9 models
    4738 
    4739 > hide #4.10 models
    4740 
    4741 > hide #4.11 models
    4742 
    4743 > hide #4.12 models
    4744 
    4745 > hide #4.13 models
    4746 
    4747 > hide #4.14 models
    4748 
    4749 > show #1 cartoons
    4750 
    4751 > show #4.24 models
    4752 
    4753 > show #4.25 models
    4754 
    4755 > show #4.26 models
    4756 
    4757 > 2dlabels #4.1 xpos 0.349 ypos 0.873
    4758 
    4759 > hide #4.1 models
    4760 
    4761 > hide #4.24 models
    4762 
    4763 > hide #4.25 models
    4764 
    4765 > hide #4.26 models
    4766 
    4767 > hide #1 cartoons
    4768 
    4769 > hide #2 cartoons
    4770 
    4771 > hide Vcos
    4772 
    4773 > show #3 cartoons
    4774 
    4775 > show #4.15 models
    4776 
    4777 > show #4.16 models
    4778 
    4779 > show #4.17 models
    4780 
    4781 > show #4.18 models
    4782 
    4783 > show #4.19 models
    4784 
    4785 > show #4.20 models
    4786 
    4787 > show #4.21 models
    4788 
    4789 > show #4.22 models
    4790 
    4791 > hide #4.22 models
    4792 
    4793 > show #4.27 models
    4794 
    4795 > show #4.28 models
    4796 
    4797 > show #4.29 models
    4798 
    4799 > show #4.42 models
    4800 
    4801 > 2dlabels #4.29 xpos 0.481 ypos 0.839
    4802 
    4803 > 2dlabels #4.15 xpos 0.389 ypos 0.891
    4804 
    4805 > 2dlabels #4.20 xpos 0.587 ypos 0.126
    4806 
    4807 > 2dlabels #4.17 xpos 0.158 ypos 0.093
    4808 
    4809 > hide #4.19 models
    4810 
    4811 > show #4.19 models
    4812 
    4813 > 2dlabels #4.18 xpos 0.595 ypos 0.779
    4814 
    4815 > hide #4.21 models
    4816 
    4817 > show #4.21 models
    4818 
    4819 > 2dlabels #4.21 xpos 0.350 ypos 0.783
    4820 
    4821 > show #4.23 models
    4822 
    4823 > 2dlabels #4.23 xpos 0.286 ypos 0.076
    4824 
    4825 > hide #4.15 models
    4826 
    4827 > hide #4.16 models
    4828 
    4829 > hide #4.17 models
    4830 
    4831 > hide #4.18 models
    4832 
    4833 > hide #4.19 models
    4834 
    4835 > hide #4.20 models
    4836 
    4837 > hide #4.21 models
    4838 
    4839 > hide #4.23 models
    4840 
    4841 > hide #4.27 models
    4842 
    4843 > hide #4.28 models
    4844 
    4845 > hide #4.29 models
    4846 
    4847 > hide #4.42 models
    4848 
    4849 > hide #3 cartoons
    4850 
    4851 > show #1 cartoons
    4852 
    4853 > show Mocos
    4854 
    4855 > show #2 cartoons
    4856 
    4857 > show Vcos
    4858 
    4859 > show #3 cartoons
    4860 
    4861 > view
    4862 
    4863 > move x -160 models #2
    4864 
    4865 > move x 160 models #2
    4866 
    4867 > move x -80 models #2
    4868 
    4869 > move x 80 models #2
    4870 
    4871 > move x -100 models #2
    4872 
    4873 > move x 100 models #2
    4874 
    4875 > color #1 cartoon cyan
    4876 
    4877 Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero',
    4878 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', or 'random' or a keyword 
    4879 
    4880 > coloar #1 cyan
    4881 
    4882 Unknown command: coloar #1 cyan 
    4883 
    4884 > color #1 cyan
    4885 
    4886 > color #1 cyan
    4887 
    4888 > color Mocos byelement
    4889 
    4890 > ui tool show "Color Actions"
    4891 
    4892 > 2dlabels text "Alignment of all three" color dark slate blue size 30 bold
    4893 > true font arial
    4894 
    4895 > close #4.43
    4896 
    4897 > 2dlabels text "Alignment of all three" color dark slate blue size 50 bold
    4898 > true font arial
    4899 
    4900 > 2dlabels #4.32 xpos 0.695 ypos 0.530
    4901 
    4902 > 2dlabels #4.36 xpos 0.674 ypos 0.527
    4903 
    4904 > 2dlabels #4.43 xpos 0.264 ypos 0.894
    4905 
    4906 > hide #4.36 models
    4907 
    4908 > hide #4.32 models
    4909 
    4910 > hide #4.43 models
    4911 
    4912 > hide #3 cartoons
    4913 
    4914 > hide #2 cartoons
    4915 
    4916 > hide Vcos
    4917 
    4918 > hide #1 cartoons
    4919 
    4920 > hide Mocos
    4921 
    4922 > open Script.cxc
    4923 
    4924 > movie record
    4925 
    4926 > show #1 cartoons
    4927 
    4928 > show Mocos
    4929 
    4930 > wait 100
    4931 
    4932 > show #4.1
    4933 
    4934 > show #4.2
    4935 
    4936 > wait 100
    4937 
    4938 > show #4.24
    4939 
    4940 > show #4.25
    4941 
    4942 > show #4.26
    4943 
    4944 > wait 100
    4945 
    4946 > show #4.5
    4947 
    4948 > wait 50
    4949 
    4950 > show #4.6
    4951 
    4952 > wait 50
    4953 
    4954 > show #4.3
    4955 
    4956 > wait 50
    4957 
    4958 > show #4.4
    4959 
    4960 > wait 50
    4961 
    4962 > hide #4.4
    4963 
    4964 > hide #4.5
    4965 
    4966 > hide #4.3
    4967 
    4968 > hide #4.4
    4969 
    4970 > wait 100
    4971 
    4972 > roll x 1 360
    4973 
    4974 > wait
    4975 
    4976 > roll y 1 360
    4977 
    4978 > wait
    4979 
    4980 > show #4.4
    4981 
    4982 > show #4.5
    4983 
    4984 > show #4.3
    4985 
    4986 > show #4.4
    4987 
    4988 > wait 200
    4989 
    4990 > hide #1 cartoons
    4991 
    4992 > hide #4.1
    4993 
    4994 > hide #4.2
    4995 
    4996 > hide #4.24
    4997 
    4998 > hide #4.25
    4999 
    5000 > hide #4.26
    5001 
    5002 > hide #4.5
    5003 
    5004 > hide #4.6
    5005 
    5006 > hide #4.3
    5007 
    5008 > hide #4.4
    5009 
    5010 > wait 100
    5011 
    5012 > show #4.30
    5013 
    5014 > show #4.31
    5015 
    5016 > show #4.32
    5017 
    5018 > show #4.33
    5019 
    5020 > wait 100
    5021 
    5022 > hide Mocos
    5023 
    5024 > hide #4.30
    5025 
    5026 > hide #4.31
    5027 
    5028 > hide #4.32
    5029 
    5030 > hide #4.33
    5031 
    5032 > wait 100
    5033 
    5034 > show #2 cartoons
    5035 
    5036 > show Vcos
    5037 
    5038 > wait 100
    5039 
    5040 > show #4.7
    5041 
    5042 > show #4.14
    5043 
    5044 > wait 100
    5045 
    5046 > show #4.38
    5047 
    5048 > show #4.39
    5049 
    5050 > show #4.40
    5051 
    5052 > show #4.41
    5053 
    5054 > wait 100
    5055 
    5056 > show #4.8
    5057 
    5058 > wait 50
    5059 
    5060 > show #4.9
    5061 
    5062 > wait 50
    5063 
    5064 > show #4.10
    5065 
    5066 > wait 50
    5067 
    5068 > show #4.11
    5069 
    5070 > wait 50
    5071 
    5072 > show #4.12
    5073 
    5074 > wait 50
    5075 
    5076 > show #4.13
    5077 
    5078 > wait 50
    5079 
    5080 > hide #4.8
    5081 
    5082 > hide #4.9
    5083 
    5084 > hide #4.10
    5085 
    5086 > hide #4.11
    5087 
    5088 > hide #4.12
    5089 
    5090 > hide #4.13
    5091 
    5092 > wait 100
    5093 
    5094 > roll x 1 360
    5095 
    5096 > wait
    5097 
    5098 > roll y 1 360
    5099 
    5100 > wait
    5101 
    5102 > show #4.8
    5103 
    5104 > show #4.9
    5105 
    5106 > show #4.10
    5107 
    5108 > show #4.11
    5109 
    5110 > show #4.12
    5111 
    5112 > show #4.13
    5113 
    5114 > wait 200
    5115 
    5116 > hide #2 cartoons
    5117 
    5118 > hide #4.7
    5119 
    5120 > hide #4.14
    5121 
    5122 > hide #4.38
    5123 
    5124 > hide #4.38
    5125 
    5126 > hide #4.40
    5127 
    5128 > hide #4.41
    5129 
    5130 > hide #4.8
    5131 
    5132 > hide #4.9
    5133 
    5134 > hide #4.10
    5135 
    5136 > hide #4.11
    5137 
    5138 > hide #4.12
    5139 
    5140 > hide #4.13
    5141 
    5142 > wait 100
    5143 
    5144 > show #4.34
    5145 
    5146 > show #4.35
    5147 
    5148 > show #4.36
    5149 
    5150 > show #4.37
    5151 
    5152 > wait 100
    5153 
    5154 > hide Vcos
    5155 
    5156 > hide #4.34
    5157 
    5158 > hide #4.35
    5159 
    5160 > hide #4.36
    5161 
    5162 > hide #4.37
    5163 
    5164 > wait 100
    5165 
    5166 > show #3 cartoons
    5167 
    5168 > wait 100
    5169 
    5170 > show #4.15
    5171 
    5172 > show #4.23
    5173 
    5174 > wait 100
    5175 
    5176 > show #4.27
    5177 
    5178 > show #4.28
    5179 
    5180 > show #4.29
    5181 
    5182 > show #4.42
    5183 
    5184 > wait 100
    5185 
    5186 > show #4.18
    5187 
    5188 > wait 50
    5189 
    5190 > show #4.19
    5191 
    5192 > wait 50
    5193 
    5194 > show #4.20
    5195 
    5196 > wait 50
    5197 
    5198 > show #4.21
    5199 
    5200 > wait 50
    5201 
    5202 > show #4.16
    5203 
    5204 > wait 50
    5205 
    5206 > show #4.17
    5207 
    5208 > wait 50
    5209 
    5210 > hide #4.18
    5211 
    5212 > hide #4.19
    5213 
    5214 > hide #4.20
    5215 
    5216 > hide #4.21
    5217 
    5218 > hide #4.16
    5219 
    5220 > hide #4.17
    5221 
    5222 > roll x 1 360
    5223 
    5224 > wait
    5225 
    5226 > roll y 1 360
    5227 
    5228 > wait
    5229 
    5230 > show #4.18
    5231 
    5232 > show #4.19
    5233 
    5234 > show #4.20
    5235 
    5236 > show #4.21
    5237 
    5238 > show #4.16
    5239 
    5240 > show #4.17
    5241 
    5242 > wait 100
    5243 
    5244 > hide #3 cartoons
    5245 
    5246 > hide #4.15
    5247 
    5248 > hide #4.23
    5249 
    5250 > hide #4.27
    5251 
    5252 > hide #4.28
    5253 
    5254 > hide #4.29
    5255 
    5256 > hide #4.42
    5257 
    5258 > hide #4.18
    5259 
    5260 > hide #4.19
    5261 
    5262 > hide #4.20
    5263 
    5264 > hide #4.21
    5265 
    5266 > hide #4.16
    5267 
    5268 > hide #4.17
    5269 
    5270 > hide #4.18
    5271 
    5272 > hide #4.19
    5273 
    5274 > hide #4.20
    5275 
    5276 > hide #4.21
    5277 
    5278 > hide #4.16
    5279 
    5280 > hide #4.17
    5281 
    5282 > show #1 cartoons
    5283 
    5284 > show Mocos
    5285 
    5286 > color #1 cyan
    5287 
    5288 > color Mocos byelement
    5289 
    5290 > wait 50
    5291 
    5292 > hide #1 cartoons
    5293 
    5294 > hide Mocos
    5295 
    5296 > wait 50
    5297 
    5298 > show #2 cartoons
    5299 
    5300 > show Vcos
    5301 
    5302 > color #1 medium sea green
    5303 
    5304 > color Vcos byelement
    5305 
    5306 > wait 50
    5307 
    5308 > hide #2 cartoons
    5309 
    5310 > hide Vcos
    5311 
    5312 > wait 50
    5313 
    5314 > show #3 cartoons
    5315 
    5316 > color #3 salmon
    5317 
    5318 > wait 50
    5319 
    5320 > mmaker #2/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    5321 
    5322 Parameters 
    5323 --- 
    5324 Chain pairing | ss 
    5325 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    5326 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    5327 SS fraction | 0.3 
    5328 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    5329 Gap extend | 1 
    5330 SS matrix |  |  | H | S | O 
    5331 ---|---|---|--- 
    5332 H | 6 | -9 | -6 
    5333 S |  | 6 | -6 
    5334 O |  |  | 4 
    5335 Iteration cutoff | 2 
    5336  
    5337 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with 5n6y, chain A (#2), sequence alignment
    5338 score = 1047.6 
    5339 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with 5n6y, chain B (#2), sequence alignment
    5340 score = 966.3 
    5341 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with 5n6y, chain D (#2), sequence alignment
    5342 score = 1014.6 
    5343 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with 5n6y, chain E (#2), sequence alignment
    5344 score = 957.8 
    5345 RMSD between 1026 pruned atom pairs is 1.314 angstroms; (across all 1783
    5346 pairs: 3.281) 
    5347  
    5348 
    5349 > wait 50
    5350 
    5351 > mmaker #3/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    5352 
    5353 Parameters 
    5354 --- 
    5355 Chain pairing | ss 
    5356 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    5357 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    5358 SS fraction | 0.3 
    5359 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    5360 Gap extend | 1 
    5361 SS matrix |  |  | H | S | O 
    5362 ---|---|---|--- 
    5363 H | 6 | -9 | -6 
    5364 S |  | 6 | -6 
    5365 O |  |  | 4 
    5366 Iteration cutoff | 2 
    5367  
    5368 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    5369 A (#3), sequence alignment score = 984.1 
    5370 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    5371 B (#3), sequence alignment score = 918.6 
    5372 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    5373 D (#3), sequence alignment score = 987.1 
    5374 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    5375 E (#3), sequence alignment score = 899.3 
    5376 RMSD between 461 pruned atom pairs is 1.310 angstroms; (across all 1769 pairs:
    5377 37.860) 
    5378  
    5379 
    5380 > wait 50
    5381 
    5382 > show #1 cartoons
    5383 
    5384 > show Mocos
    5385 
    5386 > show #2 cartoons
    5387 
    5388 > show Vcos
    5389 
    5390 > show #3 cartoons
    5391 
    5392 > show #4.43
    5393 
    5394 > roll x 1 360
    5395 
    5396 > wait
    5397 
    5398 > roll y 1 360
    5399 
    5400 > wait
    5401 
    5402 > movie encode C:\Users\dharr/Desktop/testmovie.mp4
    5403 
    5404 Movie saved to C:\Users\dharr/Desktop/testmovie.mp4 
    5405  
    5406 executed Script.cxc 
    5407 
    5408 > show #1 cartoons
    5409 
    5410 > hide #1 cartoons
    5411 
    5412 > show #1 cartoons
    5413 
    5414 > color #1 cyan
    5415 
    5416 > color Mocos by element
    5417 
    5418 Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero',
    5419 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', or 'random' or a keyword 
    5420 
    5421 > hide #2 cartoons
    5422 
    5423 > hide Vcos
    5424 
    5425 > hide #3 cartoons
    5426 
    5427 > show #4.1 models
    5428 
    5429 > show #4.2 models
    5430 
    5431 > show #4.3 models
    5432 
    5433 > show #4.4 models
    5434 
    5435 > show #4.5 models
    5436 
    5437 > show #4.6 models
    5438 
    5439 > select #1/A,C
    5440 
    5441 8809 atoms, 7862 bonds, 2 pseudobonds, 2 models selected 
    5442 
    5443 > color dodger blue
    5444 
    5445 > color #1/A,C dodger blue
    5446 
    5447 > color #1/A,C cyan
    5448 
    5449 > color #1/B,D dodger blue
    5450 
    5451 > select clear
    5452 
    5453 > color Mocos byelement
    5454 
    5455 > hide #2 cartoons
    5456 
    5457 > hide #1 cartoons
    5458 
    5459 > hide Mocos
    5460 
    5461 > show #2 cartoons
    5462 
    5463 > hide #4.1 models
    5464 
    5465 > hide #4.2 models
    5466 
    5467 > hide #4.3 models
    5468 
    5469 > hide #4.4 models
    5470 
    5471 > hide #4.5 models
    5472 
    5473 > hide #4.6 models
    5474 
    5475 > show #4.7 models
    5476 
    5477 > show #4.8 models
    5478 
    5479 > show #4.9 models
    5480 
    5481 > show #4.10 models
    5482 
    5483 > show #4.11 models
    5484 
    5485 > show #4.12 models
    5486 
    5487 > show #4.13 models
    5488 
    5489 > show Vcos
    5490 
    5491 > hide #2 cartoons
    5492 
    5493 > hide Vcos
    5494 
    5495 > show #3 cartoons
    5496 
    5497 > hide #4.13 models
    5498 
    5499 > hide #4.12 models
    5500 
    5501 > hide #4.11 models
    5502 
    5503 > hide #4.7 models
    5504 
    5505 > hide #4.8 models
    5506 
    5507 > hide #4.9 models
    5508 
    5509 > hide #4.10 models
    5510 
    5511 > hide #4.39 models
    5512 
    5513 > hide #4.43 models
    5514 
    5515 > show #4.42 models
    5516 
    5517 > show #4.29 models
    5518 
    5519 > show #4.28 models
    5520 
    5521 > show #4.27 models
    5522 
    5523 > show #4.23 models
    5524 
    5525 > show #4.22 models
    5526 
    5527 > show #4.21 models
    5528 
    5529 > show #4.20 models
    5530 
    5531 > hide #4.22 models
    5532 
    5533 > show #4.19 models
    5534 
    5535 > show #4.18 models
    5536 
    5537 > show #4.17 models
    5538 
    5539 > show #4.16 models
    5540 
    5541 > show #4.15 models
    5542 
    5543 > color #3/A,D salmon
    5544 
    5545 > color #3/B,E tomato
    5546 
    5547 > color #3/C,F light salmon
    5548 
    5549 > hide #4.15 models
    5550 
    5551 > hide #4.16 models
    5552 
    5553 > hide #4.17 models
    5554 
    5555 > hide #4.18 models
    5556 
    5557 > hide #4.19 models
    5558 
    5559 > hide #4.20 models
    5560 
    5561 > hide #4.21 models
    5562 
    5563 > hide #4.27 models
    5564 
    5565 > hide #4.28 models
    5566 
    5567 > hide #4.29 models
    5568 
    5569 > hide #4.23 models
    5570 
    5571 > hide #4.42 models
    5572 
    5573 > hide #3 cartoons
    5574 
    5575 > open Script.cxc
    5576 
    5577 > movie record
    5578 
    5579 > show #1 cartoons
    5580 
    5581 > show Mocos
    5582 
    5583 > wait 100
    5584 
    5585 > show #4.1
    5586 
    5587 > show #4.2
    5588 
    5589 > wait 100
    5590 
    5591 > show #4.24
    5592 
    5593 > show #4.25
    5594 
    5595 > show #4.26
    5596 
    5597 > wait 100
    5598 
    5599 > show #4.5
    5600 
    5601 > wait 50
    5602 
    5603 > show #4.6
    5604 
    5605 > wait 50
    5606 
    5607 > show #4.3
    5608 
    5609 > wait 50
    5610 
    5611 > show #4.4
    5612 
    5613 > wait 50
    5614 
    5615 > hide #4.4
    5616 
    5617 > hide #4.5
    5618 
    5619 > hide #4.3
    5620 
    5621 > hide #4.6
    5622 
    5623 > wait 100
    5624 
    5625 > roll x 1 360
    5626 
    5627 > wait
    5628 
    5629 > roll y 1 360
    5630 
    5631 > wait
    5632 
    5633 > show #4.4
    5634 
    5635 > show #4.5
    5636 
    5637 > show #4.3
    5638 
    5639 > show #4.4
    5640 
    5641 > wait 200
    5642 
    5643 > hide #1 cartoons
    5644 
    5645 > hide #4.1
    5646 
    5647 > hide #4.2
    5648 
    5649 > hide #4.24
    5650 
    5651 > hide #4.25
    5652 
    5653 > hide #4.26
    5654 
    5655 > hide #4.5
    5656 
    5657 > hide #4.6
    5658 
    5659 > hide #4.3
    5660 
    5661 > hide #4.4
    5662 
    5663 > wait 100
    5664 
    5665 > show #4.30
    5666 
    5667 > show #4.31
    5668 
    5669 > show #4.32
    5670 
    5671 > show #4.33
    5672 
    5673 > wait 100
    5674 
    5675 > hide Mocos
    5676 
    5677 > hide #4.30
    5678 
    5679 > hide #4.31
    5680 
    5681 > hide #4.32
    5682 
    5683 > hide #4.33
    5684 
    5685 > wait 100
    5686 
    5687 > show #2 cartoons
    5688 
    5689 > show Vcos
    5690 
    5691 > wait 100
    5692 
    5693 > show #4.7
    5694 
    5695 > show #4.14
    5696 
    5697 > wait 100
    5698 
    5699 > show #4.38
    5700 
    5701 > show #4.39
    5702 
    5703 > show #4.40
    5704 
    5705 > show #4.41
    5706 
    5707 > wait 100
    5708 
    5709 > show #4.8
    5710 
    5711 > wait 50
    5712 
    5713 > show #4.9
    5714 
    5715 > wait 50
    5716 
    5717 > show #4.10
    5718 
    5719 > wait 50
    5720 
    5721 > show #4.11
    5722 
    5723 > wait 50
    5724 
    5725 > show #4.12
    5726 
    5727 > wait 50
    5728 
    5729 > show #4.13
    5730 
    5731 > wait 50
    5732 
    5733 > hide #4.8
    5734 
    5735 > hide #4.9
    5736 
    5737 > hide #4.10
    5738 
    5739 > hide #4.11
    5740 
    5741 > hide #4.12
    5742 
    5743 > hide #4.13
    5744 
    5745 > wait 100
    5746 
    5747 > roll x 1 360
    5748 
    5749 > wait
    5750 
    5751 > roll y 1 360
    5752 
    5753 > wait
    5754 
    5755 > show #4.8
    5756 
    5757 > show #4.9
    5758 
    5759 > show #4.10
    5760 
    5761 > show #4.11
    5762 
    5763 > show #4.12
    5764 
    5765 > show #4.13
    5766 
    5767 > wait 200
    5768 
    5769 > hide #2 cartoons
    5770 
    5771 > hide #4.7
    5772 
    5773 > hide #4.14
    5774 
    5775 > hide #4.38
    5776 
    5777 > hide #4.39
    5778 
    5779 > hide #4.40
    5780 
    5781 > hide #4.41
    5782 
    5783 > hide #4.8
    5784 
    5785 > hide #4.9
    5786 
    5787 > hide #4.10
    5788 
    5789 > hide #4.11
    5790 
    5791 > hide #4.12
    5792 
    5793 > hide #4.13
    5794 
    5795 > wait 100
    5796 
    5797 > show #4.34
    5798 
    5799 > show #4.35
    5800 
    5801 > show #4.36
    5802 
    5803 > show #4.37
    5804 
    5805 > wait 100
    5806 
    5807 > hide Vcos
    5808 
    5809 > hide #4.34
    5810 
    5811 > hide #4.35
    5812 
    5813 > hide #4.36
    5814 
    5815 > hide #4.37
    5816 
    5817 > wait 100
    5818 
    5819 > show #3 cartoons
    5820 
    5821 > wait 100
    5822 
    5823 > show #4.15
    5824 
    5825 > show #4.23
    5826 
    5827 > wait 100
    5828 
    5829 > show #4.27
    5830 
    5831 > show #4.28
    5832 
    5833 > show #4.29
    5834 
    5835 > show #4.42
    5836 
    5837 > wait 100
    5838 
    5839 > show #4.18
    5840 
    5841 > wait 50
    5842 
    5843 > show #4.19
    5844 
    5845 > wait 50
    5846 
    5847 > show #4.20
    5848 
    5849 > wait 50
    5850 
    5851 > show #4.21
    5852 
    5853 > wait 50
    5854 
    5855 > show #4.16
    5856 
    5857 > wait 50
    5858 
    5859 > show #4.17
    5860 
    5861 > wait 50
    5862 
    5863 > hide #4.18
    5864 
    5865 > hide #4.19
    5866 
    5867 > hide #4.20
    5868 
    5869 > hide #4.21
    5870 
    5871 > hide #4.16
    5872 
    5873 > hide #4.17
    5874 
    5875 > roll x 1 360
    5876 
    5877 > wait
    5878 
    5879 > roll y 1 360
    5880 
    5881 > wait
    5882 
    5883 > show #4.18
    5884 
    5885 > show #4.19
    5886 
    5887 > show #4.20
    5888 
    5889 > show #4.21
    5890 
    5891 > show #4.16
    5892 
    5893 > show #4.17
    5894 
    5895 > wait 100
    5896 
    5897 > hide #3 cartoons
    5898 
    5899 > hide #4.15
    5900 
    5901 > hide #4.23
    5902 
    5903 > hide #4.27
    5904 
    5905 > hide #4.28
    5906 
    5907 > hide #4.29
    5908 
    5909 > hide #4.42
    5910 
    5911 > hide #4.18
    5912 
    5913 > hide #4.19
    5914 
    5915 > hide #4.20
    5916 
    5917 > hide #4.21
    5918 
    5919 > hide #4.16
    5920 
    5921 > hide #4.17
    5922 
    5923 > hide #4.18
    5924 
    5925 > hide #4.19
    5926 
    5927 > hide #4.20
    5928 
    5929 > hide #4.21
    5930 
    5931 > hide #4.16
    5932 
    5933 > hide #4.17
    5934 
    5935 > show #1 cartoons
    5936 
    5937 > show Mocos
    5938 
    5939 > wait 50
    5940 
    5941 > color #1 cyan
    5942 
    5943 > color Mocos byelement
    5944 
    5945 > wait 50
    5946 
    5947 > hide #1 cartoons
    5948 
    5949 > hide Mocos
    5950 
    5951 > wait 50
    5952 
    5953 > show #2 cartoons
    5954 
    5955 > show Vcos
    5956 
    5957 > wait 50
    5958 
    5959 > color #1 medium sea green
    5960 
    5961 > color Vcos byelement
    5962 
    5963 > wait 50
    5964 
    5965 > hide #2 cartoons
    5966 
    5967 > hide Vcos
    5968 
    5969 > wait 50
    5970 
    5971 > show #3 cartoons
    5972 
    5973 > wait 50
    5974 
    5975 > color #3 salmon
    5976 
    5977 > wait 50
    5978 
    5979 > mmaker #2/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    5980 
    5981 Parameters 
    5982 --- 
    5983 Chain pairing | ss 
    5984 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    5985 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    5986 SS fraction | 0.3 
    5987 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    5988 Gap extend | 1 
    5989 SS matrix |  |  | H | S | O 
    5990 ---|---|---|--- 
    5991 H | 6 | -9 | -6 
    5992 S |  | 6 | -6 
    5993 O |  |  | 4 
    5994 Iteration cutoff | 2 
    5995  
    5996 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with 5n6y, chain A (#2), sequence alignment
    5997 score = 1047.6 
    5998 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with 5n6y, chain B (#2), sequence alignment
    5999 score = 966.3 
    6000 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with 5n6y, chain D (#2), sequence alignment
    6001 score = 1014.6 
    6002 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with 5n6y, chain E (#2), sequence alignment
    6003 score = 957.8 
    6004 RMSD between 1026 pruned atom pairs is 1.314 angstroms; (across all 1783
    6005 pairs: 3.281) 
    6006  
    6007 
    6008 > wait 50
    6009 
    6010 > mmaker #3/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    6011 
    6012 Parameters 
    6013 --- 
    6014 Chain pairing | ss 
    6015 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    6016 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    6017 SS fraction | 0.3 
    6018 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    6019 Gap extend | 1 
    6020 SS matrix |  |  | H | S | O 
    6021 ---|---|---|--- 
    6022 H | 6 | -9 | -6 
    6023 S |  | 6 | -6 
    6024 O |  |  | 4 
    6025 Iteration cutoff | 2 
    6026  
    6027 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    6028 A (#3), sequence alignment score = 984.1 
    6029 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    6030 B (#3), sequence alignment score = 918.6 
    6031 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    6032 D (#3), sequence alignment score = 987.1 
    6033 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    6034 E (#3), sequence alignment score = 899.3 
    6035 RMSD between 461 pruned atom pairs is 1.310 angstroms; (across all 1769 pairs:
    6036 37.860) 
    6037  
    6038 
    6039 > wait 50
    6040 
    6041 > show #1 cartoons
    6042 
    6043 > show Mocos
    6044 
    6045 > show #2 cartoons
    6046 
    6047 > show Vcos
    6048 
    6049 > show #3 cartoons
    6050 
    6051 > show #4.43
    6052 
    6053 > roll x 1 360
    6054 
    6055 > wait
    6056 
    6057 > roll y 1 360
    6058 
    6059 > wait
    6060 
    6061 > movie encode C:\Users\dharr/Desktop/testmovie(1).mp4
    6062 
    6063 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-00807.ppm 
    6064 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-00812.ppm 
    6065 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-00851.ppm 
    6066 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-00943.ppm 
    6067 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-01010.ppm 
    6068 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-01104.ppm 
    6069 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-01339.ppm 
    6070 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-01758.ppm 
    6071 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-01865.ppm 
    6072 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-01882.ppm 
    6073 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-02007.ppm 
    6074 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-02096.ppm 
    6075 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-02274.ppm 
    6076 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-02402.ppm 
    6077 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-02562.ppm 
    6078 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-02662.ppm 
    6079 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-02755.ppm 
    6080 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-02904.ppm 
    6081 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-03097.ppm 
    6082 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-03227.ppm 
    6083 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-03464.ppm 
    6084 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-03511.ppm 
    6085 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-03528.ppm 
    6086 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-03557.ppm 
    6087 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-03754.ppm 
    6088 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-03796.ppm 
    6089 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-03818.ppm 
    6090 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-03841.ppm 
    6091 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-03878.ppm 
    6092 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-03918.ppm 
    6093 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-03958.ppm 
    6094 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-03998.ppm 
    6095 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04016.ppm 
    6096 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04043.ppm 
    6097 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04080.ppm 
    6098 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04122.ppm 
    6099 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04150.ppm 
    6100 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04178.ppm 
    6101 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04230.ppm 
    6102 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04278.ppm 
    6103 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04298.ppm 
    6104 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04388.ppm 
    6105 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04426.ppm 
    6106 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04474.ppm 
    6107 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04514.ppm 
    6108 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04548.ppm 
    6109 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04588.ppm 
    6110 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04638.ppm 
    6111 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04671.ppm 
    6112 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04703.ppm 
    6113 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04747.ppm 
    6114 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04809.ppm 
    6115 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04827.ppm 
    6116 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04847.ppm 
    6117 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04915.ppm 
    6118 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04939.ppm 
    6119 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-04982.ppm 
    6120 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-05081.ppm 
    6121 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-05125.ppm 
    6122 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-05140.ppm 
    6123 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-05169.ppm 
    6124 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-05199.ppm 
    6125 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-05202.ppm 
    6126 Error removing file C:\Users\dharr\AppData\Local\Temp\chimovie_MpT4-05579.ppm 
    6127 Movie saved to C:\Users\dharr/Desktop/testmovie(1).mp4 
    6128  
    6129 executed Script.cxc 
    6130 
    6131 > show #1 cartoons
    6132 
    6133 > color #1 cyan
    6134 
    6135 > hide #1 cartoons
    6136 
    6137 > hide #3 cartoons
    6138 
    6139 > color Mocos byelement
    6140 
    6141 > hide Mocos
    6142 
    6143 > hide #2 cartoons
    6144 
    6145 > hide Vcos
    6146 
    6147 > show #1 cartoons
    6148 
    6149 > color #1/C,D dodger blue
    6150 
    6151 > color #1/B,D dodger blue
    6152 
    6153 > color Mocos byelement
    6154 
    6155 > close #3 cartoon
    6156 
    6157 Expected a keyword 
    6158 
    6159 > hide #3 cartoons
    6160 
    6161 > hide #1 cartoons
    6162 
    6163 > show #3 cartoons
    6164 
    6165 > color #3/A,D salmon
    6166 
    6167 > color #3/B,E tomato
    6168 
    6169 > color #3/C,F light salmon
    6170 
    6171 > hide #4.43 models
    6172 
    6173 > hide #3 cartoons
    6174 
    6175 > open Script.cxc
    6176 
    6177 > movie record
    6178 
    6179 > show #1 cartoons
    6180 
    6181 > show Mocos
    6182 
    6183 > wait 50
    6184 
    6185 > show #4.1
    6186 
    6187 > show #4.2
    6188 
    6189 > wait 50
    6190 
    6191 > show #4.24
    6192 
    6193 > show #4.25
    6194 
    6195 > show #4.26
    6196 
    6197 > wait 50
    6198 
    6199 > show #4.5
    6200 
    6201 > wait 25
    6202 
    6203 > show #4.6
    6204 
    6205 > wait 25
    6206 
    6207 > show #4.3
    6208 
    6209 > wait 25
    6210 
    6211 > show #4.4
    6212 
    6213 > wait 25
    6214 
    6215 > hide #4.4
    6216 
    6217 > hide #4.5
    6218 
    6219 > hide #4.3
    6220 
    6221 > hide #4.6
    6222 
    6223 > wait 50
    6224 
    6225 > roll x 1 360
    6226 
    6227 > wait
    6228 
    6229 > roll y 1 360
    6230 
    6231 > wait
    6232 
    6233 > show #4.4
    6234 
    6235 > show #4.5
    6236 
    6237 > show #4.3
    6238 
    6239 > show #4.4
    6240 
    6241 > wait 50
    6242 
    6243 > hide #1 cartoons
    6244 
    6245 > hide #4.1
    6246 
    6247 > hide #4.2
    6248 
    6249 > hide #4.24
    6250 
    6251 > hide #4.25
    6252 
    6253 > hide #4.26
    6254 
    6255 > hide #4.5
    6256 
    6257 > hide #4.6
    6258 
    6259 > hide #4.3
    6260 
    6261 > hide #4.4
    6262 
    6263 > wait 50
    6264 
    6265 > show #4.30
    6266 
    6267 > show #4.31
    6268 
    6269 > show #4.32
    6270 
    6271 > show #4.33
    6272 
    6273 > wait 50
    6274 
    6275 > hide Mocos
    6276 
    6277 > hide #4.30
    6278 
    6279 > hide #4.31
    6280 
    6281 > hide #4.32
    6282 
    6283 > hide #4.33
    6284 
    6285 > wait 50
    6286 
    6287 > show #2 cartoons
    6288 
    6289 > show Vcos
    6290 
    6291 > wait 50
    6292 
    6293 > show #4.7
    6294 
    6295 > show #4.14
    6296 
    6297 > wait 50
    6298 
    6299 > show #4.38
    6300 
    6301 > show #4.39
    6302 
    6303 > show #4.40
    6304 
    6305 > show #4.41
    6306 
    6307 > wait 50
    6308 
    6309 > show #4.8
    6310 
    6311 > wait 25
    6312 
    6313 > show #4.9
    6314 
    6315 > wait 25
    6316 
    6317 > show #4.10
    6318 
    6319 > wait 25
    6320 
    6321 > show #4.11
    6322 
    6323 > wait 25
    6324 
    6325 > show #4.12
    6326 
    6327 > wait 25
    6328 
    6329 > show #4.13
    6330 
    6331 > wait 25
    6332 
    6333 > hide #4.8
    6334 
    6335 > hide #4.9
    6336 
    6337 > hide #4.10
    6338 
    6339 > hide #4.11
    6340 
    6341 > hide #4.12
    6342 
    6343 > hide #4.13
    6344 
    6345 > wait 50
    6346 
    6347 > roll x 1 360
    6348 
    6349 > wait
    6350 
    6351 > roll y 1 360
    6352 
    6353 > wait
    6354 
    6355 > show #4.8
    6356 
    6357 > show #4.9
    6358 
    6359 > show #4.10
    6360 
    6361 > show #4.11
    6362 
    6363 > show #4.12
    6364 
    6365 > show #4.13
    6366 
    6367 > wait 50
    6368 
    6369 > hide #2 cartoons
    6370 
    6371 > hide #4.7
    6372 
    6373 > hide #4.14
    6374 
    6375 > hide #4.38
    6376 
    6377 > hide #4.39
    6378 
    6379 > hide #4.40
    6380 
    6381 > hide #4.41
    6382 
    6383 > hide #4.8
    6384 
    6385 > hide #4.9
    6386 
    6387 > hide #4.10
    6388 
    6389 > hide #4.11
    6390 
    6391 > hide #4.12
    6392 
    6393 > hide #4.13
    6394 
    6395 > wait 50
    6396 
    6397 > show #4.34
    6398 
    6399 > show #4.35
    6400 
    6401 > show #4.36
    6402 
    6403 > show #4.37
    6404 
    6405 > wait 50
    6406 
    6407 > hide Vcos
    6408 
    6409 > hide #4.34
    6410 
    6411 > hide #4.35
    6412 
    6413 > hide #4.36
    6414 
    6415 > hide #4.37
    6416 
    6417 > wait 50
    6418 
    6419 > show #3 cartoons
    6420 
    6421 > wait 50
    6422 
    6423 > show #4.15
    6424 
    6425 > show #4.23
    6426 
    6427 > wait 50
    6428 
    6429 > show #4.27
    6430 
    6431 > show #4.28
    6432 
    6433 > show #4.29
    6434 
    6435 > show #4.42
    6436 
    6437 > wait 50
    6438 
    6439 > show #4.18
    6440 
    6441 > wait 25
    6442 
    6443 > show #4.19
    6444 
    6445 > wait 25
    6446 
    6447 > show #4.20
    6448 
    6449 > wait 25
    6450 
    6451 > show #4.21
    6452 
    6453 > wait 25
    6454 
    6455 > show #4.16
    6456 
    6457 > wait 25
    6458 
    6459 > show #4.17
    6460 
    6461 > wait 25
    6462 
    6463 > hide #4.18
    6464 
    6465 > hide #4.19
    6466 
    6467 > hide #4.20
    6468 
    6469 > hide #4.21
    6470 
    6471 > hide #4.16
    6472 
    6473 > hide #4.17
    6474 
    6475 > roll x 1 360
    6476 
    6477 > wait
    6478 
    6479 > roll y 1 360
    6480 
    6481 > wait
    6482 
    6483 > show #4.18
    6484 
    6485 > show #4.19
    6486 
    6487 > show #4.20
    6488 
    6489 > show #4.21
    6490 
    6491 > show #4.16
    6492 
    6493 > show #4.17
    6494 
    6495 > wait 50
    6496 
    6497 > hide #3 cartoons
    6498 
    6499 > hide #4.15
    6500 
    6501 > hide #4.23
    6502 
    6503 > hide #4.27
    6504 
    6505 > hide #4.28
    6506 
    6507 > hide #4.29
    6508 
    6509 > hide #4.42
    6510 
    6511 > hide #4.18
    6512 
    6513 > hide #4.19
    6514 
    6515 > hide #4.20
    6516 
    6517 > hide #4.21
    6518 
    6519 > hide #4.16
    6520 
    6521 > hide #4.17
    6522 
    6523 > show #1 cartoons
    6524 
    6525 > show Mocos
    6526 
    6527 > wait 25
    6528 
    6529 > color #1 cyan
    6530 
    6531 > color Mocos byelement
    6532 
    6533 > wait 25
    6534 
    6535 > hide #1 cartoons
    6536 
    6537 > hide Mocos
    6538 
    6539 > wait 25
    6540 
    6541 > show #2 cartoons
    6542 
    6543 > show Vcos
    6544 
    6545 > wait 25
    6546 
    6547 > color #2 medium sea green
    6548 
    6549 > color Vcos byelement
    6550 
    6551 > wait 25
    6552 
    6553 > hide #2 cartoons
    6554 
    6555 > hide Vcos
    6556 
    6557 > wait 25
    6558 
    6559 > show #3 cartoons
    6560 
    6561 > wait 25
    6562 
    6563 > color #3 salmon
    6564 
    6565 > wait 25
    6566 
    6567 > mmaker #2/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    6568 
    6569 Parameters 
    6570 --- 
    6571 Chain pairing | ss 
    6572 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    6573 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    6574 SS fraction | 0.3 
    6575 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    6576 Gap extend | 1 
    6577 SS matrix |  |  | H | S | O 
    6578 ---|---|---|--- 
    6579 H | 6 | -9 | -6 
    6580 S |  | 6 | -6 
    6581 O |  |  | 4 
    6582 Iteration cutoff | 2 
    6583  
    6584 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with 5n6y, chain A (#2), sequence alignment
    6585 score = 1047.6 
    6586 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with 5n6y, chain B (#2), sequence alignment
    6587 score = 966.3 
    6588 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with 5n6y, chain D (#2), sequence alignment
    6589 score = 1014.6 
    6590 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with 5n6y, chain E (#2), sequence alignment
    6591 score = 957.8 
    6592 RMSD between 1026 pruned atom pairs is 1.314 angstroms; (across all 1783
    6593 pairs: 3.281) 
    6594  
    6595 
    6596 > wait 25
    6597 
    6598 > mmaker #3/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    6599 
    6600 Parameters 
    6601 --- 
    6602 Chain pairing | ss 
    6603 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    6604 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    6605 SS fraction | 0.3 
    6606 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    6607 Gap extend | 1 
    6608 SS matrix |  |  | H | S | O 
    6609 ---|---|---|--- 
    6610 H | 6 | -9 | -6 
    6611 S |  | 6 | -6 
    6612 O |  |  | 4 
    6613 Iteration cutoff | 2 
    6614  
    6615 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    6616 A (#3), sequence alignment score = 984.1 
    6617 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    6618 B (#3), sequence alignment score = 918.6 
    6619 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    6620 D (#3), sequence alignment score = 987.1 
    6621 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    6622 E (#3), sequence alignment score = 899.3 
    6623 RMSD between 461 pruned atom pairs is 1.310 angstroms; (across all 1769 pairs:
    6624 37.860) 
    6625  
    6626 
    6627 > wait 25
    6628 
    6629 > show #1 cartoons
    6630 
    6631 > show Mocos
    6632 
    6633 > show #2 cartoons
    6634 
    6635 > show Vcos
    6636 
    6637 > show #3 cartoons
    6638 
    6639 > show #4.43
    6640 
    6641 > roll x 1 360
    6642 
    6643 > wait
    6644 
    6645 > roll y 1 360
    6646 
    6647 > wait
    6648 
    6649 > movie encode C:\Users\dharr/Desktop/testmovie(1).mp4
    6650 
    6651 Movie saved to C:\Users\dharr/Desktop/testmovie(1).mp4 
    6652  
    6653 executed Script.cxc 
    6654 
    6655 > show #4.1 models
    6656 
    6657 > show #4.2 models
    6658 
    6659 > show #4.3 models
    6660 
    6661 > show #4.4 models
    6662 
    6663 > show #4.6 models
    6664 
    6665 > show #4.5 models
    6666 
    6667 > show #4.8 models
    6668 
    6669 > show #4.9 models
    6670 
    6671 > show #4.10 models
    6672 
    6673 > show #4.11 models
    6674 
    6675 > show #4.12 models
    6676 
    6677 > show #4.13 models
    6678 
    6679 > hide #3 cartoons
    6680 
    6681 > hide #2 cartoons
    6682 
    6683 > hide #1 cartoons
    6684 
    6685 > show #2 cartoons
    6686 
    6687 > hide #2 cartoons
    6688 
    6689 > show #1 cartoons
    6690 
    6691 > show #4.7 models
    6692 
    6693 > show #4.38 models
    6694 
    6695 > show #4.39 models
    6696 
    6697 > show #4.40 models
    6698 
    6699 > show #4.41 models
    6700 
    6701 > show #2 cartoons
    6702 
    6703 > hide #4.1 models
    6704 
    6705 > hide #4.2 models
    6706 
    6707 > hide #4.3 models
    6708 
    6709 > hide #4.4 models
    6710 
    6711 > hide #4.5 models
    6712 
    6713 > hide #4.6 models
    6714 
    6715 > hide #4.7 models
    6716 
    6717 > hide #4.8 models
    6718 
    6719 > hide #4.9 models
    6720 
    6721 > hide #4.10 models
    6722 
    6723 > hide #4.11 models
    6724 
    6725 > hide #4.13 models
    6726 
    6727 > hide #4.12 models
    6728 
    6729 > hide #4.38 models
    6730 
    6731 > hide #4.39 models
    6732 
    6733 > hide #4.40 models
    6734 
    6735 > hide #4.41 models
    6736 
    6737 > hide #4.43 models
    6738 
    6739 > color #1/B,D dodger blue
    6740 
    6741 > color Mocos byelement
    6742 
    6743 > hide #1 cartoons
    6744 
    6745 > hide Mocos
    6746 
    6747 > colr #2/A,D medium sea green
    6748 
    6749 Unknown command: colr #2/A,D medium sea green 
    6750 
    6751 > color #2/A,D medium sea green
    6752 
    6753 > color #2/B,E forest green
    6754 
    6755 > color #2/C,F light green
    6756 
    6757 > color Vcos byelement
    6758 
    6759 > hide #2 cartoons
    6760 
    6761 > hide Vcos
    6762 
    6763 > show #3 cartoons
    6764 
    6765 > color #3/B,E tomato
    6766 
    6767 > color #3/C,F light salmon
    6768 
    6769 > hide #3 cartoons
    6770 
    6771 > open Script.cxc
    6772 
    6773 > movie record
    6774 
    6775 > show #1 cartoons
    6776 
    6777 > show Mocos
    6778 
    6779 > wait 50
    6780 
    6781 > show #4.1
    6782 
    6783 > show #4.2
    6784 
    6785 > wait 50
    6786 
    6787 > show #4.24
    6788 
    6789 > show #4.25
    6790 
    6791 > show #4.26
    6792 
    6793 > wait 50
    6794 
    6795 > show #4.5
    6796 
    6797 > wait 25
    6798 
    6799 > show #4.6
    6800 
    6801 > wait 25
    6802 
    6803 > show #4.3
    6804 
    6805 > wait 25
    6806 
    6807 > show #4.4
    6808 
    6809 > wait 25
    6810 
    6811 > hide #4.4
    6812 
    6813 > hide #4.5
    6814 
    6815 > hide #4.3
    6816 
    6817 > hide #4.6
    6818 
    6819 > wait 50
    6820 
    6821 > roll x 1 360
    6822 
    6823 > wait
    6824 
    6825 > roll y 1 360
    6826 
    6827 > wait
    6828 
    6829 > show #4.4
    6830 
    6831 > show #4.5
    6832 
    6833 > show #4.3
    6834 
    6835 > show #4.4
    6836 
    6837 > wait 50
    6838 
    6839 > hide #1 cartoons
    6840 
    6841 > hide #4.1
    6842 
    6843 > hide #4.2
    6844 
    6845 > hide #4.24
    6846 
    6847 > hide #4.25
    6848 
    6849 > hide #4.26
    6850 
    6851 > hide #4.5
    6852 
    6853 > hide #4.6
    6854 
    6855 > hide #4.3
    6856 
    6857 > hide #4.4
    6858 
    6859 > wait 50
    6860 
    6861 > show #4.30
    6862 
    6863 > show #4.31
    6864 
    6865 > show #4.32
    6866 
    6867 > show #4.33
    6868 
    6869 > wait 50
    6870 
    6871 > hide Mocos
    6872 
    6873 > hide #4.30
    6874 
    6875 > hide #4.31
    6876 
    6877 > hide #4.32
    6878 
    6879 > hide #4.33
    6880 
    6881 > wait 50
    6882 
    6883 > show #2 cartoons
    6884 
    6885 > show Vcos
    6886 
    6887 > wait 50
    6888 
    6889 > show #4.7
    6890 
    6891 > show #4.14
    6892 
    6893 > wait 50
    6894 
    6895 > show #4.38
    6896 
    6897 > show #4.39
    6898 
    6899 > show #4.40
    6900 
    6901 > show #4.41
    6902 
    6903 > wait 50
    6904 
    6905 > show #4.8
    6906 
    6907 > wait 25
    6908 
    6909 > show #4.9
    6910 
    6911 > wait 25
    6912 
    6913 > show #4.10
    6914 
    6915 > wait 25
    6916 
    6917 > show #4.11
    6918 
    6919 > wait 25
    6920 
    6921 > show #4.12
    6922 
    6923 > wait 25
    6924 
    6925 > show #4.13
    6926 
    6927 > wait 25
    6928 
    6929 > hide #4.8
    6930 
    6931 > hide #4.9
    6932 
    6933 > hide #4.10
    6934 
    6935 > hide #4.11
    6936 
    6937 > hide #4.12
    6938 
    6939 > hide #4.13
    6940 
    6941 > wait 50
    6942 
    6943 > roll x 1 360
    6944 
    6945 > wait
    6946 
    6947 > roll y 1 360
    6948 
    6949 > wait
    6950 
    6951 > show #4.8
    6952 
    6953 > show #4.9
    6954 
    6955 > show #4.10
    6956 
    6957 > show #4.11
    6958 
    6959 > show #4.12
    6960 
    6961 > show #4.13
    6962 
    6963 > wait 50
    6964 
    6965 > hide #2 cartoons
    6966 
    6967 > hide #4.7
    6968 
    6969 > hide #4.14
    6970 
    6971 > hide #4.38
    6972 
    6973 > hide #4.39
    6974 
    6975 > hide #4.40
    6976 
    6977 > hide #4.41
    6978 
    6979 > hide #4.8
    6980 
    6981 > hide #4.9
    6982 
    6983 > hide #4.10
    6984 
    6985 > hide #4.11
    6986 
    6987 > hide #4.12
    6988 
    6989 > hide #4.13
    6990 
    6991 > wait 50
    6992 
    6993 > show #4.34
    6994 
    6995 > show #4.35
    6996 
    6997 > show #4.36
    6998 
    6999 > show #4.37
    7000 
    7001 > wait 50
    7002 
    7003 > hide Vcos
    7004 
    7005 > hide #4.34
    7006 
    7007 > hide #4.35
    7008 
    7009 > hide #4.36
    7010 
    7011 > hide #4.37
    7012 
    7013 > wait 50
    7014 
    7015 > show #3 cartoons
    7016 
    7017 > wait 50
    7018 
    7019 > show #4.15
    7020 
    7021 > show #4.23
    7022 
    7023 > wait 50
    7024 
    7025 > show #4.27
    7026 
    7027 > show #4.28
    7028 
    7029 > show #4.29
    7030 
    7031 > show #4.42
    7032 
    7033 > wait 50
    7034 
    7035 > show #4.18
    7036 
    7037 > wait 25
    7038 
    7039 > show #4.19
    7040 
    7041 > wait 25
    7042 
    7043 > show #4.20
    7044 
    7045 > wait 25
    7046 
    7047 > show #4.21
    7048 
    7049 > wait 25
    7050 
    7051 > show #4.16
    7052 
    7053 > wait 25
    7054 
    7055 > show #4.17
    7056 
    7057 > wait 25
    7058 
    7059 > hide #4.18
    7060 
    7061 > hide #4.19
    7062 
    7063 > hide #4.20
    7064 
    7065 > hide #4.21
    7066 
    7067 > hide #4.16
    7068 
    7069 > hide #4.17
    7070 
    7071 > roll x 1 360
    7072 
    7073 > wait
    7074 
    7075 > roll y 1 360
    7076 
    7077 > wait
    7078 
    7079 > show #4.18
    7080 
    7081 > show #4.19
    7082 
    7083 > show #4.20
    7084 
    7085 > show #4.21
    7086 
    7087 > show #4.16
    7088 
    7089 > show #4.17
    7090 
    7091 > wait 50
    7092 
    7093 > hide #3 cartoons
    7094 
    7095 > hide #4.15
    7096 
    7097 > hide #4.23
    7098 
    7099 > hide #4.27
    7100 
    7101 > hide #4.28
    7102 
    7103 > hide #4.29
    7104 
    7105 > hide #4.42
    7106 
    7107 > hide #4.18
    7108 
    7109 > hide #4.19
    7110 
    7111 > hide #4.20
    7112 
    7113 > hide #4.21
    7114 
    7115 > hide #4.16
    7116 
    7117 > hide #4.17
    7118 
    7119 > show #1 cartoons
    7120 
    7121 > show Mocos
    7122 
    7123 > wait 25
    7124 
    7125 > color #1 cyan
    7126 
    7127 > color Mocos byelement
    7128 
    7129 > wait 25
    7130 
    7131 > hide #1 cartoons
    7132 
    7133 > hide Mocos
    7134 
    7135 > wait 25
    7136 
    7137 > show #2 cartoons
    7138 
    7139 > show Vcos
    7140 
    7141 > wait 25
    7142 
    7143 > color #2 medium sea green
    7144 
    7145 > color Vcos byelement
    7146 
    7147 > wait 25
    7148 
    7149 > hide #2 cartoons
    7150 
    7151 > hide Vcos
    7152 
    7153 > wait 25
    7154 
    7155 > show #3 cartoons
    7156 
    7157 > wait 25
    7158 
    7159 > color #3 salmon
    7160 
    7161 > wait 25
    7162 
    7163 > mmaker #2/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    7164 
    7165 Parameters 
    7166 --- 
    7167 Chain pairing | ss 
    7168 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    7169 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    7170 SS fraction | 0.3 
    7171 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    7172 Gap extend | 1 
    7173 SS matrix |  |  | H | S | O 
    7174 ---|---|---|--- 
    7175 H | 6 | -9 | -6 
    7176 S |  | 6 | -6 
    7177 O |  |  | 4 
    7178 Iteration cutoff | 2 
    7179  
    7180 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with 5n6y, chain A (#2), sequence alignment
    7181 score = 1047.6 
    7182 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with 5n6y, chain B (#2), sequence alignment
    7183 score = 966.3 
    7184 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with 5n6y, chain D (#2), sequence alignment
    7185 score = 1014.6 
    7186 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with 5n6y, chain E (#2), sequence alignment
    7187 score = 957.8 
    7188 RMSD between 1026 pruned atom pairs is 1.314 angstroms; (across all 1783
    7189 pairs: 3.281) 
    7190  
    7191 
    7192 > wait 25
    7193 
    7194 > mmaker #3/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    7195 
    7196 Parameters 
    7197 --- 
    7198 Chain pairing | ss 
    7199 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    7200 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    7201 SS fraction | 0.3 
    7202 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    7203 Gap extend | 1 
    7204 SS matrix |  |  | H | S | O 
    7205 ---|---|---|--- 
    7206 H | 6 | -9 | -6 
    7207 S |  | 6 | -6 
    7208 O |  |  | 4 
    7209 Iteration cutoff | 2 
    7210  
    7211 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    7212 A (#3), sequence alignment score = 984.1 
    7213 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    7214 B (#3), sequence alignment score = 918.6 
    7215 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    7216 D (#3), sequence alignment score = 987.1 
    7217 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    7218 E (#3), sequence alignment score = 899.3 
    7219 RMSD between 461 pruned atom pairs is 1.310 angstroms; (across all 1769 pairs:
    7220 37.860) 
    7221  
    7222 
    7223 > wait 25
    7224 
    7225 > show #1 cartoons
    7226 
    7227 > show Mocos
    7228 
    7229 > show #2 cartoons
    7230 
    7231 > show Vcos
    7232 
    7233 > show #3 cartoons
    7234 
    7235 > show #4.43
    7236 
    7237 > roll x 1 360
    7238 
    7239 > wait
    7240 
    7241 > roll y 1 360
    7242 
    7243 > wait
    7244 
    7245 > movie encode C:\Users\dharr/Desktop/testmovie(1).mp4
    7246 
    7247 Movie saved to C:\Users\dharr/Desktop/testmovie(1).mp4 
    7248  
    7249 executed Script.cxc 
    7250 
    7251 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/All 3 N2ase
    7252 > aligned_colored_labeled.cxs"
    7253 
    7254 opened ChimeraX session 
    7255 
    7256 > hide #!4 models
    7257 
    7258 > hide #2 cartoons
    7259 
    7260 > hide Vcos
    7261 
    7262 > hide #3 cartoons
    7263 
    7264 > open Crossfade_test.cxc
    7265 
    7266 No such file/path: Crossfade_test.cxc 
    7267 
    7268 > open Script(1).cxc
    7269 
    7270 No such file/path: Script(1).cxc 
    7271 
    7272 > open Script1.cxc
    7273 
    7274 No such file/path: Script1.cxc 
    7275 
    7276 > cd "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie"
    7277 
    7278 Current working directory is: C:\Users\dharr\Box\ChimeraX Movie 
    7279 
    7280 > open Script(1).cxc
    7281 
    7282 No such file/path: Script(1).cxc 
    7283 
    7284 > open Sccript.cxc
    7285 
    7286 > movie record
    7287 
    7288 > crossfade
    7289 
    7290 > hide #1 cartoons
    7291 
    7292 > wait 30
    7293 
    7294 > crossfade
    7295 
    7296 > show #1 cartoons
    7297 
    7298 > wait 30
    7299 
    7300 > crossfade
    7301 
    7302 > color #1 cartoon dodger blue
    7303 
    7304 Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero',
    7305 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', or 'random' or a keyword 
    7306 
    7307 > color cartoon #1 dodger blue
    7308 
    7309 Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero',
    7310 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', or 'random' or a keyword 
    7311 
    7312 > color #1 dodger blue
    7313 
    7314 > color cartoon #1 dodger blue
    7315 
    7316 Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero',
    7317 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', or 'random' or a keyword 
    7318 
    7319 > redo
    7320 
    7321 > open Sccript.cxc
    7322 
    7323 > movie record
    7324 
    7325 Already recording a movie 
    7326 
    7327 > movie stop
    7328 
    7329 > open Sccript.cxc
    7330 
    7331 > movie record
    7332 
    7333 > crossfade
    7334 
    7335 > hide #1 cartoons
    7336 
    7337 > wait 30
    7338 
    7339 > crossfade
    7340 
    7341 > show #1 cartoons
    7342 
    7343 > wait 30
    7344 
    7345 > crossfade
    7346 
    7347 > color #1/B,D dodger blue
    7348 
    7349 > movie encode C:\Users\dharr/Desktop/crossfade_script_test
    7350 
    7351 Unrecognized movie file suffix crossfade_script_test, use *.ogv, *.mov, *.mp4,
    7352 *.avi, *.wmv, *.webm 
    7353 
    7354 > movie stop
    7355 
    7356 > help making movies
    7357 
    7358 No help found for 'making movies' 
    7359 
    7360 > help movie making
    7361 
    7362 > view :8P8
    7363 
    7364 > view :hca
    7365 
    7366 > view :hca
    7367 
    7368 > view
    7369 
    7370 > view
    7371 
    7372 > view all
    7373 
    7374 > view #1/A
    7375 
    7376 > view all
    7377 
    7378 > zoom :8P8
    7379 
    7380 Expected a number or a keyword 
    7381 
    7382 > help zoom
    7383 
    7384 > view :8p8
    7385 
    7386 > zoom 1
    7387 
    7388 > zoom 2
    7389 
    7390 > help zoom
    7391 
    7392 > help frames
    7393 
    7394 No help found for 'frames' 
    7395 
    7396 > help frame
    7397 
    7398 No help found for 'frame' 
    7399 
    7400 > zoom :8p8
    7401 
    7402 Expected a number or a keyword 
    7403 
    7404 > zoom -1
    7405 
    7406 > zoom 1
    7407 
    7408 > view
    7409 
    7410 > view all
    7411 
    7412 > view #1
    7413 
    7414 > help zoom
    7415 
    7416 > zoom -1 frames 2
    7417 
    7418 Traceback (most recent call last): 
    7419 File "C:\Program Files\ChimeraX 1.0\bin\lib\site-
    7420 packages\chimerax\cmd_line\tool.py", line 258, in execute 
    7421 cmd.run(cmd_text) 
    7422 File "C:\Program Files\ChimeraX 1.0\bin\lib\site-
    7423 packages\chimerax\core\commands\cli.py", line 2805, in run 
    7424 result = ci.function(session, **kw_args) 
    7425 File "C:\Program Files\ChimeraX 1.0\bin\lib\site-
    7426 packages\chimerax\std_commands\zoom.py", line 46, in zoom 
    7427 ff = math.pow(factor, 1/frames) 
    7428 ValueError: math domain error 
    7429  
    7430 ValueError: math domain error 
    7431  
    7432 File "C:\Program Files\ChimeraX 1.0\bin\lib\site-
    7433 packages\chimerax\std_commands\zoom.py", line 46, in zoom 
    7434 ff = math.pow(factor, 1/frames) 
