1449 | | > open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
1450 | | > Fingerprint_Final/02_mC3a-mC3aR- |
1451 | | > Go/cryosparc_P467_J79_005_volume_map_half_A_deepEMhancer-sharpened.mrc |
1452 | | |
1453 | | Opened cryosparc_P467_J79_005_volume_map_half_A_deepEMhancer-sharpened.mrc as |
1454 | | #28, grid size 256,256,256, pixel 1.29, shown at level 0.000993, step 1, |
1455 | | values float32 |
1456 | | |
1457 | | > rename #28 02_Density_mC3a-mC3aR-Go |
1458 | | |
1459 | | > select add #2 |
1460 | | |
1461 | | 7975 atoms, 8155 bonds, 5 pseudobonds, 1110 residues, 2 models selected |
1462 | | |
1463 | | > select add #14 |
1464 | | |
1465 | | 8072 atoms, 8253 bonds, 5 pseudobonds, 1122 residues, 3 models selected |
1466 | | |
1467 | | > graphics selection width 0.5 |
1468 | | |
1469 | | > view position #28 sameAsModels #2 |
1470 | | |
1471 | | > volume #28 level 0.1983 |
1472 | | |
1473 | | > hide #!28 models |
1474 | | |
1475 | | > hide #!2 models |
1476 | | |
1477 | | > hide #!14 models |
1478 | | |
1479 | | > select subtract #14 |
1480 | | |
1481 | | 7975 atoms, 8155 bonds, 5 pseudobonds, 1110 residues, 2 models selected |
1482 | | |
1483 | | > select subtract #2 |
1484 | | |
1485 | | Nothing selected |
1486 | | |
1487 | | > show #!4 models |
1488 | | |
1489 | | > open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
1490 | | > Fingerprint_Final/04_mC5a-mC5aR1-Go/cryosparc_P133_J3092_006_volume_map_sharp_deepEMhancer- |
1491 | | > sharpened.mrc |
1492 | | |
1493 | | Opened cryosparc_P133_J3092_006_volume_map_sharp_deepEMhancer-sharpened.mrc as |
1494 | | #29, grid size 256,256,256, pixel 1.29, shown at level 0.000387, step 1, |
1495 | | values float32 |
1496 | | |
1497 | | > rename #29 04_Density_mC5a-mC5aR1-Go |
1498 | | |
1499 | | > view position #29 sameAsModels #4 |
1500 | | |
1501 | | > volume #29 level 0.1127 |
1502 | | |
1503 | | > show #!28 models |
1504 | | |
1505 | | > hide #!28 models |
1506 | | |
1507 | | > hide #!29 models |
1508 | | |
1509 | | > show #!29 models |
1510 | | |
1511 | | > show #!1 models |
1512 | | |
1513 | | > hide #!1 models |
1514 | | |
1515 | | > show #!1 models |
1516 | | |
1517 | | > hide #!1 models |
1518 | | |
1519 | | > show #!2 models |
1520 | | |
1521 | | > hide #!29 models |
1522 | | |
1523 | | > hide #!4 models |
1524 | | |
1525 | | > hide #!2 models |
1526 | | |
1527 | | > show #!4 models |
1528 | | |
1529 | | > show #!2 models |
1530 | | |
1531 | | > hide #!4 models |
1532 | | |
1533 | | > hide #!2 models |
1534 | | |
1535 | | > show #!5 models |
1536 | | |
1537 | | > hide #!5 models |
1538 | | |
1539 | | > show #!5 models |
1540 | | |
1541 | | > show #!29 models |
1542 | | |
1543 | | > hide #!29 models |
1544 | | |
1545 | | > show #!29 models |
1546 | | |
1547 | | > hide #!5 models |
1548 | | |
1549 | | > show #!4 models |
1550 | | |
1551 | | > hide #!4 models |
1552 | | |
1553 | | > show #!5 models |
1554 | | |
1555 | | > hide #!29 models |
1556 | | |
1557 | | > open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
1558 | | > Fingerprint_Final/05_hTLQP-mC3aR- |
1559 | | > Go/cryosparc_P133_J4401_007_volume_map_half_A_deepEMhancer- |
1560 | | > sharpened_inverse.mrc |
1561 | | |
1562 | | Opened cryosparc_P133_J4401_007_volume_map_half_A_deepEMhancer- |
1563 | | sharpened_inverse.mrc as #30, grid size 256,256,256, pixel 1.29, shown at |
1564 | | level 0.00314, step 1, values float32 |
1565 | | |
1566 | | > rename #30 05_Density_hTLQP-mC3aR-Go |
1567 | | |
1568 | | > hide #!30 models |
1569 | | |
1570 | | > show #!30 models |
1571 | | |
1572 | | > volume #30 level 0.1716 |
1573 | | |
1574 | | > volume #30 level 0.08574 |
1575 | | |
1576 | | > view position #30 sameAsModels #5 |
1577 | | |
1578 | | > volume #30 level 0.07582 |
1579 | | |
1580 | | > hide #!30 models |
1581 | | |
1582 | | > hide #!5 models |
1583 | | |
1584 | | > show #!6 models |
1585 | | |
1586 | | > open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
1587 | | > Fingerprint_Final/06_mTLQP-mC3aR- |
1588 | | > Go/cryosparc_P133_J3925_004_volume_map_half_A_deepEMhancer- |
1589 | | > sharpened_inverse.mrc |
1590 | | |
1591 | | Opened cryosparc_P133_J3925_004_volume_map_half_A_deepEMhancer- |
1592 | | sharpened_inverse.mrc as #31, grid size 256,256,256, pixel 1.29, shown at |
1593 | | level 0.00125, step 1, values float32 |
1594 | | |
1595 | | > rename #31 06_Density_mTLQP-mC3aR-Go |
1596 | | |
1597 | | > volume #31 level 0.1492 |
1598 | | |
1599 | | > view position #31 sameAsModels #6 |
1600 | | |
1601 | | > hide #!31 models |
1602 | | |
1603 | | > hide #!6 models |
1604 | | |
1605 | | > show #!7 models |
1606 | | |
1607 | | > open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
1608 | | > Fingerprint_Final/07_EP67-hC5aR1-Go/cryosparc_P13_J141_014_volume_map_half_A_deepEMhancer- |
1609 | | > sharpened.mrc |
1610 | | |
1611 | | Opened cryosparc_P13_J141_014_volume_map_half_A_deepEMhancer-sharpened.mrc as |
1612 | | #32, grid size 256,256,256, pixel 1.21, shown at level 0.00354, step 1, values |
1613 | | float32 |
1614 | | |
1615 | | > rename #32 07_Density_EP67-hC5aR1-Go |
1616 | | |
1617 | | > volume #32 level 0.1542 |
1618 | | |
1619 | | > view position #32 sameAsModels #7 |
1620 | | |
1621 | | > hide #!32 models |
1622 | | |
1623 | | > show #!8 models |
1624 | | |
1625 | | > hide #!7 models |
1626 | | |
1627 | | > open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
1628 | | > Fingerprint_Final/08_EP67-mC5aR1-Go/cryosparc_P4_J487_005_volume_map_half_A_deepEMhancer- |
1629 | | > sharpened.mrc |
1630 | | |
1631 | | Opened cryosparc_P4_J487_005_volume_map_half_A_deepEMhancer-sharpened.mrc as |
1632 | | #33, grid size 256,256,256, pixel 1.21, shown at level 0.000959, step 1, |
1633 | | values float32 |
1634 | | |
1635 | | > volume #33 level 0.173 |
1636 | | |
1637 | | > rename #33 08_Density_EP67-mC5aR1-Go |
1638 | | |
1639 | | > view position #33 sameAsModels #8 |
1640 | | |
1641 | | > open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
1642 | | > Fingerprint_Final/09_EP67-hC3aR- |
1643 | | > Go/cryosparc_P467_J475_004_volume_map_half_A_deepEMhancer-sharpened.mrc |
1644 | | |
1645 | | Opened cryosparc_P467_J475_004_volume_map_half_A_deepEMhancer-sharpened.mrc as |
1646 | | #34, grid size 256,256,256, pixel 1.28, shown at level 0.000973, step 1, |
1647 | | values float32 |
1648 | | |
1649 | | > hide #!33 models |
1650 | | |
1651 | | > show #!9 models |
1652 | | |
1653 | | > hide #!8 models |
1654 | | |
1655 | | > rename #34 09_Density_EP67-hC3aR-Go |
1656 | | |
1657 | | > view position #34 sameAsModels #9 |
1658 | | |
1659 | | > volume #34 level 0.1824 |
1660 | | |
1661 | | > hide #!34 models |
1662 | | |
1663 | | > hide #!9 models |
1664 | | |
1665 | | > show #!10 models |
1666 | | |
1667 | | > open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
1668 | | > Fingerprint_Final/10_EP67-mC3aR- |
1669 | | > Go/cryosparc_P467_J645_005_volume_map_half_A_deepEMhancer-sharpened.mrc |
1670 | | |
1671 | | Opened cryosparc_P467_J645_005_volume_map_half_A_deepEMhancer-sharpened.mrc as |
1672 | | #35, grid size 256,256,256, pixel 1.28, shown at level 0.000834, step 1, |
1673 | | values float32 |
1674 | | |
1675 | | > volume #35 level 0.1993 |
1676 | | |
1677 | | > rename #10 09_EP67-hC3aR-Go |
1678 | | |
1679 | | > undo |
1680 | | |
1681 | | [Repeated 9 time(s)] |
1682 | | |
1683 | | > rename #10 10_EP67-mC3aR-Go |
1684 | | |
1685 | | > rename #35 10_EP67-mC3aR-Go |
1686 | | |
1687 | | > hide #!32 models |
1688 | | |
1689 | | > hide #!33 models |
1690 | | |
1691 | | > hide #!34 models |
1692 | | |
1693 | | > show #!10 models |
1694 | | |
1695 | | > rename #35 10_Density_EP67-mC3aR-Go |
1696 | | |
1697 | | > view position #35 sameAsModels #10 |
1698 | | |
1699 | | > hide #!10 models |
1700 | | |
1701 | | > hide #!35 models |
1702 | | |
1703 | | > show #!11 models |
1704 | | |
1705 | | > open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
1706 | | > Fingerprint_Final/11_JR14a-hC3aR-Go/J209_004_volume_map_half_A_deepEMhancer- |
1707 | | > sharpened.mrc |
1708 | | |
1709 | | Opened J209_004_volume_map_half_A_deepEMhancer-sharpened.mrc as #36, grid size |
1710 | | 256,256,256, pixel 1.21, shown at level 0.00107, step 1, values float32 |
1711 | | |
1712 | | > volume #36 level 0.2007 |
1713 | | |
1714 | | > rename #36 11_Density_JR14A-hC3aR-Go |
1715 | | |
1716 | | > view position #36 sameAsModels #11 |
1717 | | |
1718 | | > volume #36 level 0.1143 |
1719 | | |
1720 | | > hide #!36 models |
1721 | | |
1722 | | > hide #!11 models |
1723 | | |
1724 | | > show #!12 models |
1725 | | |
1726 | | > open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
1727 | | > Fingerprint_Final/12_JR14a-mC3aR- |
1728 | | > Go/cryosparc_P5_J435_006_volume_map_half_A_deepEMhancer-sharpened.mrc |
1729 | | |
1730 | | Opened cryosparc_P5_J435_006_volume_map_half_A_deepEMhancer-sharpened.mrc as |
1731 | | #37, grid size 256,256,256, pixel 1.21, shown at level 0.00132, step 1, values |
1732 | | float32 |
1733 | | |
1734 | | > rename #37 12_Density_JR14-mC3aR-Go |
1735 | | |
1736 | | > view position #37 sameAsModels #12 |
1737 | | |
1738 | | > volume #37 level 0.09771 |
1739 | | |
1740 | | > hide #!37 models |
1741 | | |
1742 | | > hide #!12 models |
1743 | | |
1744 | | > show #!13 models |
1745 | | |
1746 | | > hide #!13 models |
1747 | | |
1748 | | > show #!27 models |
1749 | | |
1750 | | > hide #!27 models |
1751 | | |
1752 | | > show #!27 models |
1753 | | |
1754 | | > show #!28 models |
1755 | | |
1756 | | > hide #!28 models |
1757 | | |
1758 | | > open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
1759 | | > Fingerprint_Final/13_SB219057-hC3aR- |
1760 | | > Go/Overall/cryosparc_P32_J111_008_volume_map_half_A_deepEMhancer- |
1761 | | > sharpened.mrc |
1762 | | |
1763 | | Opened cryosparc_P32_J111_008_volume_map_half_A_deepEMhancer-sharpened.mrc as |
1764 | | #38, grid size 220,220,220, pixel 1.06, shown at level 0.00642, step 1, values |
1765 | | float32 |
1766 | | |
1767 | | > rename #38 13_Density_SB-hC3aR-Go_Overall |
1768 | | |
1769 | | > view position #38 sameAsModels #27 |
1770 | | |
1771 | | > volume #38 level 0.1714 |
1772 | | |
1773 | | > hide #!27 models |
1774 | | |
1775 | | > show #!15 models |
1776 | | |
1777 | | > hide #!38 models |
1778 | | |
1779 | | > open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
1780 | | > Fingerprint_Final/14_mC5a-hC5aR1-Go/cryosparc_P133_J2856_007_volume_map_sharp.mrc |
1781 | | |
1782 | | Opened cryosparc_P133_J2856_007_volume_map_sharp.mrc as #39, grid size |
1783 | | 360,360,360, pixel 0.92, shown at level 0.0281, step 2, values float32 |
1784 | | |
1785 | | > rename #39 14_Density_mC5a-hC5aR1-Go |
1786 | | |
1787 | | > view position #39 sameAsModels #15 |
1788 | | |
1789 | | > volume #39 level 0.1335 |
1790 | | |
1791 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
1792 | | > Fingerprint_Final/combined_session_Fig2_moreCorrect.cxs |
1793 | | |
1794 | | > hide #!15 models |
1795 | | |
1796 | | > show #!16 models |
1797 | | |
1798 | | > hide #!39 models |
1799 | | |
1800 | | > volume #39 step 1 |
1801 | | |
1802 | | > open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
1803 | | > Fingerprint_Final/17_mC5adesArg- |
1804 | | > mC5aR1-Go/cryosparc_P133_J5422_006_volume_map_half_A_deepEMhancer- |
1805 | | > sharpened.mrc |
1806 | | |
1807 | | Opened cryosparc_P133_J5422_006_volume_map_half_A_deepEMhancer-sharpened.mrc |
1808 | | as #40, grid size 256,256,256, pixel 1.29, shown at level 0.0027, step 1, |
1809 | | values float32 |
1810 | | |
1811 | | > volume #40 level 0.1122 |
1812 | | |
1813 | | > rename #40 17_Density_mC5adesArg-mC5aR1-Go |
1814 | | |
1815 | | > show #!18 models |
1816 | | |
1817 | | > hide #!16 models |
1818 | | |
1819 | | > view position #40 sameAsModels #18 |
1820 | | |
1821 | | > hide #!18 models |
1822 | | |
1823 | | > show #!19 models |
1824 | | |
1825 | | > hide #!40 models |
1826 | | |
1827 | | > open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
1828 | | > Fingerprint_Final/18_hC5adesArg- |
1829 | | > mC5aR1-Go/cryosparc_P133_J5081_008_volume_map_half_A_deepEMhancer- |
1830 | | > sharpened_inverse.mrc |
1831 | | |
1832 | | Opened cryosparc_P133_J5081_008_volume_map_half_A_deepEMhancer- |
1833 | | sharpened_inverse.mrc as #41, grid size 288,288,288, pixel 1.15, shown at |
1834 | | level 0.00435, step 2, values float32 |
1835 | | |
1836 | | > show #!20 models |
1837 | | |
1838 | | > hide #!19 models |
1839 | | |
1840 | | > rename #41 18_Density_hC5adesArg-mC5aR1-Go |
1841 | | |
1842 | | > volume #41 level 0.1431 |
1843 | | |
1844 | | > view position #41 sameAsModels #20 |
1845 | | |
1846 | | > volume #41 level 0.1119 |
1847 | | |
1848 | | > hide #!20 models |
1849 | | |
1850 | | > show #!21 models |
1851 | | |
1852 | | > hide #!41 models |
1853 | | |
1854 | | > hide #!21 models |
1855 | | |
1856 | | > show #!20 models |
1857 | | |
1858 | | > hide #!20 models |
1859 | | |
1860 | | > show #!20 models |
1861 | | |
1862 | | > show #!41 models |
1863 | | |
1864 | | > hide #!41 models |
1865 | | |
1866 | | > hide #!20 models |
1867 | | |
1868 | | > show #!28 models |
1869 | | |
1870 | | > show #!29 models |
1871 | | |
1872 | | > show #!30 models |
1873 | | |
1874 | | > show #!31 models |
1875 | | |
1876 | | > show #!32 models |
1877 | | |
1878 | | > show #!33 models |
1879 | | |
1880 | | > show #!34 models |
1881 | | |
1882 | | > show #!35 models |
1883 | | |
1884 | | > show #!36 models |
1885 | | |
1886 | | > show #!37 models |
1887 | | |
1888 | | > show #!38 models |
1889 | | |
1890 | | > show #!39 models |
1891 | | |
1892 | | > show #!40 models |
1893 | | |
1894 | | > show #!41 models |
1895 | | |
1896 | | > hide #!41 models |
1897 | | |
1898 | | > hide #!40 models |
1899 | | |
1900 | | > hide #!39 models |
1901 | | |
1902 | | > hide #!38 models |
1903 | | |
1904 | | > hide #!37 models |
1905 | | |
1906 | | > hide #!35 models |
1907 | | |
1908 | | > hide #!36 models |
1909 | | |
1910 | | > hide #!34 models |
1911 | | |
1912 | | > hide #!33 models |
1913 | | |
1914 | | > hide #!32 models |
1915 | | |
1916 | | > show #!32 models |
1917 | | |
1918 | | > hide #!31 models |
1919 | | |
1920 | | > hide #!32 models |
1921 | | |
1922 | | > hide #!30 models |
1923 | | |
1924 | | > hide #!29 models |
1925 | | |
1926 | | > show #!29 models |
1927 | | |
1928 | | > hide #!28 models |
1929 | | |
1930 | | > hide #!29 models |
1931 | | |
1932 | | > show #!28 models |
1933 | | |
1934 | | > show #!2 models |
1935 | | |
1936 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
1937 | | > Fingerprint_Final/combined_session_Fig2_moreCorrect.cxs |
1938 | | |
1939 | | > ui tool show "Hide Dust" |
1940 | | |
1941 | | > ui tool show "Color Zone" |
1942 | | |
1943 | | > surface dust #28 size 7.76 |
1944 | | |
1945 | | > surface dust #28 size 9.84 |
1946 | | |
1947 | | > volume #28 level 0.1478 |
1948 | | |
1949 | | > surface dust #28 size 12.72 |
1950 | | |
1951 | | > volume #28 level 0.1254 |
1952 | | |
1953 | | > surface dust #28 size 14.46 |
1954 | | |
1955 | | > volume #28 level 0.1422 |
1956 | | |
1957 | | > color #2/E #ca2727 |
1958 | | |
1959 | | > color #14/D #aeaeae |
1960 | | |
1961 | | > color zone #28 near #2 distance 7.76 |
1962 | | |
1963 | | > color zone #28 near #14 distance 7.76 |
1964 | | |
1965 | | > color zone #28 near #14 distance 1.58 |
1966 | | |
1967 | | > color single #28 |
1968 | | |
1969 | | [Repeated 1 time(s)] |
1970 | | |
1971 | | > color zone #28 near #14 distance 1.49 |
1972 | | |
1973 | | > color zone #28 near #2 distance 1.49 |
1974 | | |
1975 | | > color zone #28 near #2 distance 5.14 |
1976 | | |
1977 | | > color zone #28 near #2 distance 3.93 |
1978 | | |
1979 | | > color zone #28 near #2 distance 12.82 |
1980 | | |
1981 | | > color zone #28 near #14 distance 20.68 |
1982 | | |
1983 | | > undo |
1984 | | |
1985 | | [Repeated 2 time(s)] |
1986 | | |
1987 | | > color zone #28 near #2 distance 20.68 |
1988 | | |
1989 | | > color zone #28 near #2 distance 15.17 |
1990 | | |
1991 | | > color zone #28 near #2 distance 14.96 |
1992 | | |
1993 | | > color zone #28 near #14 distance 14.96 |
1994 | | |
1995 | | > color zone #28 near #2 distance 14.96 |
1996 | | |
1997 | | > color zone #28 near #2 distance 10.09 |
1998 | | |
1999 | | > color zone #28 near #2 distance 10.02 |
2000 | | |
2001 | | > color zone #28 near #2 distance 9.95 |
2002 | | |
2003 | | > color zone #28 near #2 distance 6.34 |
2004 | | |
2005 | | > hide #!28 models |
2006 | | |
2007 | | > hide #!2 models |
2008 | | |
2009 | | > show #!4 models |
2010 | | |
2011 | | > show #!29 models |
2012 | | |
2013 | | > color zone #29 near #4 distance 7.76 |
2014 | | |
2015 | | > volume #29 level 0.1242 |
2016 | | |
2017 | | > surface dust #29 size 3.18 |
2018 | | |
2019 | | > surface dust #29 size 2.39 |
2020 | | |
2021 | | > surface dust #29 size 2.41 |
2022 | | |
2023 | | > surface dust #29 size 2.43 |
2024 | | |
2025 | | > surface dust #29 size 2.45 |
2026 | | |
2027 | | > surface dust #29 size 2.47 |
2028 | | |
2029 | | > surface dust #29 size 2.49 |
2030 | | |
2031 | | > surface dust #29 size 2.51 |
2032 | | |
2033 | | > surface dust #29 size 2.53 |
2034 | | |
2035 | | [Repeated 1 time(s)] |
2036 | | |
2037 | | > surface dust #29 size 4.07 |
2038 | | |
2039 | | [Repeated 1 time(s)] |
2040 | | |
2041 | | > surface dust #29 size 4.35 |
2042 | | |
2043 | | > surface dust #29 size 6.18 |
2044 | | |
2045 | | > color #4/F #f277b5 |
2046 | | |
2047 | | > color zone #29 near #4 distance 7.76 |
2048 | | |
2049 | | > hide #!29 models |
2050 | | |
2051 | | > show #!30 models |
2052 | | |
2053 | | > show #!5 models |
2054 | | |
2055 | | > hide #!4 models |
2056 | | |
2057 | | > volume #30 level 0.08985 |
2058 | | |
2059 | | > surface dust #30 size 7.76 |
2060 | | |
2061 | | > volume #30 level 0.04497 |
2062 | | |
2063 | | > volume #30 level 0.08985 |
2064 | | |
2065 | | > volume #30 level 0.08704 |
2066 | | |
2067 | | > surface dust #30 size 26.61 |
2068 | | |
2069 | | > surface dust #30 size 40.92 |
2070 | | |
2071 | | > hide #!30 models |
2072 | | |
2073 | | > show #!30 models |
2074 | | |
2075 | | > show #!31 models |
2076 | | |
2077 | | > hide #!30 models |
2078 | | |
2079 | | > show #!30 models |
2080 | | |
2081 | | > hide #!31 models |
2082 | | |
2083 | | > volume #30 level 0.06741 |
2084 | | |
2085 | | > surface dust #30 size 39.86 |
2086 | | |
2087 | | > volume #30 level 0.08985 |
2088 | | |
2089 | | > color zone #30 near #5 distance 7.76 |
2090 | | |
2091 | | > select ~sel & ##selected |
2092 | | |
2093 | | Nothing selected |
2094 | | |
2095 | | > color #5/D #e76c95 |
2096 | | |
2097 | | > color zone #30 near #5 distance 7.76 |
2098 | | |
2099 | | > hide #!5 models |
2100 | | |
2101 | | > hide #!30 models |
2102 | | |
2103 | | > show #!31 models |
2104 | | |
2105 | | > show #!6 models |
2106 | | |
2107 | | > surface dust #31 size 7.76 |
2108 | | |
2109 | | > volume #31 level 0.1083 |
2110 | | |
2111 | | > volume #31 level 0.0792 |
2112 | | |
2113 | | > surface dust #31 size 25.6 |
2114 | | |
2115 | | > volume #31 level 0.08211 |
2116 | | |
2117 | | > color zone #31 near #6 distance 7.76 |
2118 | | |
2119 | | > color #6/B #ffff00 |
2120 | | |
2121 | | > color zone #31 near #6 distance 7.76 |
2122 | | |
2123 | | > color #6/D #e103e1 |
2124 | | |
2125 | | > color zone #31 near #6 distance 7.76 |
2126 | | |
2127 | | > hide #!6 models |
2128 | | |
2129 | | > show #!7 models |
2130 | | |
2131 | | > hide #!31 models |
2132 | | |
2133 | | > show #!32 models |
2134 | | |
2135 | | > volume #32 level 0.1137 |
2136 | | |
2137 | | > volume #32 level 0.2041 |
2138 | | |
2139 | | > surface dust #32 size 7.26 |
2140 | | |
2141 | | > volume #32 level 0.1729 |
2142 | | |
2143 | | > volume #32 level 0.1168 |
2144 | | |
2145 | | > volume #32 level 0.09186 |
2146 | | |
2147 | | > surface dust #32 size 11.68 |
2148 | | |
2149 | | > volume #32 level 0.08874 |
2150 | | |
2151 | | > color zone #32 near #7 distance 7.26 |
2152 | | |
2153 | | > color #7/A #b366ff |
2154 | | |
2155 | | > color zone #32 near #7 distance 7.26 |
2156 | | |
2157 | | > color #7,8,9,10/D #bf9000 |
2158 | | |
2159 | | > color zone #32 near #7 distance 7.26 |
2160 | | |
2161 | | > select clear |
2162 | | |
2163 | | > hide #!7 models |
2164 | | |
2165 | | > show #!8 models |
2166 | | |
2167 | | > show #!33 models |
2168 | | |
2169 | | > hide #!32 models |
2170 | | |
2171 | | > volume #33 level 0.1276 |
2172 | | |
2173 | | > volume #33 level 0.1087 |
2174 | | |
2175 | | > surface dust #33 size 7.26 |
2176 | | |
2177 | | > volume #33 level 0.08222 |
2178 | | |
2179 | | > color zone #32 near #7 distance 7.26 |
2180 | | |
2181 | | > color zone #33 near #8 distance 7.26 |
2182 | | |
2183 | | > color #8/A #4c19f8 |
2184 | | |
2185 | | > color zone #33 near #8 distance 7.26 |
2186 | | |
2187 | | > hide #!33 models |
2188 | | |
2189 | | > show #!34 models |
2190 | | |
2191 | | > show #!9 models |
2192 | | |
2193 | | > hide #!8 models |
2194 | | |
2195 | | > volume #34 level 0.1263 |
2196 | | |
2197 | | > surface dust #34 size 7.67 |
2198 | | |
2199 | | > volume #34 level 0.08776 |
2200 | | |
2201 | | > surface dust #34 size 9.76 |
2202 | | |
2203 | | > color zone #33 near #8 distance 7.26 |
2204 | | |
2205 | | > color zone #34 near #9 distance 7.67 |
2206 | | |
2207 | | > color #9/C #e56666 |
2208 | | |
2209 | | > color zone #34 near #9 distance 7.67 |
2210 | | |
2211 | | > hide #!34 models |
2212 | | |
2213 | | > show #!35 models |
2214 | | |
2215 | | > hide #!9 models |
2216 | | |
2217 | | > show #!10 models |
2218 | | |
2219 | | > color zone #35 near #10 distance 7.67 |
2220 | | |
2221 | | > color #10/C #ccccff |
2222 | | |
2223 | | > color zone #35 near #10 distance 7.67 |
2224 | | |
2225 | | > select #10/D |
2226 | | |
2227 | | 87 atoms, 89 bonds, 10 residues, 1 model selected |
2228 | | |
2229 | | > hide sel atoms |
2230 | | |
2231 | | > surface dust #35 size 7.67 |
2232 | | |
2233 | | > surface dust #35 size 6.86 |
2234 | | |
2235 | | > volume #35 level 0.1427 |
2236 | | |
2237 | | > surface dust #35 size 11.75 |
2238 | | |
2239 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2240 | | > Fingerprint_Final/combined_session_Fig2_moreCorrect.cxs |
2241 | | |
2242 | | > hide #!10 models |
2243 | | |
2244 | | > show #!11 models |
2245 | | |
2246 | | > select add #10 |
2247 | | |
2248 | | 8173 atoms, 8359 bonds, 6 pseudobonds, 1122 residues, 2 models selected |
2249 | | |
2250 | | > select subtract #10 |
2251 | | |
2252 | | Nothing selected |
2253 | | |
2254 | | > show #!36 models |
2255 | | |
2256 | | > hide #!35 models |
2257 | | |
2258 | | > volume #36 level 0.06639 |
2259 | | |
2260 | | > surface dust #36 size 7.26 |
2261 | | |
2262 | | > surface dust #36 size 18.1 |
2263 | | |
2264 | | > volume #36 level 0.05534 |
2265 | | |
2266 | | > surface dust #36 size 30.49 |
2267 | | |
2268 | | > color zone #35 near #10 distance 7.67 |
2269 | | |
2270 | | > color zone #36 near #11 distance 7.26 |
2271 | | |
2272 | | > surface dust #36 size 30.7 |
2273 | | |
2274 | | > surface dust #36 size 59.71 |
2275 | | |
2276 | | > surface dust #36 size 21.42 |
2277 | | |
2278 | | > volume #36 level 0.0627 |
2279 | | |
2280 | | [Repeated 1 time(s)] |
2281 | | |
2282 | | > color zone #36 near #11 distance 34.22 |
2283 | | |
2284 | | > volume #36 level 0.0848 |
2285 | | |
2286 | | > volume #36 level 0.04429 |
2287 | | |
2288 | | > surface dust #36 size 31.52 |
2289 | | |
2290 | | > color 11/C:JR1 #7030a0 |
2291 | | |
2292 | | Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero', |
2293 | | 'byidentity', 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', |
2294 | | 'fromcartoons', 'fromribbons', or 'random' or a keyword |
2295 | | |
2296 | | > color #11/C:JR1 #7030a0 |
2297 | | |
2298 | | > color zone #36 near #11 distance 34.22 |
2299 | | |
2300 | | > color #11/C #831616 |
2301 | | |
2302 | | > color zone #36 near #11 distance 34.22 |
2303 | | |
2304 | | [Repeated 1 time(s)] |
2305 | | |
2306 | | > hide #!36 models |
2307 | | |
2308 | | > show #!37 models |
2309 | | |
2310 | | > show #!12 models |
2311 | | |
2312 | | > hide #!11 models |
2313 | | |
2314 | | > volume #37 level 0.1089 |
2315 | | |
2316 | | > surface dust #37 size 7.26 |
2317 | | |
2318 | | > volume #37 level 0.1573 |
2319 | | |
2320 | | > surface dust #37 size 7.26 |
2321 | | |
2322 | | > surface dust #37 size 10.22 |
2323 | | |
2324 | | > volume #37 level 0.1312 |
2325 | | |
2326 | | > color zone #37 near #12 distance 7.26 |
2327 | | |
2328 | | > hide #!12 models |
2329 | | |
2330 | | > show #!13 models |
2331 | | |
2332 | | > hide #!37 models |
2333 | | |
2334 | | > show #!38 models |
2335 | | |
2336 | | > color zone #38 near #27 distance 6.34 |
2337 | | |
2338 | | > color #12/E #99ccff |
2339 | | |
2340 | | > color zone #38 near #27 distance 6.34 |
2341 | | |
2342 | | > color #13/C #993366 |
2343 | | |
2344 | | > color zone #38 near #27 distance 6.34 |
2345 | | |
2346 | | > color #27/C #993366 |
2347 | | |
2348 | | > color zone #38 near #27 distance 6.34 |
2349 | | |
2350 | | > volume #38 level 0.1243 |
2351 | | |
2352 | | > volume #38 level 0.07444 |
2353 | | |
2354 | | > surface dust #38 size 11.19 |
2355 | | |
2356 | | > hide #!38 models |
2357 | | |
2358 | | > show #!38 models |
2359 | | |
2360 | | > hide #!13 models |
2361 | | |
2362 | | > hide #!38 models |
2363 | | |
2364 | | > show #!39 models |
2365 | | |
2366 | | > show #!15 models |
2367 | | |
2368 | | > volume #39 level 0.1134 |
2369 | | |
2370 | | > surface dust #39 size 5.52 |
2371 | | |
2372 | | > volume #39 level 0.1295 |
2373 | | |
2374 | | > surface dust #39 size 9.1 |
2375 | | |
2376 | | > volume #39 level 0.09735 |
2377 | | |
2378 | | > surface dust #39 size 13.84 |
2379 | | |
2380 | | > surface dust #39 size 21.01 |
2381 | | |
2382 | | > volume #39 level 0.1134 |
2383 | | |
2384 | | > color zone #39 near #15 distance 5.52 |
2385 | | |
2386 | | > select #15/F |
2387 | | |
2388 | | 492 atoms, 497 bonds, 2 pseudobonds, 71 residues, 2 models selected |
2389 | | |
2390 | | > hide sel atoms |
2391 | | |
2392 | | > volume #39 level 0.09333 |
2393 | | |
2394 | | > color zone #39 near #15 distance 5.52 |
2395 | | |
2396 | | [Repeated 1 time(s)] |
2397 | | |
2398 | | > color #15/F #f277b5 |
2399 | | |
2400 | | > color zone #39 near #15 distance 5.52 |
2401 | | |
2402 | | > volume #39 level 0.1174 |
2403 | | |
2404 | | > hide #!15 models |
2405 | | |
2406 | | > hide #!39 models |
2407 | | |
2408 | | > show #!40 models |
2409 | | |
2410 | | > show #!16 models |
2411 | | |
2412 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2413 | | > Fingerprint_Final/combined_session_Fig2_moreCorrect.cxs |
2414 | | |
2415 | | ——— End of log from Mon Feb 3 23:49:44 2025 ——— |
2416 | | |
2417 | | opened ChimeraX session |
2418 | | |
2419 | | > ui tool show "Color Zone" |
2420 | | |
2421 | | > ui tool show "Hide Dust" |
2422 | | |
2423 | | > color zone #40 near #18 distance 7.76 |
2424 | | |
2425 | | > surface dust #40 size 7.76 |
2426 | | |
2427 | | > surface dust #40 size 15.22 |
2428 | | |
2429 | | > volume #40 level 0.1931 |
2430 | | |
2431 | | > hide #!16 models |
2432 | | |
2433 | | > show #!18 models |
2434 | | |
2435 | | > volume #40 level 0.08 |
2436 | | |
2437 | | > volume #40 level 0.0283 |
2438 | | |
2439 | | > color zone #40 near #18 distance 7.78 |
2440 | | |
2441 | | > surface dust #40 size 84.98 |
2442 | | |
2443 | | [Repeated 1 time(s)] |
2444 | | |
2445 | | > surface dust #40 size 134.44 |
2446 | | |
2447 | | > color zone #40 near #18 distance 7.08 |
2448 | | |
2449 | | > volume #40 level 0.04769 |
2450 | | |
2451 | | > color zone #40 near #18 distance 16.18 |
2452 | | |
2453 | | > volume #40 level 0.04769 |
2454 | | |
2455 | | > color #15/F #ff33ff |
2456 | | |
2457 | | > color zone #40 near #18 distance 16.18 |
2458 | | |
2459 | | [Repeated 1 time(s)] |
2460 | | |
2461 | | > color #18/F #ff33ff |
2462 | | |
2463 | | > color zone #40 near #18 distance 16.18 |
2464 | | |
2465 | | > hide #!40 models |
2466 | | |
2467 | | > show #!41 models |
2468 | | |
2469 | | > show #!20 models |
2470 | | |
2471 | | > hide #!18 models |
2472 | | |
2473 | | > volume #41 step 1 |
2474 | | |
2475 | | > volume #41 level 0.2282 |
2476 | | |
2477 | | > surface dust #40 size 134.44 |
2478 | | |
2479 | | > color zone #41 near #20 distance 6.9 |
2480 | | |
2481 | | > color #20/D #99ff33 |
2482 | | |
2483 | | > color zone #41 near #20 distance 6.9 |
2484 | | |
2485 | | > volume #41 level 0.1141 |
2486 | | |
2487 | | > volume #41 level 0.0883 |
2488 | | |
2489 | | > surface dust #41 size 6.9 |
2490 | | |
2491 | | > surface dust #41 size 16.8 |
2492 | | |
2493 | | > volume #41 level 0.06621 |
2494 | | |
2495 | | > surface dust #41 size 64.22 |
2496 | | |
2497 | | > surface dust #41 size 129.21 |
2498 | | |
2499 | | [Repeated 1 time(s)] |
2500 | | |
2501 | | > surface dust #41 size 127.34 |
2502 | | |
2503 | | > volume #41 level 0.09934 |
2504 | | |
2505 | | > color zone #41 near #20 distance 16.05 |
2506 | | |
2507 | | > volume #41 level 0.09566 |
2508 | | |
2509 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2510 | | > Fingerprint_Final/combined_session_Fig2_moreCorrect.cxs |
2511 | | |
2512 | | > hide #!20 models |
2513 | | |
2514 | | > select add #15 |
2515 | | |
2516 | | 8623 atoms, 8799 bonds, 7 pseudobonds, 1199 residues, 2 models selected |
2517 | | |
2518 | | > select subtract #15 |
2519 | | |
2520 | | Nothing selected |
2521 | | |
2522 | | > show #!40 models |
2523 | | |
2524 | | > show #!39 models |
2525 | | |
2526 | | > show #!38 models |
2527 | | |
2528 | | > show #!37 models |
2529 | | |
2530 | | > show #!36 models |
2531 | | |
2532 | | > show #!35 models |
2533 | | |
2534 | | > show #!34 models |
2535 | | |
2536 | | > show #!33 models |
2537 | | |
2538 | | > show #!32 models |
2539 | | |
2540 | | > show #!31 models |
2541 | | |
2542 | | > show #!30 models |
2543 | | |
2544 | | > show #!29 models |
2545 | | |
2546 | | > show #!28 models |
2547 | | |
2548 | | > hide #!28 models |
2549 | | |
2550 | | > hide #!29 models |
2551 | | |
2552 | | > hide #!30 models |
2553 | | |
2554 | | > hide #!31 models |
2555 | | |
2556 | | > hide #!32 models |
2557 | | |
2558 | | > hide #!33 models |
2559 | | |
2560 | | > hide #!40 models |
2561 | | |
2562 | | > hide #!39 models |
2563 | | |
2564 | | > hide #!41 models |
2565 | | |
2566 | | > hide #!38 models |
2567 | | |
2568 | | > hide #!37 models |
2569 | | |
2570 | | > hide #!36 models |
2571 | | |
2572 | | > hide #!35 models |
2573 | | |
2574 | | > hide #!34 models |
2575 | | |
2576 | | > show #!28 models |
2577 | | |
2578 | | > volume #28 level 0.1391 |
2579 | | |
2580 | | > show #!29 models |
2581 | | |
2582 | | > show #!30 models |
2583 | | |
2584 | | > show #!31 models |
2585 | | |
2586 | | > show #!32 models |
2587 | | |
2588 | | > show #!34 models |
2589 | | |
2590 | | > show #!33 models |
2591 | | |
2592 | | > show #!35 models |
2593 | | |
2594 | | > show #!36 models |
2595 | | |
2596 | | > show #!37 models |
2597 | | |
2598 | | > show #!38 models |
2599 | | |
2600 | | > show #!39 models |
2601 | | |
2602 | | > show #!40 models |
2603 | | |
2604 | | > show #!41 models |
2605 | | |
2606 | | > hide #!41 models |
2607 | | |
2608 | | > hide #!40 models |
2609 | | |
2610 | | > hide #!39 models |
2611 | | |
2612 | | > hide #!38 models |
2613 | | |
2614 | | > hide #!37 models |
2615 | | |
2616 | | > hide #!36 models |
2617 | | |
2618 | | > hide #!35 models |
2619 | | |
2620 | | > hide #!34 models |
2621 | | |
2622 | | > hide #!33 models |
2623 | | |
2624 | | > hide #!32 models |
2625 | | |
2626 | | > hide #!31 models |
2627 | | |
2628 | | > hide #!30 models |
2629 | | |
2630 | | > hide #!29 models |
2631 | | |
2632 | | > hide #!28 models |
2633 | | |
2634 | | > show #!28 models |
2635 | | |
2636 | | > view name fig2_density |
2637 | | |
2638 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2639 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/02_Density_mC3a-mC3aR-Go.png width 2000 height |
2640 | | > 1245 supersample 4 transparentBackground true |
2641 | | |
2642 | | > hide #!28 models |
2643 | | |
2644 | | > show #!29 models |
2645 | | |
2646 | | > rename #29 "nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2647 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/02_Density_mC3a-mC3aR-Go.png width 2000 height |
2648 | | > 1245 supersample 4 transparentBackground true" |
2649 | | |
2650 | | > rename #29 04_Density_mC5a-mC5aR1-Go |
2651 | | |
2652 | | > show #!29 models |
2653 | | |
2654 | | > hide #!28 models |
2655 | | |
2656 | | > show #!28 models |
2657 | | |
2658 | | > hide #!28 models |
2659 | | |
2660 | | > nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2661 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/04_Density_mC5a-mC5aR1-Go.png width 2000 |
2662 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
2663 | | |
2664 | | Unknown command: nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2665 | | Fingerprint_Final/Fig2_Images/04_Density_mC5a-mC5aR1-Go.png width 2000 height |
2666 | | 1245 supersample 4 transparentBackground true |
2667 | | |
2668 | | > save nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2669 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/04_Density_mC5a-mC5aR1-Go.png width 2000 |
2670 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
2671 | | |
2672 | | Directory "nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2673 | | Fingerprint_Final/Fig2_Images" does not exist |
2674 | | |
2675 | | > cd nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2676 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/ |
2677 | | |
2678 | | Expected name of a folder to open/read; a name of 'browse' will bring up a |
2679 | | file browser or a keyword |
2680 | | |
2681 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2682 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/04_Density_mC5a-mC5aR1-Go.png width 2000 |
2683 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
2684 | | |
2685 | | > hide #!29 models |
2686 | | |
2687 | | > show #!30 models |
2688 | | |
2689 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2690 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/05_Density_hTLQP-mC3aR-Go.png width 2000 |
2691 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
2692 | | |
2693 | | > show #!31 models |
2694 | | |
2695 | | > hide #!30 models |
2696 | | |
2697 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2698 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/06_Density_mTLQP-mC3aR-Go.png width 2000 |
2699 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
2700 | | |
2701 | | > hide #!31 models |
2702 | | |
2703 | | > show #!32 models |
2704 | | |
2705 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2706 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/07_Density_EP67-hC5aR1-Go.png width 2000 |
2707 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
2708 | | |
2709 | | > show #!33 models |
2710 | | |
2711 | | > hide #!32 models |
2712 | | |
2713 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2714 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/08_Density_EP67-mC5aR1-Go.png width 2000 |
2715 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
2716 | | |
2717 | | > show #!34 models |
2718 | | |
2719 | | > hide #!33 models |
2720 | | |
2721 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2722 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/09_Density_EP67-hC3aR-Go.png width 2000 height |
2723 | | > 1245 supersample 4 transparentBackground true |
2724 | | |
2725 | | > show #!35 models |
2726 | | |
2727 | | > hide #!34 models |
2728 | | |
2729 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2730 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/10_Density_EP67-mC3aR-Go.png width 2000 height |
2731 | | > 1245 supersample 4 transparentBackground true |
2732 | | |
2733 | | > show #!36 models |
2734 | | |
2735 | | > hide #!35 models |
2736 | | |
2737 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2738 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/11_Density_JR14A-hC3aR-Go.png width 2000 |
2739 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
2740 | | |
2741 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2742 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/12_Density_JR14-mC3aR-Go.png width 2000 height |
2743 | | > 1245 supersample 4 transparentBackground true |
2744 | | |
2745 | | > show #!37 models |
2746 | | |
2747 | | > hide #!36 models |
2748 | | |
2749 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2750 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/12_Density_JR14-mC3aR-Go.png width 2000 height |
2751 | | > 1245 supersample 4 transparentBackground true |
2752 | | |
2753 | | > show #!38 models |
2754 | | |
2755 | | > hide #!37 models |
2756 | | |
2757 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2758 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/13_Density_SB-hC3aR-Go_Overall.png width 2000 |
2759 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
2760 | | |
2761 | | > show #!39 models |
2762 | | |
2763 | | > hide #!38 models |
2764 | | |
2765 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2766 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/14_Density_mC5a-hC5aR1-Go.png width 2000 |
2767 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
2768 | | |
2769 | | > show #!40 models |
2770 | | |
2771 | | > hide #!39 models |
2772 | | |
2773 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2774 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/17_Density_mC5adesArg-mC5aR1-Go.png width 2000 |
2775 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
2776 | | |
2777 | | > show #!41 models |
2778 | | |
2779 | | > hide #!40 models |
2780 | | |
2781 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2782 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/18_Density_hC5adesArg-mC5aR1-Go.png width 2000 |
2783 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
2784 | | |
2785 | | > view fig2_density |
2786 | | |
2787 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2788 | | > Fingerprint_Final/combined_session_Fig2_moreCorrect.cxs |
2789 | | |
2790 | | > hide #!41 models |
2791 | | |
2792 | | > show #!28 models |
2793 | | |
2794 | | > show #!29 models |
2795 | | |
2796 | | > hide #!28 models |
2797 | | |
2798 | | > show #!30 models |
2799 | | |
2800 | | > hide #!29 models |
2801 | | |
2802 | | > select ~sel & ##selected |
2803 | | |
2804 | | Nothing selected |
2805 | | |
2806 | | > show #!31 models |
2807 | | |
2808 | | > hide #!30 models |
2809 | | |
2810 | | > show #!32 models |
2811 | | |
2812 | | > hide #!31 models |
2813 | | |
2814 | | > show #!33 models |
2815 | | |
2816 | | > hide #!32 models |
2817 | | |
2818 | | > show #!34 models |
2819 | | |
2820 | | > hide #!33 models |
2821 | | |
2822 | | > show #!35 models |
2823 | | |
2824 | | > hide #!34 models |
2825 | | |
2826 | | > show #!36 models |
2827 | | |
2828 | | > hide #!35 models |
2829 | | |
2830 | | > show #!37 models |
2831 | | |
2832 | | > hide #!36 models |
2833 | | |
2834 | | > show #!38 models |
2835 | | |
2836 | | > hide #!37 models |
2837 | | |
2838 | | > show #!39 models |
2839 | | |
2840 | | > hide #!38 models |
2841 | | |
2842 | | > color #15/F #f277b5 |
2843 | | |
2844 | | > color zone #39 near #15 distance 5.52 |
2845 | | |
2846 | | > view fig2_density |
2847 | | |
2848 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2849 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/14_Density_mC5a-hC5aR1-Go.png width 2000 |
2850 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
2851 | | |
2852 | | > show #!40 models |
2853 | | |
2854 | | > hide #!39 models |
2855 | | |
2856 | | > hide #!40 models |
2857 | | |
2858 | | > show #!40 models |
2859 | | |
2860 | | > show #!39 models |
2861 | | |
2862 | | > hide #!40 models |
2863 | | |
2864 | | > show #!41 models |
2865 | | |
2866 | | > show #!40 models |
2867 | | |
2868 | | > hide #!39 models |
2869 | | |
2870 | | > hide #!40 models |
2871 | | |
2872 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2873 | | > Fingerprint_Final/combined_session_Fig2_moreCorrect.cxs |
2874 | | |
2875 | | > hide #!41 models |
2876 | | |
2877 | | > show #!28 models |
2878 | | |
2879 | | > hide #!28 models |
2880 | | |
2881 | | > show #!28 models |
2882 | | |
2883 | | > hide #!28 models |
2884 | | |
2885 | | > show #!28 models |
2886 | | |
2887 | | > show #!14 models |
2888 | | |
2889 | | > help help:user |
2890 | | |
2891 | | > select #6/D |
2892 | | |
2893 | | 100 atoms, 105 bonds, 13 residues, 1 model selected |
2894 | | |
2895 | | > hide #!28 models |
2896 | | |
2897 | | > show #!2 models |
2898 | | |
2899 | | > show #!28 models |
2900 | | |
2901 | | > hide #!28 models |
2902 | | |
2903 | | > view fig2_density |
2904 | | |
2905 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2906 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/02_Density_mC3a-mC3aR-Go.png width 2000 height |
2907 | | > 1245 supersample 4 transparentBackground true |
2908 | | |
2909 | | > hide #!14 models |
2910 | | |
2911 | | > hide #!2 models |
2912 | | |
2913 | | > show #!4 models |
2914 | | |
2915 | | > show #!1 models |
2916 | | |
2917 | | > hide #!1 models |
2918 | | |
2919 | | > show #!1 models |
2920 | | |
2921 | | > hide #!1 models |
2922 | | |
2923 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2924 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/04_mC5a-mC5aR1-Go.png width 2000 height 1245 |
2925 | | > supersample 4 transparentBackground true |
2926 | | |
2927 | | > show #!5 models |
2928 | | |
2929 | | > hide #!4 models |
2930 | | |
2931 | | > select add #6 |
2932 | | |
2933 | | 8164 atoms, 8351 bonds, 5 pseudobonds, 1126 residues, 2 models selected |
2934 | | |
2935 | | > select subtract #6 |
2936 | | |
2937 | | Nothing selected |
2938 | | |
2939 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2940 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/05_hTLQP-mC3aR-Go.png width 2000 height 1245 |
2941 | | > supersample 4 transparentBackground true |
2942 | | |
2943 | | > show #!6 models |
2944 | | |
2945 | | > hide #!5 models |
2946 | | |
2947 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2948 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/06_mTLQP-mC3aR-Go.png width 2000 height 1245 |
2949 | | > supersample 4 transparentBackground true |
2950 | | |
2951 | | > show #!7 models |
2952 | | |
2953 | | > hide #!6 models |
2954 | | |
2955 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2956 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/07_EP67-hC5aR1-Go.png width 2000 height 1245 |
2957 | | > supersample 4 transparentBackground true |
2958 | | |
