![[ChimeraX Issue Tracking System]](/trac/ChimeraX/chrome/site/ChimeraX-icon.svg){kind=icon}
Opened 3 months ago
Last modified 3 months ago
#18189 assigned defect
CliX: path completion: File name too long
| Reported by: | Owned by: | Hanjin Liu | |
|---|---|---|---|
| Priority: | normal | Milestone: | |
| Component: | Third Party | Version: | |
| Keywords: | Cc: | ||
| Blocked By: | Blocking: | ||
| Notify when closed: | Platform: | all | |
| Project: | ChimeraX |
Description (last modified by )
The following bug report has been submitted:
Platform: Linux-6.11.0-29-generic-x86_64-with-glibc2.39
ChimeraX Version: 1.10 (2025-06-26 08:57:52 UTC)
Description
Replace this text with list of actions that caused this problem to occur
Log:
UCSF ChimeraX version: 1.10 (2025-06-26)
© 2016-2025 Regents of the University of California. All rights reserved.
> open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/BIAS-
> COMPARE_complement_receptors_combined_session_202507141148.cxs
Log from Mon Jul 14 11:48:33 2025UCSF ChimeraX version: 1.9 (2024-12-11)
© 2016-2024 Regents of the University of California. All rights reserved.
> open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/BIAS-
> COMPARE_complement_receptors_combined_session_includeMap_20250708.cxs
Opened 02_Density_mC3a-mC3aR-Go as #28, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.00189, step 1, values float32
Opened 04_Density_mC5a-mC5aR1-Go as #29, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.0832, step 1, values float32
Opened 05_Density_hTLQP-mC3aR-Go as #30, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.0224, step 1, values float32
Opened 06_Density_mTLQP-mC3aR-Go as #31, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.00881, step 1, values float32
Opened 07_Density_EP67-hC5aR1-Go as #32, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0103, step 1, values float32
Opened 08_Density_EP67-mC5aR1-Go as #33, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0112, step 1, values float32
Opened 09_Density_EP67-hC3aR-Go as #34, grid size 256,256,256, pixel 1.28,
shown at level 0.0376, step 1, values float32
Opened 10_Density_EP67-mC3aR-Go as #35, grid size 256,256,256, pixel 1.28,
shown at level 0.00751, step 1, values float32
Opened 11_Density_JR14A-hC3aR-Go as #36, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0278, step 1, values float32
Opened 12_Density_JR14-mC3aR-Go as #37, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0446, step 1, values float32
Opened 13_Density_SB-hC3aR-Go_Overall as #38, grid size 220,220,220, pixel
1.06, shown at level 0.0197, step 1, values float32
Opened 14_Density_mC5a-hC5aR1-Go as #39, grid size 360,360,360, pixel 0.92,
shown at level 0.0758, step 1, values float32
Opened 17_Density_mC5adesArg-mC5aR1-Go as #40, grid size 256,256,256, pixel
1.29, shown at level 0.0149, step 1, values float32
Opened 18_Density_hC5adesArg-mC5aR1-Go as #41, grid size 288,288,288, pixel
1.15, shown at level 0.0294, step 1, values float32
Opened 24_Density_C5aPep-hC5aR1-Go as #43, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.134, step 1, values float32
Opened 25_Density_EP54-hC5aR1-Go as #45, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.103, step 1, values float32
Opened 26_Density_EP54-mC3aR-Go as #47, grid size 216,216,216, pixel 1.51,
shown at level 0.0146, step 1, values float32
Log from Tue Jul 8 18:54:09 2025UCSF ChimeraX version: 1.9 (2024-12-11)
© 2016-2024 Regents of the University of California. All rights reserved.
> open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/complement_receptors_combined_session_includeMap_20250509.cxs
Opened 02_Density_mC3a-mC3aR-Go as #28, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.00189, step 1, values float32
Opened 04_Density_mC5a-mC5aR1-Go as #29, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.0832, step 1, values float32
Opened 05_Density_hTLQP-mC3aR-Go as #30, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.0224, step 1, values float32
Opened 06_Density_mTLQP-mC3aR-Go as #31, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.00881, step 1, values float32
Opened 07_Density_EP67-hC5aR1-Go as #32, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0103, step 1, values float32
Opened 08_Density_EP67-mC5aR1-Go as #33, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0112, step 1, values float32
Opened 09_Density_EP67-hC3aR-Go as #34, grid size 256,256,256, pixel 1.28,
shown at level 0.0376, step 1, values float32
Opened 10_Density_EP67-mC3aR-Go as #35, grid size 256,256,256, pixel 1.28,
shown at level 0.00751, step 1, values float32
Opened 11_Density_JR14A-hC3aR-Go as #36, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0278, step 1, values float32
Opened 12_Density_JR14-mC3aR-Go as #37, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0446, step 1, values float32
Opened 13_Density_SB-hC3aR-Go_Overall as #38, grid size 220,220,220, pixel
1.06, shown at level 0.0197, step 1, values float32
Opened 14_Density_mC5a-hC5aR1-Go as #39, grid size 360,360,360, pixel 0.92,
shown at level 0.0758, step 1, values float32
Opened 17_Density_mC5adesArg-mC5aR1-Go as #40, grid size 256,256,256, pixel
1.29, shown at level 0.0149, step 1, values float32
Opened 18_Density_hC5adesArg-mC5aR1-Go as #41, grid size 288,288,288, pixel
1.15, shown at level 0.0294, step 1, values float32
Opened 24_Density_C5aPep-hC5aR1-Go as #43, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.134, step 1, values float32
Opened 25_Density_EP54-hC5aR1-Go as #45, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.103, step 1, values float32
Opened 26_Density_EP54-mC3aR-Go as #47, grid size 216,216,216, pixel 1.51,
shown at level 0.0146, step 1, values float32
Log from Fri May 9 23:39:40 2025UCSF ChimeraX version: 1.9 (2024-12-11)
© 2016-2024 Regents of the University of California. All rights reserved.
> open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/complement_receptors_combined_session_includeMap_20250503.cxs
Opened 02_Density_mC3a-mC3aR-Go as #28, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.00189, step 1, values float32
Opened 04_Density_mC5a-mC5aR1-Go as #29, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.0832, step 1, values float32
Opened 05_Density_hTLQP-mC3aR-Go as #30, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.0224, step 1, values float32
Opened 06_Density_mTLQP-mC3aR-Go as #31, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.00881, step 1, values float32
Opened 07_Density_EP67-hC5aR1-Go as #32, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0103, step 1, values float32
Opened 08_Density_EP67-mC5aR1-Go as #33, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0112, step 1, values float32
Opened 09_Density_EP67-hC3aR-Go as #34, grid size 256,256,256, pixel 1.28,
shown at level 0.0376, step 1, values float32
Opened 10_Density_EP67-mC3aR-Go as #35, grid size 256,256,256, pixel 1.28,
shown at level 0.00751, step 1, values float32
Opened 11_Density_JR14A-hC3aR-Go as #36, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0278, step 1, values float32
Opened 12_Density_JR14-mC3aR-Go as #37, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0446, step 1, values float32
Opened 13_Density_SB-hC3aR-Go_Overall as #38, grid size 220,220,220, pixel
1.06, shown at level 0.0197, step 1, values float32
Opened 14_Density_mC5a-hC5aR1-Go as #39, grid size 360,360,360, pixel 0.92,
shown at level 0.0758, step 1, values float32
Opened 17_Density_mC5adesArg-mC5aR1-Go as #40, grid size 256,256,256, pixel
1.29, shown at level 0.0149, step 1, values float32
Opened 18_Density_hC5adesArg-mC5aR1-Go as #41, grid size 288,288,288, pixel
1.15, shown at level 0.0294, step 1, values float32
Opened 24_Density_C5aPep-hC5aR1-Go as #43, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.134, step 1, values float32
Opened 25_Density_EP54-hC5aR1-Go as #45, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.103, step 1, values float32
Opened 26_Density_EP54-mC3aR-Go as #47, grid size 216,216,216, pixel 1.51,
shown at level 0.0146, step 1, values float32
Log from Sat May 3 13:21:43 2025UCSF ChimeraX version: 1.9 (2024-12-11)
© 2016-2024 Regents of the University of California. All rights reserved.
> open /lab_nas/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/complement_receptors_combined_session_includeMap_20250428.cxs
Opened 02_Density_mC3a-mC3aR-Go as #28, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.00189, step 1, values float32
Opened 04_Density_mC5a-mC5aR1-Go as #29, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.0832, step 1, values float32
Opened 05_Density_hTLQP-mC3aR-Go as #30, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.0224, step 1, values float32
Opened 06_Density_mTLQP-mC3aR-Go as #31, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.00881, step 1, values float32
Opened 07_Density_EP67-hC5aR1-Go as #32, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0103, step 1, values float32
Opened 08_Density_EP67-mC5aR1-Go as #33, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0112, step 1, values float32
Opened 09_Density_EP67-hC3aR-Go as #34, grid size 256,256,256, pixel 1.28,
shown at level 0.0376, step 1, values float32
Opened 10_Density_EP67-mC3aR-Go as #35, grid size 256,256,256, pixel 1.28,
shown at level 0.00751, step 1, values float32
Opened 11_Density_JR14A-hC3aR-Go as #36, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0278, step 1, values float32
Opened 12_Density_JR14-mC3aR-Go as #37, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0446, step 1, values float32
Opened 13_Density_SB-hC3aR-Go_Overall as #38, grid size 220,220,220, pixel
1.06, shown at level 0.0197, step 1, values float32
Opened 14_Density_mC5a-hC5aR1-Go as #39, grid size 360,360,360, pixel 0.92,
shown at level 0.0758, step 1, values float32
Opened 17_Density_mC5adesArg-mC5aR1-Go as #40, grid size 256,256,256, pixel
1.29, shown at level 0.0149, step 1, values float32
Opened 18_Density_hC5adesArg-mC5aR1-Go as #41, grid size 288,288,288, pixel
1.15, shown at level 0.0294, step 1, values float32
Opened 24_Density_C5aPep-hC5aR1-Go as #43, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.134, step 1, values float32
Opened 25_Density_EP54-hC5aR1-Go as #45, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.103, step 1, values float32
Opened 26_Density_EP54-mC3aR-Go as #47, grid size 216,216,216, pixel 1.51,
shown at level 0.0146, step 1, values float32
Log from Mon Apr 28 11:32:03 2025UCSF ChimeraX version: 1.9 (2024-12-11)
© 2016-2024 Regents of the University of California. All rights reserved.