    7435  
    7436 See log for complete Python traceback. 
    7437  
    7438 
    7439 > zoom -1 frames 2
    7440 
    7441 Traceback (most recent call last): 
    7442 File "C:\Program Files\ChimeraX 1.0\bin\lib\site-
    7443 packages\chimerax\cmd_line\tool.py", line 258, in execute 
    7444 cmd.run(cmd_text) 
    7445 File "C:\Program Files\ChimeraX 1.0\bin\lib\site-
    7446 packages\chimerax\core\commands\cli.py", line 2805, in run 
    7447 result = ci.function(session, **kw_args) 
    7448 File "C:\Program Files\ChimeraX 1.0\bin\lib\site-
    7449 packages\chimerax\std_commands\zoom.py", line 46, in zoom 
    7450 ff = math.pow(factor, 1/frames) 
    7451 ValueError: math domain error 
    7452  
    7453 ValueError: math domain error 
    7454  
    7455 File "C:\Program Files\ChimeraX 1.0\bin\lib\site-
    7456 packages\chimerax\std_commands\zoom.py", line 46, in zoom 
    7457 ff = math.pow(factor, 1/frames) 
    7458  
    7459 See log for complete Python traceback. 
    7460  
    7461 
    7462 > zoom 1 frames 2
    7463 
    7464 > zoom 2 frames 2
    7465 
    7466 > zoom 2 frames 2
    7467 
    7468 > zoom 2 frames 2
    7469 
    7470 > view all
    7471 
    7472 > zoom .2
    7473 
    7474 > zoom .002
    7475 
    7476 > view all
    7477 
    7478 > view #1 :8p8
    7479 
    7480 No objects specified. 
    7481 
    7482 > view :8p8
    7483 
    7484 > move z 20
    7485 
    7486 > move z 360
    7487 
    7488 > move z -360
    7489 
    7490 > help view
    7491 
    7492 > view :8p8 clip false
    7493 
    7494 > view :8p8 clip false
    7495 
    7496 > view :8p8 clip true
    7497 
    7498 > view :8p8 clip false
    7499 
    7500 > view :8p8 clip false
    7501 
    7502 > view :8p8 clip false
    7503 
    7504 > view #1/A
    7505 
    7506 > select #1/A :70
    7507 
    7508 7 atoms, 6 bonds, 1 model selected 
    7509 
    7510 > help turn
    7511 
    7512 > center #1/A :8p8
    7513 
    7514 Unknown command: center #1/A :8p8 
    7515 
    7516 > center #1/A :70
    7517 
    7518 Unknown command: center #1/A :70 
    7519 
    7520 > view #1
    7521 
    7522 > view #1/A :70
    7523 
    7524 > view #1/A :70 clipping false
    7525 
    7526 Expected an integer >= 1 or a keyword 
    7527 
    7528 > help view
    7529 
    7530 > view #1/A :70 clip false
    7531 
    7532 > view #1/A :70 clip true
    7533 
    7534 > clip false
    7535 
    7536 Expected a keyword 
    7537 
    7538 > view #1/A :70 clip false
    7539 
    7540 > view #1
    7541 
    7542 > view #1/A
    7543 
    7544 > view #1/A :8P8
    7545 
    7546 No objects specified. 
    7547 
    7548 > view #1/A :HCA
    7549 
    7550 > view #1/A :ICS clip false
    7551 
    7552 > select Mo
    7553 
    7554 2 atoms, 1 model selected 
    7555 
    7556 > color Mo magenta
    7557 
    7558 > view all
    7559 
    7560 > view #1
    7561 
    7562 > crossfade
    7563 
    7564 > view #1/A :ics
    7565 
    7566 > view #1
    7567 
    7568 > cel #1/A :70
    7569 
    7570 Unknown command: cel #1/A :70 
    7571 
    7572 > select #1/A :70
    7573 
    7574 7 atoms, 6 bonds, 1 model selected 
    7575 
    7576 > show atoms
    7577 
    7578 > show sel atoms
    7579 
    7580 > show atoms #1/A :70
    7581 
    7582 Expected ',' or a keyword 
    7583 
    7584 > show #1/A :70 atoms
    7585 
    7586 > view name V70
    7587 
    7588 > viewl #1
    7589 
    7590 Unknown command: viewl #1 
    7591 
    7592 > view #1
    7593 
    7594 > view V70
    7595 
    7596 > show #1 atoms
    7597 
    7598 > hide #1 cartoons
    7599 
    7600 > show #1 atoms
    7601 
    7602 > hide #1 cartoons
    7603 
    7604 > color #1 by element
    7605 
    7606 Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero',
    7607 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', or 'random' or a keyword 
    7608 
    7609 > show #1 atoms
    7610 
    7611 > hide #1 cartoons
    7612 
    7613 > color #1/A by element
    7614 
    7615 Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero',
    7616 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', or 'random' or a keyword 
    7617 
    7618 > color #1/A byelement
    7619 
    7620 > select ::name="HOH"
    7621 
    7622 4851 atoms, 2 models selected 
    7623 
    7624 > delete atoms sel
    7625 
    7626 > delete bonds sel
    7627 
    7628 > hide #1 atoms
    7629 
    7630 > show #1 cartoons
    7631 
    7632 > show Mocos
    7633 
    7634 > show #!4 models
    7635 
    7636 > hide #1 cartoons
    7637 
    7638 > show #1 cartoons
    7639 
    7640 > color Mocos byelement
    7641 
    7642 > show Vcos
    7643 
    7644 > color Vcos byelement
    7645 
    7646 > view #1
    7647 
    7648 > move y 20
    7649 
    7650 > move y -40
    7651 
    7652 > move y 20
    7653 
    7654 > move y -10
    7655 
    7656 > undo
    7657 
    7658 > view #1
    7659 
    7660 > move y -10
    7661 
    7662 > ui mousemode right "move label"
    7663 
    7664 > 2dlabels #4.32 xpos 0.707 ypos 0.454
    7665 
    7666 > 2dlabels #4.36 xpos 0.707 ypos 0.453
    7667 
    7668 > 2dlabels #4.31 xpos 0.721 ypos 0.280
    7669 
    7670 > 2dlabels #4.34 xpos 0.721 ypos 0.280
    7671 
    7672 > 2dlabels #4.33 xpos 0.014 ypos 0.303
    7673 
    7674 > 2dlabels #4.37 xpos 0.014 ypos 0.303
    7675 
    7676 > 2dlabels #4.30 xpos 0.197 ypos 0.505
    7677 
    7678 > 2dlabels #4.35 xpos 0.197 ypos 0.505
    7679 
    7680 > 2dlabels #4.23 xpos 0.290 ypos 0.034
    7681 
    7682 > 2dlabels #4.6 xpos 0.628 ypos 0.714
    7683 
    7684 > 2dlabels #4.9 xpos 0.628 ypos 0.713
    7685 
    7686 > 2dlabels #4.18 xpos 0.628 ypos 0.713
    7687 
    7688 > 2dlabels #4.3 xpos 0.377 ypos 0.709
    7689 
    7690 > 2dlabels #4.21 xpos 0.377 ypos 0.709
    7691 
    7692 > 2dlabels #4.10 xpos 0.377 ypos 0.707
    7693 
    7694 > 2dlabels #4.13 xpos 0.157 ypos 0.097
    7695 
    7696 > 2dlabels #4.23 xpos 0.294 ypos 0.012
    7697 
    7698 > 2dlabels #4.11 xpos 0.604 ypos 0.065
    7699 
    7700 > 2dlabels #4.4 xpos 0.604 ypos 0.065
    7701 
    7702 > 2dlabels #4.20 xpos 0.604 ypos 0.065
    7703 
    7704 > 2dlabels #4.8 xpos 0.352 ypos 0.064
    7705 
    7706 > 2dlabels #4.19 xpos 0.352 ypos 0.064
    7707 
    7708 > 2dlabels #4.5 xpos 0.352 ypos 0.063
    7709 
    7710 > show #2 cartoons
    7711 
    7712 > show #3 cartoons
    7713 
    7714 > 2dlabels #4.12 xpos 0.784 ypos 0.788
    7715 
    7716 > 2dlabels #4.16 xpos 0.783 ypos 0.788
    7717 
    7718 > 2dlabels #4.4 xpos 0.617 ypos 0.061
    7719 
    7720 > 2dlabels #4.11 xpos 0.617 ypos 0.060
    7721 
    7722 > 2dlabels #4.20 xpos 0.618 ypos 0.060
    7723 
    7724 > 2dlabels #4.13 xpos 0.147 ypos 0.044
    7725 
    7726 > 2dlabels #4.17 xpos 0.147 ypos 0.044
    7727 
    7728 > 2dlabels #4.14 xpos 0.686 ypos 0.088
    7729 
    7730 > 2dlabels #4.2 xpos 0.686 ypos 0.089
    7731 
    7732 > hide #4.22 models
    7733 
    7734 > help 2dlabels
    7735 
    7736 > help 2dlabels
    7737 
    7738 > 2dlabels 4.16 text γ
    7739 
    7740 Expected 'all' or a 2d label name or a label models specifier or a keyword 
    7741 
    7742 > 2dlabels #4.16 text γ
    7743 
    7744 > 2dlabels #4.17 text γ
    7745 
    7746 > 2dlabels #4.12 text γ
    7747 
    7748 > 2dlabels #4.13 text γ
    7749 
    7750 > 2dlabels #4.40 text γ⠈
    7751 
    7752 > 2dlabels #4.26 xpos 0.275 ypos 0.800
    7753 
    7754 > 2dlabels #4.40 xpos 0.468 ypos 0.756
    7755 
    7756 > 2dlabels #4.40 text γ₈
    7757 
    7758 > 2dlabels #4.40 text γ₂
    7759 
    7760 > 2dlabels #4.42 text γ₂
    7761 
    7762 > 2dlabels #4.40 xpos 0.140 ypos 0.837
    7763 
    7764 > 2dlabels #4.26 xpos 0.481 ypos 0.775
    7765 
    7766 > 2dlabels #4.29 xpos 0.481 ypos 0.776
    7767 
    7768 > 2dlabels #4.41 xpos 0.480 ypos 0.776
    7769 
    7770 > 2dlabels #4.42 xpos 0.445 ypos 0.782
    7771 
    7772 > show #4.22 models
    7773 
    7774 > view name master
    7775 
    7776 > 2dlabels #4.24 xpos 0.037 ypos 0.723
    7777 
    7778 > view master
    7779 
    7780 > view master
    7781 
    7782 > 2dlabels #4.13 xpos 0.141 ypos 0.043
    7783 
    7784 > 2dlabels #4.13 xpos 0.138 ypos 0.043
    7785 
    7786 > 2dlabels #4.17 xpos 0.138 ypos 0.043
    7787 
    7788 > 2dlabels #4.2 xpos 0.691 ypos 0.081
    7789 
    7790 > 2dlabels #4.14 xpos 0.691 ypos 0.081
    7791 
    7792 > 2dlabels #4.25 xpos 0.346 ypos 0.785
    7793 
    7794 > 2dlabels #4.28 xpos 0.466 ypos 0.777
    7795 
    7796 > move #4.28 x -2
    7797 
    7798 Missing or invalid "axis" argument: Expected 3 floats or "x", or "y", or "z"
    7799 or two atoms 
    7800 
    7801 > move #4.28 x -2
    7802 
    7803 Missing or invalid "axis" argument: Expected 3 floats or "x", or "y", or "z"
    7804 or two atoms 
    7805 
    7806 > move #4.28 x 7
    7807 
    7808 Missing or invalid "axis" argument: Expected 3 floats or "x", or "y", or "z"
    7809 or two atoms 
    7810 
    7811 > move #4.28 x
    7812 
    7813 Missing or invalid "axis" argument: Expected 3 floats or "x", or "y", or "z"
    7814 or two atoms 
    7815 
    7816 > move #1 x 120
    7817 
    7818 Missing or invalid "axis" argument: Axis argument requires 2 atoms, got 16066
    7819 atoms 
    7820 
    7821 > help move
    7822 
    7823 > select #4.28
    7824 
    7825 1 model selected 
    7826 
    7827 > move x -2
    7828 
    7829 > move x -2 #4.28
    7830 
    7831 Expected an integer >= 1 or a keyword 
    7832 
    7833 > view master
    7834 
    7835 > help 2dlabel
    7836 
    7837 > 2dlabels #4.42 xpos 0.441 ypos 0.777
    7838 
    7839 > 2dlabels #4.28 xpos 0.409 ypos 0.776
    7840 
    7841 > 2dlabels #4.27 xpos 0.287 ypos 0.811
    7842 
    7843 > 2dlabels #4.27 xpos 0.374 ypos 0.777
    7844 
    7845 > 2dlabels #4.40 xpos 0.441 ypos 0.777
    7846 
    7847 > 2dlabels #4.39 xpos 0.409 ypos 0.776
    7848 
    7849 > 2dlabels #4.38 xpos 0.374 ypos 0.777
    7850 
    7851 > 2dlabels #4.25 xpos 0.408 ypos 0.775
    7852 
    7853 > 2dlabels #4.25 xpos 0.439 ypos 0.777
    7854 
    7855 > 2dlabels #4.24 xpos 0.408 ypos 0.775
    7856 
    7857 > 2dlabels #4.1 xpos 0.388 ypos 0.834
    7858 
    7859 > 2dlabels #4.1 xpos 0.389 ypos 0.828
    7860 
    7861 > 2dlabels #4.7 xpos 0.402 ypos 0.828
    7862 
    7863 > 2dlabels #4.15 xpos 0.378 ypos 0.828
    7864 
    7865 > 2dlabels #4.43 xpos 0.262 ypos 0.832
    7866 
    7867 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/All 3 N2ase
    7868 > colored_labeled_master_view.cxs"
    7869 
    7870 > select #4
    7871 
    7872 44 models selected 
    7873 
    7874 > ~select #4
    7875 
    7876 Nothing selected 
    7877 
    7878 > hide #!4 models
    7879 
    7880 > view V70
    7881 
    7882 > crossfade
    7883 
    7884 > view master
    7885 
    7886 > view V70
    7887 
    7888 > hide #1 cartoons
    7889 
    7890 > hide #3 cartoons
    7891 
    7892 > hide #2 cartoons
    7893 
    7894 > color Mo magenta
    7895 
    7896 Drag select of 30 atoms, 48 bonds 
    7897 Drag select of 30 atoms, 48 bonds 
    7898 
    7899 > name frozen P sel
    7900 
    7901 "P" is reserved and cannot be redefined 
    7902 
    7903 > name frozen Pclust sel
    7904 
    7905 > name frozen Pclust sel
    7906 
    7907 > hide Pclust
    7908 
    7909 > view V70
    7910 
    7911 > crossfade
    7912 
    7913 > view master
    7914 
    7915 > view V70
    7916 
    7917 > hide #1 cartoons
    7918 
    7919 > hide #3 cartoons
    7920 
    7921 > hide #2 cartoons
    7922 
    7923 > crossfade
    7924 
    7925 > view master
    7926 
    7927 > view V70
    7928 
    7929 > hide #1 cartoons
    7930 
    7931 > hide #3 cartoons
    7932 
    7933 > hide #2 cartoons
    7934 
    7935 > view master
    7936 
    7937 > view master
    7938 
    7939 > crossfade
    7940 
    7941 > view master
    7942 
    7943 > view V70
    7944 
    7945 > hide #1 cartoons
    7946 
    7947 > hide #3 cartoons
    7948 
    7949 > hide #2 cartoons
    7950 
    7951 > view master
    7952 
    7953 > crossfade
    7954 
    7955 > view master
    7956 
    7957 > view V70
    7958 
    7959 > hide #1 cartoons
    7960 
    7961 > hide #3 cartoons
    7962 
    7963 > hide #2 cartoons
    7964 
    7965 > view master
    7966 
    7967 > show #1 cartoons
    7968 
    7969 > crossfade
    7970 
    7971 > view #1/A
    7972 
    7973 > view V70
    7974 
    7975 > hide #1 cartoons
    7976 
    7977 > open Sccript.cxc
    7978 
    7979 > crossfade
    7980 
    7981 > view master
    7982 
    7983 > crossfade
    7984 
    7985 > show #1 cartoons
    7986 
    7987 > crossfade
    7988 
    7989 > view #1/A
    7990 
    7991 > crossfade
    7992 
    7993 > view V70
    7994 
    7995 > crossfade
    7996 
    7997 > hide cartoons #1
    7998 
    7999 Expected ',' or a keyword 
    8000 
    8001 > open Sccript.cxc
    8002 
    8003 > crossfade
    8004 
    8005 > view master
    8006 
    8007 > crossfade
    8008 
    8009 > show #1 cartoons
    8010 
    8011 > crossfade
    8012 
    8013 > view #1/A
    8014 
    8015 > crossfade
    8016 
    8017 > view V70
    8018 
    8019 > crossfade
    8020 
    8021 > hide cartoons #1
    8022 
    8023 Expected ',' or a keyword 
    8024 
    8025 > view master
    8026 
    8027 > open Sccript.cxc
    8028 
    8029 > crossfade
    8030 
    8031 > view master
    8032 
    8033 > wait 10
    8034 
    8035 > crossfade
    8036 
    8037 > show #1 cartoons
    8038 
    8039 > wait 10
    8040 
    8041 > crossfade
    8042 
    8043 > view #1/A
    8044 
    8045 > wait 10
    8046 
    8047 > crossfade
    8048 
    8049 > view V70
    8050 
    8051 > wait 10
    8052 
    8053 > crossfade
    8054 
    8055 > hide cartoons #1
    8056 
    8057 Expected ',' or a keyword 
    8058 
    8059 > open Sccript.cxc
    8060 
    8061 > crossfade
    8062 
    8063 > view master
    8064 
    8065 > wait 100
    8066 
    8067 > crossfade
    8068 
    8069 > show #1 cartoons
    8070 
    8071 > wait 100
    8072 
    8073 > crossfade
    8074 
    8075 > view #1/A
    8076 
    8077 > wait 100
    8078 
    8079 > crossfade
    8080 
    8081 > view V70
    8082 
    8083 > wait 100
    8084 
    8085 > crossfade
    8086 
    8087 > hide #1 cartoons
    8088 
    8089 executed Sccript.cxc 
    8090 
    8091 > master view
    8092 
    8093 Unknown command: master view 
    8094 
    8095 > view master
    8096 
    8097 > show #1 cartoons
    8098 
    8099 > select V70
    8100 
    8101 Expected an objects specifier or a keyword 
    8102 
    8103 > select #1/A :70
    8104 
    8105 7 atoms, 6 bonds, 1 model selected 
    8106 
    8107 > show #!4 models
    8108 
    8109 > view master
    8110 
    8111 > hide #!4 models
    8112 
    8113 > select #1/C :70
    8114 
    8115 7 atoms, 6 bonds, 1 model selected 
    8116 
    8117 > view
    8118 
    8119 > view master
    8120 
    8121 > view #1/C :70
    8122 
    8123 > view #1/C :70 clip falsh
    8124 
    8125 Invalid "clip" argument: Expected true or false (or 1 or 0) 
    8126 
    8127 > view #1/C :70 clip false
    8128 
    8129 > show #1/C :70 atoms
    8130 
    8131 > color #1/C :70 byelement
    8132 
    8133 > view name V70
    8134 
    8135 > view master
    8136 
    8137 > clear sel
    8138 
    8139 Unknown command: clear sel 
    8140 
    8141 > select clear
    8142 
    8143 > view V70
    8144 
    8145 > hide #1/C :70 atoms
    8146 
    8147 > view master
    8148 
    8149 > open Sccript.cxc
    8150 
    8151 > crossfade
    8152 
    8153 > view master
    8154 
    8155 > wait 100
    8156 
    8157 > crossfade
    8158 
    8159 > show #1 cartoons
    8160 
    8161 > wait 100
    8162 
    8163 > crossfade
    8164 
    8165 > view #1/C
    8166 
    8167 > wait 100
    8168 
    8169 > crossfade
    8170 
    8171 > view V70
    8172 
    8173 > wait 100
    8174 
    8175 > crossfade
    8176 
    8177 > hide #1 cartoons
    8178 
    8179 executed Sccript.cxc 
    8180 
    8181 > view master
    8182 
    8183 > show #1 cartoons
    8184 
    8185 > view :ics
    8186 
    8187 > view master
    8188 
    8189 > view #1/C :ics
    8190 
    8191 > view #1/C :ics clip false
    8192 
    8193 > clip true
    8194 
    8195 Expected a keyword 
    8196 
    8197 > hide #1 cartoons
    8198 
    8199 > show #1/C :70
    8200 
    8201 > view name FeMoco
    8202 
    8203 No visible atoms or bonds selected 
    8204 
    8205 > select clear
    8206 
    8207 > view name FeMoco
    8208 
    8209 > view master
    8210 
    8211 > view FeMoco
    8212 
    8213 > view master
    8214 
    8215 > show #1 cartoons
    8216 
    8217 > view #1/C
    8218 
    8219 > ui mousemode right clip
    8220 
    8221 > ui mousemode right clip
    8222 
    8223 > ui mousemode right "clip rotate"
    8224 
    8225 > ui mousemode right clip
    8226 
    8227 > ui mousemode right clip
    8228 
    8229 > ui mousemode right "move label"
    8230 
    8231 > ui mousemode right select
    8232 
    8233 > select #1/D:171
    8234 
    8235 9 atoms, 8 bonds, 1 model selected 
    8236 
    8237 > select clear
    8238 
    8239 > view mnaster
    8240 
    8241 Expected an objects specifier or a view name or a keyword 
    8242 
    8243 > view master
    8244 
    8245 > show #!4 models
    8246 
    8247 > show Mocos
    8248 
    8249 > show Vcos
    8250 
    8251 > show Pclust
    8252 
    8253 > hide Pclust
    8254 
    8255 > show Pclust
    8256 
    8257 > how Vcos
    8258 
    8259 Unknown command: how Vcos 
    8260 
    8261 > hide #!4 models
    8262 
    8263 > help crossfade
    8264 
    8265 > crossfade
    8266 
    8267 > hide #1 cartoons
    8268 
    8269 > show #1 cartoons
    8270 
    8271 > crossfade
    8272 
    8273 > hide #1 cartoons
    8274 
    8275 > wait 30
    8276 
    8277 > crossfade
    8278 
    8279 > hide #1 cartoons
    8280 
    8281 > show #1 cartoons
    8282 
    8283 > crossfade
    8284 
    8285 > hide #1 cartoons
    8286 
    8287 > show #1 cartoons
    8288 
    8289 > crossfade
    8290 
    8291 > hide #1 cartoons
    8292 
    8293 > show #1 cartoons
    8294 
    8295 > crossfade
    8296 
    8297 > hide #1 cartoons
    8298 
    8299 > wait 30
    8300 
    8301 > show #1 cartoons
    8302 
    8303 > crossfade
    8304 
    8305 > hide #1 cartoons
    8306 
    8307 > wait 30
    8308 
    8309 > show #1 cartoons
    8310 
    8311 > crossfade
    8312 
    8313 > hide #1 cartoons
    8314 
    8315 > wait 30
    8316 
    8317 > crossfade
    8318 
    8319 > show #1 cartoons
    8320 
    8321 > crossfade 100
    8322 
    8323 > hide #1 cartoons
    8324 
    8325 > wait 30
    8326 
    8327 > crossfade 100
    8328 
    8329 > show #1 cartoons
    8330 
    8331 > crossfade 100
    8332 
    8333 > hide #1 cartoons
    8334 
    8335 > wait 30
    8336 
    8337 > crossfade 100
    8338 
    8339 > show #1 cartoons
    8340 
    8341 > crossfade 100
    8342 
    8343 > hide #1 cartoons
    8344 
    8345 > wait 100
    8346 
    8347 > crossfade 100
    8348 
    8349 > show #1 cartoons
    8350 
    8351 > crossfade 100
    8352 
    8353 > hide #1 cartoons
    8354 
    8355 > wait 100
    8356 
    8357 > crossfade 100
    8358 
    8359 > show #1 cartoons
    8360 
    8361 > hide #1 cartoons
    8362 
    8363 > hide Mocos
    8364 
    8365 > hide Vcos
    8366 
    8367 > hide #1/C :70 atoms
    8368 
    8369 > open Sccript.cxc
    8370 
    8371 > crossfade
    8372 
    8373 > show #1 cartoons
    8374 
    8375 > show Mocos
    8376 
    8377 > wait 50
    8378 
    8379 > show #4.1
    8380 
    8381 > show #4.2
    8382 
    8383 > wait 50
    8384 
    8385 > show #4.24
    8386 
    8387 > show #4.25
    8388 
    8389 > show #4.26
    8390 
    8391 > wait 50
    8392 
    8393 > show #4.5
    8394 
    8395 > wait 25
    8396 
    8397 > show #4.6
    8398 
    8399 > wait 25
    8400 
    8401 > show #4.3
    8402 
    8403 > wait 25
    8404 
    8405 > show #4.4
    8406 
    8407 > wait 25
    8408 
    8409 > hide #4.4
    8410 
    8411 > hide #4.5
    8412 
    8413 > hide #4.3
    8414 
    8415 > hide #4.6
    8416 
    8417 > wait 50
    8418 
    8419 > roll x 1 360
    8420 
    8421 > wait
    8422 
    8423 > roll y 1 360
    8424 
    8425 > wait
    8426 
    8427 > show #4.4
    8428 
    8429 > show #4.5
    8430 
    8431 > show #4.3
    8432 
    8433 > show #4.6
    8434 
    8435 > wait 50
    8436 
    8437 > hide #1 cartoons
    8438 
    8439 > hide #4.1
    8440 
    8441 > hide #4.2
    8442 
    8443 > hide #4.24
    8444 
    8445 > hide #4.25
    8446 
    8447 > hide #4.26
    8448 
    8449 > hide #4.5
    8450 
    8451 > hide #4.6
    8452 
    8453 > hide #4.3
    8454 
    8455 > hide #4.4
    8456 
    8457 > wait 50
    8458 
    8459 > show #4.30
    8460 
    8461 > show #4.31
    8462 
    8463 > show #4.32
    8464 
    8465 > show #4.33
    8466 
    8467 > wait 50
    8468 
    8469 > hide Mocos
    8470 
    8471 > hide #4.30
    8472 
    8473 > hide #4.31
    8474 
    8475 > hide #4.32
    8476 
    8477 > hide #4.33
    8478 
    8479 > wait 50
    8480 
    8481 executed Sccript.cxc 
    8482 
    8483 > hide #!4 models
    8484 
    8485 > show #!4 models
    8486 
    8487 > hide #4.7 models
    8488 
    8489 > hide #4.8 models
    8490 
    8491 > hide #4.9 models
    8492 
    8493 > hide #4.10 models
    8494 
    8495 > hide #4.11 models
    8496 
    8497 > hide #4.12 models
    8498 
    8499 > hide #4.13 models
    8500 
    8501 > hide #4.14 models
    8502 
    8503 > hide #4.15 models
    8504 
    8505 > hide #4.16 models
    8506 
    8507 > hide #4.17 models
    8508 
    8509 > hide #4.18 models
    8510 
    8511 > hide #4.19 models
    8512 
    8513 > hide #4.20 models
    8514 
    8515 > hide #4.21 models
    8516 
    8517 > hide #4.22 models
    8518 
    8519 > hide #4.23 models
    8520 
    8521 > hide #4.27 models
    8522 
    8523 > hide #4.28 models
    8524 
    8525 > hide #4.29 models
    8526 
    8527 > hide #4.34 models
    8528 
    8529 > hide #4.35 models
    8530 
    8531 > hide #4.37 models
    8532 
    8533 > hide #4.36 models
    8534 
    8535 > hide #4.38 models
    8536 
    8537 > hide #4.39 models
    8538 
    8539 > hide #4.40 models
    8540 
    8541 > hide #4.41 models
    8542 
    8543 > hide #4.42 models
    8544 
    8545 > hide #4.43 models
    8546 
    8547 > open Sccript.cxc
    8548 
    8549 > crossfade
    8550 
    8551 > show #1 cartoons
    8552 
    8553 > show Mocos
    8554 
    8555 > wait 50
    8556 
    8557 > show #4.1
    8558 
    8559 > show #4.2
    8560 
    8561 > wait 50
    8562 
    8563 > show #4.24
    8564 
    8565 > show #4.25
    8566 
    8567 > show #4.26
    8568 
    8569 > wait 50
    8570 
    8571 > show #4.5
    8572 
    8573 > wait 25
    8574 
    8575 > show #4.6
    8576 
    8577 > wait 25
    8578 
    8579 > show #4.3
    8580 
    8581 > wait 25
    8582 
    8583 > show #4.4
    8584 
    8585 > wait 25
    8586 
    8587 > hide #4.4
    8588 
    8589 > hide #4.5
    8590 
    8591 > hide #4.3
    8592 
    8593 > hide #4.6
    8594 
    8595 > wait 50
    8596 
    8597 > roll x 1 360
    8598 
    8599 > wait
    8600 
    8601 > roll y 1 360
    8602 
    8603 > wait
    8604 
    8605 > show #4.4
    8606 
    8607 > show #4.5
    8608 
    8609 > show #4.3
    8610 
    8611 > show #4.6
    8612 
    8613 > wait 50
    8614 
    8615 > hide #1 cartoons
    8616 
    8617 > hide #4.1
    8618 
    8619 > hide #4.2
    8620 
    8621 > hide #4.24
    8622 
    8623 > hide #4.25
    8624 
    8625 > hide #4.26
    8626 
    8627 > hide #4.5
    8628 
    8629 > hide #4.6
    8630 
    8631 > hide #4.3
    8632 
    8633 > hide #4.4
    8634 
    8635 > wait 50
    8636 
    8637 > show #4.30
    8638 
    8639 > show #4.31
    8640 
    8641 > show #4.32
    8642 
    8643 > show #4.33
    8644 
    8645 > wait 50
    8646 
    8647 > hide Mocos
    8648 
    8649 > hide #4.30
    8650 
    8651 > hide #4.31
    8652 
    8653 > hide #4.32
    8654 
    8655 > hide #4.33
    8656 
    8657 > wait 50
    8658 
    8659 executed Sccript.cxc 
    8660 
    8661 > open Sccript.cxc
    8662 
    8663 > movie record
    8664 
    8665 > crossfade
    8666 
    8667 > show #1 cartoons
    8668 
    8669 > show Mocos
    8670 
    8671 > wait 50
    8672 
    8673 > crossfade
    8674 
    8675 > show #4.1
    8676 
    8677 > show #4.2
    8678 
    8679 > wait 50
    8680 
    8681 > crossfade
    8682 
    8683 > show #4.24
    8684 
    8685 > show #4.25
    8686 
    8687 > show #4.26
    8688 
    8689 > wait 50
    8690 
    8691 > crossfade
    8692 
    8693 > show #4.5
    8694 
    8695 > wait 25
    8696 
    8697 > crossfade
    8698 
    8699 > show #4.6
    8700 
    8701 > wait 25
    8702 
    8703 > crossfade
    8704 
    8705 > show #4.3
    8706 
    8707 > wait 25
    8708 
    8709 > crossfade
    8710 
    8711 > show #4.4
    8712 
    8713 > wait 25
    8714 
    8715 > crossfade
    8716 
    8717 > hide #4.4
    8718 
    8719 > hide #4.5
    8720 
    8721 > hide #4.3
    8722 
    8723 > hide #4.6
    8724 
    8725 > wait 50
    8726 
    8727 > crossfade
    8728 
    8729 > roll x 1 360
    8730 
    8731 > wait
    8732 
    8733 > crossfade
    8734 
    8735 > roll y 1 360
    8736 
    8737 > wait
    8738 
    8739 > crossfade
    8740 
    8741 > show #4.4
    8742 
    8743 > show #4.5
    8744 
    8745 > show #4.3
    8746 
    8747 > show #4.6
    8748 
    8749 > wait 50
    8750 
    8751 > crossfade
    8752 
    8753 > hide #1 cartoons
    8754 
    8755 > hide #4.1
    8756 
    8757 > hide #4.2
    8758 
    8759 > hide #4.24
    8760 
    8761 > hide #4.25
    8762 
    8763 > hide #4.26
    8764 
    8765 > hide #4.5
    8766 
    8767 > hide #4.6
    8768 
    8769 > hide #4.3
    8770 
    8771 > hide #4.4
    8772 
    8773 > wait 50
    8774 
    8775 > crossfade
    8776 
    8777 > show #4.30
    8778 
    8779 > show #4.31
    8780 
    8781 > show #4.32
    8782 
    8783 > show #4.33
    8784 
    8785 > wait 50
    8786 
    8787 > crossfade
    8788 
    8789 > hide Mocos
    8790 
    8791 > hide #4.30
    8792 
    8793 > hide #4.31
    8794 
    8795 > hide #4.32
    8796 
    8797 > hide #4.33
    8798 
    8799 > wait 50
    8800 
    8801 > movie encode C:\Users\dharr\Box\ChimeraX Movie\Movie iterations
    8802 
    8803 Expected ',' or a keyword 
    8804 
    8805 > open Sccript.cxc
    8806 
    8807 > movie record
    8808 
    8809 Already recording a movie 
    8810 
    8811 > movie stop
    8812 
    8813 > open Sccript.cxc
    8814 
    8815 > movie record
    8816 
    8817 > crossfade
    8818 
    8819 > show #1 cartoons
    8820 
    8821 > show Mocos
    8822 
    8823 > wait 50
    8824 
    8825 > crossfade
    8826 
    8827 > show #4.1
    8828 
    8829 > show #4.2
    8830 
    8831 > wait 50
    8832 
    8833 > crossfade
    8834 
    8835 > show #4.24
    8836 
    8837 > show #4.25
    8838 
    8839 > show #4.26
    8840 
    8841 > wait 50
    8842 
    8843 > crossfade
    8844 
    8845 > show #4.5
    8846 
    8847 > wait 25
    8848 
    8849 > crossfade
    8850 
    8851 > show #4.6
    8852 
    8853 > wait 25
    8854 
    8855 > crossfade
    8856 
    8857 > show #4.3
    8858 
    8859 > wait 25
    8860 
    8861 > crossfade
    8862 
    8863 > show #4.4
    8864 
    8865 > wait 25
    8866 
    8867 > crossfade
    8868 
    8869 > hide #4.4
    8870 
    8871 > hide #4.5
    8872 
    8873 > hide #4.3
    8874 
    8875 > hide #4.6
    8876 
    8877 > wait 50
    8878 
    8879 > crossfade
    8880 
    8881 > roll x 1 360
    8882 
    8883 > wait
    8884 
    8885 > crossfade
    8886 
    8887 > roll y 1 360
    8888 
    8889 > wait
    8890 
    8891 > crossfade
    8892 
    8893 > show #4.4
    8894 
    8895 > show #4.5
    8896 
    8897 > show #4.3
    8898 
    8899 > show #4.6
    8900 
    8901 > wait 50
    8902 
    8903 > crossfade
    8904 
    8905 > hide #1 cartoons
    8906 
    8907 > hide #4.1
    8908 
    8909 > hide #4.2
    8910 
    8911 > hide #4.24
    8912 
    8913 > hide #4.25
    8914 
    8915 > hide #4.26
    8916 
    8917 > hide #4.5
    8918 
    8919 > hide #4.6
    8920 
    8921 > hide #4.3
    8922 
    8923 > hide #4.4
    8924 
    8925 > wait 50
    8926 
    8927 > crossfade
    8928 
    8929 > show #4.30
    8930 
    8931 > show #4.31
    8932 
    8933 > show #4.32
    8934 
    8935 > show #4.33
    8936 
    8937 > wait 50
    8938 
    8939 > crossfade
    8940 
    8941 > hide Mocos
    8942 
    8943 > hide #4.30
    8944 
    8945 > hide #4.31
    8946 
    8947 > hide #4.32
    8948 
    8949 > hide #4.33
    8950 
    8951 > wait 50
    8952 
    8953 > movie encode C:\Users\dharr\Box\ChimeraX Movie\Movie iterations\test1.mp4
    8954 
    8955 Expected ',' or a keyword 
    8956 
    8957 > movie stop
    8958 
    8959 > help movie
    8960 
    8961 > output browse
    8962 
    8963 Unknown command: output browse 
    8964 
    8965 > output browse
    8966 
    8967 Unknown command: movie output browse 
    8968 
    8969 > movie encode output
    8970 
    8971 Missing "output" keyword's argument 
    8972 
    8973 > open Sccript.cxc
    8974 
    8975 > movie record
    8976 
    8977 > crossfade
    8978 
    8979 > show #1 cartoons
    8980 
    8981 > show Mocos
    8982 
    8983 > wait 50
    8984 
    8985 > crossfade
    8986 
    8987 > show #4.1
    8988 
    8989 > show #4.2
    8990 
    8991 > wait 50
    8992 
    8993 > crossfade
    8994 
    8995 > show #4.24
    8996 
    8997 > show #4.25
    8998 
    8999 > show #4.26
    9000 
    9001 > wait 50
    9002 
    9003 > crossfade
    9004 
    9005 > show #4.5
    9006 
    9007 > wait 25
    9008 
    9009 > crossfade
    9010 
    9011 > show #4.6
    9012 
    9013 > wait 25
    9014 
    9015 > crossfade
    9016 
    9017 > show #4.3
    9018 
    9019 > wait 25
    9020 
    9021 > crossfade
    9022 
    9023 > show #4.4
    9024 
    9025 > wait 25
    9026 
    9027 > crossfade
    9028 
    9029 > hide #4.4
    9030 
    9031 > hide #4.5
    9032 
    9033 > hide #4.3
    9034 
    9035 > hide #4.6
    9036 
    9037 > wait 50
    9038 
    9039 > crossfade
    9040 
    9041 > roll x 1 360
    9042 
    9043 > wait
    9044 
    9045 > crossfade
    9046 
    9047 > roll y 1 360
    9048 
    9049 > wait
    9050 
    9051 > crossfade
    9052 
    9053 > show #4.4
    9054 
    9055 > show #4.5
    9056 
    9057 > show #4.3
    9058 
    9059 > show #4.6
    9060 
    9061 > wait 50
    9062 
    9063 > crossfade
    9064 
    9065 > hide #1 cartoons
    9066 
    9067 > hide #4.1
    9068 
    9069 > hide #4.2
    9070 
    9071 > hide #4.24
    9072 
    9073 > hide #4.25
    9074 
    9075 > hide #4.26
    9076 
    9077 > hide #4.5
    9078 
    9079 > hide #4.6
    9080 
    9081 > hide #4.3
    9082 
    9083 > hide #4.4
    9084 
    9085 > wait 50
    9086 
    9087 > crossfade
    9088 
    9089 > show #4.30
    9090 
    9091 > show #4.31
    9092 
    9093 > show #4.32
    9094 
    9095 > show #4.33
    9096 
    9097 > wait 50
    9098 
    9099 > crossfade
    9100 
    9101 > hide Mocos
    9102 
    9103 > hide #4.30
    9104 
    9105 > hide #4.31
    9106 
    9107 > hide #4.32
    9108 
    9109 > hide #4.33
    9110 
    9111 > wait 50
    9112 
    9113 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    9114 > iterations/test1"
    9115 
    9116 Unrecognized movie file suffix test1, use *.ogv, *.mov, *.mp4, *.avi, *.wmv,
    9117 *.webm 
    9118 
    9119 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    9120 > iterations/test1.mp4"
    9121 
    9122 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie iterations/test1.mp4 
    9123  
    9124 
    9125 > show #1 cartoons
    9126 
    9127 > show Mocos
    9128 
    9129 Drag select of 61 residues 
    9130 
    9131 > select clear
    9132 
    9133 > ui mousemode right select
    9134 
    9135 > ui mousemode right select
    9136 
    9137 > ui mousemode right rotate
    9138 
    9139 > view master
    9140 
    9141 > hide Pclust
    9142 
    9143 > show Pclust
    9144 
    9145 > hide Vcos
    9146 
    9147 > select :clf
    9148 
    9149 60 atoms, 96 bonds, 2 models selected 
    9150 
    9151 > show Vcos
    9152 
    9153 > select clear
    9154 
    9155 > select #1 :clf
    9156 
    9157 30 atoms, 48 bonds, 1 model selected 
    9158 
    9159 > name frozen MPclust sel
    9160 
    9161 > select clear
    9162 
    9163 > show Vcos
    9164 
    9165 > select #2 :clf
    9166 
    9167 30 atoms, 48 bonds, 1 model selected 
    9168 
    9169 > name frozen VPclust sel
    9170 
    9171 > view master
    9172 
    9173 > hide Vcos
    9174 
    9175 > select clear
    9176 
    9177 > view master
    9178 
    9179 > show #4.1 models
    9180 
    9181 > show #4.2 models
    9182 
    9183 > show #4.4 models
    9184 
    9185 > show #4.3 models
    9186 
    9187 > show #4.5 models
    9188 
    9189 > show #4.6 models
    9190 
    9191 > show #4.9 models
    9192 
    9193 > show #4.7 models
    9194 
    9195 > show #4.8 models
    9196 
    9197 > show #4.10 models
    9198 
    9199 > show #4.11 models
    9200 
    9201 > show #4.12 models
    9202 
    9203 > show #4.13 models
    9204 
    9205 > show #4.14 models
    9206 
    9207 > show #4.15 models
    9208 
    9209 > show #4.16 models
    9210 
    9211 > show #4.17 models
    9212 
    9213 > show #4.18 models
    9214 
    9215 > show #4.19 models
    9216 
    9217 > show #4.20 models
    9218 
    9219 > show #4.21 models
    9220 
    9221 > show #4.22 models
    9222 
    9223 > show #4.23 models
    9224 
    9225 > show #4.24 models
    9226 
    9227 > show #4.25 models
    9228 
    9229 > show #4.26 models
    9230 
    9231 > show #4.27 models
    9232 
    9233 > show #4.28 models
    9234 
    9235 > show #4.29 models
    9236 
    9237 > show #4.30 models
    9238 
    9239 > show #4.31 models
    9240 
    9241 > show #4.32 models
    9242 
    9243 > show #4.33 models
    9244 
    9245 > show #4.34 models
    9246 
    9247 > show #4.35 models
    9248 
    9249 > show #4.36 models
    9250 
    9251 > show #4.37 models
    9252 
    9253 > show #4.38 models
    9254 
    9255 > show #4.39 models
    9256 
    9257 > show #4.42 models
    9258 
    9259 > show #4.43 models
    9260 
    9261 > show #4.40 models
    9262 
    9263 > show #4.41 models
    9264 
    9265 > view master
    9266 
    9267 > show #2 cartoons
    9268 
    9269 > show #3 cartoons
    9270 
    9271 > ui mousemode right "move label"
    9272 
    9273 > view master
    9274 
    9275 > 2dlabels #4.24 xpos 0.407 ypos 0.775
    9276 
    9277 > hide #4.1 models
    9278 
    9279 > hide #4.2 models
    9280 
    9281 > hide #4.3 models
    9282 
    9283 > hide #4.4 models
    9284 
    9285 > hide #4.5 models
    9286 
    9287 > hide #4.6 models
    9288 
    9289 > hide #4.7 models
    9290 
    9291 > hide #4.8 models
    9292 
    9293 > hide #4.9 models
    9294 
    9295 > hide #4.10 models
    9296 
    9297 > hide #4.11 models
    9298 
    9299 > hide #4.12 models
    9300 
    9301 > hide #4.13 models
    9302 
    9303 > hide #4.14 models
    9304 
    9305 > hide #4.15 models
    9306 
    9307 > hide #4.16 models
    9308 
    9309 > hide #4.17 models
    9310 
    9311 > hide #4.18 models
    9312 
    9313 > hide #4.19 models
    9314 
    9315 > hide #4.20 models
    9316 
    9317 > hide #4.21 models
    9318 
    9319 > hide #4.22 models
    9320 
    9321 > hide #4.23 models
    9322 
    9323 > hide #4.24 models
    9324 
    9325 > hide #4.25 models
    9326 
    9327 > hide #4.26 models
    9328 
    9329 > hide #4.27 models
    9330 
    9331 > hide #4.28 models
    9332 
    9333 > hide #4.29 models
    9334 
    9335 > hide #4.30 models
    9336 
    9337 > hide #4.31 models
    9338 
    9339 > hide #4.33 models
    9340 
    9341 > hide #4.34 models
    9342 
    9343 > hide #4.35 models
    9344 
    9345 > hide #4.32 models
    9346 
    9347 > hide #4.36 models
    9348 
    9349 > hide #4.37 models
    9350 
    9351 > hide #4.38 models
    9352 
    9353 > hide #4.39 models
    9354 
    9355 > hide #4.40 models
    9356 
    9357 > hide #4.41 models
    9358 
    9359 > hide #4.42 models
    9360 
    9361 > hide #4.43 models
    9362 
    9363 > hide #!4 models
    9364 
    9365 > hide #2 cartoons
    9366 
    9367 > hide #3 cartoons
    9368 
    9369 > hide #1/A,C
    9370 
    9371 > hide #1/A,C cartoons
    9372 
    9373 > show #1/A,C
    9374 
    9375 > hide #1/B,D
    9376 
    9377 > show #1/A,C cartoons
    9378 
    9379 > hide #1/B,D cartoons
    9380 
    9381 > hide atoms
    9382 
    9383 > show #1 cartoons
    9384 
    9385 > show Mocos
    9386 
    9387 > view master
    9388 
    9389 > crossfade
    9390 
    9391 > hide Mocos
    9392 
    9393 > hide #1/B,D cartoons
    9394 
    9395 > show #4.5
    9396 
    9397 > show #4.6
    9398 
    9399 > wait 25
    9400 
    9401 > crossfade
    9402 
    9403 > hide #1/A,C cartoons
    9404 
    9405 > show #1/B,D
    9406 
    9407 > hide #4.5
    9408 
    9409 > hide #4.6
    9410 
    9411 > show #4.3
    9412 
    9413 > show #4.4
    9414 
    9415 > wait 25
    9416 
    9417 > crossfade
    9418 
    9419 > hide #1/A,C cartoons
    9420 
    9421 > show #1/B,D cartoons
    9422 
    9423 > hide #4.5
    9424 
    9425 > hide #4.6
    9426 
    9427 > show #4.3
    9428 
    9429 > show #4.4
    9430 
    9431 > wait 25
    9432 
    9433 > hide atoms
    9434 
    9435 > show #1 cartoons
    9436 
    9437 > view master
    9438 
    9439 > hide #4.3 models
    9440 
    9441 > hide #4.4 models
    9442 
    9443 > select up
    9444 
    9445 Nothing selected 
    9446 
    9447 > select up
    9448 
    9449 Nothing selected 
    9450 
    9451 > crossfade
    9452 
    9453 > hide #1/A,C cartoons
    9454 
    9455 > show #1/B,D cartoons
    9456 
    9457 > hide #4.5
    9458 
    9459 > hide #4.6
    9460 
    9461 > show #4.3
    9462 
    9463 > show #4.4
    9464 
    9465 > wait 25
    9466 
    9467 > hide #4.3 models
    9468 
    9469 > hide #4.4 models
    9470 
    9471 > hide #1 cartoons
    9472 
    9473 > crossfade
    9474 
    9475 > show #1 cartoons
    9476 
    9477 > show Mocos
    9478 
    9479 > wait 50
    9480 
    9481 > crossfade
    9482 
    9483 > show #4.1
    9484 
    9485 > show #4.2
    9486 
    9487 > wait 50
    9488 
    9489 > crossfade
    9490 
    9491 > show #4.24
    9492 
    9493 > show #4.25
    9494 
    9495 > show #4.26
    9496 
    9497 > wait 50
    9498 
    9499 > crossfade
    9500 
    9501 > hide Mocos
    9502 
    9503 > hide #1/B,D cartoons
    9504 
    9505 > show #4.5
    9506 
    9507 > show #4.6
    9508 
    9509 > wait 50
    9510 
    9511 > crossfade
    9512 
    9513 > hide #1/A,C cartoons
    9514 
    9515 > show #1/B,D
    9516 
    9517 > hide #4.5
    9518 
    9519 > hide #4.6
    9520 
    9521 > show #4.3
    9522 
    9523 > show #4.4
    9524 
    9525 > wait 50
    9526 
    9527 > hide atoms
    9528 
    9529 > crossfade
    9530 
    9531 > hide #1/A,C cartoons
    9532 
    9533 > show #1/B,D cartoons
    9534 
    9535 > hide #4.5
    9536 
    9537 > hide #4.6
    9538 
    9539 > show #4.3
    9540 
    9541 > show #4.4
    9542 
    9543 > wait 50
    9544 
    9545 > crossfade
    9546 
    9547 > hide #4.4
    9548 
    9549 > hide #4.5
    9550 
    9551 > hide #4.3
    9552 
    9553 > hide #4.6
    9554 
    9555 > wait 50
    9556 
    9557 > crossfade
    9558 
    9559 > hide #1 cartoons
    9560 
    9561 > hide #4.1
    9562 
    9563 > hide #4.2
    9564 
    9565 > hide #4.24
    9566 
    9567 > hide #4.25
    9568 
    9569 > hide #4.26
    9570 
    9571 > hide #4.5
    9572 
    9573 > hide #4.6
    9574 
    9575 > hide #4.3
    9576 
    9577 > hide #4.4
    9578 
    9579 > wait 50
    9580 
    9581 > crossfade
    9582 
    9583 > show Mocos
    9584 
    9585 > show #4.30
    9586 
    9587 > show #4.31
    9588 
    9589 > show #4.32
    9590 
    9591 > show #4.33
    9592 
    9593 > wait 50
    9594 
    9595 > 2dlabels text '(in α subunit) font arial color cyan bold true size 20
    9596 
    9597 Invalid "text" argument: incomplete quoted text 
    9598 
    9599 > 2dlabels text "(in α subunit)" font arial color cyan bold true size 20
    9600 
    9601 > 2dlabels #4.44 xpos 0.773 ypos 0.418
    9602 
    9603 > 2dlabels text "(in α subunit)" font arial color cyan bold true size 20
    9604 
    9605 > 2dlabels #4.45 xpos 0.082 ypos 0.263
    9606 
    9607 > 2dlabels text "(bridges α-β subunits)" font arial color cyan bold true size
    9608 > 20
    9609 
    9610 > 2dlabels #4.46 xpos 0.053 ypos 0.468
    9611 
    9612 > 2dlabels #4.30 xpos 0.128 ypos 0.510
    9613 
    9614 > 2dlabels text "(bridges α-β subunits)" font arial color cyan bold true size
    9615 > 20
    9616 
    9617 > 2dlabels #4.47 xpos 0.726 ypos 0.246
    9618 
    9619 > 2dlabels #4.31 xpos 0.795 ypos 0.294
    9620 
    9621 > 2dlabels #4.47 xpos 0.724 ypos 0.257
    9622 
    9623 > 2dlabels #4.31 xpos 0.794 ypos 0.295
    9624 
    9625 > show #4.34 models
    9626 
    9627 > show #4.35 models
    9628 
    9629 > show #4.36 models
    9630 
    9631 > show #4.37 models
    9632 
    9633 > 2dlabels #4.34 xpos 0.794 ypos 0.294
    9634 
    9635 > 2dlabels #4.35 xpos 0.128 ypos 0.510
    9636 
    9637 > 2dlabels text "(bridges α-β subunits)" font arial color medium sea green
    9638 > bold true size 20
    9639 
    9640 > 2dlabels text "(bridges α-β subunits)" font arial color medium sea green
    9641 > bold true size 20
    9642 
    9643 > 2dlabels #4.48 xpos 0.724 ypos 0.257
    9644 
    9645 > 2dlabels #4.49 xpos 0.053 ypos 0.468
    9646 
    9647 > select up
    9648 
    9649 Nothing selected 
    9650 
    9651 > select up
    9652 
    9653 Nothing selected 
    9654 
    9655 > 2dlabels text "(in α subunit)" font arial color medium sea green bold true
    9656 > size 20
    9657 
    9658 > 2dlabels text "(in α subunit)" font arial color medium sea green bold true
    9659 > size 20
    9660 
    9661 > 2dlabels #4.50 xpos 0.773 ypos 0.418
    9662 
    9663 > 2dlabels #4.51 xpos 0.082 ypos 0.263
    9664 
    9665 > hide Mocos
    9666 
    9667 > hide #!4 models
    9668 
    9669 > hide #4.30 models
    9670 
    9671 > hide #4.31 models
    9672 
    9673 > hide #4.32 models
    9674 
    9675 > hide #4.33 models
    9676 
    9677 > hide #4.34 models
    9678 
    9679 > hide #4.35 models
    9680 
    9681 > hide #4.36 models
    9682 
    9683 > hide #4.37 models
    9684 
    9685 > show #4.43 models
    9686 
    9687 > hide #4.44 models
    9688 
    9689 > hide #4.43 models
    9690 
    9691 > hide #4.45 models
    9692 
    9693 > hide #4.46 models
    9694 
    9695 > hide #4.47 models
    9696 
    9697 > hide #4.48 models
    9698 
    9699 > hide #4.49 models
    9700 
    9701 > hide #4.50 models
    9702 
    9703 > hide #4.51 models
    9704 
    9705 > open MScript.cxc
    9706 
    9707 > movie record
    9708 
    9709 > crossfade
    9710 
    9711 > show #1 cartoons
    9712 
    9713 > show Mocos
    9714 
    9715 > wait 50
    9716 
    9717 > crossfade
    9718 
    9719 > show #4.1
    9720 
    9721 > show #4.2
    9722 
    9723 > wait 50
    9724 
    9725 > crossfade
    9726 
    9727 > show #4.24
    9728 
    9729 > show #4.25
    9730 
    9731 > show #4.26
    9732 
    9733 > wait 50
    9734 
    9735 > crossfade
    9736 
    9737 > hide Mocos
    9738 
    9739 > hide #1/B,D cartoons
    9740 
    9741 > show #4.5
    9742 
    9743 > show #4.6
    9744 
    9745 > wait 50
    9746 
    9747 > crossfade
    9748 
    9749 > hide #1/A,C cartoons
    9750 
    9751 > show #1/B,D cartoons
    9752 
    9753 > hide #4.5
    9754 
    9755 > hide #4.6
    9756 
    9757 > show #4.3
    9758 
    9759 > show #4.4
    9760 
    9761 > wait 50
    9762 
    9763 > crossfade
    9764 
    9765 > hide #1 cartoons
    9766 
    9767 > hide #4.5
    9768 
    9769 > hide #4.6
    9770 
    9771 > hide #4.3
    9772 
    9773 > hide #4.4
    9774 
    9775 > wait 50
    9776 
    9777 > crossfade
    9778 
    9779 > show Mocos
    9780 
    9781 > show #4.30
    9782 
    9783 > show #4.31
    9784 
    9785 > show #4.32
    9786 
    9787 > show #4.33
    9788 
    9789 > show #4.44
    9790 
    9791 > show #4.45
    9792 
    9793 > show #4.46
    9794 
    9795 > show #4.47
    9796 
    9797 > wait 50
    9798 
    9799 > crossfade
    9800 
    9801 > show #1 cartoons
    9802 
    9803 > hide #4.30
    9804 
    9805 > hide #4.31
    9806 