2959 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2960 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/08_EP67-mC5aR1-Go.png width 2000 height 1245 |
2961 | | > supersample 4 transparentBackground true |
2962 | | |
2963 | | > hide #!7 models |
2964 | | |
2965 | | > show #!7 models |
2966 | | |
2967 | | > show #!8 models |
2968 | | |
2969 | | > hide #!7 models |
2970 | | |
2971 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
2972 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/08_EP67-mC5aR1-Go.png width 2000 height 1245 |
2973 | | > supersample 4 transparentBackground true |
2974 | | |
2975 | | > show #!9 models |
2976 | | |
2977 | | > hide #!8 models |
2978 | | |
2979 | | > show #!8 models |
2980 | | |
2981 | | > hide #!8 models |
2982 | | |
2983 | | > hide #!9 models |
2984 | | |
2985 | | > show #!7 models |
2986 | | |
2987 | | > hide #!7 models |
2988 | | |
2989 | | > show #!8 models |
2990 | | |
2991 | | > hide #!8 models |
2992 | | |
2993 | | > show #!9 models |
2994 | | |
2995 | | > hide #!9 models |
2996 | | |
2997 | | > show #!10 models |
2998 | | |
2999 | | > select #10/D |
3000 | | |
3001 | | 87 atoms, 89 bonds, 10 residues, 1 model selected |
3002 | | |
3003 | | > show sel atoms |
3004 | | |
3005 | | > select clear |
3006 | | |
3007 | | > hide #!10 models |
3008 | | |
3009 | | > show #!10 models |
3010 | | |
3011 | | > hide #!10 models |
3012 | | |
3013 | | > show #!10 models |
3014 | | |
3015 | | > hide #!10 models |
3016 | | |
3017 | | > show #!9 models |
3018 | | |
3019 | | > view fig2_density |
3020 | | |
3021 | | > show #!10 models |
3022 | | |
3023 | | > hide #!9 models |
3024 | | |
3025 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3026 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/10_EP67-mC3aR-Go.png width 2000 height 1245 |
3027 | | > supersample 4 transparentBackground true |
3028 | | |
3029 | | > show #!11 models |
3030 | | |
3031 | | > hide #!10 models |
3032 | | |
3033 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3034 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/11_JR14A-hC3aR-Go.png width 2000 height 1245 |
3035 | | > supersample 4 transparentBackground true |
3036 | | |
3037 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3038 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/12_JR14-mC3aR-Go.png width 2000 height 1245 |
3039 | | > supersample 4 transparentBackground true |
3040 | | |
3041 | | > show #!12 models |
3042 | | |
3043 | | > hide #!11 models |
3044 | | |
3045 | | > show #!11 models |
3046 | | |
3047 | | > hide #!12 models |
3048 | | |
3049 | | > show #!12 models |
3050 | | |
3051 | | > hide #!11 models |
3052 | | |
3053 | | > hide #!12 models |
3054 | | |
3055 | | > show #!11 models |
3056 | | |
3057 | | > color #11/C:JR1 #7030a0 |
3058 | | |
3059 | | > color #11 byhetero |
3060 | | |
3061 | | > show #!12 models |
3062 | | |
3063 | | > hide #!12 models |
3064 | | |
3065 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3066 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/11_JR14A-hC3aR-Go.png width 2000 height 1245 |
3067 | | > supersample 4 transparentBackground true |
3068 | | |
3069 | | > show #!12 models |
3070 | | |
3071 | | > hide #!11 models |
3072 | | |
3073 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3074 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/12_JR14-mC3aR-Go.png width 2000 height 1245 |
3075 | | > supersample 4 transparentBackground true |
3076 | | |
3077 | | > show #!13 models |
3078 | | |
3079 | | > hide #!12 models |
3080 | | |
3081 | | > hide #!13 models |
3082 | | |
3083 | | > show #!27 models |
3084 | | |
3085 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3086 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/13_SB-hC3aR-Go_Overall.png width 2000 height |
3087 | | > 1245 supersample 4 transparentBackground true |
3088 | | |
3089 | | > hide #!27 models |
3090 | | |
3091 | | > show #!15 models |
3092 | | |
3093 | | > show #!28 models |
3094 | | |
3095 | | > hide #!15 models |
3096 | | |
3097 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3098 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/02_Density_mC3a-mC3aR-Go.png width 2000 height |
3099 | | > 1245 supersample 4 transparentBackground true |
3100 | | |
3101 | | > hide #!28 models |
3102 | | |
3103 | | > show #!1 models |
3104 | | |
3105 | | > hide #!1 models |
3106 | | |
3107 | | > show #!2 models |
3108 | | |
3109 | | > show #!4 models |
3110 | | |
3111 | | > show #!5 models |
3112 | | |
3113 | | > show #!6 models |
3114 | | |
3115 | | > show #!7 models |
3116 | | |
3117 | | > show #!8 models |
3118 | | |
3119 | | > show #!9 models |
3120 | | |
3121 | | > show #!10 models |
3122 | | |
3123 | | > show #!11 models |
3124 | | |
3125 | | > show #!12 models |
3126 | | |
3127 | | > show #!15 models |
3128 | | |
3129 | | > show #!16 models |
3130 | | |
3131 | | > show #!17 models |
3132 | | |
3133 | | > show #!18 models |
3134 | | |
3135 | | > hide #!17 models |
3136 | | |
3137 | | > hide #!16 models |
3138 | | |
3139 | | > show #!19 models |
3140 | | |
3141 | | > hide #!19 models |
3142 | | |
3143 | | > show #!20 models |
3144 | | |
3145 | | > hide #!20 models |
3146 | | |
3147 | | > show #!20 models |
3148 | | |
3149 | | > hide #!20 models |
3150 | | |
3151 | | > show #!20 models |
3152 | | |
3153 | | > show #!27 models |
3154 | | |
3155 | | > cartoon style width 1 |
3156 | | |
3157 | | > cartoon style helix width 1 |
3158 | | |
3159 | | Drag select of 15955 residues, 62 pseudobonds, 432 atoms, 393 bonds |
3160 | | |
3161 | | > help help:user |
3162 | | |
3163 | | > cartoon style helix width 2 |
3164 | | |
3165 | | > hide #!2 models |
3166 | | |
3167 | | > select add #2 |
3168 | | |
3169 | | 116251 atoms, 8548 bonds, 62 pseudobonds, 15958 residues, 26 models selected |
3170 | | |
3171 | | > select add #4 |
3172 | | |
3173 | | 116251 atoms, 17507 bonds, 62 pseudobonds, 15958 residues, 26 models selected |
3174 | | |
3175 | | > select subtract #2 |
3176 | | |
3177 | | 108276 atoms, 9352 bonds, 57 pseudobonds, 14848 residues, 24 models selected |
3178 | | |
3179 | | > hide #!4 models |
3180 | | |
3181 | | > select add #5 |
3182 | | |
3183 | | 108276 atoms, 17742 bonds, 57 pseudobonds, 14848 residues, 24 models selected |
3184 | | |
3185 | | > select subtract #4 |
3186 | | |
3187 | | 99502 atoms, 8783 bonds, 52 pseudobonds, 13650 residues, 22 models selected |
3188 | | |
3189 | | > hide #!6 models |
3190 | | |
3191 | | > hide #!5 models |
3192 | | |
3193 | | > select add #6 |
3194 | | |
3195 | | 99502 atoms, 17134 bonds, 52 pseudobonds, 13650 residues, 22 models selected |
3196 | | |
3197 | | > select add #7 |
3198 | | |
3199 | | 99502 atoms, 25514 bonds, 52 pseudobonds, 13650 residues, 22 models selected |
3200 | | |
3201 | | > hide #!8 models |
3202 | | |
3203 | | > hide #!7 models |
3204 | | |
3205 | | > hide #!18 models |
3206 | | |
3207 | | > hide #!20 models |
3208 | | |
3209 | | > hide #!15 models |
3210 | | |
3211 | | > select add #15 |
3212 | | |
3213 | | 99502 atoms, 34313 bonds, 53 pseudobonds, 13650 residues, 22 models selected |
3214 | | |
3215 | | > select add #20 |
3216 | | |
3217 | | 99502 atoms, 43083 bonds, 53 pseudobonds, 13650 residues, 22 models selected |
3218 | | |
3219 | | > select add #18 |
3220 | | |
3221 | | 99502 atoms, 51919 bonds, 53 pseudobonds, 13650 residues, 22 models selected |
3222 | | |
3223 | | > select subtract #15 |
3224 | | |
3225 | | 90879 atoms, 43120 bonds, 46 pseudobonds, 12451 residues, 20 models selected |
3226 | | |
3227 | | > select subtract #18 |
3228 | | |
3229 | | 82193 atoms, 34248 bonds, 40 pseudobonds, 11259 residues, 18 models selected |
3230 | | |
3231 | | > select subtract #20 |
3232 | | |
3233 | | 73570 atoms, 25447 bonds, 36 pseudobonds, 10064 residues, 16 models selected |
3234 | | |
3235 | | > hide #!27 models |
3236 | | |
3237 | | > select add #27 |
3238 | | |
3239 | | 73570 atoms, 33767 bonds, 36 pseudobonds, 10064 residues, 16 models selected |
3240 | | |
3241 | | > select subtract #27 |
3242 | | |
3243 | | 65400 atoms, 25416 bonds, 30 pseudobonds, 8959 residues, 14 models selected |
3244 | | |
3245 | | > hide #!12 models |
3246 | | |
3247 | | > hide #!11 models |
3248 | | |
3249 | | > hide #!10 models |
3250 | | |
3251 | | > hide #!9 models |
3252 | | |
3253 | | > select add #12 |
3254 | | |
3255 | | 65400 atoms, 33653 bonds, 30 pseudobonds, 8959 residues, 14 models selected |
3256 | | |
3257 | | > select add #11 |
3258 | | |
3259 | | 65400 atoms, 41906 bonds, 30 pseudobonds, 8959 residues, 14 models selected |
3260 | | |
3261 | | > select add #10 |
3262 | | |
3263 | | 65400 atoms, 50214 bonds, 36 pseudobonds, 8959 residues, 15 models selected |
3264 | | |
3265 | | > select subtract #11 |
3266 | | |
3267 | | 57266 atoms, 41898 bonds, 30 pseudobonds, 7858 residues, 13 models selected |
3268 | | |
3269 | | > select subtract #12 |
3270 | | |
3271 | | 49174 atoms, 33624 bonds, 24 pseudobonds, 6746 residues, 11 models selected |
3272 | | |
3273 | | > select subtract #10 |
3274 | | |
3275 | | 41001 atoms, 25265 bonds, 18 pseudobonds, 5624 residues, 9 models selected |
3276 | | |
3277 | | > select add #9 |
3278 | | |
3279 | | 41001 atoms, 33632 bonds, 22 pseudobonds, 5624 residues, 10 models selected |
3280 | | |
3281 | | > select subtract #9 |
3282 | | |
3283 | | 32766 atoms, 25214 bonds, 18 pseudobonds, 4501 residues, 8 models selected |
3284 | | |
3285 | | > select add #8 |
3286 | | |
3287 | | 32766 atoms, 33502 bonds, 18 pseudobonds, 4501 residues, 8 models selected |
3288 | | |
3289 | | > select subtract #8 |
3290 | | |
3291 | | 24613 atoms, 25172 bonds, 13 pseudobonds, 3382 residues, 6 models selected |
3292 | | |
3293 | | > select subtract #7 |
3294 | | |
3295 | | 16365 atoms, 16741 bonds, 10 pseudobonds, 2254 residues, 4 models selected |
3296 | | |
3297 | | > select subtract #6 |
3298 | | |
3299 | | 8201 atoms, 8390 bonds, 5 pseudobonds, 1128 residues, 2 models selected |
3300 | | |
3301 | | > select subtract #5 |
3302 | | |
3303 | | Nothing selected |
3304 | | |
3305 | | > show #!2 models |
3306 | | |
3307 | | > show #!14 models |
3308 | | |
3309 | | > view list |
3310 | | |
3311 | | Named views: C3a-angle_03_EP67, C3a_angle_01, C3a_angle_02, |
3312 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomOut, |
3313 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomOut, |
3314 | | H8_overall, H8_zoomed, JR-SB_PIF, JR14-SB_CWxP, JR14-SB_NPxxY, fig2_density, |
3315 | | hC3a-JR14-SB_DR(C)Y, hC3a-JR14-SB_TM6, hC3a-JR14-SB_TM7, |
3316 | | hC5a-hC5aR1-simulation, hC5adesArg-hC5aR1-simulation, hTLQP_angle_01, |
3317 | | hTLQP_angle_02, hook_01, hook_02, topview, view_01, view_02 |
3318 | | |
3319 | | > view fig2_density |
3320 | | |
3321 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3322 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/02_mC3a-mC3aR-Go.png width 2000 height 1245 |
3323 | | > supersample 4 transparentBackground true |
3324 | | |
3325 | | > hide #!2 models |
3326 | | |
3327 | | > show #!4 models |
3328 | | |
3329 | | > hide #!14 models |
3330 | | |
3331 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3332 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/04_mC5a-mC5aR1-Go.png width 2000 height 1245 |
3333 | | > supersample 4 transparentBackground true |
3334 | | |
3335 | | > show #!5 models |
3336 | | |
3337 | | > hide #!4 models |
3338 | | |
3339 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3340 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/05_hTLQP-mC3aR-Go.png width 2000 height 1245 |
3341 | | > supersample 4 transparentBackground true |
3342 | | |
3343 | | > show #!6 models |
3344 | | |
3345 | | > hide #!5 models |
3346 | | |
3347 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3348 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/06_mTLQP-mC3aR-Go.png width 2000 height 1245 |
3349 | | > supersample 4 transparentBackground true |
3350 | | |
3351 | | > show #!7 models |
3352 | | |
3353 | | > hide #!6 models |
3354 | | |
3355 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3356 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/07_EP67-hC5aR1-Go.png width 2000 height 1245 |
3357 | | > supersample 4 transparentBackground true |
3358 | | |
3359 | | > show #!8 models |
3360 | | |
3361 | | > hide #!7 models |
3362 | | |
3363 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3364 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/08_EP67-mC5aR1-Go.png width 2000 height 1245 |
3365 | | > supersample 4 transparentBackground true |
3366 | | |
3367 | | > hide #!8 models |
3368 | | |
3369 | | > show #!9 models |
3370 | | |
3371 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3372 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/09_EP67-hC3aR-Go.png width 2000 height 1245 |
3373 | | > supersample 4 transparentBackground true |
3374 | | |
3375 | | > show #!10 models |
3376 | | |
3377 | | > hide #!9 models |
3378 | | |
3379 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3380 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/10_EP67-mC3aR-Go.png width 2000 height 1245 |
3381 | | > supersample 4 transparentBackground true |
3382 | | |
3383 | | > show #!11 models |
3384 | | |
3385 | | > hide #!10 models |
3386 | | |
3387 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3388 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/11_JR14A-hC3aR-Go.png width 2000 height 1245 |
3389 | | > supersample 4 transparentBackground true |
3390 | | |
3391 | | > show #!12 models |
3392 | | |
3393 | | > hide #!11 models |
3394 | | |
3395 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3396 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/12_JR14-mC3aR-Go.png width 2000 height 1245 |
3397 | | > supersample 4 transparentBackground true |
3398 | | |
3399 | | > show #!27 models |
3400 | | |
3401 | | > hide #!12 models |
3402 | | |
3403 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3404 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/13_SB-hC3aR-Go_Overall.png width 2000 height |
3405 | | > 1245 supersample 4 transparentBackground true |
3406 | | |
3407 | | > hide #!27 models |
3408 | | |
3409 | | > show #!15 models |
3410 | | |
3411 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3412 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/14_mC5a-hC5aR1-Go.png width 2000 height 1245 |
3413 | | > supersample 4 transparentBackground true |
3414 | | |
3415 | | > hide #!15 models |
3416 | | |
3417 | | > show #!18 models |
3418 | | |
3419 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3420 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/17_mC5adesArg-mC5aR1-Go.png width 2000 height |
3421 | | > 1245 supersample 4 transparentBackground true |
3422 | | |
3423 | | > hide #!18 models |
3424 | | |
3425 | | > show #!20 models |
3426 | | |
3427 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3428 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/18_hC5adesArg-mC5aR1-Go.png width 2000 height |
3429 | | > 1245 supersample 4 transparentBackground true |
3430 | | |
3431 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3432 | | > Fingerprint_Final/combined_session_Fig2_moreCorrect.cxs |
3433 | | |
3434 | | > show #!2 models |
3435 | | |
3436 | | > hide #!2 models |
3437 | | |
3438 | | > hide #!20 models |
3439 | | |
3440 | | > show #!14 models |
3441 | | |
3442 | | > show #!28 models |
3443 | | |
3444 | | > view list |
3445 | | |
3446 | | Named views: C3a-angle_03_EP67, C3a_angle_01, C3a_angle_02, |
3447 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomOut, |
3448 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomOut, |
3449 | | H8_overall, H8_zoomed, JR-SB_PIF, JR14-SB_CWxP, JR14-SB_NPxxY, fig2_density, |
3450 | | hC3a-JR14-SB_DR(C)Y, hC3a-JR14-SB_TM6, hC3a-JR14-SB_TM7, |
3451 | | hC5a-hC5aR1-simulation, hC5adesArg-hC5aR1-simulation, hTLQP_angle_01, |
3452 | | hTLQP_angle_02, hook_01, hook_02, topview, view_01, view_02 |
3453 | | |
3454 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3455 | | > Fingerprint_Final/combined_session_Fig2_moreCorrect.cxs |
3456 | | |
3457 | | > select #14/D |
3458 | | |
3459 | | 97 atoms, 98 bonds, 12 residues, 1 model selected |
3460 | | |
3461 | | > show sel atoms |
3462 | | |
3463 | | > color sel byhetero |
3464 | | |
3465 | | > volume zone #28 nearAtoms sel |
3466 | | |
3467 | | > cofr sel |
3468 | | |
3469 | | > volume #28 level 0.08012 |
3470 | | |
3471 | | > surface dust #28 size 7.76 |
3472 | | |
3473 | | > volume #28 level 0.1329 |
3474 | | |
3475 | | > volume zone #28 nearAtoms sel |
3476 | | |
3477 | | > volume #28 style mesh |
3478 | | |
3479 | | > color zone #28 near sel distance 6.34 |
3480 | | |
3481 | | > volume #28 level 0.008701 |
3482 | | |
3483 | | > volume #28 level 0.01802 |
3484 | | |
3485 | | > show #!29 models |
3486 | | |
3487 | | > hide #!29 models |
3488 | | |
3489 | | > volume #28 level 0.002491 |
3490 | | |
3491 | | > color single #28 |
3492 | | |
3493 | | > volume #29 color #b2b2b2 |
3494 | | |
3495 | | > volume #30 color #b2b2b2 |
3496 | | |
3497 | | > volume #31 color #b2b2b2 |
3498 | | |
3499 | | > volume #32 color #b2b2b2 |
3500 | | |
3501 | | > volume #33 color #b2b2b2 |
3502 | | |
3503 | | > volume #34 color #b2b2b2 |
3504 | | |
3505 | | > volume #35 color #888a85 |
3506 | | |
3507 | | > volume #35 color #babdb6 |
3508 | | |
3509 | | > volume #28 level 0.002491 |
3510 | | |
3511 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3512 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/02_Density_Lig_mC3a-mC3aR-Go.png width 2000 |
3513 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
3514 | | |
3515 | | > view C3a-angle_03_EP67 |
3516 | | |
3517 | | > view C3a_angle_01 |
3518 | | |
3519 | | > view C3a_angle_02 |
3520 | | |
3521 | | > view C3a_angle_01 |
3522 | | |
3523 | | > view C3a_angle_02 |
3524 | | |
3525 | | > view list |
3526 | | |
3527 | | Named views: C3a-angle_03_EP67, C3a_angle_01, C3a_angle_02, |
3528 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomOut, |
3529 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomOut, |
3530 | | H8_overall, H8_zoomed, JR-SB_PIF, JR14-SB_CWxP, JR14-SB_NPxxY, fig2_density, |
3531 | | hC3a-JR14-SB_DR(C)Y, hC3a-JR14-SB_TM6, hC3a-JR14-SB_TM7, |
3532 | | hC5a-hC5aR1-simulation, hC5adesArg-hC5aR1-simulation, hTLQP_angle_01, |
3533 | | hTLQP_angle_02, hook_01, hook_02, topview, view_01, view_02 |
3534 | | |
3535 | | > view fig2_density |
3536 | | |
3537 | | > hide #!28 models |
3538 | | |
3539 | | > show #!28 models |
3540 | | |
3541 | | > volume #28 level 0.002491 |
3542 | | |
3543 | | > volume #28 level 0.02052 |
3544 | | |
3545 | | > volume #28 level 0.03915 |
3546 | | |
3547 | | > volume #28 level 0.001889 |
3548 | | |
3549 | | > surface dust #28 size 2.42 |
3550 | | |
3551 | | > volume zone #28 nearAtoms sel |
3552 | | |
3553 | | > view name Lig_02_Density_mC3a-mC3aR-Go |
3554 | | |
3555 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3556 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/02_Density_Lig_mC3a-mC3aR-Go.png width 2000 |
3557 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
3558 | | |
3559 | | [Repeated 1 time(s)] |
3560 | | |
3561 | | > view name Lig_02_Density_mC3a-mC3aR-Go |
3562 | | |
3563 | | > show #!29 models |
3564 | | |
3565 | | > hide #!28 models |
3566 | | |
3567 | | > volume #29 style mesh |
3568 | | |
3569 | | > show #!4 models |
3570 | | |
3571 | | > hide #!14 models |
3572 | | |
3573 | | > select #4/F |
3574 | | |
3575 | | 507 atoms, 514 bonds, 1 pseudobond, 73 residues, 2 models selected |
3576 | | |
3577 | | > select ~sel & ##selected |
3578 | | |
3579 | | 8267 atoms, 8445 bonds, 4 pseudobonds, 1125 residues, 2 models selected |
3580 | | |
3581 | | > hide sel cartoons |
3582 | | |
3583 | | > select ~sel & ##selected |
3584 | | |
3585 | | 507 atoms, 514 bonds, 1 pseudobond, 73 residues, 2 models selected |
3586 | | |
3587 | | > volume zone #29 nearAtoms sel |
3588 | | |
3589 | | > cofr sel |
3590 | | |
3591 | | > volume #29 level 0.08317 |
3592 | | |
3593 | | > view name Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go |
3594 | | |
3595 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3596 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/04_Density_Lig_mC5a-mC5aR1-Go.png width 2000 |
3597 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
3598 | | |
3599 | | > hide #!29 models |
3600 | | |
3601 | | > show #!30 models |
3602 | | |
3603 | | > show #!5 models |
3604 | | |
3605 | | > hide #!4 models |
3606 | | |
3607 | | > select add #4 |
3608 | | |
3609 | | 8774 atoms, 8959 bonds, 5 pseudobonds, 1198 residues, 2 models selected |
3610 | | |
3611 | | > select subtract #4 |
3612 | | |
3613 | | Nothing selected |
3614 | | |
3615 | | > volume #30 style mesh |
3616 | | |
3617 | | > select #5/D |
3618 | | |
3619 | | 95 atoms, 99 bonds, 13 residues, 1 model selected |
3620 | | |
3621 | | > select ~sel & ##selected |
3622 | | |
3623 | | 8106 atoms, 8291 bonds, 5 pseudobonds, 1115 residues, 2 models selected |
3624 | | |
3625 | | > volume zone #30 nearAtoms sel |
3626 | | |
3627 | | > hide sel cartoons |
3628 | | |
3629 | | > select ~sel & ##selected |
3630 | | |
3631 | | 95 atoms, 99 bonds, 13 residues, 1 model selected |
3632 | | |
3633 | | > volume zone #30 nearAtoms sel |
3634 | | |
3635 | | > cofr sel |
3636 | | |
3637 | | > show sel atoms |
3638 | | |
3639 | | > color sel byhetero |
3640 | | |
3641 | | > volume #30 level 0.02238 |
3642 | | |
3643 | | [Repeated 1 time(s)] |
3644 | | |
3645 | | > view name Lig_05_Density_hTLQP-mC3aR-Go |
3646 | | |
3647 | | > hide #!30 models |
3648 | | |
3649 | | > show #!29 models |
3650 | | |
3651 | | > hide #!5 models |
3652 | | |
3653 | | > show #!4 models |
3654 | | |
3655 | | > select #4/F |
3656 | | |
3657 | | 507 atoms, 514 bonds, 1 pseudobond, 73 residues, 2 models selected |
3658 | | |
3659 | | > cofr sel |
3660 | | |
3661 | | > show sel atoms |
3662 | | |
3663 | | > color (#!4 & sel) byhetero |
3664 | | |
3665 | | > hide sel atoms |
3666 | | |
3667 | | > show sel atoms |
3668 | | |
3669 | | > color (#!4 & sel) byhetero |
3670 | | |
3671 | | > view name Lig_04_mC5a-mC5aR1-Go |
3672 | | |
3673 | | > view list |
3674 | | |
3675 | | Named views: C3a-angle_03_EP67, C3a_angle_01, C3a_angle_02, |
3676 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomOut, |
3677 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomOut, |
3678 | | H8_overall, H8_zoomed, JR-SB_PIF, JR14-SB_CWxP, JR14-SB_NPxxY, |
3679 | | Lig_02_Density_mC3a-mC3aR-Go, Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go, |
3680 | | Lig_04_mC5a-mC5aR1-Go, Lig_05_Density_hTLQP-mC3aR-Go, fig2_density, |
3681 | | hC3a-JR14-SB_DR(C)Y, hC3a-JR14-SB_TM6, hC3a-JR14-SB_TM7, |
3682 | | hC5a-hC5aR1-simulation, hC5adesArg-hC5aR1-simulation, hTLQP_angle_01, |
3683 | | hTLQP_angle_02, hook_01, hook_02, topview, view_01, view_02 |
3684 | | |
3685 | | > view Lig_02_Density_mC3a-mC3aR-Go |
3686 | | |
3687 | | > view Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go |
3688 | | |
3689 | | > view Lig_04_mC5a-mC5aR1-Go |
3690 | | |
3691 | | > view Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go |
3692 | | |
3693 | | > view Lig_04_mC5a-mC5aR1-Go |
3694 | | |
3695 | | > view Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go |
3696 | | |
3697 | | > view Lig_04_mC5a-mC5aR1-Go |
3698 | | |
3699 | | [Repeated 2 time(s)] |
3700 | | |
3701 | | > view Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go |
3702 | | |
3703 | | > help help:user |
3704 | | |
3705 | | > name delete Lig_04_mC5a-mC5aR1-Go |
3706 | | |
3707 | | deregistering unregistered selector "Lig_04_mC5a-mC5aR1-Go" |
3708 | | |
3709 | | > name list |
3710 | | |
3711 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8 #7/A:272-315 #9/C:408-450 |
3712 | | GBeta_2025 #2,5,9,10,11,12,27/B #4,7,8,15,16,18,20/C |
3713 | | GGamma_2025 #2,4,5,6,7,8,9,10,11,12,15,16,18,20,27/G |
3714 | | GRK2_Helix #26/G:2-20 |
3715 | | Go_2025 #2,5,6,9,10,11,12,27/A #4,7,8,15,16,18,20/B |
3716 | | JR-SB_PIF #1,11,13/C:348,110,386 |
3717 | | JR14-SB_CWxP #1,11,13/C:389,390,392 |
3718 | | JR14-SB_NPxxY #1,11,13/C:431,432,435 |
3719 | | NTSR1-GRK #26/G:2-20 #26/R |
3720 | | ScFv_2014 #2,4,5,6,7,8,9,10,11,12,15,16,18,20,27/H |
3721 | | all_lig #1/D #14/D #3/D #4/F #5/D #6/D #7/D #8/D #9/D #10/D #11/C:JR1 |
3722 | | #12/C:JR1 #13/A:LIG |
3723 | | all_lig_recep #1/D #2/D #3/D #4/F #5/D #6/D #7/D #8/D #9/D #10/D #11/C:JR1 |
3724 | | #12/C:JR1 #13/A:LIG #1/C #2/E #3/A #4/A #5/C #6/E #7/A #8/A #9/C #10/C #11/C |
3725 | | #12/E #13/C |
3726 | | all_recep #1/C #2/E #3/A #4/A #5/C #6/E #7/A #8/A #9/C #10/C #11/C #12/E #13/C |
3727 | | hC3a-JR14-SB_TM6 #1,11,13/C:371-404 |
3728 | | hC3a-JR14-SB_TM7 #1,11,13/C:406-439 |
3729 | | panchMukhi5ptSwitch #1/C:78,102,340,393,417 #11/C:78,102,340,393,417 |
3730 | | #13/C:78,102,340,393,417 |
3731 | | |
3732 | | > view list |
3733 | | |
3734 | | Named views: C3a-angle_03_EP67, C3a_angle_01, C3a_angle_02, |
3735 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomOut, |
3736 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomOut, |
3737 | | H8_overall, H8_zoomed, JR-SB_PIF, JR14-SB_CWxP, JR14-SB_NPxxY, |
3738 | | Lig_02_Density_mC3a-mC3aR-Go, Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go, |
3739 | | Lig_04_mC5a-mC5aR1-Go, Lig_05_Density_hTLQP-mC3aR-Go, fig2_density, |
3740 | | hC3a-JR14-SB_DR(C)Y, hC3a-JR14-SB_TM6, hC3a-JR14-SB_TM7, |
3741 | | hC5a-hC5aR1-simulation, hC5adesArg-hC5aR1-simulation, hTLQP_angle_01, |
3742 | | hTLQP_angle_02, hook_01, hook_02, topview, view_01, view_02 |
3743 | | |
3744 | | > view Lig_04_mC5a-mC5aR1-Go |
3745 | | |
3746 | | > view list |
3747 | | |
3748 | | Named views: C3a-angle_03_EP67, C3a_angle_01, C3a_angle_02, |
3749 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomOut, |
3750 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomOut, |
3751 | | H8_overall, H8_zoomed, JR-SB_PIF, JR14-SB_CWxP, JR14-SB_NPxxY, |
3752 | | Lig_02_Density_mC3a-mC3aR-Go, Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go, |
3753 | | Lig_04_mC5a-mC5aR1-Go, Lig_05_Density_hTLQP-mC3aR-Go, fig2_density, |
3754 | | hC3a-JR14-SB_DR(C)Y, hC3a-JR14-SB_TM6, hC3a-JR14-SB_TM7, |
3755 | | hC5a-hC5aR1-simulation, hC5adesArg-hC5aR1-simulation, hTLQP_angle_01, |
3756 | | hTLQP_angle_02, hook_01, hook_02, topview, view_01, view_02 |
3757 | | |
3758 | | > help help:user |
3759 | | |
3760 | | > view Lig_04_mC5a-mC5aR1-Go |
3761 | | |
3762 | | > view delete Lig_04_mC5a-mC5aR1-Go |
3763 | | |
3764 | | > view list |
3765 | | |
3766 | | Named views: C3a-angle_03_EP67, C3a_angle_01, C3a_angle_02, |
3767 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomOut, |
3768 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomOut, |
3769 | | H8_overall, H8_zoomed, JR-SB_PIF, JR14-SB_CWxP, JR14-SB_NPxxY, |
3770 | | Lig_02_Density_mC3a-mC3aR-Go, Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go, |
3771 | | Lig_05_Density_hTLQP-mC3aR-Go, fig2_density, hC3a-JR14-SB_DR(C)Y, |
3772 | | hC3a-JR14-SB_TM6, hC3a-JR14-SB_TM7, hC5a-hC5aR1-simulation, hC5adesArg- |
3773 | | hC5aR1-simulation, hTLQP_angle_01, hTLQP_angle_02, hook_01, hook_02, topview, |
3774 | | view_01, view_02 |
3775 | | |
3776 | | > view Lig_02_Density_mC3a-mC3aR-Go |
3777 | | |
3778 | | > view Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go |
3779 | | |
3780 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3781 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/04_Density_Lig_mC5a-mC5aR1-Go.png width 2000 |
3782 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
3783 | | |
3784 | | > hide #!4 models |
3785 | | |
3786 | | > show #!5 models |
3787 | | |
3788 | | > hide #!29 models |
3789 | | |
3790 | | > show #!30 models |
3791 | | |
3792 | | > volume #30 level 0.02238 |
3793 | | |
3794 | | > view name Lig_05_Density_hTLQP-mC3aR-Go |
3795 | | |
3796 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3797 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/05_Density_Lig_hTLQP-mC3aR-Go.png width 2000 |
3798 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
3799 | | |
3800 | | > hide #!30 models |
3801 | | |
3802 | | > show #!31 models |
3803 | | |
3804 | | > show #!6 models |
3805 | | |
3806 | | > hide #!5 models |
3807 | | |
3808 | | > select add #4 |
3809 | | |
3810 | | 8774 atoms, 8959 bonds, 5 pseudobonds, 1198 residues, 2 models selected |
3811 | | |
3812 | | > select subtract #4 |
3813 | | |
3814 | | Nothing selected |
3815 | | |
3816 | | > select add #6 |
3817 | | |
3818 | | 8164 atoms, 8351 bonds, 5 pseudobonds, 1126 residues, 2 models selected |
3819 | | |
3820 | | > hide #!6 models |
3821 | | |
3822 | | > show #!6 models |
3823 | | |
3824 | | > select subtract #6 |
3825 | | |
3826 | | Nothing selected |
3827 | | |
3828 | | > select add #6 |
3829 | | |
3830 | | 8164 atoms, 8351 bonds, 5 pseudobonds, 1126 residues, 2 models selected |
3831 | | |
3832 | | > select subtract #6 |
3833 | | |
3834 | | Nothing selected |
3835 | | |
3836 | | > select add #6 |
3837 | | |
3838 | | 8164 atoms, 8351 bonds, 5 pseudobonds, 1126 residues, 2 models selected |
3839 | | |
3840 | | > hide #!6 models |
3841 | | |
3842 | | > show #!6 models |
3843 | | |
3844 | | > select subtract #6 |
3845 | | |
3846 | | Nothing selected |
3847 | | |
3848 | | > volume #31 style mesh |
3849 | | |
3850 | | > select #6/D |
3851 | | |
3852 | | 100 atoms, 105 bonds, 13 residues, 1 model selected |
3853 | | |
3854 | | > select #6/D |
3855 | | |
3856 | | 100 atoms, 105 bonds, 13 residues, 1 model selected |
3857 | | |
3858 | | > volume zone #30 nearAtoms #6/D |
3859 | | |
3860 | | > volume zone #31 nearAtoms #6/D |
3861 | | |
3862 | | > hide sel atoms |
3863 | | |
3864 | | > show sel atoms |
3865 | | |
3866 | | > color sel byhetero |
3867 | | |
3868 | | > volume #31 level 0.03112 |
3869 | | |
3870 | | > select ~sel & ##selected |
3871 | | |
3872 | | 8064 atoms, 8246 bonds, 5 pseudobonds, 1113 residues, 2 models selected |
3873 | | |
3874 | | > hide sel cartoons |
3875 | | |
3876 | | > select #6/D |
3877 | | |
3878 | | 100 atoms, 105 bonds, 13 residues, 1 model selected |
3879 | | |
3880 | | > cofr sel |
3881 | | |
3882 | | > volume #31 level 0.008813 |
3883 | | |
3884 | | > view name Lig_06_Density_mTLQP-mC3aR-Go |
3885 | | |
3886 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3887 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/06_Lig_Density_mTLQP-mC3aR-Go.png width 2000 |
3888 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
3889 | | |
3890 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3891 | | > Fingerprint_Final/combined_session_Fig2_moreCorrect.cxs |
3892 | | |
3893 | | > show #!32 models |
3894 | | |
3895 | | > hide #!31 models |
3896 | | |
3897 | | > show #!7 models |
3898 | | |
3899 | | > hide #!6 models |
3900 | | |
3901 | | > select add #6 |
3902 | | |
3903 | | 8164 atoms, 8351 bonds, 5 pseudobonds, 1126 residues, 2 models selected |
3904 | | |
3905 | | > select subtract #6 |
3906 | | |
3907 | | Nothing selected |
3908 | | |
3909 | | > select #7/D |
3910 | | |
3911 | | 87 atoms, 89 bonds, 10 residues, 1 model selected |
3912 | | |
3913 | | > volume zone #32 nearAtoms sel |
3914 | | |
3915 | | > show sel atoms |
3916 | | |
3917 | | > color sel byhetero |
3918 | | |
3919 | | > select ~sel & ##selected |
3920 | | |
3921 | | 8161 atoms, 8342 bonds, 3 pseudobonds, 1118 residues, 2 models selected |
3922 | | |
3923 | | > hide sel cartoons |
3924 | | |
3925 | | > volume #32 style mesh |
3926 | | |
3927 | | > select ~sel & ##selected |
3928 | | |
3929 | | 87 atoms, 89 bonds, 10 residues, 1 model selected |
3930 | | |
3931 | | > cofr sel |
3932 | | |
3933 | | > volume #32 level 0.01033 |
3934 | | |
3935 | | > select up |
3936 | | |
3937 | | 8248 atoms, 8431 bonds, 1128 residues, 1 model selected |
3938 | | |
3939 | | > select up |
3940 | | |
3941 | | 197971 atoms, 202307 bonds, 3 pseudobonds, 27084 residues, 55 models selected |
3942 | | |
3943 | | > select down |
3944 | | |
3945 | | 8248 atoms, 8431 bonds, 1128 residues, 1 model selected |
3946 | | |
3947 | | > view name Lig_07_Density_EP67-hC5aR1-Go |
3948 | | |
3949 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
3950 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/07_Density_Lig_EP67-hC5aR1-Go.png width 2000 |
3951 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
3952 | | |
3953 | | > hide #!32 models |
3954 | | |
3955 | | > show #!33 models |
3956 | | |
3957 | | > show #!8 models |
3958 | | |
3959 | | > hide #!7 models |
3960 | | |
3961 | | > select add #7 |
3962 | | |
3963 | | 8248 atoms, 8431 bonds, 3 pseudobonds, 1128 residues, 2 models selected |
3964 | | |
3965 | | > select subtract #7 |
3966 | | |
3967 | | Nothing selected |
3968 | | |
3969 | | > select #8/D |
3970 | | |
3971 | | 75 atoms, 76 bonds, 9 residues, 1 model selected |
3972 | | |
3973 | | > color sel byhetero |
3974 | | |
3975 | | > volume zone #33 nearAtoms sel |
3976 | | |
3977 | | > select ~sel & ##selected |
3978 | | |
3979 | | 8078 atoms, 8254 bonds, 5 pseudobonds, 1110 residues, 2 models selected |
3980 | | |
3981 | | > hide sel cartoons |
3982 | | |
3983 | | > select ~sel & ##selected |
3984 | | |
3985 | | 75 atoms, 76 bonds, 9 residues, 1 model selected |
3986 | | |
3987 | | > volume #33 style mesh |
3988 | | |
3989 | | > view list |
3990 | | |
3991 | | Named views: C3a-angle_03_EP67, C3a_angle_01, C3a_angle_02, |
3992 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomOut, |
3993 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomOut, |
3994 | | H8_overall, H8_zoomed, JR-SB_PIF, JR14-SB_CWxP, JR14-SB_NPxxY, |
3995 | | Lig_02_Density_mC3a-mC3aR-Go, Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go, |
3996 | | Lig_05_Density_hTLQP-mC3aR-Go, Lig_06_Density_mTLQP-mC3aR-Go, |
3997 | | Lig_07_Density_EP67-hC5aR1-Go, fig2_density, hC3a-JR14-SB_DR(C)Y, |
3998 | | hC3a-JR14-SB_TM6, hC3a-JR14-SB_TM7, hC5a-hC5aR1-simulation, hC5adesArg- |
3999 | | hC5aR1-simulation, hTLQP_angle_01, hTLQP_angle_02, hook_01, hook_02, topview, |
4000 | | view_01, view_02 |
4001 | | |
4002 | | > view Lig_07_Density_EP67-hC5aR1-Go |
4003 | | |
4004 | | > volume #33 level 0.01116 |
4005 | | |
4006 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
4007 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/08_Density_Lig_EP67-mC5aR1-Go.png width 2000 |
4008 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
4009 | | |
4010 | | > hide #!33 models |
4011 | | |
4012 | | > show #!34 models |
4013 | | |
4014 | | > hide #!8 models |
4015 | | |
4016 | | > show #!9 models |
4017 | | |
4018 | | > select #9/D |
4019 | | |
4020 | | 87 atoms, 89 bonds, 10 residues, 1 model selected |
4021 | | |
4022 | | > color sel byhetero |
4023 | | |
4024 | | > volume zone #34 nearAtoms sel |
4025 | | |
4026 | | > volume #34 style mesh |
4027 | | |
4028 | | > cofr sel |
4029 | | |
4030 | | > view Lig_07_Density_EP67-hC5aR1-Go |
4031 | | |
4032 | | > select ~sel & ##selected |
4033 | | |
4034 | | 8148 atoms, 8329 bonds, 4 pseudobonds, 1113 residues, 2 models selected |
4035 | | |
4036 | | > hide sel cartoons |
4037 | | |
4038 | | > volume #34 level 0.03756 |
4039 | | |
4040 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
4041 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/09_Lig_Density_EP67-hC3aR-Go.png width 2000 |
4042 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
4043 | | |
4044 | | > show #!35 models |
4045 | | |
4046 | | > hide #!34 models |
4047 | | |
4048 | | > hide #!9 models |
4049 | | |
4050 | | > show #!10 models |
4051 | | |
4052 | | > select #10/D |
4053 | | |
4054 | | 87 atoms, 89 bonds, 10 residues, 1 model selected |
4055 | | |
4056 | | > color sel byhetero |
4057 | | |
4058 | | > volume zone #35 nearAtoms sel |
4059 | | |
4060 | | > volume #35 |
4061 | | |
4062 | | > volume #35 style mesh |
4063 | | |
4064 | | > select ~sel |
4065 | | |
4066 | | 197884 atoms, 202218 bonds, 120 pseudobonds, 27074 residues, 84 models |
4067 | | selected |
4068 | | |
4069 | | > select clear |
4070 | | |
4071 | | > select #10/D |
4072 | | |
4073 | | 87 atoms, 89 bonds, 10 residues, 1 model selected |
4074 | | |
4075 | | > select ~sel & ##selected |
4076 | | |
4077 | | 8086 atoms, 8270 bonds, 6 pseudobonds, 1112 residues, 2 models selected |
4078 | | |
4079 | | > hide sel cartoons |
4080 | | |
4081 | | > view Lig_05_Density_hTLQP-mC3aR-Go |
4082 | | |
4083 | | > volume #35 level 0.007509 |
4084 | | |
4085 | | > show #!34 models |
4086 | | |
4087 | | > hide #!34 models |
4088 | | |
4089 | | > show #!34 models |
4090 | | |
4091 | | > hide #!34 models |
4092 | | |
4093 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
4094 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/10_Lig_Density_EP67-mC3aR-Go.png width 2000 |
4095 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
4096 | | |
4097 | | > hide #!35 models |
4098 | | |
4099 | | > show #!36 models |
4100 | | |
4101 | | > hide #!10 models |
4102 | | |
4103 | | > show #!11 models |
4104 | | |
4105 | | > volume #36 color #babdb6 |
4106 | | |
4107 | | > select #11/C:JR1 |
4108 | | |
4109 | | 35 atoms, 37 bonds, 1 residue, 1 model selected |
4110 | | |
4111 | | > color sel byhetero |
4112 | | |
4113 | | > volume zone #36 nearAtoms sel |
4114 | | |
4115 | | > select ~sel & ##selected |
4116 | | |
4117 | | 8099 atoms, 8279 bonds, 6 pseudobonds, 1100 residues, 2 models selected |
4118 | | |
4119 | | > hide sel cartoons |
4120 | | |
4121 | | > select ~sel & ##selected |
4122 | | |
4123 | | 35 atoms, 37 bonds, 1 residue, 1 model selected |
4124 | | |
4125 | | > show sel cartoons |
4126 | | |
4127 | | > show sel atoms |
4128 | | |
4129 | | > hide #!36 models |
4130 | | |
4131 | | > show #!36 models |
4132 | | |
4133 | | > hide sel atoms |
4134 | | |
4135 | | [Repeated 1 time(s)] |
4136 | | |
4137 | | > show sel atoms |
4138 | | |
4139 | | > select #11/C:JR1 |
4140 | | |
4141 | | 35 atoms, 37 bonds, 1 residue, 1 model selected |
4142 | | |
4143 | | > select ~sel & ##selected |
4144 | | |
4145 | | 8099 atoms, 8279 bonds, 6 pseudobonds, 1100 residues, 2 models selected |
4146 | | |
4147 | | > hide sel atoms |
4148 | | |
4149 | | > volume #36 style mesh |
4150 | | |
4151 | | > select ~sel & ##selected |
4152 | | |
4153 | | 35 atoms, 37 bonds, 1 residue, 1 model selected |
4154 | | |
4155 | | > cofr sel |
4156 | | |
4157 | | > select ~sel & ##selected |
4158 | | |
4159 | | 8099 atoms, 8279 bonds, 6 pseudobonds, 1100 residues, 2 models selected |
4160 | | |
4161 | | > show sel cartoons |
4162 | | |
4163 | | > hide sel cartoons |
4164 | | |
4165 | | > select ~sel & ##selected |
4166 | | |
4167 | | 35 atoms, 37 bonds, 1 residue, 1 model selected |
4168 | | |
4169 | | > volume #36 level 0.0278 |
4170 | | |
4171 | | > view name 11_Density_JR14A-hC3aR-Go |
4172 | | |
4173 | | [Repeated 1 time(s)] |
4174 | | |
4175 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
4176 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/11_Lig_Density_JR14A-hC3aR-Go.png width 2000 |
4177 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
4178 | | |
4179 | | > show #!37 models |
4180 | | |
4181 | | > hide #!36 models |
4182 | | |
4183 | | > show #!12 models |
4184 | | |
4185 | | > hide #!11 models |
4186 | | |
4187 | | > select add #11 |
4188 | | |
4189 | | 8134 atoms, 8316 bonds, 6 pseudobonds, 1101 residues, 2 models selected |
4190 | | |
4191 | | > select subtract #11 |
4192 | | |
4193 | | Nothing selected |
4194 | | |
4195 | | > volume #37 color #babdb6 |
4196 | | |
4197 | | > select #12/C:JR1 |
4198 | | |
4199 | | 35 atoms, 37 bonds, 1 residue, 1 model selected |
4200 | | |
4201 | | > volume zone #37 nearAtoms sel |
4202 | | |
4203 | | > volume #37 style mesh |
4204 | | |
4205 | | > select ~sel & ##selected |
4206 | | |
4207 | | 8057 atoms, 8237 bonds, 6 pseudobonds, 1111 residues, 2 models selected |
4208 | | |
4209 | | > hide sel cartoons |
4210 | | |
4211 | | > view list |
4212 | | |
4213 | | Named views: 11_Density_JR14A-hC3aR-Go, C3a-angle_03_EP67, C3a_angle_01, |
4214 | | C3a_angle_02, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomIn, |
4215 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomOut, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomIn, |
4216 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomOut, H8_overall, H8_zoomed, JR-SB_PIF, |
4217 | | JR14-SB_CWxP, JR14-SB_NPxxY, Lig_02_Density_mC3a-mC3aR-Go, |
4218 | | Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go, Lig_05_Density_hTLQP-mC3aR-Go, |
4219 | | Lig_06_Density_mTLQP-mC3aR-Go, Lig_07_Density_EP67-hC5aR1-Go, fig2_density, |
4220 | | hC3a-JR14-SB_DR(C)Y, hC3a-JR14-SB_TM6, hC3a-JR14-SB_TM7, |
4221 | | hC5a-hC5aR1-simulation, hC5adesArg-hC5aR1-simulation, hTLQP_angle_01, |
4222 | | hTLQP_angle_02, hook_01, hook_02, topview, view_01, view_02 |
4223 | | |
4224 | | > view 11_Density_JR14A-hC3aR-Go |
4225 | | |
4226 | | [Repeated 1 time(s)] |
4227 | | |
4228 | | > show #!11 models |
4229 | | |
4230 | | > hide #!11 models |
4231 | | |
4232 | | > volume #37 level 0.04456 |
4233 | | |
4234 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
4235 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/12_Lig_Density_JR14-mC3aR-Go.png width 2000 |
4236 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
4237 | | |
4238 | | > show #!38 models |
4239 | | |
4240 | | > hide #!37 models |
4241 | | |
4242 | | > show #!27 models |
4243 | | |
4244 | | > hide #!12 models |
4245 | | |
4246 | | > volume #38 color #babdb6 |
4247 | | |
4248 | | > select add #12 |
4249 | | |
4250 | | 8092 atoms, 8274 bonds, 6 pseudobonds, 1112 residues, 2 models selected |
4251 | | |
4252 | | > select subtract #12 |
4253 | | |
4254 | | Nothing selected |
4255 | | |
4256 | | > select #27/Z:LIG |
4257 | | |
4258 | | 30 atoms, 31 bonds, 1 residue, 1 model selected |
4259 | | |
4260 | | > volume zone #38 nearAtoms sel |
4261 | | |
4262 | | > volume #38 style mesh |
4263 | | |
4264 | | > select ~sel & ##selected |
4265 | | |
4266 | | 8140 atoms, 8320 bonds, 6 pseudobonds, 1104 residues, 2 models selected |
4267 | | |
4268 | | > hide sel cartoons |
4269 | | |
4270 | | > view list |
4271 | | |
4272 | | Named views: 11_Density_JR14A-hC3aR-Go, C3a-angle_03_EP67, C3a_angle_01, |
4273 | | C3a_angle_02, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomIn, |
4274 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomOut, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomIn, |
4275 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomOut, H8_overall, H8_zoomed, JR-SB_PIF, |
4276 | | JR14-SB_CWxP, JR14-SB_NPxxY, Lig_02_Density_mC3a-mC3aR-Go, |
4277 | | Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go, Lig_05_Density_hTLQP-mC3aR-Go, |
4278 | | Lig_06_Density_mTLQP-mC3aR-Go, Lig_07_Density_EP67-hC5aR1-Go, fig2_density, |