> open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/complement_receptors_combined_session_includeMap_20250410.cxs
Opened 02_Density_mC3a-mC3aR-Go as #28, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.00189, step 1, values float32
Opened 04_Density_mC5a-mC5aR1-Go as #29, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.0832, step 1, values float32
Opened 05_Density_hTLQP-mC3aR-Go as #30, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.0224, step 1, values float32
Opened 06_Density_mTLQP-mC3aR-Go as #31, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.00881, step 1, values float32
Opened 07_Density_EP67-hC5aR1-Go as #32, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0103, step 1, values float32
Opened 08_Density_EP67-mC5aR1-Go as #33, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0112, step 1, values float32
Opened 09_Density_EP67-hC3aR-Go as #34, grid size 256,256,256, pixel 1.28,
shown at level 0.0376, step 1, values float32
Opened 10_Density_EP67-mC3aR-Go as #35, grid size 256,256,256, pixel 1.28,
shown at level 0.00751, step 1, values float32
Opened 11_Density_JR14A-hC3aR-Go as #36, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0278, step 1, values float32
Opened 12_Density_JR14-mC3aR-Go as #37, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0446, step 1, values float32
Opened 13_Density_SB-hC3aR-Go_Overall as #38, grid size 220,220,220, pixel
1.06, shown at level 0.0197, step 1, values float32
Opened 14_Density_mC5a-hC5aR1-Go as #39, grid size 360,360,360, pixel 0.92,
shown at level 0.0758, step 1, values float32
Opened 17_Density_mC5adesArg-mC5aR1-Go as #40, grid size 256,256,256, pixel
1.29, shown at level 0.0149, step 1, values float32
Opened 18_Density_hC5adesArg-mC5aR1-Go as #41, grid size 288,288,288, pixel
1.15, shown at level 0.0294, step 1, values float32
Opened 24_Density_C5aPep-hC5aR1-Go as #43, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.12, step 1, values float32
Opened 25_Density_EP54-hC5aR1-Go as #45, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0809, step 1, values float32
Log from Thu Apr 10 18:17:16 2025UCSF ChimeraX version: 1.9 (2024-12-11)
© 2016-2024 Regents of the University of California. All rights reserved.
> open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/complement_receptors_combined_session_includeMap_20250410.cxs
Opened 02_Density_mC3a-mC3aR-Go as #28, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.00189, step 1, values float32
Opened 04_Density_mC5a-mC5aR1-Go as #29, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.0832, step 1, values float32
Opened 05_Density_hTLQP-mC3aR-Go as #30, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.0224, step 1, values float32
Opened 06_Density_mTLQP-mC3aR-Go as #31, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.00881, step 1, values float32
Opened 07_Density_EP67-hC5aR1-Go as #32, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0103, step 1, values float32
Opened 08_Density_EP67-mC5aR1-Go as #33, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0112, step 1, values float32
Opened 09_Density_EP67-hC3aR-Go as #34, grid size 256,256,256, pixel 1.28,
shown at level 0.0376, step 1, values float32
Opened 10_Density_EP67-mC3aR-Go as #35, grid size 256,256,256, pixel 1.28,
shown at level 0.00751, step 1, values float32
Opened 11_Density_JR14A-hC3aR-Go as #36, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0278, step 1, values float32
Opened 12_Density_JR14-mC3aR-Go as #37, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0446, step 1, values float32
Opened 13_Density_SB-hC3aR-Go_Overall as #38, grid size 220,220,220, pixel
1.06, shown at level 0.0197, step 1, values float32
Opened 14_Density_mC5a-hC5aR1-Go as #39, grid size 360,360,360, pixel 0.92,
shown at level 0.0758, step 1, values float32
Opened 17_Density_mC5adesArg-mC5aR1-Go as #40, grid size 256,256,256, pixel
1.29, shown at level 0.0149, step 1, values float32
Opened 18_Density_hC5adesArg-mC5aR1-Go as #41, grid size 288,288,288, pixel
1.15, shown at level 0.0294, step 1, values float32
Opened 24_Density_C5aPep-hC5aR1-Go as #43, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.12, step 1, values float32
Opened 25_Density_EP54-hC5aR1-Go as #45, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0809, step 1, values float32
Log from Thu Apr 10 17:11:05 2025UCSF ChimeraX version: 1.9 (2024-12-11)
© 2016-2024 Regents of the University of California. All rights reserved.
> open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/complement_receptors_combined_session_includeMap.cxs
Opened 02_Density_mC3a-mC3aR-Go as #28, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.00189, step 1, values float32
Opened 04_Density_mC5a-mC5aR1-Go as #29, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.0832, step 1, values float32
Opened 05_Density_hTLQP-mC3aR-Go as #30, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.0224, step 1, values float32
Opened 06_Density_mTLQP-mC3aR-Go as #31, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.00881, step 1, values float32
Opened 07_Density_EP67-hC5aR1-Go as #32, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0103, step 1, values float32
Opened 08_Density_EP67-mC5aR1-Go as #33, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0112, step 1, values float32
Opened 09_Density_EP67-hC3aR-Go as #34, grid size 256,256,256, pixel 1.28,
shown at level 0.0376, step 1, values float32
Opened 10_Density_EP67-mC3aR-Go as #35, grid size 256,256,256, pixel 1.28,
shown at level 0.00751, step 1, values float32
Opened 11_Density_JR14A-hC3aR-Go as #36, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0278, step 1, values float32
Opened 12_Density_JR14-mC3aR-Go as #37, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0446, step 1, values float32
Opened 13_Density_SB-hC3aR-Go_Overall as #38, grid size 220,220,220, pixel
1.06, shown at level 0.0197, step 1, values float32
Opened 14_Density_mC5a-hC5aR1-Go as #39, grid size 360,360,360, pixel 0.92,
shown at level 0.0758, step 1, values float32
Opened 17_Density_mC5adesArg-mC5aR1-Go as #40, grid size 256,256,256, pixel
1.29, shown at level 0.0149, step 1, values float32
Opened 18_Density_hC5adesArg-mC5aR1-Go as #41, grid size 288,288,288, pixel
1.15, shown at level 0.0294, step 1, values float32
Not registering illegal selector name "JR-SB_PI(V)F"
Log from Sat Mar 15 15:38:25 2025UCSF ChimeraX version: 1.9 (2024-12-11)
© 2016-2024 Regents of the University of California. All rights reserved.
> open "/nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/combined_session_Fig2_moreCorrect (copy).cxs"
Opened 02_Density_mC3a-mC3aR-Go as #28, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.00189, step 1, values float32
Opened 04_Density_mC5a-mC5aR1-Go as #29, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.0832, step 1, values float32
Opened 05_Density_hTLQP-mC3aR-Go as #30, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.0224, step 1, values float32
Opened 06_Density_mTLQP-mC3aR-Go as #31, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.00881, step 1, values float32
Opened 07_Density_EP67-hC5aR1-Go as #32, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0103, step 1, values float32
Opened 08_Density_EP67-mC5aR1-Go as #33, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0112, step 1, values float32
Opened 09_Density_EP67-hC3aR-Go as #34, grid size 256,256,256, pixel 1.28,
shown at level 0.0376, step 1, values float32
Opened 10_Density_EP67-mC3aR-Go as #35, grid size 256,256,256, pixel 1.28,
shown at level 0.00751, step 1, values float32
Opened 11_Density_JR14A-hC3aR-Go as #36, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0278, step 1, values float32
Opened 12_Density_JR14-mC3aR-Go as #37, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0446, step 1, values float32
Opened 13_Density_SB-hC3aR-Go_Overall as #38, grid size 220,220,220, pixel
1.06, shown at level 0.0197, step 1, values float32
Opened 14_Density_mC5a-hC5aR1-Go as #39, grid size 360,360,360, pixel 0.92,
shown at level 0.0758, step 1, values float32
Opened 17_Density_mC5adesArg-mC5aR1-Go as #40, grid size 256,256,256, pixel
1.29, shown at level 0.0149, step 1, values float32
Opened 18_Density_hC5adesArg-mC5aR1-Go as #41, grid size 288,288,288, pixel
1.15, shown at level 0.0294, step 1, values float32
Not registering illegal selector name "JR-SB_PI(V)F"
Log from Tue Feb 11 12:29:50 2025UCSF ChimeraX version: 1.9 (2024-12-11)
© 2016-2024 Regents of the University of California. All rights reserved.
> open "/nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/combined_session_Fig2_moreCorrect (copy).cxs"
Opened 02_Density_mC3a-mC3aR-Go as #28, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.00189, step 1, values float32
Opened 04_Density_mC5a-mC5aR1-Go as #29, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.0832, step 1, values float32
Opened 05_Density_hTLQP-mC3aR-Go as #30, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.0224, step 1, values float32
Opened 06_Density_mTLQP-mC3aR-Go as #31, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.00881, step 1, values float32
Opened 07_Density_EP67-hC5aR1-Go as #32, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0103, step 1, values float32
Opened 08_Density_EP67-mC5aR1-Go as #33, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0112, step 1, values float32
Opened 09_Density_EP67-hC3aR-Go as #34, grid size 256,256,256, pixel 1.28,
shown at level 0.0376, step 1, values float32
Opened 10_Density_EP67-mC3aR-Go as #35, grid size 256,256,256, pixel 1.28,
shown at level 0.00751, step 1, values float32
Opened 11_Density_JR14A-hC3aR-Go as #36, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0278, step 1, values float32
Opened 12_Density_JR14-mC3aR-Go as #37, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0446, step 1, values float32
Opened 13_Density_SB-hC3aR-Go_Overall as #38, grid size 220,220,220, pixel
1.06, shown at level 0.0197, step 1, values float32
Opened 14_Density_mC5a-hC5aR1-Go as #39, grid size 360,360,360, pixel 0.92,
shown at level 0.0758, step 1, values float32
Opened 17_Density_mC5adesArg-mC5aR1-Go as #40, grid size 256,256,256, pixel
1.29, shown at level 0.0149, step 1, values float32
Opened 18_Density_hC5adesArg-mC5aR1-Go as #41, grid size 288,288,288, pixel
1.15, shown at level 0.0294, step 1, values float32
Not registering illegal selector name "JR-SB_PI(V)F"
Log from Tue Feb 4 13:08:16 2025UCSF ChimeraX version: 1.9 (2024-12-11)
© 2016-2024 Regents of the University of California. All rights reserved.