    9807 > hide #4.32
    9808 
    9809 > hide #4.33
    9810 
    9811 > wait 50
    9812 
    9813 > crossfade
    9814 
    9815 > roll x 1 360
    9816 
    9817 > wait
    9818 
    9819 > crossfade
    9820 
    9821 > roll y 1 360
    9822 
    9823 > wait
    9824 
    9825 > crossfade
    9826 
    9827 > show #4.4
    9828 
    9829 > show #4.5
    9830 
    9831 > show #4.3
    9832 
    9833 > show #4.6
    9834 
    9835 > wait 50
    9836 
    9837 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    9838 > iterations/test2.mp4"
    9839 
    9840 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie iterations/test2.mp4 
    9841  
    9842 executed MScript.cxc 
    9843 
    9844 > help roll
    9845 
    9846 > cofr #1
    9847 
    9848 > roll y 1 360
    9849 
    9850 > stop
    9851 
    9852 > view master
    9853 
    9854 > roll x 1 360
    9855 
    9856 > hide #4.44 models
    9857 
    9858 > hide #4.45 models
    9859 
    9860 > hide #4.46 models
    9861 
    9862 > hide #4.47 models
    9863 
    9864 > hide #4.24 models
    9865 
    9866 > hide #4.25 models
    9867 
    9868 > hide #4.26 models
    9869 
    9870 > hide #4.6 models
    9871 
    9872 > hide #4.5 models
    9873 
    9874 > hide #4.4 models
    9875 
    9876 > hide #4.3 models
    9877 
    9878 > hide #4.2 models
    9879 
    9880 > hide #4.1 models
    9881 
    9882 > hide #!4 models
    9883 
    9884 > hide Mocos
    9885 
    9886 > hide #1 cartoons
    9887 
    9888 > open MScript.cxc
    9889 
    9890 > view master
    9891 
    9892 > cofr #1
    9893 
    9894 > movie record
    9895 
    9896 > crossfade
    9897 
    9898 > show #1 cartoons
    9899 
    9900 > show Mocos
    9901 
    9902 > wait 50
    9903 
    9904 > crossfade
    9905 
    9906 > show #4.1
    9907 
    9908 > show #4.2
    9909 
    9910 > wait 50
    9911 
    9912 > crossfade
    9913 
    9914 > show #4.24
    9915 
    9916 > show #4.25
    9917 
    9918 > show #4.26
    9919 
    9920 > wait 50
    9921 
    9922 > crossfade
    9923 
    9924 > hide Mocos
    9925 
    9926 > hide #1/B,D cartoons
    9927 
    9928 > show #4.5
    9929 
    9930 > show #4.6
    9931 
    9932 > wait 50
    9933 
    9934 > crossfade
    9935 
    9936 > hide #1/A,C cartoons
    9937 
    9938 > show #1/B,D cartoons
    9939 
    9940 > hide #4.5
    9941 
    9942 > hide #4.6
    9943 
    9944 > show #4.3
    9945 
    9946 > show #4.4
    9947 
    9948 > wait 50
    9949 
    9950 > crossfade
    9951 
    9952 > hide #1 cartoons
    9953 
    9954 > hide #4.5
    9955 
    9956 > hide #4.6
    9957 
    9958 > hide #4.3
    9959 
    9960 > hide #4.4
    9961 
    9962 > wait 50
    9963 
    9964 > crossfade
    9965 
    9966 > show Mocos
    9967 
    9968 > show #4.30
    9969 
    9970 > show #4.31
    9971 
    9972 > show #4.32
    9973 
    9974 > show #4.33
    9975 
    9976 > show #4.44
    9977 
    9978 > show #4.45
    9979 
    9980 > show #4.46
    9981 
    9982 > show #4.47
    9983 
    9984 > wait 50
    9985 
    9986 > crossfade
    9987 
    9988 > show #1 cartoons
    9989 
    9990 > hide #4.30
    9991 
    9992 > hide #4.31
    9993 
    9994 > hide #4.32
    9995 
    9996 > hide #4.33
    9997 
    9998 > show #4.44
    9999 
    10000 > show #4.45
    10001 
    10002 > show #4.46
    10003 
    10004 > show #4.47
    10005 
    10006 > wait 50
    10007 
    10008 > crossfade
    10009 
    10010 > roll x 1 360
    10011 
    10012 > wait
    10013 
    10014 > crossfade
    10015 
    10016 > roll y 1 360
    10017 
    10018 > wait
    10019 
    10020 > crossfade
    10021 
    10022 > show #4.4
    10023 
    10024 > show #4.5
    10025 
    10026 > show #4.3
    10027 
    10028 > show #4.6
    10029 
    10030 > wait 50
    10031 
    10032 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    10033 > iterations/test3.mp4"
    10034 
    10035 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie iterations/test3.mp4 
    10036  
    10037 executed MScript.cxc 
    10038 
    10039 > open MScript.cxc
    10040 
    10041 > view master
    10042 
    10043 > cofr #1
    10044 
    10045 > movie record
    10046 
    10047 > crossfade
    10048 
    10049 > show #1 cartoons
    10050 
    10051 > show Mocos
    10052 
    10053 > wait 50
    10054 
    10055 > crossfade
    10056 
    10057 > show #4.1
    10058 
    10059 > show #4.2
    10060 
    10061 > wait 50
    10062 
    10063 > crossfade
    10064 
    10065 > show #4.24
    10066 
    10067 > show #4.25
    10068 
    10069 > show #4.26
    10070 
    10071 > wait 50
    10072 
    10073 > crossfade
    10074 
    10075 > hide Mocos
    10076 
    10077 > hide #1/B,D cartoons
    10078 
    10079 > show #4.5
    10080 
    10081 > show #4.6
    10082 
    10083 > wait 50
    10084 
    10085 > crossfade
    10086 
    10087 > hide #1/A,C cartoons
    10088 
    10089 > show #1/B,D cartoons
    10090 
    10091 > hide #4.5
    10092 
    10093 > hide #4.6
    10094 
    10095 > show #4.3
    10096 
    10097 > show #4.4
    10098 
    10099 > wait 50
    10100 
    10101 > crossfade
    10102 
    10103 > hide #1 cartoons
    10104 
    10105 > hide #4.5
    10106 
    10107 > hide #4.6
    10108 
    10109 > hide #4.3
    10110 
    10111 > hide #4.4
    10112 
    10113 > wait 50
    10114 
    10115 > crossfade
    10116 
    10117 > show Mocos
    10118 
    10119 > show #4.30
    10120 
    10121 > show #4.31
    10122 
    10123 > show #4.32
    10124 
    10125 > show #4.33
    10126 
    10127 > show #4.44
    10128 
    10129 > show #4.45
    10130 
    10131 > show #4.46
    10132 
    10133 > show #4.47
    10134 
    10135 > wait 50
    10136 
    10137 > crossfade
    10138 
    10139 > show #1 cartoons
    10140 
    10141 > hide #4.30
    10142 
    10143 > hide #4.31
    10144 
    10145 > hide #4.32
    10146 
    10147 > hide #4.33
    10148 
    10149 > hide #4.44
    10150 
    10151 > hide #4.45
    10152 
    10153 > hide #4.46
    10154 
    10155 > hide #4.47
    10156 
    10157 > wait 50
    10158 
    10159 > crossfade
    10160 
    10161 > roll x 1 360
    10162 
    10163 > wait
    10164 
    10165 > crossfade
    10166 
    10167 > roll y 1 360
    10168 
    10169 > wait
    10170 
    10171 > crossfade
    10172 
    10173 > show #4.4
    10174 
    10175 > show #4.5
    10176 
    10177 > show #4.3
    10178 
    10179 > show #4.6
    10180 
    10181 > wait 50
    10182 
    10183 > movie stop
    10184 
    10185 > hide #1 cartoons
    10186 
    10187 > hide Mocos
    10188 
    10189 > hide #4.24 models
    10190 
    10191 > hide #4.25 models
    10192 
    10193 > hide #4.26 models
    10194 
    10195 > hide #4.1 models
    10196 
    10197 > hide #4.2 models
    10198 
    10199 > hide #4.3 models
    10200 
    10201 > hide #4.4 models
    10202 
    10203 > hide #4.5 models
    10204 
    10205 > hide #4.6 models
    10206 
    10207 > hide #!4 models
    10208 
    10209 > open Mscript.cxc
    10210 
    10211 > view master
    10212 
    10213 > cofr #1
    10214 
    10215 > movie record
    10216 
    10217 > crossfade
    10218 
    10219 > show #1 cartoons
    10220 
    10221 > show Mocos
    10222 
    10223 > wait 50
    10224 
    10225 > crossfade
    10226 
    10227 > show #4.1
    10228 
    10229 > show #4.2
    10230 
    10231 > wait 50
    10232 
    10233 > crossfade
    10234 
    10235 > show #4.24
    10236 
    10237 > show #4.25
    10238 
    10239 > show #4.26
    10240 
    10241 > wait 50
    10242 
    10243 > crossfade
    10244 
    10245 > hide Mocos
    10246 
    10247 > hide #1/B,D cartoons
    10248 
    10249 > show #4.5
    10250 
    10251 > show #4.6
    10252 
    10253 > wait 50
    10254 
    10255 > crossfade
    10256 
    10257 > hide #1/A,C cartoons
    10258 
    10259 > show #1/B,D cartoons
    10260 
    10261 > hide #4.5
    10262 
    10263 > hide #4.6
    10264 
    10265 > show #4.3
    10266 
    10267 > show #4.4
    10268 
    10269 > wait 50
    10270 
    10271 > crossfade
    10272 
    10273 > hide #1 cartoons
    10274 
    10275 > hide #4.5
    10276 
    10277 > hide #4.6
    10278 
    10279 > hide #4.3
    10280 
    10281 > hide #4.4
    10282 
    10283 > wait 50
    10284 
    10285 > crossfade
    10286 
    10287 > show Mocos
    10288 
    10289 > show #4.30
    10290 
    10291 > show #4.31
    10292 
    10293 > show #4.32
    10294 
    10295 > show #4.33
    10296 
    10297 > show #4.44
    10298 
    10299 > show #4.45
    10300 
    10301 > show #4.46
    10302 
    10303 > show #4.47
    10304 
    10305 > wait 50
    10306 
    10307 > crossfade
    10308 
    10309 > show #1 cartoons
    10310 
    10311 > hide #4.30
    10312 
    10313 > hide #4.31
    10314 
    10315 > hide #4.32
    10316 
    10317 > hide #4.33
    10318 
    10319 > hide #4.44
    10320 
    10321 > hide #4.45
    10322 
    10323 > hide #4.46
    10324 
    10325 > hide #4.47
    10326 
    10327 > wait 50
    10328 
    10329 > crossfade
    10330 
    10331 > roll x 1 360
    10332 
    10333 > wait
    10334 
    10335 > crossfade
    10336 
    10337 > roll y 1 360
    10338 
    10339 > wait
    10340 
    10341 > crossfade
    10342 
    10343 > show #4.4
    10344 
    10345 > show #4.5
    10346 
    10347 > show #4.3
    10348 
    10349 > show #4.6
    10350 
    10351 > wait 50
    10352 
    10353 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    10354 > iterations/test4.mp4"
    10355 
    10356 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie iterations/test4.mp4 
    10357  
    10358 executed Mscript.cxc 
    10359 
    10360 > movie stop
    10361 
    10362 No movie being recorded. 
    10363 
    10364 > movie stop
    10365 
    10366 No movie being recorded. 
    10367 
    10368 > open MScript.cxc
    10369 
    10370 > view master
    10371 
    10372 > cofr #1
    10373 
    10374 > movie record
    10375 
    10376 > crossfade
    10377 
    10378 > show #1 cartoons
    10379 
    10380 > show Mocos
    10381 
    10382 > wait 50
    10383 
    10384 > crossfade
    10385 
    10386 > show #4.1
    10387 
    10388 > show #4.2
    10389 
    10390 > wait 50
    10391 
    10392 > crossfade
    10393 
    10394 > show #4.24
    10395 
    10396 > show #4.25
    10397 
    10398 > show #4.26
    10399 
    10400 > wait 50
    10401 
    10402 > crossfade
    10403 
    10404 > hide Mocos
    10405 
    10406 > hide #1/B,D cartoons
    10407 
    10408 > show #4.5
    10409 
    10410 > show #4.6
    10411 
    10412 > wait 50
    10413 
    10414 > crossfade
    10415 
    10416 > hide #1/A,C cartoons
    10417 
    10418 > show #1/B,D cartoons
    10419 
    10420 > hide #4.5
    10421 
    10422 > hide #4.6
    10423 
    10424 > show #4.3
    10425 
    10426 > show #4.4
    10427 
    10428 > wait 50
    10429 
    10430 > crossfade
    10431 
    10432 > hide #1 cartoons
    10433 
    10434 > hide #4.5
    10435 
    10436 > hide #4.6
    10437 
    10438 > hide #4.3
    10439 
    10440 > hide #4.4
    10441 
    10442 > wait 50
    10443 
    10444 > crossfade
    10445 
    10446 > show Mocos
    10447 
    10448 > show #4.30
    10449 
    10450 > show #4.31
    10451 
    10452 > show #4.32
    10453 
    10454 > show #4.33
    10455 
    10456 > show #4.44
    10457 
    10458 > show #4.45
    10459 
    10460 > show #4.46
    10461 
    10462 > show #4.47
    10463 
    10464 > wait 50
    10465 
    10466 > crossfade
    10467 
    10468 > show #1 cartoons
    10469 
    10470 > hide #4.30
    10471 
    10472 > hide #4.31
    10473 
    10474 > hide #4.32
    10475 
    10476 > hide #4.33
    10477 
    10478 > hide #4.44
    10479 
    10480 > hide #4.45
    10481 
    10482 > hide #4.46
    10483 
    10484 > hide #4.47
    10485 
    10486 > wait 50
    10487 
    10488 > crossfade
    10489 
    10490 > roll x 1 360
    10491 
    10492 > wait
    10493 
    10494 > crossfade
    10495 
    10496 > roll y 1 360
    10497 
    10498 > wait
    10499 
    10500 > crossfade
    10501 
    10502 > show #4.4
    10503 
    10504 > show #4.5
    10505 
    10506 > show #4.3
    10507 
    10508 > show #4.6
    10509 
    10510 > wait 50
    10511 
    10512 > movie stop
    10513 
    10514 > movie stop
    10515 
    10516 Not currently recording 
    10517 
    10518 > hide #4.1 models
    10519 
    10520 > hide #!4 models
    10521 
    10522 > hide #4.2 models
    10523 
    10524 > hide #4.6 models
    10525 
    10526 > hide #4.5 models
    10527 
    10528 > hide #4.4 models
    10529 
    10530 > hide #4.3 models
    10531 
    10532 > hide #4.24 models
    10533 
    10534 > hide #4.25 models
    10535 
    10536 > hide #4.26 models
    10537 
    10538 > hide Mocos
    10539 
    10540 > hide #1 cartoons
    10541 
    10542 > open MScript.cxc
    10543 
    10544 > view master
    10545 
    10546 > cofr #1
    10547 
    10548 > movie record
    10549 
    10550 > crossfade
    10551 
    10552 > show #1 cartoons
    10553 
    10554 > show Mocos
    10555 
    10556 > wait 50
    10557 
    10558 > crossfade
    10559 
    10560 > show #4.1
    10561 
    10562 > show #4.2
    10563 
    10564 > wait 50
    10565 
    10566 > crossfade
    10567 
    10568 > show #4.24
    10569 
    10570 > show #4.25
    10571 
    10572 > show #4.26
    10573 
    10574 > wait 50
    10575 
    10576 > crossfade
    10577 
    10578 > hide Mocos
    10579 
    10580 > hide #1/B,D cartoons
    10581 
    10582 > show #4.5
    10583 
    10584 > show #4.6
    10585 
    10586 > wait 50
    10587 
    10588 > crossfade
    10589 
    10590 > hide #1/A,C cartoons
    10591 
    10592 > show #1/B,D cartoons
    10593 
    10594 > hide #4.5
    10595 
    10596 > hide #4.6
    10597 
    10598 > show #4.3
    10599 
    10600 > show #4.4
    10601 
    10602 > wait 50
    10603 
    10604 > crossfade
    10605 
    10606 > hide #1 cartoons
    10607 
    10608 > hide #4.5
    10609 
    10610 > hide #4.6
    10611 
    10612 > hide #4.3
    10613 
    10614 > hide #4.4
    10615 
    10616 > wait 50
    10617 
    10618 > crossfade
    10619 
    10620 > show Mocos
    10621 
    10622 > show #4.30
    10623 
    10624 > show #4.31
    10625 
    10626 > show #4.32
    10627 
    10628 > show #4.33
    10629 
    10630 > show #4.44
    10631 
    10632 > show #4.45
    10633 
    10634 > show #4.46
    10635 
    10636 > show #4.47
    10637 
    10638 > wait 50
    10639 
    10640 > crossfade
    10641 
    10642 > show #1 cartoons
    10643 
    10644 > hide #4.30
    10645 
    10646 > hide #4.31
    10647 
    10648 > hide #4.32
    10649 
    10650 > hide #4.33
    10651 
    10652 > hide #4.44
    10653 
    10654 > hide #4.45
    10655 
    10656 > hide #4.46
    10657 
    10658 > hide #4.47
    10659 
    10660 > wait 50
    10661 
    10662 > crossfade
    10663 
    10664 > roll x 1 360
    10665 
    10666 > wait
    10667 
    10668 > crossfade
    10669 
    10670 > roll y 1 360
    10671 
    10672 > wait
    10673 
    10674 > crossfade
    10675 
    10676 > show #4.4
    10677 
    10678 > show #4.5
    10679 
    10680 > show #4.3
    10681 
    10682 > show #4.6
    10683 
    10684 > wait 50
    10685 
    10686 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    10687 > iterations/test5.mp4"
    10688 
    10689 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie iterations/test5.mp4 
    10690  
    10691 executed MScript.cxc 
    10692 
    10693 > hide #1 cartoons
    10694 
    10695 > movie stop
    10696 
    10697 No movie being recorded. 
    10698 
    10699 > show #4.7 models
    10700 
    10701 > show #4.8 models
    10702 
    10703 > show #4.9 models
    10704 
    10705 > show #4.10 models
    10706 
    10707 > show #4.11 models
    10708 
    10709 > show #4.12 models
    10710 
    10711 > show #4.13 models
    10712 
    10713 > show #4.14 models
    10714 
    10715 > show #4.15 models
    10716 
    10717 > show #4.16 models
    10718 
    10719 > show #4.17 models
    10720 
    10721 > show #4.18 models
    10722 
    10723 > show #4.19 models
    10724 
    10725 > show #4.21 models
    10726 
    10727 > show #4.20 models
    10728 
    10729 > show #4.22 models
    10730 
    10731 > show #4.23 models
    10732 
    10733 > show #4.27 models
    10734 
    10735 > show #4.28 models
    10736 
    10737 > show #4.29 models
    10738 
    10739 > show #4.31 models
    10740 
    10741 > show #4.32 models
    10742 
    10743 > show #4.30 models
    10744 
    10745 > show #4.33 models
    10746 
    10747 > show #4.34 models
    10748 
    10749 > show #4.36 models
    10750 
    10751 > show #4.35 models
    10752 
    10753 > show #4.37 models
    10754 
    10755 > show #4.38 models
    10756 
    10757 > show #4.39 models
    10758 
    10759 > show #4.40 models
    10760 
    10761 > show #4.41 models
    10762 
    10763 > show #4.42 models
    10764 
    10765 > show #4.43 models
    10766 
    10767 > show #4.45 models
    10768 
    10769 > show #4.44 models
    10770 
    10771 > show #4.46 models
    10772 
    10773 > show #4.47 models
    10774 
    10775 > show #4.48 models
    10776 
    10777 > show #4.49 models
    10778 
    10779 > show #4.50 models
    10780 
    10781 > show #4.51 models
    10782 
    10783 > show Vcos
    10784 
    10785 > show #1 cartoons
    10786 
    10787 > show #2 cartoons
    10788 
    10789 > show #3 cartoons
    10790 
    10791 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/All 3 N2ase
    10792 > colored_labeled_master_view.cxs"
    10793 
    10794 > hide #!4 models
    10795 
    10796 > hide #4.1 models
    10797 
    10798 > hide #4.2 models
    10799 
    10800 > hide #4.3 models
    10801 
    10802 > hide #4.4 models
    10803 
    10804 > hide #4.5 models
    10805 
    10806 > hide #4.6 models
    10807 
    10808 > hide #4.7 models
    10809 
    10810 > hide #4.8 models
    10811 
    10812 > hide #4.9 models
    10813 
    10814 > hide #4.10 models
    10815 
    10816 > hide #4.11 models
    10817 
    10818 > hide #4.12 models
    10819 
    10820 > hide #4.13 models
    10821 
    10822 > hide #4.14 models
    10823 
    10824 > hide #4.15 models
    10825 
    10826 > hide #4.16 models
    10827 
    10828 > hide #4.17 models
    10829 
    10830 > hide #4.18 models
    10831 
    10832 > hide #4.19 models
    10833 
    10834 > hide #4.21 models
    10835 
    10836 > hide #4.20 models
    10837 
    10838 > hide #4.22 models
    10839 
    10840 > hide #4.23 models
    10841 
    10842 > hide #4.24 models
    10843 
    10844 > hide #4.25 models
    10845 
    10846 > hide #4.27 models
    10847 
    10848 > hide #4.26 models
    10849 
    10850 > hide #4.29 models
    10851 
    10852 > hide #4.28 models
    10853 
    10854 > hide #4.31 models
    10855 
    10856 > hide #4.30 models
    10857 
    10858 > hide #4.32 models
    10859 
    10860 > hide #4.33 models
    10861 
    10862 > hide #4.34 models
    10863 
    10864 > hide #4.35 models
    10865 
    10866 > hide #4.36 models
    10867 
    10868 > hide #4.37 models
    10869 
    10870 > hide #4.38 models
    10871 
    10872 > hide #4.39 models
    10873 
    10874 > hide #4.40 models
    10875 
    10876 > hide #4.41 models
    10877 
    10878 > hide #4.42 models
    10879 
    10880 > hide #4.43 models
    10881 
    10882 > hide #4.44 models
    10883 
    10884 > hide #4.45 models
    10885 
    10886 > hide #4.46 models
    10887 
    10888 > hide #4.47 models
    10889 
    10890 > hide #4.48 models
    10891 
    10892 > hide #4.49 models
    10893 
    10894 > hide #4.50 models
    10895 
    10896 > hide #4.51 models
    10897 
    10898 > hide Mocos
    10899 
    10900 > hide Vcos
    10901 
    10902 > hide #1 cartoons
    10903 
    10904 > hide #2 cartoons
    10905 
    10906 > hide #3 cartoons
    10907 
    10908 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/All 3 N2ase
    10909 > colored_labeled_master_view.cxs"
    10910 
    10911 > open MScript.cxc
    10912 
    10913 > view master
    10914 
    10915 > cofr #1
    10916 
    10917 > movie record
    10918 
    10919 > crossfade
    10920 
    10921 > show #1 cartoons
    10922 
    10923 > show Mocos
    10924 
    10925 > wait 50
    10926 
    10927 > crossfade
    10928 
    10929 > show #4.1
    10930 
    10931 > show #4.2
    10932 
    10933 > wait 50
    10934 
    10935 > crossfade
    10936 
    10937 > show #4.24
    10938 
    10939 > show #4.25
    10940 
    10941 > show #4.26
    10942 
    10943 > wait 50
    10944 
    10945 > crossfade
    10946 
    10947 > hide Mocos
    10948 
    10949 > hide #1/B,D cartoons
    10950 
    10951 > show #4.5
    10952 
    10953 > show #4.6
    10954 
    10955 > wait 50
    10956 
    10957 > crossfade
    10958 
    10959 > hide #1/A,C cartoons
    10960 
    10961 > show #1/B,D cartoons
    10962 
    10963 > hide #4.5
    10964 
    10965 > hide #4.6
    10966 
    10967 > show #4.3
    10968 
    10969 > show #4.4
    10970 
    10971 > wait 50
    10972 
    10973 > crossfade
    10974 
    10975 > hide #1 cartoons
    10976 
    10977 > hide #4.5
    10978 
    10979 > hide #4.6
    10980 
    10981 > hide #4.3
    10982 
    10983 > hide #4.4
    10984 
    10985 > wait 50
    10986 
    10987 > crossfade
    10988 
    10989 > show Mocos
    10990 
    10991 > show #4.30
    10992 
    10993 > show #4.31
    10994 
    10995 > show #4.32
    10996 
    10997 > show #4.33
    10998 
    10999 > show #4.44
    11000 
    11001 > show #4.45
    11002 
    11003 > show #4.46
    11004 
    11005 > show #4.47
    11006 
    11007 > wait 50
    11008 
    11009 > crossfade
    11010 
    11011 > show #1 cartoons
    11012 
    11013 > hide #4.30
    11014 
    11015 > hide #4.31
    11016 
    11017 > hide #4.32
    11018 
    11019 > hide #4.33
    11020 
    11021 > hide #4.44
    11022 
    11023 > hide #4.45
    11024 
    11025 > hide #4.46
    11026 
    11027 > hide #4.47
    11028 
    11029 > wait 50
    11030 
    11031 > crossfade
    11032 
    11033 > roll x 1 360
    11034 
    11035 > wait
    11036 
    11037 > crossfade
    11038 
    11039 > roll y 1 360
    11040 
    11041 > wait
    11042 
    11043 > crossfade
    11044 
    11045 > show #4.4
    11046 
    11047 > show #4.5
    11048 
    11049 > show #4.3
    11050 
    11051 > show #4.6
    11052 
    11053 > wait 50
    11054 
    11055 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    11056 > iterations/test6.mp4"
    11057 
    11058 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie iterations/test6.mp4 
    11059  
    11060 executed MScript.cxc 
    11061 
    11062 > view master
    11063 
    11064 > hide #1 cartoons
    11065 
    11066 > hide Mocos
    11067 
    11068 > hide #4.24 models
    11069 
    11070 > hide #4.25 models
    11071 
    11072 > hide #4.26 models
    11073 
    11074 > hide #4.4 models
    11075 
    11076 > hide #4.5 models
    11077 
    11078 > hide #4.6 models
    11079 
    11080 > hide #!4 models
    11081 
    11082 > hide #4.1 models
    11083 
    11084 > hide #4.2 models
    11085 
    11086 > hide #4.3 models
    11087 
    11088 > open VScript.cxc
    11089 
    11090 > view master
    11091 
    11092 > cofr #1
    11093 
    11094 > movie record
    11095 
    11096 > crossfade
    11097 
    11098 > show #2 cartoons
    11099 
    11100 > show Vcos
    11101 
    11102 > wait 50
    11103 
    11104 > crossfade
    11105 
    11106 > show #4.7
    11107 
    11108 > show #4.14
    11109 
    11110 > wait 50
    11111 
    11112 > crossfade
    11113 
    11114 > show #4.38
    11115 
    11116 > show #4.39
    11117 
    11118 > show #4.40
    11119 
    11120 > show #4.41
    11121 
    11122 > wait 50
    11123 
    11124 > crossfade
    11125 
    11126 > hide Vcos
    11127 
    11128 > hide #2/B,D cartoons
    11129 
    11130 > hide #2/C,F cartoons
    11131 
    11132 > show #4.8
    11133 
    11134 > show #4.9
    11135 
    11136 > wait 50
    11137 
    11138 > crossfade
    11139 
    11140 > hide #2/A,C cartoons
    11141 
    11142 > show #2/B,D cartoons
    11143 
    11144 > hide #4.8
    11145 
    11146 > hide #4.9
    11147 
    11148 > show #4.10
    11149 
    11150 > show #4.11
    11151 
    11152 > wait 50
    11153 
    11154 > crossfade
    11155 
    11156 > hide #2/B,D cartoons
    11157 
    11158 > show #2/C,F cartoons
    11159 
    11160 > hide 4.10;hide 4.11;show #4.12;show 4.13;wait 50
    11161 
    11162 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    11163 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    11164 
    11165 > show #2 cartoons
    11166 
    11167 > color #2/A,D medium sea green
    11168 
    11169 > color #2/B,E forest green
    11170 
    11171 > color #3/C,E light green
    11172 
    11173 > color #3/C,E light salmon
    11174 
    11175 > color #2/C,E light green
    11176 
    11177 > color #2/C,F light green
    11178 
    11179 > hide #2 cartoons
    11180 
    11181 > hide #4.7 models
    11182 
    11183 > hide #4.10 models
    11184 
    11185 > hide #4.11 models
    11186 
    11187 > hide #4.14 models
    11188 
    11189 > hide #4.38 models
    11190 
    11191 > hide #4.39 models
    11192 
    11193 > hide #4.40 models
    11194 
    11195 > hide #4.41 models
    11196 
    11197 > hide #!4 models
    11198 
    11199 > open VScript.cxc
    11200 
    11201 > view master
    11202 
    11203 > cofr #1
    11204 
    11205 > movie record
    11206 
    11207 Already recording a movie 
    11208 
    11209 > movie stop
    11210 
    11211 > movie stop
    11212 
    11213 Not currently recording 
    11214 
    11215 > movie stop
    11216 
    11217 Not currently recording 
    11218 
    11219 > movie stop
    11220 
    11221 Not currently recording 
    11222 
    11223 > movie stop
    11224 
    11225 Not currently recording 
    11226 
    11227 > movie encode "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie iterations/throwaway"
    11228 
    11229 Unrecognized movie file suffix throwaway, use *.ogv, *.mov, *.mp4, *.avi,
    11230 *.wmv, *.webm 
    11231 
    11232 > movie encode "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    11233 > iterations/throwaway.mp4"
    11234 
    11235 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    11236 iterations/throwaway.mp4 
    11237  
    11238 
    11239 > open VScript.cxc
    11240 
    11241 > view master
    11242 
    11243 > cofr #1
    11244 
    11245 > movie record
    11246 
    11247 > crossfade
    11248 
    11249 > show #2 cartoons
    11250 
    11251 > show Vcos
    11252 
    11253 > wait 50
    11254 
    11255 > crossfade
    11256 
    11257 > show #4.7
    11258 
    11259 > show #4.14
    11260 
    11261 > wait 50
    11262 
    11263 > crossfade
    11264 
    11265 > show #4.38
    11266 
    11267 > show #4.39
    11268 
    11269 > show #4.40
    11270 
    11271 > show #4.41
    11272 
    11273 > wait 50
    11274 
    11275 > crossfade
    11276 
    11277 > hide Vcos
    11278 
    11279 > hide #2/B,D cartoons
    11280 
    11281 > hide #2/C,F cartoons
    11282 
    11283 > show #4.8
    11284 
    11285 > show #4.9
    11286 
    11287 > wait 50
    11288 
    11289 > crossfade
    11290 
    11291 > hide #2/A,D cartoons
    11292 
    11293 > show #2/B,E cartoons
    11294 
    11295 > hide #4.8
    11296 
    11297 > hide #4.9
    11298 
    11299 > show #4.10
    11300 
    11301 > show #4.11
    11302 
    11303 > wait 50
    11304 
    11305 > crossfade
    11306 
    11307 > hide #2/B,E cartoons
    11308 
    11309 > show #2/C,F cartoons
    11310 
    11311 > hide #4.10
    11312 
    11313 > hide #4.11
    11314 
    11315 > show #4.12
    11316 
    11317 > show #4.13
    11318 
    11319 > wait 50
    11320 
    11321 > crossfade
    11322 
    11323 > hide #2 cartoons
    11324 
    11325 > hide #4.12
    11326 
    11327 > hide #4.13
    11328 
    11329 > wait 50
    11330 
    11331 > crossfade
    11332 
    11333 > show Vcos
    11334 
    11335 > show #4.34
    11336 
    11337 > show #4.35
    11338 
    11339 > show #4.36
    11340 
    11341 > show #4.37
    11342 
    11343 > show #4.48
    11344 
    11345 > show #4.49
    11346 
    11347 > show #4.50
    11348 
    11349 > show #4.51
    11350 
    11351 > wait 50
    11352 
    11353 > crossfade
    11354 
    11355 > show #2 cartoons
    11356 
    11357 > hide #4.34
    11358 
    11359 > hide #4.35
    11360 
    11361 > hide #4.36
    11362 
    11363 > hide #4.37
    11364 
    11365 > hide #4.48
    11366 
    11367 > hide #4.49
    11368 
    11369 > hide #4.50
    11370 
    11371 > hide #4.51
    11372 
    11373 > wait 50
    11374 
    11375 > crossfade
    11376 
    11377 > roll x 1 360
    11378 
    11379 > wait
    11380 
    11381 > crossfade
    11382 
    11383 > roll y 1 360
    11384 
    11385 > wait
    11386 
    11387 > crossfade
    11388 
    11389 > show #4.8
    11390 
    11391 > show #4.9
    11392 
    11393 > show #4.10
    11394 
    11395 > show #4.11
    11396 
    11397 > show #4.12
    11398 
    11399 > show #4.13
    11400 
    11401 > wait 50
    11402 
    11403 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    11404 > iterations/throwaway2.mp4"
    11405 
    11406 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    11407 iterations/throwaway2.mp4 
    11408  
    11409 executed VScript.cxc 
    11410 
    11411 > hide #2 cartoons
    11412 
    11413 > hide #4.38 models
    11414 
    11415 > hide #4.39 models
    11416 
    11417 > hide #4.40 models
    11418 
    11419 > hide #4.41 models
    11420 
    11421 > hide #4.7 models
    11422 
    11423 > hide #4.8 models
    11424 
    11425 > hide #4.9 models
    11426 
    11427 > hide #4.10 models
    11428 
    11429 > hide #4.11 models
    11430 
    11431 > hide #4.13 models
    11432 
    11433 > hide #4.14 models
    11434 
    11435 > hide #4.12 models
    11436 
    11437 > color Vcos byelement
    11438 
    11439 > hide Vcos
    11440 
    11441 > open VScript.cxc
    11442 
    11443 > view master
    11444 
    11445 > cofr #1
    11446 
    11447 > movie record
    11448 
    11449 > crossfade
    11450 
    11451 > show #2 cartoons
    11452 
    11453 > show Vcos
    11454 
    11455 > wait 50
    11456 
    11457 > crossfade
    11458 
    11459 > show #4.7
    11460 
    11461 > show #4.14
    11462 
    11463 > wait 50
    11464 
    11465 > crossfade
    11466 
    11467 > show #4.38
    11468 
    11469 > show #4.39
    11470 
    11471 > show #4.40
    11472 
    11473 > show #4.41
    11474 
    11475 > wait 50
    11476 
    11477 > crossfade
    11478 
    11479 > hide Vcos
    11480 
    11481 > hide #2/B,D cartoons
    11482 
    11483 > hide #2/C,F cartoons
    11484 
    11485 > show #4.8
    11486 
    11487 > show #4.9
    11488 
    11489 > wait 50
    11490 
    11491 > crossfade
    11492 
    11493 > hide #2/A,D cartoons
    11494 
    11495 > show #2/B,E cartoons
    11496 
    11497 > hide #4.8
    11498 
    11499 > hide #4.9
    11500 
    11501 > show #4.10
    11502 
    11503 > show #4.11
    11504 
    11505 > wait 50
    11506 
    11507 > crossfade
    11508 
    11509 > hide #2/B,E cartoons
    11510 
    11511 > show #2/C,F cartoons
    11512 
    11513 > hide #4.10
    11514 
    11515 > hide #4.11
    11516 
    11517 > show #4.12
    11518 
    11519 > show #4.13
    11520 
    11521 > wait 50
    11522 
    11523 > crossfade
    11524 
    11525 > hide #2 cartoons
    11526 
    11527 > hide #4.12
    11528 
    11529 > hide #4.13
    11530 
    11531 > wait 50
    11532 
    11533 > crossfade
    11534 
    11535 > show Vcos
    11536 
    11537 > show #4.34
    11538 
    11539 > show #4.35
    11540 
    11541 > show #4.36
    11542 
    11543 > show #4.37
    11544 
    11545 > show #4.48
    11546 
    11547 > show #4.49
    11548 
    11549 > show #4.50
    11550 
    11551 > show #4.51
    11552 
    11553 > wait 50
    11554 
    11555 > crossfade
    11556 
    11557 > show #2 cartoons
    11558 
    11559 > hide #4.34
    11560 
    11561 > hide #4.35
    11562 
    11563 > hide #4.36
    11564 
    11565 > hide #4.37
    11566 
    11567 > hide #4.48
    11568 
    11569 > hide #4.49
    11570 
    11571 > hide #4.50
    11572 
    11573 > hide #4.51
    11574 
    11575 > wait 50
    11576 
    11577 > crossfade
    11578 
    11579 > roll x 1 360
    11580 
    11581 > wait
    11582 
    11583 > crossfade
    11584 
    11585 > roll y 1 360
    11586 
    11587 > wait
    11588 
    11589 > crossfade
    11590 
    11591 > show #4.8
    11592 
    11593 > show #4.9
    11594 
    11595 > show #4.10
    11596 
    11597 > show #4.11
    11598 
    11599 > show #4.12
    11600 
    11601 > show #4.13
    11602 
    11603 > wait 50
    11604 
    11605 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    11606 > iterations/testV1.mp4"
    11607 
    11608 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie iterations/testV1.mp4 
    11609  
    11610 executed VScript.cxc 
    11611 
    11612 > crossfade
    11613 
    11614 > hide Vcos
    11615 
    11616 > hide #2/B,E cartoons
    11617 
    11618 > hide #2/C,F cartoons
    11619 
    11620 > show #4.8
    11621 
    11622 > show #4.9
    11623 
    11624 > wait 50
    11625 
    11626 > hide #2 cartoons
    11627 
    11628 > hide #!4 models
    11629 
    11630 > hide #4.7 models
    11631 
    11632 > hide #4.8 models
    11633 
    11634 > hide #4.9 models
    11635 
    11636 > hide #4.10 models
    11637 
    11638 > hide #4.12 models
    11639 
    11640 > hide #4.11 models
    11641 
    11642 > hide #4.13 models
    11643 
    11644 > hide #4.14 models
    11645 
    11646 > hide #4.38 models
    11647 
    11648 > hide #4.39 models
    11649 
    11650 > hide #4.40 models
    11651 
    11652 > hide #4.41 models
    11653 
    11654 > open VScript.cxc
    11655 
    11656 > view master
    11657 
    11658 > cofr #1
    11659 
    11660 > movie record
    11661 
    11662 > crossfade
    11663 
    11664 > show #2 cartoons
    11665 
    11666 > show Vcos
    11667 
    11668 > wait 50
    11669 
    11670 > crossfade
    11671 
    11672 > show #4.7
    11673 
    11674 > show #4.14
    11675 
    11676 > wait 50
    11677 
    11678 > crossfade
    11679 
    11680 > show #4.38
    11681 
    11682 > show #4.39
    11683 
    11684 > show #4.40
    11685 
    11686 > show #4.41
    11687 
    11688 > wait 50
    11689 
    11690 > crossfade
    11691 
    11692 > hide Vcos
    11693 
    11694 > hide #2/B,E cartoons
    11695 
    11696 > hide #2/C,F cartoons
    11697 
    11698 > show #4.8
    11699 
    11700 > show #4.9
    11701 
    11702 > wait 50
    11703 
    11704 > crossfade
    11705 
    11706 > hide #2/A,D cartoons
    11707 
    11708 > show #2/B,E cartoons
    11709 
    11710 > hide #4.8
    11711 
    11712 > hide #4.9
    11713 
    11714 > show #4.10
    11715 
    11716 > show #4.11
    11717 
    11718 > wait 50
    11719 
    11720 > crossfade
    11721 
    11722 > hide #2/B,E cartoons
    11723 
    11724 > show #2/C,F cartoons
    11725 
    11726 > hide #4.10
    11727 
    11728 > hide #4.11
    11729 
    11730 > show #4.12
    11731 
    11732 > show #4.13
    11733 
    11734 > wait 50
    11735 
    11736 > crossfade
    11737 
    11738 > hide #2 cartoons
    11739 
    11740 > hide #4.12
    11741 
    11742 > hide #4.13
    11743 
    11744 > wait 50
    11745 
    11746 > crossfade
    11747 
    11748 > show Vcos
    11749 
    11750 > show #4.34
    11751 
    11752 > show #4.35
    11753 
    11754 > show #4.36
    11755 
    11756 > show #4.37
    11757 
    11758 > show #4.48
    11759 
    11760 > show #4.49
    11761 
    11762 > show #4.50
    11763 
    11764 > show #4.51
    11765 
    11766 > wait 50
    11767 
    11768 > crossfade
    11769 
    11770 > show #2 cartoons
    11771 
    11772 > hide #4.34
    11773 
    11774 > hide #4.35
    11775 
    11776 > hide #4.36
    11777 
    11778 > hide #4.37
    11779 
    11780 > hide #4.48
    11781 
    11782 > hide #4.49
    11783 
    11784 > hide #4.50
    11785 
    11786 > hide #4.51
    11787 
    11788 > wait 50
    11789 
    11790 > crossfade
    11791 
    11792 > roll x 1 360
    11793 
    11794 > wait
    11795 
    11796 > crossfade
    11797 
    11798 > roll y 1 360
    11799 
    11800 > wait
    11801 
    11802 > crossfade
    11803 
    11804 > show #4.8
    11805 
    11806 > show #4.9
    11807 
    11808 > show #4.10
    11809 
    11810 > show #4.11
    11811 
    11812 > show #4.12
    11813 
    11814 > show #4.13
    11815 
    11816 > wait 50
    11817 
    11818 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    11819 > iterations/testV2.mp4"
    11820 
    11821 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie iterations/testV2.mp4 
    11822  
    11823 executed VScript.cxc 
    11824 
    11825 > hide #2 cartoons
    11826 
    11827 > show #3 cartoons
    11828 
    11829 > color #3/a,d salmon
    11830 
    11831 > color #3/b,e tomato
    11832 
    11833 > color #3/c,f light salmon
    11834 
    11835 > hide Vcos
    11836 
    11837 > hide #4.7 models
    11838 
    11839 > hide #4.8 models
    11840 
    11841 > hide #4.9 models
    11842 
    11843 > hide #4.10 models
    11844 
    11845 > hide #4.11 models
    11846 
    11847 > hide #4.12 models
    11848 
    11849 > hide #4.13 models
    11850 
    11851 > hide #4.14 models
    11852 
    11853 > hide #!4 models
    11854 
    11855 > hide #4.38 models
    11856 
    11857 > hide #4.39 models
    11858 
    11859 > hide #4.40 models
    11860 
    11861 > hide #4.41 models
    11862 
    11863 > hide #3 cartoons
    11864 
    11865 > open FScript.cxc
    11866 
    11867 > view master
    11868 
    11869 > cofr #1
    11870 
    11871 > movie record
    11872 
    11873 > crossfade
    11874 
    11875 > show #3 cartoons
    11876 
    11877 > wait 50
    11878 
    11879 > crossfade
    11880 
    11881 > show #4.15
    11882 
    11883 > show #4.23
    11884 
    11885 > wait 50
    11886 
    11887 > crossfade
    11888 
    11889 > show #4.27
    11890 
    11891 > show #4.28
    11892 
    11893 > show #4.42
    11894 
    11895 > show #4.29
    11896 
    11897 > wait 50
    11898 
    11899 > crossfade
    11900 
    11901 > hide #3/B,E cartoons
    11902 
    11903 > hide #3/C,F cartoons
    11904 
    11905 > show #4.18
    11906 
    11907 > show #4.19
    11908 
    11909 > wait 50
    11910 
    11911 > crossfade
    11912 
    11913 > hide #3/A,D cartoons
    11914 
    11915 > show #3/B,E cartoons
    11916 
    11917 > hide #4.18
    11918 
    11919 > hide #4.19
    11920 
    11921 > show #4.20
    11922 
    11923 > show #4.21
    11924 
    11925 > wait 50
    11926 
    11927 > crossfade
    11928 
    11929 > hide #3/B,E cartoons
    11930 
    11931 > show #3/C,F cartoons
    11932 
    11933 > hide #4.20
    11934 
    11935 > hide #4.21
    11936 
    11937 > show #4.16
    11938 
    11939 > show #4.17
    11940 
    11941 > wait 50
    11942 
    11943 > crossfade
    11944 
    11945 > hide #4.16
    11946 
    11947 > hide #4.17
    11948 
    11949 > wait 50
    11950 
    11951 > crossfade
    11952 
    11953 > roll x 1 360
    11954 
    11955 > wait
    11956 
    11957 > crossfade
    11958 
    11959 > roll y 1 360
    11960 
    11961 > wait
    11962 
    11963 > crossfade
    11964 
    11965 > show #4.8
    11966 
    11967 > show #4.9
    11968 
    11969 > show #4.10
    11970 
    11971 > show #4.11
    11972 
    11973 > show #4.12
    11974 
    11975 > show #4.13
    11976 
    11977 > wait 50
    11978 
    11979 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    11980 > iterations/testF2.mp4"
    11981 
    11982 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie iterations/testF2.mp4 
    11983  
    11984 executed FScript.cxc 
    11985 
    11986 > hide #3 cartoons
    11987 
    11988 > hide #4.23 models
    11989 
    11990 > hide #4.27 models
    11991 
    11992 > hide #4.28 models
    11993 
    11994 > hide #4.29 models
    11995 
    11996 > hide #4.42 models
    11997 
    11998 > hide #4.8 models
    11999 
    12000 > hide #4.9 models
    12001 
    12002 > hide #4.10 models
    12003 
    12004 > hide #4.11 models
    12005 
    12006 > hide #4.12 models
    12007 
    12008 > hide #4.13 models
    12009 
    12010 > hide #4.15 models
    12011 
    12012 > open FScript.cxc
    12013 
    12014 > view master
    12015 
    12016 > cofr #1
    12017 
    12018 > movie record
    12019 
    12020 > crossfade
    12021 
    12022 > show #3 cartoons
    12023 
    12024 > wait 50
    12025 
    12026 > crossfade
    12027 
    12028 > show #4.15
    12029 
    12030 > show #4.23
    12031 
    12032 > wait 50
    12033 
    12034 > crossfade
    12035 
    12036 > show #4.27
    12037 
    12038 > show #4.28
    12039 
    12040 > show #4.42
    12041 
    12042 > show #4.29
    12043 
    12044 > wait 50
    12045 
    12046 > crossfade
    12047 
    12048 > hide #3/B,E cartoons
    12049 
    12050 > hide #3/C,F cartoons
    12051 
    12052 > show #4.18
    12053 
    12054 > show #4.19
    12055 
    12056 > wait 50
    12057 
    12058 > crossfade
    12059 
    12060 > hide #3/A,D cartoons
    12061 
    12062 > show #3/B,E cartoons
    12063 
    12064 > hide #4.18
    12065 
    12066 > hide #4.19
    12067 
    12068 > show #4.20
    12069 
    12070 > show #4.21
    12071 
    12072 > wait 50
    12073 
    12074 > crossfade
    12075 
    12076 > hide #3/B,E cartoons
    12077 
    12078 > show #3/C,F cartoons
    12079 
    12080 > hide #4.20
    12081 
    12082 > hide #4.21
    12083 
    12084 > show #4.16
    12085 
    12086 > show #4.17
    12087 
    12088 > wait 50
    12089 
    12090 > crossfade
    12091 
    12092 > show #3 cartoons
    12093 
    12094 > hide #4.16
    12095 
    12096 > hide #4.17
    12097 
    12098 > wait 50
    12099 
    12100 > crossfade
    12101 
    12102 > roll x 1 360
    12103 
    12104 > wait
    12105 
    12106 > crossfade
    12107 
    12108 > roll y 1 360
    12109 
    12110 > wait
    12111 
    12112 > crossfade
    12113 
    12114 > show #4.16
    12115 
    12116 > show #4.17
    12117 
    12118 > show #4.18
    12119 
    12120 > show #4.19
    12121 
    12122 > show #4.20
    12123 
    12124 > show #4.21
    12125 
    12126 > wait 50
    12127 
    12128 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    12129 > iterations/testF3.mp4"
    12130 
    12131 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie iterations/testF3.mp4 
    12132  
    12133 executed FScript.cxc 
    12134 
    12135 > show #4.1 models
    12136 
    12137 > show #4.2 models
    12138 
    12139 > show #4.3 models
    12140 
    12141 > hide #4.2 models
    12142 
    12143 > show #4.2 models
    12144 
    12145 > show #4.4 models
    12146 
    12147 > show #4.5 models
    12148 
    12149 > show #4.6 models
    12150 
    12151 > show #4.7 models
    12152 
    12153 > show #4.8 models
    12154 
    12155 > show #4.9 models
    12156 
    12157 > show #4.10 models
    12158 
    12159 > show #4.11 models
    12160 
    12161 > show #4.12 models
    12162 
    12163 > show #4.13 models
    12164 
    12165 > show #4.14 models
    12166 
    12167 > show #4.22 models
    12168 
    12169 > show #4.24 models
    12170 
    12171 > show #4.25 models
    12172 
    12173 > show #4.26 models
    12174 
    12175 > show #4.30 models
    12176 
    12177 > show #4.31 models
    12178 
    12179 > show #4.33 models
    12180 
    12181 > show #4.32 models
    12182 
    12183 > show #4.34 models
    12184 
    12185 > show #4.35 models
    12186 
    12187 > show #4.36 models
    12188 
    12189 > show #4.37 models
    12190 
    12191 > show #4.39 models
    12192 
    12193 > show #4.38 models
    12194 
    12195 > show #4.40 models
    12196 
    12197 > show #4.41 models
    12198 
    12199 > show #4.43 models
    12200 
    12201 > show #4.44 models
    12202 
    12203 > show #4.45 models
    12204 
    12205 > show #4.46 models
    12206 
    12207 > show #4.47 models
    12208 
    12209 > show #4.48 models
    12210 
    12211 > show #4.49 models
    12212 
    12213 > show #4.50 models
    12214 
    12215 > show #4.51 models
    12216 
    12217 > 2dlabels #4.43 xpos 0.268 ypos 0.914
    12218 
    12219 > 2dlabels #4.1 xpos 0.377 ypos 0.909
    12220 
    12221 > 2dlabels #4.7 xpos 0.399 ypos 0.908
    12222 
    12223 > 2dlabels #4.15 xpos 0.385 ypos 0.908
    12224 
    12225 > 2dlabels #4.26 xpos 0.480 ypos 0.863
    12226 
    12227 > 2dlabels #4.29 xpos 0.480 ypos 0.863
    12228 
    12229 > 2dlabels #4.41 xpos 0.480 ypos 0.863
    12230 
    12231 > 2dlabels #4.25 xpos 0.443 ypos 0.864
