Changes between Initial Version and Version 1 of Ticket #18318


Ignore:
Timestamp:
Jul 30, 2025, 9:27:40 AM (3 months ago)
Author:
Eric Pettersen
Comment:

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified

  • Ticket #18318

    • Property Cc Tom Goddard added
    • Property Component Unassigned → UI
    • Property Owner set to Eric Pettersen
    • Property Platform → all
    • Property Project → ChimeraX
    • Property Status new → accepted
    • Property Summary ChimeraX bug report submission → Crash using open/save dialog

  • Ticket #18318 – Description

    initial v1  
    13391339  File 8001010e
    13401340
    1341 "8001010eWindows fatal exception:
    1342 
    1343 code 0xC:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1344   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py"8001010e, line 1038 in _bootstrap_inner
    1345   File "Windows fatal exception: C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.pycode 0x8001010e
    1346 
    1347 Windows fatal exception: code 0x"8001010e, line 995 in Windows fatal exception: _bootstrap
    1348 
    1349 Thread 0x
    1350 
    1351 00001e18 (most recent call first):
    1352   File code 0xWindows fatal exception: code 0x8001010e
    1353 
    1354 
    1355 
    1356 "Windows fatal exception: C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.pycode 0xWindows fatal exception: code 0x8001010e
    1357 
    1358 "Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1359 
    1360 , line 114 in worker
    1361   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1362   File Windows fatal exception: 8001010ecode 0x8001010e
    1363 
    1364 8001010e
    1365 
    1366 "Windows fatal exception: code 0x8001010eC:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py"
    1367 
    1368 Windows fatal exception: , line 1038code 0x in 8001010e
    1369 
    1370 _bootstrap_inner
    1371 Windows fatal exception:   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1372 
    1373 
    1374 
    1375 Thread 0xWindows fatal exception: 00004a5c (most recent call first):
    1376 code 0x8001010e  File Windows fatal exception:
    1377 
    1378 code 0x8001010e
    1379 
    1380 Windows fatal exception: Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1381 
    1382 code 0xcode 0x8001010e
    1383 
    1384 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1385 
    1386 "Windows fatal exception: code 0x8001010eC:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py
    1387 
    1388 Windows fatal exception: "Windows fatal exception: code 0x8001010ecode 0x8001010e, line
    1389 
    1390 114 in
    1391 
    1392 worker
    1393 8001010eWindows fatal exception: Windows fatal exception: code 0xcode 0x  File 8001010e
    1394 
    1395 Windows fatal exception: "8001010eWindows fatal exception:
    1396 
    1397 code 0xC:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.pyWindows fatal exception: code 0x"
    1398 
    1399 8001010e
    1400 
    1401 code 0xWindows fatal exception: code 0x8001010e
    1402 
    1403 , line 8001010e
    1404 
    1405 975Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1406 
    1407 8001010eWindows fatal exception: Windows fatal exception: code 0xWindows fatal exception:
    1408 
    1409 code 0xcode 0x8001010eWindows fatal exception: code 0x8001010e
    1410 
    1411 
    1412 
    1413 8001010eWindows fatal exception: code 0x8001010e
    1414 
    1415  in run
    1416   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py"
    1417 
    1418 , line 1038 in _bootstrap_inner
    1419 Windows fatal exception: code 0x  File "Windows fatal exception: C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py"8001010ecode 0x8001010e8001010e
    1420 
    1421 , line
    1422 
    1423 995Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1424 
    1425 
    1426 
    1427 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1428 
    1429  in Windows fatal exception: code 0xWindows fatal exception: code 0x_bootstrap
    1430 8001010e
    1431 
    1432 8001010eWindows fatal exception:
    1433 Thread 0x000046dc (most recent call first):
    1434 
    1435 
    1436   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py"code 0x, line 114 in worker
    1437   File Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1438 
    1439 8001010e
    1440 
    1441 Windows fatal exception: Windows fatal exception: code 0xcode 0x8001010e
    1442 
    1443 8001010e
    1444 
    1445 Windows fatal exception: Windows fatal exception: code 0x8001010e"C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1446   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py"Windows fatal exception: , line 1038 in code 0x_bootstrap_inner
    1447   File 8001010e"C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py"
    1448 
    1449 , line 995 in _bootstrapWindows fatal exception: code 0x8001010e
    1450 
    1451 
    1452 
    1453 Thread 0xWindows fatal exception: code 0x8001010e
    1454 
    1455 
    1456 
    1457 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1458 
    1459 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1460 
    1461 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1462 
    1463 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1464 
    1465 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1466 
    1467 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1468 
    1469 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1470 
    1471 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1472 
    1473 000030d8Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1474 
    1475  (most recent call first):
    1476   File "code 0xC:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\qtpy\_utils.py"8001010e
    1477 
    1478 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1479 
    1480 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1481 
    1482 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1483 
    1484 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1485 
    1486 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1487 
    1488 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1489 
    1490 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1491 
    1492 Windows fatal exception: code 0x8001010eWindows fatal exception:
    1493 
    1494 code 0x8001010e, line 193Windows fatal exception:  in _from_kwarg_name_to_kwarg_name_
    1495   File code 0x8001010e
    1496 
    1497 
    1498 
    1499 "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\clashes\gui.pyWindows fatal exception: code 0x8001010e
    1500 
    1501 Windows fatal exception: Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1502 
    1503 code 0x8001010e"Windows fatal exception: , line 416 in get_command
    1504   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\clashes\tool.py", line 59 in run_command
    1505   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\ui\gui.py"
    1506 
    1507 , line 339 in code 0xevent_loop8001010e
    1508 
    1509 
    1510   File Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1511 
    1512 "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\core\__main__.py"Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1513 
    1514 , line 1054Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1515 
    1516  in initWindows fatal exception: code 0x8001010e
    1517 
    1518 
    1519 Windows fatal exception:   File code 0x"C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\core\__main__.py"8001010e, line
    1520 
    1521 1217 in Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1522 
    1523 
    1524   File Windows fatal exception: ""Windows fatal exception: , line 88 in code 0x_run_code
    1525   File 8001010e""
    1526 
    1527 , line 198 in _run_module_as_main
    1528 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1529 
    1530 Thread 0x00004b20 (most recent call first):
    1531   File code 0x"8001010e
    1532 
    1533 C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 579Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1534 
    1535  in Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1536 
    1537 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1538 
    1539 _handle_resultsWindows fatal exception: code 0x8001010e
    1540 
    1541 
    1542   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1543   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py"Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1544 
    1545 , line 1038 in _bootstrap_inner
    1546   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1547 
    1548 Thread 0x00001b60 (most recent call first):
    1549   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py"Windows fatal exception: , line 531code 0x8001010e
    1550 
    1551  in _handle_tasks
    1552   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1553   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py"Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1554 
    1555 , line 1038 in Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1556 
    1557 _bootstrap_inner
    1558 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1559 
    1560   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995Windows fatal exception:  in _bootstrap
    1561 
    1562 Thread 0x00002edc (most recent call first):
    1563   File "code 0x8001010e
    1564 
    1565 C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\connection.py"Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1566 
    1567 , line 810 in _exhaustive_wait
    1568 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1569 
    1570   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\connection.py"Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1571 
    1572 , line 878 in wait
    1573   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 502 in _wait_for_updates
    1574   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py"Windows fatal exception: code 0x, line 522 in _handle_workers
    1575   File "8001010e
    1576 
    1577 C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1578 
    1579 run
    1580   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1581   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1582 
    1583 Thread 0x00000998 (most recent call first):
    1584   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1585   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1586   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py"Windows fatal exception: , line 1038 in _bootstrap_inner
    1587   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1588 
    1589 Thread 0x00004c94 (most recent call first):
    1590 code 0x8001010e
    1591 
    1592   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py"Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1593 
    1594 , line 114 in worker
    1595 Windows fatal exception:   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1596   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py"code 0x8001010e
    1597 
    1598 , line Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1599 
    1600 1038 in _bootstrap_inner
    1601   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1602 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1603 
    1604 
    1605 Thread 0x0000543c (most recent call first):
    1606 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1607 
    1608   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1609 
    1610 114 in worker
    1611   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1612   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py"Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1613 
    1614 , line Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1615 
    1616 1038 in _bootstrap_inner
    1617   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1618 
    1619 Thread 0x00001f88 (most recent call first):
    1620   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py"Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1621 
    1622 , line 114 in worker
    1623 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1624 
    1625   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1626   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py"Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1627 
    1628 , line 1038 in _bootstrap_inner
    1629   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1630 
    1631 Thread 0x00000b48 (most recent call first):
    1632 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1633 
    1634   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py"Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1635 
    1636 , line 114 in worker
    1637   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1638   File "Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1639 
    1640 C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py"Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1641 
    1642 , line Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1643 
    1644 1038 in _bootstrap_inner
    1645   File "Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1646 
    1647 C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1648 
    1649 Thread 0x00001b84 (most recent call first):
    1650   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1651   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1652   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py"Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1653 
    1654 , line 1038 in _bootstrap_inner
    1655   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1656 
    1657 Thread 0x000040c8 (most recent call first):
    1658 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1659 
    1660   File "Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1661 
    1662 C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py"Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1663 
    1664 , line 114 in worker
    1665   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1666   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1667   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py"Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1668 
    1669 , line 995 in _bootstrap
    1670 
    1671 Thread 0x00000ce0 (most recent call first):
    1672 Windows fatal exception:   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1673 code 0x8001010e
    1674 
    1675   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1676   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py"Windows fatal exception: , line 1038 in code 0x8001010e
    1677 
    1678 _bootstrap_inner
    1679   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py"Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1680 
    1681 , line 995 in _bootstrap
    1682 
    1683 Thread 0x00001784 (most recent call first):
    1684   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py"Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1685 
    1686 , line 114 in worker
    1687   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1688   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1689   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1690 
    1691 Thread 0x00003a9c (most recent call first):
    1692 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1693 
    1694   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1695   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.pyWindows fatal exception: code 0x8001010e
    1696 
    1697 ", line 975 in run
    1698   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py"Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1699 
    1700 , line 1038 in _bootstrap_inner
    1701   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1702 
    1703  in _bootstrap
    1704 
    1705 Thread 0x00003df4 (most recent call first):
    1706   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1707   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1708   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1709   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1710 
    1711 Thread 0x00000aa4 (most recent call first):
    1712   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in workerWindows fatal exception: code 0x8001010e
    1713 
    1714 
    1715   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1716 
    1717 975 in run
    1718   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py"Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1719 
    1720 , line 1038 in _bootstrap_inner
    1721   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1722 
    1723 Thread 0x00005250 (most recent call first):
    1724   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py"Windows fatal exception: , line 114 in worker
    1725   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1726   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py"code 0x8001010e
    1727 
    1728 , line 1038 in _bootstrap_inner
    1729   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1730 
    1731 Thread 0x00001e18 (most recent call first):
    1732 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1733 
    1734   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1735   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1736   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py"Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1737 
    1738 , line 1038 in _bootstrap_inner
    1739   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1740 
    1741 Thread 0xWindows fatal exception: code 0x8001010e
    1742 
    1743 00004a5c (most recent call first):
    1744 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1745 
    1746   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1747   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1748   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py"Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1749 
    1750 , line 1038 in _bootstrap_inner
    1751   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1752 
    1753 Thread 0x000046dc (most recent call first):
    1754   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1755   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1756   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1757   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py"Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1758 
    1759 , line 995 in _bootstrap
    1760 
    1761 Thread 0x000030d8 (most recent call first):
    1762 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1763 
    1764   File Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1765 
    1766 "Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1767 
    1768 C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\qtpy\_utils.py", line 193 in _from_kwarg_name_to_kwarg_name_
    1769   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\clashes\gui.py"Windows fatal exception: code 0x, line 416 in 8001010e
    1770 
    1771 get_command
    1772   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\clashes\tool.py", line 59 in run_command
    1773   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\ui\gui.py", line 339 in Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1774 
    1775 event_loop
    1776 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1777 
    1778   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\core\__main__.py"Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1779 
    1780 , line 1054 in init
    1781   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\core\__main__.py"Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1782 
    1783 , line Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1784 
    1785 1217Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1786 
    1787  in
    1788   File ""Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1789 
    1790 , line 88 in _run_code
    1791   File Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1792 
    1793 "Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1794 
    1795 ", line 198 in _run_module_as_main
    1796 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1797 
    1798 Thread 0x00004b20 (most recent call first):
    1799   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 579 in _handle_results
    1800   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1801   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1802   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1803 
    1804 Thread 0x00001b60 (most recent call first):
    1805   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 531 in _handle_tasks
    1806   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1807   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1808   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1809 
    1810 Thread 0x00002edc (most recent call first):
    1811   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\connection.py", line 810 in _exhaustive_wait
    1812   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\connection.py", line 878 in wait
    1813   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 502 in _wait_for_updates
    1814   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 522 in _handle_workers
    1815   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1816   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1817   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1818 
    1819 Thread 0x00000998 (most recent call first):
    1820   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1821   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1822   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1823   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1824 
    1825 Thread 0x00004c94 (most recent call first):
    1826   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1827   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1828   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1829   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1830 
    1831 Thread 0x0000543c (most recent call first):
    1832   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1833   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1834   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1835   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1836 
    1837 Thread 0x00001f88 (most recent call first):
    1838   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1839   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1840   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1841   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1842 
    1843 Thread 0x00000b48 (most recent call first):
    1844   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1845   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1846   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1847   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1848 
    1849 Thread 0x00001b84 (most recent call first):
    1850   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1851   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1852   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1853   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1854 
    1855 Thread 0x000040c8 (most recent call first):
    1856   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1857   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1858   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1859   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1860 
    1861 Thread 0x00000ce0 (most recent call first):
    1862   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1863   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1864   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1865   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1866 
    1867 Thread 0x00001784 (most recent call first):
    1868   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1869   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1870   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1871   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1872 
    1873 Thread 0x00003a9c (most recent call first):
    1874   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1875   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1876   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1877   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1878 
    1879 Thread 0x00003df4 (most recent call first):
    1880   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1881   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1882   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1883   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1884 
    1885 Thread 0x00000aa4 (most recent call first):
    1886   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1887   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1888   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1889   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1890 
    1891 Thread 0x00005250 (most recent call first):
    1892   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1893   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1894   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1895   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1896 
    1897 Thread 0x00001e18 (most recent call first):
    1898   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1899   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1900   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1901   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1902 
    1903 Thread 0x00004a5c (most recent call first):
    1904   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1905   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1906   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1907   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1908 
    1909 Thread 0x000046dc (most recent call first):
    1910   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1911   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1912   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1913   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1914 
    1915 Thread 0x000030d8 (most recent call first):
    1916   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\qtpy\_utils.py", line 193 in _from_kwarg_name_to_kwarg_name_
    1917   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\clashes\gui.py", line 416 in get_command
    1918   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\clashes\tool.py", line 59 in run_command
    1919   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\ui\gui.py", line 339 in event_loop
    1920   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\core\__main__.py", line 1054 in init
    1921   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\core\__main__.py", line 1217 in
    1922   File "", line 88 in _run_code
    1923   File "", line 198 in _run_module_as_main
    1924 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    1925 
    1926 Thread 0x00004b20 (most recent call first):
    1927   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 579 in _handle_results
    1928   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1929   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1930   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1931 
    1932 Thread 0x00001b60 (most recent call first):
    1933   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 531 in _handle_tasks
    1934   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1935   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1936   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1937 
    1938 Thread 0x00002edc (most recent call first):
    1939   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\connection.py", line 810 in _exhaustive_wait
    1940   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\connection.py", line 878 in wait
    1941   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 502 in _wait_for_updates
    1942   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 522 in _handle_workers
    1943   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1944   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1945   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1946 
    1947 Thread 0x00000998 (most recent call first):
    1948   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1949   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1950   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1951   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1952 
    1953 Thread 0x00004c94 (most recent call first):
    1954   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1955   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1956   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1957   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1958 
    1959 Thread 0x0000543c (most recent call first):
    1960   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1961   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1962   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1963   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1964 
    1965 Thread 0x00001f88 (most recent call first):
    1966   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1967   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1968   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1969   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1970 
    1971 Thread 0x00000b48 (most recent call first):
    1972   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1973   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1974   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1975   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1976 
    1977 Thread 0x00001b84 (most recent call first):
    1978   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1979   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1980   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1981   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1982 
    1983 Thread 0x000040c8 (most recent call first):
    1984   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1985   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1986   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1987   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1988 
    1989 Thread 0x00000ce0 (most recent call first):
    1990   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1991   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1992   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1993   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    1994 
    1995 Thread 0x00001784 (most recent call first):
    1996   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    1997   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    1998   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    1999   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2000 
    2001 Thread 0x00003a9c (most recent call first):
    2002   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2003   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2004   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2005   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2006 
    2007 Thread 0x00003df4 (most recent call first):
    2008   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2009   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2010   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2011   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2012 
    2013 Thread 0x00000aa4 (most recent call first):
    2014   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2015   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2016   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2017   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2018 
    2019 Thread 0x00005250 (most recent call first):
    2020   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2021   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2022   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2023   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2024 
    2025 Thread 0x00001e18 (most recent call first):
    2026   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2027   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2028   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2029   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2030 
    2031 Thread 0x00004a5c (most recent call first):
    2032   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2033   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2034   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2035   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2036 
    2037 Thread 0x000046dc (most recent call first):
    2038   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2039   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2040   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2041   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2042 
    2043 Thread 0x000030d8 (most recent call first):
    2044   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\qtpy\_utils.py", line 193 in _from_kwarg_name_to_kwarg_name_
    2045   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\clashes\gui.py", line 416 in get_command
    2046   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\clashes\tool.py", line 59 in run_command
    2047   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\ui\gui.py", line 339 in event_loop
    2048   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\core\__main__.py", line 1054 in init
    2049   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\core\__main__.py", line 1217 in
    2050   File "", line 88 in _run_code
    2051   File "", line 198 in _run_module_as_main
    2052 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2053 
    2054 Thread 0x00004b20 (most recent call first):
    2055   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 579 in _handle_results
    2056   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2057   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2058   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2059 
    2060 Thread 0x00001b60 (most recent call first):
    2061   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 531 in _handle_tasks
    2062   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2063   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2064   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2065 
    2066 Thread 0x00002edc (most recent call first):
    2067   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\connection.py", line 810 in _exhaustive_wait
    2068   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\connection.py", line 878 in wait
    2069   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 502 in _wait_for_updates
    2070   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 522 in _handle_workers
    2071   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2072   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2073   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2074 
    2075 Thread 0x00000998 (most recent call first):
    2076   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2077   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2078   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2079   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2080 
    2081 Thread 0x00004c94 (most recent call first):
    2082   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2083   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2084   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2085   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2086 
    2087 Thread 0x0000543c (most recent call first):
    2088   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2089   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2090   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2091   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2092 
    2093 Thread 0x00001f88 (most recent call first):
    2094   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2095   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2096   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2097   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2098 
    2099 Thread 0x00000b48 (most recent call first):
    2100   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2101   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2102   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2103   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2104 
    2105 Thread 0x00001b84 (most recent call first):
    2106   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2107   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2108   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2109   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2110 
    2111 Thread 0x000040c8 (most recent call first):
    2112   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2113   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2114   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2115   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2116 
    2117 Thread 0x00000ce0 (most recent call first):
    2118   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2119   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2120   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2121   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2122 
    2123 Thread 0x00001784 (most recent call first):
    2124   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2125   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2126   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2127   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2128 
    2129 Thread 0x00003a9c (most recent call first):
    2130   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2131   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2132   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2133   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2134 
    2135 Thread 0x00003df4 (most recent call first):
    2136   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2137   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2138   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2139   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2140 
    2141 Thread 0x00000aa4 (most recent call first):
    2142   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2143   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2144   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2145   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2146 
    2147 Thread 0x00005250 (most recent call first):
    2148   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2149   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2150   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2151   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2152 
    2153 Thread 0x00001e18 (most recent call first):
    2154   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2155   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2156   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2157   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2158 
    2159 Thread 0x00004a5c (most recent call first):
    2160   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2161   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2162   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2163   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2164 
    2165 Thread 0x000046dc (most recent call first):
    2166   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2167   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2168   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2169   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2170 
    2171 Thread 0x000030d8 (most recent call first):
    2172   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\qtpy\_utils.py", line 193 in _from_kwarg_name_to_kwarg_name_
    2173   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\clashes\gui.py", line 416 in get_command
    2174   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\clashes\tool.py", line 59 in run_command
    2175   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\ui\gui.py", line 339 in event_loop
    2176   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\core\__main__.py", line 1054 in init
    2177   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\core\__main__.py", line 1217 in
    2178   File "", line 88 in _run_code
    2179   File "", line 198 in _run_module_as_main
    2180 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2181 
    2182 Thread 0x00004b20 (most recent call first):
    2183   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 579 in _handle_results
    2184   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2185   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2186   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2187 
    2188 Thread 0x00001b60 (most recent call first):
    2189   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 531 in _handle_tasks
    2190   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2191   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2192   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2193 
    2194 Thread 0x00002edc (most recent call first):
    2195   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\connection.py", line 810 in _exhaustive_wait
    2196   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\connection.py", line 878 in wait
    2197   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 502 in _wait_for_updates
    2198   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 522 in _handle_workers
    2199   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2200   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2201   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2202 
    2203 Thread 0x00000998 (most recent call first):
    2204   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2205   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2206   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2207   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2208 
    2209 Thread 0x00004c94 (most recent call first):
    2210   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2211   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2212   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2213   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2214 
    2215 Thread 0x0000543c (most recent call first):
    2216   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2217   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2218   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2219   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2220 
    2221 Thread 0x00001f88 (most recent call first):
    2222   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2223   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2224   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2225   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2226 
    2227 Thread 0x00000b48 (most recent call first):
    2228   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2229   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2230   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2231   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2232 
    2233 Thread 0x00001b84 (most recent call first):
    2234   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2235   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2236   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2237   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2238 
    2239 Thread 0x000040c8 (most recent call first):
    2240   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2241   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2242   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2243   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2244 
    2245 Thread 0x00000ce0 (most recent call first):
    2246   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2247   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2248   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2249   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2250 
    2251 Thread 0x00001784 (most recent call first):
    2252   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2253   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2254   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2255   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2256 
    2257 Thread 0x00003a9c (most recent call first):
    2258   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2259   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2260   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2261   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2262 
    2263 Thread 0x00003df4 (most recent call first):
    2264   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2265   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2266   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2267   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2268 
    2269 Thread 0x00000aa4 (most recent call first):
    2270   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2271   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2272   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2273   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2274 
    2275 Thread 0x00005250 (most recent call first):
    2276   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2277   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2278   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2279   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2280 
    2281 Thread 0x00001e18 (most recent call first):
    2282   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2283   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2284   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2285   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2286 
    2287 Thread 0x00004a5c (most recent call first):
    2288   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2289   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2290   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2291   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2292 
    2293 Thread 0x000046dc (most recent call first):
    2294   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2295   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2296   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2297   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2298 
    2299 Thread 0x000030d8 (most recent call first):
    2300   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\qtpy\_utils.py", line 193 in _from_kwarg_name_to_kwarg_name_
    2301   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\clashes\gui.py", line 416 in get_command
    2302   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\clashes\tool.py", line 59 in run_command
    2303   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\ui\gui.py", line 339 in event_loop
    2304   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\core\__main__.py", line 1054 in init
    2305   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\core\__main__.py", line 1217 in
    2306   File "", line 88 in _run_code
    2307   File "", line 198 in _run_module_as_main
    2308 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2309 
    2310 Thread 0x00004b20 (most recent call first):
    2311   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 579 in _handle_results
    2312   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2313   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2314   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2315 
    2316 Thread 0x00001b60 (most recent call first):
    2317   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 531 in _handle_tasks
    2318   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2319   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2320   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2321 
    2322 Thread 0x00002edc (most recent call first):
    2323   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\connection.py", line 810 in _exhaustive_wait
    2324   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\connection.py", line 878 in wait
    2325   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 502 in _wait_for_updates
    2326   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 522 in _handle_workers
    2327   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2328   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2329   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2330 
    2331 Thread 0x00000998 (most recent call first):
    2332   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2333   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2334   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2335   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2336 
    2337 Thread 0x00004c94 (most recent call first):
    2338   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2339   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2340   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2341   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2342 
    2343 Thread 0x0000543c (most recent call first):
    2344   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2345   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2346   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2347   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2348 
    2349 Thread 0x00001f88 (most recent call first):
    2350   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2351   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2352   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2353   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2354 
    2355 Thread 0x00000b48 (most recent call first):
    2356   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2357   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2358   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2359   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2360 
    2361 Thread 0x00001b84 (most recent call first):
    2362   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2363   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2364   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2365   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2366 
    2367 Thread 0x000040c8 (most recent call first):
    2368   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2369   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2370   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2371   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2372 
    2373 Thread 0x00000ce0 (most recent call first):
    2374   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2375   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2376   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2377   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2378 
    2379 Thread 0x00001784 (most recent call first):
    2380   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2381   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2382   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2383   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2384 
    2385 Thread 0x00003a9c (most recent call first):
    2386   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2387   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2388   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2389   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2390 
    2391 Thread 0x00003df4 (most recent call first):
    2392   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2393   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2394   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2395   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2396 
    2397 Thread 0x00000aa4 (most recent call first):
    2398   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2399   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2400   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2401   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2402 
    2403 Thread 0x00005250 (most recent call first):
    2404   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2405   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2406   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2407   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2408 
    2409 Thread 0x00001e18 (most recent call first):
    2410   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2411   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2412   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2413   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2414 
    2415 Thread 0x00004a5c (most recent call first):
    2416   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2417   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2418   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2419   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2420 
    2421 Thread 0x000046dc (most recent call first):
    2422   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2423   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2424   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2425   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2426 
    2427 Thread 0x000030d8 (most recent call first):
    2428   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\qtpy\_utils.py", line 193 in _from_kwarg_name_to_kwarg_name_
    2429   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\clashes\gui.py", line 416 in get_command
    2430   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\clashes\tool.py", line 59 in run_command
    2431   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\ui\gui.py", line 339 in event_loop
    2432   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\core\__main__.py", line 1054 in init
    2433   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\core\__main__.py", line 1217 in
    2434   File "", line 88 in _run_code
    2435   File "", line 198 in _run_module_as_main
    2436 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2437 
    2438 Thread 0x00004b20 (most recent call first):
    2439   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 579 in _handle_results
    2440   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2441   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2442   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2443 
    2444 Thread 0x00001b60 (most recent call first):
    2445   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 531 in _handle_tasks
    2446   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2447   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2448   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2449 
    2450 Thread 0x00002edc (most recent call first):
    2451   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\connection.py", line 810 in _exhaustive_wait
    2452   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\connection.py", line 878 in wait
    2453   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 502 in _wait_for_updates
    2454   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 522 in _handle_workers
    2455   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2456   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2457   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2458 
    2459 Thread 0x00000998 (most recent call first):
    2460   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2461   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2462   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2463   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2464 
    2465 Thread 0x00004c94 (most recent call first):
    2466   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2467   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2468   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2469   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2470 
    2471 Thread 0x0000543c (most recent call first):
    2472   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2473   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2474   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2475   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2476 
    2477 Thread 0x00001f88 (most recent call first):
    2478   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2479   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2480   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2481   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2482 
    2483 Thread 0x00000b48 (most recent call first):
    2484   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2485   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2486   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2487   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2488 
    2489 Thread 0x00001b84 (most recent call first):
    2490   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2491   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2492   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2493   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2494 
    2495 Thread 0x000040c8 (most recent call first):
    2496   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2497   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2498   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2499   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2500 
    2501 Thread 0x00000ce0 (most recent call first):
    2502   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2503   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2504   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2505   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2506 
    2507 Thread 0x00001784 (most recent call first):
    2508   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2509   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2510   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2511   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2512 
    2513 Thread 0x00003a9c (most recent call first):
    2514   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2515   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2516   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2517   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2518 
    2519 Thread 0x00003df4 (most recent call first):
    2520   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2521   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2522   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2523   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2524 
    2525 Thread 0x00000aa4 (most recent call first):
    2526   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2527   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2528   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2529   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2530 
    2531 Thread 0x00005250 (most recent call first):
    2532   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2533   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2534   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2535   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2536 
    2537 Thread 0x00001e18 (most recent call first):
    2538   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2539   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2540   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2541   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2542 
    2543 Thread 0x00004a5c (most recent call first):
    2544   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2545   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2546   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2547   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2548 
    2549 Thread 0x000046dc (most recent call first):
    2550   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\multiprocessing\pool.py", line 114 in worker
    2551   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 975 in run
    2552   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 1038 in _bootstrap_inner
    2553   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\threading.py", line 995 in _bootstrap
    2554 
    2555 Thread 0x000030d8 (most recent call first):
    2556   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\numpy\core\_internal.py", line 282 in __init__
    2557   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\atomic\molc.py", line 334 in pointer
    2558   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\numpy\core\_methods.py", line 58 in _any
    2559   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\atomic\structure.py", line 1955 in _update_graphics_if_needed
    2560   File "", line 720 in __ior__
    2561   File "C:\Program Files\ChimeraX 1.10.dev202503131841\bin\Lib\site-packages\chimerax\core\triggerset.py", line 259 in _activate
    2562   File Windows fatal exception: access violation
    2563 
    2564 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2565 
    2566 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2567 
    2568 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2569 
    2570 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2571 
    2572 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2573 
    2574 Windows fatal exception: code 0x8001010eWindows fatal exception:
    2575 
    2576 code 0x8001010e
    2577 
    2578 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2579 
    2580 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2581 
    2582 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2583 
    2584 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2585 
    2586 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2587 
    2588 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2589 
    2590 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2591 
    2592 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2593 
    2594 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2595 
    2596 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2597 
    2598 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2599 
    2600 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2601 
    2602 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2603 
    2604 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2605 
    2606 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2607 
    2608 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2609 
    2610 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2611 
    2612 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2613 
    2614 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2615 
    2616 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2617 
    2618 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2619 
    2620 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2621 
    2622 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2623 
    2624 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2625 
    2626 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2627 
    2628 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2629 
    2630 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2631 
    2632 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2633 
    2634 Windows fatal exception: code 0x8001010e
    2635 
    2636 ===== Log before crash start =====
    2637 UCSF ChimeraX version: 1.10.dev202503131841 (2025-03-13) 
    2638 © 2016-2025 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    2639 
    2640 > open C:\\\Users\\\emirm\\\Desktop\\\contacts\\\session_V2081.cxs
    2641 
    2642 Log from Wed Jul 30 09:34:05 2025UCSF ChimeraX version: 1.10.dev202503131841
    2643 (2025-03-13) 
    2644 © 2016-2025 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    2645 
    2646 > open C:\\\Users\\\emirm\\\Desktop\\\contacts\\\session_L2058.cxs
    2647 
    2648 Log from Wed Jul 30 08:19:51 2025UCSF ChimeraX version: 1.10.dev202503131841
    2649 (2025-03-13) 
    2650 © 2016-2025 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    2651 
    2652 > open C:\\\Users\\\emirm\\\Desktop\\\contacts\\\Contacts.cxs
    2653 
    2654 Log from Tue Jul 29 15:17:34 2025UCSF ChimeraX version: 1.10.dev202503131841
    2655 (2025-03-13) 
    2656 © 2016-2025 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    2657 
    2658 > open
    2659 > C:\\\Users\\\emirm\\\Desktop\\\Fly\\\Chimera_WorkingFolder\\\Contacts_Modeling_Chimera\\\Human_Fly_Superposition_Foldseek_StructuralAnalysis.cxs
    2660 
    2661 Log from Fri Jul 25 15:41:25 2025UCSF ChimeraX version: 1.10.dev202503131841
    2662 (2025-03-13) 
    2663 © 2016-2025 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    2664 
    2665 > open
    2666 > C:\\\Users\\\emirm\\\Desktop\\\Fly\\\Chimera_WorkingFolder\\\Contacts_Modeling_Chimera\\\Human_Fly_Superposition_Foldseek_StructuralAnalysis.cxs
    2667 
    2668 Log from Fri May 2 10:11:43 2025UCSF ChimeraX version: 1.10.dev202503131841
    2669 (2025-03-13) 
    2670 © 2016-2025 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    2671 
    2672 > open
    2673 > C:\\\Users\\\emirm\\\Desktop\\\Fly\\\Chimera_WorkingFolder\\\Contacts_Modeling_Chimera\\\Human_Fly_Superposition_Foldseek_StructuralAnalysis.cxs
    2674 
    2675 Log from Wed Apr 30 15:52:46 2025UCSF ChimeraX version: 1.10.dev202503131841
    2676 (2025-03-13) 
    2677 © 2016-2025 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    2678 
    2679 > open C:\\\Users\\\emirm\\\Desktop\\\Fly\\\AlphaFold\\\Chimera\\\Apt1.cxs
    2680 
    2681 Log from Fri Mar 7 14:18:08 2025UCSF ChimeraX version: 1.9 (2024-12-11) 
    2682 © 2016-2024 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    2683 
    2684 > open C:\Users\emirm\Desktop\Fly\AlphaFold\Superpositions_hob.cxs format
    2685 > session
    2686 
    2687 Log from Thu Mar 6 15:37:27 2025UCSF ChimeraX version: 1.9 (2024-12-11) 
    2688 © 2016-2024 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    2689 
    2690 > open C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Superpositions_hob.cxs
    2691 
    2692 Log from Mon Mar 3 14:52:27 2025 Startup Messages 
    2693 --- 
    2694 note | available bundle cache has not been initialized yet 
    2695  
    2696 UCSF ChimeraX version: 1.9 (2024-12-11) 
    2697 © 2016-2024 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    2698 How to cite UCSF ChimeraX 
    2699 
    2700 > open
    2701 > C:/Users/emirm/Downloads/fold_2025_02_26_14_57_hob_native/fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    2702 
    2703 Chain information for fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1 
    2704 --- 
    2705 Chain | Description 
    2706 A | . 
    2707  
    2708 Computing secondary structure 
    2709 No Surface models open 
    2710 
    2711 > select add #1
    2712 
    2713 18469 atoms, 18843 bonds, 2300 residues, 1 model selected 
    2714 No Surface models open 
    2715 
    2716 > mlp sel
    2717 
    2718 Map values for surface "fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES
    2719 surface": minimum -29.39, mean -3.629, maximum 25.41 
    2720 To also show corresponding color key, enter the above mlp command and add key
    2721 true 
    2722 
    2723 > surface style mesh
    2724 
    2725 > select subtract #1
    2726 
    2727 1 model selected 
    2728 
    2729 > surface style dot
    2730 
    2731 > color #1 cyan
    2732 
    2733 > color #1 #aaff00ff
    2734 
    2735 > mlp
    2736 
    2737 Map values for surface "fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES
    2738 surface": minimum -29.39, mean -3.629, maximum 25.41 
    2739 To also show corresponding color key, enter the above mlp command and add key
    2740 true 
    2741 
    2742 > surface style mesh
    2743 
    2744 > transparency 50
    2745 
    2746 > surface style solid
    2747 
    2748 > color #1 red
    2749 
    2750 > mlp
    2751 
    2752 Map values for surface "fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES
    2753 surface": minimum -29.39, mean -3.629, maximum 25.41 
    2754 To also show corresponding color key, enter the above mlp command and add key
    2755 true 
    2756 
    2757 > transparency 50
    2758 
    2759 > surface style mesh
    2760 
    2761 > cartoon style modeHelix tube sides 20
    2762 
    2763 > color #1 yellow
    2764 
    2765 > coulombic
    2766 
    2767 Using Amber 20 recommended default charges and atom types for standard
    2768 residues 
    2769 Coulombic values for fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES
    2770 surface #1.1: minimum, -16.90, mean -0.15, maximum 17.22 
    2771 To also show corresponding color key, enter the above coulombic command and
    2772 add key true 
    2773 
    2774 > transparency 70
    2775 
    2776 > open
    2777 > C:/Users/emirm/Downloads/fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop/fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop_model_0.cif
    2778 
    2779 Chain information for fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop_model_0.cif #2 
    2780 --- 
    2781 Chain | Description 
    2782 A | . 
    2783  
    2784 Computing secondary structure 
    2785 
    2786 > hide #!1 models
    2787 
    2788 > mlp #2
    2789 
    2790 Map values for surface "fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop_model_0.cif_A
    2791 SES surface": minimum -29.41, mean -3.659, maximum 24.89 
    2792 To also show corresponding color key, enter the above mlp command and add key
    2793 true 
    2794 
    2795 > surface style #2 mesh
    2796 
    2797 > transparency #2 70
    2798 
    2799 > show #!1 models
    2800 
    2801 > hide #!1 models
    2802 
    2803 > show #!1 models
    2804 
    2805 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Superpositions_hob.cxs
    2806 
    2807 > mmaker #2 to #1 showAlignment true
    2808 
    2809 Computing secondary structure 
    2810 [Repeated 1 time(s)]  Parameters 
    2811 --- 
    2812 Chain pairing | bb 
    2813 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    2814 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    2815 SS fraction | 0.3 
    2816 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    2817 Gap extend | 1 
    2818 SS matrix |  |  | H | S | O 
    2819 ---|---|---|--- 
    2820 H | 6 | -9 | -6 
    2821 S |  | 6 | -6 
    2822 O |  |  | 4 
    2823 Iteration cutoff | 2 
    2824  
    2825 Matchmaker fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif, chain A (#1) with
    2826 fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop_model_0.cif, chain A (#2), sequence
    2827 alignment score = 11457.7 
    2828 Alignment identifier is 1 
    2829 Showing conservation header ("seq_conservation" residue attribute) for
    2830 alignment 1 
    2831 Hiding conservation header for alignment 1 
    2832 Chains used in RMSD evaluation for alignment 1:
    2833 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A,
    2834 fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop_model_0.cif #2/A 
    2835 Showing rmsd header ("seq_rmsd" residue attribute) for alignment 1 
    2836 RMSD between 1351 pruned atom pairs is 0.823 angstroms; (across all 2271
    2837 pairs: 20.273) 
    2838  
    2839 
    2840 > surface hidePatches
    2841 
    2842 > hide #!1 models
    2843 
    2844 > cartoon style #2 modeHelix tube sides 20
    2845 
    2846 > show #!1 models
    2847 
    2848 > movie record
    2849 
    2850 > turn y 2 180
    2851 
    2852 > wait 180
    2853 
    2854 > movie encode C:\Users\emirm/Desktop\movie2.mp4
    2855 
    2856 Movie saved to C:\Users\emirm/Desktop\movie2.mp4 
    2857  
    2858 
    2859 > movie record
    2860 
    2861 > turn y 2 180
    2862 
    2863 > wait 180
    2864 
    2865 > movie encode C:\Users\emirm/Desktop\movie3.mp4
    2866 
    2867 Movie saved to C:\Users\emirm/Desktop\movie3.mp4 
    2868  
    2869 
    2870 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Superpositions_hob.cxs
    2871 
    2872 > hide #!1 models
    2873 
    2874 > show #!1 models
    2875 
    2876 > hide #!1 models
    2877 
    2878 > show #!1 models
    2879 
    2880 > hide #!1 models
    2881 
    2882 > show #!1 models
    2883 
    2884 > surface
    2885 
    2886 > transparency 30
    2887 
    2888 > surface hidePatches
    2889 
    2890 > open
    2891 > C:/Users/emirm/Downloads/fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p/fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif
    2892 
    2893 Chain information for fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif #3 
    2894 --- 
    2895 Chain | Description 
    2896 A | . 
    2897  
    2898 Associated fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif chain A to
    2899 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif, chain A with 1 mismatch 
    2900 Chains used in RMSD evaluation for alignment 1:
    2901 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A,
    2902 fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop_model_0.cif #2/A,
    2903 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif #3/A 
    2904 Computing secondary structure 
    2905 
    2906 > hide #!2 models
    2907 
    2908 > mmaker #3 to #1 showAlignment true
    2909 
    2910 Computing secondary structure 
    2911 [Repeated 1 time(s)]  Parameters 
    2912 --- 
    2913 Chain pairing | bb 
    2914 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    2915 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    2916 SS fraction | 0.3 
    2917 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    2918 Gap extend | 1 
    2919 SS matrix |  |  | H | S | O 
    2920 ---|---|---|--- 
    2921 H | 6 | -9 | -6 
    2922 S |  | 6 | -6 
    2923 O |  |  | 4 
    2924 Iteration cutoff | 2 
    2925  
    2926 Matchmaker fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif, chain A (#1) with
    2927 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif, chain A (#3), sequence alignment
    2928 score = 11719.1 
    2929 Alignment identifier is 2 
    2930 Showing conservation header ("seq_conservation" residue attribute) for
    2931 alignment 2 
    2932 Hiding conservation header for alignment 2 
    2933 Chains used in RMSD evaluation for alignment 2:
    2934 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A,
    2935 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif #3/A 
    2936 Showing rmsd header ("seq_rmsd" residue attribute) for alignment 2 
    2937 RMSD between 1478 pruned atom pairs is 1.025 angstroms; (across all 2300
    2938 pairs: 4.757) 
    2939  
    2940 
    2941 > hide #!1 models
    2942 
    2943 > cartoon style #3 modeHelix tube sides 20
    2944 
    2945 > show #!1 models
    2946 
    2947 > hide #3 models
    2948 
    2949 > open
    2950 > C:/Users/emirm/Downloads/fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp/fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif
    2951 
    2952 Chain information for fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif #4 
    2953 --- 
    2954 Chain | Description 
    2955 A | . 
    2956  
    2957 Associated fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif chain A to
    2958 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif, chain A with 5 mismatches 
    2959 Chains used in RMSD evaluation for alignment 1:
    2960 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A,
    2961 fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop_model_0.cif #2/A,
    2962 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif #3/A,
    2963 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif #4/A 
    2964 Associated fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif chain A to
    2965 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif, chain A with 4 mismatches 
    2966 Chains used in RMSD evaluation for alignment 2:
    2967 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A,
    2968 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif #3/A,
    2969 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif #4/A 
    2970 Computing secondary structure 
    2971 
    2972 > hide #!1 models
    2973 
    2974 > cartoon style #4 modeHelix tube sides 20
    2975 
    2976 > show #!1 models
    2977 
    2978 > mmaker #4 to #1 showAlignment true
    2979 
    2980 Computing secondary structure 
    2981 [Repeated 1 time(s)]  Parameters 
    2982 --- 
    2983 Chain pairing | bb 
    2984 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    2985 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    2986 SS fraction | 0.3 
    2987 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    2988 Gap extend | 1 
    2989 SS matrix |  |  | H | S | O 
    2990 ---|---|---|--- 
    2991 H | 6 | -9 | -6 
    2992 S |  | 6 | -6 
    2993 O |  |  | 4 
    2994 Iteration cutoff | 2 
    2995  
    2996 Matchmaker fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif, chain A (#1) with
    2997 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif, chain A (#4), sequence
    2998 alignment score = 11678.5 
    2999 Alignment identifier is 3 
    3000 Showing conservation header ("seq_conservation" residue attribute) for
    3001 alignment 3 
    3002 Hiding conservation header for alignment 3 
    3003 Chains used in RMSD evaluation for alignment 3:
    3004 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A,
    3005 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif #4/A 
    3006 Showing rmsd header ("seq_rmsd" residue attribute) for alignment 3 
    3007 RMSD between 1213 pruned atom pairs is 0.897 angstroms; (across all 2300
    3008 pairs: 10.567) 
    3009  
    3010 
    3011 > show #!2 models
    3012 
    3013 > hide #!2 models
    3014 
    3015 > show #3 models
    3016 
    3017 > hide #3 models
    3018 
    3019 > surface #1,4
    3020 
    3021 > surface hidePatches #1,4
    3022 
    3023 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Superpositions_hob.cxs
    3024 
    3025 ——— End of log from Mon Mar 3 14:52:27 2025 ———
    3026 
    3027 opened ChimeraX session 
    3028 
    3029 > hide #!4 models
    3030 
    3031 > color #1 #ffff7fff
    3032 
    3033 > show #!2 models
    3034 
    3035 > hide #!2 models
    3036 
    3037 Alignment identifier is 1/A 
    3038 Alignment identifier is 2/A 
    3039 Alignment identifier is 3/A 
    3040 Alignment identifier is 4/A 
    3041 
    3042 > select #1/A:102
    3043 
    3044 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    3045 
    3046 > select #1/A:102-115
    3047 
    3048 118 atoms, 118 bonds, 14 residues, 1 model selected 
    3049 
    3050 > select #1/A:1972
    3051 
    3052 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    3053 
    3054 > select #1/A:1972-2080
    3055 
    3056 886 atoms, 899 bonds, 109 residues, 1 model selected 
    3057 
    3058 > select #1/A:1972-2089
    3059 
    3060 948 atoms, 962 bonds, 118 residues, 1 model selected 
    3061 
    3062 > color (#!1 & sel) orange
    3063 
    3064 > show sel atoms
    3065 
    3066 > style sel ball
    3067 
    3068 Changed 948 atom styles 
    3069 
    3070 > hide sel atoms
    3071 
    3072 > select #1/A:2058
    3073 
    3074 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    3075 
    3076 > select #1/A:2081
    3077 
    3078 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    3079 
    3080 > select add #1/A:2058
    3081 
    3082 15 atoms, 13 bonds, 2 residues, 2 models selected 
    3083 
    3084 > select add #1/A:2080
    3085 
    3086 23 atoms, 20 bonds, 3 residues, 2 models selected 
    3087 
    3088 > select add #1/A:2059
    3089 
    3090 34 atoms, 30 bonds, 4 residues, 2 models selected 
    3091 
    3092 > select add #1/A:2057
    3093 
    3094 41 atoms, 36 bonds, 5 residues, 2 models selected 
    3095 
    3096 > select add #1/A:2082
    3097 
    3098 46 atoms, 40 bonds, 6 residues, 2 models selected 
    3099 
    3100 > select add #1/A:2021
    3101 
    3102 55 atoms, 48 bonds, 7 residues, 2 models selected 
    3103 
    3104 > select add #1/A:2022
    3105 
    3106 63 atoms, 55 bonds, 8 residues, 2 models selected 
    3107 
    3108 > select add #1/A:2023
    3109 
    3110 67 atoms, 58 bonds, 9 residues, 2 models selected 
    3111 
    3112 > select add #1/A:2056
    3113 
    3114 78 atoms, 68 bonds, 10 residues, 2 models selected 
    3115 
    3116 > show sel atoms
    3117 
    3118 > color bfactor sel
    3119 
    3120 78 atoms, 10 residues, 1 surfaces, atom bfactor range 42.9 to 88.1 
    3121 
    3122 > mlp sel
    3123 
    3124 Map values for surface "fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES
    3125 surface": minimum -29.39, mean -3.629, maximum 25.41 
    3126 To also show corresponding color key, enter the above mlp command and add key
    3127 true 
    3128 
    3129 > color bfactor sel
    3130 
    3131 78 atoms, 10 residues, 1 surfaces, atom bfactor range 42.9 to 88.1 
    3132 
    3133 > color bfactor sel
    3134 
    3135 78 atoms, 10 residues, 1 surfaces, atom bfactor range 42.9 to 88.1 
    3136 
    3137 > hide sel surfaces
    3138 
    3139 > mlp sel
    3140 
    3141 Map values for surface "fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES
    3142 surface": minimum -29.39, mean -3.629, maximum 25.41 
    3143 To also show corresponding color key, enter the above mlp command and add key
    3144 true 
    3145 
    3146 > hide sel surfaces
    3147 
    3148 > ui tool show Contacts
    3149 
    3150 Restriction atom specifier must not be blank 
    3151 
    3152 > contacts sel saveFile C:/Users/emirm/Desktop/Contacts_trial restrict both
    3153 > intraRes true ignoreHiddenModels true select true color #6a6a6a dashes 5
    3154 > reveal true log true
    3155    
    3156    
    3157     Allowed overlap: -0.4
    3158     H-bond overlap reduction: 0.4
    3159     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    3160     Detect intra-residue contacts: True
    3161     Detect intra-molecule contacts: True
    3162    
    3163     36 contacts
    3164                                 atom1                                                           atom2                               overlap  distance
    3165     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NH1  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    3166     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CZ   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CD    0.496    2.994
    3167     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CZ    0.469    2.561
    3168     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE1  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NH1   0.445    2.215
    3169     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    3170     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE1  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CZ    0.084    2.946
    3171     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NE   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CD    0.067    3.453
    3172     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   0.046    3.714
    3173     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CD   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CD    0.039    3.721
    3174     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NH2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CD    0.025    3.495
    3175     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NH2   -0.046    2.706
    3176     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    3177     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    3178     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    3179     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    3180     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    3181     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    3182     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    3183     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O     -0.178    3.478
    3184     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    3185     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NH1   -0.211    2.871
    3186     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    3187     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    3188     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    3189     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CD   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CB    -0.284    4.044
    3190     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    3191     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    3192     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 CB    -0.309    4.069
    3193     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O     -0.318    3.618
    3194     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   -0.326    3.846
    3195     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    3196     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NE    -0.359    3.019
    3197     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    3198     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    3199     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CG   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CD    -0.391    4.151
    3200     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    3201    
    3202 
    3203  
    3204 36 contacts 
    3205 
    3206 > contacts sel saveFile C:/Users/emirm/Desktop/Contacts_trial2 restrict both
    3207 > intraRes true ignoreHiddenModels true select true color #6a6a6a dashes 5
    3208 > reveal true log true
    3209    
    3210    
    3211     Allowed overlap: -0.4
    3212     H-bond overlap reduction: 0.4
    3213     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    3214     Detect intra-residue contacts: True
    3215     Detect intra-molecule contacts: True
    3216    
    3217     36 contacts
    3218                                 atom1                                                           atom2                               overlap  distance
    3219     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NH1  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    3220     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CZ   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CD    0.496    2.994
    3221     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CZ    0.469    2.561
    3222     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE1  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NH1   0.445    2.215
    3223     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    3224     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE1  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CZ    0.084    2.946
    3225     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NE   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CD    0.067    3.453
    3226     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   0.046    3.714
    3227     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CD   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CD    0.039    3.721
    3228     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NH2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CD    0.025    3.495
    3229     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NH2   -0.046    2.706
    3230     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    3231     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    3232     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    3233     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    3234     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    3235     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    3236     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    3237     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O     -0.178    3.478
    3238     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    3239     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NH1   -0.211    2.871
    3240     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    3241     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    3242     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    3243     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CD   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CB    -0.284    4.044
    3244     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    3245     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    3246     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 CB    -0.309    4.069
    3247     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O     -0.318    3.618
    3248     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   -0.326    3.846
    3249     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    3250     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NE    -0.359    3.019
    3251     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    3252     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    3253     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CG   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CD    -0.391    4.151
    3254     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    3255    
    3256 
    3257  
    3258 36 contacts 
    3259 
    3260 > ui tool show H-Bonds
    3261 
    3262 > hbonds sel saveFile C:/Users/emirm/Desktop/H-bonds_trial dashes 4 restrict
    3263 > both reveal true log true
    3264    
    3265    
    3266     Finding intermodel H-bonds
    3267     Finding intramodel H-bonds
    3268     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    3269     Models used:
    3270         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    3271    
    3272     5 H-bonds
    3273     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    3274     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O  no hydrogen  2.913  N/A
    3275     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O  no hydrogen  2.815  N/A
    3276     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O  no hydrogen  2.872  N/A
    3277     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O  no hydrogen  2.752  N/A
    3278     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O  no hydrogen  2.859  N/A
    3279    
    3280 
    3281  
    3282 5 hydrogen bonds found 
    3283 
    3284 > hbonds sel saveFile C:/Users/emirm/Desktop/H-bonds_trial2 dashes 4 restrict
    3285 > both reveal true log true
    3286    
    3287    
    3288     Finding intermodel H-bonds
    3289     Finding intramodel H-bonds
    3290     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    3291     Models used:
    3292         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    3293    
    3294     5 H-bonds
    3295     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    3296     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O  no hydrogen  2.913  N/A
    3297     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O  no hydrogen  2.815  N/A
    3298     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O  no hydrogen  2.872  N/A
    3299     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O  no hydrogen  2.752  N/A
    3300     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O  no hydrogen  2.859  N/A
    3301    
    3302 
    3303  
    3304 5 hydrogen bonds found 
    3305 
    3306 > hide #1.2 models
    3307 
    3308 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Superpositions_hob.cxs
    3309 
    3310 ——— End of log from Thu Mar 6 15:37:27 2025 ———
    3311 
    3312 opened ChimeraX session 
    3313 
    3314 > select #2/A:16-17
    3315 
    3316 19 atoms, 19 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    3317 
    3318 > select #2/A:16-17
    3319 
    3320 19 atoms, 19 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    3321 
    3322 > select #1/A:2056
    3323 
    3324 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    3325 
    3326 > select #1/A:2056-2102
    3327 
    3328 379 atoms, 388 bonds, 17 pseudobonds, 47 residues, 3 models selected 
    3329 
    3330 > select #1/A:2055
    3331 
    3332 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    3333 
    3334 > select #1/A:1961-2055
    3335 
    3336 766 atoms, 775 bonds, 95 residues, 1 model selected 
    3337 
    3338 > color (#!1 & sel) #ffff7fff
    3339 
    3340 > select
    3341 > #1/A:35-37,40-42,47-49,51-55,58-62,64-69,80-85,87-93,143-148,150-156,162-169,171-179,184-192,194-201,218-233,240-248,251-255,304-310,312-317,325-329,331-339,351-359,361-364,369-373,375-383,386-394,396-401,467-475,477-483,486-492,494-501,524-531,533-536,557-559,561-569,572-580,582-586,637-644,646-651,657-662,664-669,673-679,681-686,701-706,708-714,722-727,731-736,774-779,782-788,794-800,802-806,810-814,816-821,824-830,832-837,860-865,867-872,913-918,920-926,1005-1012,1014-1019,1050-1062,1064-1069,1077-1080,1082-1093,1100-1108,1112-1119,1123-1133,1135-1140,1179-1187,1189-1195,1206-1212,1214-1219,1222-1234,1242-1247,1250-1260,1295-1306,1320-1324,1365-1374,1377-1382,1389-1395,1397-1409,1420-1433,1435-1442,1463-1471,1473-1479,1502-1507,1510-1513,1635-1638,1640-1645,1647-1652,1659-1664,1666-1674,1677-1679,1682-1684,1686-1694,1697-1701,1771-1775,1780-1787,1819-1825,1827-1832,1972-1980,1982-1988,1995-2002,2004-2011,2016-2022,2024-2029,2038-2042,2058-2065,2072-2081,2084-2089,2174-2176,2178-2181,2184-2191,2204-2208,2211-2214,2216-2218
    3342 
    3343 6684 atoms, 6718 bonds, 15 pseudobonds, 812 residues, 3 models selected 
    3344 
    3345 > select #1/A:2056
    3346 
    3347 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    3348 
    3349 > select #1/A:2056-2102
    3350 
    3351 379 atoms, 388 bonds, 17 pseudobonds, 47 residues, 3 models selected 
    3352 
    3353 > color (#!1 & sel) orange
    3354 
    3355 > select #1/A:2055
    3356 
    3357 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    3358 
    3359 > select #1/A:1990-2055
    3360 
    3361 525 atoms, 531 bonds, 66 residues, 1 model selected 
    3362 
    3363 > color #1 white
    3364 
    3365 > color #1 #8b8b8bff
    3366 
    3367 > color #1 #cfcfcfff
    3368 
    3369 > select #1/A:2056
    3370 
    3371 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    3372 
    3373 > select #1/A:2056-2102
    3374 
    3375 379 atoms, 388 bonds, 17 pseudobonds, 47 residues, 3 models selected 
    3376 
    3377 > color (#!1 & sel) orange
    3378 
    3379 > select #1/A:2042
    3380 
    3381 5 atoms, 4 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    3382 
    3383 > select #1/A:2020-2042
    3384 
    3385 191 atoms, 192 bonds, 23 residues, 1 model selected 
    3386 
    3387 > color (#!1 & sel) cornflower blue
    3388 
    3389 > select #1/A:2176
    3390 
    3391 11 atoms, 11 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    3392 
    3393 > select #1/A:2176-2194
    3394 
    3395 159 atoms, 163 bonds, 19 residues, 1 model selected 
    3396 
    3397 > color (#!1 & sel) hot pink
    3398 
    3399 > select #1/A:2198
    3400 
    3401 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    3402 
    3403 > select #1/A:2198-2238
    3404 
    3405 343 atoms, 351 bonds, 41 residues, 1 model selected 
    3406 
    3407 > color (#!1 & sel) purple
    3408 
    3409 > hide #1.3 models
    3410 
    3411 > select subtract #1.1
    3412 
    3413 1 model selected 
    3414 
    3415 > hide #1.1 models
    3416 
    3417 > select add #1.1
    3418 
    3419 18469 atoms, 2300 residues, 1 model selected 
    3420 
    3421 > select subtract #1.1
    3422 
    3423 1 model selected 
    3424 
    3425 > select #1/A:2198
    3426 
    3427 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    3428 
    3429 > select #1/A:2198-2238
    3430 
    3431 343 atoms, 351 bonds, 41 residues, 1 model selected 
    3432 
    3433 > color (#!1 & sel) lime
    3434 
    3435 > select subtract #1.1
    3436 
    3437 1 model selected 
    3438 
    3439 > select add #1
    3440 
    3441 18469 atoms, 18843 bonds, 41 pseudobonds, 2300 residues, 3 models selected 
    3442 
    3443 > hide sel atoms
    3444 
    3445 > hide #!1 models
    3446 
    3447 > show #!1 models
    3448 
    3449 > select subtract #1.1
    3450 
    3451 1 model selected 
    3452 
    3453 > select add #1.2
    3454 
    3455 36 pseudobonds, 1 model selected 
    3456 
    3457 > save C:\Users\emirm/Desktop\image1.png supersample 3
    3458 
    3459 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Whole.png width 816 height
    3460 > 443 supersample 3
    3461 
    3462 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Whole.tif width 816 height
    3463 > 443 supersample 3
    3464 
    3465 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Apt1.cxs
    3466 
    3467 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Whole_180.tif width 816
    3468 > height 443 supersample 3
    3469 
    3470 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Whole.tif width 816 height
    3471 > 443 supersample 3
    3472 
    3473 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom1.tif width 816 height
    3474 > 443 supersample 3
    3475 
    3476 > select add #1/A:2020
    3477 
    3478 8 atoms, 7 bonds, 36 pseudobonds, 1 residue, 2 models selected 
    3479 
    3480 > select add #1/A:2021
    3481 
    3482 17 atoms, 15 bonds, 36 pseudobonds, 2 residues, 3 models selected 
    3483 
    3484 > select add #1/A:2022
    3485 
    3486 25 atoms, 22 bonds, 36 pseudobonds, 3 residues, 3 models selected 
    3487 
    3488 > select add #1/A:2060
    3489 
    3490 33 atoms, 29 bonds, 36 pseudobonds, 4 residues, 3 models selected 
    3491 
    3492 > select add #1/A:2059
    3493 
    3494 44 atoms, 39 bonds, 36 pseudobonds, 5 residues, 3 models selected 
    3495 
    3496 > select add #1/A:2058
    3497 
    3498 52 atoms, 46 bonds, 36 pseudobonds, 6 residues, 3 models selected 
    3499 
    3500 > select add #1/A:2078
    3501 
    3502 61 atoms, 54 bonds, 36 pseudobonds, 7 residues, 3 models selected 
    3503 
    3504 > select add #1/A:2079
    3505 
    3506 69 atoms, 61 bonds, 36 pseudobonds, 8 residues, 3 models selected 
    3507 
    3508 > select add #1/A:2080
    3509 
    3510 77 atoms, 68 bonds, 36 pseudobonds, 9 residues, 3 models selected 
    3511 
    3512 > select add #1/A:2081
    3513 
    3514 84 atoms, 74 bonds, 36 pseudobonds, 10 residues, 3 models selected 
    3515 
    3516 > select subtract #1/A:2078
    3517 
    3518 75 atoms, 66 bonds, 36 pseudobonds, 9 residues, 3 models selected 
    3519 
    3520 > select add #1/A:2082
    3521 
    3522 80 atoms, 70 bonds, 36 pseudobonds, 10 residues, 3 models selected 
    3523 
    3524 > select add #1/A:2056
    3525 
    3526 91 atoms, 80 bonds, 36 pseudobonds, 11 residues, 3 models selected 
    3527 
    3528 > select add #1/A:2023
    3529 
    3530 95 atoms, 83 bonds, 36 pseudobonds, 12 residues, 3 models selected 
    3531 
    3532 > select add #1/A:2057
    3533 
    3534 102 atoms, 89 bonds, 36 pseudobonds, 13 residues, 3 models selected 
    3535 
    3536 > select subtract #1/A:2056
    3537 
    3538 91 atoms, 79 bonds, 21 pseudobonds, 12 residues, 3 models selected 
    3539 
    3540 > show sel atoms
    3541 
    3542 > mlp sel
    3543 
    3544 Map values for surface "fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES
    3545 surface": minimum -29.39, mean -3.629, maximum 25.41 
    3546 To also show corresponding color key, enter the above mlp command and add key
    3547 true 
    3548 
    3549 > color bfactor sel
    3550 
    3551 91 atoms, 12 residues, 1 surfaces, atom bfactor range 51.2 to 89.1 
    3552 
    3553 > hide sel surfaces
    3554 
    3555 > mlp sel
    3556 
    3557 Map values for surface "fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES
    3558 surface": minimum -29.39, mean -3.629, maximum 25.41 
    3559 To also show corresponding color key, enter the above mlp command and add key
    3560 true 
    3561 
    3562 > hide sel surfaces
    3563 
    3564 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom1_residues.tif width
    3565 > 816 height 443 supersample 3
    3566 
    3567 > ui tool show Contacts
    3568 
    3569 > contacts sel saveFile
    3570 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/residues_contacts restrict both
    3571 > intraRes true ignoreHiddenModels true select true color #6a6a6a dashes 4
    3572 > reveal true log true
    3573    
    3574    
    3575     Allowed overlap: -0.4
    3576     H-bond overlap reduction: 0.4
    3577     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    3578     Detect intra-residue contacts: True
    3579     Detect intra-molecule contacts: True
    3580    
    3581     31 contacts
    3582                                 atom1                                                           atom2                               overlap  distance
    3583     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    3584     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   0.046    3.714
    3585     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 O     0.034    3.266
    3586     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2079 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG2   -0.044    3.804
    3587     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 CD2   -0.059    3.579
    3588     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    3589     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    3590     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    3591     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    3592     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    3593     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 O     -0.157    2.817
    3594     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    3595     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    3596     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2079 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   -0.189    3.949
    3597     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 N     -0.197    2.857
    3598     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    3599     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    3600     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CG   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 O     -0.213    3.513
    3601     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 CD2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 O     -0.220    3.520
    3602     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    3603     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    3604     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2079 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.274    3.574
    3605     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    3606     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    3607     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 CB    -0.309    4.069
    3608     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   -0.326    3.846
    3609     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    3610     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 CG1  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   -0.376    4.136
    3611     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    3612     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    3613     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    3614    
    3615 
    3616  
    3617 31 contacts 
    3618 
    3619 > contacts sel saveFile
    3620 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/residues_contacts2 restrict
    3621 > both intraRes true ignoreHiddenModels true select true color #6a6a6a dashes
    3622 > 4 reveal true log true
    3623    
    3624    
    3625     Allowed overlap: -0.4
    3626     H-bond overlap reduction: 0.4
    3627     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    3628     Detect intra-residue contacts: True
    3629     Detect intra-molecule contacts: True
    3630    
    3631     31 contacts
    3632                                 atom1                                                           atom2                               overlap  distance
    3633     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    3634     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   0.046    3.714
    3635     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 O     0.034    3.266
    3636     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2079 CG2   -0.044    3.804
    3637     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 CD2   -0.059    3.579
    3638     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    3639     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    3640     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    3641     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    3642     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    3643     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 O     -0.157    2.817
    3644     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    3645     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    3646     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2079 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   -0.189    3.949
    3647     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 N     -0.197    2.857
    3648     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    3649     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    3650     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CG   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 O     -0.213    3.513
    3651     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 CD2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 O     -0.220    3.520
    3652     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    3653     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    3654     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2079 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.274    3.574
    3655     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    3656     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    3657     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 CB    -0.309    4.069
    3658     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   -0.326    3.846
    3659     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    3660     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 CG1  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   -0.376    4.136
    3661     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    3662     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    3663     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    3664    
    3665 
    3666  
    3667 31 contacts 
    3668 
    3669 > show #1.2 models
    3670 
    3671 > save
    3672 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom1_residues_contacts.tif
    3673 > width 816 height 443 supersample 3
    3674 
    3675 > show #1.3 models
    3676 
    3677 > hide #1.3 models
    3678 
    3679 > close #1.3
    3680 
    3681 > ui tool show Distances
    3682 
    3683 > ui tool show H-Bonds
    3684 
    3685 > hbonds sel saveFile C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/residues_h-
    3686 > bonds dashes 4 restrict both reveal true log true
    3687    
    3688    
    3689     Finding intermodel H-bonds
    3690     Finding intramodel H-bonds
    3691     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    3692     Models used:
    3693         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    3694    
    3695     7 H-bonds
    3696     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    3697     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 O  no hydrogen  2.857  N/A
    3698     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O  no hydrogen  2.913  N/A
    3699     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O  no hydrogen  2.815  N/A
    3700     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O  no hydrogen  2.872  N/A
    3701     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 O  no hydrogen  2.817  N/A
    3702     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O  no hydrogen  2.752  N/A
    3703     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O  no hydrogen  2.859  N/A
    3704    
    3705 
    3706  
    3707 7 hydrogen bonds found 
    3708 
    3709 > hbonds sel saveFile C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/residues_h-
    3710 > bonds2 dashes 4 restrict both reveal true log true
    3711    
    3712    
    3713     Finding intermodel H-bonds
    3714     Finding intramodel H-bonds
    3715     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    3716     Models used:
    3717         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    3718    
    3719     7 H-bonds
    3720     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    3721     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 O  no hydrogen  2.857  N/A
    3722     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O  no hydrogen  2.913  N/A
    3723     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O  no hydrogen  2.815  N/A
    3724     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O  no hydrogen  2.872  N/A
    3725     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 O  no hydrogen  2.817  N/A
    3726     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O  no hydrogen  2.752  N/A
    3727     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O  no hydrogen  2.859  N/A
    3728    
    3729 
    3730  
    3731 7 hydrogen bonds found 
    3732 
    3733 > hide #1.2 models
    3734 
    3735 > show #1.2 models
    3736 
    3737 > hide #1.2 models
    3738 
    3739 > show #1.2 models
    3740 
    3741 > hide #1.2 models
    3742 
    3743 > show #1.2 models
    3744 
    3745 > hide #1.2 models
    3746 
    3747 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom1_residues_h-bonds.tif
    3748 > width 778 height 443 supersample 3
    3749 
    3750 > hide #1.3 models
    3751 
    3752 > ui tool show Clashes
    3753 
    3754 > clashes sel saveFile
    3755 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/residues_clashes restrict both
    3756 > ignoreHiddenModels true reveal true log true
    3757    
    3758    
    3759     Allowed overlap: 0.6
    3760     H-bond overlap reduction: 0.4
    3761     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    3762     Detect intra-residue clashes: False
    3763     Detect intra-molecule clashes: True
    3764    
    3765     0 clashes
    3766     atom1  atom2  overlap  distance
    3767    
    3768 
    3769  
    3770 No clashes 
    3771 
    3772 > clashes sel saveFile
    3773 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/residues_clashes2 restrict both
    3774 > ignoreHiddenModels true reveal true log true
    3775    
    3776    
    3777     Allowed overlap: 0.6
    3778     H-bond overlap reduction: 0.4
    3779     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    3780     Detect intra-residue clashes: False
    3781     Detect intra-molecule clashes: True
    3782    
    3783     0 clashes
    3784     atom1  atom2  overlap  distance
    3785    
    3786 
    3787  
    3788 No clashes 
    3789 
    3790 > hide #1.4 models
    3791 
    3792 > show #1.4 models
    3793 
    3794 > select subtract #1.4
    3795 
    3796 39 atoms, 12 residues, 2 models selected 
    3797 
    3798 > hide #1.4 models
    3799 
    3800 > select subtract #1.4
    3801 
    3802 39 atoms, 12 residues, 2 models selected 
    3803 
    3804 > show #1.4 models
    3805 
    3806 > hide #1.4 models
    3807 
    3808 > select subtract #1.4
    3809 
    3810 39 atoms, 12 residues, 2 models selected 
    3811 
    3812 > ui tool show Angles/Torsions
    3813 
    3814 > ui tool show "Check Waters"
    3815 
    3816 QWindowsWindow::setMouseGrabEnabled: Not setting mouse grab for invisible
    3817 window QWidgetWindow/'QMenuClassWindow' 
    3818 
    3819 [Repeated 4 time(s)]
    3820 
    3821 > hbonds interModel false reveal true restrict any name "water H-bonds"
    3822 
    3823 7487 hydrogen bonds found 
    3824 
    3825 > ~select
    3826 
    3827 Nothing selected 
    3828 
    3829 > hide #1.5 models
    3830 
    3831 > show #1.5 models
    3832 
    3833 > hide #1.5 models
    3834 
    3835 > show #1.5 models
    3836 
    3837 > select add #1.5
    3838 
    3839 1868 pseudobonds, 1 model selected 
    3840 
    3841 > hide #1.5 models
    3842 
    3843 > show #1.5 models
    3844 
    3845 > select subtract #1.5
    3846 
    3847 Nothing selected 
    3848 
    3849 > hide #1.5 models
    3850 
    3851 > hide #!1 atoms
    3852 
    3853 > select add #1.1
    3854 
    3855 18469 atoms, 2300 residues, 1 model selected 
    3856 
    3857 > select subtract #1.1
    3858 
    3859 1 model selected 
    3860 
    3861 > select add #1.2
    3862 
    3863 31 pseudobonds, 1 model selected 
    3864 
    3865 > select subtract #1.2
    3866 
    3867 Nothing selected 
    3868 
    3869 > select add #1.2
    3870 
    3871 31 pseudobonds, 1 model selected 
    3872 
    3873 > select subtract #1.2
    3874 
    3875 Nothing selected 
    3876 
    3877 > show #1.2 models
    3878 
    3879 > select add #1.2
    3880 
    3881 31 pseudobonds, 1 model selected 
    3882 
    3883 > show #!1 atoms
    3884 
    3885 [Repeated 1 time(s)]
    3886 
    3887 > hide #!1 atoms
    3888 
    3889 > hide #1.2 models
    3890 
    3891 > select subtract #1.2
    3892 
    3893 Nothing selected 
    3894 
    3895 > select subtract #1.4
    3896 
    3897 Nothing selected 
    3898 
    3899 > select #1/A:2020
    3900 
    3901 8 atoms, 7 bonds, 1 pseudobond, 1 residue, 2 models selected 
    3902 
    3903 > select #1/A:2020-2023
    3904 
    3905 29 atoms, 28 bonds, 3 pseudobonds, 4 residues, 2 models selected 
    3906 
    3907 > select #1/A:2020-2023,2057-2060
    3908 
    3909 63 atoms, 61 bonds, 24 pseudobonds, 8 residues, 4 models selected 
    3910 
    3911 > select #1/A:2020-2023,2057-2060,2079-2082
    3912 
    3913 91 atoms, 88 bonds, 46 pseudobonds, 12 residues, 4 models selected 
    3914 
    3915 > style sel ball
    3916 
    3917 Changed 91 atom styles 
    3918 
    3919 > show sel atoms
    3920 
    3921 > select subtract #1.1
    3922 
    3923 1 model selected 
    3924 
    3925 > select add #1.2
    3926 
    3927 31 pseudobonds, 1 model selected 
    3928 
    3929 > select add #1.3
    3930 
    3931 38 pseudobonds, 2 models selected 
    3932 
    3933 > select subtract #1.4
    3934 
    3935 38 pseudobonds, 2 models selected 
    3936 
    3937 > select subtract #1.3
    3938 
    3939 31 pseudobonds, 1 model selected 
    3940 
    3941 > select subtract #1.2
    3942 
    3943 Nothing selected 
    3944 
    3945 > select subtract #1.4
    3946 
    3947 Nothing selected 
    3948 
    3949 > show #1.2 models
    3950 
    3951 > log metadata #1
    3952 
    3953 No models had metadata
    3954 
    3955 > log chains #1
    3956 
    3957 Chain information for fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1 
    3958 --- 
    3959 Chain | Description 
    3960 A | . 
    3961  
    3962 
    3963 > select add #1.2
    3964 
    3965 31 pseudobonds, 1 model selected 
    3966 
    3967 > log metadata #1
    3968 
    3969 No models had metadata
    3970 
    3971 > log chains #1
    3972 
    3973 Chain information for fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1 
    3974 --- 
    3975 Chain | Description 
    3976 A | . 
    3977  
    3978 
    3979 > interfaces #!1 & ~solvent
    3980 
    3981 0 buried areas: 
    3982 
    3983 > ui tool show Contacts
    3984 
    3985 > help help:user/tools/clashes.html
    3986 
    3987 > select subtract #1.2
    3988 
    3989 Nothing selected 
    3990 
    3991 > select subtract #1.4