> open /run/user/1000/gvfs/smb-
> share:server=172.26.183.142,share=storage1/figures_prep/Version_1/Models-
> Maps-Complement-Fingerprint_Final/combined_session_Fig2_moreCorrect.cxs
Opened 02_Density_mC3a-mC3aR-Go as #28, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.142, step 1, values float32
Opened 04_Density_mC5a-mC5aR1-Go as #29, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.124, step 1, values float32
Opened 05_Density_hTLQP-mC3aR-Go as #30, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.0898, step 1, values float32
Opened 06_Density_mTLQP-mC3aR-Go as #31, grid size 256,256,256, pixel 1.29,
shown at level 0.0821, step 1, values float32
Opened 07_Density_EP67-hC5aR1-Go as #32, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0887, step 1, values float32
Opened 08_Density_EP67-mC5aR1-Go as #33, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0822, step 1, values float32
Opened 09_Density_EP67-hC3aR-Go as #34, grid size 256,256,256, pixel 1.28,
shown at level 0.0878, step 1, values float32
Opened 10_Density_EP67-mC3aR-Go as #35, grid size 256,256,256, pixel 1.28,
shown at level 0.143, step 1, values float32
Opened 11_Density_JR14A-hC3aR-Go as #36, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.0443, step 1, values float32
Opened 12_Density_JR14-mC3aR-Go as #37, grid size 256,256,256, pixel 1.21,
shown at level 0.131, step 1, values float32
Opened 13_Density_SB-hC3aR-Go_Overall as #38, grid size 220,220,220, pixel
1.06, shown at level 0.0744, step 1, values float32
Opened 14_Density_mC5a-hC5aR1-Go as #39, grid size 360,360,360, pixel 0.92,
shown at level 0.117, step 1, values float32
Opened 17_Density_mC5adesArg-mC5aR1-Go as #40, grid size 256,256,256, pixel
1.29, shown at level 0.112, step 1, values float32
Opened 18_Density_hC5adesArg-mC5aR1-Go as #41, grid size 288,288,288, pixel
1.15, shown at level 0.112, step 2, values float32
Not registering illegal selector name "JR-SB_PI(V)F"
Log from Mon Feb 3 23:49:44 2025UCSF ChimeraX version: 1.9 (2024-12-11)
© 2016-2024 Regents of the University of California. All rights reserved.
> open /run/user/1000/gvfs/smb-
> share:server=172.26.183.142,share=storage1/figures_prep/Version_1/Models-
> Maps-Complement-Fingerprint_Final/combined_session_Fig2_moreCorrect.cxs
Not registering illegal selector name "JR-SB_PI(V)F"
Log from Mon Feb 3 12:53:14 2025UCSF ChimeraX version: 1.9 (2024-12-11)
© 2016-2024 Regents of the University of California. All rights reserved.
> open /run/user/1000/gvfs/smb-
> share:server=172.26.183.142,share=storage1/figures_prep/Version_1/Models-
> Maps-Complement-Fingerprint_Final/combined_session.cxs
Not registering illegal selector name "JR-SB_PI(V)F"
Log from Thu Jan 23 00:45:36 2025
> undo
> view list
Named views: C3a-angle_03_EP67, C3a_angle_01, C3a_angle_02,
EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomOut,
EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomOut,
H8_overall, H8_zoomed, JR14-SB_NPxxY, hC3a-JR14-SB_DR(C)Y, hC3a-JR14-SB_TM6,
hC3a-JR14-SB_TM7, hC5a-hC5aR1-simulation, hC5adesArg-hC5aR1-simulation,
hTLQP_angle_01, hTLQP_angle_02, hook_01, hook_02, view_01, view_02
> view JR14-SB_NPxxY
> name list
EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8 #7/A:272-315 #9/C:408-450
GRK2_Helix #26/G:2-20
JR14-SB_NPxxY #1,11,13/C:431,432,435
NTSR1-GRK #26/G:2-20 #26/R
all_lig #1/D #14/D #3/D #4/F #5/D #6/D #7/D #8/D #9/D #10/D #11/C:JR1
#12/C:JR1 #13/A:LIG
all_lig_recep #1/D #2/D #3/D #4/F #5/D #6/D #7/D #8/D #9/D #10/D #11/C:JR1
#12/C:JR1 #13/A:LIG #1/C #2/E #3/A #4/A #5/C #6/E #7/A #8/A #9/C #10/C #11/C
#12/E #13/C
all_recep #1/C #2/E #3/A #4/A #5/C #6/E #7/A #8/A #9/C #10/C #11/C #12/E #13/C
hC3a-JR14-SB_TM6 #1,11,13/C:371-404
hC3a-JR14-SB_TM7 #1,11,13/C:406-439
> name JR14-SB_NPxxY
JR14-SB_NPxxY #1,11,13/C:431,432,435
> select clear
> name JR14-SB_NPxxY
JR14-SB_NPxxY #1,11,13/C:431,432,435
> select JR14-SB_NPxxY
81 atoms, 81 bonds, 9 residues, 3 models selected
> show sel atoms
> color sel byhetero
> select clear
> view list
Named views: C3a-angle_03_EP67, C3a_angle_01, C3a_angle_02,
EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomOut,
EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomOut,
H8_overall, H8_zoomed, JR14-SB_NPxxY, hC3a-JR14-SB_DR(C)Y, hC3a-JR14-SB_TM6,
hC3a-JR14-SB_TM7, hC5a-hC5aR1-simulation, hC5adesArg-hC5aR1-simulation,
hTLQP_angle_01, hTLQP_angle_02, hook_01, hook_02, view_01, view_02
> view JR14-SB_NPxxY
> select #1,11,13/C:389,390,392
81 atoms, 84 bonds, 9 residues, 3 models selected
> name JR14-SB_CWxP #1,11,13/C:389,390,392
> hide sel atoms
> select clear
> view JR14-SB_NPxxY
> view name JR14-SB_NPxxY
> save "/nfs_storage/figures_prep/Version 1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/Fig4_Images/06E_hC3a-JR14-SB_NPxxY.png" width 2000 height
> 1075 supersample 4 transparentBackground true
> save "/nfs_storage/figures_prep/Version 1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/combined_session.cxs"
> name list
EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8 #7/A:272-315 #9/C:408-450
GRK2_Helix #26/G:2-20
JR14-SB_CWxP #1,11,13/C:389,390,392
JR14-SB_NPxxY #1,11,13/C:431,432,435
NTSR1-GRK #26/G:2-20 #26/R
all_lig #1/D #14/D #3/D #4/F #5/D #6/D #7/D #8/D #9/D #10/D #11/C:JR1
#12/C:JR1 #13/A:LIG
all_lig_recep #1/D #2/D #3/D #4/F #5/D #6/D #7/D #8/D #9/D #10/D #11/C:JR1
#12/C:JR1 #13/A:LIG #1/C #2/E #3/A #4/A #5/C #6/E #7/A #8/A #9/C #10/C #11/C
#12/E #13/C
all_recep #1/C #2/E #3/A #4/A #5/C #6/E #7/A #8/A #9/C #10/C #11/C #12/E #13/C
hC3a-JR14-SB_TM6 #1,11,13/C:371-404
hC3a-JR14-SB_TM7 #1,11,13/C:406-439
> select JR14-SB_CWxP
81 atoms, 84 bonds, 9 residues, 3 models selected
> select clear
> select #1/D:76
5 atoms, 4 bonds, 1 residue, 1 model selected
> select add #1/D:77
17 atoms, 15 bonds, 2 residues, 1 model selected
> select add #1/D:74
21 atoms, 18 bonds, 3 residues, 1 model selected
> hide sel cartoons
> select JR14-SB_CWxP
81 atoms, 84 bonds, 9 residues, 3 models selected
> show sel atoms
> color sel byhetero
> select clear
> view name JR14-SB_CWxP
> save "/nfs_storage/figures_prep/Version 1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/Fig4_Images/06E_hC3a-JR14-SB_CWxP.png" width 2000 height
> 1271 supersample 4 transparentBackground true
> select JR14-SB_CWxP
81 atoms, 84 bonds, 9 residues, 3 models selected
> hide sel cartoons
> select JR14-SB_NPxxY
81 atoms, 81 bonds, 9 residues, 3 models selected
> hide sel atoms
> undo
[Repeated 2 time(s)]
> hide sel atoms
> select JR14-SB_NPxxY
81 atoms, 81 bonds, 9 residues, 3 models selected
> hide sel atoms
> select clear
Drag select of 54 residues
> select up
422 atoms, 429 bonds, 64 residues, 1 model selected
> select up
469 atoms, 477 bonds, 70 residues, 1 model selected
> hide sel cartoons
> select #1,11,13/C:348,110,386
75 atoms, 72 bonds, 9 residues, 3 models selected
> name JR-SB_PI(V)F #1,11,13/C:348,110,386
Not registering illegal selector name "JR-SB_PI(V)F"
> name JR-SB_PIF #1,11,13/C:348,110,386
> show sel atoms
> color sel byhetero
> select clear
> select JR14-SB_PIF
Expected an objects specifier or a keyword
> select JR-SB_PIF
75 atoms, 72 bonds, 9 residues, 3 models selected
> select #13/C:420
6 atoms, 5 bonds, 1 residue, 1 model selected
> select clear
> view name JR-SB_PIF
> save "/nfs_storage/figures_prep/Version 1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/Fig4_Images/06E_hC3a-JR14-SB_PI(V)F.png" width 2000 height
> 1271 supersample 4 transparentBackground true
> select clear
> select JR-SB_PIF
75 atoms, 72 bonds, 9 residues, 3 models selected
> hide sel atoms
> select clear
> select #1,11,13/C:92
33 atoms, 30 bonds, 3 residues, 3 models selected
> save "/nfs_storage/figures_prep/Version 1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/combined_session.cxs"
> select #1,11,17/C:78,102,340,393,417
97 atoms, 88 bonds, 11 residues, 3 models selected
> name panchMukhi5ptSwitch #1,11,17/C:78,102,340,393,417
> show sel & #!1,11 atoms
> color (#!1,11 & sel) byhetero
> transparency 0 target r
> select #1,11,13/C:78,102,340,393,417
135 atoms, 123 bonds, 15 residues, 3 models selected
> show sel atoms
> color sel byhetero
> name panchMukhi5ptSwitch #1,11,13/C:78,102,340,393,417
> select ~sel & ##selected
18777 atoms, 19220 bonds, 13 pseudobonds, 2544 residues, 6 models selected
> hide sel atoms
> hide sel cartoons
Drag select of 90 atoms, 15 residues, 78 bonds
> cofr sel
> view view_01
> view name topview
> select #1/D #11/C:JR1 #13/A:LIG
534 atoms, 545 bonds, 1 pseudobond, 72 residues, 4 models selected
> show sel atoms
> view topview
> select #1/C:73-77
40 atoms, 41 bonds, 5 residues, 1 model selected
> select #1/D:73-77
37 atoms, 36 bonds, 5 residues, 1 model selected
> select ~sel & ##selected
8580 atoms, 8773 bonds, 5 pseudobonds, 1178 residues, 2 models selected
> hide sel atoms
> select #1/D
469 atoms, 477 bonds, 1 pseudobond, 70 residues, 2 models selected
> show sel cartoons
> undo
> select #1/D:73-77
37 atoms, 36 bonds, 5 residues, 1 model selected
> show sel cartoons
> view topview
> save "/nfs_storage/figures_prep/Version 1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/Fig4_Images/06H_hC3a-JR14-SB_5ptSwitch_all.png" width 2000
> height 1223 supersample 4 transparentBackground true
> select clear