    12232 
    12233 > 2dlabels #4.24 xpos 0.407 ypos 0.864
    12234 
    12235 > 2dlabels #4.40 xpos 0.444 ypos 0.865
    12236 
    12237 > 2dlabels #4.42 xpos 0.445 ypos 0.865
    12238 
    12239 > 2dlabels #4.28 xpos 0.409 ypos 0.864
    12240 
    12241 > 2dlabels #4.39 xpos 0.409 ypos 0.864
    12242 
    12243 > 2dlabels #4.27 xpos 0.370 ypos 0.865
    12244 
    12245 > 2dlabels #4.27 xpos 0.369 ypos 0.865
    12246 
    12247 > 2dlabels #4.38 xpos 0.369 ypos 0.865
    12248 
    12249 > 2dlabels #4.12 xpos 0.870 ypos 0.896
    12250 
    12251 > 2dlabels #4.16 xpos 0.859 ypos 0.861
    12252 
    12253 > 2dlabels #4.6 xpos 0.711 ypos 0.831
    12254 
    12255 > 2dlabels #4.9 xpos 0.619 ypos 0.822
    12256 
    12257 > 2dlabels #4.6 xpos 0.646 ypos 0.836
    12258 
    12259 > 2dlabels #4.18 xpos 0.657 ypos 0.818
    12260 
    12261 > 2dlabels #4.3 xpos 0.360 ypos 0.811
    12262 
    12263 > 2dlabels #4.10 xpos 0.390 ypos 0.809
    12264 
    12265 > 2dlabels #4.21 xpos 0.380 ypos 0.820
    12266 
    12267 > show #1 cartoons
    12268 
    12269 > show #1 cartoons
    12270 
    12271 > show #2 cartoons
    12272 
    12273 > ui mousemode right "translate selected models"
    12274 
    12275 > hide #2 cartoons
    12276 
    12277 > hide #1 cartoons
    12278 
    12279 > hide #3 cartoons
    12280 
    12281 > show #1 cartoons
    12282 
    12283 > show #3 cartoons
    12284 
    12285 > hide #3 cartoons
    12286 
    12287 > ui mousemode right "move label"
    12288 
    12289 > 2dlabels #4.6 xpos 0.637 ypos 0.817
    12290 
    12291 > 2dlabels #4.9 xpos 0.637 ypos 0.816
    12292 
    12293 > 2dlabels #4.18 xpos 0.637 ypos 0.816
    12294 
    12295 > 2dlabels #4.3 xpos 0.372 ypos 0.785
    12296 
    12297 > 2dlabels #4.21 xpos 0.373 ypos 0.785
    12298 
    12299 > 2dlabels #4.10 xpos 0.372 ypos 0.785
    12300 
    12301 > 2dlabels #4.5 xpos 0.357 ypos 0.220
    12302 
    12303 > 2dlabels #4.8 xpos 0.357 ypos 0.221
    12304 
    12305 > 2dlabels #4.19 xpos 0.357 ypos 0.221
    12306 
    12307 > 2dlabels #4.4 xpos 0.608 ypos 0.225
    12308 
    12309 > 2dlabels #4.11 xpos 0.608 ypos 0.226
    12310 
    12311 > 2dlabels #4.20 xpos 0.609 ypos 0.226
    12312 
    12313 > hide #1 cartoons
    12314 
    12315 > show Mocos
    12316 
    12317 > show Vcos
    12318 
    12319 > 2dlabels #4.32 xpos 0.701 ypos 0.582
    12320 
    12321 > 2dlabels #4.44 xpos 0.772 ypos 0.546
    12322 
    12323 > 2dlabels #4.36 xpos 0.701 ypos 0.583
    12324 
    12325 > 2dlabels #4.50 xpos 0.772 ypos 0.546
    12326 
    12327 > 2dlabels #4.31 xpos 0.785 ypos 0.445
    12328 
    12329 > 2dlabels #4.47 xpos 0.716 ypos 0.408
    12330 
    12331 > 2dlabels #4.34 xpos 0.785 ypos 0.444
    12332 
    12333 > 2dlabels #4.48 xpos 0.716 ypos 0.408
    12334 
    12335 > 2dlabels #4.30 xpos 0.133 ypos 0.606
    12336 
    12337 > 2dlabels #4.35 xpos 0.133 ypos 0.607
    12338 
    12339 > 2dlabels #4.46 xpos 0.058 ypos 0.571
    12340 
    12341 > 2dlabels #4.49 xpos 0.058 ypos 0.571
    12342 
    12343 > 2dlabels #4.33 xpos 0.020 ypos 0.466
    12344 
    12345 > 2dlabels #4.37 xpos 0.020 ypos 0.466
    12346 
    12347 > 2dlabels #4.45 xpos 0.096 ypos 0.423
    12348 
    12349 > 2dlabels #4.51 xpos 0.096 ypos 0.423
    12350 
    12351 > show #3 cartoons
    12352 
    12353 > show #2 cartoons
    12354 
    12355 > 2dlabels #4.13 xpos 0.188 ypos 0.165
    12356 
    12357 > 2dlabels #4.17 xpos 0.187 ypos 0.164
    12358 
    12359 > 2dlabels #4.16 xpos 0.798 ypos 0.840
    12360 
    12361 > 2dlabels #4.12 xpos 0.798 ypos 0.841
    12362 
    12363 > 2dlabels #4.2 xpos 0.689 ypos 0.178
    12364 
    12365 > show cartoons #1
    12366 
    12367 Expected ',' or a keyword 
    12368 
    12369 > show #1 cartoons
    12370 
    12371 > 2dlabels #4.4 xpos 0.613 ypos 0.219
    12372 
    12373 > 2dlabels #4.11 xpos 0.613 ypos 0.218
    12374 
    12375 > 2dlabels #4.20 xpos 0.613 ypos 0.218
    12376 
    12377 > 2dlabels #4.2 xpos 0.681 ypos 0.246
    12378 
    12379 > 2dlabels #4.14 xpos 0.682 ypos 0.246
    12380 
    12381 > 2dlabels #4.23 xpos 0.304 ypos 0.162
    12382 
    12383 > view name master
    12384 
    12385 > view master
    12386 
    12387 > hide cartoons
    12388 
    12389 > show cartoons
    12390 
    12391 > hide 2dlabels
    12392 
    12393 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    12394 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    12395 
    12396 > hide #4
    12397 
    12398 > move x 120 #1
    12399 
    12400 Expected an integer >= 1 or a keyword 
    12401 
    12402 > move #1 x 120
    12403 
    12404 Missing or invalid "axis" argument: Axis argument requires 2 atoms, got 16066
    12405 atoms 
    12406 
    12407 > move x 120
    12408 
    12409 > move x -120
    12410 
    12411 > move x 120 models #3
    12412 
    12413 > move x-120 model #1
    12414 
    12415 Missing or invalid "axis" argument: Expected 3 floats or "x", or "y", or "z"
    12416 or two atoms 
    12417 
    12418 > move x -120 models #1
    12419 
    12420 > views
    12421 
    12422 Unknown command: views 
    12423 
    12424 > view
    12425 
    12426 > move x 10 models #3
    12427 
    12428 > move x -10 models #1
    12429 
    12430 > roll x 1 360
    12431 
    12432 > mmaker #2/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    12433 
    12434 Parameters 
    12435 --- 
    12436 Chain pairing | ss 
    12437 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    12438 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    12439 SS fraction | 0.3 
    12440 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    12441 Gap extend | 1 
    12442 SS matrix |  |  | H | S | O 
    12443 ---|---|---|--- 
    12444 H | 6 | -9 | -6 
    12445 S |  | 6 | -6 
    12446 O |  |  | 4 
    12447 Iteration cutoff | 2 
    12448  
    12449 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with 5n6y, chain A (#2), sequence alignment
    12450 score = 1047.6 
    12451 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with 5n6y, chain B (#2), sequence alignment
    12452 score = 966.3 
    12453 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with 5n6y, chain D (#2), sequence alignment
    12454 score = 1014.6 
    12455 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with 5n6y, chain E (#2), sequence alignment
    12456 score = 957.8 
    12457 RMSD between 1026 pruned atom pairs is 1.314 angstroms; (across all 1783
    12458 pairs: 3.281) 
    12459  
    12460 
    12461 > mmaker #3/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    12462 
    12463 Parameters 
    12464 --- 
    12465 Chain pairing | ss 
    12466 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    12467 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    12468 SS fraction | 0.3 
    12469 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    12470 Gap extend | 1 
    12471 SS matrix |  |  | H | S | O 
    12472 ---|---|---|--- 
    12473 H | 6 | -9 | -6 
    12474 S |  | 6 | -6 
    12475 O |  |  | 4 
    12476 Iteration cutoff | 2 
    12477  
    12478 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    12479 A (#3), sequence alignment score = 984.1 
    12480 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    12481 B (#3), sequence alignment score = 918.6 
    12482 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    12483 D (#3), sequence alignment score = 987.1 
    12484 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    12485 E (#3), sequence alignment score = 899.3 
    12486 RMSD between 461 pruned atom pairs is 1.310 angstroms; (across all 1769 pairs:
    12487 37.860) 
    12488  
    12489 
    12490 > move x 120
    12491 
    12492 > view master
    12493 
    12494 > roll x 360 1
    12495 
    12496 > roll x 1 360
    12497 
    12498 > roll x 1 360
    12499 
    12500 > roll y 1 360
    12501 
    12502 > move x 130 models #3
    12503 
    12504 > move x -130 models #1
    12505 
    12506 > view
    12507 
    12508 > view three
    12509 
    12510 Expected an objects specifier or a view name or a keyword 
    12511 
    12512 > view row
    12513 
    12514 Expected an objects specifier or a view name or a keyword 
    12515 
    12516 > view name three
    12517 
    12518 > view master
    12519 
    12520 > show #!4 models
    12521 
    12522 > show #4.1 models
    12523 
    12524 > show #4.2 models
    12525 
    12526 > show #4.3 models
    12527 
    12528 > show #4.4 models
    12529 
    12530 > show #4.5 models
    12531 
    12532 > show #4.6 models
    12533 
    12534 > show #4.7 models
    12535 
    12536 > show #4.8 models
    12537 
    12538 > show #4.9 models
    12539 
    12540 > show #4
    12541 
    12542 > open AScript.cxc
    12543 
    12544 > movie record
    12545 
    12546 > crossfade
    12547 
    12548 > hide #4
    12549 
    12550 > hide cartoons
    12551 
    12552 > hide Mocos
    12553 
    12554 > hide Vcos
    12555 
    12556 > wait 50
    12557 
    12558 > move x 130 models #3
    12559 
    12560 > move x -130 models #1
    12561 
    12562 > view three
    12563 
    12564 > crossfade
    12565 
    12566 > show cartoons
    12567 
    12568 > show Mocos
    12569 
    12570 > show Vcos
    12571 
    12572 > wait 50
    12573 
    12574 > crossfade
    12575 
    12576 > color #1 cyan
    12577 
    12578 > color #2 medium sea green
    12579 
    12580 > color #3 salmon
    12581 
    12582 > wait 50
    12583 
    12584 > roll x 1 360
    12585 
    12586 > wait
    12587 
    12588 > crossfade
    12589 
    12590 > mmaker #2/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    12591 
    12592 Parameters 
    12593 --- 
    12594 Chain pairing | ss 
    12595 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    12596 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    12597 SS fraction | 0.3 
    12598 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    12599 Gap extend | 1 
    12600 SS matrix |  |  | H | S | O 
    12601 ---|---|---|--- 
    12602 H | 6 | -9 | -6 
    12603 S |  | 6 | -6 
    12604 O |  |  | 4 
    12605 Iteration cutoff | 2 
    12606  
    12607 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with 5n6y, chain A (#2), sequence alignment
    12608 score = 1047.6 
    12609 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with 5n6y, chain B (#2), sequence alignment
    12610 score = 966.3 
    12611 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with 5n6y, chain D (#2), sequence alignment
    12612 score = 1014.6 
    12613 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with 5n6y, chain E (#2), sequence alignment
    12614 score = 957.8 
    12615 RMSD between 1026 pruned atom pairs is 1.314 angstroms; (across all 1783
    12616 pairs: 3.281) 
    12617  
    12618 
    12619 > wait 50
    12620 
    12621 > crossfade
    12622 
    12623 > mmaker #3/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    12624 
    12625 Parameters 
    12626 --- 
    12627 Chain pairing | ss 
    12628 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    12629 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    12630 SS fraction | 0.3 
    12631 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    12632 Gap extend | 1 
    12633 SS matrix |  |  | H | S | O 
    12634 ---|---|---|--- 
    12635 H | 6 | -9 | -6 
    12636 S |  | 6 | -6 
    12637 O |  |  | 4 
    12638 Iteration cutoff | 2 
    12639  
    12640 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    12641 A (#3), sequence alignment score = 984.1 
    12642 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    12643 B (#3), sequence alignment score = 918.6 
    12644 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    12645 D (#3), sequence alignment score = 987.1 
    12646 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    12647 E (#3), sequence alignment score = 899.3 
    12648 RMSD between 461 pruned atom pairs is 1.310 angstroms; (across all 1769 pairs:
    12649 37.860) 
    12650  
    12651 
    12652 > wait 50
    12653 
    12654 > roll x 1 360
    12655 
    12656 > wait
    12657 
    12658 > roll y 1 360
    12659 
    12660 > wait
    12661 
    12662 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    12663 > iterations/testA.mp4"
    12664 
    12665 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie iterations/testA.mp4 
    12666  
    12667 executed AScript.cxc 
    12668 
    12669 > view master
    12670 
    12671 > show 2dlabels
    12672 
    12673 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    12674 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    12675 
    12676 > show #4
    12677 
    12678 > color Vcos byelement
    12679 
    12680 > color Mocos byelement
    12681 
    12682 > open AScript.cxc
    12683 
    12684 > movie record
    12685 
    12686 > crossfade
    12687 
    12688 > hide #4
    12689 
    12690 > hide cartoons
    12691 
    12692 > hide Mocos
    12693 
    12694 > hide Vcos
    12695 
    12696 > wait 50
    12697 
    12698 > move x 130 models #3
    12699 
    12700 > move x -130 models #1
    12701 
    12702 > view three
    12703 
    12704 > crossfade
    12705 
    12706 > show cartoons
    12707 
    12708 > show Mocos
    12709 
    12710 > show Vcos
    12711 
    12712 > wait 50
    12713 
    12714 > crossfade
    12715 
    12716 > color #1 cyan
    12717 
    12718 > color #2 medium sea green
    12719 
    12720 > color #3 salmon
    12721 
    12722 > color Mocos byelement
    12723 
    12724 > color Vcos byelement
    12725 
    12726 > wait 50
    12727 
    12728 > roll x 1 360
    12729 
    12730 > wait
    12731 
    12732 > crossfade
    12733 
    12734 > mmaker #2/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    12735 
    12736 Parameters 
    12737 --- 
    12738 Chain pairing | ss 
    12739 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    12740 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    12741 SS fraction | 0.3 
    12742 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    12743 Gap extend | 1 
    12744 SS matrix |  |  | H | S | O 
    12745 ---|---|---|--- 
    12746 H | 6 | -9 | -6 
    12747 S |  | 6 | -6 
    12748 O |  |  | 4 
    12749 Iteration cutoff | 2 
    12750  
    12751 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with 5n6y, chain A (#2), sequence alignment
    12752 score = 1047.6 
    12753 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with 5n6y, chain B (#2), sequence alignment
    12754 score = 966.3 
    12755 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with 5n6y, chain D (#2), sequence alignment
    12756 score = 1014.6 
    12757 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with 5n6y, chain E (#2), sequence alignment
    12758 score = 957.8 
    12759 RMSD between 1026 pruned atom pairs is 1.314 angstroms; (across all 1783
    12760 pairs: 3.281) 
    12761  
    12762 
    12763 > wait 50
    12764 
    12765 > crossfade
    12766 
    12767 > mmaker #3/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    12768 
    12769 Parameters 
    12770 --- 
    12771 Chain pairing | ss 
    12772 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    12773 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    12774 SS fraction | 0.3 
    12775 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    12776 Gap extend | 1 
    12777 SS matrix |  |  | H | S | O 
    12778 ---|---|---|--- 
    12779 H | 6 | -9 | -6 
    12780 S |  | 6 | -6 
    12781 O |  |  | 4 
    12782 Iteration cutoff | 2 
    12783  
    12784 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    12785 A (#3), sequence alignment score = 984.1 
    12786 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    12787 B (#3), sequence alignment score = 918.6 
    12788 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    12789 D (#3), sequence alignment score = 987.1 
    12790 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    12791 E (#3), sequence alignment score = 899.3 
    12792 RMSD between 461 pruned atom pairs is 1.310 angstroms; (across all 1769 pairs:
    12793 37.860) 
    12794  
    12795 
    12796 > wait 50
    12797 
    12798 > crossfade
    12799 
    12800 > view master
    12801 
    12802 > show #4.43
    12803 
    12804 > wait 50
    12805 
    12806 > roll x 1 360
    12807 
    12808 > wait
    12809 
    12810 > roll y 1 360
    12811 
    12812 > wait
    12813 
    12814 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    12815 > iterations/testA2.mp4"
    12816 
    12817 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie iterations/testA2.mp4 
    12818  
    12819 executed AScript.cxc 
    12820 
    12821 > hide all
    12822 
    12823 > hide cartoons
    12824 
    12825 > hide #4
    12826 
    12827 > show #1 cartoons
    12828 
    12829 > color #1/b,d dodger blue
    12830 
    12831 > show Mocos
    12832 
    12833 > color Mocos byelement
    12834 
    12835 > hide #1 cartoons
    12836 
    12837 > show hide Mocos
    12838 
    12839 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    12840 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    12841 
    12842 > hide Mocos
    12843 
    12844 > show #1 cartoons
    12845 
    12846 > hide #1 cartoons
    12847 
    12848 > show #2 cartoons
    12849 
    12850 > show Vcos
    12851 
    12852 > color #2/b,e forest green
    12853 
    12854 > color #2/c,f light green
    12855 
    12856 > color Vcos byelement
    12857 
    12858 > hide #2 cartoons
    12859 
    12860 > hide Vcos
    12861 
    12862 > show #3 cartoons
    12863 
    12864 > color #3/b,e tomato
    12865 
    12866 > color #3/c,f light salmon
    12867 
    12868 > view master
    12869 
    12870 > show #1 cartoons
    12871 
    12872 > show #2 cartoons
    12873 
    12874 > show #4
    12875 
    12876 > show Vcos
    12877 
    12878 > show Mocos
    12879 
    12880 > open Script.cxc
    12881 
    12882 > view master
    12883 
    12884 > cofr #1
    12885 
    12886 > hide all
    12887 
    12888 > hide cartoons
    12889 
    12890 > hide #4
    12891 
    12892 > wait 50
    12893 
    12894 > movie record
    12895 
    12896 > crossfade
    12897 
    12898 > show #1 cartoons
    12899 
    12900 > show Mocos
    12901 
    12902 > wait 50
    12903 
    12904 > crossfade
    12905 
    12906 > show #4.1
    12907 
    12908 > show #4.2
    12909 
    12910 > wait 50
    12911 
    12912 > crossfade
    12913 
    12914 > show #4.24
    12915 
    12916 > show #4.25
    12917 
    12918 > show #4.26
    12919 
    12920 > wait 50
    12921 
    12922 > crossfade
    12923 
    12924 > hide Mocos
    12925 
    12926 > hide #1/B,D cartoons
    12927 
    12928 > show #4.5
    12929 
    12930 > show #4.6
    12931 
    12932 > wait 50
    12933 
    12934 > crossfade
    12935 
    12936 > hide #1/A,C cartoons
    12937 
    12938 > show #1/B,D cartoons
    12939 
    12940 > hide #4.5
    12941 
    12942 > hide #4.6
    12943 
    12944 > show #4.3
    12945 
    12946 > show #4.4
    12947 
    12948 > wait 50
    12949 
    12950 > crossfade
    12951 
    12952 > hide #1 cartoons
    12953 
    12954 > hide #4.5
    12955 
    12956 > hide #4.6
    12957 
    12958 > hide #4.3
    12959 
    12960 > hide #4.4
    12961 
    12962 > wait 50
    12963 
    12964 > crossfade
    12965 
    12966 > show Mocos
    12967 
    12968 > show #4.30
    12969 
    12970 > show #4.31
    12971 
    12972 > show #4.32
    12973 
    12974 > show #4.33
    12975 
    12976 > show #4.44
    12977 
    12978 > show #4.45
    12979 
    12980 > show #4.46
    12981 
    12982 > show #4.47
    12983 
    12984 > wait 50
    12985 
    12986 > crossfade
    12987 
    12988 > show #1 cartoons
    12989 
    12990 > hide #4.30
    12991 
    12992 > hide #4.31
    12993 
    12994 > hide #4.32
    12995 
    12996 > hide #4.33
    12997 
    12998 > hide #4.44
    12999 
    13000 > hide #4.45
    13001 
    13002 > hide #4.46
    13003 
    13004 > hide #4.47
    13005 
    13006 > wait 50
    13007 
    13008 > crossfade
    13009 
    13010 > roll x 1 360
    13011 
    13012 > wait
    13013 
    13014 > crossfade
    13015 
    13016 > roll y 1 360
    13017 
    13018 > wait
    13019 
    13020 > crossfade
    13021 
    13022 > show #4.4
    13023 
    13024 > show #4.5
    13025 
    13026 > show #4.3
    13027 
    13028 > show #4.6
    13029 
    13030 > wait 50
    13031 
    13032 > crossfade
    13033 
    13034 > show #2 cartoons
    13035 
    13036 > show Vcos
    13037 
    13038 > wait 50
    13039 
    13040 > crossfade
    13041 
    13042 > show #4.7
    13043 
    13044 > show #4.14
    13045 
    13046 > wait 50
    13047 
    13048 > crossfade
    13049 
    13050 > show #4.38
    13051 
    13052 > show #4.39
    13053 
    13054 > show #4.40
    13055 
    13056 > show #4.41
    13057 
    13058 > wait 50
    13059 
    13060 > crossfade
    13061 
    13062 > hide Vcos
    13063 
    13064 > hide #2/B,E cartoons
    13065 
    13066 > hide #2/C,F cartoons
    13067 
    13068 > show #4.8
    13069 
    13070 > show #4.9
    13071 
    13072 > wait 50
    13073 
    13074 > crossfade
    13075 
    13076 > hide #2/A,D cartoons
    13077 
    13078 > show #2/B,E cartoons
    13079 
    13080 > hide #4.8
    13081 
    13082 > hide #4.9
    13083 
    13084 > show #4.10
    13085 
    13086 > show #4.11
    13087 
    13088 > wait 50
    13089 
    13090 > crossfade
    13091 
    13092 > hide #2/B,E cartoons
    13093 
    13094 > show #2/C,F cartoons
    13095 
    13096 > hide #4.10
    13097 
    13098 > hide #4.11
    13099 
    13100 > show #4.12
    13101 
    13102 > show #4.13
    13103 
    13104 > wait 50
    13105 
    13106 > crossfade
    13107 
    13108 > hide #2 cartoons
    13109 
    13110 > hide #4.12
    13111 
    13112 > hide #4.13
    13113 
    13114 > wait 50
    13115 
    13116 > crossfade
    13117 
    13118 > show Vcos
    13119 
    13120 > show #4.34
    13121 
    13122 > show #4.35
    13123 
    13124 > show #4.36
    13125 
    13126 > show #4.37
    13127 
    13128 > show #4.48
    13129 
    13130 > show #4.49
    13131 
    13132 > show #4.50
    13133 
    13134 > show #4.51
    13135 
    13136 > wait 50
    13137 
    13138 > crossfade
    13139 
    13140 > show #2 cartoons
    13141 
    13142 > hide #4.34
    13143 
    13144 > hide #4.35
    13145 
    13146 > hide #4.36
    13147 
    13148 > hide #4.37
    13149 
    13150 > hide #4.48
    13151 
    13152 > hide #4.49
    13153 
    13154 > hide #4.50
    13155 
    13156 > hide #4.51
    13157 
    13158 > wait 50
    13159 
    13160 > crossfade
    13161 
    13162 > roll x 1 360
    13163 
    13164 > wait
    13165 
    13166 > crossfade
    13167 
    13168 > roll y 1 360
    13169 
    13170 > wait
    13171 
    13172 > crossfade
    13173 
    13174 > show #4.8
    13175 
    13176 > show #4.9
    13177 
    13178 > show #4.10
    13179 
    13180 > show #4.11
    13181 
    13182 > show #4.12
    13183 
    13184 > show #4.13
    13185 
    13186 > wait 50
    13187 
    13188 > crossfade
    13189 
    13190 > show #3 cartoons
    13191 
    13192 > wait 50
    13193 
    13194 > crossfade
    13195 
    13196 > show #4.15
    13197 
    13198 > show #4.23
    13199 
    13200 > wait 50
    13201 
    13202 > crossfade
    13203 
    13204 > show #4.27
    13205 
    13206 > show #4.28
    13207 
    13208 > show #4.42
    13209 
    13210 > show #4.29
    13211 
    13212 > wait 50
    13213 
    13214 > crossfade
    13215 
    13216 > hide #3/B,E cartoons
    13217 
    13218 > hide #3/C,F cartoons
    13219 
    13220 > show #4.18
    13221 
    13222 > show #4.19
    13223 
    13224 > wait 50
    13225 
    13226 > crossfade
    13227 
    13228 > hide #3/A,D cartoons
    13229 
    13230 > show #3/B,E cartoons
    13231 
    13232 > hide #4.18
    13233 
    13234 > hide #4.19
    13235 
    13236 > show #4.20
    13237 
    13238 > show #4.21
    13239 
    13240 > wait 50
    13241 
    13242 > crossfade
    13243 
    13244 > hide #3/B,E cartoons
    13245 
    13246 > show #3/C,F cartoons
    13247 
    13248 > hide #4.20
    13249 
    13250 > hide #4.21
    13251 
    13252 > show #4.16
    13253 
    13254 > show #4.17
    13255 
    13256 > wait 50
    13257 
    13258 > crossfade
    13259 
    13260 > show #3 cartoons
    13261 
    13262 > hide #4.16
    13263 
    13264 > hide #4.17
    13265 
    13266 > wait 50
    13267 
    13268 > crossfade
    13269 
    13270 > roll x 1 360
    13271 
    13272 > wait
    13273 
    13274 > crossfade
    13275 
    13276 > roll y 1 360
    13277 
    13278 > wait
    13279 
    13280 > crossfade
    13281 
    13282 > show #4.16
    13283 
    13284 > show #4.17
    13285 
    13286 > show #4.18
    13287 
    13288 > show #4.19
    13289 
    13290 > show #4.20
    13291 
    13292 > show #4.21
    13293 
    13294 > wait 50
    13295 
    13296 > crossfade
    13297 
    13298 > hide #4
    13299 
    13300 > hide cartoons
    13301 
    13302 > hide Mocos
    13303 
    13304 > hide Vcos
    13305 
    13306 > wait 50
    13307 
    13308 > move x 130 models #3
    13309 
    13310 > move x -130 models #1
    13311 
    13312 > view three
    13313 
    13314 > crossfade
    13315 
    13316 > show cartoons
    13317 
    13318 > show Mocos
    13319 
    13320 > show Vcos
    13321 
    13322 > wait 50
    13323 
    13324 > crossfade
    13325 
    13326 > color #1 cyan
    13327 
    13328 > color #2 medium sea green
    13329 
    13330 > color #3 salmon
    13331 
    13332 > color Mocos byelement
    13333 
    13334 > color Vcos byelement
    13335 
    13336 > wait 50
    13337 
    13338 > roll x 1 360
    13339 
    13340 > wait
    13341 
    13342 > crossfade
    13343 
    13344 > mmaker #2/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    13345 
    13346 Parameters 
    13347 --- 
    13348 Chain pairing | ss 
    13349 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    13350 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    13351 SS fraction | 0.3 
    13352 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    13353 Gap extend | 1 
    13354 SS matrix |  |  | H | S | O 
    13355 ---|---|---|--- 
    13356 H | 6 | -9 | -6 
    13357 S |  | 6 | -6 
    13358 O |  |  | 4 
    13359 Iteration cutoff | 2 
    13360  
    13361 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with 5n6y, chain A (#2), sequence alignment
    13362 score = 1047.6 
    13363 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with 5n6y, chain B (#2), sequence alignment
    13364 score = 966.3 
    13365 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with 5n6y, chain D (#2), sequence alignment
    13366 score = 1014.6 
    13367 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with 5n6y, chain E (#2), sequence alignment
    13368 score = 957.8 
    13369 RMSD between 1026 pruned atom pairs is 1.314 angstroms; (across all 1783
    13370 pairs: 3.281) 
    13371  
    13372 
    13373 > wait 50
    13374 
    13375 > crossfade
    13376 
    13377 > mmaker #3/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    13378 
    13379 Parameters 
    13380 --- 
    13381 Chain pairing | ss 
    13382 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    13383 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    13384 SS fraction | 0.3 
    13385 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    13386 Gap extend | 1 
    13387 SS matrix |  |  | H | S | O 
    13388 ---|---|---|--- 
    13389 H | 6 | -9 | -6 
    13390 S |  | 6 | -6 
    13391 O |  |  | 4 
    13392 Iteration cutoff | 2 
    13393  
    13394 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    13395 A (#3), sequence alignment score = 984.1 
    13396 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    13397 B (#3), sequence alignment score = 918.6 
    13398 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    13399 D (#3), sequence alignment score = 987.1 
    13400 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    13401 E (#3), sequence alignment score = 899.3 
    13402 RMSD between 461 pruned atom pairs is 1.310 angstroms; (across all 1769 pairs:
    13403 37.860) 
    13404  
    13405 
    13406 > wait 50
    13407 
    13408 > crossfade
    13409 
    13410 > view master
    13411 
    13412 > show #4.43
    13413 
    13414 > wait 50
    13415 
    13416 > roll x 1 360
    13417 
    13418 > wait
    13419 
    13420 > roll y 1 360
    13421 
    13422 > wait
    13423 
    13424 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    13425 > iterations/test_final1.mp4"
    13426 
    13427 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    13428 iterations/test_final1.mp4 
    13429  
    13430 executed Script.cxc 
    13431 
    13432 > view master
    13433 
    13434 > color #1/b,d dodger blue
    13435 
    13436 > color #2/b,e forest green
    13437 
    13438 > color #2/c,f light green
    13439 
    13440 > color #3/b,e tomato
    13441 
    13442 > color #3/c,f light salmon
    13443 
    13444 > color Vcos byelement
    13445 
    13446 > color Mocos byelement
    13447 
    13448 > hide all
    13449 
    13450 > hide cartoons
    13451 
    13452 > hide #4
    13453 
    13454 > open Script.cxc
    13455 
    13456 > view master
    13457 
    13458 > cofr #1
    13459 
    13460 > hide all
    13461 
    13462 > hide cartoons
    13463 
    13464 > hide #4
    13465 
    13466 > wait 50
    13467 
    13468 > movie record
    13469 
    13470 > crossfade
    13471 
    13472 > show #1 cartoons
    13473 
    13474 > show Mocos
    13475 
    13476 > wait 50
    13477 
    13478 > crossfade
    13479 
    13480 > show #4.1
    13481 
    13482 > show #4.2
    13483 
    13484 > wait 50
    13485 
    13486 > crossfade
    13487 
    13488 > show #4.24
    13489 
    13490 > show #4.25
    13491 
    13492 > show #4.26
    13493 
    13494 > wait 50
    13495 
    13496 > crossfade
    13497 
    13498 > hide Mocos
    13499 
    13500 > hide #1/B,D cartoons
    13501 
    13502 > show #4.5
    13503 
    13504 > show #4.6
    13505 
    13506 > wait 50
    13507 
    13508 > crossfade
    13509 
    13510 > hide #1/A,C cartoons
    13511 
    13512 > show #1/B,D cartoons
    13513 
    13514 > hide #4.5
    13515 
    13516 > hide #4.6
    13517 
    13518 > show #4.3
    13519 
    13520 > show #4.4
    13521 
    13522 > wait 50
    13523 
    13524 > crossfade
    13525 
    13526 > hide #1 cartoons
    13527 
    13528 > hide #4.5
    13529 
    13530 > hide #4.6
    13531 
    13532 > hide #4.3
    13533 
    13534 > hide #4.4
    13535 
    13536 > wait 50
    13537 
    13538 > crossfade
    13539 
    13540 > show Mocos
    13541 
    13542 > show #4.30
    13543 
    13544 > show #4.31
    13545 
    13546 > show #4.32
    13547 
    13548 > show #4.33
    13549 
    13550 > show #4.44
    13551 
    13552 > show #4.45
    13553 
    13554 > show #4.46
    13555 
    13556 > show #4.47
    13557 
    13558 > wait 50
    13559 
    13560 > crossfade
    13561 
    13562 > show #1 cartoons
    13563 
    13564 > hide #4.30
    13565 
    13566 > hide #4.31
    13567 
    13568 > hide #4.32
    13569 
    13570 > hide #4.33
    13571 
    13572 > hide #4.44
    13573 
    13574 > hide #4.45
    13575 
    13576 > hide #4.46
    13577 
    13578 > hide #4.47
    13579 
    13580 > wait 50
    13581 
    13582 > crossfade
    13583 
    13584 > roll x 1 360
    13585 
    13586 > wait
    13587 
    13588 > crossfade
    13589 
    13590 > roll y 1 360
    13591 
    13592 > wait
    13593 
    13594 > crossfade
    13595 
    13596 > show #4.4
    13597 
    13598 > show #4.5
    13599 
    13600 > show #4.3
    13601 
    13602 > show #4.6
    13603 
    13604 > wait 50
    13605 
    13606 > crossfade
    13607 
    13608 > hide #4.4
    13609 
    13610 > hide #4.5
    13611 
    13612 > hide #4.3
    13613 
    13614 > hide #4.6
    13615 
    13616 > hide Mocos
    13617 
    13618 > hide #2 cartoons
    13619 
    13620 > wait 50
    13621 
    13622 > crossfade
    13623 
    13624 > show #2 cartoons
    13625 
    13626 > show Vcos
    13627 
    13628 > wait 50
    13629 
    13630 > crossfade
    13631 
    13632 > show #4.7
    13633 
    13634 > show #4.14
    13635 
    13636 > wait 50
    13637 
    13638 > crossfade
    13639 
    13640 > show #4.38
    13641 
    13642 > show #4.39
    13643 
    13644 > show #4.40
    13645 
    13646 > show #4.41
    13647 
    13648 > wait 50
    13649 
    13650 > crossfade
    13651 
    13652 > hide Vcos
    13653 
    13654 > hide #2/B,E cartoons
    13655 
    13656 > hide #2/C,F cartoons
    13657 
    13658 > show #4.8
    13659 
    13660 > show #4.9
    13661 
    13662 > wait 50
    13663 
    13664 > crossfade
    13665 
    13666 > hide #2/A,D cartoons
    13667 
    13668 > show #2/B,E cartoons
    13669 
    13670 > hide #4.8
    13671 
    13672 > hide #4.9
    13673 
    13674 > show #4.10
    13675 
    13676 > show #4.11
    13677 
    13678 > wait 50
    13679 
    13680 > crossfade
    13681 
    13682 > hide #2/B,E cartoons
    13683 
    13684 > show #2/C,F cartoons
    13685 
    13686 > hide #4.10
    13687 
    13688 > hide #4.11
    13689 
    13690 > show #4.12
    13691 
    13692 > show #4.13
    13693 
    13694 > wait 50
    13695 
    13696 > crossfade
    13697 
    13698 > hide #2 cartoons
    13699 
    13700 > hide #4.12
    13701 
    13702 > hide #4.13
    13703 
    13704 > wait 50
    13705 
    13706 > crossfade
    13707 
    13708 > show Vcos
    13709 
    13710 > show #4.34
    13711 
    13712 > show #4.35
    13713 
    13714 > show #4.36
    13715 
    13716 > show #4.37
    13717 
    13718 > show #4.48
    13719 
    13720 > show #4.49
    13721 
    13722 > show #4.50
    13723 
    13724 > show #4.51
    13725 
    13726 > wait 50
    13727 
    13728 > crossfade
    13729 
    13730 > show #2 cartoons
    13731 
    13732 > hide #4.34
    13733 
    13734 > hide #4.35
    13735 
    13736 > hide #4.36
    13737 
    13738 > hide #4.37
    13739 
    13740 > hide #4.48
    13741 
    13742 > hide #4.49
    13743 
    13744 > hide #4.50
    13745 
    13746 > hide #4.51
    13747 
    13748 > wait 50
    13749 
    13750 > crossfade
    13751 
    13752 > roll x 1 360
    13753 
    13754 > wait
    13755 
    13756 > crossfade
    13757 
    13758 > roll y 1 360
    13759 
    13760 > wait
    13761 
    13762 > crossfade
    13763 
    13764 > show #4.8
    13765 
    13766 > show #4.9
    13767 
    13768 > show #4.10
    13769 
    13770 > show #4.11
    13771 
    13772 > show #4.12
    13773 
    13774 > show #4.13
    13775 
    13776 > wait 50
    13777 
    13778 > crossfade
    13779 
    13780 > hide #4.8
    13781 
    13782 > hide #4.9
    13783 
    13784 > hide #4.10
    13785 
    13786 > hide #4.11
    13787 
    13788 > hide #4.12
    13789 
    13790 > hide #4.13
    13791 
    13792 > hide Vcos
    13793 
    13794 > hide #2 cartoons
    13795 
    13796 > wait 50
    13797 
    13798 > crossfade
    13799 
    13800 > show #3 cartoons
    13801 
    13802 > wait 50
    13803 
    13804 > crossfade
    13805 
    13806 > show #4.15
    13807 
    13808 > show #4.23
    13809 
    13810 > wait 50
    13811 
    13812 > crossfade
    13813 
    13814 > show #4.27
    13815 
    13816 > show #4.28
    13817 
    13818 > show #4.42
    13819 
    13820 > show #4.29
    13821 
    13822 > wait 50
    13823 
    13824 > crossfade
    13825 
    13826 > hide #3/B,E cartoons
    13827 
    13828 > hide #3/C,F cartoons
    13829 
    13830 > show #4.18
    13831 
    13832 > show #4.19
    13833 
    13834 > wait 50
    13835 
    13836 > crossfade
    13837 
    13838 > hide #3/A,D cartoons
    13839 
    13840 > show #3/B,E cartoons
    13841 
    13842 > hide #4.18
    13843 
    13844 > hide #4.19
    13845 
    13846 > show #4.20
    13847 
    13848 > show #4.21
    13849 
    13850 > wait 50
    13851 
    13852 > crossfade
    13853 
    13854 > hide #3/B,E cartoons
    13855 
    13856 > show #3/C,F cartoons
    13857 
    13858 > hide #4.20
    13859 
    13860 > hide #4.21
    13861 
    13862 > show #4.16
    13863 
    13864 > show #4.17
    13865 
    13866 > wait 50
    13867 
    13868 > crossfade
    13869 
    13870 > show #3 cartoons
    13871 
    13872 > hide #4.16
    13873 
    13874 > hide #4.17
    13875 
    13876 > wait 50
    13877 
    13878 > crossfade
    13879 
    13880 > roll x 1 360
    13881 
    13882 > wait
    13883 
    13884 > crossfade
    13885 
    13886 > roll y 1 360
    13887 
    13888 > wait
    13889 
    13890 > crossfade
    13891 
    13892 > show #4.16
    13893 
    13894 > show #4.17
    13895 
    13896 > show #4.18
    13897 
    13898 > show #4.19
    13899 
    13900 > show #4.20
    13901 
    13902 > show #4.21
    13903 
    13904 > wait 50
    13905 
    13906 > crossfade
    13907 
    13908 > hide #4
    13909 
    13910 > hide cartoons
    13911 
    13912 > hide Mocos
    13913 
    13914 > hide Vcos
    13915 
    13916 > wait 50
    13917 
    13918 > move x 130 models #3
    13919 
    13920 > move x -130 models #1
    13921 
    13922 > view three
    13923 
    13924 > crossfade
    13925 
    13926 > show cartoons
    13927 
    13928 > show Mocos
    13929 
    13930 > show Vcos
    13931 
    13932 > wait 50
    13933 
    13934 > crossfade
    13935 
    13936 > color #1 cyan
    13937 
    13938 > color #2 medium sea green
    13939 
    13940 > color #3 salmon
    13941 
    13942 > color Mocos byelement
    13943 
    13944 > color Vcos byelement
    13945 
    13946 > wait 50
    13947 
    13948 > roll x 1 360
    13949 
    13950 > wait
    13951 
    13952 > crossfade
    13953 
    13954 > mmaker #2/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    13955 
    13956 Parameters 
    13957 --- 
    13958 Chain pairing | ss 
    13959 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    13960 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    13961 SS fraction | 0.3 
    13962 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    13963 Gap extend | 1 
    13964 SS matrix |  |  | H | S | O 
    13965 ---|---|---|--- 
    13966 H | 6 | -9 | -6 
    13967 S |  | 6 | -6 
    13968 O |  |  | 4 
    13969 Iteration cutoff | 2 
    13970  
    13971 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with 5n6y, chain A (#2), sequence alignment
    13972 score = 1047.6 
    13973 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with 5n6y, chain B (#2), sequence alignment
    13974 score = 966.3 
    13975 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with 5n6y, chain D (#2), sequence alignment
    13976 score = 1014.6 
    13977 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with 5n6y, chain E (#2), sequence alignment
    13978 score = 957.8 
    13979 RMSD between 1026 pruned atom pairs is 1.314 angstroms; (across all 1783
    13980 pairs: 3.281) 
    13981  
    13982 
    13983 > wait 50
    13984 
    13985 > crossfade
    13986 
    13987 > mmaker #3/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    13988 
    13989 Parameters 
    13990 --- 
    13991 Chain pairing | ss 
    13992 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    13993 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    13994 SS fraction | 0.3 
    13995 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    13996 Gap extend | 1 
    13997 SS matrix |  |  | H | S | O 
    13998 ---|---|---|--- 
    13999 H | 6 | -9 | -6 
    14000 S |  | 6 | -6 
    14001 O |  |  | 4 
    14002 Iteration cutoff | 2 
    14003  
    14004 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    14005 A (#3), sequence alignment score = 984.1 
    14006 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    14007 B (#3), sequence alignment score = 918.6 
    14008 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    14009 D (#3), sequence alignment score = 987.1 
    14010 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    14011 E (#3), sequence alignment score = 899.3 
    14012 RMSD between 461 pruned atom pairs is 1.310 angstroms; (across all 1769 pairs:
    14013 37.860) 
    14014  
    14015 
    14016 > wait 50
    14017 
    14018 > crossfade
    14019 
    14020 > view master
    14021 
    14022 > show #4.43
    14023 
    14024 > wait 50
    14025 
    14026 > roll x 1 360
    14027 
    14028 > wait
    14029 
    14030 > roll y 1 360
    14031 
    14032 > wait
    14033 
    14034 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    14035 > iterations/test_final2.mp4"
    14036 
    14037 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    14038 iterations/test_final2.mp4 
    14039  
    14040 executed Script.cxc 
    14041 
    14042 > view master
    14043 
    14044 > hide all
    14045 
    14046 > hide cartoons
    14047 
    14048 > hide #4
    14049 
    14050 > open Script.cxc
    14051 
    14052 > view master
    14053 
    14054 > cofr #1
    14055 
    14056 > hide all
    14057 
    14058 > hide cartoons
    14059 
    14060 > hide #4
    14061 
    14062 > wait 50
    14063 
    14064 > movie record
    14065 
    14066 > crossfade
    14067 
    14068 > show #1 cartoons
    14069 
    14070 > show Mocos
    14071 
    14072 > wait 50
    14073 
    14074 > crossfade
    14075 
    14076 > show #4.1
    14077 
    14078 > show #4.2
    14079 
    14080 > wait 50
    14081 
    14082 > crossfade
    14083 
    14084 > show #4.24
    14085 
    14086 > show #4.25
    14087 
    14088 > show #4.26
    14089 
    14090 > wait 50
    14091 
    14092 > crossfade
    14093 
    14094 > hide Mocos
    14095 
    14096 > hide #1/B,D cartoons
    14097 
    14098 > show #4.5
    14099 
    14100 > show #4.6
    14101 
    14102 > wait 50
    14103 
    14104 > crossfade
    14105 
    14106 > hide #1/A,C cartoons
    14107 
    14108 > show #1/B,D cartoons
    14109 
    14110 > hide #4.5
    14111 
    14112 > hide #4.6
    14113 
    14114 > show #4.3
    14115 
    14116 > show #4.4
    14117 
    14118 > wait 50
    14119 
    14120 > crossfade
    14121 
    14122 > hide #1 cartoons
    14123 
    14124 > hide #4.5
    14125 
    14126 > hide #4.6
    14127 
    14128 > hide #4.3
    14129 
    14130 > hide #4.4
    14131 
    14132 > wait 50
    14133 
    14134 > crossfade
    14135 
    14136 > show Mocos
    14137 
    14138 > show #4.30
    14139 
    14140 > show #4.31
    14141 
    14142 > show #4.32
    14143 
    14144 > show #4.33
    14145 
    14146 > show #4.44
    14147 
    14148 > show #4.45
    14149 
    14150 > show #4.46
    14151 
    14152 > show #4.47
    14153 
    14154 > wait 50
    14155 
    14156 > crossfade
    14157 
    14158 > show #1 cartoons
    14159 
    14160 > hide #4.30
    14161 
    14162 > hide #4.31
    14163 
    14164 > hide #4.32
    14165 
    14166 > hide #4.33
    14167 
    14168 > hide #4.44
    14169 
    14170 > hide #4.45
    14171 
    14172 > hide #4.46
    14173 
    14174 > hide #4.47
    14175 
    14176 > wait 50
    14177 
    14178 > crossfade
    14179 
    14180 > roll x 1 360
    14181 
    14182 > wait
    14183 
    14184 > crossfade
    14185 
    14186 > roll y 1 360
    14187 
    14188 > wait
    14189 
    14190 > crossfade
    14191 
    14192 > show #4.4
    14193 
    14194 > show #4.5
    14195 
    14196 > show #4.3
    14197 
    14198 > show #4.6
    14199 
    14200 > wait 50
    14201 
    14202 > crossfade
    14203 
    14204 > hide #4.1
    14205 
    14206 > hide #4.2
    14207 
    14208 > hide #4.24
    14209 
    14210 > hide #4.25
    14211 
    14212 > hide #4.26
    14213 
    14214 > hide #4.4
    14215 
    14216 > hide #4.5
    14217 
    14218 > hide #4.3
    14219 
    14220 > hide #4.6
    14221 
    14222 > hide Mocos
    14223 
    14224 > hide #1 cartoons
    14225 
    14226 > wait 50
    14227 
    14228 > crossfade
    14229 
    14230 > show #2 cartoons
    14231 
    14232 > show Vcos
    14233 
    14234 > wait 50
    14235 
    14236 > crossfade
    14237 
    14238 > show #4.7
    14239 
    14240 > show #4.14
    14241 
    14242 > wait 50
    14243 
    14244 > crossfade
    14245 
    14246 > show #4.38
    14247 
    14248 > show #4.39
    14249 
    14250 > show #4.40
    14251 
    14252 > show #4.41
    14253 
    14254 > wait 50
    14255 
    14256 > crossfade
    14257 
    14258 > hide Vcos
    14259 
    14260 > hide #2/B,E cartoons
    14261 
    14262 > hide #2/C,F cartoons
    14263 
    14264 > show #4.8
    14265 
    14266 > show #4.9
    14267 
    14268 > wait 50
    14269 
    14270 > crossfade
    14271 
    14272 > hide #2/A,D cartoons
    14273 
    14274 > show #2/B,E cartoons
    14275 
    14276 > hide #4.8
    14277 
    14278 > hide #4.9
    14279 