4279 | | hC3a-JR14-SB_DR(C)Y, hC3a-JR14-SB_TM6, hC3a-JR14-SB_TM7, |
4280 | | hC5a-hC5aR1-simulation, hC5adesArg-hC5aR1-simulation, hTLQP_angle_01, |
4281 | | hTLQP_angle_02, hook_01, hook_02, topview, view_01, view_02 |
4282 | | |
4283 | | > view 11_Density_JR14A-hC3aR-Go |
4284 | | |
4285 | | > volume #38 level 0.01968 |
4286 | | |
4287 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
4288 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/13_Lig_Density_SB-hC3aR-Go_Overall.png width |
4289 | | > 2000 height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
4290 | | |
4291 | | > hide #!38 models |
4292 | | |
4293 | | > show #!39 models |
4294 | | |
4295 | | > hide #!27 models |
4296 | | |
4297 | | > show #!15 models |
4298 | | |
4299 | | > select #15/F |
4300 | | |
4301 | | 492 atoms, 497 bonds, 2 pseudobonds, 71 residues, 2 models selected |
4302 | | |
4303 | | > show sel atoms |
4304 | | |
4305 | | > color (#!15 & sel) byhetero |
4306 | | |
4307 | | > volume zone #39 nearAtoms sel |
4308 | | |
4309 | | > volume #39 color #babdb6 |
4310 | | |
4311 | | > volume #39 style mesh |
4312 | | |
4313 | | > cofr sel |
4314 | | |
4315 | | > select ~sel & ##selected |
4316 | | |
4317 | | 8131 atoms, 8302 bonds, 5 pseudobonds, 1128 residues, 2 models selected |
4318 | | |
4319 | | > hide sel cartoons |
4320 | | |
4321 | | > volume #39 level 0.07583 |
4322 | | |
4323 | | > view Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go |
4324 | | |
4325 | | > view name 14_Lig_Density_mC5a-hC5aR1-Go |
4326 | | |
4327 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
4328 | | > Fingerprint_Final/combined_session_Fig2_moreCorrect.cxs |
4329 | | |
4330 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
4331 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/14_Lig_Density_mC5a-hC5aR1-Go.png width 2000 |
4332 | | > height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
4333 | | |
4334 | | > show #!40 models |
4335 | | |
4336 | | > hide #!39 models |
4337 | | |
4338 | | > show #!18 models |
4339 | | |
4340 | | > hide #!15 models |
4341 | | |
4342 | | > volume #40 color #babdb6 |
4343 | | |
4344 | | > volume #40 style mesh |
4345 | | |
4346 | | > select #18/F |
4347 | | |
4348 | | 419 atoms, 424 bonds, 2 pseudobonds, 67 residues, 2 models selected |
4349 | | |
4350 | | > select ~sel & ##selected |
4351 | | |
4352 | | 8267 atoms, 8448 bonds, 4 pseudobonds, 1125 residues, 2 models selected |
4353 | | |
4354 | | > hide sel cartoons |
4355 | | |
4356 | | > select ~sel & ##selected |
4357 | | |
4358 | | 419 atoms, 424 bonds, 2 pseudobonds, 67 residues, 2 models selected |
4359 | | |
4360 | | > show sel atoms |
4361 | | |
4362 | | > style sel stick |
4363 | | |
4364 | | Changed 419 atom styles |
4365 | | |
4366 | | > color (#!18 & sel) byhetero |
4367 | | |
4368 | | > volume zone #40 nearAtoms sel |
4369 | | |
4370 | | > volume #40 level 0.01494 |
4371 | | |
4372 | | > view list |
4373 | | |
4374 | | Named views: 11_Density_JR14A-hC3aR-Go, 14_Lig_Density_mC5a-hC5aR1-Go, |
4375 | | C3a-angle_03_EP67, C3a_angle_01, C3a_angle_02, |
4376 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomOut, |
4377 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomOut, |
4378 | | H8_overall, H8_zoomed, JR-SB_PIF, JR14-SB_CWxP, JR14-SB_NPxxY, |
4379 | | Lig_02_Density_mC3a-mC3aR-Go, Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go, |
4380 | | Lig_05_Density_hTLQP-mC3aR-Go, Lig_06_Density_mTLQP-mC3aR-Go, |
4381 | | Lig_07_Density_EP67-hC5aR1-Go, fig2_density, hC3a-JR14-SB_DR(C)Y, |
4382 | | hC3a-JR14-SB_TM6, hC3a-JR14-SB_TM7, hC5a-hC5aR1-simulation, hC5adesArg- |
4383 | | hC5aR1-simulation, hTLQP_angle_01, hTLQP_angle_02, hook_01, hook_02, topview, |
4384 | | view_01, view_02 |
4385 | | |
4386 | | > view 14_Lig_Density_mC5a-hC5aR1-Go |
4387 | | |
4388 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
4389 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/17_Lig_Density_mC5adesArg-mC5aR1-Go.png width |
4390 | | > 2000 height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
4391 | | |
4392 | | > hide #!40 models |
4393 | | |
4394 | | > show #!39 models |
4395 | | |
4396 | | > hide #!18 models |
4397 | | |
4398 | | > show #!17 models |
4399 | | |
4400 | | > hide #!17 models |
4401 | | |
4402 | | > show #!18 models |
4403 | | |
4404 | | > hide #!18 models |
4405 | | |
4406 | | > show #!16 models |
4407 | | |
4408 | | > hide #!16 models |
4409 | | |
4410 | | > show #!15 models |
4411 | | |
4412 | | > select add #18 |
4413 | | |
4414 | | 8686 atoms, 8872 bonds, 6 pseudobonds, 1192 residues, 2 models selected |
4415 | | |
4416 | | > select #15/F |
4417 | | |
4418 | | 492 atoms, 497 bonds, 2 pseudobonds, 71 residues, 2 models selected |
4419 | | |
4420 | | > hide #!15 models |
4421 | | |
4422 | | > select add #15 |
4423 | | |
4424 | | 8623 atoms, 8799 bonds, 7 pseudobonds, 1199 residues, 2 models selected |
4425 | | |
4426 | | > select subtract #15 |
4427 | | |
4428 | | Nothing selected |
4429 | | |
4430 | | > hide #!39 models |
4431 | | |
4432 | | > show #!40 models |
4433 | | |
4434 | | > show #!18 models |
4435 | | |
4436 | | > show #!41 models |
4437 | | |
4438 | | > hide #!40 models |
4439 | | |
4440 | | > volume #41 color #babdb6 |
4441 | | |
4442 | | > select #20/D |
4443 | | |
4444 | | 444 atoms, 448 bonds, 73 residues, 1 model selected |
4445 | | |
4446 | | > show #!20 models |
4447 | | |
4448 | | > hide #!18 models |
4449 | | |
4450 | | > volume zone #41 nearAtoms sel |
4451 | | |
4452 | | > volume #41 style mesh |
4453 | | |
4454 | | > select ~sel & ##selected |
4455 | | |
4456 | | 8179 atoms, 8353 bonds, 4 pseudobonds, 1122 residues, 2 models selected |
4457 | | |
4458 | | > hide sel cartoons |
4459 | | |
4460 | | > select ~sel & ##selected |
4461 | | |
4462 | | 444 atoms, 448 bonds, 73 residues, 1 model selected |
4463 | | |
4464 | | > show sel atoms |
4465 | | |
4466 | | > style sel stick |
4467 | | |
4468 | | Changed 444 atom styles |
4469 | | |
4470 | | > color sel byhetero |
4471 | | |
4472 | | > volume #41 level 0.05885 |
4473 | | |
4474 | | > view 14_Lig_Density_mC5a-hC5aR1-Go |
4475 | | |
4476 | | > volume #41 level 0.0294 |
4477 | | |
4478 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
4479 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/18_Lig_Density_hC5adesArg-mC5aR1-Go.png width |
4480 | | > 2000 height 1245 supersample 4 transparentBackground true |
4481 | | |
4482 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
4483 | | > Fingerprint_Final/combined_session_Fig2_moreCorrect.cxs |
4484 | | |
4485 | | ——— End of log from Tue Feb 4 13:08:16 2025 ——— |
4486 | | |
4487 | | opened ChimeraX session |
4488 | | |
4489 | | > hide #!20 models |
4490 | | |
4491 | | > hide #!41 models |
4492 | | |
4493 | | > show #!20 models |
4494 | | |
4495 | | > hide #!20 models |
4496 | | |
4497 | | > show #!2 models |
4498 | | |
4499 | | > show #!14 models |
4500 | | |
4501 | | Drag select of 504 residues, 2 pseudobonds |
4502 | | |
4503 | | > select up |
4504 | | |
4505 | | 4259 atoms, 4328 bonds, 2 pseudobonds, 601 residues, 2 models selected |
4506 | | |
4507 | | > select up |
4508 | | |
4509 | | 5913 atoms, 6036 bonds, 2 pseudobonds, 831 residues, 2 models selected |
4510 | | |
4511 | | > hide sel cartoons |
4512 | | |
4513 | | Drag select of 291 residues, 1 pseudobonds, 59 atoms, 50 bonds |
4514 | | |
4515 | | > select clear |
4516 | | |
4517 | | > show #!6 models |
4518 | | |
4519 | | > hide #!2,6,14 cartoons |
4520 | | |
4521 | | [Repeated 1 time(s)] |
4522 | | |
4523 | | > show #!2,6,14 cartoons |
4524 | | |
4525 | | Drag select of 567 residues, 4 pseudobonds |
4526 | | |
4527 | | > select up |
4528 | | |
4529 | | 4988 atoms, 5049 bonds, 4 pseudobonds, 706 residues, 4 models selected |
4530 | | |
4531 | | > select up |
4532 | | |
4533 | | 10252 atoms, 10458 bonds, 4 pseudobonds, 1436 residues, 4 models selected |
4534 | | |
4535 | | > select up |
4536 | | |
4537 | | 10456 atoms, 10662 bonds, 4 pseudobonds, 1467 residues, 4 models selected |
4538 | | |
4539 | | > hide sel cartoons |
4540 | | |
4541 | | Drag select of 88 residues |
4542 | | |
4543 | | > select up |
4544 | | |
4545 | | 825 atoms, 831 bonds, 124 residues, 2 models selected |
4546 | | |
4547 | | > select up |
4548 | | |
4549 | | 1579 atoms, 1619 bonds, 227 residues, 2 models selected |
4550 | | |
4551 | | > select up |
4552 | | |
4553 | | 1605 atoms, 1643 bonds, 231 residues, 2 models selected |
4554 | | |
4555 | | > hide sel cartoons |
4556 | | |
4557 | | Drag select of 585 residues, 2 pseudobonds, 121 atoms, 105 bonds |
4558 | | |
4559 | | > cofr sel |
4560 | | |
4561 | | > select clear |
4562 | | |
4563 | | > select sequence FICWTPYHLVG |
4564 | | |
4565 | | 470 atoms, 495 bonds, 55 residues, 5 models selected |
4566 | | |
4567 | | > select sequence FICWTPYHLVG |
4568 | | |
4569 | | 470 atoms, 495 bonds, 55 residues, 5 models selected |
4570 | | |
4571 | | > ui tool show "Show Sequence Viewer" |
4572 | | |
4573 | | > sequence chain #2/E |
4574 | | |
4575 | | Alignment identifier is 2/E |
4576 | | |
4577 | | > select #2/E:380-381 |
4578 | | |
4579 | | 19 atoms, 19 bonds, 2 residues, 1 model selected |
4580 | | |
4581 | | > select #2/E:380-390 |
4582 | | |
4583 | | 94 atoms, 99 bonds, 11 residues, 1 model selected |
4584 | | |
4585 | | > save "/nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
4586 | | > Fingerprint_Final/combined_session_Fig2_moreCorrect (copy).cxs" includeMaps |
4587 | | > true |
4588 | | |
4589 | | > graphics selection width 2 color lime green |
4590 | | |
4591 | | > hide #!6 models |
4592 | | |
4593 | | > select |
4594 | | > #2/E:21-51,58-84,92-125,127-133,136-160,324-356,367-395,401-427,433-442 |
4595 | | |
4596 | | 1639 atoms, 1677 bonds, 223 residues, 1 model selected |
4597 | | |
4598 | | > select #2/E:380 |
4599 | | |
4600 | | 11 atoms, 11 bonds, 1 residue, 1 model selected |
4601 | | |
4602 | | > select #2/E:380-390 |
4603 | | |
4604 | | 94 atoms, 99 bonds, 11 residues, 1 model selected |
4605 | | |
4606 | | > select sequence AVMSWDHMSIA |
4607 | | |
4608 | | 409 atoms, 419 bonds, 55 residues, 5 models selected |
4609 | | |
4610 | | > select #2/E:405 |
4611 | | |
4612 | | 5 atoms, 4 bonds, 1 residue, 1 model selected |
4613 | | |
4614 | | > select #2/E:405-415 |
4615 | | |
4616 | | 81 atoms, 83 bonds, 11 residues, 1 model selected |
4617 | | |
4618 | | > select sequence ASANSCFNPFL |
4619 | | |
4620 | | 971 atoms, 995 bonds, 132 residues, 12 models selected |
4621 | | |
4622 | | > select #2/E:417 |
4623 | | |
4624 | | 5 atoms, 4 bonds, 1 residue, 1 model selected |
4625 | | |
4626 | | > select #2/E:417-427 |
4627 | | |
4628 | | 81 atoms, 83 bonds, 11 residues, 1 model selected |
4629 | | |
4630 | | > select clear |
4631 | | |
4632 | | > select #2/E:414,D:77,78 |
4633 | | |
4634 | | 25 atoms, 24 bonds, 3 residues, 1 model selected |
4635 | | |
4636 | | > select #2/E:414,/D:77,78 |
4637 | | |
4638 | | Expected an objects specifier or a keyword |
4639 | | |
4640 | | > select #2/E:414 #2/D:77,78 |
4641 | | |
4642 | | 8 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected |
4643 | | |
4644 | | > select clear |
4645 | | |
4646 | | > select #2/D:77 |
4647 | | |
4648 | | Nothing selected |
4649 | | |
4650 | | > select #2/E:414 #14/D:77,78 |
4651 | | |
4652 | | 25 atoms, 23 bonds, 3 residues, 2 models selected |
4653 | | |
4654 | | > save "/nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
4655 | | > Fingerprint_Final/combined_session_Fig2_moreCorrect (copy).cxs" includeMaps |
4656 | | > true |
4657 | | |
4658 | | ——— End of log from Tue Feb 11 12:29:50 2025 ——— |
4659 | | |
4660 | | opened ChimeraX session |
4661 | | |
4662 | | > view list |
4663 | | |
4664 | | Named views: 11_Density_JR14A-hC3aR-Go, 14_Lig_Density_mC5a-hC5aR1-Go, |
4665 | | C3a-angle_03_EP67, C3a_angle_01, C3a_angle_02, |
4666 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomOut, |
4667 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomOut, |
4668 | | H8_overall, H8_zoomed, JR-SB_PIF, JR14-SB_CWxP, JR14-SB_NPxxY, |
4669 | | Lig_02_Density_mC3a-mC3aR-Go, Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go, |
4670 | | Lig_05_Density_hTLQP-mC3aR-Go, Lig_06_Density_mTLQP-mC3aR-Go, |
4671 | | Lig_07_Density_EP67-hC5aR1-Go, fig2_density, hC3a-JR14-SB_DR(C)Y, |
4672 | | hC3a-JR14-SB_TM6, hC3a-JR14-SB_TM7, hC5a-hC5aR1-simulation, hC5adesArg- |
4673 | | hC5aR1-simulation, hTLQP_angle_01, hTLQP_angle_02, hook_01, hook_02, topview, |
4674 | | view_01, view_02 |
4675 | | |
4676 | | > view H8_overall |
4677 | | |
4678 | | > view H8_zoomed |
4679 | | |
4680 | | > show #!4 models |
4681 | | |
4682 | | > hide #!2 models |
4683 | | |
4684 | | > show sel & #!14 cartoons |
4685 | | |
4686 | | > hide #!4 models |
4687 | | |
4688 | | > show #!4 models |
4689 | | |
4690 | | > hide #!4 models |
4691 | | |
4692 | | > show #!4 models |
4693 | | |
4694 | | > show sel & #!14 cartoons |
4695 | | |
4696 | | > hide #!14 models |
4697 | | |
4698 | | > show #!4 atoms |
4699 | | |
4700 | | > show #!4 cartoons |
4701 | | |
4702 | | > hide #!4 atoms |
4703 | | |
4704 | | Drag select of 320 residues, 2 pseudobonds |
4705 | | |
4706 | | > select up |
4707 | | |
4708 | | 2787 atoms, 2827 bonds, 2 pseudobonds, 384 residues, 2 models selected |
4709 | | |
4710 | | > select up |
4711 | | |
4712 | | 4409 atoms, 4489 bonds, 2 pseudobonds, 603 residues, 2 models selected |
4713 | | |
4714 | | > hide sel cartoons |
4715 | | |
4716 | | Drag select of 186 residues |
4717 | | |
4718 | | > select up |
4719 | | |
4720 | | 1535 atoms, 1568 bonds, 213 residues, 1 model selected |
4721 | | |
4722 | | > select up |
4723 | | |
4724 | | 1656 atoms, 1695 bonds, 230 residues, 1 model selected |
4725 | | |
4726 | | > select up |
4727 | | |
4728 | | 8774 atoms, 8959 bonds, 1198 residues, 1 model selected |
4729 | | |
4730 | | > select down |
4731 | | |
4732 | | 1656 atoms, 1695 bonds, 230 residues, 1 model selected |
4733 | | |
4734 | | > hide sel cartoons |
4735 | | |
4736 | | > show #!18 models |
4737 | | |
4738 | | > show sel cartoons |
4739 | | |
4740 | | [Repeated 1 time(s)] |
4741 | | |
4742 | | > hide sel cartoons |
4743 | | |
4744 | | > select clear |
4745 | | |
4746 | | > select add #18 |
4747 | | |
4748 | | 8686 atoms, 8872 bonds, 6 pseudobonds, 1192 residues, 2 models selected |
4749 | | |
4750 | | > hide sel atoms |
4751 | | |
4752 | | Drag select of 8 residues |
4753 | | |
4754 | | > select clear |
4755 | | |
4756 | | > show #!25 models |
4757 | | |
4758 | | > select #18/A |
4759 | | |
4760 | | 2199 atoms, 2259 bonds, 292 residues, 1 model selected |
4761 | | |
4762 | | > show sel cartoons |
4763 | | |
4764 | | > select clear |
4765 | | |
4766 | | > cartoon style modeHelix tube |
4767 | | |
4768 | | > view list |
4769 | | |
4770 | | Named views: 11_Density_JR14A-hC3aR-Go, 14_Lig_Density_mC5a-hC5aR1-Go, |
4771 | | C3a-angle_03_EP67, C3a_angle_01, C3a_angle_02, |
4772 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomOut, |
4773 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomOut, |
4774 | | H8_overall, H8_zoomed, JR-SB_PIF, JR14-SB_CWxP, JR14-SB_NPxxY, |
4775 | | Lig_02_Density_mC3a-mC3aR-Go, Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go, |
4776 | | Lig_05_Density_hTLQP-mC3aR-Go, Lig_06_Density_mTLQP-mC3aR-Go, |
4777 | | Lig_07_Density_EP67-hC5aR1-Go, fig2_density, hC3a-JR14-SB_DR(C)Y, |
4778 | | hC3a-JR14-SB_TM6, hC3a-JR14-SB_TM7, hC5a-hC5aR1-simulation, hC5adesArg- |
4779 | | hC5aR1-simulation, hTLQP_angle_01, hTLQP_angle_02, hook_01, hook_02, topview, |
4780 | | view_01, view_02 |
4781 | | |
4782 | | > view H8_zoomed |
4783 | | |
4784 | | [Repeated 2 time(s)] |
4785 | | |
4786 | | > color #4/A #4cfff8 |
4787 | | |
4788 | | > color #18/A #007399 |
4789 | | |
4790 | | > view H8_overall |
4791 | | |
4792 | | [Repeated 2 time(s)] |
4793 | | |
4794 | | > view name H8_overall_mC5aR1 |
4795 | | |
4796 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
4797 | | > Fingerprint_Final/Fig5_Images/03A_mC5a-mC5aR1+mC5adesArg- |
4798 | | > mC5aR1_overall_binding_pose.png width 2000 height 1129 supersample 4 |
4799 | | > transparentBackground true |
4800 | | |
4801 | | > view H8_zoomed |
4802 | | |
4803 | | > ui tool show "Side View" |
4804 | | |
4805 | | > view H8_zoomed |
4806 | | |
4807 | | > view name H8_zoomed_mC5aR1 |
4808 | | |
4809 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
4810 | | > Fingerprint_Final/Fig5_Images/03A_mC5a-mC5aR1+mC5adesArg-mC5aR1_zoomed.png |
4811 | | > width 2000 height 1129 supersample 4 transparentBackground true |
4812 | | |
4813 | | > save "/nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
4814 | | > Fingerprint_Final/combined_session_Fig2_moreCorrect (copy).cxs" includeMaps |
4815 | | > true |
4816 | | |
4817 | | ——— End of log from Sat Mar 15 15:38:25 2025 ——— |
4818 | | |
4819 | | opened ChimeraX session |
4820 | | |
4821 | | > name list |
4822 | | |
4823 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8 #7/A:272-315 #9/C:408-450 |
4824 | | GBeta_2025 #2,5,9,10,11,12,27/B #4,7,8,15,16,18,20/C |
4825 | | GGamma_2025 #2,4,5,6,7,8,9,10,11,12,15,16,18,20,27/G |
4826 | | GRK2_Helix #26/G:2-20 |
4827 | | Go_2025 #2,5,6,9,10,11,12,27/A #4,7,8,15,16,18,20/B |
4828 | | JR-SB_PIF #1,11,13/C:348,110,386 |
4829 | | JR14-SB_CWxP #1,11,13/C:389,390,392 |
4830 | | JR14-SB_NPxxY #1,11,13/C:431,432,435 |
4831 | | NTSR1-GRK #26/G:2-20 #26/R |
4832 | | ScFv_2014 #2,4,5,6,7,8,9,10,11,12,15,16,18,20,27/H |
4833 | | all_lig #1/D #14/D #3/D #4/F #5/D #6/D #7/D #8/D #9/D #10/D #11/C:JR1 |
4834 | | #12/C:JR1 #13/A:LIG |
4835 | | all_lig_recep #1/D #2/D #3/D #4/F #5/D #6/D #7/D #8/D #9/D #10/D #11/C:JR1 |
4836 | | #12/C:JR1 #13/A:LIG #1/C #2/E #3/A #4/A #5/C #6/E #7/A #8/A #9/C #10/C #11/C |
4837 | | #12/E #13/C |
4838 | | all_recep #1/C #2/E #3/A #4/A #5/C #6/E #7/A #8/A #9/C #10/C #11/C #12/E #13/C |
4839 | | hC3a-JR14-SB_TM6 #1,11,13/C:371-404 |
4840 | | hC3a-JR14-SB_TM7 #1,11,13/C:406-439 |
4841 | | panchMukhi5ptSwitch #1/C:78,102,340,393,417 #11/C:78,102,340,393,417 |
4842 | | #13/C:78,102,340,393,417 |
4843 | | |
4844 | | > name delete JR-SB_PI(V)F |
4845 | | |
4846 | | deregistering unregistered selector "JR-SB_PI(V)F" |
4847 | | |
4848 | | > ls |
4849 | | |
4850 | | Unknown command: ls |
4851 | | |
4852 | | > pwd |
4853 | | |
4854 | | Current working directory is: /home/dell |
4855 | | |
4856 | | > hide #!4 models |
4857 | | |
4858 | | > hide #!18 models |
4859 | | |
4860 | | > hide #!25 models |
4861 | | |
4862 | | > open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
4863 | | > Fingerprint_Final/24_C5aPep-hC5aR1-Go/C5apep-hC5aR1-Go-DEPOSIT.pdb |
4864 | | |
4865 | | Summary of feedback from opening /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models- |
4866 | | Maps-Complement-Fingerprint_Final/24_C5aPep-hC5aR1-Go/C5apep-hC5aR1-Go- |
4867 | | DEPOSIT.pdb |
4868 | | --- |
4869 | | warning | Ignored bad PDB record found on line 23 |
4870 | | REMARK [No title given] |
4871 | | |
4872 | | Chain information for C5apep-hC5aR1-Go-DEPOSIT.pdb #42 |
4873 | | --- |
4874 | | Chain | Description |
4875 | | B | No description available |
4876 | | C | No description available |
4877 | | D | No description available |
4878 | | G | No description available |
4879 | | H | No description available |
4880 | | L | No description available |
4881 | | |
4882 | | |
4883 | | > show #!1 models |
4884 | | |
4885 | | > hide #!1 models |
4886 | | |
4887 | | > show #!1 models |
4888 | | |
4889 | | > hide #!1,42 atoms |
4890 | | |
4891 | | > show #!1,42 cartoons |
4892 | | |
4893 | | > rename #42 24_C5aPep-hC5aR1-Go |
4894 | | |
4895 | | > open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
4896 | | > Fingerprint_Final/24_C5aPep- |
4897 | | > hC5aR1-Go/cryosparc_P26_J70_009_volume_map_half_A_deepEMhancer-sharpened- |
4898 | | > inverse.mrc |
4899 | | |
4900 | | Opened cryosparc_P26_J70_009_volume_map_half_A_deepEMhancer-sharpened- |
4901 | | inverse.mrc as #43, grid size 256,256,256, pixel 1.21, shown at level 0.00321, |
4902 | | step 1, values float32 |
4903 | | |
4904 | | > rename #43 24_Density_C5aPep-hC5aR1-Go |
4905 | | |
4906 | | > hide #!43 models |
4907 | | |
4908 | | > open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
4909 | | > Fingerprint_Final/24_C5aPep-hC5aR1-Go/C5apep-hC5aR1-Go-DEPOSIT.pdb |
4910 | | |
4911 | | Summary of feedback from opening /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models- |
4912 | | Maps-Complement-Fingerprint_Final/24_C5aPep-hC5aR1-Go/C5apep-hC5aR1-Go- |
4913 | | DEPOSIT.pdb |
4914 | | --- |
4915 | | warning | Ignored bad PDB record found on line 23 |
4916 | | REMARK [No title given] |
4917 | | |
4918 | | Chain information for C5apep-hC5aR1-Go-DEPOSIT.pdb #44 |
4919 | | --- |
4920 | | Chain | Description |
4921 | | B | No description available |
4922 | | C | No description available |
4923 | | D | No description available |
4924 | | G | No description available |
4925 | | H | No description available |
4926 | | L | No description available |
4927 | | |
4928 | | |
4929 | | > hide #!1,42,44 atoms |
4930 | | |
4931 | | > show #!1,42,44 cartoons |
4932 | | |
4933 | | > rename #44 25_EP54-hC5aR1-Go |
4934 | | |
4935 | | > hide #!42 models |
4936 | | |
4937 | | > show #!42 models |
4938 | | |
4939 | | > hide #!44 models |
4940 | | |
4941 | | > show #!44 models |
4942 | | |
4943 | | > select add #44 |
4944 | | |
4945 | | 8235 atoms, 8411 bonds, 4 pseudobonds, 1124 residues, 2 models selected |
4946 | | |
4947 | | > select subtract #44 |
4948 | | |
4949 | | Nothing selected |
4950 | | |
4951 | | > select add #42 |
4952 | | |
4953 | | 8235 atoms, 8411 bonds, 4 pseudobonds, 1124 residues, 2 models selected |
4954 | | |
4955 | | > select subtract #42 |
4956 | | |
4957 | | Nothing selected |
4958 | | |
4959 | | > close #44 |
4960 | | |
4961 | | > open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
4962 | | > Fingerprint_Final/25_EP54-hC5aR1-Go/EP54-hC5aR1-Go-DEPOSIT.pdb |
4963 | | |
4964 | | Summary of feedback from opening /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models- |
4965 | | Maps-Complement-Fingerprint_Final/25_EP54-hC5aR1-Go/EP54-hC5aR1-Go-DEPOSIT.pdb |
4966 | | --- |
4967 | | warning | Ignored bad PDB record found on line 23 |
4968 | | REMARK [No title given] |
4969 | | |
4970 | | Chain information for EP54-hC5aR1-Go-DEPOSIT.pdb #44 |
4971 | | --- |
4972 | | Chain | Description |
4973 | | A | No description available |
4974 | | B | No description available |
4975 | | C | No description available |
4976 | | D | No description available |
4977 | | G | No description available |
4978 | | H | No description available |
4979 | | |
4980 | | |
4981 | | > select add #44 |
4982 | | |
4983 | | 8224 atoms, 8397 bonds, 4 pseudobonds, 1128 residues, 2 models selected |
4984 | | |
4985 | | > hide sel atoms |
4986 | | |
4987 | | > show sel cartoons |
4988 | | |
4989 | | > select clear |
4990 | | |
4991 | | > rename #44 25_EP54-hC5aR1-Go |
4992 | | |
4993 | | > open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
4994 | | > Fingerprint_Final/25_EP54-hC5aR1-Go/cryosparc_P70_J115_010_volume_map_half_A_deepEMhancer- |
4995 | | > sharpened.mrc |
4996 | | |
4997 | | Opened cryosparc_P70_J115_010_volume_map_half_A_deepEMhancer-sharpened.mrc as |
4998 | | #45, grid size 256,256,256, pixel 1.21, shown at level 0.00297, step 1, values |
4999 | | float32 |
5000 | | |
5001 | | > hide #!45 models |
5002 | | |
5003 | | > show #!45 models |
5004 | | |
5005 | | > hide #!45 models |
5006 | | |
5007 | | > show #!45 models |
5008 | | |
5009 | | > rename #45 25_Density_EP54-hC5aR1-Go |
5010 | | |
5011 | | > hide #!45 models |
5012 | | |
5013 | | > show #!45 models |
5014 | | |
5015 | | > hide #!45 models |
5016 | | |
5017 | | > hide #!42 models |
5018 | | |
5019 | | > hide #!44 models |
5020 | | |
5021 | | > show #!42 models |
5022 | | |
5023 | | > show #!44 models |
5024 | | |
5025 | | > hide #!42 models |
5026 | | |
5027 | | > ui tool show Matchmaker |
5028 | | |
5029 | | > matchmaker #42/D to #1/C pairing ss |
5030 | | |
5031 | | Computing secondary structure |
5032 | | Parameters |
5033 | | --- |
5034 | | Chain pairing | ss |
5035 | | Alignment algorithm | Needleman-Wunsch |
5036 | | Similarity matrix | BLOSUM-62 |
5037 | | SS fraction | 0.3 |
5038 | | Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 |
5039 | | Gap extend | 1 |
5040 | | SS matrix | | | H | S | O |
5041 | | ---|---|---|--- |
5042 | | H | 6 | -9 | -6 |
5043 | | S | | 6 | -6 |
5044 | | O | | | 4 |
5045 | | Iteration cutoff | 2 |
5046 | | |
5047 | | Matchmaker 01_hC3a-hC3aR-Go_2023, chain C (#1) with 24_C5aPep-hC5aR1-Go, chain |
5048 | | D (#42), sequence alignment score = 674.9 |
5049 | | RMSD between 217 pruned atom pairs is 1.072 angstroms; (across all 261 pairs: |
5050 | | 1.902) |
5051 | | |
5052 | | |
5053 | | > matchmaker #44/A to #1/C pairing ss |
5054 | | |
5055 | | Computing secondary structure |
5056 | | Parameters |
5057 | | --- |
5058 | | Chain pairing | ss |
5059 | | Alignment algorithm | Needleman-Wunsch |
5060 | | Similarity matrix | BLOSUM-62 |
5061 | | SS fraction | 0.3 |
5062 | | Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6 |
5063 | | Gap extend | 1 |
5064 | | SS matrix | | | H | S | O |
5065 | | ---|---|---|--- |
5066 | | H | 6 | -9 | -6 |
5067 | | S | | 6 | -6 |
5068 | | O | | | 4 |
5069 | | Iteration cutoff | 2 |
5070 | | |
5071 | | Matchmaker 01_hC3a-hC3aR-Go_2023, chain C (#1) with 25_EP54-hC5aR1-Go, chain A |
5072 | | (#44), sequence alignment score = 631.7 |
5073 | | RMSD between 208 pruned atom pairs is 1.028 angstroms; (across all 258 pairs: |
5074 | | 2.013) |
5075 | | |
5076 | | |
5077 | | > show #!42 models |
5078 | | |
5079 | | > show #!43 models |
5080 | | |
5081 | | > hide #!42 models |
5082 | | |
5083 | | > hide #!44 models |
5084 | | |
5085 | | > view #43 same as #42 |
5086 | | |
5087 | | Expected an integer >= 1 or a keyword |
5088 | | |
5089 | | > view #43 sameas #42 |
5090 | | |
5091 | | Expected an integer >= 1 or a keyword |
5092 | | |
5093 | | > view position #43 sameAsModels #42 |
5094 | | |
5095 | | > hide #!43 models |
5096 | | |
5097 | | > view position #45 sameAsModels #44 |
5098 | | |
5099 | | > show #!45 models |
5100 | | |
5101 | | > show #!44 models |
5102 | | |
5103 | | > hide #!1 models |
5104 | | |
5105 | | > volume #45 level 0.1269 |
5106 | | |
5107 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
5108 | | > Fingerprint_Final/complement_receptors_combined_session_includeMap_20250410.cxs |
5109 | | > includeMaps true |
5110 | | |
5111 | | > view list |
5112 | | |
5113 | | Named views: 11_Density_JR14A-hC3aR-Go, 14_Lig_Density_mC5a-hC5aR1-Go, |
5114 | | C3a-angle_03_EP67, C3a_angle_01, C3a_angle_02, |
5115 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomOut, |
5116 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomOut, |
5117 | | H8_overall, H8_overall_mC5aR1, H8_zoomed, H8_zoomed_mC5aR1, JR-SB_PIF, |
5118 | | JR14-SB_CWxP, JR14-SB_NPxxY, Lig_02_Density_mC3a-mC3aR-Go, |
5119 | | Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go, Lig_05_Density_hTLQP-mC3aR-Go, |
5120 | | Lig_06_Density_mTLQP-mC3aR-Go, Lig_07_Density_EP67-hC5aR1-Go, fig2_density, |
5121 | | hC3a-JR14-SB_DR(C)Y, hC3a-JR14-SB_TM6, hC3a-JR14-SB_TM7, |
5122 | | hC5a-hC5aR1-simulation, hC5adesArg-hC5aR1-simulation, hTLQP_angle_01, |
5123 | | hTLQP_angle_02, hook_01, hook_02, topview, view_01, view_02 |
5124 | | |
5125 | | > view fig2_density |
5126 | | |
5127 | | > volume #45 level 0.05608 |
5128 | | |
5129 | | > view fig2_density |
5130 | | |
5131 | | > ui tool show "Map Eraser" |
5132 | | |
5133 | | > ui tool show "Hide Dust" |
5134 | | |
5135 | | > hide #!44 models |
5136 | | |
5137 | | > show #!44 models |
5138 | | |
5139 | | > hide #!44 models |
5140 | | |
5141 | | > hide #!45 models |
5142 | | |
5143 | | > show #!43 models |
5144 | | |
5145 | | > show #!42 models |
5146 | | |
5147 | | > surface dust #43 size 7.26 |
5148 | | |
5149 | | > volume #43 level 0.1165 |
5150 | | |
5151 | | > surface dust #43 size 7.26 |
5152 | | |
5153 | | > surface dust #43 size 13.41 |
5154 | | |
5155 | | > volume #43 level 0.1199 |
5156 | | |
5157 | | > view fig2_density |
5158 | | |
5159 | | > hide #!43 models |
5160 | | |
5161 | | > hide #!42 models |
5162 | | |
5163 | | > show #!45 models |
5164 | | |
5165 | | > show #!44 models |
5166 | | |
5167 | | > volume #45 level 0.1871 |
5168 | | |
5169 | | > surface dust #45 size 7.26 |
5170 | | |
5171 | | > volume #45 level 0.1163 |
5172 | | |
5173 | | > surface dust #45 size 5.14 |
5174 | | |
5175 | | > volume #45 level 0.1481 |
5176 | | |
5177 | | > volume #45 level 0.08087 |
5178 | | |
5179 | | > surface dust #45 size 10.74 |
5180 | | |
5181 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
5182 | | > Fingerprint_Final/complement_receptors_combined_session_includeMap_20250410.cxs |
5183 | | > includeMaps true |
5184 | | |
5185 | | ——— End of log from Thu Apr 10 17:11:05 2025 ——— |
5186 | | |
5187 | | opened ChimeraX session |
5188 | | |
5189 | | > hide #!44 models |
5190 | | |
5191 | | > hide #!45 models |
5192 | | |
5193 | | > show #!43 models |
5194 | | |
5195 | | > show #!42 models |
5196 | | |
5197 | | > hide #!43 models |
5198 | | |
5199 | | > show #!43 models |
5200 | | |
5201 | | > hide #!43 models |
5202 | | |
5203 | | > show #!43 models |
5204 | | |
5205 | | > hide #!43 models |
5206 | | |
5207 | | > color #42/D #b366ff |
5208 | | |
5209 | | > color #42,44/D #b366ff |
5210 | | |
5211 | | > show #!44 models |
5212 | | |
5213 | | > color #44/A #b366ff |
5214 | | |
5215 | | > color #44,42/B #40bf40 |
5216 | | |
5217 | | Drag select of 153 residues |
5218 | | |
5219 | | > select up |
5220 | | |
5221 | | 1610 atoms, 1634 bonds, 238 residues, 2 models selected |
5222 | | |
5223 | | > select up |
5224 | | |
5225 | | 3226 atoms, 3296 bonds, 464 residues, 2 models selected |
5226 | | |
5227 | | > select up |
5228 | | |
5229 | | 16459 atoms, 16808 bonds, 2252 residues, 2 models selected |
5230 | | |
5231 | | > select down |
5232 | | |
5233 | | 3226 atoms, 3296 bonds, 464 residues, 2 models selected |
5234 | | |
5235 | | > color sel #c2c2d6 |
5236 | | |
5237 | | > select clear |
5238 | | |
5239 | | Drag select of 10 residues |
5240 | | |
5241 | | > select up |
5242 | | |
5243 | | 296 atoms, 294 bonds, 46 residues, 2 models selected |
5244 | | |
5245 | | > select up |
5246 | | |
5247 | | 4870 atoms, 4958 bonds, 676 residues, 2 models selected |
5248 | | |
5249 | | > select up |
5250 | | |
5251 | | 16459 atoms, 16808 bonds, 2252 residues, 2 models selected |
5252 | | |
5253 | | > select down |
5254 | | |
5255 | | 4870 atoms, 4958 bonds, 676 residues, 2 models selected |
5256 | | |
5257 | | > color sel #ffff00 |
5258 | | |
5259 | | > select clear |
5260 | | |
5261 | | Drag select of 12 residues |
5262 | | |
5263 | | > select up |
5264 | | |
5265 | | 302 atoms, 300 bonds, 43 residues, 2 models selected |
5266 | | |
5267 | | > select up |
5268 | | |
5269 | | 764 atoms, 774 bonds, 112 residues, 2 models selected |
5270 | | |
5271 | | > color sel #1a1aff |
5272 | | |
5273 | | > select clear |
5274 | | |
5275 | | > color #42/L #000099 |
5276 | | |
5277 | | > color #44/D #ffcc33 |
5278 | | |
5279 | | > select clear |
5280 | | |
5281 | | > hide #!44 models |
5282 | | |
5283 | | > show #!43 models |
5284 | | |
5285 | | > ui tool show "Color Zone" |
5286 | | |
5287 | | > color zone #43 near #42 distance 7.26 |
5288 | | |
5289 | | > show #!44 models |
5290 | | |
5291 | | > show #!45 models |
5292 | | |
5293 | | > hide #!43 models |
5294 | | |
5295 | | > hide #!42 models |
5296 | | |
5297 | | > color zone #45 near #44 distance 7.26 |
5298 | | |
5299 | | > color zone #45 near #44 distance 16.21 |
5300 | | |
5301 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
5302 | | > Fingerprint_Final/complement_receptors_combined_session_includeMap_20250410.cxs |
5303 | | > includeMaps true |
5304 | | |
5305 | | > view list |
5306 | | |
5307 | | Named views: 11_Density_JR14A-hC3aR-Go, 14_Lig_Density_mC5a-hC5aR1-Go, |
5308 | | C3a-angle_03_EP67, C3a_angle_01, C3a_angle_02, |
5309 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomOut, |
5310 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomOut, |
5311 | | H8_overall, H8_overall_mC5aR1, H8_zoomed, H8_zoomed_mC5aR1, JR-SB_PIF, |
5312 | | JR14-SB_CWxP, JR14-SB_NPxxY, Lig_02_Density_mC3a-mC3aR-Go, |
5313 | | Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go, Lig_05_Density_hTLQP-mC3aR-Go, |
5314 | | Lig_06_Density_mTLQP-mC3aR-Go, Lig_07_Density_EP67-hC5aR1-Go, fig2_density, |
5315 | | hC3a-JR14-SB_DR(C)Y, hC3a-JR14-SB_TM6, hC3a-JR14-SB_TM7, |
5316 | | hC5a-hC5aR1-simulation, hC5adesArg-hC5aR1-simulation, hTLQP_angle_01, |
5317 | | hTLQP_angle_02, hook_01, hook_02, topview, view_01, view_02 |
5318 | | |
5319 | | > hide #!44 models |
5320 | | |
5321 | | > hide #!45 models |
5322 | | |
5323 | | > show #!43 models |
5324 | | |
5325 | | > show #!42 models |
5326 | | |
5327 | | > hide #!42 models |
5328 | | |
5329 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
5330 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/24_Density_C5aPep-hC5aR1-Go.png width 2000 |
5331 | | > height 1129 supersample 4 transparentBackground true |
5332 | | |
5333 | | > show #!42 models |
5334 | | |
5335 | | > hide #!43 models |
5336 | | |
5337 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
5338 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/24_C5aPep-hC5aR1-Go.png width 2000 height 1129 |
5339 | | > supersample 4 transparentBackground true |
5340 | | |
5341 | | > view 14_Lig_Density_mC5a-hC5aR1-Go |
5342 | | |
5343 | | > view Lig_05_Density_hTLQP-mC3aR-Go |
5344 | | |
5345 | | > select #42/L |
5346 | | |
5347 | | 62 atoms, 65 bonds, 6 residues, 1 model selected |
5348 | | |
5349 | | > show sel atoms |
5350 | | |
5351 | | > color sel byhetero |
5352 | | |
5353 | | > select ~sel & ##selected |
5354 | | |
5355 | | 8173 atoms, 8346 bonds, 4 pseudobonds, 1118 residues, 2 models selected |
5356 | | |
5357 | | > hide sel cartoons |
5358 | | |
5359 | | Drag select of 45 atoms, 6 residues, 43 bonds |
5360 | | |
5361 | | > cofr sel |
5362 | | |
5363 | | > view list |
5364 | | |
5365 | | Named views: 11_Density_JR14A-hC3aR-Go, 14_Lig_Density_mC5a-hC5aR1-Go, |
5366 | | C3a-angle_03_EP67, C3a_angle_01, C3a_angle_02, |
5367 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomOut, |
5368 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomOut, |
5369 | | H8_overall, H8_overall_mC5aR1, H8_zoomed, H8_zoomed_mC5aR1, JR-SB_PIF, |
5370 | | JR14-SB_CWxP, JR14-SB_NPxxY, Lig_02_Density_mC3a-mC3aR-Go, |
5371 | | Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go, Lig_05_Density_hTLQP-mC3aR-Go, |
5372 | | Lig_06_Density_mTLQP-mC3aR-Go, Lig_07_Density_EP67-hC5aR1-Go, fig2_density, |
5373 | | hC3a-JR14-SB_DR(C)Y, hC3a-JR14-SB_TM6, hC3a-JR14-SB_TM7, |
5374 | | hC5a-hC5aR1-simulation, hC5adesArg-hC5aR1-simulation, hTLQP_angle_01, |
5375 | | hTLQP_angle_02, hook_01, hook_02, topview, view_01, view_02 |
5376 | | |
5377 | | > view Lig_07_Density_EP67-hC5aR1-Go |
5378 | | |
5379 | | > ui tool show "Surface Zone" |
5380 | | |
5381 | | > surface zone #28 nearAtoms #42 distance 1.29 |
5382 | | |
5383 | | > surface zone #43 nearAtoms #42 distance 7.26 |
5384 | | |
5385 | | > show #!43 models |
5386 | | |
5387 | | > surface zone #43 nearAtoms #42 distance 7.26 |
5388 | | |
5389 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 7.26 |
5390 | | |
5391 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.83 |
5392 | | |
5393 | | > volume #43 style mesh |
5394 | | |
5395 | | > volume #43 color #d3d7cf |
5396 | | |
5397 | | > volume #43 color #babdb6 |
5398 | | |
5399 | | > volume #43 color #888a85 |
5400 | | |
5401 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.19 |
5402 | | |
5403 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
5404 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/24_Lig_Density_C5aPep-hC5aR1-Go.png width 2000 |
5405 | | > height 1129 supersample 4 transparentBackground true |
5406 | | |
5407 | | > hide #!43 models |
5408 | | |
5409 | | > hide #!42 models |
5410 | | |
5411 | | > show #!44 models |
5412 | | |
5413 | | > show #!45 models |
5414 | | |
5415 | | > view list |
5416 | | |
5417 | | Named views: 11_Density_JR14A-hC3aR-Go, 14_Lig_Density_mC5a-hC5aR1-Go, |
5418 | | C3a-angle_03_EP67, C3a_angle_01, C3a_angle_02, |
5419 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomOut, |
5420 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomOut, |
5421 | | H8_overall, H8_overall_mC5aR1, H8_zoomed, H8_zoomed_mC5aR1, JR-SB_PIF, |
5422 | | JR14-SB_CWxP, JR14-SB_NPxxY, Lig_02_Density_mC3a-mC3aR-Go, |
5423 | | Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go, Lig_05_Density_hTLQP-mC3aR-Go, |
5424 | | Lig_06_Density_mTLQP-mC3aR-Go, Lig_07_Density_EP67-hC5aR1-Go, fig2_density, |
5425 | | hC3a-JR14-SB_DR(C)Y, hC3a-JR14-SB_TM6, hC3a-JR14-SB_TM7, |
5426 | | hC5a-hC5aR1-simulation, hC5adesArg-hC5aR1-simulation, hTLQP_angle_01, |
5427 | | hTLQP_angle_02, hook_01, hook_02, topview, view_01, view_02 |
5428 | | |
5429 | | > view hTLQP_angle_01 |
5430 | | |
5431 | | > view fig2_density |
5432 | | |
5433 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
5434 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/25_Density_EP54-hC5aR1-Go.png width 2000 |
5435 | | > height 1129 supersample 4 transparentBackground true |
5436 | | |
5437 | | > hide #!44 models |
5438 | | |
5439 | | > show #!44 models |
5440 | | |
5441 | | > hide #!44 models |
5442 | | |
5443 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
5444 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/25_Density_EP54-hC5aR1-Go.png width 2000 |
5445 | | > height 1129 supersample 4 transparentBackground true |
5446 | | |
5447 | | > hide #!45 models |
5448 | | |
5449 | | > show #!44 models |
5450 | | |
5451 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
5452 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/25_EP54-hC5aR1-Go.png width 2000 height 1129 |
5453 | | > supersample 4 transparentBackground true |
5454 | | |
5455 | | > view Lig_07_Density_EP67-hC5aR1-G |
5456 | | |
5457 | | Expected an objects specifier or a view name or a keyword |
5458 | | |
5459 | | > view Lig_07_Density_EP67-hC5aR1-Go |
5460 | | |
5461 | | > select #44/D |
5462 | | |
5463 | | 85 atoms, 88 bonds, 10 residues, 1 model selected |
5464 | | |
5465 | | > show sel atoms |
5466 | | |
5467 | | > style sel stick |
5468 | | |
5469 | | Changed 85 atom styles |
5470 | | |
5471 | | > color sel byhetero |
5472 | | |
5473 | | > surface zone #45 nearAtoms sel distance 7.26 |
5474 | | |
5475 | | > show #!45 models |
5476 | | |
5477 | | > surface zone #45 nearAtoms sel distance 2.61 |
5478 | | |
5479 | | > volume #45 style mesh |
5480 | | |
5481 | | > volume #45 color #b2b2b2 |
5482 | | |
5483 | | > select ~sel & ##selected |
5484 | | |
5485 | | 8139 atoms, 8309 bonds, 4 pseudobonds, 1118 residues, 2 models selected |
5486 | | |
5487 | | > hide sel cartoons |
5488 | | |
5489 | | > surface zone #45 nearAtoms sel distance 3.16 |
5490 | | |
5491 | | > select ~sel & ##selected |
5492 | | |
5493 | | 85 atoms, 88 bonds, 10 residues, 1 model selected |
5494 | | |
5495 | | > surface zone #45 nearAtoms sel distance 2.61 |
5496 | | |
5497 | | > select clear |
5498 | | |
5499 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
5500 | | > Fingerprint_Final/Fig2_Images/25_Lig_Density_EP54-hC5aR1-Go.png width 2000 |
5501 | | > height 1129 supersample 4 transparentBackground true |
5502 | | |
5503 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
5504 | | > Fingerprint_Final/complement_receptors_combined_session_includeMap_20250410.cxs |
5505 | | > includeMaps true |
5506 | | |
5507 | | ——— End of log from Thu Apr 10 18:17:16 2025 ——— |
5508 | | |
5509 | | opened ChimeraX session |
5510 | | |
5511 | | > hide #!44 models |
5512 | | |
5513 | | > hide #!45 models |
5514 | | |
5515 | | > show #!41 models |
5516 | | |
5517 | | > show #!42 models |
5518 | | |
5519 | | > hide #!41 models |
5520 | | |
5521 | | > show #!43 models |
5522 | | |
5523 | | > color #!42 byhetero |
5524 | | |
5525 | | > show #!41 models |
5526 | | |
5527 | | > hide #!41 models |
5528 | | |
5529 | | > volume #41 color black |
5530 | | |
5531 | | > ui tool show CliX |
5532 | | |
5533 | | > transparency #41 0 target s |
5534 | | |
5535 | | > ui tool show "Show Sequence Viewer" |
5536 | | |
5537 | | > show #42 cartoons |
5538 | | |
5539 | | > cartoon style width 1.2 |
5540 | | |
5541 | | > cartoon style width 1.5 |
5542 | | |
5543 | | > hide cartoons |
5544 | | |
5545 | | > show #42/L cartoons |
5546 | | |
5547 | | > name list |
5548 | | |
5549 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8 #7/A:272-315 #9/C:408-450 |
5550 | | GBeta_2025 #2,5,9,10,11,12,27/B #4,7,8,15,16,18,20/C |
5551 | | GGamma_2025 #2,4,5,6,7,8,9,10,11,12,15,16,18,20,27/G |
5552 | | GRK2_Helix #26/G:2-20 |
5553 | | Go_2025 #2,5,6,9,10,11,12,27/A #4,7,8,15,16,18,20/B |
5554 | | JR-SB_PIF #1,11,13/C:348,110,386 |
5555 | | JR14-SB_CWxP #1,11,13/C:389,390,392 |
5556 | | JR14-SB_NPxxY #1,11,13/C:431,432,435 |
5557 | | NTSR1-GRK #26/G:2-20 #26/R |
5558 | | ScFv_2014 #2,4,5,6,7,8,9,10,11,12,15,16,18,20,27/H |
5559 | | all_lig #1/D #14/D #3/D #4/F #5/D #6/D #7/D #8/D #9/D #10/D #11/C:JR1 |
5560 | | #12/C:JR1 #13/A:LIG |
5561 | | all_lig_recep #1/D #2/D #3/D #4/F #5/D #6/D #7/D #8/D #9/D #10/D #11/C:JR1 |
5562 | | #12/C:JR1 #13/A:LIG #1/C #2/E #3/A #4/A #5/C #6/E #7/A #8/A #9/C #10/C #11/C |
5563 | | #12/E #13/C |
5564 | | all_recep #1/C #2/E #3/A #4/A #5/C #6/E #7/A #8/A #9/C #10/C #11/C #12/E #13/C |
5565 | | hC3a-JR14-SB_TM6 #1,11,13/C:371-404 |
5566 | | hC3a-JR14-SB_TM7 #1,11,13/C:406-439 |
5567 | | panchMukhi5ptSwitch #1/C:78,102,340,393,417 #11/C:78,102,340,393,417 |
5568 | | #13/C:78,102,340,393,417 |
5569 | | |
5570 | | > show #!44 models |
5571 | | |
5572 | | > hide #!44 models |
5573 | | |
5574 | | > ui tool show "Show Sequence Viewer" |
5575 | | |
5576 | | > sequence chain #42/D #44/A |
5577 | | |
5578 | | Alignment identifier is 1 |
5579 | | |
5580 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
5581 | | > Fingerprint_Final/24_C5aPep-hC5aR1-Go/supplementary_densities/24_C5aPep- |
5582 | | > hC5aR1-Go_LIG.png width 2000 height 1155 supersample 4 transparentBackground |
5583 | | > true |
5584 | | |
5585 | | > show #42/D cartoons |
5586 | | |
5587 | | > ui tool show "Surface Zone" |
5588 | | |
5589 | | > surface zone #43 nearAtoms #42 distance 1.21 |
5590 | | |
5591 | | No atoms selected for zoning |
5592 | | |
5593 | | > select clear |
5594 | | |
5595 | | > surface unzone #43 |
5596 | | |
5597 | | > select #42/D:35 #44/A:35 |
5598 | | |
5599 | | 14 atoms, 12 bonds, 2 residues, 2 models selected |