> save "/nfs_storage/figures_prep/Version 1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/Fig4_Images/06H_hC3a-JR14-SB_5ptSwitch_all.png" width 2000
> height 1223 supersample 4 transparentBackground true
> hide #!11 models
> show #!11 models
> hide #!13 models
> hide #!11 models
> show #!11 models
> name panchMukhi5ptSwitch
> #1/C:78,102,340,393,417,#11/C:78,102,340,393,417,13/C:78,102,340,393,417
"#1/C:78,102,340,393,417,#11/C:78,102,340,393,417,13/C:78,102,340,393,417":
only initial part "#1/C:78,102,340,393,417" of atom specifier valid
> show #!1,11 atoms
> undo
> select #1/C:78,102,340,393,417 #11/C:78,102,340,393,417
> #13/C:78,102,340,393,417
135 atoms, 123 bonds, 15 residues, 3 models selected
> name panchMukhi5ptSwitch #1/C:78,102,340,393,417 #11/C:78,102,340,393,417
> #13/C:78,102,340,393,417
> show sel & #!1,11 atoms
> select clear
> show #!2 models
> hide #!2 models
> show #!13 models
> save "/nfs_storage/figures_prep/Version 1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/Fig4_Images/06H_hC3a-JR14-SB_5ptSwitch_all.png" width 2000
> height 1223 supersample 4 transparentBackground true
> hide #!11 models
> hide #!13 models
> save "/nfs_storage/figures_prep/Version 1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/Fig4_Images/06I_hC3a-JR14-SB_5ptSwitch_hC3a.png" width
> 2000 height 1223 supersample 4 transparentBackground true
> hide #!1 models
> show #!11 models
> save "/nfs_storage/figures_prep/Version 1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/Fig4_Images/06J_hC3a-JR14-SB_5ptSwitch_JR14A.png" width
> 2000 height 1223 supersample 4 transparentBackground true
> show #!13 models
> hide #!11 models
> save "/nfs_storage/figures_prep/Version 1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/Fig4_Images/06K_hC3a-JR14-SB_5ptSwitch_JR14A.png" width
> 2000 height 1223 supersample 4 transparentBackground true
> save "/nfs_storage/figures_prep/Version 1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/combined_session.cxs"
——— End of log from Thu Jan 23 00:45:36 2025 ———
opened ChimeraX session
> hide #!13 models
> show #!1 models
> select #1/C
2056 atoms, 2114 bonds, 1 pseudobond, 277 residues, 2 models selected
> show sel cartoons
> select clear
> show #!1 cartoons
> select clear
> cartoon style modeHelix tube
> cartoon style modeHelix default
Drag select of 50 atoms, 1183 residues, 42 bonds
> cofr sel
> select clear
> show #!12 models
> show #!14 models
> hide #!12 models
> hide #!14 models
> show #!14 models
> hide #!1 models
> show #!14 cartoons
> show #!2 models
> show #!2,14 cartoons
> hide #!2 models
> show #!4 models
> show #!1 models
> hide #!1 models
> show #!2 models
> hide #!2 models
> hide #!4 models
> show #!4 models
> hide #!14 models
> hide #!4 models
> show #!5 models
> show #!4 models
> hide #!4 models
> show #!5 cartoons
> hide #!5 models
> show #!5 models
> hide #!5 models
> show #!6 models
> show #!6 cartoons
> show #!1 models
> hide #!1 models
> hide #!6 atoms
> show #!7 models
> hide #!6 models
> hide #!7 atoms
> show #!7 cartoons
> undo
[Repeated 1 time(s)]
> show #!7 cartoons
> show #!8 models
> hide #!7 models
> show #!8 cartoons
> show #!9 models
> hide #!8 models
> select clear
[Repeated 2 time(s)]
> select #9/D
87 atoms, 89 bonds, 10 residues, 1 model selected
> show sel atoms
> select clear
> show #!8 models
> hide #!8 models
> show #!8 models
> hide #!8 models
> show #!9 cartoons
> show #!10 models
> hide #!9 models
> select #10/D
87 atoms, 89 bonds, 10 residues, 1 model selected
> show sel atoms
> select clear
> show #!10 cartoons
> hide #!10 models
> show #!11 models
> show #!11 cartoons
> hide #!11 models
> show #!12 models
> show #!12 cartoons
> show #!13 models
> hide #!12 models
> show #!13 cartoons
[Repeated 1 time(s)]
> select clear
> show #!13 cartoons
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/combined_session.cxs
> open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/13_SB219057-hC3aR-Go/Overall/SB-hC3aR-Go-Overall-
> Rectified-RECTIFIED.pdb
Chain information for SB-hC3aR-Go-Overall-Rectified-RECTIFIED.pdb #27
---
Chain | Description
A | No description available
B | No description available
C | No description available
G | No description available
H | No description available
> hide #!13 models
> hide #!27 models
> show #!27 models
> show #!13 models
> rename #13 13_SB-hC3aR-Go_Focused
> rename #27 13_SB-hC3aR-Go_Overall
> hide #!13 models
> show #!13 models
> hide #!13 models
> hide #!27 atoms
> show #!27 cartoons
> show #!27 atoms
> style #!27 stick
Changed 8170 atom styles
> select #27/Z:LIG
30 atoms, 31 bonds, 1 residue, 1 model selected
> select clear
> ui tool show Matchmaker
> color #27/C #993366
> select #27/C
2127 atoms, 2184 bonds, 2 pseudobonds, 274 residues, 2 models selected
> hide sel atoms
> select clear
> matchmaker #27/C to #13/C pairing ss
Computing secondary structure
Parameters
---
Chain pairing | ss
Alignment algorithm | Needleman-Wunsch
Similarity matrix | BLOSUM-62
SS fraction | 0.3
Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6
Gap extend | 1
SS matrix | | | H | S | O
---|---|---|---
H | 6 | -9 | -6
S | | 6 | -6
O | | | 4
Iteration cutoff | 2
Matchmaker 13_SB-hC3aR-Go_Focused, chain C (#13) with 13_SB-hC3aR-Go_Overall,
chain C (#27), sequence alignment score = 1466.8
RMSD between 274 pruned atom pairs is 0.271 angstroms; (across all 274 pairs:
0.271)
Drag select of 1937 atoms, 497 residues, 2 pseudobonds, 1562 bonds
> select up
3580 atoms, 3608 bonds, 2 pseudobonds, 510 residues, 2 models selected
> select up
3643 atoms, 3682 bonds, 2 pseudobonds, 510 residues, 2 models selected
> select up
4494 atoms, 4572 bonds, 2 pseudobonds, 622 residues, 2 models selected
> select up
6013 atoms, 6136 bonds, 2 pseudobonds, 830 residues, 2 models selected
> select up
8170 atoms, 8351 bonds, 6 pseudobonds, 1105 residues, 2 models selected
> select up
8170 atoms, 8351 bonds, 6 pseudobonds, 1105 residues, 2 models selected
> select up
197971 atoms, 202307 bonds, 9 pseudobonds, 27084 residues, 28 models selected
> select up
197971 atoms, 202307 bonds, 9 pseudobonds, 27084 residues, 28 models selected
> select up
197971 atoms, 202307 bonds, 9 pseudobonds, 27084 residues, 28 models selected
> select up
197971 atoms, 202307 bonds, 9 pseudobonds, 27084 residues, 28 models selected
> select down
8170 atoms, 8351 bonds, 6 pseudobonds, 1105 residues, 2 models selected
> select clear
Drag select of 2570 atoms, 637 residues, 2 pseudobonds, 2101 bonds
> select up
4662 atoms, 4737 bonds, 2 pseudobonds, 650 residues, 2 models selected
> select up
4729 atoms, 4809 bonds, 2 pseudobonds, 650 residues, 2 models selected
> select up
5452 atoms, 5555 bonds, 2 pseudobonds, 751 residues, 2 models selected
> select up
6013 atoms, 6136 bonds, 2 pseudobonds, 830 residues, 2 models selected
> select up
8170 atoms, 8351 bonds, 6 pseudobonds, 1105 residues, 2 models selected
> select down
6013 atoms, 6136 bonds, 2 pseudobonds, 830 residues, 2 models selected
> hide sel atoms
> select clear
> show #!13 models
> hide #!13 models
> show #!13 models
> hide #!13 models
> matchmaker #27/C to #13/C pairing ss
Computing secondary structure
Parameters
---
Chain pairing | ss
Alignment algorithm | Needleman-Wunsch
Similarity matrix | BLOSUM-62
SS fraction | 0.3
Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6
Gap extend | 1
SS matrix | | | H | S | O
---|---|---|---
H | 6 | -9 | -6
S | | 6 | -6
O | | | 4
Iteration cutoff | 2
Matchmaker 13_SB-hC3aR-Go_Focused, chain C (#13) with 13_SB-hC3aR-Go_Overall,
chain C (#27), sequence alignment score = 1466.8
RMSD between 274 pruned atom pairs is 0.271 angstroms; (across all 274 pairs:
0.271)
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/combined_session.cxs
> color #27/Z:LIG #ffe100
> color #27 byhetero
> show #!18 models
> hide #!18 models
> hide #!27 models
> show #!19 models
> hide #!19 models
> show #!19 models
> show #!15 models
> hide #!19 models
> show #!15 cartoons
> select clear
> hide #!15 models
> show #!16 models
> show #!16 cartoons
> show #!18 models
> hide #!16 models
> show #!18 cartoons
> hide #!18 models
> show #!20 models
> show #!20 cartoons
> show #!27 models
> hide #!20 models
> show #!2 models
> hide #!27 models
> show #!27 models
> hide #!27 models
> hide #!2 models
> show #!27 models
> cartoon style width 1
> show #!26 models
> hide #!26 models
> select #2,4,5,7,8,9,10,11,12,15,16,18,20,27/H
23109 atoms, 23703 bonds, 25 pseudobonds, 3231 residues, 28 models selected
> show #!2 models
> show #!4 models
> show #!5 models
> show #!7 models
> show #!8 models
> show #!9 models
> show #!10 models
> show #!11 models
> show #!12 models
> show #!18 models
> show #!20 models
> show #!16 models
> show #!15 models
> color sel #666699
> hide #!15 models
> hide #!16 models
> show #!15 models
> show #!16 models
> select #6/G
360 atoms, 366 bonds, 56 residues, 1 model selected
> color sel #666699
> show #!6 models
> select #2,4,5,6,7,8,9,10,11,12,15,16,18,20,27/H
24742 atoms, 25380 bonds, 27 pseudobonds, 3461 residues, 30 models selected
> color sel #666699
> name ScFv_2014 #2,4,5,6,7,8,9,10,11,12,15,16,18,20,27/H
> select clear
> name list
EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8 #7/A:272-315 #9/C:408-450
GRK2_Helix #26/G:2-20
JR-SB_PIF #1,11,13/C:348,110,386
JR14-SB_CWxP #1,11,13/C:389,390,392