    14280 > show #4.10
    14281 
    14282 > show #4.11
    14283 
    14284 > wait 50
    14285 
    14286 > crossfade
    14287 
    14288 > hide #2/B,E cartoons
    14289 
    14290 > show #2/C,F cartoons
    14291 
    14292 > hide #4.10
    14293 
    14294 > hide #4.11
    14295 
    14296 > show #4.12
    14297 
    14298 > show #4.13
    14299 
    14300 > wait 50
    14301 
    14302 > crossfade
    14303 
    14304 > hide #2 cartoons
    14305 
    14306 > hide #4.12
    14307 
    14308 > hide #4.13
    14309 
    14310 > wait 50
    14311 
    14312 > crossfade
    14313 
    14314 > show Vcos
    14315 
    14316 > show #4.34
    14317 
    14318 > show #4.35
    14319 
    14320 > show #4.36
    14321 
    14322 > show #4.37
    14323 
    14324 > show #4.48
    14325 
    14326 > show #4.49
    14327 
    14328 > show #4.50
    14329 
    14330 > show #4.51
    14331 
    14332 > wait 50
    14333 
    14334 > crossfade
    14335 
    14336 > show #2 cartoons
    14337 
    14338 > hide #4.34
    14339 
    14340 > hide #4.35
    14341 
    14342 > hide #4.36
    14343 
    14344 > hide #4.37
    14345 
    14346 > hide #4.48
    14347 
    14348 > hide #4.49
    14349 
    14350 > hide #4.50
    14351 
    14352 > hide #4.51
    14353 
    14354 > wait 50
    14355 
    14356 > crossfade
    14357 
    14358 > roll x 1 360
    14359 
    14360 > wait
    14361 
    14362 > crossfade
    14363 
    14364 > roll y 1 360
    14365 
    14366 > wait
    14367 
    14368 > crossfade
    14369 
    14370 > show #4.8
    14371 
    14372 > show #4.9
    14373 
    14374 > show #4.10
    14375 
    14376 > show #4.11
    14377 
    14378 > show #4.12
    14379 
    14380 > show #4.13
    14381 
    14382 > wait 50
    14383 
    14384 > crossfade
    14385 
    14386 > hide #4.7
    14387 
    14388 > hide #4.38
    14389 
    14390 > hide #4.39
    14391 
    14392 > hide #4.40
    14393 
    14394 > hide #4.41
    14395 
    14396 > hide #4.8
    14397 
    14398 > hide #4.9
    14399 
    14400 > hide #4.10
    14401 
    14402 > hide #4.11
    14403 
    14404 > hide #4.12
    14405 
    14406 > hide #4.13
    14407 
    14408 > hide Vcos
    14409 
    14410 > hide #2 cartoons
    14411 
    14412 > wait 50
    14413 
    14414 > crossfade
    14415 
    14416 > show #3 cartoons
    14417 
    14418 > wait 50
    14419 
    14420 > crossfade
    14421 
    14422 > show #4.15
    14423 
    14424 > show #4.23
    14425 
    14426 > wait 50
    14427 
    14428 > crossfade
    14429 
    14430 > show #4.27
    14431 
    14432 > show #4.28
    14433 
    14434 > show #4.42
    14435 
    14436 > show #4.29
    14437 
    14438 > wait 50
    14439 
    14440 > crossfade
    14441 
    14442 > hide #3/B,E cartoons
    14443 
    14444 > hide #3/C,F cartoons
    14445 
    14446 > show #4.18
    14447 
    14448 > show #4.19
    14449 
    14450 > wait 50
    14451 
    14452 > crossfade
    14453 
    14454 > hide #3/A,D cartoons
    14455 
    14456 > show #3/B,E cartoons
    14457 
    14458 > hide #4.18
    14459 
    14460 > hide #4.19
    14461 
    14462 > show #4.20
    14463 
    14464 > show #4.21
    14465 
    14466 > wait 50
    14467 
    14468 > crossfade
    14469 
    14470 > hide #3/B,E cartoons
    14471 
    14472 > show #3/C,F cartoons
    14473 
    14474 > hide #4.20
    14475 
    14476 > hide #4.21
    14477 
    14478 > show #4.16
    14479 
    14480 > show #4.17
    14481 
    14482 > wait 50
    14483 
    14484 > crossfade
    14485 
    14486 > show #3 cartoons
    14487 
    14488 > hide #4.16
    14489 
    14490 > hide #4.17
    14491 
    14492 > wait 50
    14493 
    14494 > crossfade
    14495 
    14496 > roll x 1 360
    14497 
    14498 > wait
    14499 
    14500 > crossfade
    14501 
    14502 > roll y 1 360
    14503 
    14504 > wait
    14505 
    14506 > crossfade
    14507 
    14508 > show #4.16
    14509 
    14510 > show #4.17
    14511 
    14512 > show #4.18
    14513 
    14514 > show #4.19
    14515 
    14516 > show #4.20
    14517 
    14518 > show #4.21
    14519 
    14520 > wait 50
    14521 
    14522 > crossfade
    14523 
    14524 > hide #4
    14525 
    14526 > hide cartoons
    14527 
    14528 > hide Mocos
    14529 
    14530 > hide Vcos
    14531 
    14532 > wait 50
    14533 
    14534 > move x 130 models #3
    14535 
    14536 > move x -130 models #1
    14537 
    14538 > view three
    14539 
    14540 > crossfade
    14541 
    14542 > show cartoons
    14543 
    14544 > show Mocos
    14545 
    14546 > show Vcos
    14547 
    14548 > wait 50
    14549 
    14550 > crossfade
    14551 
    14552 > color #1 cyan
    14553 
    14554 > color #2 medium sea green
    14555 
    14556 > color #3 salmon
    14557 
    14558 > color Mocos byelement
    14559 
    14560 > color Vcos byelement
    14561 
    14562 > wait 50
    14563 
    14564 > roll x 1 360
    14565 
    14566 > wait
    14567 
    14568 > crossfade
    14569 
    14570 > mmaker #2/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    14571 
    14572 Parameters 
    14573 --- 
    14574 Chain pairing | ss 
    14575 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    14576 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    14577 SS fraction | 0.3 
    14578 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    14579 Gap extend | 1 
    14580 SS matrix |  |  | H | S | O 
    14581 ---|---|---|--- 
    14582 H | 6 | -9 | -6 
    14583 S |  | 6 | -6 
    14584 O |  |  | 4 
    14585 Iteration cutoff | 2 
    14586  
    14587 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with 5n6y, chain A (#2), sequence alignment
    14588 score = 1047.6 
    14589 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with 5n6y, chain B (#2), sequence alignment
    14590 score = 966.3 
    14591 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with 5n6y, chain D (#2), sequence alignment
    14592 score = 1014.6 
    14593 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with 5n6y, chain E (#2), sequence alignment
    14594 score = 957.8 
    14595 RMSD between 1026 pruned atom pairs is 1.314 angstroms; (across all 1783
    14596 pairs: 3.281) 
    14597  
    14598 
    14599 > wait 50
    14600 
    14601 > crossfade
    14602 
    14603 > mmaker #3/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    14604 
    14605 Parameters 
    14606 --- 
    14607 Chain pairing | ss 
    14608 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    14609 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    14610 SS fraction | 0.3 
    14611 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    14612 Gap extend | 1 
    14613 SS matrix |  |  | H | S | O 
    14614 ---|---|---|--- 
    14615 H | 6 | -9 | -6 
    14616 S |  | 6 | -6 
    14617 O |  |  | 4 
    14618 Iteration cutoff | 2 
    14619  
    14620 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    14621 A (#3), sequence alignment score = 984.1 
    14622 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    14623 B (#3), sequence alignment score = 918.6 
    14624 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    14625 D (#3), sequence alignment score = 987.1 
    14626 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    14627 E (#3), sequence alignment score = 899.3 
    14628 RMSD between 461 pruned atom pairs is 1.310 angstroms; (across all 1769 pairs:
    14629 37.860) 
    14630  
    14631 
    14632 > wait 50
    14633 
    14634 > crossfade
    14635 
    14636 > view master
    14637 
    14638 > show #4.43
    14639 
    14640 > wait 50
    14641 
    14642 > roll x 1 360
    14643 
    14644 > wait
    14645 
    14646 > roll y 1 360
    14647 
    14648 > wait
    14649 
    14650 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    14651 > iterations/test_final3.mp4"
    14652 
    14653 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    14654 iterations/test_final3.mp4 
    14655  
    14656 executed Script.cxc 
    14657 
    14658 > color #1/b,d dodger blue
    14659 
    14660 > color #2/b,e forest green
    14661 
    14662 > color #2/c,f light green
    14663 
    14664 > hide #1 cartoons
    14665 
    14666 > hide #3 cartoons
    14667 
    14668 > color Mocos byelement
    14669 
    14670 > color Vcos by element
    14671 
    14672 Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero',
    14673 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', or 'random' or a keyword 
    14674 
    14675 > color Vcos byelement
    14676 
    14677 > hide Vcos
    14678 
    14679 > hide Mocos
    14680 
    14681 > hide #2 cartoons
    14682 
    14683 > show #3 cartoons
    14684 
    14685 > color #3/b,e tomato
    14686 
    14687 > color #3/c,f light salmon
    14688 
    14689 > hide #3 cartoons
    14690 
    14691 > show #1 cartoons
    14692 
    14693 > hide #1 cartoons
    14694 
    14695 > show #2 cartoons
    14696 
    14697 > hide #2 cartoons
    14698 
    14699 > hide #4
    14700 
    14701 > open Script.cxc
    14702 
    14703 > view master
    14704 
    14705 > cofr #1
    14706 
    14707 > hide all
    14708 
    14709 > hide cartoons
    14710 
    14711 > hide #4
    14712 
    14713 > wait 50
    14714 
    14715 > movie record
    14716 
    14717 > crossfade
    14718 
    14719 > show #1 cartoons
    14720 
    14721 > show Mocos
    14722 
    14723 > wait 50
    14724 
    14725 > crossfade
    14726 
    14727 > show #4.1
    14728 
    14729 > show #4.2
    14730 
    14731 > wait 50
    14732 
    14733 > crossfade
    14734 
    14735 > show #4.24
    14736 
    14737 > show #4.25
    14738 
    14739 > show #4.26
    14740 
    14741 > wait 50
    14742 
    14743 > crossfade
    14744 
    14745 > hide Mocos
    14746 
    14747 > hide #1/B,D cartoons
    14748 
    14749 > show #4.5
    14750 
    14751 > show #4.6
    14752 
    14753 > wait 50
    14754 
    14755 > crossfade
    14756 
    14757 > hide #1/A,C cartoons
    14758 
    14759 > show #1/B,D cartoons
    14760 
    14761 > hide #4.5
    14762 
    14763 > hide #4.6
    14764 
    14765 > show #4.3
    14766 
    14767 > show #4.4
    14768 
    14769 > wait 50
    14770 
    14771 > crossfade
    14772 
    14773 > hide #1 cartoons
    14774 
    14775 > hide #4.5
    14776 
    14777 > hide #4.6
    14778 
    14779 > hide #4.3
    14780 
    14781 > hide #4.4
    14782 
    14783 > wait 50
    14784 
    14785 > crossfade
    14786 
    14787 > show Mocos
    14788 
    14789 > show #4.30
    14790 
    14791 > show #4.31
    14792 
    14793 > show #4.32
    14794 
    14795 > show #4.33
    14796 
    14797 > show #4.44
    14798 
    14799 > show #4.45
    14800 
    14801 > show #4.46
    14802 
    14803 > show #4.47
    14804 
    14805 > wait 50
    14806 
    14807 > crossfade
    14808 
    14809 > show #1 cartoons
    14810 
    14811 > hide #4.30
    14812 
    14813 > hide #4.31
    14814 
    14815 > hide #4.32
    14816 
    14817 > hide #4.33
    14818 
    14819 > hide #4.44
    14820 
    14821 > hide #4.45
    14822 
    14823 > hide #4.46
    14824 
    14825 > hide #4.47
    14826 
    14827 > wait 50
    14828 
    14829 > crossfade
    14830 
    14831 > roll x 1 360
    14832 
    14833 > wait
    14834 
    14835 > crossfade
    14836 
    14837 > roll y 1 360
    14838 
    14839 > wait
    14840 
    14841 > crossfade
    14842 
    14843 > show #4.4
    14844 
    14845 > show #4.5
    14846 
    14847 > show #4.3
    14848 
    14849 > show #4.6
    14850 
    14851 > wait 50
    14852 
    14853 > crossfade
    14854 
    14855 > hide #4.1
    14856 
    14857 > hide #4.2
    14858 
    14859 > hide #4.24
    14860 
    14861 > hide #4.25
    14862 
    14863 > hide #4.26
    14864 
    14865 > hide #4.4
    14866 
    14867 > hide #4.5
    14868 
    14869 > hide #4.3
    14870 
    14871 > hide #4.6
    14872 
    14873 > hide Mocos
    14874 
    14875 > hide #1 cartoons
    14876 
    14877 > wait 50
    14878 
    14879 > crossfade
    14880 
    14881 > show #2 cartoons
    14882 
    14883 > show Vcos
    14884 
    14885 > wait 50
    14886 
    14887 > crossfade
    14888 
    14889 > show #4.7
    14890 
    14891 > show #4.14
    14892 
    14893 > wait 50
    14894 
    14895 > crossfade
    14896 
    14897 > show #4.38
    14898 
    14899 > show #4.39
    14900 
    14901 > show #4.40
    14902 
    14903 > show #4.41
    14904 
    14905 > wait 50
    14906 
    14907 > crossfade
    14908 
    14909 > hide Vcos
    14910 
    14911 > hide #2/B,E cartoons
    14912 
    14913 > hide #2/C,F cartoons
    14914 
    14915 > show #4.8
    14916 
    14917 > show #4.9
    14918 
    14919 > wait 50
    14920 
    14921 > crossfade
    14922 
    14923 > hide #2/A,D cartoons
    14924 
    14925 > show #2/B,E cartoons
    14926 
    14927 > hide #4.8
    14928 
    14929 > hide #4.9
    14930 
    14931 > show #4.10
    14932 
    14933 > show #4.11
    14934 
    14935 > wait 50
    14936 
    14937 > crossfade
    14938 
    14939 > hide #2/B,E cartoons
    14940 
    14941 > show #2/C,F cartoons
    14942 
    14943 > hide #4.10
    14944 
    14945 > hide #4.11
    14946 
    14947 > show #4.12
    14948 
    14949 > show #4.13
    14950 
    14951 > wait 50
    14952 
    14953 > crossfade
    14954 
    14955 > hide #2 cartoons
    14956 
    14957 > hide #4.12
    14958 
    14959 > hide #4.13
    14960 
    14961 > wait 50
    14962 
    14963 > crossfade
    14964 
    14965 > show Vcos
    14966 
    14967 > show #4.34
    14968 
    14969 > show #4.35
    14970 
    14971 > show #4.36
    14972 
    14973 > show #4.37
    14974 
    14975 > show #4.48
    14976 
    14977 > show #4.49
    14978 
    14979 > show #4.50
    14980 
    14981 > show #4.51
    14982 
    14983 > wait 50
    14984 
    14985 > crossfade
    14986 
    14987 > show #2 cartoons
    14988 
    14989 > hide #4.34
    14990 
    14991 > hide #4.35
    14992 
    14993 > hide #4.36
    14994 
    14995 > hide #4.37
    14996 
    14997 > hide #4.48
    14998 
    14999 > hide #4.49
    15000 
    15001 > hide #4.50
    15002 
    15003 > hide #4.51
    15004 
    15005 > wait 50
    15006 
    15007 > crossfade
    15008 
    15009 > roll x 1 360
    15010 
    15011 > wait
    15012 
    15013 > crossfade
    15014 
    15015 > roll y 1 360
    15016 
    15017 > wait
    15018 
    15019 > crossfade
    15020 
    15021 > show #4.8
    15022 
    15023 > show #4.9
    15024 
    15025 > show #4.10
    15026 
    15027 > show #4.11
    15028 
    15029 > show #4.12
    15030 
    15031 > show #4.13
    15032 
    15033 > wait 50
    15034 
    15035 > crossfade
    15036 
    15037 > hide #4.7
    15038 
    15039 > hide #4.38
    15040 
    15041 > hide #4.39
    15042 
    15043 > hide #4.40
    15044 
    15045 > hide #4.41
    15046 
    15047 > hide #4.8
    15048 
    15049 > hide #4.9
    15050 
    15051 > hide #4.10
    15052 
    15053 > hide #4.11
    15054 
    15055 > hide #4.12
    15056 
    15057 > hide #4.13
    15058 
    15059 > hide #4.14
    15060 
    15061 > hide Vcos
    15062 
    15063 > hide #2 cartoons
    15064 
    15065 > wait 50
    15066 
    15067 > crossfade
    15068 
    15069 > show #3 cartoons
    15070 
    15071 > wait 50
    15072 
    15073 > crossfade
    15074 
    15075 > show #4.15
    15076 
    15077 > show #4.23
    15078 
    15079 > wait 50
    15080 
    15081 > crossfade
    15082 
    15083 > show #4.27
    15084 
    15085 > show #4.28
    15086 
    15087 > show #4.42
    15088 
    15089 > show #4.29
    15090 
    15091 > wait 50
    15092 
    15093 > crossfade
    15094 
    15095 > hide #3/B,E cartoons
    15096 
    15097 > hide #3/C,F cartoons
    15098 
    15099 > show #4.18
    15100 
    15101 > show #4.19
    15102 
    15103 > wait 50
    15104 
    15105 > crossfade
    15106 
    15107 > hide #3/A,D cartoons
    15108 
    15109 > show #3/B,E cartoons
    15110 
    15111 > hide #4.18
    15112 
    15113 > hide #4.19
    15114 
    15115 > show #4.20
    15116 
    15117 > show #4.21
    15118 
    15119 > wait 50
    15120 
    15121 > crossfade
    15122 
    15123 > hide #3/B,E cartoons
    15124 
    15125 > show #3/C,F cartoons
    15126 
    15127 > hide #4.20
    15128 
    15129 > hide #4.21
    15130 
    15131 > show #4.16
    15132 
    15133 > show #4.17
    15134 
    15135 > wait 50
    15136 
    15137 > crossfade
    15138 
    15139 > show #3 cartoons
    15140 
    15141 > hide #4.16
    15142 
    15143 > hide #4.17
    15144 
    15145 > wait 50
    15146 
    15147 > crossfade
    15148 
    15149 > roll x 1 360
    15150 
    15151 > wait
    15152 
    15153 > crossfade
    15154 
    15155 > roll y 1 360
    15156 
    15157 > wait
    15158 
    15159 > crossfade
    15160 
    15161 > show #4.16
    15162 
    15163 > show #4.17
    15164 
    15165 > show #4.18
    15166 
    15167 > show #4.19
    15168 
    15169 > show #4.20
    15170 
    15171 > show #4.21
    15172 
    15173 > wait 50
    15174 
    15175 > crossfade
    15176 
    15177 > hide #4
    15178 
    15179 > hide cartoons
    15180 
    15181 > hide Mocos
    15182 
    15183 > hide Vcos
    15184 
    15185 > wait 50
    15186 
    15187 > move x 130 models #3
    15188 
    15189 > move x -130 models #1
    15190 
    15191 > view three
    15192 
    15193 > crossfade
    15194 
    15195 > show cartoons
    15196 
    15197 > show Mocos
    15198 
    15199 > show Vcos
    15200 
    15201 > wait 50
    15202 
    15203 > crossfade
    15204 
    15205 > color #1 cyan
    15206 
    15207 > color #2 medium sea green
    15208 
    15209 > color #3 salmon
    15210 
    15211 > color Mocos byelement
    15212 
    15213 > color Vcos byelement
    15214 
    15215 > wait 50
    15216 
    15217 > roll x 1 360
    15218 
    15219 > wait
    15220 
    15221 > crossfade
    15222 
    15223 > mmaker #2/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    15224 
    15225 Parameters 
    15226 --- 
    15227 Chain pairing | ss 
    15228 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    15229 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    15230 SS fraction | 0.3 
    15231 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    15232 Gap extend | 1 
    15233 SS matrix |  |  | H | S | O 
    15234 ---|---|---|--- 
    15235 H | 6 | -9 | -6 
    15236 S |  | 6 | -6 
    15237 O |  |  | 4 
    15238 Iteration cutoff | 2 
    15239  
    15240 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with 5n6y, chain A (#2), sequence alignment
    15241 score = 1047.6 
    15242 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with 5n6y, chain B (#2), sequence alignment
    15243 score = 966.3 
    15244 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with 5n6y, chain D (#2), sequence alignment
    15245 score = 1014.6 
    15246 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with 5n6y, chain E (#2), sequence alignment
    15247 score = 957.8 
    15248 RMSD between 1026 pruned atom pairs is 1.314 angstroms; (across all 1783
    15249 pairs: 3.281) 
    15250  
    15251 
    15252 > wait 50
    15253 
    15254 > crossfade
    15255 
    15256 > mmaker #3/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    15257 
    15258 Parameters 
    15259 --- 
    15260 Chain pairing | ss 
    15261 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    15262 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    15263 SS fraction | 0.3 
    15264 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    15265 Gap extend | 1 
    15266 SS matrix |  |  | H | S | O 
    15267 ---|---|---|--- 
    15268 H | 6 | -9 | -6 
    15269 S |  | 6 | -6 
    15270 O |  |  | 4 
    15271 Iteration cutoff | 2 
    15272  
    15273 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    15274 A (#3), sequence alignment score = 984.1 
    15275 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    15276 B (#3), sequence alignment score = 918.6 
    15277 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    15278 D (#3), sequence alignment score = 987.1 
    15279 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    15280 E (#3), sequence alignment score = 899.3 
    15281 RMSD between 461 pruned atom pairs is 1.310 angstroms; (across all 1769 pairs:
    15282 37.860) 
    15283  
    15284 
    15285 > wait 50
    15286 
    15287 > crossfade
    15288 
    15289 > view master
    15290 
    15291 > show #4.43
    15292 
    15293 > wait 50
    15294 
    15295 > roll x 1 360
    15296 
    15297 > wait
    15298 
    15299 > roll y 1 360
    15300 
    15301 > wait
    15302 
    15303 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    15304 > iterations/test_final4.mp4"
    15305 
    15306 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Movie
    15307 iterations/test_final4.mp4 
    15308  
    15309 executed Script.cxc 
    15310 
    15311 > mmaker #2/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    15312 
    15313 Parameters 
    15314 --- 
    15315 Chain pairing | ss 
    15316 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    15317 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    15318 SS fraction | 0.3 
    15319 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    15320 Gap extend | 1 
    15321 SS matrix |  |  | H | S | O 
    15322 ---|---|---|--- 
    15323 H | 6 | -9 | -6 
    15324 S |  | 6 | -6 
    15325 O |  |  | 4 
    15326 Iteration cutoff | 2 
    15327  
    15328 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with 5n6y, chain A (#2), sequence alignment
    15329 score = 1047.6 
    15330 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with 5n6y, chain B (#2), sequence alignment
    15331 score = 966.3 
    15332 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with 5n6y, chain D (#2), sequence alignment
    15333 score = 1014.6 
    15334 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with 5n6y, chain E (#2), sequence alignment
    15335 score = 957.8 
    15336 RMSD between 1026 pruned atom pairs is 1.314 angstroms; (across all 1783
    15337 pairs: 3.281) 
    15338  
    15339 
    15340 > mmaker #3/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    15341 
    15342 Parameters 
    15343 --- 
    15344 Chain pairing | ss 
    15345 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    15346 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    15347 SS fraction | 0.3 
    15348 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    15349 Gap extend | 1 
    15350 SS matrix |  |  | H | S | O 
    15351 ---|---|---|--- 
    15352 H | 6 | -9 | -6 
    15353 S |  | 6 | -6 
    15354 O |  |  | 4 
    15355 Iteration cutoff | 2 
    15356  
    15357 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    15358 A (#3), sequence alignment score = 984.1 
    15359 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    15360 B (#3), sequence alignment score = 918.6 
    15361 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    15362 D (#3), sequence alignment score = 987.1 
    15363 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    15364 E (#3), sequence alignment score = 899.3 
    15365 RMSD between 461 pruned atom pairs is 1.310 angstroms; (across all 1769 pairs:
    15366 37.860) 
    15367  
    15368 
    15369 > help chain pairing
    15370 
    15371 No help found for 'chain pairing' 
    15372 
    15373 > help pairing
    15374 
    15375 No help found for 'pairing' 
    15376 
    15377 > help ss
    15378 
    15379 No help found for 'ss' 
    15380 
    15381 > help matchmaker
    15382 
    15383 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/All 3 N2ase
    15384 > colored_labeled_master_view.cxs"
    15385 
    15386 opened ChimeraX session 
    15387 
    15388 > move x 130 models #3
    15389 
    15390 > move x -130 models #1
    15391 
    15392 > view
    15393 
    15394 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignments.cxs"
    15395 
    15396 > hide #4.2 models
    15397 
    15398 > show #4.2 models
    15399 
    15400 > hide #4.3 models
    15401 
    15402 > hide #4.4 models
    15403 
    15404 > hide #4.5 models
    15405 
    15406 > hide #4.6 models
    15407 
    15408 > hide #4.8 models
    15409 
    15410 > hide #4.9 models
    15411 
    15412 > hide #4.10 models
    15413 
    15414 > hide #4.11 models
    15415 
    15416 > hide #4.12 models
    15417 
    15418 > hide #4.13 models
    15419 
    15420 > hide #4.16 models
    15421 
    15422 > hide #4.17 models
    15423 
    15424 > hide #4.18 models
    15425 
    15426 > hide #4.20 models
    15427 
    15428 > hide #4.19 models
    15429 
    15430 > hide #4.21 models
    15431 
    15432 > hide #4.22 models
    15433 
    15434 > hide #4.23 models
    15435 
    15436 > hide #4.24 models
    15437 
    15438 > hide #4.25 models
    15439 
    15440 > hide #4.26 models
    15441 
    15442 > hide #4.27 models
    15443 
    15444 > hide #4.28 models
    15445 
    15446 > hide #4.29 models
    15447 
    15448 > hide #4.30 models
    15449 
    15450 > hide #4.31 models
    15451 
    15452 > hide #4.32 models
    15453 
    15454 > hide #4.33 models
    15455 
    15456 > hide #4.34 models
    15457 
    15458 > hide #4.35 models
    15459 
    15460 > hide #4.36 models
    15461 
    15462 > hide #4.37 models
    15463 
    15464 > hide #4.38 models
    15465 
    15466 > hide #4.39 models
    15467 
    15468 > hide #4.40 models
    15469 
    15470 > hide #4.41 models
    15471 
    15472 > hide #4.42 models
    15473 
    15474 > hide #4.43 models
    15475 
    15476 > hide #4.44 models
    15477 
    15478 > hide #4.45 models
    15479 
    15480 > hide #4.46 models
    15481 
    15482 > hide #4.48 models
    15483 
    15484 > hide #4.47 models
    15485 
    15486 > hide #4.49 models
    15487 
    15488 > hide #4.50 models
    15489 
    15490 > hide #4.51 models
    15491 
    15492 > show #4.23 models
    15493 
    15494 > ui mousemode right "move label"
    15495 
    15496 > 2dlabels #4.1 xpos 0.047 ypos 0.671
    15497 
    15498 > 2dlabels #4.7 xpos 0.390 ypos 0.702
    15499 
    15500 > 2dlabels #4.1 xpos 0.044 ypos 0.705
    15501 
    15502 > 2dlabels #4.15 xpos 0.710 ypos 0.703
    15503 
    15504 > help 2dlabels
    15505 
    15506 > ui tool show "Color Actions"
    15507 
    15508 > color #1 light sky blue
    15509 
    15510 > color #1 lightblue pale turquoise
    15511 
    15512 Expected a collection of one of 'All', 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'labels',
    15513 'pseudobonds', 'ribbons', 'rings', or 'surfaces' or a keyword 
    15514 
    15515 > color #1 pale turquoise
    15516 
    15517 > color #1 powder blue
    15518 
    15519 > color #1 sky blue
    15520 
    15521 > color #2 light green
    15522 
    15523 > color #3 pale violet red
    15524 
    15525 > color #3 plum
    15526 
    15527 > color Mocos byelement
    15528 
    15529 > color Vcos byelement
    15530 
    15531 > help 2dlabels
    15532 
    15533 > 2dlabels #4.1 size 20 color sky blue
    15534 
    15535 > 2dlabels #4.1 size 30 color sky blue
    15536 
    15537 > 2dlabels #4.1 xpos 0.088 ypos 0.684
    15538 
    15539 > 2dlabels #4.2 size 30 color sky blue
    15540 
    15541 > 2dlabels #4.2 xpos 0.122 ypos 0.258
    15542 
    15543 > 2dlabels #4.2 size 20 color sky blue
    15544 
    15545 > 2dlabels #4.2 xpos 0.103 ypos 0.275
    15546 
    15547 > 2dlabels #4.2 xpos 0.107 ypos 0.280
    15548 
    15549 > 2dlabels #4.2 xpos 0.173 ypos 0.272
    15550 
    15551 > 2dlabels #4.14 size 20 color light green
    15552 
    15553 > 2dlabels #4.14 xpos 0.518 ypos 0.273
    15554 
    15555 > 2dlabels #4.7 size 30 color light green
    15556 
    15557 > 2dlabels #4.7 xpos 0.250 ypos 0.684
    15558 
    15559 > 2dlabels #4.7 xpos 0.109 ypos 0.684
    15560 
    15561 > move x 130 #4.7
    15562 
    15563 Expected an integer >= 1 or a keyword 
    15564 
    15565 > move x 130 models #4.7
    15566 
    15567 > move x -130 models #4.7
    15568 
    15569 > move x -13 models #4.7
    15570 
    15571 > move x 13 models #4.7
    15572 
    15573 > move x 1 models #4.7
    15574 
    15575 > move x -1 models #4.7
    15576 
    15577 > move x -10 models #4.7
    15578 
    15579 > move x 10 models #4.7
    15580 
    15581 > move x -2 models #4.7
    15582 
    15583 > move x 2 models #4.7
    15584 
    15585 > 2dlabels #4.1 xpos 0.090 ypos 0.684
    15586 
    15587 > 2dlabels #4.1 xpos 0.090 ypos 0.682
    15588 
    15589 > 2dlabels #4.7 xpos 0.430 ypos 0.684
    15590 
    15591 > 2dlabels #4.15 size 30 color plum
    15592 
    15593 > 2dlabels #4.15 xpos 0.749 ypos 0.684
    15594 
    15595 > 2dlabels #4.23 test 'Homology model to PDB: 5N6Y' size 20 color plum
    15596 
    15597 Expected a keyword 
    15598 
    15599 > 2dlabels #4.23 text "Homology model to PDB: 5N6Y" size 20 color plum
    15600 
    15601 > 2dlabels #4.23 xpos 0.742 ypos 0.273
    15602 
    15603 > 2dlabels #4.23 text "Homology model to PDB: 5N6Y" size 10 color plum
    15604 
    15605 > 2dlabels #4.23 text "Homology model to PDB: 5N6Y" size 15 color plum
    15606 
    15607 > 2dlabels #4.23 xpos 0.767 ypos 0.272
    15608 
    15609 > select up
    15610 
    15611 Nothing selected 
    15612 
    15613 > 2dlabels #4.14 size `5 color light green
    15614 
    15615 Invalid "size" argument: Expected an integer 
    15616 
    15617 > 2dlabels #4.14 size 15 color light green
    15618 
    15619 > 2dlabels #4.2 size 15 color sky blue
    15620 
    15621 > 2dlabels #4.2 xpos 0.170 ypos 0.285
    15622 
    15623 > 2dlabels #4.14 xpos 0.517 ypos 0.278
    15624 
    15625 > 2dlabels #4.2 xpos 0.170 ypos 0.276
    15626 
    15627 > 2dlabels #4.23 xpos 0.766 ypos 0.275
    15628 
    15629 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignments.cxs"
    15630 
    15631 > view master
    15632 
    15633 > view name master
    15634 
    15635 > 2dlabels text "MoFe protein" font arial bold true size 15 color sky blue
    15636 
    15637 > 2dlabels #4.52 xpos 0.186 ypos 0.064
    15638 
    15639 > 2dlabels #4.52 size 20 text "MoFe protein (PDB:3U7Q)"
    15640 
    15641 > 2dlabels #4.52 xpos 0.065 ypos 0.031
    15642 
    15643 > 2dlabels labels text 'VFe protein (PDB:5N6Y) font arial bold true color
    15644 > light green size 20
    15645 
    15646 Invalid "labels" argument: Expected 'all' or a 2d label name or a label models
    15647 specifier 
    15648 
    15649 > 2dlabels labels text 'VFe protein (PDB:5N6Y)' font arial bold true color
    15650 > light green size 20
    15651 
    15652 Invalid "labels" argument: Expected 'all' or a 2d label name or a label models
    15653 specifier 
    15654 
    15655 > 2dlabels text "VFe protein (PDB:5N6Y)" font arial bold true color light
    15656 > green size 20
    15657 
    15658 > 2dlabels #4.53 xpos 0.382 ypos 0.035
    15659 
    15660 > 2dlabels text "FeFe protein (Homology model to PDB:5N6Y)" font arial bold
    15661 > true color plum size 20
    15662 
    15663 > 2dlabels #4.54 xpos 0.600 ypos 0.036
    15664 
    15665 > 2dlabels #4.53 xpos 0.355 ypos 0.034
    15666 
    15667 > 2dlabels #4.53 xpos 0.356 ypos 0.035
    15668 
    15669 > 2dlabels #4.52 xpos 0.065 ypos 0.034
    15670 
    15671 > hide $4
    15672 
    15673 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    15674 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    15675 
    15676 > hide #4
    15677 
    15678 > hide cartoons #2
    15679 
    15680 Expected ',' or a keyword 
    15681 
    15682 > hide #2 cartoons
    15683 
    15684 > hide Vcos
    15685 
    15686 > hide #3 cartoons
    15687 
    15688 > move x 130 models #1
    15689 
    15690 > ui mousemode right "translate selected models"
    15691 
    15692 > view name center
    15693 
    15694 > show #2 cartoons
    15695 
    15696 > show Vcos
    15697 
    15698 > hide #2 cartoons
    15699 
    15700 > hide Vcos
    15701 
    15702 > crossfade
    15703 
    15704 > show #2 cartoons
    15705 
    15706 > show Vcos
    15707 
    15708 > move x -130 models #3
    15709 
    15710 > crossfade
    15711 
    15712 > show #3
    15713 
    15714 > crossfade
    15715 
    15716 > show #3 cartoons
    15717 
    15718 > hide #3 atoms
    15719 
    15720 > ui tool show "Color Actions"
    15721 
    15722 > 2dlabels text Alignment font arial bold true size 40 color burly wood
    15723 
    15724 > show #!4 models
    15725 
    15726 > undo
    15727 
    15728 > redo
    15729 
    15730 > view center
    15731 
    15732 > show #3 cartoons
    15733 
    15734 > move x -130 models #3
    15735 
    15736 > ui mousemode right "move label"
    15737 
    15738 > 2dlabels #4.55 xpos 0.427 ypos 0.859
    15739 
    15740 > view master
    15741 
    15742 > view center
    15743 
    15744 > move x -130 models #3
    15745 
    15746 > view name center
    15747 
    15748 > mmaker #2/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    15749 
    15750 Parameters 
    15751 --- 
    15752 Chain pairing | ss 
    15753 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    15754 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    15755 SS fraction | 0.3 
    15756 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    15757 Gap extend | 1 
    15758 SS matrix |  |  | H | S | O 
    15759 ---|---|---|--- 
    15760 H | 6 | -9 | -6 
    15761 S |  | 6 | -6 
    15762 O |  |  | 4 
    15763 Iteration cutoff | 2 
    15764  
    15765 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with 5n6y, chain A (#2), sequence alignment
    15766 score = 1047.6 
    15767 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with 5n6y, chain B (#2), sequence alignment
    15768 score = 966.3 
    15769 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with 5n6y, chain D (#2), sequence alignment
    15770 score = 1014.6 
    15771 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with 5n6y, chain E (#2), sequence alignment
    15772 score = 957.8 
    15773 RMSD between 1026 pruned atom pairs is 1.314 angstroms; (across all 1783
    15774 pairs: 3.281) 
    15775  
    15776 
    15777 > mmaker #3/A,B,D,E to #1/A,B,C,D pair ss
    15778 
    15779 Parameters 
    15780 --- 
    15781 Chain pairing | ss 
    15782 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    15783 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    15784 SS fraction | 0.3 
    15785 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    15786 Gap extend | 1 
    15787 SS matrix |  |  | H | S | O 
    15788 ---|---|---|--- 
    15789 H | 6 | -9 | -6 
    15790 S |  | 6 | -6 
    15791 O |  |  | 4 
    15792 Iteration cutoff | 2 
    15793  
    15794 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    15795 A (#3), sequence alignment score = 984.1 
    15796 Matchmaker 3u7q, chain B (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    15797 B (#3), sequence alignment score = 918.6 
    15798 Matchmaker 3u7q, chain C (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    15799 D (#3), sequence alignment score = 987.1 
    15800 Matchmaker 3u7q, chain D (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    15801 E (#3), sequence alignment score = 899.3 
    15802 RMSD between 461 pruned atom pairs is 1.310 angstroms; (across all 1769 pairs:
    15803 37.860) 
    15804  
    15805 
    15806 > view name center
    15807 
    15808 > view name center
    15809 
    15810 > 2dlabels #4.26 xpos 0.473 ypos 0.863
    15811 
    15812 > 2dlabels #4.26 xpos 0.465 ypos 0.866
    15813 
    15814 > 2dlabels #4.26 xpos 0.456 ypos 0.870
    15815 
    15816 > 2dlabels #4.26 xpos 0.468 ypos 0.916
    15817 
    15818 > ui mousemode right label
    15819 
    15820 > ui mousemode right "move label"
    15821 
    15822 > 2dlabels #4.29 xpos 0.239 ypos 0.923
    15823 
    15824 > show #4.54 models
    15825 
    15826 > show #4.52 models
    15827 
    15828 > show #4.53 models
    15829 
    15830 > show #4.51 models
    15831 
    15832 > hide #4.51 models
    15833 
    15834 > show #4.15 models
    15835 
    15836 > show #4.7 models
    15837 
    15838 > show #4.1 models
    15839 
    15840 > hide #!4 models
    15841 
    15842 > show #!4 models
    15843 
    15844 > 2dlabels #4.41 xpos 0.658 ypos 0.913
    15845 
    15846 > ui mousemode right label
    15847 
    15848 > ui mousemode right "move label"
    15849 
    15850 > 2dlabels #4.55 xpos 0.424 ypos 0.899
    15851 
    15852 > roll x 1 360
    15853 
    15854 > roll y 1 360
    15855 
    15856 > cd C:\Users\dharr\Box\ChimeraX Movie\Alignment
    15857 
    15858 Expected a keyword 
    15859 
    15860 > cd C:\Users\dharr\Box\'ChimeraX Movie'\Alignment
    15861 
    15862 Expected a keyword 
    15863 
    15864 > cd C:\Users\dharr\Box\ChimeraX Movie\Alignment
    15865 
    15866 Expected a keyword 
    15867 
    15868 > pwd
    15869 
    15870 Current working directory is: C:\ProgramData\ChimeraX 
    15871 
    15872 > cd "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignment"
    15873 
    15874 Current working directory is: C:\Users\dharr\Box\ChimeraX Movie\Alignment 
    15875 
    15876 > hide #4.26 models
    15877 
    15878 > hide #4.29 models
    15879 
    15880 > hide #4.41 models
    15881 
    15882 > view name center
    15883 
    15884 > hide #4.52 models
    15885 
    15886 > show #4.52 models
    15887 
    15888 > open Script.cxc
    15889 
    15890 > movie record
    15891 
    15892 > wait 25
    15893 
    15894 > view master
    15895 
    15896 > hide #1 cartoons
    15897 
    15898 > hide Mocos
    15899 
    15900 > hide #2 cartoons
    15901 
    15902 > hide Vcos
    15903 
    15904 > hide #3 cartoons
    15905 
    15906 > hide #4
    15907 
    15908 > crossfade
    15909 
    15910 > show #1 cartoons
    15911 
    15912 > show Mocos
    15913 
    15914 > show #4.1
    15915 
    15916 > show #4.2
    15917 
    15918 > wait 25
    15919 
    15920 > crossfade
    15921 
    15922 > show #2 cartoons
    15923 
    15924 > show Vcos
    15925 
    15926 > show #4.7
    15927 
    15928 > show #4.14
    15929 
    15930 > wait 25
    15931 
    15932 > crossfade
    15933 
    15934 > show #3 cartoons
    15935 
    15936 > show #4.23
    15937 
    15938 > wait 25
    15939 
    15940 > crossfade
    15941 
    15942 > hide #1 cartoons
    15943 
    15944 > hide Mocos
    15945 
    15946 > hide #4.1
    15947 
    15948 > hide #4.2
    15949 
    15950 > hide #2 cartoons
    15951 
    15952 > hide Vcos
    15953 
    15954 > hide #4.7
    15955 
    15956 > hide #4.14
    15957 
    15958 > hide #3 cartoons
    15959 
    15960 > hide #4.23
    15961 
    15962 > wait 25
    15963 
    15964 > view center
    15965 
    15966 > crossfade
    15967 
    15968 > show #1 cartoons
    15969 
    15970 > show Mocos
    15971 
    15972 > show #4.52
    15973 
    15974 > wait 25
    15975 
    15976 > crossfade
    15977 
    15978 > show #2 cartoons
    15979 
    15980 > show Vcos
    15981 
    15982 > show # 4.53
    15983 
    15984 > show #4.55
    15985 
    15986 > wait 25
    15987 
    15988 > crossfade
    15989 
    15990 > show #3 cartoons
    15991 
    15992 > show #4.54
    15993 
    15994 > wait 25
    15995 
    15996 > roll y 1 360
    15997 
    15998 > wait
    15999 
    16000 > roll x 1 360
    16001 
    16002 > wait
    16003 
    16004 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX
    16005 > Movie/Alignment/Align_test1.mp4"
    16006 
    16007 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignment/Align_test1.mp4 
    16008  
    16009 executed Script.cxc 
    16010 
    16011 > select #1/A :70
    16012 
    16013 7 atoms, 6 bonds, 1 model selected 
    16014 
    16015 > view #1/A :70
    16016 
    16017 > view #1/A :70 clip false
    16018 
    16019 > help rotate
    16020 
    16021 No help found for 'rotate' 
    16022 
    16023 > help roll
    16024 
    16025 > view center
    16026 
    16027 > show #1/A :70 atoms
    16028 
    16029 > color #1/A :70 red
    16030 
    16031 > view center
    16032 
    16033 > view #1/A
    16034 
    16035 > roll x 180
    16036 
    16037 > stop
    16038 
    16039 > help roll
    16040 
    16041 > help rotate
    16042 
    16043 No help found for 'rotate' 
    16044 
    16045 > help roll
    16046 
    16047 > roll y 1 10
    16048 
    16049 > roll y 1 10
    16050 
    16051 > roll y 1 10
    16052 
    16053 > roll y 1 10
    16054 
    16055 > roll y 1 10
    16056 
    16057 > view #1/A
    16058 
    16059 > roll -y 180
    16060 
    16061 > stop
    16062 
    16063 > view #1/A
    16064 
    16065 > view center
    16066 
    16067 > view #1/A
    16068 
    16069 > roll -y 1 180
    16070 
    16071 > view center
    16072 
    16073 > roll -y 1 100
    16074 
    16075 > roll x 1 10
    16076 
    16077 > roll x 1 10
    16078 
    16079 > roll -x 1 10
    16080 
    16081 > roll -x 1 10
    16082 
    16083 > roll -x 1 30
    16084 
    16085 > roll x 1 30
    16086 
    16087 > roll x 1 20
    16088 
    16089 > roll -x 1 20
    16090 
    16091 > roll -x 1 20
    16092 
    16093 > clip true
    16094 
    16095 Expected a keyword 
    16096 
    16097 > help clip
    16098 
    16099 > clip
    16100 
    16101 > clip off
    16102 
    16103 > view #1/A :ics
    16104 
    16105 > clip off
    16106 
    16107 > view center
    16108 
    16109 > roll -y 1 100
    16110 
    16111 > roll -x 1 40
    16112 
    16113 > view center
    16114 
    16115 > roll -y 1 100
    16116 
    16117 > roll -x 1 60
    16118 
    16119 > view center
    16120 
    16121 > roll -y 1 120
    16122 
    16123 > roll -x 1 100
    16124 
    16125 > view center
    16126 
    16127 > view center
    16128 
    16129 > view #1/A
    16130 
    16131 > view center
    16132 
    16133 > crossfade
    16134 
    16135 > view #1/A
    16136 
    16137 > view #1/A :70
    16138 
    16139 > help crossfade
    16140 
    16141 > view center
    16142 
    16143 > crossfade 100
    16144 
    16145 > view #1/A
    16146 
    16147 > view #1/A :70
    16148 
    16149 > view center
    16150 
    16151 > view center
    16152 
    16153 > view #1/A
    16154 
    16155 > color Mo magenta
    16156 
    16157 > view #1/A
    16158 
    16159 > view center
    16160 
    16161 > view #1/A
    16162 
    16163 > roll x 1 100
    16164 
    16165 > roll -x 1 100
    16166 
    16167 > roll -x 1 100
    16168 
    16169 > roll -x 1 20
    16170 
    16171 > roll y 1 10
    16172 
    16173 > roll -y 1 10
    16174 
    16175 > roll x 1 10
    16176 
    16177 > roll x 1 10
    16178 
    16179 > roll x 1 10
    16180 
    16181 > roll x 1 10
    16182 
    16183 > roll x 1 10
    16184 
    16185 > roll -x 1 10
    16186 
    16187 > roll -x 1 10
    16188 
    16189 > roll -x 1 10
    16190 
    16191 > roll -x 1 10
    16192 
    16193 > roll -x 1 10
    16194 
    16195 > roll -x 1 10
    16196 
    16197 > roll -x 1 10
    16198 
    16199 > roll x 1 10
    16200 
    16201 > roll x 1 10
    16202 
    16203 > roll z 1 10
    16204 
    16205 > roll -z 1 100
    16206 
    16207 > roll -z 1 100
    16208 
    16209 > view #1/A
    16210 
    16211 > view center
    16212 
    16213 > view #1/A
    16214 
    16215 > roll x 1 100
    16216 
    16217 > roll -x 1 100
    16218 
    16219 > roll -x 1 100
    16220 
    16221 > roll -x 1 100
    16222 
    16223 > view center
    16224 
    16225 > view #1/A
    16226 
    16227 > roll -x 1 120
    16228 
    16229 > roll -z 1 120
    16230 
    16231 > view center
    16232 
    16233 > crossfade
    16234 
    16235 > view #1/A
    16236 
    16237 > wait 25
    16238 
    16239 > roll -x 1 120
    16240 
    16241 > wait 25
    16242 
    16243 > roll -z 1 120
    16244 
    16245 > view center
    16246 
    16247 > view #1/A
    16248 
    16249 > roll -x 1 120
    16250 
    16251 > roll -z 1 120
    16252 
    16253 > view center
    16254 
    16255 > view #1/A
    16256 
    16257 > roll -x 1 100
    16258 
    16259 > roll -z 1 120
    16260 
    16261 > view center
    16262 
    16263 > view #1/A
    16264 
    16265 > roll -x 1 80
    16266 
    16267 > roll -z 1 120
    16268 
    16269 > view center
    16270 
    16271 > view #1/A
    16272 
    16273 > roll -x 1 120
    16274 
    16275 > roll -z 1 120
    16276 
    16277 > help roll
    16278 
    16279 > view center
    16280 
    16281 > view #1/A
    16282 
    16283 > roll -x 1 120
    16284 
    16285 > roll -z 1 150
    16286 
    16287 > roll y 20
    16288 
    16289 > stop
    16290 
    16291 > roll -x 1 120
    16292 
    16293 > roll -z 1 150
    16294 
    16295 > roll y 1 20
    16296 
    16297 > view center
    16298 
    16299 > view #1/A
    16300 
    16301 > roll -x 1 120
    16302 
    16303 > roll -z 1 150
    16304 
    16305 > roll y 1 20
    16306 