    3992 
    3993 Nothing selected 
    3994 
    3995 > hide #1.2 models
    3996 
    3997 > select #1/A:2055
    3998 
    3999 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4000 
    4001 > select add #1/A:2054
    4002 
    4003 19 atoms, 18 bonds, 2 residues, 2 models selected 
    4004 
    4005 > hide sel cartoons
    4006 
    4007 > select #1/A:1618
    4008 
    4009 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4010 
    4011 > select #1/A:1619
    4012 
    4013 6 atoms, 5 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4014 
    4015 > select #1/A:1618
    4016 
    4017 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4018 
    4019 > select add #1/A:1619
    4020 
    4021 15 atoms, 13 bonds, 2 residues, 2 models selected 
    4022 
    4023 > select add #1/A:1620
    4024 
    4025 26 atoms, 23 bonds, 3 residues, 2 models selected 
    4026 
    4027 > hide sel cartoons
    4028 
    4029 > select add #1/A:1617
    4030 
    4031 33 atoms, 29 bonds, 4 residues, 2 models selected 
    4032 
    4033 > select add #1/A:1615
    4034 
    4035 43 atoms, 39 bonds, 5 residues, 2 models selected 
    4036 
    4037 > select add #1/A:1616
    4038 
    4039 49 atoms, 44 bonds, 6 residues, 2 models selected 
    4040 
    4041 > hide sel cartoons
    4042 
    4043 > select add #1/A:2053
    4044 
    4045 56 atoms, 50 bonds, 7 residues, 2 models selected 
    4046 
    4047 > select add #1/A:2052
    4048 
    4049 64 atoms, 57 bonds, 8 residues, 2 models selected 
    4050 
    4051 > hide sel cartoons
    4052 
    4053 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom2_residues.tif width
    4054 > 778 height 443 supersample 3
    4055 
    4056 > show #1.2 models
    4057 
    4058 > select add #1/A:2056
    4059 
    4060 75 atoms, 67 bonds, 9 residues, 2 models selected 
    4061 
    4062 > hide sel cartoons
    4063 
    4064 > hide #1.2 models
    4065 
    4066 > show #1.2 models
    4067 
    4068 > hide #1.2 models
    4069 
    4070 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom2_residues.tif width
    4071 > 778 height 443 supersample 3
    4072 
    4073 > show #1.2 models
    4074 
    4075 > save
    4076 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom2_residues_contacts.tif
    4077 > width 778 height 443 supersample 3
    4078 
    4079 > hide #1.2 models
    4080 
    4081 > show #1.2 models
    4082 
    4083 > hide #1.2 models
    4084 
    4085 > show #1.3 models
    4086 
    4087 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom2_residues_h-bonds.tif
    4088 > width 778 height 443 supersample 3
    4089 
    4090 > show #1.2 models
    4091 
    4092 > hide #1.2 models
    4093 
    4094 > hide #1.3 models
    4095 
    4096 > color #1.4 yellow models
    4097 
    4098 > show #1.4 models
    4099 
    4100 > hide #1.4 models
    4101 
    4102 > show #1.5 models
    4103 
    4104 > hide #1.5 models
    4105 
    4106 > select subtract #1.4
    4107 
    4108 75 atoms, 67 bonds, 9 residues, 2 models selected 
    4109 
    4110 > select #1/A:2020
    4111 
    4112 8 atoms, 7 bonds, 1 pseudobond, 1 residue, 2 models selected 
    4113 
    4114 > select #1/A:2020-2023
    4115 
    4116 29 atoms, 28 bonds, 3 pseudobonds, 4 residues, 2 models selected 
    4117 
    4118 > select #1/A:2057-2058
    4119 
    4120 15 atoms, 14 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    4121 
    4122 > select #1/A:2057-2060
    4123 
    4124 34 atoms, 33 bonds, 2 pseudobonds, 4 residues, 2 models selected 
    4125 
    4126 > select #1/A:2020-2023,2057-2060
    4127 
    4128 63 atoms, 61 bonds, 24 pseudobonds, 8 residues, 4 models selected 
    4129 
    4130 > select #1/A:2020-2023,2057-2060,2079-2082
    4131 
    4132 91 atoms, 88 bonds, 46 pseudobonds, 12 residues, 4 models selected 
    4133 
    4134 > coulombic sel
    4135 
    4136 Coulombic values for fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES
    4137 surface #1.1: minimum, -16.90, mean -0.15, maximum 17.22 
    4138 To also show corresponding color key, enter the above coulombic command and
    4139 add key true 
    4140 
    4141 > hide sel surfaces
    4142 
    4143 > mlp sel
    4144 
    4145 Map values for surface "fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES
    4146 surface": minimum -29.39, mean -3.629, maximum 25.41 
    4147 To also show corresponding color key, enter the above mlp command and add key
    4148 true 
    4149 
    4150 > save C:\Users\emirm/Desktop\image2.png supersample 3
    4151 
    4152 > save
    4153 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom2_residues_hydrophobicity.tif
    4154 > width 778 height 443 supersample 3
    4155 
    4156 > volume style mesh
    4157 
    4158 No volumes specified 
    4159 
    4160 > surface style #1 mesh
    4161 
    4162 > surface (#!1 & sel)
    4163 
    4164 > transparency (#!1 & sel) 50
    4165 
    4166 > select subtract #1.1
    4167 
    4168 1 model selected 
    4169 
    4170 > select add #1.1
    4171 
    4172 18469 atoms, 2300 residues, 1 model selected 
    4173 
    4174 > select subtract #1.1
    4175 
    4176 1 model selected 
    4177 
    4178 > transparency #1.1#!1 20
    4179 
    4180 > transparency #1.1#!1 0
    4181 
    4182 > save
    4183 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom2_residues_hydrophobicity_mesh.tif
    4184 > width 778 height 443 supersample 3
    4185 
    4186 > ui tool show "Color Actions"
    4187 
    4188 > color byhetero
    4189 
    4190 > color byelement
    4191 
    4192 > color byhetero
    4193 
    4194 [Repeated 1 time(s)]
    4195 
    4196 > color bynucleotide
    4197 
    4198 > color bychain
    4199 
    4200 > undo
    4201 
    4202 [Repeated 6 time(s)]
    4203 
    4204 > redo
    4205 
    4206 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Apt1.cxs
    4207 
    4208 > ui tool show "Color Actions"
    4209 
    4210 > toolshed show
    4211 
    4212 Downloading bundle ChimeraX_ISOLDE-1.9-cp311-cp311-win_amd64.whl 
    4213 Downloading bundle SEQCROW-1.8.18-py3-none-any.whl 
    4214 Installed SEQCROW (1.8.18) 
    4215 
    4216 > select #1/A:2059
    4217 
    4218 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4219 
    4220 > select #1/A:2059
    4221 
    4222 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4223 
    4224 > help help:user/tools/sequenceviewer.html#copy
    4225 
    4226 > toolshed show
    4227 
    4228 > help help:quickstart
    4229 
    4230 > help help:user
    4231 
    4232 > swapaa /L:2058 pro
    4233 
    4234 No amino acid residues specified for swapping 
    4235 
    4236 > swapaa /L:2058P
    4237 
    4238 Missing or invalid "resTypes" argument: Expected a text string 
    4239 
    4240 > ui tool show Rotamers
    4241 
    4242 [Repeated 1 time(s)]
    4243 
    4244 > swapaa interactive sel ARG rotLib Dunbrack
    4245 
    4246 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059: phi -132.9, psi
    4247 123.6 trans 
    4248 Changed 600 bond radii 
    4249 
    4250 > select
    4251 > #1/A:35-37,40-42,47-49,51-55,58-62,64-69,80-85,87-93,143-148,150-156,162-169,171-179,184-192,194-201,218-233,240-248,251-255,304-310,312-317,325-329,331-339,351-359,361-364,369-373,375-383,386-394,396-401,467-475,477-483,486-492,494-501,524-531,533-536,557-559,561-569,572-580,582-586,637-644,646-651,657-662,664-669,673-679,681-686,701-706,708-714,722-727,731-736,774-779,782-788,794-800,802-806,810-814,816-821,824-830,832-837,860-865,867-872,913-918,920-926,1005-1012,1014-1019,1050-1062,1064-1069,1077-1080,1082-1093,1100-1108,1112-1119,1123-1133,1135-1140,1179-1187,1189-1195,1206-1212,1214-1219,1222-1234,1242-1247,1250-1260,1295-1306,1320-1324,1365-1374,1377-1382,1389-1395,1397-1409,1420-1433,1435-1442,1463-1471,1473-1479,1502-1507,1510-1513,1635-1638,1640-1645,1647-1652,1659-1664,1666-1674,1677-1679,1682-1684,1686-1694,1697-1701,1771-1775,1780-1787,1819-1825,1827-1832,1972-1980,1982-1988,1995-2002,2004-2011,2016-2022,2024-2029,2038-2042,2058-2065,2072-2081,2084-2089,2174-2176,2178-2181,2184-2191,2204-2208,2211-2214,2216-2218
    4252 
    4253 6684 atoms, 6718 bonds, 825 pseudobonds, 812 residues, 4 models selected 
    4254 
    4255 > select #1/A:2058
    4256 
    4257 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4258 
    4259 > select #1/A:2058
    4260 
    4261 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4262 
    4263 > ui tool show Rotamers
    4264 
    4265 > swapaa interactive sel LEU rotLib Dunbrack
    4266 
    4267 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058: phi -137.9, psi
    4268 132.6 trans 
    4269 Changed 45 bond radii 
    4270 
    4271 > hbonds #!1 & ~#!1/A:2058 & ~solvent reveal true restrict #1.6 & ~@c,ca,n
    4272 
    4273 0 hydrogen bonds found 
    4274 
    4275 > select
    4276 > #1/A:35-37,40-42,47-49,51-55,58-62,64-69,80-85,87-93,143-148,150-156,162-169,171-179,184-192,194-201,218-233,240-248,251-255,304-310,312-317,325-329,331-339,351-359,361-364,369-373,375-383,386-394,396-401,467-475,477-483,486-492,494-501,524-531,533-536,557-559,561-569,572-580,582-586,637-644,646-651,657-662,664-669,673-679,681-686,701-706,708-714,722-727,731-736,774-779,782-788,794-800,802-806,810-814,816-821,824-830,832-837,860-865,867-872,913-918,920-926,1005-1012,1014-1019,1050-1062,1064-1069,1077-1080,1082-1093,1100-1108,1112-1119,1123-1133,1135-1140,1179-1187,1189-1195,1206-1212,1214-1219,1222-1234,1242-1247,1250-1260,1295-1306,1320-1324,1365-1374,1377-1382,1389-1395,1397-1409,1420-1433,1435-1442,1463-1471,1473-1479,1502-1507,1510-1513,1635-1638,1640-1645,1647-1652,1659-1664,1666-1674,1677-1679,1682-1684,1686-1694,1697-1701,1771-1775,1780-1787,1819-1825,1827-1832,1972-1980,1982-1988,1995-2002,2004-2011,2016-2022,2024-2029,2038-2042,2058-2065,2072-2081,2084-2089,2174-2176,2178-2181,2184-2191,2204-2208,2211-2214,2216-2218
    4277 
    4278 6684 atoms, 6718 bonds, 820 pseudobonds, 812 residues, 3 models selected 
    4279 
    4280 > select #1/A:2058
    4281 
    4282 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4283 
    4284 > select #1/A:2058
    4285 
    4286 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4287 
    4288 > swapaa
    4289 
    4290 Missing or invalid "residues" argument: empty atom specifier 
    4291 
    4292 > redo
    4293 
    4294 > select #1/A:2020-2023,2057-2060,2079-2082
    4295 
    4296 91 atoms, 88 bonds, 39 pseudobonds, 12 residues, 3 models selected 
    4297 
    4298 > select #1/A:2058
    4299 
    4300 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4301 
    4302 > select #1/A:2058
    4303 
    4304 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4305 
    4306 > swapaa /A:2058 leu to A:2058 val
    4307 
    4308 Expected ',' or a keyword 
    4309 
    4310 > swapaa /A:2058 leu A:2058 val
    4311 
    4312 Expected ',' or a keyword 
    4313 
    4314 > swapaa /A:L2058V
    4315 
    4316 Missing or invalid "resTypes" argument: Expected a text string 
    4317 
    4318 > swapaa /A:2058 val
    4319 
    4320 Using Dunbrack library 
    4321 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058: phi -137.9, psi
    4322 132.6 trans 
    4323 fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop_model_0.cif #2/A LEU 2058: phi -139.1,
    4324 psi 132.6 trans 
    4325 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif #3/A LEU 2058: phi -138.8, psi
    4326 132.1 trans 
    4327 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif #4/A LEU 2058: phi -136.2,
    4328 psi 130.5 trans 
    4329 Applying VAL rotamer (chi angles: 179.2) to
    4330 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2058 
    4331 Applying VAL rotamer (chi angles: 179.2) to
    4332 fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop_model_0.cif #2/A VAL 2058 
    4333 Applying VAL rotamer (chi angles: 179.2) to
    4334 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif #3/A VAL 2058 
    4335 Applying VAL rotamer (chi angles: 179.2) to
    4336 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif #4/A VAL 2058 
    4337 
    4338 > select
    4339 > #1/A:35-37,40-42,47-49,51-55,58-62,64-69,80-85,87-93,143-148,150-156,162-169,171-179,184-192,194-201,218-233,240-248,251-255,304-310,312-317,325-329,331-339,351-359,361-364,369-373,375-383,386-394,396-401,467-475,477-483,486-492,494-501,524-531,533-536,557-559,561-569,572-580,582-586,637-644,646-651,657-662,664-669,673-679,681-686,701-706,708-714,722-727,731-736,774-779,782-788,794-800,802-806,810-814,816-821,824-830,832-837,860-865,867-872,913-918,920-926,1005-1012,1014-1019,1050-1062,1064-1069,1077-1080,1082-1093,1100-1108,1112-1119,1123-1133,1135-1140,1179-1187,1189-1195,1206-1212,1214-1219,1222-1234,1242-1247,1250-1260,1295-1306,1320-1324,1365-1374,1377-1382,1389-1395,1397-1409,1420-1433,1435-1442,1463-1471,1473-1479,1502-1507,1510-1513,1635-1638,1640-1645,1647-1652,1659-1664,1666-1674,1677-1679,1682-1684,1686-1694,1697-1701,1771-1775,1780-1787,1819-1825,1827-1832,1972-1980,1982-1988,1995-2002,2004-2011,2016-2022,2024-2029,2038-2042,2058-2065,2072-2081,2084-2089,2174-2176,2178-2181,2184-2191,2204-2208,2211-2214,2216-2218
    4340 
    4341 6683 atoms, 6717 bonds, 815 pseudobonds, 812 residues, 3 models selected 
    4342 
    4343 > swapaa /A:2058 pro
    4344 
    4345 Using Dunbrack library 
    4346 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2058: phi -137.9, psi
    4347 132.6 trans 
    4348 fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop_model_0.cif #2/A VAL 2058: phi -139.1,
    4349 psi 132.6 trans 
    4350 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif #3/A VAL 2058: phi -138.8, psi
    4351 132.1 trans 
    4352 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif #4/A VAL 2058: phi -136.2,
    4353 psi 130.5 trans 
    4354 Applying PRO rotamer (chi angles: -25.1 36.3) to
    4355 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A PRO 2058 
    4356 Applying PRO rotamer (chi angles: 27.3 -34.5) to
    4357 fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop_model_0.cif #2/A PRO 2058 
    4358 Applying PRO rotamer (chi angles: 27.3 -34.5) to
    4359 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif #3/A PRO 2058 
    4360 Applying PRO rotamer (chi angles: -25.1 36.3) to
    4361 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif #4/A PRO 2058 
    4362 
    4363 > select
    4364 > #1/A:2-32,134-142,212-214,256-268,291-300,402-420,458-463,513-519,588-605,696-698,737-756,841-849,878-896,929-965,971-998,1022-1024,1027-1037,1142-1144,1146-1158,1171-1178,1275-1277,1325-1339,1349-1351,1361-1363,1490-1497,1515-1538,1595-1604,1618-1623,1625-1631,1712-1714,1720-1722,1737-1739,1793-1795,1834-1848,1853-1871,1874-1911,1916-1958,2090-2100,2111-2113,2162-2172,2220-2247,2262-2271
    4365 
    4366 4475 atoms, 4510 bonds, 460 pseudobonds, 539 residues, 2 models selected 
    4367 
    4368 > select #1/A:2020
    4369 
    4370 8 atoms, 7 bonds, 1 pseudobond, 1 residue, 2 models selected 
    4371 
    4372 > select #1/A:2020-2023
    4373 
    4374 29 atoms, 28 bonds, 3 pseudobonds, 4 residues, 2 models selected 
    4375 
    4376 > select #1/A:2057
    4377 
    4378 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4379 
    4380 > select #1/A:2057-2060
    4381 
    4382 33 atoms, 33 bonds, 4 residues, 1 model selected 
    4383 
    4384 > select #1/A:2078-2079
    4385 
    4386 17 atoms, 16 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    4387 
    4388 > select #1/A:2078-2082
    4389 
    4390 37 atoms, 36 bonds, 4 pseudobonds, 5 residues, 3 models selected 
    4391 
    4392 > select #1/A:2079
    4393 
    4394 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4395 
    4396 > select #1/A:2079-2082
    4397 
    4398 28 atoms, 27 bonds, 3 pseudobonds, 4 residues, 2 models selected 
    4399 
    4400 > select #1/A:2057-2060,2079-2082
    4401 
    4402 61 atoms, 60 bonds, 17 pseudobonds, 8 residues, 3 models selected 
    4403 
    4404 > select #1/A:2020-2023,2057-2060,2079-2082
    4405 
    4406 90 atoms, 88 bonds, 34 pseudobonds, 12 residues, 3 models selected 
    4407 
    4408 > hide sel surfaces
    4409 
    4410 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom1_residues_L2058P.tif
    4411 > width 778 height 443 supersample 3
    4412 
    4413 > select subtract #1.1
    4414 
    4415 3 atoms, 2 bonds, 1 residue, 2 models selected 
    4416 
    4417 > select subtract #1.4
    4418 
    4419 3 atoms, 2 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4420 
    4421 > show #1.2 models
    4422 
    4423 > save
    4424 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom1_residues_L2058P_contacts.tif
    4425 > width 778 height 443 supersample 3
    4426 
    4427 > show #1.5 models
    4428 
    4429 > hide #1.2 models
    4430 
    4431 > hide #1.5 models
    4432 
    4433 > show #1.5 models
    4434 
    4435 > hide #1.5 models
    4436 
    4437 > show #1.5 models
    4438 
    4439 > hide #1.5 models
    4440 
    4441 > select add #1.5
    4442 
    4443 3 atoms, 2 bonds, 1868 pseudobonds, 1 residue, 2 models selected 
    4444 
    4445 > select subtract #1.5
    4446 
    4447 3 atoms, 2 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4448 
    4449 > show #1.5 models
    4450 
    4451 > hide #1.5 models
    4452 
    4453 > show #1.4 models
    4454 
    4455 > select subtract #1.4
    4456 
    4457 3 atoms, 2 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4458 
    4459 > hide #1.4 models
    4460 
    4461 > show #1.2 models
    4462 
    4463 > hide #1.2 models
    4464 
    4465 > show #1.5 models
    4466 
    4467 > hide #1.5 models
    4468 
    4469 > close #1.5
    4470 
    4471 > select #1/A:2020-2023,2057-2060,2079-2082
    4472 
    4473 90 atoms, 88 bonds, 26 pseudobonds, 12 residues, 2 models selected 
    4474 
    4475 > select #1/A:2020-2023,2057-2061,2079-2082
    4476 
    4477 101 atoms, 100 bonds, 26 pseudobonds, 13 residues, 2 models selected 
    4478 
    4479 > select #1/A:2020-2023,2057-2061,2079-2082
    4480 
    4481 101 atoms, 100 bonds, 26 pseudobonds, 13 residues, 2 models selected 
    4482 
    4483 > select #1/A:2020-2023,2057-2061,2079-2082
    4484 
    4485 101 atoms, 100 bonds, 26 pseudobonds, 13 residues, 2 models selected 
    4486 
    4487 > ui tool show H-Bonds
    4488 
    4489 > hbonds sel dashes 4 restrict both reveal true log true
    4490    
    4491    
    4492     Finding intermodel H-bonds
    4493     Finding intramodel H-bonds
    4494     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    4495     Models used:
    4496         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    4497    
    4498     7 H-bonds
    4499     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    4500     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 O  no hydrogen  2.857  N/A
    4501     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A PRO 2058 O  no hydrogen  2.913  N/A
    4502     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O  no hydrogen  2.815  N/A
    4503     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O  no hydrogen  2.872  N/A
    4504     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 O  no hydrogen  2.817  N/A
    4505     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O  no hydrogen  2.752  N/A
    4506     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O  no hydrogen  2.859  N/A
    4507    
    4508 
    4509  
    4510 7 hydrogen bonds found 
    4511 
    4512 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom1_residues_L2058P_h-
    4513 > bonds.tif width 778 height 443 supersample 3
    4514 
    4515 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Apt1.cxs
    4516 
    4517 > show #!2 models
    4518 
    4519 > show #!3 models
    4520 
    4521 > close #2-4
    4522 
    4523 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Apt1.cxs
    4524 
    4525 [Repeated 1 time(s)]
    4526 
    4527 ——— End of log from Fri Mar 7 14:18:08 2025 ———
    4528 
    4529 > view name session-start
    4530 
    4531 opened ChimeraX session 
    4532 
    4533 > select
    4534 > /A:35-37,40-42,47-49,51-55,58-62,64-69,80-85,87-93,143-148,150-156,162-169,171-179,184-192,194-201,218-233,240-248,251-255,304-310,312-317,325-329,331-339,351-359,361-364,369-373,375-383,386-394,396-401,467-475,477-483,486-492,494-501,524-531,533-536,557-559,561-569,572-580,582-586,637-644,646-651,657-662,664-669,673-679,681-686,701-706,708-714,722-727,731-736,774-779,782-788,794-800,802-806,810-814,816-821,824-830,832-837,860-865,867-872,913-918,920-926,1005-1012,1014-1019,1050-1062,1064-1069,1077-1080,1082-1093,1100-1108,1112-1119,1123-1133,1135-1140,1179-1187,1189-1195,1206-1212,1214-1219,1222-1234,1242-1247,1250-1260,1295-1306,1320-1324,1365-1374,1377-1382,1389-1395,1397-1409,1420-1433,1435-1442,1463-1471,1473-1479,1502-1507,1510-1513,1635-1638,1640-1645,1647-1652,1659-1664,1666-1674,1677-1679,1682-1684,1686-1694,1697-1701,1771-1775,1780-1787,1819-1825,1827-1832,1972-1980,1982-1988,1995-2002,2004-2011,2016-2022,2024-2029,2038-2042,2058-2065,2072-2081,2084-2089,2174-2176,2178-2181,2184-2191,2204-2208,2211-2214,2216-2218
    4535 
    4536 6683 atoms, 6718 bonds, 22 pseudobonds, 812 residues, 3 models selected 
    4537 
    4538 > select /A:2151-2152
    4539 
    4540 14 atoms, 13 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    4541 
    4542 > select /A:2151-2152
    4543 
    4544 14 atoms, 13 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    4545 
    4546 > select
    4547 > /A:2-32,134-142,212-214,256-268,291-300,402-420,458-463,513-519,588-605,696-698,737-756,841-849,878-896,929-965,971-998,1022-1024,1027-1037,1142-1144,1146-1158,1171-1178,1275-1277,1325-1339,1349-1351,1361-1363,1490-1497,1515-1538,1595-1604,1618-1623,1625-1631,1712-1714,1720-1722,1737-1739,1793-1795,1834-1848,1853-1871,1874-1911,1916-1958,2090-2100,2111-2113,2162-2172,2220-2247,2262-2271
    4548 
    4549 4475 atoms, 4510 bonds, 539 residues, 1 model selected 
    4550 
    4551 > select
    4552 > /A:35-37,40-42,47-49,51-55,58-62,64-69,80-85,87-93,143-148,150-156,162-169,171-179,184-192,194-201,218-233,240-248,251-255,304-310,312-317,325-329,331-339,351-359,361-364,369-373,375-383,386-394,396-401,467-475,477-483,486-492,494-501,524-531,533-536,557-559,561-569,572-580,582-586,637-644,646-651,657-662,664-669,673-679,681-686,701-706,708-714,722-727,731-736,774-779,782-788,794-800,802-806,810-814,816-821,824-830,832-837,860-865,867-872,913-918,920-926,1005-1012,1014-1019,1050-1062,1064-1069,1077-1080,1082-1093,1100-1108,1112-1119,1123-1133,1135-1140,1179-1187,1189-1195,1206-1212,1214-1219,1222-1234,1242-1247,1250-1260,1295-1306,1320-1324,1365-1374,1377-1382,1389-1395,1397-1409,1420-1433,1435-1442,1463-1471,1473-1479,1502-1507,1510-1513,1635-1638,1640-1645,1647-1652,1659-1664,1666-1674,1677-1679,1682-1684,1686-1694,1697-1701,1771-1775,1780-1787,1819-1825,1827-1832,1972-1980,1982-1988,1995-2002,2004-2011,2016-2022,2024-2029,2038-2042,2058-2065,2072-2081,2084-2089,2174-2176,2178-2181,2184-2191,2204-2208,2211-2214,2216-2218
    4553 
    4554 6683 atoms, 6718 bonds, 22 pseudobonds, 812 residues, 3 models selected 
    4555 
    4556 > select /A:2050
    4557 
    4558 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4559 
    4560 > select /A:2050-2100
    4561 
    4562 408 atoms, 418 bonds, 17 pseudobonds, 51 residues, 3 models selected 
    4563 
    4564 > select /A:1831
    4565 
    4566 6 atoms, 5 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4567 
    4568 > select /A:1831-2300
    4569 
    4570 3800 atoms, 3854 bonds, 33 pseudobonds, 470 residues, 3 models selected 
    4571 
    4572 > show sel atoms
    4573 
    4574 [Repeated 1 time(s)]
    4575 
    4576 > style (#!1 & sel) stick
    4577 
    4578 Changed 3800 atom styles 
    4579 
    4580 > select /A:2027
    4581 
    4582 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4583 
    4584 > select /A:2027-2091
    4585 
    4586 523 atoms, 532 bonds, 17 pseudobonds, 65 residues, 3 models selected 
    4587 
    4588 > select /A:2273-2300
    4589 
    4590 220 atoms, 221 bonds, 28 residues, 1 model selected 
    4591 
    4592 > select /A:1711-2300
    4593 
    4594 4727 atoms, 4803 bonds, 33 pseudobonds, 590 residues, 3 models selected 
    4595 
    4596 > hide sel atoms
    4597 
    4598 > hide #!1 models
    4599 
    4600 > show #!1 models
    4601 
    4602 > close #1.1-4
    4603 
    4604 > select subtract /A:2020
    4605 
    4606 4719 atoms, 4794 bonds, 589 residues, 1 model selected 
    4607 
    4608 > select subtract /A:2021
    4609 
    4610 4710 atoms, 4785 bonds, 588 residues, 1 model selected 
    4611 
    4612 > select add #1
    4613 
    4614 18468 atoms, 18843 bonds, 2300 residues, 1 model selected 
    4615 
    4616 > select subtract #1
    4617 
    4618 Nothing selected 
    4619 
    4620 > select add /A:2020
    4621 
    4622 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4623 
    4624 > select add /A:2021
    4625 
    4626 17 atoms, 15 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    4627 
    4628 > select subtract /A:2021
    4629 
    4630 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4631 
    4632 > select add /A:2021
    4633 
    4634 17 atoms, 15 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    4635 
    4636 > select add /A:2022
    4637 
    4638 25 atoms, 22 bonds, 3 residues, 1 model selected 
    4639 
    4640 > select add /A:2023
    4641 
    4642 29 atoms, 25 bonds, 4 residues, 1 model selected 
    4643 
    4644 > color sel cornflower blue
    4645 
    4646 > select /A:2159
    4647 
    4648 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4649 
    4650 > select /A:2156-2159
    4651 
    4652 33 atoms, 32 bonds, 4 residues, 1 model selected 
    4653 
    4654 > select /A:2056
    4655 
    4656 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4657 
    4658 > select /A:2056-2102
    4659 
    4660 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    4661 
    4662 > color sel orange
    4663 
    4664 > select /A:2056-2102
    4665 
    4666 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    4667 
    4668 > select /A:1938
    4669 
    4670 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4671 
    4672 > select /A:2056-2102
    4673 
    4674 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    4675 
    4676 > select /A:1938
    4677 
    4678 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4679 
    4680 > select /A:2056-2102
    4681 
    4682 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    4683 
    4684 > select /A:1923
    4685 
    4686 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4687 
    4688 > select /A:2056-2102
    4689 
    4690 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    4691 
    4692 > select /A:1923-2300
    4693 
    4694 3033 atoms, 3079 bonds, 378 residues, 1 model selected 
    4695 
    4696 > show sel cartoons
    4697 
    4698 > select /A:1787
    4699 
    4700 12 atoms, 12 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4701 
    4702 > select /A:2056-2102
    4703 
    4704 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    4705 
    4706 > select /A:1787-1852
    4707 
    4708 524 atoms, 538 bonds, 66 residues, 1 model selected 
    4709 
    4710 > select /A:2056-2102
    4711 
    4712 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    4713 
    4714 > select /A:2020
    4715 
    4716 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4717 
    4718 > select /A:2056-2102
    4719 
    4720 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    4721 
    4722 > select /A:2020-2026
    4723 
    4724 56 atoms, 55 bonds, 7 residues, 1 model selected 
    4725 
    4726 > select /A:2020
    4727 
    4728 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4729 
    4730 > select /A:2056-2102
    4731 
    4732 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    4733 
    4734 > select /A:2020-2026
    4735 
    4736 56 atoms, 55 bonds, 7 residues, 1 model selected 
    4737 
    4738 > select /A:2040-2102
    4739 
    4740 505 atoms, 517 bonds, 63 residues, 1 model selected 
    4741 
    4742 > select /A:2020
    4743 
    4744 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4745 
    4746 > select /A:2040-2102
    4747 
    4748 505 atoms, 517 bonds, 63 residues, 1 model selected 
    4749 
    4750 > select /A:2020-2026
    4751 
    4752 56 atoms, 55 bonds, 7 residues, 1 model selected 
    4753 
    4754 > select /A:2040
    4755 
    4756 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4757 
    4758 > select /A:2040-2055
    4759 
    4760 127 atoms, 128 bonds, 16 residues, 1 model selected 
    4761 
    4762 > select /A:2040-2055,2180-2188
    4763 
    4764 199 atoms, 201 bonds, 25 residues, 1 model selected 
    4765 
    4766 > select /A:2020-2026,2040-2055,2180-2188
    4767 
    4768 255 atoms, 256 bonds, 32 residues, 1 model selected 
    4769 
    4770 > select /A:2058
    4771 
    4772 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4773 
    4774 > select /A:2236
    4775 
    4776 11 atoms, 11 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4777 
    4778 > select /A:2205-2236
    4779 
    4780 268 atoms, 275 bonds, 32 residues, 1 model selected 
    4781 
    4782 > select /A:2125
    4783 
    4784 6 atoms, 5 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4785 
    4786 > select /A:2125
    4787 
    4788 6 atoms, 5 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4789 
    4790 > select /A:2056
    4791 
    4792 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4793 
    4794 > select /A:2056-2102
    4795 
    4796 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    4797 
    4798 > select /A:2056-2102
    4799 
    4800 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    4801 
    4802 > select
    4803 > /A:2-32,134-142,212-214,256-268,291-300,402-420,458-463,513-519,588-605,696-698,737-756,841-849,878-896,929-965,971-998,1022-1024,1027-1037,1142-1144,1146-1158,1171-1178,1275-1277,1325-1339,1349-1351,1361-1363,1490-1497,1515-1538,1595-1604,1618-1623,1625-1631,1712-1714,1720-1722,1737-1739,1793-1795,1834-1848,1853-1871,1874-1911,1916-1958,2090-2100,2111-2113,2162-2172,2220-2247,2262-2271
    4804 
    4805 4475 atoms, 4510 bonds, 539 residues, 1 model selected 
    4806 
    4807 > select /A:2056-2102
    4808 
    4809 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    4810 
    4811 > select /A:2126
    4812 
    4813 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4814 
    4815 > select /A:2056-2102
    4816 
    4817 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    4818 
    4819 > select /A:2126
    4820 
    4821 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4822 
    4823 > select /A:2184
    4824 
    4825 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4826 
    4827 > select /A:2056-2102
    4828 
    4829 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    4830 
    4831 > select /A:2184-2187
    4832 
    4833 32 atoms, 32 bonds, 4 residues, 1 model selected 
    4834 
    4835 > select /A:2020
    4836 
    4837 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4838 
    4839 > select /A:2056-2102
    4840 
    4841 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    4842 
    4843 > select /A:2020-2021
    4844 
    4845 17 atoms, 16 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    4846 
    4847 > select /A:2020-2026
    4848 
    4849 56 atoms, 55 bonds, 7 residues, 1 model selected 
    4850 
    4851 > select /A:2020
    4852 
    4853 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4854 
    4855 > select /A:2056-2102
    4856 
    4857 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    4858 
    4859 > select /A:2020-2027
    4860 
    4861 64 atoms, 63 bonds, 8 residues, 1 model selected 
    4862 
    4863 > select /A:2003-2040,2056-2102
    4864 
    4865 694 atoms, 708 bonds, 85 residues, 1 model selected 
    4866 
    4867 > select /A:2054-2055
    4868 
    4869 19 atoms, 19 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    4870 
    4871 > select /A:2003-2040,2056-2102
    4872 
    4873 694 atoms, 708 bonds, 85 residues, 1 model selected 
    4874 
    4875 > select /A:2050-2055
    4876 
    4877 48 atoms, 49 bonds, 6 residues, 1 model selected 
    4878 
    4879 > select /A:2178
    4880 
    4881 12 atoms, 12 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4882 
    4883 > select /A:2176-2178
    4884 
    4885 31 atoms, 32 bonds, 3 residues, 1 model selected 
    4886 
    4887 > select /A:2055-2056
    4888 
    4889 20 atoms, 19 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    4890 
    4891 > select /A:2040-2056
    4892 
    4893 138 atoms, 139 bonds, 17 residues, 1 model selected 
    4894 
    4895 > select /A:2020-2028,2040-2056
    4896 
    4897 211 atoms, 211 bonds, 26 residues, 1 model selected 
    4898 
    4899 > select /A:2020-2028,2040-2056,2180-2188
    4900 
    4901 283 atoms, 284 bonds, 35 residues, 1 model selected 
    4902 
    4903 > select /A:2020-2028,2040-2056,2180-2188
    4904 
    4905 283 atoms, 284 bonds, 35 residues, 1 model selected 
    4906 
    4907 > select /A:2275-2300
    4908 
    4909 208 atoms, 209 bonds, 26 residues, 1 model selected 
    4910 
    4911 > select /A:2020-2028,2040-2056,2180-2188
    4912 
    4913 283 atoms, 284 bonds, 35 residues, 1 model selected 
    4914 
    4915 > select /A:2275-2300
    4916 
    4917 208 atoms, 209 bonds, 26 residues, 1 model selected 
    4918 
    4919 > select /A:2127
    4920 
    4921 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4922 
    4923 > select /A:2020-2028,2040-2056,2180-2188
    4924 
    4925 283 atoms, 284 bonds, 35 residues, 1 model selected 
    4926 
    4927 > select /A:2127-2157
    4928 
    4929 231 atoms, 232 bonds, 31 residues, 1 model selected 
    4930 
    4931 > select /A:2020
    4932 
    4933 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4934 
    4935 > select /A:2020-2028,2040-2056,2180-2188
    4936 
    4937 283 atoms, 284 bonds, 35 residues, 1 model selected 
    4938 
    4939 > select /A:2020-2188
    4940 
    4941 1342 atoms, 1362 bonds, 169 residues, 1 model selected 
    4942 
    4943 > select /A:2020
    4944 
    4945 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4946 
    4947 > select /A:2020-2028,2040-2056,2180-2188
    4948 
    4949 283 atoms, 284 bonds, 35 residues, 1 model selected 
    4950 
    4951 > select /A:2020-2027
    4952 
    4953 64 atoms, 63 bonds, 8 residues, 1 model selected 
    4954 
    4955 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    4956 
    4957 650 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    4958 
    4959 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    4960 
    4961 650 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    4962 
    4963 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    4964 
    4965 650 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    4966 
    4967 > select /A:2200-2201
    4968 
    4969 16 atoms, 15 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    4970 
    4971 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    4972 
    4973 650 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    4974 
    4975 > select /A:2200-2203
    4976 
    4977 31 atoms, 30 bonds, 4 residues, 1 model selected 
    4978 
    4979 > select /A:2064
    4980 
    4981 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    4982 
    4983 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    4984 
    4985 650 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    4986 
    4987 > select /A:2064-2094
    4988 
    4989 239 atoms, 244 bonds, 31 residues, 1 model selected 
    4990 
    4991 > select /A:2213-2214
    4992 
    4993 22 atoms, 23 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    4994 
    4995 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    4996 
    4997 650 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    4998 
    4999 > select /A:2213-2215
    5000 
    5001 30 atoms, 31 bonds, 3 residues, 1 model selected 
    5002 
    5003 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    5004 
    5005 650 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    5006 
    5007 > swapaa /A: 2058 leu
    5008 
    5009 Using Dunbrack library 
    5010 /A PRO 2058: phi -137.9, psi 132.6 trans 
    5011 Applying LEU rotamer (chi angles: 177.6 65.4) to /A LEU 2058 
    5012 
    5013 > ui tool show Clashes
    5014 
    5015 > clashes sel saveFile
    5016 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_clashes
    5017 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color #ff0000 reveal
    5018 > true log true
    5019    
    5020    
    5021     Allowed overlap: 0.6
    5022     H-bond overlap reduction: 0.4
    5023     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    5024     Detect intra-residue clashes: True
    5025     Detect intra-molecule clashes: True
    5026    
    5027     5 clashes
    5028          atom1            atom2       overlap  distance
    5029     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CD    1.106    2.414
    5030     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CD1   1.100    2.660
    5031     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    5032     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    5033     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 OE1   0.606    2.694
    5034    
    5035 
    5036  
    5037 5 clashes 
    5038 
    5039 > hide #1.1 models
    5040 
    5041 > show #1.1 models
    5042 
    5043 > hide #1.1 models
    5044 
    5045 > show #1.1 models
    5046 
    5047 > hide #1.1 models
    5048 
    5049 > show #1.1 models
    5050 
    5051 > hide #1.1 models
    5052 
    5053 > show #1.1 models
    5054 
    5055 > hide #1.1 models
    5056 
    5057 > show #1.1 models
    5058 
    5059 > select /A:2300
    5060 
    5061 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    5062 
    5063 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    5064 
    5065 651 atoms, 662 bonds, 5 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    5066 
    5067 > select /A:2299-2300
    5068 
    5069 17 atoms, 16 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    5070 
    5071 > select /A:2300
    5072 
    5073 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    5074 
    5075 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    5076 
    5077 651 atoms, 662 bonds, 5 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    5078 
    5079 > select /A:2300
    5080 
    5081 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    5082 
    5083 > select /A:1801
    5084 
    5085 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    5086 
    5087 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    5088 
    5089 651 atoms, 662 bonds, 5 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    5090 
    5091 > select /A:1801
    5092 
    5093 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    5094 
    5095 > save
    5096 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_clashes.png
    5097 > width 701 height 491 supersample 3
    5098 
    5099 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    5100 
    5101 651 atoms, 662 bonds, 5 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    5102 
    5103 > ui tool show Contacts
    5104 
    5105 > contacts sel saveFile
    5106 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_contacts
    5107 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true color
    5108 > #00ff00 dashes 4 reveal true log true
    5109    
    5110    
    5111     Allowed overlap: -0.4
    5112     H-bond overlap reduction: 0.4
    5113     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    5114     Detect intra-residue contacts: True
    5115     Detect intra-molecule contacts: True
    5116    
    5117     238 contacts
    5118          atom1            atom2       overlap  distance
    5119     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 NZ    1.106    2.414
    5120     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2185 CB    1.100    2.660
    5121     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    5122     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    5123     /A GLU 2044 OE1  /A VAL 2051 CG2   0.606    2.694
    5124     /A ARG 2056 CZ   /A GLU 2021 CD    0.496    2.994
    5125     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 CZ    0.469    2.561
    5126     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 NH1   0.445    2.215
    5127     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2083 CB    0.444    3.316
    5128     /A GLY 2023 O    /A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    5129     /A ILE 2088 CD1  /A ILE 2086 CG2   0.428    3.332
    5130     /A ARG 2026 CG   /A LEU 2041 CD2   0.424    3.336
    5131     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 CD    0.413    3.347
    5132     /A GLU 2044 CD   /A VAL 2051 CG2   0.381    3.379
    5133     /A PRO 2185 CG   /A ILE 2045 CD1   0.363    3.397
    5134     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CD1   0.291    3.469
    5135     /A PRO 2182 CG   /A ASN 2080 OD1   0.278    3.022
    5136     /A LYS 2074 CD   /A GLU 2064 CG    0.257    3.503
    5137     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CE    0.254    3.506
    5138     /A VAL 2057 CG1  /A ILE 2025 CG2   0.239    3.521
    5139     /A ILE 2088 CG1  /A ILE 2086 CG2   0.228    3.532
    5140     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CD    0.227    3.533
    5141     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 OE2   0.207    3.093
    5142     /A VAL 2186 CG2  /A VAL 2188 CG2   0.205    3.555
    5143     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CE    0.183    3.117
    5144     /A THR 2085 CB   /A THR 2043 OG1   0.178    3.162
    5145     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 CD    0.174    3.346
    5146     /A LYS 2180 O    /A GLU 2078 CA    0.158    3.142
    5147     /A PRO 2182 CD   /A ILE 2079 O     0.140    3.160
    5148     /A ILE 2079 CD1  /A PHE 2077 CE1   0.135    3.505
    5149     /A ARG 2026 NH2  /A GLU 2028 OE1   0.134    2.526
    5150     /A ILE 2086 CD1  /A ILE 2084 CD1   0.121    3.639
    5151     /A ARG 2026 CD   /A LEU 2041 CD2   0.105    3.655
    5152     /A HIS 2076 CD2  /A PHE 2061 CD1   0.105    3.415
    5153     /A HIS 2076 O    /A CYS 2062 CA    0.102    3.198
    5154     /A GLU 2075 OE2  /A ARG 2063 CD    0.098    3.202
    5155     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 CZ    0.084    2.946
    5156     /A VAL 2081 CG2  /A LEU 2058 CD1   0.082    3.678
    5157     /A LEU 2040 O    /A ARG 2026 CA    0.078    3.222
    5158     /A ILE 2045 CG1  /A PRO 2083 CB    0.078    3.682
    5159     /A ARG 2056 NE   /A GLU 2021 CD    0.067    3.453
    5160     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CG    0.056    3.464
    5161     /A PHE 2092 CE1  /A MET 2096 CG    0.050    3.590
    5162     /A GLU 2021 CD   /A ARG 2056 CD    0.039    3.721
    5163     /A ARG 2059 CA   /A LEU 2020 O     0.034    3.266
    5164     /A PRO 2083 CG   /A ILE 2045 CD1   0.030    3.730
    5165     /A GLU 2078 CD   /A ASN 2080 ND2   0.026    3.494
    5166     /A ARG 2056 NH2  /A GLU 2021 CD    0.025    3.495
    5167     /A GLU 2028 OE1  /A ARG 2026 CZ    0.021    3.009
    5168     /A ILE 2071 O    /A PRO 2067 CA    0.021    3.279
    5169     /A LEU 2058 CD1  /A ARG 2059 N     0.020    3.500
    5170     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 CB    0.018    3.322
    5171     /A ILE 2084 CA   /A LEU 2041 O     0.016    3.284
    5172     /A THR 2089 O    /A ILE 2088 CG2   0.013    3.287
    5173     /A ARG 2187 O    /A THR 2085 CA    0.007    3.293
    5174     /A VAL 2073 O    /A GLU 2064 CA    -0.003    3.303
    5175     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CA    -0.004    3.304
    5176     /A PRO 2182 O    /A VAL 2184 CG2   -0.008    3.308
    5177     /A ASN 2024 CA   /A VAL 2057 CG2   -0.009    3.769
    5178     /A LEU 2040 CB   /A MET 2027 CB    -0.012    3.772
    5179     /A ILE 2086 CG1  /A LEU 2040 CD1   -0.013    3.773
    5180     /A THR 2043 CG2  /A THR 2085 OG1   -0.015    3.355
    5181     /A GLU 2064 OE2  /A LYS 2074 NZ    -0.017    2.677
    5182     /A PHE 2092 CB   /A THR 2089 OG1   -0.020    3.360
    5183     /A GLU 2078 O    /A ILE 2060 CA    -0.021    3.321
    5184     /A ILE 2084 CD1  /A ILE 2086 CG1   -0.021    3.781
    5185     /A ILE 2084 CG2  /A ALA 2082 O     -0.021    3.321
    5186     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1   -0.022    2.542
    5187     /A GLU 2078 CB   /A HIS 2076 NE2   -0.026    3.546
    5188     /A VAL 2188 CA   /A ILE 2086 O     -0.029    3.329
    5189     /A PHE 2077 CD2  /A CYS 2062 CB    -0.035    3.675
    5190     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 CZ    -0.035    3.675
    5191     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O     -0.038    2.698
    5192     /A ILE 2025 CB   /A LEU 2022 CD2   -0.043    3.803
    5193     /A VAL 2081 CG2  /A ILE 2079 CG2   -0.044    3.804
    5194     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH2   -0.046    2.706
    5195     /A GLU 2021 N    /A LEU 2020 CD2   -0.059    3.579
    5196     /A ALA 2082 CB   /A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    5197     /A LYS 2074 CD   /A CYS 2062 SG    -0.062    3.712
    5198     /A GLU 2075 OE1  /A LYS 2065 CE    -0.063    3.363
    5199     /A VAL 2186 CA   /A ILE 2084 O     -0.066    3.366
    5200     /A ILE 2084 CD1  /A LEU 2040 CD1   -0.076    3.836
    5201     /A LEU 2041 CG   /A LEU 2040 O     -0.082    3.382
    5202     /A THR 2085 O    /A LEU 2040 CA    -0.082    3.382
    5203     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O     -0.084    2.744
    5204     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CG1   -0.085    3.845
    5205     /A PRO 2083 CB   /A THR 2043 O     -0.088    3.388
    5206     /A LEU 2097 CB   /A TYR 2093 O     -0.088    3.388
    5207     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O     -0.089    2.749
    5208     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    5209     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O     -0.094    2.754
    5210     /A ALA 2082 O    /A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    5211     /A CYS 2100 CB   /A PHE 2101 CD2   -0.097    3.737
    5212     /A ILE 2079 CG1  /A PHE 2077 CE1   -0.099    3.739
    5213     /A LEU 2058 CD1  /A ASN 2080 O     -0.101    3.401
    5214     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 O     -0.113    3.413
    5215     /A PHE 2077 CA   /A PHE 2061 O     -0.119    3.419
    5216     /A PRO 2185 CA   /A ILE 2045 CD1   -0.122    3.882
    5217     /A PHE 2077 CE2  /A ILE 2060 CG2   -0.123    3.763
    5218     /A LYS 2055 CG   /A ASP 2052 CB    -0.124    3.884
    5219     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O     -0.127    2.787
    5220     /A PRO 2102 CA   /A LYS 2098 O     -0.129    3.429
    5221     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CD    -0.133    3.433
    5222     /A PRO 2067 CB   /A ILE 2071 O     -0.134    3.434
    5223     /A PHE 2061 CE1  /A HIS 2076 CD2   -0.135    3.655
    5224     /A GLN 2046 CG   /A ILE 2045 O     -0.144    3.444
    5225     /A ILE 2079 CG2  /A LEU 2058 CD1   -0.148    3.908
    5226     /A HIS 2054 N    /A ASP 2052 O     -0.150    2.810
    5227     /A MET 2096 CB   /A PHE 2092 O     -0.151    3.451
    5228     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    5229     /A VAL 2081 CA   /A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    5230     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O     -0.157    2.817
    5231     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O     -0.157    2.817
    5232     /A PRO 2102 CD   /A CYS 2100 C     -0.161    3.651
    5233     /A ILE 2084 CG2  /A PRO 2083 O     -0.162    3.462
    5234     /A LEU 2058 O    /A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    5235     /A ASN 2080 O    /A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    5236     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 CG    -0.172    3.692
    5237     /A SER 2094 N    /A TYR 2093 CD1   -0.174    3.574
    5238     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O     -0.178    2.838
    5239     /A ARG 2056 CA   /A LEU 2022 O     -0.178    3.478
    5240     /A GLU 2044 O    /A THR 2043 CG2   -0.184    3.484
    5241     /A PHE 2099 CD1  /A PHE 2099 O     -0.185    3.365
    5242     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 OG1   -0.187    3.527
    5243     /A MET 2096 O    /A PHE 2099 CB    -0.189    3.489
    5244     /A GLU 2064 CG   /A CYS 2062 SG    -0.190    3.840
    5245     /A GLU 2075 CA   /A ARG 2063 O     -0.194    3.494
    5246     /A VAL 2186 CG1  /A ILE 2084 CG1   -0.197    3.957
    5247     /A ILE 2060 O    /A LEU 2020 N     -0.197    2.857
    5248     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    5249     /A ALA 2042 CB   /A VAL 2057 CG2   -0.199    3.959
    5250     /A PRO 2185 CD   /A VAL 2184 CG1   -0.201    3.961
    5251     /A VAL 2186 CG1  /A PRO 2185 O     -0.201    3.501
    5252     /A LEU 2041 CD2  /A ARG 2026 CB    -0.205    3.965
    5253     /A GLU 2075 CB   /A ARG 2063 O     -0.208    3.508
    5254     /A GLU 2028 CD   /A ARG 2026 NH2   -0.208    3.728
    5255     /A ILE 2181 CG2  /A ILE 2079 O     -0.210    3.510
    5256     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH1   -0.211    2.871
    5257     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    5258     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1   -0.212    2.872
    5259     /A VAL 2081 CB   /A VAL 2184 CG2   -0.212    3.972
    5260     /A GLU 2021 CG   /A LEU 2020 O     -0.213    3.513
    5261     /A LEU 2058 CD2  /A ILE 2060 CD1   -0.214    3.974
    5262     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 CG    -0.214    3.974
    5263     /A PRO 2182 CD   /A ASN 2080 OD1   -0.215    3.515
    5264     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O     -0.215    2.875
    5265     /A ILE 2025 N    /A ASN 2024 OD1   -0.218    2.878
    5266     /A VAL 2186 CG1  /A VAL 2184 CG1   -0.219    3.979
    5267     /A LEU 2020 CD2  /A LEU 2020 O     -0.220    3.520
    5268     /A LYS 2055 CE   /A ASP 2052 CB    -0.234    3.994
    5269     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CD1   -0.241    3.881
    5270     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O     -0.242    2.902
    5271     /A CYS 2100 N    /A PHE 2099 CD1   -0.243    3.643
    5272     /A ILE 2181 CG1  /A LYS 2180 O     -0.245    3.545
    5273     /A CYS 2062 SG   /A PHE 2077 CD2   -0.245    3.775
    5274     /A VAL 2057 CB   /A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    5275     /A PHE 2101 CD2  /A CYS 2100 C     -0.249    3.619
    5276     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    5277     /A ILE 2084 CB   /A LEU 2041 O     -0.256    3.556
    5278     /A LYS 2090 O    /A TYR 2093 CB    -0.258    3.558
    5279     /A LYS 2098 CB   /A SER 2094 O     -0.260    3.560
    5280     /A PHE 2101 CE2  /A CYS 2100 CB    -0.261    3.901
    5281     /A THR 2089 O    /A TYR 2093 CB    -0.263    3.563
    5282     /A GLU 2075 CD   /A ARG 2063 CD    -0.263    4.023
    5283     /A VAL 2188 CG2  /A VAL 2186 CB    -0.264    4.024
    5284     /A VAL 2081 CG1  /A ILE 2084 CD1   -0.266    4.026
    5285     /A TYR 2093 CB   /A ILE 2088 CG2   -0.269    4.029
    5286     /A PHE 2101 CB   /A LEU 2097 O     -0.271    3.571
    5287     /A PRO 2182 O    /A ILE 2181 O     -0.272    3.112
    5288     /A ILE 2079 CA   /A ARG 2059 O     -0.274    3.574
    5289     /A LYS 2055 CD   /A ASP 2052 CB    -0.274    4.034
    5290     /A GLU 2078 CG   /A LYS 2180 O     -0.275    3.575
    5291     /A ASN 2024 O    /A LEU 2022 CG    -0.276    3.576
    5292     /A PHE 2092 CZ   /A MET 2027 SD    -0.281    3.811
    5293     /A VAL 2184 CG2  /A VAL 2081 O     -0.282    3.582
    5294     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O     -0.284    2.944
    5295     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CB    -0.284    4.044
    5296     /A VAL 2057 CG2  /A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    5297     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O     -0.286    2.946
    5298     /A PHE 2099 CB   /A THR 2095 O     -0.288    3.588
    5299     /A ARG 2187 N    /A ILE 2084 O     -0.297    2.957
    5300     /A GLU 2078 OE1  /A ASN 2080 ND2   -0.298    2.958
    5301     /A ASN 2080 CA   /A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    5302     /A ASP 2052 OD2  /A LYS 2055 CE    -0.303    3.603
    5303     /A VAL 2184 CG1  /A VAL 2081 O     -0.309    3.609
    5304     /A LEU 2058 CB   /A LEU 2022 CB    -0.311    4.071
    5305     /A THR 2053 N    /A VAL 2051 O     -0.312    2.972
    5306     /A ILE 2084 CG1  /A ILE 2086 CG1   -0.313    4.073
    5307     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O     -0.315    2.975
    5308     /A ARG 2056 CB   /A LEU 2022 O     -0.318    3.618
    5309     /A PRO 2185 O    /A VAL 2184 CG1   -0.324    3.624
    5310     /A LYS 2074 CA   /A ARG 2063 O     -0.325    3.625
    5311     /A VAL 2073 CG2  /A VAL 2068 CG2   -0.328    4.088
    5312     /A LEU 2058 CG   /A ILE 2060 CG1   -0.329    4.089
    5313     /A ILE 2060 CG1  /A LEU 2058 CD1   -0.330    4.090
    5314     /A LYS 2074 CE   /A GLU 2064 CG    -0.333    4.093
    5315     /A PRO 2102 N    /A LYS 2098 O     -0.335    3.395
    5316     /A GLU 2183 O    /A VAL 2184 CG2   -0.335    3.635
    5317     /A PRO 2083 O    /A THR 2043 N     -0.338    2.998
    5318     /A VAL 2057 O    /A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    5319     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O     -0.344    3.004
    5320     /A ILE 2181 CA   /A ILE 2079 O     -0.346    3.646
    5321     /A PRO 2050 CD   /A MET 2049 CG    -0.347    4.107
    5322     /A LEU 2041 CD2  /A LEU 2040 O     -0.348    3.648
    5323     /A ASP 2048 OD1  /A LYS 2047 C     -0.349    3.379
    5324     /A THR 2095 CB   /A LYS 2091 O     -0.352    3.652
    5325     /A ALA 2087 O    /A ILE 2088 CG1   -0.357    3.657
    5326     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 CA    -0.359    3.699
    5327     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NE    -0.359    3.019
    5328     /A PHE 2101 CA   /A LEU 2097 O     -0.360    3.660
    5329     /A THR 2085 CA   /A THR 2043 OG1   -0.361    3.701
    5330     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CG1   -0.366    4.126
    5331     /A ASN 2080 OD1  /A GLU 2078 OE1   -0.371    3.211
    5332     /A PRO 2067 N    /A LYS 2065 O     -0.372    3.432
    5333     /A ALA 2066 O    /A LYS 2065 O     -0.372    3.212
    5334     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O     -0.372    3.032
    5335     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CG1   -0.374    4.014
    5336     /A LYS 2091 O    /A SER 2094 OG    -0.377    2.857
    5337     /A ILE 2181 CG1  /A ILE 2079 CB    -0.377    4.137
    5338     /A THR 2095 O    /A LYS 2098 CB    -0.380    3.680
    5339     /A VAL 2081 CG2  /A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    5340     /A LYS 2065 CD   /A GLU 2075 CD    -0.381    4.141
    5341     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 CA    -0.383    4.143
    5342     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O     -0.384    3.044
    5343     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O     -0.384    3.044
    5344     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CB    -0.386    3.686
    5345     /A PHE 2099 CA   /A MET 2096 O     -0.386    3.686
    5346     /A ARG 2059 CB   /A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    5347     /A ILE 2071 CB   /A VAL 2068 O     -0.390    3.690
    5348     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CG    -0.391    4.151
    5349     /A THR 2043 CB   /A THR 2085 N     -0.393    3.913
    5350     /A ARG 2026 NE   /A LEU 2041 CD2   -0.393    3.913
    5351     /A PHE 2092 CD1  /A MET 2096 CG    -0.394    4.034
    5352     /A THR 2089 CA   /A ILE 2088 CG2   -0.395    4.155
    5353     /A GLU 2078 CA   /A PHE 2061 O     -0.397    3.697
    5354     /A ILE 2025 CD1  /A LEU 2022 CD2   -0.397    4.157
    5355     /A ASN 2080 CB   /A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    5356     /A ILE 2181 CD1  /A ILE 2079 CD1   -0.400    4.160
    5357    
    5358 
    5359  
    5360 238 contacts 
    5361 
    5362 > select /A:1801
    5363 
    5364 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    5365 
    5366 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    5367 
    5368 651 atoms, 662 bonds, 243 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    5369 
    5370 > select /A:1801
    5371 
    5372 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    5373 
    5374 > hide #1.1 models
    5375 
    5376 > save
    5377 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_contacts.png
    5378 > width 701 height 491 supersample 3
    5379 
    5380 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    5381 
    5382 651 atoms, 662 bonds, 243 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    5383 
    5384 > ui tool show H-Bonds
    5385 
    5386 > hbonds sel saveFile
    5387 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_hbonds
    5388 > color #aa00ff dashes 4 restrict both select true reveal true log true
    5389    
    5390    
    5391     Finding intermodel H-bonds
    5392     Finding intramodel H-bonds
    5393     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    5394     Models used:
    5395         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    5396    
    5397     48 H-bonds
    5398     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    5399     /A LEU 2020 N    /A ILE 2060 O    no hydrogen  2.857  N/A
    5400     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O    no hydrogen  2.913  N/A
    5401     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O    no hydrogen  2.902  N/A
    5402     /A LEU 2040 N    /A MET 2027 O    no hydrogen  3.331  N/A
    5403     /A LEU 2041 N    /A THR 2085 O    no hydrogen  3.063  N/A
    5404     /A THR 2043 N    /A PRO 2083 O    no hydrogen  2.998  N/A
    5405     /A THR 2043 OG1  /A LEU 2041 O    no hydrogen  3.223  N/A
    5406     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    5407     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O    no hydrogen  3.044  N/A
    5408     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  2.815  N/A
    5409     /A LEU 2058 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  3.346  N/A
    5410     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O    no hydrogen  2.872  N/A
    5411     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O    no hydrogen  2.817  N/A
    5412     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O    no hydrogen  2.838  N/A
    5413     /A CYS 2062 SG   /A HIS 2076 O    no hydrogen  3.931  N/A
    5414     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O    no hydrogen  2.754  N/A
    5415     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O    no hydrogen  2.875  N/A
    5416     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1  no hydrogen  2.872  N/A
    5417     /A VAL 2068 N    /A ILE 2071 O    no hydrogen  3.122  N/A
    5418     /A ILE 2071 N    /A VAL 2068 O    no hydrogen  3.161  N/A
    5419     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 OE1  no hydrogen  1.981  N/A
    5420     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  2.698  N/A
    5421     /A HIS 2076 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  3.251  N/A
    5422     /A HIS 2076 NE2  /A GLU 2078 OE2  no hydrogen  3.168  N/A
    5423     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O    no hydrogen  2.744  N/A
    5424     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O    no hydrogen  3.044  N/A
    5425     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O    no hydrogen  2.752  N/A
    5426     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 OE1  no hydrogen  2.958  N/A
    5427     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O    no hydrogen  2.859  N/A
    5428     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O    no hydrogen  2.749  N/A
    5429     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    5430     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O    no hydrogen  2.787  N/A
    5431     /A PHE 2092 N    /A THR 2089 OG1  no hydrogen  3.214  N/A
    5432     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O    no hydrogen  3.032  N/A
    5433     /A SER 2094 N    /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.087  N/A
    5434     /A SER 2094 OG   /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.475  N/A
    5435     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 O    no hydrogen  2.857  N/A
    5436     /A THR 2095 N    /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.066  N/A
    5437     /A THR 2095 OG1  /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.063  N/A
    5438     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O    no hydrogen  2.946  N/A
    5439     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O    no hydrogen  2.944  N/A
    5440     /A LYS 2098 N    /A SER 2094 O    no hydrogen  3.125  N/A
    5441     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O    no hydrogen  3.004  N/A
    5442     /A CYS 2100 N    /A MET 2096 O    no hydrogen  3.088  N/A
    5443     /A CYS 2100 SG   /A MET 2096 O    no hydrogen  3.546  N/A
    5444     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O    no hydrogen  2.975  N/A
    5445     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O    no hydrogen  2.817  N/A
    5446     /A ARG 2187 N    /A ILE 2084 O    no hydrogen  2.957  N/A
    5447    
    5448 
    5449  
    5450 48 hydrogen bonds found 
    5451 
    5452 > hide #1.2 models
    5453 
    5454 > select /A:1801
    5455 
    5456 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    5457 
    5458 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    5459 
    5460 651 atoms, 662 bonds, 291 pseudobonds, 81 residues, 4 models selected 
    5461 
    5462 > select /A:1801
    5463 
    5464 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    5465 
    5466 > save
    5467 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_hbonds.png
    5468 > width 701 height 491 supersample 3
    5469 
    5470 > hide #1.3 models
    5471 
    5472 > show #1.1 models
    5473 
    5474 > close #1.1-3
    5475 
    5476 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    5477 
    5478 651 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    5479 
    5480 > hide sel atoms
    5481 
    5482 > select /A:2068
    5483 
    5484 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    5485 
    5486 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    5487 
    5488 651 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    5489 
    5490 > select /A:2068
    5491 
    5492 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    5493 
    5494 > show sel atoms
    5495 
    5496 > color sel gray
    5497 
    5498 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    5499 
    5500 651 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    5501 
    5502 > swapaa /A: 2068 leu
    5503 
    5504 Using Dunbrack library 
    5505 /A VAL 2068: phi -108.3, psi 119.0 trans 
    5506 Applying LEU rotamer (chi angles: 177.4 64.0) to /A LEU 2068 
    5507 
    5508 > ui tool show Clashes
    5509 
    5510 [Repeated 1 time(s)]
    5511 
    5512 > clashes sel saveFile
    5513 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068L_clashes
    5514 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color #ff0000 reveal
    5515 > true log true
    5516    
    5517    
    5518     Allowed overlap: 0.6
    5519     H-bond overlap reduction: 0.4
    5520     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    5521     Detect intra-residue clashes: True
    5522     Detect intra-molecule clashes: True
    5523    
    5524     5 clashes
    5525          atom1            atom2       overlap  distance
    5526     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CD    1.106    2.414
    5527     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CD1   1.100    2.660
    5528     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    5529     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    5530     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 OE1   0.606    2.694
    5531    
    5532 
    5533  
    5534 5 clashes 
    5535 
    5536 > select /A:1801
    5537 
    5538 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    5539 
    5540 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    5541 
    5542 652 atoms, 663 bonds, 5 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    5543 
    5544 > select /A:1801-1802
    5545 
    5546 14 atoms, 15 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    5547 
    5548 > save
    5549 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068L_clashes.png
    5550 > width 701 height 491 supersample 3
    5551 
    5552 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    5553 
    5554 652 atoms, 663 bonds, 5 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    5555 
    5556 > ui tool show Distances
    5557 
    5558 > ui tool show Contacts
    5559 
    5560 > contacts sel saveFile
    5561 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068L_contacts
    5562 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true color
    5563 > #00ff00 dashes 4 reveal true log true
    5564    
    5565    
    5566     Allowed overlap: -0.4
    5567     H-bond overlap reduction: 0.4
    5568     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    5569     Detect intra-residue contacts: True
    5570     Detect intra-molecule contacts: True
    5571    
    5572     238 contacts
    5573          atom1            atom2       overlap  distance
    5574     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 NZ    1.106    2.414
    5575     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2185 CB    1.100    2.660
    5576     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    5577     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    5578     /A GLU 2044 OE1  /A VAL 2051 CG2   0.606    2.694
    5579     /A ARG 2056 CZ   /A GLU 2021 CD    0.496    2.994
    5580     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 CZ    0.469    2.561
    5581     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 NH1   0.445    2.215
    5582     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2083 CB    0.444    3.316
    5583     /A GLY 2023 O    /A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    5584     /A ILE 2088 CD1  /A ILE 2086 CG2   0.428    3.332
    5585     /A ARG 2026 CG   /A LEU 2041 CD2   0.424    3.336
    5586     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 CD    0.413    3.347
    5587     /A GLU 2044 CD   /A VAL 2051 CG2   0.381    3.379
    5588     /A PRO 2185 CG   /A ILE 2045 CD1   0.363    3.397
    5589     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CD1   0.291    3.469
    5590     /A PRO 2182 CG   /A ASN 2080 OD1   0.278    3.022
    5591     /A LYS 2074 CD   /A GLU 2064 CG    0.257    3.503
    5592     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CE    0.254    3.506
    5593     /A VAL 2057 CG1  /A ILE 2025 CG2   0.239    3.521
    5594     /A ILE 2088 CG1  /A ILE 2086 CG2   0.228    3.532
    5595     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CD    0.227    3.533
    5596     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 OE2   0.207    3.093
    5597     /A VAL 2186 CG2  /A VAL 2188 CG2   0.205    3.555
    5598     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CE    0.183    3.117
    5599     /A THR 2085 CB   /A THR 2043 OG1   0.178    3.162
    5600     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 CD    0.174    3.346
    5601     /A LYS 2180 O    /A GLU 2078 CA    0.158    3.142
    5602     /A PRO 2182 CD   /A ILE 2079 O     0.140    3.160
    5603     /A ILE 2079 CD1  /A PHE 2077 CE1   0.135    3.505
    5604     /A ARG 2026 NH2  /A GLU 2028 OE1   0.134    2.526
    5605     /A ILE 2086 CD1  /A ILE 2084 CD1   0.121    3.639
    5606     /A ARG 2026 CD   /A LEU 2041 CD2   0.105    3.655
    5607     /A HIS 2076 CD2  /A PHE 2061 CD1   0.105    3.415
    5608     /A HIS 2076 O    /A CYS 2062 CA    0.102    3.198
    5609     /A GLU 2075 OE2  /A ARG 2063 CD    0.098    3.202
    5610     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 CZ    0.084    2.946
    5611     /A VAL 2081 CG2  /A LEU 2058 CD1   0.082    3.678
    5612     /A LEU 2040 O    /A ARG 2026 CA    0.078    3.222
    5613     /A ILE 2045 CG1  /A PRO 2083 CB    0.078    3.682
    5614     /A ARG 2056 NE   /A GLU 2021 CD    0.067    3.453
    5615     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CG    0.056    3.464
    5616     /A PHE 2092 CE1  /A MET 2096 CG    0.050    3.590
    5617     /A GLU 2021 CD   /A ARG 2056 CD    0.039    3.721
    5618     /A ARG 2059 CA   /A LEU 2020 O     0.034    3.266
    5619     /A PRO 2083 CG   /A ILE 2045 CD1   0.030    3.730
    5620     /A GLU 2078 CD   /A ASN 2080 ND2   0.026    3.494
    5621     /A ARG 2056 NH2  /A GLU 2021 CD    0.025    3.495
    5622     /A GLU 2028 OE1  /A ARG 2026 CZ    0.021    3.009
    5623     /A ILE 2071 O    /A PRO 2067 CA    0.021    3.279
    5624     /A LEU 2058 CD1  /A ARG 2059 N     0.020    3.500
    5625     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 CB    0.018    3.322
    5626     /A ILE 2084 CA   /A LEU 2041 O     0.016    3.284
    5627     /A THR 2089 O    /A ILE 2088 CG2   0.013    3.287
    5628     /A ARG 2187 O    /A THR 2085 CA    0.007    3.293
    5629     /A VAL 2073 O    /A GLU 2064 CA    -0.003    3.303
    5630     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CA    -0.004    3.304
    5631     /A PRO 2182 O    /A VAL 2184 CG2   -0.008    3.308
    5632     /A ASN 2024 CA   /A VAL 2057 CG2   -0.009    3.769
    5633     /A LEU 2040 CB   /A MET 2027 CB    -0.012    3.772
    5634     /A ILE 2086 CG1  /A LEU 2040 CD1   -0.013    3.773
    5635     /A THR 2043 CG2  /A THR 2085 OG1   -0.015    3.355
    5636     /A GLU 2064 OE2  /A LYS 2074 NZ    -0.017    2.677
    5637     /A PHE 2092 CB   /A THR 2089 OG1   -0.020    3.360
    5638     /A GLU 2078 O    /A ILE 2060 CA    -0.021    3.321
    5639     /A ILE 2084 CD1  /A ILE 2086 CG1   -0.021    3.781
    5640     /A ILE 2084 CG2  /A ALA 2082 O     -0.021    3.321
    5641     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1   -0.022    2.542
    5642     /A GLU 2078 CB   /A HIS 2076 NE2   -0.026    3.546
    5643     /A VAL 2188 CA   /A ILE 2086 O     -0.029    3.329
    5644     /A PHE 2077 CD2  /A CYS 2062 CB    -0.035    3.675
    5645     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 CZ    -0.035    3.675
    5646     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O     -0.038    2.698
    5647     /A ILE 2025 CB   /A LEU 2022 CD2   -0.043    3.803
    5648     /A VAL 2081 CG2  /A ILE 2079 CG2   -0.044    3.804
    5649     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH2   -0.046    2.706
    5650     /A GLU 2021 N    /A LEU 2020 CD2   -0.059    3.579
    5651     /A ALA 2082 CB   /A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    5652     /A LYS 2074 CD   /A CYS 2062 SG    -0.062    3.712
    5653     /A GLU 2075 OE1  /A LYS 2065 CE    -0.063    3.363
    5654     /A VAL 2186 CA   /A ILE 2084 O     -0.066    3.366
    5655     /A ILE 2084 CD1  /A LEU 2040 CD1   -0.076    3.836
    5656     /A LEU 2041 CG   /A LEU 2040 O     -0.082    3.382
    5657     /A THR 2085 O    /A LEU 2040 CA    -0.082    3.382
    5658     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O     -0.084    2.744
    5659     /A LEU 2068 CD1  /A GLY 2069 N     -0.084    3.604
    5660     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CG1   -0.085    3.845
    5661     /A PRO 2083 CB   /A THR 2043 O     -0.088    3.388
    5662     /A LEU 2097 CB   /A TYR 2093 O     -0.088    3.388
    5663     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O     -0.089    2.749
    5664     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    5665     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O     -0.094    2.754
    5666     /A ALA 2082 O    /A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    5667     /A CYS 2100 CB   /A PHE 2101 CD2   -0.097    3.737
    5668     /A ILE 2079 CG1  /A PHE 2077 CE1   -0.099    3.739
    5669     /A LEU 2058 CD1  /A ASN 2080 O     -0.101    3.401
    5670     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 O     -0.113    3.413
    5671     /A PHE 2077 CA   /A PHE 2061 O     -0.119    3.419
    5672     /A PRO 2185 CA   /A ILE 2045 CD1   -0.122    3.882
    5673     /A PHE 2077 CE2  /A ILE 2060 CG2   -0.123    3.763
    5674     /A LYS 2055 CG   /A ASP 2052 CB    -0.124    3.884
    5675     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O     -0.127    2.787
    5676     /A PRO 2102 CA   /A LYS 2098 O     -0.129    3.429
    5677     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CD    -0.133    3.433
    5678     /A PRO 2067 CB   /A ILE 2071 O     -0.134    3.434
    5679     /A PHE 2061 CE1  /A HIS 2076 CD2   -0.135    3.655
    5680     /A GLN 2046 CG   /A ILE 2045 O     -0.144    3.444
    5681     /A ILE 2079 CG2  /A LEU 2058 CD1   -0.148    3.908
    5682     /A HIS 2054 N    /A ASP 2052 O     -0.150    2.810
    5683     /A MET 2096 CB   /A PHE 2092 O     -0.151    3.451
    5684     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    5685     /A VAL 2081 CA   /A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    5686     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O     -0.157    2.817
    5687     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O     -0.157    2.817
    5688     /A PRO 2102 CD   /A CYS 2100 C     -0.161    3.651
    5689     /A ILE 2084 CG2  /A PRO 2083 O     -0.162    3.462
    5690     /A LEU 2058 O    /A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    5691     /A ASN 2080 O    /A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    5692     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 CG    -0.172    3.692
    5693     /A SER 2094 N    /A TYR 2093 CD1   -0.174    3.574
    5694     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O     -0.178    2.838
    5695     /A ARG 2056 CA   /A LEU 2022 O     -0.178    3.478
    5696     /A GLU 2044 O    /A THR 2043 CG2   -0.184    3.484
    5697     /A PHE 2099 CD1  /A PHE 2099 O     -0.185    3.365
    5698     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 OG1   -0.187    3.527
    5699     /A MET 2096 O    /A PHE 2099 CB    -0.189    3.489
    5700     /A GLU 2064 CG   /A CYS 2062 SG    -0.190    3.840
    5701     /A GLU 2075 CA   /A ARG 2063 O     -0.194    3.494
    5702     /A VAL 2186 CG1  /A ILE 2084 CG1   -0.197    3.957
    5703     /A ILE 2060 O    /A LEU 2020 N     -0.197    2.857
    5704     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    5705     /A ALA 2042 CB   /A VAL 2057 CG2   -0.199    3.959
    5706     /A PRO 2185 CD   /A VAL 2184 CG1   -0.201    3.961
    5707     /A VAL 2186 CG1  /A PRO 2185 O     -0.201    3.501
    5708     /A LEU 2041 CD2  /A ARG 2026 CB    -0.205    3.965
    5709     /A GLU 2075 CB   /A ARG 2063 O     -0.208    3.508
    5710     /A GLU 2028 CD   /A ARG 2026 NH2   -0.208    3.728
    5711     /A ILE 2181 CG2  /A ILE 2079 O     -0.210    3.510
    5712     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH1   -0.211    2.871
    5713     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    5714     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1   -0.212    2.872
    5715     /A VAL 2081 CB   /A VAL 2184 CG2   -0.212    3.972
    5716     /A GLU 2021 CG   /A LEU 2020 O     -0.213    3.513
    5717     /A LEU 2058 CD2  /A ILE 2060 CD1   -0.214    3.974
    5718     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 CG    -0.214    3.974
    5719     /A PRO 2182 CD   /A ASN 2080 OD1   -0.215    3.515
    5720     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O     -0.215    2.875
    5721     /A ILE 2025 N    /A ASN 2024 OD1   -0.218    2.878
    5722     /A VAL 2186 CG1  /A VAL 2184 CG1   -0.219    3.979
    5723     /A LEU 2020 CD2  /A LEU 2020 O     -0.220    3.520
    5724     /A LYS 2055 CE   /A ASP 2052 CB    -0.234    3.994
    5725     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CD1   -0.241    3.881
    5726     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O     -0.242    2.902
    5727     /A CYS 2100 N    /A PHE 2099 CD1   -0.243    3.643
    5728     /A ILE 2181 CG1  /A LYS 2180 O     -0.245    3.545
    5729     /A CYS 2062 SG   /A PHE 2077 CD2   -0.245    3.775
    5730     /A VAL 2057 CB   /A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    5731     /A PHE 2101 CD2  /A CYS 2100 C     -0.249    3.619
    5732     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    5733     /A ILE 2084 CB   /A LEU 2041 O     -0.256    3.556
    5734     /A LYS 2090 O    /A TYR 2093 CB    -0.258    3.558
    5735     /A LYS 2098 CB   /A SER 2094 O     -0.260    3.560
    5736     /A PHE 2101 CE2  /A CYS 2100 CB    -0.261    3.901
    5737     /A THR 2089 O    /A TYR 2093 CB    -0.263    3.563
    5738     /A GLU 2075 CD   /A ARG 2063 CD    -0.263    4.023
    5739     /A VAL 2188 CG2  /A VAL 2186 CB    -0.264    4.024
    5740     /A VAL 2081 CG1  /A ILE 2084 CD1   -0.266    4.026
    5741     /A TYR 2093 CB   /A ILE 2088 CG2   -0.269    4.029
    5742     /A PHE 2101 CB   /A LEU 2097 O     -0.271    3.571
    5743     /A PRO 2182 O    /A ILE 2181 O     -0.272    3.112
    5744     /A ILE 2079 CA   /A ARG 2059 O     -0.274    3.574
    5745     /A LYS 2055 CD   /A ASP 2052 CB    -0.274    4.034
    5746     /A GLU 2078 CG   /A LYS 2180 O     -0.275    3.575
    5747     /A ASN 2024 O    /A LEU 2022 CG    -0.276    3.576
    5748     /A PHE 2092 CZ   /A MET 2027 SD    -0.281    3.811
    5749     /A VAL 2184 CG2  /A VAL 2081 O     -0.282    3.582
    5750     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O     -0.284    2.944
    5751     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CB    -0.284    4.044
    5752     /A VAL 2057 CG2  /A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    5753     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O     -0.286    2.946
    5754     /A PHE 2099 CB   /A THR 2095 O     -0.288    3.588
    5755     /A ARG 2187 N    /A ILE 2084 O     -0.297    2.957
    5756     /A GLU 2078 OE1  /A ASN 2080 ND2   -0.298    2.958
    5757     /A ASN 2080 CA   /A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    5758     /A ASP 2052 OD2  /A LYS 2055 CE    -0.303    3.603
    5759     /A VAL 2184 CG1  /A VAL 2081 O     -0.309    3.609
    5760     /A LEU 2058 CB   /A LEU 2022 CB    -0.311    4.071
    5761     /A THR 2053 N    /A VAL 2051 O     -0.312    2.972
    5762     /A ILE 2084 CG1  /A ILE 2086 CG1   -0.313    4.073
    5763     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O     -0.315    2.975
    5764     /A ARG 2056 CB   /A LEU 2022 O     -0.318    3.618
    5765     /A PRO 2185 O    /A VAL 2184 CG1   -0.324    3.624
    5766     /A LYS 2074 CA   /A ARG 2063 O     -0.325    3.625
    5767     /A LEU 2058 CG   /A ILE 2060 CG1   -0.329    4.089
    5768     /A ILE 2060 CG1  /A LEU 2058 CD1   -0.330    4.090
    5769     /A LYS 2074 CE   /A GLU 2064 CG    -0.333    4.093
    5770     /A PRO 2102 N    /A LYS 2098 O     -0.335    3.395
    5771     /A GLU 2183 O    /A VAL 2184 CG2   -0.335    3.635
    5772     /A PRO 2083 O    /A THR 2043 N     -0.338    2.998
    5773     /A VAL 2057 O    /A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    5774     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O     -0.344    3.004
    5775     /A ILE 2181 CA   /A ILE 2079 O     -0.346    3.646
    5776     /A PRO 2050 CD   /A MET 2049 CG    -0.347    4.107
    5777     /A LEU 2041 CD2  /A LEU 2040 O     -0.348    3.648
    5778     /A ASP 2048 OD1  /A LYS 2047 C     -0.349    3.379
    5779     /A THR 2095 CB   /A LYS 2091 O     -0.352    3.652
    5780     /A ALA 2087 O    /A ILE 2088 CG1   -0.357    3.657
    5781     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 CA    -0.359    3.699
    5782     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NE    -0.359    3.019
    5783     /A PHE 2101 CA   /A LEU 2097 O     -0.360    3.660
    5784     /A THR 2085 CA   /A THR 2043 OG1   -0.361    3.701
    5785     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CG1   -0.366    4.126
    5786     /A ASN 2080 OD1  /A GLU 2078 OE1   -0.371    3.211
    5787     /A PRO 2067 N    /A LYS 2065 O     -0.372    3.432
    5788     /A ALA 2066 O    /A LYS 2065 O     -0.372    3.212
    5789     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O     -0.372    3.032
    5790     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CG1   -0.374    4.014
    5791     /A LYS 2091 O    /A SER 2094 OG    -0.377    2.857
    5792     /A ILE 2181 CG1  /A ILE 2079 CB    -0.377    4.137
    5793     /A THR 2095 O    /A LYS 2098 CB    -0.380    3.680
    5794     /A VAL 2081 CG2  /A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    5795     /A LYS 2065 CD   /A GLU 2075 CD    -0.381    4.141
    5796     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 CA    -0.383    4.143
    5797     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O     -0.384    3.044
    5798     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O     -0.384    3.044
    5799     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CB    -0.386    3.686
    5800     /A PHE 2099 CA   /A MET 2096 O     -0.386    3.686
    5801     /A ARG 2059 CB   /A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    5802     /A ILE 2071 CB   /A LEU 2068 O     -0.390    3.690
    5803     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CG    -0.391    4.151
    5804     /A THR 2043 CB   /A THR 2085 N     -0.393    3.913
    5805     /A ARG 2026 NE   /A LEU 2041 CD2   -0.393    3.913
    5806     /A PHE 2092 CD1  /A MET 2096 CG    -0.394    4.034
    5807     /A THR 2089 CA   /A ILE 2088 CG2   -0.395    4.155
    5808     /A GLU 2078 CA   /A PHE 2061 O     -0.397    3.697
    5809     /A ILE 2025 CD1  /A LEU 2022 CD2   -0.397    4.157
    5810     /A ASN 2080 CB   /A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    5811     /A ILE 2181 CD1  /A ILE 2079 CD1   -0.400    4.160
    5812    
    5813 
    5814  
    5815 238 contacts 
    5816 
    5817 > hide #!1 models
    5818 
    5819 > show #!1 models
    5820 
    5821 > hide #1.1 models
    5822 
    5823 > select /A:1801
    5824 
    5825 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    5826 
    5827 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    5828 
    5829 652 atoms, 663 bonds, 243 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    5830 
    5831 > select /A:1801
    5832 
    5833 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    5834 
    5835 > save
    5836 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068L_contacts.png
    5837 > width 701 height 491 supersample 3
    5838 
    5839 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    5840 
    5841 652 atoms, 663 bonds, 243 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    5842 
    5843 > ui tool show H-Bonds
    5844 
    5845 > hbonds sel saveFile
    5846 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068L_hbonds
    5847 > color #aa00ff dashes 4 restrict both select true reveal true log true
    5848    
    5849    
    5850     Finding intermodel H-bonds
    5851     Finding intramodel H-bonds
    5852     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    5853     Models used:
    5854         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    5855    
    5856     48 H-bonds
    5857     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    5858     /A LEU 2020 N    /A ILE 2060 O    no hydrogen  2.857  N/A
    5859     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O    no hydrogen  2.913  N/A
    5860     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O    no hydrogen  2.902  N/A
    5861     /A LEU 2040 N    /A MET 2027 O    no hydrogen  3.331  N/A
    5862     /A LEU 2041 N    /A THR 2085 O    no hydrogen  3.063  N/A
    5863     /A THR 2043 N    /A PRO 2083 O    no hydrogen  2.998  N/A
    5864     /A THR 2043 OG1  /A LEU 2041 O    no hydrogen  3.223  N/A
    5865     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    5866     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O    no hydrogen  3.044  N/A
    5867     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  2.815  N/A
    5868     /A LEU 2058 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  3.346  N/A
    5869     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O    no hydrogen  2.872  N/A
    5870     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O    no hydrogen  2.817  N/A
    5871     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O    no hydrogen  2.838  N/A
    5872     /A CYS 2062 SG   /A HIS 2076 O    no hydrogen  3.931  N/A
    5873     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O    no hydrogen  2.754  N/A
    5874     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O    no hydrogen  2.875  N/A
    5875     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1  no hydrogen  2.872  N/A
    5876     /A LEU 2068 N    /A ILE 2071 O    no hydrogen  3.122  N/A
    5877     /A ILE 2071 N    /A LEU 2068 O    no hydrogen  3.161  N/A
    5878     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 OE1  no hydrogen  1.981  N/A
    5879     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  2.698  N/A
    5880     /A HIS 2076 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  3.251  N/A
    5881     /A HIS 2076 NE2  /A GLU 2078 OE2  no hydrogen  3.168  N/A
    5882     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O    no hydrogen  2.744  N/A
    5883     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O    no hydrogen  3.044  N/A
    5884     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O    no hydrogen  2.752  N/A
    5885     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 OE1  no hydrogen  2.958  N/A
    5886     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O    no hydrogen  2.859  N/A
    5887     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O    no hydrogen  2.749  N/A
    5888     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    5889     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O    no hydrogen  2.787  N/A
    5890     /A PHE 2092 N    /A THR 2089 OG1  no hydrogen  3.214  N/A
    5891     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O    no hydrogen  3.032  N/A
    5892     /A SER 2094 N    /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.087  N/A
    5893     /A SER 2094 OG   /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.475  N/A
    5894     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 O    no hydrogen  2.857  N/A
    5895     /A THR 2095 N    /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.066  N/A
    5896     /A THR 2095 OG1  /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.063  N/A
    5897     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O    no hydrogen  2.946  N/A
    5898     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O    no hydrogen  2.944  N/A
    5899     /A LYS 2098 N    /A SER 2094 O    no hydrogen  3.125  N/A
    5900     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O    no hydrogen  3.004  N/A
    5901     /A CYS 2100 N    /A MET 2096 O    no hydrogen  3.088  N/A
    5902     /A CYS 2100 SG   /A MET 2096 O    no hydrogen  3.546  N/A
    5903     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O    no hydrogen  2.975  N/A
    5904     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O    no hydrogen  2.817  N/A
    5905     /A ARG 2187 N    /A ILE 2084 O    no hydrogen  2.957  N/A
    5906    
    5907 
    5908  
    5909 48 hydrogen bonds found 
    5910 
    5911 > hide #1.2 models
    5912 
    5913 > select /A:1801
    5914 
    5915 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    5916 
    5917 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    5918 
    5919 652 atoms, 663 bonds, 291 pseudobonds, 81 residues, 4 models selected 
    5920 
    5921 > select /A:1801
    5922 
    5923 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    5924 
    5925 > save
    5926 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068L_hbonds.png
    5927 > width 701 height 491 supersample 3
    5928 
    5929 > swapaa /A: 2068 val
    5930 
    5931 Using Dunbrack library 
    5932 /A LEU 2068: phi -108.3, psi 119.0 trans 
    5933 Applying VAL rotamer (chi angles: 178.6) to /A VAL 2068 
    5934 
    5935 > select /A:2071
    5936 
    5937 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    5938 
    5939 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    5940 
    5941 651 atoms, 662 bonds, 290 pseudobonds, 81 residues, 4 models selected 
    5942 
    5943 > select /A:2071
    5944 
    5945 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    5946 
    5947 > color sel gray
    5948 
    5949 > select /A:2068
    5950 
    5951 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    5952 
    5953 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    5954 
    5955 651 atoms, 662 bonds, 290 pseudobonds, 81 residues, 4 models selected 
    5956 
    5957 > select /A:2068-2069
    5958 
    5959 11 atoms, 10 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    5960 
    5961 > select /A:2068
    5962 
    5963 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    5964 
    5965 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    5966 
    5967 651 atoms, 662 bonds, 290 pseudobonds, 81 residues, 4 models selected 
    5968 
    5969 > select /A:2068
    5970 
    5971 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    5972 
    5973 > color sel orange
    5974 
    5975 > select /A:2068
    5976 
    5977 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    5978 
    5979 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    5980 
    5981 651 atoms, 662 bonds, 290 pseudobonds, 81 residues, 4 models selected 
    5982 
    5983 > select /A:2068-2069
    5984 
    5985 11 atoms, 10 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    5986 
    5987 > select /A:2068-2069
    5988 
    5989 11 atoms, 10 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    5990 
    5991 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    5992 
    5993 651 atoms, 662 bonds, 290 pseudobonds, 81 residues, 4 models selected 
    5994 
    5995 > select /A:2068-2069
    5996 
    5997 11 atoms, 10 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    5998 
    5999 > select /A:2068
    6000 
    6001 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    6002 
    6003 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    6004 
    6005 651 atoms, 662 bonds, 290 pseudobonds, 81 residues, 4 models selected 
    6006 
    6007 > select /A:2068
    6008 
    6009 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    6010 
    6011 > color sel gray
    6012 
    6013 > select /A:2071
    6014 
    6015 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    6016 
    6017 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    6018 
    6019 651 atoms, 662 bonds, 290 pseudobonds, 81 residues, 4 models selected 
    6020 
    6021 > select /A:2071
    6022 
    6023 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    6024 
    6025 > color sel orange
    6026 
    6027 > swapaa /A: 2068 ile
    6028 
    6029 Using Dunbrack library 
    6030 /A VAL 2068: phi -108.3, psi 119.0 trans 
    6031 Applying ILE rotamer (chi angles: -60.2 170.9) to /A ILE 2068 
    6032 
    6033 > close #1.1-3
    6034 
    6035 > select /A:2086
    6036 
    6037 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    6038 
    6039 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    6040 
    6041 652 atoms, 663 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    6042 
    6043 > select /A:2086
    6044 
    6045 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    6046 
    6047 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    6048 
    6049 652 atoms, 663 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    6050 
    6051 > ui tool show Clashes
    6052 
    6053 > clashes sel saveFile
    6054 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068I_clashes
    6055 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color #ff0000 reveal
    6056 > true log true
    6057    
    6058    
    6059     Allowed overlap: 0.6
    6060     H-bond overlap reduction: 0.4
    6061     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    6062     Detect intra-residue clashes: True
    6063     Detect intra-molecule clashes: True
    6064    
    6065     5 clashes
    6066          atom1            atom2       overlap  distance
    6067     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CD    1.106    2.414
    6068     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CD1   1.100    2.660
    6069     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    6070     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    6071     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 OE1   0.606    2.694
    6072    
    6073 
    6074  
    6075 5 clashes 
    6076 
    6077 > select /A:2176
    6078 
    6079 11 atoms, 11 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    6080 
    6081 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    6082 
    6083 652 atoms, 663 bonds, 5 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    6084 
    6085 > select /A:2176
    6086 
    6087 11 atoms, 11 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    6088 
    6089 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    6090 
    6091 652 atoms, 663 bonds, 5 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    6092 
    6093 > ui tool show Contacts
    6094 
    6095 > contacts sel saveFile
    6096 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068I_contacts
    6097 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true color
    6098 > #00ff00 dashes 4 reveal true log true
    6099    
    6100    
    6101     Allowed overlap: -0.4
    6102     H-bond overlap reduction: 0.4
    6103     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    6104     Detect intra-residue contacts: True
    6105     Detect intra-molecule contacts: True
    6106    
    6107     239 contacts
    6108          atom1            atom2       overlap  distance
    6109     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 NZ    1.106    2.414
    6110     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2185 CB    1.100    2.660
    6111     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    6112     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    6113     /A GLU 2044 OE1  /A VAL 2051 CG2   0.606    2.694
    6114     /A ARG 2056 CZ   /A GLU 2021 CD    0.496    2.994
    6115     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 CZ    0.469    2.561
    6116     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 NH1   0.445    2.215
    6117     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2083 CB    0.444    3.316
    6118     /A GLY 2023 O    /A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    6119     /A ILE 2088 CD1  /A ILE 2086 CG2   0.428    3.332
    6120     /A ARG 2026 CG   /A LEU 2041 CD2   0.424    3.336
    6121     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 CD    0.413    3.347
    6122     /A GLU 2044 CD   /A VAL 2051 CG2   0.381    3.379
    6123     /A PRO 2185 CG   /A ILE 2045 CD1   0.363    3.397
    6124     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CD1   0.291    3.469
    6125     /A PRO 2182 CG   /A ASN 2080 OD1   0.278    3.022
    6126     /A LYS 2074 CD   /A GLU 2064 CG    0.257    3.503
    6127     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CE    0.254    3.506
    6128     /A VAL 2057 CG1  /A ILE 2025 CG2   0.239    3.521
    6129     /A ILE 2088 CG1  /A ILE 2086 CG2   0.228    3.532
    6130     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CD    0.227    3.533
    6131     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 OE2   0.207    3.093
    6132     /A VAL 2186 CG2  /A VAL 2188 CG2   0.205    3.555
    6133     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CE    0.183    3.117
    6134     /A THR 2085 CB   /A THR 2043 OG1   0.178    3.162
    6135     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 CD    0.174    3.346
    6136     /A LYS 2180 O    /A GLU 2078 CA    0.158    3.142
    6137     /A PRO 2182 CD   /A ILE 2079 O     0.140    3.160
    6138     /A ILE 2079 CD1  /A PHE 2077 CE1   0.135    3.505
    6139     /A ARG 2026 NH2  /A GLU 2028 OE1   0.134    2.526
    6140     /A ILE 2086 CD1  /A ILE 2084 CD1   0.121    3.639
    6141     /A ARG 2026 CD   /A LEU 2041 CD2   0.105    3.655
    6142     /A HIS 2076 CD2  /A PHE 2061 CD1   0.105    3.415
    6143     /A HIS 2076 O    /A CYS 2062 CA    0.102    3.198
    6144     /A GLU 2075 OE2  /A ARG 2063 CD    0.098    3.202
    6145     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 CZ    0.084    2.946
    6146     /A VAL 2081 CG2  /A LEU 2058 CD1   0.082    3.678
    6147     /A LEU 2040 O    /A ARG 2026 CA    0.078    3.222
    6148     /A ILE 2045 CG1  /A PRO 2083 CB    0.078    3.682
    6149     /A ARG 2056 NE   /A GLU 2021 CD    0.067    3.453
    6150     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CG    0.056    3.464
    6151     /A PHE 2092 CE1  /A MET 2096 CG    0.050    3.590
    6152     /A GLU 2021 CD   /A ARG 2056 CD    0.039    3.721
    6153     /A ARG 2059 CA   /A LEU 2020 O     0.034    3.266
    6154     /A PRO 2083 CG   /A ILE 2045 CD1   0.030    3.730
    6155     /A GLU 2078 CD   /A ASN 2080 ND2   0.026    3.494
    6156     /A ARG 2056 NH2  /A GLU 2021 CD    0.025    3.495
    6157     /A GLU 2028 OE1  /A ARG 2026 CZ    0.021    3.009
    6158     /A ILE 2071 O    /A PRO 2067 CA    0.021    3.279
    6159     /A LEU 2058 CD1  /A ARG 2059 N     0.020    3.500
    6160     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 CB    0.018    3.322
    6161     /A ILE 2084 CA   /A LEU 2041 O     0.016    3.284
    6162     /A THR 2089 O    /A ILE 2088 CG2   0.013    3.287
    6163     /A ARG 2187 O    /A THR 2085 CA    0.007    3.293
    6164     /A VAL 2073 O    /A GLU 2064 CA    -0.003    3.303
    6165     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CA    -0.004    3.304
    6166     /A PRO 2182 O    /A VAL 2184 CG2   -0.008    3.308
    6167     /A ASN 2024 CA   /A VAL 2057 CG2   -0.009    3.769
    6168     /A LEU 2040 CB   /A MET 2027 CB    -0.012    3.772
    6169     /A ILE 2086 CG1  /A LEU 2040 CD1   -0.013    3.773
    6170     /A THR 2043 CG2  /A THR 2085 OG1   -0.015    3.355
    6171     /A GLU 2064 OE2  /A LYS 2074 NZ    -0.017    2.677
    6172     /A PHE 2092 CB   /A THR 2089 OG1   -0.020    3.360
    6173     /A GLU 2078 O    /A ILE 2060 CA    -0.021    3.321
    6174     /A ILE 2084 CD1  /A ILE 2086 CG1   -0.021    3.781
    6175     /A ILE 2084 CG2  /A ALA 2082 O     -0.021    3.321
    6176     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1   -0.022    2.542
    6177     /A GLU 2078 CB   /A HIS 2076 NE2   -0.026    3.546
    6178     /A VAL 2188 CA   /A ILE 2086 O     -0.029    3.329
    6179     /A PHE 2077 CD2  /A CYS 2062 CB    -0.035    3.675
    6180     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 CZ    -0.035    3.675
    6181     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O     -0.038    2.698
    6182     /A ILE 2025 CB   /A LEU 2022 CD2   -0.043    3.803
    6183     /A VAL 2081 CG2  /A ILE 2079 CG2   -0.044    3.804
    6184     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH2   -0.046    2.706
    6185     /A GLU 2021 N    /A LEU 2020 CD2   -0.059    3.579
    6186     /A ALA 2082 CB   /A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    6187     /A LYS 2074 CD   /A CYS 2062 SG    -0.062    3.712
    6188     /A GLU 2075 OE1  /A LYS 2065 CE    -0.063    3.363
    6189     /A VAL 2186 CA   /A ILE 2084 O     -0.066    3.366
    6190     /A ILE 2084 CD1  /A LEU 2040 CD1   -0.076    3.836
    6191     /A LEU 2041 CG   /A LEU 2040 O     -0.082    3.382
    6192     /A THR 2085 O    /A LEU 2040 CA    -0.082    3.382
    6193     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O     -0.084    2.744
    6194     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CG1   -0.085    3.845
    6195     /A PRO 2083 CB   /A THR 2043 O     -0.088    3.388
    6196     /A LEU 2097 CB   /A TYR 2093 O     -0.088    3.388
    6197     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O     -0.089    2.749
    6198     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    6199     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O     -0.094    2.754
    6200     /A ALA 2082 O    /A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    6201     /A CYS 2100 CB   /A PHE 2101 CD2   -0.097    3.737
    6202     /A ILE 2079 CG1  /A PHE 2077 CE1   -0.099    3.739
    6203     /A LEU 2058 CD1  /A ASN 2080 O     -0.101    3.401
    6204     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 O     -0.113    3.413
    6205     /A PHE 2077 CA   /A PHE 2061 O     -0.119    3.419
    6206     /A PRO 2185 CA   /A ILE 2045 CD1   -0.122    3.882
    6207     /A PHE 2077 CE2  /A ILE 2060 CG2   -0.123    3.763
    6208     /A LYS 2055 CG   /A ASP 2052 CB    -0.124    3.884
    6209     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O     -0.127    2.787
    6210     /A PRO 2102 CA   /A LYS 2098 O     -0.129    3.429
    6211     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CD    -0.133    3.433
    6212     /A PRO 2067 CB   /A ILE 2071 O     -0.134    3.434
    6213     /A PHE 2061 CE1  /A HIS 2076 CD2   -0.135    3.655
    6214     /A GLN 2046 CG   /A ILE 2045 O     -0.144    3.444
    6215     /A ILE 2079 CG2  /A LEU 2058 CD1   -0.148    3.908
    6216     /A HIS 2054 N    /A ASP 2052 O     -0.150    2.810
    6217     /A MET 2096 CB   /A PHE 2092 O     -0.151    3.451
    6218     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    6219     /A VAL 2081 CA   /A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    6220     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O     -0.157    2.817
    6221     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O     -0.157    2.817
    6222     /A PRO 2102 CD   /A CYS 2100 C     -0.161    3.651
    6223     /A ILE 2084 CG2  /A PRO 2083 O     -0.162    3.462
    6224     /A LEU 2058 O    /A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    6225     /A ASN 2080 O    /A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    6226     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 CG    -0.172    3.692
    6227     /A SER 2094 N    /A TYR 2093 CD1   -0.174    3.574
    6228     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O     -0.178    2.838
    6229     /A ARG 2056 CA   /A LEU 2022 O     -0.178    3.478
    6230     /A GLU 2044 O    /A THR 2043 CG2   -0.184    3.484
    6231     /A PHE 2099 CD1  /A PHE 2099 O     -0.185    3.365
    6232     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 OG1   -0.187    3.527
    6233     /A MET 2096 O    /A PHE 2099 CB    -0.189    3.489
    6234     /A GLU 2064 CG   /A CYS 2062 SG    -0.190    3.840
    6235     /A GLU 2075 CA   /A ARG 2063 O     -0.194    3.494
    6236     /A VAL 2186 CG1  /A ILE 2084 CG1   -0.197    3.957
    6237     /A ILE 2060 O    /A LEU 2020 N     -0.197    2.857
    6238     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    6239     /A ALA 2042 CB   /A VAL 2057 CG2   -0.199    3.959
    6240     /A PRO 2185 CD   /A VAL 2184 CG1   -0.201    3.961
    6241     /A VAL 2186 CG1  /A PRO 2185 O     -0.201    3.501
    6242     /A LEU 2041 CD2  /A ARG 2026 CB    -0.205    3.965
    6243     /A GLU 2075 CB   /A ARG 2063 O     -0.208    3.508
    6244     /A GLU 2028 CD   /A ARG 2026 NH2   -0.208    3.728
    6245     /A ILE 2181 CG2  /A ILE 2079 O     -0.210    3.510
    6246     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH1   -0.211    2.871
    6247     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    6248     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1   -0.212    2.872
    6249     /A VAL 2081 CB   /A VAL 2184 CG2   -0.212    3.972
    6250     /A GLU 2021 CG   /A LEU 2020 O     -0.213    3.513
    6251     /A LEU 2058 CD2  /A ILE 2060 CD1   -0.214    3.974
    6252     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 CG    -0.214    3.974
    6253     /A PRO 2182 CD   /A ASN 2080 OD1   -0.215    3.515
    6254     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O     -0.215    2.875
    6255     /A ILE 2025 N    /A ASN 2024 OD1   -0.218    2.878
    6256     /A VAL 2186 CG1  /A VAL 2184 CG1   -0.219    3.979
    6257     /A LEU 2020 CD2  /A LEU 2020 O     -0.220    3.520
    6258     /A LYS 2055 CE   /A ASP 2052 CB    -0.234    3.994
    6259     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CD1   -0.241    3.881
    6260     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O     -0.242    2.902
    6261     /A CYS 2100 N    /A PHE 2099 CD1   -0.243    3.643
    6262     /A ILE 2181 CG1  /A LYS 2180 O     -0.245    3.545
    6263     /A CYS 2062 SG   /A PHE 2077 CD2   -0.245    3.775
    6264     /A VAL 2057 CB   /A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    6265     /A PHE 2101 CD2  /A CYS 2100 C     -0.249    3.619
    6266     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    6267     /A ILE 2084 CB   /A LEU 2041 O     -0.256    3.556
    6268     /A LYS 2090 O    /A TYR 2093 CB    -0.258    3.558
    6269     /A LYS 2098 CB   /A SER 2094 O     -0.260    3.560
    6270     /A PHE 2101 CE2  /A CYS 2100 CB    -0.261    3.901
    6271     /A THR 2089 O    /A TYR 2093 CB    -0.263    3.563
    6272     /A GLU 2075 CD   /A ARG 2063 CD    -0.263    4.023
    6273     /A VAL 2188 CG2  /A VAL 2186 CB    -0.264    4.024
    6274     /A VAL 2081 CG1  /A ILE 2084 CD1   -0.266    4.026
    6275     /A TYR 2093 CB   /A ILE 2088 CG2   -0.269    4.029
    6276     /A PHE 2101 CB   /A LEU 2097 O     -0.271    3.571
    6277     /A PRO 2182 O    /A ILE 2181 O     -0.272    3.112
    6278     /A ILE 2079 CA   /A ARG 2059 O     -0.274    3.574
    6279     /A LYS 2055 CD   /A ASP 2052 CB    -0.274    4.034
    6280     /A GLU 2078 CG   /A LYS 2180 O     -0.275    3.575
    6281     /A ASN 2024 O    /A LEU 2022 CG    -0.276    3.576
    6282     /A PHE 2092 CZ   /A MET 2027 SD    -0.281    3.811
    6283     /A VAL 2184 CG2  /A VAL 2081 O     -0.282    3.582
    6284     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O     -0.284    2.944
    6285     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CB    -0.284    4.044
    6286     /A VAL 2057 CG2  /A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    6287     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O     -0.286    2.946
    6288     /A PHE 2099 CB   /A THR 2095 O     -0.288    3.588
    6289     /A ARG 2187 N    /A ILE 2084 O     -0.297    2.957
    6290     /A GLU 2078 OE1  /A ASN 2080 ND2   -0.298    2.958
    6291     /A ASN 2080 CA   /A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    6292     /A ASP 2052 OD2  /A LYS 2055 CE    -0.303    3.603
    6293     /A ILE 2068 CD1  /A VAL 2073 CG2   -0.309    4.069
    6294     /A VAL 2184 CG1  /A VAL 2081 O     -0.309    3.609
    6295     /A LEU 2058 CB   /A LEU 2022 CB    -0.311    4.071
    6296     /A THR 2053 N    /A VAL 2051 O     -0.312    2.972
    6297     /A ILE 2084 CG1  /A ILE 2086 CG1   -0.313    4.073
    6298     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O     -0.315    2.975
    6299     /A ARG 2056 CB   /A LEU 2022 O     -0.318    3.618
    6300     /A PRO 2185 O    /A VAL 2184 CG1   -0.324    3.624
    6301     /A LYS 2074 CA   /A ARG 2063 O     -0.325    3.625
    6302     /A ILE 2068 CG1  /A VAL 2073 CG2   -0.328    4.088
    6303     /A LEU 2058 CG   /A ILE 2060 CG1   -0.329    4.089
    6304     /A ILE 2060 CG1  /A LEU 2058 CD1   -0.330    4.090
    6305     /A LYS 2074 CE   /A GLU 2064 CG    -0.333    4.093
    6306     /A PRO 2102 N    /A LYS 2098 O     -0.335    3.395
    6307     /A GLU 2183 O    /A VAL 2184 CG2   -0.335    3.635
    6308     /A PRO 2083 O    /A THR 2043 N     -0.338    2.998
    6309     /A VAL 2057 O    /A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    6310     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O     -0.344    3.004
    6311     /A ILE 2181 CA   /A ILE 2079 O     -0.346    3.646
    6312     /A PRO 2050 CD   /A MET 2049 CG    -0.347    4.107
    6313     /A LEU 2041 CD2  /A LEU 2040 O     -0.348    3.648
    6314     /A ASP 2048 OD1  /A LYS 2047 C     -0.349    3.379
    6315     /A THR 2095 CB   /A LYS 2091 O     -0.352    3.652
    6316     /A ALA 2087 O    /A ILE 2088 CG1   -0.357    3.657
    6317     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 CA    -0.359    3.699
    6318     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NE    -0.359    3.019
    6319     /A PHE 2101 CA   /A LEU 2097 O     -0.360    3.660
    6320     /A THR 2085 CA   /A THR 2043 OG1   -0.361    3.701
    6321     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CG1   -0.366    4.126
    6322     /A ASN 2080 OD1  /A GLU 2078 OE1   -0.371    3.211
    6323     /A PRO 2067 N    /A LYS 2065 O     -0.372    3.432
    6324     /A ALA 2066 O    /A LYS 2065 O     -0.372    3.212
    6325     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O     -0.372    3.032
    6326     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CG1   -0.374    4.014
    6327     /A LYS 2091 O    /A SER 2094 OG    -0.377    2.857
    6328     /A ILE 2181 CG1  /A ILE 2079 CB    -0.377    4.137
    6329     /A THR 2095 O    /A LYS 2098 CB    -0.380    3.680
    6330     /A VAL 2081 CG2  /A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    6331     /A LYS 2065 CD   /A GLU 2075 CD    -0.381    4.141
    6332     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 CA    -0.383    4.143
    6333     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O     -0.384    3.044
    6334     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O     -0.384    3.044
    6335     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CB    -0.386    3.686
    6336     /A PHE 2099 CA   /A MET 2096 O     -0.386    3.686
    6337     /A ARG 2059 CB   /A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    6338     /A ILE 2071 CB   /A ILE 2068 O     -0.390    3.690
    6339     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CG    -0.391    4.151
    6340     /A THR 2043 CB   /A THR 2085 N     -0.393    3.913
    6341     /A ARG 2026 NE   /A LEU 2041 CD2   -0.393    3.913
    6342     /A PHE 2092 CD1  /A MET 2096 CG    -0.394    4.034
    6343     /A THR 2089 CA   /A ILE 2088 CG2   -0.395    4.155
    6344     /A GLU 2078 CA   /A PHE 2061 O     -0.397    3.697
    6345     /A ILE 2025 CD1  /A LEU 2022 CD2   -0.397    4.157
    6346     /A ASN 2080 CB   /A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    6347     /A ILE 2181 CD1  /A ILE 2079 CD1   -0.400    4.160
    6348    
    6349 
    6350  
    6351 239 contacts 
    6352 
    6353 > select /A:2239-2240
    6354 
    6355 13 atoms, 12 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    6356 
    6357 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    6358 
    6359 652 atoms, 663 bonds, 244 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    6360 
    6361 > select /A:2239-2240
    6362 
    6363 13 atoms, 12 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    6364 
    6365 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    6366 
    6367 652 atoms, 663 bonds, 244 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    6368 
    6369 > ui tool show H-Bonds
    6370 
    6371 > hbonds sel saveFile
    6372 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068I_hbonds
    6373 > color #aa00ff dashes 4 restrict both select true reveal true log true
    6374    
    6375    
    6376     Finding intermodel H-bonds
    6377     Finding intramodel H-bonds
    6378     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    6379     Models used:
    6380         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    6381    
    6382     48 H-bonds
    6383     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    6384     /A LEU 2020 N    /A ILE 2060 O    no hydrogen  2.857  N/A
    6385     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O    no hydrogen  2.913  N/A
    6386     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O    no hydrogen  2.902  N/A
    6387     /A LEU 2040 N    /A MET 2027 O    no hydrogen  3.331  N/A
    6388     /A LEU 2041 N    /A THR 2085 O    no hydrogen  3.063  N/A
    6389     /A THR 2043 N    /A PRO 2083 O    no hydrogen  2.998  N/A
    6390     /A THR 2043 OG1  /A LEU 2041 O    no hydrogen  3.223  N/A
    6391     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    6392     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O    no hydrogen  3.044  N/A
    6393     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  2.815  N/A
    6394     /A LEU 2058 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  3.346  N/A
    6395     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O    no hydrogen  2.872  N/A
    6396     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O    no hydrogen  2.817  N/A
    6397     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O    no hydrogen  2.838  N/A
    6398     /A CYS 2062 SG   /A HIS 2076 O    no hydrogen  3.931  N/A
    6399     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O    no hydrogen  2.754  N/A
    6400     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O    no hydrogen  2.875  N/A
    6401     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1  no hydrogen  2.872  N/A
    6402     /A ILE 2068 N    /A ILE 2071 O    no hydrogen  3.122  N/A
    6403     /A ILE 2071 N    /A ILE 2068 O    no hydrogen  3.161  N/A
    6404     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 OE1  no hydrogen  1.981  N/A
    6405     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  2.698  N/A
    6406     /A HIS 2076 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  3.251  N/A
    6407     /A HIS 2076 NE2  /A GLU 2078 OE2  no hydrogen  3.168  N/A
    6408     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O    no hydrogen  2.744  N/A
    6409     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O    no hydrogen  3.044  N/A
    6410     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O    no hydrogen  2.752  N/A
    6411     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 OE1  no hydrogen  2.958  N/A
    6412     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O    no hydrogen  2.859  N/A
    6413     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O    no hydrogen  2.749  N/A
    6414     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    6415     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O    no hydrogen  2.787  N/A
    6416     /A PHE 2092 N    /A THR 2089 OG1  no hydrogen  3.214  N/A
    6417     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O    no hydrogen  3.032  N/A
    6418     /A SER 2094 N    /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.087  N/A
    6419     /A SER 2094 OG   /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.475  N/A
    6420     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 O    no hydrogen  2.857  N/A
    6421     /A THR 2095 N    /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.066  N/A
    6422     /A THR 2095 OG1  /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.063  N/A
    6423     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O    no hydrogen  2.946  N/A
    6424     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O    no hydrogen  2.944  N/A
    6425     /A LYS 2098 N    /A SER 2094 O    no hydrogen  3.125  N/A
    6426     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O    no hydrogen  3.004  N/A
    6427     /A CYS 2100 N    /A MET 2096 O    no hydrogen  3.088  N/A
    6428     /A CYS 2100 SG   /A MET 2096 O    no hydrogen  3.546  N/A
    6429     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O    no hydrogen  2.975  N/A