JR14-SB_NPxxY #1,11,13/C:431,432,435
NTSR1-GRK #26/G:2-20 #26/R
ScFv_2014 #2,4,5,6,7,8,9,10,11,12,15,16,18,20,27/H
all_lig #1/D #14/D #3/D #4/F #5/D #6/D #7/D #8/D #9/D #10/D #11/C:JR1
#12/C:JR1 #13/A:LIG
all_lig_recep #1/D #2/D #3/D #4/F #5/D #6/D #7/D #8/D #9/D #10/D #11/C:JR1
#12/C:JR1 #13/A:LIG #1/C #2/E #3/A #4/A #5/C #6/E #7/A #8/A #9/C #10/C #11/C
#12/E #13/C
all_recep #1/C #2/E #3/A #4/A #5/C #6/E #7/A #8/A #9/C #10/C #11/C #12/E #13/C
hC3a-JR14-SB_TM6 #1,11,13/C:371-404
hC3a-JR14-SB_TM7 #1,11,13/C:406-439
panchMukhi5ptSwitch #1/C:78,102,340,393,417 #11/C:78,102,340,393,417
#13/C:78,102,340,393,417
> color ScFv_2014 #c2c2d6
> select clear
> select #2,5,6,9,10,11,12,27/A, #4,7,8,15,16,18,20/B
Expected an objects specifier or a keyword
> select #2,5,6,9,10,11,12,27/A #4,7,8,15,16,18,20/B
23022 atoms, 23410 bonds, 32 pseudobonds, 3119 residues, 30 models selected
> name Go_2025 #2,5,6,9,10,11,12,27/A #4,7,8,15,16,18,20/B
> color Go_2025 #40bf40
> select clear
> select #2,4,5,9,10,11,12,27/B #4,7,8,15,16,18,20/C
35547 atoms, 36228 bonds, 2 pseudobonds, 4937 residues, 15 models selected
> name GBeta_2025 #2,4,5,9,10,11,12,27/B #4,7,8,15,16,18,20/C
> color GBeta_2025 #ffff00
> name GBeta_2025 #2,5,9,10,11,12,27/B #4,7,8,15,16,18,20/C
> color GBeta_2025 #ffff00
> color #4/B #40bf40
> select clear
[Repeated 1 time(s)]
> select #2,4,5,6,7,8,9,10,11,12,15,16,18,20,27/G
5671 atoms, 5761 bonds, 838 residues, 15 models selected
> select GGamma_2025 #2,4,5,6,7,8,9,10,11,12,15,16,18,20,27/G
Expected an objects specifier or a keyword
> name GGamma_2025 #2,4,5,6,7,8,9,10,11,12,15,16,18,20,27/G
> color GGamma_2025 #ffb3ff
> select clear
[Repeated 1 time(s)]
> color GGamma_2025 #1a1aff
> select clear
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/combined_session.cxs
> hide #!2 models
> hide #!4 models
> hide #!6 models
> hide #!7 models
> hide #!5 models
> hide #!8 models
> hide #!9 models
> hide #!10 models
> hide #!11 models
> show #!11 models
> hide #!12 models
> show #!13 models
> hide #!13 models
> hide #!11 models
> hide #!16 models
> hide #!15 models
> hide #!18 models
> hide #!20 models
> hide #!27 models
> show #!3 models
> hide #!3 models
> show #!1 models
> hide #!1 models
> show #!2 models
> show #!14 models
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/combined_session.cxs
——— End of log from Mon Feb 3 12:53:14 2025 ———
opened ChimeraX session
> show #!1 models
> hide #!2 models
> hide #!1 models
> show #!2 models
> hide #!14 models
> show #!14 models
> show #!1 models
> hide #!1 models
[deleted to fit within ticket limits]
> hide atoms
> hide ribbons
> show sel atoms
> style sel stick
Changed 372 atom styles
> show sel ribbons
> cofr sel
> view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM4
> surface zone #45 nearAtoms sel distance 2.05
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/25_EP54-hC5aR1-Go/supplementary_densities/25_EP54-hC5aR1-Go_TM4_sigma-0.184_zoneR-2.05_mesh_trans90_silht.png
> width 2000 height 1147 supersample 4 transparentBackground true
> select #42/D:196 #44/A:196
14 atoms, 12 bonds, 2 residues, 2 models selected
> select #42/D:196-231 #44/A:196-231
600 atoms, 614 bonds, 72 residues, 2 models selected
1 [ID: 1] region chains A,D [165-200] RMSD: 0.962
> view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM5
> hide atoms
> hide ribbons
> show sel atoms
> style sel stick
Changed 600 atom styles
> show sel ribbons
> cofr sel
> surface zone #45 nearAtoms sel distance 2.05
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/25_EP54-hC5aR1-Go/supplementary_densities/25_EP54-hC5aR1-Go_TM5_sigma-0.184_zoneR-2.05_mesh_trans90_silht.png
> width 2000 height 1147 supersample 4 transparentBackground true
> select #42/D:239-240 #44/A:239-240
32 atoms, 30 bonds, 4 residues, 2 models selected
> select #42/D:239-267 #44/A:239-267
468 atoms, 482 bonds, 58 residues, 2 models selected
1 [ID: 1] region chains A,D [208-236] RMSD: 0.392
> hide atoms
> hide ribbons
> show sel atoms
> style sel stick
Changed 468 atom styles
> show sel ribbons
> cofr sel
> view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM6
> surface zone #45 nearAtoms sel distance 2.05
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/25_EP54-hC5aR1-Go/supplementary_densities/25_EP54-hC5aR1-Go_TM6_sigma-0.184_zoneR-2.05_mesh_trans90_silht.png
> width 2000 height 1147 supersample 4 transparentBackground true
> select #42/D:272 #44/A:272
12 atoms, 10 bonds, 2 residues, 2 models selected
> select #42/D:272-303 #44/A:272-303
494 atoms, 504 bonds, 64 residues, 2 models selected
1 [ID: 1] region chains A,D [241-272] RMSD: 0.602
> view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM7
> hide atoms
> hide ribbons
> show sel atoms
> style sel stick
Changed 494 atom styles
> show sel ribbons
> cofr sel
> surface zone #45 nearAtoms sel distance 2.05
> surface zone #45 nearAtoms sel distance 1.96
> volume #45 level 0.09935
> surface zone #45 nearAtoms sel distance 2.29
> undo
> show sel & #!44 cartoons
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/25_EP54-hC5aR1-Go/supplementary_densities/25_EP54-hC5aR1-Go_TM7_sigma-0.0994_zoneR-2.29_mesh_trans90_silht.png
> width 2000 height 1147 supersample 4 transparentBackground true
> select #42/D:305 #44/A:305
18 atoms, 16 bonds, 2 residues, 2 models selected
> select #42/D:305-313 #44/A:305-313
152 atoms, 152 bonds, 18 residues, 2 models selected
1 [ID: 1] region chains A,D [274-282] RMSD: 1.994
> hide atoms
> hide ribbons
> show sel atoms
> style sel stick
Changed 152 atom styles
> show sel ribbons
> cofr sel
> surface zone #45 nearAtoms sel distance 2.29
> view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-H8
> volume #45 level 0.02542
> surface zone #45 nearAtoms sel distance 2.25
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/25_EP54-hC5aR1-Go/supplementary_densities/25_EP54-hC5aR1-Go_TM7_sigma-0.0254_zoneR-2.25_mesh_trans90_silht.png
> width 2000 height 1147 supersample 4 transparentBackground true
> show #44 cartoons
> select #44/B:350
4 atoms, 3 bonds, 1 residue, 1 model selected
> select up
156 atoms, 156 bonds, 21 residues, 1 model selected
> view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-a5
> hide atoms
> hide ribbons
> show sel atoms
> style sel stick
Changed 156 atom styles
> show sel ribbons
> cofr sel
> surface zone #45 nearAtoms sel distance 2.25
> volume #45 level 0.2176
> surface zone #45 nearAtoms sel distance 1.96
> surface zone #45 nearAtoms sel distance 1.9
[Repeated 1 time(s)]
> volume #45 level 0.2139
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/25_EP54-hC5aR1-Go/supplementary_densities/25_EP54-hC5aR1-Go_a5_sigma-0.214_zoneR-1.90_mesh_trans90_silht.png
> width 2000 height 1147 supersample 4 transparentBackground true
> show #44 cartoons
> select #44/B:8
9 atoms, 8 bonds, 1 residue, 1 model selected
> select up
145 atoms, 144 bonds, 23 residues, 1 model selected
> view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-aN
> surface zone #45 nearAtoms sel distance 1.9
> hide atoms
> hide ribbons
> show sel atoms
> style sel stick
Changed 145 atom styles
> show sel ribbons
> cofr sel
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/25_EP54-hC5aR1-Go/supplementary_densities/25_EP54-hC5aR1-Go_aN_sigma-0.214_zoneR-1.90_mesh_trans90_silht.png
> width 2000 height 1147 supersample 4 transparentBackground true
> show #44 cartoons
> select #44/D:7
7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected
> select up
85 atoms, 88 bonds, 10 residues, 1 model selected
> hide atoms
> hide ribbons
> show sel atoms
> style sel stick
Changed 85 atom styles
> show sel ribbons
> cofr sel
> view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-LIG
> surface zone #45 nearAtoms sel distance 1.9
> volume #45 level 0.1437
> surface zone #45 nearAtoms sel distance 2.15
> volume #45 level 0.103
> view name 25_EP54-hC5aR1-Go-LIG
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/25_EP54-hC5aR1-Go/supplementary_densities/25_EP54-hC5aR1-Go_LIG_sigma-0.103_zoneR-2.15_mesh_trans90_silht.png
> width 2000 height 1147 supersample 4 transparentBackground true
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/complement_receptors_combined_session_includeMap_20250428.cxs
> includeMaps true
> undo
> redo
> open /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/26_EP54-mC3aR-
> Go/cryosparc_P467_J686_005_volume_map_half_A_deepEMhancer-sharpened.mrc
> /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/26_EP54-mC3aR-Go/Merged-coot-msg.pdb
Opened cryosparc_P467_J686_005_volume_map_half_A_deepEMhancer-sharpened.mrc as
#46, grid size 216,216,216, pixel 1.51, shown at level 0.000617, step 1,
values float32
Chain information for Merged-coot-msg.pdb #47
---
Chain | Description
A | No description available
B | No description available
C | No description available
D | No description available
G | No description available
H | No description available
> volume #46 level 0.006799
> rename #46 id #48
> rename #47 id #46
> rename #48 id #47
> rename #46 26_EP54-mC3aR-Go
> rename #47 26_Density_EP54-mC3aR-Go
> hide sel atoms
> show sel cartoons
> hide #!44 models
> hide #!45 models
> hide #!46 atoms
> show #!46 cartoons
> surface dust #47 size 15.1
> hide #!47 models
> color #46/C #ca2727
> cartoon style width 1.5
> cofr #46
> select #46/D #ffcc33