    16307 > view center
    16308 
    16309 > view #1/A
    16310 
    16311 > view center
    16312 
    16313 > view #1/A
    16314 
    16315 > roll -x 1 120
    16316 
    16317 > wait
    16318 
    16319 > roll -z 1 120
    16320 
    16321 > view center
    16322 
    16323 > hide cartoons #1
    16324 
    16325 Expected ',' or a keyword 
    16326 
    16327 > hide #1 cartoons
    16328 
    16329 > hide #2 cartoons
    16330 
    16331 > hide #3 cartoons
    16332 
    16333 > show #1/A :70 atoms
    16334 
    16335 > show #1/A :70
    16336 
    16337 > view center
    16338 
    16339 > roll -x 1 120
    16340 
    16341 > wait
    16342 
    16343 > roll -z 1 120
    16344 
    16345 > view center
    16346 
    16347 > view #1/A
    16348 
    16349 > roll -x 1 120
    16350 
    16351 > wait
    16352 
    16353 > roll -z 1 120
    16354 
    16355 > view #1/A :70
    16356 
    16357 > view #1/A :70 clip false
    16358 
    16359 > roll x 1 10
    16360 
    16361 > roll -x 1 10
    16362 
    16363 > roll -x 1 10
    16364 
    16365 > roll -z 1 10
    16366 
    16367 > view center
    16368 
    16369 > view #1/A
    16370 
    16371 > roll -x 1 130
    16372 
    16373 > wait
    16374 
    16375 > roll -z 1 130
    16376 
    16377 > view #1/A :70
    16378 
    16379 > roll -x 1 130
    16380 
    16381 > wait
    16382 
    16383 > roll -z 1 130
    16384 
    16385 > wait
    16386 
    16387 > view #1/A :70 clip false
    16388 
    16389 > view center
    16390 
    16391 > view #1/A
    16392 
    16393 > roll -x 1 130
    16394 
    16395 > wait
    16396 
    16397 > roll -z 1 130
    16398 
    16399 > wait
    16400 
    16401 > view #1/A :70 clip false
    16402 
    16403 > roll -x 1 130
    16404 
    16405 > wait
    16406 
    16407 > roll -z 1 120
    16408 
    16409 > wait
    16410 
    16411 > view #1/A :70 clip false
    16412 
    16413 > view center
    16414 
    16415 > view #1/A
    16416 
    16417 > roll -x 1 130
    16418 
    16419 > wait
    16420 
    16421 > roll -z 1 120
    16422 
    16423 > wait
    16424 
    16425 > view #1/A :70 clip false
    16426 
    16427 > view center
    16428 
    16429 > show #1 cartoons
    16430 
    16431 > show #1/A :70 cartoons
    16432 
    16433 > hide #1/A :70 atoms
    16434 
    16435 > color #1/A :70 sky blue
    16436 
    16437 > select clear
    16438 
    16439 > hide #1 cartoons
    16440 
    16441 > roll -x 1 130
    16442 
    16443 > wait
    16444 
    16445 > roll -z 1 120
    16446 
    16447 > wait
    16448 
    16449 > view #1/A :ics
    16450 
    16451 > view center
    16452 
    16453 > view #1/A
    16454 
    16455 > roll -x 1 130
    16456 
    16457 > wait
    16458 
    16459 > roll -z 1 120
    16460 
    16461 > wait
    16462 
    16463 > view #1/A :ics
    16464 
    16465 > view center
    16466 
    16467 > show #1 cartoons
    16468 
    16469 > crossfade 20
    16470 
    16471 > hide #1 cartoons
    16472 
    16473 > show #1 cartoons
    16474 
    16475 > crossfade 100
    16476 
    16477 > hide #1 cartoons
    16478 
    16479 > hide pclust
    16480 
    16481 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    16482 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    16483 
    16484 > hide Pclust
    16485 
    16486 > show Pclust
    16487 
    16488 > show #1 cartoons
    16489 
    16490 > show #2 cartoons
    16491 
    16492 > show #3 cartoons
    16493 
    16494 > roll -x 1 130
    16495 
    16496 > wait
    16497 
    16498 > roll -z 1 130
    16499 
    16500 > wait
    16501 
    16502 > crossfade
    16503 
    16504 > view #1/A :ics
    16505 
    16506 > crossfade 100
    16507 
    16508 > hide #1 cartoons
    16509 
    16510 > hide #2 cartoons
    16511 
    16512 > hide #3 cartoons
    16513 
    16514 > hide Pclust
    16515 
    16516 > wait
    16517 
    16518 wait requires a frame count argument unless motion is in progress 
    16519 
    16520 > view center
    16521 
    16522 > view #1/A
    16523 
    16524 > show #1 cartoons
    16525 
    16526 > show #2 cartoons
    16527 
    16528 > show #3 cartoons
    16529 
    16530 > roll -x 1 130
    16531 
    16532 > wait
    16533 
    16534 > roll -z 1 130
    16535 
    16536 > wait
    16537 
    16538 > crossfade
    16539 
    16540 > view #1/A :ics
    16541 
    16542 > crossfade 100
    16543 
    16544 > hide #1 cartoons
    16545 
    16546 > hide #2 cartoons
    16547 
    16548 > hide #3 cartoons
    16549 
    16550 > hide Pclust
    16551 
    16552 > wait
    16553 
    16554 wait requires a frame count argument unless motion is in progress 
    16555 
    16556 > view master
    16557 
    16558 > show #1 cartoons
    16559 
    16560 > show #2 cartoons
    16561 
    16562 > show #3 cartoons
    16563 
    16564 > show Pclust
    16565 
    16566 > open Script.cxc
    16567 
    16568 > view master
    16569 
    16570 > hide #1 cartoons
    16571 
    16572 > hide Mocos
    16573 
    16574 > hide #2 cartoons
    16575 
    16576 > hide Vcos
    16577 
    16578 > hide #3 cartoons
    16579 
    16580 > hide #4
    16581 
    16582 > movie record
    16583 
    16584 > wait 25
    16585 
    16586 > crossfade
    16587 
    16588 > show #1 cartoons
    16589 
    16590 > show Mocos
    16591 
    16592 > show #4.1
    16593 
    16594 > show #4.2
    16595 
    16596 > wait 25
    16597 
    16598 > crossfade
    16599 
    16600 > show #2 cartoons
    16601 
    16602 > show Vcos
    16603 
    16604 > show #4.7
    16605 
    16606 > show #4.14
    16607 
    16608 > wait 25
    16609 
    16610 > crossfade
    16611 
    16612 > show #3 cartoons
    16613 
    16614 > show #4.23
    16615 
    16616 > show #4.15
    16617 
    16618 > wait 25
    16619 
    16620 > crossfade
    16621 
    16622 > hide #1 cartoons
    16623 
    16624 > hide Mocos
    16625 
    16626 > hide #4.1
    16627 
    16628 > hide #4.2
    16629 
    16630 > hide #2 cartoons
    16631 
    16632 > hide Vcos
    16633 
    16634 > hide #4.7
    16635 
    16636 > hide #4.14
    16637 
    16638 > hide #3 cartoons
    16639 
    16640 > hide #4.23
    16641 
    16642 > wait 25
    16643 
    16644 > view center
    16645 
    16646 > crossfade
    16647 
    16648 > show #1 cartoons
    16649 
    16650 > show Mocos
    16651 
    16652 > show #4.52
    16653 
    16654 > wait 25
    16655 
    16656 > crossfade
    16657 
    16658 > show #2 cartoons
    16659 
    16660 > show Vcos
    16661 
    16662 > show # 4.53
    16663 
    16664 > show #4.55
    16665 
    16666 > wait 25
    16667 
    16668 > crossfade
    16669 
    16670 > show #3 cartoons
    16671 
    16672 > show #4.54
    16673 
    16674 > wait 25
    16675 
    16676 > roll y 1 360
    16677 
    16678 > wait
    16679 
    16680 > roll x 1 360
    16681 
    16682 > wait
    16683 
    16684 > crossfade
    16685 
    16686 > view #1/A
    16687 
    16688 > wait 25
    16689 
    16690 > roll -x 1 130
    16691 
    16692 > wait
    16693 
    16694 > roll -z 1 130
    16695 
    16696 > wait
    16697 
    16698 > crossfade
    16699 
    16700 > view #1/A :ics
    16701 
    16702 > crossfade 100
    16703 
    16704 > hide #1 cartoons
    16705 
    16706 > hide #2 cartoons
    16707 
    16708 > hide #3 cartoons
    16709 
    16710 > hide Pclust
    16711 
    16712 > wait
    16713 
    16714 wait requires a frame count argument unless motion is in progress 
    16715 
    16716 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX
    16717 > Movie/Alignment/Align_test2.mp4"
    16718 
    16719 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignment/Align_test2.mp4 
    16720  
    16721 executed Script.cxc 
    16722 
    16723 > view center
    16724 
    16725 > view #1/A
    16726 
    16727 > roll -x 1 130
    16728 
    16729 > roll -z 1 130
    16730 
    16731 > view #1/A :ics
    16732 
    16733 > show #1 cartoons
    16734 
    16735 > help zoom
    16736 
    16737 > zoom .2
    16738 
    16739 > zoome -.2
    16740 
    16741 Unknown command: zoome -.2 
    16742 
    16743 > view center
    16744 
    16745 > view #1/A
    16746 
    16747 > roll -x 1 130
    16748 
    16749 > roll -z 1 130
    16750 
    16751 > show #1 cartoons
    16752 
    16753 > show #2 cartoons
    16754 
    16755 > show #3 cartoons
    16756 
    16757 > crossfade 100
    16758 
    16759 > hide #1 cartoons
    16760 
    16761 > hide #2 cartoons
    16762 
    16763 > hide #3 cartoons
    16764 
    16765 > view #1/A :ics
    16766 
    16767 Drag select of 65 atoms, 87 bonds, 4 pseudobonds 
    16768 
    16769 > name frozen Noco sel
    16770 
    16771 > name frozen Noco sel
    16772 
    16773 > hide Noco
    16774 
    16775 > show Noco
    16776 
    16777 > select clear
    16778 
    16779 Drag select of 65 atoms, 87 bonds, 4 pseudobonds 
    16780 
    16781 > name frozen Noco sel
    16782 
    16783 > name frozen Noco sel
    16784 
    16785 > hide Noco
    16786 
    16787 > show Noco
    16788 
    16789 > clip false
    16790 
    16791 Expected a keyword 
    16792 
    16793 > ui tool show "Side View"
    16794 
    16795 > hide Noco
    16796 
    16797 > show Noco
    16798 
    16799 > select clear
    16800 
    16801 Drag select of 66 atoms, 87 bonds, 4 pseudobonds 
    16802 
    16803 > name frozen Noco sel
    16804 
    16805 > name frozen Noco sel
    16806 
    16807 > hide Noco
    16808 
    16809 > show Noco
    16810 
    16811 > view center
    16812 
    16813 > select clear
    16814 
    16815 > view master
    16816 
    16817 > show #1 cartoons
    16818 
    16819 > show #2 cartoons
    16820 
    16821 > show #3 cartoons
    16822 
    16823 > view center
    16824 
    16825 > hide #4
    16826 
    16827 > view #1/A
    16828 
    16829 > roll -x 1 130
    16830 
    16831 > roll -z 1 130
    16832 
    16833 > hide #1 cartoons
    16834 
    16835 > hide #2 cartoons
    16836 
    16837 > hide #3 cartoons
    16838 
    16839 > hide Nocos;hide Pclust
    16840 
    16841 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    16842 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    16843 
    16844 > hide #1 cartoons
    16845 
    16846 > hide #2 cartoons
    16847 
    16848 > hide #3 cartoons
    16849 
    16850 > hide Noco
    16851 
    16852 > hide Pclust
    16853 
    16854 > view #1/A :ics
    16855 
    16856 > show #1/A :70 atoms
    16857 
    16858 > view name Mco
    16859 
    16860 > view Mco
    16861 
    16862 > hide #1/A :70
    16863 
    16864 > show #1 cartoons
    16865 
    16866 > show #2 cartoons
    16867 
    16868 > show #3 cartoons
    16869 
    16870 > clip false
    16871 
    16872 Expected a keyword 
    16873 
    16874 > help clip
    16875 
    16876 > clip off
    16877 
    16878 > hide #1 cartoons
    16879 
    16880 > hide #2 cartoons
    16881 
    16882 > hide #3 cartoons
    16883 
    16884 Drag select of 67 atoms, 87 bonds, 4 pseudobonds 
    16885 
    16886 > name frozen Yesco sel
    16887 
    16888 > name frozen Yesco sel
    16889 
    16890 > select sel :< 5
    16891 
    16892 772 atoms, 764 bonds, 7 pseudobonds, 5 models selected 
    16893 
    16894 > select sel :< 5
    16895 
    16896 3700 atoms, 3793 bonds, 15 pseudobonds, 5 models selected 
    16897 
    16898 > select ~sel
    16899 
    16900 45738 atoms, 46861 bonds, 45 pseudobonds, 61 models selected 
    16901 
    16902 > hide (#3#!1-2 & sel) target a
    16903 
    16904 > show #1 cartoons
    16905 
    16906 > show #2 cartoons
    16907 
    16908 > show #3 cartoons
    16909 
    16910 > hide #1 cartoons
    16911 
    16912 > hide #2 cartoons
    16913 
    16914 > hide #3 cartoons
    16915 
    16916 > view Mco
    16917 
    16918 Drag select of 67 atoms, 87 bonds, 4 pseudobonds 
    16919 
    16920 > show #1 cartoons
    16921 
    16922 > show #2 cartoons
    16923 
    16924 > show #3 cartoons
    16925 
    16926 > clip off
    16927 
    16928 > select sel :< 5
    16929 
    16930 772 atoms, 764 bonds, 7 pseudobonds, 5 models selected 
    16931 
    16932 > name frozen 5A sel
    16933 
    16934 registering illegal selector name "5A" 
    16935 
    16936 > name frozen Nearco sel
    16937 
    16938 > name frozen Nearco sel
    16939 
    16940 > select ~sel
    16941 
    16942 48666 atoms, 49890 bonds, 53 pseudobonds, 61 models selected 
    16943 
    16944 > hide (#3#!1-2 & sel) target a
    16945 
    16946 > cartoon hide (#3#!1-2 & sel)
    16947 
    16948 > select Nearco
    16949 
    16950 772 atoms, 764 bonds, 7 pseudobonds, 5 models selected 
    16951 
    16952 > help show
    16953 
    16954 > show atoms
    16955 
    16956 > show sel atoms
    16957 
    16958 > hide sel cartoons
    16959 
    16960 > hide Nearco
    16961 
    16962 > show Nearco
    16963 
    16964 > view name Nearco
    16965 
    16966 > select clear
    16967 
    16968 > hide Nearco
    16969 
    16970 > show Mocos
    16971 
    16972 > show Vcos
    16973 
    16974 > view master
    16975 
    16976 > show #1 cartoons
    16977 
    16978 > show #2 cartoons
    16979 
    16980 > show #3 cartoons
    16981 
    16982 > open Script.cxc
    16983 
    16984 > view master
    16985 
    16986 > hide #1 cartoons
    16987 
    16988 > hide Mocos
    16989 
    16990 > hide #2 cartoons
    16991 
    16992 > hide Vcos
    16993 
    16994 > hide #3 cartoons
    16995 
    16996 > hide #4
    16997 
    16998 > movie record
    16999 
    17000 > wait 25
    17001 
    17002 > crossfade
    17003 
    17004 > show #1 cartoons
    17005 
    17006 > show Mocos
    17007 
    17008 > show #4.1
    17009 
    17010 > show #4.2
    17011 
    17012 > wait 25
    17013 
    17014 > crossfade
    17015 
    17016 > show #2 cartoons
    17017 
    17018 > show Vcos
    17019 
    17020 > show #4.7
    17021 
    17022 > show #4.14
    17023 
    17024 > wait 25
    17025 
    17026 > crossfade
    17027 
    17028 > show #3 cartoons
    17029 
    17030 > show #4.23
    17031 
    17032 > show #4.15
    17033 
    17034 > wait 25
    17035 
    17036 > crossfade
    17037 
    17038 > hide #1 cartoons
    17039 
    17040 > hide Mocos
    17041 
    17042 > hide #4.1
    17043 
    17044 > hide #4.2
    17045 
    17046 > hide #2 cartoons
    17047 
    17048 > hide Vcos
    17049 
    17050 > hide #4.7
    17051 
    17052 > hide #4.14
    17053 
    17054 > hide #3 cartoons
    17055 
    17056 > hidr #4.15;hide #4.23;wait 25
    17057 
    17058 Unknown command: hidr #4.15;hide #4.23;wait 25 
    17059 
    17060 > stop record
    17061 
    17062 Expected fewer arguments 
    17063 
    17064 > record stop
    17065 
    17066 Unknown command: record stop 
    17067 
    17068 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX
    17069 > Movie/Alignment/throwaway.mp4"
    17070 
    17071 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignment/throwaway.mp4 
    17072  
    17073 
    17074 > open Script.cxc
    17075 
    17076 > view master
    17077 
    17078 > hide #1 cartoons
    17079 
    17080 > hide Mocos
    17081 
    17082 > hide #2 cartoons
    17083 
    17084 > hide Vcos
    17085 
    17086 > hide #3 cartoons
    17087 
    17088 > hide #4
    17089 
    17090 > movie record
    17091 
    17092 > wait 25
    17093 
    17094 > crossfade
    17095 
    17096 > show #1 cartoons
    17097 
    17098 > show Mocos
    17099 
    17100 > show #4.1
    17101 
    17102 > show #4.2
    17103 
    17104 > wait 25
    17105 
    17106 > crossfade
    17107 
    17108 > show #2 cartoons
    17109 
    17110 > show Vcos
    17111 
    17112 > show #4.7
    17113 
    17114 > show #4.14
    17115 
    17116 > wait 25
    17117 
    17118 > crossfade
    17119 
    17120 > show #3 cartoons
    17121 
    17122 > show #4.23
    17123 
    17124 > show #4.15
    17125 
    17126 > wait 25
    17127 
    17128 > crossfade
    17129 
    17130 > hide #1 cartoons
    17131 
    17132 > hide Mocos
    17133 
    17134 > hide #4.1
    17135 
    17136 > hide #4.2
    17137 
    17138 > hide #2 cartoons
    17139 
    17140 > hide Vcos
    17141 
    17142 > hide #4.7
    17143 
    17144 > hide #4.14
    17145 
    17146 > hide #3 cartoons
    17147 
    17148 > hidr #4.15;hide #4.23;wait 25
    17149 
    17150 Unknown command: hidr #4.15;hide #4.23;wait 25 
    17151 
    17152 > movie record output browse
    17153 
    17154 Expected a keyword 
    17155 
    17156 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX
    17157 > Movie/Alignment/throwaway2.mp4"
    17158 
    17159 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignment/throwaway2.mp4 
    17160  
    17161 
    17162 > open Script.cxc
    17163 
    17164 > view master
    17165 
    17166 > hide #1 cartoons
    17167 
    17168 > hide Mocos
    17169 
    17170 > hide #2 cartoons
    17171 
    17172 > hide Vcos
    17173 
    17174 > hide #3 cartoons
    17175 
    17176 > hide #4
    17177 
    17178 > movie record
    17179 
    17180 > wait 25
    17181 
    17182 > crossfade
    17183 
    17184 > show #1 cartoons
    17185 
    17186 > show Mocos
    17187 
    17188 > show #4.1
    17189 
    17190 > show #4.2
    17191 
    17192 > wait 25
    17193 
    17194 > crossfade
    17195 
    17196 > show #2 cartoons
    17197 
    17198 > show Vcos
    17199 
    17200 > show #4.7
    17201 
    17202 > show #4.14
    17203 
    17204 > wait 25
    17205 
    17206 > crossfade
    17207 
    17208 > show #3 cartoons
    17209 
    17210 > show #4.23
    17211 
    17212 > show #4.15
    17213 
    17214 > wait 25
    17215 
    17216 > crossfade
    17217 
    17218 > hide #1 cartoons
    17219 
    17220 > hide Mocos
    17221 
    17222 > hide #4.1
    17223 
    17224 > hide #4.2
    17225 
    17226 > hide #2 cartoons
    17227 
    17228 > hide Vcos
    17229 
    17230 > hide #4.7
    17231 
    17232 > hide #4.14
    17233 
    17234 > hide #3 cartoons
    17235 
    17236 > hide #4.15
    17237 
    17238 > hide #4.23
    17239 
    17240 > wait 25
    17241 
    17242 > view center
    17243 
    17244 > crossfade
    17245 
    17246 > show #1 cartoons
    17247 
    17248 > show Mocos
    17249 
    17250 > show #4.52
    17251 
    17252 > wait 25
    17253 
    17254 > crossfade
    17255 
    17256 > show #2 cartoons
    17257 
    17258 > show Vcos
    17259 
    17260 > show # 4.53
    17261 
    17262 > show #4.55
    17263 
    17264 > wait 25
    17265 
    17266 > crossfade
    17267 
    17268 > show #3 cartoons
    17269 
    17270 > show #4.54
    17271 
    17272 > wait 25
    17273 
    17274 > roll y 1 360
    17275 
    17276 > wait
    17277 
    17278 > roll x 1 360
    17279 
    17280 > wait
    17281 
    17282 > crossfade
    17283 
    17284 > view #1/A
    17285 
    17286 > wait 25
    17287 
    17288 > roll -x 1 130
    17289 
    17290 > wait
    17291 
    17292 > roll -z 1 130
    17293 
    17294 > wait
    17295 
    17296 > crossfade 100
    17297 
    17298 > hide #1 cartoons
    17299 
    17300 > hide #2 cartoons
    17301 
    17302 > hide #3 cartoons
    17303 
    17304 > hide Pclust
    17305 
    17306 > hide Noco
    17307 
    17308 > wait
    17309 
    17310 wait requires a frame count argument unless motion is in progress 
    17311 
    17312 > view #1/A :ics
    17313 
    17314 > view Mco
    17315 
    17316 > roll x 1 360
    17317 
    17318 > wait
    17319 
    17320 > roll y 1 360
    17321 
    17322 > wait
    17323 
    17324 > crossfade
    17325 
    17326 > view Nearco
    17327 
    17328 > wait 25
    17329 
    17330 > crossfade 100
    17331 
    17332 > show Nearco
    17333 
    17334 > wait 25
    17335 
    17336 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX
    17337 > Movie/Alignment/Align_test.mp4"
    17338 
    17339 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignment/Align_test.mp4 
    17340  
    17341 executed Script.cxc 
    17342 
    17343 > view Nearco
    17344 
    17345 > view Mco
    17346 
    17347 > view Nearco
    17348 
    17349 > view name Nearco
    17350 
    17351 > view Mco
    17352 
    17353 > view Nearco
    17354 
    17355 > select Nearco
    17356 
    17357 772 atoms, 764 bonds, 7 pseudobonds, 5 models selected 
    17358 
    17359 > select clear
    17360 
    17361 > view name Masterco
    17362 
    17363 > view Mco
    17364 
    17365 > view Masterco
    17366 
    17367 > hide Nearco
    17368 
    17369 > view Nearco
    17370 
    17371 > show Nearco
    17372 
    17373 > view Masterco
    17374 
    17375 > roll x 1 360
    17376 
    17377 > roll y 160
    17378 
    17379 > stop
    17380 
    17381 > roll y 1 360
    17382 
    17383 Drag select of 772 atoms, 7 pseudobonds, 764 bonds 
    17384 
    17385 > show (#3#!1-2 & sel-residues & sidechain) target ab
    17386 
    17387 > style sel stick
    17388 
    17389 Changed 772 atom styles 
    17390 
    17391 > undo
    17392 
    17393 > hide sel cartoons
    17394 
    17395 > show sel atoms
    17396 
    17397 > hide sel atoms
    17398 
    17399 > show sel atoms
    17400 
    17401 > hide (#3#!1-2 & sel) target a
    17402 
    17403 > show (#3#!1-2 & sel-residues & sidechain) target ab
    17404 
    17405 > show (#!1-3 & sel) target ab
    17406 
    17407 > hide backbone
    17408 
    17409 > select clear
    17410 
    17411 > hide bonds
    17412 
    17413 > view Masterco
    17414 
    17415 > select Yesco
    17416 
    17417 67 atoms, 87 bonds, 4 pseudobonds, 3 models selected 
    17418 
    17419 > view Mco
    17420 
    17421 > clip off
    17422 
    17423 > select sel @< 5
    17424 
    17425 427 atoms, 388 bonds, 7 pseudobonds, 5 models selected 
    17426 
    17427 > show #1 cartoons
    17428 
    17429 > show #2 cartoons
    17430 
    17431 > show #3 cartoons
    17432 
    17433 > show atoms
    17434 
    17435 > hide cartoons
    17436 
    17437 > select ~sel
    17438 
    17439 49011 atoms, 50266 bonds, 53 pseudobonds, 61 models selected 
    17440 
    17441 > hide (#3#!1-2 & sel) target a
    17442 
    17443 > select clear
    17444 
    17445 > ui tool show "Show Sequence Viewer"
    17446 
    17447 > sequence chain #1/A #1/C
    17448 
    17449 Alignment identifier is 1 
    17450 
    17451 > sequence chain #2/A #2/D
    17452 
    17453 Alignment identifier is 2 
    17454 
    17455 > sequence chain #3/A #3/D
    17456 
    17457 Alignment identifier is 3 
    17458 
    17459 > show sel target ab
    17460 
    17461 > hide backbone
    17462 
    17463 > hide backbone
    17464 
    17465 > show atoms
    17466 
    17467 > hide atoms
    17468 
    17469 > show Mco
    17470 
    17471 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    17472 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    17473 
    17474 > show Yesco
    17475 
    17476 > show atoms
    17477 
    17478 > hide atoms
    17479 
    17480 > show MOco
    17481 
    17482 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    17483 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    17484 
    17485 > show Moco
    17486 
    17487 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    17488 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    17489 
    17490 > show Yesco
    17491 
    17492 Drag select of 
    17493 Drag select of 67 atoms, 87 bonds, 4 pseudobonds 
    17494 
    17495 > select sel @< 5
    17496 
    17497 427 atoms, 388 bonds, 7 pseudobonds, 5 models selected 
    17498 
    17499 > select sel @< 5
    17500 
    17501 1702 atoms, 1627 bonds, 7 pseudobonds, 5 models selected 
    17502 
    17503 > show atoms
    17504 
    17505 > select ~sel
    17506 
    17507 47736 atoms, 49027 bonds, 53 pseudobonds, 61 models selected 
    17508 
    17509 > hide (#3#!1-2 & sel) target a
    17510 
    17511 Drag select of 1702 atoms, 7 pseudobonds, 1627 bonds 
    17512 Drag select of 
    17513 Drag select of 73 atoms, 63 bonds 
    17514 
    17515 > select clear
    17516 
    17517 Drag select of 1702 atoms, 7 pseudobonds, 1627 bonds 
    17518 
    17519 > hide backbone
    17520 
    17521 > select clear
    17522 
    17523 Drag select of 890 atoms, 7 pseudobonds, 720 bonds 
    17524 
    17525 > name frozen Nearco sel
    17526 
    17527 > name frozen Nearco sel
    17528 
    17529 > select clear
    17530 
    17531 > color red
    17532 
    17533 > color sel red
    17534 
    17535 > color sel red
    17536 
    17537 > color sel red
    17538 
    17539 > select clear
    17540 
    17541 > color sel green
    17542 
    17543 > color sel green
    17544 
    17545 > color sel green
    17546 
    17547 > color sel red
    17548 
    17549 > color sel red
    17550 
    17551 > color sel red
    17552 
    17553 > color sel red
    17554 
    17555 > color sel red
    17556 
    17557 > color sel red
    17558 
    17559 > select clear
    17560 
    17561 > show sel atoms
    17562 
    17563 > hide backbone
    17564 
    17565 > color sel green
    17566 
    17567 > color sel green
    17568 
    17569 > color sel green
    17570 
    17571 > color sel green
    17572 
    17573 > color sel green
    17574 
    17575 > color sel green
    17576 
    17577 > color sel green
    17578 
    17579 > color sel green
    17580 
    17581 > color sel red
    17582 
    17583 > color sel red
    17584 
    17585 > color sel red
    17586 
    17587 > color sel green
    17588 
    17589 > color sel green
    17590 
    17591 > color sel green
    17592 
    17593 > select clear
    17594 
    17595 > color sel green
    17596 
    17597 > color sel green
    17598 
    17599 > color sel green
    17600 
    17601 > color sel green
    17602 
    17603 > color sel green
    17604 
    17605 > color sel green
    17606 
    17607 > color sel green
    17608 
    17609 > color sel green
    17610 
    17611 > color sel green
    17612 
    17613 > color sel green
    17614 
    17615 > show sel atoms
    17616 
    17617 > hide backbone
    17618 
    17619 Drag select of 
    17620 Drag select of 890 atoms, 7 pseudobonds, 720 bonds 
    17621 
    17622 > show backbone
    17623 
    17624 > show sel backbone
    17625 
    17626 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    17627 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    17628 
    17629 > clear sel Yesco
    17630 
    17631 Unknown command: clear sel Yesco 
    17632 
    17633 > clear sel
    17634 
    17635 Unknown command: clear sel 
    17636 
    17637 > select clear Yesco
    17638 
    17639 Expected fewer arguments 
    17640 
    17641 > select clear
    17642 
    17643 > color sel green
    17644 
    17645 > color sel green
    17646 
    17647 > color sel green
    17648 
    17649 > select clear
    17650 
    17651 > color sel red
    17652 
    17653 > color sel red
    17654 
    17655 > color sel red
    17656 
    17657 > color sel red
    17658 
    17659 > select clear
    17660 
    17661 > color sel red
    17662 
    17663 > color sel red
    17664 
    17665 > color sel red
    17666 
    17667 > color sel red
    17668 
    17669 > color sel red
    17670 
    17671 > color sel red
    17672 
    17673 > color sel red
    17674 
    17675 > color sel red
    17676 
    17677 > color sel green
    17678 
    17679 > color sel green
    17680 
    17681 > color sel green
    17682 
    17683 > color sel red
    17684 
    17685 > color sel red
    17686 
    17687 > color sel red
    17688 
    17689 Drag select of 106 atoms, 76 bonds 
    17690 
    17691 > hide sel target a
    17692 
    17693 Drag select of 11 atoms, 6 bonds 
    17694 
    17695 > hide sel atoms
    17696 
    17697 Drag select of 46 atoms, 28 bonds 
    17698 
    17699 > hide sel atoms
    17700 
    17701 Drag select of 13 atoms, 8 bonds 
    17702 
    17703 > hide sel atoms
    17704 
    17705 Drag select of 10 atoms, 7 bonds 
    17706 
    17707 > hide sel atoms
    17708 
    17709 Drag select of 7 atoms, 1 bonds 
    17710 
    17711 > hide sel atoms
    17712 
    17713 Drag select of 9 atoms, 6 bonds 
    17714 
    17715 > hide sel atoms
    17716 
    17717 Drag select of 13 atoms, 8 bonds 
    17718 
    17719 > hide sel atoms
    17720 
    17721 Drag select of 2 atoms, 1 bonds 
    17722 
    17723 > hide sel atoms
    17724 
    17725 Drag select of 30 atoms, 18 bonds 
    17726 
    17727 > hide sel atoms
    17728 
    17729 Drag select of 47 atoms, 41 bonds 
    17730 
    17731 > hide sel atoms
    17732 
    17733 Drag select of 3 atoms 
    17734 
    17735 > hide sel atoms
    17736 
    17737 Drag select of 10 atoms, 8 bonds 
    17738 
    17739 > hide sel atoms
    17740 
    17741 Drag select of 1 atoms 
    17742 
    17743 > hide sel atoms
    17744 
    17745 Drag select of 2 atoms 
    17746 
    17747 > hide sel atoms
    17748 
    17749 Drag select of 29 atoms, 29 bonds 
    17750 
    17751 > hide sel atoms
    17752 
    17753 Drag select of 40 atoms, 33 bonds 
    17754 
    17755 > hide sel atoms
    17756 
    17757 Drag select of 15 atoms, 9 bonds 
    17758 
    17759 > hide sel atoms
    17760 
    17761 Drag select of 8 atoms, 8 bonds 
    17762 Drag select of 23 atoms, 25 bonds 
    17763 
    17764 > hide sel atoms
    17765 
    17766 Drag select of 8 atoms, 4 bonds 
    17767 
    17768 > hide sel atoms
    17769 
    17770 Drag select of 1 atoms 
    17771 
    17772 > hide sel atoms
    17773 
    17774 Drag select of 15 atoms, 9 bonds 
    17775 
    17776 > hide sel atoms
    17777 
    17778 Drag select of 1 atoms 
    17779 
    17780 > hide sel atoms
    17781 
    17782 Drag select of 4 atoms, 2 bonds 
    17783 
    17784 > hide sel atoms
    17785 
    17786 Drag select of 5 atoms, 3 bonds 
    17787 
    17788 > hide sel atoms
    17789 
    17790 Drag select of 14 atoms, 8 bonds 
    17791 
    17792 > hide sel atoms
    17793 
    17794 Drag select of 2 atoms 
    17795 
    17796 > hide sel atoms
    17797 
    17798 Drag select of 11 atoms, 6 bonds 
    17799 
    17800 > hide sel atoms
    17801 
    17802 Drag select of 1 atoms 
    17803 
    17804 > hide sel atoms
    17805 
    17806 > ui tool show "Side View"
    17807 
    17808 Drag select of 37 atoms, 21 bonds 
    17809 
    17810 > hide sel atoms
    17811 
    17812 Drag select of 1 atoms 
    17813 
    17814 > hide sel atoms
    17815 
    17816 Drag select of 8 atoms, 5 bonds 
    17817 
    17818 > hide sel atoms
    17819 
    17820 Drag select of 3 atoms 
    17821 
    17822 > hide sel atoms
    17823 
    17824 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignments.cxs"
    17825 
    17826 Drag select of 
    17827 Drag select of 12 atoms, 12 bonds 
    17828 
    17829 > hide sel atoms
    17830 
    17831 Drag select of 1 atoms 
    17832 
    17833 > hide sel atoms
    17834 
    17835 Drag select of 5 atoms, 2 bonds 
    17836 
    17837 > hide sel atoms
    17838 
    17839 Drag select of 8 atoms, 5 bonds 
    17840 
    17841 > hide sel atoms
    17842 
    17843 Drag select of 30 atoms, 24 bonds 
    17844 
    17845 > hide sel atoms
    17846 
    17847 > select clear
    17848 
    17849 > select clear
    17850 
    17851 Drag select of 306 atoms, 7 pseudobonds, 287 bonds 
    17852 
    17853 > name frozen Nearcocolor sel
    17854 
    17855 > name frozen Nearcocolor sel
    17856 
    17857 > select clear
    17858 
    17859 Drag select of 
    17860 
    17861 > select clear
    17862 
    17863 Drag select of 12 atoms, 9 bonds 
    17864 Drag select of 
    17865 Drag select of 12 atoms, 9 bonds 
    17866 Drag select of 21 atoms, 18 bonds 
    17867 Drag select of 2 atoms, 1 bonds 
    17868 Drag select of 26 atoms, 25 bonds 
    17869 Drag select of 15 atoms, 13 bonds 
    17870 Drag select of 17 atoms, 17 bonds 
    17871 Drag select of 16 atoms, 17 bonds 
    17872 
    17873 > select clear
    17874 
    17875 > select backbone
    17876 
    17877 24778 atoms, 24762 bonds, 3 models selected 
    17878 
    17879 > undo
    17880 
    17881 > select green
    17882 
    17883 Expected an objects specifier or a keyword 
    17884 
    17885 > hide Yesco
    17886 
    17887 Drag select of 
    17888 Drag select of 
    17889 Drag select of 
    17890 Drag select of 12 atoms, 9 bonds 
    17891 Drag select of 21 atoms, 18 bonds 
    17892 Drag select of 9 atoms, 6 bonds 
    17893 Drag select of 15 atoms, 12 bonds 
    17894 Drag select of 
    17895 Drag select of 18 atoms, 18 bonds 
    17896 Drag select of 
    17897 Drag select of 
    17898 Drag select of 6 atoms, 3 bonds 
    17899 Drag select of 6 atoms, 3 bonds 
    17900 Drag select of 18 atoms, 18 bonds 
    17901 Drag select of 21 atoms, 21 bonds 
    17902 
    17903 > name frozen NearcocolorG sel
    17904 
    17905 > name frozen NearcocolorG sel
    17906 
    17907 > hide NearcocolorG
    17908 
    17909 Drag select of 113 atoms, 92 bonds 
    17910 
    17911 > name frozen NearcocolorR sel
    17912 
    17913 > name frozen NearcocolorR sel
    17914 
    17915 > select clear
    17916 
    17917 Drag select of 113 atoms, 92 bonds 
    17918 
    17919 > help 3dlabels
    17920 
    17921 No help found for '3dlabels' 
    17922 
    17923 > help labels
    17924 
    17925 No help found for 'labels' 
    17926 
    17927 > help label
    17928 
    17929 > show NearcocolorG
    17930 
    17931 > show Yesco
    17932 
    17933 > select clear
    17934 
    17935 Drag select of 2 atoms 
    17936 Drag select of 6 atoms, 3 bonds 
    17937 
    17938 > hide (sel-residues & (protein|nucleic)) target a
    17939 
    17940 > cartoon hide sel-residues
    17941 
    17942 > show (sel-residues & backbone) target ab
    17943 
    17944 > undo
    17945 
    17946 > undo
    17947 
    17948 > show NearcocolorG
    17949 
    17950 > show (sel-residues & sidechain) target ab
    17951 
    17952 > select clear
    17953 
    17954 Drag select of 309 atoms, 7 pseudobonds, 290 bonds 
    17955 
    17956 > show (#3#!1-2 & sel-residues & sidechain) target ab
    17957 
    17958 > select clear
    17959 
    17960 Drag select of 
    17961 Drag select of 
    17962 Drag select of 358 atoms, 20 pseudobonds, 339 bonds 
    17963 
    17964 > hide backbone
    17965 
    17966 > show backbone
    17967 
    17968 > show (#3#!1-2 & sel-residues & sidechain) target ab
    17969 
    17970 > select clear
    17971 
    17972 > hide
    17973 
    17974 > hide sel
    17975 
    17976 > hide sel
    17977 
    17978 > hide sel
    17979 
    17980 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignments.cxs"
    17981 
    17982 > color #2 sky blue
    17983 
    17984 > color NearcocolorG green
    17985 
    17986 > color NearcocolorR red
    17987 
    17988 > color Yesco byelement
    17989 
    17990 > hide Yesco
    17991 
    17992 Drag select of 18 atoms, 15 bonds 
    17993 Drag select of 
    17994 Drag select of 9 atoms, 6 bonds 
    17995 Drag select of 1 atoms 
    17996 Drag select of 15 atoms, 12 bonds 
    17997 Drag select of 25 atoms, 21 bonds 
    17998 Drag select of 19 atoms, 21 bonds 
    17999 Drag select of 25 atoms, 25 bonds 
    18000 
    18001 > select clear
    18002 
    18003 Drag select of 18 atoms, 15 bonds 
    18004 Drag select of 21 atoms, 21 bonds 
    18005 Drag select of 15 atoms, 12 bonds 
    18006 Drag select of 9 atoms, 6 bonds 
    18007 Drag select of 9 atoms, 6 bonds 
    18008 Drag select of 24 atoms, 21 bonds 
    18009 Drag select of 12 atoms, 9 bonds 
    18010 Drag select of 
    18011 Drag select of 
    18012 Drag select of 
    18013 Drag select of 24 atoms, 24 bonds 
    18014 Drag select of 18 atoms, 20 bonds 
    18015 Drag select of 
    18016 
    18017 > name frozen NearcocolorG sel
    18018 
    18019 > name frozen NearcocolorG sel
    18020 
    18021 > color NearcocolorG green
    18022 
    18023 > hide sel
    18024 
    18025 > show Nearcocolor G
    18026 
    18027 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    18028 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    18029 
    18030 > show NearcocolorG
    18031 
    18032 > name frozen NearcocolorG sel
    18033 
    18034 > name frozen NearcocolorG sel
    18035 
    18036 > name frozen NearcocolorG sel
    18037 
    18038 > hide sel
    18039 
    18040 Drag select of 138 atoms, 117 bonds, 3 pseudobonds 
    18041 
    18042 > name frozen NearcocolorR sel
    18043 
    18044 > name frozen NearcocolorR sel
    18045 
    18046 > color NearcocolorR red
    18047 
    18048 > show NearcocolorG
    18049 
    18050 > show Yesco
    18051 
    18052 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignments.cxs"
    18053 
    18054 No visible atoms or bonds selected 
    18055 
    18056 > select delete
    18057 
    18058 Expected an objects specifier or a keyword 
    18059 
    18060 > name frozen trash sel
    18061 
    18062 > name frozen trash sel
    18063 
    18064 > hide trash
    18065 
    18066 > color Mo magentsa
    18067 
    18068 Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero',
    18069 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', or 'random' or a keyword 
    18070 
    18071 > color Mo magenta
    18072 
    18073 > hide Nearco
    18074 
    18075 > show Nearco
    18076 
    18077 > hide Nearco
    18078 
    18079 > show NearcocolorG
    18080 
    18081 > show Nearcocolor ribbons
    18082 
    18083 > show NearcocolorR
    18084 
    18085 > hide trash
    18086 
    18087 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    18088 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    18089 
    18090 > show trash
    18091 
    18092 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    18093 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    18094 
    18095 > show Yesco
    18096 
    18097 > name frozen trashbonds sel
    18098 
    18099 > name frozen trashbonds sel
    18100 
    18101 > select clear
    18102 
    18103 > select trashbonds
    18104 
    18105 12 pseudobonds, 3 models selected 
    18106 
    18107 > hide trashbonds
    18108 
    18109 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignments.cxs"
    18110 
    18111 > hide #4
    18112 
    18113 Drag select of 
    18114 Drag select of 358 atoms, 8 pseudobonds, 339 bonds 
    18115 
    18116 > view name Nearco
    18117 
    18118 > name frozen Nearco sel
    18119 
    18120 > name frozen Nearco sel
    18121 
    18122 > hide Nearco
    18123 
    18124 > show Nearco
    18125 
    18126 > hide trashbonds
    18127 
    18128 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    18129 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    18130 
    18131 > select clear
    18132 
    18133 No visible atoms or bonds selected 
    18134 No visible atoms or bonds selected 
    18135 
    18136 > name frozen junk sel
    18137 
    18138 > name frozen junk sel
    18139 
    18140 > color junk purple
    18141 
    18142 > hide junk
    18143 
    18144 > show junk
    18145 
    18146 > hide junk
    18147 
    18148 > hide Nearco
    18149 
    18150 > show Nearco
    18151 
    18152 No visible atoms or bonds selected 
    18153 
    18154 > hide sel
    18155 
    18156 > hide sel
    18157 
    18158 > hide Nearco
    18159 
    18160 > show Nearco
    18161 
    18162 > color #1 cartoon sky blue
    18163 
    18164 Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero',
    18165 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', or 'random' or a keyword 
    18166 
    18167 > color #1 sky blue
    18168 
    18169 > color #2 light green
    18170 
    18171 > color #3 plum
    18172 
    18173 > color Mocos byelement
    18174 
    18175 > color Vcos byelement
    18176 
    18177 > color Mo magenta
    18178 
    18179 > color NearcocolorG green
    18180 
    18181 > color NearcocolorR red
    18182 
    18183 > ui tool show "Show Sequence Viewer"
    18184 
    18185 > sequence chain #1/A #1/C
    18186 
    18187 Alignment identifier is 1 
    18188 
    18189 > sequence chain #2/A #2/D
    18190 
    18191 Alignment identifier is 2 
    18192 
    18193 > sequence chain #3/A #3/D
    18194 
    18195 Alignment identifier is 3 
    18196 
    18197 > show (sel-residues & sidechain) target ab
    18198 
    18199 > show (sel-residues & sidechain) target ab
    18200 
    18201 > show (sel-residues & sidechain) target ab
    18202 
    18203 > show (sel-residues & sidechain) target ab
    18204 
    18205 > select clear
    18206 
    18207 > hide Yesco
    18208 
    18209 > hide NearcocolorR
    18210 
    18211 Drag select of 157 atoms, 135 bonds, 4 pseudobonds 
    18212 
    18213 > ui tool show "Color Actions"
    18214 
    18215 > color sel green
    18216 
    18217 > name frozen NearcocolorG sel
    18218 
    18219 > name frozen NearcocolorG sel
    18220 
    18221 > select clear
    18222 
    18223 > show NearcocolorR
    18224 
    18225 > show Yesco
    18226 
    18227 > select clear
    18228 
    18229 No visible atoms selected 
    18230 
    18231 > select clear
    18232 
    18233 > select clear
    18234 
    18235 > ui mousemode right label
    18236 
    18237 > label #1/A:231
    18238 
    18239 > ui mousemode right "move label"
    18240 
    18241 > 2dlabels #4.26 xpos 0.468 ypos 0.916
    18242 
    18243 Drag select of 
    18244 Drag select of 
    18245 
    18246 > label height 1
    18247 
    18248 Height must be a number 
    18249 Height must be a number 
    18250 
    18251 > undo
    18252 
    18253 > undo
    18254 
    18255 > undo
    18256 
    18257 > select clear
    18258 
    18259 Height must be a number 
    18260 Pixels must be an integer 
    18261 Height must be a number 
    18262 
    18263 > label #1-3 text test
    18264 
    18265 > undo
    18266 
    18267 > ~label sel residues
    18268 
    18269 No visible atoms selected 
    18270 Drag select of 362 atoms, 24 pseudobonds, 339 bonds 
    18271 Height must be a number 
    18272 
    18273 > ~label (#!1-3 & sel) residues
    18274 
    18275 > select clear
    18276 
    18277 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignments.cxs"
    18278 
    18279 Height must be a number 
    18280 Height must be a number 
    18281 
    18282 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignments.cxs"
    18283 
    18284 opened ChimeraX session 
    18285 
    18286 > close #4.44
    18287 
    18288 > close #4.3
    18289 
    18290 > close #4.4
    18291 
    18292 > close #4.5
    18293 
    18294 > close #4.6
    18295 
    18296 > close #4.8
    18297 
    18298 > close #4.9
    18299 
    18300 > close #4.10
    18301 
    18302 > close #4.11
    18303 
    18304 > close #4.12
    18305 
    18306 > close #4.13
    18307 
    18308 > close #4.16
    18309 
    18310 > close #4.17
    18311 
    18312 > close #4.19
    18313 
    18314 > close #4.18
    18315 
    18316 > close #4.20
    18317 
    18318 > close #4.21
    18319 
    18320 > close #4.22
    18321 
    18322 > close #4.24
    18323 
    18324 > close #4.25
    18325 
    18326 > close #4.26
    18327 
    18328 > close #4.27
    18329 
    18330 > close #4.28
    18331 
    18332 > close #4.29
    18333 
    18334 > close #4.30
    18335 
    18336 > close #4.31
    18337 
    18338 > close #4.32
    18339 
    18340 > close #4.33
    18341 
    18342 > close #4.34
    18343 
    18344 > close #4.35
    18345 
    18346 > close #4.36
    18347 
    18348 > close #4.37
    18349 
    18350 > close #4.38
    18351 
    18352 > close #4.39
    18353 
    18354 > close #4.40
    18355 
    18356 > close #4.41
    18357 
    18358 > close #4.42
    18359 
    18360 > close #4.43
    18361 
    18362 > close #4.45
    18363 
    18364 > close #4.46
    18365 
    18366 > close #4.47
    18367 
    18368 > close #4.48
    18369 
    18370 > close #4.49
    18371 
    18372 > close #4.50
    18373 
    18374 > close #4.51
    18375 
    18376 > select ~sel
    18377 
    18378 49438 atoms, 50654 bonds, 77 pseudobonds, 22 models selected 
    18379 
    18380 > select clear
    18381 
    18382 > view master
    18383 
    18384 Drag select of 1 atoms 
    18385 
    18386 > show #1 cartoons
    18387 
    18388 > show #2 cartoons
    18389 
    18390 > show #3 cartoons
    18391 
    18392 Drag select of 360 atoms, 6191 residues, 7 pseudobonds, 340 bonds 
    18393 
    18394 > hide #3.2 models
    18395 
    18396 > close #3.2
    18397 
    18398 > close #2.3
    18399 
    18400 > close #1.3
    18401 
    18402 > select clear
    18403 
    18404 > view master
    18405 
    18406 > show #1 cartoons
    18407 
    18408 > hide #1 atoms
    18409 
    18410 > color #1 sky blue
    18411 
    18412 > show Mocos
    18413 
    18414 > color Mocos byelement
    18415 
    18416 > color #2 light green
    18417 
    18418 > hide #2 atoms
    18419 
    18420 > show Vcos
    18421 
    18422 > color Vcos byelement