    6430     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O    no hydrogen  2.817  N/A
    6431     /A ARG 2187 N    /A ILE 2084 O    no hydrogen  2.957  N/A
    6432    
    6433 
    6434  
    6435 48 hydrogen bonds found 
    6436 
    6437 > swapaa /A: 2068 val
    6438 
    6439 Using Dunbrack library 
    6440 /A ILE 2068: phi -108.3, psi 119.0 trans 
    6441 Applying VAL rotamer (chi angles: 178.6) to /A VAL 2068 
    6442 
    6443 > close #1.1-3
    6444 
    6445 > select /A:2084
    6446 
    6447 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    6448 
    6449 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    6450 
    6451 651 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    6452 
    6453 > select /A:2084-2085
    6454 
    6455 15 atoms, 14 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    6456 
    6457 > select /A:2084-2085
    6458 
    6459 15 atoms, 14 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    6460 
    6461 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    6462 
    6463 651 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    6464 
    6465 > select /A:2084-2085
    6466 
    6467 15 atoms, 14 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    6468 
    6469 > select /A:2084
    6470 
    6471 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    6472 
    6473 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    6474 
    6475 651 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    6476 
    6477 > select /A:2084
    6478 
    6479 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    6480 
    6481 > select /A:2068
    6482 
    6483 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    6484 
    6485 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    6486 
    6487 651 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    6488 
    6489 > select /A:2068-2069
    6490 
    6491 11 atoms, 10 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    6492 
    6493 > color sel orange
    6494 
    6495 > select /A:2084
    6496 
    6497 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    6498 
    6499 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    6500 
    6501 651 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    6502 
    6503 > select /A:2084
    6504 
    6505 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    6506 
    6507 > color sel gray
    6508 
    6509 > swapaa /A: 2084 val
    6510 
    6511 Using Dunbrack library 
    6512 /A ILE 2084: phi -131.8, psi 148.9 trans 
    6513 Applying VAL rotamer (chi angles: -62.5) to /A VAL 2084 
    6514 
    6515 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    6516 
    6517 650 atoms, 661 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    6518 
    6519 > ui tool show Clashes
    6520 
    6521 > clashes sel saveFile
    6522 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_I2084V_clashes
    6523 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color #ff0000 reveal
    6524 > true log true
    6525    
    6526    
    6527     Allowed overlap: 0.6
    6528     H-bond overlap reduction: 0.4
    6529     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    6530     Detect intra-residue clashes: True
    6531     Detect intra-molecule clashes: True
    6532    
    6533     5 clashes
    6534          atom1            atom2       overlap  distance
    6535     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CD    1.106    2.414
    6536     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CD1   1.100    2.660
    6537     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    6538     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    6539     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 OE1   0.606    2.694
    6540    
    6541 
    6542  
    6543 5 clashes 
    6544 
    6545 > ui tool show Contacts
    6546 
    6547 > contacts sel saveFile
    6548 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_I2084V_contacts
    6549 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true color
    6550 > #00ff00 dashes 4 reveal true log true
    6551    
    6552    
    6553     Allowed overlap: -0.4
    6554     H-bond overlap reduction: 0.4
    6555     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    6556     Detect intra-residue contacts: True
    6557     Detect intra-molecule contacts: True
    6558    
    6559     236 contacts
    6560          atom1            atom2       overlap  distance
    6561     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 NZ    1.106    2.414
    6562     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2185 CB    1.100    2.660
    6563     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    6564     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    6565     /A GLU 2044 OE1  /A VAL 2051 CG2   0.606    2.694
    6566     /A ARG 2056 CZ   /A GLU 2021 CD    0.496    2.994
    6567     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 CZ    0.469    2.561
    6568     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 NH1   0.445    2.215
    6569     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2083 CB    0.444    3.316
    6570     /A GLY 2023 O    /A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    6571     /A ILE 2088 CD1  /A ILE 2086 CG2   0.428    3.332
    6572     /A ARG 2026 CG   /A LEU 2041 CD2   0.424    3.336
    6573     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 CD    0.413    3.347
    6574     /A GLU 2044 CD   /A VAL 2051 CG2   0.381    3.379
    6575     /A PRO 2185 CG   /A ILE 2045 CD1   0.363    3.397
    6576     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CD1   0.291    3.469
    6577     /A PRO 2182 CG   /A ASN 2080 OD1   0.278    3.022
    6578     /A LYS 2074 CD   /A GLU 2064 CG    0.257    3.503
    6579     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CE    0.254    3.506
    6580     /A VAL 2057 CG1  /A ILE 2025 CG2   0.239    3.521
    6581     /A ILE 2088 CG1  /A ILE 2086 CG2   0.228    3.532
    6582     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CD    0.227    3.533
    6583     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 OE2   0.207    3.093
    6584     /A ALA 2082 O    /A VAL 2084 CG1   0.205    3.095
    6585     /A VAL 2186 CG2  /A VAL 2188 CG2   0.205    3.555
    6586     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CE    0.183    3.117
    6587     /A THR 2085 CB   /A THR 2043 OG1   0.178    3.162
    6588     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 CD    0.174    3.346
    6589     /A LYS 2180 O    /A GLU 2078 CA    0.158    3.142
    6590     /A PRO 2182 CD   /A ILE 2079 O     0.140    3.160
    6591     /A ILE 2079 CD1  /A PHE 2077 CE1   0.135    3.505
    6592     /A ARG 2026 NH2  /A GLU 2028 OE1   0.134    2.526
    6593     /A ARG 2026 CD   /A LEU 2041 CD2   0.105    3.655
    6594     /A HIS 2076 CD2  /A PHE 2061 CD1   0.105    3.415
    6595     /A HIS 2076 O    /A CYS 2062 CA    0.102    3.198
    6596     /A GLU 2075 OE2  /A ARG 2063 CD    0.098    3.202
    6597     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 CZ    0.084    2.946
    6598     /A VAL 2081 CG2  /A LEU 2058 CD1   0.082    3.678
    6599     /A LEU 2040 O    /A ARG 2026 CA    0.078    3.222
    6600     /A ILE 2045 CG1  /A PRO 2083 CB    0.078    3.682
    6601     /A ARG 2056 NE   /A GLU 2021 CD    0.067    3.453
    6602     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CG    0.056    3.464
    6603     /A PHE 2092 CE1  /A MET 2096 CG    0.050    3.590
    6604     /A GLU 2021 CD   /A ARG 2056 CD    0.039    3.721
    6605     /A ARG 2059 CA   /A LEU 2020 O     0.034    3.266
    6606     /A PRO 2083 CG   /A ILE 2045 CD1   0.030    3.730
    6607     /A GLU 2078 CD   /A ASN 2080 ND2   0.026    3.494
    6608     /A ARG 2056 NH2  /A GLU 2021 CD    0.025    3.495
    6609     /A GLU 2028 OE1  /A ARG 2026 CZ    0.021    3.009
    6610     /A ILE 2071 O    /A PRO 2067 CA    0.021    3.279
    6611     /A LEU 2058 CD1  /A ARG 2059 N     0.020    3.500
    6612     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 CB    0.018    3.322
    6613     /A VAL 2084 CA   /A LEU 2041 O     0.016    3.284
    6614     /A THR 2089 O    /A ILE 2088 CG2   0.013    3.287
    6615     /A ARG 2187 O    /A THR 2085 CA    0.007    3.293
    6616     /A VAL 2073 O    /A GLU 2064 CA    -0.003    3.303
    6617     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CA    -0.004    3.304
    6618     /A PRO 2182 O    /A VAL 2184 CG2   -0.008    3.308
    6619     /A ASN 2024 CA   /A VAL 2057 CG2   -0.009    3.769
    6620     /A LEU 2040 CB   /A MET 2027 CB    -0.012    3.772
    6621     /A ILE 2086 CG1  /A LEU 2040 CD1   -0.013    3.773
    6622     /A THR 2043 CG2  /A THR 2085 OG1   -0.015    3.355
    6623     /A GLU 2064 OE2  /A LYS 2074 NZ    -0.017    2.677
    6624     /A PHE 2092 CB   /A THR 2089 OG1   -0.020    3.360
    6625     /A GLU 2078 O    /A ILE 2060 CA    -0.021    3.321
    6626     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1   -0.022    2.542
    6627     /A GLU 2078 CB   /A HIS 2076 NE2   -0.026    3.546
    6628     /A VAL 2188 CA   /A ILE 2086 O     -0.029    3.329
    6629     /A PHE 2077 CD2  /A CYS 2062 CB    -0.035    3.675
    6630     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 CZ    -0.035    3.675
    6631     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O     -0.038    2.698
    6632     /A ILE 2025 CB   /A LEU 2022 CD2   -0.043    3.803
    6633     /A VAL 2081 CG2  /A ILE 2079 CG2   -0.044    3.804
    6634     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH2   -0.046    2.706
    6635     /A GLU 2021 N    /A LEU 2020 CD2   -0.059    3.579
    6636     /A ALA 2082 CB   /A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    6637     /A LYS 2074 CD   /A CYS 2062 SG    -0.062    3.712
    6638     /A GLU 2075 OE1  /A LYS 2065 CE    -0.063    3.363
    6639     /A VAL 2186 CA   /A VAL 2084 O     -0.066    3.366
    6640     /A LEU 2041 CG   /A LEU 2040 O     -0.082    3.382
    6641     /A THR 2085 O    /A LEU 2040 CA    -0.082    3.382
    6642     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O     -0.084    2.744
    6643     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CG1   -0.085    3.845
    6644     /A PRO 2083 CB   /A THR 2043 O     -0.088    3.388
    6645     /A LEU 2097 CB   /A TYR 2093 O     -0.088    3.388
    6646     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O     -0.089    2.749
    6647     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    6648     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O     -0.094    2.754
    6649     /A ALA 2082 O    /A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    6650     /A CYS 2100 CB   /A PHE 2101 CD2   -0.097    3.737
    6651     /A ILE 2079 CG1  /A PHE 2077 CE1   -0.099    3.739
    6652     /A LEU 2058 CD1  /A ASN 2080 O     -0.101    3.401
    6653     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 O     -0.113    3.413
    6654     /A PHE 2077 CA   /A PHE 2061 O     -0.119    3.419
    6655     /A PRO 2185 CA   /A ILE 2045 CD1   -0.122    3.882
    6656     /A PHE 2077 CE2  /A ILE 2060 CG2   -0.123    3.763
    6657     /A LYS 2055 CG   /A ASP 2052 CB    -0.124    3.884
    6658     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O     -0.127    2.787
    6659     /A PRO 2102 CA   /A LYS 2098 O     -0.129    3.429
    6660     /A VAL 2186 CG1  /A VAL 2084 CG2   -0.130    3.890
    6661     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CD    -0.133    3.433
    6662     /A PRO 2067 CB   /A ILE 2071 O     -0.134    3.434
    6663     /A PHE 2061 CE1  /A HIS 2076 CD2   -0.135    3.655
    6664     /A VAL 2084 CG1  /A PRO 2083 O     -0.138    3.438
    6665     /A GLN 2046 CG   /A ILE 2045 O     -0.144    3.444
    6666     /A ILE 2079 CG2  /A LEU 2058 CD1   -0.148    3.908
    6667     /A HIS 2054 N    /A ASP 2052 O     -0.150    2.810
    6668     /A MET 2096 CB   /A PHE 2092 O     -0.151    3.451
    6669     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    6670     /A VAL 2081 CA   /A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    6671     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O     -0.157    2.817
    6672     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O     -0.157    2.817
    6673     /A PRO 2102 CD   /A CYS 2100 C     -0.161    3.651
    6674     /A VAL 2084 CG2  /A ILE 2086 CG1   -0.162    3.922
    6675     /A LEU 2058 O    /A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    6676     /A ASN 2080 O    /A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    6677     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 CG    -0.172    3.692
    6678     /A SER 2094 N    /A TYR 2093 CD1   -0.174    3.574
    6679     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O     -0.178    2.838
    6680     /A ARG 2056 CA   /A LEU 2022 O     -0.178    3.478
    6681     /A GLU 2044 O    /A THR 2043 CG2   -0.184    3.484
    6682     /A PHE 2099 CD1  /A PHE 2099 O     -0.185    3.365
    6683     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 OG1   -0.187    3.527
    6684     /A MET 2096 O    /A PHE 2099 CB    -0.189    3.489
    6685     /A GLU 2064 CG   /A CYS 2062 SG    -0.190    3.840
    6686     /A GLU 2075 CA   /A ARG 2063 O     -0.194    3.494
    6687     /A ILE 2060 O    /A LEU 2020 N     -0.197    2.857
    6688     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    6689     /A ALA 2042 CB   /A VAL 2057 CG2   -0.199    3.959
    6690     /A PRO 2185 CD   /A VAL 2184 CG1   -0.201    3.961
    6691     /A VAL 2186 CG1  /A PRO 2185 O     -0.201    3.501
    6692     /A LEU 2041 CD2  /A ARG 2026 CB    -0.205    3.965
    6693     /A GLU 2075 CB   /A ARG 2063 O     -0.208    3.508
    6694     /A GLU 2028 CD   /A ARG 2026 NH2   -0.208    3.728
    6695     /A ILE 2181 CG2  /A ILE 2079 O     -0.210    3.510
    6696     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH1   -0.211    2.871
    6697     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    6698     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1   -0.212    2.872
    6699     /A VAL 2081 CB   /A VAL 2184 CG2   -0.212    3.972
    6700     /A GLU 2021 CG   /A LEU 2020 O     -0.213    3.513
    6701     /A LEU 2058 CD2  /A ILE 2060 CD1   -0.214    3.974
    6702     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 CG    -0.214    3.974
    6703     /A PRO 2182 CD   /A ASN 2080 OD1   -0.215    3.515
    6704     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O     -0.215    2.875
    6705     /A ILE 2025 N    /A ASN 2024 OD1   -0.218    2.878
    6706     /A VAL 2186 CG1  /A VAL 2184 CG1   -0.219    3.979
    6707     /A LEU 2020 CD2  /A LEU 2020 O     -0.220    3.520
    6708     /A LYS 2055 CE   /A ASP 2052 CB    -0.234    3.994
    6709     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CD1   -0.241    3.881
    6710     /A VAL 2084 CB   /A LEU 2041 O     -0.241    3.541
    6711     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O     -0.242    2.902
    6712     /A CYS 2100 N    /A PHE 2099 CD1   -0.243    3.643
    6713     /A ILE 2181 CG1  /A LYS 2180 O     -0.245    3.545
    6714     /A CYS 2062 SG   /A PHE 2077 CD2   -0.245    3.775
    6715     /A VAL 2057 CB   /A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    6716     /A PHE 2101 CD2  /A CYS 2100 C     -0.249    3.619
    6717     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    6718     /A LYS 2090 O    /A TYR 2093 CB    -0.258    3.558
    6719     /A LYS 2098 CB   /A SER 2094 O     -0.260    3.560
    6720     /A PHE 2101 CE2  /A CYS 2100 CB    -0.261    3.901
    6721     /A THR 2089 O    /A TYR 2093 CB    -0.263    3.563
    6722     /A GLU 2075 CD   /A ARG 2063 CD    -0.263    4.023
    6723     /A VAL 2188 CG2  /A VAL 2186 CB    -0.264    4.024
    6724     /A TYR 2093 CB   /A ILE 2088 CG2   -0.269    4.029
    6725     /A PHE 2101 CB   /A LEU 2097 O     -0.271    3.571
    6726     /A PRO 2182 O    /A ILE 2181 O     -0.272    3.112
    6727     /A ILE 2079 CA   /A ARG 2059 O     -0.274    3.574
    6728     /A LYS 2055 CD   /A ASP 2052 CB    -0.274    4.034
    6729     /A GLU 2078 CG   /A LYS 2180 O     -0.275    3.575
    6730     /A ASN 2024 O    /A LEU 2022 CG    -0.276    3.576
    6731     /A PHE 2092 CZ   /A MET 2027 SD    -0.281    3.811
    6732     /A VAL 2184 CG2  /A VAL 2081 O     -0.282    3.582
    6733     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O     -0.284    2.944
    6734     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CB    -0.284    4.044
    6735     /A VAL 2057 CG2  /A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    6736     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O     -0.286    2.946
    6737     /A PHE 2099 CB   /A THR 2095 O     -0.288    3.588
    6738     /A ARG 2187 N    /A VAL 2084 O     -0.297    2.957
    6739     /A GLU 2078 OE1  /A ASN 2080 ND2   -0.298    2.958
    6740     /A ASN 2080 CA   /A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    6741     /A ASP 2052 OD2  /A LYS 2055 CE    -0.303    3.603
    6742     /A VAL 2184 CG1  /A VAL 2081 O     -0.309    3.609
    6743     /A LEU 2058 CB   /A LEU 2022 CB    -0.311    4.071
    6744     /A THR 2053 N    /A VAL 2051 O     -0.312    2.972
    6745     /A VAL 2084 CG1  /A VAL 2081 CG1   -0.314    4.074
    6746     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O     -0.315    2.975
    6747     /A ARG 2056 CB   /A LEU 2022 O     -0.318    3.618
    6748     /A PRO 2185 O    /A VAL 2184 CG1   -0.324    3.624
    6749     /A LYS 2074 CA   /A ARG 2063 O     -0.325    3.625
    6750     /A LEU 2058 CG   /A ILE 2060 CG1   -0.329    4.089
    6751     /A ILE 2060 CG1  /A LEU 2058 CD1   -0.330    4.090
    6752     /A LYS 2074 CE   /A GLU 2064 CG    -0.333    4.093
    6753     /A PRO 2102 N    /A LYS 2098 O     -0.335    3.395
    6754     /A GLU 2183 O    /A VAL 2184 CG2   -0.335    3.635
    6755     /A ILE 2086 CD1  /A VAL 2084 CG2   -0.337    4.097
    6756     /A PRO 2083 O    /A THR 2043 N     -0.338    2.998
    6757     /A VAL 2057 O    /A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    6758     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O     -0.344    3.004
    6759     /A ILE 2181 CA   /A ILE 2079 O     -0.346    3.646
    6760     /A PRO 2050 CD   /A MET 2049 CG    -0.347    4.107
    6761     /A LEU 2041 CD2  /A LEU 2040 O     -0.348    3.648
    6762     /A ASP 2048 OD1  /A LYS 2047 C     -0.349    3.379
    6763     /A THR 2095 CB   /A LYS 2091 O     -0.352    3.652
    6764     /A ALA 2087 O    /A ILE 2088 CG1   -0.357    3.657
    6765     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 CA    -0.359    3.699
    6766     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NE    -0.359    3.019
    6767     /A PHE 2101 CA   /A LEU 2097 O     -0.360    3.660
    6768     /A THR 2085 CA   /A THR 2043 OG1   -0.361    3.701
    6769     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CG1   -0.366    4.126
    6770     /A VAL 2068 CG2  /A VAL 2073 CG2   -0.370    4.130
    6771     /A ASN 2080 OD1  /A GLU 2078 OE1   -0.371    3.211
    6772     /A PRO 2067 N    /A LYS 2065 O     -0.372    3.432
    6773     /A ALA 2066 O    /A LYS 2065 O     -0.372    3.212
    6774     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O     -0.372    3.032
    6775     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CG1   -0.374    4.014
    6776     /A LYS 2091 O    /A SER 2094 OG    -0.377    2.857
    6777     /A ILE 2181 CG1  /A ILE 2079 CB    -0.377    4.137
    6778     /A THR 2095 O    /A LYS 2098 CB    -0.380    3.680
    6779     /A VAL 2081 CG2  /A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    6780     /A LYS 2065 CD   /A GLU 2075 CD    -0.381    4.141
    6781     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 CA    -0.383    4.143
    6782     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O     -0.384    3.044
    6783     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O     -0.384    3.044
    6784     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CB    -0.386    3.686
    6785     /A PHE 2099 CA   /A MET 2096 O     -0.386    3.686
    6786     /A ARG 2059 CB   /A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    6787     /A ILE 2071 CB   /A VAL 2068 O     -0.390    3.690
    6788     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CG    -0.391    4.151
    6789     /A THR 2043 CB   /A THR 2085 N     -0.393    3.913
    6790     /A ARG 2026 NE   /A LEU 2041 CD2   -0.393    3.913
    6791     /A PHE 2092 CD1  /A MET 2096 CG    -0.394    4.034
    6792     /A THR 2089 CA   /A ILE 2088 CG2   -0.395    4.155
    6793     /A GLU 2078 CA   /A PHE 2061 O     -0.397    3.697
    6794     /A ILE 2025 CD1  /A LEU 2022 CD2   -0.397    4.157
    6795     /A ASN 2080 CB   /A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    6796     /A ILE 2181 CD1  /A ILE 2079 CD1   -0.400    4.160
    6797    
    6798 
    6799  
    6800 236 contacts 
    6801 
    6802 > select /A:2125-2126
    6803 
    6804 13 atoms, 12 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    6805 
    6806 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    6807 
    6808 650 atoms, 661 bonds, 241 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    6809 
    6810 > select /A:2125-2126
    6811 
    6812 13 atoms, 12 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    6813 
    6814 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    6815 
    6816 650 atoms, 661 bonds, 241 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    6817 
    6818 > ui tool show H-Bonds
    6819 
    6820 > hbonds sel saveFile
    6821 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_I2084V_hbonds
    6822 > color #aa00ff dashes 4 restrict both select true reveal true log true
    6823    
    6824    
    6825     Finding intermodel H-bonds
    6826     Finding intramodel H-bonds
    6827     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    6828     Models used:
    6829         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    6830    
    6831     48 H-bonds
    6832     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    6833     /A LEU 2020 N    /A ILE 2060 O    no hydrogen  2.857  N/A
    6834     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O    no hydrogen  2.913  N/A
    6835     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O    no hydrogen  2.902  N/A
    6836     /A LEU 2040 N    /A MET 2027 O    no hydrogen  3.331  N/A
    6837     /A LEU 2041 N    /A THR 2085 O    no hydrogen  3.063  N/A
    6838     /A THR 2043 N    /A PRO 2083 O    no hydrogen  2.998  N/A
    6839     /A THR 2043 OG1  /A LEU 2041 O    no hydrogen  3.223  N/A
    6840     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    6841     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O    no hydrogen  3.044  N/A
    6842     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  2.815  N/A
    6843     /A LEU 2058 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  3.346  N/A
    6844     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O    no hydrogen  2.872  N/A
    6845     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O    no hydrogen  2.817  N/A
    6846     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O    no hydrogen  2.838  N/A
    6847     /A CYS 2062 SG   /A HIS 2076 O    no hydrogen  3.931  N/A
    6848     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O    no hydrogen  2.754  N/A
    6849     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O    no hydrogen  2.875  N/A
    6850     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1  no hydrogen  2.872  N/A
    6851     /A VAL 2068 N    /A ILE 2071 O    no hydrogen  3.122  N/A
    6852     /A ILE 2071 N    /A VAL 2068 O    no hydrogen  3.161  N/A
    6853     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 OE1  no hydrogen  1.981  N/A
    6854     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  2.698  N/A
    6855     /A HIS 2076 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  3.251  N/A
    6856     /A HIS 2076 NE2  /A GLU 2078 OE2  no hydrogen  3.168  N/A
    6857     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O    no hydrogen  2.744  N/A
    6858     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O    no hydrogen  3.044  N/A
    6859     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O    no hydrogen  2.752  N/A
    6860     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 OE1  no hydrogen  2.958  N/A
    6861     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O    no hydrogen  2.859  N/A
    6862     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O    no hydrogen  2.749  N/A
    6863     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    6864     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O    no hydrogen  2.787  N/A
    6865     /A PHE 2092 N    /A THR 2089 OG1  no hydrogen  3.214  N/A
    6866     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O    no hydrogen  3.032  N/A
    6867     /A SER 2094 N    /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.087  N/A
    6868     /A SER 2094 OG   /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.475  N/A
    6869     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 O    no hydrogen  2.857  N/A
    6870     /A THR 2095 N    /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.066  N/A
    6871     /A THR 2095 OG1  /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.063  N/A
    6872     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O    no hydrogen  2.946  N/A
    6873     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O    no hydrogen  2.944  N/A
    6874     /A LYS 2098 N    /A SER 2094 O    no hydrogen  3.125  N/A
    6875     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O    no hydrogen  3.004  N/A
    6876     /A CYS 2100 N    /A MET 2096 O    no hydrogen  3.088  N/A
    6877     /A CYS 2100 SG   /A MET 2096 O    no hydrogen  3.546  N/A
    6878     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O    no hydrogen  2.975  N/A
    6879     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O    no hydrogen  2.817  N/A
    6880     /A ARG 2187 N    /A VAL 2084 O    no hydrogen  2.957  N/A
    6881    
    6882 
    6883  
    6884 48 hydrogen bonds found 
    6885 
    6886 > close #1.1-3
    6887 
    6888 > swapaa /A: 2084 leu
    6889 
    6890 Using Dunbrack library 
    6891 /A VAL 2084: phi -131.8, psi 148.9 trans 
    6892 Applying LEU rotamer (chi angles: -61.3 171.4) to /A LEU 2084 
    6893 
    6894 > select /A:2147
    6895 
    6896 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    6897 
    6898 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    6899 
    6900 651 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    6901 
    6902 > select /A:2147
    6903 
    6904 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    6905 
    6906 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    6907 
    6908 651 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    6909 
    6910 > ui tool show "Check Waters"
    6911 
    6912 > hbonds interModel false reveal true restrict any name "water H-bonds"
    6913 
    6914 1868 hydrogen bonds found 
    6915 
    6916 > ~select
    6917 
    6918 Nothing selected 
    6919 
    6920 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    6921 
    6922 651 atoms, 662 bonds, 48 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    6923 
    6924 > close #1.1
    6925 
    6926 > ui tool show Clashes
    6927 
    6928 > clashes sel saveFile
    6929 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_I2084L_clashes
    6930 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color #ff0000 reveal
    6931 > true log true
    6932    
    6933    
    6934     Allowed overlap: 0.6
    6935     H-bond overlap reduction: 0.4
    6936     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    6937     Detect intra-residue clashes: True
    6938     Detect intra-molecule clashes: True
    6939    
    6940     6 clashes
    6941          atom1            atom2       overlap  distance
    6942     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CD    1.106    2.414
    6943     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CD1   1.100    2.660
    6944     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    6945     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    6946     /A LEU 2084 CD2  /A ALA 2042 CA    0.625    3.135
    6947     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 OE1   0.606    2.694
    6948    
    6949 
    6950  
    6951 6 clashes 
    6952 
    6953 > ui tool show Contacts
    6954 
    6955 > contacts sel saveFile
    6956 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_I2084L_contacts
    6957 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true color
    6958 > #00ff00 dashes 4 reveal true log true
    6959    
    6960    
    6961     Allowed overlap: -0.4
    6962     H-bond overlap reduction: 0.4
    6963     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    6964     Detect intra-residue contacts: True
    6965     Detect intra-molecule contacts: True
    6966    
    6967     243 contacts
    6968          atom1            atom2       overlap  distance
    6969     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 NZ    1.106    2.414
    6970     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2185 CB    1.100    2.660
    6971     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    6972     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    6973     /A ALA 2042 CA   /A LEU 2084 CD2   0.625    3.135
    6974     /A GLU 2044 OE1  /A VAL 2051 CG2   0.606    2.694
    6975     /A LEU 2084 CD1  /A VAL 2081 CG1   0.548    3.212
    6976     /A ARG 2056 CZ   /A GLU 2021 CD    0.496    2.994
    6977     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 CZ    0.469    2.561
    6978     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 NH1   0.445    2.215
    6979     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2083 CB    0.444    3.316
    6980     /A GLY 2023 O    /A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    6981     /A ILE 2088 CD1  /A ILE 2086 CG2   0.428    3.332
    6982     /A ARG 2026 CG   /A LEU 2041 CD2   0.424    3.336
    6983     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 CD    0.413    3.347
    6984     /A GLU 2044 CD   /A VAL 2051 CG2   0.381    3.379
    6985     /A PRO 2185 CG   /A ILE 2045 CD1   0.363    3.397
    6986     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CD1   0.291    3.469
    6987     /A PRO 2182 CG   /A ASN 2080 OD1   0.278    3.022
    6988     /A LYS 2074 CD   /A GLU 2064 CG    0.257    3.503
    6989     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CE    0.254    3.506
    6990     /A VAL 2057 CG1  /A ILE 2025 CG2   0.239    3.521
    6991     /A ILE 2088 CG1  /A ILE 2086 CG2   0.228    3.532
    6992     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CD    0.227    3.533
    6993     /A LEU 2084 CG   /A ALA 2082 O     0.215    3.085
    6994     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 OE2   0.207    3.093
    6995     /A VAL 2186 CG2  /A VAL 2188 CG2   0.205    3.555
    6996     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CE    0.183    3.117
    6997     /A THR 2085 CB   /A THR 2043 OG1   0.178    3.162
    6998     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 CD    0.174    3.346
    6999     /A LYS 2180 O    /A GLU 2078 CA    0.158    3.142
    7000     /A PRO 2182 CD   /A ILE 2079 O     0.140    3.160
    7001     /A ILE 2079 CD1  /A PHE 2077 CE1   0.135    3.505
    7002     /A ARG 2026 NH2  /A GLU 2028 OE1   0.134    2.526
    7003     /A LEU 2084 CD2  /A VAL 2057 CG1   0.122    3.638
    7004     /A ARG 2026 CD   /A LEU 2041 CD2   0.105    3.655
    7005     /A HIS 2076 CD2  /A PHE 2061 CD1   0.105    3.415
    7006     /A HIS 2076 O    /A CYS 2062 CA    0.102    3.198
    7007     /A GLU 2075 OE2  /A ARG 2063 CD    0.098    3.202
    7008     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 CZ    0.084    2.946
    7009     /A VAL 2081 CG2  /A LEU 2058 CD1   0.082    3.678
    7010     /A LEU 2040 O    /A ARG 2026 CA    0.078    3.222
    7011     /A ILE 2045 CG1  /A PRO 2083 CB    0.078    3.682
    7012     /A ARG 2056 NE   /A GLU 2021 CD    0.067    3.453
    7013     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CG    0.056    3.464
    7014     /A PHE 2092 CE1  /A MET 2096 CG    0.050    3.590
    7015     /A GLU 2021 CD   /A ARG 2056 CD    0.039    3.721
    7016     /A ARG 2059 CA   /A LEU 2020 O     0.034    3.266
    7017     /A PRO 2083 O    /A LEU 2084 CD2   0.032    3.268
    7018     /A PRO 2083 CG   /A ILE 2045 CD1   0.030    3.730
    7019     /A GLU 2078 CD   /A ASN 2080 ND2   0.026    3.494
    7020     /A ARG 2056 NH2  /A GLU 2021 CD    0.025    3.495
    7021     /A ALA 2042 CB   /A LEU 2084 CD2   0.023    3.737
    7022     /A ALA 2042 N    /A LEU 2084 CD2   0.022    3.498
    7023     /A GLU 2028 OE1  /A ARG 2026 CZ    0.021    3.009
    7024     /A ILE 2071 O    /A PRO 2067 CA    0.021    3.279
    7025     /A LEU 2058 CD1  /A ARG 2059 N     0.020    3.500
    7026     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 CB    0.018    3.322
    7027     /A LEU 2084 CA   /A LEU 2041 O     0.016    3.284
    7028     /A THR 2089 O    /A ILE 2088 CG2   0.013    3.287
    7029     /A ARG 2187 O    /A THR 2085 CA    0.007    3.293
    7030     /A VAL 2073 O    /A GLU 2064 CA    -0.003    3.303
    7031     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CA    -0.004    3.304
    7032     /A PRO 2182 O    /A VAL 2184 CG2   -0.008    3.308
    7033     /A ASN 2024 CA   /A VAL 2057 CG2   -0.009    3.769
    7034     /A LEU 2040 CB   /A MET 2027 CB    -0.012    3.772
    7035     /A ILE 2086 CG1  /A LEU 2040 CD1   -0.013    3.773
    7036     /A THR 2043 CG2  /A THR 2085 OG1   -0.015    3.355
    7037     /A GLU 2064 OE2  /A LYS 2074 NZ    -0.017    2.677
    7038     /A PHE 2092 CB   /A THR 2089 OG1   -0.020    3.360
    7039     /A GLU 2078 O    /A ILE 2060 CA    -0.021    3.321
    7040     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1   -0.022    2.542
    7041     /A GLU 2078 CB   /A HIS 2076 NE2   -0.026    3.546
    7042     /A VAL 2188 CA   /A ILE 2086 O     -0.029    3.329
    7043     /A PHE 2077 CD2  /A CYS 2062 CB    -0.035    3.675
    7044     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 CZ    -0.035    3.675
    7045     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O     -0.038    2.698
    7046     /A ILE 2025 CB   /A LEU 2022 CD2   -0.043    3.803
    7047     /A VAL 2081 CG2  /A ILE 2079 CG2   -0.044    3.804
    7048     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH2   -0.046    2.706
    7049     /A GLU 2021 N    /A LEU 2020 CD2   -0.059    3.579
    7050     /A LEU 2041 O    /A LEU 2084 CD2   -0.060    3.360
    7051     /A ALA 2082 CB   /A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    7052     /A LYS 2074 CD   /A CYS 2062 SG    -0.062    3.712
    7053     /A GLU 2075 OE1  /A LYS 2065 CE    -0.063    3.363
    7054     /A VAL 2186 CA   /A LEU 2084 O     -0.066    3.366
    7055     /A LEU 2041 CG   /A LEU 2040 O     -0.082    3.382
    7056     /A THR 2085 O    /A LEU 2040 CA    -0.082    3.382
    7057     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O     -0.084    2.744
    7058     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CG1   -0.085    3.845
    7059     /A PRO 2083 CB   /A THR 2043 O     -0.088    3.388
    7060     /A LEU 2097 CB   /A TYR 2093 O     -0.088    3.388
    7061     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O     -0.089    2.749
    7062     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    7063     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O     -0.094    2.754
    7064     /A ALA 2082 O    /A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    7065     /A CYS 2100 CB   /A PHE 2101 CD2   -0.097    3.737
    7066     /A ILE 2079 CG1  /A PHE 2077 CE1   -0.099    3.739
    7067     /A LEU 2058 CD1  /A ASN 2080 O     -0.101    3.401
    7068     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 O     -0.113    3.413
    7069     /A PHE 2077 CA   /A PHE 2061 O     -0.119    3.419
    7070     /A PRO 2185 CA   /A ILE 2045 CD1   -0.122    3.882
    7071     /A PHE 2077 CE2  /A ILE 2060 CG2   -0.123    3.763
    7072     /A LYS 2055 CG   /A ASP 2052 CB    -0.124    3.884
    7073     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O     -0.127    2.787
    7074     /A PRO 2102 CA   /A LYS 2098 O     -0.129    3.429
    7075     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CD    -0.133    3.433
    7076     /A PRO 2067 CB   /A ILE 2071 O     -0.134    3.434
    7077     /A PHE 2061 CE1  /A HIS 2076 CD2   -0.135    3.655
    7078     /A GLN 2046 CG   /A ILE 2045 O     -0.144    3.444
    7079     /A LEU 2084 CG   /A PRO 2083 O     -0.146    3.446
    7080     /A ILE 2079 CG2  /A LEU 2058 CD1   -0.148    3.908
    7081     /A HIS 2054 N    /A ASP 2052 O     -0.150    2.810
    7082     /A MET 2096 CB   /A PHE 2092 O     -0.151    3.451
    7083     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    7084     /A VAL 2081 CA   /A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    7085     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O     -0.157    2.817
    7086     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O     -0.157    2.817
    7087     /A PRO 2102 CD   /A CYS 2100 C     -0.161    3.651
    7088     /A LEU 2058 O    /A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    7089     /A ASN 2080 O    /A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    7090     /A LEU 2084 CD2  /A LEU 2041 C     -0.168    3.658
    7091     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 CG    -0.172    3.692
    7092     /A SER 2094 N    /A TYR 2093 CD1   -0.174    3.574
    7093     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O     -0.178    2.838
    7094     /A ARG 2056 CA   /A LEU 2022 O     -0.178    3.478
    7095     /A GLU 2044 O    /A THR 2043 CG2   -0.184    3.484
    7096     /A PHE 2099 CD1  /A PHE 2099 O     -0.185    3.365
    7097     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 OG1   -0.187    3.527
    7098     /A MET 2096 O    /A PHE 2099 CB    -0.189    3.489
    7099     /A GLU 2064 CG   /A CYS 2062 SG    -0.190    3.840
    7100     /A GLU 2075 CA   /A ARG 2063 O     -0.194    3.494
    7101     /A ILE 2060 O    /A LEU 2020 N     -0.197    2.857
    7102     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    7103     /A ALA 2042 CB   /A VAL 2057 CG2   -0.199    3.959
    7104     /A PRO 2185 CD   /A VAL 2184 CG1   -0.201    3.961
    7105     /A VAL 2186 CG1  /A PRO 2185 O     -0.201    3.501
    7106     /A LEU 2041 CD2  /A ARG 2026 CB    -0.205    3.965
    7107     /A GLU 2075 CB   /A ARG 2063 O     -0.208    3.508
    7108     /A GLU 2028 CD   /A ARG 2026 NH2   -0.208    3.728
    7109     /A ILE 2181 CG2  /A ILE 2079 O     -0.210    3.510
    7110     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH1   -0.211    2.871
    7111     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    7112     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1   -0.212    2.872
    7113     /A VAL 2081 CB   /A VAL 2184 CG2   -0.212    3.972
    7114     /A GLU 2021 CG   /A LEU 2020 O     -0.213    3.513
    7115     /A LEU 2058 CD2  /A ILE 2060 CD1   -0.214    3.974
    7116     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 CG    -0.214    3.974
    7117     /A PRO 2182 CD   /A ASN 2080 OD1   -0.215    3.515
    7118     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O     -0.215    2.875
    7119     /A ILE 2025 N    /A ASN 2024 OD1   -0.218    2.878
    7120     /A PRO 2083 C    /A LEU 2084 CD2   -0.219    3.709
    7121     /A VAL 2186 CG1  /A VAL 2184 CG1   -0.219    3.979
    7122     /A LEU 2020 CD2  /A LEU 2020 O     -0.220    3.520
    7123     /A LYS 2055 CE   /A ASP 2052 CB    -0.234    3.994
    7124     /A LEU 2084 CB   /A LEU 2041 O     -0.236    3.536
    7125     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CD1   -0.241    3.881
    7126     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O     -0.242    2.902
    7127     /A CYS 2100 N    /A PHE 2099 CD1   -0.243    3.643
    7128     /A ILE 2181 CG1  /A LYS 2180 O     -0.245    3.545
    7129     /A CYS 2062 SG   /A PHE 2077 CD2   -0.245    3.775
    7130     /A VAL 2057 CB   /A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    7131     /A PHE 2101 CD2  /A CYS 2100 C     -0.249    3.619
    7132     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    7133     /A LYS 2090 O    /A TYR 2093 CB    -0.258    3.558
    7134     /A LYS 2098 CB   /A SER 2094 O     -0.260    3.560
    7135     /A PHE 2101 CE2  /A CYS 2100 CB    -0.261    3.901
    7136     /A THR 2089 O    /A TYR 2093 CB    -0.263    3.563
    7137     /A GLU 2075 CD   /A ARG 2063 CD    -0.263    4.023
    7138     /A VAL 2188 CG2  /A VAL 2186 CB    -0.264    4.024
    7139     /A TYR 2093 CB   /A ILE 2088 CG2   -0.269    4.029
    7140     /A PHE 2101 CB   /A LEU 2097 O     -0.271    3.571
    7141     /A PRO 2182 O    /A ILE 2181 O     -0.272    3.112
    7142     /A ILE 2079 CA   /A ARG 2059 O     -0.274    3.574
    7143     /A LYS 2055 CD   /A ASP 2052 CB    -0.274    4.034
    7144     /A GLU 2078 CG   /A LYS 2180 O     -0.275    3.575
    7145     /A ASN 2024 O    /A LEU 2022 CG    -0.276    3.576
    7146     /A PHE 2092 CZ   /A MET 2027 SD    -0.281    3.811
    7147     /A VAL 2184 CG2  /A VAL 2081 O     -0.282    3.582
    7148     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O     -0.284    2.944
    7149     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CB    -0.284    4.044
    7150     /A VAL 2057 CG2  /A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    7151     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O     -0.286    2.946
    7152     /A PHE 2099 CB   /A THR 2095 O     -0.288    3.588
    7153     /A ARG 2187 N    /A LEU 2084 O     -0.297    2.957
    7154     /A GLU 2078 OE1  /A ASN 2080 ND2   -0.298    2.958
    7155     /A LEU 2084 CG   /A VAL 2081 CG1   -0.300    4.060
    7156     /A ASN 2080 CA   /A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    7157     /A ASP 2052 OD2  /A LYS 2055 CE    -0.303    3.603
    7158     /A VAL 2184 CG1  /A VAL 2081 O     -0.309    3.609
    7159     /A LEU 2058 CB   /A LEU 2022 CB    -0.311    4.071
    7160     /A THR 2053 N    /A VAL 2051 O     -0.312    2.972
    7161     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O     -0.315    2.975
    7162     /A ARG 2056 CB   /A LEU 2022 O     -0.318    3.618
    7163     /A PRO 2185 O    /A VAL 2184 CG1   -0.324    3.624
    7164     /A LYS 2074 CA   /A ARG 2063 O     -0.325    3.625
    7165     /A LEU 2058 CG   /A ILE 2060 CG1   -0.329    4.089
    7166     /A ILE 2060 CG1  /A LEU 2058 CD1   -0.330    4.090
    7167     /A LYS 2074 CE   /A GLU 2064 CG    -0.333    4.093
    7168     /A PRO 2102 N    /A LYS 2098 O     -0.335    3.395
    7169     /A GLU 2183 O    /A VAL 2184 CG2   -0.335    3.635
    7170     /A PRO 2083 O    /A THR 2043 N     -0.338    2.998
    7171     /A VAL 2057 O    /A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    7172     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O     -0.344    3.004
    7173     /A ILE 2181 CA   /A ILE 2079 O     -0.346    3.646
    7174     /A PRO 2050 CD   /A MET 2049 CG    -0.347    4.107
    7175     /A LEU 2041 CD2  /A LEU 2040 O     -0.348    3.648
    7176     /A ASP 2048 OD1  /A LYS 2047 C     -0.349    3.379
    7177     /A THR 2095 CB   /A LYS 2091 O     -0.352    3.652
    7178     /A ALA 2087 O    /A ILE 2088 CG1   -0.357    3.657
    7179     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 CA    -0.359    3.699
    7180     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NE    -0.359    3.019
    7181     /A PHE 2101 CA   /A LEU 2097 O     -0.360    3.660
    7182     /A THR 2085 CA   /A THR 2043 OG1   -0.361    3.701
    7183     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CG1   -0.366    4.126
    7184     /A VAL 2068 CG2  /A VAL 2073 CG2   -0.370    4.130
    7185     /A ASN 2080 OD1  /A GLU 2078 OE1   -0.371    3.211
    7186     /A PRO 2067 N    /A LYS 2065 O     -0.372    3.432
    7187     /A ALA 2066 O    /A LYS 2065 O     -0.372    3.212
    7188     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O     -0.372    3.032
    7189     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CG1   -0.374    4.014
    7190     /A LYS 2091 O    /A SER 2094 OG    -0.377    2.857
    7191     /A ILE 2181 CG1  /A ILE 2079 CB    -0.377    4.137
    7192     /A THR 2095 O    /A LYS 2098 CB    -0.380    3.680
    7193     /A VAL 2081 CG2  /A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    7194     /A LYS 2065 CD   /A GLU 2075 CD    -0.381    4.141
    7195     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 CA    -0.383    4.143
    7196     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O     -0.384    3.044
    7197     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O     -0.384    3.044
    7198     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CB    -0.386    3.686
    7199     /A PHE 2099 CA   /A MET 2096 O     -0.386    3.686
    7200     /A ARG 2059 CB   /A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    7201     /A ILE 2071 CB   /A VAL 2068 O     -0.390    3.690
    7202     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CG    -0.391    4.151
    7203     /A THR 2043 CB   /A THR 2085 N     -0.393    3.913
    7204     /A ARG 2026 NE   /A LEU 2041 CD2   -0.393    3.913
    7205     /A PHE 2092 CD1  /A MET 2096 CG    -0.394    4.034
    7206     /A THR 2089 CA   /A ILE 2088 CG2   -0.395    4.155
    7207     /A GLU 2078 CA   /A PHE 2061 O     -0.397    3.697
    7208     /A LEU 2084 CD1  /A ALA 2082 O     -0.397    3.697
    7209     /A ILE 2025 CD1  /A LEU 2022 CD2   -0.397    4.157
    7210     /A ASN 2080 CB   /A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    7211     /A ILE 2181 CD1  /A ILE 2079 CD1   -0.400    4.160
    7212    
    7213 
    7214  
    7215 243 contacts 
    7216 
    7217 > select /A:2177
    7218 
    7219 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    7220 
    7221 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    7222 
    7223 651 atoms, 662 bonds, 249 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    7224 
    7225 > select /A:2177
    7226 
    7227 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    7228 
    7229 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    7230 
    7231 651 atoms, 662 bonds, 249 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    7232 
    7233 > ui tool show H-Bonds
    7234 
    7235 > hbonds sel saveFile
    7236 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_I2084L_hbonds
    7237 > color #aa00ff dashes 4 restrict both select true reveal true log true
    7238    
    7239    
    7240     Finding intermodel H-bonds
    7241     Finding intramodel H-bonds
    7242     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    7243     Models used:
    7244         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    7245    
    7246     48 H-bonds
    7247     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    7248     /A LEU 2020 N    /A ILE 2060 O    no hydrogen  2.857  N/A
    7249     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O    no hydrogen  2.913  N/A
    7250     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O    no hydrogen  2.902  N/A
    7251     /A LEU 2040 N    /A MET 2027 O    no hydrogen  3.331  N/A
    7252     /A LEU 2041 N    /A THR 2085 O    no hydrogen  3.063  N/A
    7253     /A THR 2043 N    /A PRO 2083 O    no hydrogen  2.998  N/A
    7254     /A THR 2043 OG1  /A LEU 2041 O    no hydrogen  3.223  N/A
    7255     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    7256     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O    no hydrogen  3.044  N/A
    7257     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  2.815  N/A
    7258     /A LEU 2058 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  3.346  N/A
    7259     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O    no hydrogen  2.872  N/A
    7260     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O    no hydrogen  2.817  N/A
    7261     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O    no hydrogen  2.838  N/A
    7262     /A CYS 2062 SG   /A HIS 2076 O    no hydrogen  3.931  N/A
    7263     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O    no hydrogen  2.754  N/A
    7264     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O    no hydrogen  2.875  N/A
    7265     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1  no hydrogen  2.872  N/A
    7266     /A VAL 2068 N    /A ILE 2071 O    no hydrogen  3.122  N/A
    7267     /A ILE 2071 N    /A VAL 2068 O    no hydrogen  3.161  N/A
    7268     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 OE1  no hydrogen  1.981  N/A
    7269     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  2.698  N/A
    7270     /A HIS 2076 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  3.251  N/A
    7271     /A HIS 2076 NE2  /A GLU 2078 OE2  no hydrogen  3.168  N/A
    7272     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O    no hydrogen  2.744  N/A
    7273     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O    no hydrogen  3.044  N/A
    7274     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O    no hydrogen  2.752  N/A
    7275     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 OE1  no hydrogen  2.958  N/A
    7276     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O    no hydrogen  2.859  N/A
    7277     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O    no hydrogen  2.749  N/A
    7278     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    7279     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O    no hydrogen  2.787  N/A
    7280     /A PHE 2092 N    /A THR 2089 OG1  no hydrogen  3.214  N/A
    7281     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O    no hydrogen  3.032  N/A
    7282     /A SER 2094 N    /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.087  N/A
    7283     /A SER 2094 OG   /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.475  N/A
    7284     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 O    no hydrogen  2.857  N/A
    7285     /A THR 2095 N    /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.066  N/A
    7286     /A THR 2095 OG1  /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.063  N/A
    7287     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O    no hydrogen  2.946  N/A
    7288     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O    no hydrogen  2.944  N/A
    7289     /A LYS 2098 N    /A SER 2094 O    no hydrogen  3.125  N/A
    7290     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O    no hydrogen  3.004  N/A
    7291     /A CYS 2100 N    /A MET 2096 O    no hydrogen  3.088  N/A
    7292     /A CYS 2100 SG   /A MET 2096 O    no hydrogen  3.546  N/A
    7293     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O    no hydrogen  2.975  N/A
    7294     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O    no hydrogen  2.817  N/A
    7295     /A ARG 2187 N    /A LEU 2084 O    no hydrogen  2.957  N/A
    7296    
    7297 
    7298  
    7299 48 hydrogen bonds found 
    7300 
    7301 > swapaa /A: 2084 arg
    7302 
    7303 Using Dunbrack library 
    7304 /A LEU 2084: phi -131.8, psi 148.9 trans 
    7305 Applying ARG rotamer (chi angles: -64.2 -178.8 -179.3 -179.3) to /A ARG 2084 
    7306 
    7307 > close #1.1-3
    7308 
    7309 > select /A:2153
    7310 
    7311 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    7312 
    7313 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    7314 
    7315 654 atoms, 665 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    7316 
    7317 > select /A:2153
    7318 
    7319 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    7320 
    7321 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    7322 
    7323 654 atoms, 665 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    7324 
    7325 > ui tool show Clashes
    7326 
    7327 > clashes sel saveFile
    7328 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_I2084R_clashes
    7329 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color #ff0000 reveal
    7330 > true log true
    7331    
    7332    
    7333     Allowed overlap: 0.6
    7334     H-bond overlap reduction: 0.4
    7335     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    7336     Detect intra-residue clashes: True
    7337     Detect intra-molecule clashes: True
    7338    
    7339     6 clashes
    7340          atom1            atom2       overlap  distance
    7341     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CD    1.106    2.414
    7342     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CD1   1.100    2.660
    7343     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    7344     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    7345     /A ARG 2084 NH2  /A VAL 2057 CG1   0.633    2.887
    7346     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 OE1   0.606    2.694
    7347    
    7348 
    7349  
    7350 6 clashes 
    7351 
    7352 > select /A:2149-2150
    7353 
    7354 14 atoms, 13 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    7355 
    7356 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    7357 
    7358 654 atoms, 665 bonds, 6 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    7359 
    7360 > select /A:2149-2151
    7361 
    7362 22 atoms, 21 bonds, 3 residues, 1 model selected 
    7363 
    7364 > select /A:2093
    7365 
    7366 12 atoms, 12 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    7367 
    7368 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    7369 
    7370 654 atoms, 665 bonds, 6 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    7371 
    7372 > select /A:2093
    7373 
    7374 12 atoms, 12 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    7375 
    7376 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    7377 
    7378 654 atoms, 665 bonds, 6 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    7379 
    7380 > ui tool show H-Bonds
    7381 
    7382 > hbonds sel saveFile
    7383 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_I2084R_hbonds
    7384 > color #aa00ff dashes 4 restrict both select true reveal true log true
    7385    
    7386    
    7387     Finding intermodel H-bonds
    7388     Finding intramodel H-bonds
    7389     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    7390     Models used:
    7391         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    7392    
    7393     49 H-bonds
    7394     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    7395     /A LEU 2020 N    /A ILE 2060 O    no hydrogen  2.857  N/A
    7396     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O    no hydrogen  2.913  N/A
    7397     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O    no hydrogen  2.902  N/A
    7398     /A LEU 2040 N    /A MET 2027 O    no hydrogen  3.331  N/A
    7399     /A LEU 2041 N    /A THR 2085 O    no hydrogen  3.063  N/A
    7400     /A THR 2043 N    /A PRO 2083 O    no hydrogen  2.998  N/A
    7401     /A THR 2043 OG1  /A LEU 2041 O    no hydrogen  3.223  N/A
    7402     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    7403     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O    no hydrogen  3.044  N/A
    7404     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  2.815  N/A
    7405     /A LEU 2058 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  3.346  N/A
    7406     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O    no hydrogen  2.872  N/A
    7407     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O    no hydrogen  2.817  N/A
    7408     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O    no hydrogen  2.838  N/A
    7409     /A CYS 2062 SG   /A HIS 2076 O    no hydrogen  3.931  N/A
    7410     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O    no hydrogen  2.754  N/A
    7411     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O    no hydrogen  2.875  N/A
    7412     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1  no hydrogen  2.872  N/A
    7413     /A VAL 2068 N    /A ILE 2071 O    no hydrogen  3.122  N/A
    7414     /A ILE 2071 N    /A VAL 2068 O    no hydrogen  3.161  N/A
    7415     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 OE1  no hydrogen  1.981  N/A
    7416     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  2.698  N/A
    7417     /A HIS 2076 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  3.251  N/A
    7418     /A HIS 2076 NE2  /A GLU 2078 OE2  no hydrogen  3.168  N/A
    7419     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O    no hydrogen  2.744  N/A
    7420     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O    no hydrogen  3.044  N/A
    7421     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O    no hydrogen  2.752  N/A
    7422     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 OE1  no hydrogen  2.958  N/A
    7423     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O    no hydrogen  2.859  N/A
    7424     /A ARG 2084 NH2  /A VAL 2057 O    no hydrogen  2.820  N/A
    7425     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O    no hydrogen  2.749  N/A
    7426     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    7427     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O    no hydrogen  2.787  N/A
    7428     /A PHE 2092 N    /A THR 2089 OG1  no hydrogen  3.214  N/A
    7429     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O    no hydrogen  3.032  N/A
    7430     /A SER 2094 N    /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.087  N/A
    7431     /A SER 2094 OG   /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.475  N/A
    7432     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 O    no hydrogen  2.857  N/A
    7433     /A THR 2095 N    /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.066  N/A
    7434     /A THR 2095 OG1  /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.063  N/A
    7435     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O    no hydrogen  2.946  N/A
    7436     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O    no hydrogen  2.944  N/A
    7437     /A LYS 2098 N    /A SER 2094 O    no hydrogen  3.125  N/A
    7438     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O    no hydrogen  3.004  N/A
    7439     /A CYS 2100 N    /A MET 2096 O    no hydrogen  3.088  N/A
    7440     /A CYS 2100 SG   /A MET 2096 O    no hydrogen  3.546  N/A
    7441     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O    no hydrogen  2.975  N/A
    7442     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O    no hydrogen  2.817  N/A
    7443     /A ARG 2187 N    /A ARG 2084 O    no hydrogen  2.957  N/A
    7444    
    7445 
    7446  
    7447 49 hydrogen bonds found 
    7448 
    7449 > select /A:2238
    7450 
    7451 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    7452 
    7453 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    7454 
    7455 654 atoms, 665 bonds, 55 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    7456 
    7457 > select /A:2238
    7458 
    7459 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    7460 
    7461 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    7462 
    7463 654 atoms, 665 bonds, 55 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    7464 
    7465 > ui tool show Contacts
    7466 
    7467 > contacts sel saveFile
    7468 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_I2084R_contacts
    7469 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true color
    7470 > #00ff00 dashes 4 reveal true log true
    7471    
    7472    
    7473     Allowed overlap: -0.4
    7474     H-bond overlap reduction: 0.4
    7475     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    7476     Detect intra-residue contacts: True
    7477     Detect intra-molecule contacts: True
    7478    
    7479     248 contacts
    7480          atom1            atom2       overlap  distance
    7481     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 NZ    1.106    2.414
    7482     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2185 CB    1.100    2.660
    7483     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    7484     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    7485     /A ARG 2084 NH2  /A VAL 2057 CG1   0.633    2.887
    7486     /A GLU 2044 OE1  /A VAL 2051 CG2   0.606    2.694
    7487     /A ARG 2084 NH2  /A LEU 2058 CB    0.571    2.949
    7488     /A ARG 2084 NE   /A VAL 2057 CG1   0.521    2.999
    7489     /A ARG 2056 CZ   /A GLU 2021 CD    0.496    2.994
    7490     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 CZ    0.469    2.561
    7491     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 NH1   0.445    2.215
    7492     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2083 CB    0.444    3.316
    7493     /A VAL 2081 CG1  /A ARG 2084 NE    0.437    3.083
    7494     /A GLY 2023 O    /A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    7495     /A ILE 2088 CD1  /A ILE 2086 CG2   0.428    3.332
    7496     /A ARG 2026 CG   /A LEU 2041 CD2   0.424    3.336
    7497     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 CD    0.413    3.347
    7498     /A GLU 2044 CD   /A VAL 2051 CG2   0.381    3.379
    7499     /A PRO 2185 CG   /A ILE 2045 CD1   0.363    3.397
    7500     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CD1   0.291    3.469
    7501     /A PRO 2182 CG   /A ASN 2080 OD1   0.278    3.022
    7502     /A ARG 2084 CD   /A VAL 2081 CG1   0.269    3.491
    7503     /A LYS 2074 CD   /A GLU 2064 CG    0.257    3.503
    7504     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CE    0.254    3.506
    7505     /A VAL 2057 CG1  /A ILE 2025 CG2   0.239    3.521
    7506     /A VAL 2081 CG1  /A ARG 2084 CZ    0.229    3.261
    7507     /A ILE 2088 CG1  /A ILE 2086 CG2   0.228    3.532
    7508     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CD    0.227    3.533
    7509     /A ARG 2084 CZ   /A VAL 2057 CG1   0.210    3.280
    7510     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 OE2   0.207    3.093
    7511     /A VAL 2186 CG2  /A VAL 2188 CG2   0.205    3.555
    7512     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CE    0.183    3.117
    7513     /A THR 2085 CB   /A THR 2043 OG1   0.178    3.162
    7514     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 CD    0.174    3.346
    7515     /A LYS 2180 O    /A GLU 2078 CA    0.158    3.142
    7516     /A ARG 2084 CG   /A ALA 2082 O     0.148    3.152
    7517     /A ARG 2084 NH2  /A VAL 2057 C     0.143    3.107
    7518     /A PRO 2182 CD   /A ILE 2079 O     0.140    3.160
    7519     /A ILE 2079 CD1  /A PHE 2077 CE1   0.135    3.505
    7520     /A ARG 2026 NH2  /A GLU 2028 OE1   0.134    2.526
    7521     /A ARG 2026 CD   /A LEU 2041 CD2   0.105    3.655
    7522     /A HIS 2076 CD2  /A PHE 2061 CD1   0.105    3.415
    7523     /A HIS 2076 O    /A CYS 2062 CA    0.102    3.198
    7524     /A GLU 2075 OE2  /A ARG 2063 CD    0.098    3.202
    7525     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 CZ    0.084    2.946
    7526     /A VAL 2081 CG2  /A LEU 2058 CD1   0.082    3.678
    7527     /A LEU 2040 O    /A ARG 2026 CA    0.078    3.222
    7528     /A ILE 2045 CG1  /A PRO 2083 CB    0.078    3.682
    7529     /A ARG 2056 NE   /A GLU 2021 CD    0.067    3.453
    7530     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CG    0.056    3.464
    7531     /A PHE 2092 CE1  /A MET 2096 CG    0.050    3.590
    7532     /A LEU 2058 CA   /A ARG 2084 NH2   0.045    3.475
    7533     /A GLU 2021 CD   /A ARG 2056 CD    0.039    3.721
    7534     /A ARG 2059 CA   /A LEU 2020 O     0.034    3.266
    7535     /A PRO 2083 CG   /A ILE 2045 CD1   0.030    3.730
    7536     /A GLU 2078 CD   /A ASN 2080 ND2   0.026    3.494
    7537     /A ARG 2056 NH2  /A GLU 2021 CD    0.025    3.495
    7538     /A GLU 2028 OE1  /A ARG 2026 CZ    0.021    3.009
    7539     /A ILE 2071 O    /A PRO 2067 CA    0.021    3.279
    7540     /A LEU 2058 CD1  /A ARG 2059 N     0.020    3.500
    7541     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 CB    0.018    3.322
    7542     /A ARG 2084 CA   /A LEU 2041 O     0.016    3.284
    7543     /A THR 2089 O    /A ILE 2088 CG2   0.013    3.287
    7544     /A ARG 2187 O    /A THR 2085 CA    0.007    3.293
    7545     /A VAL 2073 O    /A GLU 2064 CA    -0.003    3.303
    7546     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CA    -0.004    3.304
    7547     /A PRO 2182 O    /A VAL 2184 CG2   -0.008    3.308
    7548     /A ASN 2024 CA   /A VAL 2057 CG2   -0.009    3.769
    7549     /A LEU 2040 CB   /A MET 2027 CB    -0.012    3.772
    7550     /A ILE 2086 CG1  /A LEU 2040 CD1   -0.013    3.773
    7551     /A THR 2043 CG2  /A THR 2085 OG1   -0.015    3.355
    7552     /A GLU 2064 OE2  /A LYS 2074 NZ    -0.017    2.677
    7553     /A PHE 2092 CB   /A THR 2089 OG1   -0.020    3.360
    7554     /A GLU 2078 O    /A ILE 2060 CA    -0.021    3.321
    7555     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1   -0.022    2.542
    7556     /A GLU 2078 CB   /A HIS 2076 NE2   -0.026    3.546
    7557     /A VAL 2188 CA   /A ILE 2086 O     -0.029    3.329
    7558     /A PHE 2077 CD2  /A CYS 2062 CB    -0.035    3.675
    7559     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 CZ    -0.035    3.675
    7560     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O     -0.038    2.698
    7561     /A ILE 2025 CB   /A LEU 2022 CD2   -0.043    3.803
    7562     /A VAL 2081 CG2  /A ILE 2079 CG2   -0.044    3.804
    7563     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH2   -0.046    2.706
    7564     /A GLU 2021 N    /A LEU 2020 CD2   -0.059    3.579
    7565     /A ALA 2082 CB   /A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    7566     /A LYS 2074 CD   /A CYS 2062 SG    -0.062    3.712
    7567     /A GLU 2075 OE1  /A LYS 2065 CE    -0.063    3.363
    7568     /A VAL 2186 CA   /A ARG 2084 O     -0.066    3.366
    7569     /A LEU 2041 CG   /A LEU 2040 O     -0.082    3.382
    7570     /A THR 2085 O    /A LEU 2040 CA    -0.082    3.382
    7571     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O     -0.084    2.744
    7572     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CG1   -0.085    3.845
    7573     /A PRO 2083 CB   /A THR 2043 O     -0.088    3.388
    7574     /A LEU 2097 CB   /A TYR 2093 O     -0.088    3.388
    7575     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O     -0.089    2.749
    7576     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    7577     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O     -0.094    2.754
    7578     /A ALA 2082 O    /A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    7579     /A CYS 2100 CB   /A PHE 2101 CD2   -0.097    3.737
    7580     /A ILE 2079 CG1  /A PHE 2077 CE1   -0.099    3.739
    7581     /A LEU 2058 CD1  /A ASN 2080 O     -0.101    3.401
    7582     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 O     -0.113    3.413
    7583     /A PHE 2077 CA   /A PHE 2061 O     -0.119    3.419
    7584     /A PRO 2185 CA   /A ILE 2045 CD1   -0.122    3.882
    7585     /A PHE 2077 CE2  /A ILE 2060 CG2   -0.123    3.763
    7586     /A LYS 2055 CG   /A ASP 2052 CB    -0.124    3.884
    7587     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O     -0.127    2.787
    7588     /A LEU 2058 N    /A ARG 2084 NH2   -0.128    3.408
    7589     /A PRO 2102 CA   /A LYS 2098 O     -0.129    3.429
    7590     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CD    -0.133    3.433
    7591     /A PRO 2067 CB   /A ILE 2071 O     -0.134    3.434
    7592     /A PHE 2061 CE1  /A HIS 2076 CD2   -0.135    3.655
    7593     /A GLN 2046 CG   /A ILE 2045 O     -0.144    3.444
    7594     /A ILE 2079 CG2  /A LEU 2058 CD1   -0.148    3.908
    7595     /A HIS 2054 N    /A ASP 2052 O     -0.150    2.810
    7596     /A MET 2096 CB   /A PHE 2092 O     -0.151    3.451
    7597     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    7598     /A VAL 2081 CA   /A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    7599     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O     -0.157    2.817
    7600     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O     -0.157    2.817
    7601     /A ARG 2084 CG   /A PRO 2083 O     -0.158    3.458
    7602     /A VAL 2057 O    /A ARG 2084 NH2   -0.160    2.820
    7603     /A PRO 2102 CD   /A CYS 2100 C     -0.161    3.651
    7604     /A LEU 2058 O    /A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    7605     /A ASN 2080 O    /A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    7606     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 CG    -0.172    3.692
    7607     /A SER 2094 N    /A TYR 2093 CD1   -0.174    3.574
    7608     /A VAL 2081 CG1  /A ARG 2084 NH2   -0.177    3.697
    7609     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O     -0.178    2.838
    7610     /A ARG 2056 CA   /A LEU 2022 O     -0.178    3.478
    7611     /A GLU 2044 O    /A THR 2043 CG2   -0.184    3.484
    7612     /A PHE 2099 CD1  /A PHE 2099 O     -0.185    3.365
    7613     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 OG1   -0.187    3.527
    7614     /A MET 2096 O    /A PHE 2099 CB    -0.189    3.489
    7615     /A GLU 2064 CG   /A CYS 2062 SG    -0.190    3.840
    7616     /A GLU 2075 CA   /A ARG 2063 O     -0.194    3.494
    7617     /A ILE 2060 O    /A LEU 2020 N     -0.197    2.857
    7618     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    7619     /A ALA 2042 CB   /A VAL 2057 CG2   -0.199    3.959
    7620     /A PRO 2185 CD   /A VAL 2184 CG1   -0.201    3.961
    7621     /A VAL 2186 CG1  /A PRO 2185 O     -0.201    3.501
    7622     /A LEU 2041 CD2  /A ARG 2026 CB    -0.205    3.965
    7623     /A GLU 2075 CB   /A ARG 2063 O     -0.208    3.508
    7624     /A GLU 2028 CD   /A ARG 2026 NH2   -0.208    3.728
    7625     /A ILE 2181 CG2  /A ILE 2079 O     -0.210    3.510
    7626     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH1   -0.211    2.871
    7627     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    7628     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1   -0.212    2.872
    7629     /A VAL 2081 CB   /A VAL 2184 CG2   -0.212    3.972
    7630     /A GLU 2021 CG   /A LEU 2020 O     -0.213    3.513
    7631     /A LEU 2058 CD2  /A ILE 2060 CD1   -0.214    3.974
    7632     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 CG    -0.214    3.974
    7633     /A PRO 2182 CD   /A ASN 2080 OD1   -0.215    3.515
    7634     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O     -0.215    2.875
    7635     /A ILE 2025 N    /A ASN 2024 OD1   -0.218    2.878
    7636     /A VAL 2186 CG1  /A VAL 2184 CG1   -0.219    3.979
    7637     /A LEU 2020 CD2  /A LEU 2020 O     -0.220    3.520
    7638     /A ARG 2084 NH1  /A VAL 2081 CG1   -0.226    3.746
    7639     /A LYS 2055 CE   /A ASP 2052 CB    -0.234    3.994
    7640     /A ARG 2084 CB   /A LEU 2041 O     -0.235    3.535
    7641     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CD1   -0.241    3.881
    7642     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O     -0.242    2.902
    7643     /A CYS 2100 N    /A PHE 2099 CD1   -0.243    3.643
    7644     /A ILE 2181 CG1  /A LYS 2180 O     -0.245    3.545
    7645     /A CYS 2062 SG   /A PHE 2077 CD2   -0.245    3.775
    7646     /A VAL 2057 CB   /A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    7647     /A PHE 2101 CD2  /A CYS 2100 C     -0.249    3.619
    7648     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    7649     /A LYS 2090 O    /A TYR 2093 CB    -0.258    3.558
    7650     /A LYS 2098 CB   /A SER 2094 O     -0.260    3.560
    7651     /A PHE 2101 CE2  /A CYS 2100 CB    -0.261    3.901
    7652     /A THR 2089 O    /A TYR 2093 CB    -0.263    3.563
    7653     /A GLU 2075 CD   /A ARG 2063 CD    -0.263    4.023
    7654     /A VAL 2188 CG2  /A VAL 2186 CB    -0.264    4.024
    7655     /A TYR 2093 CB   /A ILE 2088 CG2   -0.269    4.029
    7656     /A PHE 2101 CB   /A LEU 2097 O     -0.271    3.571
    7657     /A PRO 2182 O    /A ILE 2181 O     -0.272    3.112
    7658     /A ILE 2079 CA   /A ARG 2059 O     -0.274    3.574
    7659     /A ARG 2084 NH2  /A VAL 2057 CB    -0.274    3.794
    7660     /A LYS 2055 CD   /A ASP 2052 CB    -0.274    4.034
    7661     /A GLU 2078 CG   /A LYS 2180 O     -0.275    3.575
    7662     /A ASN 2024 O    /A LEU 2022 CG    -0.276    3.576
    7663     /A PHE 2092 CZ   /A MET 2027 SD    -0.281    3.811
    7664     /A VAL 2184 CG2  /A VAL 2081 O     -0.282    3.582
    7665     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O     -0.284    2.944
    7666     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CB    -0.284    4.044
    7667     /A VAL 2057 CG2  /A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    7668     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O     -0.286    2.946
    7669     /A PHE 2099 CB   /A THR 2095 O     -0.288    3.588
    7670     /A ARG 2187 N    /A ARG 2084 O     -0.297    2.957
    7671     /A GLU 2078 OE1  /A ASN 2080 ND2   -0.298    2.958
    7672     /A ASN 2080 CA   /A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    7673     /A ASP 2052 OD2  /A LYS 2055 CE    -0.303    3.603
    7674     /A VAL 2184 CG1  /A VAL 2081 O     -0.309    3.609
    7675     /A ARG 2084 CZ   /A ILE 2025 CG2   -0.310    3.800
    7676     /A LEU 2058 CB   /A LEU 2022 CB    -0.311    4.071
    7677     /A THR 2053 N    /A VAL 2051 O     -0.312    2.972
    7678     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O     -0.315    2.975
    7679     /A ARG 2056 CB   /A LEU 2022 O     -0.318    3.618
    7680     /A PRO 2185 O    /A VAL 2184 CG1   -0.324    3.624
    7681     /A LYS 2074 CA   /A ARG 2063 O     -0.325    3.625
    7682     /A LEU 2058 CG   /A ILE 2060 CG1   -0.329    4.089
    7683     /A ILE 2060 CG1  /A LEU 2058 CD1   -0.330    4.090
    7684     /A LYS 2074 CE   /A GLU 2064 CG    -0.333    4.093
    7685     /A PRO 2102 N    /A LYS 2098 O     -0.335    3.395
    7686     /A GLU 2183 O    /A VAL 2184 CG2   -0.335    3.635
    7687     /A PRO 2083 O    /A THR 2043 N     -0.338    2.998
    7688     /A VAL 2057 O    /A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    7689     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O     -0.344    3.004
    7690     /A ILE 2181 CA   /A ILE 2079 O     -0.346    3.646
    7691     /A PRO 2050 CD   /A MET 2049 CG    -0.347    4.107
    7692     /A LEU 2041 CD2  /A LEU 2040 O     -0.348    3.648
    7693     /A ASP 2048 OD1  /A LYS 2047 C     -0.349    3.379
    7694     /A THR 2095 CB   /A LYS 2091 O     -0.352    3.652
    7695     /A ARG 2084 CG   /A VAL 2081 CG1   -0.355    4.115
    7696     /A ALA 2087 O    /A ILE 2088 CG1   -0.357    3.657
    7697     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 CA    -0.359    3.699
    7698     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NE    -0.359    3.019
    7699     /A PHE 2101 CA   /A LEU 2097 O     -0.360    3.660
    7700     /A THR 2085 CA   /A THR 2043 OG1   -0.361    3.701
    7701     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CG1   -0.366    4.126
    7702     /A VAL 2068 CG2  /A VAL 2073 CG2   -0.370    4.130
    7703     /A ASN 2080 OD1  /A GLU 2078 OE1   -0.371    3.211
    7704     /A PRO 2067 N    /A LYS 2065 O     -0.372    3.432
    7705     /A ALA 2066 O    /A LYS 2065 O     -0.372    3.212
    7706     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O     -0.372    3.032
    7707     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CG1   -0.374    4.014
    7708     /A LYS 2091 O    /A SER 2094 OG    -0.377    2.857
    7709     /A ILE 2181 CG1  /A ILE 2079 CB    -0.377    4.137
    7710     /A THR 2095 O    /A LYS 2098 CB    -0.380    3.680
    7711     /A VAL 2081 CG2  /A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    7712     /A LYS 2065 CD   /A GLU 2075 CD    -0.381    4.141
    7713     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 CA    -0.383    4.143
    7714     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O     -0.384    3.044
    7715     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O     -0.384    3.044
    7716     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CB    -0.386    3.686
    7717     /A PHE 2099 CA   /A MET 2096 O     -0.386    3.686
    7718     /A ARG 2059 CB   /A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    7719     /A ILE 2071 CB   /A VAL 2068 O     -0.390    3.690
    7720     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CG    -0.391    4.151
    7721     /A THR 2043 CB   /A THR 2085 N     -0.393    3.913
    7722     /A ARG 2026 NE   /A LEU 2041 CD2   -0.393    3.913
    7723     /A PHE 2092 CD1  /A MET 2096 CG    -0.394    4.034
    7724     /A THR 2089 CA   /A ILE 2088 CG2   -0.395    4.155
    7725     /A GLU 2078 CA   /A PHE 2061 O     -0.397    3.697
    7726     /A ILE 2025 CD1  /A LEU 2022 CD2   -0.397    4.157
    7727     /A ASN 2080 CB   /A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    7728     /A ILE 2181 CD1  /A ILE 2079 CD1   -0.400    4.160
    7729    
    7730 
    7731  
    7732 248 contacts 
    7733 
    7734 > close #1.1-3
    7735 
    7736 > select /A:2174
    7737 
    7738 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    7739 
    7740 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    7741 
    7742 654 atoms, 665 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    7743 
    7744 > select /A:2174-2205
    7745 
    7746 268 atoms, 273 bonds, 32 residues, 1 model selected 
    7747 
    7748 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    7749 
    7750 654 atoms, 665 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    7751 
    7752 > save
    7753 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/Human_Fly_Superposition_Foldseek_StructuralAnalysis.cxs
    7754 
    7755 ——— End of log from Wed Apr 30 15:52:46 2025 ———
    7756 
    7757 > view name session-start
    7758 
    7759 opened ChimeraX session 
    7760 
    7761 > select add #1
    7762 
    7763 18472 atoms, 18846 bonds, 2300 residues, 1 model selected 
    7764 
    7765 > select subtract #1
    7766 
    7767 Nothing selected 
    7768 
    7769 > select add #1
    7770 
    7771 18472 atoms, 18846 bonds, 2300 residues, 1 model selected 
    7772 
    7773 > hide sel atoms
    7774 
    7775 > select subtract #1
    7776 
    7777 Nothing selected 
    7778 
    7779 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    7780 
    7781 654 atoms, 665 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    7782 
    7783 > show sel atoms
    7784 
    7785 > select subtract /A:2084
    7786 
    7787 643 atoms, 653 bonds, 80 residues, 1 model selected 
    7788 
    7789 > select /A:2115
    7790 
    7791 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    7792 
    7793 > select /A:2114-2115
    7794 
    7795 17 atoms, 16 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    7796 
    7797 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    7798 
    7799 654 atoms, 665 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    7800 
    7801 > select /A:2084
    7802 
    7803 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    7804 
    7805 > select /A:2084
    7806 
    7807 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    7808 
    7809 > color sel orange
    7810 
    7811 > swapaa /A: 2084 ile
    7812 
    7813 Using Dunbrack library 
    7814 /A ARG 2084: phi -131.8, psi 148.9 trans 
    7815 Applying ILE rotamer (chi angles: 60.8 171.9) to /A ILE 2084 
    7816 
    7817 > select /A:2068-2069
    7818 
    7819 11 atoms, 10 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    7820 
    7821 > select /A:2068-2069
    7822 
    7823 11 atoms, 10 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    7824 
    7825 > select /A:2068
    7826 
    7827 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    7828 
    7829 > select /A:2068
    7830 
    7831 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    7832 
    7833 > swapaa /A: 2068 ala
    7834 
    7835 Using Dunbrack library 
    7836 Swapping /A VAL 2068 to ALA 
    7837 
    7838 > color sel gray
    7839 
    7840 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    7841 
    7842 649 atoms, 660 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    7843 
    7844 > ui tool show Clashes
    7845 
    7846 > clashes sel saveFile
    7847 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068A_clashes
    7848 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color #ff0000 reveal
    7849 > true log true
    7850    
    7851    
    7852     Allowed overlap: 0.6
    7853     H-bond overlap reduction: 0.4
    7854     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    7855     Detect intra-residue clashes: True
    7856     Detect intra-molecule clashes: True
    7857    
    7858     5 clashes
    7859          atom1            atom2       overlap  distance
    7860     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CD    1.106    2.414
    7861     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CD1   1.100    2.660
    7862     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    7863     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    7864     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 OE1   0.606    2.694
    7865    
    7866 
    7867  
    7868 5 clashes 
    7869 
    7870 > ui tool show Contacts
    7871 
    7872 > contacts sel saveFile
    7873 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068A_contacts
    7874 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true color
    7875 > #00ff00 dashes 4 reveal true log true
    7876    
    7877    
    7878     Allowed overlap: -0.4
    7879     H-bond overlap reduction: 0.4
    7880     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    7881     Detect intra-residue contacts: True
    7882     Detect intra-molecule contacts: True
    7883    
    7884     238 contacts
    7885          atom1            atom2       overlap  distance
    7886     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 NZ    1.106    2.414
    7887     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2185 CB    1.100    2.660
    7888     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    7889     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    7890     /A GLU 2044 OE1  /A VAL 2051 CG2   0.606    2.694
    7891     /A ARG 2056 CZ   /A GLU 2021 CD    0.496    2.994
    7892     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 CZ    0.469    2.561
    7893     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 NH1   0.445    2.215
    7894     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2083 CB    0.444    3.316
    7895     /A GLY 2023 O    /A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    7896     /A ILE 2088 CD1  /A ILE 2086 CG2   0.428    3.332
    7897     /A ARG 2026 CG   /A LEU 2041 CD2   0.424    3.336
    7898     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 CD    0.413    3.347
    7899     /A GLU 2044 CD   /A VAL 2051 CG2   0.381    3.379
    7900     /A ILE 2086 CD1  /A ILE 2084 CD1   0.375    3.385
    7901     /A PRO 2185 CG   /A ILE 2045 CD1   0.363    3.397
    7902     /A ILE 2084 CD1  /A ILE 2086 CG1   0.332    3.428
    7903     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CD1   0.291    3.469
    7904     /A PRO 2182 CG   /A ASN 2080 OD1   0.278    3.022
    7905     /A LYS 2074 CD   /A GLU 2064 CG    0.257    3.503
    7906     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CE    0.254    3.506
    7907     /A ILE 2084 CG2  /A ALA 2082 O     0.252    3.048
    7908     /A VAL 2057 CG1  /A ILE 2025 CG2   0.239    3.521
    7909     /A ILE 2088 CG1  /A ILE 2086 CG2   0.228    3.532
    7910     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CD    0.227    3.533
    7911     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 OE2   0.207    3.093
    7912     /A VAL 2186 CG2  /A VAL 2188 CG2   0.205    3.555
    7913     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CE    0.183    3.117
    7914     /A THR 2085 CB   /A THR 2043 OG1   0.178    3.162
    7915     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 CD    0.174    3.346
    7916     /A LYS 2180 O    /A GLU 2078 CA    0.158    3.142
    7917     /A PRO 2182 CD   /A ILE 2079 O     0.140    3.160
    7918     /A ILE 2079 CD1  /A PHE 2077 CE1   0.135    3.505
    7919     /A ARG 2026 NH2  /A GLU 2028 OE1   0.134    2.526
    7920     /A ILE 2084 CD1  /A LEU 2040 CD1   0.128    3.632
    7921     /A ARG 2026 CD   /A LEU 2041 CD2   0.105    3.655
    7922     /A HIS 2076 CD2  /A PHE 2061 CD1   0.105    3.415
    7923     /A HIS 2076 O    /A CYS 2062 CA    0.102    3.198
    7924     /A GLU 2075 OE2  /A ARG 2063 CD    0.098    3.202
    7925     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 CZ    0.084    2.946
    7926     /A VAL 2081 CG2  /A LEU 2058 CD1   0.082    3.678
    7927     /A LEU 2040 O    /A ARG 2026 CA    0.078    3.222
    7928     /A ILE 2045 CG1  /A PRO 2083 CB    0.078    3.682
    7929     /A ARG 2056 NE   /A GLU 2021 CD    0.067    3.453
    7930     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CG    0.056    3.464
    7931     /A PHE 2092 CE1  /A MET 2096 CG    0.050    3.590
    7932     /A GLU 2021 CD   /A ARG 2056 CD    0.039    3.721
    7933     /A ARG 2059 CA   /A LEU 2020 O     0.034    3.266
    7934     /A PRO 2083 CG   /A ILE 2045 CD1   0.030    3.730
    7935     /A GLU 2078 CD   /A ASN 2080 ND2   0.026    3.494
    7936     /A ARG 2056 NH2  /A GLU 2021 CD    0.025    3.495
    7937     /A GLU 2028 OE1  /A ARG 2026 CZ    0.021    3.009
    7938     /A ILE 2071 O    /A PRO 2067 CA    0.021    3.279
    7939     /A LEU 2058 CD1  /A ARG 2059 N     0.020    3.500
    7940     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 CB    0.018    3.322
    7941     /A ILE 2084 CA   /A LEU 2041 O     0.016    3.284
    7942     /A THR 2089 O    /A ILE 2088 CG2   0.013    3.287
    7943     /A ARG 2187 O    /A THR 2085 CA    0.007    3.293
    7944     /A VAL 2073 O    /A GLU 2064 CA    -0.003    3.303
    7945     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CA    -0.004    3.304
    7946     /A PRO 2182 O    /A VAL 2184 CG2   -0.008    3.308
    7947     /A ASN 2024 CA   /A VAL 2057 CG2   -0.009    3.769
    7948     /A LEU 2040 CB   /A MET 2027 CB    -0.012    3.772
    7949     /A ILE 2086 CG1  /A LEU 2040 CD1   -0.013    3.773
    7950     /A THR 2043 CG2  /A THR 2085 OG1   -0.015    3.355
    7951     /A GLU 2064 OE2  /A LYS 2074 NZ    -0.017    2.677
    7952     /A PHE 2092 CB   /A THR 2089 OG1   -0.020    3.360
    7953     /A GLU 2078 O    /A ILE 2060 CA    -0.021    3.321
    7954     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1   -0.022    2.542
    7955     /A GLU 2078 CB   /A HIS 2076 NE2   -0.026    3.546
    7956     /A VAL 2188 CA   /A ILE 2086 O     -0.029    3.329
    7957     /A PHE 2077 CD2  /A CYS 2062 CB    -0.035    3.675
    7958     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 CZ    -0.035    3.675
    7959     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O     -0.038    2.698
    7960     /A ILE 2025 CB   /A LEU 2022 CD2   -0.043    3.803
    7961     /A VAL 2081 CG2  /A ILE 2079 CG2   -0.044    3.804
    7962     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH2   -0.046    2.706
    7963     /A ILE 2084 CG1  /A ILE 2086 CG1   -0.047    3.807
    7964     /A GLU 2021 N    /A LEU 2020 CD2   -0.059    3.579
    7965     /A ALA 2082 CB   /A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    7966     /A LYS 2074 CD   /A CYS 2062 SG    -0.062    3.712
    7967     /A GLU 2075 OE1  /A LYS 2065 CE    -0.063    3.363
    7968     /A VAL 2186 CA   /A ILE 2084 O     -0.066    3.366
    7969     /A LEU 2041 CG   /A LEU 2040 O     -0.082    3.382
    7970     /A THR 2085 O    /A LEU 2040 CA    -0.082    3.382
    7971     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O     -0.084    2.744
    7972     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CG1   -0.085    3.845
    7973     /A PRO 2083 CB   /A THR 2043 O     -0.088    3.388
    7974     /A LEU 2097 CB   /A TYR 2093 O     -0.088    3.388
    7975     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O     -0.089    2.749
    7976     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    7977     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O     -0.094    2.754
    7978     /A ALA 2082 O    /A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    7979     /A CYS 2100 CB   /A PHE 2101 CD2   -0.097    3.737
    7980     /A ILE 2079 CG1  /A PHE 2077 CE1   -0.099    3.739
    7981     /A LEU 2058 CD1  /A ASN 2080 O     -0.101    3.401
    7982     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 O     -0.113    3.413
    7983     /A PHE 2077 CA   /A PHE 2061 O     -0.119    3.419
    7984     /A PRO 2185 CA   /A ILE 2045 CD1   -0.122    3.882
    7985     /A PHE 2077 CE2  /A ILE 2060 CG2   -0.123    3.763
    7986     /A LYS 2055 CG   /A ASP 2052 CB    -0.124    3.884
    7987     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O     -0.127    2.787
    7988     /A VAL 2186 CG1  /A ILE 2084 CG1   -0.127    3.887
    7989     /A PRO 2102 CA   /A LYS 2098 O     -0.129    3.429
    7990     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CD    -0.133    3.433
    7991     /A PRO 2067 CB   /A ILE 2071 O     -0.134    3.434
    7992     /A PHE 2061 CE1  /A HIS 2076 CD2   -0.135    3.655
    7993     /A GLN 2046 CG   /A ILE 2045 O     -0.144    3.444
    7994     /A ILE 2079 CG2  /A LEU 2058 CD1   -0.148    3.908
    7995     /A HIS 2054 N    /A ASP 2052 O     -0.150    2.810
    7996     /A MET 2096 CB   /A PHE 2092 O     -0.151    3.451
    7997     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    7998     /A VAL 2081 CA   /A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    7999     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O     -0.157    2.817
    8000     /A ILE 2084 CG2  /A PRO 2083 O     -0.157    3.457
    8001     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O     -0.157    2.817
    8002     /A PRO 2102 CD   /A CYS 2100 C     -0.161    3.651
    8003     /A LEU 2058 O    /A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    8004     /A ASN 2080 O    /A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    8005     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 CG    -0.172    3.692
    8006     /A SER 2094 N    /A TYR 2093 CD1   -0.174    3.574
    8007     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O     -0.178    2.838
    8008     /A ARG 2056 CA   /A LEU 2022 O     -0.178    3.478
    8009     /A GLU 2044 O    /A THR 2043 CG2   -0.184    3.484
    8010     /A PHE 2099 CD1  /A PHE 2099 O     -0.185    3.365
    8011     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 OG1   -0.187    3.527
    8012     /A MET 2096 O    /A PHE 2099 CB    -0.189    3.489
    8013     /A GLU 2064 CG   /A CYS 2062 SG    -0.190    3.840
    8014     /A GLU 2075 CA   /A ARG 2063 O     -0.194    3.494
    8015     /A ILE 2060 O    /A LEU 2020 N     -0.197    2.857
    8016     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    8017     /A ALA 2042 CB   /A VAL 2057 CG2   -0.199    3.959
    8018     /A PRO 2185 CD   /A VAL 2184 CG1   -0.201    3.961
    8019     /A VAL 2186 CG1  /A PRO 2185 O     -0.201    3.501
    8020     /A LEU 2041 CD2  /A ARG 2026 CB    -0.205    3.965
    8021     /A GLU 2075 CB   /A ARG 2063 O     -0.208    3.508
    8022     /A GLU 2028 CD   /A ARG 2026 NH2   -0.208    3.728
    8023     /A ILE 2181 CG2  /A ILE 2079 O     -0.210    3.510
    8024     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH1   -0.211    2.871
    8025     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    8026     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1   -0.212    2.872
    8027     /A VAL 2081 CB   /A VAL 2184 CG2   -0.212    3.972
    8028     /A GLU 2021 CG   /A LEU 2020 O     -0.213    3.513
    8029     /A LEU 2058 CD2  /A ILE 2060 CD1   -0.214    3.974
    8030     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 CG    -0.214    3.974
    8031     /A PRO 2182 CD   /A ASN 2080 OD1   -0.215    3.515
    8032     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O     -0.215    2.875
    8033     /A ILE 2025 N    /A ASN 2024 OD1   -0.218    2.878
    8034     /A VAL 2186 CG1  /A VAL 2184 CG1   -0.219    3.979
    8035     /A LEU 2020 CD2  /A LEU 2020 O     -0.220    3.520
    8036     /A LYS 2055 CE   /A ASP 2052 CB    -0.234    3.994
    8037     /A ILE 2084 CB   /A LEU 2041 O     -0.237    3.537
    8038     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CD1   -0.241    3.881
    8039     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O     -0.242    2.902
    8040     /A CYS 2100 N    /A PHE 2099 CD1   -0.243    3.643
    8041     /A ILE 2181 CG1  /A LYS 2180 O     -0.245    3.545
    8042     /A CYS 2062 SG   /A PHE 2077 CD2   -0.245    3.775
    8043     /A VAL 2057 CB   /A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    8044     /A PHE 2101 CD2  /A CYS 2100 C     -0.249    3.619
    8045     /A ILE 2086 CD1  /A ILE 2084 CG1   -0.249    4.009
    8046     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    8047     /A ILE 2084 CG2  /A VAL 2081 CG1   -0.257    4.017
    8048     /A LYS 2090 O    /A TYR 2093 CB    -0.258    3.558
    8049     /A LYS 2098 CB   /A SER 2094 O     -0.260    3.560
    8050     /A PHE 2101 CE2  /A CYS 2100 CB    -0.261    3.901
    8051     /A THR 2089 O    /A TYR 2093 CB    -0.263    3.563
    8052     /A GLU 2075 CD   /A ARG 2063 CD    -0.263    4.023
    8053     /A VAL 2188 CG2  /A VAL 2186 CB    -0.264    4.024
    8054     /A TYR 2093 CB   /A ILE 2088 CG2   -0.269    4.029
    8055     /A PHE 2101 CB   /A LEU 2097 O     -0.271    3.571
    8056     /A PRO 2182 O    /A ILE 2181 O     -0.272    3.112
    8057     /A ILE 2079 CA   /A ARG 2059 O     -0.274    3.574
    8058     /A LYS 2055 CD   /A ASP 2052 CB    -0.274    4.034
    8059     /A GLU 2078 CG   /A LYS 2180 O     -0.275    3.575
    8060     /A ASN 2024 O    /A LEU 2022 CG    -0.276    3.576
    8061     /A PHE 2092 CZ   /A MET 2027 SD    -0.281    3.811
    8062     /A VAL 2184 CG2  /A VAL 2081 O     -0.282    3.582
    8063     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O     -0.284    2.944
    8064     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CB    -0.284    4.044
    8065     /A VAL 2057 CG2  /A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    8066     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O     -0.286    2.946
    8067     /A PHE 2099 CB   /A THR 2095 O     -0.288    3.588
    8068     /A ARG 2187 N    /A ILE 2084 O     -0.297    2.957
    8069     /A GLU 2078 OE1  /A ASN 2080 ND2   -0.298    2.958
    8070     /A ASN 2080 CA   /A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    8071     /A ASP 2052 OD2  /A LYS 2055 CE    -0.303    3.603
    8072     /A VAL 2184 CG1  /A VAL 2081 O     -0.309    3.609
    8073     /A LEU 2058 CB   /A LEU 2022 CB    -0.311    4.071
    8074     /A THR 2053 N    /A VAL 2051 O     -0.312    2.972
    8075     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O     -0.315    2.975
    8076     /A ARG 2056 CB   /A LEU 2022 O     -0.318    3.618
    8077     /A PRO 2185 O    /A VAL 2184 CG1   -0.324    3.624
    8078     /A LYS 2074 CA   /A ARG 2063 O     -0.325    3.625
    8079     /A LEU 2058 CG   /A ILE 2060 CG1   -0.329    4.089
    8080     /A ILE 2060 CG1  /A LEU 2058 CD1   -0.330    4.090
    8081     /A LYS 2074 CE   /A GLU 2064 CG    -0.333    4.093
    8082     /A PRO 2102 N    /A LYS 2098 O     -0.335    3.395
    8083     /A GLU 2183 O    /A VAL 2184 CG2   -0.335    3.635
    8084     /A PRO 2083 O    /A THR 2043 N     -0.338    2.998
    8085     /A VAL 2057 O    /A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    8086     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O     -0.344    3.004
    8087     /A ILE 2181 CA   /A ILE 2079 O     -0.346    3.646
    8088     /A PRO 2050 CD   /A MET 2049 CG    -0.347    4.107
    8089     /A LEU 2041 CD2  /A LEU 2040 O     -0.348    3.648
    8090     /A ASP 2048 OD1  /A LYS 2047 C     -0.349    3.379
    8091     /A THR 2095 CB   /A LYS 2091 O     -0.352    3.652
    8092     /A ALA 2087 O    /A ILE 2088 CG1   -0.357    3.657
    8093     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 CA    -0.359    3.699
    8094     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NE    -0.359    3.019
    8095     /A PHE 2101 CA   /A LEU 2097 O     -0.360    3.660
    8096     /A THR 2085 CA   /A THR 2043 OG1   -0.361    3.701
    8097     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CG1   -0.366    4.126
    8098     /A ASN 2080 OD1  /A GLU 2078 OE1   -0.371    3.211
    8099     /A PRO 2067 N    /A LYS 2065 O     -0.372    3.432
    8100     /A ALA 2066 O    /A LYS 2065 O     -0.372    3.212
    8101     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O     -0.372    3.032
    8102     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CG1   -0.374    4.014
    8103     /A LYS 2091 O    /A SER 2094 OG    -0.377    2.857
    8104     /A ILE 2181 CG1  /A ILE 2079 CB    -0.377    4.137
    8105     /A THR 2095 O    /A LYS 2098 CB    -0.380    3.680
    8106     /A VAL 2081 CG2  /A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    8107     /A LYS 2065 CD   /A GLU 2075 CD    -0.381    4.141
    8108     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 CA    -0.383    4.143
    8109     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O     -0.384    3.044
    8110     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O     -0.384    3.044
    8111     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CB    -0.386    3.686
    8112     /A PHE 2099 CA   /A MET 2096 O     -0.386    3.686
    8113     /A ARG 2059 CB   /A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    8114     /A ILE 2071 CB   /A ALA 2068 O     -0.390    3.690
    8115     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CG    -0.391    4.151
    8116     /A THR 2043 CB   /A THR 2085 N     -0.393    3.913
    8117     /A ARG 2026 NE   /A LEU 2041 CD2   -0.393    3.913
    8118     /A PHE 2092 CD1  /A MET 2096 CG    -0.394    4.034
    8119     /A THR 2089 CA   /A ILE 2088 CG2   -0.395    4.155
    8120     /A GLU 2078 CA   /A PHE 2061 O     -0.397    3.697
    8121     /A ILE 2025 CD1  /A LEU 2022 CD2   -0.397    4.157
    8122     /A ASN 2080 CB   /A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    8123     /A ILE 2181 CD1  /A ILE 2079 CD1   -0.400    4.160
    8124    
    8125 
    8126  
    8127 238 contacts 
    8128 
    8129 > select /A:2270-2300
    8130 
    8131 247 atoms, 249 bonds, 31 residues, 1 model selected 
    8132 
    8133 > select /A:2270-2300
    8134 
    8135 247 atoms, 249 bonds, 31 residues, 1 model selected 
    8136 
    8137 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    8138 
    8139 649 atoms, 660 bonds, 243 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    8140 
    8141 > ui tool show H-Bonds
    8142 
    8143 > hbonds sel saveFile
    8144 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068A_hbonds
    8145 > color #aa00ff dashes 4 restrict both select true reveal true log true
    8146    
    8147    
    8148     Finding intermodel H-bonds
    8149     Finding intramodel H-bonds
    8150     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    8151     Models used:
    8152         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    8153    
    8154     48 H-bonds
    8155     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    8156     /A LEU 2020 N    /A ILE 2060 O    no hydrogen  2.857  N/A
    8157     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O    no hydrogen  2.913  N/A
    8158     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O    no hydrogen  2.902  N/A
    8159     /A LEU 2040 N    /A MET 2027 O    no hydrogen  3.331  N/A
    8160     /A LEU 2041 N    /A THR 2085 O    no hydrogen  3.063  N/A
    8161     /A THR 2043 N    /A PRO 2083 O    no hydrogen  2.998  N/A
    8162     /A THR 2043 OG1  /A LEU 2041 O    no hydrogen  3.223  N/A
    8163     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    8164     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O    no hydrogen  3.044  N/A
    8165     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  2.815  N/A
    8166     /A LEU 2058 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  3.346  N/A
    8167     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O    no hydrogen  2.872  N/A
    8168     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O    no hydrogen  2.817  N/A
    8169     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O    no hydrogen  2.838  N/A
    8170     /A CYS 2062 SG   /A HIS 2076 O    no hydrogen  3.931  N/A
    8171     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O    no hydrogen  2.754  N/A
    8172     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O    no hydrogen  2.875  N/A
    8173     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1  no hydrogen  2.872  N/A
    8174     /A ALA 2068 N    /A ILE 2071 O    no hydrogen  3.122  N/A
    8175     /A ILE 2071 N    /A ALA 2068 O    no hydrogen  3.161  N/A
    8176     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 OE1  no hydrogen  1.981  N/A
    8177     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  2.698  N/A
    8178     /A HIS 2076 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  3.251  N/A
    8179     /A HIS 2076 NE2  /A GLU 2078 OE2  no hydrogen  3.168  N/A
    8180     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O    no hydrogen  2.744  N/A
    8181     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O    no hydrogen  3.044  N/A
    8182     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O    no hydrogen  2.752  N/A
    8183     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 OE1  no hydrogen  2.958  N/A
    8184     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O    no hydrogen  2.859  N/A
    8185     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O    no hydrogen  2.749  N/A
    8186     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    8187     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O    no hydrogen  2.787  N/A
    8188     /A PHE 2092 N    /A THR 2089 OG1  no hydrogen  3.214  N/A
    8189     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O    no hydrogen  3.032  N/A
    8190     /A SER 2094 N    /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.087  N/A
    8191     /A SER 2094 OG   /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.475  N/A
    8192     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 O    no hydrogen  2.857  N/A
    8193     /A THR 2095 N    /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.066  N/A
    8194     /A THR 2095 OG1  /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.063  N/A
    8195     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O    no hydrogen  2.946  N/A
    8196     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O    no hydrogen  2.944  N/A
    8197     /A LYS 2098 N    /A SER 2094 O    no hydrogen  3.125  N/A
    8198     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O    no hydrogen  3.004  N/A
    8199     /A CYS 2100 N    /A MET 2096 O    no hydrogen  3.088  N/A
    8200     /A CYS 2100 SG   /A MET 2096 O    no hydrogen  3.546  N/A
    8201     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O    no hydrogen  2.975  N/A
    8202     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O    no hydrogen  2.817  N/A
    8203     /A ARG 2187 N    /A ILE 2084 O    no hydrogen  2.957  N/A
    8204    
    8205 
    8206  
    8207 48 hydrogen bonds found 
    8208 
    8209 > save
    8210 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/Human_Fly_Superposition_Foldseek_StructuralAnalysis.cxs
    8211 
    8212 ——— End of log from Fri May 2 10:11:43 2025 ———
    8213 
    8214 > view name session-start
    8215 
    8216 opened ChimeraX session 
    8217 
    8218 > close #1.1-3
    8219 
    8220 > select /A:2198
    8221 
    8222 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8223 
    8224 > select /A:2198-2239
    8225 
    8226 348 atoms, 356 bonds, 42 residues, 1 model selected 
    8227 
    8228 > select /A:2198-2199
    8229 
    8230 17 atoms, 16 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    8231 
    8232 > select /A:2198-2238
    8233 
    8234 343 atoms, 351 bonds, 41 residues, 1 model selected 
    8235 
    8236 > color sel purple
    8237 
    8238 > select add #1
    8239 
    8240 18467 atoms, 18841 bonds, 2300 residues, 1 model selected 
    8241 
    8242 > hide sel atoms
    8243 
    8244 > select /A:2081
    8245 
    8246 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8247 
    8248 > select /A:2081
    8249 
    8250 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8251 
    8252 > select /A:2058
    8253 
    8254 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8255 
    8256 > select /A:2058
    8257 
    8258 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8259 
    8260 > select /A:2058,2081
    8261 
    8262 15 atoms, 13 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    8263 
    8264 > show sel atoms
    8265 
    8266 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    8267 
    8268 649 atoms, 660 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    8269 
    8270 > show sel atoms
    8271 
    8272 > hide sel atoms
    8273 
    8274 > save
    8275 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/Human_Fly_Superposition_Foldseek_StructuralAnalysis.cxs
    8276 
    8277 > select /A:1977
    8278 
    8279 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8280 
    8281 > select /A:1977-2003
    8282 
    8283 212 atoms, 214 bonds, 27 residues, 1 model selected 
    8284 
    8285 > color sel cornflower blue
    8286 
    8287 > select /A:1976
    8288 
    8289 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8290 
    8291 > select /A:1741-1976
    8292 
    8293 1886 atoms, 1914 bonds, 236 residues, 1 model selected 
    8294 
    8295 > hide sel cartoons
    8296 
    8297 > select /A:1740
    8298 
    8299 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8300 
    8301 > select /A:1291-1740
    8302 
    8303 3589 atoms, 3663 bonds, 450 residues, 1 model selected 
    8304 
    8305 > hide sel cartoons
    8306 
    8307 > select /A:1290
    8308 
    8309 11 atoms, 11 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8310 
    8311 > select /A:963-1290
    8312 
    8313 2634 atoms, 2702 bonds, 328 residues, 1 model selected 
    8314 
    8315 > hide sel cartoons
    8316 
    8317 > select /A:962
    8318 
    8319 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8320 
    8321 > select /A:541-962
    8322 
    8323 3403 atoms, 3476 bonds, 422 residues, 1 model selected 
    8324 
    8325 > hide sel cartoons
    8326 
    8327 > select /A:540
    8328 
    8329 6 atoms, 5 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8330 
    8331 > select /A:1-540
    8332 
    8333 4362 atoms, 4446 bonds, 540 residues, 1 model selected 
    8334 
    8335 > hide sel cartoons
    8336 
    8337 [Repeated 1 time(s)]
    8338 
    8339 > ui windowfill toggle
    8340 
    8341 [Repeated 1 time(s)]
    8342 
    8343 > select /A:2004
    8344 
    8345 11 atoms, 11 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8346 
    8347 > select /A:2004-2018
    8348 
    8349 125 atoms, 127 bonds, 15 residues, 1 model selected 
    8350 
    8351 > select /A:2239
    8352 
    8353 5 atoms, 4 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8354 
    8355 > select /A:2239-2300
    8356 
    8357 490 atoms, 496 bonds, 62 residues, 1 model selected 
    8358 
    8359 > hide sel cartoons
    8360 
    8361 > select /A:2056
    8362 
    8363 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8364 
    8365 > select /A:2056-2102
    8366 
    8367 377 atoms, 386 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    8368 
    8369 > color sel orange
    8370 
    8371 > save
    8372 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/Human_Fly_Superposition_Foldseek_StructuralAnalysis.cxs
    8373 
    8374 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    8375 
    8376 649 atoms, 660 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    8377 
    8378 > save
    8379 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/Human_Fly_Superposition_Foldseek_StructuralAnalysis.cxs
    8380 
    8381 ——— End of log from Fri Jul 25 15:41:25 2025 ———
    8382 
    8383 > view name session-start
    8384 
    8385 opened ChimeraX session 
    8386 
    8387 > ui windowfill toggle
    8388 
    8389 > select clear
    8390 
    8391 > ui mousemode right select
    8392 
    8393 Drag select of 269 residues 
    8394 
    8395 > cartoon style sel xsection oval modeHelix default
    8396 
    8397 > cartoon style (sel & coil) xsection oval
    8398 
    8399 > cartoon style sel xsection barbell modeHelix default
    8400 
    8401 > cartoon style sel xsection oval modeHelix default
    8402 
    8403 > ui windowfill toggle
    8404 
    8405 > select clear
    8406 
    8407 > select /A:2208
    8408 
    8409 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8410 
    8411 > select /A:2208-2209
    8412 
    8413 15 atoms, 15 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    8414 
    8415 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    8416 
    8417 649 atoms, 660 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    8418 
    8419 > select /A:2208-2209
    8420 
    8421 15 atoms, 15 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    8422 
    8423 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    8424 
    8425 649 atoms, 660 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    8426 
    8427 > ui windowfill toggle
    8428 
    8429 [Repeated 1 time(s)]
    8430 
    8431 > select /A:2229-2230
    8432 
    8433 13 atoms, 12 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    8434 
    8435 > select /A:2229-2233
    8436 
    8437 41 atoms, 40 bonds, 5 residues, 1 model selected 
    8438 
    8439 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    8440 
    8441 649 atoms, 660 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    8442 
    8443 > ui tool show H-Bonds
    8444 
    8445 > hbonds sel color #00ff00 dashes 4 restrict both select true reveal true log
    8446 > true
    8447    
    8448    
    8449     Finding intermodel H-bonds
    8450     Finding intramodel H-bonds
    8451     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    8452     Models used:
    8453         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    8454    
    8455     48 H-bonds
    8456     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    8457     /A LEU 2020 N    /A ILE 2060 O    no hydrogen  2.857  N/A
    8458     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O    no hydrogen  2.913  N/A
    8459     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O    no hydrogen  2.902  N/A
    8460     /A LEU 2040 N    /A MET 2027 O    no hydrogen  3.331  N/A
    8461     /A LEU 2041 N    /A THR 2085 O    no hydrogen  3.063  N/A
    8462     /A THR 2043 N    /A PRO 2083 O    no hydrogen  2.998  N/A
    8463     /A THR 2043 OG1  /A LEU 2041 O    no hydrogen  3.223  N/A
    8464     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    8465     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O    no hydrogen  3.044  N/A
    8466     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  2.815  N/A
    8467     /A LEU 2058 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  3.346  N/A
    8468     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O    no hydrogen  2.872  N/A
    8469     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O    no hydrogen  2.817  N/A
    8470     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O    no hydrogen  2.838  N/A
    8471     /A CYS 2062 SG   /A HIS 2076 O    no hydrogen  3.931  N/A
    8472     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O    no hydrogen  2.754  N/A
    8473     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O    no hydrogen  2.875  N/A
    8474     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1  no hydrogen  2.872  N/A
    8475     /A ALA 2068 N    /A ILE 2071 O    no hydrogen  3.122  N/A
    8476     /A ILE 2071 N    /A ALA 2068 O    no hydrogen  3.161  N/A
    8477     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 OE1  no hydrogen  1.981  N/A
    8478     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  2.698  N/A
    8479     /A HIS 2076 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  3.251  N/A
    8480     /A HIS 2076 NE2  /A GLU 2078 OE2  no hydrogen  3.168  N/A
    8481     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O    no hydrogen  2.744  N/A
    8482     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O    no hydrogen  3.044  N/A
    8483     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O    no hydrogen  2.752  N/A
    8484     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 OE1  no hydrogen  2.958  N/A
    8485     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O    no hydrogen  2.859  N/A
    8486     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O    no hydrogen  2.749  N/A
    8487     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    8488     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O    no hydrogen  2.787  N/A
    8489     /A PHE 2092 N    /A THR 2089 OG1  no hydrogen  3.214  N/A
    8490     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O    no hydrogen  3.032  N/A
    8491     /A SER 2094 N    /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.087  N/A
    8492     /A SER 2094 OG   /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.475  N/A
    8493     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 O    no hydrogen  2.857  N/A
    8494     /A THR 2095 N    /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.066  N/A
    8495     /A THR 2095 OG1  /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.063  N/A
    8496     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O    no hydrogen  2.946  N/A
    8497     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O    no hydrogen  2.944  N/A
    8498     /A LYS 2098 N    /A SER 2094 O    no hydrogen  3.125  N/A
    8499     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O    no hydrogen  3.004  N/A
    8500     /A CYS 2100 N    /A MET 2096 O    no hydrogen  3.088  N/A
    8501     /A CYS 2100 SG   /A MET 2096 O    no hydrogen  3.546  N/A
    8502     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O    no hydrogen  2.975  N/A
    8503     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O    no hydrogen  2.817  N/A
    8504     /A ARG 2187 N    /A ILE 2084 O    no hydrogen  2.957  N/A
    8505    
    8506 
    8507  
    8508 48 hydrogen bonds found 
    8509 
    8510 > ui windowfill toggle
    8511 
    8512 [Repeated 1 time(s)]
    8513 
    8514 > close #1.1
    8515 
    8516 > select /A:2244
    8517 
    8518 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8519 
    8520 > select /A:2244-2245
    8521 
    8522 18 atoms, 18 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    8523 
    8524 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    8525 
    8526 649 atoms, 660 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    8527 
    8528 > select /A:2180
    8529 
    8530 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8531 
    8532 > select /A:2180-2188
    8533 
    8534 72 atoms, 73 bonds, 9 residues, 1 model selected 
    8535 
    8536 > select /A:2020
    8537 
    8538 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8539 
    8540 > select /A:2020-2028
    8541 
    8542 73 atoms, 72 bonds, 9 residues, 1 model selected 
    8543 
    8544 > select /A:1977-1978
    8545 
    8546 17 atoms, 16 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    8547 
    8548 > select /A:1977-1980
    8549 
    8550 34 atoms, 34 bonds, 4 residues, 1 model selected 
    8551 
    8552 > select /A:1977
    8553 