5600 | | |
5601 | | > select #42/D:35-65 #44/A:35-65 |
5602 | | |
5603 | | 466 atoms, 476 bonds, 62 residues, 2 models selected |
5604 | | 1 [ID: 1] region chains A,D [4-34] RMSD: 0.885 |
5605 | | |
5606 | | |
5607 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.12 |
5608 | | |
5609 | | > cofr sel |
5610 | | |
5611 | | > hide atoms |
5612 | | |
5613 | | [Repeated 1 time(s)] |
5614 | | |
5615 | | > hide ribbons |
5616 | | |
5617 | | > hide atoms |
5618 | | |
5619 | | > hide ribbons |
5620 | | |
5621 | | > cofr sel |
5622 | | |
5623 | | No displayed objects specified. |
5624 | | |
5625 | | > hide atoms |
5626 | | |
5627 | | > hide ribbons |
5628 | | |
5629 | | > cofr sel |
5630 | | |
5631 | | No displayed objects specified. |
5632 | | |
5633 | | > hide atoms |
5634 | | |
5635 | | > hide ribbons |
5636 | | |
5637 | | > show sel atoms |
5638 | | |
5639 | | > show sel ribbons |
5640 | | |
5641 | | > cofr sel |
5642 | | |
5643 | | > hide atoms |
5644 | | |
5645 | | > hide ribbons |
5646 | | |
5647 | | > show sel atoms |
5648 | | |
5649 | | > style sel stick |
5650 | | |
5651 | | Changed 466 atom styles |
5652 | | |
5653 | | > show sel ribbons |
5654 | | |
5655 | | > cofr sel |
5656 | | |
5657 | | > show #42/D cartoons |
5658 | | |
5659 | | > hide atoms |
5660 | | |
5661 | | > hide ribbons |
5662 | | |
5663 | | > show sel atoms |
5664 | | |
5665 | | > style sel stick |
5666 | | |
5667 | | Changed 466 atom styles |
5668 | | |
5669 | | > show sel ribbons |
5670 | | |
5671 | | > cofr sel |
5672 | | |
5673 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 1.99 |
5674 | | |
5675 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.67 |
5676 | | |
5677 | | > graphics selection color black |
5678 | | |
5679 | | > graphics selection width 2 |
5680 | | |
5681 | | > volume #43 step 2 |
5682 | | |
5683 | | > volume #43 step 1 |
5684 | | |
5685 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
5686 | | > Fingerprint_Final/24_C5aPep-hC5aR1-Go/supplementary_densities/24_C5aPep- |
5687 | | > hC5aR1-Go_TM1.png width 2000 height 1177 supersample 4 transparentBackground |
5688 | | > true |
5689 | | |
5690 | | > select #42/D:70 #44/A:70 |
5691 | | |
5692 | | 16 atoms, 14 bonds, 2 residues, 2 models selected |
5693 | | |
5694 | | > select #42/D:70-97 #44/A:70-97 |
5695 | | |
5696 | | 431 atoms, 441 bonds, 56 residues, 2 models selected |
5697 | | 1 [ID: 1] region chains A,D [39-66] RMSD: 0.419 |
5698 | | |
5699 | | |
5700 | | > hide atoms |
5701 | | |
5702 | | > hide ribbons |
5703 | | |
5704 | | > show sel atoms |
5705 | | |
5706 | | > style sel stick |
5707 | | |
5708 | | Changed 431 atom styles |
5709 | | |
5710 | | > show sel ribbons |
5711 | | |
5712 | | > cofr sel |
5713 | | |
5714 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.67 |
5715 | | |
5716 | | > select #42/D:35-36 #44/A:35-36 |
5717 | | |
5718 | | 28 atoms, 28 bonds, 4 residues, 2 models selected |
5719 | | |
5720 | | > select #42/D:36-65 #44/A:36-65 |
5721 | | |
5722 | | 452 atoms, 462 bonds, 60 residues, 2 models selected |
5723 | | 1 [ID: 1] region chains A,D [5-34] RMSD: 0.894 |
5724 | | |
5725 | | |
5726 | | > select clear |
5727 | | |
5728 | | > select #42/D:39 #44/A:39 |
5729 | | |
5730 | | 16 atoms, 14 bonds, 2 residues, 2 models selected |
5731 | | |
5732 | | > select #42/D:39-42 #44/A:39-42 |
5733 | | |
5734 | | 56 atoms, 54 bonds, 8 residues, 2 models selected |
5735 | | 1 [ID: 1] region chains A,D [8-11] RMSD: 0.261 |
5736 | | |
5737 | | |
5738 | | > select #42/D:35 #44/A:35 |
5739 | | |
5740 | | 14 atoms, 12 bonds, 2 residues, 2 models selected |
5741 | | |
5742 | | > select #42/D:35-65 #44/A:35-65 |
5743 | | |
5744 | | 466 atoms, 476 bonds, 62 residues, 2 models selected |
5745 | | 1 [ID: 1] region chains A,D [4-34] RMSD: 0.885 |
5746 | | |
5747 | | |
5748 | | > hide atoms |
5749 | | |
5750 | | > hide ribbons |
5751 | | |
5752 | | > show sel atoms |
5753 | | |
5754 | | > style sel stick |
5755 | | |
5756 | | Changed 466 atom styles |
5757 | | |
5758 | | > show sel ribbons |
5759 | | |
5760 | | > cofr sel |
5761 | | |
5762 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.67 |
5763 | | |
5764 | | > volume #45 level 0.1437 |
5765 | | |
5766 | | > volume #43 level 0.06976 |
5767 | | |
5768 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.32 |
5769 | | |
5770 | | > graphics silhouettes true |
5771 | | |
5772 | | > graphics silhouettes false |
5773 | | |
5774 | | > graphics silhouettes true |
5775 | | |
5776 | | > graphics silhouettes false |
5777 | | |
5778 | | > graphics silhouettes true |
5779 | | |
5780 | | > graphics silhouettes false |
5781 | | |
5782 | | > graphics silhouettes true |
5783 | | |
5784 | | > graphics silhouettes false |
5785 | | |
5786 | | > graphics silhouettes true |
5787 | | |
5788 | | > graphics silhouettes false |
5789 | | |
5790 | | > graphics silhouettes true |
5791 | | |
5792 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
5793 | | > Fingerprint_Final/24_C5aPep-hC5aR1-Go/supplementary_densities/24_C5aPep- |
5794 | | > hC5aR1-Go_TM1_sigma-0.0698_zoneR-2.32_silht.png width 2000 height 1177 |
5795 | | > supersample 4 transparentBackground true |
5796 | | |
5797 | | > transparency #42 0 target s |
5798 | | |
5799 | | > transparency #43 0 target s |
5800 | | |
5801 | | > graphics silhouettes false |
5802 | | |
5803 | | > transparency #43 60 target s |
5804 | | |
5805 | | > graphics silhouettes true |
5806 | | |
5807 | | > transparency #43 30 target s |
5808 | | |
5809 | | > transparency #43 90 target s |
5810 | | |
5811 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
5812 | | > Fingerprint_Final/24_C5aPep-hC5aR1-Go/supplementary_densities/24_C5aPep- |
5813 | | > hC5aR1-Go_TM1_sigma-0.0698_zoneR-2.32_silht_trans90.png width 2000 height |
5814 | | > 1177 supersample 4 transparentBackground true |
5815 | | |
5816 | | > select #42/D:70 #44/A:70 |
5817 | | |
5818 | | 16 atoms, 14 bonds, 2 residues, 2 models selected |
5819 | | |
5820 | | > select #42/D:70-97 #44/A:70-97 |
5821 | | |
5822 | | 431 atoms, 441 bonds, 56 residues, 2 models selected |
5823 | | 1 [ID: 1] region chains A,D [39-66] RMSD: 0.419 |
5824 | | |
5825 | | |
5826 | | > hide atoms |
5827 | | |
5828 | | > hide ribbons |
5829 | | |
5830 | | > show sel atoms |
5831 | | |
5832 | | > style sel stick |
5833 | | |
5834 | | Changed 431 atom styles |
5835 | | |
5836 | | > show sel ribbons |
5837 | | |
5838 | | > cofr sel |
5839 | | |
5840 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.32 |
5841 | | |
5842 | | > view name 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM2 |
5843 | | |
5844 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
5845 | | > Fingerprint_Final/24_C5aPep-hC5aR1-Go/supplementary_densities/24_C5aPep- |
5846 | | > hC5aR1-Go_TM2_sigma-0.0698_zoneR-2.32_mesh_trans90_silht.png width 2000 |
5847 | | > height 1147 supersample 4 transparentBackground true |
5848 | | |
5849 | | > select #42/D:105 #44/A:105 |
5850 | | |
5851 | | 8 atoms, 6 bonds, 2 residues, 2 models selected |
5852 | | |
5853 | | > select #42/D:105-139 #44/A:105-139 |
5854 | | |
5855 | | 513 atoms, 519 bonds, 70 residues, 2 models selected |
5856 | | 1 [ID: 1] region chains A,D [74-108] RMSD: 0.559 |
5857 | | |
5858 | | |
5859 | | > hide atoms |
5860 | | |
5861 | | > hide ribbons |
5862 | | |
5863 | | > show sel atoms |
5864 | | |
5865 | | > style sel stick |
5866 | | |
5867 | | Changed 513 atom styles |
5868 | | |
5869 | | > show sel ribbons |
5870 | | |
5871 | | > cofr sel |
5872 | | |
5873 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.32 |
5874 | | |
5875 | | > volume #43 level 0.1343 |
5876 | | |
5877 | | > view name 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM3 |
5878 | | |
5879 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
5880 | | > Fingerprint_Final/24_C5aPep-hC5aR1-Go/supplementary_densities/24_C5aPep- |
5881 | | > hC5aR1-Go_TM3_sigma-0.134_zoneR-2.32_mesh_trans90_silht.png width 2000 |
5882 | | > height 1147 supersample 4 transparentBackground true |
5883 | | |
5884 | | > view name 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM3 |
5885 | | |
5886 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
5887 | | > Fingerprint_Final/24_C5aPep-hC5aR1-Go/supplementary_densities/24_C5aPep- |
5888 | | > hC5aR1-Go_TM3_sigma-0.134_zoneR-2.32_mesh_trans90_silht.png width 2000 |
5889 | | > height 1147 supersample 4 transparentBackground true |
5890 | | |
5891 | | > select #42/D:141 #44/A:141 |
5892 | | |
5893 | | 14 atoms, 14 bonds, 2 residues, 2 models selected |
5894 | | |
5895 | | > select #42/D:141-174 #44/A:141-174 |
5896 | | |
5897 | | 528 atoms, 548 bonds, 68 residues, 2 models selected |
5898 | | 1 [ID: 1] region chains A,D [110-143] RMSD: 0.755 |
5899 | | |
5900 | | |
5901 | | > hide atoms |
5902 | | |
5903 | | > hide ribbons |
5904 | | |
5905 | | > show sel atoms |
5906 | | |
5907 | | > style sel stick |
5908 | | |
5909 | | Changed 528 atom styles |
5910 | | |
5911 | | > show sel ribbons |
5912 | | |
5913 | | > cofr sel |
5914 | | |
5915 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.32 |
5916 | | |
5917 | | > view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM3 |
5918 | | |
5919 | | > select #42/D:141 #44/A:141 |
5920 | | |
5921 | | 14 atoms, 14 bonds, 2 residues, 2 models selected |
5922 | | |
5923 | | > select #42/D:141-153 #44/A:141-153 |
5924 | | |
5925 | | 200 atoms, 206 bonds, 26 residues, 2 models selected |
5926 | | 1 [ID: 1] region chains A,D [110-122] RMSD: 0.679 |
5927 | | |
5928 | | |
5929 | | > select clear |
5930 | | |
5931 | | > select #42/D:141 #44/A:141 |
5932 | | |
5933 | | 14 atoms, 14 bonds, 2 residues, 2 models selected |
5934 | | |
5935 | | > select #42/D:141-166 #44/A:141-166 |
5936 | | |
5937 | | 394 atoms, 408 bonds, 52 residues, 2 models selected |
5938 | | 1 [ID: 1] region chains A,D [110-135] RMSD: 0.778 |
5939 | | |
5940 | | |
5941 | | > select clear |
5942 | | |
5943 | | > select #42/D:174 #44/A:174 |
5944 | | |
5945 | | 24 atoms, 24 bonds, 2 residues, 2 models selected |
5946 | | |
5947 | | > select #42/D:150-174 #44/A:150-174 |
5948 | | |
5949 | | 372 atoms, 384 bonds, 50 residues, 2 models selected |
5950 | | 1 [ID: 1] region chains A,D [119-143] RMSD: 0.784 |
5951 | | |
5952 | | |
5953 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.32 |
5954 | | |
5955 | | > hide atoms |
5956 | | |
5957 | | > hide ribbons |
5958 | | |
5959 | | > show sel atoms |
5960 | | |
5961 | | > style sel stick |
5962 | | |
5963 | | Changed 372 atom styles |
5964 | | |
5965 | | > show sel ribbons |
5966 | | |
5967 | | > cofr sel |
5968 | | |
5969 | | > view name 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM4 |
5970 | | |
5971 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
5972 | | > Fingerprint_Final/24_C5aPep-hC5aR1-Go/supplementary_densities/24_C5aPep- |
5973 | | > hC5aR1-Go_TM4_sigma-0.134_zoneR-2.32_mesh_trans90_silht.png width 2000 |
5974 | | > height 1147 supersample 4 transparentBackground true |
5975 | | |
5976 | | [Repeated 1 time(s)] |
5977 | | |
5978 | | > select #42/D:196 #44/A:196 |
5979 | | |
5980 | | 14 atoms, 12 bonds, 2 residues, 2 models selected |
5981 | | |
5982 | | > select #42/D:196-231 #44/A:196-231 |
5983 | | |
5984 | | 600 atoms, 614 bonds, 72 residues, 2 models selected |
5985 | | 1 [ID: 1] region chains A,D [165-200] RMSD: 0.962 |
5986 | | |
5987 | | |
5988 | | > hide atoms |
5989 | | |
5990 | | > hide ribbons |
5991 | | |
5992 | | > show sel atoms |
5993 | | |
5994 | | > style sel stick |
5995 | | |
5996 | | Changed 600 atom styles |
5997 | | |
5998 | | > show sel ribbons |
5999 | | |
6000 | | > cofr sel |
6001 | | |
6002 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.32 |
6003 | | |
6004 | | > view name 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM5 |
6005 | | |
6006 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
6007 | | > Fingerprint_Final/24_C5aPep-hC5aR1-Go/supplementary_densities/24_C5aPep- |
6008 | | > hC5aR1-Go_TM5_sigma-0.134_zoneR-2.32_mesh_trans90_silht.png width 2000 |
6009 | | > height 1147 supersample 4 transparentBackground true |
6010 | | |
6011 | | > select #42/D:239 #44/A:239 |
6012 | | |
6013 | | 18 atoms, 16 bonds, 2 residues, 2 models selected |
6014 | | |
6015 | | > select #42/D:239-267 #44/A:239-267 |
6016 | | |
6017 | | 468 atoms, 482 bonds, 58 residues, 2 models selected |
6018 | | 1 [ID: 1] region chains A,D [208-236] RMSD: 0.392 |
6019 | | |
6020 | | |
6021 | | > hide atoms |
6022 | | |
6023 | | > hide ribbons |
6024 | | |
6025 | | > show sel atoms |
6026 | | |
6027 | | > style sel stick |
6028 | | |
6029 | | Changed 468 atom styles |
6030 | | |
6031 | | > show sel ribbons |
6032 | | |
6033 | | > cofr sel |
6034 | | |
6035 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.32 |
6036 | | |
6037 | | > view name 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM6 |
6038 | | |
6039 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
6040 | | > Fingerprint_Final/24_C5aPep-hC5aR1-Go/supplementary_densities/24_C5aPep- |
6041 | | > hC5aR1-Go_TM6_sigma-0.134_zoneR-2.32_mesh_trans90_silht.png width 2000 |
6042 | | > height 1147 supersample 4 transparentBackground true |
6043 | | |
6044 | | > select #42/D:272 #44/A:272 |
6045 | | |
6046 | | 12 atoms, 10 bonds, 2 residues, 2 models selected |
6047 | | |
6048 | | > select #42/D:272-303 #44/A:272-303 |
6049 | | |
6050 | | 494 atoms, 504 bonds, 64 residues, 2 models selected |
6051 | | 1 [ID: 1] region chains A,D [241-272] RMSD: 0.602 |
6052 | | |
6053 | | |
6054 | | > hide atoms |
6055 | | |
6056 | | > hide ribbons |
6057 | | |
6058 | | > show sel atoms |
6059 | | |
6060 | | > style sel stick |
6061 | | |
6062 | | Changed 494 atom styles |
6063 | | |
6064 | | > show sel ribbons |
6065 | | |
6066 | | > cofr sel |
6067 | | |
6068 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.32 |
6069 | | |
6070 | | > view name 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM7 |
6071 | | |
6072 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
6073 | | > Fingerprint_Final/24_C5aPep-hC5aR1-Go/supplementary_densities/24_C5aPep- |
6074 | | > hC5aR1-Go_TM7_sigma-0.134_zoneR-2.32_mesh_trans90_silht.png width 2000 |
6075 | | > height 1147 supersample 4 transparentBackground true |
6076 | | |
6077 | | > select #42/D:305 #44/A:305 |
6078 | | |
6079 | | 18 atoms, 16 bonds, 2 residues, 2 models selected |
6080 | | |
6081 | | > select #42/D:305-313 #44/A:305-313 |
6082 | | |
6083 | | 152 atoms, 152 bonds, 18 residues, 2 models selected |
6084 | | 1 [ID: 1] region chains A,D [274-282] RMSD: 1.994 |
6085 | | |
6086 | | |
6087 | | > hide atoms |
6088 | | |
6089 | | > hide ribbons |
6090 | | |
6091 | | > show sel atoms |
6092 | | |
6093 | | > style sel stick |
6094 | | |
6095 | | Changed 152 atom styles |
6096 | | |
6097 | | > show sel ribbons |
6098 | | |
6099 | | > cofr sel |
6100 | | |
6101 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.32 |
6102 | | |
6103 | | > volume #43 level 0.01242 |
6104 | | |
6105 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.22 |
6106 | | |
6107 | | > volume #43 level 0.00525 |
6108 | | |
6109 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.15 |
6110 | | |
6111 | | > view name 24_C5aPep-hC5aR1-Go-H8 |
6112 | | |
6113 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
6114 | | > Fingerprint_Final/24_C5aPep-hC5aR1-Go/supplementary_densities/24_C5aPep- |
6115 | | > hC5aR1-Go_H8_sigma-0.00525_zoneR-2.15_mesh_trans90_silht.png width 2000 |
6116 | | > height 1147 supersample 4 transparentBackground true |
6117 | | |
6118 | | > show #42 cartoons |
6119 | | |
6120 | | > select #42/B:350 |
6121 | | |
6122 | | 4 atoms, 3 bonds, 1 residue, 1 model selected |
6123 | | |
6124 | | > select up |
6125 | | |
6126 | | 156 atoms, 156 bonds, 21 residues, 1 model selected |
6127 | | |
6128 | | > hide atoms |
6129 | | |
6130 | | > hide ribbons |
6131 | | |
6132 | | > show sel atoms |
6133 | | |
6134 | | > style sel stick |
6135 | | |
6136 | | Changed 156 atom styles |
6137 | | |
6138 | | > show sel ribbons |
6139 | | |
6140 | | > cofr sel |
6141 | | |
6142 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.15 |
6143 | | |
6144 | | > volume #43 level 0.1522 |
6145 | | |
6146 | | > volume #43 level 0.134 |
6147 | | |
6148 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.1 |
6149 | | |
6150 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2 |
6151 | | |
6152 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.3 |
6153 | | |
6154 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.32 |
6155 | | |
6156 | | [Repeated 1 time(s)] |
6157 | | |
6158 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
6159 | | > Fingerprint_Final/24_C5aPep-hC5aR1-Go/supplementary_densities/24_C5aPep- |
6160 | | > hC5aR1-Go_a5_sigma-0.134_zoneR-2.32_mesh_trans90_silht.png width 2000 height |
6161 | | > 1147 supersample 4 transparentBackground true |
6162 | | |
6163 | | > view name 24_C5aPep-hC5aR1-Go-a5 |
6164 | | |
6165 | | > show #42 cartoons |
6166 | | |
6167 | | > select #42/B:30 |
6168 | | |
6169 | | 5 atoms, 4 bonds, 1 residue, 1 model selected |
6170 | | |
6171 | | > select up |
6172 | | |
6173 | | 145 atoms, 144 bonds, 23 residues, 1 model selected |
6174 | | |
6175 | | > hide atoms |
6176 | | |
6177 | | > hide ribbons |
6178 | | |
6179 | | > show sel atoms |
6180 | | |
6181 | | > style sel stick |
6182 | | |
6183 | | Changed 145 atom styles |
6184 | | |
6185 | | > show sel ribbons |
6186 | | |
6187 | | > cofr sel |
6188 | | |
6189 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.32 |
6190 | | |
6191 | | > view name 24_C5aPep-hC5aR1-Go-aN |
6192 | | |
6193 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
6194 | | > Fingerprint_Final/24_C5aPep-hC5aR1-Go/supplementary_densities/24_C5aPep- |
6195 | | > hC5aR1-Go_aN_sigma-0.134_zoneR-2.32_mesh_trans90_silht.png width 2000 height |
6196 | | > 1147 supersample 4 transparentBackground true |
6197 | | |
6198 | | > show #42 cartoons |
6199 | | |
6200 | | > select #42/L:4 |
6201 | | |
6202 | | 11 atoms, 11 bonds, 1 residue, 1 model selected |
6203 | | |
6204 | | > select up |
6205 | | |
6206 | | 62 atoms, 65 bonds, 6 residues, 1 model selected |
6207 | | |
6208 | | > hide atoms |
6209 | | |
6210 | | > hide ribbons |
6211 | | |
6212 | | > show sel atoms |
6213 | | |
6214 | | > style sel stick |
6215 | | |
6216 | | Changed 62 atom styles |
6217 | | |
6218 | | > show sel ribbons |
6219 | | |
6220 | | > cofr sel |
6221 | | |
6222 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.32 |
6223 | | |
6224 | | > surface zone #43 nearAtoms sel distance 2.15 |
6225 | | |
6226 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
6227 | | > Fingerprint_Final/24_C5aPep-hC5aR1-Go/supplementary_densities/24_C5aPep- |
6228 | | > hC5aR1-Go_LIG_sigma-0.134_zoneR-2.15_mesh_trans90_silht.png width 2000 |
6229 | | > height 1147 supersample 4 transparentBackground true |
6230 | | |
6231 | | > view name 24_C5aPep-hC5aR1-Go-LIG |
6232 | | |
6233 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
6234 | | > Fingerprint_Final/complement_receptors_combined_session_includeMap_20250427.cxs |
6235 | | > includeMaps true |
6236 | | |
6237 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
6238 | | > Fingerprint_Final/complement_receptors_combined_session_includeMap_20250410.cxs |
6239 | | > includeMaps true |
6240 | | |
6241 | | > hide #!43 models |
6242 | | |
6243 | | > hide #!42 models |
6244 | | |
6245 | | > show #!44 models |
6246 | | |
6247 | | > show #!45 models |
6248 | | |
6249 | | > view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM7 |
6250 | | |
6251 | | > show #44 atoms |
6252 | | |
6253 | | > hide #44 atoms |
6254 | | |
6255 | | > show #44 cartoons |
6256 | | |
6257 | | > view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM7 |
6258 | | |
6259 | | > view list |
6260 | | |
6261 | | Named views: 11_Density_JR14A-hC3aR-Go, 14_Lig_Density_mC5a-hC5aR1-Go, |
6262 | | 24_C5aPep-hC5aR1-Go-H8, 24_C5aPep-hC5aR1-Go-LIG, 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM2, |
6263 | | 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM3, 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM4, 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM5, |
6264 | | 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM6, 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM7, 24_C5aPep-hC5aR1-Go-a5, |
6265 | | 24_C5aPep-hC5aR1-Go-aN, C3a-angle_03_EP67, C3a_angle_01, C3a_angle_02, |
6266 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomOut, |
6267 | | EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomOut, |
6268 | | H8_overall, H8_overall_mC5aR1, H8_zoomed, H8_zoomed_mC5aR1, JR-SB_PIF, |
6269 | | JR14-SB_CWxP, JR14-SB_NPxxY, Lig_02_Density_mC3a-mC3aR-Go, |
6270 | | Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go, Lig_05_Density_hTLQP-mC3aR-Go, |
6271 | | Lig_06_Density_mTLQP-mC3aR-Go, Lig_07_Density_EP67-hC5aR1-Go, fig2_density, |
6272 | | hC3a-JR14-SB_DR(C)Y, hC3a-JR14-SB_TM6, hC3a-JR14-SB_TM7, |
6273 | | hC5a-hC5aR1-simulation, hC5adesArg-hC5aR1-simulation, hTLQP_angle_01, |
6274 | | hTLQP_angle_02, hook_01, hook_02, topview, view_01, view_02 |
6275 | | |
6276 | | > select #42/D:35 #44/A:35 |
6277 | | |
6278 | | 14 atoms, 12 bonds, 2 residues, 2 models selected |
6279 | | |
6280 | | > select #42/D:35-65 #44/A:35-65 |
6281 | | |
6282 | | 466 atoms, 476 bonds, 62 residues, 2 models selected |
6283 | | 1 [ID: 1] region chains A,D [4-34] RMSD: 0.885 |
6284 | | |
6285 | | |
6286 | | > view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM1 |
6287 | | |
6288 | | Expected an objects specifier or a view name or a keyword |
6289 | | |
6290 | | > view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM1 |
6291 | | |
6292 | | Expected an objects specifier or a view name or a keyword |
6293 | | |
6294 | | > hide atoms |
6295 | | |
6296 | | > hide ribbons |
6297 | | |
6298 | | > show sel atoms |
6299 | | |
6300 | | > style sel stick |
6301 | | |
6302 | | Changed 466 atom styles |
6303 | | |
6304 | | > show sel ribbons |
6305 | | |
6306 | | > cofr sel |
6307 | | |
6308 | | > surface zone #45 nearAtoms sel distance 2.61 |
6309 | | |
6310 | | > color sel & #!44 byhetero |
6311 | | |
6312 | | > volume #45 level 0.1289 |
6313 | | |
6314 | | > surface zone #45 nearAtoms sel distance 1.78 |
6315 | | |
6316 | | > volume #45 level 0.1215 |
6317 | | |
6318 | | > view name 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM1 |
6319 | | |
6320 | | > surface zone #45 nearAtoms sel distance 2 |
6321 | | |
6322 | | > surface zone #45 nearAtoms sel distance 2.1 |
6323 | | |
6324 | | > surface zone #45 nearAtoms sel distance 2.15 |
6325 | | |
6326 | | [Repeated 1 time(s)] |
6327 | | |
6328 | | > surface zone #45 nearAtoms sel distance 1.87 |
6329 | | |
6330 | | > view name 25_EP54-hC5aR1-Go-TM1 |
6331 | | |
6332 | | [Repeated 1 time(s)] |
6333 | | |
6334 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
6335 | | > Fingerprint_Final/25_EP54-hC5aR1-Go/supplementary_densities/24_C5aPep- |
6336 | | > hC5aR1-Go_LIG_sigma-0.122_zoneR-1.87_mesh_trans90_silht.png width 2000 |
6337 | | > height 1147 supersample 4 transparentBackground true |
6338 | | |
6339 | | > transparency #45 90 target s |
6340 | | |
6341 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
6342 | | > Fingerprint_Final/25_EP54-hC5aR1-Go/supplementary_densities/24_C5aPep- |
6343 | | > hC5aR1-Go_LIG_sigma-0.122_zoneR-1.87_mesh_trans90_silht.png width 2000 |
6344 | | > height 1147 supersample 4 transparentBackground true |
6345 | | |
6346 | | > select #42/D:70 #44/A:70 |
6347 | | |
6348 | | 16 atoms, 14 bonds, 2 residues, 2 models selected |
6349 | | |
6350 | | > select #42/D:70-97 #44/A:70-97 |
6351 | | |
6352 | | 431 atoms, 441 bonds, 56 residues, 2 models selected |
6353 | | 1 [ID: 1] region chains A,D [39-66] RMSD: 0.419 |
6354 | | |
6355 | | |
6356 | | > hide atoms |
6357 | | |
6358 | | > hide ribbons |
6359 | | |
6360 | | > show sel atoms |
6361 | | |
6362 | | > style sel stick |
6363 | | |
6364 | | Changed 431 atom styles |
6365 | | |
6366 | | > show sel ribbons |
6367 | | |
6368 | | > cofr sel |
6369 | | |
6370 | | > surface zone #45 nearAtoms sel distance 1.87 |
6371 | | |
6372 | | > color #44 by |
6373 | | |
6374 | | Expected a color or one of 'byatom', 'bychain', 'byelement', 'byhetero', |
6375 | | 'byidentity', 'bymodel', 'bynucleotide', 'bypolymer', 'fromatoms', |
6376 | | 'fromcartoons', 'fromribbons', or 'random' or a keyword |
6377 | | |
6378 | | > color #44 byhetero |
6379 | | |
6380 | | > view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM2 |
6381 | | |
6382 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
6383 | | > Fingerprint_Final/25_EP54-hC5aR1-Go/supplementary_densities/25_EP54-hC5aR1-Go_TM2_sigma-0.122_zoneR-1.87_mesh_trans90_silht.png |
6384 | | > width 2000 height 1147 supersample 4 transparentBackground true |
6385 | | |
6386 | | > select #42/D:105 #44/A:105 |
6387 | | |
6388 | | 8 atoms, 6 bonds, 2 residues, 2 models selected |
6389 | | |
6390 | | > select #42/D:105-139 #44/A:105-139 |
6391 | | |
6392 | | 513 atoms, 519 bonds, 70 residues, 2 models selected |
6393 | | 1 [ID: 1] region chains A,D [74-108] RMSD: 0.559 |
6394 | | |
6395 | | |
6396 | | > select #42/D:108 #44/A:108 |
6397 | | |
6398 | | 10 atoms, 8 bonds, 2 residues, 2 models selected |
6399 | | |
6400 | | > select #42/D:108-109 #44/A:108-109 |
6401 | | |
6402 | | 22 atoms, 20 bonds, 4 residues, 2 models selected |
6403 | | 1 [ID: 1] region chains A,D [77-78] RMSD: 0.526 |
6404 | | |
6405 | | |
6406 | | > select #42/D:105 #44/A:105 |
6407 | | |
6408 | | 8 atoms, 6 bonds, 2 residues, 2 models selected |
6409 | | |
6410 | | > select #42/D:105-139 #44/A:105-139 |
6411 | | |
6412 | | 513 atoms, 519 bonds, 70 residues, 2 models selected |
6413 | | 1 [ID: 1] region chains A,D [74-108] RMSD: 0.559 |
6414 | | |
6415 | | |
6416 | | > hide atoms |
6417 | | |
6418 | | > hide ribbons |
6419 | | |
6420 | | > show sel atoms |
6421 | | |
6422 | | > style sel stick |
6423 | | |
6424 | | Changed 513 atom styles |
6425 | | |
6426 | | > show sel ribbons |
6427 | | |
6428 | | > cofr sel |
6429 | | |
6430 | | > surface zone #45 nearAtoms sel distance 1.87 |
6431 | | |
6432 | | > view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM3 |
6433 | | |
6434 | | > surface zone #45 nearAtoms sel distance 2.94 |
6435 | | |
6436 | | > volume #45 level 0.1844 |
6437 | | |
6438 | | > surface zone #45 nearAtoms sel distance 2.05 |
6439 | | |
6440 | | > volume #45 level 0.1844 |
6441 | | |
6442 | | > save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement- |
6443 | | > Fingerprint_Final/25_EP54-hC5aR1-Go/supplementary_densities/25_EP54-hC5aR1-Go_TM3_sigma-0.184_zoneR-2.05_mesh_trans90_silht.png |
6444 | | > width 2000 height 1147 supersample 4 transparentBackground true |
6445 | | |
6446 | | > select #42/D:150 #44/A:150 |
6447 | | |
6448 | | 10 atoms, 8 bonds, 2 residues, 2 models selected |
6449 | | |
6450 | | > select #42/D:150-174 #44/A:150-174 |
6451 | | |
6452 | | 372 atoms, 384 bonds, 50 residues, 2 models selected |
6453 | | 1 [ID: 1] region chains A,D [119-143] RMSD: 0.784 |
6454 | | |
| 1449 | [deleted to fit within ticket limits] |
| 1450 | |
9824 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
9825 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
9826 | | |
9827 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
9828 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
9829 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9830 | | |
9831 | | See log for complete Python traceback. |
9832 | | |
9833 | | Traceback (most recent call last): |
9834 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
9835 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
9836 | | self._update_completion_state(False) |
9837 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
9838 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
9839 | | _update_completion_state |
9840 | | self._current_completion_state = |
9841 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
9842 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9843 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
9844 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
9845 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
9846 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9847 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
9848 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
9849 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
9850 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9851 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
9852 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
9853 | | _complete_path_impl |
9854 | | if _maybe_path.exists(): |
9855 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9856 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
9857 | | self.stat() |
9858 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
9859 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
9860 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9861 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
9862 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
9863 | | |
9864 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
9865 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
9866 | | |
9867 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
9868 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
9869 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9870 | | |
9871 | | See log for complete Python traceback. |
9872 | | |
9873 | | Traceback (most recent call last): |
9874 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
9875 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
9876 | | self._update_completion_state(False) |
9877 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
9878 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
9879 | | _update_completion_state |
9880 | | self._current_completion_state = |
9881 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
9882 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9883 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
9884 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
9885 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
9886 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9887 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
9888 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
9889 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
9890 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9891 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
9892 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
9893 | | _complete_path_impl |
9894 | | if _maybe_path.exists(): |
9895 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9896 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
9897 | | self.stat() |
9898 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
9899 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
9900 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9901 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
9902 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
9903 | | |
9904 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
9905 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
9906 | | |
9907 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
9908 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
9909 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9910 | | |
9911 | | See log for complete Python traceback. |
9912 | | |
9913 | | Traceback (most recent call last): |
9914 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
9915 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
9916 | | self._update_completion_state(False) |
9917 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
9918 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
9919 | | _update_completion_state |
9920 | | self._current_completion_state = |
9921 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
9922 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9923 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
9924 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
9925 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
9926 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9927 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
9928 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
9929 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
9930 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9931 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
9932 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
9933 | | _complete_path_impl |
9934 | | if _maybe_path.exists(): |
9935 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9936 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
9937 | | self.stat() |
9938 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
9939 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
9940 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9941 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
9942 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
9943 | | |
9944 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
9945 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
9946 | | |
9947 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
9948 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
9949 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9950 | | |
9951 | | See log for complete Python traceback. |
9952 | | |
9953 | | Traceback (most recent call last): |
9954 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
9955 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
9956 | | self._update_completion_state(False) |
9957 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
9958 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
9959 | | _update_completion_state |
9960 | | self._current_completion_state = |
9961 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
9962 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9963 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
9964 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
9965 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
9966 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9967 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
9968 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
9969 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
9970 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9971 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
9972 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
9973 | | _complete_path_impl |
9974 | | if _maybe_path.exists(): |
9975 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9976 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
9977 | | self.stat() |
9978 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
9979 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
9980 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9981 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
9982 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
9983 | | |
9984 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
9985 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
9986 | | |
9987 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
9988 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
9989 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
9990 | | |
9991 | | See log for complete Python traceback. |
9992 | | |
9993 | | Traceback (most recent call last): |
9994 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
9995 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
9996 | | self._update_completion_state(False) |
9997 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
9998 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
9999 | | _update_completion_state |
10000 | | self._current_completion_state = |
10001 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10002 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10003 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10004 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10005 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10006 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10007 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10008 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10009 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10010 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10011 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10012 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10013 | | _complete_path_impl |
10014 | | if _maybe_path.exists(): |
10015 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10016 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10017 | | self.stat() |
10018 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10019 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10020 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10021 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10022 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10023 | | |
10024 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10025 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10026 | | |
10027 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10028 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10029 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10030 | | |
10031 | | See log for complete Python traceback. |
10032 | | |
10033 | | Traceback (most recent call last): |
10034 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10035 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10036 | | self._update_completion_state(False) |
10037 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10038 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10039 | | _update_completion_state |
10040 | | self._current_completion_state = |
10041 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10042 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10043 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10044 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10045 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10046 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10047 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10048 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10049 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10050 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10051 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10052 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10053 | | _complete_path_impl |
10054 | | if _maybe_path.exists(): |
10055 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10056 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10057 | | self.stat() |
10058 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10059 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10060 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10061 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10062 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10063 | | |
10064 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10065 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10066 | | |
10067 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10068 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10069 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10070 | | |
10071 | | See log for complete Python traceback. |
10072 | | |
10073 | | Traceback (most recent call last): |
10074 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10075 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10076 | | self._update_completion_state(False) |
10077 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10078 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10079 | | _update_completion_state |
10080 | | self._current_completion_state = |
10081 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10082 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10083 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10084 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10085 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10086 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10087 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10088 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10089 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10090 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10091 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10092 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10093 | | _complete_path_impl |
10094 | | if _maybe_path.exists(): |
10095 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10096 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10097 | | self.stat() |
10098 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10099 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10100 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10101 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10102 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10103 | | |
10104 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10105 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10106 | | |
10107 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10108 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10109 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10110 | | |
10111 | | See log for complete Python traceback. |
10112 | | |
10113 | | Traceback (most recent call last): |
10114 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10115 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10116 | | self._update_completion_state(False) |
10117 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10118 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10119 | | _update_completion_state |
10120 | | self._current_completion_state = |
10121 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10122 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10123 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10124 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10125 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10126 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10127 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10128 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10129 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10130 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10131 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10132 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10133 | | _complete_path_impl |