    18423 
    18424 > hide #3 atoms
    18425 
    18426 > color #3 plum
    18427 
    18428 > open Script.cxc
    18429 
    18430 No such file/path: Script.cxc 
    18431 
    18432 > cd "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignment"
    18433 
    18434 Current working directory is: C:\Users\dharr\Box\ChimeraX Movie\Alignment 
    18435 
    18436 > open Script.cxc
    18437 
    18438 > view master
    18439 
    18440 > hide #1 cartoons
    18441 
    18442 > hide Mocos
    18443 
    18444 > hide #2 cartoons
    18445 
    18446 > hide Vcos
    18447 
    18448 > hide #3 cartoons
    18449 
    18450 > hide #4
    18451 
    18452 > movie record
    18453 
    18454 > wait 25
    18455 
    18456 > crossfade
    18457 
    18458 > show #1 cartoons
    18459 
    18460 > show Mocos
    18461 
    18462 > show #4.1
    18463 
    18464 > show #4.2
    18465 
    18466 > wait 25
    18467 
    18468 > crossfade
    18469 
    18470 > show #2 cartoons
    18471 
    18472 > show Vcos
    18473 
    18474 > show #4.7
    18475 
    18476 > show #4.14
    18477 
    18478 > wait 25
    18479 
    18480 > crossfade
    18481 
    18482 > show #3 cartoons
    18483 
    18484 > show #4.23
    18485 
    18486 > show #4.15
    18487 
    18488 > wait 25
    18489 
    18490 > crossfade
    18491 
    18492 > hide #1 cartoons
    18493 
    18494 > hide Mocos
    18495 
    18496 > hide #4.1
    18497 
    18498 > hide #4.2
    18499 
    18500 > hide #2 cartoons
    18501 
    18502 > hide Vcos
    18503 
    18504 > hide #4.7
    18505 
    18506 > hide #4.14
    18507 
    18508 > hide #3 cartoons
    18509 
    18510 > hide #4.15
    18511 
    18512 > hide #4.23
    18513 
    18514 > wait 25
    18515 
    18516 > view center
    18517 
    18518 > crossfade
    18519 
    18520 > show #1 cartoons
    18521 
    18522 > show Mocos
    18523 
    18524 > show #4.52
    18525 
    18526 > wait 25
    18527 
    18528 > crossfade
    18529 
    18530 > show #2 cartoons
    18531 
    18532 > show Vcos
    18533 
    18534 > show # 4.53
    18535 
    18536 > show #4.55
    18537 
    18538 > wait 25
    18539 
    18540 > crossfade
    18541 
    18542 > show #3 cartoons
    18543 
    18544 > show #4.54
    18545 
    18546 > wait 25
    18547 
    18548 > roll y 1 360
    18549 
    18550 > wait
    18551 
    18552 > roll x 1 360
    18553 
    18554 > wait
    18555 
    18556 > crossfade
    18557 
    18558 > view #1/A
    18559 
    18560 > wait 25
    18561 
    18562 > roll -x 1 130
    18563 
    18564 > wait
    18565 
    18566 > roll -z 1 130
    18567 
    18568 > wait
    18569 
    18570 > crossfade 100
    18571 
    18572 > hide #1 cartoons
    18573 
    18574 > hide #2 cartoons
    18575 
    18576 > hide #3 cartoons
    18577 
    18578 > hide Pclust
    18579 
    18580 > hide Noco
    18581 
    18582 > hide #4.53
    18583 
    18584 > hide #4.54
    18585 
    18586 > hide #4.55
    18587 
    18588 > wait 100
    18589 
    18590 > view #1/A :ics
    18591 
    18592 > view Mco
    18593 
    18594 > wait 25
    18595 
    18596 > roll x 1 360
    18597 
    18598 > wait
    18599 
    18600 > roll y 1 360
    18601 
    18602 > wait
    18603 
    18604 > crossfade
    18605 
    18606 > view Masterco
    18607 
    18608 > wait 25
    18609 
    18610 > crossfade 100
    18611 
    18612 > show Nearco
    18613 
    18614 > wait 25
    18615 
    18616 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX
    18617 > Movie/Alignment/Align_test3.mp4"
    18618 
    18619 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignment/Align_test3.mp4 
    18620  
    18621 executed Script.cxc 
    18622 
    18623 > view Masterco
    18624 
    18625 > hide #2.1 models
    18626 
    18627 > show #2.1 models
    18628 
    18629 > hide #2.1 models
    18630 
    18631 > show #2.1 models
    18632 
    18633 > hide #2.1 models
    18634 
    18635 > show #2.1 models
    18636 
    18637 > hide #1.1 models
    18638 
    18639 > show #1.1 models
    18640 
    18641 > hide #1.1 models
    18642 
    18643 > show #1.1 models
    18644 
    18645 > help crossfade
    18646 
    18647 > view center
    18648 
    18649 > show #1 cartoons
    18650 
    18651 > hide #1 atoms
    18652 
    18653 > hide #2 atoms
    18654 
    18655 > hide #3 atoms
    18656 
    18657 > show #3 cartoons
    18658 
    18659 > show #2 cartoons
    18660 
    18661 > show Mocos
    18662 
    18663 > show Vcos
    18664 
    18665 > viewhide #4.52
    18666 
    18667 Unknown command: viewhide #4.52 
    18668 
    18669 > hide #4.52
    18670 
    18671 > view #1/A
    18672 
    18673 > view center
    18674 
    18675 > hide #1/B,C,D
    18676 
    18677 > hide #2/B,C,D,E,F
    18678 
    18679 > hide #3/B,C,D,E,F
    18680 
    18681 > hide #1/B,C,D cartoons
    18682 
    18683 > hide #2/B,C,D,E,F cartoons
    18684 
    18685 > hide #3/B,C,D,E,F cartoons
    18686 
    18687 > view Moco
    18688 
    18689 Expected an objects specifier or a view name or a keyword 
    18690 
    18691 > view Mco
    18692 
    18693 > view #1/A
    18694 
    18695 > roll -x 1 130
    18696 
    18697 > roll -z 1 130
    18698 
    18699 > view #1/A
    18700 
    18701 > view center
    18702 
    18703 > view #1/A
    18704 
    18705 > roll -x 1 130
    18706 
    18707 > roll -z 1 130
    18708 
    18709 > view center
    18710 
    18711 > view #1/A
    18712 
    18713 > roll -x 1 130
    18714 
    18715 > roll -z 1 130
    18716 
    18717 > crossfade
    18718 
    18719 > hide #1 cartoons
    18720 
    18721 > hide #2 cartoons
    18722 
    18723 > hide #3 cartoons
    18724 
    18725 > hide Pclust
    18726 
    18727 > crossfade
    18728 
    18729 > view Mco
    18730 
    18731 > crossfade
    18732 
    18733 > show Nearco
    18734 
    18735 > crossfade
    18736 
    18737 > show Nearco clip false
    18738 
    18739 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    18740 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    18741 
    18742 > clip off
    18743 
    18744 > view name Mco
    18745 
    18746 > hide Nearco
    18747 
    18748 > show Nearco
    18749 
    18750 > hide Moco
    18751 
    18752 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    18753 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    18754 
    18755 > hide Mco
    18756 
    18757 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    18758 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    18759 
    18760 > hide Mocos
    18761 
    18762 > hide Vcos
    18763 
    18764 Drag select of 291 atoms, 252 bonds, 13 pseudobonds 
    18765 
    18766 > name frozen Nearco sel
    18767 
    18768 > name frozen Nearco sel
    18769 
    18770 > show Mocos
    18771 
    18772 > show Vcos
    18773 
    18774 > hide Pclust
    18775 
    18776 > select clear
    18777 
    18778 > crossfade
    18779 
    18780 > show NearcocolorG
    18781 
    18782 > show NearcocolorR
    18783 
    18784 > crossfade
    18785 
    18786 > show NearcocolorG
    18787 
    18788 > show NearcocolorR
    18789 
    18790 > hide Vcos
    18791 
    18792 > hide Mocos
    18793 
    18794 Drag select of 
    18795 Drag select of 295 atoms, 252 bonds, 17 pseudobonds 
    18796 
    18797 > name frozen Nearco sel
    18798 
    18799 > name frozen Nearco sel
    18800 
    18801 > show Mocos
    18802 
    18803 > hide Mocos
    18804 
    18805 > show Yesco
    18806 
    18807 > select clear
    18808 
    18809 > crossfade
    18810 
    18811 > color NearcocolorG green
    18812 
    18813 > color NearcocolorR red
    18814 
    18815 > view Masterco
    18816 
    18817 > view Nearco
    18818 
    18819 > show Nearco
    18820 
    18821 > view name Masterco
    18822 
    18823 > open Script.cxc
    18824 
    18825 > view master
    18826 
    18827 > hide #1 cartoons
    18828 
    18829 > hide Mocos
    18830 
    18831 > hide #2 cartoons
    18832 
    18833 > hide Vcos
    18834 
    18835 > hide #3 cartoons
    18836 
    18837 > hide #4
    18838 
    18839 > hide #1 atoms
    18840 
    18841 > hide #2 atoms
    18842 
    18843 > hide #3 atoms
    18844 
    18845 > movie record
    18846 
    18847 > wait 25
    18848 
    18849 > crossfade
    18850 
    18851 > show #1 cartoons
    18852 
    18853 > show Mocos
    18854 
    18855 > show #4.1
    18856 
    18857 > show #4.2
    18858 
    18859 > wait 25
    18860 
    18861 > crossfade
    18862 
    18863 > show #2 cartoons
    18864 
    18865 > show Vcos
    18866 
    18867 > show #4.7
    18868 
    18869 > show #4.14
    18870 
    18871 > wait 25
    18872 
    18873 > crossfade
    18874 
    18875 > show #3 cartoons
    18876 
    18877 > show #4.23
    18878 
    18879 > show #4.15
    18880 
    18881 > wait 25
    18882 
    18883 > crossfade
    18884 
    18885 > hide #1 cartoons
    18886 
    18887 > hide Mocos
    18888 
    18889 > hide #4.1
    18890 
    18891 > hide #4.2
    18892 
    18893 > hide #2 cartoons
    18894 
    18895 > hide Vcos
    18896 
    18897 > hide #4.7
    18898 
    18899 > hide #4.14
    18900 
    18901 > hide #3 cartoons
    18902 
    18903 > hide #4.15
    18904 
    18905 > hide #4.23
    18906 
    18907 > wait 25
    18908 
    18909 > view center
    18910 
    18911 > crossfade
    18912 
    18913 > show #1 cartoons
    18914 
    18915 > show Mocos
    18916 
    18917 > show #4.52
    18918 
    18919 > wait 25
    18920 
    18921 > crossfade
    18922 
    18923 > show #2 cartoons
    18924 
    18925 > show Vcos
    18926 
    18927 > show # 4.53
    18928 
    18929 > show #4.55
    18930 
    18931 > wait 25
    18932 
    18933 > crossfade
    18934 
    18935 > show #3 cartoons
    18936 
    18937 > show #4.54
    18938 
    18939 > wait 25
    18940 
    18941 > roll y 1 360
    18942 
    18943 > wait
    18944 
    18945 > roll x 1 360
    18946 
    18947 > wait
    18948 
    18949 > crossfade
    18950 
    18951 > hide #1/B,C,D cartoons
    18952 
    18953 > hide #2/B,C,D,E,F cartoons
    18954 
    18955 > hide #3/B,C,D,E,F cartoons
    18956 
    18957 > hide Pclust
    18958 
    18959 > crossfade
    18960 
    18961 > view #1/A
    18962 
    18963 > wait 25
    18964 
    18965 > roll -x 1 130
    18966 
    18967 > wait
    18968 
    18969 > roll -z 1 130
    18970 
    18971 > wait
    18972 
    18973 > crossfade 100
    18974 
    18975 > hide #1 cartoons
    18976 
    18977 > hide #2 cartoons
    18978 
    18979 > hide #3 cartoons
    18980 
    18981 > hide Pclust
    18982 
    18983 > hide Noco
    18984 
    18985 > hide #4.52
    18986 
    18987 > hide #4.53
    18988 
    18989 > hide #4.54
    18990 
    18991 > hide #4.55
    18992 
    18993 > hide #1.2
    18994 
    18995 > hide #2.2
    18996 
    18997 > hide #3.1
    18998 
    18999 > wait 100
    19000 
    19001 > view #1/A :ics
    19002 
    19003 > crossfade
    19004 
    19005 > view Mco
    19006 
    19007 > wait 25
    19008 
    19009 > roll x 1 360
    19010 
    19011 > wait
    19012 
    19013 > roll y 1 360
    19014 
    19015 > wait
    19016 
    19017 > crossfade
    19018 
    19019 > view Masterco
    19020 
    19021 > wait 25
    19022 
    19023 > crossfade 100
    19024 
    19025 > show Nearco
    19026 
    19027 > wait 25
    19028 
    19029 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX
    19030 > Movie/Alignment/Align_test4.mp4"
    19031 
    19032 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignment/Align_test4.mp4 
    19033  
    19034 executed Script.cxc 
    19035 
    19036 > view master
    19037 
    19038 > show #1 cartoons
    19039 
    19040 > show #2 cartoons
    19041 
    19042 > show #3 cartoons
    19043 
    19044 > show #4.1 models
    19045 
    19046 > show #4.2 models
    19047 
    19048 > show #4.7 models
    19049 
    19050 > show #4.14 models
    19051 
    19052 > show #4.15 models
    19053 
    19054 > show #4.23 models
    19055 
    19056 > view master
    19057 
    19058 > ui mousemode right "move label"
    19059 
    19060 > 2dlabels #4.1 xpos 0.088 ypos 0.650
    19061 
    19062 > 2dlabels #4.2 xpos 0.174 ypos 0.305
    19063 
    19064 > 2dlabels #4.14 xpos 0.515 ypos 0.301
    19065 
    19066 > 2dlabels #4.7 xpos 0.429 ypos 0.651
    19067 
    19068 > 2dlabels #4.15 xpos 0.738 ypos 0.647
    19069 
    19070 > 2dlabels #4.23 xpos 0.764 ypos 0.302
    19071 
    19072 > view center
    19073 
    19074 > show #4.52 models
    19075 
    19076 > show #4.53 models
    19077 
    19078 > show #4.54 models
    19079 
    19080 > 2dlabels #4.52 xpos 0.016 ypos 0.031
    19081 
    19082 > 2dlabels #4.53 xpos 0.293 ypos 0.031
    19083 
    19084 > 2dlabels #4.54 xpos 0.544 ypos 0.031
    19085 
    19086 > hide Nocos
    19087 
    19088 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    19089 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    19090 
    19091 > crossfade
    19092 
    19093 > hide #1/B,C,D cartoons
    19094 
    19095 > hide #2/B,C,D,E,F cartoons
    19096 
    19097 > hide #3/B,C,D,E,F cartoons
    19098 
    19099 > hide Pclust
    19100 
    19101 > hide Noco
    19102 
    19103 > wait 50
    19104 
    19105 > hide #!4 models
    19106 
    19107 > crossfade
    19108 
    19109 > view #1/A
    19110 
    19111 > wait 50
    19112 
    19113 > crossfade
    19114 
    19115 > view #1/A
    19116 
    19117 > wait 50
    19118 
    19119 > crossfade
    19120 
    19121 > view #1/A
    19122 
    19123 > wait 50
    19124 
    19125 > crossfade
    19126 
    19127 > view #1/A
    19128 
    19129 > wait 50
    19130 
    19131 > view center
    19132 
    19133 > view center
    19134 
    19135 > show Noco
    19136 
    19137 Drag select of 67 atoms, 87 bonds, 4 pseudobonds 
    19138 
    19139 > name frozen Noco sel
    19140 
    19141 > name frozen Noco sel
    19142 
    19143 > hide Noco
    19144 
    19145 > view center
    19146 
    19147 > crossfade
    19148 
    19149 > view #1/A
    19150 
    19151 > wait 50
    19152 
    19153 > roll -x 1 130
    19154 
    19155 > wait
    19156 
    19157 > roll -z 1 130
    19158 
    19159 > wait
    19160 
    19161 > crossfade 100
    19162 
    19163 > hide #1 cartoons
    19164 
    19165 > hide #2 cartoons
    19166 
    19167 > hide #3 cartoons
    19168 
    19169 > hide Pclust
    19170 
    19171 > hide Noco
    19172 
    19173 > hide #4.52
    19174 
    19175 > hide #4.53
    19176 
    19177 > hide #4.54
    19178 
    19179 > hide #4.55
    19180 
    19181 > hide #1.2
    19182 
    19183 > hide #2.2
    19184 
    19185 > hide #3.1
    19186 
    19187 > wait 100
    19188 
    19189 > hide #1 atoms
    19190 
    19191 > hide #2 atoms
    19192 
    19193 > hide #3 atoms
    19194 
    19195 > show Yesco
    19196 
    19197 > crossfade
    19198 
    19199 > view #1/A :ics
    19200 
    19201 > view Mco
    19202 
    19203 > view Masterco
    19204 
    19205 > crossfade 100
    19206 
    19207 > show Nearco
    19208 
    19209 > hide #1.2
    19210 
    19211 > hide #2.2
    19212 
    19213 > hide #3.1
    19214 
    19215 > wait 50
    19216 
    19217 > hide #1.2
    19218 
    19219 > hide #2.2
    19220 
    19221 > hide #3.1
    19222 
    19223 > view name Masterco
    19224 
    19225 > open Script.cxc
    19226 
    19227 > view master
    19228 
    19229 > hide #1 cartoons
    19230 
    19231 > hide Mocos
    19232 
    19233 > hide #2 cartoons
    19234 
    19235 > hide Vcos
    19236 
    19237 > hide #3 cartoons
    19238 
    19239 > hide #4
    19240 
    19241 > hide #1 atoms
    19242 
    19243 > hide #2 atoms
    19244 
    19245 > hide #3 atoms
    19246 
    19247 > color #1 sky blue
    19248 
    19249 > color Mocos byelement
    19250 
    19251 > color #2 light green
    19252 
    19253 > color Vcos byelement
    19254 
    19255 > color #3 plum
    19256 
    19257 > movie record
    19258 
    19259 > wait 50
    19260 
    19261 > crossfade
    19262 
    19263 > show #1 cartoons
    19264 
    19265 > show Mocos
    19266 
    19267 > show #4.1
    19268 
    19269 > show #4.2
    19270 
    19271 > wait 50
    19272 
    19273 > crossfade
    19274 
    19275 > show #2 cartoons
    19276 
    19277 > show Vcos
    19278 
    19279 > show #4.7
    19280 
    19281 > show #4.14
    19282 
    19283 > wait 50
    19284 
    19285 > crossfade
    19286 
    19287 > show #3 cartoons
    19288 
    19289 > show #4.23
    19290 
    19291 > show #4.15
    19292 
    19293 > wait 50
    19294 
    19295 > crossfade
    19296 
    19297 > hide #1 cartoons
    19298 
    19299 > hide Mocos
    19300 
    19301 > hide #4.1
    19302 
    19303 > hide #4.2
    19304 
    19305 > hide #2 cartoons
    19306 
    19307 > hide Vcos
    19308 
    19309 > hide #4.7
    19310 
    19311 > hide #4.14
    19312 
    19313 > hide #3 cartoons
    19314 
    19315 > hide #4.15
    19316 
    19317 > hide #4.23
    19318 
    19319 > wait 50
    19320 
    19321 > view center
    19322 
    19323 > crossfade
    19324 
    19325 > show #1 cartoons
    19326 
    19327 > show Mocos
    19328 
    19329 > show #4.52
    19330 
    19331 > wait 50
    19332 
    19333 > crossfade
    19334 
    19335 > show #2 cartoons
    19336 
    19337 > show Vcos
    19338 
    19339 > show # 4.53
    19340 
    19341 > show #4.55
    19342 
    19343 > wait 50
    19344 
    19345 > crossfade
    19346 
    19347 > show #3 cartoons
    19348 
    19349 > show #4.54
    19350 
    19351 > wait 50
    19352 
    19353 > roll y 1 360
    19354 
    19355 > wait
    19356 
    19357 > roll x 1 360
    19358 
    19359 > wait
    19360 
    19361 > crossfade
    19362 
    19363 > hide #1/B,C,D cartoons
    19364 
    19365 > hide #2/B,C,D,E,F cartoons
    19366 
    19367 > hide #3/B,C,D,E,F cartoons
    19368 
    19369 > hide Pclust
    19370 
    19371 > hide Noco
    19372 
    19373 > wait 50
    19374 
    19375 > crossfade
    19376 
    19377 > view #1/A
    19378 
    19379 > wait 50
    19380 
    19381 > roll -x 1 130
    19382 
    19383 > wait
    19384 
    19385 > roll -z 1 130
    19386 
    19387 > wait
    19388 
    19389 > crossfade 100
    19390 
    19391 > hide #1 cartoons
    19392 
    19393 > hide #2 cartoons
    19394 
    19395 > hide #3 cartoons
    19396 
    19397 > hide Pclust
    19398 
    19399 > hide Noco
    19400 
    19401 > hide #4.52
    19402 
    19403 > hide #4.53
    19404 
    19405 > hide #4.54
    19406 
    19407 > hide #4.55
    19408 
    19409 > hide #1.2
    19410 
    19411 > hide #2.2
    19412 
    19413 > hide #3.1
    19414 
    19415 > wait 100
    19416 
    19417 > crossfade
    19418 
    19419 > view #1/A :ics
    19420 
    19421 > view Masterco
    19422 
    19423 > wait 50
    19424 
    19425 > roll x 1 360
    19426 
    19427 > wait
    19428 
    19429 > roll y 1 360
    19430 
    19431 > wait
    19432 
    19433 > crossfade 100
    19434 
    19435 > show Nearco
    19436 
    19437 > hide #1.2
    19438 
    19439 > hide #2.2
    19440 
    19441 > hide #3.1
    19442 
    19443 > wait 50
    19444 
    19445 > crossfade 100
    19446 
    19447 > color NearcocolorG green
    19448 
    19449 > color NearcocolorR red
    19450 
    19451 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX
    19452 > Movie/Alignment/Align_test5.mp4"
    19453 
    19454 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignment/Align_test5.mp4 
    19455  
    19456 executed Script.cxc 
    19457 
    19458 > hide #1.1
    19459 
    19460 > hide #1.2
    19461 
    19462 > hide #3.1
    19463 
    19464 > show #1.1
    19465 
    19466 > hide #1.1
    19467 
    19468 Drag select of 3 atoms 
    19469 Drag select of 14 atoms, 2 bonds 
    19470 
    19471 > select clear
    19472 
    19473 Drag select of 6 atoms 
    19474 
    19475 > hide sel
    19476 
    19477 Drag select of 10 atoms 
    19478 
    19479 > hide sel
    19480 
    19481 Drag select of 4 atoms 
    19482 
    19483 > hide sel
    19484 
    19485 > view Masterco
    19486 
    19487 > hide #3.1
    19488 
    19489 > hide #2.2
    19490 
    19491 > hide #1.2
    19492 
    19493 > open Script.cxc
    19494 
    19495 > view master
    19496 
    19497 > hide #1 cartoons
    19498 
    19499 > hide Mocos
    19500 
    19501 > hide #2 cartoons
    19502 
    19503 > hide Vcos
    19504 
    19505 > hide #3 cartoons
    19506 
    19507 > hide #4
    19508 
    19509 > hide #1 atoms
    19510 
    19511 > hide #2 atoms
    19512 
    19513 > hide #3 atoms
    19514 
    19515 > color #1 sky blue
    19516 
    19517 > color Mocos byelement
    19518 
    19519 > color #2 light green
    19520 
    19521 > color Vcos byelement
    19522 
    19523 > color #3 plum
    19524 
    19525 > select clear
    19526 
    19527 > movie record
    19528 
    19529 > wait 50
    19530 
    19531 > crossfade
    19532 
    19533 > show #1 cartoons
    19534 
    19535 > show Mocos
    19536 
    19537 > show #4.1
    19538 
    19539 > show #4.2
    19540 
    19541 > wait 50
    19542 
    19543 > crossfade
    19544 
    19545 > show #2 cartoons
    19546 
    19547 > show Vcos
    19548 
    19549 > show #4.7
    19550 
    19551 > show #4.14
    19552 
    19553 > wait 50
    19554 
    19555 > crossfade
    19556 
    19557 > show #3 cartoons
    19558 
    19559 > show #4.23
    19560 
    19561 > show #4.15
    19562 
    19563 > wait 50
    19564 
    19565 > crossfade
    19566 
    19567 > hide #1 cartoons
    19568 
    19569 > hide Mocos
    19570 
    19571 > hide #4.1
    19572 
    19573 > hide #4.2
    19574 
    19575 > hide #2 cartoons
    19576 
    19577 > hide Vcos
    19578 
    19579 > hide #4.7
    19580 
    19581 > hide #4.14
    19582 
    19583 > hide #3 cartoons
    19584 
    19585 > hide #4.15
    19586 
    19587 > hide #4.23
    19588 
    19589 > wait 50
    19590 
    19591 > view center
    19592 
    19593 > crossfade
    19594 
    19595 > show #1 cartoons
    19596 
    19597 > show Mocos
    19598 
    19599 > show #4.52
    19600 
    19601 > wait 50
    19602 
    19603 > crossfade
    19604 
    19605 > show #2 cartoons
    19606 
    19607 > show Vcos
    19608 
    19609 > show # 4.53
    19610 
    19611 > show #4.55
    19612 
    19613 > wait 50
    19614 
    19615 > crossfade
    19616 
    19617 > show #3 cartoons
    19618 
    19619 > show #4.54
    19620 
    19621 > wait 50
    19622 
    19623 > roll y 1 360
    19624 
    19625 > wait
    19626 
    19627 > roll x 1 360
    19628 
    19629 > wait
    19630 
    19631 > crossfade
    19632 
    19633 > hide #1/B,C,D cartoons
    19634 
    19635 > hide #2/B,C,D,E,F cartoons
    19636 
    19637 > hide #3/B,C,D,E,F cartoons
    19638 
    19639 > hide Pclust
    19640 
    19641 > hide Noco
    19642 
    19643 > wait 50
    19644 
    19645 > crossfade
    19646 
    19647 > view #1/A
    19648 
    19649 > wait 50
    19650 
    19651 > roll -x 1 130
    19652 
    19653 > wait
    19654 
    19655 > roll -z 1 130
    19656 
    19657 > wait
    19658 
    19659 > crossfade 100
    19660 
    19661 > hide #1 cartoons
    19662 
    19663 > hide #2 cartoons
    19664 
    19665 > hide #3 cartoons
    19666 
    19667 > hide Pclust
    19668 
    19669 > hide Noco
    19670 
    19671 > hide #4.52
    19672 
    19673 > hide #4.53
    19674 
    19675 > hide #4.54
    19676 
    19677 > hide #4.55
    19678 
    19679 > hide #1.2
    19680 
    19681 > hide #2.2
    19682 
    19683 > hide #3.1
    19684 
    19685 > wait 100
    19686 
    19687 > crossfade
    19688 
    19689 > view #1/A :ics
    19690 
    19691 > view Masterco
    19692 
    19693 > wait 50
    19694 
    19695 > roll x 1 360
    19696 
    19697 > wait
    19698 
    19699 > roll y 1 360
    19700 
    19701 > wait
    19702 
    19703 > hide #1.2
    19704 
    19705 > hide #2.2
    19706 
    19707 > hide #3.1
    19708 
    19709 > crossfade 100
    19710 
    19711 > show Nearco
    19712 
    19713 > wait 125
    19714 
    19715 > crossfade 100
    19716 
    19717 > color NearcocolorG green
    19718 
    19719 > color NearcocolorR red
    19720 
    19721 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX
    19722 > Movie/Alignment/Align_test6.mp4"
    19723 
    19724 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignment/Align_test6.mp4 
    19725  
    19726 executed Script.cxc 
    19727 
    19728 > roll y 1 360
    19729 
    19730 > wait 50
    19731 
    19732 > roll y 1 360
    19733 
    19734 > wait 50
    19735 
    19736 > hide NearcocolorG
    19737 
    19738 > roll y 1 360
    19739 
    19740 > wait 410
    19741 
    19742 > show NearcocolorG
    19743 
    19744 > roll y 1 360
    19745 
    19746 > wait 410
    19747 
    19748 > hide NearcocolorG
    19749 
    19750 > hide #2.2 models
    19751 
    19752 > hide #1.2 models
    19753 
    19754 > hide #3.1 models
    19755 
    19756 > open Script.cxc
    19757 
    19758 > view master
    19759 
    19760 > hide #1 cartoons
    19761 
    19762 > hide Mocos
    19763 
    19764 > hide #2 cartoons
    19765 
    19766 > hide Vcos
    19767 
    19768 > hide #3 cartoons
    19769 
    19770 > hide #4
    19771 
    19772 > hide #1 atoms
    19773 
    19774 > hide #2 atoms
    19775 
    19776 > hide #3 atoms
    19777 
    19778 > color #1 sky blue
    19779 
    19780 > color Mocos byelement
    19781 
    19782 > color #2 light green
    19783 
    19784 > color Vcos byelement
    19785 
    19786 > color #3 plum
    19787 
    19788 > select clear
    19789 
    19790 > movie record
    19791 
    19792 > wait 50
    19793 
    19794 > crossfade
    19795 
    19796 > show #1 cartoons
    19797 
    19798 > show Mocos
    19799 
    19800 > show #4.1
    19801 
    19802 > show #4.2
    19803 
    19804 > wait 50
    19805 
    19806 > crossfade
    19807 
    19808 > show #2 cartoons
    19809 
    19810 > show Vcos
    19811 
    19812 > show #4.7
    19813 
    19814 > show #4.14
    19815 
    19816 > wait 50
    19817 
    19818 > crossfade
    19819 
    19820 > show #3 cartoons
    19821 
    19822 > show #4.23
    19823 
    19824 > show #4.15
    19825 
    19826 > wait 50
    19827 
    19828 > crossfade
    19829 
    19830 > hide #1 cartoons
    19831 
    19832 > hide Mocos
    19833 
    19834 > hide #4.1
    19835 
    19836 > hide #4.2
    19837 
    19838 > hide #2 cartoons
    19839 
    19840 > hide Vcos
    19841 
    19842 > hide #4.7
    19843 
    19844 > hide #4.14
    19845 
    19846 > hide #3 cartoons
    19847 
    19848 > hide #4.15
    19849 
    19850 > hide #4.23
    19851 
    19852 > wait 50
    19853 
    19854 > view center
    19855 
    19856 > crossfade
    19857 
    19858 > show #1 cartoons
    19859 
    19860 > show Mocos
    19861 
    19862 > show #4.52
    19863 
    19864 > wait 50
    19865 
    19866 > crossfade
    19867 
    19868 > show #2 cartoons
    19869 
    19870 > show Vcos
    19871 
    19872 > show # 4.53
    19873 
    19874 > show #4.55
    19875 
    19876 > wait 50
    19877 
    19878 > crossfade
    19879 
    19880 > show #3 cartoons
    19881 
    19882 > show #4.54
    19883 
    19884 > wait 50
    19885 
    19886 > roll y 1 360
    19887 
    19888 > wait
    19889 
    19890 > roll x 1 360
    19891 
    19892 > wait
    19893 
    19894 > crossfade
    19895 
    19896 > hide #1/B,C,D cartoons
    19897 
    19898 > hide #2/B,C,D,E,F cartoons
    19899 
    19900 > hide #3/B,C,D,E,F cartoons
    19901 
    19902 > hide Pclust
    19903 
    19904 > hide Noco
    19905 
    19906 > wait 50
    19907 
    19908 > crossfade
    19909 
    19910 > view #1/A
    19911 
    19912 > wait 50
    19913 
    19914 > roll -x 1 130
    19915 
    19916 > wait
    19917 
    19918 > roll -z 1 130
    19919 
    19920 > wait
    19921 
    19922 > crossfade 100
    19923 
    19924 > hide #1 cartoons
    19925 
    19926 > hide #2 cartoons
    19927 
    19928 > hide #3 cartoons
    19929 
    19930 > hide Pclust
    19931 
    19932 > hide Noco
    19933 
    19934 > hide #4.52
    19935 
    19936 > hide #4.53
    19937 
    19938 > hide #4.54
    19939 
    19940 > hide #4.55
    19941 
    19942 > hide #1.2
    19943 
    19944 > hide #2.2
    19945 
    19946 > hide #3.1
    19947 
    19948 > wait 100
    19949 
    19950 > crossfade
    19951 
    19952 > view #1/A :ics
    19953 
    19954 > view Masterco
    19955 
    19956 > wait 50
    19957 
    19958 > roll x 1 360
    19959 
    19960 > wait
    19961 
    19962 > roll y 1 360
    19963 
    19964 > wait 410
    19965 
    19966 > hide #1.2
    19967 
    19968 > hide #2.2
    19969 
    19970 > hide #3.1
    19971 
    19972 > crossfade 100
    19973 
    19974 > show Nearco
    19975 
    19976 > wait 125
    19977 
    19978 > crossfade 100
    19979 
    19980 > color NearcocolorG green
    19981 
    19982 > color NearcocolorR red
    19983 
    19984 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX
    19985 > Movie/Alignment/Align_test7.mp4"
    19986 
    19987 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignment/Align_test7.mp4 
    19988  
    19989 executed Script.cxc 
    19990 
    19991 > hide #1.2
    19992 
    19993 > hide #2.2
    19994 
    19995 > hide #3.1
    19996 
    19997 > crossfade 100
    19998 
    19999 > show Nearco
    20000 
    20001 > wait 125
    20002 
    20003 > crossfade 100
    20004 
    20005 > color NearcocolorG green
    20006 
    20007 > color NearcocolorR red
    20008 
    20009 > crossfade 100
    20010 
    20011 > color NearcocolorG green
    20012 
    20013 > color NearcocolorR red
    20014 
    20015 > color #1 sky blue
    20016 
    20017 > color #2 light green
    20018 
    20019 > color #3 plum
    20020 
    20021 > crossfade 100
    20022 
    20023 > color NearcocolorG green
    20024 
    20025 > color NearcocolorR red
    20026 
    20027 > hide Nearco
    20028 
    20029 > show Nearco
    20030 
    20031 > hide nearco
    20032 
    20033 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    20034 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    20035 
    20036 > hide Nearco
    20037 
    20038 > show Nearco
    20039 
    20040 > hide #1.2
    20041 
    20042 > hide #2.2
    20043 
    20044 > hide #3.1
    20045 
    20046 > hide @CA pseudobonds
    20047 
    20048 > hide Nearco
    20049 
    20050 > show Nearco
    20051 
    20052 > hide Nearco
    20053 
    20054 > show Nearco
    20055 
    20056 > hide @pseudobonds
    20057 
    20058 > hide Nearco
    20059 
    20060 > show Nearco
    20061 
    20062 > hide @CA pseudobonds
    20063 
    20064 > show Nearco
    20065 
    20066 > hide @CA pseudobonds
    20067 
    20068 > hide Nearco
    20069 
    20070 > show Nearco
    20071 
    20072 > close #1.2
    20073 
    20074 > close #2.2
    20075 
    20076 > close #3.1
    20077 
    20078 > hide Nearco
    20079 
    20080 > show Nearco
    20081 
    20082 > hide #1.2 models
    20083 
    20084 > hide #2.2 models
    20085 
    20086 > hide #3.1 models
    20087 
    20088 > hide Nearco
    20089 
    20090 > show Nearco
    20091 
    20092 > hide Nearco
    20093 
    20094 > show Nearco
    20095 
    20096 > wait 1
    20097 
    20098 > hide @CA pseudobonds
    20099 
    20100 > hide Nearco
    20101 
    20102 > show Nearco
    20103 
    20104 > wait .1;hide @CA pseudobonds
    20105 
    20106 Expected an integer >= 1 or a keyword 
    20107 
    20108 > show Nearco
    20109 
    20110 > wait 1
    20111 
    20112 > hide @CA pseudobonds
    20113 
    20114 > hide Nearco
    20115 
    20116 > show Nearco
    20117 
    20118 > wait 1
    20119 
    20120 > hide @CA pseudobonds
    20121 
    20122 > hide Nearco
    20123 
    20124 > color Mocos byelement
    20125 
    20126 > color Vcos byelement
    20127 
    20128 > show NearcocolorG
    20129 
    20130 > show NearcocolorR
    20131 
    20132 > hide @CA pseudobonds
    20133 
    20134 > view Masterco
    20135 
    20136 > ui tool show "Show Sequence Viewer"
    20137 
    20138 > sequence chain #1/A #1/C
    20139 
    20140 Alignment identifier is 1 
    20141 
    20142 > label sel text "Ile - 231"
    20143 
    20144 > label sel text "Arg - 96 (V,Fe - Lys)"
    20145 
    20146 > view Masterco
    20147 
    20148 > label sel text Gly-356
    20149 
    20150 > label sel text Ile-231
    20151 
    20152 > label sel text Arg-96(V,Fe-Lys)
    20153 
    20154 > label sel text Gly-69(V-Leu,Fe-His)
    20155 
    20156 > label sel text I-231
    20157 
    20158 > label sel text R-96(V-L,Fe-H)
    20159 
    20160 > label sel text G-69(V-L,Fe-H)
    20161 
    20162 > label sel text R-96(V,Fe-K)
    20163 
    20164 > label sel text V-70
    20165 
    20166 > label sel text Y-229(V,Fe-F)
    20167 
    20168 > label sel text H-442
    20169 
    20170 > label sel text R-277
    20171 
    20172 > label sel text S-278
    20173 
    20174 > label sel text C-275
    20175 
    20176 > label sel text H-195
    20177 
    20178 > label sel text L-358(V-P,Fe-S)
    20179 
    20180 > label sel text R-359(Fe-K)
    20181 
    20182 > label sel text I-355(V-T,Fe-P)
    20183 
    20184 > label sel text F-381
    20185 
    20186 > label sel text Q-191
    20187 
    20188 > label sel text E-380(V,Fe-K)
    20189 
    20190 > view Masterco
    20191 
    20192 > label sel text M-441(V-G,Fe-A)
    20193 
    20194 > select clear
    20195 
    20196 > select #1/A:6496@FE2
    20197 
    20198 1 atom, 1 model selected 
    20199 
    20200 > label sel atoms text Fe2
    20201 
    20202 > select #1/A:6496@FE7
    20203 
    20204 1 atom, 1 model selected 
    20205 
    20206 > label sel atoms text Fe7
    20207 
    20208 > select #1/A:6496@FE6
    20209 
    20210 1 atom, 1 model selected 
    20211 
    20212 > label sel atoms text Fe6
    20213 
    20214 > select #1/A:6496@FE3
    20215 
    20216 1 atom, 1 model selected 
    20217 
    20218 > label sel atoms text Fe3
    20219 
    20220 > view Masterco
    20221 
    20222 > label sel text A-65(V,Fe-C)
    20223 
    20224 > view Masterco
    20225 
    20226 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignments.cxs"
    20227 
    20228 > hide labels
    20229 
    20230 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    20231 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    20232 
    20233 > hide labels residues
    20234 
    20235 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    20236 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    20237 
    20238 > hide label
    20239 
    20240 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    20241 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    20242 
    20243 > hide #3.1
    20244 
    20245 > hide #3.1 labels
    20246 
    20247 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    20248 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    20249 
    20250 > hide #3.1
    20251 
    20252 > hide #1.3 models
    20253 
    20254 > show #1.3 models
    20255 
    20256 > hide #1.3
    20257 
    20258 > open Script.cxc
    20259 
    20260 > view master
    20261 
    20262 > hide #1 cartoons
    20263 
    20264 > hide Mocos
    20265 
    20266 > hide #2 cartoons
    20267 
    20268 > hide Vcos
    20269 
    20270 > hide #3 cartoons
    20271 
    20272 > hide #4
    20273 
    20274 > hide #1 atoms
    20275 
    20276 > hide #2 atoms
    20277 
    20278 > hide #3 atoms
    20279 
    20280 > color #1 sky blue
    20281 
    20282 > color Mocos byelement
    20283 
    20284 > color #2 light green
    20285 
    20286 > color Vcos byelement
    20287 
    20288 > color #3 plum
    20289 
    20290 > hide #1.3
    20291 
    20292 > select clear
    20293 
    20294 > movie record
    20295 
    20296 > wait 50
    20297 
    20298 > crossfade
    20299 
    20300 > show #1 cartoons
    20301 
    20302 > show Mocos
    20303 
    20304 > show #4.1
    20305 
    20306 > show #4.2
    20307 
    20308 > wait 50
    20309 
    20310 > crossfade
    20311 
    20312 > show #2 cartoons
    20313 
    20314 > show Vcos
    20315 
    20316 > show #4.7
    20317 
    20318 > show #4.14
    20319 
    20320 > wait 50
    20321 
    20322 > crossfade
    20323 
    20324 > show #3 cartoons
    20325 
    20326 > show #4.23
    20327 
    20328 > show #4.15
    20329 
    20330 > wait 50
    20331 
    20332 > crossfade
    20333 
    20334 > hide #1 cartoons
    20335 
    20336 > hide Mocos
    20337 
    20338 > hide #4.1
    20339 
    20340 > hide #4.2
    20341 
    20342 > hide #2 cartoons
    20343 
    20344 > hide Vcos
    20345 
    20346 > hide #4.7
    20347 
    20348 > hide #4.14
    20349 
    20350 > hide #3 cartoons
    20351 
    20352 > hide #4.15
    20353 
    20354 > hide #4.23
    20355 
    20356 > wait 50
    20357 
    20358 > view center
    20359 
    20360 > crossfade
    20361 
    20362 > show #1 cartoons
    20363 
    20364 > show Mocos
    20365 
    20366 > show #4.52
    20367 
    20368 > wait 50
    20369 
    20370 > crossfade
    20371 
    20372 > show #2 cartoons
    20373 
    20374 > show Vcos
    20375 
    20376 > show # 4.53
    20377 
    20378 > show #4.55
    20379 
    20380 > wait 50
    20381 
    20382 > crossfade
    20383 
    20384 > show #3 cartoons
    20385 
    20386 > show #4.54
    20387 
    20388 > wait 50
    20389 
    20390 > roll y 1 360
    20391 
    20392 > wait
    20393 
    20394 > roll x 1 360
    20395 
    20396 > wait
    20397 
    20398 > crossfade
    20399 
    20400 > hide #1/B,C,D cartoons
    20401 
    20402 > hide #2/B,C,D,E,F cartoons
    20403 
    20404 > hide #3/B,C,D,E,F cartoons
    20405 
    20406 > hide Pclust
    20407 
    20408 > hide Noco
    20409 
    20410 > wait 50
    20411 
    20412 > crossfade
    20413 
    20414 > view #1/A
    20415 
    20416 > wait 50
    20417 
    20418 > roll -x 1 130
    20419 
    20420 > wait
    20421 
    20422 > roll -z 1 130
    20423 
    20424 > wait
    20425 
    20426 > crossfade 100
    20427 
    20428 > hide #1 cartoons
    20429 
    20430 > hide #2 cartoons
    20431 
    20432 > hide #3 cartoons
    20433 
    20434 > hide Pclust
    20435 
    20436 > hide Noco
    20437 
    20438 > hide #4.52
    20439 
    20440 > hide #4.53
    20441 
    20442 > hide #4.54
    20443 
    20444 > hide #4.55
    20445 
    20446 > hide #1.2
    20447 
    20448 > hide #2.2
    20449 
    20450 > hide #3.1
    20451 
    20452 > wait 100
    20453 
    20454 > crossfade
    20455 
    20456 > view #1/A :ics
    20457 
    20458 > view Masterco
    20459 
    20460 > wait 50
    20461 
    20462 > roll x 1 360
    20463 
    20464 > wait
    20465 
    20466 > roll y 1 360
    20467 
    20468 > wait 410
    20469 
    20470 > crossfade 100
    20471 
    20472 > show Nearco
    20473 
    20474 > wait 1
    20475 
    20476 > hide @CA pseudobonds
    20477 
    20478 > wait 125
    20479 
    20480 > crossfade 100
    20481 
    20482 > color NearcocolorG green
    20483 
    20484 > color NearcocolorR red
    20485 
    20486 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX
    20487 > Movie/Alignment/Align_test8.mp4"
    20488 
    20489 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignment/Align_test8.mp4 
    20490  
    20491 executed Script.cxc 
    20492 
    20493 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignments.cxs"
    20494 
    20495 opened ChimeraX session 
    20496 
    20497 > hide #!4 models
    20498 
    20499 > setattr #1 model autochain false
    20500 
    20501 Assigning autochain attribute to 4 items 
    20502 Not creating attribute 'autochain'; use 'create true' to override 
    20503 
    20504 > setattr #2 model autochain false
    20505 
    20506 Assigning autochain attribute to 3 items 
    20507 Not creating attribute 'autochain'; use 'create true' to override 
    20508 
    20509 > setattr #3 model autochain false
    20510 
    20511 Assigning autochain attribute to 2 items 
    20512 Not creating attribute 'autochain'; use 'create true' to override 
    20513 
    20514 > set bgColor white
    20515 
    20516 > hide #1.2 models
    20517 
    20518 > hide #2.2 models
    20519 
    20520 > hide #3.1 models
    20521 
    20522 > hide #2.1 models
    20523 
    20524 > mmaker #2 to #1
    20525 
    20526 Parameters 
    20527 --- 
    20528 Chain pairing | bb 
    20529 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    20530 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    20531 SS fraction | 0.3 
    20532 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    20533 Gap extend | 1 
    20534 SS matrix |  |  | H | S | O 
    20535 ---|---|---|--- 
    20536 H | 6 | -9 | -6 
    20537 S |  | 6 | -6 
    20538 O |  |  | 4 
    20539 Iteration cutoff | 2 
    20540  
    20541 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with 5n6y, chain A (#2), sequence alignment
    20542 score = 1047.6 
    20543 RMSD between 375 pruned atom pairs is 0.968 angstroms; (across all 450 pairs:
    20544 2.998) 
    20545  
    20546 
    20547 > mmaker #3 to #1
    20548 
    20549 Parameters 
    20550 --- 
    20551 Chain pairing | bb 
    20552 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    20553 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    20554 SS fraction | 0.3 
    20555 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    20556 Gap extend | 1 
    20557 SS matrix |  |  | H | S | O 
    20558 ---|---|---|--- 
    20559 H | 6 | -9 | -6 
    20560 S |  | 6 | -6 
    20561 O |  |  | 4 
    20562 Iteration cutoff | 2 
    20563  
    20564 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    20565 D (#3), sequence alignment score = 987.1 
    20566 RMSD between 373 pruned atom pairs is 0.975 angstroms; (across all 451 pairs:
    20567 3.034) 
    20568  
    20569 
    20570 > show #1.3 models
    20571 
    20572 > color labels black
    20573 
    20574 Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero',
    20575 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', or 'random' or a keyword 
    20576 
    20577 > color #1.3 black
    20578 
    20579 > color #1.3 model black
    20580 
    20581 Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero',
    20582 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', or 'random' or a keyword 
    20583 
    20584 > color #1.3 labels black
    20585 
    20586 Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero',
    20587 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', or 'random' or a keyword 
    20588 
    20589 > color black #1.3
    20590 
    20591 Expected a collection of one of 'All', 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'labels',
    20592 'pseudobonds', 'ribbons', 'rings', or 'surfaces' or a keyword 
    20593 
    20594 > color #1.3 black
    20595 
    20596 > color #1.3
    20597 
    20598 > color #1.3 black
    20599 
    20600 > color #1.3 model black
    20601 
    20602 Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero',
    20603 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', or 'random' or a keyword 
    20604 
    20605 > color #1.3 models black
    20606 
    20607 Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero',
    20608 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', or 'random' or a keyword 
    20609 
    20610 > help labels
    20611 
    20612 No help found for 'labels' 
    20613 
    20614 > help label
    20615 
    20616 > label color black
    20617 
    20618 > ui mousemode right "move label"
    20619 
    20620 > 2dlabels #4.10 xpos 0.439 ypos 0.885
    20621 
    20622 > 2dlabels #4.10 xpos 0.449 ypos 0.884
    20623 
    20624 > 2dlabels #4.10 xpos 0.470 ypos 0.863
    20625 
    20626 > color Mo magenta
    20627 
    20628 > ui tool show "Show Sequence Viewer"
    20629 
    20630 > sequence chain #3/A #3/D
    20631 
    20632 Alignment identifier is 2 
    20633 
    20634 > show (sel-residues & sidechain) target ab
    20635 
    20636 > hide nearco
    20637 
    20638 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    20639 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    20640 
    20641 > hide Nearco
    20642 
    20643 > hide Yesco
    20644 
    20645 > show NearcocolorR
    20646 
    20647 Drag select of 99 atoms, 85 bonds, 2 pseudobonds 
    20648 
    20649 > name frozen NearcocolorR sel
    20650 
    20651 > name frozen NearcocolorR sel
    20652 
    20653 > show Yesco
    20654 
    20655 > show NearcocolorG
    20656 
    20657 > hide #1.2 models
    20658 
    20659 > hide #1.1 models
    20660 
    20661 > hide #2.2 models
    20662 
    20663 > hide #3.1 models
    20664 
    20665 > help label
    20666 
    20667 > 2dlabels #4.5 xpos 0.733 ypos 0.654
    20668 
    20669 > 2dlabels #4.3 xpos 0.426 ypos 0.650