    8554 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8555 
    8556 > select /A:1977-1994
    8557 
    8558 153 atoms, 155 bonds, 18 residues, 1 model selected 
    8559 
    8560 > select /A:1977
    8561 
    8562 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8563 
    8564 > select /A:1977-2003
    8565 
    8566 212 atoms, 214 bonds, 27 residues, 1 model selected 
    8567 
    8568 > ui windowfill toggle
    8569 
    8570 > select /A:2059
    8571 
    8572 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8573 
    8574 > select /A:2058
    8575 
    8576 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8577 
    8578 > color sel cyan
    8579 
    8580 > color sel black
    8581 
    8582 > color sel lime
    8583 
    8584 > select clear
    8585 
    8586 > select /A:2058
    8587 
    8588 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8589 
    8590 > color sel red
    8591 
    8592 > select clear
    8593 
    8594 > select /A:2081
    8595 
    8596 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8597 
    8598 > color sel red
    8599 
    8600 > select clear
    8601 
    8602 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/ZoomedOut.tif width 1280 height 491
    8603 > supersample 3
    8604 
    8605 Drag select of 67 atoms, 262 residues, 54 bonds 
    8606 
    8607 > show sel surfaces
    8608 
    8609 > transparency (#!1 & sel) 70
    8610 
    8611 > select clear
    8612 
    8613 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/ZoomedOutSurface.tif width 1280 height
    8614 > 491 supersample 3
    8615 
    8616 Drag select of fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES surface,
    8617 303175 of 2695328 triangles, 67 atoms, 262 residues, 54 bonds 
    8618 
    8619 > hide sel surfaces
    8620 
    8621 > ui windowfill toggle
    8622 
    8623 > select clear
    8624 
    8625 > ui windowfill toggle
    8626 
    8627 > select clear
    8628 
    8629 [Repeated 1 time(s)]
    8630 
    8631 > select /A:2081
    8632 
    8633 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8634 
    8635 > color (#!1 & sel) orange
    8636 
    8637 > select clear
    8638 
    8639 > ui windowfill toggle
    8640 
    8641 [Repeated 1 time(s)]
    8642 
    8643 > select /A:2058
    8644 
    8645 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8646 
    8647 > select /A:2057
    8648 
    8649 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8650 
    8651 > select add /A:2056
    8652 
    8653 18 atoms, 16 bonds, 2 residues, 2 models selected 
    8654 
    8655 > select add /A:2058
    8656 
    8657 26 atoms, 23 bonds, 3 residues, 2 models selected 
    8658 
    8659 > select add /A:2059
    8660 
    8661 37 atoms, 33 bonds, 4 residues, 2 models selected 
    8662 
    8663 > select add /A:2060
    8664 
    8665 45 atoms, 40 bonds, 5 residues, 2 models selected 
    8666 
    8667 > select add /A:2079
    8668 
    8669 53 atoms, 47 bonds, 6 residues, 2 models selected 
    8670 
    8671 > select add /A:2080
    8672 
    8673 61 atoms, 54 bonds, 7 residues, 2 models selected 
    8674 
    8675 > select add /A:2081
    8676 
    8677 68 atoms, 60 bonds, 8 residues, 2 models selected 
    8678 Drag select of 67 atoms, 262 residues, 54 bonds 
    8679 
    8680 > hide sel atoms
    8681 
    8682 > select /A:2081
    8683 
    8684 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8685 
    8686 > color (#!1 & sel) orange
    8687 
    8688 > color (#!1 & sel) red
    8689 
    8690 > select clear
    8691 
    8692 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/ZoomedOut.tif width 1280 height 491
    8693 > supersample 3
    8694 
    8695 Drag select of 262 residues 
    8696 
    8697 > show sel surfaces
    8698 
    8699 > select clear
    8700 
    8701 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/ZoomedOutSurface.tif width 1280 height
    8702 > 491 supersample 3
    8703 
    8704 Drag select of fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES surface,
    8705 301155 of 2695328 triangles, 262 residues 
    8706 
    8707 > hide sel surfaces
    8708 
    8709 > select clear
    8710 
    8711 > select /A:2081
    8712 
    8713 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8714 
    8715 > color (#!1 & sel) orange red
    8716 
    8717 > color (#!1 & sel) orange
    8718 
    8719 > select clear
    8720 
    8721 > select /A:2056
    8722 
    8723 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8724 
    8725 > select /A:2057
    8726 
    8727 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8728 
    8729 > select add /A:2056
    8730 
    8731 18 atoms, 16 bonds, 2 residues, 2 models selected 
    8732 
    8733 > select add /A:2058
    8734 
    8735 26 atoms, 23 bonds, 3 residues, 2 models selected 
    8736 
    8737 > select add /A:2059
    8738 
    8739 37 atoms, 33 bonds, 4 residues, 2 models selected 
    8740 
    8741 > select add /A:2060
    8742 
    8743 45 atoms, 40 bonds, 5 residues, 2 models selected 
    8744 
    8745 > select add /A:2079
    8746 
    8747 53 atoms, 47 bonds, 6 residues, 2 models selected 
    8748 
    8749 > select add /A:2080
    8750 
    8751 61 atoms, 54 bonds, 7 residues, 2 models selected 
    8752 
    8753 > select add /A:2081
    8754 
    8755 68 atoms, 60 bonds, 8 residues, 2 models selected 
    8756 
    8757 > select add /A:2082
    8758 
    8759 73 atoms, 64 bonds, 9 residues, 2 models selected 
    8760 
    8761 > select add /A:2083
    8762 
    8763 80 atoms, 71 bonds, 10 residues, 2 models selected 
    8764 
    8765 > select add /A:2020
    8766 
    8767 88 atoms, 78 bonds, 11 residues, 2 models selected 
    8768 
    8769 > select add /A:2021
    8770 
    8771 97 atoms, 86 bonds, 12 residues, 2 models selected 
    8772 
    8773 > select add /A:2022
    8774 
    8775 105 atoms, 93 bonds, 13 residues, 2 models selected 
    8776 
    8777 > select add /A:2023
    8778 
    8779 109 atoms, 96 bonds, 14 residues, 2 models selected 
    8780 
    8781 > select add /A:2042
    8782 
    8783 114 atoms, 100 bonds, 15 residues, 2 models selected 
    8784 
    8785 > select add /A:2041
    8786 
    8787 122 atoms, 107 bonds, 16 residues, 2 models selected 
    8788 
    8789 > select add /A:2084
    8790 
    8791 130 atoms, 114 bonds, 17 residues, 2 models selected 
    8792 
    8793 > select add /A:2085
    8794 
    8795 137 atoms, 120 bonds, 18 residues, 2 models selected 
    8796 
    8797 > select add /A:2024
    8798 
    8799 145 atoms, 127 bonds, 19 residues, 2 models selected 
    8800 
    8801 > select add /A:2025
    8802 
    8803 153 atoms, 134 bonds, 20 residues, 2 models selected 
    8804 
    8805 > select add /A:2026
    8806 
    8807 164 atoms, 144 bonds, 21 residues, 2 models selected 
    8808 
    8809 > ui windowfill toggle
    8810 
    8811 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    8812 
    8813 164 atoms, 161 bonds, 21 residues, 1 model selected 
    8814 
    8815 > ui tool show Clashes
    8816 
    8817 > clashes sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color
    8818 > #ff0000 reveal true log true
    8819    
    8820    
    8821     Allowed overlap: 0.6
    8822     H-bond overlap reduction: 0.4
    8823     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    8824     Detect intra-residue clashes: True
    8825     Detect intra-molecule clashes: True
    8826    
    8827     1 clashes
    8828          atom1           atom2       overlap  distance
    8829     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD   0.731    2.789
    8830    
    8831 
    8832  
    8833 1 clashes 
    8834 
    8835 > hide #1.1 models
    8836 
    8837 > hide #1.2 models
    8838 
    8839 > show #1.2 models
    8840 
    8841 > select add #1.2
    8842 
    8843 164 atoms, 161 bonds, 1 pseudobond, 21 residues, 3 models selected 
    8844 
    8845 > select subtract #1.2
    8846 
    8847 164 atoms, 161 bonds, 21 residues, 2 models selected 
    8848 
    8849 > show #1.1 models
    8850 
    8851 > select subtract #1.1
    8852 
    8853 1 model selected 
    8854 
    8855 > select add #1.1
    8856 
    8857 18467 atoms, 2300 residues, 1 model selected 
    8858 
    8859 > select subtract #1.1
    8860 
    8861 1 model selected 
    8862 
    8863 > hide #1.2 models
    8864 
    8865 > show #1.2 models
    8866 
    8867 > hide #1.2 models
    8868 
    8869 > show #1.2 models
    8870 
    8871 > close #1.1-2
    8872 
    8873 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    8874 
    8875 164 atoms, 161 bonds, 21 residues, 1 model selected 
    8876 
    8877 > select subtract /A:2021
    8878 
    8879 155 atoms, 151 bonds, 20 residues, 1 model selected 
    8880 
    8881 > select subtract /A:2022
    8882 
    8883 147 atoms, 143 bonds, 19 residues, 1 model selected 
    8884 
    8885 > select /A:2058
    8886 
    8887 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8888 
    8889 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    8890 
    8891 164 atoms, 161 bonds, 21 residues, 1 model selected 
    8892 
    8893 > select /A:2058
    8894 
    8895 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8896 
    8897 > ui tool show Clashes
    8898 
    8899 > clashes sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color
    8900 > #ff0000 reveal true log true
    8901    
    8902    
    8903     Allowed overlap: 0.6
    8904     H-bond overlap reduction: 0.4
    8905     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    8906     Detect intra-residue clashes: True
    8907     Detect intra-molecule clashes: True
    8908    
    8909     0 clashes
    8910     atom1  atom2  overlap  distance
    8911    
    8912 
    8913  
    8914 No clashes 
    8915 
    8916 > ui tool show Contacts
    8917 
    8918 > contacts sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    8919 > color #ffffff dashes 4 reveal true log true
    8920    
    8921    
    8922     Allowed overlap: -0.4
    8923     H-bond overlap reduction: 0.4
    8924     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    8925     Detect intra-residue contacts: True
    8926     Detect intra-molecule contacts: True
    8927    
    8928     0 contacts
    8929     atom1  atom2  overlap  distance
    8930    
    8931 
    8932  
    8933 No contacts 
    8934 
    8935 > select /A:2058
    8936 
    8937 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8938 
    8939 > ui tool show Contacts
    8940 
    8941 > contacts sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    8942 > color #ffffff dashes 4 reveal true log true
    8943    
    8944    
    8945     Allowed overlap: -0.4
    8946     H-bond overlap reduction: 0.4
    8947     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    8948     Detect intra-residue contacts: True
    8949     Detect intra-molecule contacts: True
    8950    
    8951     0 contacts
    8952     atom1  atom2  overlap  distance
    8953    
    8954 
    8955  
    8956 No contacts 
    8957 
    8958 > select clear
    8959 
    8960 > select /A:2058
    8961 
    8962 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8963 
    8964 > ui tool show H-Bonds
    8965 
    8966 > hbonds sel color #00ff00 dashes 4 restrict both select true reveal true log
    8967 > true
    8968    
    8969    
    8970     Finding intermodel H-bonds
    8971     Finding intramodel H-bonds
    8972     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    8973     Models used:
    8974         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    8975    
    8976     0 H-bonds
    8977     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    8978    
    8979 
    8980  
    8981 0 hydrogen bonds found 
    8982 
    8983 > select /A:2057
    8984 
    8985 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    8986 
    8987 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    8988 
    8989 164 atoms, 161 bonds, 21 residues, 1 model selected 
    8990 
    8991 > select /A:2057-2058
    8992 
    8993 15 atoms, 14 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    8994 
    8995 > ui tool show Clashes
    8996 
    8997 > clashes sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color
    8998 > #ff0000 reveal true log true
    8999    
    9000    
    9001     Allowed overlap: 0.6
    9002     H-bond overlap reduction: 0.4
    9003     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    9004     Detect intra-residue clashes: True
    9005     Detect intra-molecule clashes: True
    9006    
    9007     0 clashes
    9008     atom1  atom2  overlap  distance
    9009    
    9010 
    9011  
    9012 No clashes 
    9013 
    9014 > ui tool show Contacts
    9015 
    9016 > contacts sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    9017 > color #ffffff dashes 4 reveal true log true
    9018    
    9019    
    9020     Allowed overlap: -0.4
    9021     H-bond overlap reduction: 0.4
    9022     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    9023     Detect intra-residue contacts: True
    9024     Detect intra-molecule contacts: True
    9025    
    9026     0 contacts
    9027     atom1  atom2  overlap  distance
    9028    
    9029 
    9030  
    9031 No contacts 
    9032 
    9033 > select /A:2057
    9034 
    9035 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    9036 
    9037 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    9038 
    9039 164 atoms, 161 bonds, 21 residues, 1 model selected 
    9040 
    9041 > select /A:2057-2058
    9042 
    9043 15 atoms, 14 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    9044 
    9045 > ui tool show H-Bonds
    9046 
    9047 > hbonds sel color #00ff00 dashes 4 restrict both select true reveal true log
    9048 > true
    9049    
    9050    
    9051     Finding intermodel H-bonds
    9052     Finding intramodel H-bonds
    9053     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    9054     Models used:
    9055         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    9056    
    9057     0 H-bonds
    9058     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    9059    
    9060 
    9061  
    9062 0 hydrogen bonds found 
    9063 
    9064 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    9065 
    9066 164 atoms, 161 bonds, 21 residues, 1 model selected 
    9067 
    9068 > select subtract /A:2056
    9069 
    9070 153 atoms, 150 bonds, 20 residues, 1 model selected 
    9071 
    9072 > ui tool show Clashes
    9073 
    9074 > clashes sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color
    9075 > #ff0000 reveal true log true
    9076    
    9077    
    9078     Allowed overlap: 0.6
    9079     H-bond overlap reduction: 0.4
    9080     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    9081     Detect intra-residue clashes: True
    9082     Detect intra-molecule clashes: True
    9083    
    9084     0 clashes
    9085     atom1  atom2  overlap  distance
    9086    
    9087 
    9088  
    9089 No clashes 
    9090 
    9091 > ui tool show Contacts
    9092 
    9093 > contacts sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    9094 > color #ffffff dashes 4 reveal true log true
    9095    
    9096    
    9097     Allowed overlap: -0.4
    9098     H-bond overlap reduction: 0.4
    9099     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    9100     Detect intra-residue contacts: True
    9101     Detect intra-molecule contacts: True
    9102    
    9103     51 contacts
    9104          atom1            atom2       overlap  distance
    9105     /A GLY 2023 O    /A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    9106     /A ARG 2026 CG   /A LEU 2041 CD2   0.424    3.336
    9107     /A ALA 2082 O    /A ILE 2084 CG2   0.252    3.048
    9108     /A VAL 2057 CG1  /A ILE 2025 CG2   0.239    3.521
    9109     /A ARG 2026 CD   /A LEU 2041 CD2   0.105    3.655
    9110     /A VAL 2081 CG2  /A LEU 2058 CD1   0.082    3.678
    9111     /A ARG 2059 CA   /A LEU 2020 O     0.034    3.266
    9112     /A LEU 2058 CD1  /A ARG 2059 N     0.020    3.500
    9113     /A ILE 2084 CA   /A LEU 2041 O     0.016    3.284
    9114     /A ASN 2024 CA   /A VAL 2057 CG2   -0.009    3.769
    9115     /A ILE 2025 CB   /A LEU 2022 CD2   -0.043    3.803
    9116     /A VAL 2081 CG2  /A ILE 2079 CG2   -0.044    3.804
    9117     /A GLU 2021 N    /A LEU 2020 CD2   -0.059    3.579
    9118     /A ALA 2082 CB   /A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    9119     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O     -0.089    2.749
    9120     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    9121     /A ALA 2082 O    /A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    9122     /A LEU 2058 CD1  /A ASN 2080 O     -0.101    3.401
    9123     /A ILE 2079 CG2  /A LEU 2058 CD1   -0.148    3.908
    9124     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    9125     /A VAL 2081 CA   /A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    9126     /A PRO 2083 O    /A ILE 2084 CG2   -0.157    3.457
    9127     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O     -0.157    2.817
    9128     /A LEU 2058 O    /A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    9129     /A ASN 2080 O    /A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    9130     /A ILE 2060 O    /A LEU 2020 N     -0.197    2.857
    9131     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    9132     /A ALA 2042 CB   /A VAL 2057 CG2   -0.199    3.959
    9133     /A LEU 2041 CD2  /A ARG 2026 CB    -0.205    3.965
    9134     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    9135     /A GLU 2021 CG   /A LEU 2020 O     -0.213    3.513
    9136     /A LEU 2058 CD2  /A ILE 2060 CD1   -0.214    3.974
    9137     /A ILE 2025 N    /A ASN 2024 OD1   -0.218    2.878
    9138     /A LEU 2020 CD2  /A LEU 2020 O     -0.220    3.520
    9139     /A ILE 2084 CB   /A LEU 2041 O     -0.237    3.537
    9140     /A VAL 2057 CB   /A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    9141     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    9142     /A ILE 2084 CG2  /A VAL 2081 CG1   -0.257    4.017
    9143     /A ILE 2079 CA   /A ARG 2059 O     -0.274    3.574
    9144     /A ASN 2024 O    /A LEU 2022 CG    -0.276    3.576
    9145     /A VAL 2057 CG2  /A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    9146     /A ASN 2080 CA   /A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    9147     /A LEU 2058 CB   /A LEU 2022 CB    -0.311    4.071
    9148     /A LEU 2058 CG   /A ILE 2060 CG1   -0.329    4.089
    9149     /A ILE 2060 CG1  /A LEU 2058 CD1   -0.330    4.090
    9150     /A VAL 2057 O    /A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    9151     /A VAL 2081 CG2  /A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    9152     /A ARG 2059 CB   /A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    9153     /A ARG 2026 NE   /A LEU 2041 CD2   -0.393    3.913
    9154     /A ILE 2025 CD1  /A LEU 2022 CD2   -0.397    4.157
    9155     /A ASN 2080 CB   /A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    9156    
    9157 
    9158  
    9159 51 contacts 
    9160 
    9161 > hide sel cartoons
    9162 
    9163 > select clear
    9164 
    9165 > ui windowfill toggle
    9166 
    9167 > select clear
    9168 
    9169 > ui mousemode right translate
    9170 
    9171 > ui windowfill toggle
    9172 
    9173 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    9174 
    9175 164 atoms, 161 bonds, 51 pseudobonds, 21 residues, 2 models selected 
    9176 
    9177 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    9178 
    9179 164 atoms, 161 bonds, 51 pseudobonds, 21 residues, 2 models selected 
    9180 
    9181 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    9182 
    9183 164 atoms, 161 bonds, 51 pseudobonds, 21 residues, 2 models selected 
    9184 
    9185 > select subtract /A:2056
    9186 
    9187 153 atoms, 150 bonds, 51 pseudobonds, 20 residues, 2 models selected 
    9188 
    9189 > style sel ball
    9190 
    9191 Changed 153 atom styles 
    9192 
    9193 > style sel stick
    9194 
    9195 Changed 153 atom styles 
    9196 
    9197 > ui windowfill toggle
    9198 
    9199 > select clear
    9200 
    9201 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/l2058_con.tif width 1280 height 491
    9202 > supersample 3
    9203 
    9204 > ui windowfill toggle
    9205 
    9206 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    9207 
    9208 164 atoms, 161 bonds, 51 pseudobonds, 21 residues, 2 models selected 
    9209 
    9210 > select subtract /A:2056
    9211 
    9212 153 atoms, 150 bonds, 51 pseudobonds, 20 residues, 2 models selected 
    9213 
    9214 > hide #1.3 models
    9215 
    9216 > hide #1.2 models
    9217 
    9218 > show #1.3 models
    9219 
    9220 > hide #1.3 models
    9221 
    9222 > close #1.3
    9223 
    9224 > hide #1.1 models
    9225 
    9226 > ui tool show H-Bonds
    9227 
    9228 > hbonds sel color #00ff00 dashes 4 restrict both select true reveal true log
    9229 > true
    9230    
    9231    
    9232     Finding intermodel H-bonds
    9233     Finding intramodel H-bonds
    9234     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    9235     Models used:
    9236         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    9237    
    9238     10 H-bonds
    9239     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    9240     /A LEU 2020 N  /A ILE 2060 O  no hydrogen  2.857  N/A
    9241     /A LEU 2022 N  /A LEU 2058 O  no hydrogen  2.913  N/A
    9242     /A LEU 2041 N  /A THR 2085 O  no hydrogen  3.063  N/A
    9243     /A VAL 2057 N  /A LEU 2022 O  no hydrogen  2.815  N/A
    9244     /A LEU 2058 N  /A LEU 2022 O  no hydrogen  3.346  N/A
    9245     /A ARG 2059 N  /A ASN 2080 O  no hydrogen  2.872  N/A
    9246     /A ILE 2060 N  /A LEU 2020 O  no hydrogen  2.817  N/A
    9247     /A ASN 2080 N  /A ARG 2059 O  no hydrogen  2.752  N/A
    9248     /A ALA 2082 N  /A VAL 2057 O  no hydrogen  2.859  N/A
    9249     /A THR 2085 N  /A LEU 2041 O  no hydrogen  2.749  N/A
    9250    
    9251 
    9252  
    9253 10 hydrogen bonds found 
    9254 
    9255 > ui windowfill toggle
    9256 
    9257 > select clear
    9258 
    9259 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/l2058_hb.tif width 1280 height 491
    9260 > supersample 3
    9261 
    9262 > ui windowfill toggle
    9263 
    9264 > hide #1.3 models
    9265 
    9266 > ui windowfill toggle
    9267 
    9268 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/l2058_cla.tif width 1280 height 491
    9269 > supersample 3
    9270 
    9271 > ui windowfill toggle
    9272 
    9273 > swapaa /A: 2058 pro
    9274 
    9275 Using Dunbrack library 
    9276 /A LEU 2058: phi -137.9, psi 132.6 trans 
    9277 Applying PRO rotamer (chi angles: -25.1 36.3) to /A PRO 2058 
    9278 
    9279 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    9280 
    9281 163 atoms, 161 bonds, 53 pseudobonds, 21 residues, 3 models selected 
    9282 
    9283 > select subtract /A:2056
    9284 
    9285 152 atoms, 150 bonds, 53 pseudobonds, 20 residues, 3 models selected 
    9286 
    9287 > ui windowfill toggle
    9288 
    9289 > ui tool show Clashes
    9290 
    9291 > clashes sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color
    9292 > #ff0000 reveal true log true
    9293    
    9294    
    9295     Allowed overlap: 0.6
    9296     H-bond overlap reduction: 0.4
    9297     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    9298     Detect intra-residue clashes: True
    9299     Detect intra-molecule clashes: True
    9300    
    9301     1 clashes
    9302         atom1            atom2       overlap  distance
    9303     /A PRO 2058 CD  /A VAL 2057 CG1   0.963    2.797
    9304    
    9305 
    9306  
    9307 1 clashes 
    9308 
    9309 > ui windowfill toggle
    9310 
    9311 > show #1.1 models
    9312 
    9313 > hide #1.1 models
    9314 
    9315 > show #1.1 models
    9316 
    9317 > select subtract #1.2
    9318 
    9319 152 atoms, 150 bonds, 10 pseudobonds, 20 residues, 2 models selected 
    9320 
    9321 > select subtract #1.3
    9322 
    9323 152 atoms, 150 bonds, 20 residues, 1 model selected 
    9324 
    9325 > close #1.2-3
    9326 
    9327 > ui windowfill toggle
    9328 
    9329 > ui tool show Clashes
    9330 
    9331 > color bfactor sel
    9332 
    9333 152 atoms, 20 residues, atom bfactor range 49.1 to 89.1 
    9334 
    9335 > undo
    9336 
    9337 > ui tool show Clashes
    9338 
    9339 > ui windowfill toggle
    9340 
    9341 > close #1.1
    9342 
    9343 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    9344 
    9345 152 atoms, 150 bonds, 20 residues, 1 model selected 
    9346 
    9347 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    9348 
    9349 163 atoms, 161 bonds, 21 residues, 1 model selected 
    9350 
    9351 > select /A:2057-2058
    9352 
    9353 14 atoms, 14 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    9354 
    9355 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    9356 
    9357 152 atoms, 150 bonds, 20 residues, 1 model selected 
    9358 
    9359 > ui tool show "Add Hydrogens"
    9360 
    9361 > addh
    9362 
    9363 Summary of feedback from adding hydrogens to
    9364 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1 
    9365 --- 
    9366 notes | Termini for fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif (#1) chain A determined from SEQRES records 
    9367 Chain-initial residues that are actual N termini: /A MET 1 
    9368 Chain-initial residues that are not actual N termini: 
    9369 Chain-final residues that are actual C termini: /A ASP 2300 
    9370 Chain-final residues that are not actual C termini: 
    9371 1901 hydrogen bonds 
    9372 18569 hydrogens added 
    9373  
    9374 
    9375 > ui windowfill toggle
    9376 
    9377 > ui tool show "Color Actions"
    9378 
    9379 > ui windowfill toggle
    9380 
    9381 > ui tool show Clashes
    9382 
    9383 > clashes sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color
    9384 > #ff0000 reveal true log true
    9385    
    9386    
    9387     Allowed overlap: 0.6
    9388     H-bond overlap reduction: 0.4
    9389     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    9390     Detect intra-residue clashes: True
    9391     Detect intra-molecule clashes: True
    9392    
    9393     1 clashes
    9394         atom1            atom2       overlap  distance
    9395     /A PRO 2058 CD  /A VAL 2057 CG1   0.603    2.797
    9396    
    9397 
    9398  
    9399 1 clashes 
    9400 
    9401 > ui windowfill toggle
    9402 
    9403 [Repeated 1 time(s)]
    9404 
    9405 > color bfactor sel
    9406 
    9407 152 atoms, 20 residues, atom bfactor range 49.1 to 89.1 
    9408 
    9409 > undo
    9410 
    9411 > style sel ball
    9412 
    9413 Changed 152 atom styles 
    9414 
    9415 > ui windowfill toggle
    9416 
    9417 [Repeated 1 time(s)]
    9418 
    9419 > close #1.1
    9420 
    9421 > ui tool show Contacts
    9422 
    9423 > contacts sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    9424 > color #ffffff dashes 4 reveal true log true
    9425    
    9426    
    9427     Allowed overlap: -0.4
    9428     H-bond overlap reduction: 0.4
    9429     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    9430     Detect intra-residue contacts: True
    9431     Detect intra-molecule contacts: True
    9432    
    9433     30 contacts
    9434          atom1            atom2       overlap  distance
    9435     /A VAL 2057 CG1  /A PRO 2058 CD    0.603    2.797
    9436     /A VAL 2057 CG2  /A GLY 2023 O     0.249    2.871
    9437     /A ILE 2084 CG2  /A ALA 2082 O     0.072    3.048
    9438     /A LEU 2041 CD2  /A ARG 2026 CG    0.064    3.336
    9439     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O     -0.104    2.749
    9440     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O     -0.107    2.752
    9441     /A PRO 2058 CG   /A VAL 2057 CG1   -0.112    3.512
    9442     /A VAL 2057 CG1  /A ILE 2025 CG2   -0.121    3.521
    9443     /A ARG 2059 CA   /A LEU 2020 O     -0.146    3.266
    9444     /A ILE 2084 CA   /A LEU 2041 O     -0.164    3.284
    9445     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O     -0.170    2.815
    9446     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O     -0.172    2.817
    9447     /A ILE 2060 O    /A LEU 2020 N     -0.212    2.857
    9448     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O     -0.214    2.859
    9449     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O     -0.227    2.872
    9450     /A ILE 2025 N    /A ASN 2024 OD1   -0.233    2.878
    9451     /A GLU 2021 N    /A LEU 2020 CD2   -0.254    3.579
    9452     /A ARG 2026 CD   /A LEU 2041 CD2   -0.255    3.655
    9453     /A LEU 2022 N    /A PRO 2058 O     -0.268    2.913
    9454     /A ALA 2082 O    /A VAL 2081 CG1   -0.274    3.394
    9455     /A PRO 2058 CD   /A LEU 2022 O     -0.283    3.403
    9456     /A PRO 2058 N    /A LEU 2022 O     -0.286    3.346
    9457     /A VAL 2081 CA   /A VAL 2057 O     -0.336    3.456
    9458     /A PRO 2083 O    /A ILE 2084 CG2   -0.337    3.457
    9459     /A PRO 2058 O    /A GLU 2021 CA    -0.342    3.462
    9460     /A ASN 2080 O    /A PRO 2058 CA    -0.344    3.464
    9461     /A PRO 2058 CG   /A VAL 2057 CB    -0.369    3.769
    9462     /A ASN 2024 CA   /A VAL 2057 CG2   -0.369    3.769
    9463     /A LEU 2022 CB   /A PRO 2058 CD    -0.391    3.791
    9464     /A GLU 2021 CG   /A LEU 2020 O     -0.393    3.513
    9465    
    9466 
    9467  
    9468 30 contacts 
    9469 
    9470 > ui windowfill toggle
    9471 
    9472 [Repeated 1 time(s)]
    9473 
    9474 > style sel stick
    9475 
    9476 Changed 43 atom styles 
    9477 
    9478 > ui windowfill toggle
    9479 
    9480 [Repeated 1 time(s)]
    9481 
    9482 > select /A:2085
    9483 
    9484 14 atoms, 13 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    9485 
    9486 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    9487 
    9488 325 atoms, 323 bonds, 30 pseudobonds, 20 residues, 2 models selected 
    9489 
    9490 > select /A:2079-2085
    9491 
    9492 106 atoms, 106 bonds, 3 pseudobonds, 7 residues, 2 models selected 
    9493 
    9494 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    9495 
    9496 325 atoms, 323 bonds, 30 pseudobonds, 20 residues, 2 models selected 
    9497 
    9498 > style sel stick
    9499 
    9500 Changed 325 atom styles 
    9501 
    9502 > ui windowfill toggle
    9503 
    9504 [Repeated 1 time(s)]
    9505 
    9506 > close #1.1
    9507 
    9508 > ui windowfill toggle
    9509 
    9510 > ui tool show Contacts
    9511 
    9512 > contacts sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    9513 > color #ffffff dashes 4 reveal true log true
    9514    
    9515    
    9516     Allowed overlap: -0.4
    9517     H-bond overlap reduction: 0.4
    9518     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    9519     Detect intra-residue contacts: True
    9520     Detect intra-molecule contacts: True
    9521    
    9522     130 contacts
    9523          atom1             atom2        overlap  distance
    9524     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 CB     1.082    1.618
    9525     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 CG1    0.984    1.716
    9526     /A VAL 2057 HB    /A PRO 2058 CD     0.618    2.082
    9527     /A VAL 2057 CG1   /A PRO 2058 CD     0.603    2.797
    9528     /A VAL 2057 HB    /A PRO 2058 HD2    0.482    1.518
    9529     /A ILE 2084 HG22  /A ALA 2082 O      0.435    1.985
    9530     /A ASN 2024 HA    /A VAL 2057 HG23   0.336    1.664
    9531     /A ILE 2025 HG21  /A VAL 2057 HG12   0.327    1.673
    9532     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 CD2    0.297    2.403
    9533     /A ARG 2059 O     /A ASN 2080 H      0.258    1.762
    9534     /A VAL 2057 CG2   /A GLY 2023 O      0.249    2.871
    9535     /A LEU 2041 O     /A THR 2085 H      0.230    1.790
    9536     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 HG13   0.201    1.799
    9537     /A LEU 2020 O     /A ILE 2060 H      0.195    1.825
    9538     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 HG12   0.194    1.806
    9539     /A VAL 2057 HG12  /A ILE 2025 CG2    0.191    2.509
    9540     /A LEU 2020 H     /A ILE 2060 O      0.170    1.850
    9541     /A VAL 2057 O     /A ALA 2082 H      0.168    1.852
    9542     /A VAL 2057 HG13  /A VAL 2057 O      0.156    2.264
    9543     /A ILE 2084 HD11  /A ILE 2084 HG21   0.156    1.844
    9544     /A ARG 2059 H     /A ASN 2080 O      0.148    1.872
    9545     /A ARG 2059 HA    /A LEU 2020 O      0.122    2.298
    9546     /A VAL 2081 HG11  /A ALA 2082 O      0.113    2.307
    9547     /A LEU 2020 HD21  /A LEU 2020 C      0.098    2.512
    9548     /A ILE 2084 HG13  /A ILE 2084 O      0.085    2.335
    9549     /A ILE 2025 HG21  /A VAL 2057 CG1    0.083    2.617
    9550     /A ILE 2084 CG2   /A ALA 2082 O      0.072    3.048
    9551     /A LEU 2041 CD2   /A ARG 2026 CG     0.064    3.336
    9552     /A LEU 2022 HD21  /A PRO 2058 HG3    0.053    1.947
    9553     /A ARG 2059 HH11  /A ARG 2059 HD2    0.047    1.953
    9554     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 HD3    0.025    1.975
    9555     /A LEU 2022 H     /A PRO 2058 O      0.018    2.002
    9556     /A VAL 2057 HB    /A PRO 2058 HD3    0.015    1.985
    9557     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 HD23   0.013    1.987
    9558     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 HD22   0.013    1.987
    9559     /A ARG 2059 HB3   /A ASN 2080 HB3    -0.009    2.009
    9560     /A VAL 2057 HG13  /A PRO 2058 CD     -0.013    2.713
    9561     /A VAL 2057 HG12  /A PRO 2058 CD     -0.013    2.713
    9562     /A ASN 2024 HA    /A VAL 2057 CG2    -0.023    2.723
    9563     /A ILE 2025 HB    /A LEU 2022 CD2    -0.023    2.723
    9564     /A ILE 2079 HD13  /A ILE 2079 HG21   -0.029    2.029
    9565     /A ILE 2025 HD13  /A ILE 2025 HG23   -0.032    2.032
    9566     /A ASN 2024 CA    /A VAL 2057 HG23   -0.037    2.737
    9567     /A VAL 2057 H     /A LEU 2022 O      -0.039    2.059
    9568     /A VAL 2057 HG23  /A GLY 2023 O      -0.045    2.465
    9569     /A VAL 2057 HG22  /A GLY 2023 O      -0.046    2.466
    9570     /A LEU 2022 HD22  /A ILE 2025 HB     -0.047    2.047
    9571     /A ILE 2060 HD13  /A ILE 2060 HG21   -0.076    2.076
    9572     /A LEU 2041 H     /A THR 2085 O      -0.080    2.100
    9573     /A VAL 2057 HA    /A ALA 2082 CB     -0.091    2.791
    9574     /A GLU 2021 HA    /A PRO 2058 O      -0.095    2.515
    9575     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 CD     -0.097    2.797
    9576     /A GLU 2021 N     /A LEU 2020 HD21   -0.097    2.722
    9577     /A ILE 2060 HB    /A LEU 2020 HB3    -0.100    2.100
    9578     /A THR 2085 N     /A LEU 2041 O      -0.104    2.749
    9579     /A VAL 2081 HA    /A VAL 2057 O      -0.105    2.525
    9580     /A PRO 2058 HA    /A ASN 2080 O      -0.106    2.526
    9581     /A ILE 2084 HA    /A LEU 2041 O      -0.106    2.526
    9582     /A ASN 2080 N     /A ARG 2059 O      -0.107    2.752
    9583     /A PRO 2058 CG    /A VAL 2057 CG1    -0.112    3.512
    9584     /A VAL 2057 CB    /A PRO 2058 HD3    -0.115    2.815
    9585     /A ILE 2025 HG22  /A ILE 2025 O      -0.117    2.537
    9586     /A VAL 2057 CG1   /A ILE 2025 CG2    -0.121    3.521
    9587     /A ALA 2082 HB1   /A PRO 2083 CD     -0.122    2.822
    9588     /A LEU 2022 HD21  /A PRO 2058 CG     -0.135    2.835
    9589     /A LEU 2041 HD22  /A ARG 2026 CG     -0.139    2.839
    9590     /A PRO 2083 HD2   /A ALA 2082 HA     -0.144    2.144
    9591     /A LEU 2022 CB    /A PRO 2058 HD3    -0.144    2.844
    9592     /A ARG 2059 CA    /A LEU 2020 O      -0.146    3.266
    9593     /A ALA 2082 HB2   /A VAL 2057 HA     -0.156    2.156
    9594     /A ILE 2079 HG23  /A VAL 2081 HG21   -0.159    2.159
    9595     /A VAL 2081 HG11  /A ALA 2082 N      -0.163    2.788
    9596     /A ILE 2084 CA    /A LEU 2041 O      -0.164    3.284
    9597     /A LEU 2041 HD23  /A ARG 2026 CG     -0.169    2.869
    9598     /A VAL 2057 N     /A LEU 2022 O      -0.170    2.815
    9599     /A ILE 2060 N     /A LEU 2020 O      -0.172    2.817
    9600     /A LEU 2022 HD11  /A LEU 2022 HA     -0.175    2.175
    9601     /A PRO 2083 C     /A ILE 2084 HG22   -0.176    2.786
    9602     /A ASN 2024 OD1   /A ILE 2025 H      -0.178    2.198
    9603     /A ILE 2079 HG23  /A VAL 2081 CG2    -0.180    2.880
    9604     /A ILE 2079 HG22  /A ILE 2060 HG12   -0.190    2.190
    9605     /A LEU 2041 HA    /A LEU 2041 HD22   -0.205    2.205
    9606     /A ILE 2060 O     /A LEU 2020 N      -0.212    2.857
    9607     /A ALA 2082 N     /A VAL 2057 O      -0.214    2.859
    9608     /A ARG 2059 N     /A ASN 2080 O      -0.227    2.872
    9609     /A ILE 2025 N     /A ASN 2024 OD1    -0.233    2.878
    9610     /A PRO 2083 HD3   /A ALA 2082 HB1    -0.251    2.251
    9611     /A ILE 2079 HA    /A ARG 2059 O      -0.253    2.673
    9612     /A GLU 2021 N     /A LEU 2020 CD2    -0.254    3.579
    9613     /A ARG 2026 CD    /A LEU 2041 CD2    -0.255    3.655
    9614     /A ARG 2059 HG3   /A GLU 2021 HG2    -0.264    2.264
    9615     /A LEU 2022 N     /A PRO 2058 O      -0.268    2.913
    9616     /A ILE 2025 H     /A ASN 2024 CG     -0.272    2.882
    9617     /A ALA 2082 O     /A VAL 2081 CG1    -0.274    3.394
    9618     /A PRO 2058 HD3   /A LEU 2022 O      -0.277    2.697
    9619     /A ARG 2026 HH11  /A ARG 2026 HD3    -0.280    2.280
    9620     /A PRO 2058 CD    /A LEU 2022 O      -0.283    3.403
    9621     /A PRO 2058 N     /A LEU 2022 O      -0.286    3.346
    9622     /A GLU 2021 HG3   /A LEU 2020 C      -0.291    2.901
    9623     /A PRO 2058 HG3   /A LEU 2022 CD2    -0.297    2.997
    9624     /A ALA 2082 H     /A VAL 2057 C      -0.307    2.917
    9625     /A LEU 2020 O     /A LEU 2020 HD21   -0.308    2.728
    9626     /A ARG 2026 CD    /A LEU 2041 HD23   -0.316    3.016
    9627     /A VAL 2081 HG21  /A ASN 2080 C      -0.327    2.937
    9628     /A VAL 2081 CA    /A VAL 2057 O      -0.336    3.456
    9629     /A PRO 2083 O     /A ILE 2084 CG2    -0.337    3.457
    9630     /A PRO 2058 O     /A GLU 2021 CA     -0.342    3.462
    9631     /A ARG 2026 NE    /A LEU 2041 HD23   -0.343    2.968
    9632     /A ASN 2080 O     /A PRO 2058 CA     -0.344    3.464
    9633     /A ILE 2060 H     /A LEU 2020 C      -0.344    2.954
    9634     /A ILE 2025 HG13  /A ARG 2026 N      -0.346    2.971
    9635     /A VAL 2057 HG21  /A ALA 2042 CB     -0.353    3.053
    9636     /A PRO 2058 HB2   /A LEU 2022 HB3    -0.354    2.354
    9637     /A LEU 2022 HD21  /A PRO 2058 CD     -0.357    3.057
    9638     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 CB     -0.361    3.061
    9639     /A ASN 2080 H     /A ARG 2059 C      -0.361    2.971
    9640     /A ASN 2080 HB3   /A ARG 2059 CB     -0.365    3.065
    9641     /A ILE 2060 HG22  /A ILE 2079 HG13   -0.365    2.365
    9642     /A LEU 2022 HD22  /A ILE 2025 CB     -0.366    3.066
    9643     /A LEU 2022 HG    /A GLY 2023 N      -0.366    2.991
    9644     /A PRO 2058 CG    /A VAL 2057 CB     -0.369    3.769
    9645     /A ASN 2024 CA    /A VAL 2057 CG2    -0.369    3.769
    9646     /A THR 2085 H     /A LEU 2041 C      -0.373    2.983
    9647     /A ARG 2059 HB3   /A ASN 2080 CB     -0.377    3.077
    9648     /A ILE 2084 HG12  /A ILE 2084 H      -0.390    2.390
    9649     /A LEU 2022 CB    /A PRO 2058 CD     -0.391    3.791
    9650     /A THR 2085 HB    /A LEU 2041 HB2    -0.392    2.392
    9651     /A PRO 2058 HG2   /A VAL 2057 O      -0.393    2.813
    9652     /A GLU 2021 CG    /A LEU 2020 O      -0.393    3.513
    9653     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 CG     -0.400    3.100
    9654    
    9655 
    9656  
    9657 130 contacts 
    9658 
    9659 > ui windowfill toggle
    9660 
    9661 [Repeated 1 time(s)]
    9662 
    9663 > ui tool show Clashes
    9664 
    9665 > clashes sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color
    9666 > #ff0000 reveal true log true
    9667    
    9668    
    9669     Allowed overlap: 0.6
    9670     H-bond overlap reduction: 0.4
    9671     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    9672     Detect intra-residue clashes: True
    9673     Detect intra-molecule clashes: True
    9674    
    9675     4 clashes
    9676          atom1            atom2       overlap  distance
    9677     /A PRO 2058 HD2  /A VAL 2057 CB    1.082    1.618
    9678     /A VAL 2057 CG1  /A PRO 2058 HD2   0.984    1.716
    9679     /A VAL 2057 HB   /A PRO 2058 CD    0.618    2.082
    9680     /A PRO 2058 CD   /A VAL 2057 CG1   0.603    2.797
    9681    
    9682 
    9683  
    9684 4 clashes 
    9685 
    9686 > ui windowfill toggle
    9687 
    9688 [Repeated 2 time(s)]
    9689 
    9690 > hide #1.1 models
    9691 
    9692 > show #1.1 models
    9693 
    9694 > hide #1.1 models
    9695 
    9696 > show #1.1 models
    9697 
    9698 > hide #1.2 models
    9699 
    9700 > show #1.2 models
    9701 
    9702 > hide #1.1 models
    9703 
    9704 > hide #1.2 models
    9705 
    9706 > show #1.2 models
    9707 
    9708 > hide #1.2 models
    9709 
    9710 > show #1.2 models
    9711 
    9712 > hide #1.2 models
    9713 
    9714 > show #1.2 models
    9715 
    9716 > hide #1.2 models
    9717 
    9718 > show #1.1 models
    9719 
    9720 > hide #1.1 models
    9721 
    9722 > show #1.1 models
    9723 
    9724 > select add #1.1
    9725 
    9726 146 atoms, 130 pseudobonds, 20 residues, 2 models selected 
    9727 
    9728 > select subtract #1.1
    9729 
    9730 146 atoms, 20 residues, 1 model selected 
    9731 
    9732 > select clear
    9733 
    9734 > ui windowfill toggle
    9735 
    9736 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/l2058p_con.tif width 1280 height 491
    9737 > supersample 3
    9738 
    9739 > ui windowfill toggle
    9740 
    9741 > hide #1.1 models
    9742 
    9743 > show #1.1 models
    9744 
    9745 > show #1.2 models
    9746 
    9747 > hide #1.1 models
    9748 
    9749 > ui windowfill toggle
    9750 
    9751 > select add /A:2022@CG
    9752 
    9753 1 atom, 1 residue, 1 model selected 
    9754 
    9755 > select subtract /A:2022@CG
    9756 
    9757 Nothing selected 
    9758 
    9759 > select add /A:2022@CA
    9760 
    9761 1 atom, 1 residue, 1 model selected 
    9762 
    9763 > ui windowfill toggle
    9764 
    9765 > select /A:2022
    9766 
    9767 19 atoms, 18 bonds, 1 pseudobond, 1 residue, 2 models selected 
    9768 
    9769 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    9770 
    9771 325 atoms, 323 bonds, 134 pseudobonds, 20 residues, 3 models selected 
    9772 
    9773 > select /A:2022
    9774 
    9775 19 atoms, 18 bonds, 1 pseudobond, 1 residue, 2 models selected 
    9776 
    9777 > hide sel atoms
    9778 
    9779 > show sel atoms
    9780 
    9781 > show sel cartoons
    9782 
    9783 > hide sel atoms
    9784 
    9785 > show sel atoms
    9786 
    9787 > hide sel cartoons
    9788 
    9789 > select clear
    9790 
    9791 > ui windowfill toggle
    9792 
    9793 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/l2058p_cla.tif width 1280 height 491
    9794 > supersample 3
    9795 
    9796 > ui windowfill toggle
    9797 
    9798 > select /A:2022
    9799 
    9800 19 atoms, 18 bonds, 1 pseudobond, 1 residue, 2 models selected 
    9801 
    9802 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    9803 
    9804 325 atoms, 323 bonds, 134 pseudobonds, 20 residues, 3 models selected 
    9805 
    9806 > select /A:2022
    9807 
    9808 19 atoms, 18 bonds, 1 pseudobond, 1 residue, 2 models selected 
    9809 
    9810 > hide sel atoms
    9811 
    9812 > show sel atoms
    9813 
    9814 [Repeated 1 time(s)]
    9815 
    9816 > hide sel atoms
    9817 
    9818 > show sel atoms
    9819 
    9820 > hide sel atoms
    9821 
    9822 > show sel cartoons
    9823 
    9824 > select clear
    9825 
    9826 > ui windowfill toggle
    9827 
    9828 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/l2058p_cla2.tif width 1280 height 491
    9829 > supersample 3
    9830 
    9831 > ui windowfill toggle
    9832 
    9833 > hide #1.2 models
    9834 
    9835 > hide #!1 models
    9836 
    9837 > show #!1 models
    9838 
    9839 > show #1.1 models
    9840 
    9841 > select add #1.1
    9842 
    9843 130 pseudobonds, 1 model selected 
    9844 
    9845 > select subtract #1.1
    9846 
    9847 Nothing selected 
    9848 
    9849 > select add #1.1
    9850 
    9851 130 pseudobonds, 1 model selected 
    9852 
    9853 > ui tool show H-Bonds
    9854 
    9855 > hbonds sel color #00ff00 dashes 4 restrict both select true reveal true log
    9856 > true
    9857 
    9858 Atom specifier selects no atoms 
    9859 
    9860 > select subtract #1.1
    9861 
    9862 Nothing selected 
    9863 
    9864 > hide #1.1 models
    9865 
    9866 > show #1.1 models
    9867 
    9868 > select add #1
    9869 
    9870 37035 atoms, 37410 bonds, 134 pseudobonds, 2300 residues, 3 models selected 
    9871 
    9872 > select subtract #1
    9873 
    9874 Nothing selected 
    9875 
    9876 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    9877 
    9878 325 atoms, 323 bonds, 134 pseudobonds, 20 residues, 3 models selected 
    9879 
    9880 > ui tool show Contacts
    9881 
    9882 > close #1.1-2
    9883 
    9884 > ui tool show Contacts
    9885 
    9886 Restriction atom specifier must not be blank 
    9887 
    9888 > ui tool show Contacts
    9889 
    9890 > contacts sel intraRes true ignoreHiddenModels true select true color #ffffff
    9891 > dashes 4 reveal true log true
    9892    
    9893    
    9894     Allowed overlap: -0.4
    9895     H-bond overlap reduction: 0.4
    9896     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    9897     Detect intra-residue contacts: True
    9898     Detect intra-molecule contacts: True
    9899    
    9900     323 contacts
    9901          atom1             atom2        overlap  distance
    9902     /A VAL 2057 CB    /A PRO 2058 HD2    1.082    1.618
    9903     /A VAL 2057 CG1   /A PRO 2058 HD2    0.984    1.716
    9904     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 NH1    0.716    2.789
    9905     /A PRO 2083 HB3   /A ILE 2045 HD12   0.629    1.371
    9906     /A PRO 2058 CD    /A VAL 2057 HB     0.618    2.082
    9907     /A PRO 2058 CD    /A VAL 2057 CG1    0.603    2.797
    9908     /A THR 2085 HG1   /A THR 2043 OG1    0.505    1.595
    9909     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 CZ     0.496    2.994
    9910     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 HB     0.482    1.518
    9911     /A GLU 2021 OE2   /A ARG 2056 CZ     0.469    2.561
    9912     /A ALA 2082 O     /A ILE 2084 HG22   0.435    1.985
    9913     /A GLU 2021 OE1   /A ARG 2056 NH1    0.430    2.215
    9914     /A ASN 2080 OD1   /A PRO 2182 HG2    0.403    2.017
    9915     /A PRO 2083 HB3   /A ILE 2045 CD1    0.352    2.348
    9916     /A VAL 2057 HG23  /A ASN 2024 HA     0.336    1.664
    9917     /A VAL 2057 HG12  /A ILE 2025 HG21   0.327    1.673
    9918     /A ASN 2024 HB3   /A SER 2002 OG     0.311    2.189
    9919     /A PRO 2083 CB    /A ILE 2045 HD12   0.299    2.401
    9920     /A LEU 2041 CD2   /A ARG 2026 HG3    0.297    2.403
    9921     /A THR 2085 HG1   /A THR 2043 CB     0.286    2.414
    9922     /A ASN 2080 HD22  /A GLU 2078 CD     0.273    2.607
    9923     /A ASN 2080 H     /A ARG 2059 O      0.258    1.762
    9924     /A GLY 2023 O     /A VAL 2057 CG2    0.249    2.871
    9925     /A THR 2085 H     /A LEU 2041 O      0.230    1.790
    9926     /A ARG 2026 O     /A VAL 2000 H      0.204    1.816
    9927     /A VAL 2057 HG13  /A PRO 2058 HD2    0.201    1.799
    9928     /A ILE 2060 H     /A LEU 2020 O      0.195    1.825
    9929     /A VAL 2057 HG12  /A PRO 2058 HD2    0.194    1.806
    9930     /A ILE 2025 CG2   /A VAL 2057 HG12   0.191    2.509
    9931     /A ARG 2026 HA    /A LEU 2040 O      0.189    2.231
    9932     /A GLU 2021 H     /A LEU 2005 O      0.173    1.847
    9933     /A ILE 2060 O     /A LEU 2020 H      0.170    1.850
    9934     /A ALA 2082 H     /A VAL 2057 O      0.168    1.852
    9935     /A VAL 2057 O     /A VAL 2057 HG13   0.156    2.264
    9936     /A ILE 2084 HG21  /A ILE 2084 HD11   0.156    1.844
    9937     /A ASN 2080 O     /A ARG 2059 H      0.148    1.872
    9938     /A ASN 2024 CB    /A SER 2002 OG     0.136    3.064
    9939     /A LEU 2020 O     /A ARG 2059 HA     0.122    2.298
    9940     /A ARG 2059 HE    /A LEU 2019 HD13   0.121    1.879
    9941     /A ILE 2079 O     /A PRO 2182 HD3    0.120    2.300
    9942     /A ARG 2026 NH2   /A GLU 2028 OE1    0.119    2.526
    9943     /A ALA 2082 O     /A VAL 2081 HG11   0.113    2.307
    9944     /A PRO 2083 HB2   /A THR 2043 O      0.108    2.312
    9945     /A LEU 2020 C     /A LEU 2020 HD21   0.098    2.512
    9946     /A ASN 2080 OD1   /A PRO 2182 CG     0.098    3.022
    9947     /A LEU 2041 HD13  /A ASP 2038 CG     0.096    2.784
    9948     /A ILE 2079 HD11  /A PHE 2077 CE1    0.091    2.609
    9949     /A ILE 2084 O     /A ILE 2084 HG13   0.085    2.335
    9950     /A PRO 2083 CB    /A ILE 2045 CD1    0.084    3.316
    9951     /A GLU 2021 OE1   /A ARG 2056 CZ     0.084    2.946
    9952     /A THR 2085 H     /A THR 2043 HG1    0.084    1.916
    9953     /A VAL 2057 CG1   /A ILE 2025 HG21   0.083    2.617
    9954     /A PRO 2083 HA    /A PRO 2185 O      0.076    2.344
    9955     /A ALA 2082 O     /A ILE 2084 CG2    0.072    3.048
    9956     /A ARG 2026 CG    /A LEU 2041 CD2    0.064    3.336
    9957     /A THR 2085 OG1   /A THR 2043 OG1    0.058    2.542
    9958     /A ILE 2060 HA    /A GLU 2078 O      0.053    2.367
    9959     /A PRO 2058 HG3   /A LEU 2022 HD21   0.053    1.947
    9960     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 NE     0.052    3.453
    9961     /A THR 2085 HA    /A ARG 2187 O      0.051    2.369
    9962     /A ARG 2059 HD2   /A ARG 2059 HH11   0.047    1.953
    9963     /A ILE 2084 O     /A ARG 2187 H      0.043    1.977
    9964     /A THR 2085 HG1   /A THR 2043 CG2    0.042    2.658
    9965     /A THR 2085 CB    /A THR 2043 OG1    0.038    3.162
    9966     /A ILE 2084 HD12  /A ILE 2086 CG1    0.027    2.673
    9967     /A THR 2085 O     /A LEU 2040 HA     0.026    2.394
    9968     /A PRO 2058 HD3   /A LEU 2022 HB3    0.025    1.975
    9969     /A PRO 2083 O     /A THR 2043 H      0.023    1.997
    9970     /A ARG 2026 CZ    /A GLU 2028 OE1    0.021    3.009
    9971     /A PRO 2058 O     /A LEU 2022 H      0.018    2.002
    9972     /A ILE 2084 CD1   /A ILE 2086 CD1    0.015    3.385
    9973     /A PRO 2058 HD3   /A VAL 2057 HB     0.015    1.985
    9974     /A LEU 2041 HD23  /A ARG 2026 HG3    0.013    1.987
    9975     /A ILE 2079 HD11  /A PHE 2077 HE1    0.013    1.987
    9976     /A LEU 2041 HD22  /A ARG 2026 HG3    0.013    1.987
    9977     /A ASN 2080 ND2   /A GLU 2078 CD     0.011    3.494
    9978     /A THR 2085 N     /A THR 2043 HG1    0.011    2.614
    9979     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 NH2    0.010    3.495
    9980     /A ARG 2059 HE    /A LEU 2019 CD1    0.010    2.690
    9981     /A ILE 2084 HD12  /A LEU 2040 CD1    0.009    2.691
    9982     /A GLU 2021 O     /A LEU 2005 H      0.008    2.012
    9983     /A LEU 2041 CD1   /A ASP 2038 HB3    0.006    2.694
    9984     /A LEU 2041 HD13  /A ASP 2038 CB     -0.001    2.701
    9985     /A ASN 2080 HD22  /A GLU 2078 OE1    -0.004    2.024
    9986     /A ASN 2080 HB3   /A ARG 2059 HB3    -0.009    2.009
    9987     /A PRO 2058 CD    /A VAL 2057 HG13   -0.013    2.713
    9988     /A PRO 2058 CD    /A VAL 2057 HG12   -0.013    2.713
    9989     /A VAL 2057 CG2   /A ASN 2024 HA     -0.023    2.723
    9990     /A ARG 2026 H     /A VAL 2000 O      -0.023    2.043
    9991     /A LEU 2022 CD2   /A ILE 2025 HB     -0.023    2.723
    9992     /A THR 2085 OG1   /A ARG 2187 HB3    -0.027    2.527
    9993     /A ILE 2084 CD1   /A ILE 2086 CG1    -0.028    3.428
    9994     /A ILE 2079 HG21  /A ILE 2079 HD13   -0.029    2.029
    9995     /A ILE 2084 HD12  /A LEU 2040 HD12   -0.031    2.031
    9996     /A ILE 2025 HG23  /A ILE 2025 HD13   -0.032    2.032
    9997     /A VAL 2057 HG23  /A ASN 2024 CA     -0.037    2.737
    9998     /A LEU 2022 O     /A VAL 2057 H      -0.039    2.059
    9999     /A ILE 2079 O     /A PRO 2182 CD     -0.040    3.160
    10000     /A GLY 2023 O     /A VAL 2057 HG23   -0.045    2.465
    10001     /A GLY 2023 O     /A VAL 2057 HG22   -0.046    2.466
    10002     /A ILE 2025 HB    /A LEU 2022 HD22   -0.047    2.047
    10003     /A ILE 2084 O     /A VAL 2186 HA     -0.047    2.467
    10004     /A ARG 2026 O     /A LEU 1999 HD11   -0.059    2.479
    10005     /A GLY 2023 HA3   /A ALA 2003 HB2    -0.061    2.061
    10006     /A GLU 2021 OE2   /A ARG 2056 NH2    -0.061    2.706
    10007     /A LEU 2022 HD13  /A LEU 2001 HB3    -0.066    2.066
    10008     /A LEU 2041 HD13  /A ASP 2038 HB3    -0.066    2.066
    10009     /A ILE 2079 H     /A LYS 2180 O      -0.068    2.088
    10010     /A ILE 2025 CD1   /A LEU 2040 CD2    -0.069    3.469
    10011     /A ILE 2060 HG21  /A ILE 2060 HD13   -0.076    2.076
    10012     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 HH11   -0.077    2.957
    10013     /A ARG 2026 HH21  /A GLU 2028 OE1    -0.078    2.098
    10014     /A THR 2085 O     /A LEU 2041 H      -0.080    2.100
    10015     /A ARG 2026 O     /A LEU 1999 HA     -0.082    2.502
    10016     /A ILE 2025 CD1   /A LEU 2040 HD21   -0.085    2.785
    10017     /A ILE 2084 CD1   /A LEU 2040 HD12   -0.085    2.785
    10018     /A ILE 2060 O     /A LEU 2019 HA     -0.089    2.509
    10019     /A ALA 2082 CB    /A VAL 2057 HA     -0.091    2.791
    10020     /A PRO 2058 O     /A GLU 2021 HA     -0.095    2.515
    10021     /A ILE 2025 HA    /A VAL 2000 O      -0.096    2.516
    10022     /A PRO 2058 CD    /A LEU 2022 HB3    -0.097    2.797
    10023     /A LEU 2020 HD21  /A GLU 2021 N      -0.097    2.722
    10024     /A LEU 2020 HB3   /A ILE 2060 HB     -0.100    2.100
    10025     /A ARG 2026 CA    /A LEU 2040 O      -0.102    3.222
    10026     /A ILE 2079 O     /A ILE 2181 HG22   -0.102    2.522
    10027     /A VAL 2081 HB    /A VAL 2184 HG22   -0.103    2.103
    10028     /A LEU 2041 O     /A THR 2085 N      -0.104    2.749
    10029     /A VAL 2057 O     /A VAL 2081 HA     -0.105    2.525
    10030     /A ILE 2079 CD1   /A PHE 2077 CE1    -0.105    3.505
    10031     /A ASN 2080 O     /A PRO 2058 HA     -0.106    2.526
    10032     /A LEU 2041 O     /A ILE 2084 HA     -0.106    2.526
    10033     /A ARG 2059 O     /A ASN 2080 N      -0.107    2.752
    10034     /A ALA 2042 C     /A THR 2043 HG1    -0.108    2.718
    10035     /A VAL 2057 CG1   /A PRO 2058 CG     -0.112    3.512
    10036     /A LEU 2041 CD1   /A ASP 2038 CB     -0.113    3.513
    10037     /A PRO 2058 HD3   /A VAL 2057 CB     -0.115    2.815
    10038     /A ILE 2025 O     /A ILE 2025 HG22   -0.117    2.537
    10039     /A ILE 2025 CG2   /A VAL 2057 CG1    -0.121    3.521
    10040     /A PRO 2083 CD    /A ALA 2082 HB1    -0.122    2.822
    10041     /A THR 2085 OG1   /A THR 2043 CB     -0.122    3.322
    10042     /A THR 2085 OG1   /A THR 2043 HG21   -0.134    2.634
    10043     /A PRO 2058 CG    /A LEU 2022 HD21   -0.135    2.835
    10044     /A LEU 2022 CD2   /A LEU 2001 HD23   -0.135    2.835
    10045     /A ARG 2026 CG    /A LEU 2041 HD22   -0.139    2.839
    10046     /A GLU 2021 O     /A PHE 2004 HA     -0.139    2.559
    10047     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 CD     -0.141    3.721
    10048     /A LEU 2041 HG    /A LEU 2040 C      -0.142    2.752
    10049     /A ALA 2082 HA    /A PRO 2083 HD2    -0.144    2.144
    10050     /A PRO 2058 HD3   /A LEU 2022 CB     -0.144    2.844
    10051     /A LEU 2020 O     /A ARG 2059 CA     -0.146    3.266
    10052     /A LEU 2022 HD22  /A LEU 2001 HD23   -0.148    2.148
    10053     /A THR 2085 HG1   /A THR 2043 HG1    -0.151    2.151
    10054     /A THR 2085 OG1   /A THR 2043 CG2    -0.155    3.355
    10055     /A VAL 2057 HA    /A ALA 2082 HB2    -0.156    2.156
    10056     /A VAL 2081 HG21  /A ILE 2079 HG23   -0.159    2.159
    10057     /A ILE 2079 HB    /A ILE 2181 HG13   -0.159    2.159
    10058     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 HH12   -0.159    3.039
    10059     /A PRO 2083 HB3   /A ILE 2045 CG1    -0.161    2.861
    10060     /A ALA 2082 N     /A VAL 2081 HG11   -0.163    2.788
    10061     /A GLY 2023 H     /A SER 2002 O      -0.163    2.183
    10062     /A LEU 2041 O     /A ILE 2084 CA     -0.164    3.284
    10063     /A ARG 2026 O     /A VAL 2000 N      -0.169    2.814
    10064     /A ARG 2026 CG    /A LEU 2041 HD23   -0.169    2.869
    10065     /A LEU 2022 O     /A VAL 2057 N      -0.170    2.815
    10066     /A LEU 2020 O     /A ILE 2060 N      -0.172    2.817
    10067     /A LEU 2020 HA    /A LEU 2005 O      -0.173    2.593
    10068     /A THR 2085 CA    /A ARG 2187 O      -0.173    3.293
    10069     /A LEU 2022 HA    /A LEU 2022 HD11   -0.175    2.175
    10070     /A ILE 2084 HG22  /A PRO 2083 C      -0.176    2.786
    10071     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 HD3    -0.176    3.056
    10072     /A ILE 2025 H     /A ASN 2024 OD1    -0.178    2.198
    10073     /A ASN 2024 HB3   /A SER 2002 HG     -0.178    2.178
    10074     /A VAL 2081 CG2   /A ILE 2079 HG23   -0.180    2.880
    10075     /A GLU 2021 HB3   /A ARG 2056 HD3    -0.183    2.183
    10076     /A ASN 2024 O     /A SER 2002 H      -0.184    2.204
    10077     /A PRO 2083 CA    /A PRO 2185 O      -0.184    3.304
    10078     /A GLU 2021 N     /A LEU 2005 O      -0.185    2.830
    10079     /A ILE 2060 HG12  /A ILE 2079 HG22   -0.190    2.190
    10080     /A LEU 2020 HD12  /A PHE 2004 HE2    -0.192    2.192
    10081     /A THR 2085 HG1   /A THR 2043 HG21   -0.194    2.194
    10082     /A ILE 2084 HD12  /A ILE 2086 HG12   -0.197    2.197
    10083     /A GLU 2021 OE1   /A ARG 2056 HH12   -0.197    2.217
    10084     /A ILE 2079 CD1   /A PHE 2077 HE1    -0.200    2.900
    10085     /A LEU 2022 CD1   /A LEU 2001 HB3    -0.200    2.900
    10086     /A ILE 2060 CA    /A GLU 2078 O      -0.201    3.321
    10087     /A ILE 2084 CG1   /A VAL 2186 HG11   -0.202    2.902
    10088     /A LEU 2041 HD22  /A LEU 2041 HA     -0.205    2.205
    10089     /A ILE 2025 HG13  /A LEU 2040 HD21   -0.206    2.206
    10090     /A ASN 2024 O     /A LEU 2001 HA     -0.208    2.628
    10091     /A LEU 2020 N     /A ILE 2060 O      -0.212    2.857
    10092     /A VAL 2057 O     /A ALA 2082 N      -0.214    2.859
    10093     /A VAL 2081 HB    /A VAL 2184 CG2    -0.222    2.922
    10094     /A ARG 2026 NH2   /A GLU 2028 CD     -0.223    3.728
    10095     /A ILE 2025 HG12  /A LEU 2001 CD2    -0.223    2.923
    10096     /A GLU 2021 OE2   /A ARG 2056 NH1    -0.226    2.871
    10097     /A ASN 2080 O     /A ARG 2059 N      -0.227    2.872
    10098     /A ILE 2025 CG1   /A LEU 2040 HD21   -0.229    2.929
    10099     /A LEU 2022 HD22  /A LEU 2001 CD2    -0.231    2.931
    10100     /A LEU 2020 HB2   /A TYR 2006 HD2    -0.232    2.232
    10101     /A ILE 2084 CD1   /A LEU 2040 CD1    -0.232    3.632
    10102     /A ASN 2024 OD1   /A ILE 2025 N      -0.233    2.878
    10103     /A GLU 2021 OE1   /A LEU 2019 HD23   -0.237    2.657
    10104     /A ILE 2079 HD11  /A PHE 2077 CZ     -0.239    2.939
    10105     /A ILE 2079 O     /A ILE 2181 HA     -0.241    2.661
    10106     /A ILE 2025 HG12  /A LEU 2001 HD21   -0.241    2.241
    10107     /A ARG 2059 NE    /A LEU 2019 HD13   -0.243    2.868
    10108     /A GLU 2021 HG3   /A LEU 2019 HG     -0.243    2.243
    10109     /A ILE 2084 O     /A VAL 2186 CA     -0.246    3.366
    10110     /A LEU 2041 HG    /A LEU 2040 O      -0.249    2.669
    10111     /A ILE 2084 HD13  /A ILE 2086 CD1    -0.250    2.950
    10112     /A ALA 2082 HB1   /A PRO 2083 HD3    -0.251    2.251
    10113     /A ILE 2084 HD12  /A ILE 2086 CD1    -0.251    2.951
    10114     /A ARG 2059 O     /A ILE 2079 HA     -0.253    2.673
    10115     /A LEU 2020 CD2   /A GLU 2021 N      -0.254    3.579
    10116     /A LEU 2041 CD2   /A ARG 2026 CD     -0.255    3.655
    10117     /A ARG 2026 HH21  /A GLU 2028 CD     -0.261    3.141
    10118     /A ILE 2084 HG13  /A ILE 2086 HG13   -0.261    2.261
    10119     /A LEU 2041 CD1   /A ASP 2038 CG     -0.261    3.841
    10120     /A LEU 2041 CG    /A LEU 2040 O      -0.262    3.382
    10121     /A THR 2085 O     /A LEU 2040 CA     -0.262    3.382
    10122     /A GLU 2021 HG2   /A ARG 2059 HG3    -0.264    2.264
    10123     /A PRO 2083 CB    /A THR 2043 O      -0.268    3.388
    10124     /A PRO 2058 O     /A LEU 2022 N      -0.268    2.913
    10125     /A ILE 2025 CG1   /A LEU 1999 HD13   -0.269    2.969
    10126     /A ASN 2024 CG    /A ILE 2025 H      -0.272    2.882
    10127     /A GLU 2021 CD    /A LEU 2019 HD23   -0.273    3.153
    10128     /A GLY 2023 CA    /A SER 2002 O      -0.273    3.393
    10129     /A LEU 2022 HD13  /A LEU 2001 CB     -0.274    2.974
    10130     /A VAL 2081 CG1   /A ALA 2082 O      -0.274    3.394
    10131     /A LEU 2022 O     /A PRO 2058 HD3    -0.277    2.697
    10132     /A ARG 2026 HD3   /A ARG 2026 HH11   -0.280    2.280
    10133     /A PRO 2083 CB    /A ILE 2045 CG1    -0.282    3.682
    10134     /A LEU 2022 O     /A PRO 2058 CD     -0.283    3.403
    10135     /A GLU 2021 OE1   /A ARG 2056 HH11   -0.284    2.304
    10136     /A VAL 2081 O     /A VAL 2184 HG23   -0.284    2.704
    10137     /A LEU 2022 O     /A PRO 2058 N      -0.286    3.346
    10138     /A LEU 2022 HD12  /A PHE 2004 HD2    -0.289    2.289
    10139     /A PRO 2083 CG    /A ILE 2045 HD12   -0.289    2.989
    10140     /A ARG 2026 HB3   /A VAL 2000 HB     -0.290    2.290
    10141     /A THR 2085 HG23  /A ILE 2086 N      -0.291    2.916
    10142     /A LEU 2020 C     /A GLU 2021 HG3    -0.291    2.901
    10143     /A ASN 2080 ND2   /A GLU 2078 HG3    -0.292    2.917
    10144     /A ILE 2084 HG12  /A VAL 2186 HG11   -0.292    2.292
    10145     /A LEU 2022 CD2   /A PRO 2058 HG3    -0.297    2.997
    10146     /A ILE 2079 N     /A GLU 2078 HG3    -0.298    2.923
    10147     /A THR 2085 HA    /A ARG 2187 HB3    -0.302    2.302
    10148     /A VAL 2057 C     /A ALA 2082 H      -0.307    2.917
    10149     /A ASN 2024 CB    /A SER 2002 HG     -0.308    3.008
    10150     /A LEU 2020 HD21  /A LEU 2020 O      -0.308    2.728
    10151     /A ARG 2026 O     /A LEU 1999 CA     -0.309    3.429
    10152     /A LEU 2041 O     /A THR 2043 HG1    -0.310    2.330
    10153     /A ILE 2025 CD1   /A LEU 1999 HD13   -0.311    3.011
    10154     /A ILE 2084 O     /A ARG 2187 N      -0.312    2.957
    10155     /A ASN 2080 ND2   /A GLU 2078 OE1    -0.313    2.958
    10156     /A GLY 2023 N     /A SER 2002 O      -0.315    2.960
    10157     /A LEU 2041 HD23  /A ARG 2026 CD     -0.316    3.016
    10158     /A LEU 2020 CD1   /A PHE 2004 HE2    -0.318    3.018
    10159     /A ILE 2060 HG23  /A PHE 2061 N      -0.321    2.946
    10160     /A VAL 2081 O     /A VAL 2184 HG13   -0.322    2.742
    10161     /A ARG 2026 HG2   /A MET 2027 N      -0.325    2.950
    10162     /A ILE 2060 O     /A LEU 2019 CA     -0.325    3.445
    10163     /A GLY 2023 CA    /A ALA 2003 HB2    -0.326    3.026
    10164     /A PRO 2083 CB    /A ILE 2045 HG13   -0.326    3.026
    10165     /A THR 2085 OG1   /A ARG 2187 CB     -0.327    3.527
    10166     /A ASN 2080 C     /A VAL 2081 HG21   -0.327    2.937
    10167     /A PRO 2083 CG    /A ILE 2045 CD1    -0.330    3.730
    10168     /A ASN 2024 H     /A SER 2002 O      -0.334    2.354
    10169     /A VAL 2057 O     /A VAL 2081 CA     -0.336    3.456
    10170     /A ILE 2084 CG2   /A PRO 2083 O      -0.337    3.457
    10171     /A ILE 2079 CG1   /A PHE 2077 CE1    -0.339    3.739
    10172     /A GLU 2021 CA    /A PRO 2058 O      -0.342    3.462
    10173     /A ARG 2059 NE    /A LEU 2019 CD1    -0.342    3.667
    10174     /A LEU 2041 HD23  /A ARG 2026 NE     -0.343    2.968
    10175     /A PRO 2058 CA    /A ASN 2080 O      -0.344    3.464
    10176     /A LEU 2020 C     /A ILE 2060 H      -0.344    2.954
    10177     /A ARG 2026 N     /A ILE 2025 HG13   -0.346    2.971
    10178     /A ALA 2042 CB    /A VAL 2057 HG21   -0.353    3.053
    10179     /A LEU 2022 HD11  /A SER 2002 O      -0.353    2.773
    10180     /A PRO 2083 O     /A THR 2043 N      -0.353    2.998
    10181     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 HB2    -0.354    2.354
    10182     /A PRO 2058 CD    /A LEU 2022 HD21   -0.357    3.057
    10183     /A LEU 2022 O     /A ARG 2056 CA     -0.358    3.478
    10184     /A PRO 2058 CB    /A LEU 2022 HB3    -0.361    3.061
    10185     /A ARG 2059 C     /A ASN 2080 H      -0.361    2.971
    10186     /A ARG 2026 N     /A VAL 2000 O      -0.361    3.006
    10187     /A ILE 2060 CG2   /A PHE 2077 CE2    -0.363    3.763
    10188     /A LEU 2041 CG    /A ASP 2038 HB3    -0.363    3.063
    10189     /A ARG 2059 CB    /A ASN 2080 HB3    -0.365    3.065
    10190     /A ILE 2079 HG13  /A ILE 2060 HG22   -0.365    2.365
    10191     /A ILE 2025 CB    /A LEU 2022 HD22   -0.366    3.066
    10192     /A GLY 2023 N     /A LEU 2022 HG     -0.366    2.991
    10193     /A GLU 2021 CB    /A ARG 2056 HD3    -0.366    3.066
    10194     /A THR 2085 C     /A ILE 2086 HG13   -0.367    2.977
    10195     /A ASN 2080 ND2   /A GLU 2078 CG     -0.367    3.692
    10196     /A VAL 2057 CB    /A PRO 2058 CG     -0.369    3.769
    10197     /A VAL 2057 CG2   /A ASN 2024 CA     -0.369    3.769
    10198     /A ASN 2080 OD1   /A GLU 2078 OE1    -0.371    3.211
    10199     /A LEU 2041 C     /A THR 2085 H      -0.373    2.983
    10200     /A GLU 2021 O     /A LEU 2005 N      -0.373    3.018
    10201     /A GLU 2021 OE2   /A ARG 2056 NE     -0.374    3.019
    10202     /A ILE 2025 CA    /A VAL 2000 O      -0.375    3.495
    10203     /A ASN 2080 CB    /A ARG 2059 HB3    -0.377    3.077
    10204     /A ILE 2025 CG1   /A LEU 2001 CD2    -0.385    3.785
    10205     /A LEU 2022 CD2   /A LEU 2001 CD2    -0.386    3.786
    10206     /A ILE 2060 O     /A LEU 2019 HD11   -0.388    2.808
    10207     /A ILE 2079 HD12  /A ILE 2181 CD1    -0.389    3.089
    10208     /A ILE 2025 HD12  /A LEU 2040 HD21   -0.390    2.390
    10209     /A ILE 2084 H     /A ILE 2084 HG12   -0.390    2.390
    10210     /A ILE 2079 O     /A ILE 2181 CG2    -0.390    3.510
    10211     /A PRO 2058 CD    /A LEU 2022 CB     -0.391    3.791
    10212     /A ILE 2084 CG1   /A ILE 2086 HG13   -0.391    3.091
    10213     /A THR 2085 OG1   /A ARG 2187 HD2    -0.392    2.892
    10214     /A ILE 2025 HD13  /A LEU 2040 CD2    -0.392    3.092
    10215     /A LEU 2041 HB2   /A THR 2085 HB     -0.392    2.392
    10216     /A ILE 2025 HD12  /A LEU 2040 CD2    -0.392    3.092
    10217     /A VAL 2057 O     /A PRO 2058 HG2    -0.393    2.813
    10218     /A LEU 2020 O     /A GLU 2021 CG     -0.393    3.513
    10219     /A ARG 2026 C     /A VAL 2000 H      -0.393    3.003
    10220     /A ILE 2025 HG12  /A LEU 1999 HD13   -0.394    2.394
    10221     /A ASN 2080 OD1   /A PRO 2182 CD     -0.395    3.515
    10222     /A ILE 2079 N     /A LYS 2180 O      -0.399    3.044
    10223     /A THR 2085 N     /A THR 2043 OG1    -0.399    3.124
    10224     /A PRO 2058 CG    /A LEU 2022 HB3    -0.400    3.100
    10225    
    10226 
    10227  
    10228 323 contacts 
    10229 
    10230 > ui tool show Contacts
    10231 
    10232 > close #1.1
    10233 
    10234 > select clear
    10235 
    10236 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    10237 
    10238 325 atoms, 323 bonds, 20 residues, 1 model selected 
    10239 
    10240 > ui tool show Contacts
    10241 
    10242 > contacts sel intraRes true ignoreHiddenModels true color #ffffff dashes 4
    10243 > reveal true log true
    10244    
    10245    
    10246     Allowed overlap: -0.4
    10247     H-bond overlap reduction: 0.4
    10248     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    10249     Detect intra-residue contacts: True
    10250     Detect intra-molecule contacts: True
    10251    
    10252     323 contacts
    10253          atom1             atom2        overlap  distance
    10254     /A VAL 2057 CB    /A PRO 2058 HD2    1.082    1.618
    10255     /A VAL 2057 CG1   /A PRO 2058 HD2    0.984    1.716
    10256     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 NH1    0.716    2.789
    10257     /A PRO 2083 HB3   /A ILE 2045 HD12   0.629    1.371
    10258     /A PRO 2058 CD    /A VAL 2057 HB     0.618    2.082
    10259     /A PRO 2058 CD    /A VAL 2057 CG1    0.603    2.797
    10260     /A THR 2085 HG1   /A THR 2043 OG1    0.505    1.595
    10261     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 CZ     0.496    2.994
    10262     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 HB     0.482    1.518
    10263     /A GLU 2021 OE2   /A ARG 2056 CZ     0.469    2.561
    10264     /A ALA 2082 O     /A ILE 2084 HG22   0.435    1.985
    10265     /A GLU 2021 OE1   /A ARG 2056 NH1    0.430    2.215
    10266     /A ASN 2080 OD1   /A PRO 2182 HG2    0.403    2.017
    10267     /A PRO 2083 HB3   /A ILE 2045 CD1    0.352    2.348
    10268     /A VAL 2057 HG23  /A ASN 2024 HA     0.336    1.664
    10269     /A VAL 2057 HG12  /A ILE 2025 HG21   0.327    1.673
    10270     /A ASN 2024 HB3   /A SER 2002 OG     0.311    2.189
    10271     /A PRO 2083 CB    /A ILE 2045 HD12   0.299    2.401
    10272     /A LEU 2041 CD2   /A ARG 2026 HG3    0.297    2.403
    10273     /A THR 2085 HG1   /A THR 2043 CB     0.286    2.414
    10274     /A ASN 2080 HD22  /A GLU 2078 CD     0.273    2.607
    10275     /A ASN 2080 H     /A ARG 2059 O      0.258    1.762
    10276     /A GLY 2023 O     /A VAL 2057 CG2    0.249    2.871
    10277     /A THR 2085 H     /A LEU 2041 O      0.230    1.790
    10278     /A ARG 2026 O     /A VAL 2000 H      0.204    1.816
    10279     /A VAL 2057 HG13  /A PRO 2058 HD2    0.201    1.799
    10280     /A ILE 2060 H     /A LEU 2020 O      0.195    1.825
    10281     /A VAL 2057 HG12  /A PRO 2058 HD2    0.194    1.806
    10282     /A ILE 2025 CG2   /A VAL 2057 HG12   0.191    2.509
    10283     /A ARG 2026 HA    /A LEU 2040 O      0.189    2.231
    10284     /A GLU 2021 H     /A LEU 2005 O      0.173    1.847
    10285     /A ILE 2060 O     /A LEU 2020 H      0.170    1.850
    10286     /A ALA 2082 H     /A VAL 2057 O      0.168    1.852
    10287     /A VAL 2057 O     /A VAL 2057 HG13   0.156    2.264
    10288     /A ILE 2084 HG21  /A ILE 2084 HD11   0.156    1.844
    10289     /A ASN 2080 O     /A ARG 2059 H      0.148    1.872
    10290     /A ASN 2024 CB    /A SER 2002 OG     0.136    3.064
    10291     /A LEU 2020 O     /A ARG 2059 HA     0.122    2.298
    10292     /A ARG 2059 HE    /A LEU 2019 HD13   0.121    1.879
    10293     /A ILE 2079 O     /A PRO 2182 HD3    0.120    2.300
    10294     /A ARG 2026 NH2   /A GLU 2028 OE1    0.119    2.526
    10295     /A ALA 2082 O     /A VAL 2081 HG11   0.113    2.307
    10296     /A PRO 2083 HB2   /A THR 2043 O      0.108    2.312
    10297     /A LEU 2020 C     /A LEU 2020 HD21   0.098    2.512
    10298     /A ASN 2080 OD1   /A PRO 2182 CG     0.098    3.022
    10299     /A LEU 2041 HD13  /A ASP 2038 CG     0.096    2.784
    10300     /A ILE 2079 HD11  /A PHE 2077 CE1    0.091    2.609
    10301     /A ILE 2084 O     /A ILE 2084 HG13   0.085    2.335
    10302     /A PRO 2083 CB    /A ILE 2045 CD1    0.084    3.316
    10303     /A GLU 2021 OE1   /A ARG 2056 CZ     0.084    2.946
    10304     /A THR 2085 H     /A THR 2043 HG1    0.084    1.916
    10305     /A VAL 2057 CG1   /A ILE 2025 HG21   0.083    2.617
    10306     /A PRO 2083 HA    /A PRO 2185 O      0.076    2.344
    10307     /A ALA 2082 O     /A ILE 2084 CG2    0.072    3.048
    10308     /A ARG 2026 CG    /A LEU 2041 CD2    0.064    3.336
    10309     /A THR 2085 OG1   /A THR 2043 OG1    0.058    2.542
    10310     /A ILE 2060 HA    /A GLU 2078 O      0.053    2.367
    10311     /A PRO 2058 HG3   /A LEU 2022 HD21   0.053    1.947
    10312     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 NE     0.052    3.453
    10313     /A THR 2085 HA    /A ARG 2187 O      0.051    2.369
    10314     /A ARG 2059 HD2   /A ARG 2059 HH11   0.047    1.953
    10315     /A ILE 2084 O     /A ARG 2187 H      0.043    1.977
    10316     /A THR 2085 HG1   /A THR 2043 CG2    0.042    2.658
    10317     /A THR 2085 CB    /A THR 2043 OG1    0.038    3.162
    10318     /A ILE 2084 HD12  /A ILE 2086 CG1    0.027    2.673
    10319     /A THR 2085 O     /A LEU 2040 HA     0.026    2.394
    10320     /A PRO 2058 HD3   /A LEU 2022 HB3    0.025    1.975
    10321     /A PRO 2083 O     /A THR 2043 H      0.023    1.997
    10322     /A ARG 2026 CZ    /A GLU 2028 OE1    0.021    3.009
    10323     /A PRO 2058 O     /A LEU 2022 H      0.018    2.002
    10324     /A ILE 2084 CD1   /A ILE 2086 CD1    0.015    3.385
    10325     /A PRO 2058 HD3   /A VAL 2057 HB     0.015    1.985
    10326     /A LEU 2041 HD23  /A ARG 2026 HG3    0.013    1.987
    10327     /A ILE 2079 HD11  /A PHE 2077 HE1    0.013    1.987
    10328     /A LEU 2041 HD22  /A ARG 2026 HG3    0.013    1.987
    10329     /A ASN 2080 ND2   /A GLU 2078 CD     0.011    3.494
    10330     /A THR 2085 N     /A THR 2043 HG1    0.011    2.614
    10331     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 NH2    0.010    3.495
    10332     /A ARG 2059 HE    /A LEU 2019 CD1    0.010    2.690
    10333     /A ILE 2084 HD12  /A LEU 2040 CD1    0.009    2.691
    10334     /A GLU 2021 O     /A LEU 2005 H      0.008    2.012
    10335     /A LEU 2041 CD1   /A ASP 2038 HB3    0.006    2.694
    10336     /A LEU 2041 HD13  /A ASP 2038 CB     -0.001    2.701
    10337     /A ASN 2080 HD22  /A GLU 2078 OE1    -0.004    2.024
    10338     /A ASN 2080 HB3   /A ARG 2059 HB3    -0.009    2.009
    10339     /A PRO 2058 CD    /A VAL 2057 HG13   -0.013    2.713
    10340     /A PRO 2058 CD    /A VAL 2057 HG12   -0.013    2.713
    10341     /A VAL 2057 CG2   /A ASN 2024 HA     -0.023    2.723
    10342     /A ARG 2026 H     /A VAL 2000 O      -0.023    2.043
    10343     /A LEU 2022 CD2   /A ILE 2025 HB     -0.023    2.723
    10344     /A THR 2085 OG1   /A ARG 2187 HB3    -0.027    2.527
    10345     /A ILE 2084 CD1   /A ILE 2086 CG1    -0.028    3.428
    10346     /A ILE 2079 HG21  /A ILE 2079 HD13   -0.029    2.029
    10347     /A ILE 2084 HD12  /A LEU 2040 HD12   -0.031    2.031
    10348     /A ILE 2025 HG23  /A ILE 2025 HD13   -0.032    2.032
    10349     /A VAL 2057 HG23  /A ASN 2024 CA     -0.037    2.737
    10350     /A LEU 2022 O     /A VAL 2057 H      -0.039    2.059
    10351     /A ILE 2079 O     /A PRO 2182 CD     -0.040    3.160
    10352     /A GLY 2023 O     /A VAL 2057 HG23   -0.045    2.465
    10353     /A GLY 2023 O     /A VAL 2057 HG22   -0.046    2.466
    10354     /A ILE 2025 HB    /A LEU 2022 HD22   -0.047    2.047
    10355     /A ILE 2084 O     /A VAL 2186 HA     -0.047    2.467
    10356     /A ARG 2026 O     /A LEU 1999 HD11   -0.059    2.479
    10357     /A GLY 2023 HA3   /A ALA 2003 HB2    -0.061    2.061
    10358     /A GLU 2021 OE2   /A ARG 2056 NH2    -0.061    2.706
    10359     /A LEU 2022 HD13  /A LEU 2001 HB3    -0.066    2.066
    10360     /A LEU 2041 HD13  /A ASP 2038 HB3    -0.066    2.066
    10361     /A ILE 2079 H     /A LYS 2180 O      -0.068    2.088
    10362     /A ILE 2025 CD1   /A LEU 2040 CD2    -0.069    3.469
    10363     /A ILE 2060 HG21  /A ILE 2060 HD13   -0.076    2.076
    10364     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 HH11   -0.077    2.957
    10365     /A ARG 2026 HH21  /A GLU 2028 OE1    -0.078    2.098
    10366     /A THR 2085 O     /A LEU 2041 H      -0.080    2.100
    10367     /A ARG 2026 O     /A LEU 1999 HA     -0.082    2.502
    10368     /A ILE 2025 CD1   /A LEU 2040 HD21   -0.085    2.785
    10369     /A ILE 2084 CD1   /A LEU 2040 HD12   -0.085    2.785
    10370     /A ILE 2060 O     /A LEU 2019 HA     -0.089    2.509
    10371     /A ALA 2082 CB    /A VAL 2057 HA     -0.091    2.791
    10372     /A PRO 2058 O     /A GLU 2021 HA     -0.095    2.515
    10373     /A ILE 2025 HA    /A VAL 2000 O      -0.096    2.516
    10374     /A PRO 2058 CD    /A LEU 2022 HB3    -0.097    2.797
    10375     /A LEU 2020 HD21  /A GLU 2021 N      -0.097    2.722
    10376     /A LEU 2020 HB3   /A ILE 2060 HB     -0.100    2.100
    10377     /A ARG 2026 CA    /A LEU 2040 O      -0.102    3.222
    10378     /A ILE 2079 O     /A ILE 2181 HG22   -0.102    2.522
    10379     /A VAL 2081 HB    /A VAL 2184 HG22   -0.103    2.103
    10380     /A LEU 2041 O     /A THR 2085 N      -0.104    2.749
    10381     /A VAL 2057 O     /A VAL 2081 HA     -0.105    2.525
    10382     /A ILE 2079 CD1   /A PHE 2077 CE1    -0.105    3.505
    10383     /A ASN 2080 O     /A PRO 2058 HA     -0.106    2.526
    10384     /A LEU 2041 O     /A ILE 2084 HA     -0.106    2.526
    10385     /A ARG 2059 O     /A ASN 2080 N      -0.107    2.752
    10386     /A ALA 2042 C     /A THR 2043 HG1    -0.108    2.718
    10387     /A VAL 2057 CG1   /A PRO 2058 CG     -0.112    3.512
    10388     /A LEU 2041 CD1   /A ASP 2038 CB     -0.113    3.513
    10389     /A PRO 2058 HD3   /A VAL 2057 CB     -0.115    2.815
    10390     /A ILE 2025 O     /A ILE 2025 HG22   -0.117    2.537
    10391     /A ILE 2025 CG2   /A VAL 2057 CG1    -0.121    3.521
    10392     /A PRO 2083 CD    /A ALA 2082 HB1    -0.122    2.822
    10393     /A THR 2085 OG1   /A THR 2043 CB     -0.122    3.322
    10394     /A THR 2085 OG1   /A THR 2043 HG21   -0.134    2.634
    10395     /A PRO 2058 CG    /A LEU 2022 HD21   -0.135    2.835
    10396     /A LEU 2022 CD2   /A LEU 2001 HD23   -0.135    2.835
    10397     /A ARG 2026 CG    /A LEU 2041 HD22   -0.139    2.839
    10398     /A GLU 2021 O     /A PHE 2004 HA     -0.139    2.559
    10399     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 CD     -0.141    3.721
    10400     /A LEU 2041 HG    /A LEU 2040 C      -0.142    2.752
    10401     /A ALA 2082 HA    /A PRO 2083 HD2    -0.144    2.144
    10402     /A PRO 2058 HD3   /A LEU 2022 CB     -0.144    2.844
    10403     /A LEU 2020 O     /A ARG 2059 CA     -0.146    3.266
    10404     /A LEU 2022 HD22  /A LEU 2001 HD23   -0.148    2.148
    10405     /A THR 2085 HG1   /A THR 2043 HG1    -0.151    2.151
    10406     /A THR 2085 OG1   /A THR 2043 CG2    -0.155    3.355
    10407     /A VAL 2057 HA    /A ALA 2082 HB2    -0.156    2.156
    10408     /A VAL 2081 HG21  /A ILE 2079 HG23   -0.159    2.159
    10409     /A ILE 2079 HB    /A ILE 2181 HG13   -0.159    2.159
    10410     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 HH12   -0.159    3.039
    10411     /A PRO 2083 HB3   /A ILE 2045 CG1    -0.161    2.861
    10412     /A ALA 2082 N     /A VAL 2081 HG11   -0.163    2.788
    10413     /A GLY 2023 H     /A SER 2002 O      -0.163    2.183
    10414     /A LEU 2041 O     /A ILE 2084 CA     -0.164    3.284
    10415     /A ARG 2026 O     /A VAL 2000 N      -0.169    2.814
    10416     /A ARG 2026 CG    /A LEU 2041 HD23   -0.169    2.869
    10417     /A LEU 2022 O     /A VAL 2057 N      -0.170    2.815
    10418     /A LEU 2020 O     /A ILE 2060 N      -0.172    2.817
    10419     /A LEU 2020 HA    /A LEU 2005 O      -0.173    2.593
    10420     /A THR 2085 CA    /A ARG 2187 O      -0.173    3.293
    10421     /A LEU 2022 HA    /A LEU 2022 HD11   -0.175    2.175
    10422     /A ILE 2084 HG22  /A PRO 2083 C      -0.176    2.786
    10423     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 HD3    -0.176    3.056
    10424     /A ILE 2025 H     /A ASN 2024 OD1    -0.178    2.198
    10425     /A ASN 2024 HB3   /A SER 2002 HG     -0.178    2.178
    10426     /A VAL 2081 CG2   /A ILE 2079 HG23   -0.180    2.880
    10427     /A GLU 2021 HB3   /A ARG 2056 HD3    -0.183    2.183
    10428     /A ASN 2024 O     /A SER 2002 H      -0.184    2.204
    10429     /A PRO 2083 CA    /A PRO 2185 O      -0.184    3.304
    10430     /A GLU 2021 N     /A LEU 2005 O      -0.185    2.830
    10431     /A ILE 2060 HG12  /A ILE 2079 HG22   -0.190    2.190
    10432     /A LEU 2020 HD12  /A PHE 2004 HE2    -0.192    2.192
    10433     /A THR 2085 HG1   /A THR 2043 HG21   -0.194    2.194
    10434     /A ILE 2084 HD12  /A ILE 2086 HG12   -0.197    2.197
    10435     /A GLU 2021 OE1   /A ARG 2056 HH12   -0.197    2.217
    10436     /A ILE 2079 CD1   /A PHE 2077 HE1    -0.200    2.900
    10437     /A LEU 2022 CD1   /A LEU 2001 HB3    -0.200    2.900
    10438     /A ILE 2060 CA    /A GLU 2078 O      -0.201    3.321
    10439     /A ILE 2084 CG1   /A VAL 2186 HG11   -0.202    2.902
    10440     /A LEU 2041 HD22  /A LEU 2041 HA     -0.205    2.205
    10441     /A ILE 2025 HG13  /A LEU 2040 HD21   -0.206    2.206
    10442     /A ASN 2024 O     /A LEU 2001 HA     -0.208    2.628
    10443     /A LEU 2020 N     /A ILE 2060 O      -0.212    2.857
    10444     /A VAL 2057 O     /A ALA 2082 N      -0.214    2.859
    10445     /A VAL 2081 HB    /A VAL 2184 CG2    -0.222    2.922
    10446     /A ARG 2026 NH2   /A GLU 2028 CD     -0.223    3.728
    10447     /A ILE 2025 HG12  /A LEU 2001 CD2    -0.223    2.923
    10448     /A GLU 2021 OE2   /A ARG 2056 NH1    -0.226    2.871
    10449     /A ASN 2080 O     /A ARG 2059 N      -0.227    2.872
    10450     /A ILE 2025 CG1   /A LEU 2040 HD21   -0.229    2.929
    10451     /A LEU 2022 HD22  /A LEU 2001 CD2    -0.231    2.931
    10452     /A LEU 2020 HB2   /A TYR 2006 HD2    -0.232    2.232
    10453     /A ILE 2084 CD1   /A LEU 2040 CD1    -0.232    3.632
    10454     /A ASN 2024 OD1   /A ILE 2025 N      -0.233    2.878
    10455     /A GLU 2021 OE1   /A LEU 2019 HD23   -0.237    2.657
    10456     /A ILE 2079 HD11  /A PHE 2077 CZ     -0.239    2.939
    10457     /A ILE 2079 O     /A ILE 2181 HA     -0.241    2.661
    10458     /A ILE 2025 HG12  /A LEU 2001 HD21   -0.241    2.241
    10459     /A ARG 2059 NE    /A LEU 2019 HD13   -0.243    2.868
    10460     /A GLU 2021 HG3   /A LEU 2019 HG     -0.243    2.243
    10461     /A ILE 2084 O     /A VAL 2186 CA     -0.246    3.366
    10462     /A LEU 2041 HG    /A LEU 2040 O      -0.249    2.669
    10463     /A ILE 2084 HD13  /A ILE 2086 CD1    -0.250    2.950
    10464     /A ALA 2082 HB1   /A PRO 2083 HD3    -0.251    2.251
    10465     /A ILE 2084 HD12  /A ILE 2086 CD1    -0.251    2.951
    10466     /A ARG 2059 O     /A ILE 2079 HA     -0.253    2.673
    10467     /A LEU 2020 CD2   /A GLU 2021 N      -0.254    3.579
    10468     /A LEU 2041 CD2   /A ARG 2026 CD     -0.255    3.655
    10469     /A ARG 2026 HH21  /A GLU 2028 CD     -0.261    3.141
    10470     /A ILE 2084 HG13  /A ILE 2086 HG13   -0.261    2.261
    10471     /A LEU 2041 CD1   /A ASP 2038 CG     -0.261    3.841
    10472     /A LEU 2041 CG    /A LEU 2040 O      -0.262    3.382
    10473     /A THR 2085 O     /A LEU 2040 CA     -0.262    3.382
    10474     /A GLU 2021 HG2   /A ARG 2059 HG3    -0.264    2.264
    10475     /A PRO 2083 CB    /A THR 2043 O      -0.268    3.388
    10476     /A PRO 2058 O     /A LEU 2022 N      -0.268    2.913
    10477     /A ILE 2025 CG1   /A LEU 1999 HD13   -0.269    2.969
    10478     /A ASN 2024 CG    /A ILE 2025 H      -0.272    2.882
    10479     /A GLU 2021 CD    /A LEU 2019 HD23   -0.273    3.153
    10480     /A GLY 2023 CA    /A SER 2002 O      -0.273    3.393
    10481     /A LEU 2022 HD13  /A LEU 2001 CB     -0.274    2.974
    10482     /A VAL 2081 CG1   /A ALA 2082 O      -0.274    3.394
    10483     /A LEU 2022 O     /A PRO 2058 HD3    -0.277    2.697
    10484     /A ARG 2026 HD3   /A ARG 2026 HH11   -0.280    2.280
    10485     /A PRO 2083 CB    /A ILE 2045 CG1    -0.282    3.682
    10486     /A LEU 2022 O     /A PRO 2058 CD     -0.283    3.403
    10487     /A GLU 2021 OE1   /A ARG 2056 HH11   -0.284    2.304
    10488     /A VAL 2081 O     /A VAL 2184 HG23   -0.284    2.704
    10489     /A LEU 2022 O     /A PRO 2058 N      -0.286    3.346
    10490     /A LEU 2022 HD12  /A PHE 2004 HD2    -0.289    2.289
    10491     /A PRO 2083 CG    /A ILE 2045 HD12   -0.289    2.989
    10492     /A ARG 2026 HB3   /A VAL 2000 HB     -0.290    2.290
    10493     /A THR 2085 HG23  /A ILE 2086 N      -0.291    2.916
    10494     /A LEU 2020 C     /A GLU 2021 HG3    -0.291    2.901
    10495     /A ASN 2080 ND2   /A GLU 2078 HG3    -0.292    2.917
    10496     /A ILE 2084 HG12  /A VAL 2186 HG11   -0.292    2.292
    10497     /A LEU 2022 CD2   /A PRO 2058 HG3    -0.297    2.997
    10498     /A ILE 2079 N     /A GLU 2078 HG3    -0.298    2.923
    10499     /A THR 2085 HA    /A ARG 2187 HB3    -0.302    2.302
    10500     /A VAL 2057 C     /A ALA 2082 H      -0.307    2.917
    10501     /A ASN 2024 CB    /A SER 2002 HG     -0.308    3.008
    10502     /A LEU 2020 HD21  /A LEU 2020 O      -0.308    2.728
    10503     /A ARG 2026 O     /A LEU 1999 CA     -0.309    3.429
    10504     /A LEU 2041 O     /A THR 2043 HG1    -0.310    2.330
    10505     /A ILE 2025 CD1   /A LEU 1999 HD13   -0.311    3.011
    10506     /A ILE 2084 O     /A ARG 2187 N      -0.312    2.957
    10507     /A ASN 2080 ND2   /A GLU 2078 OE1    -0.313    2.958
    10508     /A GLY 2023 N     /A SER 2002 O      -0.315    2.960
    10509     /A LEU 2041 HD23  /A ARG 2026 CD     -0.316    3.016
    10510     /A LEU 2020 CD1   /A PHE 2004 HE2    -0.318    3.018
    10511     /A ILE 2060 HG23  /A PHE 2061 N      -0.321    2.946
    10512     /A VAL 2081 O     /A VAL 2184 HG13   -0.322    2.742
    10513     /A ARG 2026 HG2   /A MET 2027 N      -0.325    2.950
    10514     /A ILE 2060 O     /A LEU 2019 CA     -0.325    3.445
    10515     /A GLY 2023 CA    /A ALA 2003 HB2    -0.326    3.026
    10516     /A PRO 2083 CB    /A ILE 2045 HG13   -0.326    3.026
    10517     /A THR 2085 OG1   /A ARG 2187 CB     -0.327    3.527
    10518     /A ASN 2080 C     /A VAL 2081 HG21   -0.327    2.937
    10519     /A PRO 2083 CG    /A ILE 2045 CD1    -0.330    3.730
    10520     /A ASN 2024 H     /A SER 2002 O      -0.334    2.354
    10521     /A VAL 2057 O     /A VAL 2081 CA     -0.336    3.456
    10522     /A ILE 2084 CG2   /A PRO 2083 O      -0.337    3.457
    10523     /A ILE 2079 CG1   /A PHE 2077 CE1    -0.339    3.739
    10524     /A GLU 2021 CA    /A PRO 2058 O      -0.342    3.462
    10525     /A ARG 2059 NE    /A LEU 2019 CD1    -0.342    3.667
    10526     /A LEU 2041 HD23  /A ARG 2026 NE     -0.343    2.968
    10527     /A PRO 2058 CA    /A ASN 2080 O      -0.344    3.464
    10528     /A LEU 2020 C     /A ILE 2060 H      -0.344    2.954
    10529     /A ARG 2026 N     /A ILE 2025 HG13   -0.346    2.971
    10530     /A ALA 2042 CB    /A VAL 2057 HG21   -0.353    3.053
    10531     /A LEU 2022 HD11  /A SER 2002 O      -0.353    2.773
    10532     /A PRO 2083 O     /A THR 2043 N      -0.353    2.998
    10533     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 HB2    -0.354    2.354
    10534     /A PRO 2058 CD    /A LEU 2022 HD21   -0.357    3.057
    10535     /A LEU 2022 O     /A ARG 2056 CA     -0.358    3.478
    10536     /A PRO 2058 CB    /A LEU 2022 HB3    -0.361    3.061
    10537     /A ARG 2059 C     /A ASN 2080 H      -0.361    2.971
    10538     /A ARG 2026 N     /A VAL 2000 O      -0.361    3.006
    10539     /A ILE 2060 CG2   /A PHE 2077 CE2    -0.363    3.763
    10540     /A LEU 2041 CG    /A ASP 2038 HB3    -0.363    3.063
    10541     /A ARG 2059 CB    /A ASN 2080 HB3    -0.365    3.065
    10542     /A ILE 2079 HG13  /A ILE 2060 HG22   -0.365    2.365
    10543     /A ILE 2025 CB    /A LEU 2022 HD22   -0.366    3.066
    10544     /A GLY 2023 N     /A LEU 2022 HG     -0.366    2.991
    10545     /A GLU 2021 CB    /A ARG 2056 HD3    -0.366    3.066
    10546     /A THR 2085 C     /A ILE 2086 HG13   -0.367    2.977
    10547     /A ASN 2080 ND2   /A GLU 2078 CG     -0.367    3.692
    10548     /A VAL 2057 CB    /A PRO 2058 CG     -0.369    3.769
    10549     /A VAL 2057 CG2   /A ASN 2024 CA     -0.369    3.769
    10550     /A ASN 2080 OD1   /A GLU 2078 OE1    -0.371    3.211
    10551     /A LEU 2041 C     /A THR 2085 H      -0.373    2.983
    10552     /A GLU 2021 O     /A LEU 2005 N      -0.373    3.018
    10553     /A GLU 2021 OE2   /A ARG 2056 NE     -0.374    3.019
    10554     /A ILE 2025 CA    /A VAL 2000 O      -0.375    3.495
    10555     /A ASN 2080 CB    /A ARG 2059 HB3    -0.377    3.077
    10556     /A ILE 2025 CG1   /A LEU 2001 CD2    -0.385    3.785
    10557     /A LEU 2022 CD2   /A LEU 2001 CD2    -0.386    3.786
    10558     /A ILE 2060 O     /A LEU 2019 HD11   -0.388    2.808
    10559     /A ILE 2079 HD12  /A ILE 2181 CD1    -0.389    3.089
    10560     /A ILE 2025 HD12  /A LEU 2040 HD21   -0.390    2.390
    10561     /A ILE 2084 H     /A ILE 2084 HG12   -0.390    2.390
    10562     /A ILE 2079 O     /A ILE 2181 CG2    -0.390    3.510
    10563     /A PRO 2058 CD    /A LEU 2022 CB     -0.391    3.791
    10564     /A ILE 2084 CG1   /A ILE 2086 HG13   -0.391    3.091
    10565     /A THR 2085 OG1   /A ARG 2187 HD2    -0.392    2.892
    10566     /A ILE 2025 HD13  /A LEU 2040 CD2    -0.392    3.092
    10567     /A LEU 2041 HB2   /A THR 2085 HB     -0.392    2.392
    10568     /A ILE 2025 HD12  /A LEU 2040 CD2    -0.392    3.092
    10569     /A VAL 2057 O     /A PRO 2058 HG2    -0.393    2.813
    10570     /A LEU 2020 O     /A GLU 2021 CG     -0.393    3.513
    10571     /A ARG 2026 C     /A VAL 2000 H      -0.393    3.003
    10572     /A ILE 2025 HG12  /A LEU 1999 HD13   -0.394    2.394
    10573     /A ASN 2080 OD1   /A PRO 2182 CD     -0.395    3.515
    10574     /A ILE 2079 N     /A LYS 2180 O      -0.399    3.044
    10575     /A THR 2085 N     /A THR 2043 OG1    -0.399    3.124
    10576     /A PRO 2058 CG    /A LEU 2022 HB3    -0.400    3.100
    10577    
    10578 
    10579  
    10580 323 contacts 
    10581 
    10582 > close #1.1
    10583 
    10584 > ui tool show Clashes
    10585 
    10586 > clashes sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    10587 > color #ff0000 reveal true log true
    10588    
    10589    
    10590     Allowed overlap: 0.6
    10591     H-bond overlap reduction: 0.4
    10592     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    10593     Detect intra-residue clashes: True
    10594     Detect intra-molecule clashes: True
    10595    
    10596     4 clashes
    10597          atom1            atom2       overlap  distance
    10598     /A PRO 2058 HD2  /A VAL 2057 CB    1.082    1.618
    10599     /A VAL 2057 CG1  /A PRO 2058 HD2   0.984    1.716
    10600     /A VAL 2057 HB   /A PRO 2058 CD    0.618    2.082
    10601     /A PRO 2058 CD   /A VAL 2057 CG1   0.603    2.797
    10602    
    10603 
    10604  
    10605 4 clashes 
    10606 
    10607 > ui windowfill toggle
    10608 
    10609 [Repeated 1 time(s)]
    10610 
    10611 > close #1.1
    10612 
    10613 > select clear
    10614 
    10615 > select /A:2020-2027
    10616 
    10617 134 atoms, 133 bonds, 8 residues, 1 model selected 
    10618 
    10619 > select clear
    10620 
    10621 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    10622 
    10623 325 atoms, 323 bonds, 20 residues, 1 model selected 
    10624 
    10625 > ui tool show Clashes
    10626 
    10627 > clashes sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    10628 > color #ff0000 reveal true log true
    10629    
    10630    
    10631     Allowed overlap: 0.6
    10632     H-bond overlap reduction: 0.4
    10633     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    10634     Detect intra-residue clashes: True
    10635     Detect intra-molecule clashes: True
    10636    
    10637     4 clashes
    10638          atom1            atom2       overlap  distance
    10639     /A PRO 2058 HD2  /A VAL 2057 CB    1.082    1.618
    10640     /A VAL 2057 CG1  /A PRO 2058 HD2   0.984    1.716
    10641     /A VAL 2057 HB   /A PRO 2058 CD    0.618    2.082
    10642     /A PRO 2058 CD   /A VAL 2057 CG1   0.603    2.797
    10643    
    10644 
    10645  
    10646 4 clashes 
    10647 
    10648 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    10649 
    10650 325 atoms, 323 bonds, 4 pseudobonds, 20 residues, 2 models selected 
    10651 
    10652 > close #1.1
    10653 
    10654 > ui tool show Contacts
    10655 
    10656 > contacts sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    10657 > color #ffffff dashes 4 reveal true log true
    10658    
    10659    
    10660     Allowed overlap: -0.4
    10661     H-bond overlap reduction: 0.4
    10662     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    10663     Detect intra-residue contacts: True
    10664     Detect intra-molecule contacts: True
    10665    
    10666     130 contacts
    10667          atom1             atom2        overlap  distance
    10668     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 CB     1.082    1.618
    10669     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 CG1    0.984    1.716
    10670     /A VAL 2057 HB    /A PRO 2058 CD     0.618    2.082
    10671     /A VAL 2057 CG1   /A PRO 2058 CD     0.603    2.797
    10672     /A VAL 2057 HB    /A PRO 2058 HD2    0.482    1.518
    10673     /A ILE 2084 HG22  /A ALA 2082 O      0.435    1.985
    10674     /A ASN 2024 HA    /A VAL 2057 HG23   0.336    1.664
    10675     /A ILE 2025 HG21  /A VAL 2057 HG12   0.327    1.673
    10676     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 CD2    0.297    2.403
    10677     /A ARG 2059 O     /A ASN 2080 H      0.258    1.762
    10678     /A VAL 2057 CG2   /A GLY 2023 O      0.249    2.871
    10679     /A LEU 2041 O     /A THR 2085 H      0.230    1.790
    10680     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 HG13   0.201    1.799
    10681     /A LEU 2020 O     /A ILE 2060 H      0.195    1.825
    10682     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 HG12   0.194    1.806
    10683     /A VAL 2057 HG12  /A ILE 2025 CG2    0.191    2.509
    10684     /A LEU 2020 H     /A ILE 2060 O      0.170    1.850
    10685     /A VAL 2057 O     /A ALA 2082 H      0.168    1.852
    10686     /A VAL 2057 HG13  /A VAL 2057 O      0.156    2.264
    10687     /A ILE 2084 HD11  /A ILE 2084 HG21   0.156    1.844
    10688     /A ARG 2059 H     /A ASN 2080 O      0.148    1.872
    10689     /A ARG 2059 HA    /A LEU 2020 O      0.122    2.298
    10690     /A VAL 2081 HG11  /A ALA 2082 O      0.113    2.307
    10691     /A LEU 2020 HD21  /A LEU 2020 C      0.098    2.512
    10692     /A ILE 2084 HG13  /A ILE 2084 O      0.085    2.335
    10693     /A ILE 2025 HG21  /A VAL 2057 CG1    0.083    2.617
    10694     /A ILE 2084 CG2   /A ALA 2082 O      0.072    3.048
    10695     /A LEU 2041 CD2   /A ARG 2026 CG     0.064    3.336
    10696     /A LEU 2022 HD21  /A PRO 2058 HG3    0.053    1.947
    10697     /A ARG 2059 HH11  /A ARG 2059 HD2    0.047    1.953
    10698     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 HD3    0.025    1.975
    10699     /A LEU 2022 H     /A PRO 2058 O      0.018    2.002
    10700     /A VAL 2057 HB    /A PRO 2058 HD3    0.015    1.985
    10701     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 HD23   0.013    1.987
    10702     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 HD22   0.013    1.987
    10703     /A ARG 2059 HB3   /A ASN 2080 HB3    -0.009    2.009
    10704     /A VAL 2057 HG13  /A PRO 2058 CD     -0.013    2.713
    10705     /A VAL 2057 HG12  /A PRO 2058 CD     -0.013    2.713
    10706     /A ASN 2024 HA    /A VAL 2057 CG2    -0.023    2.723
    10707     /A ILE 2025 HB    /A LEU 2022 CD2    -0.023    2.723
    10708     /A ILE 2079 HD13  /A ILE 2079 HG21   -0.029    2.029
    10709     /A ILE 2025 HD13  /A ILE 2025 HG23   -0.032    2.032
    10710     /A ASN 2024 CA    /A VAL 2057 HG23   -0.037    2.737
    10711     /A VAL 2057 H     /A LEU 2022 O      -0.039    2.059
    10712     /A VAL 2057 HG23  /A GLY 2023 O      -0.045    2.465
    10713     /A VAL 2057 HG22  /A GLY 2023 O      -0.046    2.466
    10714     /A LEU 2022 HD22  /A ILE 2025 HB     -0.047    2.047
    10715     /A ILE 2060 HD13  /A ILE 2060 HG21   -0.076    2.076
    10716     /A LEU 2041 H     /A THR 2085 O      -0.080    2.100
    10717     /A VAL 2057 HA    /A ALA 2082 CB     -0.091    2.791
    10718     /A GLU 2021 HA    /A PRO 2058 O      -0.095    2.515
    10719     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 CD     -0.097    2.797
    10720     /A GLU 2021 N     /A LEU 2020 HD21   -0.097    2.722
    10721     /A ILE 2060 HB    /A LEU 2020 HB3    -0.100    2.100
    10722     /A THR 2085 N     /A LEU 2041 O      -0.104    2.749
    10723     /A VAL 2081 HA    /A VAL 2057 O      -0.105    2.525
    10724     /A PRO 2058 HA    /A ASN 2080 O      -0.106    2.526
    10725     /A ILE 2084 HA    /A LEU 2041 O      -0.106    2.526
    10726     /A ASN 2080 N     /A ARG 2059 O      -0.107    2.752
    10727     /A PRO 2058 CG    /A VAL 2057 CG1    -0.112    3.512
    10728     /A VAL 2057 CB    /A PRO 2058 HD3    -0.115    2.815
    10729     /A ILE 2025 HG22  /A ILE 2025 O      -0.117    2.537
    10730     /A VAL 2057 CG1   /A ILE 2025 CG2    -0.121    3.521
    10731     /A ALA 2082 HB1   /A PRO 2083 CD     -0.122    2.822
    10732     /A LEU 2022 HD21  /A PRO 2058 CG     -0.135    2.835
    10733     /A LEU 2041 HD22  /A ARG 2026 CG     -0.139    2.839
    10734     /A PRO 2083 HD2   /A ALA 2082 HA     -0.144    2.144
    10735     /A LEU 2022 CB    /A PRO 2058 HD3    -0.144    2.844
    10736     /A ARG 2059 CA    /A LEU 2020 O      -0.146    3.266
    10737     /A ALA 2082 HB2   /A VAL 2057 HA     -0.156    2.156
    10738     /A ILE 2079 HG23  /A VAL 2081 HG21   -0.159    2.159
    10739     /A VAL 2081 HG11  /A ALA 2082 N      -0.163    2.788
    10740     /A ILE 2084 CA    /A LEU 2041 O      -0.164    3.284
    10741     /A LEU 2041 HD23  /A ARG 2026 CG     -0.169    2.869
    10742     /A VAL 2057 N     /A LEU 2022 O      -0.170    2.815
    10743     /A ILE 2060 N     /A LEU 2020 O      -0.172    2.817
    10744     /A LEU 2022 HD11  /A LEU 2022 HA     -0.175    2.175
    10745     /A PRO 2083 C     /A ILE 2084 HG22   -0.176    2.786
    10746     /A ASN 2024 OD1   /A ILE 2025 H      -0.178    2.198
    10747     /A ILE 2079 HG23  /A VAL 2081 CG2    -0.180    2.880
    10748     /A ILE 2079 HG22  /A ILE 2060 HG12   -0.190    2.190
    10749     /A LEU 2041 HA    /A LEU 2041 HD22   -0.205    2.205
    10750     /A ILE 2060 O     /A LEU 2020 N      -0.212    2.857
    10751     /A ALA 2082 N     /A VAL 2057 O      -0.214    2.859
    10752     /A ARG 2059 N     /A ASN 2080 O      -0.227    2.872
    10753     /A ILE 2025 N     /A ASN 2024 OD1    -0.233    2.878
    10754     /A PRO 2083 HD3   /A ALA 2082 HB1    -0.251    2.251
    10755     /A ILE 2079 HA    /A ARG 2059 O      -0.253    2.673
    10756     /A GLU 2021 N     /A LEU 2020 CD2    -0.254    3.579
    10757     /A ARG 2026 CD    /A LEU 2041 CD2    -0.255    3.655
    10758     /A ARG 2059 HG3   /A GLU 2021 HG2    -0.264    2.264
    10759     /A LEU 2022 N     /A PRO 2058 O      -0.268    2.913
    10760     /A ILE 2025 H     /A ASN 2024 CG     -0.272    2.882
    10761     /A ALA 2082 O     /A VAL 2081 CG1    -0.274    3.394
    10762     /A PRO 2058 HD3   /A LEU 2022 O      -0.277    2.697
    10763     /A ARG 2026 HH11  /A ARG 2026 HD3    -0.280    2.280
    10764     /A PRO 2058 CD    /A LEU 2022 O      -0.283    3.403
    10765     /A PRO 2058 N     /A LEU 2022 O      -0.286    3.346
    10766     /A GLU 2021 HG3   /A LEU 2020 C      -0.291    2.901
    10767     /A PRO 2058 HG3   /A LEU 2022 CD2    -0.297    2.997
    10768     /A ALA 2082 H     /A VAL 2057 C      -0.307    2.917
    10769     /A LEU 2020 O     /A LEU 2020 HD21   -0.308    2.728
    10770     /A ARG 2026 CD    /A LEU 2041 HD23   -0.316    3.016
    10771     /A VAL 2081 HG21  /A ASN 2080 C      -0.327    2.937
    10772     /A VAL 2081 CA    /A VAL 2057 O      -0.336    3.456
    10773     /A PRO 2083 O     /A ILE 2084 CG2    -0.337    3.457
    10774     /A PRO 2058 O     /A GLU 2021 CA     -0.342    3.462
    10775     /A ARG 2026 NE    /A LEU 2041 HD23   -0.343    2.968
    10776     /A ASN 2080 O     /A PRO 2058 CA     -0.344    3.464
    10777     /A ILE 2060 H     /A LEU 2020 C      -0.344    2.954
    10778     /A ILE 2025 HG13  /A ARG 2026 N      -0.346    2.971
    10779     /A VAL 2057 HG21  /A ALA 2042 CB     -0.353    3.053
    10780     /A PRO 2058 HB2   /A LEU 2022 HB3    -0.354    2.354
    10781     /A LEU 2022 HD21  /A PRO 2058 CD     -0.357    3.057
    10782     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 CB     -0.361    3.061
    10783     /A ASN 2080 H     /A ARG 2059 C      -0.361    2.971
    10784     /A ASN 2080 HB3   /A ARG 2059 CB     -0.365    3.065
    10785     /A ILE 2060 HG22  /A ILE 2079 HG13   -0.365    2.365
    10786     /A LEU 2022 HD22  /A ILE 2025 CB     -0.366    3.066
    10787     /A LEU 2022 HG    /A GLY 2023 N      -0.366    2.991
    10788     /A PRO 2058 CG    /A VAL 2057 CB     -0.369    3.769
    10789     /A ASN 2024 CA    /A VAL 2057 CG2    -0.369    3.769
    10790     /A THR 2085 H     /A LEU 2041 C      -0.373    2.983
    10791     /A ARG 2059 HB3   /A ASN 2080 CB     -0.377    3.077
    10792     /A ILE 2084 HG12  /A ILE 2084 H      -0.390    2.390
    10793     /A LEU 2022 CB    /A PRO 2058 CD     -0.391    3.791
    10794     /A THR 2085 HB    /A LEU 2041 HB2    -0.392    2.392
    10795     /A PRO 2058 HG2   /A VAL 2057 O      -0.393    2.813
    10796     /A GLU 2021 CG    /A LEU 2020 O      -0.393    3.513
    10797     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 CG     -0.400    3.100
    10798    
    10799 
    10800  
    10801 130 contacts 
    10802 
    10803 > name frozen Contacts sel
    10804 
    10805 > select clear
    10806 
    10807 > select Contacts
    10808 
    10809 146 atoms, 74 bonds, 130 pseudobonds, 20 residues, 2 models selected 
    10810 
    10811 > show sel atoms
    10812 
    10813 > hide sel atoms
    10814 
    10815 > show sel atoms
    10816 
    10817 > select clear
    10818 
    10819 > select /A:2022
    10820 
    10821 19 atoms, 18 bonds, 1 pseudobond, 1 residue, 2 models selected 
    10822 
    10823 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    10824 
    10825 325 atoms, 323 bonds, 130 pseudobonds, 20 residues, 2 models selected 
    10826 
    10827 > select /A:2022-2023
    10828 
    10829 26 atoms, 25 bonds, 2 pseudobonds, 2 residues, 2 models selected 
    10830 
    10831 > select /A:2022-2023
    10832 
    10833 26 atoms, 25 bonds, 2 pseudobonds, 2 residues, 2 models selected 
    10834 
    10835 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    10836 
    10837 325 atoms, 323 bonds, 130 pseudobonds, 20 residues, 2 models selected 
    10838 
    10839 > select /A:2022-2023
    10840 
    10841 26 atoms, 25 bonds, 2 pseudobonds, 2 residues, 2 models selected 
    10842 
    10843 > select /A:2022
    10844 
    10845 19 atoms, 18 bonds, 1 pseudobond, 1 residue, 2 models selected 
    10846 
    10847 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    10848 
    10849 325 atoms, 323 bonds, 130 pseudobonds, 20 residues, 2 models selected 
    10850 
    10851 > select /A:2022
    10852 
    10853 19 atoms, 18 bonds, 1 pseudobond, 1 residue, 2 models selected 
    10854 
    10855 > show sel atoms
    10856 
    10857 [Repeated 1 time(s)]
    10858 
    10859 > hide sel cartoons
    10860 
    10861 > select clear
    10862 
    10863 > select /A:2025
    10864 
    10865 19 atoms, 18 bonds, 2 pseudobonds, 1 residue, 2 models selected 
    10866 
    10867 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    10868 
    10869 325 atoms, 323 bonds, 130 pseudobonds, 20 residues, 2 models selected 
    10870 
    10871 > select /A:2025
    10872 
    10873 19 atoms, 18 bonds, 2 pseudobonds, 1 residue, 2 models selected 
    10874 
    10875 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    10876 
    10877 325 atoms, 323 bonds, 130 pseudobonds, 20 residues, 2 models selected 
    10878 
    10879 > close #1.1
    10880 
    10881 > ui tool show Contacts
    10882 
    10883 > contacts sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    10884 > color #ffffff dashes 4 reveal true log true
    10885    
    10886    
    10887     Allowed overlap: -0.4
    10888     H-bond overlap reduction: 0.4
    10889     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    10890     Detect intra-residue contacts: True
    10891     Detect intra-molecule contacts: True
    10892    
    10893     130 contacts
    10894          atom1             atom2        overlap  distance
    10895     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 CB     1.082    1.618
    10896     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 CG1    0.984    1.716
    10897     /A VAL 2057 HB    /A PRO 2058 CD     0.618    2.082
    10898     /A VAL 2057 CG1   /A PRO 2058 CD     0.603    2.797
    10899     /A VAL 2057 HB    /A PRO 2058 HD2    0.482    1.518
    10900     /A ILE 2084 HG22  /A ALA 2082 O      0.435    1.985
    10901     /A ASN 2024 HA    /A VAL 2057 HG23   0.336    1.664
    10902     /A ILE 2025 HG21  /A VAL 2057 HG12   0.327    1.673
    10903     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 CD2    0.297    2.403
    10904     /A ARG 2059 O     /A ASN 2080 H      0.258    1.762
    10905     /A VAL 2057 CG2   /A GLY 2023 O      0.249    2.871
    10906     /A LEU 2041 O     /A THR 2085 H      0.230    1.790
    10907     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 HG13   0.201    1.799
    10908     /A LEU 2020 O     /A ILE 2060 H      0.195    1.825
    10909     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 HG12   0.194    1.806
    10910     /A VAL 2057 HG12  /A ILE 2025 CG2    0.191    2.509
    10911     /A LEU 2020 H     /A ILE 2060 O      0.170    1.850
    10912     /A VAL 2057 O     /A ALA 2082 H      0.168    1.852
    10913     /A VAL 2057 HG13  /A VAL 2057 O      0.156    2.264
    10914     /A ILE 2084 HD11  /A ILE 2084 HG21   0.156    1.844
    10915     /A ARG 2059 H     /A ASN 2080 O      0.148    1.872
    10916     /A ARG 2059 HA    /A LEU 2020 O      0.122    2.298
    10917     /A VAL 2081 HG11  /A ALA 2082 O      0.113    2.307
    10918     /A LEU 2020 HD21  /A LEU 2020 C      0.098    2.512
    10919     /A ILE 2084 HG13  /A ILE 2084 O      0.085    2.335
    10920     /A ILE 2025 HG21  /A VAL 2057 CG1    0.083    2.617
    10921     /A ILE 2084 CG2   /A ALA 2082 O      0.072    3.048
    10922     /A LEU 2041 CD2   /A ARG 2026 CG     0.064    3.336
    10923     /A LEU 2022 HD21  /A PRO 2058 HG3    0.053    1.947
    10924     /A ARG 2059 HH11  /A ARG 2059 HD2    0.047    1.953
    10925     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 HD3    0.025    1.975
    10926     /A LEU 2022 H     /A PRO 2058 O      0.018    2.002
    10927     /A VAL 2057 HB    /A PRO 2058 HD3    0.015    1.985
    10928     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 HD23   0.013    1.987
    10929     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 HD22   0.013    1.987
    10930     /A ARG 2059 HB3   /A ASN 2080 HB3    -0.009    2.009
    10931     /A VAL 2057 HG13  /A PRO 2058 CD     -0.013    2.713
    10932     /A VAL 2057 HG12  /A PRO 2058 CD     -0.013    2.713
    10933     /A ASN 2024 HA    /A VAL 2057 CG2    -0.023    2.723
    10934     /A ILE 2025 HB    /A LEU 2022 CD2    -0.023    2.723
    10935     /A ILE 2079 HD13  /A ILE 2079 HG21   -0.029    2.029
    10936     /A ILE 2025 HD13  /A ILE 2025 HG23   -0.032    2.032
    10937     /A ASN 2024 CA    /A VAL 2057 HG23   -0.037    2.737
    10938     /A VAL 2057 H     /A LEU 2022 O      -0.039    2.059
    10939     /A VAL 2057 HG23  /A GLY 2023 O      -0.045    2.465
    10940     /A VAL 2057 HG22  /A GLY 2023 O      -0.046    2.466
    10941     /A LEU 2022 HD22  /A ILE 2025 HB     -0.047    2.047
    10942     /A ILE 2060 HD13  /A ILE 2060 HG21   -0.076    2.076
    10943     /A LEU 2041 H     /A THR 2085 O      -0.080    2.100
    10944     /A VAL 2057 HA    /A ALA 2082 CB     -0.091    2.791
    10945     /A GLU 2021 HA    /A PRO 2058 O      -0.095    2.515
    10946     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 CD     -0.097    2.797
    10947     /A GLU 2021 N     /A LEU 2020 HD21   -0.097    2.722
    10948     /A ILE 2060 HB    /A LEU 2020 HB3    -0.100    2.100
    10949     /A THR 2085 N     /A LEU 2041 O      -0.104    2.749
    10950     /A VAL 2081 HA    /A VAL 2057 O      -0.105    2.525
    10951     /A PRO 2058 HA    /A ASN 2080 O      -0.106    2.526
    10952     /A ILE 2084 HA    /A LEU 2041 O      -0.106    2.526
    10953     /A ASN 2080 N     /A ARG 2059 O      -0.107    2.752
    10954     /A PRO 2058 CG    /A VAL 2057 CG1    -0.112    3.512
    10955     /A VAL 2057 CB    /A PRO 2058 HD3    -0.115    2.815
    10956     /A ILE 2025 HG22  /A ILE 2025 O      -0.117    2.537
    10957     /A VAL 2057 CG1   /A ILE 2025 CG2    -0.121    3.521
    10958     /A ALA 2082 HB1   /A PRO 2083 CD     -0.122    2.822
    10959     /A LEU 2022 HD21  /A PRO 2058 CG     -0.135    2.835
    10960     /A LEU 2041 HD22  /A ARG 2026 CG     -0.139    2.839
    10961     /A PRO 2083 HD2   /A ALA 2082 HA     -0.144    2.144
    10962     /A LEU 2022 CB    /A PRO 2058 HD3    -0.144    2.844
    10963     /A ARG 2059 CA    /A LEU 2020 O      -0.146    3.266
    10964     /A ALA 2082 HB2   /A VAL 2057 HA     -0.156    2.156
    10965     /A ILE 2079 HG23  /A VAL 2081 HG21   -0.159    2.159
    10966     /A VAL 2081 HG11  /A ALA 2082 N      -0.163    2.788
    10967     /A ILE 2084 CA    /A LEU 2041 O      -0.164    3.284
    10968     /A LEU 2041 HD23  /A ARG 2026 CG     -0.169    2.869
    10969     /A VAL 2057 N     /A LEU 2022 O      -0.170    2.815
    10970     /A ILE 2060 N     /A LEU 2020 O      -0.172    2.817
    10971     /A LEU 2022 HD11  /A LEU 2022 HA     -0.175    2.175
    10972     /A PRO 2083 C     /A ILE 2084 HG22   -0.176    2.786
    10973     /A ASN 2024 OD1   /A ILE 2025 H      -0.178    2.198
    10974     /A ILE 2079 HG23  /A VAL 2081 CG2    -0.180    2.880
    10975     /A ILE 2079 HG22  /A ILE 2060 HG12   -0.190    2.190
    10976     /A LEU 2041 HA    /A LEU 2041 HD22   -0.205    2.205
    10977     /A ILE 2060 O     /A LEU 2020 N      -0.212    2.857
    10978     /A ALA 2082 N     /A VAL 2057 O      -0.214    2.859
    10979     /A ARG 2059 N     /A ASN 2080 O      -0.227    2.872
    10980     /A ILE 2025 N     /A ASN 2024 OD1    -0.233    2.878
    10981     /A PRO 2083 HD3   /A ALA 2082 HB1    -0.251    2.251
    10982     /A ILE 2079 HA    /A ARG 2059 O      -0.253    2.673
    10983     /A GLU 2021 N     /A LEU 2020 CD2    -0.254    3.579
    10984     /A ARG 2026 CD    /A LEU 2041 CD2    -0.255    3.655
    10985     /A ARG 2059 HG3   /A GLU 2021 HG2    -0.264    2.264
    10986     /A LEU 2022 N     /A PRO 2058 O      -0.268    2.913
    10987     /A ILE 2025 H     /A ASN 2024 CG     -0.272    2.882
    10988     /A ALA 2082 O     /A VAL 2081 CG1    -0.274    3.394
    10989     /A PRO 2058 HD3   /A LEU 2022 O      -0.277    2.697
    10990     /A ARG 2026 HH11  /A ARG 2026 HD3    -0.280    2.280
    10991     /A PRO 2058 CD    /A LEU 2022 O      -0.283    3.403
    10992     /A PRO 2058 N     /A LEU 2022 O      -0.286    3.346
    10993     /A GLU 2021 HG3   /A LEU 2020 C      -0.291    2.901
    10994     /A PRO 2058 HG3   /A LEU 2022 CD2    -0.297    2.997
    10995     /A ALA 2082 H     /A VAL 2057 C      -0.307    2.917
    10996     /A LEU 2020 O     /A LEU 2020 HD21   -0.308    2.728
    10997     /A ARG 2026 CD    /A LEU 2041 HD23   -0.316    3.016
    10998     /A VAL 2081 HG21  /A ASN 2080 C      -0.327    2.937
    10999     /A VAL 2081 CA    /A VAL 2057 O      -0.336    3.456
    11000     /A PRO 2083 O     /A ILE 2084 CG2    -0.337    3.457
    11001     /A PRO 2058 O     /A GLU 2021 CA     -0.342    3.462
    11002     /A ARG 2026 NE    /A LEU 2041 HD23   -0.343    2.968
    11003     /A ASN 2080 O     /A PRO 2058 CA     -0.344    3.464
    11004     /A ILE 2060 H     /A LEU 2020 C      -0.344    2.954
    11005     /A ILE 2025 HG13  /A ARG 2026 N      -0.346    2.971
    11006     /A VAL 2057 HG21  /A ALA 2042 CB     -0.353    3.053
    11007     /A PRO 2058 HB2   /A LEU 2022 HB3    -0.354    2.354
    11008     /A LEU 2022 HD21  /A PRO 2058 CD     -0.357    3.057
    11009     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 CB     -0.361    3.061
    11010     /A ASN 2080 H     /A ARG 2059 C      -0.361    2.971
    11011     /A ASN 2080 HB3   /A ARG 2059 CB     -0.365    3.065
    11012     /A ILE 2060 HG22  /A ILE 2079 HG13   -0.365    2.365
    11013     /A LEU 2022 HD22  /A ILE 2025 CB     -0.366    3.066
    11014     /A LEU 2022 HG    /A GLY 2023 N      -0.366    2.991
    11015     /A PRO 2058 CG    /A VAL 2057 CB     -0.369    3.769
    11016     /A ASN 2024 CA    /A VAL 2057 CG2    -0.369    3.769
    11017     /A THR 2085 H     /A LEU 2041 C      -0.373    2.983
    11018     /A ARG 2059 HB3   /A ASN 2080 CB     -0.377    3.077
    11019     /A ILE 2084 HG12  /A ILE 2084 H      -0.390    2.390
    11020     /A LEU 2022 CB    /A PRO 2058 CD     -0.391    3.791
    11021     /A THR 2085 HB    /A LEU 2041 HB2    -0.392    2.392
    11022     /A PRO 2058 HG2   /A VAL 2057 O      -0.393    2.813
    11023     /A GLU 2021 CG    /A LEU 2020 O      -0.393    3.513
    11024     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 CG     -0.400    3.100
    11025    
    11026 
    11027  
    11028 130 contacts 
    11029 
    11030 > name frozen Contacts sel
    11031 
    11032 > select clear
    11033 
    11034 > select Contacts
    11035 
    11036 146 atoms, 74 bonds, 130 pseudobonds, 20 residues, 2 models selected 
    11037 
    11038 > ui tool show Clashes
    11039 
    11040 > clashes sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    11041 > color #ff0000 reveal true log true
    11042    
    11043    
    11044     Allowed overlap: 0.6
    11045     H-bond overlap reduction: 0.4
    11046     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    11047     Detect intra-residue clashes: True
    11048     Detect intra-molecule clashes: True
    11049    
    11050     4 clashes
    11051          atom1            atom2       overlap  distance
    11052     /A PRO 2058 HD2  /A VAL 2057 CB    1.082    1.618
    11053     /A VAL 2057 CG1  /A PRO 2058 HD2   0.984    1.716
    11054     /A VAL 2057 HB   /A PRO 2058 CD    0.618    2.082
    11055     /A PRO 2058 CD   /A VAL 2057 CG1   0.603    2.797
    11056    
    11057 
    11058  
    11059 4 clashes 
    11060 
    11061 > swapaa /A: 2058 leu
    11062 
    11063 Using Dunbrack library 
    11064 /A PRO 2058: phi -137.9, psi 132.6 trans 
    11065 Applying LEU rotamer (chi angles: 177.6 65.4) to /A LEU 2058 
    11066 
    11067 > close #1.1-2
    11068 
    11069 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    11070 
    11071 320 atoms, 317 bonds, 20 residues, 1 model selected 
    11072 
    11073 > select /A:2120-2121
    11074 
    11075 25 atoms, 24 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    11076 
    11077 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    11078 
    11079 320 atoms, 317 bonds, 20 residues, 1 model selected 
    11080 
    11081 > select /A:2120-2121
    11082 
    11083 25 atoms, 24 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    11084 
    11085 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    11086 
    11087 320 atoms, 317 bonds, 20 residues, 1 model selected 
    11088 
    11089 > ui tool show Contacts
    11090 
    11091 > contacts sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    11092 > color #ffffff dashes 4 reveal true log true
    11093    
    11094    
    11095     Allowed overlap: -0.4
    11096     H-bond overlap reduction: 0.4
    11097     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    11098     Detect intra-residue contacts: True
    11099     Detect intra-molecule contacts: True
    11100    
    11101     112 contacts
    11102          atom1             atom2        overlap  distance
    11103     /A ILE 2084 HG22  /A ALA 2082 O      0.435    1.985
    11104     /A ASN 2024 HA    /A VAL 2057 HG23   0.336    1.664
    11105     /A ILE 2025 HG21  /A VAL 2057 HG12   0.327    1.673
    11106     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 CD2    0.297    2.403
    11107     /A VAL 2081 HG22  /A LEU 2058 CD1    0.269    2.611