10134 | | if _maybe_path.exists(): |
10135 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10136 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10137 | | self.stat() |
10138 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10139 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10140 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10141 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10142 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10143 | | |
10144 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10145 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10146 | | |
10147 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10148 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10149 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10150 | | |
10151 | | See log for complete Python traceback. |
10152 | | |
10153 | | Traceback (most recent call last): |
10154 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10155 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10156 | | self._update_completion_state(False) |
10157 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10158 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10159 | | _update_completion_state |
10160 | | self._current_completion_state = |
10161 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10162 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10163 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10164 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10165 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10166 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10167 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10168 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10169 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10170 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10171 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10172 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10173 | | _complete_path_impl |
10174 | | if _maybe_path.exists(): |
10175 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10176 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10177 | | self.stat() |
10178 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10179 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10180 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10181 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10182 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10183 | | |
10184 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10185 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10186 | | |
10187 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10188 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10189 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10190 | | |
10191 | | See log for complete Python traceback. |
10192 | | |
10193 | | Traceback (most recent call last): |
10194 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10195 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10196 | | self._update_completion_state(False) |
10197 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10198 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10199 | | _update_completion_state |
10200 | | self._current_completion_state = |
10201 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10202 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10203 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10204 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10205 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10206 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10207 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10208 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10209 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10210 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10211 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10212 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10213 | | _complete_path_impl |
10214 | | if _maybe_path.exists(): |
10215 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10216 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10217 | | self.stat() |
10218 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10219 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10220 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10221 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10222 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10223 | | |
10224 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10225 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10226 | | |
10227 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10228 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10229 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10230 | | |
10231 | | See log for complete Python traceback. |
10232 | | |
10233 | | Traceback (most recent call last): |
10234 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10235 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10236 | | self._update_completion_state(False) |
10237 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10238 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10239 | | _update_completion_state |
10240 | | self._current_completion_state = |
10241 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10242 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10243 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10244 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10245 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10246 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10247 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10248 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10249 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10250 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10251 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10252 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10253 | | _complete_path_impl |
10254 | | if _maybe_path.exists(): |
10255 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10256 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10257 | | self.stat() |
10258 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10259 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10260 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10261 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10262 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10263 | | |
10264 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10265 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10266 | | |
10267 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10268 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10269 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10270 | | |
10271 | | See log for complete Python traceback. |
10272 | | |
10273 | | Traceback (most recent call last): |
10274 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10275 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10276 | | self._update_completion_state(False) |
10277 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10278 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10279 | | _update_completion_state |
10280 | | self._current_completion_state = |
10281 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10282 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10283 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10284 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10285 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10286 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10287 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10288 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10289 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10290 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10291 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10292 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10293 | | _complete_path_impl |
10294 | | if _maybe_path.exists(): |
10295 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10296 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10297 | | self.stat() |
10298 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10299 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10300 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10301 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10302 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10303 | | |
10304 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10305 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10306 | | |
10307 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10308 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10309 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10310 | | |
10311 | | See log for complete Python traceback. |
10312 | | |
10313 | | Traceback (most recent call last): |
10314 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10315 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10316 | | self._update_completion_state(False) |
10317 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10318 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10319 | | _update_completion_state |
10320 | | self._current_completion_state = |
10321 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10322 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10323 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10324 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10325 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10326 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10327 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10328 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10329 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10330 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10331 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10332 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10333 | | _complete_path_impl |
10334 | | if _maybe_path.exists(): |
10335 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10336 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10337 | | self.stat() |
10338 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10339 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10340 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10341 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10342 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10343 | | |
10344 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10345 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10346 | | |
10347 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10348 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10349 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10350 | | |
10351 | | See log for complete Python traceback. |
10352 | | |
10353 | | Traceback (most recent call last): |
10354 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10355 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10356 | | self._update_completion_state(False) |
10357 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10358 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10359 | | _update_completion_state |
10360 | | self._current_completion_state = |
10361 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10362 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10363 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10364 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10365 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10366 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10367 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10368 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10369 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10370 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10371 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10372 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10373 | | _complete_path_impl |
10374 | | if _maybe_path.exists(): |
10375 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10376 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10377 | | self.stat() |
10378 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10379 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10380 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10381 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10382 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10383 | | |
10384 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10385 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10386 | | |
10387 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10388 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10389 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10390 | | |
10391 | | See log for complete Python traceback. |
10392 | | |
10393 | | Traceback (most recent call last): |
10394 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10395 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10396 | | self._update_completion_state(False) |
10397 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10398 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10399 | | _update_completion_state |
10400 | | self._current_completion_state = |
10401 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10402 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10403 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10404 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10405 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10406 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10407 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10408 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10409 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10410 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10411 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10412 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10413 | | _complete_path_impl |
10414 | | if _maybe_path.exists(): |
10415 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10416 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10417 | | self.stat() |
10418 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10419 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10420 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10421 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10422 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10423 | | |
10424 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10425 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10426 | | |
10427 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10428 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10429 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10430 | | |
10431 | | See log for complete Python traceback. |
10432 | | |
10433 | | Traceback (most recent call last): |
10434 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10435 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10436 | | self._update_completion_state(False) |
10437 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10438 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10439 | | _update_completion_state |
10440 | | self._current_completion_state = |
10441 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10442 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10443 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10444 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10445 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10446 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10447 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10448 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10449 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10450 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10451 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10452 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10453 | | _complete_path_impl |
10454 | | if _maybe_path.exists(): |
10455 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10456 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10457 | | self.stat() |
10458 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10459 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10460 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10461 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10462 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10463 | | |
10464 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10465 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10466 | | |
10467 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10468 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10469 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10470 | | |
10471 | | See log for complete Python traceback. |
10472 | | |
10473 | | Traceback (most recent call last): |
10474 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10475 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10476 | | self._update_completion_state(False) |
10477 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10478 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10479 | | _update_completion_state |
10480 | | self._current_completion_state = |
10481 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10482 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10483 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10484 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10485 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10486 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10487 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10488 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10489 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10490 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10491 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10492 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10493 | | _complete_path_impl |
10494 | | if _maybe_path.exists(): |
10495 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10496 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10497 | | self.stat() |
10498 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10499 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10500 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10501 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10502 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10503 | | |
10504 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10505 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10506 | | |
10507 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10508 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10509 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10510 | | |
10511 | | See log for complete Python traceback. |
10512 | | |
10513 | | Traceback (most recent call last): |
10514 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10515 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10516 | | self._update_completion_state(False) |
10517 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10518 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10519 | | _update_completion_state |
10520 | | self._current_completion_state = |
10521 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10522 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10523 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10524 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10525 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10526 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10527 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10528 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10529 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10530 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10531 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10532 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10533 | | _complete_path_impl |
10534 | | if _maybe_path.exists(): |
10535 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10536 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10537 | | self.stat() |
10538 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10539 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10540 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10541 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10542 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10543 | | |
10544 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10545 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10546 | | |
10547 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10548 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10549 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10550 | | |
10551 | | See log for complete Python traceback. |
10552 | | |
10553 | | Traceback (most recent call last): |
10554 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10555 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10556 | | self._update_completion_state(False) |
10557 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10558 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10559 | | _update_completion_state |
10560 | | self._current_completion_state = |
10561 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10562 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10563 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10564 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10565 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10566 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10567 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10568 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10569 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10570 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10571 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10572 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10573 | | _complete_path_impl |
10574 | | if _maybe_path.exists(): |
10575 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10576 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10577 | | self.stat() |
10578 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10579 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10580 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10581 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10582 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10583 | | |
10584 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10585 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10586 | | |
10587 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10588 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10589 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10590 | | |
10591 | | See log for complete Python traceback. |
10592 | | |
10593 | | Traceback (most recent call last): |
10594 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10595 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10596 | | self._update_completion_state(False) |
10597 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10598 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10599 | | _update_completion_state |
10600 | | self._current_completion_state = |
10601 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10602 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10603 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10604 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10605 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10606 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10607 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10608 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10609 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10610 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10611 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10612 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10613 | | _complete_path_impl |
10614 | | if _maybe_path.exists(): |
10615 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10616 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10617 | | self.stat() |
10618 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10619 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10620 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10621 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10622 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10623 | | |
10624 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10625 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10626 | | |
10627 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10628 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10629 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10630 | | |
10631 | | See log for complete Python traceback. |
10632 | | |
10633 | | Traceback (most recent call last): |
10634 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10635 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10636 | | self._update_completion_state(False) |
10637 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10638 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10639 | | _update_completion_state |
10640 | | self._current_completion_state = |
10641 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10642 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10643 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10644 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10645 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10646 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10647 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10648 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10649 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10650 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10651 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10652 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10653 | | _complete_path_impl |
10654 | | if _maybe_path.exists(): |
10655 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10656 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10657 | | self.stat() |
10658 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10659 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10660 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10661 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10662 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10663 | | |
10664 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10665 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10666 | | |
10667 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10668 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10669 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10670 | | |
10671 | | See log for complete Python traceback. |
10672 | | |
10673 | | Traceback (most recent call last): |
10674 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10675 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10676 | | self._update_completion_state(False) |
10677 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10678 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10679 | | _update_completion_state |
10680 | | self._current_completion_state = |
10681 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10682 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10683 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10684 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10685 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10686 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10687 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10688 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10689 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10690 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10691 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10692 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10693 | | _complete_path_impl |
10694 | | if _maybe_path.exists(): |
10695 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10696 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10697 | | self.stat() |
10698 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10699 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10700 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10701 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10702 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10703 | | |
10704 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10705 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10706 | | |
10707 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10708 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10709 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10710 | | |
10711 | | See log for complete Python traceback. |
10712 | | |
10713 | | Traceback (most recent call last): |
10714 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10715 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10716 | | self._update_completion_state(False) |
10717 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10718 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10719 | | _update_completion_state |
10720 | | self._current_completion_state = |
10721 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10722 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10723 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10724 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10725 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10726 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10727 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10728 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10729 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10730 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10731 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10732 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10733 | | _complete_path_impl |
10734 | | if _maybe_path.exists(): |
10735 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10736 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10737 | | self.stat() |
10738 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10739 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10740 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10741 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10742 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10743 | | |
10744 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10745 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10746 | | |
10747 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10748 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10749 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10750 | | |
10751 | | See log for complete Python traceback. |
10752 | | |
10753 | | Traceback (most recent call last): |
10754 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10755 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10756 | | self._update_completion_state(False) |
10757 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10758 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10759 | | _update_completion_state |
10760 | | self._current_completion_state = |
10761 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10762 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10763 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10764 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10765 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10766 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10767 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10768 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10769 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10770 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10771 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10772 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10773 | | _complete_path_impl |
10774 | | if _maybe_path.exists(): |
10775 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10776 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10777 | | self.stat() |
10778 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10779 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10780 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10781 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10782 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10783 | | |
10784 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10785 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10786 | | |
10787 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10788 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10789 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10790 | | |
10791 | | See log for complete Python traceback. |
10792 | | |
10793 | | Traceback (most recent call last): |
10794 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10795 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10796 | | self._update_completion_state(False) |
10797 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10798 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10799 | | _update_completion_state |
10800 | | self._current_completion_state = |
10801 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10802 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10803 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10804 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10805 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10806 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10807 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10808 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10809 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10810 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10811 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10812 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10813 | | _complete_path_impl |
10814 | | if _maybe_path.exists(): |
10815 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10816 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10817 | | self.stat() |
10818 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10819 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10820 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10821 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10822 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10823 | | |
10824 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10825 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10826 | | |
10827 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10828 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10829 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10830 | | |
10831 | | See log for complete Python traceback. |
10832 | | |
10833 | | Traceback (most recent call last): |
10834 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10835 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10836 | | self._update_completion_state(False) |
10837 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10838 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10839 | | _update_completion_state |
10840 | | self._current_completion_state = |
10841 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10842 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10843 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10844 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10845 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10846 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10847 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10848 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10849 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10850 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10851 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10852 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10853 | | _complete_path_impl |
10854 | | if _maybe_path.exists(): |
10855 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10856 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10857 | | self.stat() |
10858 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10859 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10860 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10861 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10862 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10863 | | |
10864 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10865 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10866 | | |
10867 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10868 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10869 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10870 | | |
10871 | | See log for complete Python traceback. |
10872 | | |
10873 | | Traceback (most recent call last): |
10874 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10875 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10876 | | self._update_completion_state(False) |
10877 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10878 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10879 | | _update_completion_state |
10880 | | self._current_completion_state = |
10881 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10882 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10883 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10884 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10885 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10886 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10887 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10888 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10889 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10890 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10891 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10892 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10893 | | _complete_path_impl |
10894 | | if _maybe_path.exists(): |
10895 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10896 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10897 | | self.stat() |
10898 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10899 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10900 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10901 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10902 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10903 | | |
10904 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10905 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10906 | | |
10907 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10908 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10909 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10910 | | |
10911 | | See log for complete Python traceback. |
10912 | | |
10913 | | Traceback (most recent call last): |
10914 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10915 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10916 | | self._update_completion_state(False) |
10917 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10918 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10919 | | _update_completion_state |
10920 | | self._current_completion_state = |
10921 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10922 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10923 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10924 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10925 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10926 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10927 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10928 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10929 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10930 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10931 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10932 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10933 | | _complete_path_impl |
10934 | | if _maybe_path.exists(): |
10935 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10936 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10937 | | self.stat() |
10938 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10939 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10940 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10941 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10942 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10943 | | |
10944 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10945 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10946 | | |
10947 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10948 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10949 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10950 | | |
10951 | | See log for complete Python traceback. |
10952 | | |
10953 | | Traceback (most recent call last): |
10954 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10955 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10956 | | self._update_completion_state(False) |
10957 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10958 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10959 | | _update_completion_state |
10960 | | self._current_completion_state = |
10961 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
10962 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10963 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10964 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
10965 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
10966 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10967 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10968 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
10969 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
10970 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10971 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10972 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
10973 | | _complete_path_impl |
10974 | | if _maybe_path.exists(): |
10975 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10976 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