    20670 
    20671 > 2dlabels #4.3 xpos 0.423 ypos 0.642
    20672 
    20673 > 2dlabels #4.3 xpos 0.412 ypos 0.643
    20674 
    20675 > 2dlabels #4.3 xpos 0.454 ypos 0.694
    20676 
    20677 > color NearcocolorR red
    20678 
    20679 > select clear
    20680 
    20681 > 2dlabels #4.5 xpos 0.729 ypos 0.657
    20682 
    20683 > help arrow
    20684 
    20685 No help found for 'arrow' 
    20686 
    20687 > help arrows
    20688 
    20689 No help found for 'arrows' 
    20690 
    20691 > help 2dlabels
    20692 
    20693 > 2dlabels arrow
    20694 
    20695 No 2D arrows in session 
    20696 
    20697 > show (sel-residues & sidechain) target ab
    20698 
    20699 > hide Yesco
    20700 
    20701 > hide NearcocolorG
    20702 
    20703 Drag select of 102 atoms, 87 bonds 
    20704 
    20705 > name frozen NearcocolorR sel
    20706 
    20707 > name frozen NearcocolorR sel
    20708 
    20709 > color NearcocolorR red
    20710 
    20711 > show Yesco
    20712 
    20713 > show NearcocolorG
    20714 
    20715 > select clear
    20716 
    20717 > ui tool show "Color Actions"
    20718 
    20719 > color V magenta
    20720 
    20721 > color V cyan
    20722 
    20723 > ui tool show "Color Actions"
    20724 
    20725 > color V violet
    20726 
    20727 > save C:\Users\dharr\Desktop\image1.png supersample 3
    20728 
    20729 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Final figure image.cxs"
    20730 
    20731 > label sel text G-356
    20732 
    20733 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Final figure image.cxs"
    20734 
    20735 > help image
    20736 
    20737 No help found for 'image' 
    20738 
    20739 > help images
    20740 
    20741 No help found for 'images' 
    20742 
    20743 > lighting simple
    20744 
    20745 > lighting soft
    20746 
    20747 > lighting full
    20748 
    20749 > lighting simple
    20750 
    20751 > lighting shadows true
    20752 
    20753 > lighting shadows false
    20754 
    20755 > graphics silhouettes true
    20756 
    20757 > graphics silhouettes false
    20758 
    20759 > help 2dlabels
    20760 
    20761 > 2dlabels text homocitrate color black
    20762 
    20763 > show #!4 models
    20764 
    20765 > hide #!4 models
    20766 
    20767 > hide #4.1 models
    20768 
    20769 > hide #4.2 models
    20770 
    20771 > hide #4.3 models
    20772 
    20773 > hide #4.4 models
    20774 
    20775 > hide #4.5 models
    20776 
    20777 > hide #4.7 models
    20778 
    20779 > hide #4.6 models
    20780 
    20781 > hide #4.8 models
    20782 
    20783 > hide #4.9 models
    20784 
    20785 > hide #4.10 models
    20786 
    20787 > hide #4.11 models
    20788 
    20789 > show #4.11 models
    20790 
    20791 > 2dlabels #4.11 xpos 0.696 ypos 0.534
    20792 
    20793 > 2dlabels #4.11 xpos 0.717 ypos 0.574
    20794 
    20795 > 2dlabels #4.11 xpos 0.717 ypos 0.571
    20796 
    20797 > 2dlabels #4.1 bold false
    20798 
    20799 > 2dlabels #4.1 bold true
    20800 
    20801 > 2dlabels #4.11 bold true
    20802 
    20803 > 2dlabels #4.11 bold false
    20804 
    20805 > close #4.11
    20806 
    20807 > select #1/A :HCA
    20808 
    20809 14 atoms, 13 bonds, 1 model selected 
    20810 
    20811 > label sel text homocitrate
    20812 
    20813 > hide #4.1 models
    20814 
    20815 > hide #!4 models
    20816 
    20817 > select clear
    20818 
    20819 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Final figure image.cxs"
    20820 
    20821 > save C:\Users\dharr\Desktop\image2.png supersample 3
    20822 
    20823 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Final figure image.cxs"
    20824 
    20825 opened ChimeraX session 
    20826 
    20827 > show #!4 models
    20828 
    20829 > hide #!4 models
    20830 
    20831 > view name Cofinal
    20832 
    20833 > background black
    20834 
    20835 Unknown command: background black 
    20836 
    20837 > color background black
    20838 
    20839 Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero',
    20840 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', or 'random' or a keyword 
    20841 
    20842 > help background
    20843 
    20844 No help found for 'background' 
    20845 
    20846 > set bgColor black
    20847 
    20848 > labels color white
    20849 
    20850 Unknown command: labels color white 
    20851 
    20852 > help labels
    20853 
    20854 No help found for 'labels' 
    20855 
    20856 > help label
    20857 
    20858 > label color white
    20859 
    20860 > hide #1.3
    20861 
    20862 > cdr browse
    20863 
    20864 Unknown command: cdr browse 
    20865 
    20866 > open Script.cxc
    20867 
    20868 No such file/path: Script.cxc 
    20869 
    20870 > help directory
    20871 
    20872 No help found for 'directory' 
    20873 
    20874 > help save
    20875 
    20876 > cd "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignment"
    20877 
    20878 Current working directory is: C:\Users\dharr\Box\ChimeraX Movie\Alignment 
    20879 
    20880 > open Script.cxc
    20881 
    20882 > view master
    20883 
    20884 > hide #1 cartoons
    20885 
    20886 > hide Mocos
    20887 
    20888 > hide #2 cartoons
    20889 
    20890 > hide Vcos
    20891 
    20892 > hide #3 cartoons
    20893 
    20894 > hide #4
    20895 
    20896 > hide #1 atoms
    20897 
    20898 > hide #2 atoms
    20899 
    20900 > hide #3 atoms
    20901 
    20902 > color #1 sky blue
    20903 
    20904 > color Mocos byelement
    20905 
    20906 > color #2 light green
    20907 
    20908 > color Vcos byelement
    20909 
    20910 > color #3 plum
    20911 
    20912 > hide #1.3
    20913 
    20914 > select clear
    20915 
    20916 > movie record
    20917 
    20918 > wait 50
    20919 
    20920 > crossfade
    20921 
    20922 > show #1 cartoons
    20923 
    20924 > show Mocos
    20925 
    20926 > show #4.1
    20927 
    20928 > show #4.2
    20929 
    20930 > wait 50
    20931 
    20932 > crossfade
    20933 
    20934 > show #2 cartoons
    20935 
    20936 > show Vcos
    20937 
    20938 > show #4.7
    20939 
    20940 > show #4.14
    20941 
    20942 > wait 50
    20943 
    20944 > crossfade
    20945 
    20946 > show #3 cartoons
    20947 
    20948 > show #4.23
    20949 
    20950 > show #4.15
    20951 
    20952 > wait 50
    20953 
    20954 > crossfade
    20955 
    20956 > hide #1 cartoons
    20957 
    20958 > hide Mocos
    20959 
    20960 > hide #4.1
    20961 
    20962 > hide #4.2
    20963 
    20964 > hide #2 cartoons
    20965 
    20966 > hide Vcos
    20967 
    20968 > hide #4.7
    20969 
    20970 > hide #4.14
    20971 
    20972 > hide #3 cartoons
    20973 
    20974 > hide #4.15
    20975 
    20976 > hide #4.23
    20977 
    20978 > wait 50
    20979 
    20980 > view center
    20981 
    20982 > crossfade
    20983 
    20984 > show #1 cartoons
    20985 
    20986 > show Mocos
    20987 
    20988 > show #4.52
    20989 
    20990 > wait 50
    20991 
    20992 > crossfade
    20993 
    20994 > show #2 cartoons
    20995 
    20996 > show Vcos
    20997 
    20998 > show # 4.53
    20999 
    21000 > show #4.55
    21001 
    21002 > wait 50
    21003 
    21004 > crossfade
    21005 
    21006 > show #3 cartoons
    21007 
    21008 > show #4.54
    21009 
    21010 > wait 50
    21011 
    21012 > roll y 1 360
    21013 
    21014 > wait
    21015 
    21016 > roll x 1 360
    21017 
    21018 > wait
    21019 
    21020 > crossfade
    21021 
    21022 > hide #1/B,C,D cartoons
    21023 
    21024 > hide #2/B,C,D,E,F cartoons
    21025 
    21026 > hide #3/B,C,D,E,F cartoons
    21027 
    21028 > hide Pclust
    21029 
    21030 > hide Noco
    21031 
    21032 > wait 50
    21033 
    21034 > crossfade
    21035 
    21036 > view #1/A
    21037 
    21038 > wait 50
    21039 
    21040 > roll -x 1 130
    21041 
    21042 > wait
    21043 
    21044 > roll -z 1 130
    21045 
    21046 > wait
    21047 
    21048 > crossfade 100
    21049 
    21050 > hide #1 cartoons
    21051 
    21052 > hide #2 cartoons
    21053 
    21054 > hide #3 cartoons
    21055 
    21056 > hide Pclust
    21057 
    21058 > hide Noco
    21059 
    21060 > hide #4.52
    21061 
    21062 > hide #4.53
    21063 
    21064 > hide #4.54
    21065 
    21066 > hide #4.55
    21067 
    21068 > hide #1.2
    21069 
    21070 > hide #2.2
    21071 
    21072 > hide #3.1
    21073 
    21074 > wait 100
    21075 
    21076 > crossfade
    21077 
    21078 > view #1/A :ics
    21079 
    21080 > view Masterco
    21081 
    21082 > wait 50
    21083 
    21084 > roll x 1 360
    21085 
    21086 > wait
    21087 
    21088 > roll y 1 360
    21089 
    21090 > wait 410
    21091 
    21092 > crossfade 100
    21093 
    21094 > show Nearco
    21095 
    21096 > wait 1
    21097 
    21098 > hide @CA pseudobonds
    21099 
    21100 > wait 125
    21101 
    21102 > crossfade 100
    21103 
    21104 > color NearcocolorG green
    21105 
    21106 > color NearcocolorR red
    21107 
    21108 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX
    21109 > Movie/Alignment/Align_test9.mp4"
    21110 
    21111 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignment/Align_test9.mp4 
    21112  
    21113 executed Script.cxc 
    21114 
    21115 > save "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Final_with_figure.cxs"
    21116 
    21117 opened ChimeraX session 
    21118 
    21119 > hide #!4 models
    21120 
    21121 > hide Yesco
    21122 
    21123 > hide NearcocolorG
    21124 
    21125 Drag select of 138 atoms, 3 pseudobonds, 117 bonds 
    21126 
    21127 > name frozen NearcocolorR sel
    21128 
    21129 > name frozen NearcocolorR sel
    21130 
    21131 > color NearcocolorR red
    21132 
    21133 > select clear
    21134 
    21135 > hide @CA pseudobonds
    21136 
    21137 > open Script.cxc
    21138 
    21139 > view master
    21140 
    21141 > hide #1 cartoons
    21142 
    21143 > hide Mocos
    21144 
    21145 > hide #2 cartoons
    21146 
    21147 > hide Vcos
    21148 
    21149 > color Mo magenta
    21150 
    21151 > color V pink
    21152 
    21153 > hide #3 cartoons
    21154 
    21155 > hide #4
    21156 
    21157 > hide #1 atoms
    21158 
    21159 > hide #2 atoms
    21160 
    21161 > hide #3 atoms
    21162 
    21163 > color #1 sky blue
    21164 
    21165 > color Mocos byelement
    21166 
    21167 > color #2 light green
    21168 
    21169 > color Vcos byelement
    21170 
    21171 > color #3 plum
    21172 
    21173 > hide #1.3
    21174 
    21175 > select clear
    21176 
    21177 > movie record
    21178 
    21179 > wait 50
    21180 
    21181 > crossfade
    21182 
    21183 > show #1 cartoons
    21184 
    21185 > show Mocos
    21186 
    21187 > show #4.1
    21188 
    21189 > show #4.2
    21190 
    21191 > wait 50
    21192 
    21193 > crossfade
    21194 
    21195 > show #2 cartoons
    21196 
    21197 > show Vcos
    21198 
    21199 > show #4.3
    21200 
    21201 > show #4.4
    21202 
    21203 > wait 50
    21204 
    21205 > crossfade
    21206 
    21207 > show #3 cartoons
    21208 
    21209 > show #4.5
    21210 
    21211 > show #4.6
    21212 
    21213 > wait 50
    21214 
    21215 > crossfade
    21216 
    21217 > hide #1 cartoons
    21218 
    21219 > hide Mocos
    21220 
    21221 > hide #4.1
    21222 
    21223 > hide #4.2
    21224 
    21225 > hide #2 cartoons
    21226 
    21227 > hide Vcos
    21228 
    21229 > hide #4.3
    21230 
    21231 > hide #4.4
    21232 
    21233 > hide #3 cartoons
    21234 
    21235 > hide #4.5
    21236 
    21237 > hide #4.6
    21238 
    21239 > wait 50
    21240 
    21241 > view center
    21242 
    21243 > crossfade
    21244 
    21245 > show #1 cartoons
    21246 
    21247 > show Mocos
    21248 
    21249 > show #4.7
    21250 
    21251 > wait 50
    21252 
    21253 > crossfade
    21254 
    21255 > show #2 cartoons
    21256 
    21257 > show Vcos
    21258 
    21259 > show # 4.8
    21260 
    21261 > show #4.10
    21262 
    21263 > wait 50
    21264 
    21265 > crossfade
    21266 
    21267 > show #3 cartoons
    21268 
    21269 > show #4.9
    21270 
    21271 > wait 50
    21272 
    21273 > roll y 1 360
    21274 
    21275 > wait
    21276 
    21277 > roll x 1 360
    21278 
    21279 > wait
    21280 
    21281 > crossfade
    21282 
    21283 > hide #1/B,C,D cartoons
    21284 
    21285 > hide #2/B,C,D,E,F cartoons
    21286 
    21287 > hide #3/B,C,D,E,F cartoons
    21288 
    21289 > hide Pclust
    21290 
    21291 > hide Noco
    21292 
    21293 > wait 50
    21294 
    21295 > crossfade
    21296 
    21297 > view #1/A
    21298 
    21299 > wait 50
    21300 
    21301 > roll -x 1 130
    21302 
    21303 > wait
    21304 
    21305 > roll -z 1 130
    21306 
    21307 > wait
    21308 
    21309 > crossfade
    21310 
    21311 > mmaker #2 to #1
    21312 
    21313 Parameters 
    21314 --- 
    21315 Chain pairing | bb 
    21316 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    21317 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    21318 SS fraction | 0.3 
    21319 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    21320 Gap extend | 1 
    21321 SS matrix |  |  | H | S | O 
    21322 ---|---|---|--- 
    21323 H | 6 | -9 | -6 
    21324 S |  | 6 | -6 
    21325 O |  |  | 4 
    21326 Iteration cutoff | 2 
    21327  
    21328 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with 5n6y, chain A (#2), sequence alignment
    21329 score = 1047.6 
    21330 RMSD between 375 pruned atom pairs is 0.968 angstroms; (across all 450 pairs:
    21331 2.998) 
    21332  
    21333 
    21334 > wait 50
    21335 
    21336 > crossfade
    21337 
    21338 > mmaker #3 to #1
    21339 
    21340 Parameters 
    21341 --- 
    21342 Chain pairing | bb 
    21343 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    21344 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    21345 SS fraction | 0.3 
    21346 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    21347 Gap extend | 1 
    21348 SS matrix |  |  | H | S | O 
    21349 ---|---|---|--- 
    21350 H | 6 | -9 | -6 
    21351 S |  | 6 | -6 
    21352 O |  |  | 4 
    21353 Iteration cutoff | 2 
    21354  
    21355 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    21356 D (#3), sequence alignment score = 987.1 
    21357 RMSD between 373 pruned atom pairs is 0.975 angstroms; (across all 451 pairs:
    21358 3.034) 
    21359  
    21360 
    21361 > wait 50
    21362 
    21363 > crossfade 100
    21364 
    21365 > hide #1 cartoons
    21366 
    21367 > hide #2 cartoons
    21368 
    21369 > hide #3 cartoons
    21370 
    21371 > hide Pclust
    21372 
    21373 > hide Noco
    21374 
    21375 > hide #4.7
    21376 
    21377 > hide #4.8
    21378 
    21379 > hide #4.9
    21380 
    21381 > hide #4.10
    21382 
    21383 > wait 100
    21384 
    21385 > crossfade
    21386 
    21387 > view #1/A :ics
    21388 
    21389 > view Cofinal
    21390 
    21391 > wait 50
    21392 
    21393 > roll x 1 360
    21394 
    21395 > wait
    21396 
    21397 > roll y 1 360
    21398 
    21399 > wait 410
    21400 
    21401 > crossfade 50
    21402 
    21403 > show Nearco
    21404 
    21405 > wait 1
    21406 
    21407 > hide @CA pseudobonds
    21408 
    21409 > wait 100
    21410 
    21411 > crossfade 50
    21412 
    21413 > color NearcocolorG green
    21414 
    21415 > color NearcocolorR red
    21416 
    21417 > wait 50
    21418 
    21419 > roll x 1 360
    21420 
    21421 > wait
    21422 
    21423 > roll y 1 360
    21424 
    21425 > wait 410
    21426 
    21427 > crossfade
    21428 
    21429 > show #1.3
    21430 
    21431 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX
    21432 > Movie/Alignment/Video_final1"
    21433 
    21434 Unrecognized movie file suffix Video_final1, use *.ogv, *.avi, *.mp4, *.wmv,
    21435 *.webm, *.mov 
    21436 
    21437 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX
    21438 > Movie/Alignment/Video_final1.mp4"
    21439 
    21440 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignment/Video_final1.mp4 
    21441  
    21442 
    21443 > view master
    21444 
    21445 > hide #1.3
    21446 
    21447 > show #1 cartoons
    21448 
    21449 > show #2 cartoons
    21450 
    21451 > show #3 cartoons
    21452 
    21453 > show #4.1 models
    21454 
    21455 > show #4.2 models
    21456 
    21457 > show #4.3 models
    21458 
    21459 > show #4.4 models
    21460 
    21461 > show #4.5 models
    21462 
    21463 > show #4.6 models
    21464 
    21465 > show #4.7 models
    21466 
    21467 > show #4.8 models
    21468 
    21469 > show #4.9 models
    21470 
    21471 > show #4.10 models
    21472 
    21473 > view master
    21474 
    21475 > ui mousemode right "move label"
    21476 
    21477 > 2dlabels #4.3 xpos 0.422 ypos 0.656
    21478 
    21479 > 2dlabels #4.5 xpos 0.732 ypos 0.654
    21480 
    21481 > view center
    21482 
    21483 > 2dlabels #4.10 text 'Alignment of all three
    21484 
    21485 Invalid "text" argument: incomplete quoted text 
    21486 
    21487 > 2dlabels #4.10 text "Alignment of all three"
    21488 
    21489 > 2dlabels #4.10 xpos 0.322 ypos 0.854
    21490 
    21491 > help 2dlabel
    21492 
    21493 > ui tool show "Color Actions"
    21494 
    21495 > 2dlabels text "Alignment of α subunit" font arial size 40 bold true color
    21496 > burly wood
    21497 
    21498 > 2dlabels #4.11 xpos 0.322 ypos 0.854
    21499 
    21500 > hide #!4 models
    21501 
    21502 > crossfade
    21503 
    21504 > hide #1/B,C,D cartoons
    21505 
    21506 > hide #2/B,C,D,E,F cartoons
    21507 
    21508 > hide #3/B,C,D,E,F cartoons
    21509 
    21510 > hide Pclust
    21511 
    21512 > hide Noco
    21513 
    21514 > wait 50
    21515 
    21516 > crossfade
    21517 
    21518 > view #1/A
    21519 
    21520 > wait 50
    21521 
    21522 > roll -x 1 130
    21523 
    21524 > wait
    21525 
    21526 > roll -z 1 130
    21527 
    21528 > wait
    21529 
    21530 > crossfade
    21531 
    21532 > mmaker #2 to #1
    21533 
    21534 Parameters 
    21535 --- 
    21536 Chain pairing | bb 
    21537 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    21538 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    21539 SS fraction | 0.3 
    21540 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    21541 Gap extend | 1 
    21542 SS matrix |  |  | H | S | O 
    21543 ---|---|---|--- 
    21544 H | 6 | -9 | -6 
    21545 S |  | 6 | -6 
    21546 O |  |  | 4 
    21547 Iteration cutoff | 2 
    21548  
    21549 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with 5n6y, chain A (#2), sequence alignment
    21550 score = 1047.6 
    21551 RMSD between 375 pruned atom pairs is 0.968 angstroms; (across all 450 pairs:
    21552 2.998) 
    21553  
    21554 
    21555 > wait 50
    21556 
    21557 > crossfade
    21558 
    21559 > mmaker #3 to #1
    21560 
    21561 Parameters 
    21562 --- 
    21563 Chain pairing | bb 
    21564 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    21565 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    21566 SS fraction | 0.3 
    21567 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    21568 Gap extend | 1 
    21569 SS matrix |  |  | H | S | O 
    21570 ---|---|---|--- 
    21571 H | 6 | -9 | -6 
    21572 S |  | 6 | -6 
    21573 O |  |  | 4 
    21574 Iteration cutoff | 2 
    21575  
    21576 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    21577 D (#3), sequence alignment score = 987.1 
    21578 RMSD between 373 pruned atom pairs is 0.975 angstroms; (across all 451 pairs:
    21579 3.034) 
    21580  
    21581 
    21582 > wait 50
    21583 
    21584 > show #1 cartoons
    21585 
    21586 > show #2 cartoons
    21587 
    21588 > show #3 cartoons
    21589 
    21590 > crossfade
    21591 
    21592 > hide #1/B,C,D cartoons
    21593 
    21594 > hide #2/B,C,D,E,F cartoons
    21595 
    21596 > hide #3/B,C,D,E,F cartoons
    21597 
    21598 > hide Pclust
    21599 
    21600 > hide Noco
    21601 
    21602 > wait 50
    21603 
    21604 > mmaker #3/A to #1/A
    21605 
    21606 Parameters 
    21607 --- 
    21608 Chain pairing | bb 
    21609 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    21610 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    21611 SS fraction | 0.3 
    21612 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    21613 Gap extend | 1 
    21614 SS matrix |  |  | H | S | O 
    21615 ---|---|---|--- 
    21616 H | 6 | -9 | -6 
    21617 S |  | 6 | -6 
    21618 O |  |  | 4 
    21619 Iteration cutoff | 2 
    21620  
    21621 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    21622 A (#3), sequence alignment score = 984.1 
    21623 RMSD between 378 pruned atom pairs is 0.973 angstroms; (across all 451 pairs:
    21624 3.031) 
    21625  
    21626 
    21627 > crossfade 100
    21628 
    21629 > hide #1 cartoons
    21630 
    21631 > hide #2 cartoons
    21632 
    21633 > hide #3 cartoons
    21634 
    21635 > hide Pclust
    21636 
    21637 > hide Noco
    21638 
    21639 > hide #4.7
    21640 
    21641 > hide #4.8
    21642 
    21643 > hide #4.9
    21644 
    21645 > hide #4.10
    21646 
    21647 > wait 100
    21648 
    21649 > 2dlabels #4.10 text "Global alignment of all three"
    21650 
    21651 > hide #4.10 models
    21652 
    21653 > show #4.10 models
    21654 
    21655 > view center
    21656 
    21657 > show #2 cartoons
    21658 
    21659 > 2dlabels #4.10 xpos 0.280 ypos 0.853
    21660 
    21661 > view Cofinal
    21662 
    21663 > hide #2 cartoons
    21664 
    21665 > show #1.3 models
    21666 
    21667 > ui tool show "Show Sequence Viewer"
    21668 
    21669 > sequence chain #2/A #2/D
    21670 
    21671 Alignment identifier is 1 
    21672 
    21673 > sequence chain #3/A #3/D
    21674 
    21675 Alignment identifier is 2 
    21676 
    21677 > show (sel-residues & sidechain) target ab
    21678 
    21679 > show (sel-residues & sidechain) target ab
    21680 
    21681 > hide Yesco
    21682 
    21683 > hide NearcocolorG
    21684 
    21685 > hide #!4 models
    21686 
    21687 > hide #1.3 models
    21688 
    21689 Drag select of 95 atoms, 79 bonds, 2 pseudobonds 
    21690 
    21691 > name frozen NearcocolorR sel
    21692 
    21693 > name frozen NearcocolorR sel
    21694 
    21695 > name frozen NearcocolorR sel
    21696 
    21697 > color NearcocolorR red
    21698 
    21699 > select clear
    21700 
    21701 > open Script.cxc
    21702 
    21703 > view master
    21704 
    21705 > hide #1 cartoons
    21706 
    21707 > hide Mocos
    21708 
    21709 > hide #2 cartoons
    21710 
    21711 > hide Vcos
    21712 
    21713 > hide #3 cartoons
    21714 
    21715 > hide #4
    21716 
    21717 > hide #1 atoms
    21718 
    21719 > hide #2 atoms
    21720 
    21721 > hide #3 atoms
    21722 
    21723 > color #1 sky blue
    21724 
    21725 > color Mocos byelement
    21726 
    21727 > color #2 light green
    21728 
    21729 > color Vcos byelement
    21730 
    21731 > color Mo magenta
    21732 
    21733 > color V pink
    21734 
    21735 > color #3 plum
    21736 
    21737 > hide #1.3
    21738 
    21739 > select clear
    21740 
    21741 > movie record
    21742 
    21743 > wait 50
    21744 
    21745 > crossfade
    21746 
    21747 > show #1 cartoons
    21748 
    21749 > show Mocos
    21750 
    21751 > show #4.1
    21752 
    21753 > show #4.2
    21754 
    21755 > wait 50
    21756 
    21757 > crossfade
    21758 
    21759 > show #2 cartoons
    21760 
    21761 > show Vcos
    21762 
    21763 > show #4.3
    21764 
    21765 > show #4.4
    21766 
    21767 > wait 50
    21768 
    21769 > crossfade
    21770 
    21771 > show #3 cartoons
    21772 
    21773 > show #4.5
    21774 
    21775 > show #4.6
    21776 
    21777 > wait 50
    21778 
    21779 > crossfade
    21780 
    21781 > hide #1 cartoons
    21782 
    21783 > hide Mocos
    21784 
    21785 > hide #4.1
    21786 
    21787 > hide #4.2
    21788 
    21789 > hide #2 cartoons
    21790 
    21791 > hide Vcos
    21792 
    21793 > hide #4.3
    21794 
    21795 > hide #4.4
    21796 
    21797 > hide #3 cartoons
    21798 
    21799 > hide #4.5
    21800 
    21801 > hide #4.6
    21802 
    21803 > wait 50
    21804 
    21805 > view center
    21806 
    21807 > crossfade
    21808 
    21809 > show #1 cartoons
    21810 
    21811 > show Mocos
    21812 
    21813 > show #4.7
    21814 
    21815 > wait 50
    21816 
    21817 > crossfade
    21818 
    21819 > show #2 cartoons
    21820 
    21821 > show Vcos
    21822 
    21823 > show # 4.8
    21824 
    21825 > show #4.10
    21826 
    21827 > wait 50
    21828 
    21829 > crossfade
    21830 
    21831 > show #3 cartoons
    21832 
    21833 > show #4.9
    21834 
    21835 > wait 50
    21836 
    21837 > roll y 1 360
    21838 
    21839 > wait
    21840 
    21841 > roll x 1 360
    21842 
    21843 > wait
    21844 
    21845 > crossfade
    21846 
    21847 > hide #1/B,C,D cartoons
    21848 
    21849 > hide #2/B,C,D,E,F cartoons
    21850 
    21851 > hide #3/B,C,D,E,F cartoons
    21852 
    21853 > hide Pclust
    21854 
    21855 > hide Noco
    21856 
    21857 > wait 50
    21858 
    21859 > crossfade
    21860 
    21861 > view #1/A
    21862 
    21863 > wait 50
    21864 
    21865 > roll -x 1 130
    21866 
    21867 > wait
    21868 
    21869 > roll -z 1 130
    21870 
    21871 > wait
    21872 
    21873 > crossfade
    21874 
    21875 > show #4.11
    21876 
    21877 > crossfade
    21878 
    21879 > mmaker #2 to #1
    21880 
    21881 Parameters 
    21882 --- 
    21883 Chain pairing | bb 
    21884 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    21885 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    21886 SS fraction | 0.3 
    21887 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    21888 Gap extend | 1 
    21889 SS matrix |  |  | H | S | O 
    21890 ---|---|---|--- 
    21891 H | 6 | -9 | -6 
    21892 S |  | 6 | -6 
    21893 O |  |  | 4 
    21894 Iteration cutoff | 2 
    21895  
    21896 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with 5n6y, chain A (#2), sequence alignment
    21897 score = 1047.6 
    21898 RMSD between 375 pruned atom pairs is 0.968 angstroms; (across all 450 pairs:
    21899 2.998) 
    21900  
    21901 
    21902 > wait 50
    21903 
    21904 > crossfade
    21905 
    21906 > mmaker #3 to #1
    21907 
    21908 Parameters 
    21909 --- 
    21910 Chain pairing | bb 
    21911 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    21912 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    21913 SS fraction | 0.3 
    21914 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    21915 Gap extend | 1 
    21916 SS matrix |  |  | H | S | O 
    21917 ---|---|---|--- 
    21918 H | 6 | -9 | -6 
    21919 S |  | 6 | -6 
    21920 O |  |  | 4 
    21921 Iteration cutoff | 2 
    21922  
    21923 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    21924 D (#3), sequence alignment score = 987.1 
    21925 RMSD between 373 pruned atom pairs is 0.975 angstroms; (across all 451 pairs:
    21926 3.034) 
    21927  
    21928 
    21929 > wait 50
    21930 
    21931 > crossfade 100
    21932 
    21933 > hide #1 cartoons
    21934 
    21935 > hide #2 cartoons
    21936 
    21937 > hide #3 cartoons
    21938 
    21939 > hide Pclust
    21940 
    21941 > hide Noco
    21942 
    21943 > hide #4.7
    21944 
    21945 > hide #4.8
    21946 
    21947 > hide #4.9
    21948 
    21949 > hide #4.10
    21950 
    21951 > hide #4.11
    21952 
    21953 > wait 100
    21954 
    21955 > crossfade
    21956 
    21957 > view #1/A :ics
    21958 
    21959 > view Cofinal
    21960 
    21961 > wait 50
    21962 
    21963 > roll x 1 360
    21964 
    21965 > wait
    21966 
    21967 > roll y 1 360
    21968 
    21969 > wait 410
    21970 
    21971 > crossfade 50
    21972 
    21973 > show Nearco
    21974 
    21975 > show NearcocolorG
    21976 
    21977 > show NearcocolorR
    21978 
    21979 > wait 1
    21980 
    21981 > hide @CA pseudobonds
    21982 
    21983 > wait 100
    21984 
    21985 > crossfade 50
    21986 
    21987 > color NearcocolorG green
    21988 
    21989 > color NearcocolorR red
    21990 
    21991 > wait 50
    21992 
    21993 > roll x 1 360
    21994 
    21995 > wait
    21996 
    21997 > roll y 1 360
    21998 
    21999 > wait 410
    22000 
    22001 > crossfade
    22002 
    22003 > show #1.3
    22004 
    22005 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX
    22006 > Movie/Alignment/Video_final2.mp4"
    22007 
    22008 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignment/Video_final2.mp4 
    22009  
    22010 executed Script.cxc 
    22011 
    22012 > hide all
    22013 
    22014 > show Nearco
    22015 
    22016 > show NearcocolorR
    22017 
    22018 > show NearcocolorG
    22019 
    22020 > show Yesco
    22021 
    22022 > show Nearco
    22023 
    22024 > show (sel-residues & sidechain) target ab
    22025 
    22026 > select clear
    22027 
    22028 > hide Yesco
    22029 
    22030 > hide NearcocolorG
    22031 
    22032 > hide #1.3
    22033 
    22034 Drag select of 102 atoms, 86 bonds, 2 pseudobonds 
    22035 
    22036 > name frozen NearcocolorR sel
    22037 
    22038 > name frozen NearcocolorR sel
    22039 
    22040 > name frozen NearcocolorR sel
    22041 
    22042 > name frozen NearcocolorR sel
    22043 
    22044 > hide NearcocolorR
    22045 
    22046 > show NearcocolorR
    22047 
    22048 > color NearcocolorR red
    22049 
    22050 > show NearcocolorG
    22051 
    22052 > show Yesco
    22053 
    22054 > show #1.3
    22055 
    22056 > show #3/D
    22057 
    22058 > mmaker #3/A to #1
    22059 
    22060 Parameters 
    22061 --- 
    22062 Chain pairing | bb 
    22063 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    22064 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    22065 SS fraction | 0.3 
    22066 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    22067 Gap extend | 1 
    22068 SS matrix |  |  | H | S | O 
    22069 ---|---|---|--- 
    22070 H | 6 | -9 | -6 
    22071 S |  | 6 | -6 
    22072 O |  |  | 4 
    22073 Iteration cutoff | 2 
    22074  
    22075 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    22076 A (#3), sequence alignment score = 984.1 
    22077 RMSD between 378 pruned atom pairs is 0.973 angstroms; (across all 451 pairs:
    22078 3.031) 
    22079  
    22080 
    22081 > select clear
    22082 
    22083 > view Masterco
    22084 
    22085 > view Cofinal
    22086 
    22087 > view Masterco
    22088 
    22089 > mmaker #2 to #1
    22090 
    22091 Parameters 
    22092 --- 
    22093 Chain pairing | bb 
    22094 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    22095 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    22096 SS fraction | 0.3 
    22097 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    22098 Gap extend | 1 
    22099 SS matrix |  |  | H | S | O 
    22100 ---|---|---|--- 
    22101 H | 6 | -9 | -6 
    22102 S |  | 6 | -6 
    22103 O |  |  | 4 
    22104 Iteration cutoff | 2 
    22105  
    22106 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with 5n6y, chain A (#2), sequence alignment
    22107 score = 1047.6 
    22108 RMSD between 375 pruned atom pairs is 0.968 angstroms; (across all 450 pairs:
    22109 2.998) 
    22110  
    22111 
    22112 > mmaker #3 to #1
    22113 
    22114 Parameters 
    22115 --- 
    22116 Chain pairing | bb 
    22117 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    22118 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    22119 SS fraction | 0.3 
    22120 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    22121 Gap extend | 1 
    22122 SS matrix |  |  | H | S | O 
    22123 ---|---|---|--- 
    22124 H | 6 | -9 | -6 
    22125 S |  | 6 | -6 
    22126 O |  |  | 4 
    22127 Iteration cutoff | 2 
    22128  
    22129 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    22130 D (#3), sequence alignment score = 987.1 
    22131 RMSD between 373 pruned atom pairs is 0.975 angstroms; (across all 451 pairs:
    22132 3.034) 
    22133  
    22134 
    22135 > view Cofinal
    22136 
    22137 > hide #3 cartoons
    22138 
    22139 > hide #3
    22140 
    22141 > mmaker #3/A to #1
    22142 
    22143 Parameters 
    22144 --- 
    22145 Chain pairing | bb 
    22146 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    22147 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    22148 SS fraction | 0.3 
    22149 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    22150 Gap extend | 1 
    22151 SS matrix |  |  | H | S | O 
    22152 ---|---|---|--- 
    22153 H | 6 | -9 | -6 
    22154 S |  | 6 | -6 
    22155 O |  |  | 4 
    22156 Iteration cutoff | 2 
    22157  
    22158 Matchmaker 3u7q, chain A (#1) with FeN2ase Model Swiss Model VN2ase.pdb, chain
    22159 A (#3), sequence alignment score = 984.1 
    22160 RMSD between 378 pruned atom pairs is 0.973 angstroms; (across all 451 pairs:
    22161 3.031) 
    22162  
    22163 
    22164 > show #3
    22165 
    22166 > show Nearco
    22167 
    22168 > hide #3
    22169 
    22170 > show Nearco
    22171 
    22172 > show #3
    22173 
    22174 > hide #3
    22175 
    22176 > show Nearco
    22177 
    22178 > hide Yesco
    22179 
    22180 > hide NearcocolorG
    22181 
    22182 > hide #1.3
    22183 
    22184 Drag select of 139 atoms, 117 bonds, 3 pseudobonds 
    22185 
    22186 > name frozen NearcocolorR sel
    22187 
    22188 > name frozen NearcocolorR sel
    22189 
    22190 > color NearcocolorR red
    22191 
    22192 > show Yesco
    22193 
    22194 > show NearcocolorG
    22195 
    22196 > show #1.3
    22197 
    22198 > setattr #1 model autochain false
    22199 
    22200 Assigning autochain attribute to 4 items 
    22201 Not creating attribute 'autochain'; use 'create true' to override 
    22202 
    22203 > setattr #1 model autochain create false
    22204 
    22205 Expected a keyword 
    22206 
    22207 > setattr #1 autochain create false
    22208 
    22209 Unknown attribute target: 'autochain' 
    22210 
    22211 > setattr #1 model autochain false
    22212 
    22213 Assigning autochain attribute to 4 items 
    22214 Not creating attribute 'autochain'; use 'create true' to override 
    22215 
    22216 > setattr #2 autochain create false
    22217 
    22218 Unknown attribute target: 'autochain' 
    22219 
    22220 > setattr #2 model chain trace create false
    22221 
    22222 Assigning chain attribute to 3 items 
    22223 Not creating attribute 'chain'; use 'create true' to override 
    22224 
    22225 > setattr #1.2 create false
    22226 
    22227 Missing or invalid "attrValue" argument: Expected an integer, a number, true
    22228 or false, or a text string 
    22229 
    22230 > setattr #1.2 model create false
    22231 
    22232 Assigning create attribute to 1 item 
    22233 Not creating attribute 'create'; use 'create true' to override 
    22234 
    22235 > setattr #1 model pseudobonds create false
    22236 
    22237 Expected a keyword 
    22238 
    22239 > setattr #1 model pseudobonds false
    22240 
    22241 Assigning pseudobonds attribute to 4 items 
    22242 Not creating attribute 'pseudobonds'; use 'create true' to override 
    22243 
    22244 > setattr #1 model autochain
    22245 
    22246 Missing or invalid "attrValue" argument: Expected an integer, a number, true
    22247 or false, or a text string 
    22248 
    22249 > setattr #1 model autochain true
    22250 
    22251 Assigning autochain attribute to 4 items 
    22252 Not creating attribute 'autochain'; use 'create true' to override 
    22253 
    22254 > setattr #1 model autochain false
    22255 
    22256 Assigning autochain attribute to 4 items 
    22257 Not creating attribute 'autochain'; use 'create true' to override 
    22258 
    22259 > setattr #2 model autochain false
    22260 
    22261 Assigning autochain attribute to 3 items 
    22262 Not creating attribute 'autochain'; use 'create true' to override 
    22263 
    22264 > setattr #3 model autochain false
    22265 
    22266 Assigning autochain attribute to 2 items 
    22267 Not creating attribute 'autochain'; use 'create true' to override 
    22268 
    22269 > hide NearcocolorR
    22270 
    22271 > hide NearcocolorG
    22272 
    22273 > show NearcocolorR
    22274 
    22275 > show NearcocolorG
    22276 
    22277 > open Script.cxc
    22278 
    22279 > view master
    22280 
    22281 > hide #1 cartoons
    22282 
    22283 > hide Mocos
    22284 
    22285 > hide #2 cartoons
    22286 
    22287 > hide Vcos
    22288 
    22289 > hide #3 cartoons
    22290 
    22291 > hide #4
    22292 
    22293 > hide #1 atoms
    22294 
    22295 > hide #2 atoms
    22296 
    22297 > hide #3 atoms
    22298 
    22299 > color #1 sky blue
    22300 
    22301 > color Mocos byelement
    22302 
    22303 > color #2 light green
    22304 
    22305 > color Vcos byelement
    22306 
    22307 > color Mo magenta
    22308 
    22309 > color V pink
    22310 
    22311 > color #3 plum
    22312 
    22313 > hide #1.3
    22314 
    22315 > select clear
    22316 
    22317 > movie record
    22318 
    22319 > wait 50
    22320 
    22321 > crossfade
    22322 
    22323 > show #1 cartoons
    22324 
    22325 > show Mocos
    22326 
    22327 > show #4.1
    22328 
    22329 > show #4.2
    22330 
    22331 > wait 50
    22332 
    22333 > crossfade
    22334 
    22335 > show #2 cartoons
    22336 
    22337 > show Vcos
    22338 
    22339 > show #4.3
    22340 
    22341 > show #4.4
    22342 
    22343 > wait 50
    22344 
    22345 > crossfade
    22346 
    22347 > show #3 cartoons
    22348 
    22349 > show #4.5
    22350 
    22351 > show #4.6
    22352 
    22353 > wait 50
    22354 
    22355 > crossfade
    22356 
    22357 > hide #1 cartoons
    22358 
    22359 > hide Mocos
    22360 
    22361 > hide #4.1
    22362 
    22363 > hide #4.2
    22364 
    22365 > hide #2 cartoons
    22366 
    22367 > hide Vcos
    22368 
    22369 > hide #4.3
    22370 
    22371 > hide #4.4
    22372 
    22373 > hide #3 cartoons
    22374 
    22375 > hide #4.5
    22376 
    22377 > hide #4.6
    22378 
    22379 > wait 50
    22380 
    22381 > view center
    22382 
    22383 > crossfade
    22384 
    22385 > show #1 cartoons
    22386 
    22387 > show Mocos
    22388 
    22389 > show #4.7
    22390 
    22391 > wait 50
    22392 
    22393 > crossfade
    22394 
    22395 > show #2 cartoons
    22396 
    22397 > show Vcos
    22398 
    22399 > show # 4.8
    22400 
    22401 > show #4.10
    22402 
    22403 > wait 50
    22404 
    22405 > crossfade
    22406 
    22407 > show #3 cartoons
    22408 
    22409 > show #4.9
    22410 
    22411 > wait 50
    22412 
    22413 > roll y 1 360
    22414 
    22415 > wait
    22416 
    22417 > roll x 1 360
    22418 
    22419 > wait
    22420 
    22421 > crossfade
    22422 
    22423 > hide #1/B,C,D cartoons
    22424 
    22425 > hide #2/B,C,D,E,F cartoons
    22426 
    22427 > hide #3/B,C,D,E,F cartoons
    22428 
    22429 > hide 4.10;hide Pclust;hide Noco;wait 50
    22430 
    22431 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    22432 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    22433 
    22434 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX
    22435 > Movie/Alignment/throwaway.mp4"
    22436 
    22437 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignment/throwaway.mp4 
    22438  
    22439 
    22440 > open Script.cxc
    22441 
    22442 > view master
    22443 
    22444 > hide #1 cartoons
    22445 
    22446 > hide Mocos
    22447 
    22448 > hide #2 cartoons
    22449 
    22450 > hide Vcos
    22451 
    22452 > hide #3 cartoons
    22453 
    22454 > hide #4
    22455 
    22456 > hide #1 atoms
    22457 
    22458 > hide #2 atoms
    22459 
    22460 > hide #3 atoms
    22461 
    22462 > color #1 sky blue
    22463 
    22464 > color Mocos byelement
    22465 
    22466 > color #2 light green
    22467 
    22468 > color Vcos byelement
    22469 
    22470 > color Mo magenta
    22471 
    22472 > color V pink
    22473 
    22474 > color #3 plum
    22475 
    22476 > hide #1.3
    22477 
    22478 > select clear
    22479 
    22480 > movie record
    22481 
    22482 > wait 50
    22483 
    22484 > crossfade
    22485 
    22486 > show #1 cartoons
    22487 
    22488 > show Mocos
    22489 
    22490 > show #4.1
    22491 
    22492 > show #4.2
    22493 
    22494 > wait 50
    22495 
    22496 > crossfade
    22497 
    22498 > show #2 cartoons
    22499 
    22500 > show Vcos
    22501 
    22502 > show #4.3
    22503 
    22504 > show #4.4
    22505 
    22506 > wait 50
    22507 
    22508 > crossfade
    22509 
    22510 > show #3 cartoons
    22511 
    22512 > show #4.5
    22513 
    22514 > show #4.6
    22515 
    22516 > wait 50
    22517 
    22518 > crossfade
    22519 
    22520 > hide #1 cartoons
    22521 
    22522 > hide Mocos
    22523 
    22524 > hide #4.1
    22525 
    22526 > hide #4.2
    22527 
    22528 > hide #2 cartoons
    22529 
    22530 > hide Vcos
    22531 
    22532 > hide #4.3
    22533 
    22534 > hide #4.4
    22535 
    22536 > hide #3 cartoons
    22537 
    22538 > hide #4.5
    22539 
    22540 > hide #4.6
    22541 
    22542 > wait 50
    22543 
    22544 > view center
    22545 
    22546 > crossfade
    22547 
    22548 > show #1 cartoons
    22549 
    22550 > show Mocos
    22551 
    22552 > show #4.7
    22553 
    22554 > wait 50
    22555 
    22556 > crossfade
    22557 
    22558 > show #2 cartoons
    22559 
    22560 > show Vcos
    22561 
    22562 > show # 4.8
    22563 
    22564 > show #4.10
    22565 
    22566 > wait 50
    22567 
    22568 > crossfade
    22569 
    22570 > show #3 cartoons
    22571 
    22572 > show #4.9
    22573 
    22574 > wait 50
    22575 
    22576 > roll y 1 360
    22577 
    22578 > wait
    22579 
    22580 > roll x 1 360
    22581 
    22582 > wait
    22583 
    22584 > crossfade
    22585 
    22586 > hide #1/B,C,D cartoons
    22587 
    22588 > hide #2/B,C,D,E,F cartoons
    22589 
    22590 > hide #3/B,C,D,E,F cartoons
    22591 
    22592 > hide 4.10;hide Pclust;hide Noco;wait 50
    22593 
    22594 Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models',
    22595 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword 
    22596 
    22597 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignment/throwaway2"
    22598 
    22599 Unrecognized movie file suffix throwaway2, use *.ogv, *.avi, *.mp4, *.wmv,
    22600 *.webm, *.mov 
    22601 
    22602 > movie encode output "C:/Users/dharr/Box/ChimeraX
    22603 > Movie/Alignment/throwaway2.mp4"
    22604 
    22605 Movie saved to C:/Users/dharr/Box/ChimeraX Movie/Alignment/throwaway2.mp4 
    22606  
    22607 
    22608 > open Script.cxc
    22609 
    22610 > view master
    22611 
    22612 > hide #1 cartoons
    22613 
    22614 > hide Mocos
    22615 
    22616 > hide #2 cartoons
    22617 
    22618 > hide Vcos
    22619 
    22620 > hide #3 cartoons
    22621 
    22622 > hide #4
    22623 
    22624 > hide #1 atoms
    22625 
    22626 > hide #2 atoms
    22627 
    22628 > hide #3 atoms
    22629 
    22630 > color #1 sky blue
    22631 
    22632 > color Mocos byelement
    22633 
    22634 > color #2 light green
    22635 
    22636 > color Vcos byelement
    22637 
    22638 > color Mo magenta
    22639 
    22640 > color V pink
    22641 
    22642 > color #3 plum
    22643 
    22644 > hide #1.3
    22645 
    22646 > select clear
    22647 
    22648 > movie record
    22649 
    22650 > wait 50
    22651 
    22652 > crossfade
    22653 
    22654 > show #1 cartoons
    22655 
    22656 > show Mocos
    22657 
    22658 > show #4.1
    22659 
    22660 > show #4.2
    22661 
    22662 > wait 50
    22663 
    22664 > crossfade
    22665 
    22666 > show #2 cartoons
    22667 
    22668 > show Vcos
    22669 
    22670 > show #4.3
    22671 
    22672 > show #4.4
    22673 
    22674 > wait 50
    22675 
    22676 > crossfade
    22677 
    22678 > show #3 cartoons
    22679 
    22680 > show #4.5
    22681 
    22682 > show #4.6
    22683 
    22684 > wait 50
    22685 
    22686 > crossfade
    22687 
    22688 > hide #1 cartoons
    22689 
    22690 > hide Mocos
    22691 
    22692 > hide #4.1
    22693 
    22694 > hide #4.2
    22695 
    22696 > hide #2 cartoons
     32
     33[had to truncate the log to fit into the ticket]
    2269734
    2269835> hide Vcos