    11108     /A ARG 2059 O     /A ASN 2080 H      0.258    1.762
    11109     /A VAL 2057 CG2   /A GLY 2023 O      0.249    2.871
    11110     /A LEU 2041 O     /A THR 2085 H      0.230    1.790
    11111     /A LEU 2020 O     /A ILE 2060 H      0.195    1.825
    11112     /A VAL 2057 HG12  /A ILE 2025 CG2    0.191    2.509
    11113     /A LEU 2020 H     /A ILE 2060 O      0.170    1.850
    11114     /A VAL 2057 O     /A ALA 2082 H      0.168    1.852
    11115     /A VAL 2057 HG13  /A VAL 2057 O      0.156    2.264
    11116     /A ILE 2084 HD11  /A ILE 2084 HG21   0.156    1.844
    11117     /A ARG 2059 H     /A ASN 2080 O      0.148    1.872
    11118     /A ARG 2059 HA    /A LEU 2020 O      0.122    2.298
    11119     /A VAL 2081 HG11  /A ALA 2082 O      0.113    2.307
    11120     /A LEU 2020 HD21  /A LEU 2020 C      0.098    2.512
    11121     /A ILE 2084 HG13  /A ILE 2084 O      0.085    2.335
    11122     /A ILE 2025 HG21  /A VAL 2057 CG1    0.083    2.617
    11123     /A ILE 2084 CG2   /A ALA 2082 O      0.072    3.048
    11124     /A LEU 2041 CD2   /A ARG 2026 CG     0.064    3.336
    11125     /A ARG 2059 HH11  /A ARG 2059 HD2    0.047    1.953
    11126     /A LEU 2022 H     /A LEU 2058 O      0.018    2.002
    11127     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 HD23   0.013    1.987
    11128     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 HD22   0.013    1.987
    11129     /A LEU 2058 CD1   /A ARG 2059 N      0.002    3.503
    11130     /A ARG 2059 HB3   /A ASN 2080 HB3    -0.009    2.009
    11131     /A ASN 2024 HA    /A VAL 2057 CG2    -0.023    2.723
    11132     /A ILE 2025 HB    /A LEU 2022 CD2    -0.023    2.723
    11133     /A ILE 2079 HD13  /A ILE 2079 HG21   -0.029    2.029
    11134     /A ILE 2025 HD13  /A ILE 2025 HG23   -0.032    2.032
    11135     /A ASN 2024 CA    /A VAL 2057 HG23   -0.037    2.737
    11136     /A VAL 2057 H     /A LEU 2022 O      -0.039    2.059
    11137     /A VAL 2057 HG23  /A GLY 2023 O      -0.045    2.465
    11138     /A VAL 2057 HG22  /A GLY 2023 O      -0.046    2.466
    11139     /A LEU 2022 HD22  /A ILE 2025 HB     -0.047    2.047
    11140     /A ILE 2060 HD13  /A ILE 2060 HG21   -0.076    2.076
    11141     /A LEU 2041 H     /A THR 2085 O      -0.080    2.100
    11142     /A VAL 2081 CG2   /A LEU 2058 CD1    -0.086    3.666
    11143     /A VAL 2057 HA    /A ALA 2082 CB     -0.091    2.791
    11144     /A LEU 2058 CD1   /A ASN 2080 O      -0.095    3.395
    11145     /A GLU 2021 HA    /A LEU 2058 O      -0.095    2.515
    11146     /A GLU 2021 N     /A LEU 2020 HD21   -0.097    2.722
    11147     /A ILE 2060 HB    /A LEU 2020 HB3    -0.100    2.100
    11148     /A THR 2085 N     /A LEU 2041 O      -0.104    2.749
    11149     /A VAL 2081 HA    /A VAL 2057 O      -0.105    2.525
    11150     /A LEU 2058 HA    /A ASN 2080 O      -0.106    2.526
    11151     /A ILE 2084 HA    /A LEU 2041 O      -0.106    2.526
    11152     /A ASN 2080 N     /A ARG 2059 O      -0.107    2.752
    11153     /A ILE 2025 HG22  /A ILE 2025 O      -0.117    2.537
    11154     /A VAL 2057 CG1   /A ILE 2025 CG2    -0.121    3.521
    11155     /A ALA 2082 HB1   /A PRO 2083 CD     -0.122    2.822
    11156     /A LEU 2041 HD22  /A ARG 2026 CG     -0.139    2.839
    11157     /A PRO 2083 HD2   /A ALA 2082 HA     -0.144    2.144
    11158     /A ARG 2059 CA    /A LEU 2020 O      -0.146    3.266
    11159     /A ALA 2082 HB2   /A VAL 2057 HA     -0.156    2.156
    11160     /A ILE 2079 HG23  /A VAL 2081 HG21   -0.159    2.159
    11161     /A VAL 2081 HG11  /A ALA 2082 N      -0.163    2.788
    11162     /A ILE 2084 CA    /A LEU 2041 O      -0.164    3.284
    11163     /A LEU 2041 HD23  /A ARG 2026 CG     -0.169    2.869
    11164     /A LEU 2058 CB    /A LEU 2022 HB3    -0.170    3.050
    11165     /A VAL 2057 N     /A LEU 2022 O      -0.170    2.815
    11166     /A ILE 2060 N     /A LEU 2020 O      -0.172    2.817
    11167     /A LEU 2022 HD11  /A LEU 2022 HA     -0.175    2.175
    11168     /A PRO 2083 C     /A ILE 2084 HG22   -0.176    2.786
    11169     /A ASN 2024 OD1   /A ILE 2025 H      -0.178    2.198
    11170     /A ILE 2079 HG23  /A VAL 2081 CG2    -0.180    2.880
    11171     /A ILE 2079 HG22  /A ILE 2060 HG12   -0.190    2.190
    11172     /A LEU 2041 HA    /A LEU 2041 HD22   -0.205    2.205
    11173     /A ILE 2060 O     /A LEU 2020 N      -0.212    2.857
    11174     /A ALA 2082 N     /A VAL 2057 O      -0.214    2.859
    11175     /A ARG 2059 N     /A ASN 2080 O      -0.227    2.872
    11176     /A ILE 2025 N     /A ASN 2024 OD1    -0.233    2.878
    11177     /A ARG 2059 H     /A LEU 2058 CD1    -0.240    3.120
    11178     /A PRO 2083 HD3   /A ALA 2082 HB1    -0.251    2.251
    11179     /A ILE 2079 HA    /A ARG 2059 O      -0.253    2.673
    11180     /A GLU 2021 N     /A LEU 2020 CD2    -0.254    3.579
    11181     /A ARG 2026 CD    /A LEU 2041 CD2    -0.255    3.655
    11182     /A ARG 2059 HG3   /A GLU 2021 HG2    -0.264    2.264
    11183     /A LEU 2022 N     /A LEU 2058 O      -0.268    2.913
    11184     /A ILE 2025 H     /A ASN 2024 CG     -0.272    2.882
    11185     /A ALA 2082 O     /A VAL 2081 CG1    -0.274    3.394
    11186     /A ARG 2026 HH11  /A ARG 2026 HD3    -0.280    2.280
    11187     /A GLU 2021 HG3   /A LEU 2020 C      -0.291    2.901
    11188     /A ALA 2082 H     /A VAL 2057 C      -0.307    2.917
    11189     /A LEU 2020 O     /A LEU 2020 HD21   -0.308    2.728
    11190     /A ARG 2026 CD    /A LEU 2041 HD23   -0.316    3.016
    11191     /A VAL 2081 HG21  /A ASN 2080 C      -0.327    2.937
    11192     /A ILE 2079 CG2   /A LEU 2058 CD1    -0.330    3.910
    11193     /A LEU 2058 CG    /A ILE 2060 HG13   -0.330    3.210
    11194     /A VAL 2081 CA    /A VAL 2057 O      -0.336    3.456
    11195     /A PRO 2083 O     /A ILE 2084 CG2    -0.337    3.457
    11196     /A LEU 2058 O     /A GLU 2021 CA     -0.342    3.462
    11197     /A ARG 2026 NE    /A LEU 2041 HD23   -0.343    2.968
    11198     /A ASN 2080 O     /A LEU 2058 CA     -0.344    3.464
    11199     /A ILE 2060 H     /A LEU 2020 C      -0.344    2.954
    11200     /A ILE 2025 HG13  /A ARG 2026 N      -0.346    2.971
    11201     /A VAL 2057 HG21  /A ALA 2042 CB     -0.353    3.053
    11202     /A ASN 2080 H     /A ARG 2059 C      -0.361    2.971
    11203     /A ASN 2080 HB3   /A ARG 2059 CB     -0.365    3.065
    11204     /A ILE 2060 HG22  /A ILE 2079 HG13   -0.365    2.365
    11205     /A LEU 2022 HD22  /A ILE 2025 CB     -0.366    3.066
    11206     /A LEU 2022 HG    /A GLY 2023 N      -0.366    2.991
    11207     /A ASN 2024 CA    /A VAL 2057 CG2    -0.369    3.769
    11208     /A ILE 2079 HG22  /A LEU 2058 CD1    -0.370    3.250
    11209     /A THR 2085 H     /A LEU 2041 C      -0.373    2.983
    11210     /A LEU 2058 CD2   /A ILE 2060 HD11   -0.375    3.255
    11211     /A ARG 2059 HB3   /A ASN 2080 CB     -0.377    3.077
    11212     /A ILE 2084 HG12  /A ILE 2084 H      -0.390    2.390
    11213     /A THR 2085 HB    /A LEU 2041 HB2    -0.392    2.392
    11214     /A GLU 2021 CG    /A LEU 2020 O      -0.393    3.513
    11215    
    11216 
    11217  
    11218 112 contacts 
    11219 
    11220 > name frozen Contacts_leu sel
    11221 
    11222 > ui tool show Clashes
    11223 
    11224 > clashes sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    11225 > color #ff0000 reveal true log true
    11226    
    11227    
    11228     Allowed overlap: 0.6
    11229     H-bond overlap reduction: 0.4
    11230     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    11231     Detect intra-residue clashes: True
    11232     Detect intra-molecule clashes: True
    11233    
    11234     0 clashes
    11235     atom1  atom2  overlap  distance
    11236    
    11237 
    11238  
    11239 No clashes 
    11240 
    11241 > help help:user
    11242 
    11243 > close #1.1-2
    11244 
    11245 > swapaa /A: 2058 pro
    11246 
    11247 Using Dunbrack library 
    11248 /A LEU 2058: phi -137.9, psi 132.6 trans 
    11249 Applying PRO rotamer (chi angles: -25.1 36.3) to /A PRO 2058 
    11250 
    11251 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    11252 
    11253 319 atoms, 317 bonds, 20 residues, 1 model selected 
    11254 
    11255 > ui tool show Contacts
    11256 
    11257 > contacts sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    11258 > color #ffffff dashes 4 reveal true log true
    11259    
    11260    
    11261     Allowed overlap: -0.4
    11262     H-bond overlap reduction: 0.4
    11263     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    11264     Detect intra-residue contacts: True
    11265     Detect intra-molecule contacts: True
    11266    
    11267     119 contacts
    11268          atom1             atom2        overlap  distance
    11269     /A VAL 2057 HB    /A PRO 2058 CD     0.804    2.076
    11270     /A VAL 2057 CG1   /A PRO 2058 CD     0.792    2.788
    11271     /A ILE 2084 HG22  /A ALA 2082 O      0.435    1.985
    11272     /A ASN 2024 HA    /A VAL 2057 HG23   0.336    1.664
    11273     /A ILE 2025 HG21  /A VAL 2057 HG12   0.327    1.673
    11274     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 CD2    0.297    2.403
    11275     /A ARG 2059 O     /A ASN 2080 H      0.258    1.762
    11276     /A VAL 2057 CG2   /A GLY 2023 O      0.249    2.871
    11277     /A LEU 2041 O     /A THR 2085 H      0.230    1.790
    11278     /A LEU 2020 O     /A ILE 2060 H      0.195    1.825
    11279     /A VAL 2057 HG12  /A ILE 2025 CG2    0.191    2.509
    11280     /A VAL 2057 HG13  /A PRO 2058 CD     0.176    2.704
    11281     /A LEU 2020 H     /A ILE 2060 O      0.170    1.850
    11282     /A VAL 2057 HG12  /A PRO 2058 CD     0.170    2.710
    11283     /A VAL 2057 O     /A ALA 2082 H      0.168    1.852
    11284     /A VAL 2057 HG13  /A VAL 2057 O      0.156    2.264
    11285     /A ILE 2084 HD11  /A ILE 2084 HG21   0.156    1.844
    11286     /A ARG 2059 H     /A ASN 2080 O      0.148    1.872
    11287     /A ARG 2059 HA    /A LEU 2020 O      0.122    2.298
    11288     /A VAL 2081 HG11  /A ALA 2082 O      0.113    2.307
    11289     /A LEU 2020 HD21  /A LEU 2020 C      0.098    2.512
    11290     /A ILE 2084 HG13  /A ILE 2084 O      0.085    2.335
    11291     /A ILE 2025 HG21  /A VAL 2057 CG1    0.083    2.617
    11292     /A VAL 2057 CG1   /A PRO 2058 CG     0.082    3.498
    11293     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 CD     0.073    2.807
    11294     /A ILE 2084 CG2   /A ALA 2082 O      0.072    3.048
    11295     /A LEU 2041 CD2   /A ARG 2026 CG     0.064    3.336
    11296     /A ARG 2059 HH11  /A ARG 2059 HD2    0.047    1.953
    11297     /A LEU 2022 HD21  /A PRO 2058 CG     0.035    2.845
    11298     /A LEU 2022 H     /A PRO 2058 O      0.018    2.002
    11299     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 HD23   0.013    1.987
    11300     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 HD22   0.013    1.987
    11301     /A ARG 2059 HB3   /A ASN 2080 HB3    -0.009    2.009
    11302     /A ASN 2024 HA    /A VAL 2057 CG2    -0.023    2.723
    11303     /A ILE 2025 HB    /A LEU 2022 CD2    -0.023    2.723
    11304     /A ILE 2079 HD13  /A ILE 2079 HG21   -0.029    2.029
    11305     /A ILE 2025 HD13  /A ILE 2025 HG23   -0.032    2.032
    11306     /A ASN 2024 CA    /A VAL 2057 HG23   -0.037    2.737
    11307     /A VAL 2057 H     /A LEU 2022 O      -0.039    2.059
    11308     /A VAL 2057 HG23  /A GLY 2023 O      -0.045    2.465
    11309     /A VAL 2057 HG22  /A GLY 2023 O      -0.046    2.466
    11310     /A LEU 2022 HD22  /A ILE 2025 HB     -0.047    2.047
    11311     /A ILE 2060 HD13  /A ILE 2060 HG21   -0.076    2.076
    11312     /A LEU 2041 H     /A THR 2085 O      -0.080    2.100
    11313     /A VAL 2057 HA    /A ALA 2082 CB     -0.091    2.791
    11314     /A GLU 2021 HA    /A PRO 2058 O      -0.095    2.515
    11315     /A GLU 2021 N     /A LEU 2020 HD21   -0.097    2.722
    11316     /A ILE 2060 HB    /A LEU 2020 HB3    -0.100    2.100
    11317     /A PRO 2058 CD    /A LEU 2022 O      -0.103    3.403
    11318     /A THR 2085 N     /A LEU 2041 O      -0.104    2.749
    11319     /A VAL 2081 HA    /A VAL 2057 O      -0.105    2.525
    11320     /A PRO 2058 HA    /A ASN 2080 O      -0.106    2.526
    11321     /A ILE 2084 HA    /A LEU 2041 O      -0.106    2.526
    11322     /A ASN 2080 N     /A ARG 2059 O      -0.107    2.752
    11323     /A ILE 2025 HG22  /A ILE 2025 O      -0.117    2.537
    11324     /A VAL 2057 CG1   /A ILE 2025 CG2    -0.121    3.521
    11325     /A ALA 2082 HB1   /A PRO 2083 CD     -0.122    2.822
    11326     /A LEU 2041 HD22  /A ARG 2026 CG     -0.139    2.839
    11327     /A PRO 2083 HD2   /A ALA 2082 HA     -0.144    2.144
    11328     /A ARG 2059 CA    /A LEU 2020 O      -0.146    3.266
    11329     /A ALA 2082 HB2   /A VAL 2057 HA     -0.156    2.156
    11330     /A ILE 2079 HG23  /A VAL 2081 HG21   -0.159    2.159
    11331     /A VAL 2081 HG11  /A ALA 2082 N      -0.163    2.788
    11332     /A ILE 2084 CA    /A LEU 2041 O      -0.164    3.284
    11333     /A LEU 2041 HD23  /A ARG 2026 CG     -0.169    2.869
    11334     /A VAL 2057 N     /A LEU 2022 O      -0.170    2.815
    11335     /A ILE 2060 N     /A LEU 2020 O      -0.172    2.817
    11336     /A LEU 2022 HD11  /A LEU 2022 HA     -0.175    2.175
    11337     /A PRO 2083 C     /A ILE 2084 HG22   -0.176    2.786
    11338     /A VAL 2057 CB    /A PRO 2058 CG     -0.176    3.756
    11339     /A ASN 2024 OD1   /A ILE 2025 H      -0.178    2.198
    11340     /A ILE 2079 HG23  /A VAL 2081 CG2    -0.180    2.880
    11341     /A PRO 2058 CB    /A LEU 2022 HB3    -0.185    3.065
    11342     /A LEU 2022 HD21  /A PRO 2058 CD     -0.189    3.069
    11343     /A ILE 2079 HG22  /A ILE 2060 HG12   -0.190    2.190
    11344     /A LEU 2041 HA    /A LEU 2041 HD22   -0.205    2.205
    11345     /A ILE 2060 O     /A LEU 2020 N      -0.212    2.857
    11346     /A ALA 2082 N     /A VAL 2057 O      -0.214    2.859
    11347     /A LEU 2022 CB    /A PRO 2058 CD     -0.221    3.801
    11348     /A ARG 2059 N     /A ASN 2080 O      -0.227    2.872
    11349     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 CG     -0.229    3.109
    11350     /A ILE 2025 N     /A ASN 2024 OD1    -0.233    2.878
    11351     /A PRO 2083 HD3   /A ALA 2082 HB1    -0.251    2.251
    11352     /A ILE 2079 HA    /A ARG 2059 O      -0.253    2.673
    11353     /A GLU 2021 N     /A LEU 2020 CD2    -0.254    3.579
    11354     /A ARG 2026 CD    /A LEU 2041 CD2    -0.255    3.655
    11355     /A ARG 2059 HG3   /A GLU 2021 HG2    -0.264    2.264
    11356     /A VAL 2057 HG13  /A PRO 2058 CG     -0.266    3.146
    11357     /A LEU 2022 N     /A PRO 2058 O      -0.268    2.913
    11358     /A ILE 2025 H     /A ASN 2024 CG     -0.272    2.882
    11359     /A ALA 2082 O     /A VAL 2081 CG1    -0.274    3.394
    11360     /A ARG 2026 HH11  /A ARG 2026 HD3    -0.280    2.280
    11361     /A VAL 2057 HG12  /A PRO 2058 CG     -0.281    3.161
    11362     /A GLU 2021 HG3   /A LEU 2020 C      -0.291    2.901
    11363     /A PRO 2058 N     /A LEU 2022 O      -0.301    3.346
    11364     /A ALA 2082 H     /A VAL 2057 C      -0.307    2.917
    11365     /A LEU 2020 O     /A LEU 2020 HD21   -0.308    2.728
    11366     /A PRO 2058 CG    /A LEU 2022 CD2    -0.312    3.892
    11367     /A ARG 2026 CD    /A LEU 2041 HD23   -0.316    3.016
    11368     /A VAL 2081 HG21  /A ASN 2080 C      -0.327    2.937
    11369     /A VAL 2081 CA    /A VAL 2057 O      -0.336    3.456
    11370     /A PRO 2083 O     /A ILE 2084 CG2    -0.337    3.457
    11371     /A PRO 2058 O     /A GLU 2021 CA     -0.342    3.462
    11372     /A ARG 2026 NE    /A LEU 2041 HD23   -0.343    2.968
    11373     /A ASN 2080 O     /A PRO 2058 CA     -0.344    3.464
    11374     /A ILE 2060 H     /A LEU 2020 C      -0.344    2.954
    11375     /A ILE 2025 HG13  /A ARG 2026 N      -0.346    2.971
    11376     /A VAL 2057 HG21  /A ALA 2042 CB     -0.353    3.053
    11377     /A ASN 2080 H     /A ARG 2059 C      -0.361    2.971
    11378     /A ASN 2080 HB3   /A ARG 2059 CB     -0.365    3.065
    11379     /A ILE 2060 HG22  /A ILE 2079 HG13   -0.365    2.365
    11380     /A LEU 2022 HD22  /A ILE 2025 CB     -0.366    3.066
    11381     /A LEU 2022 HG    /A GLY 2023 N      -0.366    2.991
    11382     /A ASN 2024 CA    /A VAL 2057 CG2    -0.369    3.769
    11383     /A THR 2085 H     /A LEU 2041 C      -0.373    2.983
    11384     /A ARG 2059 HB3   /A ASN 2080 CB     -0.377    3.077
    11385     /A ILE 2084 HG12  /A ILE 2084 H      -0.390    2.390
    11386     /A THR 2085 HB    /A LEU 2041 HB2    -0.392    2.392
    11387     /A GLU 2021 CG    /A LEU 2020 O      -0.393    3.513
    11388    
    11389 
    11390  
    11391 119 contacts 
    11392 
    11393 > ui tool show Clashes
    11394 
    11395 > clashes sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    11396 > color #ff0000 reveal true log true
    11397    
    11398    
    11399     Allowed overlap: 0.6
    11400     H-bond overlap reduction: 0.4
    11401     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    11402     Detect intra-residue clashes: True
    11403     Detect intra-molecule clashes: True
    11404    
    11405     2 clashes
    11406         atom1            atom2       overlap  distance
    11407     /A VAL 2057 HB  /A PRO 2058 CD    0.804    2.076
    11408     /A PRO 2058 CD  /A VAL 2057 CG1   0.792    2.788
    11409    
    11410 
    11411  
    11412 2 clashes 
    11413 
    11414 > ui windowfill toggle
    11415 
    11416 > select clear
    11417 
    11418 > ui windowfill toggle
    11419 
    11420 > select /A:2022
    11421 
    11422 19 atoms, 18 bonds, 1 pseudobond, 1 residue, 2 models selected 
    11423 
    11424 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    11425 
    11426 319 atoms, 317 bonds, 121 pseudobonds, 20 residues, 3 models selected 
    11427 
    11428 > select /A:2022
    11429 
    11430 19 atoms, 18 bonds, 1 pseudobond, 1 residue, 2 models selected 
    11431 
    11432 > show sel cartoons
    11433 
    11434 [Repeated 1 time(s)]
    11435 
    11436 > hide sel atoms
    11437 
    11438 > ui windowfill toggle
    11439 
    11440 [Repeated 5 time(s)]
    11441 
    11442 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    11443 
    11444 319 atoms, 317 bonds, 121 pseudobonds, 20 residues, 3 models selected 
    11445 
    11446 > ui windowfill toggle
    11447 
    11448 [Repeated 1 time(s)]
    11449 
    11450 > close #1.1
    11451 
    11452 > ui windowfill toggle
    11453 
    11454 > ui tool show Contacts
    11455 
    11456 > contacts sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    11457 > color #ffffff dashes 4 reveal true log true
    11458    
    11459    
    11460     Allowed overlap: -0.4
    11461     H-bond overlap reduction: 0.4
    11462     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    11463     Detect intra-residue contacts: True
    11464     Detect intra-molecule contacts: True
    11465    
    11466     119 contacts
    11467          atom1             atom2        overlap  distance
    11468     /A VAL 2057 HB    /A PRO 2058 CD     0.804    2.076
    11469     /A VAL 2057 CG1   /A PRO 2058 CD     0.792    2.788
    11470     /A ILE 2084 HG22  /A ALA 2082 O      0.435    1.985
    11471     /A ASN 2024 HA    /A VAL 2057 HG23   0.336    1.664
    11472     /A ILE 2025 HG21  /A VAL 2057 HG12   0.327    1.673
    11473     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 CD2    0.297    2.403
    11474     /A ARG 2059 O     /A ASN 2080 H      0.258    1.762
    11475     /A VAL 2057 CG2   /A GLY 2023 O      0.249    2.871
    11476     /A LEU 2041 O     /A THR 2085 H      0.230    1.790
    11477     /A LEU 2020 O     /A ILE 2060 H      0.195    1.825
    11478     /A VAL 2057 HG12  /A ILE 2025 CG2    0.191    2.509
    11479     /A VAL 2057 HG13  /A PRO 2058 CD     0.176    2.704
    11480     /A LEU 2020 H     /A ILE 2060 O      0.170    1.850
    11481     /A VAL 2057 HG12  /A PRO 2058 CD     0.170    2.710
    11482     /A VAL 2057 O     /A ALA 2082 H      0.168    1.852
    11483     /A VAL 2057 HG13  /A VAL 2057 O      0.156    2.264
    11484     /A ILE 2084 HD11  /A ILE 2084 HG21   0.156    1.844
    11485     /A ARG 2059 H     /A ASN 2080 O      0.148    1.872
    11486     /A ARG 2059 HA    /A LEU 2020 O      0.122    2.298
    11487     /A VAL 2081 HG11  /A ALA 2082 O      0.113    2.307
    11488     /A LEU 2020 HD21  /A LEU 2020 C      0.098    2.512
    11489     /A ILE 2084 HG13  /A ILE 2084 O      0.085    2.335
    11490     /A ILE 2025 HG21  /A VAL 2057 CG1    0.083    2.617
    11491     /A VAL 2057 CG1   /A PRO 2058 CG     0.082    3.498
    11492     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 CD     0.073    2.807
    11493     /A ILE 2084 CG2   /A ALA 2082 O      0.072    3.048
    11494     /A LEU 2041 CD2   /A ARG 2026 CG     0.064    3.336
    11495     /A ARG 2059 HH11  /A ARG 2059 HD2    0.047    1.953
    11496     /A LEU 2022 HD21  /A PRO 2058 CG     0.035    2.845
    11497     /A LEU 2022 H     /A PRO 2058 O      0.018    2.002
    11498     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 HD23   0.013    1.987
    11499     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 HD22   0.013    1.987
    11500     /A ARG 2059 HB3   /A ASN 2080 HB3    -0.009    2.009
    11501     /A ASN 2024 HA    /A VAL 2057 CG2    -0.023    2.723
    11502     /A ILE 2025 HB    /A LEU 2022 CD2    -0.023    2.723
    11503     /A ILE 2079 HD13  /A ILE 2079 HG21   -0.029    2.029
    11504     /A ILE 2025 HD13  /A ILE 2025 HG23   -0.032    2.032
    11505     /A ASN 2024 CA    /A VAL 2057 HG23   -0.037    2.737
    11506     /A VAL 2057 H     /A LEU 2022 O      -0.039    2.059
    11507     /A VAL 2057 HG23  /A GLY 2023 O      -0.045    2.465
    11508     /A VAL 2057 HG22  /A GLY 2023 O      -0.046    2.466
    11509     /A LEU 2022 HD22  /A ILE 2025 HB     -0.047    2.047
    11510     /A ILE 2060 HD13  /A ILE 2060 HG21   -0.076    2.076
    11511     /A LEU 2041 H     /A THR 2085 O      -0.080    2.100
    11512     /A VAL 2057 HA    /A ALA 2082 CB     -0.091    2.791
    11513     /A GLU 2021 HA    /A PRO 2058 O      -0.095    2.515
    11514     /A GLU 2021 N     /A LEU 2020 HD21   -0.097    2.722
    11515     /A ILE 2060 HB    /A LEU 2020 HB3    -0.100    2.100
    11516     /A PRO 2058 CD    /A LEU 2022 O      -0.103    3.403
    11517     /A THR 2085 N     /A LEU 2041 O      -0.104    2.749
    11518     /A VAL 2081 HA    /A VAL 2057 O      -0.105    2.525
    11519     /A PRO 2058 HA    /A ASN 2080 O      -0.106    2.526
    11520     /A ILE 2084 HA    /A LEU 2041 O      -0.106    2.526
    11521     /A ASN 2080 N     /A ARG 2059 O      -0.107    2.752
    11522     /A ILE 2025 HG22  /A ILE 2025 O      -0.117    2.537
    11523     /A VAL 2057 CG1   /A ILE 2025 CG2    -0.121    3.521
    11524     /A ALA 2082 HB1   /A PRO 2083 CD     -0.122    2.822
    11525     /A LEU 2041 HD22  /A ARG 2026 CG     -0.139    2.839
    11526     /A PRO 2083 HD2   /A ALA 2082 HA     -0.144    2.144
    11527     /A ARG 2059 CA    /A LEU 2020 O      -0.146    3.266
    11528     /A ALA 2082 HB2   /A VAL 2057 HA     -0.156    2.156
    11529     /A ILE 2079 HG23  /A VAL 2081 HG21   -0.159    2.159
    11530     /A VAL 2081 HG11  /A ALA 2082 N      -0.163    2.788
    11531     /A ILE 2084 CA    /A LEU 2041 O      -0.164    3.284
    11532     /A LEU 2041 HD23  /A ARG 2026 CG     -0.169    2.869
    11533     /A VAL 2057 N     /A LEU 2022 O      -0.170    2.815
    11534     /A ILE 2060 N     /A LEU 2020 O      -0.172    2.817
    11535     /A LEU 2022 HD11  /A LEU 2022 HA     -0.175    2.175
    11536     /A PRO 2083 C     /A ILE 2084 HG22   -0.176    2.786
    11537     /A VAL 2057 CB    /A PRO 2058 CG     -0.176    3.756
    11538     /A ASN 2024 OD1   /A ILE 2025 H      -0.178    2.198
    11539     /A ILE 2079 HG23  /A VAL 2081 CG2    -0.180    2.880
    11540     /A PRO 2058 CB    /A LEU 2022 HB3    -0.185    3.065
    11541     /A LEU 2022 HD21  /A PRO 2058 CD     -0.189    3.069
    11542     /A ILE 2079 HG22  /A ILE 2060 HG12   -0.190    2.190
    11543     /A LEU 2041 HA    /A LEU 2041 HD22   -0.205    2.205
    11544     /A ILE 2060 O     /A LEU 2020 N      -0.212    2.857
    11545     /A ALA 2082 N     /A VAL 2057 O      -0.214    2.859
    11546     /A LEU 2022 CB    /A PRO 2058 CD     -0.221    3.801
    11547     /A ARG 2059 N     /A ASN 2080 O      -0.227    2.872
    11548     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 CG     -0.229    3.109
    11549     /A ILE 2025 N     /A ASN 2024 OD1    -0.233    2.878
    11550     /A PRO 2083 HD3   /A ALA 2082 HB1    -0.251    2.251
    11551     /A ILE 2079 HA    /A ARG 2059 O      -0.253    2.673
    11552     /A GLU 2021 N     /A LEU 2020 CD2    -0.254    3.579
    11553     /A ARG 2026 CD    /A LEU 2041 CD2    -0.255    3.655
    11554     /A ARG 2059 HG3   /A GLU 2021 HG2    -0.264    2.264
    11555     /A VAL 2057 HG13  /A PRO 2058 CG     -0.266    3.146
    11556     /A LEU 2022 N     /A PRO 2058 O      -0.268    2.913
    11557     /A ILE 2025 H     /A ASN 2024 CG     -0.272    2.882
    11558     /A ALA 2082 O     /A VAL 2081 CG1    -0.274    3.394
    11559     /A ARG 2026 HH11  /A ARG 2026 HD3    -0.280    2.280
    11560     /A VAL 2057 HG12  /A PRO 2058 CG     -0.281    3.161
    11561     /A GLU 2021 HG3   /A LEU 2020 C      -0.291    2.901
    11562     /A PRO 2058 N     /A LEU 2022 O      -0.301    3.346
    11563     /A ALA 2082 H     /A VAL 2057 C      -0.307    2.917
    11564     /A LEU 2020 O     /A LEU 2020 HD21   -0.308    2.728
    11565     /A PRO 2058 CG    /A LEU 2022 CD2    -0.312    3.892
    11566     /A ARG 2026 CD    /A LEU 2041 HD23   -0.316    3.016
    11567     /A VAL 2081 HG21  /A ASN 2080 C      -0.327    2.937
    11568     /A VAL 2081 CA    /A VAL 2057 O      -0.336    3.456
    11569     /A PRO 2083 O     /A ILE 2084 CG2    -0.337    3.457
    11570     /A PRO 2058 O     /A GLU 2021 CA     -0.342    3.462
    11571     /A ARG 2026 NE    /A LEU 2041 HD23   -0.343    2.968
    11572     /A ASN 2080 O     /A PRO 2058 CA     -0.344    3.464
    11573     /A ILE 2060 H     /A LEU 2020 C      -0.344    2.954
    11574     /A ILE 2025 HG13  /A ARG 2026 N      -0.346    2.971
    11575     /A VAL 2057 HG21  /A ALA 2042 CB     -0.353    3.053
    11576     /A ASN 2080 H     /A ARG 2059 C      -0.361    2.971
    11577     /A ASN 2080 HB3   /A ARG 2059 CB     -0.365    3.065
    11578     /A ILE 2060 HG22  /A ILE 2079 HG13   -0.365    2.365
    11579     /A LEU 2022 HD22  /A ILE 2025 CB     -0.366    3.066
    11580     /A LEU 2022 HG    /A GLY 2023 N      -0.366    2.991
    11581     /A ASN 2024 CA    /A VAL 2057 CG2    -0.369    3.769
    11582     /A THR 2085 H     /A LEU 2041 C      -0.373    2.983
    11583     /A ARG 2059 HB3   /A ASN 2080 CB     -0.377    3.077
    11584     /A ILE 2084 HG12  /A ILE 2084 H      -0.390    2.390
    11585     /A THR 2085 HB    /A LEU 2041 HB2    -0.392    2.392
    11586     /A GLU 2021 CG    /A LEU 2020 O      -0.393    3.513
    11587    
    11588 
    11589  
    11590 119 contacts 
    11591 
    11592 > ui windowfill toggle
    11593 
    11594 [Repeated 3 time(s)]
    11595 
    11596 > select clear
    11597 
    11598 > ui windowfill toggle
    11599 
    11600 > select /A:2078-2082
    11601 
    11602 74 atoms, 73 bonds, 7 pseudobonds, 5 residues, 2 models selected 
    11603 
    11604 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    11605 
    11606 319 atoms, 317 bonds, 121 pseudobonds, 20 residues, 3 models selected 
    11607 
    11608 > hide sel cartoons
    11609 
    11610 > show sel atoms
    11611 
    11612 > hide sel atoms
    11613 
    11614 > show sel cartoons
    11615 
    11616 [Repeated 1 time(s)]
    11617 
    11618 > hide sel cartoons
    11619 
    11620 [Repeated 1 time(s)]
    11621 
    11622 > show sel cartoons
    11623 
    11624 > ui mousemode right select
    11625 
    11626 Drag select of 272 atoms, 262 residues, 253 bonds, 33 pseudobonds 
    11627 
    11628 > hide sel atoms
    11629 
    11630 > show sel cartoons
    11631 
    11632 [Repeated 1 time(s)]
    11633 
    11634 > select clear
    11635 
    11636 > close #1.1-2
    11637 
    11638 > select /A:2058
    11639 
    11640 8 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    11641 
    11642 > color sel orange
    11643 
    11644 > select clear
    11645 
    11646 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    11647 
    11648 319 atoms, 317 bonds, 20 residues, 1 model selected 
    11649 Drag select of 2 residues 
    11650 
    11651 > ui mousemode right translate
    11652 
    11653 > swapaa /A: 2058 leu
    11654 
    11655 Using Dunbrack library 
    11656 /A PRO 2058: phi -137.9, psi 132.6 trans 
    11657 Applying LEU rotamer (chi angles: 177.6 65.4) to /A LEU 2058 
    11658 
    11659 > select clear
    11660 
    11661 > ui windowfill toggle
    11662 
    11663 [Repeated 1 time(s)]
    11664 
    11665 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/Contacts.cxs
    11666 
    11667 ——— End of log from Tue Jul 29 15:17:34 2025 ———
    11668 
    11669 > view name session-start
    11670 
    11671 opened ChimeraX session 
    11672 
    11673 > select /A:2058
    11674 
    11675 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    11676 
    11677 > color sel red
    11678 
    11679 > select clear
    11680 
    11681 > ui windowfill toggle
    11682 
    11683 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/ZoomedOut.tif width 1280 height 491
    11684 > supersample 3
    11685 
    11686 > ui mousemode right select
    11687 
    11688 Drag select of 262 residues 
    11689 
    11690 > show sel surfaces
    11691 
    11692 > transparency (#!1 & sel) 70
    11693 
    11694 > select clear
    11695 
    11696 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/ZoomedOutSurface.tif width 1280 height
    11697 > 491 supersample 3
    11698 
    11699 Drag select of fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES surface,
    11700 387556 of 3437070 triangles, 262 residues 
    11701 
    11702 > hide sel surfaces
    11703 
    11704 > ui tool show "Add Hydrogens"
    11705 
    11706 > addh #!1
    11707 
    11708 Summary of feedback from adding hydrogens to
    11709 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1 
    11710 --- 
    11711 notes | Termini for fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif (#1) chain A determined from SEQRES records 
    11712 Chain-initial residues that are actual N termini: /A MET 1 
    11713 Chain-initial residues that are not actual N termini: 
    11714 Chain-final residues that are actual C termini: /A ASP 2300 
    11715 Chain-final residues that are not actual C termini: 
    11716 1819 hydrogen bonds 
    11717 10 hydrogens added 
    11718  
    11719 
    11720 > ui windowfill toggle
    11721 
    11722 > select clear
    11723 
    11724 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    11725 
    11726 330 atoms, 327 bonds, 20 residues, 1 model selected 
    11727 
    11728 > select /A:2218
    11729 
    11730 24 atoms, 25 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    11731 
    11732 > select /A:2218
    11733 
    11734 24 atoms, 25 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    11735 
    11736 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    11737 
    11738 330 atoms, 327 bonds, 20 residues, 1 model selected 
    11739 
    11740 > ui tool show Contacts
    11741 
    11742 > contacts sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    11743 > color #ffffff dashes 4 reveal true log true
    11744    
    11745    
    11746     Allowed overlap: -0.4
    11747     H-bond overlap reduction: 0.4
    11748     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    11749     Detect intra-residue contacts: True
    11750     Detect intra-molecule contacts: True
    11751    
    11752     134 contacts
    11753          atom1             atom2        overlap  distance
    11754     /A ILE 2084 HG22  /A ALA 2082 O      0.495    1.985
    11755     /A ASN 2024 HA    /A VAL 2057 HG23   0.336    1.664
    11756     /A ILE 2025 HG21  /A VAL 2057 HG12   0.327    1.673
    11757     /A ARG 2059 O     /A ASN 2080 H      0.318    1.762
    11758     /A GLY 2023 O     /A VAL 2057 CG2    0.309    2.871
    11759     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 CD2    0.297    2.403
    11760     /A LEU 2041 O     /A THR 2085 H      0.290    1.790
    11761     /A LEU 2020 O     /A ILE 2060 H      0.255    1.825
    11762     /A LEU 2020 H     /A ILE 2060 O      0.230    1.850
    11763     /A VAL 2057 O     /A ALA 2082 H      0.228    1.852
    11764     /A VAL 2057 HG13  /A VAL 2057 O      0.216    2.264
    11765     /A ARG 2059 H     /A ASN 2080 O      0.208    1.872
    11766     /A VAL 2057 HG12  /A ILE 2025 CG2    0.191    2.509
    11767     /A LEU 2020 HD21  /A LEU 2020 C      0.188    2.512
    11768     /A ARG 2059 HA    /A LEU 2020 O      0.182    2.298
    11769     /A VAL 2081 HG11  /A ALA 2082 O      0.173    2.307
    11770     /A LEU 2058 HD12  /A ASN 2080 O      0.171    2.309
    11771     /A ILE 2084 HD11  /A ILE 2084 HG21   0.156    1.844
    11772     /A ILE 2084 HG13  /A ILE 2084 O      0.145    2.335
    11773     /A ILE 2084 CG2   /A ALA 2082 O      0.132    3.048
    11774     /A VAL 2081 HG22  /A LEU 2058 CD1    0.096    2.604
    11775     /A ILE 2025 HG21  /A VAL 2057 CG1    0.083    2.617
    11776     /A LEU 2022 H     /A LEU 2058 O      0.078    2.002
    11777     /A LEU 2041 CD2   /A ARG 2026 CG     0.064    3.336
    11778     /A LEU 2058 HA    /A LEU 2058 HD12   0.053    1.947
    11779     /A ARG 2059 HH11  /A ARG 2059 HD2    0.047    1.953
    11780     /A VAL 2057 H     /A LEU 2022 O      0.021    2.059
    11781     /A VAL 2057 HG23  /A GLY 2023 O      0.015    2.465
    11782     /A VAL 2057 HG22  /A GLY 2023 O      0.014    2.466
    11783     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 HD23   0.013    1.987
    11784     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 HD22   0.013    1.987
    11785     /A LEU 2022 HB3   /A LEU 2058 HB2    -0.002    2.002
    11786     /A ARG 2059 HB3   /A ASN 2080 HB3    -0.009    2.009
    11787     /A LEU 2041 H     /A THR 2085 O      -0.020    2.100
    11788     /A LEU 2058 HG    /A ARG 2059 N      -0.021    2.646
    11789     /A ASN 2024 HA    /A VAL 2057 CG2    -0.023    2.723
    11790     /A ILE 2025 HB    /A LEU 2022 CD2    -0.023    2.723
    11791     /A ILE 2079 HD13  /A ILE 2079 HG21   -0.029    2.029
    11792     /A ILE 2025 HD13  /A ILE 2025 HG23   -0.032    2.032
    11793     /A GLU 2021 HA    /A LEU 2058 O      -0.035    2.515
    11794     /A ASN 2024 CA    /A VAL 2057 HG23   -0.037    2.737
    11795     /A THR 2085 N     /A LEU 2041 O      -0.044    2.749
    11796     /A VAL 2081 HA    /A VAL 2057 O      -0.045    2.525
    11797     /A LEU 2058 HA    /A ASN 2080 O      -0.046    2.526
    11798     /A ILE 2084 HA    /A LEU 2041 O      -0.046    2.526
    11799     /A LEU 2022 HD22  /A ILE 2025 HB     -0.047    2.047
    11800     /A ASN 2080 N     /A ARG 2059 O      -0.047    2.752
    11801     /A ILE 2025 HG22  /A ILE 2025 O      -0.057    2.537
    11802     /A ILE 2060 HD13  /A ILE 2060 HG21   -0.076    2.076
    11803     /A LEU 2058 HD13  /A VAL 2081 HG22   -0.081    2.081
    11804     /A PRO 2083 C     /A ILE 2084 HG22   -0.086    2.786
    11805     /A ARG 2059 CA    /A LEU 2020 O      -0.086    3.266
    11806     /A VAL 2057 HA    /A ALA 2082 CB     -0.091    2.791
    11807     /A GLU 2021 N     /A LEU 2020 HD21   -0.097    2.722
    11808     /A ILE 2060 HB    /A LEU 2020 HB3    -0.100    2.100
    11809     /A ILE 2084 CA    /A LEU 2041 O      -0.104    3.284
    11810     /A VAL 2057 N     /A LEU 2022 O      -0.110    2.815
    11811     /A ILE 2060 N     /A LEU 2020 O      -0.112    2.817
    11812     /A ASN 2024 OD1   /A ILE 2025 H      -0.118    2.198
    11813     /A VAL 2057 CG1   /A ILE 2025 CG2    -0.121    3.521
    11814     /A ALA 2082 HB1   /A PRO 2083 CD     -0.122    2.822
    11815     /A LEU 2041 HD22  /A ARG 2026 CG     -0.139    2.839
    11816     /A PRO 2083 HD2   /A ALA 2082 HA     -0.144    2.144
    11817     /A ILE 2060 O     /A LEU 2020 N      -0.152    2.857
    11818     /A ALA 2082 N     /A VAL 2057 O      -0.154    2.859
    11819     /A ALA 2082 HB2   /A VAL 2057 HA     -0.156    2.156
    11820     /A ILE 2079 HG23  /A VAL 2081 HG21   -0.159    2.159
    11821     /A VAL 2081 HG11  /A ALA 2082 N      -0.163    2.788
    11822     /A ARG 2059 N     /A ASN 2080 O      -0.167    2.872
    11823     /A LEU 2041 HD23  /A ARG 2026 CG     -0.169    2.869
    11824     /A ILE 2025 N     /A ASN 2024 OD1    -0.173    2.878
    11825     /A LEU 2022 HD11  /A LEU 2022 HA     -0.175    2.175
    11826     /A ILE 2079 HG23  /A VAL 2081 CG2    -0.180    2.880
    11827     /A LEU 2058 CD1   /A ARG 2059 N      -0.181    3.506
    11828     /A ILE 2025 H     /A ASN 2024 CG     -0.182    2.882
    11829     /A ILE 2060 HD11  /A LEU 2058 HD21   -0.184    2.184
    11830     /A ILE 2079 HG22  /A ILE 2060 HG12   -0.190    2.190
    11831     /A ILE 2079 HA    /A ARG 2059 O      -0.193    2.673
    11832     /A GLU 2021 HG3   /A LEU 2020 C      -0.201    2.901
    11833     /A LEU 2041 HA    /A LEU 2041 HD22   -0.205    2.205
    11834     /A LEU 2022 N     /A LEU 2058 O      -0.208    2.913
    11835     /A LEU 2058 CD1   /A ASN 2080 O      -0.211    3.391
    11836     /A ALA 2082 O     /A VAL 2081 CG1    -0.214    3.394
    11837     /A LEU 2058 HD12  /A ARG 2059 N      -0.216    2.841
    11838     /A ALA 2082 H     /A VAL 2057 C      -0.217    2.917
    11839     /A ARG 2059 H     /A LEU 2058 HD12   -0.233    2.233
    11840     /A VAL 2081 HG21  /A ASN 2080 C      -0.237    2.937
    11841     /A LEU 2020 O     /A LEU 2020 HD21   -0.248    2.728
    11842     /A PRO 2083 HD3   /A ALA 2082 HB1    -0.251    2.251
    11843     /A ILE 2060 H     /A LEU 2020 C      -0.254    2.954
    11844     /A GLU 2021 N     /A LEU 2020 CD2    -0.254    3.579
    11845     /A ARG 2026 CD    /A LEU 2041 CD2    -0.255    3.655
    11846     /A VAL 2081 CG2   /A LEU 2058 CD1    -0.259    3.659
    11847     /A ARG 2059 HG3   /A GLU 2021 HG2    -0.264    2.264
    11848     /A LEU 2058 H     /A LEU 2022 O      -0.267    2.347
    11849     /A ASN 2080 H     /A ARG 2059 C      -0.271    2.971
    11850     /A VAL 2081 CA    /A VAL 2057 O      -0.276    3.456
    11851     /A PRO 2083 O     /A ILE 2084 CG2    -0.277    3.457
    11852     /A LEU 2058 HD21  /A ILE 2060 CD1    -0.280    2.980
    11853     /A ARG 2026 HH11  /A ARG 2026 HD3    -0.280    2.280
    11854     /A LEU 2058 O     /A GLU 2021 CA     -0.282    3.462
    11855     /A THR 2085 H     /A LEU 2041 C      -0.283    2.983
    11856     /A ASN 2080 O     /A LEU 2058 CA     -0.284    3.464
    11857     /A ILE 2079 HG22  /A LEU 2058 HD11   -0.300    2.300
    11858     /A LEU 2058 HB2   /A LEU 2022 CB     -0.304    3.004
    11859     /A LEU 2020 H     /A ILE 2060 C      -0.314    3.014
    11860     /A ILE 2084 C     /A LEU 2041 O      -0.315    3.495
    11861     /A ARG 2026 CD    /A LEU 2041 HD23   -0.316    3.016
    11862     /A ILE 2060 HG13  /A ARG 2059 C      -0.333    3.033
    11863     /A GLU 2021 CG    /A LEU 2020 O      -0.333    3.513
    11864     /A ARG 2059 H     /A ASN 2080 C      -0.333    3.033
    11865     /A ARG 2059 C     /A LEU 2020 O      -0.340    3.520
    11866     /A LEU 2020 CD2   /A LEU 2020 O      -0.340    3.520
    11867     /A ARG 2026 NE    /A LEU 2041 HD23   -0.343    2.968
    11868     /A ILE 2025 HG13  /A ARG 2026 N      -0.346    2.971
    11869     /A ILE 2084 HG22  /A ALA 2082 C      -0.348    3.048
    11870     /A LEU 2058 CB    /A LEU 2022 HB3    -0.353    3.053
    11871     /A VAL 2057 HG21  /A ALA 2042 CB     -0.353    3.053
    11872     /A ILE 2084 CB    /A LEU 2041 O      -0.357    3.537
    11873     /A THR 2085 O     /A LEU 2041 N      -0.358    3.063
    11874     /A ASN 2080 HB3   /A ARG 2059 CB     -0.365    3.065
    11875     /A ILE 2060 HG22  /A ILE 2079 HG13   -0.365    2.365
    11876     /A LEU 2022 HD22  /A ILE 2025 CB     -0.366    3.066
    11877     /A LEU 2022 HG    /A GLY 2023 N      -0.366    2.991
    11878     /A ASN 2024 CA    /A VAL 2057 CG2    -0.369    3.769
    11879     /A VAL 2057 CB    /A GLY 2023 O      -0.369    3.549
    11880     /A LEU 2022 HG    /A ASN 2024 O      -0.372    2.852
    11881     /A VAL 2057 CG2   /A GLY 2023 C      -0.375    3.775
    11882     /A ARG 2059 HB3   /A ASN 2080 CB     -0.377    3.077
    11883     /A LEU 2058 HD11  /A ILE 2079 CG2    -0.378    3.078
    11884     /A ILE 2084 HG12  /A ILE 2084 H      -0.390    2.390
    11885     /A THR 2085 HB    /A LEU 2041 HB2    -0.392    2.392
    11886     /A ILE 2079 CA    /A ARG 2059 O      -0.394    3.574
    11887     /A ASN 2024 O     /A LEU 2022 CG     -0.396    3.576
    11888    
    11889 
    11890  
    11891 134 contacts 
    11892 
    11893 > ui windowfill toggle
    11894 
    11895 [Repeated 1 time(s)]
    11896 
    11897 > ui tool show Clashes
    11898 
    11899 > clashes sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    11900 > color #ff0000 reveal true log true
    11901    
    11902    
    11903     Allowed overlap: 0.6
    11904     H-bond overlap reduction: 0.4
    11905     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    11906     Detect intra-residue clashes: True
    11907     Detect intra-molecule clashes: True
    11908    
    11909     0 clashes
    11910     atom1  atom2  overlap  distance
    11911    
    11912 
    11913  
    11914 No clashes 
    11915 
    11916 > ui windowfill toggle
    11917 
    11918 [Repeated 1 time(s)]
    11919 
    11920 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    11921 
    11922 330 atoms, 327 bonds, 134 pseudobonds, 20 residues, 2 models selected 
    11923 
    11924 > ui tool show H-Bonds
    11925 
    11926 > hbonds sel color #00ff00 dashes 4 restrict both select true reveal true log
    11927 > true
    11928    
    11929    
    11930     Finding intermodel H-bonds
    11931     Finding intramodel H-bonds
    11932     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    11933     Models used:
    11934         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    11935    
    11936     10 H-bonds
    11937     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    11938     /A LEU 2020 N  /A ILE 2060 O  /A LEU 2020 H  2.857  1.850
    11939     /A LEU 2022 N  /A LEU 2058 O  /A LEU 2022 H  2.913  2.002
    11940     /A LEU 2041 N  /A THR 2085 O  /A LEU 2041 H  3.063  2.100
    11941     /A VAL 2057 N  /A LEU 2022 O  /A VAL 2057 H  2.815  2.059
    11942     /A LEU 2058 N  /A LEU 2022 O  /A LEU 2058 H  3.346  2.347
    11943     /A ARG 2059 N  /A ASN 2080 O  /A ARG 2059 H  2.872  1.872
    11944     /A ILE 2060 N  /A LEU 2020 O  /A ILE 2060 H  2.817  1.825
    11945     /A ASN 2080 N  /A ARG 2059 O  /A ASN 2080 H  2.752  1.762
    11946     /A ALA 2082 N  /A VAL 2057 O  /A ALA 2082 H  2.859  1.852
    11947     /A THR 2085 N  /A LEU 2041 O  /A THR 2085 H  2.749  1.790
    11948    
    11949 
    11950  
    11951 10 hydrogen bonds found 
    11952 
    11953 > select clear
    11954 
    11955 > hide #1.4 models
    11956 
    11957 > hide #1.3 models
    11958 
    11959 > select subtract #1.3
    11960 
    11961 Nothing selected 
    11962 
    11963 > hide #1.2 models
    11964 
    11965 > show #1.2 models
    11966 
    11967 > ui windowfill toggle
    11968 
    11969 > ui mousemode right translate
    11970 
    11971 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/l2058_con.tif width 1280 height 491
    11972 > supersample 3
    11973 
    11974 > ui windowfill toggle
    11975 
    11976 > hide #1.2 models
    11977 
    11978 > show #1.3 models
    11979 
    11980 > ui windowfill toggle
    11981 
    11982 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/l2058_cla.tif width 1280 height 491
    11983 > supersample 3
    11984 
    11985 > ui windowfill toggle
    11986 
    11987 > hide #1.3 models
    11988 
    11989 > select subtract #1.3
    11990 
    11991 Nothing selected 
    11992 
    11993 > show #1.4 models
    11994 
    11995 > ui windowfill toggle
    11996 
    11997 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/l2058_hb.tif width 1280 height 491
    11998 > supersample 3
    11999 
    12000 > ui windowfill toggle
    12001 
    12002 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/session_L2058.cxs
    12003 
    12004 ——— End of log from Wed Jul 30 08:19:51 2025 ———
    12005 
    12006 > view name session-start
    12007 
    12008 opened ChimeraX session 
    12009 
    12010 > close #1.2-4
    12011 
    12012 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    12013 
    12014 330 atoms, 327 bonds, 20 residues, 1 model selected 
    12015 
    12016 > hide sel cartoons
    12017 
    12018 > ui tool show Contacts
    12019 
    12020 > contacts sel saveFile C:/Users/emirm/Desktop/contacts/l2058_con_file
    12021 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true color
    12022 > #ffffff dashes 4 reveal true log true
    12023    
    12024    
    12025     Allowed overlap: -0.4
    12026     H-bond overlap reduction: 0.4
    12027     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    12028     Detect intra-residue contacts: True
    12029     Detect intra-molecule contacts: True
    12030    
    12031     134 contacts
    12032          atom1             atom2        overlap  distance
    12033     /A ILE 2084 HG22  /A ALA 2082 O      0.495    1.985
    12034     /A ASN 2024 HA    /A VAL 2057 HG23   0.336    1.664
    12035     /A ILE 2025 HG21  /A VAL 2057 HG12   0.327    1.673
    12036     /A ARG 2059 O     /A ASN 2080 H      0.318    1.762
    12037     /A GLY 2023 O     /A VAL 2057 CG2    0.309    2.871
    12038     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 CD2    0.297    2.403
    12039     /A LEU 2041 O     /A THR 2085 H      0.290    1.790
    12040     /A LEU 2020 O     /A ILE 2060 H      0.255    1.825
    12041     /A LEU 2020 H     /A ILE 2060 O      0.230    1.850
    12042     /A VAL 2057 O     /A ALA 2082 H      0.228    1.852
    12043     /A VAL 2057 HG13  /A VAL 2057 O      0.216    2.264
    12044     /A ARG 2059 H     /A ASN 2080 O      0.208    1.872
    12045     /A VAL 2057 HG12  /A ILE 2025 CG2    0.191    2.509
    12046     /A LEU 2020 HD21  /A LEU 2020 C      0.188    2.512
    12047     /A ARG 2059 HA    /A LEU 2020 O      0.182    2.298
    12048     /A VAL 2081 HG11  /A ALA 2082 O      0.173    2.307
    12049     /A LEU 2058 HD12  /A ASN 2080 O      0.171    2.309
    12050     /A ILE 2084 HD11  /A ILE 2084 HG21   0.156    1.844
    12051     /A ILE 2084 HG13  /A ILE 2084 O      0.145    2.335
    12052     /A ILE 2084 CG2   /A ALA 2082 O      0.132    3.048
    12053     /A VAL 2081 HG22  /A LEU 2058 CD1    0.096    2.604
    12054     /A ILE 2025 HG21  /A VAL 2057 CG1    0.083    2.617
    12055     /A LEU 2022 H     /A LEU 2058 O      0.078    2.002
    12056     /A LEU 2041 CD2   /A ARG 2026 CG     0.064    3.336
    12057     /A LEU 2058 HA    /A LEU 2058 HD12   0.053    1.947
    12058     /A ARG 2059 HH11  /A ARG 2059 HD2    0.047    1.953
    12059     /A VAL 2057 H     /A LEU 2022 O      0.021    2.059
    12060     /A VAL 2057 HG23  /A GLY 2023 O      0.015    2.465
    12061     /A VAL 2057 HG22  /A GLY 2023 O      0.014    2.466
    12062     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 HD23   0.013    1.987
    12063     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 HD22   0.013    1.987
    12064     /A LEU 2022 HB3   /A LEU 2058 HB2    -0.002    2.002
    12065     /A ARG 2059 HB3   /A ASN 2080 HB3    -0.009    2.009
    12066     /A LEU 2041 H     /A THR 2085 O      -0.020    2.100
    12067     /A LEU 2058 HG    /A ARG 2059 N      -0.021    2.646
    12068     /A ASN 2024 HA    /A VAL 2057 CG2    -0.023    2.723
    12069     /A ILE 2025 HB    /A LEU 2022 CD2    -0.023    2.723
    12070     /A ILE 2079 HD13  /A ILE 2079 HG21   -0.029    2.029
    12071     /A ILE 2025 HD13  /A ILE 2025 HG23   -0.032    2.032
    12072     /A GLU 2021 HA    /A LEU 2058 O      -0.035    2.515
    12073     /A ASN 2024 CA    /A VAL 2057 HG23   -0.037    2.737
    12074     /A THR 2085 N     /A LEU 2041 O      -0.044    2.749
    12075     /A VAL 2081 HA    /A VAL 2057 O      -0.045    2.525
    12076     /A LEU 2058 HA    /A ASN 2080 O      -0.046    2.526
    12077     /A ILE 2084 HA    /A LEU 2041 O      -0.046    2.526
    12078     /A LEU 2022 HD22  /A ILE 2025 HB     -0.047    2.047
    12079     /A ASN 2080 N     /A ARG 2059 O      -0.047    2.752
    12080     /A ILE 2025 HG22  /A ILE 2025 O      -0.057    2.537
    12081     /A ILE 2060 HD13  /A ILE 2060 HG21   -0.076    2.076
    12082     /A LEU 2058 HD13  /A VAL 2081 HG22   -0.081    2.081
    12083     /A PRO 2083 C     /A ILE 2084 HG22   -0.086    2.786
    12084     /A ARG 2059 CA    /A LEU 2020 O      -0.086    3.266
    12085     /A VAL 2057 HA    /A ALA 2082 CB     -0.091    2.791
    12086     /A GLU 2021 N     /A LEU 2020 HD21   -0.097    2.722
    12087     /A ILE 2060 HB    /A LEU 2020 HB3    -0.100    2.100
    12088     /A ILE 2084 CA    /A LEU 2041 O      -0.104    3.284
    12089     /A VAL 2057 N     /A LEU 2022 O      -0.110    2.815
    12090     /A ILE 2060 N     /A LEU 2020 O      -0.112    2.817
    12091     /A ASN 2024 OD1   /A ILE 2025 H      -0.118    2.198
    12092     /A VAL 2057 CG1   /A ILE 2025 CG2    -0.121    3.521
    12093     /A ALA 2082 HB1   /A PRO 2083 CD     -0.122    2.822
    12094     /A LEU 2041 HD22  /A ARG 2026 CG     -0.139    2.839
    12095     /A PRO 2083 HD2   /A ALA 2082 HA     -0.144    2.144
    12096     /A ILE 2060 O     /A LEU 2020 N      -0.152    2.857
    12097     /A ALA 2082 N     /A VAL 2057 O      -0.154    2.859
    12098     /A ALA 2082 HB2   /A VAL 2057 HA     -0.156    2.156
    12099     /A ILE 2079 HG23  /A VAL 2081 HG21   -0.159    2.159
    12100     /A VAL 2081 HG11  /A ALA 2082 N      -0.163    2.788
    12101     /A ARG 2059 N     /A ASN 2080 O      -0.167    2.872
    12102     /A LEU 2041 HD23  /A ARG 2026 CG     -0.169    2.869
    12103     /A ILE 2025 N     /A ASN 2024 OD1    -0.173    2.878
    12104     /A LEU 2022 HD11  /A LEU 2022 HA     -0.175    2.175
    12105     /A ILE 2079 HG23  /A VAL 2081 CG2    -0.180    2.880
    12106     /A LEU 2058 CD1   /A ARG 2059 N      -0.181    3.506
    12107     /A ILE 2025 H     /A ASN 2024 CG     -0.182    2.882
    12108     /A ILE 2060 HD11  /A LEU 2058 HD21   -0.184    2.184
    12109     /A ILE 2079 HG22  /A ILE 2060 HG12   -0.190    2.190
    12110     /A ILE 2079 HA    /A ARG 2059 O      -0.193    2.673
    12111     /A GLU 2021 HG3   /A LEU 2020 C      -0.201    2.901
    12112     /A LEU 2041 HA    /A LEU 2041 HD22   -0.205    2.205
    12113     /A LEU 2022 N     /A LEU 2058 O      -0.208    2.913
    12114     /A LEU 2058 CD1   /A ASN 2080 O      -0.211    3.391
    12115     /A ALA 2082 O     /A VAL 2081 CG1    -0.214    3.394
    12116     /A LEU 2058 HD12  /A ARG 2059 N      -0.216    2.841
    12117     /A ALA 2082 H     /A VAL 2057 C      -0.217    2.917
    12118     /A ARG 2059 H     /A LEU 2058 HD12   -0.233    2.233
    12119     /A VAL 2081 HG21  /A ASN 2080 C      -0.237    2.937
    12120     /A LEU 2020 O     /A LEU 2020 HD21   -0.248    2.728
    12121     /A PRO 2083 HD3   /A ALA 2082 HB1    -0.251    2.251
    12122     /A ILE 2060 H     /A LEU 2020 C      -0.254    2.954
    12123     /A GLU 2021 N     /A LEU 2020 CD2    -0.254    3.579
    12124     /A ARG 2026 CD    /A LEU 2041 CD2    -0.255    3.655
    12125     /A VAL 2081 CG2   /A LEU 2058 CD1    -0.259    3.659
    12126     /A ARG 2059 HG3   /A GLU 2021 HG2    -0.264    2.264
    12127     /A LEU 2058 H     /A LEU 2022 O      -0.267    2.347
    12128     /A ASN 2080 H     /A ARG 2059 C      -0.271    2.971
    12129     /A VAL 2081 CA    /A VAL 2057 O      -0.276    3.456
    12130     /A PRO 2083 O     /A ILE 2084 CG2    -0.277    3.457
    12131     /A LEU 2058 HD21  /A ILE 2060 CD1    -0.280    2.980
    12132     /A ARG 2026 HH11  /A ARG 2026 HD3    -0.280    2.280
    12133     /A LEU 2058 O     /A GLU 2021 CA     -0.282    3.462
    12134     /A THR 2085 H     /A LEU 2041 C      -0.283    2.983
    12135     /A ASN 2080 O     /A LEU 2058 CA     -0.284    3.464
    12136     /A ILE 2079 HG22  /A LEU 2058 HD11   -0.300    2.300
    12137     /A LEU 2058 HB2   /A LEU 2022 CB     -0.304    3.004
    12138     /A LEU 2020 H     /A ILE 2060 C      -0.314    3.014
    12139     /A ILE 2084 C     /A LEU 2041 O      -0.315    3.495
    12140     /A ARG 2026 CD    /A LEU 2041 HD23   -0.316    3.016
    12141     /A ILE 2060 HG13  /A ARG 2059 C      -0.333    3.033
    12142     /A GLU 2021 CG    /A LEU 2020 O      -0.333    3.513
    12143     /A ARG 2059 H     /A ASN 2080 C      -0.333    3.033
    12144     /A ARG 2059 C     /A LEU 2020 O      -0.340    3.520
    12145     /A LEU 2020 CD2   /A LEU 2020 O      -0.340    3.520
    12146     /A ARG 2026 NE    /A LEU 2041 HD23   -0.343    2.968
    12147     /A ILE 2025 HG13  /A ARG 2026 N      -0.346    2.971
    12148     /A ILE 2084 HG22  /A ALA 2082 C      -0.348    3.048
    12149     /A LEU 2058 CB    /A LEU 2022 HB3    -0.353    3.053
    12150     /A VAL 2057 HG21  /A ALA 2042 CB     -0.353    3.053
    12151     /A ILE 2084 CB    /A LEU 2041 O      -0.357    3.537
    12152     /A THR 2085 O     /A LEU 2041 N      -0.358    3.063
    12153     /A ASN 2080 HB3   /A ARG 2059 CB     -0.365    3.065
    12154     /A ILE 2060 HG22  /A ILE 2079 HG13   -0.365    2.365
    12155     /A LEU 2022 HD22  /A ILE 2025 CB     -0.366    3.066
    12156     /A LEU 2022 HG    /A GLY 2023 N      -0.366    2.991
    12157     /A ASN 2024 CA    /A VAL 2057 CG2    -0.369    3.769
    12158     /A VAL 2057 CB    /A GLY 2023 O      -0.369    3.549
    12159     /A LEU 2022 HG    /A ASN 2024 O      -0.372    2.852
    12160     /A VAL 2057 CG2   /A GLY 2023 C      -0.375    3.775
    12161     /A ARG 2059 HB3   /A ASN 2080 CB     -0.377    3.077
    12162     /A LEU 2058 HD11  /A ILE 2079 CG2    -0.378    3.078
    12163     /A ILE 2084 HG12  /A ILE 2084 H      -0.390    2.390
    12164     /A THR 2085 HB    /A LEU 2041 HB2    -0.392    2.392
    12165     /A ILE 2079 CA    /A ARG 2059 O      -0.394    3.574
    12166     /A ASN 2024 O     /A LEU 2022 CG     -0.396    3.576
    12167    
    12168 
    12169  
    12170 134 contacts 
    12171 
    12172 > ui tool show Clashes
    12173 
    12174 > clashes sel saveFile C:/Users/emirm/Desktop/contacts/l2058_cla_file restrict
    12175 > both intraRes true ignoreHiddenModels true select true color #ff0000 reveal
    12176 > true log true
    12177    
    12178    
    12179     Allowed overlap: 0.6
    12180     H-bond overlap reduction: 0.4
    12181     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    12182     Detect intra-residue clashes: True
    12183     Detect intra-molecule clashes: True
    12184    
    12185     0 clashes
    12186     atom1  atom2  overlap  distance
    12187    
    12188 
    12189  
    12190 No clashes 
    12191 
    12192 > hide #1.3 models
    12193 
    12194 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    12195 
    12196 330 atoms, 327 bonds, 134 pseudobonds, 20 residues, 2 models selected 
    12197 
    12198 > ui tool show H-Bonds
    12199 
    12200 > hbonds sel saveFile C:/Users/emirm/Desktop/contacts/l2058_hbond_file color
    12201 > #00ff00 dashes 4 restrict both select true reveal true log true
    12202    
    12203    
    12204     Finding intermodel H-bonds
    12205     Finding intramodel H-bonds
    12206     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    12207     Models used:
    12208         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    12209    
    12210     10 H-bonds
    12211     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    12212     /A LEU 2020 N  /A ILE 2060 O  /A LEU 2020 H  2.857  1.850
    12213     /A LEU 2022 N  /A LEU 2058 O  /A LEU 2022 H  2.913  2.002
    12214     /A LEU 2041 N  /A THR 2085 O  /A LEU 2041 H  3.063  2.100
    12215     /A VAL 2057 N  /A LEU 2022 O  /A VAL 2057 H  2.815  2.059
    12216     /A LEU 2058 N  /A LEU 2022 O  /A LEU 2058 H  3.346  2.347
    12217     /A ARG 2059 N  /A ASN 2080 O  /A ARG 2059 H  2.872  1.872
    12218     /A ILE 2060 N  /A LEU 2020 O  /A ILE 2060 H  2.817  1.825
    12219     /A ASN 2080 N  /A ARG 2059 O  /A ASN 2080 H  2.752  1.762
    12220     /A ALA 2082 N  /A VAL 2057 O  /A ALA 2082 H  2.859  1.852
    12221     /A THR 2085 N  /A LEU 2041 O  /A THR 2085 H  2.749  1.790
    12222    
    12223 
    12224  
    12225 10 hydrogen bonds found 
    12226 
    12227 > hide #1.4 models
    12228 
    12229 > select clear
    12230 
    12231 > ui windowfill toggle
    12232 
    12233 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/session_L2058.cxs
    12234 
    12235 [Repeated 1 time(s)]
    12236 
    12237 > ui windowfill toggle
    12238 
    12239 [Repeated 1 time(s)]
    12240 
    12241 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/l2058_con.tif width 1280 height 491
    12242 > supersample 3
    12243 
    12244 > ui windowfill toggle
    12245 
    12246 > hide #1.2 models
    12247 
    12248 > show #1.3 models
    12249 
    12250 > select subtract #1.3
    12251 
    12252 Nothing selected 
    12253 
    12254 > hide #1.3 models
    12255 
    12256 > show #1.3 models
    12257 
    12258 > ui windowfill toggle
    12259 
    12260 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/l2058_cla.tif width 1280 height 491
    12261 > supersample 3
    12262 
    12263 > ui windowfill toggle
    12264 
    12265 > hide #1.3 models
    12266 
    12267 > show #1.4 models
    12268 
    12269 > ui windowfill toggle
    12270 
    12271 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/l2058_hb.tif width 1280 height 491
    12272 > supersample 3
    12273 
    12274 > ui windowfill toggle
    12275 
    12276 > hide #1.4 models
    12277 
    12278 > close #1.2-4
    12279 
    12280 > select /A:2058
    12281 
    12282 19 atoms, 18 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    12283 
    12284 > select /A:2058
    12285 
    12286 19 atoms, 18 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    12287 
    12288 > color (#!1 & sel) orange red
    12289 
    12290 > color (#!1 & sel) orange
    12291 
    12292 > select /A:2081
    12293 
    12294 16 atoms, 15 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    12295 
    12296 > select /A:2081
    12297 
    12298 16 atoms, 15 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    12299 
    12300 > color (#!1 & sel) red
    12301 
    12302 > select /A:2147
    12303 
    12304 22 atoms, 21 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    12305 
    12306 > select /A:2147
    12307 
    12308 22 atoms, 21 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    12309 
    12310 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    12311 
    12312 330 atoms, 327 bonds, 20 residues, 1 model selected 
    12313 
    12314 > hide sel atoms
    12315 
    12316 > show sel cartoons
    12317 
    12318 > show sel atoms
    12319 
    12320 [Repeated 1 time(s)]
    12321 
    12322 > hide sel cartoons
    12323 
    12324 > show sel cartoons
    12325 
    12326 > hide sel cartoons
    12327 
    12328 > show sel cartoons
    12329 
    12330 > hide sel atoms
    12331 
    12332 > select add /A:2187
    12333 
    12334 354 atoms, 350 bonds, 21 residues, 2 models selected 
    12335 
    12336 > select add /A:2186
    12337 
    12338 370 atoms, 365 bonds, 22 residues, 2 models selected 
    12339 
    12340 > select add /A:2185
    12341 
    12342 384 atoms, 379 bonds, 23 residues, 2 models selected 
    12343 
    12344 > select add /A:2184
    12345 
    12346 400 atoms, 394 bonds, 24 residues, 2 models selected 
    12347 
    12348 > select subtract /A:2184
    12349 
    12350 384 atoms, 379 bonds, 23 residues, 2 models selected 
    12351 
    12352 > select add /A:2184
    12353 
    12354 400 atoms, 394 bonds, 24 residues, 2 models selected 
    12355 
    12356 > select add /A:2183
    12357 
    12358 415 atoms, 408 bonds, 25 residues, 2 models selected 
    12359 
    12360 > select add /A:2181
    12361 
    12362 434 atoms, 426 bonds, 26 residues, 2 models selected 
    12363 
    12364 > select add /A:2182
    12365 
    12366 448 atoms, 440 bonds, 27 residues, 2 models selected 
    12367 
    12368 > show sel atoms
    12369 
    12370 > hide sel atoms
    12371 
    12372 > show sel atoms
    12373 
    12374 > hide sel cartoons
    12375 
    12376 > show sel cartoons
    12377 
    12378 > hide sel atoms
    12379 
    12380 > select subtract /A:2020
    12381 
    12382 429 atoms, 421 bonds, 26 residues, 2 models selected 
    12383 
    12384 > select subtract /A:2021
    12385 
    12386 414 atoms, 406 bonds, 25 residues, 2 models selected 
    12387 
    12388 > select subtract /A:2022
    12389 
    12390 395 atoms, 387 bonds, 24 residues, 2 models selected 
    12391 
    12392 > select subtract /A:2023
    12393 
    12394 388 atoms, 380 bonds, 23 residues, 2 models selected 
    12395 
    12396 > select subtract /A:2024
    12397 
    12398 374 atoms, 366 bonds, 22 residues, 2 models selected 
    12399 
    12400 > select subtract /A:2025
    12401 
    12402 355 atoms, 347 bonds, 21 residues, 2 models selected 
    12403 
    12404 > select subtract /A:2042
    12405 
    12406 345 atoms, 337 bonds, 20 residues, 2 models selected 
    12407 
    12408 > select subtract /A:2041
    12409 
    12410 326 atoms, 319 bonds, 19 residues, 2 models selected 
    12411 
    12412 > select subtract /A:2026
    12413 
    12414 302 atoms, 296 bonds, 18 residues, 2 models selected 
    12415 
    12416 > select add /A:2041
    12417 
    12418 321 atoms, 314 bonds, 19 residues, 2 models selected 
    12419 
    12420 > select add /A:2042
    12421 
    12422 331 atoms, 323 bonds, 20 residues, 2 models selected 
    12423 
    12424 > select add /A:2040
    12425 
    12426 350 atoms, 341 bonds, 21 residues, 2 models selected 
    12427 
    12428 > select /A:2040-2042,2057-2060,2079-2085,2181-2187
    12429 
    12430 350 atoms, 349 bonds, 21 residues, 1 model selected 
    12431 
    12432 > select /A:2237
    12433 
    12434 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    12435 
    12436 > select /A:2040-2042,2057-2060,2079-2085,2181-2187
    12437 
    12438 350 atoms, 349 bonds, 21 residues, 1 model selected 
    12439 
    12440 > select /A:2237-2238
    12441 
    12442 28 atoms, 27 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    12443 
    12444 > select /A:2040-2042,2057-2060,2079-2085,2181-2187
    12445 
    12446 350 atoms, 349 bonds, 21 residues, 1 model selected 
    12447 
    12448 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/session_V2081.cxs
    12449 
    12450 ——— End of log from Wed Jul 30 09:34:05 2025 ———
    12451 
    12452 > view name session-start
    12453 
    12454 opened ChimeraX session 
    12455 
    12456 > select /A:2260
    12457 
    12458 14 atoms, 13 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    12459 
    12460 > select /A:2260-2261
    12461 
    12462 28 atoms, 28 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    12463 
    12464 > ui windowfill toggle
    12465 
    12466 > ui mousemode right translate
    12467 
    12468 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/v2081_zoomedout.tif width 1280 height
    12469 > 491 supersample 3
    12470 
    12471 > ui mousemode right select
    12472 
    12473 Drag select of 262 residues 
    12474 
    12475 > show sel surfaces
    12476 
    12477 > transparency (#!1 & sel) 70
    12478 
    12479 > select clear
    12480 
    12481 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/v2081_zoomedoutsurface.tif width 1280
    12482 > height 491 supersample 3
    12483 
    12484 Drag select of fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES surface,
    12485 386892 of 3435358 triangles, 262 residues 
    12486 
    12487 > hide sel surfaces
    12488 
    12489 > select clear
    12490 
    12491 > ui windowfill toggle
    12492 
    12493 > select /A:2040-2042,2057-2060,2079-2085,2181-2187
    12494 
    12495 350 atoms, 349 bonds, 21 residues, 1 model selected 
    12496 
    12497 > ui windowfill toggle
    12498 
    12499 > ui mousemode right translate
    12500 
    12501 > ui windowfill toggle
    12502 
    12503 > show sel atoms
    12504 
    12505 > hide sel cartoons
    12506 
    12507 > ui tool show Contacts
    12508 
    12509 
    12510 ===== Log before crash end =====
    12511 
    12512 Log:
    12513 UCSF ChimeraX version: 1.10.dev202503131841 (2025-03-13) 
    12514 © 2016-2025 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    12515 
    12516 > open C:\\\Users\\\emirm\\\Desktop\\\contacts\\\session_V2081.cxs
    12517 
    12518 Log from Wed Jul 30 09:34:05 2025UCSF ChimeraX version: 1.10.dev202503131841
    12519 (2025-03-13) 
    12520 © 2016-2025 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    12521 
    12522 > open C:\\\Users\\\emirm\\\Desktop\\\contacts\\\session_L2058.cxs
    12523 
    12524 Log from Wed Jul 30 08:19:51 2025UCSF ChimeraX version: 1.10.dev202503131841
    12525 (2025-03-13) 
    12526 © 2016-2025 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    12527 
    12528 > open C:\\\Users\\\emirm\\\Desktop\\\contacts\\\Contacts.cxs
    12529 
    12530 Log from Tue Jul 29 15:17:34 2025UCSF ChimeraX version: 1.10.dev202503131841
    12531 (2025-03-13) 
    12532 © 2016-2025 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    12533 
    12534 > open
    12535 > C:\\\Users\\\emirm\\\Desktop\\\Fly\\\Chimera_WorkingFolder\\\Contacts_Modeling_Chimera\\\Human_Fly_Superposition_Foldseek_StructuralAnalysis.cxs
    12536 
    12537 Log from Fri Jul 25 15:41:25 2025UCSF ChimeraX version: 1.10.dev202503131841
    12538 (2025-03-13) 
    12539 © 2016-2025 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    12540 
    12541 > open
    12542 > C:\\\Users\\\emirm\\\Desktop\\\Fly\\\Chimera_WorkingFolder\\\Contacts_Modeling_Chimera\\\Human_Fly_Superposition_Foldseek_StructuralAnalysis.cxs
    12543 
    12544 Log from Fri May 2 10:11:43 2025UCSF ChimeraX version: 1.10.dev202503131841
    12545 (2025-03-13) 
    12546 © 2016-2025 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    12547 
    12548 > open
    12549 > C:\\\Users\\\emirm\\\Desktop\\\Fly\\\Chimera_WorkingFolder\\\Contacts_Modeling_Chimera\\\Human_Fly_Superposition_Foldseek_StructuralAnalysis.cxs
    12550 
    12551 Log from Wed Apr 30 15:52:46 2025UCSF ChimeraX version: 1.10.dev202503131841
    12552 (2025-03-13) 
    12553 © 2016-2025 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    12554 
    12555 > open C:\\\Users\\\emirm\\\Desktop\\\Fly\\\AlphaFold\\\Chimera\\\Apt1.cxs
    12556 
    12557 Log from Fri Mar 7 14:18:08 2025UCSF ChimeraX version: 1.9 (2024-12-11) 
    12558 © 2016-2024 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    12559 
    12560 > open C:\Users\emirm\Desktop\Fly\AlphaFold\Superpositions_hob.cxs format
    12561 > session
    12562 
    12563 Log from Thu Mar 6 15:37:27 2025UCSF ChimeraX version: 1.9 (2024-12-11) 
    12564 © 2016-2024 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    12565 
    12566 > open C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Superpositions_hob.cxs
    12567 
    12568 Log from Mon Mar 3 14:52:27 2025 Startup Messages 
    12569 --- 
    12570 note | available bundle cache has not been initialized yet 
    12571  
    12572 UCSF ChimeraX version: 1.9 (2024-12-11) 
    12573 © 2016-2024 Regents of the University of California. All rights reserved. 
    12574 How to cite UCSF ChimeraX 
    12575 
    12576 > open
    12577 > C:/Users/emirm/Downloads/fold_2025_02_26_14_57_hob_native/fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    12578 
    12579 Chain information for fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1 
    12580 --- 
    12581 Chain | Description 
    12582 A | . 
    12583  
    12584 Computing secondary structure 
    12585 No Surface models open 
    12586 
    12587 > select add #1
    12588 
    12589 18469 atoms, 18843 bonds, 2300 residues, 1 model selected 
    12590 No Surface models open 
    12591 
    12592 > mlp sel
    12593 
    12594 Map values for surface "fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES
    12595 surface": minimum -29.39, mean -3.629, maximum 25.41 
    12596 To also show corresponding color key, enter the above mlp command and add key
    12597 true 
    12598 
    12599 > surface style mesh
    12600 
    12601 > select subtract #1
    12602 
    12603 1 model selected 
    12604 
    12605 > surface style dot
    12606 
    12607 > color #1 cyan
    12608 
    12609 > color #1 #aaff00ff
    12610 
    12611 > mlp
    12612 
    12613 Map values for surface "fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES
    12614 surface": minimum -29.39, mean -3.629, maximum 25.41 
    12615 To also show corresponding color key, enter the above mlp command and add key
    12616 true 
    12617 
    12618 > surface style mesh
    12619 
    12620 > transparency 50
    12621 
    12622 > surface style solid
    12623 
    12624 > color #1 red
    12625 
    12626 > mlp
    12627 
    12628 Map values for surface "fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES
    12629 surface": minimum -29.39, mean -3.629, maximum 25.41 
    12630 To also show corresponding color key, enter the above mlp command and add key
    12631 true 
    12632 
    12633 > transparency 50
    12634 
    12635 > surface style mesh
    12636 
    12637 > cartoon style modeHelix tube sides 20
    12638 
    12639 > color #1 yellow
    12640 
    12641 > coulombic
    12642 
    12643 Using Amber 20 recommended default charges and atom types for standard
    12644 residues 
    12645 Coulombic values for fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES
    12646 surface #1.1: minimum, -16.90, mean -0.15, maximum 17.22 
    12647 To also show corresponding color key, enter the above coulombic command and
    12648 add key true 
    12649 
    12650 > transparency 70
    12651 
    12652 > open
    12653 > C:/Users/emirm/Downloads/fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop/fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop_model_0.cif
    12654 
    12655 Chain information for fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop_model_0.cif #2 
    12656 --- 
    12657 Chain | Description 
    12658 A | . 
    12659  
    12660 Computing secondary structure 
    12661 
    12662 > hide #!1 models
    12663 
    12664 > mlp #2
    12665 
    12666 Map values for surface "fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop_model_0.cif_A
    12667 SES surface": minimum -29.41, mean -3.659, maximum 24.89 
    12668 To also show corresponding color key, enter the above mlp command and add key
    12669 true 
    12670 
    12671 > surface style #2 mesh
    12672 
    12673 > transparency #2 70
    12674 
    12675 > show #!1 models
    12676 
    12677 > hide #!1 models
    12678 
    12679 > show #!1 models
    12680 
    12681 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Superpositions_hob.cxs
    12682 
    12683 > mmaker #2 to #1 showAlignment true
    12684 
    12685 Computing secondary structure 
    12686 [Repeated 1 time(s)]  Parameters 
    12687 --- 
    12688 Chain pairing | bb 
    12689 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    12690 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    12691 SS fraction | 0.3 
    12692 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    12693 Gap extend | 1 
    12694 SS matrix |  |  | H | S | O 
    12695 ---|---|---|--- 
    12696 H | 6 | -9 | -6 
    12697 S |  | 6 | -6 
    12698 O |  |  | 4 
    12699 Iteration cutoff | 2 
    12700  
    12701 Matchmaker fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif, chain A (#1) with
    12702 fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop_model_0.cif, chain A (#2), sequence
    12703 alignment score = 11457.7 
    12704 Alignment identifier is 1 
    12705 Showing conservation header ("seq_conservation" residue attribute) for
    12706 alignment 1 
    12707 Hiding conservation header for alignment 1 
    12708 Chains used in RMSD evaluation for alignment 1:
    12709 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A,
    12710 fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop_model_0.cif #2/A 
    12711 Showing rmsd header ("seq_rmsd" residue attribute) for alignment 1 
    12712 RMSD between 1351 pruned atom pairs is 0.823 angstroms; (across all 2271
    12713 pairs: 20.273) 
    12714  
    12715 
    12716 > surface hidePatches
    12717 
    12718 > hide #!1 models
    12719 
    12720 > cartoon style #2 modeHelix tube sides 20
    12721 
    12722 > show #!1 models
    12723 
    12724 > movie record
    12725 
    12726 > turn y 2 180
    12727 
    12728 > wait 180
    12729 
    12730 > movie encode C:\Users\emirm/Desktop\movie2.mp4
    12731 
    12732 Movie saved to C:\Users\emirm/Desktop\movie2.mp4 
    12733  
    12734 
    12735 > movie record
    12736 
    12737 > turn y 2 180
    12738 
    12739 > wait 180
    12740 
    12741 > movie encode C:\Users\emirm/Desktop\movie3.mp4
    12742 
    12743 Movie saved to C:\Users\emirm/Desktop\movie3.mp4 
    12744  
    12745 
    12746 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Superpositions_hob.cxs
    12747 
    12748 > hide #!1 models
    12749 
    12750 > show #!1 models
    12751 
    12752 > hide #!1 models
    12753 
    12754 > show #!1 models
    12755 
    12756 > hide #!1 models
    12757 
    12758 > show #!1 models
    12759 
    12760 > surface
    12761 
    12762 > transparency 30
    12763 
    12764 > surface hidePatches
    12765 
    12766 > open
    12767 > C:/Users/emirm/Downloads/fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p/fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif
    12768 
    12769 Chain information for fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif #3 
    12770 --- 
    12771 Chain | Description 
    12772 A | . 
    12773  
    12774 Associated fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif chain A to
    12775 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif, chain A with 1 mismatch 
    12776 Chains used in RMSD evaluation for alignment 1:
    12777 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A,
    12778 fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop_model_0.cif #2/A,
    12779 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif #3/A 
    12780 Computing secondary structure 
    12781 
    12782 > hide #!2 models
    12783 
    12784 > mmaker #3 to #1 showAlignment true
    12785 
    12786 Computing secondary structure 
    12787 [Repeated 1 time(s)]  Parameters 
    12788 --- 
    12789 Chain pairing | bb 
    12790 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    12791 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    12792 SS fraction | 0.3 
    12793 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    12794 Gap extend | 1 
    12795 SS matrix |  |  | H | S | O 
    12796 ---|---|---|--- 
    12797 H | 6 | -9 | -6 
    12798 S |  | 6 | -6 
    12799 O |  |  | 4 
    12800 Iteration cutoff | 2 
    12801  
    12802 Matchmaker fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif, chain A (#1) with
    12803 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif, chain A (#3), sequence alignment
    12804 score = 11719.1 
    12805 Alignment identifier is 2 
    12806 Showing conservation header ("seq_conservation" residue attribute) for
    12807 alignment 2 
    12808 Hiding conservation header for alignment 2 
    12809 Chains used in RMSD evaluation for alignment 2:
    12810 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A,
    12811 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif #3/A 
    12812 Showing rmsd header ("seq_rmsd" residue attribute) for alignment 2 
    12813 RMSD between 1478 pruned atom pairs is 1.025 angstroms; (across all 2300
    12814 pairs: 4.757) 
    12815  
    12816 
    12817 > hide #!1 models
    12818 
    12819 > cartoon style #3 modeHelix tube sides 20
    12820 
    12821 > show #!1 models
    12822 
    12823 > hide #3 models
    12824 
    12825 > open
    12826 > C:/Users/emirm/Downloads/fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp/fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif
    12827 
    12828 Chain information for fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif #4 
    12829 --- 
    12830 Chain | Description 
    12831 A | . 
    12832  
    12833 Associated fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif chain A to
    12834 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif, chain A with 5 mismatches 
    12835 Chains used in RMSD evaluation for alignment 1:
    12836 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A,
    12837 fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop_model_0.cif #2/A,
    12838 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif #3/A,
    12839 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif #4/A 
    12840 Associated fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif chain A to
    12841 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif, chain A with 4 mismatches 
    12842 Chains used in RMSD evaluation for alignment 2:
    12843 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A,
    12844 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif #3/A,
    12845 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif #4/A 
    12846 Computing secondary structure 
    12847 
    12848 > hide #!1 models
    12849 
    12850 > cartoon style #4 modeHelix tube sides 20
    12851 
    12852 > show #!1 models
    12853 
    12854 > mmaker #4 to #1 showAlignment true
    12855 
    12856 Computing secondary structure 
    12857 [Repeated 1 time(s)]  Parameters 
    12858 --- 
    12859 Chain pairing | bb 
    12860 Alignment algorithm | Needleman-Wunsch 
    12861 Similarity matrix | BLOSUM-62 
    12862 SS fraction | 0.3 
    12863 Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 
    12864 Gap extend | 1 
    12865 SS matrix |  |  | H | S | O 
    12866 ---|---|---|--- 
    12867 H | 6 | -9 | -6 
    12868 S |  | 6 | -6 
    12869 O |  |  | 4 
    12870 Iteration cutoff | 2 
    12871  
    12872 Matchmaker fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif, chain A (#1) with
    12873 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif, chain A (#4), sequence
    12874 alignment score = 11678.5 
    12875 Alignment identifier is 3 
    12876 Showing conservation header ("seq_conservation" residue attribute) for
    12877 alignment 3 
    12878 Hiding conservation header for alignment 3 
    12879 Chains used in RMSD evaluation for alignment 3:
    12880 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A,
    12881 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif #4/A 
    12882 Showing rmsd header ("seq_rmsd" residue attribute) for alignment 3 
    12883 RMSD between 1213 pruned atom pairs is 0.897 angstroms; (across all 2300
    12884 pairs: 10.567) 
    12885  
    12886 
    12887 > show #!2 models
    12888 
    12889 > hide #!2 models
    12890 
    12891 > show #3 models
    12892 
    12893 > hide #3 models
    12894 
    12895 > surface #1,4
    12896 
    12897 > surface hidePatches #1,4
    12898 
    12899 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Superpositions_hob.cxs
    12900 
    12901 ——— End of log from Mon Mar 3 14:52:27 2025 ———
    12902 
    12903 opened ChimeraX session 
    12904 
    12905 > hide #!4 models
    12906 
    12907 > color #1 #ffff7fff
    12908 
    12909 > show #!2 models
    12910 
    12911 > hide #!2 models
    12912 
    12913 Alignment identifier is 1/A 
    12914 Alignment identifier is 2/A 
    12915 Alignment identifier is 3/A 
    12916 Alignment identifier is 4/A 
    12917 
    12918 > select #1/A:102
    12919 
    12920 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    12921 
    12922 > select #1/A:102-115
    12923 
    12924 118 atoms, 118 bonds, 14 residues, 1 model selected 
    12925 
    12926 > select #1/A:1972
    12927 
    12928 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    12929 
    12930 > select #1/A:1972-2080
    12931 
    12932 886 atoms, 899 bonds, 109 residues, 1 model selected 
    12933 
    12934 > select #1/A:1972-2089
    12935 
    12936 948 atoms, 962 bonds, 118 residues, 1 model selected 
    12937 
    12938 > color (#!1 & sel) orange
    12939 
    12940 > show sel atoms
    12941 
    12942 > style sel ball
    12943 
    12944 Changed 948 atom styles 
    12945 
    12946 > hide sel atoms
    12947 
    12948 > select #1/A:2058
    12949 
    12950 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    12951 
    12952 > select #1/A:2081
    12953 
    12954 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    12955 
    12956 > select add #1/A:2058
    12957 
    12958 15 atoms, 13 bonds, 2 residues, 2 models selected 
    12959 
    12960 > select add #1/A:2080
    12961 
    12962 23 atoms, 20 bonds, 3 residues, 2 models selected 
    12963 
    12964 > select add #1/A:2059
    12965 
    12966 34 atoms, 30 bonds, 4 residues, 2 models selected 
    12967 
    12968 > select add #1/A:2057
    12969 
    12970 41 atoms, 36 bonds, 5 residues, 2 models selected 
    12971 
    12972 > select add #1/A:2082
    12973 
    12974 46 atoms, 40 bonds, 6 residues, 2 models selected 
    12975 
    12976 > select add #1/A:2021
    12977 
    12978 55 atoms, 48 bonds, 7 residues, 2 models selected 
    12979 
    12980 > select add #1/A:2022
    12981 
    12982 63 atoms, 55 bonds, 8 residues, 2 models selected 
    12983 
    12984 > select add #1/A:2023
    12985 
    12986 67 atoms, 58 bonds, 9 residues, 2 models selected 
    12987 
    12988 > select add #1/A:2056
    12989 
    12990 78 atoms, 68 bonds, 10 residues, 2 models selected 
    12991 
    12992 > show sel atoms
    12993 
    12994 > color bfactor sel
    12995 
    12996 78 atoms, 10 residues, 1 surfaces, atom bfactor range 42.9 to 88.1 
    12997 
    12998 > mlp sel
    12999 
    13000 Map values for surface "fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES
    13001 surface": minimum -29.39, mean -3.629, maximum 25.41 
    13002 To also show corresponding color key, enter the above mlp command and add key
    13003 true 
    13004 
    13005 > color bfactor sel
    13006 
    13007 78 atoms, 10 residues, 1 surfaces, atom bfactor range 42.9 to 88.1 
    13008 
    13009 > color bfactor sel
    13010 
    13011 78 atoms, 10 residues, 1 surfaces, atom bfactor range 42.9 to 88.1 
    13012 
    13013 > hide sel surfaces
    13014 
    13015 > mlp sel
    13016 
    13017 Map values for surface "fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES
    13018 surface": minimum -29.39, mean -3.629, maximum 25.41 
    13019 To also show corresponding color key, enter the above mlp command and add key
    13020 true 
    13021 
    13022 > hide sel surfaces
    13023 
    13024 > ui tool show Contacts
    13025 
    13026 Restriction atom specifier must not be blank 
    13027 
    13028 > contacts sel saveFile C:/Users/emirm/Desktop/Contacts_trial restrict both
    13029 > intraRes true ignoreHiddenModels true select true color #6a6a6a dashes 5
    13030 > reveal true log true
    13031    
    13032    
    13033     Allowed overlap: -0.4
    13034     H-bond overlap reduction: 0.4
    13035     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    13036     Detect intra-residue contacts: True
    13037     Detect intra-molecule contacts: True
    13038    
    13039     36 contacts
    13040                                 atom1                                                           atom2                               overlap  distance
    13041     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NH1  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    13042     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CZ   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CD    0.496    2.994
    13043     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CZ    0.469    2.561
    13044     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE1  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NH1   0.445    2.215
    13045     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    13046     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE1  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CZ    0.084    2.946
    13047     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NE   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CD    0.067    3.453
    13048     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   0.046    3.714
    13049     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CD   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CD    0.039    3.721
    13050     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NH2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CD    0.025    3.495
    13051     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NH2   -0.046    2.706
    13052     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    13053     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    13054     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    13055     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    13056     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    13057     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    13058     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    13059     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O     -0.178    3.478
    13060     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    13061     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NH1   -0.211    2.871
    13062     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    13063     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    13064     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    13065     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CD   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CB    -0.284    4.044
    13066     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    13067     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    13068     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 CB    -0.309    4.069
    13069     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O     -0.318    3.618
    13070     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   -0.326    3.846
    13071     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    13072     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NE    -0.359    3.019
    13073     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    13074     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    13075     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CG   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CD    -0.391    4.151
    13076     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    13077    
    13078 
    13079  
    13080 36 contacts 
    13081 
    13082 > contacts sel saveFile C:/Users/emirm/Desktop/Contacts_trial2 restrict both
    13083 > intraRes true ignoreHiddenModels true select true color #6a6a6a dashes 5
    13084 > reveal true log true
    13085    
    13086    
    13087     Allowed overlap: -0.4
    13088     H-bond overlap reduction: 0.4
    13089     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    13090     Detect intra-residue contacts: True
    13091     Detect intra-molecule contacts: True
    13092    
    13093     36 contacts
    13094                                 atom1                                                           atom2                               overlap  distance
    13095     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NH1  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    13096     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CZ   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CD    0.496    2.994
    13097     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CZ    0.469    2.561
    13098     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE1  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NH1   0.445    2.215
    13099     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    13100     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE1  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CZ    0.084    2.946
    13101     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NE   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CD    0.067    3.453
    13102     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   0.046    3.714
    13103     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CD   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CD    0.039    3.721
    13104     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NH2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CD    0.025    3.495
    13105     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NH2   -0.046    2.706
    13106     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    13107     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    13108     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    13109     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    13110     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    13111     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    13112     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    13113     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O     -0.178    3.478
    13114     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    13115     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NH1   -0.211    2.871
    13116     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    13117     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    13118     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    13119     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CD   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CB    -0.284    4.044
    13120     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    13121     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    13122     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 CB    -0.309    4.069
    13123     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O     -0.318    3.618
    13124     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   -0.326    3.846
    13125     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    13126     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 OE2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 NE    -0.359    3.019
    13127     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    13128     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    13129     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CG   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2056 CD    -0.391    4.151
    13130     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    13131    
    13132 
    13133  
    13134 36 contacts 
    13135 
    13136 > ui tool show H-Bonds
    13137 
    13138 > hbonds sel saveFile C:/Users/emirm/Desktop/H-bonds_trial dashes 4 restrict
    13139 > both reveal true log true
    13140    
    13141    
    13142     Finding intermodel H-bonds
    13143     Finding intramodel H-bonds
    13144     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    13145     Models used:
    13146         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    13147    
    13148     5 H-bonds
    13149     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    13150     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O  no hydrogen  2.913  N/A
    13151     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O  no hydrogen  2.815  N/A
    13152     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O  no hydrogen  2.872  N/A
    13153     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O  no hydrogen  2.752  N/A
    13154     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O  no hydrogen  2.859  N/A
    13155    
    13156 
    13157  
    13158 5 hydrogen bonds found 
    13159 
    13160 > hbonds sel saveFile C:/Users/emirm/Desktop/H-bonds_trial2 dashes 4 restrict
    13161 > both reveal true log true
    13162    
    13163    
    13164     Finding intermodel H-bonds
    13165     Finding intramodel H-bonds
    13166     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    13167     Models used:
    13168         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    13169    
    13170     5 H-bonds
    13171     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    13172     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O  no hydrogen  2.913  N/A
    13173     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O  no hydrogen  2.815  N/A
    13174     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O  no hydrogen  2.872  N/A
    13175     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O  no hydrogen  2.752  N/A
    13176     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O  no hydrogen  2.859  N/A
    13177    
    13178 
    13179  
    13180 5 hydrogen bonds found 
    13181 
    13182 > hide #1.2 models
    13183 
    13184 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Superpositions_hob.cxs
    13185 
    13186 ——— End of log from Thu Mar 6 15:37:27 2025 ———
    13187 
    13188 opened ChimeraX session 
    13189 
    13190 > select #2/A:16-17
    13191 
    13192 19 atoms, 19 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    13193 
    13194 > select #2/A:16-17
    13195 
    13196 19 atoms, 19 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    13197 
    13198 > select #1/A:2056
    13199 
    13200 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    13201 
    13202 > select #1/A:2056-2102
    13203 
    13204 379 atoms, 388 bonds, 17 pseudobonds, 47 residues, 3 models selected 
    13205 
    13206 > select #1/A:2055
    13207 
    13208 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    13209 
    13210 > select #1/A:1961-2055
    13211 
    13212 766 atoms, 775 bonds, 95 residues, 1 model selected 
    13213 
    13214 > color (#!1 & sel) #ffff7fff
    13215 
    13216 > select
    13217 > #1/A:35-37,40-42,47-49,51-55,58-62,64-69,80-85,87-93,143-148,150-156,162-169,171-179,184-192,194-201,218-233,240-248,251-255,304-310,312-317,325-329,331-339,351-359,361-364,369-373,375-383,386-394,396-401,467-475,477-483,486-492,494-501,524-531,533-536,557-559,561-569,572-580,582-586,637-644,646-651,657-662,664-669,673-679,681-686,701-706,708-714,722-727,731-736,774-779,782-788,794-800,802-806,810-814,816-821,824-830,832-837,860-865,867-872,913-918,920-926,1005-1012,1014-1019,1050-1062,1064-1069,1077-1080,1082-1093,1100-1108,1112-1119,1123-1133,1135-1140,1179-1187,1189-1195,1206-1212,1214-1219,1222-1234,1242-1247,1250-1260,1295-1306,1320-1324,1365-1374,1377-1382,1389-1395,1397-1409,1420-1433,1435-1442,1463-1471,1473-1479,1502-1507,1510-1513,1635-1638,1640-1645,1647-1652,1659-1664,1666-1674,1677-1679,1682-1684,1686-1694,1697-1701,1771-1775,1780-1787,1819-1825,1827-1832,1972-1980,1982-1988,1995-2002,2004-2011,2016-2022,2024-2029,2038-2042,2058-2065,2072-2081,2084-2089,2174-2176,2178-2181,2184-2191,2204-2208,2211-2214,2216-2218
    13218 
    13219 6684 atoms, 6718 bonds, 15 pseudobonds, 812 residues, 3 models selected 
    13220 
    13221 > select #1/A:2056
    13222 
    13223 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    13224 
    13225 > select #1/A:2056-2102
    13226 
    13227 379 atoms, 388 bonds, 17 pseudobonds, 47 residues, 3 models selected 
    13228 
    13229 > color (#!1 & sel) orange
    13230 
    13231 > select #1/A:2055
    13232 
    13233 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    13234 
    13235 > select #1/A:1990-2055
    13236 
    13237 525 atoms, 531 bonds, 66 residues, 1 model selected 
    13238 
    13239 > color #1 white
    13240 
    13241 > color #1 #8b8b8bff
    13242 
    13243 > color #1 #cfcfcfff
    13244 
    13245 > select #1/A:2056
    13246 
    13247 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    13248 
    13249 > select #1/A:2056-2102
    13250 
    13251 379 atoms, 388 bonds, 17 pseudobonds, 47 residues, 3 models selected 
    13252 
    13253 > color (#!1 & sel) orange
    13254 
    13255 > select #1/A:2042
    13256 
    13257 5 atoms, 4 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    13258 
    13259 > select #1/A:2020-2042
    13260 
    13261 191 atoms, 192 bonds, 23 residues, 1 model selected 
    13262 
    13263 > color (#!1 & sel) cornflower blue
    13264 
    13265 > select #1/A:2176
    13266 
    13267 11 atoms, 11 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    13268 
    13269 > select #1/A:2176-2194
    13270 
    13271 159 atoms, 163 bonds, 19 residues, 1 model selected 
    13272 
    13273 > color (#!1 & sel) hot pink
    13274 
    13275 > select #1/A:2198
    13276 
    13277 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    13278 
    13279 > select #1/A:2198-2238
    13280 
    13281 343 atoms, 351 bonds, 41 residues, 1 model selected 
    13282 
    13283 > color (#!1 & sel) purple
    13284 
    13285 > hide #1.3 models
    13286 
    13287 > select subtract #1.1
    13288 
    13289 1 model selected 
    13290 
    13291 > hide #1.1 models
    13292 
    13293 > select add #1.1
    13294 
    13295 18469 atoms, 2300 residues, 1 model selected 
    13296 
    13297 > select subtract #1.1
    13298 
    13299 1 model selected 
    13300 
    13301 > select #1/A:2198
    13302 
    13303 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    13304 
    13305 > select #1/A:2198-2238
    13306 
    13307 343 atoms, 351 bonds, 41 residues, 1 model selected 
    13308 
    13309 > color (#!1 & sel) lime
    13310 
    13311 > select subtract #1.1
    13312 
    13313 1 model selected 
    13314 
    13315 > select add #1
    13316 
    13317 18469 atoms, 18843 bonds, 41 pseudobonds, 2300 residues, 3 models selected 
    13318 
    13319 > hide sel atoms
    13320 
    13321 > hide #!1 models
    13322 
    13323 > show #!1 models
    13324 
    13325 > select subtract #1.1
    13326 
    13327 1 model selected 
    13328 
    13329 > select add #1.2
    13330 
    13331 36 pseudobonds, 1 model selected 
    13332 
    13333 > save C:\Users\emirm/Desktop\image1.png supersample 3
    13334 
    13335 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Whole.png width 816 height
    13336 > 443 supersample 3
    13337 
    13338 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Whole.tif width 816 height
    13339 > 443 supersample 3
    13340 
    13341 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Apt1.cxs
    13342 
    13343 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Whole_180.tif width 816
    13344 > height 443 supersample 3
    13345 
    13346 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Whole.tif width 816 height
    13347 > 443 supersample 3
    13348 
    13349 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom1.tif width 816 height
    13350 > 443 supersample 3
    13351 
    13352 > select add #1/A:2020
    13353 
    13354 8 atoms, 7 bonds, 36 pseudobonds, 1 residue, 2 models selected 
    13355 
    13356 > select add #1/A:2021
    13357 
    13358 17 atoms, 15 bonds, 36 pseudobonds, 2 residues, 3 models selected 
    13359 
    13360 > select add #1/A:2022
    13361 
    13362 25 atoms, 22 bonds, 36 pseudobonds, 3 residues, 3 models selected 
    13363 
    13364 > select add #1/A:2060
    13365 
    13366 33 atoms, 29 bonds, 36 pseudobonds, 4 residues, 3 models selected 
    13367 
    13368 > select add #1/A:2059
    13369 
    13370 44 atoms, 39 bonds, 36 pseudobonds, 5 residues, 3 models selected 
    13371 
    13372 > select add #1/A:2058
    13373 
    13374 52 atoms, 46 bonds, 36 pseudobonds, 6 residues, 3 models selected 
    13375 
    13376 > select add #1/A:2078
    13377 
    13378 61 atoms, 54 bonds, 36 pseudobonds, 7 residues, 3 models selected 
    13379 
    13380 > select add #1/A:2079
    13381 
    13382 69 atoms, 61 bonds, 36 pseudobonds, 8 residues, 3 models selected 
    13383 
    13384 > select add #1/A:2080
    13385 
    13386 77 atoms, 68 bonds, 36 pseudobonds, 9 residues, 3 models selected 
    13387 
    13388 > select add #1/A:2081
    13389 
    13390 84 atoms, 74 bonds, 36 pseudobonds, 10 residues, 3 models selected 
    13391 
    13392 > select subtract #1/A:2078
    13393 
    13394 75 atoms, 66 bonds, 36 pseudobonds, 9 residues, 3 models selected 
    13395 
    13396 > select add #1/A:2082
    13397 
    13398 80 atoms, 70 bonds, 36 pseudobonds, 10 residues, 3 models selected 
    13399 
    13400 > select add #1/A:2056
    13401 
    13402 91 atoms, 80 bonds, 36 pseudobonds, 11 residues, 3 models selected 
    13403 
    13404 > select add #1/A:2023
    13405 
    13406 95 atoms, 83 bonds, 36 pseudobonds, 12 residues, 3 models selected 
    13407 
    13408 > select add #1/A:2057
    13409 
    13410 102 atoms, 89 bonds, 36 pseudobonds, 13 residues, 3 models selected 
    13411 
    13412 > select subtract #1/A:2056
    13413 
    13414 91 atoms, 79 bonds, 21 pseudobonds, 12 residues, 3 models selected 
    13415 
    13416 > show sel atoms
    13417 
    13418 > mlp sel
    13419 
    13420 Map values for surface "fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES
    13421 surface": minimum -29.39, mean -3.629, maximum 25.41 
    13422 To also show corresponding color key, enter the above mlp command and add key
    13423 true 
    13424 
    13425 > color bfactor sel
    13426 
    13427 91 atoms, 12 residues, 1 surfaces, atom bfactor range 51.2 to 89.1 
    13428 
    13429 > hide sel surfaces
    13430 
    13431 > mlp sel
    13432 
    13433 Map values for surface "fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES
    13434 surface": minimum -29.39, mean -3.629, maximum 25.41 
    13435 To also show corresponding color key, enter the above mlp command and add key
    13436 true 
    13437 
    13438 > hide sel surfaces
    13439 
    13440 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom1_residues.tif width
    13441 > 816 height 443 supersample 3
    13442 
    13443 > ui tool show Contacts
    13444 
    13445 > contacts sel saveFile
    13446 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/residues_contacts restrict both
    13447 > intraRes true ignoreHiddenModels true select true color #6a6a6a dashes 4
    13448 > reveal true log true
    13449    
    13450    
    13451     Allowed overlap: -0.4
    13452     H-bond overlap reduction: 0.4
    13453     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    13454     Detect intra-residue contacts: True
    13455     Detect intra-molecule contacts: True
    13456    
    13457     31 contacts
    13458                                 atom1                                                           atom2                               overlap  distance
    13459     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    13460     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   0.046    3.714
    13461     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 O     0.034    3.266
    13462     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2079 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG2   -0.044    3.804
    13463     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 CD2   -0.059    3.579
    13464     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    13465     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    13466     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    13467     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    13468     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    13469     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 O     -0.157    2.817
    13470     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    13471     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    13472     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2079 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   -0.189    3.949
    13473     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 N     -0.197    2.857
    13474     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    13475     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    13476     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CG   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 O     -0.213    3.513
    13477     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 CD2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 O     -0.220    3.520
    13478     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    13479     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    13480     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2079 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.274    3.574
    13481     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    13482     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    13483     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 CB    -0.309    4.069
    13484     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   -0.326    3.846
    13485     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    13486     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 CG1  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   -0.376    4.136
    13487     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    13488     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    13489     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    13490    
    13491 
    13492  
    13493 31 contacts 
    13494 
    13495 > contacts sel saveFile
    13496 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/residues_contacts2 restrict
    13497 > both intraRes true ignoreHiddenModels true select true color #6a6a6a dashes
    13498 > 4 reveal true log true
    13499    
    13500    
    13501     Allowed overlap: -0.4
    13502     H-bond overlap reduction: 0.4
    13503     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    13504     Detect intra-residue contacts: True
    13505     Detect intra-molecule contacts: True
    13506    
    13507     31 contacts
    13508                                 atom1                                                           atom2                               overlap  distance
    13509     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    13510     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   0.046    3.714
    13511     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 O     0.034    3.266
    13512     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2079 CG2   -0.044    3.804
    13513     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 CD2   -0.059    3.579
    13514     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    13515     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    13516     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    13517     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    13518     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    13519     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 O     -0.157    2.817
    13520     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    13521     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    13522     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2079 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   -0.189    3.949
    13523     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 N     -0.197    2.857
    13524     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    13525     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    13526     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLU 2021 CG   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 O     -0.213    3.513
    13527     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 CD2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 O     -0.220    3.520
    13528     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    13529     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    13530     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2079 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.274    3.574
    13531     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    13532     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CA   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    13533     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 CB    -0.309    4.069
    13534     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   -0.326    3.846
    13535     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O    fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    13536     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 CG1  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 CD1   -0.376    4.136
    13537     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2081 CG2  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    13538     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    13539     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 CB   fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    13540    
    13541 
    13542  
    13543 31 contacts 
    13544 
    13545 > show #1.2 models
    13546 
    13547 > save
    13548 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom1_residues_contacts.tif
    13549 > width 816 height 443 supersample 3
    13550 
    13551 > show #1.3 models
    13552 
    13553 > hide #1.3 models
    13554 
    13555 > close #1.3
    13556 
    13557 > ui tool show Distances
    13558 
    13559 > ui tool show H-Bonds
    13560 
    13561 > hbonds sel saveFile C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/residues_h-
    13562 > bonds dashes 4 restrict both reveal true log true
    13563    
    13564    
    13565     Finding intermodel H-bonds
    13566     Finding intramodel H-bonds
    13567     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    13568     Models used:
    13569         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    13570    
    13571     7 H-bonds
    13572     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    13573     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 O  no hydrogen  2.857  N/A
    13574     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O  no hydrogen  2.913  N/A
    13575     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O  no hydrogen  2.815  N/A
    13576     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O  no hydrogen  2.872  N/A
    13577     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 O  no hydrogen  2.817  N/A
    13578     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O  no hydrogen  2.752  N/A
    13579     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O  no hydrogen  2.859  N/A
    13580    
    13581 
    13582  
    13583 7 hydrogen bonds found 
    13584 
    13585 > hbonds sel saveFile C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/residues_h-
    13586 > bonds2 dashes 4 restrict both reveal true log true
    13587    
    13588    
    13589     Finding intermodel H-bonds
    13590     Finding intramodel H-bonds
    13591     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    13592     Models used:
    13593         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    13594    
    13595     7 H-bonds
    13596     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    13597     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 O  no hydrogen  2.857  N/A
    13598     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058 O  no hydrogen  2.913  N/A
    13599     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O  no hydrogen  2.815  N/A
    13600     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O  no hydrogen  2.872  N/A
    13601     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 O  no hydrogen  2.817  N/A
    13602     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O  no hydrogen  2.752  N/A
    13603     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O  no hydrogen  2.859  N/A
    13604    
    13605 
    13606  
    13607 7 hydrogen bonds found 
    13608 
    13609 > hide #1.2 models
    13610 
    13611 > show #1.2 models
    13612 
    13613 > hide #1.2 models
    13614 
    13615 > show #1.2 models
    13616 
    13617 > hide #1.2 models
    13618 
    13619 > show #1.2 models
    13620 
    13621 > hide #1.2 models
    13622 
    13623 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom1_residues_h-bonds.tif
    13624 > width 778 height 443 supersample 3
    13625 
    13626 > hide #1.3 models
    13627 
    13628 > ui tool show Clashes
    13629 
    13630 > clashes sel saveFile
    13631 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/residues_clashes restrict both
    13632 > ignoreHiddenModels true reveal true log true
    13633    
    13634    
    13635     Allowed overlap: 0.6
    13636     H-bond overlap reduction: 0.4
    13637     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    13638     Detect intra-residue clashes: False
    13639     Detect intra-molecule clashes: True
    13640    
    13641     0 clashes
    13642     atom1  atom2  overlap  distance
    13643    
    13644 
    13645  
    13646 No clashes 
    13647 
    13648 > clashes sel saveFile
    13649 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/residues_clashes2 restrict both
    13650 > ignoreHiddenModels true reveal true log true
    13651    
    13652    
    13653     Allowed overlap: 0.6
    13654     H-bond overlap reduction: 0.4
    13655     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    13656     Detect intra-residue clashes: False
    13657     Detect intra-molecule clashes: True
    13658    
    13659     0 clashes
    13660     atom1  atom2  overlap  distance
    13661    
    13662 
    13663  
    13664 No clashes 
    13665 
    13666 > hide #1.4 models
    13667 
    13668 > show #1.4 models
    13669 
    13670 > select subtract #1.4
    13671 
    13672 39 atoms, 12 residues, 2 models selected 
    13673 
    13674 > hide #1.4 models
    13675 
    13676 > select subtract #1.4
    13677 
    13678 39 atoms, 12 residues, 2 models selected 
    13679 
    13680 > show #1.4 models
    13681 
    13682 > hide #1.4 models
    13683 
    13684 > select subtract #1.4
    13685 
    13686 39 atoms, 12 residues, 2 models selected 
    13687 
    13688 > ui tool show Angles/Torsions
    13689 
    13690 > ui tool show "Check Waters"
    13691 
    13692 QWindowsWindow::setMouseGrabEnabled: Not setting mouse grab for invisible
    13693 window QWidgetWindow/'QMenuClassWindow' 
    13694 
    13695 [Repeated 4 time(s)]
    13696 
    13697 > hbonds interModel false reveal true restrict any name "water H-bonds"
    13698 
    13699 7487 hydrogen bonds found 
    13700 
    13701 > ~select
    13702 
    13703 Nothing selected 
    13704 
    13705 > hide #1.5 models
    13706 
    13707 > show #1.5 models
    13708 
    13709 > hide #1.5 models
    13710 
    13711 > show #1.5 models
    13712 
    13713 > select add #1.5
    13714 
    13715 1868 pseudobonds, 1 model selected 
    13716 
    13717 > hide #1.5 models
    13718 
    13719 > show #1.5 models
    13720 
    13721 > select subtract #1.5
    13722 
    13723 Nothing selected 
    13724 
    13725 > hide #1.5 models
    13726 
    13727 > hide #!1 atoms
    13728 
    13729 > select add #1.1
    13730 
    13731 18469 atoms, 2300 residues, 1 model selected 
    13732 
    13733 > select subtract #1.1
    13734 
    13735 1 model selected 
    13736 
    13737 > select add #1.2
    13738 
    13739 31 pseudobonds, 1 model selected 
    13740 
    13741 > select subtract #1.2
    13742 
    13743 Nothing selected 
    13744 
    13745 > select add #1.2
    13746 
    13747 31 pseudobonds, 1 model selected 
    13748 
    13749 > select subtract #1.2
    13750 
    13751 Nothing selected 
    13752 
    13753 > show #1.2 models
    13754 
    13755 > select add #1.2
    13756 
    13757 31 pseudobonds, 1 model selected 
    13758 
    13759 > show #!1 atoms
    13760 
    13761 [Repeated 1 time(s)]