10977 | | self.stat() |
10978 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10979 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10980 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10981 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10982 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10983 | | |
10984 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
10985 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
10986 | | |
10987 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
10988 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
10989 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
10990 | | |
10991 | | See log for complete Python traceback. |
10992 | | |
10993 | | Traceback (most recent call last): |
10994 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10995 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
10996 | | self._update_completion_state(False) |
10997 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
10998 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
10999 | | _update_completion_state |
11000 | | self._current_completion_state = |
11001 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11002 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11003 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11004 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11005 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11006 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11007 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11008 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11009 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11010 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11011 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11012 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11013 | | _complete_path_impl |
11014 | | if _maybe_path.exists(): |
11015 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11016 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11017 | | self.stat() |
11018 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11019 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11020 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11021 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11022 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11023 | | |
11024 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11025 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11026 | | |
11027 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11028 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11029 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11030 | | |
11031 | | See log for complete Python traceback. |
11032 | | |
11033 | | Traceback (most recent call last): |
11034 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11035 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11036 | | self._update_completion_state(False) |
11037 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11038 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11039 | | _update_completion_state |
11040 | | self._current_completion_state = |
11041 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11042 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11043 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11044 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11045 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11046 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11047 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11048 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11049 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11050 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11051 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11052 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11053 | | _complete_path_impl |
11054 | | if _maybe_path.exists(): |
11055 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11056 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11057 | | self.stat() |
11058 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11059 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11060 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11061 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11062 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11063 | | |
11064 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11065 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11066 | | |
11067 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11068 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11069 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11070 | | |
11071 | | See log for complete Python traceback. |
11072 | | |
11073 | | Traceback (most recent call last): |
11074 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11075 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11076 | | self._update_completion_state(False) |
11077 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11078 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11079 | | _update_completion_state |
11080 | | self._current_completion_state = |
11081 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11082 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11083 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11084 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11085 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11086 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11087 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11088 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11089 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11090 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11091 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11092 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11093 | | _complete_path_impl |
11094 | | if _maybe_path.exists(): |
11095 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11096 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11097 | | self.stat() |
11098 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11099 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11100 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11101 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11102 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11103 | | |
11104 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11105 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11106 | | |
11107 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11108 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11109 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11110 | | |
11111 | | See log for complete Python traceback. |
11112 | | |
11113 | | Traceback (most recent call last): |
11114 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11115 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11116 | | self._update_completion_state(False) |
11117 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11118 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11119 | | _update_completion_state |
11120 | | self._current_completion_state = |
11121 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11122 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11123 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11124 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11125 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11126 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11127 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11128 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11129 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11130 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11131 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11132 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11133 | | _complete_path_impl |
11134 | | if _maybe_path.exists(): |
11135 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11136 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11137 | | self.stat() |
11138 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11139 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11140 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11141 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11142 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11143 | | |
11144 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11145 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11146 | | |
11147 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11148 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11149 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11150 | | |
11151 | | See log for complete Python traceback. |
11152 | | |
11153 | | Traceback (most recent call last): |
11154 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11155 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11156 | | self._update_completion_state(False) |
11157 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11158 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11159 | | _update_completion_state |
11160 | | self._current_completion_state = |
11161 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11162 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11163 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11164 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11165 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11166 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11167 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11168 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11169 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11170 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11171 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11172 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11173 | | _complete_path_impl |
11174 | | if _maybe_path.exists(): |
11175 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11176 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11177 | | self.stat() |
11178 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11179 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11180 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11181 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11182 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11183 | | |
11184 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11185 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11186 | | |
11187 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11188 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11189 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11190 | | |
11191 | | See log for complete Python traceback. |
11192 | | |
11193 | | Traceback (most recent call last): |
11194 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11195 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11196 | | self._update_completion_state(False) |
11197 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11198 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11199 | | _update_completion_state |
11200 | | self._current_completion_state = |
11201 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11202 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11203 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11204 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11205 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11206 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11207 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11208 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11209 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11210 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11211 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11212 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11213 | | _complete_path_impl |
11214 | | if _maybe_path.exists(): |
11215 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11216 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11217 | | self.stat() |
11218 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11219 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11220 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11221 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11222 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11223 | | |
11224 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11225 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11226 | | |
11227 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11228 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11229 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11230 | | |
11231 | | See log for complete Python traceback. |
11232 | | |
11233 | | Traceback (most recent call last): |
11234 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11235 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11236 | | self._update_completion_state(False) |
11237 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11238 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11239 | | _update_completion_state |
11240 | | self._current_completion_state = |
11241 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11242 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11243 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11244 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11245 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11246 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11247 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11248 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11249 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11250 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11251 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11252 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11253 | | _complete_path_impl |
11254 | | if _maybe_path.exists(): |
11255 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11256 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11257 | | self.stat() |
11258 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11259 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11260 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11261 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11262 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11263 | | |
11264 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11265 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11266 | | |
11267 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11268 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11269 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11270 | | |
11271 | | See log for complete Python traceback. |
11272 | | |
11273 | | Traceback (most recent call last): |
11274 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11275 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11276 | | self._update_completion_state(False) |
11277 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11278 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11279 | | _update_completion_state |
11280 | | self._current_completion_state = |
11281 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11282 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11283 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11284 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11285 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11286 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11287 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11288 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11289 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11290 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11291 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11292 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11293 | | _complete_path_impl |
11294 | | if _maybe_path.exists(): |
11295 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11296 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11297 | | self.stat() |
11298 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11299 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11300 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11301 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11302 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11303 | | |
11304 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11305 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11306 | | |
11307 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11308 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11309 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11310 | | |
11311 | | See log for complete Python traceback. |
11312 | | |
11313 | | Traceback (most recent call last): |
11314 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11315 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11316 | | self._update_completion_state(False) |
11317 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11318 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11319 | | _update_completion_state |
11320 | | self._current_completion_state = |
11321 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11322 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11323 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11324 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11325 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11326 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11327 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11328 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11329 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11330 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11331 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11332 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11333 | | _complete_path_impl |
11334 | | if _maybe_path.exists(): |
11335 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11336 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11337 | | self.stat() |
11338 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11339 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11340 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11341 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11342 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11343 | | |
11344 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11345 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11346 | | |
11347 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11348 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11349 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11350 | | |
11351 | | See log for complete Python traceback. |
11352 | | |
11353 | | Traceback (most recent call last): |
11354 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11355 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11356 | | self._update_completion_state(False) |
11357 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11358 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11359 | | _update_completion_state |
11360 | | self._current_completion_state = |
11361 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11362 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11363 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11364 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11365 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11366 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11367 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11368 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11369 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11370 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11371 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11372 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11373 | | _complete_path_impl |
11374 | | if _maybe_path.exists(): |
11375 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11376 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11377 | | self.stat() |
11378 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11379 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11380 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11381 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11382 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11383 | | |
11384 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11385 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11386 | | |
11387 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11388 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11389 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11390 | | |
11391 | | See log for complete Python traceback. |
11392 | | |
11393 | | Traceback (most recent call last): |
11394 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11395 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11396 | | self._update_completion_state(False) |
11397 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11398 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11399 | | _update_completion_state |
11400 | | self._current_completion_state = |
11401 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11402 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11403 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11404 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11405 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11406 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11407 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11408 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11409 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11410 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11411 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11412 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11413 | | _complete_path_impl |
11414 | | if _maybe_path.exists(): |
11415 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11416 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11417 | | self.stat() |
11418 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11419 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11420 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11421 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11422 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11423 | | |
11424 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11425 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11426 | | |
11427 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11428 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11429 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11430 | | |
11431 | | See log for complete Python traceback. |
11432 | | |
11433 | | Traceback (most recent call last): |
11434 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11435 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11436 | | self._update_completion_state(False) |
11437 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11438 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11439 | | _update_completion_state |
11440 | | self._current_completion_state = |
11441 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11442 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11443 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11444 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11445 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11446 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11447 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11448 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11449 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11450 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11451 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11452 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11453 | | _complete_path_impl |
11454 | | if _maybe_path.exists(): |
11455 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11456 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11457 | | self.stat() |
11458 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11459 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11460 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11461 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11462 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11463 | | |
11464 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11465 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11466 | | |
11467 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11468 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11469 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11470 | | |
11471 | | See log for complete Python traceback. |
11472 | | |
11473 | | Traceback (most recent call last): |
11474 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11475 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11476 | | self._update_completion_state(False) |
11477 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11478 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11479 | | _update_completion_state |
11480 | | self._current_completion_state = |
11481 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11482 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11483 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11484 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11485 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11486 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11487 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11488 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11489 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11490 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11491 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11492 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11493 | | _complete_path_impl |
11494 | | if _maybe_path.exists(): |
11495 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11496 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11497 | | self.stat() |
11498 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11499 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11500 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11501 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11502 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11503 | | |
11504 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11505 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11506 | | |
11507 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11508 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11509 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11510 | | |
11511 | | See log for complete Python traceback. |
11512 | | |
11513 | | Traceback (most recent call last): |
11514 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11515 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11516 | | self._update_completion_state(False) |
11517 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11518 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11519 | | _update_completion_state |
11520 | | self._current_completion_state = |
11521 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11522 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11523 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11524 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11525 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11526 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11527 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11528 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11529 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11530 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11531 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11532 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11533 | | _complete_path_impl |
11534 | | if _maybe_path.exists(): |
11535 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11536 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11537 | | self.stat() |
11538 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11539 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11540 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11541 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11542 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11543 | | |
11544 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11545 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11546 | | |
11547 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11548 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11549 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11550 | | |
11551 | | See log for complete Python traceback. |
11552 | | |
11553 | | Traceback (most recent call last): |
11554 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11555 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11556 | | self._update_completion_state(False) |
11557 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11558 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11559 | | _update_completion_state |
11560 | | self._current_completion_state = |
11561 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11562 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11563 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11564 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11565 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11566 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11567 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11568 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11569 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11570 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11571 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11572 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11573 | | _complete_path_impl |
11574 | | if _maybe_path.exists(): |
11575 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11576 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11577 | | self.stat() |
11578 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11579 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11580 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11581 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11582 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11583 | | |
11584 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11585 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11586 | | |
11587 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11588 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11589 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11590 | | |
11591 | | See log for complete Python traceback. |
11592 | | |
11593 | | Traceback (most recent call last): |
11594 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11595 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11596 | | self._update_completion_state(False) |
11597 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11598 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11599 | | _update_completion_state |
11600 | | self._current_completion_state = |
11601 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11602 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11603 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11604 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11605 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11606 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11607 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11608 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11609 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11610 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11611 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11612 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11613 | | _complete_path_impl |
11614 | | if _maybe_path.exists(): |
11615 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11616 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11617 | | self.stat() |
11618 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11619 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11620 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11621 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11622 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11623 | | |
11624 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11625 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11626 | | |
11627 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11628 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11629 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11630 | | |
11631 | | See log for complete Python traceback. |
11632 | | |
11633 | | Traceback (most recent call last): |
11634 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11635 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11636 | | self._update_completion_state(False) |
11637 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11638 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11639 | | _update_completion_state |
11640 | | self._current_completion_state = |
11641 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11642 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11643 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11644 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11645 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11646 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11647 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11648 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11649 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11650 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11651 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11652 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11653 | | _complete_path_impl |
11654 | | if _maybe_path.exists(): |
11655 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11656 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11657 | | self.stat() |
11658 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11659 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11660 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11661 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11662 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11663 | | |
11664 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11665 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11666 | | |
11667 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11668 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11669 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11670 | | |
11671 | | See log for complete Python traceback. |
11672 | | |
11673 | | Traceback (most recent call last): |
11674 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11675 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11676 | | self._update_completion_state(False) |
11677 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11678 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11679 | | _update_completion_state |
11680 | | self._current_completion_state = |
11681 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11682 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11683 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11684 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11685 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11686 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11687 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11688 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11689 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11690 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11691 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11692 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11693 | | _complete_path_impl |
11694 | | if _maybe_path.exists(): |
11695 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11696 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11697 | | self.stat() |
11698 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11699 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11700 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11701 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11702 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11703 | | |
11704 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11705 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11706 | | |
11707 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11708 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11709 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11710 | | |
11711 | | See log for complete Python traceback. |
11712 | | |
11713 | | Traceback (most recent call last): |
11714 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11715 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11716 | | self._update_completion_state(False) |
11717 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11718 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11719 | | _update_completion_state |
11720 | | self._current_completion_state = |
11721 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11722 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11723 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11724 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11725 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11726 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11727 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11728 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11729 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11730 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11731 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11732 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11733 | | _complete_path_impl |
11734 | | if _maybe_path.exists(): |
11735 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11736 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11737 | | self.stat() |
11738 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11739 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11740 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11741 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11742 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11743 | | |
11744 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11745 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11746 | | |
11747 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11748 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11749 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11750 | | |
11751 | | See log for complete Python traceback. |
11752 | | |
11753 | | Traceback (most recent call last): |
11754 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11755 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11756 | | self._update_completion_state(False) |
11757 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11758 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11759 | | _update_completion_state |
11760 | | self._current_completion_state = |
11761 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11762 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11763 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11764 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11765 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11766 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11767 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11768 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11769 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11770 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11771 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11772 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11773 | | _complete_path_impl |
11774 | | if _maybe_path.exists(): |
11775 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11776 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11777 | | self.stat() |
11778 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11779 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11780 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11781 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11782 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11783 | | |
11784 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11785 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11786 | | |
11787 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11788 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11789 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11790 | | |
11791 | | See log for complete Python traceback. |
11792 | | |
11793 | | Traceback (most recent call last): |
11794 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11795 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11796 | | self._update_completion_state(False) |
11797 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11798 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11799 | | _update_completion_state |
11800 | | self._current_completion_state = |
11801 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11802 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11803 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11804 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11805 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11806 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11807 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11808 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11809 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11810 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11811 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11812 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11813 | | _complete_path_impl |
11814 | | if _maybe_path.exists(): |
11815 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11816 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11817 | | self.stat() |
11818 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11819 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11820 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11821 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11822 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11823 | | |