Expected a keyword
> color #46/D #ffcc33
> color #46/A #40bf40
> color #46/B #ffff00
> color #46/G #1a1aff
> color #46/H #c2c2d6
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/complement_receptors_combined_session_includeMap_20250428.cxs
> includeMaps true
> select clear
> show #!47 models
> volume #47 level 0.1737
> ui tool show Matchmaker
> matchmaker #46/C to #1/C pairing ss
Computing secondary structure
Parameters
---
Chain pairing | ss
Alignment algorithm | Needleman-Wunsch
Similarity matrix | BLOSUM-62
SS fraction | 0.3
Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6
Gap extend | 1
SS matrix | | | H | S | O
---|---|---|---
H | 6 | -9 | -6
S | | 6 | -6
O | | | 4
Iteration cutoff | 2
Matchmaker 01_hC3a-hC3aR-Go_2023, chain C (#1) with 26_EP54-mC3aR-Go, chain C
(#46), sequence alignment score = 1065.2
RMSD between 244 pruned atom pairs is 0.831 angstroms; (across all 274 pairs:
1.327)
> matchmaker #46/C to #1/C pairing ss
Computing secondary structure
Parameters
---
Chain pairing | ss
Alignment algorithm | Needleman-Wunsch
Similarity matrix | BLOSUM-62
SS fraction | 0.3
Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6
Gap extend | 1
SS matrix | | | H | S | O
---|---|---|---
H | 6 | -9 | -6
S | | 6 | -6
O | | | 4
Iteration cutoff | 2
Matchmaker 01_hC3a-hC3aR-Go_2023, chain C (#1) with 26_EP54-mC3aR-Go, chain C
(#46), sequence alignment score = 1065.2
RMSD between 244 pruned atom pairs is 0.831 angstroms; (across all 274 pairs:
1.327)
> view position #47 sameAsModels #46
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/complement_receptors_combined_session_includeMap_20250428.cxs
> includeMaps true
Drag select of 1121 residues, 6 pseudobonds, 47 26_Density_EP54-mC3aR-Go
> cofr sel
> select clear
> ui tool show "Show Sequence Viewer"
> sequence chain #10/C #46/C
Alignment identifier is 1
> select #10/C:21 #46/C:21
14 atoms, 14 bonds, 2 residues, 2 models selected
> select #10/C:21-51 #46/C:21-51
414 atoms, 418 bonds, 62 residues, 2 models selected
1 [ID: 1] region 2 chains [5-35] RMSD: 0.504
> hide atoms
> hide ribbons
> show sel atoms
> style sel stick
Changed 414 atom styles
> show sel ribbons
> cofr sel
> volume #47 style mesh
> volume #47 color black
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 9.08
> view 25_EP54-hC5aR1-Go-TM1
> graphics silhouettes false
> graphics silhouettes true
> transparency #47 90 target s
> color #46 byhetero
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 2.86
> volume #47 level 0.115
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 2.45
> volume #47 level 0.07171
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/26_EP54-mC3aR-Go/supplementary_densities/26_EP54-mC3aR-
> Go_TM1_sigma-0.0717_zoneR-2.45_mesh_trans90_silht.png width 2000 height 1147
> supersample 4 transparentBackground true
> select #10/C:56 #46/C:56
14 atoms, 12 bonds, 2 residues, 2 models selected
> select #10/C:56-83 #46/C:56-83
448 atoms, 462 bonds, 56 residues, 2 models selected
1 [ID: 1] region 2 chains [40-67] RMSD: 0.301
> hide atoms
> hide ribbons
> show sel atoms
> style sel stick
Changed 448 atom styles
> show sel ribbons
> cofr sel
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 2.45
> view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM2
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 2
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/26_EP54-mC3aR-Go/supplementary_densities/26_EP54-mC3aR-
> Go_TM1_sigma-0.0717_zoneR-2.00_mesh_trans90_silht.png width 2000 height 1147
> supersample 4 transparentBackground true
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/complement_receptors_combined_session_includeMap_20250428.cxs
> includeMaps true
> select clear
> view list
Named views: 11_Density_JR14A-hC3aR-Go, 14_Lig_Density_mC5a-hC5aR1-Go,
24_C5aPep-hC5aR1-Go-H8, 24_C5aPep-hC5aR1-Go-LIG, 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM1,
24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM2, 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM3, 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM4,
24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM5, 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM6, 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM7,
24_C5aPep-hC5aR1-Go-a5, 24_C5aPep-hC5aR1-Go-aN, 25_EP54-hC5aR1-Go-LIG,
25_EP54-hC5aR1-Go-TM1, C3a-angle_03_EP67, C3a_angle_01, C3a_angle_02,
EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomOut,
EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomOut,
H8_overall, H8_overall_mC5aR1, H8_zoomed, H8_zoomed_mC5aR1, JR-SB_PIF,
JR14-SB_CWxP, JR14-SB_NPxxY, Lig_02_Density_mC3a-mC3aR-Go,
Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go, Lig_05_Density_hTLQP-mC3aR-Go,
Lig_06_Density_mTLQP-mC3aR-Go, Lig_07_Density_EP67-hC5aR1-Go, fig2_density,
hC3a-JR14-SB_DR(C)Y, hC3a-JR14-SB_TM6, hC3a-JR14-SB_TM7,
hC5a-hC5aR1-simulation, hC5adesArg-hC5aR1-simulation, hTLQP_angle_01,
hTLQP_angle_02, hook_01, hook_02, topview, view_01, view_02
> show #!46 cartoons
> select #10/C:21 #46/C:21
14 atoms, 14 bonds, 2 residues, 2 models selected
> select #10/C:21-51 #46/C:21-51
414 atoms, 418 bonds, 62 residues, 2 models selected
1 [ID: 1] region 2 chains [5-35] RMSD: 0.504
> hide atoms
> hide ribbons
> show sel atoms
> style sel stick
Changed 414 atom styles
> show sel ribbons
> cofr sel
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 2
> view 25_EP54-hC5aR1-Go-TM1
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/26_EP54-mC3aR-Go/supplementary_densities/26_EP54-mC3aR-
> Go_TM1_sigma-0.0717_zoneR-2.00_mesh_trans90_silht.png width 2000 height 1147
> supersample 4 transparentBackground true
> select #10/C:56 #46/C:56
14 atoms, 12 bonds, 2 residues, 2 models selected
> select #10/C:56-83 #46/C:56-83
448 atoms, 462 bonds, 56 residues, 2 models selected
1 [ID: 1] region 2 chains [40-67] RMSD: 0.301
> hide atoms
> hide ribbons
> show sel atoms
> style sel stick
Changed 448 atom styles
> show sel ribbons
> cofr sel
> view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM2
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 2
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 2.13
> volume #47 level 0.08407
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/26_EP54-mC3aR-Go/supplementary_densities/26_EP54-mC3aR-
> Go_TM1_sigma-0.0841_zoneR-2.13_mesh_trans90_silht.png width 2000 height 1147
> supersample 4 transparentBackground true
> select #10/C:93 #46/C:93
22 atoms, 22 bonds, 2 residues, 2 models selected
> select #10/C:93-125 #46/C:93-125
510 atoms, 518 bonds, 66 residues, 2 models selected
1 [ID: 1] region 2 chains [77-109] RMSD: 0.197
> hide atoms
> hide ribbons
> show sel atoms
> style sel stick
Changed 510 atom styles
> show sel ribbons
> cofr sel
> view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM3
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 2.13
> view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM3
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 1.88
> volume #47 level 0.1057
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/26_EP54-mC3aR-Go/supplementary_densities/26_EP54-mC3aR-
> Go_TM3_sigma-0.106_zoneR-1.88_mesh_trans90_silht.png width 2000 height 1147
> supersample 4 transparentBackground true
> select #10/C:136 #46/C:136
14 atoms, 12 bonds, 2 residues, 2 models selected
> select #10/C:136-160 #46/C:136-160
386 atoms, 398 bonds, 50 residues, 2 models selected
1 [ID: 1] region 2 chains [120-144] RMSD: 0.283
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 1.88
> hide atoms
> hide ribbons
> show sel atoms
> style sel stick
Changed 386 atom styles
> show sel ribbons
> cofr sel
> view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM4
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/26_EP54-mC3aR-Go/supplementary_densities/26_EP54-mC3aR-
> Go_TM4_sigma-0.106_zoneR-1.88_mesh_trans90_silht.png width 2000 height 1147
> supersample 4 transparentBackground true
> select #10/C:324 #46/C:324
14 atoms, 12 bonds, 2 residues, 2 models selected
> select #10/C:324-357 #46/C:324-357
540 atoms, 552 bonds, 68 residues, 2 models selected
1 [ID: 1] region 2 chains [161-194] RMSD: 0.326
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 1.88
> view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM5
> hide atoms
> hide ribbons
> show sel atoms
> style sel stick
Changed 540 atom styles
> show sel ribbons
> cofr sel
> volume #47 level 0.09026
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 2.03
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 2
[Repeated 1 time(s)]
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/26_EP54-mC3aR-Go/supplementary_densities/26_EP54-mC3aR-
> Go_TM5_sigma-0.0903_zoneR-2.00_mesh_trans90_silht.png width 2000 height 1147
> supersample 4 transparentBackground true
> select #10/C:365 #46/C:365
22 atoms, 20 bonds, 2 residues, 2 models selected
> select #10/C:365-395 #46/C:365-395
498 atoms, 512 bonds, 62 residues, 2 models selected
1 [ID: 1] region 2 chains [202-232] RMSD: 0.267
> hide atoms
> hide ribbons
> show sel atoms
> style sel stick
Changed 498 atom styles
> show sel ribbons
> cofr sel
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 2
> view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM6
> volume #47 level 0.1243
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 1.85