    13762 
    13763 > hide #!1 atoms
    13764 
    13765 > hide #1.2 models
    13766 
    13767 > select subtract #1.2
    13768 
    13769 Nothing selected 
    13770 
    13771 > select subtract #1.4
    13772 
    13773 Nothing selected 
    13774 
    13775 > select #1/A:2020
    13776 
    13777 8 atoms, 7 bonds, 1 pseudobond, 1 residue, 2 models selected 
    13778 
    13779 > select #1/A:2020-2023
    13780 
    13781 29 atoms, 28 bonds, 3 pseudobonds, 4 residues, 2 models selected 
    13782 
    13783 > select #1/A:2020-2023,2057-2060
    13784 
    13785 63 atoms, 61 bonds, 24 pseudobonds, 8 residues, 4 models selected 
    13786 
    13787 > select #1/A:2020-2023,2057-2060,2079-2082
    13788 
    13789 91 atoms, 88 bonds, 46 pseudobonds, 12 residues, 4 models selected 
    13790 
    13791 > style sel ball
    13792 
    13793 Changed 91 atom styles 
    13794 
    13795 > show sel atoms
    13796 
    13797 > select subtract #1.1
    13798 
    13799 1 model selected 
    13800 
    13801 > select add #1.2
    13802 
    13803 31 pseudobonds, 1 model selected 
    13804 
    13805 > select add #1.3
    13806 
    13807 38 pseudobonds, 2 models selected 
    13808 
    13809 > select subtract #1.4
    13810 
    13811 38 pseudobonds, 2 models selected 
    13812 
    13813 > select subtract #1.3
    13814 
    13815 31 pseudobonds, 1 model selected 
    13816 
    13817 > select subtract #1.2
    13818 
    13819 Nothing selected 
    13820 
    13821 > select subtract #1.4
    13822 
    13823 Nothing selected 
    13824 
    13825 > show #1.2 models
    13826 
    13827 > log metadata #1
    13828 
    13829 No models had metadata
    13830 
    13831 > log chains #1
    13832 
    13833 Chain information for fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1 
    13834 --- 
    13835 Chain | Description 
    13836 A | . 
    13837  
    13838 
    13839 > select add #1.2
    13840 
    13841 31 pseudobonds, 1 model selected 
    13842 
    13843 > log metadata #1
    13844 
    13845 No models had metadata
    13846 
    13847 > log chains #1
    13848 
    13849 Chain information for fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1 
    13850 --- 
    13851 Chain | Description 
    13852 A | . 
    13853  
    13854 
    13855 > interfaces #!1 & ~solvent
    13856 
    13857 0 buried areas: 
    13858 
    13859 > ui tool show Contacts
    13860 
    13861 > help help:user/tools/clashes.html
    13862 
    13863 > select subtract #1.2
    13864 
    13865 Nothing selected 
    13866 
    13867 > select subtract #1.4
    13868 
    13869 Nothing selected 
    13870 
    13871 > hide #1.2 models
    13872 
    13873 > select #1/A:2055
    13874 
    13875 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    13876 
    13877 > select add #1/A:2054
    13878 
    13879 19 atoms, 18 bonds, 2 residues, 2 models selected 
    13880 
    13881 > hide sel cartoons
    13882 
    13883 > select #1/A:1618
    13884 
    13885 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    13886 
    13887 > select #1/A:1619
    13888 
    13889 6 atoms, 5 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    13890 
    13891 > select #1/A:1618
    13892 
    13893 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    13894 
    13895 > select add #1/A:1619
    13896 
    13897 15 atoms, 13 bonds, 2 residues, 2 models selected 
    13898 
    13899 > select add #1/A:1620
    13900 
    13901 26 atoms, 23 bonds, 3 residues, 2 models selected 
    13902 
    13903 > hide sel cartoons
    13904 
    13905 > select add #1/A:1617
    13906 
    13907 33 atoms, 29 bonds, 4 residues, 2 models selected 
    13908 
    13909 > select add #1/A:1615
    13910 
    13911 43 atoms, 39 bonds, 5 residues, 2 models selected 
    13912 
    13913 > select add #1/A:1616
    13914 
    13915 49 atoms, 44 bonds, 6 residues, 2 models selected 
    13916 
    13917 > hide sel cartoons
    13918 
    13919 > select add #1/A:2053
    13920 
    13921 56 atoms, 50 bonds, 7 residues, 2 models selected 
    13922 
    13923 > select add #1/A:2052
    13924 
    13925 64 atoms, 57 bonds, 8 residues, 2 models selected 
    13926 
    13927 > hide sel cartoons
    13928 
    13929 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom2_residues.tif width
    13930 > 778 height 443 supersample 3
    13931 
    13932 > show #1.2 models
    13933 
    13934 > select add #1/A:2056
    13935 
    13936 75 atoms, 67 bonds, 9 residues, 2 models selected 
    13937 
    13938 > hide sel cartoons
    13939 
    13940 > hide #1.2 models
    13941 
    13942 > show #1.2 models
    13943 
    13944 > hide #1.2 models
    13945 
    13946 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom2_residues.tif width
    13947 > 778 height 443 supersample 3
    13948 
    13949 > show #1.2 models
    13950 
    13951 > save
    13952 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom2_residues_contacts.tif
    13953 > width 778 height 443 supersample 3
    13954 
    13955 > hide #1.2 models
    13956 
    13957 > show #1.2 models
    13958 
    13959 > hide #1.2 models
    13960 
    13961 > show #1.3 models
    13962 
    13963 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom2_residues_h-bonds.tif
    13964 > width 778 height 443 supersample 3
    13965 
    13966 > show #1.2 models
    13967 
    13968 > hide #1.2 models
    13969 
    13970 > hide #1.3 models
    13971 
    13972 > color #1.4 yellow models
    13973 
    13974 > show #1.4 models
    13975 
    13976 > hide #1.4 models
    13977 
    13978 > show #1.5 models
    13979 
    13980 > hide #1.5 models
    13981 
    13982 > select subtract #1.4
    13983 
    13984 75 atoms, 67 bonds, 9 residues, 2 models selected 
    13985 
    13986 > select #1/A:2020
    13987 
    13988 8 atoms, 7 bonds, 1 pseudobond, 1 residue, 2 models selected 
    13989 
    13990 > select #1/A:2020-2023
    13991 
    13992 29 atoms, 28 bonds, 3 pseudobonds, 4 residues, 2 models selected 
    13993 
    13994 > select #1/A:2057-2058
    13995 
    13996 15 atoms, 14 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    13997 
    13998 > select #1/A:2057-2060
    13999 
    14000 34 atoms, 33 bonds, 2 pseudobonds, 4 residues, 2 models selected 
    14001 
    14002 > select #1/A:2020-2023,2057-2060
    14003 
    14004 63 atoms, 61 bonds, 24 pseudobonds, 8 residues, 4 models selected 
    14005 
    14006 > select #1/A:2020-2023,2057-2060,2079-2082
    14007 
    14008 91 atoms, 88 bonds, 46 pseudobonds, 12 residues, 4 models selected 
    14009 
    14010 > coulombic sel
    14011 
    14012 Coulombic values for fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES
    14013 surface #1.1: minimum, -16.90, mean -0.15, maximum 17.22 
    14014 To also show corresponding color key, enter the above coulombic command and
    14015 add key true 
    14016 
    14017 > hide sel surfaces
    14018 
    14019 > mlp sel
    14020 
    14021 Map values for surface "fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES
    14022 surface": minimum -29.39, mean -3.629, maximum 25.41 
    14023 To also show corresponding color key, enter the above mlp command and add key
    14024 true 
    14025 
    14026 > save C:\Users\emirm/Desktop\image2.png supersample 3
    14027 
    14028 > save
    14029 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom2_residues_hydrophobicity.tif
    14030 > width 778 height 443 supersample 3
    14031 
    14032 > volume style mesh
    14033 
    14034 No volumes specified 
    14035 
    14036 > surface style #1 mesh
    14037 
    14038 > surface (#!1 & sel)
    14039 
    14040 > transparency (#!1 & sel) 50
    14041 
    14042 > select subtract #1.1
    14043 
    14044 1 model selected 
    14045 
    14046 > select add #1.1
    14047 
    14048 18469 atoms, 2300 residues, 1 model selected 
    14049 
    14050 > select subtract #1.1
    14051 
    14052 1 model selected 
    14053 
    14054 > transparency #1.1#!1 20
    14055 
    14056 > transparency #1.1#!1 0
    14057 
    14058 > save
    14059 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom2_residues_hydrophobicity_mesh.tif
    14060 > width 778 height 443 supersample 3
    14061 
    14062 > ui tool show "Color Actions"
    14063 
    14064 > color byhetero
    14065 
    14066 > color byelement
    14067 
    14068 > color byhetero
    14069 
    14070 [Repeated 1 time(s)]
    14071 
    14072 > color bynucleotide
    14073 
    14074 > color bychain
    14075 
    14076 > undo
    14077 
    14078 [Repeated 6 time(s)]
    14079 
    14080 > redo
    14081 
    14082 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Apt1.cxs
    14083 
    14084 > ui tool show "Color Actions"
    14085 
    14086 > toolshed show
    14087 
    14088 Downloading bundle ChimeraX_ISOLDE-1.9-cp311-cp311-win_amd64.whl 
    14089 Downloading bundle SEQCROW-1.8.18-py3-none-any.whl 
    14090 Installed SEQCROW (1.8.18) 
    14091 
    14092 > select #1/A:2059
    14093 
    14094 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14095 
    14096 > select #1/A:2059
    14097 
    14098 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14099 
    14100 > help help:user/tools/sequenceviewer.html#copy
    14101 
    14102 > toolshed show
    14103 
    14104 > help help:quickstart
    14105 
    14106 > help help:user
    14107 
    14108 > swapaa /L:2058 pro
    14109 
    14110 No amino acid residues specified for swapping 
    14111 
    14112 > swapaa /L:2058P
    14113 
    14114 Missing or invalid "resTypes" argument: Expected a text string 
    14115 
    14116 > ui tool show Rotamers
    14117 
    14118 [Repeated 1 time(s)]
    14119 
    14120 > swapaa interactive sel ARG rotLib Dunbrack
    14121 
    14122 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059: phi -132.9, psi
    14123 123.6 trans 
    14124 Changed 600 bond radii 
    14125 
    14126 > select
    14127 > #1/A:35-37,40-42,47-49,51-55,58-62,64-69,80-85,87-93,143-148,150-156,162-169,171-179,184-192,194-201,218-233,240-248,251-255,304-310,312-317,325-329,331-339,351-359,361-364,369-373,375-383,386-394,396-401,467-475,477-483,486-492,494-501,524-531,533-536,557-559,561-569,572-580,582-586,637-644,646-651,657-662,664-669,673-679,681-686,701-706,708-714,722-727,731-736,774-779,782-788,794-800,802-806,810-814,816-821,824-830,832-837,860-865,867-872,913-918,920-926,1005-1012,1014-1019,1050-1062,1064-1069,1077-1080,1082-1093,1100-1108,1112-1119,1123-1133,1135-1140,1179-1187,1189-1195,1206-1212,1214-1219,1222-1234,1242-1247,1250-1260,1295-1306,1320-1324,1365-1374,1377-1382,1389-1395,1397-1409,1420-1433,1435-1442,1463-1471,1473-1479,1502-1507,1510-1513,1635-1638,1640-1645,1647-1652,1659-1664,1666-1674,1677-1679,1682-1684,1686-1694,1697-1701,1771-1775,1780-1787,1819-1825,1827-1832,1972-1980,1982-1988,1995-2002,2004-2011,2016-2022,2024-2029,2038-2042,2058-2065,2072-2081,2084-2089,2174-2176,2178-2181,2184-2191,2204-2208,2211-2214,2216-2218
    14128 
    14129 6684 atoms, 6718 bonds, 825 pseudobonds, 812 residues, 4 models selected 
    14130 
    14131 > select #1/A:2058
    14132 
    14133 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14134 
    14135 > select #1/A:2058
    14136 
    14137 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14138 
    14139 > ui tool show Rotamers
    14140 
    14141 > swapaa interactive sel LEU rotLib Dunbrack
    14142 
    14143 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058: phi -137.9, psi
    14144 132.6 trans 
    14145 Changed 45 bond radii 
    14146 
    14147 > hbonds #!1 & ~#!1/A:2058 & ~solvent reveal true restrict #1.6 & ~@c,ca,n
    14148 
    14149 0 hydrogen bonds found 
    14150 
    14151 > select
    14152 > #1/A:35-37,40-42,47-49,51-55,58-62,64-69,80-85,87-93,143-148,150-156,162-169,171-179,184-192,194-201,218-233,240-248,251-255,304-310,312-317,325-329,331-339,351-359,361-364,369-373,375-383,386-394,396-401,467-475,477-483,486-492,494-501,524-531,533-536,557-559,561-569,572-580,582-586,637-644,646-651,657-662,664-669,673-679,681-686,701-706,708-714,722-727,731-736,774-779,782-788,794-800,802-806,810-814,816-821,824-830,832-837,860-865,867-872,913-918,920-926,1005-1012,1014-1019,1050-1062,1064-1069,1077-1080,1082-1093,1100-1108,1112-1119,1123-1133,1135-1140,1179-1187,1189-1195,1206-1212,1214-1219,1222-1234,1242-1247,1250-1260,1295-1306,1320-1324,1365-1374,1377-1382,1389-1395,1397-1409,1420-1433,1435-1442,1463-1471,1473-1479,1502-1507,1510-1513,1635-1638,1640-1645,1647-1652,1659-1664,1666-1674,1677-1679,1682-1684,1686-1694,1697-1701,1771-1775,1780-1787,1819-1825,1827-1832,1972-1980,1982-1988,1995-2002,2004-2011,2016-2022,2024-2029,2038-2042,2058-2065,2072-2081,2084-2089,2174-2176,2178-2181,2184-2191,2204-2208,2211-2214,2216-2218
    14153 
    14154 6684 atoms, 6718 bonds, 820 pseudobonds, 812 residues, 3 models selected 
    14155 
    14156 > select #1/A:2058
    14157 
    14158 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14159 
    14160 > select #1/A:2058
    14161 
    14162 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14163 
    14164 > swapaa
    14165 
    14166 Missing or invalid "residues" argument: empty atom specifier 
    14167 
    14168 > redo
    14169 
    14170 > select #1/A:2020-2023,2057-2060,2079-2082
    14171 
    14172 91 atoms, 88 bonds, 39 pseudobonds, 12 residues, 3 models selected 
    14173 
    14174 > select #1/A:2058
    14175 
    14176 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14177 
    14178 > select #1/A:2058
    14179 
    14180 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14181 
    14182 > swapaa /A:2058 leu to A:2058 val
    14183 
    14184 Expected ',' or a keyword 
    14185 
    14186 > swapaa /A:2058 leu A:2058 val
    14187 
    14188 Expected ',' or a keyword 
    14189 
    14190 > swapaa /A:L2058V
    14191 
    14192 Missing or invalid "resTypes" argument: Expected a text string 
    14193 
    14194 > swapaa /A:2058 val
    14195 
    14196 Using Dunbrack library 
    14197 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2058: phi -137.9, psi
    14198 132.6 trans 
    14199 fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop_model_0.cif #2/A LEU 2058: phi -139.1,
    14200 psi 132.6 trans 
    14201 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif #3/A LEU 2058: phi -138.8, psi
    14202 132.1 trans 
    14203 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif #4/A LEU 2058: phi -136.2,
    14204 psi 130.5 trans 
    14205 Applying VAL rotamer (chi angles: 179.2) to
    14206 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2058 
    14207 Applying VAL rotamer (chi angles: 179.2) to
    14208 fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop_model_0.cif #2/A VAL 2058 
    14209 Applying VAL rotamer (chi angles: 179.2) to
    14210 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif #3/A VAL 2058 
    14211 Applying VAL rotamer (chi angles: 179.2) to
    14212 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif #4/A VAL 2058 
    14213 
    14214 > select
    14215 > #1/A:35-37,40-42,47-49,51-55,58-62,64-69,80-85,87-93,143-148,150-156,162-169,171-179,184-192,194-201,218-233,240-248,251-255,304-310,312-317,325-329,331-339,351-359,361-364,369-373,375-383,386-394,396-401,467-475,477-483,486-492,494-501,524-531,533-536,557-559,561-569,572-580,582-586,637-644,646-651,657-662,664-669,673-679,681-686,701-706,708-714,722-727,731-736,774-779,782-788,794-800,802-806,810-814,816-821,824-830,832-837,860-865,867-872,913-918,920-926,1005-1012,1014-1019,1050-1062,1064-1069,1077-1080,1082-1093,1100-1108,1112-1119,1123-1133,1135-1140,1179-1187,1189-1195,1206-1212,1214-1219,1222-1234,1242-1247,1250-1260,1295-1306,1320-1324,1365-1374,1377-1382,1389-1395,1397-1409,1420-1433,1435-1442,1463-1471,1473-1479,1502-1507,1510-1513,1635-1638,1640-1645,1647-1652,1659-1664,1666-1674,1677-1679,1682-1684,1686-1694,1697-1701,1771-1775,1780-1787,1819-1825,1827-1832,1972-1980,1982-1988,1995-2002,2004-2011,2016-2022,2024-2029,2038-2042,2058-2065,2072-2081,2084-2089,2174-2176,2178-2181,2184-2191,2204-2208,2211-2214,2216-2218
    14216 
    14217 6683 atoms, 6717 bonds, 815 pseudobonds, 812 residues, 3 models selected 
    14218 
    14219 > swapaa /A:2058 pro
    14220 
    14221 Using Dunbrack library 
    14222 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2058: phi -137.9, psi
    14223 132.6 trans 
    14224 fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop_model_0.cif #2/A VAL 2058: phi -139.1,
    14225 psi 132.6 trans 
    14226 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif #3/A VAL 2058: phi -138.8, psi
    14227 132.1 trans 
    14228 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif #4/A VAL 2058: phi -136.2,
    14229 psi 130.5 trans 
    14230 Applying PRO rotamer (chi angles: -25.1 36.3) to
    14231 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A PRO 2058 
    14232 Applying PRO rotamer (chi angles: 27.3 -34.5) to
    14233 fold_2025_03_03_10_24_hob_helicalcaptop_model_0.cif #2/A PRO 2058 
    14234 Applying PRO rotamer (chi angles: 27.3 -34.5) to
    14235 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221p_model_0.cif #3/A PRO 2058 
    14236 Applying PRO rotamer (chi angles: -25.1 36.3) to
    14237 fold_2025_03_03_11_19_hob_l2221ppppp_model_0.cif #4/A PRO 2058 
    14238 
    14239 > select
    14240 > #1/A:2-32,134-142,212-214,256-268,291-300,402-420,458-463,513-519,588-605,696-698,737-756,841-849,878-896,929-965,971-998,1022-1024,1027-1037,1142-1144,1146-1158,1171-1178,1275-1277,1325-1339,1349-1351,1361-1363,1490-1497,1515-1538,1595-1604,1618-1623,1625-1631,1712-1714,1720-1722,1737-1739,1793-1795,1834-1848,1853-1871,1874-1911,1916-1958,2090-2100,2111-2113,2162-2172,2220-2247,2262-2271
    14241 
    14242 4475 atoms, 4510 bonds, 460 pseudobonds, 539 residues, 2 models selected 
    14243 
    14244 > select #1/A:2020
    14245 
    14246 8 atoms, 7 bonds, 1 pseudobond, 1 residue, 2 models selected 
    14247 
    14248 > select #1/A:2020-2023
    14249 
    14250 29 atoms, 28 bonds, 3 pseudobonds, 4 residues, 2 models selected 
    14251 
    14252 > select #1/A:2057
    14253 
    14254 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14255 
    14256 > select #1/A:2057-2060
    14257 
    14258 33 atoms, 33 bonds, 4 residues, 1 model selected 
    14259 
    14260 > select #1/A:2078-2079
    14261 
    14262 17 atoms, 16 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    14263 
    14264 > select #1/A:2078-2082
    14265 
    14266 37 atoms, 36 bonds, 4 pseudobonds, 5 residues, 3 models selected 
    14267 
    14268 > select #1/A:2079
    14269 
    14270 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14271 
    14272 > select #1/A:2079-2082
    14273 
    14274 28 atoms, 27 bonds, 3 pseudobonds, 4 residues, 2 models selected 
    14275 
    14276 > select #1/A:2057-2060,2079-2082
    14277 
    14278 61 atoms, 60 bonds, 17 pseudobonds, 8 residues, 3 models selected 
    14279 
    14280 > select #1/A:2020-2023,2057-2060,2079-2082
    14281 
    14282 90 atoms, 88 bonds, 34 pseudobonds, 12 residues, 3 models selected 
    14283 
    14284 > hide sel surfaces
    14285 
    14286 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom1_residues_L2058P.tif
    14287 > width 778 height 443 supersample 3
    14288 
    14289 > select subtract #1.1
    14290 
    14291 3 atoms, 2 bonds, 1 residue, 2 models selected 
    14292 
    14293 > select subtract #1.4
    14294 
    14295 3 atoms, 2 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14296 
    14297 > show #1.2 models
    14298 
    14299 > save
    14300 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom1_residues_L2058P_contacts.tif
    14301 > width 778 height 443 supersample 3
    14302 
    14303 > show #1.5 models
    14304 
    14305 > hide #1.2 models
    14306 
    14307 > hide #1.5 models
    14308 
    14309 > show #1.5 models
    14310 
    14311 > hide #1.5 models
    14312 
    14313 > show #1.5 models
    14314 
    14315 > hide #1.5 models
    14316 
    14317 > select add #1.5
    14318 
    14319 3 atoms, 2 bonds, 1868 pseudobonds, 1 residue, 2 models selected 
    14320 
    14321 > select subtract #1.5
    14322 
    14323 3 atoms, 2 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14324 
    14325 > show #1.5 models
    14326 
    14327 > hide #1.5 models
    14328 
    14329 > show #1.4 models
    14330 
    14331 > select subtract #1.4
    14332 
    14333 3 atoms, 2 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14334 
    14335 > hide #1.4 models
    14336 
    14337 > show #1.2 models
    14338 
    14339 > hide #1.2 models
    14340 
    14341 > show #1.5 models
    14342 
    14343 > hide #1.5 models
    14344 
    14345 > close #1.5
    14346 
    14347 > select #1/A:2020-2023,2057-2060,2079-2082
    14348 
    14349 90 atoms, 88 bonds, 26 pseudobonds, 12 residues, 2 models selected 
    14350 
    14351 > select #1/A:2020-2023,2057-2061,2079-2082
    14352 
    14353 101 atoms, 100 bonds, 26 pseudobonds, 13 residues, 2 models selected 
    14354 
    14355 > select #1/A:2020-2023,2057-2061,2079-2082
    14356 
    14357 101 atoms, 100 bonds, 26 pseudobonds, 13 residues, 2 models selected 
    14358 
    14359 > select #1/A:2020-2023,2057-2061,2079-2082
    14360 
    14361 101 atoms, 100 bonds, 26 pseudobonds, 13 residues, 2 models selected 
    14362 
    14363 > ui tool show H-Bonds
    14364 
    14365 > hbonds sel dashes 4 restrict both reveal true log true
    14366    
    14367    
    14368     Finding intermodel H-bonds
    14369     Finding intramodel H-bonds
    14370     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    14371     Models used:
    14372         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    14373    
    14374     7 H-bonds
    14375     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    14376     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 O  no hydrogen  2.857  N/A
    14377     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A PRO 2058 O  no hydrogen  2.913  N/A
    14378     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2022 O  no hydrogen  2.815  N/A
    14379     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 O  no hydrogen  2.872  N/A
    14380     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ILE 2060 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A LEU 2020 O  no hydrogen  2.817  N/A
    14381     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ASN 2080 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ARG 2059 O  no hydrogen  2.752  N/A
    14382     fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A ALA 2082 N  fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1/A VAL 2057 O  no hydrogen  2.859  N/A
    14383    
    14384 
    14385  
    14386 7 hydrogen bonds found 
    14387 
    14388 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Zoom1_residues_L2058P_h-
    14389 > bonds.tif width 778 height 443 supersample 3
    14390 
    14391 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Apt1.cxs
    14392 
    14393 > show #!2 models
    14394 
    14395 > show #!3 models
    14396 
    14397 > close #2-4
    14398 
    14399 > save C:/Users/emirm/Desktop/Fly/AlphaFold/Chimera/Apt1.cxs
    14400 
    14401 [Repeated 1 time(s)]
    14402 
    14403 ——— End of log from Fri Mar 7 14:18:08 2025 ———
    14404 
    14405 > view name session-start
    14406 
    14407 opened ChimeraX session 
    14408 
    14409 > select
    14410 > /A:35-37,40-42,47-49,51-55,58-62,64-69,80-85,87-93,143-148,150-156,162-169,171-179,184-192,194-201,218-233,240-248,251-255,304-310,312-317,325-329,331-339,351-359,361-364,369-373,375-383,386-394,396-401,467-475,477-483,486-492,494-501,524-531,533-536,557-559,561-569,572-580,582-586,637-644,646-651,657-662,664-669,673-679,681-686,701-706,708-714,722-727,731-736,774-779,782-788,794-800,802-806,810-814,816-821,824-830,832-837,860-865,867-872,913-918,920-926,1005-1012,1014-1019,1050-1062,1064-1069,1077-1080,1082-1093,1100-1108,1112-1119,1123-1133,1135-1140,1179-1187,1189-1195,1206-1212,1214-1219,1222-1234,1242-1247,1250-1260,1295-1306,1320-1324,1365-1374,1377-1382,1389-1395,1397-1409,1420-1433,1435-1442,1463-1471,1473-1479,1502-1507,1510-1513,1635-1638,1640-1645,1647-1652,1659-1664,1666-1674,1677-1679,1682-1684,1686-1694,1697-1701,1771-1775,1780-1787,1819-1825,1827-1832,1972-1980,1982-1988,1995-2002,2004-2011,2016-2022,2024-2029,2038-2042,2058-2065,2072-2081,2084-2089,2174-2176,2178-2181,2184-2191,2204-2208,2211-2214,2216-2218
    14411 
    14412 6683 atoms, 6718 bonds, 22 pseudobonds, 812 residues, 3 models selected 
    14413 
    14414 > select /A:2151-2152
    14415 
    14416 14 atoms, 13 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    14417 
    14418 > select /A:2151-2152
    14419 
    14420 14 atoms, 13 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    14421 
    14422 > select
    14423 > /A:2-32,134-142,212-214,256-268,291-300,402-420,458-463,513-519,588-605,696-698,737-756,841-849,878-896,929-965,971-998,1022-1024,1027-1037,1142-1144,1146-1158,1171-1178,1275-1277,1325-1339,1349-1351,1361-1363,1490-1497,1515-1538,1595-1604,1618-1623,1625-1631,1712-1714,1720-1722,1737-1739,1793-1795,1834-1848,1853-1871,1874-1911,1916-1958,2090-2100,2111-2113,2162-2172,2220-2247,2262-2271
    14424 
    14425 4475 atoms, 4510 bonds, 539 residues, 1 model selected 
    14426 
    14427 > select
    14428 > /A:35-37,40-42,47-49,51-55,58-62,64-69,80-85,87-93,143-148,150-156,162-169,171-179,184-192,194-201,218-233,240-248,251-255,304-310,312-317,325-329,331-339,351-359,361-364,369-373,375-383,386-394,396-401,467-475,477-483,486-492,494-501,524-531,533-536,557-559,561-569,572-580,582-586,637-644,646-651,657-662,664-669,673-679,681-686,701-706,708-714,722-727,731-736,774-779,782-788,794-800,802-806,810-814,816-821,824-830,832-837,860-865,867-872,913-918,920-926,1005-1012,1014-1019,1050-1062,1064-1069,1077-1080,1082-1093,1100-1108,1112-1119,1123-1133,1135-1140,1179-1187,1189-1195,1206-1212,1214-1219,1222-1234,1242-1247,1250-1260,1295-1306,1320-1324,1365-1374,1377-1382,1389-1395,1397-1409,1420-1433,1435-1442,1463-1471,1473-1479,1502-1507,1510-1513,1635-1638,1640-1645,1647-1652,1659-1664,1666-1674,1677-1679,1682-1684,1686-1694,1697-1701,1771-1775,1780-1787,1819-1825,1827-1832,1972-1980,1982-1988,1995-2002,2004-2011,2016-2022,2024-2029,2038-2042,2058-2065,2072-2081,2084-2089,2174-2176,2178-2181,2184-2191,2204-2208,2211-2214,2216-2218
    14429 
    14430 6683 atoms, 6718 bonds, 22 pseudobonds, 812 residues, 3 models selected 
    14431 
    14432 > select /A:2050
    14433 
    14434 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14435 
    14436 > select /A:2050-2100
    14437 
    14438 408 atoms, 418 bonds, 17 pseudobonds, 51 residues, 3 models selected 
    14439 
    14440 > select /A:1831
    14441 
    14442 6 atoms, 5 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14443 
    14444 > select /A:1831-2300
    14445 
    14446 3800 atoms, 3854 bonds, 33 pseudobonds, 470 residues, 3 models selected 
    14447 
    14448 > show sel atoms
    14449 
    14450 [Repeated 1 time(s)]
    14451 
    14452 > style (#!1 & sel) stick
    14453 
    14454 Changed 3800 atom styles 
    14455 
    14456 > select /A:2027
    14457 
    14458 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14459 
    14460 > select /A:2027-2091
    14461 
    14462 523 atoms, 532 bonds, 17 pseudobonds, 65 residues, 3 models selected 
    14463 
    14464 > select /A:2273-2300
    14465 
    14466 220 atoms, 221 bonds, 28 residues, 1 model selected 
    14467 
    14468 > select /A:1711-2300
    14469 
    14470 4727 atoms, 4803 bonds, 33 pseudobonds, 590 residues, 3 models selected 
    14471 
    14472 > hide sel atoms
    14473 
    14474 > hide #!1 models
    14475 
    14476 > show #!1 models
    14477 
    14478 > close #1.1-4
    14479 
    14480 > select subtract /A:2020
    14481 
    14482 4719 atoms, 4794 bonds, 589 residues, 1 model selected 
    14483 
    14484 > select subtract /A:2021
    14485 
    14486 4710 atoms, 4785 bonds, 588 residues, 1 model selected 
    14487 
    14488 > select add #1
    14489 
    14490 18468 atoms, 18843 bonds, 2300 residues, 1 model selected 
    14491 
    14492 > select subtract #1
    14493 
    14494 Nothing selected 
    14495 
    14496 > select add /A:2020
    14497 
    14498 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14499 
    14500 > select add /A:2021
    14501 
    14502 17 atoms, 15 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    14503 
    14504 > select subtract /A:2021
    14505 
    14506 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14507 
    14508 > select add /A:2021
    14509 
    14510 17 atoms, 15 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    14511 
    14512 > select add /A:2022
    14513 
    14514 25 atoms, 22 bonds, 3 residues, 1 model selected 
    14515 
    14516 > select add /A:2023
    14517 
    14518 29 atoms, 25 bonds, 4 residues, 1 model selected 
    14519 
    14520 > color sel cornflower blue
    14521 
    14522 > select /A:2159
    14523 
    14524 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14525 
    14526 > select /A:2156-2159
    14527 
    14528 33 atoms, 32 bonds, 4 residues, 1 model selected 
    14529 
    14530 > select /A:2056
    14531 
    14532 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14533 
    14534 > select /A:2056-2102
    14535 
    14536 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    14537 
    14538 > color sel orange
    14539 
    14540 > select /A:2056-2102
    14541 
    14542 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    14543 
    14544 > select /A:1938
    14545 
    14546 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14547 
    14548 > select /A:2056-2102
    14549 
    14550 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    14551 
    14552 > select /A:1938
    14553 
    14554 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14555 
    14556 > select /A:2056-2102
    14557 
    14558 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    14559 
    14560 > select /A:1923
    14561 
    14562 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14563 
    14564 > select /A:2056-2102
    14565 
    14566 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    14567 
    14568 > select /A:1923-2300
    14569 
    14570 3033 atoms, 3079 bonds, 378 residues, 1 model selected 
    14571 
    14572 > show sel cartoons
    14573 
    14574 > select /A:1787
    14575 
    14576 12 atoms, 12 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14577 
    14578 > select /A:2056-2102
    14579 
    14580 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    14581 
    14582 > select /A:1787-1852
    14583 
    14584 524 atoms, 538 bonds, 66 residues, 1 model selected 
    14585 
    14586 > select /A:2056-2102
    14587 
    14588 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    14589 
    14590 > select /A:2020
    14591 
    14592 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14593 
    14594 > select /A:2056-2102
    14595 
    14596 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    14597 
    14598 > select /A:2020-2026
    14599 
    14600 56 atoms, 55 bonds, 7 residues, 1 model selected 
    14601 
    14602 > select /A:2020
    14603 
    14604 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14605 
    14606 > select /A:2056-2102
    14607 
    14608 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    14609 
    14610 > select /A:2020-2026
    14611 
    14612 56 atoms, 55 bonds, 7 residues, 1 model selected 
    14613 
    14614 > select /A:2040-2102
    14615 
    14616 505 atoms, 517 bonds, 63 residues, 1 model selected 
    14617 
    14618 > select /A:2020
    14619 
    14620 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14621 
    14622 > select /A:2040-2102
    14623 
    14624 505 atoms, 517 bonds, 63 residues, 1 model selected 
    14625 
    14626 > select /A:2020-2026
    14627 
    14628 56 atoms, 55 bonds, 7 residues, 1 model selected 
    14629 
    14630 > select /A:2040
    14631 
    14632 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14633 
    14634 > select /A:2040-2055
    14635 
    14636 127 atoms, 128 bonds, 16 residues, 1 model selected 
    14637 
    14638 > select /A:2040-2055,2180-2188
    14639 
    14640 199 atoms, 201 bonds, 25 residues, 1 model selected 
    14641 
    14642 > select /A:2020-2026,2040-2055,2180-2188
    14643 
    14644 255 atoms, 256 bonds, 32 residues, 1 model selected 
    14645 
    14646 > select /A:2058
    14647 
    14648 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14649 
    14650 > select /A:2236
    14651 
    14652 11 atoms, 11 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14653 
    14654 > select /A:2205-2236
    14655 
    14656 268 atoms, 275 bonds, 32 residues, 1 model selected 
    14657 
    14658 > select /A:2125
    14659 
    14660 6 atoms, 5 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14661 
    14662 > select /A:2125
    14663 
    14664 6 atoms, 5 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14665 
    14666 > select /A:2056
    14667 
    14668 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14669 
    14670 > select /A:2056-2102
    14671 
    14672 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    14673 
    14674 > select /A:2056-2102
    14675 
    14676 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    14677 
    14678 > select
    14679 > /A:2-32,134-142,212-214,256-268,291-300,402-420,458-463,513-519,588-605,696-698,737-756,841-849,878-896,929-965,971-998,1022-1024,1027-1037,1142-1144,1146-1158,1171-1178,1275-1277,1325-1339,1349-1351,1361-1363,1490-1497,1515-1538,1595-1604,1618-1623,1625-1631,1712-1714,1720-1722,1737-1739,1793-1795,1834-1848,1853-1871,1874-1911,1916-1958,2090-2100,2111-2113,2162-2172,2220-2247,2262-2271
    14680 
    14681 4475 atoms, 4510 bonds, 539 residues, 1 model selected 
    14682 
    14683 > select /A:2056-2102
    14684 
    14685 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    14686 
    14687 > select /A:2126
    14688 
    14689 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14690 
    14691 > select /A:2056-2102
    14692 
    14693 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    14694 
    14695 > select /A:2126
    14696 
    14697 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14698 
    14699 > select /A:2184
    14700 
    14701 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14702 
    14703 > select /A:2056-2102
    14704 
    14705 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    14706 
    14707 > select /A:2184-2187
    14708 
    14709 32 atoms, 32 bonds, 4 residues, 1 model selected 
    14710 
    14711 > select /A:2020
    14712 
    14713 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14714 
    14715 > select /A:2056-2102
    14716 
    14717 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    14718 
    14719 > select /A:2020-2021
    14720 
    14721 17 atoms, 16 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    14722 
    14723 > select /A:2020-2026
    14724 
    14725 56 atoms, 55 bonds, 7 residues, 1 model selected 
    14726 
    14727 > select /A:2020
    14728 
    14729 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14730 
    14731 > select /A:2056-2102
    14732 
    14733 378 atoms, 388 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    14734 
    14735 > select /A:2020-2027
    14736 
    14737 64 atoms, 63 bonds, 8 residues, 1 model selected 
    14738 
    14739 > select /A:2003-2040,2056-2102
    14740 
    14741 694 atoms, 708 bonds, 85 residues, 1 model selected 
    14742 
    14743 > select /A:2054-2055
    14744 
    14745 19 atoms, 19 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    14746 
    14747 > select /A:2003-2040,2056-2102
    14748 
    14749 694 atoms, 708 bonds, 85 residues, 1 model selected 
    14750 
    14751 > select /A:2050-2055
    14752 
    14753 48 atoms, 49 bonds, 6 residues, 1 model selected 
    14754 
    14755 > select /A:2178
    14756 
    14757 12 atoms, 12 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14758 
    14759 > select /A:2176-2178
    14760 
    14761 31 atoms, 32 bonds, 3 residues, 1 model selected 
    14762 
    14763 > select /A:2055-2056
    14764 
    14765 20 atoms, 19 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    14766 
    14767 > select /A:2040-2056
    14768 
    14769 138 atoms, 139 bonds, 17 residues, 1 model selected 
    14770 
    14771 > select /A:2020-2028,2040-2056
    14772 
    14773 211 atoms, 211 bonds, 26 residues, 1 model selected 
    14774 
    14775 > select /A:2020-2028,2040-2056,2180-2188
    14776 
    14777 283 atoms, 284 bonds, 35 residues, 1 model selected 
    14778 
    14779 > select /A:2020-2028,2040-2056,2180-2188
    14780 
    14781 283 atoms, 284 bonds, 35 residues, 1 model selected 
    14782 
    14783 > select /A:2275-2300
    14784 
    14785 208 atoms, 209 bonds, 26 residues, 1 model selected 
    14786 
    14787 > select /A:2020-2028,2040-2056,2180-2188
    14788 
    14789 283 atoms, 284 bonds, 35 residues, 1 model selected 
    14790 
    14791 > select /A:2275-2300
    14792 
    14793 208 atoms, 209 bonds, 26 residues, 1 model selected 
    14794 
    14795 > select /A:2127
    14796 
    14797 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14798 
    14799 > select /A:2020-2028,2040-2056,2180-2188
    14800 
    14801 283 atoms, 284 bonds, 35 residues, 1 model selected 
    14802 
    14803 > select /A:2127-2157
    14804 
    14805 231 atoms, 232 bonds, 31 residues, 1 model selected 
    14806 
    14807 > select /A:2020
    14808 
    14809 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14810 
    14811 > select /A:2020-2028,2040-2056,2180-2188
    14812 
    14813 283 atoms, 284 bonds, 35 residues, 1 model selected 
    14814 
    14815 > select /A:2020-2188
    14816 
    14817 1342 atoms, 1362 bonds, 169 residues, 1 model selected 
    14818 
    14819 > select /A:2020
    14820 
    14821 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14822 
    14823 > select /A:2020-2028,2040-2056,2180-2188
    14824 
    14825 283 atoms, 284 bonds, 35 residues, 1 model selected 
    14826 
    14827 > select /A:2020-2027
    14828 
    14829 64 atoms, 63 bonds, 8 residues, 1 model selected 
    14830 
    14831 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    14832 
    14833 650 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    14834 
    14835 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    14836 
    14837 650 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    14838 
    14839 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    14840 
    14841 650 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    14842 
    14843 > select /A:2200-2201
    14844 
    14845 16 atoms, 15 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    14846 
    14847 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    14848 
    14849 650 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    14850 
    14851 > select /A:2200-2203
    14852 
    14853 31 atoms, 30 bonds, 4 residues, 1 model selected 
    14854 
    14855 > select /A:2064
    14856 
    14857 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14858 
    14859 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    14860 
    14861 650 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    14862 
    14863 > select /A:2064-2094
    14864 
    14865 239 atoms, 244 bonds, 31 residues, 1 model selected 
    14866 
    14867 > select /A:2213-2214
    14868 
    14869 22 atoms, 23 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    14870 
    14871 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    14872 
    14873 650 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    14874 
    14875 > select /A:2213-2215
    14876 
    14877 30 atoms, 31 bonds, 3 residues, 1 model selected 
    14878 
    14879 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    14880 
    14881 650 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    14882 
    14883 > swapaa /A: 2058 leu
    14884 
    14885 Using Dunbrack library 
    14886 /A PRO 2058: phi -137.9, psi 132.6 trans 
    14887 Applying LEU rotamer (chi angles: 177.6 65.4) to /A LEU 2058 
    14888 
    14889 > ui tool show Clashes
    14890 
    14891 > clashes sel saveFile
    14892 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_clashes
    14893 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color #ff0000 reveal
    14894 > true log true
    14895    
    14896    
    14897     Allowed overlap: 0.6
    14898     H-bond overlap reduction: 0.4
    14899     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    14900     Detect intra-residue clashes: True
    14901     Detect intra-molecule clashes: True
    14902    
    14903     5 clashes
    14904          atom1            atom2       overlap  distance
    14905     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CD    1.106    2.414
    14906     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CD1   1.100    2.660
    14907     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    14908     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    14909     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 OE1   0.606    2.694
    14910    
    14911 
    14912  
    14913 5 clashes 
    14914 
    14915 > hide #1.1 models
    14916 
    14917 > show #1.1 models
    14918 
    14919 > hide #1.1 models
    14920 
    14921 > show #1.1 models
    14922 
    14923 > hide #1.1 models
    14924 
    14925 > show #1.1 models
    14926 
    14927 > hide #1.1 models
    14928 
    14929 > show #1.1 models
    14930 
    14931 > hide #1.1 models
    14932 
    14933 > show #1.1 models
    14934 
    14935 > select /A:2300
    14936 
    14937 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14938 
    14939 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    14940 
    14941 651 atoms, 662 bonds, 5 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    14942 
    14943 > select /A:2299-2300
    14944 
    14945 17 atoms, 16 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    14946 
    14947 > select /A:2300
    14948 
    14949 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14950 
    14951 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    14952 
    14953 651 atoms, 662 bonds, 5 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    14954 
    14955 > select /A:2300
    14956 
    14957 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14958 
    14959 > select /A:1801
    14960 
    14961 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14962 
    14963 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    14964 
    14965 651 atoms, 662 bonds, 5 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    14966 
    14967 > select /A:1801
    14968 
    14969 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    14970 
    14971 > save
    14972 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_clashes.png
    14973 > width 701 height 491 supersample 3
    14974 
    14975 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    14976 
    14977 651 atoms, 662 bonds, 5 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    14978 
    14979 > ui tool show Contacts
    14980 
    14981 > contacts sel saveFile
    14982 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_contacts
    14983 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true color
    14984 > #00ff00 dashes 4 reveal true log true
    14985    
    14986    
    14987     Allowed overlap: -0.4
    14988     H-bond overlap reduction: 0.4
    14989     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    14990     Detect intra-residue contacts: True
    14991     Detect intra-molecule contacts: True
    14992    
    14993     238 contacts
    14994          atom1            atom2       overlap  distance
    14995     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 NZ    1.106    2.414
    14996     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2185 CB    1.100    2.660
    14997     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    14998     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    14999     /A GLU 2044 OE1  /A VAL 2051 CG2   0.606    2.694
    15000     /A ARG 2056 CZ   /A GLU 2021 CD    0.496    2.994
    15001     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 CZ    0.469    2.561
    15002     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 NH1   0.445    2.215
    15003     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2083 CB    0.444    3.316
    15004     /A GLY 2023 O    /A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    15005     /A ILE 2088 CD1  /A ILE 2086 CG2   0.428    3.332
    15006     /A ARG 2026 CG   /A LEU 2041 CD2   0.424    3.336
    15007     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 CD    0.413    3.347
    15008     /A GLU 2044 CD   /A VAL 2051 CG2   0.381    3.379
    15009     /A PRO 2185 CG   /A ILE 2045 CD1   0.363    3.397
    15010     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CD1   0.291    3.469
    15011     /A PRO 2182 CG   /A ASN 2080 OD1   0.278    3.022
    15012     /A LYS 2074 CD   /A GLU 2064 CG    0.257    3.503
    15013     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CE    0.254    3.506
    15014     /A VAL 2057 CG1  /A ILE 2025 CG2   0.239    3.521
    15015     /A ILE 2088 CG1  /A ILE 2086 CG2   0.228    3.532
    15016     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CD    0.227    3.533
    15017     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 OE2   0.207    3.093
    15018     /A VAL 2186 CG2  /A VAL 2188 CG2   0.205    3.555
    15019     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CE    0.183    3.117
    15020     /A THR 2085 CB   /A THR 2043 OG1   0.178    3.162
    15021     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 CD    0.174    3.346
    15022     /A LYS 2180 O    /A GLU 2078 CA    0.158    3.142
    15023     /A PRO 2182 CD   /A ILE 2079 O     0.140    3.160
    15024     /A ILE 2079 CD1  /A PHE 2077 CE1   0.135    3.505
    15025     /A ARG 2026 NH2  /A GLU 2028 OE1   0.134    2.526
    15026     /A ILE 2086 CD1  /A ILE 2084 CD1   0.121    3.639
    15027     /A ARG 2026 CD   /A LEU 2041 CD2   0.105    3.655
    15028     /A HIS 2076 CD2  /A PHE 2061 CD1   0.105    3.415
    15029     /A HIS 2076 O    /A CYS 2062 CA    0.102    3.198
    15030     /A GLU 2075 OE2  /A ARG 2063 CD    0.098    3.202
    15031     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 CZ    0.084    2.946
    15032     /A VAL 2081 CG2  /A LEU 2058 CD1   0.082    3.678
    15033     /A LEU 2040 O    /A ARG 2026 CA    0.078    3.222
    15034     /A ILE 2045 CG1  /A PRO 2083 CB    0.078    3.682
    15035     /A ARG 2056 NE   /A GLU 2021 CD    0.067    3.453
    15036     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CG    0.056    3.464
    15037     /A PHE 2092 CE1  /A MET 2096 CG    0.050    3.590
    15038     /A GLU 2021 CD   /A ARG 2056 CD    0.039    3.721
    15039     /A ARG 2059 CA   /A LEU 2020 O     0.034    3.266
    15040     /A PRO 2083 CG   /A ILE 2045 CD1   0.030    3.730
    15041     /A GLU 2078 CD   /A ASN 2080 ND2   0.026    3.494
    15042     /A ARG 2056 NH2  /A GLU 2021 CD    0.025    3.495
    15043     /A GLU 2028 OE1  /A ARG 2026 CZ    0.021    3.009
    15044     /A ILE 2071 O    /A PRO 2067 CA    0.021    3.279
    15045     /A LEU 2058 CD1  /A ARG 2059 N     0.020    3.500
    15046     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 CB    0.018    3.322
    15047     /A ILE 2084 CA   /A LEU 2041 O     0.016    3.284
    15048     /A THR 2089 O    /A ILE 2088 CG2   0.013    3.287
    15049     /A ARG 2187 O    /A THR 2085 CA    0.007    3.293
    15050     /A VAL 2073 O    /A GLU 2064 CA    -0.003    3.303
    15051     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CA    -0.004    3.304
    15052     /A PRO 2182 O    /A VAL 2184 CG2   -0.008    3.308
    15053     /A ASN 2024 CA   /A VAL 2057 CG2   -0.009    3.769
    15054     /A LEU 2040 CB   /A MET 2027 CB    -0.012    3.772
    15055     /A ILE 2086 CG1  /A LEU 2040 CD1   -0.013    3.773
    15056     /A THR 2043 CG2  /A THR 2085 OG1   -0.015    3.355
    15057     /A GLU 2064 OE2  /A LYS 2074 NZ    -0.017    2.677
    15058     /A PHE 2092 CB   /A THR 2089 OG1   -0.020    3.360
    15059     /A GLU 2078 O    /A ILE 2060 CA    -0.021    3.321
    15060     /A ILE 2084 CD1  /A ILE 2086 CG1   -0.021    3.781
    15061     /A ILE 2084 CG2  /A ALA 2082 O     -0.021    3.321
    15062     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1   -0.022    2.542
    15063     /A GLU 2078 CB   /A HIS 2076 NE2   -0.026    3.546
    15064     /A VAL 2188 CA   /A ILE 2086 O     -0.029    3.329
    15065     /A PHE 2077 CD2  /A CYS 2062 CB    -0.035    3.675
    15066     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 CZ    -0.035    3.675
    15067     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O     -0.038    2.698
    15068     /A ILE 2025 CB   /A LEU 2022 CD2   -0.043    3.803
    15069     /A VAL 2081 CG2  /A ILE 2079 CG2   -0.044    3.804
    15070     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH2   -0.046    2.706
    15071     /A GLU 2021 N    /A LEU 2020 CD2   -0.059    3.579
    15072     /A ALA 2082 CB   /A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    15073     /A LYS 2074 CD   /A CYS 2062 SG    -0.062    3.712
    15074     /A GLU 2075 OE1  /A LYS 2065 CE    -0.063    3.363
    15075     /A VAL 2186 CA   /A ILE 2084 O     -0.066    3.366
    15076     /A ILE 2084 CD1  /A LEU 2040 CD1   -0.076    3.836
    15077     /A LEU 2041 CG   /A LEU 2040 O     -0.082    3.382
    15078     /A THR 2085 O    /A LEU 2040 CA    -0.082    3.382
    15079     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O     -0.084    2.744
    15080     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CG1   -0.085    3.845
    15081     /A PRO 2083 CB   /A THR 2043 O     -0.088    3.388
    15082     /A LEU 2097 CB   /A TYR 2093 O     -0.088    3.388
    15083     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O     -0.089    2.749
    15084     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    15085     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O     -0.094    2.754
    15086     /A ALA 2082 O    /A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    15087     /A CYS 2100 CB   /A PHE 2101 CD2   -0.097    3.737
    15088     /A ILE 2079 CG1  /A PHE 2077 CE1   -0.099    3.739
    15089     /A LEU 2058 CD1  /A ASN 2080 O     -0.101    3.401
    15090     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 O     -0.113    3.413
    15091     /A PHE 2077 CA   /A PHE 2061 O     -0.119    3.419
    15092     /A PRO 2185 CA   /A ILE 2045 CD1   -0.122    3.882
    15093     /A PHE 2077 CE2  /A ILE 2060 CG2   -0.123    3.763
    15094     /A LYS 2055 CG   /A ASP 2052 CB    -0.124    3.884
    15095     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O     -0.127    2.787
    15096     /A PRO 2102 CA   /A LYS 2098 O     -0.129    3.429
    15097     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CD    -0.133    3.433
    15098     /A PRO 2067 CB   /A ILE 2071 O     -0.134    3.434
    15099     /A PHE 2061 CE1  /A HIS 2076 CD2   -0.135    3.655
    15100     /A GLN 2046 CG   /A ILE 2045 O     -0.144    3.444
    15101     /A ILE 2079 CG2  /A LEU 2058 CD1   -0.148    3.908
    15102     /A HIS 2054 N    /A ASP 2052 O     -0.150    2.810
    15103     /A MET 2096 CB   /A PHE 2092 O     -0.151    3.451
    15104     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    15105     /A VAL 2081 CA   /A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    15106     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O     -0.157    2.817
    15107     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O     -0.157    2.817
    15108     /A PRO 2102 CD   /A CYS 2100 C     -0.161    3.651
    15109     /A ILE 2084 CG2  /A PRO 2083 O     -0.162    3.462
    15110     /A LEU 2058 O    /A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    15111     /A ASN 2080 O    /A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    15112     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 CG    -0.172    3.692
    15113     /A SER 2094 N    /A TYR 2093 CD1   -0.174    3.574
    15114     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O     -0.178    2.838
    15115     /A ARG 2056 CA   /A LEU 2022 O     -0.178    3.478
    15116     /A GLU 2044 O    /A THR 2043 CG2   -0.184    3.484
    15117     /A PHE 2099 CD1  /A PHE 2099 O     -0.185    3.365
    15118     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 OG1   -0.187    3.527
    15119     /A MET 2096 O    /A PHE 2099 CB    -0.189    3.489
    15120     /A GLU 2064 CG   /A CYS 2062 SG    -0.190    3.840
    15121     /A GLU 2075 CA   /A ARG 2063 O     -0.194    3.494
    15122     /A VAL 2186 CG1  /A ILE 2084 CG1   -0.197    3.957
    15123     /A ILE 2060 O    /A LEU 2020 N     -0.197    2.857
    15124     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    15125     /A ALA 2042 CB   /A VAL 2057 CG2   -0.199    3.959
    15126     /A PRO 2185 CD   /A VAL 2184 CG1   -0.201    3.961
    15127     /A VAL 2186 CG1  /A PRO 2185 O     -0.201    3.501
    15128     /A LEU 2041 CD2  /A ARG 2026 CB    -0.205    3.965
    15129     /A GLU 2075 CB   /A ARG 2063 O     -0.208    3.508
    15130     /A GLU 2028 CD   /A ARG 2026 NH2   -0.208    3.728
    15131     /A ILE 2181 CG2  /A ILE 2079 O     -0.210    3.510
    15132     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH1   -0.211    2.871
    15133     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    15134     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1   -0.212    2.872
    15135     /A VAL 2081 CB   /A VAL 2184 CG2   -0.212    3.972
    15136     /A GLU 2021 CG   /A LEU 2020 O     -0.213    3.513
    15137     /A LEU 2058 CD2  /A ILE 2060 CD1   -0.214    3.974
    15138     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 CG    -0.214    3.974
    15139     /A PRO 2182 CD   /A ASN 2080 OD1   -0.215    3.515
    15140     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O     -0.215    2.875
    15141     /A ILE 2025 N    /A ASN 2024 OD1   -0.218    2.878
    15142     /A VAL 2186 CG1  /A VAL 2184 CG1   -0.219    3.979
    15143     /A LEU 2020 CD2  /A LEU 2020 O     -0.220    3.520
    15144     /A LYS 2055 CE   /A ASP 2052 CB    -0.234    3.994
    15145     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CD1   -0.241    3.881
    15146     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O     -0.242    2.902
    15147     /A CYS 2100 N    /A PHE 2099 CD1   -0.243    3.643
    15148     /A ILE 2181 CG1  /A LYS 2180 O     -0.245    3.545
    15149     /A CYS 2062 SG   /A PHE 2077 CD2   -0.245    3.775
    15150     /A VAL 2057 CB   /A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    15151     /A PHE 2101 CD2  /A CYS 2100 C     -0.249    3.619
    15152     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    15153     /A ILE 2084 CB   /A LEU 2041 O     -0.256    3.556
    15154     /A LYS 2090 O    /A TYR 2093 CB    -0.258    3.558
    15155     /A LYS 2098 CB   /A SER 2094 O     -0.260    3.560
    15156     /A PHE 2101 CE2  /A CYS 2100 CB    -0.261    3.901
    15157     /A THR 2089 O    /A TYR 2093 CB    -0.263    3.563
    15158     /A GLU 2075 CD   /A ARG 2063 CD    -0.263    4.023
    15159     /A VAL 2188 CG2  /A VAL 2186 CB    -0.264    4.024
    15160     /A VAL 2081 CG1  /A ILE 2084 CD1   -0.266    4.026
    15161     /A TYR 2093 CB   /A ILE 2088 CG2   -0.269    4.029
    15162     /A PHE 2101 CB   /A LEU 2097 O     -0.271    3.571
    15163     /A PRO 2182 O    /A ILE 2181 O     -0.272    3.112
    15164     /A ILE 2079 CA   /A ARG 2059 O     -0.274    3.574
    15165     /A LYS 2055 CD   /A ASP 2052 CB    -0.274    4.034
    15166     /A GLU 2078 CG   /A LYS 2180 O     -0.275    3.575
    15167     /A ASN 2024 O    /A LEU 2022 CG    -0.276    3.576
    15168     /A PHE 2092 CZ   /A MET 2027 SD    -0.281    3.811
    15169     /A VAL 2184 CG2  /A VAL 2081 O     -0.282    3.582
    15170     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O     -0.284    2.944
    15171     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CB    -0.284    4.044
    15172     /A VAL 2057 CG2  /A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    15173     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O     -0.286    2.946
    15174     /A PHE 2099 CB   /A THR 2095 O     -0.288    3.588
    15175     /A ARG 2187 N    /A ILE 2084 O     -0.297    2.957
    15176     /A GLU 2078 OE1  /A ASN 2080 ND2   -0.298    2.958
    15177     /A ASN 2080 CA   /A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    15178     /A ASP 2052 OD2  /A LYS 2055 CE    -0.303    3.603
    15179     /A VAL 2184 CG1  /A VAL 2081 O     -0.309    3.609
    15180     /A LEU 2058 CB   /A LEU 2022 CB    -0.311    4.071
    15181     /A THR 2053 N    /A VAL 2051 O     -0.312    2.972
    15182     /A ILE 2084 CG1  /A ILE 2086 CG1   -0.313    4.073
    15183     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O     -0.315    2.975
    15184     /A ARG 2056 CB   /A LEU 2022 O     -0.318    3.618
    15185     /A PRO 2185 O    /A VAL 2184 CG1   -0.324    3.624
    15186     /A LYS 2074 CA   /A ARG 2063 O     -0.325    3.625
    15187     /A VAL 2073 CG2  /A VAL 2068 CG2   -0.328    4.088
    15188     /A LEU 2058 CG   /A ILE 2060 CG1   -0.329    4.089
    15189     /A ILE 2060 CG1  /A LEU 2058 CD1   -0.330    4.090
    15190     /A LYS 2074 CE   /A GLU 2064 CG    -0.333    4.093
    15191     /A PRO 2102 N    /A LYS 2098 O     -0.335    3.395
    15192     /A GLU 2183 O    /A VAL 2184 CG2   -0.335    3.635
    15193     /A PRO 2083 O    /A THR 2043 N     -0.338    2.998
    15194     /A VAL 2057 O    /A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    15195     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O     -0.344    3.004
    15196     /A ILE 2181 CA   /A ILE 2079 O     -0.346    3.646
    15197     /A PRO 2050 CD   /A MET 2049 CG    -0.347    4.107
    15198     /A LEU 2041 CD2  /A LEU 2040 O     -0.348    3.648
    15199     /A ASP 2048 OD1  /A LYS 2047 C     -0.349    3.379
    15200     /A THR 2095 CB   /A LYS 2091 O     -0.352    3.652
    15201     /A ALA 2087 O    /A ILE 2088 CG1   -0.357    3.657
    15202     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 CA    -0.359    3.699
    15203     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NE    -0.359    3.019
    15204     /A PHE 2101 CA   /A LEU 2097 O     -0.360    3.660
    15205     /A THR 2085 CA   /A THR 2043 OG1   -0.361    3.701
    15206     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CG1   -0.366    4.126
    15207     /A ASN 2080 OD1  /A GLU 2078 OE1   -0.371    3.211
    15208     /A PRO 2067 N    /A LYS 2065 O     -0.372    3.432
    15209     /A ALA 2066 O    /A LYS 2065 O     -0.372    3.212
    15210     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O     -0.372    3.032
    15211     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CG1   -0.374    4.014
    15212     /A LYS 2091 O    /A SER 2094 OG    -0.377    2.857
    15213     /A ILE 2181 CG1  /A ILE 2079 CB    -0.377    4.137
    15214     /A THR 2095 O    /A LYS 2098 CB    -0.380    3.680
    15215     /A VAL 2081 CG2  /A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    15216     /A LYS 2065 CD   /A GLU 2075 CD    -0.381    4.141
    15217     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 CA    -0.383    4.143
    15218     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O     -0.384    3.044
    15219     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O     -0.384    3.044
    15220     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CB    -0.386    3.686
    15221     /A PHE 2099 CA   /A MET 2096 O     -0.386    3.686
    15222     /A ARG 2059 CB   /A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    15223     /A ILE 2071 CB   /A VAL 2068 O     -0.390    3.690
    15224     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CG    -0.391    4.151
    15225     /A THR 2043 CB   /A THR 2085 N     -0.393    3.913
    15226     /A ARG 2026 NE   /A LEU 2041 CD2   -0.393    3.913
    15227     /A PHE 2092 CD1  /A MET 2096 CG    -0.394    4.034
    15228     /A THR 2089 CA   /A ILE 2088 CG2   -0.395    4.155
    15229     /A GLU 2078 CA   /A PHE 2061 O     -0.397    3.697
    15230     /A ILE 2025 CD1  /A LEU 2022 CD2   -0.397    4.157
    15231     /A ASN 2080 CB   /A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    15232     /A ILE 2181 CD1  /A ILE 2079 CD1   -0.400    4.160
    15233    
    15234 
    15235  
    15236 238 contacts 
    15237 
    15238 > select /A:1801
    15239 
    15240 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15241 
    15242 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    15243 
    15244 651 atoms, 662 bonds, 243 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    15245 
    15246 > select /A:1801
    15247 
    15248 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15249 
    15250 > hide #1.1 models
    15251 
    15252 > save
    15253 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_contacts.png
    15254 > width 701 height 491 supersample 3
    15255 
    15256 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    15257 
    15258 651 atoms, 662 bonds, 243 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    15259 
    15260 > ui tool show H-Bonds
    15261 
    15262 > hbonds sel saveFile
    15263 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_hbonds
    15264 > color #aa00ff dashes 4 restrict both select true reveal true log true
    15265    
    15266    
    15267     Finding intermodel H-bonds
    15268     Finding intramodel H-bonds
    15269     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    15270     Models used:
    15271         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    15272    
    15273     48 H-bonds
    15274     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    15275     /A LEU 2020 N    /A ILE 2060 O    no hydrogen  2.857  N/A
    15276     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O    no hydrogen  2.913  N/A
    15277     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O    no hydrogen  2.902  N/A
    15278     /A LEU 2040 N    /A MET 2027 O    no hydrogen  3.331  N/A
    15279     /A LEU 2041 N    /A THR 2085 O    no hydrogen  3.063  N/A
    15280     /A THR 2043 N    /A PRO 2083 O    no hydrogen  2.998  N/A
    15281     /A THR 2043 OG1  /A LEU 2041 O    no hydrogen  3.223  N/A
    15282     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    15283     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O    no hydrogen  3.044  N/A
    15284     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  2.815  N/A
    15285     /A LEU 2058 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  3.346  N/A
    15286     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O    no hydrogen  2.872  N/A
    15287     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O    no hydrogen  2.817  N/A
    15288     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O    no hydrogen  2.838  N/A
    15289     /A CYS 2062 SG   /A HIS 2076 O    no hydrogen  3.931  N/A
    15290     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O    no hydrogen  2.754  N/A
    15291     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O    no hydrogen  2.875  N/A
    15292     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1  no hydrogen  2.872  N/A
    15293     /A VAL 2068 N    /A ILE 2071 O    no hydrogen  3.122  N/A
    15294     /A ILE 2071 N    /A VAL 2068 O    no hydrogen  3.161  N/A
    15295     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 OE1  no hydrogen  1.981  N/A
    15296     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  2.698  N/A
    15297     /A HIS 2076 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  3.251  N/A
    15298     /A HIS 2076 NE2  /A GLU 2078 OE2  no hydrogen  3.168  N/A
    15299     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O    no hydrogen  2.744  N/A
    15300     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O    no hydrogen  3.044  N/A
    15301     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O    no hydrogen  2.752  N/A
    15302     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 OE1  no hydrogen  2.958  N/A
    15303     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O    no hydrogen  2.859  N/A
    15304     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O    no hydrogen  2.749  N/A
    15305     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    15306     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O    no hydrogen  2.787  N/A
    15307     /A PHE 2092 N    /A THR 2089 OG1  no hydrogen  3.214  N/A
    15308     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O    no hydrogen  3.032  N/A
    15309     /A SER 2094 N    /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.087  N/A
    15310     /A SER 2094 OG   /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.475  N/A
    15311     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 O    no hydrogen  2.857  N/A
    15312     /A THR 2095 N    /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.066  N/A
    15313     /A THR 2095 OG1  /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.063  N/A
    15314     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O    no hydrogen  2.946  N/A
    15315     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O    no hydrogen  2.944  N/A
    15316     /A LYS 2098 N    /A SER 2094 O    no hydrogen  3.125  N/A
    15317     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O    no hydrogen  3.004  N/A
    15318     /A CYS 2100 N    /A MET 2096 O    no hydrogen  3.088  N/A
    15319     /A CYS 2100 SG   /A MET 2096 O    no hydrogen  3.546  N/A
    15320     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O    no hydrogen  2.975  N/A
    15321     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O    no hydrogen  2.817  N/A
    15322     /A ARG 2187 N    /A ILE 2084 O    no hydrogen  2.957  N/A
    15323    
    15324 
    15325  
    15326 48 hydrogen bonds found 
    15327 
    15328 > hide #1.2 models
    15329 
    15330 > select /A:1801
    15331 
    15332 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15333 
    15334 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    15335 
    15336 651 atoms, 662 bonds, 291 pseudobonds, 81 residues, 4 models selected 
    15337 
    15338 > select /A:1801
    15339 
    15340 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15341 
    15342 > save
    15343 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_hbonds.png
    15344 > width 701 height 491 supersample 3
    15345 
    15346 > hide #1.3 models
    15347 
    15348 > show #1.1 models
    15349 
    15350 > close #1.1-3
    15351 
    15352 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    15353 
    15354 651 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    15355 
    15356 > hide sel atoms
    15357 
    15358 > select /A:2068
    15359 
    15360 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15361 
    15362 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    15363 
    15364 651 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    15365 
    15366 > select /A:2068
    15367 
    15368 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15369 
    15370 > show sel atoms
    15371 
    15372 > color sel gray
    15373 
    15374 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    15375 
    15376 651 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    15377 
    15378 > swapaa /A: 2068 leu
    15379 
    15380 Using Dunbrack library 
    15381 /A VAL 2068: phi -108.3, psi 119.0 trans 
    15382 Applying LEU rotamer (chi angles: 177.4 64.0) to /A LEU 2068 
    15383 
    15384 > ui tool show Clashes
    15385 
    15386 [Repeated 1 time(s)]
    15387 
    15388 > clashes sel saveFile
    15389 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068L_clashes
    15390 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color #ff0000 reveal
    15391 > true log true
    15392    
    15393    
    15394     Allowed overlap: 0.6
    15395     H-bond overlap reduction: 0.4
    15396     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    15397     Detect intra-residue clashes: True
    15398     Detect intra-molecule clashes: True
    15399    
    15400     5 clashes
    15401          atom1            atom2       overlap  distance
    15402     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CD    1.106    2.414
    15403     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CD1   1.100    2.660
    15404     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    15405     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    15406     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 OE1   0.606    2.694
    15407    
    15408 
    15409  
    15410 5 clashes 
    15411 
    15412 > select /A:1801
    15413 
    15414 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15415 
    15416 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    15417 
    15418 652 atoms, 663 bonds, 5 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    15419 
    15420 > select /A:1801-1802
    15421 
    15422 14 atoms, 15 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    15423 
    15424 > save
    15425 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068L_clashes.png
    15426 > width 701 height 491 supersample 3
    15427 
    15428 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    15429 
    15430 652 atoms, 663 bonds, 5 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    15431 
    15432 > ui tool show Distances
    15433 
    15434 > ui tool show Contacts
    15435 
    15436 > contacts sel saveFile
    15437 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068L_contacts
    15438 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true color
    15439 > #00ff00 dashes 4 reveal true log true
    15440    
    15441    
    15442     Allowed overlap: -0.4
    15443     H-bond overlap reduction: 0.4
    15444     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    15445     Detect intra-residue contacts: True
    15446     Detect intra-molecule contacts: True
    15447    
    15448     238 contacts
    15449          atom1            atom2       overlap  distance
    15450     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 NZ    1.106    2.414
    15451     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2185 CB    1.100    2.660
    15452     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    15453     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    15454     /A GLU 2044 OE1  /A VAL 2051 CG2   0.606    2.694
    15455     /A ARG 2056 CZ   /A GLU 2021 CD    0.496    2.994
    15456     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 CZ    0.469    2.561
    15457     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 NH1   0.445    2.215
    15458     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2083 CB    0.444    3.316
    15459     /A GLY 2023 O    /A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    15460     /A ILE 2088 CD1  /A ILE 2086 CG2   0.428    3.332
    15461     /A ARG 2026 CG   /A LEU 2041 CD2   0.424    3.336
    15462     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 CD    0.413    3.347
    15463     /A GLU 2044 CD   /A VAL 2051 CG2   0.381    3.379
    15464     /A PRO 2185 CG   /A ILE 2045 CD1   0.363    3.397
    15465     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CD1   0.291    3.469
    15466     /A PRO 2182 CG   /A ASN 2080 OD1   0.278    3.022
    15467     /A LYS 2074 CD   /A GLU 2064 CG    0.257    3.503
    15468     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CE    0.254    3.506
    15469     /A VAL 2057 CG1  /A ILE 2025 CG2   0.239    3.521
    15470     /A ILE 2088 CG1  /A ILE 2086 CG2   0.228    3.532
    15471     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CD    0.227    3.533
    15472     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 OE2   0.207    3.093
    15473     /A VAL 2186 CG2  /A VAL 2188 CG2   0.205    3.555
    15474     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CE    0.183    3.117
    15475     /A THR 2085 CB   /A THR 2043 OG1   0.178    3.162
    15476     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 CD    0.174    3.346
    15477     /A LYS 2180 O    /A GLU 2078 CA    0.158    3.142
    15478     /A PRO 2182 CD   /A ILE 2079 O     0.140    3.160
    15479     /A ILE 2079 CD1  /A PHE 2077 CE1   0.135    3.505
    15480     /A ARG 2026 NH2  /A GLU 2028 OE1   0.134    2.526
    15481     /A ILE 2086 CD1  /A ILE 2084 CD1   0.121    3.639
    15482     /A ARG 2026 CD   /A LEU 2041 CD2   0.105    3.655
    15483     /A HIS 2076 CD2  /A PHE 2061 CD1   0.105    3.415
    15484     /A HIS 2076 O    /A CYS 2062 CA    0.102    3.198
    15485     /A GLU 2075 OE2  /A ARG 2063 CD    0.098    3.202
    15486     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 CZ    0.084    2.946
    15487     /A VAL 2081 CG2  /A LEU 2058 CD1   0.082    3.678
    15488     /A LEU 2040 O    /A ARG 2026 CA    0.078    3.222
    15489     /A ILE 2045 CG1  /A PRO 2083 CB    0.078    3.682
    15490     /A ARG 2056 NE   /A GLU 2021 CD    0.067    3.453
    15491     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CG    0.056    3.464
    15492     /A PHE 2092 CE1  /A MET 2096 CG    0.050    3.590
    15493     /A GLU 2021 CD   /A ARG 2056 CD    0.039    3.721
    15494     /A ARG 2059 CA   /A LEU 2020 O     0.034    3.266
    15495     /A PRO 2083 CG   /A ILE 2045 CD1   0.030    3.730
    15496     /A GLU 2078 CD   /A ASN 2080 ND2   0.026    3.494
    15497     /A ARG 2056 NH2  /A GLU 2021 CD    0.025    3.495
    15498     /A GLU 2028 OE1  /A ARG 2026 CZ    0.021    3.009
    15499     /A ILE 2071 O    /A PRO 2067 CA    0.021    3.279
    15500     /A LEU 2058 CD1  /A ARG 2059 N     0.020    3.500
    15501     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 CB    0.018    3.322
    15502     /A ILE 2084 CA   /A LEU 2041 O     0.016    3.284
    15503     /A THR 2089 O    /A ILE 2088 CG2   0.013    3.287
    15504     /A ARG 2187 O    /A THR 2085 CA    0.007    3.293
    15505     /A VAL 2073 O    /A GLU 2064 CA    -0.003    3.303
    15506     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CA    -0.004    3.304
    15507     /A PRO 2182 O    /A VAL 2184 CG2   -0.008    3.308
    15508     /A ASN 2024 CA   /A VAL 2057 CG2   -0.009    3.769
    15509     /A LEU 2040 CB   /A MET 2027 CB    -0.012    3.772
    15510     /A ILE 2086 CG1  /A LEU 2040 CD1   -0.013    3.773
    15511     /A THR 2043 CG2  /A THR 2085 OG1   -0.015    3.355
    15512     /A GLU 2064 OE2  /A LYS 2074 NZ    -0.017    2.677
    15513     /A PHE 2092 CB   /A THR 2089 OG1   -0.020    3.360
    15514     /A GLU 2078 O    /A ILE 2060 CA    -0.021    3.321
    15515     /A ILE 2084 CD1  /A ILE 2086 CG1   -0.021    3.781
    15516     /A ILE 2084 CG2  /A ALA 2082 O     -0.021    3.321
    15517     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1   -0.022    2.542
    15518     /A GLU 2078 CB   /A HIS 2076 NE2   -0.026    3.546
    15519     /A VAL 2188 CA   /A ILE 2086 O     -0.029    3.329
    15520     /A PHE 2077 CD2  /A CYS 2062 CB    -0.035    3.675
    15521     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 CZ    -0.035    3.675
    15522     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O     -0.038    2.698
    15523     /A ILE 2025 CB   /A LEU 2022 CD2   -0.043    3.803
    15524     /A VAL 2081 CG2  /A ILE 2079 CG2   -0.044    3.804
    15525     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH2   -0.046    2.706
    15526     /A GLU 2021 N    /A LEU 2020 CD2   -0.059    3.579
    15527     /A ALA 2082 CB   /A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    15528     /A LYS 2074 CD   /A CYS 2062 SG    -0.062    3.712
    15529     /A GLU 2075 OE1  /A LYS 2065 CE    -0.063    3.363
    15530     /A VAL 2186 CA   /A ILE 2084 O     -0.066    3.366
    15531     /A ILE 2084 CD1  /A LEU 2040 CD1   -0.076    3.836
    15532     /A LEU 2041 CG   /A LEU 2040 O     -0.082    3.382
    15533     /A THR 2085 O    /A LEU 2040 CA    -0.082    3.382
    15534     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O     -0.084    2.744
    15535     /A LEU 2068 CD1  /A GLY 2069 N     -0.084    3.604
    15536     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CG1   -0.085    3.845
    15537     /A PRO 2083 CB   /A THR 2043 O     -0.088    3.388
    15538     /A LEU 2097 CB   /A TYR 2093 O     -0.088    3.388
    15539     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O     -0.089    2.749
    15540     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    15541     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O     -0.094    2.754
    15542     /A ALA 2082 O    /A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    15543     /A CYS 2100 CB   /A PHE 2101 CD2   -0.097    3.737
    15544     /A ILE 2079 CG1  /A PHE 2077 CE1   -0.099    3.739
    15545     /A LEU 2058 CD1  /A ASN 2080 O     -0.101    3.401
    15546     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 O     -0.113    3.413
    15547     /A PHE 2077 CA   /A PHE 2061 O     -0.119    3.419
    15548     /A PRO 2185 CA   /A ILE 2045 CD1   -0.122    3.882
    15549     /A PHE 2077 CE2  /A ILE 2060 CG2   -0.123    3.763
    15550     /A LYS 2055 CG   /A ASP 2052 CB    -0.124    3.884
    15551     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O     -0.127    2.787
    15552     /A PRO 2102 CA   /A LYS 2098 O     -0.129    3.429
    15553     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CD    -0.133    3.433
    15554     /A PRO 2067 CB   /A ILE 2071 O     -0.134    3.434
    15555     /A PHE 2061 CE1  /A HIS 2076 CD2   -0.135    3.655
    15556     /A GLN 2046 CG   /A ILE 2045 O     -0.144    3.444
    15557     /A ILE 2079 CG2  /A LEU 2058 CD1   -0.148    3.908
    15558     /A HIS 2054 N    /A ASP 2052 O     -0.150    2.810
    15559     /A MET 2096 CB   /A PHE 2092 O     -0.151    3.451
    15560     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    15561     /A VAL 2081 CA   /A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    15562     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O     -0.157    2.817
    15563     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O     -0.157    2.817
    15564     /A PRO 2102 CD   /A CYS 2100 C     -0.161    3.651
    15565     /A ILE 2084 CG2  /A PRO 2083 O     -0.162    3.462
    15566     /A LEU 2058 O    /A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    15567     /A ASN 2080 O    /A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    15568     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 CG    -0.172    3.692
    15569     /A SER 2094 N    /A TYR 2093 CD1   -0.174    3.574
    15570     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O     -0.178    2.838
    15571     /A ARG 2056 CA   /A LEU 2022 O     -0.178    3.478
    15572     /A GLU 2044 O    /A THR 2043 CG2   -0.184    3.484
    15573     /A PHE 2099 CD1  /A PHE 2099 O     -0.185    3.365
    15574     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 OG1   -0.187    3.527
    15575     /A MET 2096 O    /A PHE 2099 CB    -0.189    3.489
    15576     /A GLU 2064 CG   /A CYS 2062 SG    -0.190    3.840
    15577     /A GLU 2075 CA   /A ARG 2063 O     -0.194    3.494
    15578     /A VAL 2186 CG1  /A ILE 2084 CG1   -0.197    3.957
    15579     /A ILE 2060 O    /A LEU 2020 N     -0.197    2.857
    15580     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    15581     /A ALA 2042 CB   /A VAL 2057 CG2   -0.199    3.959
    15582     /A PRO 2185 CD   /A VAL 2184 CG1   -0.201    3.961
    15583     /A VAL 2186 CG1  /A PRO 2185 O     -0.201    3.501
    15584     /A LEU 2041 CD2  /A ARG 2026 CB    -0.205    3.965
    15585     /A GLU 2075 CB   /A ARG 2063 O     -0.208    3.508
    15586     /A GLU 2028 CD   /A ARG 2026 NH2   -0.208    3.728
    15587     /A ILE 2181 CG2  /A ILE 2079 O     -0.210    3.510
    15588     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH1   -0.211    2.871
    15589     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    15590     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1   -0.212    2.872
    15591     /A VAL 2081 CB   /A VAL 2184 CG2   -0.212    3.972
    15592     /A GLU 2021 CG   /A LEU 2020 O     -0.213    3.513
    15593     /A LEU 2058 CD2  /A ILE 2060 CD1   -0.214    3.974
    15594     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 CG    -0.214    3.974
    15595     /A PRO 2182 CD   /A ASN 2080 OD1   -0.215    3.515
    15596     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O     -0.215    2.875
    15597     /A ILE 2025 N    /A ASN 2024 OD1   -0.218    2.878
    15598     /A VAL 2186 CG1  /A VAL 2184 CG1   -0.219    3.979
    15599     /A LEU 2020 CD2  /A LEU 2020 O     -0.220    3.520
    15600     /A LYS 2055 CE   /A ASP 2052 CB    -0.234    3.994
    15601     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CD1   -0.241    3.881
    15602     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O     -0.242    2.902
    15603     /A CYS 2100 N    /A PHE 2099 CD1   -0.243    3.643
    15604     /A ILE 2181 CG1  /A LYS 2180 O     -0.245    3.545
    15605     /A CYS 2062 SG   /A PHE 2077 CD2   -0.245    3.775
    15606     /A VAL 2057 CB   /A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    15607     /A PHE 2101 CD2  /A CYS 2100 C     -0.249    3.619
    15608     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    15609     /A ILE 2084 CB   /A LEU 2041 O     -0.256    3.556
    15610     /A LYS 2090 O    /A TYR 2093 CB    -0.258    3.558
    15611     /A LYS 2098 CB   /A SER 2094 O     -0.260    3.560
    15612     /A PHE 2101 CE2  /A CYS 2100 CB    -0.261    3.901
    15613     /A THR 2089 O    /A TYR 2093 CB    -0.263    3.563
    15614     /A GLU 2075 CD   /A ARG 2063 CD    -0.263    4.023
    15615     /A VAL 2188 CG2  /A VAL 2186 CB    -0.264    4.024
    15616     /A VAL 2081 CG1  /A ILE 2084 CD1   -0.266    4.026
    15617     /A TYR 2093 CB   /A ILE 2088 CG2   -0.269    4.029
    15618     /A PHE 2101 CB   /A LEU 2097 O     -0.271    3.571
    15619     /A PRO 2182 O    /A ILE 2181 O     -0.272    3.112
    15620     /A ILE 2079 CA   /A ARG 2059 O     -0.274    3.574
    15621     /A LYS 2055 CD   /A ASP 2052 CB    -0.274    4.034
    15622     /A GLU 2078 CG   /A LYS 2180 O     -0.275    3.575
    15623     /A ASN 2024 O    /A LEU 2022 CG    -0.276    3.576
    15624     /A PHE 2092 CZ   /A MET 2027 SD    -0.281    3.811
    15625     /A VAL 2184 CG2  /A VAL 2081 O     -0.282    3.582
    15626     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O     -0.284    2.944
    15627     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CB    -0.284    4.044
    15628     /A VAL 2057 CG2  /A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    15629     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O     -0.286    2.946
    15630     /A PHE 2099 CB   /A THR 2095 O     -0.288    3.588
    15631     /A ARG 2187 N    /A ILE 2084 O     -0.297    2.957
    15632     /A GLU 2078 OE1  /A ASN 2080 ND2   -0.298    2.958
    15633     /A ASN 2080 CA   /A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    15634     /A ASP 2052 OD2  /A LYS 2055 CE    -0.303    3.603
    15635     /A VAL 2184 CG1  /A VAL 2081 O     -0.309    3.609
    15636     /A LEU 2058 CB   /A LEU 2022 CB    -0.311    4.071
    15637     /A THR 2053 N    /A VAL 2051 O     -0.312    2.972
    15638     /A ILE 2084 CG1  /A ILE 2086 CG1   -0.313    4.073
    15639     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O     -0.315    2.975
    15640     /A ARG 2056 CB   /A LEU 2022 O     -0.318    3.618
    15641     /A PRO 2185 O    /A VAL 2184 CG1   -0.324    3.624
    15642     /A LYS 2074 CA   /A ARG 2063 O     -0.325    3.625
    15643     /A LEU 2058 CG   /A ILE 2060 CG1   -0.329    4.089
    15644     /A ILE 2060 CG1  /A LEU 2058 CD1   -0.330    4.090
    15645     /A LYS 2074 CE   /A GLU 2064 CG    -0.333    4.093
    15646     /A PRO 2102 N    /A LYS 2098 O     -0.335    3.395
    15647     /A GLU 2183 O    /A VAL 2184 CG2   -0.335    3.635
    15648     /A PRO 2083 O    /A THR 2043 N     -0.338    2.998
    15649     /A VAL 2057 O    /A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    15650     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O     -0.344    3.004
    15651     /A ILE 2181 CA   /A ILE 2079 O     -0.346    3.646
    15652     /A PRO 2050 CD   /A MET 2049 CG    -0.347    4.107
    15653     /A LEU 2041 CD2  /A LEU 2040 O     -0.348    3.648
    15654     /A ASP 2048 OD1  /A LYS 2047 C     -0.349    3.379
    15655     /A THR 2095 CB   /A LYS 2091 O     -0.352    3.652
    15656     /A ALA 2087 O    /A ILE 2088 CG1   -0.357    3.657
    15657     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 CA    -0.359    3.699
    15658     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NE    -0.359    3.019
    15659     /A PHE 2101 CA   /A LEU 2097 O     -0.360    3.660
    15660     /A THR 2085 CA   /A THR 2043 OG1   -0.361    3.701
    15661     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CG1   -0.366    4.126
    15662     /A ASN 2080 OD1  /A GLU 2078 OE1   -0.371    3.211
    15663     /A PRO 2067 N    /A LYS 2065 O     -0.372    3.432
    15664     /A ALA 2066 O    /A LYS 2065 O     -0.372    3.212
    15665     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O     -0.372    3.032
    15666     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CG1   -0.374    4.014
    15667     /A LYS 2091 O    /A SER 2094 OG    -0.377    2.857
    15668     /A ILE 2181 CG1  /A ILE 2079 CB    -0.377    4.137
    15669     /A THR 2095 O    /A LYS 2098 CB    -0.380    3.680
    15670     /A VAL 2081 CG2  /A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    15671     /A LYS 2065 CD   /A GLU 2075 CD    -0.381    4.141
    15672     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 CA    -0.383    4.143
    15673     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O     -0.384    3.044
    15674     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O     -0.384    3.044
    15675     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CB    -0.386    3.686
    15676     /A PHE 2099 CA   /A MET 2096 O     -0.386    3.686
    15677     /A ARG 2059 CB   /A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    15678     /A ILE 2071 CB   /A LEU 2068 O     -0.390    3.690
    15679     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CG    -0.391    4.151
    15680     /A THR 2043 CB   /A THR 2085 N     -0.393    3.913
    15681     /A ARG 2026 NE   /A LEU 2041 CD2   -0.393    3.913
    15682     /A PHE 2092 CD1  /A MET 2096 CG    -0.394    4.034
    15683     /A THR 2089 CA   /A ILE 2088 CG2   -0.395    4.155
    15684     /A GLU 2078 CA   /A PHE 2061 O     -0.397    3.697
    15685     /A ILE 2025 CD1  /A LEU 2022 CD2   -0.397    4.157
    15686     /A ASN 2080 CB   /A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    15687     /A ILE 2181 CD1  /A ILE 2079 CD1   -0.400    4.160
    15688    
    15689 
    15690  
    15691 238 contacts 
    15692 
    15693 > hide #!1 models
    15694 
    15695 > show #!1 models
    15696 
    15697 > hide #1.1 models
    15698 
    15699 > select /A:1801
    15700 
    15701 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15702 
    15703 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    15704 
    15705 652 atoms, 663 bonds, 243 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    15706 
    15707 > select /A:1801
    15708 
    15709 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15710 
    15711 > save
    15712 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068L_contacts.png
    15713 > width 701 height 491 supersample 3
    15714 
    15715 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    15716 
    15717 652 atoms, 663 bonds, 243 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    15718 
    15719 > ui tool show H-Bonds
    15720 
    15721 > hbonds sel saveFile
    15722 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068L_hbonds
    15723 > color #aa00ff dashes 4 restrict both select true reveal true log true
    15724    
    15725    
    15726     Finding intermodel H-bonds
    15727     Finding intramodel H-bonds
    15728     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    15729     Models used:
    15730         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    15731    
    15732     48 H-bonds
    15733     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    15734     /A LEU 2020 N    /A ILE 2060 O    no hydrogen  2.857  N/A
    15735     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O    no hydrogen  2.913  N/A
    15736     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O    no hydrogen  2.902  N/A
    15737     /A LEU 2040 N    /A MET 2027 O    no hydrogen  3.331  N/A
    15738     /A LEU 2041 N    /A THR 2085 O    no hydrogen  3.063  N/A
    15739     /A THR 2043 N    /A PRO 2083 O    no hydrogen  2.998  N/A
    15740     /A THR 2043 OG1  /A LEU 2041 O    no hydrogen  3.223  N/A
    15741     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    15742     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O    no hydrogen  3.044  N/A
    15743     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  2.815  N/A
    15744     /A LEU 2058 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  3.346  N/A
    15745     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O    no hydrogen  2.872  N/A
    15746     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O    no hydrogen  2.817  N/A
    15747     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O    no hydrogen  2.838  N/A
    15748     /A CYS 2062 SG   /A HIS 2076 O    no hydrogen  3.931  N/A
    15749     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O    no hydrogen  2.754  N/A
    15750     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O    no hydrogen  2.875  N/A
    15751     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1  no hydrogen  2.872  N/A
    15752     /A LEU 2068 N    /A ILE 2071 O    no hydrogen  3.122  N/A
    15753     /A ILE 2071 N    /A LEU 2068 O    no hydrogen  3.161  N/A
    15754     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 OE1  no hydrogen  1.981  N/A
    15755     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  2.698  N/A
    15756     /A HIS 2076 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  3.251  N/A
    15757     /A HIS 2076 NE2  /A GLU 2078 OE2  no hydrogen  3.168  N/A
    15758     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O    no hydrogen  2.744  N/A
    15759     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O    no hydrogen  3.044  N/A
    15760     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O    no hydrogen  2.752  N/A
    15761     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 OE1  no hydrogen  2.958  N/A
    15762     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O    no hydrogen  2.859  N/A
    15763     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O    no hydrogen  2.749  N/A
    15764     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    15765     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O    no hydrogen  2.787  N/A
    15766     /A PHE 2092 N    /A THR 2089 OG1  no hydrogen  3.214  N/A
    15767     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O    no hydrogen  3.032  N/A
    15768     /A SER 2094 N    /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.087  N/A
    15769     /A SER 2094 OG   /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.475  N/A
    15770     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 O    no hydrogen  2.857  N/A
    15771     /A THR 2095 N    /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.066  N/A
    15772     /A THR 2095 OG1  /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.063  N/A
    15773     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O    no hydrogen  2.946  N/A
    15774     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O    no hydrogen  2.944  N/A
    15775     /A LYS 2098 N    /A SER 2094 O    no hydrogen  3.125  N/A
    15776     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O    no hydrogen  3.004  N/A
    15777     /A CYS 2100 N    /A MET 2096 O    no hydrogen  3.088  N/A
    15778     /A CYS 2100 SG   /A MET 2096 O    no hydrogen  3.546  N/A
    15779     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O    no hydrogen  2.975  N/A
    15780     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O    no hydrogen  2.817  N/A
    15781     /A ARG 2187 N    /A ILE 2084 O    no hydrogen  2.957  N/A
    15782    
    15783 
    15784  
    15785 48 hydrogen bonds found 
    15786 
    15787 > hide #1.2 models
    15788 
    15789 > select /A:1801
    15790 
    15791 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15792 
    15793 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    15794 
    15795 652 atoms, 663 bonds, 291 pseudobonds, 81 residues, 4 models selected 
    15796 
    15797 > select /A:1801
    15798 
    15799 7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15800 
    15801 > save
    15802 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068L_hbonds.png
    15803 > width 701 height 491 supersample 3
    15804 
    15805 > swapaa /A: 2068 val
    15806 
    15807 Using Dunbrack library 
    15808 /A LEU 2068: phi -108.3, psi 119.0 trans 
    15809 Applying VAL rotamer (chi angles: 178.6) to /A VAL 2068 
    15810 
    15811 > select /A:2071
    15812 
    15813 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15814 
    15815 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    15816 
    15817 651 atoms, 662 bonds, 290 pseudobonds, 81 residues, 4 models selected 
    15818 
    15819 > select /A:2071
    15820 
    15821 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15822 
    15823 > color sel gray
    15824 
    15825 > select /A:2068
    15826 
    15827 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15828 
    15829 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    15830 
    15831 651 atoms, 662 bonds, 290 pseudobonds, 81 residues, 4 models selected 
    15832 
    15833 > select /A:2068-2069
    15834 
    15835 11 atoms, 10 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    15836 
    15837 > select /A:2068
    15838 
    15839 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15840 
    15841 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    15842 
    15843 651 atoms, 662 bonds, 290 pseudobonds, 81 residues, 4 models selected 
    15844 
    15845 > select /A:2068
    15846 
    15847 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15848 
    15849 > color sel orange
    15850 
    15851 > select /A:2068
    15852 
    15853 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15854 
    15855 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    15856 
    15857 651 atoms, 662 bonds, 290 pseudobonds, 81 residues, 4 models selected 
    15858 
    15859 > select /A:2068-2069
    15860 
    15861 11 atoms, 10 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    15862 
    15863 > select /A:2068-2069
    15864 
    15865 11 atoms, 10 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    15866 
    15867 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    15868 
    15869 651 atoms, 662 bonds, 290 pseudobonds, 81 residues, 4 models selected 
    15870 
    15871 > select /A:2068-2069
    15872 
    15873 11 atoms, 10 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    15874 
    15875 > select /A:2068
    15876 
    15877 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15878 
    15879 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    15880 
    15881 651 atoms, 662 bonds, 290 pseudobonds, 81 residues, 4 models selected 
    15882 
    15883 > select /A:2068
    15884 
    15885 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15886 
    15887 > color sel gray
    15888 
    15889 > select /A:2071
    15890 
    15891 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15892 
    15893 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    15894 
    15895 651 atoms, 662 bonds, 290 pseudobonds, 81 residues, 4 models selected 
    15896 
    15897 > select /A:2071
    15898 
    15899 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15900 
    15901 > color sel orange
    15902 
    15903 > swapaa /A: 2068 ile
    15904 
    15905 Using Dunbrack library 
    15906 /A VAL 2068: phi -108.3, psi 119.0 trans 
    15907 Applying ILE rotamer (chi angles: -60.2 170.9) to /A ILE 2068 
    15908 
    15909 > close #1.1-3
    15910 
    15911 > select /A:2086
    15912 
    15913 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15914 
    15915 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    15916 
    15917 652 atoms, 663 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    15918 
    15919 > select /A:2086
    15920 
    15921 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15922 
    15923 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    15924 
    15925 652 atoms, 663 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    15926 
    15927 > ui tool show Clashes
    15928 
    15929 > clashes sel saveFile
    15930 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068I_clashes
    15931 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color #ff0000 reveal
    15932 > true log true
    15933    
    15934    
    15935     Allowed overlap: 0.6
    15936     H-bond overlap reduction: 0.4
    15937     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    15938     Detect intra-residue clashes: True
    15939     Detect intra-molecule clashes: True
    15940    
    15941     5 clashes
    15942          atom1            atom2       overlap  distance
    15943     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CD    1.106    2.414
    15944     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CD1   1.100    2.660
    15945     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    15946     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    15947     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 OE1   0.606    2.694
    15948    
    15949 
    15950  
    15951 5 clashes 
    15952 
    15953 > select /A:2176
    15954 
    15955 11 atoms, 11 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15956 
    15957 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    15958 
    15959 652 atoms, 663 bonds, 5 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    15960 
    15961 > select /A:2176
    15962 
    15963 11 atoms, 11 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    15964 
    15965 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    15966 
    15967 652 atoms, 663 bonds, 5 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    15968 
    15969 > ui tool show Contacts
    15970 
    15971 > contacts sel saveFile
    15972 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068I_contacts
    15973 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true color
    15974 > #00ff00 dashes 4 reveal true log true
    15975    
    15976    
    15977     Allowed overlap: -0.4
    15978     H-bond overlap reduction: 0.4
    15979     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    15980     Detect intra-residue contacts: True
    15981     Detect intra-molecule contacts: True
    15982    
    15983     239 contacts
    15984          atom1            atom2       overlap  distance
    15985     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 NZ    1.106    2.414
    15986     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2185 CB    1.100    2.660
    15987     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    15988     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    15989     /A GLU 2044 OE1  /A VAL 2051 CG2   0.606    2.694
    15990     /A ARG 2056 CZ   /A GLU 2021 CD    0.496    2.994
    15991     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 CZ    0.469    2.561
    15992     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 NH1   0.445    2.215
    15993     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2083 CB    0.444    3.316
    15994     /A GLY 2023 O    /A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    15995     /A ILE 2088 CD1  /A ILE 2086 CG2   0.428    3.332
    15996     /A ARG 2026 CG   /A LEU 2041 CD2   0.424    3.336
    15997     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 CD    0.413    3.347
    15998     /A GLU 2044 CD   /A VAL 2051 CG2   0.381    3.379
    15999     /A PRO 2185 CG   /A ILE 2045 CD1   0.363    3.397
    16000     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CD1   0.291    3.469
    16001     /A PRO 2182 CG   /A ASN 2080 OD1   0.278    3.022
    16002     /A LYS 2074 CD   /A GLU 2064 CG    0.257    3.503
    16003     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CE    0.254    3.506
    16004     /A VAL 2057 CG1  /A ILE 2025 CG2   0.239    3.521
    16005     /A ILE 2088 CG1  /A ILE 2086 CG2   0.228    3.532
    16006     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CD    0.227    3.533
    16007     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 OE2   0.207    3.093
    16008     /A VAL 2186 CG2  /A VAL 2188 CG2   0.205    3.555
    16009     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CE    0.183    3.117
    16010     /A THR 2085 CB   /A THR 2043 OG1   0.178    3.162
    16011     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 CD    0.174    3.346
    16012     /A LYS 2180 O    /A GLU 2078 CA    0.158    3.142
    16013     /A PRO 2182 CD   /A ILE 2079 O     0.140    3.160
    16014     /A ILE 2079 CD1  /A PHE 2077 CE1   0.135    3.505
    16015     /A ARG 2026 NH2  /A GLU 2028 OE1   0.134    2.526
    16016     /A ILE 2086 CD1  /A ILE 2084 CD1   0.121    3.639
    16017     /A ARG 2026 CD   /A LEU 2041 CD2   0.105    3.655
    16018     /A HIS 2076 CD2  /A PHE 2061 CD1   0.105    3.415
    16019     /A HIS 2076 O    /A CYS 2062 CA    0.102    3.198
    16020     /A GLU 2075 OE2  /A ARG 2063 CD    0.098    3.202
    16021     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 CZ    0.084    2.946
    16022     /A VAL 2081 CG2  /A LEU 2058 CD1   0.082    3.678
    16023     /A LEU 2040 O    /A ARG 2026 CA    0.078    3.222
    16024     /A ILE 2045 CG1  /A PRO 2083 CB    0.078    3.682
    16025     /A ARG 2056 NE   /A GLU 2021 CD    0.067    3.453
    16026     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CG    0.056    3.464
    16027     /A PHE 2092 CE1  /A MET 2096 CG    0.050    3.590
    16028     /A GLU 2021 CD   /A ARG 2056 CD    0.039    3.721
    16029     /A ARG 2059 CA   /A LEU 2020 O     0.034    3.266
    16030     /A PRO 2083 CG   /A ILE 2045 CD1   0.030    3.730
    16031     /A GLU 2078 CD   /A ASN 2080 ND2   0.026    3.494
    16032     /A ARG 2056 NH2  /A GLU 2021 CD    0.025    3.495
    16033     /A GLU 2028 OE1  /A ARG 2026 CZ    0.021    3.009
    16034     /A ILE 2071 O    /A PRO 2067 CA    0.021    3.279
    16035     /A LEU 2058 CD1  /A ARG 2059 N     0.020    3.500
    16036     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 CB    0.018    3.322
    16037     /A ILE 2084 CA   /A LEU 2041 O     0.016    3.284
    16038     /A THR 2089 O    /A ILE 2088 CG2   0.013    3.287
    16039     /A ARG 2187 O    /A THR 2085 CA    0.007    3.293
    16040     /A VAL 2073 O    /A GLU 2064 CA    -0.003    3.303
    16041     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CA    -0.004    3.304
    16042     /A PRO 2182 O    /A VAL 2184 CG2   -0.008    3.308
    16043     /A ASN 2024 CA   /A VAL 2057 CG2   -0.009    3.769
    16044     /A LEU 2040 CB   /A MET 2027 CB    -0.012    3.772
    16045     /A ILE 2086 CG1  /A LEU 2040 CD1   -0.013    3.773
    16046     /A THR 2043 CG2  /A THR 2085 OG1   -0.015    3.355
    16047     /A GLU 2064 OE2  /A LYS 2074 NZ    -0.017    2.677
    16048     /A PHE 2092 CB   /A THR 2089 OG1   -0.020    3.360
    16049     /A GLU 2078 O    /A ILE 2060 CA    -0.021    3.321
    16050     /A ILE 2084 CD1  /A ILE 2086 CG1   -0.021    3.781
    16051     /A ILE 2084 CG2  /A ALA 2082 O     -0.021    3.321
    16052     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1   -0.022    2.542
    16053     /A GLU 2078 CB   /A HIS 2076 NE2   -0.026    3.546
    16054     /A VAL 2188 CA   /A ILE 2086 O     -0.029    3.329
    16055     /A PHE 2077 CD2  /A CYS 2062 CB    -0.035    3.675
    16056     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 CZ    -0.035    3.675
    16057     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O     -0.038    2.698
    16058     /A ILE 2025 CB   /A LEU 2022 CD2   -0.043    3.803
    16059     /A VAL 2081 CG2  /A ILE 2079 CG2   -0.044    3.804
    16060     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH2   -0.046    2.706
    16061     /A GLU 2021 N    /A LEU 2020 CD2   -0.059    3.579
    16062     /A ALA 2082 CB   /A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    16063     /A LYS 2074 CD   /A CYS 2062 SG    -0.062    3.712
    16064     /A GLU 2075 OE1  /A LYS 2065 CE    -0.063    3.363
    16065     /A VAL 2186 CA   /A ILE 2084 O     -0.066    3.366
    16066     /A ILE 2084 CD1  /A LEU 2040 CD1   -0.076    3.836
    16067     /A LEU 2041 CG   /A LEU 2040 O     -0.082    3.382
    16068     /A THR 2085 O    /A LEU 2040 CA    -0.082    3.382
    16069     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O     -0.084    2.744
    16070     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CG1   -0.085    3.845
    16071     /A PRO 2083 CB   /A THR 2043 O     -0.088    3.388
    16072     /A LEU 2097 CB   /A TYR 2093 O     -0.088    3.388
    16073     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O     -0.089    2.749
    16074     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    16075     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O     -0.094    2.754
    16076     /A ALA 2082 O    /A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    16077     /A CYS 2100 CB   /A PHE 2101 CD2   -0.097    3.737
    16078     /A ILE 2079 CG1  /A PHE 2077 CE1   -0.099    3.739
    16079     /A LEU 2058 CD1  /A ASN 2080 O     -0.101    3.401
    16080     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 O     -0.113    3.413
    16081     /A PHE 2077 CA   /A PHE 2061 O     -0.119    3.419
    16082     /A PRO 2185 CA   /A ILE 2045 CD1   -0.122    3.882
    16083     /A PHE 2077 CE2  /A ILE 2060 CG2   -0.123    3.763
    16084     /A LYS 2055 CG   /A ASP 2052 CB    -0.124    3.884
    16085     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O     -0.127    2.787
    16086     /A PRO 2102 CA   /A LYS 2098 O     -0.129    3.429
    16087     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CD    -0.133    3.433
    16088     /A PRO 2067 CB   /A ILE 2071 O     -0.134    3.434
    16089     /A PHE 2061 CE1  /A HIS 2076 CD2   -0.135    3.655
    16090     /A GLN 2046 CG   /A ILE 2045 O     -0.144    3.444
    16091     /A ILE 2079 CG2  /A LEU 2058 CD1   -0.148    3.908
    16092     /A HIS 2054 N    /A ASP 2052 O     -0.150    2.810
    16093     /A MET 2096 CB   /A PHE 2092 O     -0.151    3.451
    16094     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    16095     /A VAL 2081 CA   /A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    16096     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O     -0.157    2.817
    16097     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O     -0.157    2.817
    16098     /A PRO 2102 CD   /A CYS 2100 C     -0.161    3.651
    16099     /A ILE 2084 CG2  /A PRO 2083 O     -0.162    3.462
    16100     /A LEU 2058 O    /A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    16101     /A ASN 2080 O    /A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    16102     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 CG    -0.172    3.692
    16103     /A SER 2094 N    /A TYR 2093 CD1   -0.174    3.574
    16104     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O     -0.178    2.838
    16105     /A ARG 2056 CA   /A LEU 2022 O     -0.178    3.478
    16106     /A GLU 2044 O    /A THR 2043 CG2   -0.184    3.484
    16107     /A PHE 2099 CD1  /A PHE 2099 O     -0.185    3.365
    16108     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 OG1   -0.187    3.527
    16109     /A MET 2096 O    /A PHE 2099 CB    -0.189    3.489
    16110     /A GLU 2064 CG   /A CYS 2062 SG    -0.190    3.840
    16111     /A GLU 2075 CA   /A ARG 2063 O     -0.194    3.494
    16112     /A VAL 2186 CG1  /A ILE 2084 CG1   -0.197    3.957
    16113     /A ILE 2060 O    /A LEU 2020 N     -0.197    2.857
    16114     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    16115     /A ALA 2042 CB   /A VAL 2057 CG2   -0.199    3.959
    16116     /A PRO 2185 CD   /A VAL 2184 CG1   -0.201    3.961
    16117     /A VAL 2186 CG1  /A PRO 2185 O     -0.201    3.501
    16118     /A LEU 2041 CD2  /A ARG 2026 CB    -0.205    3.965
    16119     /A GLU 2075 CB   /A ARG 2063 O     -0.208    3.508
    16120     /A GLU 2028 CD   /A ARG 2026 NH2   -0.208    3.728
    16121     /A ILE 2181 CG2  /A ILE 2079 O     -0.210    3.510
    16122     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH1   -0.211    2.871
    16123     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    16124     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1   -0.212    2.872
    16125     /A VAL 2081 CB   /A VAL 2184 CG2   -0.212    3.972
    16126     /A GLU 2021 CG   /A LEU 2020 O     -0.213    3.513
    16127     /A LEU 2058 CD2  /A ILE 2060 CD1   -0.214    3.974
    16128     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 CG    -0.214    3.974
    16129     /A PRO 2182 CD   /A ASN 2080 OD1   -0.215    3.515
    16130     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O     -0.215    2.875
    16131     /A ILE 2025 N    /A ASN 2024 OD1   -0.218    2.878
    16132     /A VAL 2186 CG1  /A VAL 2184 CG1   -0.219    3.979
    16133     /A LEU 2020 CD2  /A LEU 2020 O     -0.220    3.520
    16134     /A LYS 2055 CE   /A ASP 2052 CB    -0.234    3.994
    16135     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CD1   -0.241    3.881
    16136     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O     -0.242    2.902
    16137     /A CYS 2100 N    /A PHE 2099 CD1   -0.243    3.643
    16138     /A ILE 2181 CG1  /A LYS 2180 O     -0.245    3.545
    16139     /A CYS 2062 SG   /A PHE 2077 CD2   -0.245    3.775
    16140     /A VAL 2057 CB   /A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    16141     /A PHE 2101 CD2  /A CYS 2100 C     -0.249    3.619
    16142     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    16143     /A ILE 2084 CB   /A LEU 2041 O     -0.256    3.556
    16144     /A LYS 2090 O    /A TYR 2093 CB    -0.258    3.558
    16145     /A LYS 2098 CB   /A SER 2094 O     -0.260    3.560
    16146     /A PHE 2101 CE2  /A CYS 2100 CB    -0.261    3.901
    16147     /A THR 2089 O    /A TYR 2093 CB    -0.263    3.563
    16148     /A GLU 2075 CD   /A ARG 2063 CD    -0.263    4.023
    16149     /A VAL 2188 CG2  /A VAL 2186 CB    -0.264    4.024
    16150     /A VAL 2081 CG1  /A ILE 2084 CD1   -0.266    4.026
    16151     /A TYR 2093 CB   /A ILE 2088 CG2   -0.269    4.029
    16152     /A PHE 2101 CB   /A LEU 2097 O     -0.271    3.571
    16153     /A PRO 2182 O    /A ILE 2181 O     -0.272    3.112
    16154     /A ILE 2079 CA   /A ARG 2059 O     -0.274    3.574
    16155     /A LYS 2055 CD   /A ASP 2052 CB    -0.274    4.034
    16156     /A GLU 2078 CG   /A LYS 2180 O     -0.275    3.575
    16157     /A ASN 2024 O    /A LEU 2022 CG    -0.276    3.576
    16158     /A PHE 2092 CZ   /A MET 2027 SD    -0.281    3.811
    16159     /A VAL 2184 CG2  /A VAL 2081 O     -0.282    3.582
    16160     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O     -0.284    2.944
    16161     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CB    -0.284    4.044
    16162     /A VAL 2057 CG2  /A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    16163     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O     -0.286    2.946
    16164     /A PHE 2099 CB   /A THR 2095 O     -0.288    3.588
    16165     /A ARG 2187 N    /A ILE 2084 O     -0.297    2.957
    16166     /A GLU 2078 OE1  /A ASN 2080 ND2   -0.298    2.958
    16167     /A ASN 2080 CA   /A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    16168     /A ASP 2052 OD2  /A LYS 2055 CE    -0.303    3.603
    16169     /A ILE 2068 CD1  /A VAL 2073 CG2   -0.309    4.069
    16170     /A VAL 2184 CG1  /A VAL 2081 O     -0.309    3.609
    16171     /A LEU 2058 CB   /A LEU 2022 CB    -0.311    4.071
    16172     /A THR 2053 N    /A VAL 2051 O     -0.312    2.972
    16173     /A ILE 2084 CG1  /A ILE 2086 CG1   -0.313    4.073
    16174     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O     -0.315    2.975
    16175     /A ARG 2056 CB   /A LEU 2022 O     -0.318    3.618
    16176     /A PRO 2185 O    /A VAL 2184 CG1   -0.324    3.624
    16177     /A LYS 2074 CA   /A ARG 2063 O     -0.325    3.625
    16178     /A ILE 2068 CG1  /A VAL 2073 CG2   -0.328    4.088
    16179     /A LEU 2058 CG   /A ILE 2060 CG1   -0.329    4.089
    16180     /A ILE 2060 CG1  /A LEU 2058 CD1   -0.330    4.090
    16181     /A LYS 2074 CE   /A GLU 2064 CG    -0.333    4.093
    16182     /A PRO 2102 N    /A LYS 2098 O     -0.335    3.395
    16183     /A GLU 2183 O    /A VAL 2184 CG2   -0.335    3.635
    16184     /A PRO 2083 O    /A THR 2043 N     -0.338    2.998
    16185     /A VAL 2057 O    /A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    16186     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O     -0.344    3.004
    16187     /A ILE 2181 CA   /A ILE 2079 O     -0.346    3.646
    16188     /A PRO 2050 CD   /A MET 2049 CG    -0.347    4.107
    16189     /A LEU 2041 CD2  /A LEU 2040 O     -0.348    3.648
    16190     /A ASP 2048 OD1  /A LYS 2047 C     -0.349    3.379
    16191     /A THR 2095 CB   /A LYS 2091 O     -0.352    3.652
    16192     /A ALA 2087 O    /A ILE 2088 CG1   -0.357    3.657
    16193     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 CA    -0.359    3.699