11824 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11825 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11826 | | |
11827 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11828 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11829 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11830 | | |
11831 | | See log for complete Python traceback. |
11832 | | |
11833 | | Traceback (most recent call last): |
11834 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11835 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11836 | | self._update_completion_state(False) |
11837 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11838 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11839 | | _update_completion_state |
11840 | | self._current_completion_state = |
11841 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11842 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11843 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11844 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11845 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11846 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11847 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11848 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11849 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11850 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11851 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11852 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11853 | | _complete_path_impl |
11854 | | if _maybe_path.exists(): |
11855 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11856 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11857 | | self.stat() |
11858 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11859 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11860 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11861 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11862 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11863 | | |
11864 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11865 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11866 | | |
11867 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11868 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11869 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11870 | | |
11871 | | See log for complete Python traceback. |
11872 | | |
11873 | | Traceback (most recent call last): |
11874 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11875 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11876 | | self._update_completion_state(False) |
11877 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11878 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11879 | | _update_completion_state |
11880 | | self._current_completion_state = |
11881 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11882 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11883 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11884 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11885 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11886 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11887 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11888 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11889 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11890 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11891 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11892 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11893 | | _complete_path_impl |
11894 | | if _maybe_path.exists(): |
11895 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11896 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11897 | | self.stat() |
11898 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11899 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11900 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11901 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11902 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11903 | | |
11904 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11905 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11906 | | |
11907 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11908 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11909 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11910 | | |
11911 | | See log for complete Python traceback. |
11912 | | |
11913 | | Traceback (most recent call last): |
11914 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11915 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11916 | | self._update_completion_state(False) |
11917 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11918 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11919 | | _update_completion_state |
11920 | | self._current_completion_state = |
11921 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11922 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11923 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11924 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11925 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11926 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11927 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11928 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11929 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11930 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11931 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11932 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11933 | | _complete_path_impl |
11934 | | if _maybe_path.exists(): |
11935 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11936 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11937 | | self.stat() |
11938 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11939 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11940 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11941 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11942 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11943 | | |
11944 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11945 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11946 | | |
11947 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11948 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11949 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11950 | | |
11951 | | See log for complete Python traceback. |
11952 | | |
11953 | | Traceback (most recent call last): |
11954 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11955 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11956 | | self._update_completion_state(False) |
11957 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11958 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11959 | | _update_completion_state |
11960 | | self._current_completion_state = |
11961 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
11962 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11963 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11964 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
11965 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
11966 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11967 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11968 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
11969 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
11970 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11971 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11972 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
11973 | | _complete_path_impl |
11974 | | if _maybe_path.exists(): |
11975 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11976 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
11977 | | self.stat() |
11978 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11979 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11980 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11981 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11982 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11983 | | |
11984 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
11985 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
11986 | | |
11987 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
11988 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
11989 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
11990 | | |
11991 | | See log for complete Python traceback. |
11992 | | |
11993 | | Traceback (most recent call last): |
11994 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11995 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
11996 | | self._update_completion_state(False) |
11997 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
11998 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
11999 | | _update_completion_state |
12000 | | self._current_completion_state = |
12001 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12002 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12003 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12004 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12005 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12006 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12007 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12008 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12009 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12010 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12011 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12012 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12013 | | _complete_path_impl |
12014 | | if _maybe_path.exists(): |
12015 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12016 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12017 | | self.stat() |
12018 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12019 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12020 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12021 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12022 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12023 | | |
12024 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12025 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12026 | | |
12027 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12028 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12029 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12030 | | |
12031 | | See log for complete Python traceback. |
12032 | | |
12033 | | Traceback (most recent call last): |
12034 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12035 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12036 | | self._update_completion_state(False) |
12037 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12038 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12039 | | _update_completion_state |
12040 | | self._current_completion_state = |
12041 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12042 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12043 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12044 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12045 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12046 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12047 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12048 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12049 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12050 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12051 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12052 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12053 | | _complete_path_impl |
12054 | | if _maybe_path.exists(): |
12055 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12056 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12057 | | self.stat() |
12058 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12059 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12060 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12061 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12062 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12063 | | |
12064 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12065 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12066 | | |
12067 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12068 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12069 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12070 | | |
12071 | | See log for complete Python traceback. |
12072 | | |
12073 | | Traceback (most recent call last): |
12074 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12075 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12076 | | self._update_completion_state(False) |
12077 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12078 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12079 | | _update_completion_state |
12080 | | self._current_completion_state = |
12081 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12082 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12083 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12084 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12085 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12086 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12087 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12088 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12089 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12090 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12091 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12092 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12093 | | _complete_path_impl |
12094 | | if _maybe_path.exists(): |
12095 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12096 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12097 | | self.stat() |
12098 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12099 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12100 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12101 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12102 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12103 | | |
12104 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12105 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12106 | | |
12107 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12108 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12109 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12110 | | |
12111 | | See log for complete Python traceback. |
12112 | | |
12113 | | Traceback (most recent call last): |
12114 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12115 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12116 | | self._update_completion_state(False) |
12117 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12118 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12119 | | _update_completion_state |
12120 | | self._current_completion_state = |
12121 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12122 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12123 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12124 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12125 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12126 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12127 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12128 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12129 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12130 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12131 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12132 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12133 | | _complete_path_impl |
12134 | | if _maybe_path.exists(): |
12135 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12136 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12137 | | self.stat() |
12138 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12139 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12140 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12141 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12142 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12143 | | |
12144 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12145 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12146 | | |
12147 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12148 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12149 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12150 | | |
12151 | | See log for complete Python traceback. |
12152 | | |
12153 | | Traceback (most recent call last): |
12154 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12155 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12156 | | self._update_completion_state(False) |
12157 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12158 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12159 | | _update_completion_state |
12160 | | self._current_completion_state = |
12161 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12162 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12163 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12164 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12165 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12166 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12167 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12168 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12169 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12170 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12171 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12172 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12173 | | _complete_path_impl |
12174 | | if _maybe_path.exists(): |
12175 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12176 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12177 | | self.stat() |
12178 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12179 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12180 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12181 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12182 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12183 | | |
12184 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12185 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12186 | | |
12187 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12188 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12189 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12190 | | |
12191 | | See log for complete Python traceback. |
12192 | | |
12193 | | Traceback (most recent call last): |
12194 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12195 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12196 | | self._update_completion_state(False) |
12197 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12198 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12199 | | _update_completion_state |
12200 | | self._current_completion_state = |
12201 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12202 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12203 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12204 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12205 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12206 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12207 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12208 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12209 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12210 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12211 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12212 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12213 | | _complete_path_impl |
12214 | | if _maybe_path.exists(): |
12215 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12216 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12217 | | self.stat() |
12218 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12219 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12220 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12221 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12222 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12223 | | |
12224 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12225 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12226 | | |
12227 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12228 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12229 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12230 | | |
12231 | | See log for complete Python traceback. |
12232 | | |
12233 | | Traceback (most recent call last): |
12234 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12235 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12236 | | self._update_completion_state(False) |
12237 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12238 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12239 | | _update_completion_state |
12240 | | self._current_completion_state = |
12241 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12242 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12243 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12244 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12245 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12246 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12247 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12248 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12249 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12250 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12251 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12252 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12253 | | _complete_path_impl |
12254 | | if _maybe_path.exists(): |
12255 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12256 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12257 | | self.stat() |
12258 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12259 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12260 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12261 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12262 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12263 | | |
12264 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12265 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12266 | | |
12267 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12268 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12269 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12270 | | |
12271 | | See log for complete Python traceback. |
12272 | | |
12273 | | Traceback (most recent call last): |
12274 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12275 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12276 | | self._update_completion_state(False) |
12277 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12278 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12279 | | _update_completion_state |
12280 | | self._current_completion_state = |
12281 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12282 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12283 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12284 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12285 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12286 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12287 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12288 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12289 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12290 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12291 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12292 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12293 | | _complete_path_impl |
12294 | | if _maybe_path.exists(): |
12295 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12296 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12297 | | self.stat() |
12298 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12299 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12300 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12301 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12302 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12303 | | |
12304 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12305 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12306 | | |
12307 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12308 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12309 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12310 | | |
12311 | | See log for complete Python traceback. |
12312 | | |
12313 | | Traceback (most recent call last): |
12314 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12315 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12316 | | self._update_completion_state(False) |
12317 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12318 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12319 | | _update_completion_state |
12320 | | self._current_completion_state = |
12321 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12322 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12323 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12324 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12325 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12326 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12327 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12328 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12329 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12330 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12331 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12332 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12333 | | _complete_path_impl |
12334 | | if _maybe_path.exists(): |
12335 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12336 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12337 | | self.stat() |
12338 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12339 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12340 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12341 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12342 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12343 | | |
12344 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12345 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12346 | | |
12347 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12348 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12349 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12350 | | |
12351 | | See log for complete Python traceback. |
12352 | | |
12353 | | Traceback (most recent call last): |
12354 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12355 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12356 | | self._update_completion_state(False) |
12357 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12358 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12359 | | _update_completion_state |
12360 | | self._current_completion_state = |
12361 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12362 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12363 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12364 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12365 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12366 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12367 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12368 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12369 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12370 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12371 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12372 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12373 | | _complete_path_impl |
12374 | | if _maybe_path.exists(): |
12375 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12376 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12377 | | self.stat() |
12378 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12379 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12380 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12381 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12382 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12383 | | |
12384 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12385 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12386 | | |
12387 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12388 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12389 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12390 | | |
12391 | | See log for complete Python traceback. |
12392 | | |
12393 | | Traceback (most recent call last): |
12394 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12395 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12396 | | self._update_completion_state(False) |
12397 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12398 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12399 | | _update_completion_state |
12400 | | self._current_completion_state = |
12401 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12402 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12403 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12404 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12405 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12406 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12407 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12408 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12409 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12410 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12411 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12412 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12413 | | _complete_path_impl |
12414 | | if _maybe_path.exists(): |
12415 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12416 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12417 | | self.stat() |
12418 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12419 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12420 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12421 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12422 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12423 | | |
12424 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12425 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12426 | | |
12427 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12428 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12429 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12430 | | |
12431 | | See log for complete Python traceback. |
12432 | | |
12433 | | Traceback (most recent call last): |
12434 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12435 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12436 | | self._update_completion_state(False) |
12437 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12438 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12439 | | _update_completion_state |
12440 | | self._current_completion_state = |
12441 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12442 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12443 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12444 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12445 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12446 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12447 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12448 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12449 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12450 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12451 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12452 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12453 | | _complete_path_impl |
12454 | | if _maybe_path.exists(): |
12455 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12456 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12457 | | self.stat() |
12458 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12459 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12460 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12461 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12462 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12463 | | |
12464 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12465 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12466 | | |
12467 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12468 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12469 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12470 | | |
12471 | | See log for complete Python traceback. |
12472 | | |
12473 | | Traceback (most recent call last): |
12474 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12475 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12476 | | self._update_completion_state(False) |
12477 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12478 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12479 | | _update_completion_state |
12480 | | self._current_completion_state = |
12481 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12482 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12483 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12484 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12485 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12486 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12487 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12488 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12489 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12490 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12491 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12492 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12493 | | _complete_path_impl |
12494 | | if _maybe_path.exists(): |
12495 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12496 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12497 | | self.stat() |
12498 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12499 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12500 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12501 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12502 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12503 | | |
12504 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12505 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12506 | | |
12507 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12508 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12509 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12510 | | |
12511 | | See log for complete Python traceback. |
12512 | | |
12513 | | Traceback (most recent call last): |
12514 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12515 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12516 | | self._update_completion_state(False) |
12517 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12518 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12519 | | _update_completion_state |
12520 | | self._current_completion_state = |
12521 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12522 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12523 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12524 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12525 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12526 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12527 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12528 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12529 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12530 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12531 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12532 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12533 | | _complete_path_impl |
12534 | | if _maybe_path.exists(): |
12535 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12536 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12537 | | self.stat() |
12538 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12539 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12540 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12541 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12542 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12543 | | |
12544 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12545 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12546 | | |
12547 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12548 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12549 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12550 | | |
12551 | | See log for complete Python traceback. |
12552 | | |
12553 | | Traceback (most recent call last): |
12554 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12555 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12556 | | self._update_completion_state(False) |
12557 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12558 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12559 | | _update_completion_state |
12560 | | self._current_completion_state = |
12561 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12562 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12563 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12564 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12565 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12566 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12567 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12568 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12569 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12570 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12571 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12572 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12573 | | _complete_path_impl |
12574 | | if _maybe_path.exists(): |
12575 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12576 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12577 | | self.stat() |
12578 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12579 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12580 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12581 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12582 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12583 | | |
12584 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12585 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12586 | | |
12587 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12588 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12589 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12590 | | |
12591 | | See log for complete Python traceback. |
12592 | | |
12593 | | Traceback (most recent call last): |
12594 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12595 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12596 | | self._update_completion_state(False) |
12597 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12598 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12599 | | _update_completion_state |
12600 | | self._current_completion_state = |
12601 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12602 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12603 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12604 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12605 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12606 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12607 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12608 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12609 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12610 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12611 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12612 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12613 | | _complete_path_impl |
12614 | | if _maybe_path.exists(): |
12615 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12616 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12617 | | self.stat() |
12618 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12619 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12620 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12621 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12622 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12623 | | |
12624 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12625 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12626 | | |
12627 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12628 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12629 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12630 | | |
12631 | | See log for complete Python traceback. |
12632 | | |
12633 | | Traceback (most recent call last): |
12634 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12635 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12636 | | self._update_completion_state(False) |
12637 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12638 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12639 | | _update_completion_state |
12640 | | self._current_completion_state = |
12641 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12642 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12643 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12644 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12645 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12646 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12647 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12648 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12649 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12650 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12651 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12652 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12653 | | _complete_path_impl |
12654 | | if _maybe_path.exists(): |
12655 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12656 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12657 | | self.stat() |
12658 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12659 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12660 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12661 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12662 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12663 | | |
12664 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12665 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12666 | | |