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/26_EP54-mC3aR-Go/supplementary_densities/26_EP54-mC3aR-
> Go_TM6_sigma-0.0903_zoneR-1.85_mesh_trans90_silht.png width 2000 height 1147
> supersample 4 transparentBackground true
> select #10/C:401 #46/C:401
12 atoms, 10 bonds, 2 residues, 2 models selected
> select #10/C:401-431 #46/C:401-431
448 atoms, 460 bonds, 62 residues, 2 models selected
1 [ID: 1] region 2 chains [238-268] RMSD: 0.455
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 1.85
> hide atoms
> hide ribbons
> show sel atoms
> style sel stick
Changed 448 atom styles
> show sel ribbons
> cofr sel
> view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM7
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/26_EP54-mC3aR-Go/supplementary_densities/26_EP54-mC3aR-
> Go_TM7_sigma-0.124_zoneR-1.85_mesh_trans90_silht.png width 2000 height 1147
> supersample 4 transparentBackground true
> select #10/C:433 #46/C:433
10 atoms, 8 bonds, 2 residues, 2 models selected
> select #10/C:433-442 #46/C:433-442
134 atoms, 134 bonds, 20 residues, 2 models selected
1 [ID: 1] region 2 chains [270-279] RMSD: 0.579
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 1.85
> view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-H8
> hide atoms
> hide ribbons
> show sel atoms
> style sel stick
Changed 134 atom styles
> show sel ribbons
> cofr sel
> volume #47 level 0.02699
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 2.53
> view name 26_EP54-mC3aR-Go-H8
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/26_EP54-mC3aR-Go/supplementary_densities/26_EP54-mC3aR-
> Go_H8_sigma-0.027_zoneR-2.53_mesh_trans90_silht.png width 2000 height 1147
> supersample 4 transparentBackground true
> show #46 cartoons
> select #46/A:350
4 atoms, 3 bonds, 1 residue, 1 model selected
> select up
164 atoms, 164 bonds, 22 residues, 1 model selected
> view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-a5
> hide atoms
> hide ribbons
> show sel atoms
> style sel stick
Changed 164 atom styles
> show sel ribbons
> cofr sel
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 2.53
[Repeated 1 time(s)]
> volume #47 level 0.1383
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 2.3
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/26_EP54-mC3aR-Go/supplementary_densities/26_EP54-mC3aR-
> Go_a5_sigma-0.138_zoneR-2.30_mesh_trans90_silht.png width 2000 height 1147
> supersample 4 transparentBackground true
> show #46 cartoons
> select #46/A:7
5 atoms, 4 bonds, 1 residue, 1 model selected
> select #46/A:9
5 atoms, 4 bonds, 1 residue, 1 model selected
> select up
170 atoms, 169 bonds, 24 residues, 1 model selected
> view 24_C5aPep-hC5aR1-Go-aN
> hide atoms
> hide ribbons
> show sel atoms
> style sel stick
Changed 170 atom styles
> show sel ribbons
> cofr sel
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 2.3
> view name 26_EP54-mC3aR-Go-aN
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/26_EP54-mC3aR-Go/supplementary_densities/26_EP54-mC3aR-
> Go_aN_sigma-0.138_zoneR-2.30_mesh_trans90_silht.png width 2000 height 1147
> supersample 4 transparentBackground true
> show #46 cartoons
> select clear
> select add #46/D:7
7 atoms, 7 bonds, 1 residue, 1 model selected
> select up
67 atoms, 69 bonds, 8 residues, 1 model selected
> hide atoms
> hide ribbons
> show sel atoms
> style sel stick
Changed 67 atom styles
> show sel ribbons
> cofr sel
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 2.3
> volume #47 level 0.03936
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 2.3
> volume #47 level 0.03317
> view name 26_EP54-mC3aR-Go-LIG
> surface zone #47 nearAtoms sel distance 2.2
> volume #47 level 0.01463
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/26_EP54-mC3aR-Go/supplementary_densities/26_EP54-mC3aR-
> Go_aN_sigma-0.0146_zoneR-2.20_mesh_trans90_silht.png width 2000 height 1147
> supersample 4 transparentBackground true
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/complement_receptors_combined_session_includeMap_20250428.cxs
> includeMaps true
——— End of log from Mon Apr 28 11:32:03 2025 ———
opened ChimeraX session
> show #!3 models
> hide #!46 models
> hide #!47 models
> show #!17 models
> show #!25 models
> show cartoons
Drag select of 948 residues, 4 pseudobonds
> select up
7643 atoms, 7748 bonds, 4 pseudobonds, 1074 residues, 4 models selected
> select up
11945 atoms, 12179 bonds, 4 pseudobonds, 1667 residues, 4 models selected
> select up
17333 atoms, 17700 bonds, 8 pseudobonds, 2401 residues, 4 models selected
> select down
11945 atoms, 12179 bonds, 4 pseudobonds, 1667 residues, 4 models selected
> hide sel cartoons
> view list
Named views: 11_Density_JR14A-hC3aR-Go, 14_Lig_Density_mC5a-hC5aR1-Go,
24_C5aPep-hC5aR1-Go-H8, 24_C5aPep-hC5aR1-Go-LIG, 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM1,
24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM2, 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM3, 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM4,
24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM5, 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM6, 24_C5aPep-hC5aR1-Go-TM7,
24_C5aPep-hC5aR1-Go-a5, 24_C5aPep-hC5aR1-Go-aN, 25_EP54-hC5aR1-Go-LIG,
25_EP54-hC5aR1-Go-TM1, 26_EP54-mC3aR-Go-H8, 26_EP54-mC3aR-Go-LIG,
26_EP54-mC3aR-Go-aN, C3a-angle_03_EP67, C3a_angle_01, C3a_angle_02,
EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_01_zoomOut,
EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomIn, EP67_hC3aR_hC5aR_H7_H8_02_zoomOut,
H8_overall, H8_overall_mC5aR1, H8_zoomed, H8_zoomed_mC5aR1, JR-SB_PIF,
JR14-SB_CWxP, JR14-SB_NPxxY, Lig_02_Density_mC3a-mC3aR-Go,
Lig_04_Density_mC5a-mC5aR1-Go, Lig_05_Density_hTLQP-mC3aR-Go,
Lig_06_Density_mTLQP-mC3aR-Go, Lig_07_Density_EP67-hC5aR1-Go, fig2_density,
hC3a-JR14-SB_DR(C)Y, hC3a-JR14-SB_TM6, hC3a-JR14-SB_TM7,
hC5a-hC5aR1-simulation, hC5adesArg-hC5aR1-simulation, hTLQP_angle_01,
hTLQP_angle_02, hook_01, hook_02, topview, view_01, view_02
> view H8_zoomed
> cartoon style modeHelix tube radius 1
> cartoon style modeHelix tube radius 1.5
> cartoon style modeHelix tube radius 2
> cartoon style modeHelix tube radius 1.8
> cartoon style modeHelix tube radius 3
> cartoon style modeHelix tube radius 1.6
> cartoon style modeHelix tube radius 1.8
> select add #25/R:377
11950 atoms, 12183 bonds, 4 pseudobonds, 1668 residues, 5 models selected
> select add #3/A:313
11959 atoms, 12191 bonds, 4 pseudobonds, 1669 residues, 5 models selected
> select add #17/A:313
11964 atoms, 12195 bonds, 4 pseudobonds, 1670 residues, 5 models selected
> select up
12169 atoms, 12404 bonds, 4 pseudobonds, 1697 residues, 5 models selected
> select ~sel & ##selected
7433 atoms, 7620 bonds, 2 pseudobonds, 1009 residues, 4 models selected
> transparency sel 60 target r
> view H8_zoomed
> view name H8_zoomed_02
> save "/lab_nas/C5aR2 war zone/Manuscript/Model Map/Snapshots/Figure
> 2/hC5aR1_H8_zoomed_trans60.png" width 2000 height 1246 supersample 4
> transparentBackground true
> select #3/A
2237 atoms, 2298 bonds, 294 residues, 1 model selected
> help help:user
> ui tool show "Color Actions"
> color sel firebrick
> transparency 0 target r
> select clear
> color sel maroon
> select #3/A
2237 atoms, 2298 bonds, 294 residues, 1 model selected
> color sel maroon
> color sel firebrick
> select #17/A
2204 atoms, 2264 bonds, 293 residues, 1 model selected
> color sel steelblue
> help help:user
> select clear
> view H8_zoomed_02
> save "/lab_nas/C5aR2 war zone/Manuscript/Model Map/Snapshots/Figure
> 2/hC5aR1_H8_zoomed_02_view-SAME_trans0.png" width 2000 height 1246
> supersample 4 transparentBackground true
> hide #!25 models
> hide #!17 models
> show #!18 models
> show #!4 models
> hide #!3 models
> show #!25 models
Drag select of 1341 residues, 4 pseudobonds
> select up
10674 atoms, 10878 bonds, 4 pseudobonds, 1459 residues, 4 models selected
> select up
12133 atoms, 12373 bonds, 4 pseudobonds, 1666 residues, 4 models selected
> select up
17460 atoms, 17831 bonds, 11 pseudobonds, 2390 residues, 4 models selected
> select down
12133 atoms, 12373 bonds, 4 pseudobonds, 1666 residues, 4 models selected
> hide sel cartoons
> view H8_zoomed_mC5aR1
> select #4/A
2202 atoms, 2261 bonds, 292 residues, 1 model selected
> ui tool show "Color Actions"
> color sel royal blue
[Repeated 1 time(s)]
> color sel medium slate blue
> color sel slate blue
> color sel dodger blue
> select #18/A
2199 atoms, 2259 bonds, 292 residues, 1 model selected
> color sel dark turquoise
> select #4/A
2202 atoms, 2261 bonds, 292 residues, 1 model selected
> color sel royal blue
> help help:user
> select clear
> cartoon style modeHelix tube radius 1.8
> view name H8_zoomed_mC5aR1_02
> save "/lab_nas/C5aR2 war zone/Manuscript/Model Map/Snapshots/Figure
> 2/H8_zoomed_mC5aR1_02_view-SAME_trans0.png" width 2000 height 1246
> supersample 4 transparentBackground true
> cartoon style modeHelix tube radius 1.4
> cartoon style modeHelix tube radius 1
> cartoon style modeHelix tube radius 0.6
> view H8_zoomed_mC5aR1_02
[Repeated 1 time(s)]
> save "/lab_nas/C5aR2 war zone/Manuscript/Model Map/Snapshots/Figure
> 2/H8_zoomed_mC5aR1_02_view-SAME_trans0_helixWidth0.6.png" width 2000 height
> 1246 supersample 4 transparentBackground true
> view H8_zoomed_02
> hide #!18 models