    16194     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NE    -0.359    3.019
    16195     /A PHE 2101 CA   /A LEU 2097 O     -0.360    3.660
    16196     /A THR 2085 CA   /A THR 2043 OG1   -0.361    3.701
    16197     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CG1   -0.366    4.126
    16198     /A ASN 2080 OD1  /A GLU 2078 OE1   -0.371    3.211
    16199     /A PRO 2067 N    /A LYS 2065 O     -0.372    3.432
    16200     /A ALA 2066 O    /A LYS 2065 O     -0.372    3.212
    16201     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O     -0.372    3.032
    16202     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CG1   -0.374    4.014
    16203     /A LYS 2091 O    /A SER 2094 OG    -0.377    2.857
    16204     /A ILE 2181 CG1  /A ILE 2079 CB    -0.377    4.137
    16205     /A THR 2095 O    /A LYS 2098 CB    -0.380    3.680
    16206     /A VAL 2081 CG2  /A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    16207     /A LYS 2065 CD   /A GLU 2075 CD    -0.381    4.141
    16208     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 CA    -0.383    4.143
    16209     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O     -0.384    3.044
    16210     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O     -0.384    3.044
    16211     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CB    -0.386    3.686
    16212     /A PHE 2099 CA   /A MET 2096 O     -0.386    3.686
    16213     /A ARG 2059 CB   /A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    16214     /A ILE 2071 CB   /A ILE 2068 O     -0.390    3.690
    16215     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CG    -0.391    4.151
    16216     /A THR 2043 CB   /A THR 2085 N     -0.393    3.913
    16217     /A ARG 2026 NE   /A LEU 2041 CD2   -0.393    3.913
    16218     /A PHE 2092 CD1  /A MET 2096 CG    -0.394    4.034
    16219     /A THR 2089 CA   /A ILE 2088 CG2   -0.395    4.155
    16220     /A GLU 2078 CA   /A PHE 2061 O     -0.397    3.697
    16221     /A ILE 2025 CD1  /A LEU 2022 CD2   -0.397    4.157
    16222     /A ASN 2080 CB   /A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    16223     /A ILE 2181 CD1  /A ILE 2079 CD1   -0.400    4.160
    16224    
    16225 
    16226  
    16227 239 contacts 
    16228 
    16229 > select /A:2239-2240
    16230 
    16231 13 atoms, 12 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    16232 
    16233 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    16234 
    16235 652 atoms, 663 bonds, 244 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    16236 
    16237 > select /A:2239-2240
    16238 
    16239 13 atoms, 12 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    16240 
    16241 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    16242 
    16243 652 atoms, 663 bonds, 244 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    16244 
    16245 > ui tool show H-Bonds
    16246 
    16247 > hbonds sel saveFile
    16248 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068I_hbonds
    16249 > color #aa00ff dashes 4 restrict both select true reveal true log true
    16250    
    16251    
    16252     Finding intermodel H-bonds
    16253     Finding intramodel H-bonds
    16254     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    16255     Models used:
    16256         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    16257    
    16258     48 H-bonds
    16259     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    16260     /A LEU 2020 N    /A ILE 2060 O    no hydrogen  2.857  N/A
    16261     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O    no hydrogen  2.913  N/A
    16262     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O    no hydrogen  2.902  N/A
    16263     /A LEU 2040 N    /A MET 2027 O    no hydrogen  3.331  N/A
    16264     /A LEU 2041 N    /A THR 2085 O    no hydrogen  3.063  N/A
    16265     /A THR 2043 N    /A PRO 2083 O    no hydrogen  2.998  N/A
    16266     /A THR 2043 OG1  /A LEU 2041 O    no hydrogen  3.223  N/A
    16267     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    16268     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O    no hydrogen  3.044  N/A
    16269     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  2.815  N/A
    16270     /A LEU 2058 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  3.346  N/A
    16271     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O    no hydrogen  2.872  N/A
    16272     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O    no hydrogen  2.817  N/A
    16273     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O    no hydrogen  2.838  N/A
    16274     /A CYS 2062 SG   /A HIS 2076 O    no hydrogen  3.931  N/A
    16275     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O    no hydrogen  2.754  N/A
    16276     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O    no hydrogen  2.875  N/A
    16277     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1  no hydrogen  2.872  N/A
    16278     /A ILE 2068 N    /A ILE 2071 O    no hydrogen  3.122  N/A
    16279     /A ILE 2071 N    /A ILE 2068 O    no hydrogen  3.161  N/A
    16280     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 OE1  no hydrogen  1.981  N/A
    16281     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  2.698  N/A
    16282     /A HIS 2076 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  3.251  N/A
    16283     /A HIS 2076 NE2  /A GLU 2078 OE2  no hydrogen  3.168  N/A
    16284     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O    no hydrogen  2.744  N/A
    16285     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O    no hydrogen  3.044  N/A
    16286     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O    no hydrogen  2.752  N/A
    16287     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 OE1  no hydrogen  2.958  N/A
    16288     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O    no hydrogen  2.859  N/A
    16289     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O    no hydrogen  2.749  N/A
    16290     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    16291     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O    no hydrogen  2.787  N/A
    16292     /A PHE 2092 N    /A THR 2089 OG1  no hydrogen  3.214  N/A
    16293     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O    no hydrogen  3.032  N/A
    16294     /A SER 2094 N    /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.087  N/A
    16295     /A SER 2094 OG   /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.475  N/A
    16296     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 O    no hydrogen  2.857  N/A
    16297     /A THR 2095 N    /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.066  N/A
    16298     /A THR 2095 OG1  /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.063  N/A
    16299     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O    no hydrogen  2.946  N/A
    16300     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O    no hydrogen  2.944  N/A
    16301     /A LYS 2098 N    /A SER 2094 O    no hydrogen  3.125  N/A
    16302     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O    no hydrogen  3.004  N/A
    16303     /A CYS 2100 N    /A MET 2096 O    no hydrogen  3.088  N/A
    16304     /A CYS 2100 SG   /A MET 2096 O    no hydrogen  3.546  N/A
    16305     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O    no hydrogen  2.975  N/A
    16306     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O    no hydrogen  2.817  N/A
    16307     /A ARG 2187 N    /A ILE 2084 O    no hydrogen  2.957  N/A
    16308    
    16309 
    16310  
    16311 48 hydrogen bonds found 
    16312 
    16313 > swapaa /A: 2068 val
    16314 
    16315 Using Dunbrack library 
    16316 /A ILE 2068: phi -108.3, psi 119.0 trans 
    16317 Applying VAL rotamer (chi angles: 178.6) to /A VAL 2068 
    16318 
    16319 > close #1.1-3
    16320 
    16321 > select /A:2084
    16322 
    16323 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    16324 
    16325 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    16326 
    16327 651 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    16328 
    16329 > select /A:2084-2085
    16330 
    16331 15 atoms, 14 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    16332 
    16333 > select /A:2084-2085
    16334 
    16335 15 atoms, 14 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    16336 
    16337 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    16338 
    16339 651 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    16340 
    16341 > select /A:2084-2085
    16342 
    16343 15 atoms, 14 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    16344 
    16345 > select /A:2084
    16346 
    16347 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    16348 
    16349 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    16350 
    16351 651 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    16352 
    16353 > select /A:2084
    16354 
    16355 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    16356 
    16357 > select /A:2068
    16358 
    16359 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    16360 
    16361 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    16362 
    16363 651 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    16364 
    16365 > select /A:2068-2069
    16366 
    16367 11 atoms, 10 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    16368 
    16369 > color sel orange
    16370 
    16371 > select /A:2084
    16372 
    16373 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    16374 
    16375 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    16376 
    16377 651 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    16378 
    16379 > select /A:2084
    16380 
    16381 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    16382 
    16383 > color sel gray
    16384 
    16385 > swapaa /A: 2084 val
    16386 
    16387 Using Dunbrack library 
    16388 /A ILE 2084: phi -131.8, psi 148.9 trans 
    16389 Applying VAL rotamer (chi angles: -62.5) to /A VAL 2084 
    16390 
    16391 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    16392 
    16393 650 atoms, 661 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    16394 
    16395 > ui tool show Clashes
    16396 
    16397 > clashes sel saveFile
    16398 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_I2084V_clashes
    16399 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color #ff0000 reveal
    16400 > true log true
    16401    
    16402    
    16403     Allowed overlap: 0.6
    16404     H-bond overlap reduction: 0.4
    16405     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    16406     Detect intra-residue clashes: True
    16407     Detect intra-molecule clashes: True
    16408    
    16409     5 clashes
    16410          atom1            atom2       overlap  distance
    16411     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CD    1.106    2.414
    16412     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CD1   1.100    2.660
    16413     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    16414     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    16415     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 OE1   0.606    2.694
    16416    
    16417 
    16418  
    16419 5 clashes 
    16420 
    16421 > ui tool show Contacts
    16422 
    16423 > contacts sel saveFile
    16424 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_I2084V_contacts
    16425 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true color
    16426 > #00ff00 dashes 4 reveal true log true
    16427    
    16428    
    16429     Allowed overlap: -0.4
    16430     H-bond overlap reduction: 0.4
    16431     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    16432     Detect intra-residue contacts: True
    16433     Detect intra-molecule contacts: True
    16434    
    16435     236 contacts
    16436          atom1            atom2       overlap  distance
    16437     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 NZ    1.106    2.414
    16438     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2185 CB    1.100    2.660
    16439     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    16440     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    16441     /A GLU 2044 OE1  /A VAL 2051 CG2   0.606    2.694
    16442     /A ARG 2056 CZ   /A GLU 2021 CD    0.496    2.994
    16443     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 CZ    0.469    2.561
    16444     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 NH1   0.445    2.215
    16445     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2083 CB    0.444    3.316
    16446     /A GLY 2023 O    /A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    16447     /A ILE 2088 CD1  /A ILE 2086 CG2   0.428    3.332
    16448     /A ARG 2026 CG   /A LEU 2041 CD2   0.424    3.336
    16449     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 CD    0.413    3.347
    16450     /A GLU 2044 CD   /A VAL 2051 CG2   0.381    3.379
    16451     /A PRO 2185 CG   /A ILE 2045 CD1   0.363    3.397
    16452     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CD1   0.291    3.469
    16453     /A PRO 2182 CG   /A ASN 2080 OD1   0.278    3.022
    16454     /A LYS 2074 CD   /A GLU 2064 CG    0.257    3.503
    16455     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CE    0.254    3.506
    16456     /A VAL 2057 CG1  /A ILE 2025 CG2   0.239    3.521
    16457     /A ILE 2088 CG1  /A ILE 2086 CG2   0.228    3.532
    16458     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CD    0.227    3.533
    16459     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 OE2   0.207    3.093
    16460     /A ALA 2082 O    /A VAL 2084 CG1   0.205    3.095
    16461     /A VAL 2186 CG2  /A VAL 2188 CG2   0.205    3.555
    16462     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CE    0.183    3.117
    16463     /A THR 2085 CB   /A THR 2043 OG1   0.178    3.162
    16464     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 CD    0.174    3.346
    16465     /A LYS 2180 O    /A GLU 2078 CA    0.158    3.142
    16466     /A PRO 2182 CD   /A ILE 2079 O     0.140    3.160
    16467     /A ILE 2079 CD1  /A PHE 2077 CE1   0.135    3.505
    16468     /A ARG 2026 NH2  /A GLU 2028 OE1   0.134    2.526
    16469     /A ARG 2026 CD   /A LEU 2041 CD2   0.105    3.655
    16470     /A HIS 2076 CD2  /A PHE 2061 CD1   0.105    3.415
    16471     /A HIS 2076 O    /A CYS 2062 CA    0.102    3.198
    16472     /A GLU 2075 OE2  /A ARG 2063 CD    0.098    3.202
    16473     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 CZ    0.084    2.946
    16474     /A VAL 2081 CG2  /A LEU 2058 CD1   0.082    3.678
    16475     /A LEU 2040 O    /A ARG 2026 CA    0.078    3.222
    16476     /A ILE 2045 CG1  /A PRO 2083 CB    0.078    3.682
    16477     /A ARG 2056 NE   /A GLU 2021 CD    0.067    3.453
    16478     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CG    0.056    3.464
    16479     /A PHE 2092 CE1  /A MET 2096 CG    0.050    3.590
    16480     /A GLU 2021 CD   /A ARG 2056 CD    0.039    3.721
    16481     /A ARG 2059 CA   /A LEU 2020 O     0.034    3.266
    16482     /A PRO 2083 CG   /A ILE 2045 CD1   0.030    3.730
    16483     /A GLU 2078 CD   /A ASN 2080 ND2   0.026    3.494
    16484     /A ARG 2056 NH2  /A GLU 2021 CD    0.025    3.495
    16485     /A GLU 2028 OE1  /A ARG 2026 CZ    0.021    3.009
    16486     /A ILE 2071 O    /A PRO 2067 CA    0.021    3.279
    16487     /A LEU 2058 CD1  /A ARG 2059 N     0.020    3.500
    16488     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 CB    0.018    3.322
    16489     /A VAL 2084 CA   /A LEU 2041 O     0.016    3.284
    16490     /A THR 2089 O    /A ILE 2088 CG2   0.013    3.287
    16491     /A ARG 2187 O    /A THR 2085 CA    0.007    3.293
    16492     /A VAL 2073 O    /A GLU 2064 CA    -0.003    3.303
    16493     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CA    -0.004    3.304
    16494     /A PRO 2182 O    /A VAL 2184 CG2   -0.008    3.308
    16495     /A ASN 2024 CA   /A VAL 2057 CG2   -0.009    3.769
    16496     /A LEU 2040 CB   /A MET 2027 CB    -0.012    3.772
    16497     /A ILE 2086 CG1  /A LEU 2040 CD1   -0.013    3.773
    16498     /A THR 2043 CG2  /A THR 2085 OG1   -0.015    3.355
    16499     /A GLU 2064 OE2  /A LYS 2074 NZ    -0.017    2.677
    16500     /A PHE 2092 CB   /A THR 2089 OG1   -0.020    3.360
    16501     /A GLU 2078 O    /A ILE 2060 CA    -0.021    3.321
    16502     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1   -0.022    2.542
    16503     /A GLU 2078 CB   /A HIS 2076 NE2   -0.026    3.546
    16504     /A VAL 2188 CA   /A ILE 2086 O     -0.029    3.329
    16505     /A PHE 2077 CD2  /A CYS 2062 CB    -0.035    3.675
    16506     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 CZ    -0.035    3.675
    16507     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O     -0.038    2.698
    16508     /A ILE 2025 CB   /A LEU 2022 CD2   -0.043    3.803
    16509     /A VAL 2081 CG2  /A ILE 2079 CG2   -0.044    3.804
    16510     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH2   -0.046    2.706
    16511     /A GLU 2021 N    /A LEU 2020 CD2   -0.059    3.579
    16512     /A ALA 2082 CB   /A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    16513     /A LYS 2074 CD   /A CYS 2062 SG    -0.062    3.712
    16514     /A GLU 2075 OE1  /A LYS 2065 CE    -0.063    3.363
    16515     /A VAL 2186 CA   /A VAL 2084 O     -0.066    3.366
    16516     /A LEU 2041 CG   /A LEU 2040 O     -0.082    3.382
    16517     /A THR 2085 O    /A LEU 2040 CA    -0.082    3.382
    16518     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O     -0.084    2.744
    16519     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CG1   -0.085    3.845
    16520     /A PRO 2083 CB   /A THR 2043 O     -0.088    3.388
    16521     /A LEU 2097 CB   /A TYR 2093 O     -0.088    3.388
    16522     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O     -0.089    2.749
    16523     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    16524     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O     -0.094    2.754
    16525     /A ALA 2082 O    /A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    16526     /A CYS 2100 CB   /A PHE 2101 CD2   -0.097    3.737
    16527     /A ILE 2079 CG1  /A PHE 2077 CE1   -0.099    3.739
    16528     /A LEU 2058 CD1  /A ASN 2080 O     -0.101    3.401
    16529     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 O     -0.113    3.413
    16530     /A PHE 2077 CA   /A PHE 2061 O     -0.119    3.419
    16531     /A PRO 2185 CA   /A ILE 2045 CD1   -0.122    3.882
    16532     /A PHE 2077 CE2  /A ILE 2060 CG2   -0.123    3.763
    16533     /A LYS 2055 CG   /A ASP 2052 CB    -0.124    3.884
    16534     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O     -0.127    2.787
    16535     /A PRO 2102 CA   /A LYS 2098 O     -0.129    3.429
    16536     /A VAL 2186 CG1  /A VAL 2084 CG2   -0.130    3.890
    16537     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CD    -0.133    3.433
    16538     /A PRO 2067 CB   /A ILE 2071 O     -0.134    3.434
    16539     /A PHE 2061 CE1  /A HIS 2076 CD2   -0.135    3.655
    16540     /A VAL 2084 CG1  /A PRO 2083 O     -0.138    3.438
    16541     /A GLN 2046 CG   /A ILE 2045 O     -0.144    3.444
    16542     /A ILE 2079 CG2  /A LEU 2058 CD1   -0.148    3.908
    16543     /A HIS 2054 N    /A ASP 2052 O     -0.150    2.810
    16544     /A MET 2096 CB   /A PHE 2092 O     -0.151    3.451
    16545     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    16546     /A VAL 2081 CA   /A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    16547     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O     -0.157    2.817
    16548     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O     -0.157    2.817
    16549     /A PRO 2102 CD   /A CYS 2100 C     -0.161    3.651
    16550     /A VAL 2084 CG2  /A ILE 2086 CG1   -0.162    3.922
    16551     /A LEU 2058 O    /A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    16552     /A ASN 2080 O    /A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    16553     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 CG    -0.172    3.692
    16554     /A SER 2094 N    /A TYR 2093 CD1   -0.174    3.574
    16555     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O     -0.178    2.838
    16556     /A ARG 2056 CA   /A LEU 2022 O     -0.178    3.478
    16557     /A GLU 2044 O    /A THR 2043 CG2   -0.184    3.484
    16558     /A PHE 2099 CD1  /A PHE 2099 O     -0.185    3.365
    16559     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 OG1   -0.187    3.527
    16560     /A MET 2096 O    /A PHE 2099 CB    -0.189    3.489
    16561     /A GLU 2064 CG   /A CYS 2062 SG    -0.190    3.840
    16562     /A GLU 2075 CA   /A ARG 2063 O     -0.194    3.494
    16563     /A ILE 2060 O    /A LEU 2020 N     -0.197    2.857
    16564     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    16565     /A ALA 2042 CB   /A VAL 2057 CG2   -0.199    3.959
    16566     /A PRO 2185 CD   /A VAL 2184 CG1   -0.201    3.961
    16567     /A VAL 2186 CG1  /A PRO 2185 O     -0.201    3.501
    16568     /A LEU 2041 CD2  /A ARG 2026 CB    -0.205    3.965
    16569     /A GLU 2075 CB   /A ARG 2063 O     -0.208    3.508
    16570     /A GLU 2028 CD   /A ARG 2026 NH2   -0.208    3.728
    16571     /A ILE 2181 CG2  /A ILE 2079 O     -0.210    3.510
    16572     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH1   -0.211    2.871
    16573     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    16574     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1   -0.212    2.872
    16575     /A VAL 2081 CB   /A VAL 2184 CG2   -0.212    3.972
    16576     /A GLU 2021 CG   /A LEU 2020 O     -0.213    3.513
    16577     /A LEU 2058 CD2  /A ILE 2060 CD1   -0.214    3.974
    16578     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 CG    -0.214    3.974
    16579     /A PRO 2182 CD   /A ASN 2080 OD1   -0.215    3.515
    16580     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O     -0.215    2.875
    16581     /A ILE 2025 N    /A ASN 2024 OD1   -0.218    2.878
    16582     /A VAL 2186 CG1  /A VAL 2184 CG1   -0.219    3.979
    16583     /A LEU 2020 CD2  /A LEU 2020 O     -0.220    3.520
    16584     /A LYS 2055 CE   /A ASP 2052 CB    -0.234    3.994
    16585     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CD1   -0.241    3.881
    16586     /A VAL 2084 CB   /A LEU 2041 O     -0.241    3.541
    16587     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O     -0.242    2.902
    16588     /A CYS 2100 N    /A PHE 2099 CD1   -0.243    3.643
    16589     /A ILE 2181 CG1  /A LYS 2180 O     -0.245    3.545
    16590     /A CYS 2062 SG   /A PHE 2077 CD2   -0.245    3.775
    16591     /A VAL 2057 CB   /A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    16592     /A PHE 2101 CD2  /A CYS 2100 C     -0.249    3.619
    16593     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    16594     /A LYS 2090 O    /A TYR 2093 CB    -0.258    3.558
    16595     /A LYS 2098 CB   /A SER 2094 O     -0.260    3.560
    16596     /A PHE 2101 CE2  /A CYS 2100 CB    -0.261    3.901
    16597     /A THR 2089 O    /A TYR 2093 CB    -0.263    3.563
    16598     /A GLU 2075 CD   /A ARG 2063 CD    -0.263    4.023
    16599     /A VAL 2188 CG2  /A VAL 2186 CB    -0.264    4.024
    16600     /A TYR 2093 CB   /A ILE 2088 CG2   -0.269    4.029
    16601     /A PHE 2101 CB   /A LEU 2097 O     -0.271    3.571
    16602     /A PRO 2182 O    /A ILE 2181 O     -0.272    3.112
    16603     /A ILE 2079 CA   /A ARG 2059 O     -0.274    3.574
    16604     /A LYS 2055 CD   /A ASP 2052 CB    -0.274    4.034
    16605     /A GLU 2078 CG   /A LYS 2180 O     -0.275    3.575
    16606     /A ASN 2024 O    /A LEU 2022 CG    -0.276    3.576
    16607     /A PHE 2092 CZ   /A MET 2027 SD    -0.281    3.811
    16608     /A VAL 2184 CG2  /A VAL 2081 O     -0.282    3.582
    16609     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O     -0.284    2.944
    16610     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CB    -0.284    4.044
    16611     /A VAL 2057 CG2  /A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    16612     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O     -0.286    2.946
    16613     /A PHE 2099 CB   /A THR 2095 O     -0.288    3.588
    16614     /A ARG 2187 N    /A VAL 2084 O     -0.297    2.957
    16615     /A GLU 2078 OE1  /A ASN 2080 ND2   -0.298    2.958
    16616     /A ASN 2080 CA   /A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    16617     /A ASP 2052 OD2  /A LYS 2055 CE    -0.303    3.603
    16618     /A VAL 2184 CG1  /A VAL 2081 O     -0.309    3.609
    16619     /A LEU 2058 CB   /A LEU 2022 CB    -0.311    4.071
    16620     /A THR 2053 N    /A VAL 2051 O     -0.312    2.972
    16621     /A VAL 2084 CG1  /A VAL 2081 CG1   -0.314    4.074
    16622     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O     -0.315    2.975
    16623     /A ARG 2056 CB   /A LEU 2022 O     -0.318    3.618
    16624     /A PRO 2185 O    /A VAL 2184 CG1   -0.324    3.624
    16625     /A LYS 2074 CA   /A ARG 2063 O     -0.325    3.625
    16626     /A LEU 2058 CG   /A ILE 2060 CG1   -0.329    4.089
    16627     /A ILE 2060 CG1  /A LEU 2058 CD1   -0.330    4.090
    16628     /A LYS 2074 CE   /A GLU 2064 CG    -0.333    4.093
    16629     /A PRO 2102 N    /A LYS 2098 O     -0.335    3.395
    16630     /A GLU 2183 O    /A VAL 2184 CG2   -0.335    3.635
    16631     /A ILE 2086 CD1  /A VAL 2084 CG2   -0.337    4.097
    16632     /A PRO 2083 O    /A THR 2043 N     -0.338    2.998
    16633     /A VAL 2057 O    /A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    16634     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O     -0.344    3.004
    16635     /A ILE 2181 CA   /A ILE 2079 O     -0.346    3.646
    16636     /A PRO 2050 CD   /A MET 2049 CG    -0.347    4.107
    16637     /A LEU 2041 CD2  /A LEU 2040 O     -0.348    3.648
    16638     /A ASP 2048 OD1  /A LYS 2047 C     -0.349    3.379
    16639     /A THR 2095 CB   /A LYS 2091 O     -0.352    3.652
    16640     /A ALA 2087 O    /A ILE 2088 CG1   -0.357    3.657
    16641     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 CA    -0.359    3.699
    16642     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NE    -0.359    3.019
    16643     /A PHE 2101 CA   /A LEU 2097 O     -0.360    3.660
    16644     /A THR 2085 CA   /A THR 2043 OG1   -0.361    3.701
    16645     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CG1   -0.366    4.126
    16646     /A VAL 2068 CG2  /A VAL 2073 CG2   -0.370    4.130
    16647     /A ASN 2080 OD1  /A GLU 2078 OE1   -0.371    3.211
    16648     /A PRO 2067 N    /A LYS 2065 O     -0.372    3.432
    16649     /A ALA 2066 O    /A LYS 2065 O     -0.372    3.212
    16650     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O     -0.372    3.032
    16651     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CG1   -0.374    4.014
    16652     /A LYS 2091 O    /A SER 2094 OG    -0.377    2.857
    16653     /A ILE 2181 CG1  /A ILE 2079 CB    -0.377    4.137
    16654     /A THR 2095 O    /A LYS 2098 CB    -0.380    3.680
    16655     /A VAL 2081 CG2  /A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    16656     /A LYS 2065 CD   /A GLU 2075 CD    -0.381    4.141
    16657     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 CA    -0.383    4.143
    16658     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O     -0.384    3.044
    16659     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O     -0.384    3.044
    16660     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CB    -0.386    3.686
    16661     /A PHE 2099 CA   /A MET 2096 O     -0.386    3.686
    16662     /A ARG 2059 CB   /A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    16663     /A ILE 2071 CB   /A VAL 2068 O     -0.390    3.690
    16664     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CG    -0.391    4.151
    16665     /A THR 2043 CB   /A THR 2085 N     -0.393    3.913
    16666     /A ARG 2026 NE   /A LEU 2041 CD2   -0.393    3.913
    16667     /A PHE 2092 CD1  /A MET 2096 CG    -0.394    4.034
    16668     /A THR 2089 CA   /A ILE 2088 CG2   -0.395    4.155
    16669     /A GLU 2078 CA   /A PHE 2061 O     -0.397    3.697
    16670     /A ILE 2025 CD1  /A LEU 2022 CD2   -0.397    4.157
    16671     /A ASN 2080 CB   /A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    16672     /A ILE 2181 CD1  /A ILE 2079 CD1   -0.400    4.160
    16673    
    16674 
    16675  
    16676 236 contacts 
    16677 
    16678 > select /A:2125-2126
    16679 
    16680 13 atoms, 12 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    16681 
    16682 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    16683 
    16684 650 atoms, 661 bonds, 241 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    16685 
    16686 > select /A:2125-2126
    16687 
    16688 13 atoms, 12 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    16689 
    16690 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    16691 
    16692 650 atoms, 661 bonds, 241 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    16693 
    16694 > ui tool show H-Bonds
    16695 
    16696 > hbonds sel saveFile
    16697 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_I2084V_hbonds
    16698 > color #aa00ff dashes 4 restrict both select true reveal true log true
    16699    
    16700    
    16701     Finding intermodel H-bonds
    16702     Finding intramodel H-bonds
    16703     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    16704     Models used:
    16705         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    16706    
    16707     48 H-bonds
    16708     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    16709     /A LEU 2020 N    /A ILE 2060 O    no hydrogen  2.857  N/A
    16710     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O    no hydrogen  2.913  N/A
    16711     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O    no hydrogen  2.902  N/A
    16712     /A LEU 2040 N    /A MET 2027 O    no hydrogen  3.331  N/A
    16713     /A LEU 2041 N    /A THR 2085 O    no hydrogen  3.063  N/A
    16714     /A THR 2043 N    /A PRO 2083 O    no hydrogen  2.998  N/A
    16715     /A THR 2043 OG1  /A LEU 2041 O    no hydrogen  3.223  N/A
    16716     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    16717     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O    no hydrogen  3.044  N/A
    16718     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  2.815  N/A
    16719     /A LEU 2058 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  3.346  N/A
    16720     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O    no hydrogen  2.872  N/A
    16721     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O    no hydrogen  2.817  N/A
    16722     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O    no hydrogen  2.838  N/A
    16723     /A CYS 2062 SG   /A HIS 2076 O    no hydrogen  3.931  N/A
    16724     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O    no hydrogen  2.754  N/A
    16725     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O    no hydrogen  2.875  N/A
    16726     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1  no hydrogen  2.872  N/A
    16727     /A VAL 2068 N    /A ILE 2071 O    no hydrogen  3.122  N/A
    16728     /A ILE 2071 N    /A VAL 2068 O    no hydrogen  3.161  N/A
    16729     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 OE1  no hydrogen  1.981  N/A
    16730     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  2.698  N/A
    16731     /A HIS 2076 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  3.251  N/A
    16732     /A HIS 2076 NE2  /A GLU 2078 OE2  no hydrogen  3.168  N/A
    16733     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O    no hydrogen  2.744  N/A
    16734     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O    no hydrogen  3.044  N/A
    16735     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O    no hydrogen  2.752  N/A
    16736     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 OE1  no hydrogen  2.958  N/A
    16737     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O    no hydrogen  2.859  N/A
    16738     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O    no hydrogen  2.749  N/A
    16739     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    16740     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O    no hydrogen  2.787  N/A
    16741     /A PHE 2092 N    /A THR 2089 OG1  no hydrogen  3.214  N/A
    16742     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O    no hydrogen  3.032  N/A
    16743     /A SER 2094 N    /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.087  N/A
    16744     /A SER 2094 OG   /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.475  N/A
    16745     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 O    no hydrogen  2.857  N/A
    16746     /A THR 2095 N    /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.066  N/A
    16747     /A THR 2095 OG1  /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.063  N/A
    16748     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O    no hydrogen  2.946  N/A
    16749     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O    no hydrogen  2.944  N/A
    16750     /A LYS 2098 N    /A SER 2094 O    no hydrogen  3.125  N/A
    16751     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O    no hydrogen  3.004  N/A
    16752     /A CYS 2100 N    /A MET 2096 O    no hydrogen  3.088  N/A
    16753     /A CYS 2100 SG   /A MET 2096 O    no hydrogen  3.546  N/A
    16754     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O    no hydrogen  2.975  N/A
    16755     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O    no hydrogen  2.817  N/A
    16756     /A ARG 2187 N    /A VAL 2084 O    no hydrogen  2.957  N/A
    16757    
    16758 
    16759  
    16760 48 hydrogen bonds found 
    16761 
    16762 > close #1.1-3
    16763 
    16764 > swapaa /A: 2084 leu
    16765 
    16766 Using Dunbrack library 
    16767 /A VAL 2084: phi -131.8, psi 148.9 trans 
    16768 Applying LEU rotamer (chi angles: -61.3 171.4) to /A LEU 2084 
    16769 
    16770 > select /A:2147
    16771 
    16772 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    16773 
    16774 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    16775 
    16776 651 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    16777 
    16778 > select /A:2147
    16779 
    16780 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    16781 
    16782 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    16783 
    16784 651 atoms, 662 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    16785 
    16786 > ui tool show "Check Waters"
    16787 
    16788 > hbonds interModel false reveal true restrict any name "water H-bonds"
    16789 
    16790 1868 hydrogen bonds found 
    16791 
    16792 > ~select
    16793 
    16794 Nothing selected 
    16795 
    16796 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    16797 
    16798 651 atoms, 662 bonds, 48 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    16799 
    16800 > close #1.1
    16801 
    16802 > ui tool show Clashes
    16803 
    16804 > clashes sel saveFile
    16805 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_I2084L_clashes
    16806 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color #ff0000 reveal
    16807 > true log true
    16808    
    16809    
    16810     Allowed overlap: 0.6
    16811     H-bond overlap reduction: 0.4
    16812     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    16813     Detect intra-residue clashes: True
    16814     Detect intra-molecule clashes: True
    16815    
    16816     6 clashes
    16817          atom1            atom2       overlap  distance
    16818     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CD    1.106    2.414
    16819     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CD1   1.100    2.660
    16820     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    16821     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    16822     /A LEU 2084 CD2  /A ALA 2042 CA    0.625    3.135
    16823     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 OE1   0.606    2.694
    16824    
    16825 
    16826  
    16827 6 clashes 
    16828 
    16829 > ui tool show Contacts
    16830 
    16831 > contacts sel saveFile
    16832 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_I2084L_contacts
    16833 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true color
    16834 > #00ff00 dashes 4 reveal true log true
    16835    
    16836    
    16837     Allowed overlap: -0.4
    16838     H-bond overlap reduction: 0.4
    16839     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    16840     Detect intra-residue contacts: True
    16841     Detect intra-molecule contacts: True
    16842    
    16843     243 contacts
    16844          atom1            atom2       overlap  distance
    16845     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 NZ    1.106    2.414
    16846     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2185 CB    1.100    2.660
    16847     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    16848     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    16849     /A ALA 2042 CA   /A LEU 2084 CD2   0.625    3.135
    16850     /A GLU 2044 OE1  /A VAL 2051 CG2   0.606    2.694
    16851     /A LEU 2084 CD1  /A VAL 2081 CG1   0.548    3.212
    16852     /A ARG 2056 CZ   /A GLU 2021 CD    0.496    2.994
    16853     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 CZ    0.469    2.561
    16854     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 NH1   0.445    2.215
    16855     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2083 CB    0.444    3.316
    16856     /A GLY 2023 O    /A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    16857     /A ILE 2088 CD1  /A ILE 2086 CG2   0.428    3.332
    16858     /A ARG 2026 CG   /A LEU 2041 CD2   0.424    3.336
    16859     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 CD    0.413    3.347
    16860     /A GLU 2044 CD   /A VAL 2051 CG2   0.381    3.379
    16861     /A PRO 2185 CG   /A ILE 2045 CD1   0.363    3.397
    16862     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CD1   0.291    3.469
    16863     /A PRO 2182 CG   /A ASN 2080 OD1   0.278    3.022
    16864     /A LYS 2074 CD   /A GLU 2064 CG    0.257    3.503
    16865     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CE    0.254    3.506
    16866     /A VAL 2057 CG1  /A ILE 2025 CG2   0.239    3.521
    16867     /A ILE 2088 CG1  /A ILE 2086 CG2   0.228    3.532
    16868     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CD    0.227    3.533
    16869     /A LEU 2084 CG   /A ALA 2082 O     0.215    3.085
    16870     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 OE2   0.207    3.093
    16871     /A VAL 2186 CG2  /A VAL 2188 CG2   0.205    3.555
    16872     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CE    0.183    3.117
    16873     /A THR 2085 CB   /A THR 2043 OG1   0.178    3.162
    16874     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 CD    0.174    3.346
    16875     /A LYS 2180 O    /A GLU 2078 CA    0.158    3.142
    16876     /A PRO 2182 CD   /A ILE 2079 O     0.140    3.160
    16877     /A ILE 2079 CD1  /A PHE 2077 CE1   0.135    3.505
    16878     /A ARG 2026 NH2  /A GLU 2028 OE1   0.134    2.526
    16879     /A LEU 2084 CD2  /A VAL 2057 CG1   0.122    3.638
    16880     /A ARG 2026 CD   /A LEU 2041 CD2   0.105    3.655
    16881     /A HIS 2076 CD2  /A PHE 2061 CD1   0.105    3.415
    16882     /A HIS 2076 O    /A CYS 2062 CA    0.102    3.198
    16883     /A GLU 2075 OE2  /A ARG 2063 CD    0.098    3.202
    16884     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 CZ    0.084    2.946
    16885     /A VAL 2081 CG2  /A LEU 2058 CD1   0.082    3.678
    16886     /A LEU 2040 O    /A ARG 2026 CA    0.078    3.222
    16887     /A ILE 2045 CG1  /A PRO 2083 CB    0.078    3.682
    16888     /A ARG 2056 NE   /A GLU 2021 CD    0.067    3.453
    16889     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CG    0.056    3.464
    16890     /A PHE 2092 CE1  /A MET 2096 CG    0.050    3.590
    16891     /A GLU 2021 CD   /A ARG 2056 CD    0.039    3.721
    16892     /A ARG 2059 CA   /A LEU 2020 O     0.034    3.266
    16893     /A PRO 2083 O    /A LEU 2084 CD2   0.032    3.268
    16894     /A PRO 2083 CG   /A ILE 2045 CD1   0.030    3.730
    16895     /A GLU 2078 CD   /A ASN 2080 ND2   0.026    3.494
    16896     /A ARG 2056 NH2  /A GLU 2021 CD    0.025    3.495
    16897     /A ALA 2042 CB   /A LEU 2084 CD2   0.023    3.737
    16898     /A ALA 2042 N    /A LEU 2084 CD2   0.022    3.498
    16899     /A GLU 2028 OE1  /A ARG 2026 CZ    0.021    3.009
    16900     /A ILE 2071 O    /A PRO 2067 CA    0.021    3.279
    16901     /A LEU 2058 CD1  /A ARG 2059 N     0.020    3.500
    16902     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 CB    0.018    3.322
    16903     /A LEU 2084 CA   /A LEU 2041 O     0.016    3.284
    16904     /A THR 2089 O    /A ILE 2088 CG2   0.013    3.287
    16905     /A ARG 2187 O    /A THR 2085 CA    0.007    3.293
    16906     /A VAL 2073 O    /A GLU 2064 CA    -0.003    3.303
    16907     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CA    -0.004    3.304
    16908     /A PRO 2182 O    /A VAL 2184 CG2   -0.008    3.308
    16909     /A ASN 2024 CA   /A VAL 2057 CG2   -0.009    3.769
    16910     /A LEU 2040 CB   /A MET 2027 CB    -0.012    3.772
    16911     /A ILE 2086 CG1  /A LEU 2040 CD1   -0.013    3.773
    16912     /A THR 2043 CG2  /A THR 2085 OG1   -0.015    3.355
    16913     /A GLU 2064 OE2  /A LYS 2074 NZ    -0.017    2.677
    16914     /A PHE 2092 CB   /A THR 2089 OG1   -0.020    3.360
    16915     /A GLU 2078 O    /A ILE 2060 CA    -0.021    3.321
    16916     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1   -0.022    2.542
    16917     /A GLU 2078 CB   /A HIS 2076 NE2   -0.026    3.546
    16918     /A VAL 2188 CA   /A ILE 2086 O     -0.029    3.329
    16919     /A PHE 2077 CD2  /A CYS 2062 CB    -0.035    3.675
    16920     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 CZ    -0.035    3.675
    16921     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O     -0.038    2.698
    16922     /A ILE 2025 CB   /A LEU 2022 CD2   -0.043    3.803
    16923     /A VAL 2081 CG2  /A ILE 2079 CG2   -0.044    3.804
    16924     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH2   -0.046    2.706
    16925     /A GLU 2021 N    /A LEU 2020 CD2   -0.059    3.579
    16926     /A LEU 2041 O    /A LEU 2084 CD2   -0.060    3.360
    16927     /A ALA 2082 CB   /A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    16928     /A LYS 2074 CD   /A CYS 2062 SG    -0.062    3.712
    16929     /A GLU 2075 OE1  /A LYS 2065 CE    -0.063    3.363
    16930     /A VAL 2186 CA   /A LEU 2084 O     -0.066    3.366
    16931     /A LEU 2041 CG   /A LEU 2040 O     -0.082    3.382
    16932     /A THR 2085 O    /A LEU 2040 CA    -0.082    3.382
    16933     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O     -0.084    2.744
    16934     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CG1   -0.085    3.845
    16935     /A PRO 2083 CB   /A THR 2043 O     -0.088    3.388
    16936     /A LEU 2097 CB   /A TYR 2093 O     -0.088    3.388
    16937     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O     -0.089    2.749
    16938     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    16939     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O     -0.094    2.754
    16940     /A ALA 2082 O    /A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    16941     /A CYS 2100 CB   /A PHE 2101 CD2   -0.097    3.737
    16942     /A ILE 2079 CG1  /A PHE 2077 CE1   -0.099    3.739
    16943     /A LEU 2058 CD1  /A ASN 2080 O     -0.101    3.401
    16944     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 O     -0.113    3.413
    16945     /A PHE 2077 CA   /A PHE 2061 O     -0.119    3.419
    16946     /A PRO 2185 CA   /A ILE 2045 CD1   -0.122    3.882
    16947     /A PHE 2077 CE2  /A ILE 2060 CG2   -0.123    3.763
    16948     /A LYS 2055 CG   /A ASP 2052 CB    -0.124    3.884
    16949     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O     -0.127    2.787
    16950     /A PRO 2102 CA   /A LYS 2098 O     -0.129    3.429
    16951     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CD    -0.133    3.433
    16952     /A PRO 2067 CB   /A ILE 2071 O     -0.134    3.434
    16953     /A PHE 2061 CE1  /A HIS 2076 CD2   -0.135    3.655
    16954     /A GLN 2046 CG   /A ILE 2045 O     -0.144    3.444
    16955     /A LEU 2084 CG   /A PRO 2083 O     -0.146    3.446
    16956     /A ILE 2079 CG2  /A LEU 2058 CD1   -0.148    3.908
    16957     /A HIS 2054 N    /A ASP 2052 O     -0.150    2.810
    16958     /A MET 2096 CB   /A PHE 2092 O     -0.151    3.451
    16959     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    16960     /A VAL 2081 CA   /A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    16961     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O     -0.157    2.817
    16962     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O     -0.157    2.817
    16963     /A PRO 2102 CD   /A CYS 2100 C     -0.161    3.651
    16964     /A LEU 2058 O    /A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    16965     /A ASN 2080 O    /A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    16966     /A LEU 2084 CD2  /A LEU 2041 C     -0.168    3.658
    16967     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 CG    -0.172    3.692
    16968     /A SER 2094 N    /A TYR 2093 CD1   -0.174    3.574
    16969     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O     -0.178    2.838
    16970     /A ARG 2056 CA   /A LEU 2022 O     -0.178    3.478
    16971     /A GLU 2044 O    /A THR 2043 CG2   -0.184    3.484
    16972     /A PHE 2099 CD1  /A PHE 2099 O     -0.185    3.365
    16973     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 OG1   -0.187    3.527
    16974     /A MET 2096 O    /A PHE 2099 CB    -0.189    3.489
    16975     /A GLU 2064 CG   /A CYS 2062 SG    -0.190    3.840
    16976     /A GLU 2075 CA   /A ARG 2063 O     -0.194    3.494
    16977     /A ILE 2060 O    /A LEU 2020 N     -0.197    2.857
    16978     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    16979     /A ALA 2042 CB   /A VAL 2057 CG2   -0.199    3.959
    16980     /A PRO 2185 CD   /A VAL 2184 CG1   -0.201    3.961
    16981     /A VAL 2186 CG1  /A PRO 2185 O     -0.201    3.501
    16982     /A LEU 2041 CD2  /A ARG 2026 CB    -0.205    3.965
    16983     /A GLU 2075 CB   /A ARG 2063 O     -0.208    3.508
    16984     /A GLU 2028 CD   /A ARG 2026 NH2   -0.208    3.728
    16985     /A ILE 2181 CG2  /A ILE 2079 O     -0.210    3.510
    16986     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH1   -0.211    2.871
    16987     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    16988     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1   -0.212    2.872
    16989     /A VAL 2081 CB   /A VAL 2184 CG2   -0.212    3.972
    16990     /A GLU 2021 CG   /A LEU 2020 O     -0.213    3.513
    16991     /A LEU 2058 CD2  /A ILE 2060 CD1   -0.214    3.974
    16992     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 CG    -0.214    3.974
    16993     /A PRO 2182 CD   /A ASN 2080 OD1   -0.215    3.515
    16994     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O     -0.215    2.875
    16995     /A ILE 2025 N    /A ASN 2024 OD1   -0.218    2.878
    16996     /A PRO 2083 C    /A LEU 2084 CD2   -0.219    3.709
    16997     /A VAL 2186 CG1  /A VAL 2184 CG1   -0.219    3.979
    16998     /A LEU 2020 CD2  /A LEU 2020 O     -0.220    3.520
    16999     /A LYS 2055 CE   /A ASP 2052 CB    -0.234    3.994
    17000     /A LEU 2084 CB   /A LEU 2041 O     -0.236    3.536
    17001     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CD1   -0.241    3.881
    17002     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O     -0.242    2.902
    17003     /A CYS 2100 N    /A PHE 2099 CD1   -0.243    3.643
    17004     /A ILE 2181 CG1  /A LYS 2180 O     -0.245    3.545
    17005     /A CYS 2062 SG   /A PHE 2077 CD2   -0.245    3.775
    17006     /A VAL 2057 CB   /A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    17007     /A PHE 2101 CD2  /A CYS 2100 C     -0.249    3.619
    17008     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    17009     /A LYS 2090 O    /A TYR 2093 CB    -0.258    3.558
    17010     /A LYS 2098 CB   /A SER 2094 O     -0.260    3.560
    17011     /A PHE 2101 CE2  /A CYS 2100 CB    -0.261    3.901
    17012     /A THR 2089 O    /A TYR 2093 CB    -0.263    3.563
    17013     /A GLU 2075 CD   /A ARG 2063 CD    -0.263    4.023
    17014     /A VAL 2188 CG2  /A VAL 2186 CB    -0.264    4.024
    17015     /A TYR 2093 CB   /A ILE 2088 CG2   -0.269    4.029
    17016     /A PHE 2101 CB   /A LEU 2097 O     -0.271    3.571
    17017     /A PRO 2182 O    /A ILE 2181 O     -0.272    3.112
    17018     /A ILE 2079 CA   /A ARG 2059 O     -0.274    3.574
    17019     /A LYS 2055 CD   /A ASP 2052 CB    -0.274    4.034
    17020     /A GLU 2078 CG   /A LYS 2180 O     -0.275    3.575
    17021     /A ASN 2024 O    /A LEU 2022 CG    -0.276    3.576
    17022     /A PHE 2092 CZ   /A MET 2027 SD    -0.281    3.811
    17023     /A VAL 2184 CG2  /A VAL 2081 O     -0.282    3.582
    17024     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O     -0.284    2.944
    17025     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CB    -0.284    4.044
    17026     /A VAL 2057 CG2  /A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    17027     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O     -0.286    2.946
    17028     /A PHE 2099 CB   /A THR 2095 O     -0.288    3.588
    17029     /A ARG 2187 N    /A LEU 2084 O     -0.297    2.957
    17030     /A GLU 2078 OE1  /A ASN 2080 ND2   -0.298    2.958
    17031     /A LEU 2084 CG   /A VAL 2081 CG1   -0.300    4.060
    17032     /A ASN 2080 CA   /A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    17033     /A ASP 2052 OD2  /A LYS 2055 CE    -0.303    3.603
    17034     /A VAL 2184 CG1  /A VAL 2081 O     -0.309    3.609
    17035     /A LEU 2058 CB   /A LEU 2022 CB    -0.311    4.071
    17036     /A THR 2053 N    /A VAL 2051 O     -0.312    2.972
    17037     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O     -0.315    2.975
    17038     /A ARG 2056 CB   /A LEU 2022 O     -0.318    3.618
    17039     /A PRO 2185 O    /A VAL 2184 CG1   -0.324    3.624
    17040     /A LYS 2074 CA   /A ARG 2063 O     -0.325    3.625
    17041     /A LEU 2058 CG   /A ILE 2060 CG1   -0.329    4.089
    17042     /A ILE 2060 CG1  /A LEU 2058 CD1   -0.330    4.090
    17043     /A LYS 2074 CE   /A GLU 2064 CG    -0.333    4.093
    17044     /A PRO 2102 N    /A LYS 2098 O     -0.335    3.395
    17045     /A GLU 2183 O    /A VAL 2184 CG2   -0.335    3.635
    17046     /A PRO 2083 O    /A THR 2043 N     -0.338    2.998
    17047     /A VAL 2057 O    /A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    17048     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O     -0.344    3.004
    17049     /A ILE 2181 CA   /A ILE 2079 O     -0.346    3.646
    17050     /A PRO 2050 CD   /A MET 2049 CG    -0.347    4.107
    17051     /A LEU 2041 CD2  /A LEU 2040 O     -0.348    3.648
    17052     /A ASP 2048 OD1  /A LYS 2047 C     -0.349    3.379
    17053     /A THR 2095 CB   /A LYS 2091 O     -0.352    3.652
    17054     /A ALA 2087 O    /A ILE 2088 CG1   -0.357    3.657
    17055     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 CA    -0.359    3.699
    17056     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NE    -0.359    3.019
    17057     /A PHE 2101 CA   /A LEU 2097 O     -0.360    3.660
    17058     /A THR 2085 CA   /A THR 2043 OG1   -0.361    3.701
    17059     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CG1   -0.366    4.126
    17060     /A VAL 2068 CG2  /A VAL 2073 CG2   -0.370    4.130
    17061     /A ASN 2080 OD1  /A GLU 2078 OE1   -0.371    3.211
    17062     /A PRO 2067 N    /A LYS 2065 O     -0.372    3.432
    17063     /A ALA 2066 O    /A LYS 2065 O     -0.372    3.212
    17064     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O     -0.372    3.032
    17065     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CG1   -0.374    4.014
    17066     /A LYS 2091 O    /A SER 2094 OG    -0.377    2.857
    17067     /A ILE 2181 CG1  /A ILE 2079 CB    -0.377    4.137
    17068     /A THR 2095 O    /A LYS 2098 CB    -0.380    3.680
    17069     /A VAL 2081 CG2  /A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    17070     /A LYS 2065 CD   /A GLU 2075 CD    -0.381    4.141
    17071     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 CA    -0.383    4.143
    17072     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O     -0.384    3.044
    17073     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O     -0.384    3.044
    17074     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CB    -0.386    3.686
    17075     /A PHE 2099 CA   /A MET 2096 O     -0.386    3.686
    17076     /A ARG 2059 CB   /A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    17077     /A ILE 2071 CB   /A VAL 2068 O     -0.390    3.690
    17078     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CG    -0.391    4.151
    17079     /A THR 2043 CB   /A THR 2085 N     -0.393    3.913
    17080     /A ARG 2026 NE   /A LEU 2041 CD2   -0.393    3.913
    17081     /A PHE 2092 CD1  /A MET 2096 CG    -0.394    4.034
    17082     /A THR 2089 CA   /A ILE 2088 CG2   -0.395    4.155
    17083     /A GLU 2078 CA   /A PHE 2061 O     -0.397    3.697
    17084     /A LEU 2084 CD1  /A ALA 2082 O     -0.397    3.697
    17085     /A ILE 2025 CD1  /A LEU 2022 CD2   -0.397    4.157
    17086     /A ASN 2080 CB   /A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    17087     /A ILE 2181 CD1  /A ILE 2079 CD1   -0.400    4.160
    17088    
    17089 
    17090  
    17091 243 contacts 
    17092 
    17093 > select /A:2177
    17094 
    17095 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    17096 
    17097 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    17098 
    17099 651 atoms, 662 bonds, 249 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    17100 
    17101 > select /A:2177
    17102 
    17103 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    17104 
    17105 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    17106 
    17107 651 atoms, 662 bonds, 249 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    17108 
    17109 > ui tool show H-Bonds
    17110 
    17111 > hbonds sel saveFile
    17112 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_I2084L_hbonds
    17113 > color #aa00ff dashes 4 restrict both select true reveal true log true
    17114    
    17115    
    17116     Finding intermodel H-bonds
    17117     Finding intramodel H-bonds
    17118     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    17119     Models used:
    17120         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    17121    
    17122     48 H-bonds
    17123     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    17124     /A LEU 2020 N    /A ILE 2060 O    no hydrogen  2.857  N/A
    17125     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O    no hydrogen  2.913  N/A
    17126     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O    no hydrogen  2.902  N/A
    17127     /A LEU 2040 N    /A MET 2027 O    no hydrogen  3.331  N/A
    17128     /A LEU 2041 N    /A THR 2085 O    no hydrogen  3.063  N/A
    17129     /A THR 2043 N    /A PRO 2083 O    no hydrogen  2.998  N/A
    17130     /A THR 2043 OG1  /A LEU 2041 O    no hydrogen  3.223  N/A
    17131     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    17132     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O    no hydrogen  3.044  N/A
    17133     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  2.815  N/A
    17134     /A LEU 2058 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  3.346  N/A
    17135     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O    no hydrogen  2.872  N/A
    17136     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O    no hydrogen  2.817  N/A
    17137     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O    no hydrogen  2.838  N/A
    17138     /A CYS 2062 SG   /A HIS 2076 O    no hydrogen  3.931  N/A
    17139     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O    no hydrogen  2.754  N/A
    17140     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O    no hydrogen  2.875  N/A
    17141     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1  no hydrogen  2.872  N/A
    17142     /A VAL 2068 N    /A ILE 2071 O    no hydrogen  3.122  N/A
    17143     /A ILE 2071 N    /A VAL 2068 O    no hydrogen  3.161  N/A
    17144     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 OE1  no hydrogen  1.981  N/A
    17145     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  2.698  N/A
    17146     /A HIS 2076 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  3.251  N/A
    17147     /A HIS 2076 NE2  /A GLU 2078 OE2  no hydrogen  3.168  N/A
    17148     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O    no hydrogen  2.744  N/A
    17149     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O    no hydrogen  3.044  N/A
    17150     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O    no hydrogen  2.752  N/A
    17151     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 OE1  no hydrogen  2.958  N/A
    17152     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O    no hydrogen  2.859  N/A
    17153     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O    no hydrogen  2.749  N/A
    17154     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    17155     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O    no hydrogen  2.787  N/A
    17156     /A PHE 2092 N    /A THR 2089 OG1  no hydrogen  3.214  N/A
    17157     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O    no hydrogen  3.032  N/A
    17158     /A SER 2094 N    /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.087  N/A
    17159     /A SER 2094 OG   /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.475  N/A
    17160     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 O    no hydrogen  2.857  N/A
    17161     /A THR 2095 N    /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.066  N/A
    17162     /A THR 2095 OG1  /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.063  N/A
    17163     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O    no hydrogen  2.946  N/A
    17164     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O    no hydrogen  2.944  N/A
    17165     /A LYS 2098 N    /A SER 2094 O    no hydrogen  3.125  N/A
    17166     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O    no hydrogen  3.004  N/A
    17167     /A CYS 2100 N    /A MET 2096 O    no hydrogen  3.088  N/A
    17168     /A CYS 2100 SG   /A MET 2096 O    no hydrogen  3.546  N/A
    17169     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O    no hydrogen  2.975  N/A
    17170     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O    no hydrogen  2.817  N/A
    17171     /A ARG 2187 N    /A LEU 2084 O    no hydrogen  2.957  N/A
    17172    
    17173 
    17174  
    17175 48 hydrogen bonds found 
    17176 
    17177 > swapaa /A: 2084 arg
    17178 
    17179 Using Dunbrack library 
    17180 /A LEU 2084: phi -131.8, psi 148.9 trans 
    17181 Applying ARG rotamer (chi angles: -64.2 -178.8 -179.3 -179.3) to /A ARG 2084 
    17182 
    17183 > close #1.1-3
    17184 
    17185 > select /A:2153
    17186 
    17187 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    17188 
    17189 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    17190 
    17191 654 atoms, 665 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    17192 
    17193 > select /A:2153
    17194 
    17195 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    17196 
    17197 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    17198 
    17199 654 atoms, 665 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    17200 
    17201 > ui tool show Clashes
    17202 
    17203 > clashes sel saveFile
    17204 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_I2084R_clashes
    17205 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color #ff0000 reveal
    17206 > true log true
    17207    
    17208    
    17209     Allowed overlap: 0.6
    17210     H-bond overlap reduction: 0.4
    17211     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    17212     Detect intra-residue clashes: True
    17213     Detect intra-molecule clashes: True
    17214    
    17215     6 clashes
    17216          atom1            atom2       overlap  distance
    17217     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CD    1.106    2.414
    17218     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CD1   1.100    2.660
    17219     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    17220     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    17221     /A ARG 2084 NH2  /A VAL 2057 CG1   0.633    2.887
    17222     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 OE1   0.606    2.694
    17223    
    17224 
    17225  
    17226 6 clashes 
    17227 
    17228 > select /A:2149-2150
    17229 
    17230 14 atoms, 13 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    17231 
    17232 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    17233 
    17234 654 atoms, 665 bonds, 6 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    17235 
    17236 > select /A:2149-2151
    17237 
    17238 22 atoms, 21 bonds, 3 residues, 1 model selected 
    17239 
    17240 > select /A:2093
    17241 
    17242 12 atoms, 12 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    17243 
    17244 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    17245 
    17246 654 atoms, 665 bonds, 6 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    17247 
    17248 > select /A:2093
    17249 
    17250 12 atoms, 12 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    17251 
    17252 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    17253 
    17254 654 atoms, 665 bonds, 6 pseudobonds, 81 residues, 2 models selected 
    17255 
    17256 > ui tool show H-Bonds
    17257 
    17258 > hbonds sel saveFile
    17259 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_I2084R_hbonds
    17260 > color #aa00ff dashes 4 restrict both select true reveal true log true
    17261    
    17262    
    17263     Finding intermodel H-bonds
    17264     Finding intramodel H-bonds
    17265     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    17266     Models used:
    17267         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    17268    
    17269     49 H-bonds
    17270     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    17271     /A LEU 2020 N    /A ILE 2060 O    no hydrogen  2.857  N/A
    17272     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O    no hydrogen  2.913  N/A
    17273     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O    no hydrogen  2.902  N/A
    17274     /A LEU 2040 N    /A MET 2027 O    no hydrogen  3.331  N/A
    17275     /A LEU 2041 N    /A THR 2085 O    no hydrogen  3.063  N/A
    17276     /A THR 2043 N    /A PRO 2083 O    no hydrogen  2.998  N/A
    17277     /A THR 2043 OG1  /A LEU 2041 O    no hydrogen  3.223  N/A
    17278     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    17279     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O    no hydrogen  3.044  N/A
    17280     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  2.815  N/A
    17281     /A LEU 2058 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  3.346  N/A
    17282     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O    no hydrogen  2.872  N/A
    17283     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O    no hydrogen  2.817  N/A
    17284     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O    no hydrogen  2.838  N/A
    17285     /A CYS 2062 SG   /A HIS 2076 O    no hydrogen  3.931  N/A
    17286     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O    no hydrogen  2.754  N/A
    17287     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O    no hydrogen  2.875  N/A
    17288     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1  no hydrogen  2.872  N/A
    17289     /A VAL 2068 N    /A ILE 2071 O    no hydrogen  3.122  N/A
    17290     /A ILE 2071 N    /A VAL 2068 O    no hydrogen  3.161  N/A
    17291     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 OE1  no hydrogen  1.981  N/A
    17292     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  2.698  N/A
    17293     /A HIS 2076 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  3.251  N/A
    17294     /A HIS 2076 NE2  /A GLU 2078 OE2  no hydrogen  3.168  N/A
    17295     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O    no hydrogen  2.744  N/A
    17296     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O    no hydrogen  3.044  N/A
    17297     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O    no hydrogen  2.752  N/A
    17298     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 OE1  no hydrogen  2.958  N/A
    17299     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O    no hydrogen  2.859  N/A
    17300     /A ARG 2084 NH2  /A VAL 2057 O    no hydrogen  2.820  N/A
    17301     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O    no hydrogen  2.749  N/A
    17302     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    17303     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O    no hydrogen  2.787  N/A
    17304     /A PHE 2092 N    /A THR 2089 OG1  no hydrogen  3.214  N/A
    17305     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O    no hydrogen  3.032  N/A
    17306     /A SER 2094 N    /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.087  N/A
    17307     /A SER 2094 OG   /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.475  N/A
    17308     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 O    no hydrogen  2.857  N/A
    17309     /A THR 2095 N    /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.066  N/A
    17310     /A THR 2095 OG1  /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.063  N/A
    17311     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O    no hydrogen  2.946  N/A
    17312     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O    no hydrogen  2.944  N/A
    17313     /A LYS 2098 N    /A SER 2094 O    no hydrogen  3.125  N/A
    17314     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O    no hydrogen  3.004  N/A
    17315     /A CYS 2100 N    /A MET 2096 O    no hydrogen  3.088  N/A
    17316     /A CYS 2100 SG   /A MET 2096 O    no hydrogen  3.546  N/A
    17317     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O    no hydrogen  2.975  N/A
    17318     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O    no hydrogen  2.817  N/A
    17319     /A ARG 2187 N    /A ARG 2084 O    no hydrogen  2.957  N/A
    17320    
    17321 
    17322  
    17323 49 hydrogen bonds found 
    17324 
    17325 > select /A:2238
    17326 
    17327 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    17328 
    17329 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    17330 
    17331 654 atoms, 665 bonds, 55 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    17332 
    17333 > select /A:2238
    17334 
    17335 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    17336 
    17337 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    17338 
    17339 654 atoms, 665 bonds, 55 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    17340 
    17341 > ui tool show Contacts
    17342 
    17343 > contacts sel saveFile
    17344 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_I2084R_contacts
    17345 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true color
    17346 > #00ff00 dashes 4 reveal true log true
    17347    
    17348    
    17349     Allowed overlap: -0.4
    17350     H-bond overlap reduction: 0.4
    17351     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    17352     Detect intra-residue contacts: True
    17353     Detect intra-molecule contacts: True
    17354    
    17355     248 contacts
    17356          atom1            atom2       overlap  distance
    17357     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 NZ    1.106    2.414
    17358     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2185 CB    1.100    2.660
    17359     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    17360     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    17361     /A ARG 2084 NH2  /A VAL 2057 CG1   0.633    2.887
    17362     /A GLU 2044 OE1  /A VAL 2051 CG2   0.606    2.694
    17363     /A ARG 2084 NH2  /A LEU 2058 CB    0.571    2.949
    17364     /A ARG 2084 NE   /A VAL 2057 CG1   0.521    2.999
    17365     /A ARG 2056 CZ   /A GLU 2021 CD    0.496    2.994
    17366     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 CZ    0.469    2.561
    17367     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 NH1   0.445    2.215
    17368     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2083 CB    0.444    3.316
    17369     /A VAL 2081 CG1  /A ARG 2084 NE    0.437    3.083
    17370     /A GLY 2023 O    /A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    17371     /A ILE 2088 CD1  /A ILE 2086 CG2   0.428    3.332
    17372     /A ARG 2026 CG   /A LEU 2041 CD2   0.424    3.336
    17373     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 CD    0.413    3.347
    17374     /A GLU 2044 CD   /A VAL 2051 CG2   0.381    3.379
    17375     /A PRO 2185 CG   /A ILE 2045 CD1   0.363    3.397
    17376     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CD1   0.291    3.469
    17377     /A PRO 2182 CG   /A ASN 2080 OD1   0.278    3.022
    17378     /A ARG 2084 CD   /A VAL 2081 CG1   0.269    3.491
    17379     /A LYS 2074 CD   /A GLU 2064 CG    0.257    3.503
    17380     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CE    0.254    3.506
    17381     /A VAL 2057 CG1  /A ILE 2025 CG2   0.239    3.521
    17382     /A VAL 2081 CG1  /A ARG 2084 CZ    0.229    3.261
    17383     /A ILE 2088 CG1  /A ILE 2086 CG2   0.228    3.532
    17384     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CD    0.227    3.533
    17385     /A ARG 2084 CZ   /A VAL 2057 CG1   0.210    3.280
    17386     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 OE2   0.207    3.093
    17387     /A VAL 2186 CG2  /A VAL 2188 CG2   0.205    3.555
    17388     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CE    0.183    3.117
    17389     /A THR 2085 CB   /A THR 2043 OG1   0.178    3.162
    17390     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 CD    0.174    3.346
    17391     /A LYS 2180 O    /A GLU 2078 CA    0.158    3.142
    17392     /A ARG 2084 CG   /A ALA 2082 O     0.148    3.152
    17393     /A ARG 2084 NH2  /A VAL 2057 C     0.143    3.107
    17394     /A PRO 2182 CD   /A ILE 2079 O     0.140    3.160
    17395     /A ILE 2079 CD1  /A PHE 2077 CE1   0.135    3.505
    17396     /A ARG 2026 NH2  /A GLU 2028 OE1   0.134    2.526
    17397     /A ARG 2026 CD   /A LEU 2041 CD2   0.105    3.655
    17398     /A HIS 2076 CD2  /A PHE 2061 CD1   0.105    3.415
    17399     /A HIS 2076 O    /A CYS 2062 CA    0.102    3.198
    17400     /A GLU 2075 OE2  /A ARG 2063 CD    0.098    3.202
    17401     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 CZ    0.084    2.946
    17402     /A VAL 2081 CG2  /A LEU 2058 CD1   0.082    3.678
    17403     /A LEU 2040 O    /A ARG 2026 CA    0.078    3.222
    17404     /A ILE 2045 CG1  /A PRO 2083 CB    0.078    3.682
    17405     /A ARG 2056 NE   /A GLU 2021 CD    0.067    3.453
    17406     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CG    0.056    3.464
    17407     /A PHE 2092 CE1  /A MET 2096 CG    0.050    3.590
    17408     /A LEU 2058 CA   /A ARG 2084 NH2   0.045    3.475
    17409     /A GLU 2021 CD   /A ARG 2056 CD    0.039    3.721
    17410     /A ARG 2059 CA   /A LEU 2020 O     0.034    3.266
    17411     /A PRO 2083 CG   /A ILE 2045 CD1   0.030    3.730
    17412     /A GLU 2078 CD   /A ASN 2080 ND2   0.026    3.494
    17413     /A ARG 2056 NH2  /A GLU 2021 CD    0.025    3.495
    17414     /A GLU 2028 OE1  /A ARG 2026 CZ    0.021    3.009
    17415     /A ILE 2071 O    /A PRO 2067 CA    0.021    3.279
    17416     /A LEU 2058 CD1  /A ARG 2059 N     0.020    3.500
    17417     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 CB    0.018    3.322
    17418     /A ARG 2084 CA   /A LEU 2041 O     0.016    3.284
    17419     /A THR 2089 O    /A ILE 2088 CG2   0.013    3.287
    17420     /A ARG 2187 O    /A THR 2085 CA    0.007    3.293
    17421     /A VAL 2073 O    /A GLU 2064 CA    -0.003    3.303
    17422     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CA    -0.004    3.304
    17423     /A PRO 2182 O    /A VAL 2184 CG2   -0.008    3.308
    17424     /A ASN 2024 CA   /A VAL 2057 CG2   -0.009    3.769
    17425     /A LEU 2040 CB   /A MET 2027 CB    -0.012    3.772
    17426     /A ILE 2086 CG1  /A LEU 2040 CD1   -0.013    3.773
    17427     /A THR 2043 CG2  /A THR 2085 OG1   -0.015    3.355
    17428     /A GLU 2064 OE2  /A LYS 2074 NZ    -0.017    2.677
    17429     /A PHE 2092 CB   /A THR 2089 OG1   -0.020    3.360
    17430     /A GLU 2078 O    /A ILE 2060 CA    -0.021    3.321
    17431     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1   -0.022    2.542
    17432     /A GLU 2078 CB   /A HIS 2076 NE2   -0.026    3.546
    17433     /A VAL 2188 CA   /A ILE 2086 O     -0.029    3.329
    17434     /A PHE 2077 CD2  /A CYS 2062 CB    -0.035    3.675
    17435     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 CZ    -0.035    3.675
    17436     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O     -0.038    2.698
    17437     /A ILE 2025 CB   /A LEU 2022 CD2   -0.043    3.803
    17438     /A VAL 2081 CG2  /A ILE 2079 CG2   -0.044    3.804
    17439     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH2   -0.046    2.706
    17440     /A GLU 2021 N    /A LEU 2020 CD2   -0.059    3.579
    17441     /A ALA 2082 CB   /A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    17442     /A LYS 2074 CD   /A CYS 2062 SG    -0.062    3.712
    17443     /A GLU 2075 OE1  /A LYS 2065 CE    -0.063    3.363
    17444     /A VAL 2186 CA   /A ARG 2084 O     -0.066    3.366
    17445     /A LEU 2041 CG   /A LEU 2040 O     -0.082    3.382
    17446     /A THR 2085 O    /A LEU 2040 CA    -0.082    3.382
    17447     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O     -0.084    2.744
    17448     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CG1   -0.085    3.845
    17449     /A PRO 2083 CB   /A THR 2043 O     -0.088    3.388
    17450     /A LEU 2097 CB   /A TYR 2093 O     -0.088    3.388
    17451     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O     -0.089    2.749
    17452     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    17453     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O     -0.094    2.754
    17454     /A ALA 2082 O    /A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    17455     /A CYS 2100 CB   /A PHE 2101 CD2   -0.097    3.737
    17456     /A ILE 2079 CG1  /A PHE 2077 CE1   -0.099    3.739
    17457     /A LEU 2058 CD1  /A ASN 2080 O     -0.101    3.401
    17458     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 O     -0.113    3.413
    17459     /A PHE 2077 CA   /A PHE 2061 O     -0.119    3.419
    17460     /A PRO 2185 CA   /A ILE 2045 CD1   -0.122    3.882
    17461     /A PHE 2077 CE2  /A ILE 2060 CG2   -0.123    3.763
    17462     /A LYS 2055 CG   /A ASP 2052 CB    -0.124    3.884
    17463     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O     -0.127    2.787
    17464     /A LEU 2058 N    /A ARG 2084 NH2   -0.128    3.408
    17465     /A PRO 2102 CA   /A LYS 2098 O     -0.129    3.429
    17466     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CD    -0.133    3.433
    17467     /A PRO 2067 CB   /A ILE 2071 O     -0.134    3.434
    17468     /A PHE 2061 CE1  /A HIS 2076 CD2   -0.135    3.655
    17469     /A GLN 2046 CG   /A ILE 2045 O     -0.144    3.444
    17470     /A ILE 2079 CG2  /A LEU 2058 CD1   -0.148    3.908
    17471     /A HIS 2054 N    /A ASP 2052 O     -0.150    2.810
    17472     /A MET 2096 CB   /A PHE 2092 O     -0.151    3.451
    17473     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    17474     /A VAL 2081 CA   /A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    17475     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O     -0.157    2.817
    17476     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O     -0.157    2.817
    17477     /A ARG 2084 CG   /A PRO 2083 O     -0.158    3.458
    17478     /A VAL 2057 O    /A ARG 2084 NH2   -0.160    2.820
    17479     /A PRO 2102 CD   /A CYS 2100 C     -0.161    3.651
    17480     /A LEU 2058 O    /A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    17481     /A ASN 2080 O    /A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    17482     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 CG    -0.172    3.692
    17483     /A SER 2094 N    /A TYR 2093 CD1   -0.174    3.574
    17484     /A VAL 2081 CG1  /A ARG 2084 NH2   -0.177    3.697
    17485     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O     -0.178    2.838
    17486     /A ARG 2056 CA   /A LEU 2022 O     -0.178    3.478
    17487     /A GLU 2044 O    /A THR 2043 CG2   -0.184    3.484
    17488     /A PHE 2099 CD1  /A PHE 2099 O     -0.185    3.365
    17489     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 OG1   -0.187    3.527
    17490     /A MET 2096 O    /A PHE 2099 CB    -0.189    3.489
    17491     /A GLU 2064 CG   /A CYS 2062 SG    -0.190    3.840
    17492     /A GLU 2075 CA   /A ARG 2063 O     -0.194    3.494
    17493     /A ILE 2060 O    /A LEU 2020 N     -0.197    2.857
    17494     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    17495     /A ALA 2042 CB   /A VAL 2057 CG2   -0.199    3.959
    17496     /A PRO 2185 CD   /A VAL 2184 CG1   -0.201    3.961
    17497     /A VAL 2186 CG1  /A PRO 2185 O     -0.201    3.501
    17498     /A LEU 2041 CD2  /A ARG 2026 CB    -0.205    3.965
    17499     /A GLU 2075 CB   /A ARG 2063 O     -0.208    3.508
    17500     /A GLU 2028 CD   /A ARG 2026 NH2   -0.208    3.728
    17501     /A ILE 2181 CG2  /A ILE 2079 O     -0.210    3.510
    17502     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH1   -0.211    2.871
    17503     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    17504     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1   -0.212    2.872
    17505     /A VAL 2081 CB   /A VAL 2184 CG2   -0.212    3.972
    17506     /A GLU 2021 CG   /A LEU 2020 O     -0.213    3.513
    17507     /A LEU 2058 CD2  /A ILE 2060 CD1   -0.214    3.974
    17508     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 CG    -0.214    3.974
    17509     /A PRO 2182 CD   /A ASN 2080 OD1   -0.215    3.515
    17510     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O     -0.215    2.875
    17511     /A ILE 2025 N    /A ASN 2024 OD1   -0.218    2.878
    17512     /A VAL 2186 CG1  /A VAL 2184 CG1   -0.219    3.979
    17513     /A LEU 2020 CD2  /A LEU 2020 O     -0.220    3.520
    17514     /A ARG 2084 NH1  /A VAL 2081 CG1   -0.226    3.746
    17515     /A LYS 2055 CE   /A ASP 2052 CB    -0.234    3.994
    17516     /A ARG 2084 CB   /A LEU 2041 O     -0.235    3.535
    17517     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CD1   -0.241    3.881
    17518     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O     -0.242    2.902
    17519     /A CYS 2100 N    /A PHE 2099 CD1   -0.243    3.643
    17520     /A ILE 2181 CG1  /A LYS 2180 O     -0.245    3.545
    17521     /A CYS 2062 SG   /A PHE 2077 CD2   -0.245    3.775
    17522     /A VAL 2057 CB   /A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    17523     /A PHE 2101 CD2  /A CYS 2100 C     -0.249    3.619
    17524     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    17525     /A LYS 2090 O    /A TYR 2093 CB    -0.258    3.558
    17526     /A LYS 2098 CB   /A SER 2094 O     -0.260    3.560
    17527     /A PHE 2101 CE2  /A CYS 2100 CB    -0.261    3.901
    17528     /A THR 2089 O    /A TYR 2093 CB    -0.263    3.563
    17529     /A GLU 2075 CD   /A ARG 2063 CD    -0.263    4.023
    17530     /A VAL 2188 CG2  /A VAL 2186 CB    -0.264    4.024
    17531     /A TYR 2093 CB   /A ILE 2088 CG2   -0.269    4.029
    17532     /A PHE 2101 CB   /A LEU 2097 O     -0.271    3.571
    17533     /A PRO 2182 O    /A ILE 2181 O     -0.272    3.112
    17534     /A ILE 2079 CA   /A ARG 2059 O     -0.274    3.574
    17535     /A ARG 2084 NH2  /A VAL 2057 CB    -0.274    3.794
    17536     /A LYS 2055 CD   /A ASP 2052 CB    -0.274    4.034
    17537     /A GLU 2078 CG   /A LYS 2180 O     -0.275    3.575
    17538     /A ASN 2024 O    /A LEU 2022 CG    -0.276    3.576
    17539     /A PHE 2092 CZ   /A MET 2027 SD    -0.281    3.811
    17540     /A VAL 2184 CG2  /A VAL 2081 O     -0.282    3.582
    17541     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O     -0.284    2.944
    17542     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CB    -0.284    4.044
    17543     /A VAL 2057 CG2  /A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    17544     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O     -0.286    2.946
    17545     /A PHE 2099 CB   /A THR 2095 O     -0.288    3.588
    17546     /A ARG 2187 N    /A ARG 2084 O     -0.297    2.957
    17547     /A GLU 2078 OE1  /A ASN 2080 ND2   -0.298    2.958
    17548     /A ASN 2080 CA   /A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    17549     /A ASP 2052 OD2  /A LYS 2055 CE    -0.303    3.603
    17550     /A VAL 2184 CG1  /A VAL 2081 O     -0.309    3.609
    17551     /A ARG 2084 CZ   /A ILE 2025 CG2   -0.310    3.800
    17552     /A LEU 2058 CB   /A LEU 2022 CB    -0.311    4.071
    17553     /A THR 2053 N    /A VAL 2051 O     -0.312    2.972
    17554     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O     -0.315    2.975
    17555     /A ARG 2056 CB   /A LEU 2022 O     -0.318    3.618
    17556     /A PRO 2185 O    /A VAL 2184 CG1   -0.324    3.624
    17557     /A LYS 2074 CA   /A ARG 2063 O     -0.325    3.625
    17558     /A LEU 2058 CG   /A ILE 2060 CG1   -0.329    4.089
    17559     /A ILE 2060 CG1  /A LEU 2058 CD1   -0.330    4.090
    17560     /A LYS 2074 CE   /A GLU 2064 CG    -0.333    4.093
    17561     /A PRO 2102 N    /A LYS 2098 O     -0.335    3.395
    17562     /A GLU 2183 O    /A VAL 2184 CG2   -0.335    3.635
    17563     /A PRO 2083 O    /A THR 2043 N     -0.338    2.998
    17564     /A VAL 2057 O    /A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    17565     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O     -0.344    3.004
    17566     /A ILE 2181 CA   /A ILE 2079 O     -0.346    3.646
    17567     /A PRO 2050 CD   /A MET 2049 CG    -0.347    4.107
    17568     /A LEU 2041 CD2  /A LEU 2040 O     -0.348    3.648
    17569     /A ASP 2048 OD1  /A LYS 2047 C     -0.349    3.379
    17570     /A THR 2095 CB   /A LYS 2091 O     -0.352    3.652
    17571     /A ARG 2084 CG   /A VAL 2081 CG1   -0.355    4.115
    17572     /A ALA 2087 O    /A ILE 2088 CG1   -0.357    3.657
    17573     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 CA    -0.359    3.699
    17574     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NE    -0.359    3.019
    17575     /A PHE 2101 CA   /A LEU 2097 O     -0.360    3.660
    17576     /A THR 2085 CA   /A THR 2043 OG1   -0.361    3.701
    17577     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CG1   -0.366    4.126
    17578     /A VAL 2068 CG2  /A VAL 2073 CG2   -0.370    4.130
    17579     /A ASN 2080 OD1  /A GLU 2078 OE1   -0.371    3.211
    17580     /A PRO 2067 N    /A LYS 2065 O     -0.372    3.432
    17581     /A ALA 2066 O    /A LYS 2065 O     -0.372    3.212
    17582     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O     -0.372    3.032
    17583     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CG1   -0.374    4.014
    17584     /A LYS 2091 O    /A SER 2094 OG    -0.377    2.857
    17585     /A ILE 2181 CG1  /A ILE 2079 CB    -0.377    4.137
    17586     /A THR 2095 O    /A LYS 2098 CB    -0.380    3.680
    17587     /A VAL 2081 CG2  /A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    17588     /A LYS 2065 CD   /A GLU 2075 CD    -0.381    4.141
    17589     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 CA    -0.383    4.143
    17590     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O     -0.384    3.044
    17591     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O     -0.384    3.044
    17592     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CB    -0.386    3.686
    17593     /A PHE 2099 CA   /A MET 2096 O     -0.386    3.686
    17594     /A ARG 2059 CB   /A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    17595     /A ILE 2071 CB   /A VAL 2068 O     -0.390    3.690
    17596     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CG    -0.391    4.151
    17597     /A THR 2043 CB   /A THR 2085 N     -0.393    3.913
    17598     /A ARG 2026 NE   /A LEU 2041 CD2   -0.393    3.913
    17599     /A PHE 2092 CD1  /A MET 2096 CG    -0.394    4.034
    17600     /A THR 2089 CA   /A ILE 2088 CG2   -0.395    4.155
    17601     /A GLU 2078 CA   /A PHE 2061 O     -0.397    3.697
    17602     /A ILE 2025 CD1  /A LEU 2022 CD2   -0.397    4.157
    17603     /A ASN 2080 CB   /A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    17604     /A ILE 2181 CD1  /A ILE 2079 CD1   -0.400    4.160
    17605    
    17606 
    17607  
    17608 248 contacts 
    17609 
    17610 > close #1.1-3
    17611 
    17612 > select /A:2174
    17613 
    17614 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    17615 
    17616 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    17617 
    17618 654 atoms, 665 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    17619 
    17620 > select /A:2174-2205
    17621 
    17622 268 atoms, 273 bonds, 32 residues, 1 model selected 
    17623 
    17624 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    17625 
    17626 654 atoms, 665 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    17627 
    17628 > save
    17629 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/Human_Fly_Superposition_Foldseek_StructuralAnalysis.cxs
    17630 
    17631 ——— End of log from Wed Apr 30 15:52:46 2025 ———
    17632 
    17633 > view name session-start
    17634 
    17635 opened ChimeraX session 
    17636 
    17637 > select add #1
    17638 
    17639 18472 atoms, 18846 bonds, 2300 residues, 1 model selected 
    17640 
    17641 > select subtract #1
    17642 
    17643 Nothing selected 
    17644 
    17645 > select add #1
    17646 
    17647 18472 atoms, 18846 bonds, 2300 residues, 1 model selected 
    17648 
    17649 > hide sel atoms
    17650 
    17651 > select subtract #1
    17652 
    17653 Nothing selected 
    17654 
    17655 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    17656 
    17657 654 atoms, 665 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    17658 
    17659 > show sel atoms
    17660 
    17661 > select subtract /A:2084
    17662 
    17663 643 atoms, 653 bonds, 80 residues, 1 model selected 
    17664 
    17665 > select /A:2115
    17666 
    17667 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    17668 
    17669 > select /A:2114-2115
    17670 
    17671 17 atoms, 16 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    17672 
    17673 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    17674 
    17675 654 atoms, 665 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    17676 
    17677 > select /A:2084
    17678 
    17679 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    17680 
    17681 > select /A:2084
    17682 
    17683 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    17684 
    17685 > color sel orange
    17686 
    17687 > swapaa /A: 2084 ile
    17688 
    17689 Using Dunbrack library 
    17690 /A ARG 2084: phi -131.8, psi 148.9 trans 
    17691 Applying ILE rotamer (chi angles: 60.8 171.9) to /A ILE 2084 
    17692 
    17693 > select /A:2068-2069
    17694 
    17695 11 atoms, 10 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    17696 
    17697 > select /A:2068-2069
    17698 
    17699 11 atoms, 10 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    17700 
    17701 > select /A:2068
    17702 
    17703 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    17704 
    17705 > select /A:2068
    17706 
    17707 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    17708 
    17709 > swapaa /A: 2068 ala
    17710 
    17711 Using Dunbrack library 
    17712 Swapping /A VAL 2068 to ALA 
    17713 
    17714 > color sel gray
    17715 
    17716 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    17717 
    17718 649 atoms, 660 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    17719 
    17720 > ui tool show Clashes
    17721 
    17722 > clashes sel saveFile
    17723 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068A_clashes
    17724 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color #ff0000 reveal
    17725 > true log true
    17726    
    17727    
    17728     Allowed overlap: 0.6
    17729     H-bond overlap reduction: 0.4
    17730     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    17731     Detect intra-residue clashes: True
    17732     Detect intra-molecule clashes: True
    17733    
    17734     5 clashes
    17735          atom1            atom2       overlap  distance
    17736     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CD    1.106    2.414
    17737     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CD1   1.100    2.660
    17738     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    17739     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    17740     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 OE1   0.606    2.694
    17741    
    17742 
    17743  
    17744 5 clashes 
    17745 
    17746 > ui tool show Contacts
    17747 
    17748 > contacts sel saveFile
    17749 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068A_contacts
    17750 > restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true color
    17751 > #00ff00 dashes 4 reveal true log true
    17752    
    17753    
    17754     Allowed overlap: -0.4
    17755     H-bond overlap reduction: 0.4
    17756     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    17757     Detect intra-residue contacts: True
    17758     Detect intra-molecule contacts: True
    17759    
    17760     238 contacts
    17761          atom1            atom2       overlap  distance
    17762     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 NZ    1.106    2.414
    17763     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2185 CB    1.100    2.660
    17764     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD    0.731    2.789
    17765     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 NZ    0.679    1.981
    17766     /A GLU 2044 OE1  /A VAL 2051 CG2   0.606    2.694
    17767     /A ARG 2056 CZ   /A GLU 2021 CD    0.496    2.994
    17768     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 CZ    0.469    2.561
    17769     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 NH1   0.445    2.215
    17770     /A ILE 2045 CD1  /A PRO 2083 CB    0.444    3.316
    17771     /A GLY 2023 O    /A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    17772     /A ILE 2088 CD1  /A ILE 2086 CG2   0.428    3.332
    17773     /A ARG 2026 CG   /A LEU 2041 CD2   0.424    3.336
    17774     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 CD    0.413    3.347
    17775     /A GLU 2044 CD   /A VAL 2051 CG2   0.381    3.379
    17776     /A ILE 2086 CD1  /A ILE 2084 CD1   0.375    3.385
    17777     /A PRO 2185 CG   /A ILE 2045 CD1   0.363    3.397
    17778     /A ILE 2084 CD1  /A ILE 2086 CG1   0.332    3.428
    17779     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CD1   0.291    3.469
    17780     /A PRO 2182 CG   /A ASN 2080 OD1   0.278    3.022
    17781     /A LYS 2074 CD   /A GLU 2064 CG    0.257    3.503
    17782     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CE    0.254    3.506
    17783     /A ILE 2084 CG2  /A ALA 2082 O     0.252    3.048
    17784     /A VAL 2057 CG1  /A ILE 2025 CG2   0.239    3.521
    17785     /A ILE 2088 CG1  /A ILE 2086 CG2   0.228    3.532
    17786     /A GLU 2064 CD   /A LYS 2074 CD    0.227    3.533
    17787     /A LYS 2065 CE   /A GLU 2075 OE2   0.207    3.093
    17788     /A VAL 2186 CG2  /A VAL 2188 CG2   0.205    3.555
    17789     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CE    0.183    3.117
    17790     /A THR 2085 CB   /A THR 2043 OG1   0.178    3.162
    17791     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 CD    0.174    3.346
    17792     /A LYS 2180 O    /A GLU 2078 CA    0.158    3.142
    17793     /A PRO 2182 CD   /A ILE 2079 O     0.140    3.160
    17794     /A ILE 2079 CD1  /A PHE 2077 CE1   0.135    3.505
    17795     /A ARG 2026 NH2  /A GLU 2028 OE1   0.134    2.526
    17796     /A ILE 2084 CD1  /A LEU 2040 CD1   0.128    3.632
    17797     /A ARG 2026 CD   /A LEU 2041 CD2   0.105    3.655
    17798     /A HIS 2076 CD2  /A PHE 2061 CD1   0.105    3.415
    17799     /A HIS 2076 O    /A CYS 2062 CA    0.102    3.198
    17800     /A GLU 2075 OE2  /A ARG 2063 CD    0.098    3.202
    17801     /A GLU 2021 OE1  /A ARG 2056 CZ    0.084    2.946
    17802     /A VAL 2081 CG2  /A LEU 2058 CD1   0.082    3.678
    17803     /A LEU 2040 O    /A ARG 2026 CA    0.078    3.222
    17804     /A ILE 2045 CG1  /A PRO 2083 CB    0.078    3.682
    17805     /A ARG 2056 NE   /A GLU 2021 CD    0.067    3.453
    17806     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 CG    0.056    3.464
    17807     /A PHE 2092 CE1  /A MET 2096 CG    0.050    3.590
    17808     /A GLU 2021 CD   /A ARG 2056 CD    0.039    3.721
    17809     /A ARG 2059 CA   /A LEU 2020 O     0.034    3.266
    17810     /A PRO 2083 CG   /A ILE 2045 CD1   0.030    3.730
    17811     /A GLU 2078 CD   /A ASN 2080 ND2   0.026    3.494
    17812     /A ARG 2056 NH2  /A GLU 2021 CD    0.025    3.495
    17813     /A GLU 2028 OE1  /A ARG 2026 CZ    0.021    3.009
    17814     /A ILE 2071 O    /A PRO 2067 CA    0.021    3.279
    17815     /A LEU 2058 CD1  /A ARG 2059 N     0.020    3.500
    17816     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 CB    0.018    3.322
    17817     /A ILE 2084 CA   /A LEU 2041 O     0.016    3.284
    17818     /A THR 2089 O    /A ILE 2088 CG2   0.013    3.287
    17819     /A ARG 2187 O    /A THR 2085 CA    0.007    3.293
    17820     /A VAL 2073 O    /A GLU 2064 CA    -0.003    3.303
    17821     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CA    -0.004    3.304
    17822     /A PRO 2182 O    /A VAL 2184 CG2   -0.008    3.308
    17823     /A ASN 2024 CA   /A VAL 2057 CG2   -0.009    3.769
    17824     /A LEU 2040 CB   /A MET 2027 CB    -0.012    3.772
    17825     /A ILE 2086 CG1  /A LEU 2040 CD1   -0.013    3.773
    17826     /A THR 2043 CG2  /A THR 2085 OG1   -0.015    3.355
    17827     /A GLU 2064 OE2  /A LYS 2074 NZ    -0.017    2.677
    17828     /A PHE 2092 CB   /A THR 2089 OG1   -0.020    3.360
    17829     /A GLU 2078 O    /A ILE 2060 CA    -0.021    3.321
    17830     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1   -0.022    2.542
    17831     /A GLU 2078 CB   /A HIS 2076 NE2   -0.026    3.546
    17832     /A VAL 2188 CA   /A ILE 2086 O     -0.029    3.329
    17833     /A PHE 2077 CD2  /A CYS 2062 CB    -0.035    3.675
    17834     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 CZ    -0.035    3.675
    17835     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O     -0.038    2.698
    17836     /A ILE 2025 CB   /A LEU 2022 CD2   -0.043    3.803
    17837     /A VAL 2081 CG2  /A ILE 2079 CG2   -0.044    3.804
    17838     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH2   -0.046    2.706
    17839     /A ILE 2084 CG1  /A ILE 2086 CG1   -0.047    3.807
    17840     /A GLU 2021 N    /A LEU 2020 CD2   -0.059    3.579
    17841     /A ALA 2082 CB   /A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    17842     /A LYS 2074 CD   /A CYS 2062 SG    -0.062    3.712
    17843     /A GLU 2075 OE1  /A LYS 2065 CE    -0.063    3.363
    17844     /A VAL 2186 CA   /A ILE 2084 O     -0.066    3.366
    17845     /A LEU 2041 CG   /A LEU 2040 O     -0.082    3.382
    17846     /A THR 2085 O    /A LEU 2040 CA    -0.082    3.382
    17847     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O     -0.084    2.744
    17848     /A LEU 2040 CD2  /A ILE 2025 CG1   -0.085    3.845
    17849     /A PRO 2083 CB   /A THR 2043 O     -0.088    3.388
    17850     /A LEU 2097 CB   /A TYR 2093 O     -0.088    3.388
    17851     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O     -0.089    2.749
    17852     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    17853     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O     -0.094    2.754
    17854     /A ALA 2082 O    /A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    17855     /A CYS 2100 CB   /A PHE 2101 CD2   -0.097    3.737
    17856     /A ILE 2079 CG1  /A PHE 2077 CE1   -0.099    3.739
    17857     /A LEU 2058 CD1  /A ASN 2080 O     -0.101    3.401
    17858     /A MET 2096 CG   /A PHE 2092 O     -0.113    3.413
    17859     /A PHE 2077 CA   /A PHE 2061 O     -0.119    3.419
    17860     /A PRO 2185 CA   /A ILE 2045 CD1   -0.122    3.882
    17861     /A PHE 2077 CE2  /A ILE 2060 CG2   -0.123    3.763
    17862     /A LYS 2055 CG   /A ASP 2052 CB    -0.124    3.884
    17863     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O     -0.127    2.787
    17864     /A VAL 2186 CG1  /A ILE 2084 CG1   -0.127    3.887
    17865     /A PRO 2102 CA   /A LYS 2098 O     -0.129    3.429
    17866     /A GLU 2064 OE1  /A LYS 2074 CD    -0.133    3.433
    17867     /A PRO 2067 CB   /A ILE 2071 O     -0.134    3.434
    17868     /A PHE 2061 CE1  /A HIS 2076 CD2   -0.135    3.655
    17869     /A GLN 2046 CG   /A ILE 2045 O     -0.144    3.444
    17870     /A ILE 2079 CG2  /A LEU 2058 CD1   -0.148    3.908
    17871     /A HIS 2054 N    /A ASP 2052 O     -0.150    2.810
    17872     /A MET 2096 CB   /A PHE 2092 O     -0.151    3.451
    17873     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    17874     /A VAL 2081 CA   /A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    17875     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O     -0.157    2.817
    17876     /A ILE 2084 CG2  /A PRO 2083 O     -0.157    3.457
    17877     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O     -0.157    2.817
    17878     /A PRO 2102 CD   /A CYS 2100 C     -0.161    3.651
    17879     /A LEU 2058 O    /A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    17880     /A ASN 2080 O    /A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    17881     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 CG    -0.172    3.692
    17882     /A SER 2094 N    /A TYR 2093 CD1   -0.174    3.574
    17883     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O     -0.178    2.838
    17884     /A ARG 2056 CA   /A LEU 2022 O     -0.178    3.478
    17885     /A GLU 2044 O    /A THR 2043 CG2   -0.184    3.484
    17886     /A PHE 2099 CD1  /A PHE 2099 O     -0.185    3.365
    17887     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 OG1   -0.187    3.527
    17888     /A MET 2096 O    /A PHE 2099 CB    -0.189    3.489
    17889     /A GLU 2064 CG   /A CYS 2062 SG    -0.190    3.840
    17890     /A GLU 2075 CA   /A ARG 2063 O     -0.194    3.494
    17891     /A ILE 2060 O    /A LEU 2020 N     -0.197    2.857
    17892     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    17893     /A ALA 2042 CB   /A VAL 2057 CG2   -0.199    3.959
    17894     /A PRO 2185 CD   /A VAL 2184 CG1   -0.201    3.961
    17895     /A VAL 2186 CG1  /A PRO 2185 O     -0.201    3.501
    17896     /A LEU 2041 CD2  /A ARG 2026 CB    -0.205    3.965
    17897     /A GLU 2075 CB   /A ARG 2063 O     -0.208    3.508
    17898     /A GLU 2028 CD   /A ARG 2026 NH2   -0.208    3.728
    17899     /A ILE 2181 CG2  /A ILE 2079 O     -0.210    3.510
    17900     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NH1   -0.211    2.871
    17901     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    17902     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1   -0.212    2.872
    17903     /A VAL 2081 CB   /A VAL 2184 CG2   -0.212    3.972
    17904     /A GLU 2021 CG   /A LEU 2020 O     -0.213    3.513
    17905     /A LEU 2058 CD2  /A ILE 2060 CD1   -0.214    3.974
    17906     /A VAL 2051 CG2  /A GLU 2044 CG    -0.214    3.974
    17907     /A PRO 2182 CD   /A ASN 2080 OD1   -0.215    3.515
    17908     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O     -0.215    2.875
    17909     /A ILE 2025 N    /A ASN 2024 OD1   -0.218    2.878
    17910     /A VAL 2186 CG1  /A VAL 2184 CG1   -0.219    3.979
    17911     /A LEU 2020 CD2  /A LEU 2020 O     -0.220    3.520
    17912     /A LYS 2055 CE   /A ASP 2052 CB    -0.234    3.994
    17913     /A ILE 2084 CB   /A LEU 2041 O     -0.237    3.537
    17914     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CD1   -0.241    3.881
    17915     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O     -0.242    2.902
    17916     /A CYS 2100 N    /A PHE 2099 CD1   -0.243    3.643
    17917     /A ILE 2181 CG1  /A LYS 2180 O     -0.245    3.545
    17918     /A CYS 2062 SG   /A PHE 2077 CD2   -0.245    3.775
    17919     /A VAL 2057 CB   /A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    17920     /A PHE 2101 CD2  /A CYS 2100 C     -0.249    3.619
    17921     /A ILE 2086 CD1  /A ILE 2084 CG1   -0.249    4.009
    17922     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    17923     /A ILE 2084 CG2  /A VAL 2081 CG1   -0.257    4.017
    17924     /A LYS 2090 O    /A TYR 2093 CB    -0.258    3.558
    17925     /A LYS 2098 CB   /A SER 2094 O     -0.260    3.560
    17926     /A PHE 2101 CE2  /A CYS 2100 CB    -0.261    3.901
    17927     /A THR 2089 O    /A TYR 2093 CB    -0.263    3.563
    17928     /A GLU 2075 CD   /A ARG 2063 CD    -0.263    4.023
    17929     /A VAL 2188 CG2  /A VAL 2186 CB    -0.264    4.024
    17930     /A TYR 2093 CB   /A ILE 2088 CG2   -0.269    4.029
    17931     /A PHE 2101 CB   /A LEU 2097 O     -0.271    3.571
    17932     /A PRO 2182 O    /A ILE 2181 O     -0.272    3.112
    17933     /A ILE 2079 CA   /A ARG 2059 O     -0.274    3.574
    17934     /A LYS 2055 CD   /A ASP 2052 CB    -0.274    4.034
    17935     /A GLU 2078 CG   /A LYS 2180 O     -0.275    3.575
    17936     /A ASN 2024 O    /A LEU 2022 CG    -0.276    3.576
    17937     /A PHE 2092 CZ   /A MET 2027 SD    -0.281    3.811
    17938     /A VAL 2184 CG2  /A VAL 2081 O     -0.282    3.582
    17939     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O     -0.284    2.944
    17940     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CB    -0.284    4.044
    17941     /A VAL 2057 CG2  /A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    17942     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O     -0.286    2.946
    17943     /A PHE 2099 CB   /A THR 2095 O     -0.288    3.588
    17944     /A ARG 2187 N    /A ILE 2084 O     -0.297    2.957
    17945     /A GLU 2078 OE1  /A ASN 2080 ND2   -0.298    2.958
    17946     /A ASN 2080 CA   /A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    17947     /A ASP 2052 OD2  /A LYS 2055 CE    -0.303    3.603
    17948     /A VAL 2184 CG1  /A VAL 2081 O     -0.309    3.609
    17949     /A LEU 2058 CB   /A LEU 2022 CB    -0.311    4.071
    17950     /A THR 2053 N    /A VAL 2051 O     -0.312    2.972
    17951     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O     -0.315    2.975
    17952     /A ARG 2056 CB   /A LEU 2022 O     -0.318    3.618
    17953     /A PRO 2185 O    /A VAL 2184 CG1   -0.324    3.624
    17954     /A LYS 2074 CA   /A ARG 2063 O     -0.325    3.625
    17955     /A LEU 2058 CG   /A ILE 2060 CG1   -0.329    4.089
    17956     /A ILE 2060 CG1  /A LEU 2058 CD1   -0.330    4.090
    17957     /A LYS 2074 CE   /A GLU 2064 CG    -0.333    4.093
    17958     /A PRO 2102 N    /A LYS 2098 O     -0.335    3.395
    17959     /A GLU 2183 O    /A VAL 2184 CG2   -0.335    3.635
    17960     /A PRO 2083 O    /A THR 2043 N     -0.338    2.998
    17961     /A VAL 2057 O    /A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    17962     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O     -0.344    3.004
    17963     /A ILE 2181 CA   /A ILE 2079 O     -0.346    3.646
    17964     /A PRO 2050 CD   /A MET 2049 CG    -0.347    4.107
    17965     /A LEU 2041 CD2  /A LEU 2040 O     -0.348    3.648
    17966     /A ASP 2048 OD1  /A LYS 2047 C     -0.349    3.379
    17967     /A THR 2095 CB   /A LYS 2091 O     -0.352    3.652
    17968     /A ALA 2087 O    /A ILE 2088 CG1   -0.357    3.657
    17969     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 CA    -0.359    3.699
    17970     /A GLU 2021 OE2  /A ARG 2056 NE    -0.359    3.019
    17971     /A PHE 2101 CA   /A LEU 2097 O     -0.360    3.660
    17972     /A THR 2085 CA   /A THR 2043 OG1   -0.361    3.701
    17973     /A PRO 2185 CB   /A ILE 2045 CG1   -0.366    4.126
    17974     /A ASN 2080 OD1  /A GLU 2078 OE1   -0.371    3.211
    17975     /A PRO 2067 N    /A LYS 2065 O     -0.372    3.432
    17976     /A ALA 2066 O    /A LYS 2065 O     -0.372    3.212
    17977     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O     -0.372    3.032
    17978     /A PHE 2077 CZ   /A ILE 2079 CG1   -0.374    4.014
    17979     /A LYS 2091 O    /A SER 2094 OG    -0.377    2.857
    17980     /A ILE 2181 CG1  /A ILE 2079 CB    -0.377    4.137
    17981     /A THR 2095 O    /A LYS 2098 CB    -0.380    3.680
    17982     /A VAL 2081 CG2  /A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    17983     /A LYS 2065 CD   /A GLU 2075 CD    -0.381    4.141
    17984     /A ARG 2187 CB   /A THR 2085 CA    -0.383    4.143
    17985     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O     -0.384    3.044
    17986     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O     -0.384    3.044
    17987     /A PRO 2185 O    /A PRO 2083 CB    -0.386    3.686
    17988     /A PHE 2099 CA   /A MET 2096 O     -0.386    3.686
    17989     /A ARG 2059 CB   /A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    17990     /A ILE 2071 CB   /A ALA 2068 O     -0.390    3.690
    17991     /A ARG 2056 CD   /A GLU 2021 CG    -0.391    4.151
    17992     /A THR 2043 CB   /A THR 2085 N     -0.393    3.913
    17993     /A ARG 2026 NE   /A LEU 2041 CD2   -0.393    3.913
    17994     /A PHE 2092 CD1  /A MET 2096 CG    -0.394    4.034
    17995     /A THR 2089 CA   /A ILE 2088 CG2   -0.395    4.155
    17996     /A GLU 2078 CA   /A PHE 2061 O     -0.397    3.697
    17997     /A ILE 2025 CD1  /A LEU 2022 CD2   -0.397    4.157
    17998     /A ASN 2080 CB   /A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    17999     /A ILE 2181 CD1  /A ILE 2079 CD1   -0.400    4.160
    18000    
    18001 
    18002  
    18003 238 contacts 
    18004 
    18005 > select /A:2270-2300
    18006 
    18007 247 atoms, 249 bonds, 31 residues, 1 model selected 
    18008 
    18009 > select /A:2270-2300
    18010 
    18011 247 atoms, 249 bonds, 31 residues, 1 model selected 
    18012 
    18013 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    18014 
    18015 649 atoms, 660 bonds, 243 pseudobonds, 81 residues, 3 models selected 
    18016 
    18017 > ui tool show H-Bonds
    18018 
    18019 > hbonds sel saveFile
    18020 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/OrangeOnly/orange_V2068A_hbonds
    18021 > color #aa00ff dashes 4 restrict both select true reveal true log true
    18022    
    18023    
    18024     Finding intermodel H-bonds
    18025     Finding intramodel H-bonds
    18026     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    18027     Models used:
    18028         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    18029    
    18030     48 H-bonds
    18031     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    18032     /A LEU 2020 N    /A ILE 2060 O    no hydrogen  2.857  N/A
    18033     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O    no hydrogen  2.913  N/A
    18034     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O    no hydrogen  2.902  N/A
    18035     /A LEU 2040 N    /A MET 2027 O    no hydrogen  3.331  N/A
    18036     /A LEU 2041 N    /A THR 2085 O    no hydrogen  3.063  N/A
    18037     /A THR 2043 N    /A PRO 2083 O    no hydrogen  2.998  N/A
    18038     /A THR 2043 OG1  /A LEU 2041 O    no hydrogen  3.223  N/A
    18039     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    18040     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O    no hydrogen  3.044  N/A
    18041     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  2.815  N/A
    18042     /A LEU 2058 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  3.346  N/A
    18043     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O    no hydrogen  2.872  N/A
    18044     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O    no hydrogen  2.817  N/A
    18045     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O    no hydrogen  2.838  N/A
    18046     /A CYS 2062 SG   /A HIS 2076 O    no hydrogen  3.931  N/A
    18047     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O    no hydrogen  2.754  N/A
    18048     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O    no hydrogen  2.875  N/A
    18049     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1  no hydrogen  2.872  N/A
    18050     /A ALA 2068 N    /A ILE 2071 O    no hydrogen  3.122  N/A
    18051     /A ILE 2071 N    /A ALA 2068 O    no hydrogen  3.161  N/A
    18052     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 OE1  no hydrogen  1.981  N/A
    18053     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  2.698  N/A
    18054     /A HIS 2076 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  3.251  N/A
    18055     /A HIS 2076 NE2  /A GLU 2078 OE2  no hydrogen  3.168  N/A
    18056     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O    no hydrogen  2.744  N/A
    18057     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O    no hydrogen  3.044  N/A
    18058     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O    no hydrogen  2.752  N/A
    18059     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 OE1  no hydrogen  2.958  N/A
    18060     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O    no hydrogen  2.859  N/A
    18061     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O    no hydrogen  2.749  N/A
    18062     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    18063     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O    no hydrogen  2.787  N/A
    18064     /A PHE 2092 N    /A THR 2089 OG1  no hydrogen  3.214  N/A
    18065     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O    no hydrogen  3.032  N/A
    18066     /A SER 2094 N    /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.087  N/A
    18067     /A SER 2094 OG   /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.475  N/A
    18068     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 O    no hydrogen  2.857  N/A
    18069     /A THR 2095 N    /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.066  N/A
    18070     /A THR 2095 OG1  /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.063  N/A
    18071     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O    no hydrogen  2.946  N/A
    18072     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O    no hydrogen  2.944  N/A
    18073     /A LYS 2098 N    /A SER 2094 O    no hydrogen  3.125  N/A
    18074     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O    no hydrogen  3.004  N/A
    18075     /A CYS 2100 N    /A MET 2096 O    no hydrogen  3.088  N/A
    18076     /A CYS 2100 SG   /A MET 2096 O    no hydrogen  3.546  N/A
    18077     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O    no hydrogen  2.975  N/A
    18078     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O    no hydrogen  2.817  N/A
    18079     /A ARG 2187 N    /A ILE 2084 O    no hydrogen  2.957  N/A
    18080    
    18081 
    18082  
    18083 48 hydrogen bonds found 
    18084 
    18085 > save
    18086 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/Human_Fly_Superposition_Foldseek_StructuralAnalysis.cxs
    18087 
    18088 ——— End of log from Fri May 2 10:11:43 2025 ———
    18089 
    18090 > view name session-start
    18091 
    18092 opened ChimeraX session 
    18093 
    18094 > close #1.1-3
    18095 
    18096 > select /A:2198
    18097 
    18098 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18099 
    18100 > select /A:2198-2239
    18101 
    18102 348 atoms, 356 bonds, 42 residues, 1 model selected 
    18103 
    18104 > select /A:2198-2199
    18105 
    18106 17 atoms, 16 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    18107 
    18108 > select /A:2198-2238
    18109 
    18110 343 atoms, 351 bonds, 41 residues, 1 model selected 
    18111 
    18112 > color sel purple
    18113 
    18114 > select add #1
    18115 
    18116 18467 atoms, 18841 bonds, 2300 residues, 1 model selected 
    18117 
    18118 > hide sel atoms
    18119 
    18120 > select /A:2081
    18121 
    18122 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18123 