12667 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12668 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12669 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12670 | | |
12671 | | See log for complete Python traceback. |
12672 | | |
12673 | | Traceback (most recent call last): |
12674 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12675 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12676 | | self._update_completion_state(False) |
12677 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12678 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12679 | | _update_completion_state |
12680 | | self._current_completion_state = |
12681 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12682 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12683 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12684 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12685 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12686 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12687 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12688 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12689 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12690 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12691 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12692 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12693 | | _complete_path_impl |
12694 | | if _maybe_path.exists(): |
12695 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12696 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12697 | | self.stat() |
12698 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12699 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12700 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12701 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12702 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12703 | | |
12704 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12705 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12706 | | |
12707 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12708 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12709 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12710 | | |
12711 | | See log for complete Python traceback. |
12712 | | |
12713 | | Traceback (most recent call last): |
12714 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12715 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12716 | | self._update_completion_state(False) |
12717 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12718 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12719 | | _update_completion_state |
12720 | | self._current_completion_state = |
12721 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12722 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12723 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12724 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12725 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12726 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12727 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12728 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12729 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12730 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12731 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12732 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12733 | | _complete_path_impl |
12734 | | if _maybe_path.exists(): |
12735 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12736 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12737 | | self.stat() |
12738 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12739 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12740 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12741 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12742 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12743 | | |
12744 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12745 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12746 | | |
12747 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12748 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12749 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12750 | | |
12751 | | See log for complete Python traceback. |
12752 | | |
12753 | | Traceback (most recent call last): |
12754 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12755 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12756 | | self._update_completion_state(False) |
12757 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12758 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12759 | | _update_completion_state |
12760 | | self._current_completion_state = |
12761 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12762 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12763 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12764 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12765 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12766 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12767 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12768 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12769 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12770 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12771 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12772 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12773 | | _complete_path_impl |
12774 | | if _maybe_path.exists(): |
12775 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12776 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12777 | | self.stat() |
12778 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12779 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12780 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12781 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12782 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12783 | | |
12784 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12785 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12786 | | |
12787 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12788 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12789 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12790 | | |
12791 | | See log for complete Python traceback. |
12792 | | |
12793 | | Traceback (most recent call last): |
12794 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12795 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12796 | | self._update_completion_state(False) |
12797 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12798 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12799 | | _update_completion_state |
12800 | | self._current_completion_state = |
12801 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12802 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12803 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12804 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12805 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12806 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12807 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12808 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12809 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12810 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12811 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12812 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12813 | | _complete_path_impl |
12814 | | if _maybe_path.exists(): |
12815 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12816 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12817 | | self.stat() |
12818 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12819 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12820 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12821 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12822 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12823 | | |
12824 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12825 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12826 | | |
12827 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12828 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12829 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12830 | | |
12831 | | See log for complete Python traceback. |
12832 | | |
12833 | | Traceback (most recent call last): |
12834 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12835 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12836 | | self._update_completion_state(False) |
12837 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12838 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12839 | | _update_completion_state |
12840 | | self._current_completion_state = |
12841 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12842 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12843 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12844 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12845 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12846 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12847 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12848 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12849 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12850 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12851 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12852 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12853 | | _complete_path_impl |
12854 | | if _maybe_path.exists(): |
12855 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12856 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12857 | | self.stat() |
12858 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12859 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12860 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12861 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12862 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12863 | | |
12864 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12865 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12866 | | |
12867 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12868 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12869 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12870 | | |
12871 | | See log for complete Python traceback. |
12872 | | |
12873 | | Traceback (most recent call last): |
12874 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12875 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12876 | | self._update_completion_state(False) |
12877 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12878 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12879 | | _update_completion_state |
12880 | | self._current_completion_state = |
12881 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12882 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12883 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12884 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12885 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12886 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12887 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12888 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12889 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12890 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12891 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12892 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12893 | | _complete_path_impl |
12894 | | if _maybe_path.exists(): |
12895 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12896 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12897 | | self.stat() |
12898 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12899 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12900 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12901 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12902 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12903 | | |
12904 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12905 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12906 | | |
12907 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12908 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12909 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12910 | | |
12911 | | See log for complete Python traceback. |
12912 | | |
12913 | | Traceback (most recent call last): |
12914 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12915 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12916 | | self._update_completion_state(False) |
12917 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12918 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12919 | | _update_completion_state |
12920 | | self._current_completion_state = |
12921 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12922 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12923 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12924 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12925 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12926 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12927 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12928 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12929 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12930 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12931 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12932 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12933 | | _complete_path_impl |
12934 | | if _maybe_path.exists(): |
12935 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12936 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12937 | | self.stat() |
12938 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12939 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12940 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12941 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12942 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12943 | | |
12944 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12945 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12946 | | |
12947 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12948 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12949 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12950 | | |
12951 | | See log for complete Python traceback. |
12952 | | |
12953 | | Traceback (most recent call last): |
12954 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12955 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12956 | | self._update_completion_state(False) |
12957 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12958 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12959 | | _update_completion_state |
12960 | | self._current_completion_state = |
12961 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
12962 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12963 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12964 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
12965 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
12966 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12967 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12968 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
12969 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
12970 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12971 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12972 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
12973 | | _complete_path_impl |
12974 | | if _maybe_path.exists(): |
12975 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12976 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
12977 | | self.stat() |
12978 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12979 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12980 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12981 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12982 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12983 | | |
12984 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
12985 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
12986 | | |
12987 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
12988 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
12989 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
12990 | | |
12991 | | See log for complete Python traceback. |
12992 | | |
12993 | | Traceback (most recent call last): |
12994 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12995 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
12996 | | self._update_completion_state(False) |
12997 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
12998 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
12999 | | _update_completion_state |
13000 | | self._current_completion_state = |
13001 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
13002 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13003 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13004 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
13005 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
13006 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13007 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13008 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
13009 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
13010 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13011 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13012 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
13013 | | _complete_path_impl |
13014 | | if _maybe_path.exists(): |
13015 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13016 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
13017 | | self.stat() |
13018 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13019 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13020 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13021 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13022 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13023 | | |
13024 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13025 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13026 | | |
13027 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13028 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13029 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13030 | | |
13031 | | See log for complete Python traceback. |
13032 | | |
13033 | | Traceback (most recent call last): |
13034 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13035 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
13036 | | self._update_completion_state(False) |
13037 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13038 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
13039 | | _update_completion_state |
13040 | | self._current_completion_state = |
13041 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
13042 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13043 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13044 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
13045 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
13046 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13047 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13048 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
13049 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
13050 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13051 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13052 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
13053 | | _complete_path_impl |
13054 | | if _maybe_path.exists(): |
13055 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13056 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
13057 | | self.stat() |
13058 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13059 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13060 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13061 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13062 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13063 | | |
13064 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13065 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13066 | | |
13067 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13068 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13069 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13070 | | |
13071 | | See log for complete Python traceback. |
13072 | | |
13073 | | Traceback (most recent call last): |
13074 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13075 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
13076 | | self._update_completion_state(False) |
13077 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13078 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
13079 | | _update_completion_state |
13080 | | self._current_completion_state = |
13081 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
13082 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13083 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13084 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
13085 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
13086 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13087 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13088 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
13089 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
13090 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13091 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13092 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
13093 | | _complete_path_impl |
13094 | | if _maybe_path.exists(): |
13095 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13096 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
13097 | | self.stat() |
13098 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13099 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13100 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13101 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13102 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13103 | | |
13104 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13105 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13106 | | |
13107 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13108 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13109 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13110 | | |
13111 | | See log for complete Python traceback. |
13112 | | |
13113 | | Traceback (most recent call last): |
13114 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13115 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
13116 | | self._update_completion_state(False) |
13117 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13118 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
13119 | | _update_completion_state |
13120 | | self._current_completion_state = |
13121 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
13122 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13123 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13124 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
13125 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
13126 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13127 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13128 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
13129 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
13130 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13131 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13132 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
13133 | | _complete_path_impl |
13134 | | if _maybe_path.exists(): |
13135 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13136 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
13137 | | self.stat() |
13138 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13139 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13140 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13141 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13142 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13143 | | |
13144 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13145 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13146 | | |
13147 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13148 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13149 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13150 | | |
13151 | | See log for complete Python traceback. |
13152 | | |
13153 | | Traceback (most recent call last): |
13154 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13155 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
13156 | | self._update_completion_state(False) |
13157 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13158 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
13159 | | _update_completion_state |
13160 | | self._current_completion_state = |
13161 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
13162 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13163 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13164 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
13165 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
13166 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13167 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13168 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
13169 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
13170 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13171 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13172 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
13173 | | _complete_path_impl |
13174 | | if _maybe_path.exists(): |
13175 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13176 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
13177 | | self.stat() |
13178 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13179 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13180 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13181 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13182 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13183 | | |
13184 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13185 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13186 | | |
13187 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13188 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13189 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13190 | | |
13191 | | See log for complete Python traceback. |
13192 | | |
13193 | | Traceback (most recent call last): |
13194 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13195 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
13196 | | self._update_completion_state(False) |
13197 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13198 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
13199 | | _update_completion_state |
13200 | | self._current_completion_state = |
13201 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
13202 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13203 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13204 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
13205 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
13206 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13207 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13208 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
13209 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
13210 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13211 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13212 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
13213 | | _complete_path_impl |
13214 | | if _maybe_path.exists(): |
13215 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13216 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
13217 | | self.stat() |
13218 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13219 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13220 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13221 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13222 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13223 | | |
13224 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13225 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13226 | | |
13227 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13228 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13229 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13230 | | |
13231 | | See log for complete Python traceback. |
13232 | | |
13233 | | Traceback (most recent call last): |
13234 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13235 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
13236 | | self._update_completion_state(False) |
13237 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13238 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
13239 | | _update_completion_state |
13240 | | self._current_completion_state = |
13241 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
13242 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13243 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13244 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
13245 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
13246 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13247 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13248 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
13249 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
13250 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13251 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13252 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
13253 | | _complete_path_impl |
13254 | | if _maybe_path.exists(): |
13255 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13256 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
13257 | | self.stat() |
13258 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13259 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13260 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13261 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13262 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13263 | | |
13264 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13265 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13266 | | |
13267 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13268 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13269 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13270 | | |
13271 | | See log for complete Python traceback. |
13272 | | |
13273 | | Traceback (most recent call last): |
13274 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13275 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
13276 | | self._update_completion_state(False) |
13277 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13278 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
13279 | | _update_completion_state |
13280 | | self._current_completion_state = |
13281 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
13282 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13283 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13284 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
13285 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
13286 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13287 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13288 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
13289 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
13290 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13291 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13292 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
13293 | | _complete_path_impl |
13294 | | if _maybe_path.exists(): |
13295 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13296 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
13297 | | self.stat() |
13298 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13299 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13300 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13301 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13302 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13303 | | |
13304 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13305 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13306 | | |
13307 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13308 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13309 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13310 | | |
13311 | | See log for complete Python traceback. |
13312 | | |
13313 | | Traceback (most recent call last): |
13314 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13315 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
13316 | | self._update_completion_state(False) |
13317 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13318 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
13319 | | _update_completion_state |
13320 | | self._current_completion_state = |
13321 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
13322 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13323 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13324 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
13325 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
13326 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13327 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13328 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
13329 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
13330 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13331 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13332 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
13333 | | _complete_path_impl |
13334 | | if _maybe_path.exists(): |
13335 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13336 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
13337 | | self.stat() |
13338 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13339 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13340 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13341 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13342 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13343 | | |
13344 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13345 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13346 | | |
13347 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13348 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13349 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13350 | | |
13351 | | See log for complete Python traceback. |
13352 | | |
13353 | | Traceback (most recent call last): |
13354 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13355 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
13356 | | self._update_completion_state(False) |
13357 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13358 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
13359 | | _update_completion_state |
13360 | | self._current_completion_state = |
13361 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
13362 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13363 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13364 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
13365 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
13366 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13367 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13368 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
13369 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
13370 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13371 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13372 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
13373 | | _complete_path_impl |
13374 | | if _maybe_path.exists(): |
13375 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13376 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
13377 | | self.stat() |
13378 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13379 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13380 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13381 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13382 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13383 | | |
13384 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13385 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13386 | | |
13387 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13388 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13389 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13390 | | |
13391 | | See log for complete Python traceback. |
13392 | | |
13393 | | Traceback (most recent call last): |
13394 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13395 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
13396 | | self._update_completion_state(False) |
13397 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13398 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
13399 | | _update_completion_state |
13400 | | self._current_completion_state = |
13401 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
13402 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13403 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13404 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
13405 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
13406 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13407 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13408 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
13409 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
13410 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13411 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13412 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
13413 | | _complete_path_impl |
13414 | | if _maybe_path.exists(): |
13415 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13416 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
13417 | | self.stat() |
13418 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13419 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13420 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13421 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13422 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13423 | | |
13424 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13425 | | '/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13426 | | |
13427 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13428 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13429 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13430 | | |
13431 | | See log for complete Python traceback. |
13432 | | |
13433 | | Traceback (most recent call last): |
13434 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13435 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
13436 | | self._update_completion_state(False) |
13437 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13438 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
13439 | | _update_completion_state |
13440 | | self._current_completion_state = |
13441 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
13442 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13443 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13444 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
13445 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
13446 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13447 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13448 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
13449 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
13450 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13451 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13452 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
13453 | | _complete_path_impl |
13454 | | if _maybe_path.exists(): |
13455 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13456 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
13457 | | self.stat() |
13458 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13459 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13460 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13461 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13462 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13463 | | |
13464 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13465 | | '/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
13466 | | |
13467 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13468 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13469 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13470 | | |
13471 | | See log for complete Python traceback. |
13472 | | |
13473 | | Traceback (most recent call last): |
13474 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13475 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed |
13476 | | self._update_completion_state(False) |
13477 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13478 | | packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in |
13479 | | _update_completion_state |
13480 | | self._current_completion_state = |
13481 | | list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText()) |
13482 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13483 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13484 | | packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list |
13485 | | if state := complete_path(last_word, current_command): |
13486 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13487 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13488 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path |
13489 | | if completions := _complete_path_impl(last_word): |
13490 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13491 | | File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site- |
13492 | | packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in |
13493 | | _complete_path_impl |
13494 | | if _maybe_path.exists(): |
13495 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13496 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists |
13497 | | self.stat() |
13498 | | File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat |
13499 | | return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks) |
13500 | | ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ |
13501 | | OSError: [Errno 36] File name too long: |
13502 | | '/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333' |
| 4820 | [deleted to fit within ticket limits] |
| 4821 | |