    18124 > select /A:2081
    18125 
    18126 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18127 
    18128 > select /A:2058
    18129 
    18130 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18131 
    18132 > select /A:2058
    18133 
    18134 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18135 
    18136 > select /A:2058,2081
    18137 
    18138 15 atoms, 13 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    18139 
    18140 > show sel atoms
    18141 
    18142 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    18143 
    18144 649 atoms, 660 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    18145 
    18146 > show sel atoms
    18147 
    18148 > hide sel atoms
    18149 
    18150 > save
    18151 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/Human_Fly_Superposition_Foldseek_StructuralAnalysis.cxs
    18152 
    18153 > select /A:1977
    18154 
    18155 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18156 
    18157 > select /A:1977-2003
    18158 
    18159 212 atoms, 214 bonds, 27 residues, 1 model selected 
    18160 
    18161 > color sel cornflower blue
    18162 
    18163 > select /A:1976
    18164 
    18165 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18166 
    18167 > select /A:1741-1976
    18168 
    18169 1886 atoms, 1914 bonds, 236 residues, 1 model selected 
    18170 
    18171 > hide sel cartoons
    18172 
    18173 > select /A:1740
    18174 
    18175 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18176 
    18177 > select /A:1291-1740
    18178 
    18179 3589 atoms, 3663 bonds, 450 residues, 1 model selected 
    18180 
    18181 > hide sel cartoons
    18182 
    18183 > select /A:1290
    18184 
    18185 11 atoms, 11 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18186 
    18187 > select /A:963-1290
    18188 
    18189 2634 atoms, 2702 bonds, 328 residues, 1 model selected 
    18190 
    18191 > hide sel cartoons
    18192 
    18193 > select /A:962
    18194 
    18195 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18196 
    18197 > select /A:541-962
    18198 
    18199 3403 atoms, 3476 bonds, 422 residues, 1 model selected 
    18200 
    18201 > hide sel cartoons
    18202 
    18203 > select /A:540
    18204 
    18205 6 atoms, 5 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18206 
    18207 > select /A:1-540
    18208 
    18209 4362 atoms, 4446 bonds, 540 residues, 1 model selected 
    18210 
    18211 > hide sel cartoons
    18212 
    18213 [Repeated 1 time(s)]
    18214 
    18215 > ui windowfill toggle
    18216 
    18217 [Repeated 1 time(s)]
    18218 
    18219 > select /A:2004
    18220 
    18221 11 atoms, 11 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18222 
    18223 > select /A:2004-2018
    18224 
    18225 125 atoms, 127 bonds, 15 residues, 1 model selected 
    18226 
    18227 > select /A:2239
    18228 
    18229 5 atoms, 4 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18230 
    18231 > select /A:2239-2300
    18232 
    18233 490 atoms, 496 bonds, 62 residues, 1 model selected 
    18234 
    18235 > hide sel cartoons
    18236 
    18237 > select /A:2056
    18238 
    18239 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18240 
    18241 > select /A:2056-2102
    18242 
    18243 377 atoms, 386 bonds, 47 residues, 1 model selected 
    18244 
    18245 > color sel orange
    18246 
    18247 > save
    18248 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/Human_Fly_Superposition_Foldseek_StructuralAnalysis.cxs
    18249 
    18250 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    18251 
    18252 649 atoms, 660 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    18253 
    18254 > save
    18255 > C:/Users/emirm/Desktop/Fly/Chimera_WorkingFolder/Contacts_Modeling_Chimera/Human_Fly_Superposition_Foldseek_StructuralAnalysis.cxs
    18256 
    18257 ——— End of log from Fri Jul 25 15:41:25 2025 ———
    18258 
    18259 > view name session-start
    18260 
    18261 opened ChimeraX session 
    18262 
    18263 > ui windowfill toggle
    18264 
    18265 > select clear
    18266 
    18267 > ui mousemode right select
    18268 
    18269 Drag select of 269 residues 
    18270 
    18271 > cartoon style sel xsection oval modeHelix default
    18272 
    18273 > cartoon style (sel & coil) xsection oval
    18274 
    18275 > cartoon style sel xsection barbell modeHelix default
    18276 
    18277 > cartoon style sel xsection oval modeHelix default
    18278 
    18279 > ui windowfill toggle
    18280 
    18281 > select clear
    18282 
    18283 > select /A:2208
    18284 
    18285 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18286 
    18287 > select /A:2208-2209
    18288 
    18289 15 atoms, 15 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    18290 
    18291 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    18292 
    18293 649 atoms, 660 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    18294 
    18295 > select /A:2208-2209
    18296 
    18297 15 atoms, 15 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    18298 
    18299 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    18300 
    18301 649 atoms, 660 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    18302 
    18303 > ui windowfill toggle
    18304 
    18305 [Repeated 1 time(s)]
    18306 
    18307 > select /A:2229-2230
    18308 
    18309 13 atoms, 12 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    18310 
    18311 > select /A:2229-2233
    18312 
    18313 41 atoms, 40 bonds, 5 residues, 1 model selected 
    18314 
    18315 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    18316 
    18317 649 atoms, 660 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    18318 
    18319 > ui tool show H-Bonds
    18320 
    18321 > hbonds sel color #00ff00 dashes 4 restrict both select true reveal true log
    18322 > true
    18323    
    18324    
    18325     Finding intermodel H-bonds
    18326     Finding intramodel H-bonds
    18327     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    18328     Models used:
    18329         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    18330    
    18331     48 H-bonds
    18332     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    18333     /A LEU 2020 N    /A ILE 2060 O    no hydrogen  2.857  N/A
    18334     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O    no hydrogen  2.913  N/A
    18335     /A MET 2027 N    /A LEU 2040 O    no hydrogen  2.902  N/A
    18336     /A LEU 2040 N    /A MET 2027 O    no hydrogen  3.331  N/A
    18337     /A LEU 2041 N    /A THR 2085 O    no hydrogen  3.063  N/A
    18338     /A THR 2043 N    /A PRO 2083 O    no hydrogen  2.998  N/A
    18339     /A THR 2043 OG1  /A LEU 2041 O    no hydrogen  3.223  N/A
    18340     /A THR 2043 OG1  /A THR 2085 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    18341     /A LYS 2055 N    /A ASP 2052 O    no hydrogen  3.044  N/A
    18342     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  2.815  N/A
    18343     /A LEU 2058 N    /A LEU 2022 O    no hydrogen  3.346  N/A
    18344     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O    no hydrogen  2.872  N/A
    18345     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O    no hydrogen  2.817  N/A
    18346     /A PHE 2061 N    /A GLU 2078 O    no hydrogen  2.838  N/A
    18347     /A CYS 2062 SG   /A HIS 2076 O    no hydrogen  3.931  N/A
    18348     /A ARG 2063 N    /A HIS 2076 O    no hydrogen  2.754  N/A
    18349     /A LYS 2065 N    /A VAL 2073 O    no hydrogen  2.875  N/A
    18350     /A LYS 2065 NZ   /A GLU 2075 OE1  no hydrogen  2.872  N/A
    18351     /A ALA 2068 N    /A ILE 2071 O    no hydrogen  3.122  N/A
    18352     /A ILE 2071 N    /A ALA 2068 O    no hydrogen  3.161  N/A
    18353     /A LYS 2074 NZ   /A GLU 2064 OE1  no hydrogen  1.981  N/A
    18354     /A GLU 2075 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  2.698  N/A
    18355     /A HIS 2076 N    /A ARG 2063 O    no hydrogen  3.251  N/A
    18356     /A HIS 2076 NE2  /A GLU 2078 OE2  no hydrogen  3.168  N/A
    18357     /A GLU 2078 N    /A PHE 2061 O    no hydrogen  2.744  N/A
    18358     /A ILE 2079 N    /A LYS 2180 O    no hydrogen  3.044  N/A
    18359     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O    no hydrogen  2.752  N/A
    18360     /A ASN 2080 ND2  /A GLU 2078 OE1  no hydrogen  2.958  N/A
    18361     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O    no hydrogen  2.859  N/A
    18362     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O    no hydrogen  2.749  N/A
    18363     /A THR 2085 OG1  /A THR 2043 OG1  no hydrogen  2.542  N/A
    18364     /A ILE 2086 N    /A ARG 2187 O    no hydrogen  2.787  N/A
    18365     /A PHE 2092 N    /A THR 2089 OG1  no hydrogen  3.214  N/A
    18366     /A TYR 2093 N    /A THR 2089 O    no hydrogen  3.032  N/A
    18367     /A SER 2094 N    /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.087  N/A
    18368     /A SER 2094 OG   /A LYS 2090 O    no hydrogen  3.475  N/A
    18369     /A SER 2094 OG   /A LYS 2091 O    no hydrogen  2.857  N/A
    18370     /A THR 2095 N    /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.066  N/A
    18371     /A THR 2095 OG1  /A LYS 2091 O    no hydrogen  3.063  N/A
    18372     /A MET 2096 N    /A PHE 2092 O    no hydrogen  2.946  N/A
    18373     /A LEU 2097 N    /A TYR 2093 O    no hydrogen  2.944  N/A
    18374     /A LYS 2098 N    /A SER 2094 O    no hydrogen  3.125  N/A
    18375     /A PHE 2099 N    /A THR 2095 O    no hydrogen  3.004  N/A
    18376     /A CYS 2100 N    /A MET 2096 O    no hydrogen  3.088  N/A
    18377     /A CYS 2100 SG   /A MET 2096 O    no hydrogen  3.546  N/A
    18378     /A PHE 2101 N    /A LEU 2097 O    no hydrogen  2.975  N/A
    18379     /A LYS 2180 N    /A PHE 2077 O    no hydrogen  2.817  N/A
    18380     /A ARG 2187 N    /A ILE 2084 O    no hydrogen  2.957  N/A
    18381    
    18382 
    18383  
    18384 48 hydrogen bonds found 
    18385 
    18386 > ui windowfill toggle
    18387 
    18388 [Repeated 1 time(s)]
    18389 
    18390 > close #1.1
    18391 
    18392 > select /A:2244
    18393 
    18394 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18395 
    18396 > select /A:2244-2245
    18397 
    18398 18 atoms, 18 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    18399 
    18400 > select /A:2020-2028,2040-2102,2180-2188
    18401 
    18402 649 atoms, 660 bonds, 81 residues, 1 model selected 
    18403 
    18404 > select /A:2180
    18405 
    18406 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18407 
    18408 > select /A:2180-2188
    18409 
    18410 72 atoms, 73 bonds, 9 residues, 1 model selected 
    18411 
    18412 > select /A:2020
    18413 
    18414 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18415 
    18416 > select /A:2020-2028
    18417 
    18418 73 atoms, 72 bonds, 9 residues, 1 model selected 
    18419 
    18420 > select /A:1977-1978
    18421 
    18422 17 atoms, 16 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    18423 
    18424 > select /A:1977-1980
    18425 
    18426 34 atoms, 34 bonds, 4 residues, 1 model selected 
    18427 
    18428 > select /A:1977
    18429 
    18430 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18431 
    18432 > select /A:1977-1994
    18433 
    18434 153 atoms, 155 bonds, 18 residues, 1 model selected 
    18435 
    18436 > select /A:1977
    18437 
    18438 9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18439 
    18440 > select /A:1977-2003
    18441 
    18442 212 atoms, 214 bonds, 27 residues, 1 model selected 
    18443 
    18444 > ui windowfill toggle
    18445 
    18446 > select /A:2059
    18447 
    18448 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18449 
    18450 > select /A:2058
    18451 
    18452 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18453 
    18454 > color sel cyan
    18455 
    18456 > color sel black
    18457 
    18458 > color sel lime
    18459 
    18460 > select clear
    18461 
    18462 > select /A:2058
    18463 
    18464 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18465 
    18466 > color sel red
    18467 
    18468 > select clear
    18469 
    18470 > select /A:2081
    18471 
    18472 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18473 
    18474 > color sel red
    18475 
    18476 > select clear
    18477 
    18478 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/ZoomedOut.tif width 1280 height 491
    18479 > supersample 3
    18480 
    18481 Drag select of 67 atoms, 262 residues, 54 bonds 
    18482 
    18483 > show sel surfaces
    18484 
    18485 > transparency (#!1 & sel) 70
    18486 
    18487 > select clear
    18488 
    18489 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/ZoomedOutSurface.tif width 1280 height
    18490 > 491 supersample 3
    18491 
    18492 Drag select of fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES surface,
    18493 303175 of 2695328 triangles, 67 atoms, 262 residues, 54 bonds 
    18494 
    18495 > hide sel surfaces
    18496 
    18497 > ui windowfill toggle
    18498 
    18499 > select clear
    18500 
    18501 > ui windowfill toggle
    18502 
    18503 > select clear
    18504 
    18505 [Repeated 1 time(s)]
    18506 
    18507 > select /A:2081
    18508 
    18509 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18510 
    18511 > color (#!1 & sel) orange
    18512 
    18513 > select clear
    18514 
    18515 > ui windowfill toggle
    18516 
    18517 [Repeated 1 time(s)]
    18518 
    18519 > select /A:2058
    18520 
    18521 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18522 
    18523 > select /A:2057
    18524 
    18525 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18526 
    18527 > select add /A:2056
    18528 
    18529 18 atoms, 16 bonds, 2 residues, 2 models selected 
    18530 
    18531 > select add /A:2058
    18532 
    18533 26 atoms, 23 bonds, 3 residues, 2 models selected 
    18534 
    18535 > select add /A:2059
    18536 
    18537 37 atoms, 33 bonds, 4 residues, 2 models selected 
    18538 
    18539 > select add /A:2060
    18540 
    18541 45 atoms, 40 bonds, 5 residues, 2 models selected 
    18542 
    18543 > select add /A:2079
    18544 
    18545 53 atoms, 47 bonds, 6 residues, 2 models selected 
    18546 
    18547 > select add /A:2080
    18548 
    18549 61 atoms, 54 bonds, 7 residues, 2 models selected 
    18550 
    18551 > select add /A:2081
    18552 
    18553 68 atoms, 60 bonds, 8 residues, 2 models selected 
    18554 Drag select of 67 atoms, 262 residues, 54 bonds 
    18555 
    18556 > hide sel atoms
    18557 
    18558 > select /A:2081
    18559 
    18560 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18561 
    18562 > color (#!1 & sel) orange
    18563 
    18564 > color (#!1 & sel) red
    18565 
    18566 > select clear
    18567 
    18568 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/ZoomedOut.tif width 1280 height 491
    18569 > supersample 3
    18570 
    18571 Drag select of 262 residues 
    18572 
    18573 > show sel surfaces
    18574 
    18575 > select clear
    18576 
    18577 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/ZoomedOutSurface.tif width 1280 height
    18578 > 491 supersample 3
    18579 
    18580 Drag select of fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif_A SES surface,
    18581 301155 of 2695328 triangles, 262 residues 
    18582 
    18583 > hide sel surfaces
    18584 
    18585 > select clear
    18586 
    18587 > select /A:2081
    18588 
    18589 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18590 
    18591 > color (#!1 & sel) orange red
    18592 
    18593 > color (#!1 & sel) orange
    18594 
    18595 > select clear
    18596 
    18597 > select /A:2056
    18598 
    18599 11 atoms, 10 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18600 
    18601 > select /A:2057
    18602 
    18603 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18604 
    18605 > select add /A:2056
    18606 
    18607 18 atoms, 16 bonds, 2 residues, 2 models selected 
    18608 
    18609 > select add /A:2058
    18610 
    18611 26 atoms, 23 bonds, 3 residues, 2 models selected 
    18612 
    18613 > select add /A:2059
    18614 
    18615 37 atoms, 33 bonds, 4 residues, 2 models selected 
    18616 
    18617 > select add /A:2060
    18618 
    18619 45 atoms, 40 bonds, 5 residues, 2 models selected 
    18620 
    18621 > select add /A:2079
    18622 
    18623 53 atoms, 47 bonds, 6 residues, 2 models selected 
    18624 
    18625 > select add /A:2080
    18626 
    18627 61 atoms, 54 bonds, 7 residues, 2 models selected 
    18628 
    18629 > select add /A:2081
    18630 
    18631 68 atoms, 60 bonds, 8 residues, 2 models selected 
    18632 
    18633 > select add /A:2082
    18634 
    18635 73 atoms, 64 bonds, 9 residues, 2 models selected 
    18636 
    18637 > select add /A:2083
    18638 
    18639 80 atoms, 71 bonds, 10 residues, 2 models selected 
    18640 
    18641 > select add /A:2020
    18642 
    18643 88 atoms, 78 bonds, 11 residues, 2 models selected 
    18644 
    18645 > select add /A:2021
    18646 
    18647 97 atoms, 86 bonds, 12 residues, 2 models selected 
    18648 
    18649 > select add /A:2022
    18650 
    18651 105 atoms, 93 bonds, 13 residues, 2 models selected 
    18652 
    18653 > select add /A:2023
    18654 
    18655 109 atoms, 96 bonds, 14 residues, 2 models selected 
    18656 
    18657 > select add /A:2042
    18658 
    18659 114 atoms, 100 bonds, 15 residues, 2 models selected 
    18660 
    18661 > select add /A:2041
    18662 
    18663 122 atoms, 107 bonds, 16 residues, 2 models selected 
    18664 
    18665 > select add /A:2084
    18666 
    18667 130 atoms, 114 bonds, 17 residues, 2 models selected 
    18668 
    18669 > select add /A:2085
    18670 
    18671 137 atoms, 120 bonds, 18 residues, 2 models selected 
    18672 
    18673 > select add /A:2024
    18674 
    18675 145 atoms, 127 bonds, 19 residues, 2 models selected 
    18676 
    18677 > select add /A:2025
    18678 
    18679 153 atoms, 134 bonds, 20 residues, 2 models selected 
    18680 
    18681 > select add /A:2026
    18682 
    18683 164 atoms, 144 bonds, 21 residues, 2 models selected 
    18684 
    18685 > ui windowfill toggle
    18686 
    18687 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    18688 
    18689 164 atoms, 161 bonds, 21 residues, 1 model selected 
    18690 
    18691 > ui tool show Clashes
    18692 
    18693 > clashes sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color
    18694 > #ff0000 reveal true log true
    18695    
    18696    
    18697     Allowed overlap: 0.6
    18698     H-bond overlap reduction: 0.4
    18699     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    18700     Detect intra-residue clashes: True
    18701     Detect intra-molecule clashes: True
    18702    
    18703     1 clashes
    18704          atom1           atom2       overlap  distance
    18705     /A ARG 2056 NH1  /A GLU 2021 CD   0.731    2.789
    18706    
    18707 
    18708  
    18709 1 clashes 
    18710 
    18711 > hide #1.1 models
    18712 
    18713 > hide #1.2 models
    18714 
    18715 > show #1.2 models
    18716 
    18717 > select add #1.2
    18718 
    18719 164 atoms, 161 bonds, 1 pseudobond, 21 residues, 3 models selected 
    18720 
    18721 > select subtract #1.2
    18722 
    18723 164 atoms, 161 bonds, 21 residues, 2 models selected 
    18724 
    18725 > show #1.1 models
    18726 
    18727 > select subtract #1.1
    18728 
    18729 1 model selected 
    18730 
    18731 > select add #1.1
    18732 
    18733 18467 atoms, 2300 residues, 1 model selected 
    18734 
    18735 > select subtract #1.1
    18736 
    18737 1 model selected 
    18738 
    18739 > hide #1.2 models
    18740 
    18741 > show #1.2 models
    18742 
    18743 > hide #1.2 models
    18744 
    18745 > show #1.2 models
    18746 
    18747 > close #1.1-2
    18748 
    18749 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    18750 
    18751 164 atoms, 161 bonds, 21 residues, 1 model selected 
    18752 
    18753 > select subtract /A:2021
    18754 
    18755 155 atoms, 151 bonds, 20 residues, 1 model selected 
    18756 
    18757 > select subtract /A:2022
    18758 
    18759 147 atoms, 143 bonds, 19 residues, 1 model selected 
    18760 
    18761 > select /A:2058
    18762 
    18763 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18764 
    18765 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    18766 
    18767 164 atoms, 161 bonds, 21 residues, 1 model selected 
    18768 
    18769 > select /A:2058
    18770 
    18771 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18772 
    18773 > ui tool show Clashes
    18774 
    18775 > clashes sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color
    18776 > #ff0000 reveal true log true
    18777    
    18778    
    18779     Allowed overlap: 0.6
    18780     H-bond overlap reduction: 0.4
    18781     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    18782     Detect intra-residue clashes: True
    18783     Detect intra-molecule clashes: True
    18784    
    18785     0 clashes
    18786     atom1  atom2  overlap  distance
    18787    
    18788 
    18789  
    18790 No clashes 
    18791 
    18792 > ui tool show Contacts
    18793 
    18794 > contacts sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    18795 > color #ffffff dashes 4 reveal true log true
    18796    
    18797    
    18798     Allowed overlap: -0.4
    18799     H-bond overlap reduction: 0.4
    18800     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    18801     Detect intra-residue contacts: True
    18802     Detect intra-molecule contacts: True
    18803    
    18804     0 contacts
    18805     atom1  atom2  overlap  distance
    18806    
    18807 
    18808  
    18809 No contacts 
    18810 
    18811 > select /A:2058
    18812 
    18813 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18814 
    18815 > ui tool show Contacts
    18816 
    18817 > contacts sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    18818 > color #ffffff dashes 4 reveal true log true
    18819    
    18820    
    18821     Allowed overlap: -0.4
    18822     H-bond overlap reduction: 0.4
    18823     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    18824     Detect intra-residue contacts: True
    18825     Detect intra-molecule contacts: True
    18826    
    18827     0 contacts
    18828     atom1  atom2  overlap  distance
    18829    
    18830 
    18831  
    18832 No contacts 
    18833 
    18834 > select clear
    18835 
    18836 > select /A:2058
    18837 
    18838 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18839 
    18840 > ui tool show H-Bonds
    18841 
    18842 > hbonds sel color #00ff00 dashes 4 restrict both select true reveal true log
    18843 > true
    18844    
    18845    
    18846     Finding intermodel H-bonds
    18847     Finding intramodel H-bonds
    18848     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    18849     Models used:
    18850         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    18851    
    18852     0 H-bonds
    18853     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    18854    
    18855 
    18856  
    18857 0 hydrogen bonds found 
    18858 
    18859 > select /A:2057
    18860 
    18861 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18862 
    18863 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    18864 
    18865 164 atoms, 161 bonds, 21 residues, 1 model selected 
    18866 
    18867 > select /A:2057-2058
    18868 
    18869 15 atoms, 14 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    18870 
    18871 > ui tool show Clashes
    18872 
    18873 > clashes sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color
    18874 > #ff0000 reveal true log true
    18875    
    18876    
    18877     Allowed overlap: 0.6
    18878     H-bond overlap reduction: 0.4
    18879     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    18880     Detect intra-residue clashes: True
    18881     Detect intra-molecule clashes: True
    18882    
    18883     0 clashes
    18884     atom1  atom2  overlap  distance
    18885    
    18886 
    18887  
    18888 No clashes 
    18889 
    18890 > ui tool show Contacts
    18891 
    18892 > contacts sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    18893 > color #ffffff dashes 4 reveal true log true
    18894    
    18895    
    18896     Allowed overlap: -0.4
    18897     H-bond overlap reduction: 0.4
    18898     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    18899     Detect intra-residue contacts: True
    18900     Detect intra-molecule contacts: True
    18901    
    18902     0 contacts
    18903     atom1  atom2  overlap  distance
    18904    
    18905 
    18906  
    18907 No contacts 
    18908 
    18909 > select /A:2057
    18910 
    18911 7 atoms, 6 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    18912 
    18913 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    18914 
    18915 164 atoms, 161 bonds, 21 residues, 1 model selected 
    18916 
    18917 > select /A:2057-2058
    18918 
    18919 15 atoms, 14 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    18920 
    18921 > ui tool show H-Bonds
    18922 
    18923 > hbonds sel color #00ff00 dashes 4 restrict both select true reveal true log
    18924 > true
    18925    
    18926    
    18927     Finding intermodel H-bonds
    18928     Finding intramodel H-bonds
    18929     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    18930     Models used:
    18931         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    18932    
    18933     0 H-bonds
    18934     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    18935    
    18936 
    18937  
    18938 0 hydrogen bonds found 
    18939 
    18940 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    18941 
    18942 164 atoms, 161 bonds, 21 residues, 1 model selected 
    18943 
    18944 > select subtract /A:2056
    18945 
    18946 153 atoms, 150 bonds, 20 residues, 1 model selected 
    18947 
    18948 > ui tool show Clashes
    18949 
    18950 > clashes sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color
    18951 > #ff0000 reveal true log true
    18952    
    18953    
    18954     Allowed overlap: 0.6
    18955     H-bond overlap reduction: 0.4
    18956     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    18957     Detect intra-residue clashes: True
    18958     Detect intra-molecule clashes: True
    18959    
    18960     0 clashes
    18961     atom1  atom2  overlap  distance
    18962    
    18963 
    18964  
    18965 No clashes 
    18966 
    18967 > ui tool show Contacts
    18968 
    18969 > contacts sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    18970 > color #ffffff dashes 4 reveal true log true
    18971    
    18972    
    18973     Allowed overlap: -0.4
    18974     H-bond overlap reduction: 0.4
    18975     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    18976     Detect intra-residue contacts: True
    18977     Detect intra-molecule contacts: True
    18978    
    18979     51 contacts
    18980          atom1            atom2       overlap  distance
    18981     /A GLY 2023 O    /A VAL 2057 CG2   0.429    2.871
    18982     /A ARG 2026 CG   /A LEU 2041 CD2   0.424    3.336
    18983     /A ALA 2082 O    /A ILE 2084 CG2   0.252    3.048
    18984     /A VAL 2057 CG1  /A ILE 2025 CG2   0.239    3.521
    18985     /A ARG 2026 CD   /A LEU 2041 CD2   0.105    3.655
    18986     /A VAL 2081 CG2  /A LEU 2058 CD1   0.082    3.678
    18987     /A ARG 2059 CA   /A LEU 2020 O     0.034    3.266
    18988     /A LEU 2058 CD1  /A ARG 2059 N     0.020    3.500
    18989     /A ILE 2084 CA   /A LEU 2041 O     0.016    3.284
    18990     /A ASN 2024 CA   /A VAL 2057 CG2   -0.009    3.769
    18991     /A ILE 2025 CB   /A LEU 2022 CD2   -0.043    3.803
    18992     /A VAL 2081 CG2  /A ILE 2079 CG2   -0.044    3.804
    18993     /A GLU 2021 N    /A LEU 2020 CD2   -0.059    3.579
    18994     /A ALA 2082 CB   /A VAL 2057 CA    -0.060    3.820
    18995     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O     -0.089    2.749
    18996     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O     -0.092    2.752
    18997     /A ALA 2082 O    /A VAL 2081 CG1   -0.094    3.394
    18998     /A LEU 2058 CD1  /A ASN 2080 O     -0.101    3.401
    18999     /A ILE 2079 CG2  /A LEU 2058 CD1   -0.148    3.908
    19000     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O     -0.155    2.815
    19001     /A VAL 2081 CA   /A VAL 2057 O     -0.156    3.456
    19002     /A PRO 2083 O    /A ILE 2084 CG2   -0.157    3.457
    19003     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O     -0.157    2.817
    19004     /A LEU 2058 O    /A GLU 2021 CA    -0.162    3.462
    19005     /A ASN 2080 O    /A LEU 2058 CA    -0.164    3.464
    19006     /A ILE 2060 O    /A LEU 2020 N     -0.197    2.857
    19007     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O     -0.199    2.859
    19008     /A ALA 2042 CB   /A VAL 2057 CG2   -0.199    3.959
    19009     /A LEU 2041 CD2  /A ARG 2026 CB    -0.205    3.965
    19010     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O     -0.212    2.872
    19011     /A GLU 2021 CG   /A LEU 2020 O     -0.213    3.513
    19012     /A LEU 2058 CD2  /A ILE 2060 CD1   -0.214    3.974
    19013     /A ILE 2025 N    /A ASN 2024 OD1   -0.218    2.878
    19014     /A LEU 2020 CD2  /A LEU 2020 O     -0.220    3.520
    19015     /A ILE 2084 CB   /A LEU 2041 O     -0.237    3.537
    19016     /A VAL 2057 CB   /A GLY 2023 O     -0.249    3.549
    19017     /A LEU 2022 N    /A LEU 2058 O     -0.253    2.913
    19018     /A ILE 2084 CG2  /A VAL 2081 CG1   -0.257    4.017
    19019     /A ILE 2079 CA   /A ARG 2059 O     -0.274    3.574
    19020     /A ASN 2024 O    /A LEU 2022 CG    -0.276    3.576
    19021     /A VAL 2057 CG2  /A GLY 2023 C     -0.285    3.775
    19022     /A ASN 2080 CA   /A ARG 2059 O     -0.303    3.603
    19023     /A LEU 2058 CB   /A LEU 2022 CB    -0.311    4.071
    19024     /A LEU 2058 CG   /A ILE 2060 CG1   -0.329    4.089
    19025     /A ILE 2060 CG1  /A LEU 2058 CD1   -0.330    4.090
    19026     /A VAL 2057 O    /A ALA 2082 CB    -0.342    3.642
    19027     /A VAL 2081 CG2  /A ASN 2080 O     -0.380    3.680
    19028     /A ARG 2059 CB   /A ASN 2080 CB    -0.387    4.147
    19029     /A ARG 2026 NE   /A LEU 2041 CD2   -0.393    3.913
    19030     /A ILE 2025 CD1  /A LEU 2022 CD2   -0.397    4.157
    19031     /A ASN 2080 CB   /A ARG 2059 O     -0.399    3.699
    19032    
    19033 
    19034  
    19035 51 contacts 
    19036 
    19037 > hide sel cartoons
    19038 
    19039 > select clear
    19040 
    19041 > ui windowfill toggle
    19042 
    19043 > select clear
    19044 
    19045 > ui mousemode right translate
    19046 
    19047 > ui windowfill toggle
    19048 
    19049 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    19050 
    19051 164 atoms, 161 bonds, 51 pseudobonds, 21 residues, 2 models selected 
    19052 
    19053 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    19054 
    19055 164 atoms, 161 bonds, 51 pseudobonds, 21 residues, 2 models selected 
    19056 
    19057 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    19058 
    19059 164 atoms, 161 bonds, 51 pseudobonds, 21 residues, 2 models selected 
    19060 
    19061 > select subtract /A:2056
    19062 
    19063 153 atoms, 150 bonds, 51 pseudobonds, 20 residues, 2 models selected 
    19064 
    19065 > style sel ball
    19066 
    19067 Changed 153 atom styles 
    19068 
    19069 > style sel stick
    19070 
    19071 Changed 153 atom styles 
    19072 
    19073 > ui windowfill toggle
    19074 
    19075 > select clear
    19076 
    19077 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/l2058_con.tif width 1280 height 491
    19078 > supersample 3
    19079 
    19080 > ui windowfill toggle
    19081 
    19082 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    19083 
    19084 164 atoms, 161 bonds, 51 pseudobonds, 21 residues, 2 models selected 
    19085 
    19086 > select subtract /A:2056
    19087 
    19088 153 atoms, 150 bonds, 51 pseudobonds, 20 residues, 2 models selected 
    19089 
    19090 > hide #1.3 models
    19091 
    19092 > hide #1.2 models
    19093 
    19094 > show #1.3 models
    19095 
    19096 > hide #1.3 models
    19097 
    19098 > close #1.3
    19099 
    19100 > hide #1.1 models
    19101 
    19102 > ui tool show H-Bonds
    19103 
    19104 > hbonds sel color #00ff00 dashes 4 restrict both select true reveal true log
    19105 > true
    19106    
    19107    
    19108     Finding intermodel H-bonds
    19109     Finding intramodel H-bonds
    19110     Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees
    19111     Models used:
    19112         1 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif
    19113    
    19114     10 H-bonds
    19115     H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):
    19116     /A LEU 2020 N  /A ILE 2060 O  no hydrogen  2.857  N/A
    19117     /A LEU 2022 N  /A LEU 2058 O  no hydrogen  2.913  N/A
    19118     /A LEU 2041 N  /A THR 2085 O  no hydrogen  3.063  N/A
    19119     /A VAL 2057 N  /A LEU 2022 O  no hydrogen  2.815  N/A
    19120     /A LEU 2058 N  /A LEU 2022 O  no hydrogen  3.346  N/A
    19121     /A ARG 2059 N  /A ASN 2080 O  no hydrogen  2.872  N/A
    19122     /A ILE 2060 N  /A LEU 2020 O  no hydrogen  2.817  N/A
    19123     /A ASN 2080 N  /A ARG 2059 O  no hydrogen  2.752  N/A
    19124     /A ALA 2082 N  /A VAL 2057 O  no hydrogen  2.859  N/A
    19125     /A THR 2085 N  /A LEU 2041 O  no hydrogen  2.749  N/A
    19126    
    19127 
    19128  
    19129 10 hydrogen bonds found 
    19130 
    19131 > ui windowfill toggle
    19132 
    19133 > select clear
    19134 
    19135 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/l2058_hb.tif width 1280 height 491
    19136 > supersample 3
    19137 
    19138 > ui windowfill toggle
    19139 
    19140 > hide #1.3 models
    19141 
    19142 > ui windowfill toggle
    19143 
    19144 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/l2058_cla.tif width 1280 height 491
    19145 > supersample 3
    19146 
    19147 > ui windowfill toggle
    19148 
    19149 > swapaa /A: 2058 pro
    19150 
    19151 Using Dunbrack library 
    19152 /A LEU 2058: phi -137.9, psi 132.6 trans 
    19153 Applying PRO rotamer (chi angles: -25.1 36.3) to /A PRO 2058 
    19154 
    19155 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    19156 
    19157 163 atoms, 161 bonds, 53 pseudobonds, 21 residues, 3 models selected 
    19158 
    19159 > select subtract /A:2056
    19160 
    19161 152 atoms, 150 bonds, 53 pseudobonds, 20 residues, 3 models selected 
    19162 
    19163 > ui windowfill toggle
    19164 
    19165 > ui tool show Clashes
    19166 
    19167 > clashes sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color
    19168 > #ff0000 reveal true log true
    19169    
    19170    
    19171     Allowed overlap: 0.6
    19172     H-bond overlap reduction: 0.4
    19173     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    19174     Detect intra-residue clashes: True
    19175     Detect intra-molecule clashes: True
    19176    
    19177     1 clashes
    19178         atom1            atom2       overlap  distance
    19179     /A PRO 2058 CD  /A VAL 2057 CG1   0.963    2.797
    19180    
    19181 
    19182  
    19183 1 clashes 
    19184 
    19185 > ui windowfill toggle
    19186 
    19187 > show #1.1 models
    19188 
    19189 > hide #1.1 models
    19190 
    19191 > show #1.1 models
    19192 
    19193 > select subtract #1.2
    19194 
    19195 152 atoms, 150 bonds, 10 pseudobonds, 20 residues, 2 models selected 
    19196 
    19197 > select subtract #1.3
    19198 
    19199 152 atoms, 150 bonds, 20 residues, 1 model selected 
    19200 
    19201 > close #1.2-3
    19202 
    19203 > ui windowfill toggle
    19204 
    19205 > ui tool show Clashes
    19206 
    19207 > color bfactor sel
    19208 
    19209 152 atoms, 20 residues, atom bfactor range 49.1 to 89.1 
    19210 
    19211 > undo
    19212 
    19213 > ui tool show Clashes
    19214 
    19215 > ui windowfill toggle
    19216 
    19217 > close #1.1
    19218 
    19219 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    19220 
    19221 152 atoms, 150 bonds, 20 residues, 1 model selected 
    19222 
    19223 > select /A:2020-2026,2041-2042,2056-2060,2079-2085
    19224 
    19225 163 atoms, 161 bonds, 21 residues, 1 model selected 
    19226 
    19227 > select /A:2057-2058
    19228 
    19229 14 atoms, 14 bonds, 2 residues, 1 model selected 
    19230 
    19231 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    19232 
    19233 152 atoms, 150 bonds, 20 residues, 1 model selected 
    19234 
    19235 > ui tool show "Add Hydrogens"
    19236 
    19237 > addh
    19238 
    19239 Summary of feedback from adding hydrogens to
    19240 fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif #1 
    19241 --- 
    19242 notes | Termini for fold_2025_02_26_14_57_hob_native_model_0.cif (#1) chain A determined from SEQRES records 
    19243 Chain-initial residues that are actual N termini: /A MET 1 
    19244 Chain-initial residues that are not actual N termini: 
    19245 Chain-final residues that are actual C termini: /A ASP 2300 
    19246 Chain-final residues that are not actual C termini: 
    19247 1901 hydrogen bonds 
    19248 18569 hydrogens added 
    19249  
    19250 
    19251 > ui windowfill toggle
    19252 
    19253 > ui tool show "Color Actions"
    19254 
    19255 > ui windowfill toggle
    19256 
    19257 > ui tool show Clashes
    19258 
    19259 > clashes sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color
    19260 > #ff0000 reveal true log true
    19261    
    19262    
    19263     Allowed overlap: 0.6
    19264     H-bond overlap reduction: 0.4
    19265     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    19266     Detect intra-residue clashes: True
    19267     Detect intra-molecule clashes: True
    19268    
    19269     1 clashes
    19270         atom1            atom2       overlap  distance
    19271     /A PRO 2058 CD  /A VAL 2057 CG1   0.603    2.797
    19272    
    19273 
    19274  
    19275 1 clashes 
    19276 
    19277 > ui windowfill toggle
    19278 
    19279 [Repeated 1 time(s)]
    19280 
    19281 > color bfactor sel
    19282 
    19283 152 atoms, 20 residues, atom bfactor range 49.1 to 89.1 
    19284 
    19285 > undo
    19286 
    19287 > style sel ball
    19288 
    19289 Changed 152 atom styles 
    19290 
    19291 > ui windowfill toggle
    19292 
    19293 [Repeated 1 time(s)]
    19294 
    19295 > close #1.1
    19296 
    19297 > ui tool show Contacts
    19298 
    19299 > contacts sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    19300 > color #ffffff dashes 4 reveal true log true
    19301    
    19302    
    19303     Allowed overlap: -0.4
    19304     H-bond overlap reduction: 0.4
    19305     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    19306     Detect intra-residue contacts: True
    19307     Detect intra-molecule contacts: True
    19308    
    19309     30 contacts
    19310          atom1            atom2       overlap  distance
    19311     /A VAL 2057 CG1  /A PRO 2058 CD    0.603    2.797
    19312     /A VAL 2057 CG2  /A GLY 2023 O     0.249    2.871
    19313     /A ILE 2084 CG2  /A ALA 2082 O     0.072    3.048
    19314     /A LEU 2041 CD2  /A ARG 2026 CG    0.064    3.336
    19315     /A THR 2085 N    /A LEU 2041 O     -0.104    2.749
    19316     /A ASN 2080 N    /A ARG 2059 O     -0.107    2.752
    19317     /A PRO 2058 CG   /A VAL 2057 CG1   -0.112    3.512
    19318     /A VAL 2057 CG1  /A ILE 2025 CG2   -0.121    3.521
    19319     /A ARG 2059 CA   /A LEU 2020 O     -0.146    3.266
    19320     /A ILE 2084 CA   /A LEU 2041 O     -0.164    3.284
    19321     /A VAL 2057 N    /A LEU 2022 O     -0.170    2.815
    19322     /A ILE 2060 N    /A LEU 2020 O     -0.172    2.817
    19323     /A ILE 2060 O    /A LEU 2020 N     -0.212    2.857
    19324     /A ALA 2082 N    /A VAL 2057 O     -0.214    2.859
    19325     /A ARG 2059 N    /A ASN 2080 O     -0.227    2.872
    19326     /A ILE 2025 N    /A ASN 2024 OD1   -0.233    2.878
    19327     /A GLU 2021 N    /A LEU 2020 CD2   -0.254    3.579
    19328     /A ARG 2026 CD   /A LEU 2041 CD2   -0.255    3.655
    19329     /A LEU 2022 N    /A PRO 2058 O     -0.268    2.913
    19330     /A ALA 2082 O    /A VAL 2081 CG1   -0.274    3.394
    19331     /A PRO 2058 CD   /A LEU 2022 O     -0.283    3.403
    19332     /A PRO 2058 N    /A LEU 2022 O     -0.286    3.346
    19333     /A VAL 2081 CA   /A VAL 2057 O     -0.336    3.456
    19334     /A PRO 2083 O    /A ILE 2084 CG2   -0.337    3.457
    19335     /A PRO 2058 O    /A GLU 2021 CA    -0.342    3.462
    19336     /A ASN 2080 O    /A PRO 2058 CA    -0.344    3.464
    19337     /A PRO 2058 CG   /A VAL 2057 CB    -0.369    3.769
    19338     /A ASN 2024 CA   /A VAL 2057 CG2   -0.369    3.769
    19339     /A LEU 2022 CB   /A PRO 2058 CD    -0.391    3.791
    19340     /A GLU 2021 CG   /A LEU 2020 O     -0.393    3.513
    19341    
    19342 
    19343  
    19344 30 contacts 
    19345 
    19346 > ui windowfill toggle
    19347 
    19348 [Repeated 1 time(s)]
    19349 
    19350 > style sel stick
    19351 
    19352 Changed 43 atom styles 
    19353 
    19354 > ui windowfill toggle
    19355 
    19356 [Repeated 1 time(s)]
    19357 
    19358 > select /A:2085
    19359 
    19360 14 atoms, 13 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    19361 
    19362 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    19363 
    19364 325 atoms, 323 bonds, 30 pseudobonds, 20 residues, 2 models selected 
    19365 
    19366 > select /A:2079-2085
    19367 
    19368 106 atoms, 106 bonds, 3 pseudobonds, 7 residues, 2 models selected 
    19369 
    19370 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    19371 
    19372 325 atoms, 323 bonds, 30 pseudobonds, 20 residues, 2 models selected 
    19373 
    19374 > style sel stick
    19375 
    19376 Changed 325 atom styles 
    19377 
    19378 > ui windowfill toggle
    19379 
    19380 [Repeated 1 time(s)]
    19381 
    19382 > close #1.1
    19383 
    19384 > ui windowfill toggle
    19385 
    19386 > ui tool show Contacts
    19387 
    19388 > contacts sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    19389 > color #ffffff dashes 4 reveal true log true
    19390    
    19391    
    19392     Allowed overlap: -0.4
    19393     H-bond overlap reduction: 0.4
    19394     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    19395     Detect intra-residue contacts: True
    19396     Detect intra-molecule contacts: True
    19397    
    19398     130 contacts
    19399          atom1             atom2        overlap  distance
    19400     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 CB     1.082    1.618
    19401     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 CG1    0.984    1.716
    19402     /A VAL 2057 HB    /A PRO 2058 CD     0.618    2.082
    19403     /A VAL 2057 CG1   /A PRO 2058 CD     0.603    2.797
    19404     /A VAL 2057 HB    /A PRO 2058 HD2    0.482    1.518
    19405     /A ILE 2084 HG22  /A ALA 2082 O      0.435    1.985
    19406     /A ASN 2024 HA    /A VAL 2057 HG23   0.336    1.664
    19407     /A ILE 2025 HG21  /A VAL 2057 HG12   0.327    1.673
    19408     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 CD2    0.297    2.403
    19409     /A ARG 2059 O     /A ASN 2080 H      0.258    1.762
    19410     /A VAL 2057 CG2   /A GLY 2023 O      0.249    2.871
    19411     /A LEU 2041 O     /A THR 2085 H      0.230    1.790
    19412     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 HG13   0.201    1.799
    19413     /A LEU 2020 O     /A ILE 2060 H      0.195    1.825
    19414     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 HG12   0.194    1.806
    19415     /A VAL 2057 HG12  /A ILE 2025 CG2    0.191    2.509
    19416     /A LEU 2020 H     /A ILE 2060 O      0.170    1.850
    19417     /A VAL 2057 O     /A ALA 2082 H      0.168    1.852
    19418     /A VAL 2057 HG13  /A VAL 2057 O      0.156    2.264
    19419     /A ILE 2084 HD11  /A ILE 2084 HG21   0.156    1.844
    19420     /A ARG 2059 H     /A ASN 2080 O      0.148    1.872
    19421     /A ARG 2059 HA    /A LEU 2020 O      0.122    2.298
    19422     /A VAL 2081 HG11  /A ALA 2082 O      0.113    2.307
    19423     /A LEU 2020 HD21  /A LEU 2020 C      0.098    2.512
    19424     /A ILE 2084 HG13  /A ILE 2084 O      0.085    2.335
    19425     /A ILE 2025 HG21  /A VAL 2057 CG1    0.083    2.617
    19426     /A ILE 2084 CG2   /A ALA 2082 O      0.072    3.048
    19427     /A LEU 2041 CD2   /A ARG 2026 CG     0.064    3.336
    19428     /A LEU 2022 HD21  /A PRO 2058 HG3    0.053    1.947
    19429     /A ARG 2059 HH11  /A ARG 2059 HD2    0.047    1.953
    19430     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 HD3    0.025    1.975
    19431     /A LEU 2022 H     /A PRO 2058 O      0.018    2.002
    19432     /A VAL 2057 HB    /A PRO 2058 HD3    0.015    1.985
    19433     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 HD23   0.013    1.987
    19434     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 HD22   0.013    1.987
    19435     /A ARG 2059 HB3   /A ASN 2080 HB3    -0.009    2.009
    19436     /A VAL 2057 HG13  /A PRO 2058 CD     -0.013    2.713
    19437     /A VAL 2057 HG12  /A PRO 2058 CD     -0.013    2.713
    19438     /A ASN 2024 HA    /A VAL 2057 CG2    -0.023    2.723
    19439     /A ILE 2025 HB    /A LEU 2022 CD2    -0.023    2.723
    19440     /A ILE 2079 HD13  /A ILE 2079 HG21   -0.029    2.029
    19441     /A ILE 2025 HD13  /A ILE 2025 HG23   -0.032    2.032
    19442     /A ASN 2024 CA    /A VAL 2057 HG23   -0.037    2.737
    19443     /A VAL 2057 H     /A LEU 2022 O      -0.039    2.059
    19444     /A VAL 2057 HG23  /A GLY 2023 O      -0.045    2.465
    19445     /A VAL 2057 HG22  /A GLY 2023 O      -0.046    2.466
    19446     /A LEU 2022 HD22  /A ILE 2025 HB     -0.047    2.047
    19447     /A ILE 2060 HD13  /A ILE 2060 HG21   -0.076    2.076
    19448     /A LEU 2041 H     /A THR 2085 O      -0.080    2.100
    19449     /A VAL 2057 HA    /A ALA 2082 CB     -0.091    2.791
    19450     /A GLU 2021 HA    /A PRO 2058 O      -0.095    2.515
    19451     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 CD     -0.097    2.797
    19452     /A GLU 2021 N     /A LEU 2020 HD21   -0.097    2.722
    19453     /A ILE 2060 HB    /A LEU 2020 HB3    -0.100    2.100
    19454     /A THR 2085 N     /A LEU 2041 O      -0.104    2.749
    19455     /A VAL 2081 HA    /A VAL 2057 O      -0.105    2.525
    19456     /A PRO 2058 HA    /A ASN 2080 O      -0.106    2.526
    19457     /A ILE 2084 HA    /A LEU 2041 O      -0.106    2.526
    19458     /A ASN 2080 N     /A ARG 2059 O      -0.107    2.752
    19459     /A PRO 2058 CG    /A VAL 2057 CG1    -0.112    3.512
    19460     /A VAL 2057 CB    /A PRO 2058 HD3    -0.115    2.815
    19461     /A ILE 2025 HG22  /A ILE 2025 O      -0.117    2.537
    19462     /A VAL 2057 CG1   /A ILE 2025 CG2    -0.121    3.521
    19463     /A ALA 2082 HB1   /A PRO 2083 CD     -0.122    2.822
    19464     /A LEU 2022 HD21  /A PRO 2058 CG     -0.135    2.835
    19465     /A LEU 2041 HD22  /A ARG 2026 CG     -0.139    2.839
    19466     /A PRO 2083 HD2   /A ALA 2082 HA     -0.144    2.144
    19467     /A LEU 2022 CB    /A PRO 2058 HD3    -0.144    2.844
    19468     /A ARG 2059 CA    /A LEU 2020 O      -0.146    3.266
    19469     /A ALA 2082 HB2   /A VAL 2057 HA     -0.156    2.156
    19470     /A ILE 2079 HG23  /A VAL 2081 HG21   -0.159    2.159
    19471     /A VAL 2081 HG11  /A ALA 2082 N      -0.163    2.788
    19472     /A ILE 2084 CA    /A LEU 2041 O      -0.164    3.284
    19473     /A LEU 2041 HD23  /A ARG 2026 CG     -0.169    2.869
    19474     /A VAL 2057 N     /A LEU 2022 O      -0.170    2.815
    19475     /A ILE 2060 N     /A LEU 2020 O      -0.172    2.817
    19476     /A LEU 2022 HD11  /A LEU 2022 HA     -0.175    2.175
    19477     /A PRO 2083 C     /A ILE 2084 HG22   -0.176    2.786
    19478     /A ASN 2024 OD1   /A ILE 2025 H      -0.178    2.198
    19479     /A ILE 2079 HG23  /A VAL 2081 CG2    -0.180    2.880
    19480     /A ILE 2079 HG22  /A ILE 2060 HG12   -0.190    2.190
    19481     /A LEU 2041 HA    /A LEU 2041 HD22   -0.205    2.205
    19482     /A ILE 2060 O     /A LEU 2020 N      -0.212    2.857
    19483     /A ALA 2082 N     /A VAL 2057 O      -0.214    2.859
    19484     /A ARG 2059 N     /A ASN 2080 O      -0.227    2.872
    19485     /A ILE 2025 N     /A ASN 2024 OD1    -0.233    2.878
    19486     /A PRO 2083 HD3   /A ALA 2082 HB1    -0.251    2.251
    19487     /A ILE 2079 HA    /A ARG 2059 O      -0.253    2.673
    19488     /A GLU 2021 N     /A LEU 2020 CD2    -0.254    3.579
    19489     /A ARG 2026 CD    /A LEU 2041 CD2    -0.255    3.655
    19490     /A ARG 2059 HG3   /A GLU 2021 HG2    -0.264    2.264
    19491     /A LEU 2022 N     /A PRO 2058 O      -0.268    2.913
    19492     /A ILE 2025 H     /A ASN 2024 CG     -0.272    2.882
    19493     /A ALA 2082 O     /A VAL 2081 CG1    -0.274    3.394
    19494     /A PRO 2058 HD3   /A LEU 2022 O      -0.277    2.697
    19495     /A ARG 2026 HH11  /A ARG 2026 HD3    -0.280    2.280
    19496     /A PRO 2058 CD    /A LEU 2022 O      -0.283    3.403
    19497     /A PRO 2058 N     /A LEU 2022 O      -0.286    3.346
    19498     /A GLU 2021 HG3   /A LEU 2020 C      -0.291    2.901
    19499     /A PRO 2058 HG3   /A LEU 2022 CD2    -0.297    2.997
    19500     /A ALA 2082 H     /A VAL 2057 C      -0.307    2.917
    19501     /A LEU 2020 O     /A LEU 2020 HD21   -0.308    2.728
    19502     /A ARG 2026 CD    /A LEU 2041 HD23   -0.316    3.016
    19503     /A VAL 2081 HG21  /A ASN 2080 C      -0.327    2.937
    19504     /A VAL 2081 CA    /A VAL 2057 O      -0.336    3.456
    19505     /A PRO 2083 O     /A ILE 2084 CG2    -0.337    3.457
    19506     /A PRO 2058 O     /A GLU 2021 CA     -0.342    3.462
    19507     /A ARG 2026 NE    /A LEU 2041 HD23   -0.343    2.968
    19508     /A ASN 2080 O     /A PRO 2058 CA     -0.344    3.464
    19509     /A ILE 2060 H     /A LEU 2020 C      -0.344    2.954
    19510     /A ILE 2025 HG13  /A ARG 2026 N      -0.346    2.971
    19511     /A VAL 2057 HG21  /A ALA 2042 CB     -0.353    3.053
    19512     /A PRO 2058 HB2   /A LEU 2022 HB3    -0.354    2.354
    19513     /A LEU 2022 HD21  /A PRO 2058 CD     -0.357    3.057
    19514     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 CB     -0.361    3.061
    19515     /A ASN 2080 H     /A ARG 2059 C      -0.361    2.971
    19516     /A ASN 2080 HB3   /A ARG 2059 CB     -0.365    3.065
    19517     /A ILE 2060 HG22  /A ILE 2079 HG13   -0.365    2.365
    19518     /A LEU 2022 HD22  /A ILE 2025 CB     -0.366    3.066
    19519     /A LEU 2022 HG    /A GLY 2023 N      -0.366    2.991
    19520     /A PRO 2058 CG    /A VAL 2057 CB     -0.369    3.769
    19521     /A ASN 2024 CA    /A VAL 2057 CG2    -0.369    3.769
    19522     /A THR 2085 H     /A LEU 2041 C      -0.373    2.983
    19523     /A ARG 2059 HB3   /A ASN 2080 CB     -0.377    3.077
    19524     /A ILE 2084 HG12  /A ILE 2084 H      -0.390    2.390
    19525     /A LEU 2022 CB    /A PRO 2058 CD     -0.391    3.791
    19526     /A THR 2085 HB    /A LEU 2041 HB2    -0.392    2.392
    19527     /A PRO 2058 HG2   /A VAL 2057 O      -0.393    2.813
    19528     /A GLU 2021 CG    /A LEU 2020 O      -0.393    3.513
    19529     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 CG     -0.400    3.100
    19530    
    19531 
    19532  
    19533 130 contacts 
    19534 
    19535 > ui windowfill toggle
    19536 
    19537 [Repeated 1 time(s)]
    19538 
    19539 > ui tool show Clashes
    19540 
    19541 > clashes sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true color
    19542 > #ff0000 reveal true log true
    19543    
    19544    
    19545     Allowed overlap: 0.6
    19546     H-bond overlap reduction: 0.4
    19547     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    19548     Detect intra-residue clashes: True
    19549     Detect intra-molecule clashes: True
    19550    
    19551     4 clashes
    19552          atom1            atom2       overlap  distance
    19553     /A PRO 2058 HD2  /A VAL 2057 CB    1.082    1.618
    19554     /A VAL 2057 CG1  /A PRO 2058 HD2   0.984    1.716
    19555     /A VAL 2057 HB   /A PRO 2058 CD    0.618    2.082
    19556     /A PRO 2058 CD   /A VAL 2057 CG1   0.603    2.797
    19557    
    19558 
    19559  
    19560 4 clashes 
    19561 
    19562 > ui windowfill toggle
    19563 
    19564 [Repeated 2 time(s)]
    19565 
    19566 > hide #1.1 models
    19567 
    19568 > show #1.1 models
    19569 
    19570 > hide #1.1 models
    19571 
    19572 > show #1.1 models
    19573 
    19574 > hide #1.2 models
    19575 
    19576 > show #1.2 models
    19577 
    19578 > hide #1.1 models
    19579 
    19580 > hide #1.2 models
    19581 
    19582 > show #1.2 models
    19583 
    19584 > hide #1.2 models
    19585 
    19586 > show #1.2 models
    19587 
    19588 > hide #1.2 models
    19589 
    19590 > show #1.2 models
    19591 
    19592 > hide #1.2 models
    19593 
    19594 > show #1.1 models
    19595 
    19596 > hide #1.1 models
    19597 
    19598 > show #1.1 models
    19599 
    19600 > select add #1.1
    19601 
    19602 146 atoms, 130 pseudobonds, 20 residues, 2 models selected 
    19603 
    19604 > select subtract #1.1
    19605 
    19606 146 atoms, 20 residues, 1 model selected 
    19607 
    19608 > select clear
    19609 
    19610 > ui windowfill toggle
    19611 
    19612 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/l2058p_con.tif width 1280 height 491
    19613 > supersample 3
    19614 
    19615 > ui windowfill toggle
    19616 
    19617 > hide #1.1 models
    19618 
    19619 > show #1.1 models
    19620 
    19621 > show #1.2 models
    19622 
    19623 > hide #1.1 models
    19624 
    19625 > ui windowfill toggle
    19626 
    19627 > select add /A:2022@CG
    19628 
    19629 1 atom, 1 residue, 1 model selected 
    19630 
    19631 > select subtract /A:2022@CG
    19632 
    19633 Nothing selected 
    19634 
    19635 > select add /A:2022@CA
    19636 
    19637 1 atom, 1 residue, 1 model selected 
    19638 
    19639 > ui windowfill toggle
    19640 
    19641 > select /A:2022
    19642 
    19643 19 atoms, 18 bonds, 1 pseudobond, 1 residue, 2 models selected 
    19644 
    19645 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    19646 
    19647 325 atoms, 323 bonds, 134 pseudobonds, 20 residues, 3 models selected 
    19648 
    19649 > select /A:2022
    19650 
    19651 19 atoms, 18 bonds, 1 pseudobond, 1 residue, 2 models selected 
    19652 
    19653 > hide sel atoms
    19654 
    19655 > show sel atoms
    19656 
    19657 > show sel cartoons
    19658 
    19659 > hide sel atoms
    19660 
    19661 > show sel atoms
    19662 
    19663 > hide sel cartoons
    19664 
    19665 > select clear
    19666 
    19667 > ui windowfill toggle
    19668 
    19669 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/l2058p_cla.tif width 1280 height 491
    19670 > supersample 3
    19671 
    19672 > ui windowfill toggle
    19673 
    19674 > select /A:2022
    19675 
    19676 19 atoms, 18 bonds, 1 pseudobond, 1 residue, 2 models selected 
    19677 
    19678 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    19679 
    19680 325 atoms, 323 bonds, 134 pseudobonds, 20 residues, 3 models selected 
    19681 
    19682 > select /A:2022
    19683 
    19684 19 atoms, 18 bonds, 1 pseudobond, 1 residue, 2 models selected 
    19685 
    19686 > hide sel atoms
    19687 
    19688 > show sel atoms
    19689 
    19690 [Repeated 1 time(s)]
    19691 
    19692 > hide sel atoms
    19693 
    19694 > show sel atoms
    19695 
    19696 > hide sel atoms
    19697 
    19698 > show sel cartoons
    19699 
    19700 > select clear
    19701 
    19702 > ui windowfill toggle
    19703 
    19704 > save C:/Users/emirm/Desktop/contacts/l2058p_cla2.tif width 1280 height 491
    19705 > supersample 3
    19706 
    19707 > ui windowfill toggle
    19708 
    19709 > hide #1.2 models
    19710 
    19711 > hide #!1 models
    19712 
    19713 > show #!1 models
    19714 
    19715 > show #1.1 models
    19716 
    19717 > select add #1.1
    19718 
    19719 130 pseudobonds, 1 model selected 
    19720 
    19721 > select subtract #1.1
    19722 
    19723 Nothing selected 
    19724 
    19725 > select add #1.1
    19726 
    19727 130 pseudobonds, 1 model selected 
    19728 
    19729 > ui tool show H-Bonds
    19730 
    19731 > hbonds sel color #00ff00 dashes 4 restrict both select true reveal true log
    19732 > true
    19733 
    19734 Atom specifier selects no atoms 
    19735 
    19736 > select subtract #1.1
    19737 
    19738 Nothing selected 
    19739 
    19740 > hide #1.1 models
    19741 
    19742 > show #1.1 models
    19743 
    19744 > select add #1
    19745 
    19746 37035 atoms, 37410 bonds, 134 pseudobonds, 2300 residues, 3 models selected 
    19747 
    19748 > select subtract #1
    19749 
    19750 Nothing selected 
    19751 
    19752 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    19753 
    19754 325 atoms, 323 bonds, 134 pseudobonds, 20 residues, 3 models selected 
    19755 
    19756 > ui tool show Contacts
    19757 
    19758 > close #1.1-2
    19759 
    19760 > ui tool show Contacts
    19761 
    19762 Restriction atom specifier must not be blank 
    19763 
    19764 > ui tool show Contacts
    19765 
    19766 > contacts sel intraRes true ignoreHiddenModels true select true color #ffffff
    19767 > dashes 4 reveal true log true
    19768    
    19769    
    19770     Allowed overlap: -0.4
    19771     H-bond overlap reduction: 0.4
    19772     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    19773     Detect intra-residue contacts: True
    19774     Detect intra-molecule contacts: True
    19775    
    19776     323 contacts
    19777          atom1             atom2        overlap  distance
    19778     /A VAL 2057 CB    /A PRO 2058 HD2    1.082    1.618
    19779     /A VAL 2057 CG1   /A PRO 2058 HD2    0.984    1.716
    19780     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 NH1    0.716    2.789
    19781     /A PRO 2083 HB3   /A ILE 2045 HD12   0.629    1.371
    19782     /A PRO 2058 CD    /A VAL 2057 HB     0.618    2.082
    19783     /A PRO 2058 CD    /A VAL 2057 CG1    0.603    2.797
    19784     /A THR 2085 HG1   /A THR 2043 OG1    0.505    1.595
    19785     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 CZ     0.496    2.994
    19786     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 HB     0.482    1.518
    19787     /A GLU 2021 OE2   /A ARG 2056 CZ     0.469    2.561
    19788     /A ALA 2082 O     /A ILE 2084 HG22   0.435    1.985
    19789     /A GLU 2021 OE1   /A ARG 2056 NH1    0.430    2.215
    19790     /A ASN 2080 OD1   /A PRO 2182 HG2    0.403    2.017
    19791     /A PRO 2083 HB3   /A ILE 2045 CD1    0.352    2.348
    19792     /A VAL 2057 HG23  /A ASN 2024 HA     0.336    1.664
    19793     /A VAL 2057 HG12  /A ILE 2025 HG21   0.327    1.673
    19794     /A ASN 2024 HB3   /A SER 2002 OG     0.311    2.189
    19795     /A PRO 2083 CB    /A ILE 2045 HD12   0.299    2.401
    19796     /A LEU 2041 CD2   /A ARG 2026 HG3    0.297    2.403
    19797     /A THR 2085 HG1   /A THR 2043 CB     0.286    2.414
    19798     /A ASN 2080 HD22  /A GLU 2078 CD     0.273    2.607
    19799     /A ASN 2080 H     /A ARG 2059 O      0.258    1.762
    19800     /A GLY 2023 O     /A VAL 2057 CG2    0.249    2.871
    19801     /A THR 2085 H     /A LEU 2041 O      0.230    1.790
    19802     /A ARG 2026 O     /A VAL 2000 H      0.204    1.816
    19803     /A VAL 2057 HG13  /A PRO 2058 HD2    0.201    1.799
    19804     /A ILE 2060 H     /A LEU 2020 O      0.195    1.825
    19805     /A VAL 2057 HG12  /A PRO 2058 HD2    0.194    1.806
    19806     /A ILE 2025 CG2   /A VAL 2057 HG12   0.191    2.509
    19807     /A ARG 2026 HA    /A LEU 2040 O      0.189    2.231
    19808     /A GLU 2021 H     /A LEU 2005 O      0.173    1.847
    19809     /A ILE 2060 O     /A LEU 2020 H      0.170    1.850
    19810     /A ALA 2082 H     /A VAL 2057 O      0.168    1.852
    19811     /A VAL 2057 O     /A VAL 2057 HG13   0.156    2.264
    19812     /A ILE 2084 HG21  /A ILE 2084 HD11   0.156    1.844
    19813     /A ASN 2080 O     /A ARG 2059 H      0.148    1.872
    19814     /A ASN 2024 CB    /A SER 2002 OG     0.136    3.064
    19815     /A LEU 2020 O     /A ARG 2059 HA     0.122    2.298
    19816     /A ARG 2059 HE    /A LEU 2019 HD13   0.121    1.879
    19817     /A ILE 2079 O     /A PRO 2182 HD3    0.120    2.300
    19818     /A ARG 2026 NH2   /A GLU 2028 OE1    0.119    2.526
    19819     /A ALA 2082 O     /A VAL 2081 HG11   0.113    2.307
    19820     /A PRO 2083 HB2   /A THR 2043 O      0.108    2.312
    19821     /A LEU 2020 C     /A LEU 2020 HD21   0.098    2.512
    19822     /A ASN 2080 OD1   /A PRO 2182 CG     0.098    3.022
    19823     /A LEU 2041 HD13  /A ASP 2038 CG     0.096    2.784
    19824     /A ILE 2079 HD11  /A PHE 2077 CE1    0.091    2.609
    19825     /A ILE 2084 O     /A ILE 2084 HG13   0.085    2.335
    19826     /A PRO 2083 CB    /A ILE 2045 CD1    0.084    3.316
    19827     /A GLU 2021 OE1   /A ARG 2056 CZ     0.084    2.946
    19828     /A THR 2085 H     /A THR 2043 HG1    0.084    1.916
    19829     /A VAL 2057 CG1   /A ILE 2025 HG21   0.083    2.617
    19830     /A PRO 2083 HA    /A PRO 2185 O      0.076    2.344
    19831     /A ALA 2082 O     /A ILE 2084 CG2    0.072    3.048
    19832     /A ARG 2026 CG    /A LEU 2041 CD2    0.064    3.336
    19833     /A THR 2085 OG1   /A THR 2043 OG1    0.058    2.542
    19834     /A ILE 2060 HA    /A GLU 2078 O      0.053    2.367
    19835     /A PRO 2058 HG3   /A LEU 2022 HD21   0.053    1.947
    19836     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 NE     0.052    3.453
    19837     /A THR 2085 HA    /A ARG 2187 O      0.051    2.369
    19838     /A ARG 2059 HD2   /A ARG 2059 HH11   0.047    1.953
    19839     /A ILE 2084 O     /A ARG 2187 H      0.043    1.977
    19840     /A THR 2085 HG1   /A THR 2043 CG2    0.042    2.658
    19841     /A THR 2085 CB    /A THR 2043 OG1    0.038    3.162
    19842     /A ILE 2084 HD12  /A ILE 2086 CG1    0.027    2.673
    19843     /A THR 2085 O     /A LEU 2040 HA     0.026    2.394
    19844     /A PRO 2058 HD3   /A LEU 2022 HB3    0.025    1.975
    19845     /A PRO 2083 O     /A THR 2043 H      0.023    1.997
    19846     /A ARG 2026 CZ    /A GLU 2028 OE1    0.021    3.009
    19847     /A PRO 2058 O     /A LEU 2022 H      0.018    2.002
    19848     /A ILE 2084 CD1   /A ILE 2086 CD1    0.015    3.385
    19849     /A PRO 2058 HD3   /A VAL 2057 HB     0.015    1.985
    19850     /A LEU 2041 HD23  /A ARG 2026 HG3    0.013    1.987
    19851     /A ILE 2079 HD11  /A PHE 2077 HE1    0.013    1.987
    19852     /A LEU 2041 HD22  /A ARG 2026 HG3    0.013    1.987
    19853     /A ASN 2080 ND2   /A GLU 2078 CD     0.011    3.494
    19854     /A THR 2085 N     /A THR 2043 HG1    0.011    2.614
    19855     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 NH2    0.010    3.495
    19856     /A ARG 2059 HE    /A LEU 2019 CD1    0.010    2.690
    19857     /A ILE 2084 HD12  /A LEU 2040 CD1    0.009    2.691
    19858     /A GLU 2021 O     /A LEU 2005 H      0.008    2.012
    19859     /A LEU 2041 CD1   /A ASP 2038 HB3    0.006    2.694
    19860     /A LEU 2041 HD13  /A ASP 2038 CB     -0.001    2.701
    19861     /A ASN 2080 HD22  /A GLU 2078 OE1    -0.004    2.024
    19862     /A ASN 2080 HB3   /A ARG 2059 HB3    -0.009    2.009
    19863     /A PRO 2058 CD    /A VAL 2057 HG13   -0.013    2.713
    19864     /A PRO 2058 CD    /A VAL 2057 HG12   -0.013    2.713
    19865     /A VAL 2057 CG2   /A ASN 2024 HA     -0.023    2.723
    19866     /A ARG 2026 H     /A VAL 2000 O      -0.023    2.043
    19867     /A LEU 2022 CD2   /A ILE 2025 HB     -0.023    2.723
    19868     /A THR 2085 OG1   /A ARG 2187 HB3    -0.027    2.527
    19869     /A ILE 2084 CD1   /A ILE 2086 CG1    -0.028    3.428
    19870     /A ILE 2079 HG21  /A ILE 2079 HD13   -0.029    2.029
    19871     /A ILE 2084 HD12  /A LEU 2040 HD12   -0.031    2.031
    19872     /A ILE 2025 HG23  /A ILE 2025 HD13   -0.032    2.032
    19873     /A VAL 2057 HG23  /A ASN 2024 CA     -0.037    2.737
    19874     /A LEU 2022 O     /A VAL 2057 H      -0.039    2.059
    19875     /A ILE 2079 O     /A PRO 2182 CD     -0.040    3.160
    19876     /A GLY 2023 O     /A VAL 2057 HG23   -0.045    2.465
    19877     /A GLY 2023 O     /A VAL 2057 HG22   -0.046    2.466
    19878     /A ILE 2025 HB    /A LEU 2022 HD22   -0.047    2.047
    19879     /A ILE 2084 O     /A VAL 2186 HA     -0.047    2.467
    19880     /A ARG 2026 O     /A LEU 1999 HD11   -0.059    2.479
    19881     /A GLY 2023 HA3   /A ALA 2003 HB2    -0.061    2.061
    19882     /A GLU 2021 OE2   /A ARG 2056 NH2    -0.061    2.706
    19883     /A LEU 2022 HD13  /A LEU 2001 HB3    -0.066    2.066
    19884     /A LEU 2041 HD13  /A ASP 2038 HB3    -0.066    2.066
    19885     /A ILE 2079 H     /A LYS 2180 O      -0.068    2.088
    19886     /A ILE 2025 CD1   /A LEU 2040 CD2    -0.069    3.469
    19887     /A ILE 2060 HG21  /A ILE 2060 HD13   -0.076    2.076
    19888     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 HH11   -0.077    2.957
    19889     /A ARG 2026 HH21  /A GLU 2028 OE1    -0.078    2.098
    19890     /A THR 2085 O     /A LEU 2041 H      -0.080    2.100
    19891     /A ARG 2026 O     /A LEU 1999 HA     -0.082    2.502
    19892     /A ILE 2025 CD1   /A LEU 2040 HD21   -0.085    2.785
    19893     /A ILE 2084 CD1   /A LEU 2040 HD12   -0.085    2.785
    19894     /A ILE 2060 O     /A LEU 2019 HA     -0.089    2.509
    19895     /A ALA 2082 CB    /A VAL 2057 HA     -0.091    2.791
    19896     /A PRO 2058 O     /A GLU 2021 HA     -0.095    2.515
    19897     /A ILE 2025 HA    /A VAL 2000 O      -0.096    2.516
    19898     /A PRO 2058 CD    /A LEU 2022 HB3    -0.097    2.797
    19899     /A LEU 2020 HD21  /A GLU 2021 N      -0.097    2.722
    19900     /A LEU 2020 HB3   /A ILE 2060 HB     -0.100    2.100
    19901     /A ARG 2026 CA    /A LEU 2040 O      -0.102    3.222
    19902     /A ILE 2079 O     /A ILE 2181 HG22   -0.102    2.522
    19903     /A VAL 2081 HB    /A VAL 2184 HG22   -0.103    2.103
    19904     /A LEU 2041 O     /A THR 2085 N      -0.104    2.749
    19905     /A VAL 2057 O     /A VAL 2081 HA     -0.105    2.525
    19906     /A ILE 2079 CD1   /A PHE 2077 CE1    -0.105    3.505
    19907     /A ASN 2080 O     /A PRO 2058 HA     -0.106    2.526
    19908     /A LEU 2041 O     /A ILE 2084 HA     -0.106    2.526
    19909     /A ARG 2059 O     /A ASN 2080 N      -0.107    2.752
    19910     /A ALA 2042 C     /A THR 2043 HG1    -0.108    2.718
    19911     /A VAL 2057 CG1   /A PRO 2058 CG     -0.112    3.512
    19912     /A LEU 2041 CD1   /A ASP 2038 CB     -0.113    3.513
    19913     /A PRO 2058 HD3   /A VAL 2057 CB     -0.115    2.815
    19914     /A ILE 2025 O     /A ILE 2025 HG22   -0.117    2.537
    19915     /A ILE 2025 CG2   /A VAL 2057 CG1    -0.121    3.521
    19916     /A PRO 2083 CD    /A ALA 2082 HB1    -0.122    2.822
    19917     /A THR 2085 OG1   /A THR 2043 CB     -0.122    3.322
    19918     /A THR 2085 OG1   /A THR 2043 HG21   -0.134    2.634
    19919     /A PRO 2058 CG    /A LEU 2022 HD21   -0.135    2.835
    19920     /A LEU 2022 CD2   /A LEU 2001 HD23   -0.135    2.835
    19921     /A ARG 2026 CG    /A LEU 2041 HD22   -0.139    2.839
    19922     /A GLU 2021 O     /A PHE 2004 HA     -0.139    2.559
    19923     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 CD     -0.141    3.721
    19924     /A LEU 2041 HG    /A LEU 2040 C      -0.142    2.752
    19925     /A ALA 2082 HA    /A PRO 2083 HD2    -0.144    2.144
    19926     /A PRO 2058 HD3   /A LEU 2022 CB     -0.144    2.844
    19927     /A LEU 2020 O     /A ARG 2059 CA     -0.146    3.266
    19928     /A LEU 2022 HD22  /A LEU 2001 HD23   -0.148    2.148
    19929     /A THR 2085 HG1   /A THR 2043 HG1    -0.151    2.151
    19930     /A THR 2085 OG1   /A THR 2043 CG2    -0.155    3.355
    19931     /A VAL 2057 HA    /A ALA 2082 HB2    -0.156    2.156
    19932     /A VAL 2081 HG21  /A ILE 2079 HG23   -0.159    2.159
    19933     /A ILE 2079 HB    /A ILE 2181 HG13   -0.159    2.159
    19934     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 HH12   -0.159    3.039
    19935     /A PRO 2083 HB3   /A ILE 2045 CG1    -0.161    2.861
    19936     /A ALA 2082 N     /A VAL 2081 HG11   -0.163    2.788
    19937     /A GLY 2023 H     /A SER 2002 O      -0.163    2.183
    19938     /A LEU 2041 O     /A ILE 2084 CA     -0.164    3.284
    19939     /A ARG 2026 O     /A VAL 2000 N      -0.169    2.814
    19940     /A ARG 2026 CG    /A LEU 2041 HD23   -0.169    2.869
    19941     /A LEU 2022 O     /A VAL 2057 N      -0.170    2.815
    19942     /A LEU 2020 O     /A ILE 2060 N      -0.172    2.817
    19943     /A LEU 2020 HA    /A LEU 2005 O      -0.173    2.593
    19944     /A THR 2085 CA    /A ARG 2187 O      -0.173    3.293
    19945     /A LEU 2022 HA    /A LEU 2022 HD11   -0.175    2.175
    19946     /A ILE 2084 HG22  /A PRO 2083 C      -0.176    2.786
    19947     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 HD3    -0.176    3.056
    19948     /A ILE 2025 H     /A ASN 2024 OD1    -0.178    2.198
    19949     /A ASN 2024 HB3   /A SER 2002 HG     -0.178    2.178
    19950     /A VAL 2081 CG2   /A ILE 2079 HG23   -0.180    2.880
    19951     /A GLU 2021 HB3   /A ARG 2056 HD3    -0.183    2.183
    19952     /A ASN 2024 O     /A SER 2002 H      -0.184    2.204
    19953     /A PRO 2083 CA    /A PRO 2185 O      -0.184    3.304
    19954     /A GLU 2021 N     /A LEU 2005 O      -0.185    2.830
    19955     /A ILE 2060 HG12  /A ILE 2079 HG22   -0.190    2.190
    19956     /A LEU 2020 HD12  /A PHE 2004 HE2    -0.192    2.192
    19957     /A THR 2085 HG1   /A THR 2043 HG21   -0.194    2.194
    19958     /A ILE 2084 HD12  /A ILE 2086 HG12   -0.197    2.197
    19959     /A GLU 2021 OE1   /A ARG 2056 HH12   -0.197    2.217
    19960     /A ILE 2079 CD1   /A PHE 2077 HE1    -0.200    2.900
    19961     /A LEU 2022 CD1   /A LEU 2001 HB3    -0.200    2.900
    19962     /A ILE 2060 CA    /A GLU 2078 O      -0.201    3.321
    19963     /A ILE 2084 CG1   /A VAL 2186 HG11   -0.202    2.902
    19964     /A LEU 2041 HD22  /A LEU 2041 HA     -0.205    2.205
    19965     /A ILE 2025 HG13  /A LEU 2040 HD21   -0.206    2.206
    19966     /A ASN 2024 O     /A LEU 2001 HA     -0.208    2.628
    19967     /A LEU 2020 N     /A ILE 2060 O      -0.212    2.857
    19968     /A VAL 2057 O     /A ALA 2082 N      -0.214    2.859
    19969     /A VAL 2081 HB    /A VAL 2184 CG2    -0.222    2.922
    19970     /A ARG 2026 NH2   /A GLU 2028 CD     -0.223    3.728
    19971     /A ILE 2025 HG12  /A LEU 2001 CD2    -0.223    2.923
    19972     /A GLU 2021 OE2   /A ARG 2056 NH1    -0.226    2.871
    19973     /A ASN 2080 O     /A ARG 2059 N      -0.227    2.872
    19974     /A ILE 2025 CG1   /A LEU 2040 HD21   -0.229    2.929
    19975     /A LEU 2022 HD22  /A LEU 2001 CD2    -0.231    2.931
    19976     /A LEU 2020 HB2   /A TYR 2006 HD2    -0.232    2.232
    19977     /A ILE 2084 CD1   /A LEU 2040 CD1    -0.232    3.632
    19978     /A ASN 2024 OD1   /A ILE 2025 N      -0.233    2.878
    19979     /A GLU 2021 OE1   /A LEU 2019 HD23   -0.237    2.657
    19980     /A ILE 2079 HD11  /A PHE 2077 CZ     -0.239    2.939
    19981     /A ILE 2079 O     /A ILE 2181 HA     -0.241    2.661
    19982     /A ILE 2025 HG12  /A LEU 2001 HD21   -0.241    2.241
    19983     /A ARG 2059 NE    /A LEU 2019 HD13   -0.243    2.868
    19984     /A GLU 2021 HG3   /A LEU 2019 HG     -0.243    2.243
    19985     /A ILE 2084 O     /A VAL 2186 CA     -0.246    3.366
    19986     /A LEU 2041 HG    /A LEU 2040 O      -0.249    2.669
    19987     /A ILE 2084 HD13  /A ILE 2086 CD1    -0.250    2.950
    19988     /A ALA 2082 HB1   /A PRO 2083 HD3    -0.251    2.251
    19989     /A ILE 2084 HD12  /A ILE 2086 CD1    -0.251    2.951
    19990     /A ARG 2059 O     /A ILE 2079 HA     -0.253    2.673
    19991     /A LEU 2020 CD2   /A GLU 2021 N      -0.254    3.579
    19992     /A LEU 2041 CD2   /A ARG 2026 CD     -0.255    3.655
    19993     /A ARG 2026 HH21  /A GLU 2028 CD     -0.261    3.141
    19994     /A ILE 2084 HG13  /A ILE 2086 HG13   -0.261    2.261
    19995     /A LEU 2041 CD1   /A ASP 2038 CG     -0.261    3.841
    19996     /A LEU 2041 CG    /A LEU 2040 O      -0.262    3.382
    19997     /A THR 2085 O     /A LEU 2040 CA     -0.262    3.382
    19998     /A GLU 2021 HG2   /A ARG 2059 HG3    -0.264    2.264
    19999     /A PRO 2083 CB    /A THR 2043 O      -0.268    3.388
    20000     /A PRO 2058 O     /A LEU 2022 N      -0.268    2.913
    20001     /A ILE 2025 CG1   /A LEU 1999 HD13   -0.269    2.969
    20002     /A ASN 2024 CG    /A ILE 2025 H      -0.272    2.882
    20003     /A GLU 2021 CD    /A LEU 2019 HD23   -0.273    3.153
    20004     /A GLY 2023 CA    /A SER 2002 O      -0.273    3.393
    20005     /A LEU 2022 HD13  /A LEU 2001 CB     -0.274    2.974
    20006     /A VAL 2081 CG1   /A ALA 2082 O      -0.274    3.394
    20007     /A LEU 2022 O     /A PRO 2058 HD3    -0.277    2.697
    20008     /A ARG 2026 HD3   /A ARG 2026 HH11   -0.280    2.280
    20009     /A PRO 2083 CB    /A ILE 2045 CG1    -0.282    3.682
    20010     /A LEU 2022 O     /A PRO 2058 CD     -0.283    3.403
    20011     /A GLU 2021 OE1   /A ARG 2056 HH11   -0.284    2.304
    20012     /A VAL 2081 O     /A VAL 2184 HG23   -0.284    2.704
    20013     /A LEU 2022 O     /A PRO 2058 N      -0.286    3.346
    20014     /A LEU 2022 HD12  /A PHE 2004 HD2    -0.289    2.289
    20015     /A PRO 2083 CG    /A ILE 2045 HD12   -0.289    2.989
    20016     /A ARG 2026 HB3   /A VAL 2000 HB     -0.290    2.290
    20017     /A THR 2085 HG23  /A ILE 2086 N      -0.291    2.916
    20018     /A LEU 2020 C     /A GLU 2021 HG3    -0.291    2.901
    20019     /A ASN 2080 ND2   /A GLU 2078 HG3    -0.292    2.917
    20020     /A ILE 2084 HG12  /A VAL 2186 HG11   -0.292    2.292
    20021     /A LEU 2022 CD2   /A PRO 2058 HG3    -0.297    2.997
    20022     /A ILE 2079 N     /A GLU 2078 HG3    -0.298    2.923
    20023     /A THR 2085 HA    /A ARG 2187 HB3    -0.302    2.302
    20024     /A VAL 2057 C     /A ALA 2082 H      -0.307    2.917
    20025     /A ASN 2024 CB    /A SER 2002 HG     -0.308    3.008
    20026     /A LEU 2020 HD21  /A LEU 2020 O      -0.308    2.728
    20027     /A ARG 2026 O     /A LEU 1999 CA     -0.309    3.429
    20028     /A LEU 2041 O     /A THR 2043 HG1    -0.310    2.330
    20029     /A ILE 2025 CD1   /A LEU 1999 HD13   -0.311    3.011
    20030     /A ILE 2084 O     /A ARG 2187 N      -0.312    2.957
    20031     /A ASN 2080 ND2   /A GLU 2078 OE1    -0.313    2.958
    20032     /A GLY 2023 N     /A SER 2002 O      -0.315    2.960
    20033     /A LEU 2041 HD23  /A ARG 2026 CD     -0.316    3.016
    20034     /A LEU 2020 CD1   /A PHE 2004 HE2    -0.318    3.018
    20035     /A ILE 2060 HG23  /A PHE 2061 N      -0.321    2.946
    20036     /A VAL 2081 O     /A VAL 2184 HG13   -0.322    2.742
    20037     /A ARG 2026 HG2   /A MET 2027 N      -0.325    2.950
    20038     /A ILE 2060 O     /A LEU 2019 CA     -0.325    3.445
    20039     /A GLY 2023 CA    /A ALA 2003 HB2    -0.326    3.026
    20040     /A PRO 2083 CB    /A ILE 2045 HG13   -0.326    3.026
    20041     /A THR 2085 OG1   /A ARG 2187 CB     -0.327    3.527
    20042     /A ASN 2080 C     /A VAL 2081 HG21   -0.327    2.937
    20043     /A PRO 2083 CG    /A ILE 2045 CD1    -0.330    3.730
    20044     /A ASN 2024 H     /A SER 2002 O      -0.334    2.354
    20045     /A VAL 2057 O     /A VAL 2081 CA     -0.336    3.456
    20046     /A ILE 2084 CG2   /A PRO 2083 O      -0.337    3.457
    20047     /A ILE 2079 CG1   /A PHE 2077 CE1    -0.339    3.739
    20048     /A GLU 2021 CA    /A PRO 2058 O      -0.342    3.462
    20049     /A ARG 2059 NE    /A LEU 2019 CD1    -0.342    3.667
    20050     /A LEU 2041 HD23  /A ARG 2026 NE     -0.343    2.968
    20051     /A PRO 2058 CA    /A ASN 2080 O      -0.344    3.464
    20052     /A LEU 2020 C     /A ILE 2060 H      -0.344    2.954
    20053     /A ARG 2026 N     /A ILE 2025 HG13   -0.346    2.971
    20054     /A ALA 2042 CB    /A VAL 2057 HG21   -0.353    3.053
    20055     /A LEU 2022 HD11  /A SER 2002 O      -0.353    2.773
    20056     /A PRO 2083 O     /A THR 2043 N      -0.353    2.998
    20057     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 HB2    -0.354    2.354
    20058     /A PRO 2058 CD    /A LEU 2022 HD21   -0.357    3.057
    20059     /A LEU 2022 O     /A ARG 2056 CA     -0.358    3.478
    20060     /A PRO 2058 CB    /A LEU 2022 HB3    -0.361    3.061
    20061     /A ARG 2059 C     /A ASN 2080 H      -0.361    2.971
    20062     /A ARG 2026 N     /A VAL 2000 O      -0.361    3.006
    20063     /A ILE 2060 CG2   /A PHE 2077 CE2    -0.363    3.763
    20064     /A LEU 2041 CG    /A ASP 2038 HB3    -0.363    3.063
    20065     /A ARG 2059 CB    /A ASN 2080 HB3    -0.365    3.065
    20066     /A ILE 2079 HG13  /A ILE 2060 HG22   -0.365    2.365
    20067     /A ILE 2025 CB    /A LEU 2022 HD22   -0.366    3.066
    20068     /A GLY 2023 N     /A LEU 2022 HG     -0.366    2.991
    20069     /A GLU 2021 CB    /A ARG 2056 HD3    -0.366    3.066
    20070     /A THR 2085 C     /A ILE 2086 HG13   -0.367    2.977
    20071     /A ASN 2080 ND2   /A GLU 2078 CG     -0.367    3.692
    20072     /A VAL 2057 CB    /A PRO 2058 CG     -0.369    3.769
    20073     /A VAL 2057 CG2   /A ASN 2024 CA     -0.369    3.769
    20074     /A ASN 2080 OD1   /A GLU 2078 OE1    -0.371    3.211
    20075     /A LEU 2041 C     /A THR 2085 H      -0.373    2.983
    20076     /A GLU 2021 O     /A LEU 2005 N      -0.373    3.018
    20077     /A GLU 2021 OE2   /A ARG 2056 NE     -0.374    3.019
    20078     /A ILE 2025 CA    /A VAL 2000 O      -0.375    3.495
    20079     /A ASN 2080 CB    /A ARG 2059 HB3    -0.377    3.077
    20080     /A ILE 2025 CG1   /A LEU 2001 CD2    -0.385    3.785
    20081     /A LEU 2022 CD2   /A LEU 2001 CD2    -0.386    3.786
    20082     /A ILE 2060 O     /A LEU 2019 HD11   -0.388    2.808
    20083     /A ILE 2079 HD12  /A ILE 2181 CD1    -0.389    3.089
    20084     /A ILE 2025 HD12  /A LEU 2040 HD21   -0.390    2.390
    20085     /A ILE 2084 H     /A ILE 2084 HG12   -0.390    2.390
    20086     /A ILE 2079 O     /A ILE 2181 CG2    -0.390    3.510
    20087     /A PRO 2058 CD    /A LEU 2022 CB     -0.391    3.791
    20088     /A ILE 2084 CG1   /A ILE 2086 HG13   -0.391    3.091
    20089     /A THR 2085 OG1   /A ARG 2187 HD2    -0.392    2.892
    20090     /A ILE 2025 HD13  /A LEU 2040 CD2    -0.392    3.092
    20091     /A LEU 2041 HB2   /A THR 2085 HB     -0.392    2.392
    20092     /A ILE 2025 HD12  /A LEU 2040 CD2    -0.392    3.092
    20093     /A VAL 2057 O     /A PRO 2058 HG2    -0.393    2.813
    20094     /A LEU 2020 O     /A GLU 2021 CG     -0.393    3.513
    20095     /A ARG 2026 C     /A VAL 2000 H      -0.393    3.003
    20096     /A ILE 2025 HG12  /A LEU 1999 HD13   -0.394    2.394
    20097     /A ASN 2080 OD1   /A PRO 2182 CD     -0.395    3.515
    20098     /A ILE 2079 N     /A LYS 2180 O      -0.399    3.044
    20099     /A THR 2085 N     /A THR 2043 OG1    -0.399    3.124
    20100     /A PRO 2058 CG    /A LEU 2022 HB3    -0.400    3.100
    20101    
    20102 
    20103  
    20104 323 contacts 
    20105 
    20106 > ui tool show Contacts
    20107 
    20108 > close #1.1
    20109 
    20110 > select clear
    20111 
    20112 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    20113 
    20114 325 atoms, 323 bonds, 20 residues, 1 model selected 
    20115 
    20116 > ui tool show Contacts
    20117 
    20118 > contacts sel intraRes true ignoreHiddenModels true color #ffffff dashes 4
    20119 > reveal true log true
    20120    
    20121    
    20122     Allowed overlap: -0.4
    20123     H-bond overlap reduction: 0.4
    20124     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    20125     Detect intra-residue contacts: True
    20126     Detect intra-molecule contacts: True
    20127    
    20128     323 contacts
    20129          atom1             atom2        overlap  distance
    20130     /A VAL 2057 CB    /A PRO 2058 HD2    1.082    1.618
    20131     /A VAL 2057 CG1   /A PRO 2058 HD2    0.984    1.716
    20132     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 NH1    0.716    2.789
    20133     /A PRO 2083 HB3   /A ILE 2045 HD12   0.629    1.371
    20134     /A PRO 2058 CD    /A VAL 2057 HB     0.618    2.082
    20135     /A PRO 2058 CD    /A VAL 2057 CG1    0.603    2.797
    20136     /A THR 2085 HG1   /A THR 2043 OG1    0.505    1.595
    20137     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 CZ     0.496    2.994
    20138     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 HB     0.482    1.518
    20139     /A GLU 2021 OE2   /A ARG 2056 CZ     0.469    2.561
    20140     /A ALA 2082 O     /A ILE 2084 HG22   0.435    1.985
    20141     /A GLU 2021 OE1   /A ARG 2056 NH1    0.430    2.215
    20142     /A ASN 2080 OD1   /A PRO 2182 HG2    0.403    2.017
    20143     /A PRO 2083 HB3   /A ILE 2045 CD1    0.352    2.348
    20144     /A VAL 2057 HG23  /A ASN 2024 HA     0.336    1.664
    20145     /A VAL 2057 HG12  /A ILE 2025 HG21   0.327    1.673
    20146     /A ASN 2024 HB3   /A SER 2002 OG     0.311    2.189
    20147     /A PRO 2083 CB    /A ILE 2045 HD12   0.299    2.401
    20148     /A LEU 2041 CD2   /A ARG 2026 HG3    0.297    2.403
    20149     /A THR 2085 HG1   /A THR 2043 CB     0.286    2.414
    20150     /A ASN 2080 HD22  /A GLU 2078 CD     0.273    2.607
    20151     /A ASN 2080 H     /A ARG 2059 O      0.258    1.762
    20152     /A GLY 2023 O     /A VAL 2057 CG2    0.249    2.871
    20153     /A THR 2085 H     /A LEU 2041 O      0.230    1.790
    20154     /A ARG 2026 O     /A VAL 2000 H      0.204    1.816
    20155     /A VAL 2057 HG13  /A PRO 2058 HD2    0.201    1.799
    20156     /A ILE 2060 H     /A LEU 2020 O      0.195    1.825
    20157     /A VAL 2057 HG12  /A PRO 2058 HD2    0.194    1.806
    20158     /A ILE 2025 CG2   /A VAL 2057 HG12   0.191    2.509
    20159     /A ARG 2026 HA    /A LEU 2040 O      0.189    2.231
    20160     /A GLU 2021 H     /A LEU 2005 O      0.173    1.847
    20161     /A ILE 2060 O     /A LEU 2020 H      0.170    1.850
    20162     /A ALA 2082 H     /A VAL 2057 O      0.168    1.852
    20163     /A VAL 2057 O     /A VAL 2057 HG13   0.156    2.264
    20164     /A ILE 2084 HG21  /A ILE 2084 HD11   0.156    1.844
    20165     /A ASN 2080 O     /A ARG 2059 H      0.148    1.872
    20166     /A ASN 2024 CB    /A SER 2002 OG     0.136    3.064
    20167     /A LEU 2020 O     /A ARG 2059 HA     0.122    2.298
    20168     /A ARG 2059 HE    /A LEU 2019 HD13   0.121    1.879
    20169     /A ILE 2079 O     /A PRO 2182 HD3    0.120    2.300
    20170     /A ARG 2026 NH2   /A GLU 2028 OE1    0.119    2.526
    20171     /A ALA 2082 O     /A VAL 2081 HG11   0.113    2.307
    20172     /A PRO 2083 HB2   /A THR 2043 O      0.108    2.312
    20173     /A LEU 2020 C     /A LEU 2020 HD21   0.098    2.512
    20174     /A ASN 2080 OD1   /A PRO 2182 CG     0.098    3.022
    20175     /A LEU 2041 HD13  /A ASP 2038 CG     0.096    2.784
    20176     /A ILE 2079 HD11  /A PHE 2077 CE1    0.091    2.609
    20177     /A ILE 2084 O     /A ILE 2084 HG13   0.085    2.335
    20178     /A PRO 2083 CB    /A ILE 2045 CD1    0.084    3.316
    20179     /A GLU 2021 OE1   /A ARG 2056 CZ     0.084    2.946
    20180     /A THR 2085 H     /A THR 2043 HG1    0.084    1.916
    20181     /A VAL 2057 CG1   /A ILE 2025 HG21   0.083    2.617
    20182     /A PRO 2083 HA    /A PRO 2185 O      0.076    2.344
    20183     /A ALA 2082 O     /A ILE 2084 CG2    0.072    3.048
    20184     /A ARG 2026 CG    /A LEU 2041 CD2    0.064    3.336
    20185     /A THR 2085 OG1   /A THR 2043 OG1    0.058    2.542
    20186     /A ILE 2060 HA    /A GLU 2078 O      0.053    2.367
    20187     /A PRO 2058 HG3   /A LEU 2022 HD21   0.053    1.947
    20188     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 NE     0.052    3.453
    20189     /A THR 2085 HA    /A ARG 2187 O      0.051    2.369
    20190     /A ARG 2059 HD2   /A ARG 2059 HH11   0.047    1.953
    20191     /A ILE 2084 O     /A ARG 2187 H      0.043    1.977
    20192     /A THR 2085 HG1   /A THR 2043 CG2    0.042    2.658
    20193     /A THR 2085 CB    /A THR 2043 OG1    0.038    3.162
    20194     /A ILE 2084 HD12  /A ILE 2086 CG1    0.027    2.673
    20195     /A THR 2085 O     /A LEU 2040 HA     0.026    2.394
    20196     /A PRO 2058 HD3   /A LEU 2022 HB3    0.025    1.975
    20197     /A PRO 2083 O     /A THR 2043 H      0.023    1.997
    20198     /A ARG 2026 CZ    /A GLU 2028 OE1    0.021    3.009
    20199     /A PRO 2058 O     /A LEU 2022 H      0.018    2.002
    20200     /A ILE 2084 CD1   /A ILE 2086 CD1    0.015    3.385
    20201     /A PRO 2058 HD3   /A VAL 2057 HB     0.015    1.985
    20202     /A LEU 2041 HD23  /A ARG 2026 HG3    0.013    1.987
    20203     /A ILE 2079 HD11  /A PHE 2077 HE1    0.013    1.987
    20204     /A LEU 2041 HD22  /A ARG 2026 HG3    0.013    1.987
    20205     /A ASN 2080 ND2   /A GLU 2078 CD     0.011    3.494
    20206     /A THR 2085 N     /A THR 2043 HG1    0.011    2.614
    20207     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 NH2    0.010    3.495
    20208     /A ARG 2059 HE    /A LEU 2019 CD1    0.010    2.690
    20209     /A ILE 2084 HD12  /A LEU 2040 CD1    0.009    2.691
    20210     /A GLU 2021 O     /A LEU 2005 H      0.008    2.012
    20211     /A LEU 2041 CD1   /A ASP 2038 HB3    0.006    2.694
    20212     /A LEU 2041 HD13  /A ASP 2038 CB     -0.001    2.701
    20213     /A ASN 2080 HD22  /A GLU 2078 OE1    -0.004    2.024
    20214     /A ASN 2080 HB3   /A ARG 2059 HB3    -0.009    2.009
    20215     /A PRO 2058 CD    /A VAL 2057 HG13   -0.013    2.713
    20216     /A PRO 2058 CD    /A VAL 2057 HG12   -0.013    2.713
    20217     /A VAL 2057 CG2   /A ASN 2024 HA     -0.023    2.723
    20218     /A ARG 2026 H     /A VAL 2000 O      -0.023    2.043
    20219     /A LEU 2022 CD2   /A ILE 2025 HB     -0.023    2.723
    20220     /A THR 2085 OG1   /A ARG 2187 HB3    -0.027    2.527
    20221     /A ILE 2084 CD1   /A ILE 2086 CG1    -0.028    3.428
    20222     /A ILE 2079 HG21  /A ILE 2079 HD13   -0.029    2.029
    20223     /A ILE 2084 HD12  /A LEU 2040 HD12   -0.031    2.031
    20224     /A ILE 2025 HG23  /A ILE 2025 HD13   -0.032    2.032
    20225     /A VAL 2057 HG23  /A ASN 2024 CA     -0.037    2.737
    20226     /A LEU 2022 O     /A VAL 2057 H      -0.039    2.059
    20227     /A ILE 2079 O     /A PRO 2182 CD     -0.040    3.160
    20228     /A GLY 2023 O     /A VAL 2057 HG23   -0.045    2.465
    20229     /A GLY 2023 O     /A VAL 2057 HG22   -0.046    2.466
    20230     /A ILE 2025 HB    /A LEU 2022 HD22   -0.047    2.047
    20231     /A ILE 2084 O     /A VAL 2186 HA     -0.047    2.467
    20232     /A ARG 2026 O     /A LEU 1999 HD11   -0.059    2.479
    20233     /A GLY 2023 HA3   /A ALA 2003 HB2    -0.061    2.061
    20234     /A GLU 2021 OE2   /A ARG 2056 NH2    -0.061    2.706
    20235     /A LEU 2022 HD13  /A LEU 2001 HB3    -0.066    2.066
    20236     /A LEU 2041 HD13  /A ASP 2038 HB3    -0.066    2.066
    20237     /A ILE 2079 H     /A LYS 2180 O      -0.068    2.088
    20238     /A ILE 2025 CD1   /A LEU 2040 CD2    -0.069    3.469
    20239     /A ILE 2060 HG21  /A ILE 2060 HD13   -0.076    2.076
    20240     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 HH11   -0.077    2.957
    20241     /A ARG 2026 HH21  /A GLU 2028 OE1    -0.078    2.098
    20242     /A THR 2085 O     /A LEU 2041 H      -0.080    2.100
    20243     /A ARG 2026 O     /A LEU 1999 HA     -0.082    2.502
    20244     /A ILE 2025 CD1   /A LEU 2040 HD21   -0.085    2.785
    20245     /A ILE 2084 CD1   /A LEU 2040 HD12   -0.085    2.785
    20246     /A ILE 2060 O     /A LEU 2019 HA     -0.089    2.509
    20247     /A ALA 2082 CB    /A VAL 2057 HA     -0.091    2.791
    20248     /A PRO 2058 O     /A GLU 2021 HA     -0.095    2.515
    20249     /A ILE 2025 HA    /A VAL 2000 O      -0.096    2.516
    20250     /A PRO 2058 CD    /A LEU 2022 HB3    -0.097    2.797
    20251     /A LEU 2020 HD21  /A GLU 2021 N      -0.097    2.722
    20252     /A LEU 2020 HB3   /A ILE 2060 HB     -0.100    2.100
    20253     /A ARG 2026 CA    /A LEU 2040 O      -0.102    3.222
    20254     /A ILE 2079 O     /A ILE 2181 HG22   -0.102    2.522
    20255     /A VAL 2081 HB    /A VAL 2184 HG22   -0.103    2.103
    20256     /A LEU 2041 O     /A THR 2085 N      -0.104    2.749
    20257     /A VAL 2057 O     /A VAL 2081 HA     -0.105    2.525
    20258     /A ILE 2079 CD1   /A PHE 2077 CE1    -0.105    3.505
    20259     /A ASN 2080 O     /A PRO 2058 HA     -0.106    2.526
    20260     /A LEU 2041 O     /A ILE 2084 HA     -0.106    2.526
    20261     /A ARG 2059 O     /A ASN 2080 N      -0.107    2.752
    20262     /A ALA 2042 C     /A THR 2043 HG1    -0.108    2.718
    20263     /A VAL 2057 CG1   /A PRO 2058 CG     -0.112    3.512
    20264     /A LEU 2041 CD1   /A ASP 2038 CB     -0.113    3.513
    20265     /A PRO 2058 HD3   /A VAL 2057 CB     -0.115    2.815
    20266     /A ILE 2025 O     /A ILE 2025 HG22   -0.117    2.537
    20267     /A ILE 2025 CG2   /A VAL 2057 CG1    -0.121    3.521
    20268     /A PRO 2083 CD    /A ALA 2082 HB1    -0.122    2.822
    20269     /A THR 2085 OG1   /A THR 2043 CB     -0.122    3.322
    20270     /A THR 2085 OG1   /A THR 2043 HG21   -0.134    2.634
    20271     /A PRO 2058 CG    /A LEU 2022 HD21   -0.135    2.835
    20272     /A LEU 2022 CD2   /A LEU 2001 HD23   -0.135    2.835
    20273     /A ARG 2026 CG    /A LEU 2041 HD22   -0.139    2.839
    20274     /A GLU 2021 O     /A PHE 2004 HA     -0.139    2.559
    20275     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 CD     -0.141    3.721
    20276     /A LEU 2041 HG    /A LEU 2040 C      -0.142    2.752
    20277     /A ALA 2082 HA    /A PRO 2083 HD2    -0.144    2.144
    20278     /A PRO 2058 HD3   /A LEU 2022 CB     -0.144    2.844
    20279     /A LEU 2020 O     /A ARG 2059 CA     -0.146    3.266
    20280     /A LEU 2022 HD22  /A LEU 2001 HD23   -0.148    2.148
    20281     /A THR 2085 HG1   /A THR 2043 HG1    -0.151    2.151
    20282     /A THR 2085 OG1   /A THR 2043 CG2    -0.155    3.355
    20283     /A VAL 2057 HA    /A ALA 2082 HB2    -0.156    2.156
    20284     /A VAL 2081 HG21  /A ILE 2079 HG23   -0.159    2.159
    20285     /A ILE 2079 HB    /A ILE 2181 HG13   -0.159    2.159
    20286     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 HH12   -0.159    3.039
    20287     /A PRO 2083 HB3   /A ILE 2045 CG1    -0.161    2.861
    20288     /A ALA 2082 N     /A VAL 2081 HG11   -0.163    2.788
    20289     /A GLY 2023 H     /A SER 2002 O      -0.163    2.183
    20290     /A LEU 2041 O     /A ILE 2084 CA     -0.164    3.284
    20291     /A ARG 2026 O     /A VAL 2000 N      -0.169    2.814
    20292     /A ARG 2026 CG    /A LEU 2041 HD23   -0.169    2.869
    20293     /A LEU 2022 O     /A VAL 2057 N      -0.170    2.815
    20294     /A LEU 2020 O     /A ILE 2060 N      -0.172    2.817
    20295     /A LEU 2020 HA    /A LEU 2005 O      -0.173    2.593
    20296     /A THR 2085 CA    /A ARG 2187 O      -0.173    3.293
    20297     /A LEU 2022 HA    /A LEU 2022 HD11   -0.175    2.175
    20298     /A ILE 2084 HG22  /A PRO 2083 C      -0.176    2.786
    20299     /A GLU 2021 CD    /A ARG 2056 HD3    -0.176    3.056
    20300     /A ILE 2025 H     /A ASN 2024 OD1    -0.178    2.198
    20301     /A ASN 2024 HB3   /A SER 2002 HG     -0.178    2.178
    20302     /A VAL 2081 CG2   /A ILE 2079 HG23   -0.180    2.880
    20303     /A GLU 2021 HB3   /A ARG 2056 HD3    -0.183    2.183
    20304     /A ASN 2024 O     /A SER 2002 H      -0.184    2.204
    20305     /A PRO 2083 CA    /A PRO 2185 O      -0.184    3.304
    20306     /A GLU 2021 N     /A LEU 2005 O      -0.185    2.830
    20307     /A ILE 2060 HG12  /A ILE 2079 HG22   -0.190    2.190
    20308     /A LEU 2020 HD12  /A PHE 2004 HE2    -0.192    2.192
    20309     /A THR 2085 HG1   /A THR 2043 HG21   -0.194    2.194
    20310     /A ILE 2084 HD12  /A ILE 2086 HG12   -0.197    2.197
    20311     /A GLU 2021 OE1   /A ARG 2056 HH12   -0.197    2.217
    20312     /A ILE 2079 CD1   /A PHE 2077 HE1    -0.200    2.900
    20313     /A LEU 2022 CD1   /A LEU 2001 HB3    -0.200    2.900
    20314     /A ILE 2060 CA    /A GLU 2078 O      -0.201    3.321
    20315     /A ILE 2084 CG1   /A VAL 2186 HG11   -0.202    2.902
    20316     /A LEU 2041 HD22  /A LEU 2041 HA     -0.205    2.205
    20317     /A ILE 2025 HG13  /A LEU 2040 HD21   -0.206    2.206
    20318     /A ASN 2024 O     /A LEU 2001 HA     -0.208    2.628
    20319     /A LEU 2020 N     /A ILE 2060 O      -0.212    2.857
    20320     /A VAL 2057 O     /A ALA 2082 N      -0.214    2.859
    20321     /A VAL 2081 HB    /A VAL 2184 CG2    -0.222    2.922
    20322     /A ARG 2026 NH2   /A GLU 2028 CD     -0.223    3.728
    20323     /A ILE 2025 HG12  /A LEU 2001 CD2    -0.223    2.923
    20324     /A GLU 2021 OE2   /A ARG 2056 NH1    -0.226    2.871
    20325     /A ASN 2080 O     /A ARG 2059 N      -0.227    2.872
    20326     /A ILE 2025 CG1   /A LEU 2040 HD21   -0.229    2.929
    20327     /A LEU 2022 HD22  /A LEU 2001 CD2    -0.231    2.931
    20328     /A LEU 2020 HB2   /A TYR 2006 HD2    -0.232    2.232
    20329     /A ILE 2084 CD1   /A LEU 2040 CD1    -0.232    3.632
    20330     /A ASN 2024 OD1   /A ILE 2025 N      -0.233    2.878
    20331     /A GLU 2021 OE1   /A LEU 2019 HD23   -0.237    2.657
    20332     /A ILE 2079 HD11  /A PHE 2077 CZ     -0.239    2.939
    20333     /A ILE 2079 O     /A ILE 2181 HA     -0.241    2.661
    20334     /A ILE 2025 HG12  /A LEU 2001 HD21   -0.241    2.241
    20335     /A ARG 2059 NE    /A LEU 2019 HD13   -0.243    2.868
    20336     /A GLU 2021 HG3   /A LEU 2019 HG     -0.243    2.243
    20337     /A ILE 2084 O     /A VAL 2186 CA     -0.246    3.366
    20338     /A LEU 2041 HG    /A LEU 2040 O      -0.249    2.669
    20339     /A ILE 2084 HD13  /A ILE 2086 CD1    -0.250    2.950
    20340     /A ALA 2082 HB1   /A PRO 2083 HD3    -0.251    2.251
    20341     /A ILE 2084 HD12  /A ILE 2086 CD1    -0.251    2.951
    20342     /A ARG 2059 O     /A ILE 2079 HA     -0.253    2.673
    20343     /A LEU 2020 CD2   /A GLU 2021 N      -0.254    3.579
    20344     /A LEU 2041 CD2   /A ARG 2026 CD     -0.255    3.655
    20345     /A ARG 2026 HH21  /A GLU 2028 CD     -0.261    3.141
    20346     /A ILE 2084 HG13  /A ILE 2086 HG13   -0.261    2.261
    20347     /A LEU 2041 CD1   /A ASP 2038 CG     -0.261    3.841
    20348     /A LEU 2041 CG    /A LEU 2040 O      -0.262    3.382
    20349     /A THR 2085 O     /A LEU 2040 CA     -0.262    3.382
    20350     /A GLU 2021 HG2   /A ARG 2059 HG3    -0.264    2.264
    20351     /A PRO 2083 CB    /A THR 2043 O      -0.268    3.388
    20352     /A PRO 2058 O     /A LEU 2022 N      -0.268    2.913
    20353     /A ILE 2025 CG1   /A LEU 1999 HD13   -0.269    2.969
    20354     /A ASN 2024 CG    /A ILE 2025 H      -0.272    2.882
    20355     /A GLU 2021 CD    /A LEU 2019 HD23   -0.273    3.153
    20356     /A GLY 2023 CA    /A SER 2002 O      -0.273    3.393
    20357     /A LEU 2022 HD13  /A LEU 2001 CB     -0.274    2.974
    20358     /A VAL 2081 CG1   /A ALA 2082 O      -0.274    3.394
    20359     /A LEU 2022 O     /A PRO 2058 HD3    -0.277    2.697
    20360     /A ARG 2026 HD3   /A ARG 2026 HH11   -0.280    2.280
    20361     /A PRO 2083 CB    /A ILE 2045 CG1    -0.282    3.682
    20362     /A LEU 2022 O     /A PRO 2058 CD     -0.283    3.403
    20363     /A GLU 2021 OE1   /A ARG 2056 HH11   -0.284    2.304
    20364     /A VAL 2081 O     /A VAL 2184 HG23   -0.284    2.704
    20365     /A LEU 2022 O     /A PRO 2058 N      -0.286    3.346
    20366     /A LEU 2022 HD12  /A PHE 2004 HD2    -0.289    2.289
    20367     /A PRO 2083 CG    /A ILE 2045 HD12   -0.289    2.989
    20368     /A ARG 2026 HB3   /A VAL 2000 HB     -0.290    2.290
    20369     /A THR 2085 HG23  /A ILE 2086 N      -0.291    2.916
    20370     /A LEU 2020 C     /A GLU 2021 HG3    -0.291    2.901
    20371     /A ASN 2080 ND2   /A GLU 2078 HG3    -0.292    2.917
    20372     /A ILE 2084 HG12  /A VAL 2186 HG11   -0.292    2.292
    20373     /A LEU 2022 CD2   /A PRO 2058 HG3    -0.297    2.997
    20374     /A ILE 2079 N     /A GLU 2078 HG3    -0.298    2.923
    20375     /A THR 2085 HA    /A ARG 2187 HB3    -0.302    2.302
    20376     /A VAL 2057 C     /A ALA 2082 H      -0.307    2.917
    20377     /A ASN 2024 CB    /A SER 2002 HG     -0.308    3.008
    20378     /A LEU 2020 HD21  /A LEU 2020 O      -0.308    2.728
    20379     /A ARG 2026 O     /A LEU 1999 CA     -0.309    3.429
    20380     /A LEU 2041 O     /A THR 2043 HG1    -0.310    2.330
    20381     /A ILE 2025 CD1   /A LEU 1999 HD13   -0.311    3.011
    20382     /A ILE 2084 O     /A ARG 2187 N      -0.312    2.957
    20383     /A ASN 2080 ND2   /A GLU 2078 OE1    -0.313    2.958
    20384     /A GLY 2023 N     /A SER 2002 O      -0.315    2.960
    20385     /A LEU 2041 HD23  /A ARG 2026 CD     -0.316    3.016
    20386     /A LEU 2020 CD1   /A PHE 2004 HE2    -0.318    3.018
    20387     /A ILE 2060 HG23  /A PHE 2061 N      -0.321    2.946
    20388     /A VAL 2081 O     /A VAL 2184 HG13   -0.322    2.742
    20389     /A ARG 2026 HG2   /A MET 2027 N      -0.325    2.950
    20390     /A ILE 2060 O     /A LEU 2019 CA     -0.325    3.445
    20391     /A GLY 2023 CA    /A ALA 2003 HB2    -0.326    3.026
    20392     /A PRO 2083 CB    /A ILE 2045 HG13   -0.326    3.026
    20393     /A THR 2085 OG1   /A ARG 2187 CB     -0.327    3.527
    20394     /A ASN 2080 C     /A VAL 2081 HG21   -0.327    2.937
    20395     /A PRO 2083 CG    /A ILE 2045 CD1    -0.330    3.730
    20396     /A ASN 2024 H     /A SER 2002 O      -0.334    2.354
    20397     /A VAL 2057 O     /A VAL 2081 CA     -0.336    3.456
    20398     /A ILE 2084 CG2   /A PRO 2083 O      -0.337    3.457
    20399     /A ILE 2079 CG1   /A PHE 2077 CE1    -0.339    3.739
    20400     /A GLU 2021 CA    /A PRO 2058 O      -0.342    3.462
    20401     /A ARG 2059 NE    /A LEU 2019 CD1    -0.342    3.667
    20402     /A LEU 2041 HD23  /A ARG 2026 NE     -0.343    2.968
    20403     /A PRO 2058 CA    /A ASN 2080 O      -0.344    3.464
    20404     /A LEU 2020 C     /A ILE 2060 H      -0.344    2.954
    20405     /A ARG 2026 N     /A ILE 2025 HG13   -0.346    2.971
    20406     /A ALA 2042 CB    /A VAL 2057 HG21   -0.353    3.053
    20407     /A LEU 2022 HD11  /A SER 2002 O      -0.353    2.773
    20408     /A PRO 2083 O     /A THR 2043 N      -0.353    2.998
    20409     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 HB2    -0.354    2.354
    20410     /A PRO 2058 CD    /A LEU 2022 HD21   -0.357    3.057
    20411     /A LEU 2022 O     /A ARG 2056 CA     -0.358    3.478
    20412     /A PRO 2058 CB    /A LEU 2022 HB3    -0.361    3.061
    20413     /A ARG 2059 C     /A ASN 2080 H      -0.361    2.971
    20414     /A ARG 2026 N     /A VAL 2000 O      -0.361    3.006
    20415     /A ILE 2060 CG2   /A PHE 2077 CE2    -0.363    3.763
    20416     /A LEU 2041 CG    /A ASP 2038 HB3    -0.363    3.063
    20417     /A ARG 2059 CB    /A ASN 2080 HB3    -0.365    3.065
    20418     /A ILE 2079 HG13  /A ILE 2060 HG22   -0.365    2.365
    20419     /A ILE 2025 CB    /A LEU 2022 HD22   -0.366    3.066
    20420     /A GLY 2023 N     /A LEU 2022 HG     -0.366    2.991
    20421     /A GLU 2021 CB    /A ARG 2056 HD3    -0.366    3.066
    20422     /A THR 2085 C     /A ILE 2086 HG13   -0.367    2.977
    20423     /A ASN 2080 ND2   /A GLU 2078 CG     -0.367    3.692
    20424     /A VAL 2057 CB    /A PRO 2058 CG     -0.369    3.769
    20425     /A VAL 2057 CG2   /A ASN 2024 CA     -0.369    3.769
    20426     /A ASN 2080 OD1   /A GLU 2078 OE1    -0.371    3.211
    20427     /A LEU 2041 C     /A THR 2085 H      -0.373    2.983
    20428     /A GLU 2021 O     /A LEU 2005 N      -0.373    3.018
    20429     /A GLU 2021 OE2   /A ARG 2056 NE     -0.374    3.019
    20430     /A ILE 2025 CA    /A VAL 2000 O      -0.375    3.495
    20431     /A ASN 2080 CB    /A ARG 2059 HB3    -0.377    3.077
    20432     /A ILE 2025 CG1   /A LEU 2001 CD2    -0.385    3.785
    20433     /A LEU 2022 CD2   /A LEU 2001 CD2    -0.386    3.786
    20434     /A ILE 2060 O     /A LEU 2019 HD11   -0.388    2.808
    20435     /A ILE 2079 HD12  /A ILE 2181 CD1    -0.389    3.089
    20436     /A ILE 2025 HD12  /A LEU 2040 HD21   -0.390    2.390
    20437     /A ILE 2084 H     /A ILE 2084 HG12   -0.390    2.390
    20438     /A ILE 2079 O     /A ILE 2181 CG2    -0.390    3.510
    20439     /A PRO 2058 CD    /A LEU 2022 CB     -0.391    3.791
    20440     /A ILE 2084 CG1   /A ILE 2086 HG13   -0.391    3.091
    20441     /A THR 2085 OG1   /A ARG 2187 HD2    -0.392    2.892
    20442     /A ILE 2025 HD13  /A LEU 2040 CD2    -0.392    3.092
    20443     /A LEU 2041 HB2   /A THR 2085 HB     -0.392    2.392
    20444     /A ILE 2025 HD12  /A LEU 2040 CD2    -0.392    3.092
    20445     /A VAL 2057 O     /A PRO 2058 HG2    -0.393    2.813
    20446     /A LEU 2020 O     /A GLU 2021 CG     -0.393    3.513
    20447     /A ARG 2026 C     /A VAL 2000 H      -0.393    3.003
    20448     /A ILE 2025 HG12  /A LEU 1999 HD13   -0.394    2.394
    20449     /A ASN 2080 OD1   /A PRO 2182 CD     -0.395    3.515
    20450     /A ILE 2079 N     /A LYS 2180 O      -0.399    3.044
    20451     /A THR 2085 N     /A THR 2043 OG1    -0.399    3.124
    20452     /A PRO 2058 CG    /A LEU 2022 HB3    -0.400    3.100
    20453    
    20454 
    20455  
    20456 323 contacts 
    20457 
    20458 > close #1.1
    20459 
    20460 > ui tool show Clashes
    20461 
    20462 > clashes sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    20463 > color #ff0000 reveal true log true
    20464    
    20465    
    20466     Allowed overlap: 0.6
    20467     H-bond overlap reduction: 0.4
    20468     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    20469     Detect intra-residue clashes: True
    20470     Detect intra-molecule clashes: True
    20471    
    20472     4 clashes
    20473          atom1            atom2       overlap  distance
    20474     /A PRO 2058 HD2  /A VAL 2057 CB    1.082    1.618
    20475     /A VAL 2057 CG1  /A PRO 2058 HD2   0.984    1.716
    20476     /A VAL 2057 HB   /A PRO 2058 CD    0.618    2.082
    20477     /A PRO 2058 CD   /A VAL 2057 CG1   0.603    2.797
    20478    
    20479 
    20480  
    20481 4 clashes 
    20482 
    20483 > ui windowfill toggle
    20484 
    20485 [Repeated 1 time(s)]
    20486 
    20487 > close #1.1
    20488 
    20489 > select clear
    20490 
    20491 > select /A:2020-2027
    20492 
    20493 134 atoms, 133 bonds, 8 residues, 1 model selected 
    20494 
    20495 > select clear
    20496 
    20497 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    20498 
    20499 325 atoms, 323 bonds, 20 residues, 1 model selected 
    20500 
    20501 > ui tool show Clashes
    20502 
    20503 > clashes sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    20504 > color #ff0000 reveal true log true
    20505    
    20506    
    20507     Allowed overlap: 0.6
    20508     H-bond overlap reduction: 0.4
    20509     Ignore clashes between atoms separated by 4 bonds or less
    20510     Detect intra-residue clashes: True
    20511     Detect intra-molecule clashes: True
    20512    
    20513     4 clashes
    20514          atom1            atom2       overlap  distance
    20515     /A PRO 2058 HD2  /A VAL 2057 CB    1.082    1.618
    20516     /A VAL 2057 CG1  /A PRO 2058 HD2   0.984    1.716
    20517     /A VAL 2057 HB   /A PRO 2058 CD    0.618    2.082
    20518     /A PRO 2058 CD   /A VAL 2057 CG1   0.603    2.797
    20519    
    20520 
    20521  
    20522 4 clashes 
    20523 
    20524 > select /A:2020-2026,2041-2042,2057-2060,2079-2085
    20525 
    20526 325 atoms, 323 bonds, 4 pseudobonds, 20 residues, 2 models selected 
    20527 
    20528 > close #1.1
    20529 
    20530 > ui tool show Contacts
    20531 
    20532 > contacts sel restrict both intraRes true ignoreHiddenModels true select true
    20533 > color #ffffff dashes 4 reveal true log true
    20534    
    20535    
    20536     Allowed overlap: -0.4
    20537     H-bond overlap reduction: 0.4
    20538     Ignore contacts between atoms separated by 4 bonds or less
    20539     Detect intra-residue contacts: True
    20540     Detect intra-molecule contacts: True
    20541    
    20542     130 contacts
    20543          atom1             atom2        overlap  distance
    20544     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 CB     1.082    1.618
    20545     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 CG1    0.984    1.716
    20546     /A VAL 2057 HB    /A PRO 2058 CD     0.618    2.082
    20547     /A VAL 2057 CG1   /A PRO 2058 CD     0.603    2.797
    20548     /A VAL 2057 HB    /A PRO 2058 HD2    0.482    1.518
    20549     /A ILE 2084 HG22  /A ALA 2082 O      0.435    1.985
    20550     /A ASN 2024 HA    /A VAL 2057 HG23   0.336    1.664
    20551     /A ILE 2025 HG21  /A VAL 2057 HG12   0.327    1.673
    20552     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 CD2    0.297    2.403
    20553     /A ARG 2059 O     /A ASN 2080 H      0.258    1.762
    20554     /A VAL 2057 CG2   /A GLY 2023 O      0.249    2.871
    20555     /A LEU 2041 O     /A THR 2085 H      0.230    1.790
    20556     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 HG13   0.201    1.799
    20557     /A LEU 2020 O     /A ILE 2060 H      0.195    1.825
    20558     /A PRO 2058 HD2   /A VAL 2057 HG12   0.194    1.806
    20559     /A VAL 2057 HG12  /A ILE 2025 CG2    0.191    2.509
    20560     /A LEU 2020 H     /A ILE 2060 O      0.170    1.850
    20561     /A VAL 2057 O     /A ALA 2082 H      0.168    1.852
    20562     /A VAL 2057 HG13  /A VAL 2057 O      0.156    2.264
    20563     /A ILE 2084 HD11  /A ILE 2084 HG21   0.156    1.844
    20564     /A ARG 2059 H     /A ASN 2080 O      0.148    1.872
    20565     /A ARG 2059 HA    /A LEU 2020 O      0.122    2.298
    20566     /A VAL 2081 HG11  /A ALA 2082 O      0.113    2.307
    20567     /A LEU 2020 HD21  /A LEU 2020 C      0.098    2.512
    20568     /A ILE 2084 HG13  /A ILE 2084 O      0.085    2.335
    20569     /A ILE 2025 HG21  /A VAL 2057 CG1    0.083    2.617
    20570     /A ILE 2084 CG2   /A ALA 2082 O      0.072    3.048
    20571     /A LEU 2041 CD2   /A ARG 2026 CG     0.064    3.336
    20572     /A LEU 2022 HD21  /A PRO 2058 HG3    0.053    1.947
    20573     /A ARG 2059 HH11  /A ARG 2059 HD2    0.047    1.953
    20574     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 HD3    0.025    1.975
    20575     /A LEU 2022 H     /A PRO 2058 O      0.018    2.002
    20576     /A VAL 2057 HB    /A PRO 2058 HD3    0.015    1.985
    20577     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 HD23   0.013    1.987
    20578     /A ARG 2026 HG3   /A LEU 2041 HD22   0.013    1.987
    20579     /A ARG 2059 HB3   /A ASN 2080 HB3    -0.009    2.009
    20580     /A VAL 2057 HG13  /A PRO 2058 CD     -0.013    2.713
    20581     /A VAL 2057 HG12  /A PRO 2058 CD     -0.013    2.713
    20582     /A ASN 2024 HA    /A VAL 2057 CG2    -0.023    2.723
    20583     /A ILE 2025 HB    /A LEU 2022 CD2    -0.023    2.723
    20584     /A ILE 2079 HD13  /A ILE 2079 HG21   -0.029    2.029
    20585     /A ILE 2025 HD13  /A ILE 2025 HG23   -0.032    2.032
    20586     /A ASN 2024 CA    /A VAL 2057 HG23   -0.037    2.737
    20587     /A VAL 2057 H     /A LEU 2022 O      -0.039    2.059
    20588     /A VAL 2057 HG23  /A GLY 2023 O      -0.045    2.465
    20589     /A VAL 2057 HG22  /A GLY 2023 O      -0.046    2.466
    20590     /A LEU 2022 HD22  /A ILE 2025 HB     -0.047    2.047
    20591     /A ILE 2060 HD13  /A ILE 2060 HG21   -0.076    2.076
    20592     /A LEU 2041 H     /A THR 2085 O      -0.080    2.100
    20593     /A VAL 2057 HA    /A ALA 2082 CB     -0.091    2.791
    20594     /A GLU 2021 HA    /A PRO 2058 O      -0.095    2.515
    20595     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 CD     -0.097    2.797
    20596     /A GLU 2021 N     /A LEU 2020 HD21   -0.097    2.722
    20597     /A ILE 2060 HB    /A LEU 2020 HB3    -0.100    2.100
    20598     /A THR 2085 N     /A LEU 2041 O      -0.104    2.749
    20599     /A VAL 2081 HA    /A VAL 2057 O      -0.105    2.525
    20600     /A PRO 2058 HA    /A ASN 2080 O      -0.106    2.526
    20601     /A ILE 2084 HA    /A LEU 2041 O      -0.106    2.526
    20602     /A ASN 2080 N     /A ARG 2059 O      -0.107    2.752
    20603     /A PRO 2058 CG    /A VAL 2057 CG1    -0.112    3.512
    20604     /A VAL 2057 CB    /A PRO 2058 HD3    -0.115    2.815
    20605     /A ILE 2025 HG22  /A ILE 2025 O      -0.117    2.537
    20606     /A VAL 2057 CG1   /A ILE 2025 CG2    -0.121    3.521
    20607     /A ALA 2082 HB1   /A PRO 2083 CD     -0.122    2.822
    20608     /A LEU 2022 HD21  /A PRO 2058 CG     -0.135    2.835
    20609     /A LEU 2041 HD22  /A ARG 2026 CG     -0.139    2.839
    20610     /A PRO 2083 HD2   /A ALA 2082 HA     -0.144    2.144
    20611     /A LEU 2022 CB    /A PRO 2058 HD3    -0.144    2.844
    20612     /A ARG 2059 CA    /A LEU 2020 O      -0.146    3.266
    20613     /A ALA 2082 HB2   /A VAL 2057 HA     -0.156    2.156
    20614     /A ILE 2079 HG23  /A VAL 2081 HG21   -0.159    2.159
    20615     /A VAL 2081 HG11  /A ALA 2082 N      -0.163    2.788
    20616     /A ILE 2084 CA    /A LEU 2041 O      -0.164    3.284
    20617     /A LEU 2041 HD23  /A ARG 2026 CG     -0.169    2.869
    20618     /A VAL 2057 N     /A LEU 2022 O      -0.170    2.815
    20619     /A ILE 2060 N     /A LEU 2020 O      -0.172    2.817
    20620     /A LEU 2022 HD11  /A LEU 2022 HA     -0.175    2.175
    20621     /A PRO 2083 C     /A ILE 2084 HG22   -0.176    2.786
    20622     /A ASN 2024 OD1   /A ILE 2025 H      -0.178    2.198
    20623     /A ILE 2079 HG23  /A VAL 2081 CG2    -0.180    2.880
    20624     /A ILE 2079 HG22  /A ILE 2060 HG12   -0.190    2.190
    20625     /A LEU 2041 HA    /A LEU 2041 HD22   -0.205    2.205
    20626     /A ILE 2060 O     /A LEU 2020 N      -0.212    2.857
    20627     /A ALA 2082 N     /A VAL 2057 O      -0.214    2.859
    20628     /A ARG 2059 N     /A ASN 2080 O      -0.227    2.872
    20629     /A ILE 2025 N     /A ASN 2024 OD1    -0.233    2.878
    20630     /A PRO 2083 HD3   /A ALA 2082 HB1    -0.251    2.251
    20631     /A ILE 2079 HA    /A ARG 2059 O      -0.253    2.673
    20632     /A GLU 2021 N     /A LEU 2020 CD2    -0.254    3.579
    20633     /A ARG 2026 CD    /A LEU 2041 CD2    -0.255    3.655
    20634     /A ARG 2059 HG3   /A GLU 2021 HG2    -0.264    2.264
    20635     /A LEU 2022 N     /A PRO 2058 O      -0.268    2.913
    20636     /A ILE 2025 H     /A ASN 2024 CG     -0.272    2.882
    20637     /A ALA 2082 O     /A VAL 2081 CG1    -0.274    3.394
    20638     /A PRO 2058 HD3   /A LEU 2022 O      -0.277    2.697
    20639     /A ARG 2026 HH11  /A ARG 2026 HD3    -0.280    2.280
    20640     /A PRO 2058 CD    /A LEU 2022 O      -0.283    3.403
    20641     /A PRO 2058 N     /A LEU 2022 O      -0.286    3.346
    20642     /A GLU 2021 HG3   /A LEU 2020 C      -0.291    2.901
    20643     /A PRO 2058 HG3   /A LEU 2022 CD2    -0.297    2.997
    20644     /A ALA 2082 H     /A VAL 2057 C      -0.307    2.917
    20645     /A LEU 2020 O     /A LEU 2020 HD21   -0.308    2.728
    20646     /A ARG 2026 CD    /A LEU 2041 HD23   -0.316    3.016
    20647     /A VAL 2081 HG21  /A ASN 2080 C      -0.327    2.937
    20648     /A VAL 2081 CA    /A VAL 2057 O      -0.336    3.456
    20649     /A PRO 2083 O     /A ILE 2084 CG2    -0.337    3.457
    20650     /A PRO 2058 O     /A GLU 2021 CA     -0.342    3.462
    20651     /A ARG 2026 NE    /A LEU 2041 HD23   -0.343    2.968
    20652     /A ASN 2080 O     /A PRO 2058 CA     -0.344    3.464
    20653     /A ILE 2060 H     /A LEU 2020 C      -0.344    2.954
    20654     /A ILE 2025 HG13  /A ARG 2026 N      -0.346    2.971
    20655     /A VAL 2057 HG21  /A ALA 2042 CB     -0.353    3.053
    20656     /A PRO 2058 HB2   /A LEU 2022 HB3    -0.354    2.354
    20657     /A LEU 2022 HD21  /A PRO 2058 CD     -0.357    3.057
    20658     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 CB     -0.361    3.061
    20659     /A ASN 2080 H     /A ARG 2059 C      -0.361    2.971
    20660     /A ASN 2080 HB3   /A ARG 2059 CB     -0.365    3.065
    20661     /A ILE 2060 HG22  /A ILE 2079 HG13   -0.365    2.365
    20662     /A LEU 2022 HD22  /A ILE 2025 CB     -0.366    3.066
    20663     /A LEU 2022 HG    /A GLY 2023 N      -0.366    2.991
    20664     /A PRO 2058 CG    /A VAL 2057 CB     -0.369    3.769
    20665     /A ASN 2024 CA    /A VAL 2057 CG2    -0.369    3.769
    20666     /A THR 2085 H     /A LEU 2041 C      -0.373    2.983
    20667     /A ARG 2059 HB3   /A ASN 2080 CB     -0.377    3.077
    20668     /A ILE 2084 HG12  /A ILE 2084 H      -0.390    2.390
    20669     /A LEU 2022 CB    /A PRO 2058 CD     -0.391    3.791
    20670     /A THR 2085 HB    /A LEU 2041 HB2    -0.392    2.392
    20671     /A PRO 2058 HG2   /A VAL 2057 O      -0.393    2.813
    20672     /A GLU 2021 CG    /A LEU 2020 O      -0.393    3.513
    20673     /A LEU 2022 HB3   /A PRO 2058 CG     -0.400    3.100
    20674    
    20675 
    20676  
    20677 130 contacts 
     1341[deleted to fit within ticket limits]
    206781342
    206791343> name frozen Contacts sel