> show #!18 models
> hide #!4 models
> show #!5 models
> hide #!5 models
> show #!4 models
> hide #!4 models
> hide #!18 models
> show #!17 models
> show #!3 models
> save "/lab_nas/C5aR2 war zone/Manuscript/Model Map/Snapshots/Figure
> 2/hC5aR1_H8_zoomed_02_view-SAME_trans0_helixWidth0.6.png" width 2000 height
> 1246 supersample 4 transparentBackground true
> save /lab_nas/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/complement_receptors_combined_session_includeMap_20250503.cxs
> includeMaps true
——— End of log from Sat May 3 13:21:43 2025 ———
opened ChimeraX session
> hide #!25 models
> hide #!17 models
> hide #!3 models
> show #!15 models
Drag select of 556 residues, 2 pseudobonds
> select up
4705 atoms, 4787 bonds, 2 pseudobonds, 659 residues, 2 models selected
> select up
5924 atoms, 6037 bonds, 2 pseudobonds, 834 residues, 2 models selected
> select up
8623 atoms, 8799 bonds, 7 pseudobonds, 1199 residues, 2 models selected
> select down
5924 atoms, 6037 bonds, 2 pseudobonds, 834 residues, 2 models selected
> hide sel cartoons
> ui tool show CliX
> cartoon style modeHelix default
> show #!4 models
> hide #!15 models
> color #4/A #4cfff8
> color #4/F #f277b5
> select #4/F:74
12 atoms, 11 bonds, 1 residue, 1 model selected
> select #4/F:73
4 atoms, 3 bonds, 1 residue, 1 model selected
> select add #4/F:74
16 atoms, 14 bonds, 2 residues, 1 model selected
> select add #4/F:72
24 atoms, 21 bonds, 3 residues, 1 model selected
> select add #4/F:71
33 atoms, 29 bonds, 4 residues, 1 model selected
> show sel atoms
> color #4/A #4169E1
> select zone 4 #4/A extend true residues true
Missing or invalid "near" argument: invalid objects specifier
> select zone 4 near #4/A extend true residues true
Missing or invalid "near" argument: invalid objects specifier
> select zone 4 sel #4/A extend true residues true
Missing or invalid "near" argument: invalid objects specifier
> select zone sel 4 #4/A extend true residues true
Selected 164 atoms
> select zone sel 4 #4/A extend true residues false
Selected 393 atoms
> select zone sel 4 #4/A extend true residues true
Selected 902 atoms
> select zone sel 4 #4/A extend false residues true
Selected 469 atoms
> select clear
> select zone #4/F:71-74 4 #4/A extend true residues true
Selected 164 atoms
> show sel atoms
> color sel byhetero
> ui tool show "Side View"
> ui mousemode right distance
> distance #4/F:71@NE2 #4/A:100@OD1
Distance between 04_mC5a-mC5aR1-Go #4/F GLN 71 NE2 and /A ASN 100 OD1: 3.448Å
> distance #4/F:71@NE2 #4/A:100@OD1
Distance already exists; modify distance properties with 'distance style'
> distance #4/F:71@NE2 #4/A:100@OD1
Distance already exists; modify distance properties with 'distance style'
> show #!24 models
> hide atoms
> select clear
> show #!3 models
> select #3/A:175,282,258,206
42 atoms, 39 bonds, 4 residues, 1 model selected
> hide #!3 models
> select #4/F:71-74 #4/A:100,175,207,259,283
83 atoms, 78 bonds, 1 pseudobond, 9 residues, 2 models selected
> show sel atoms
> style sel ball
Changed 83 atom styles
> view sel
> cartoon sel suppressBackboneDisplay false
> transparency 70 target r
> transparency sel 0 target ra
> distance #4/F:74@OXT #4/A:175@NH2
Distance between 04_mC5a-mC5aR1-Go #4/F ARG 74 OXT and /A ARG 175 NH2: 2.718Å
> distance #4/A:283@OD1 #4/F:74@NH1
Distance between 04_mC5a-mC5aR1-Go #4/A ASN 283 OD1 and /F ARG 74 NH1: 2.638Å
> distance #4/F:73@O #4/A:259@OH
Distance between 04_mC5a-mC5aR1-Go #4/F GLY 73 O and /A TYR 259 OH: 3.052Å
> distance #4/A:175@NH2 #4/F:74@O
Distance between 04_mC5a-mC5aR1-Go #4/A ARG 175 NH2 and /F ARG 74 O: 3.203Å
> distance #4/F:74@O #4/A:207@NH1
Distance between 04_mC5a-mC5aR1-Go #4/F ARG 74 O and /A ARG 207 NH1: 4.651Å
> ~distance #4/F:74@O #4/A:207@NH1
> distance #4/F:74@O #4/A:207@NH1
Distance between 04_mC5a-mC5aR1-Go #4/F ARG 74 O and /A ARG 207 NH1: 4.651Å
> ~distance #4/F:74@O #4/A:207@NH1
> distance #4/F:74@O #4/A:207@NH1
Distance between 04_mC5a-mC5aR1-Go #4/F ARG 74 O and /A ARG 207 NH1: 4.651Å
> distance #4/F:74@NH2 #4/A:259@O
Distance between 04_mC5a-mC5aR1-Go #4/F ARG 74 NH2 and /A TYR 259 O: 3.357Å
> distance #4/A:175@NH1 #4/F:71@O
Distance between 04_mC5a-mC5aR1-Go #4/A ARG 175 NH1 and /F GLN 71 O: 4.854Å
> ~distance #4/A:175@NH1 #4/F:71@O
> distance #4/F:74@NE #4/A:259@OH
Distance between 04_mC5a-mC5aR1-Go #4/F ARG 74 NE and /A TYR 259 OH: 4.648Å
> ~distance #4/F:74@NE #4/A:259@OH
> cartoon sel suppressBackboneDisplay true
> cartoon sel suppressBackboneDisplay false
> view name mC5a-mC5aR1-binding
> save "/nfs_storage/C5aR2 war zone/Manuscript/Model Map/Snapshots/Figure
> 1/mC5a-mC5aR1-binding_view-SAME_01.png" width 2000 height 1125 supersample 4
> transparentBackground true
> ~distance #4/F:74@O #4/A:207@NH1
> ~distance #4/F:73@O #4/A:259@OH
> ~distance #4/F:74@NH2 #4/A:259@O
> ~distance #4/A:283@OD1 #4/F:74@NH1
> ~distance #4/F:71@NE2 #4/A:100@OD1
> ~distance #4/A:175@NH2 #4/F:74@O
> ~distance #4/F:74@OXT #4/A:175@NH2
> save "/nfs_storage/C5aR2 war zone/Manuscript/Model Map/Snapshots/Figure
> 1/mC5a-mC5aR1-binding_view-SAME_01.png" width 2000 height 1125 supersample 4
> transparentBackground true
[Repeated 1 time(s)]
> hide #!4 models
> show #!18 models
> select #18/F:71-73 #18/A:100,175,207,259,283
71 atoms, 66 bonds, 8 residues, 1 model selected
> transparency sel 0 target ra
> cartoon sel suppressBackboneDisplay false
> show sel atoms
> style ball
Changed 222588 atom styles
> color sel byhetero
> distance #18/F:73@O #18/A:207@NH1
Distance between 17_mC5adesArg-mC5aR1-Go #18/F GLY 73 O and /A ARG 207 NH1:
6.816Å
> ~distance #18/F:73@O #18/A:207@NH1
> distance #18/F:73@O #18/A:259@OH
Distance between 17_mC5adesArg-mC5aR1-Go #18/F GLY 73 O and /A TYR 259 OH:
2.518Å
> distance #18/A:100@ND2 #18/F:71@OE1
Distance between 17_mC5adesArg-mC5aR1-Go #18/A ASN 100 ND2 and /F GLN 71 OE1:
2.294Å
> distance #18/F:71@O #18/A:283@OD1
Distance between 17_mC5adesArg-mC5aR1-Go #18/F GLN 71 O and /A ASN 283 OD1:
3.751Å
> distance #18/A:175@NH2 #18/F:72@N
Distance between 17_mC5adesArg-mC5aR1-Go #18/A ARG 175 NH2 and /F LEU 72 N:
3.424Å
> distance #18/A:175@NH2 #18/F:72@O
Distance between 17_mC5adesArg-mC5aR1-Go #18/A ARG 175 NH2 and /F LEU 72 O:
4.725Å
> ~distance #18/A:175@NH2 #18/F:72@O
> distance #18/F:72@N #18/A:175@NH1
Distance between 17_mC5adesArg-mC5aR1-Go #18/F LEU 72 N and /A ARG 175 NH1:
4.932Å
> ~distance #18/F:72@N #18/A:175@NH1
> save "/nfs_storage/C5aR2 war zone/Manuscript/Model Map/Snapshots/Figure
> 1/mC5adesArg-mC5aR1-binding_view-mC5a-mC5aR1-binding_01_REFERENCE.png" width
> 2000 height 1125 supersample 4 transparentBackground true
> ~distance #18/F:73@O #18/A:259@OH
> ~distance #18/F:71@O #18/A:283@OD1
> ~distance #18/A:100@ND2 #18/F:71@OE1
> ~distance #18/A:175@NH2 #18/F:72@N
> save "/nfs_storage/C5aR2 war zone/Manuscript/Model Map/Snapshots/Figure
> 1/mC5adesArg-mC5aR1-binding_view-mC5a-mC5aR1-binding_01.png" width 2000
> height 1125 supersample 4 transparentBackground true
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/complement_receptors_combined_session_includeMap_20250509.cxs
> includeMaps true
——— End of log from Fri May 9 23:39:40 2025 ———
opened ChimeraX session
> ui tool show CliX
> hide #!18 models
> hide #!24 models
> hide #24.1 models
> show #!46 models
> ui tool show "Side View"
> transparency 0 target r
> show #!22 models
Drag select of 364 residues, 4 pseudobonds
> select up
3601 atoms, 3628 bonds, 4 pseudobonds, 519 residues, 4 models selected
> select up
8666 atoms, 8824 bonds, 4 pseudobonds, 1204 residues, 4 models selected
> select up
16311 atoms, 16677 bonds, 11 pseudobonds, 2243 residues, 4 models selected
> select up
16311 atoms, 16677 bonds, 11 pseudobonds, 2243 residues, 4 models selected
> select down
11 pseudobonds, 2 models selected
> select up
16311 atoms, 16677 bonds, 11 pseudobonds, 2243 residues, 4 models selected
> select clear
Drag select of 504 residues, 4 pseudobonds
> select up
4872 atoms, 4930 bonds, 4 pseudobonds, 685 residues, 4 models selected
> select up
10324 atoms, 10526 bonds, 4 pseudobonds, 1435 residues, 4 models selected
> hide sel ribbons
Drag select of 106 residues
> select up
1069 atoms, 1094 bonds, 149 residues, 1 model selected
> select up
1644 atoms, 1688 bonds, 231 residues, 1 model selected
> hide sel ribbons
> cartoon style modeHelix tube radius 1.8
Drag select of 621 residues, 3 pseudobonds
> cofr sel
> show #!1 models
> hide #!46 models
> select clear
> color #22/C #3f65d9
Drag select of 493 residues
> select up
4060 atoms, 4126 bonds, 562 residues, 1 model selected
> select up
6092 atoms, 6218 bonds, 836 residues, 1 model selected
> select up
8617 atoms, 8809 bonds, 1183 residues, 1 model selected
> select up
222588 atoms, 227459 bonds, 3 pseudobonds, 30457 residues, 64 models selected
> select up
222588 atoms, 227459 bonds, 3 pseudobonds, 30457 residues, 64 models selected
> select down
8617 atoms, 8809 bonds, 1183 residues, 1 model selected
> select down
6092 atoms, 6218 bonds, 836 residues, 1 model selected
> hide sel ribbons
> select clear
> graphics silhouettes false
> save /nfs_storage/070725/figs/hC3a_EP54-hC3aR_v1.png width 2000 height 1125
> supersample 4 transparentBackground true
> hide #!1 models
> show #!2 models
> hide #!22 models
> show #!46 models
Drag select of 212 residues
> select up
2678 atoms, 2725 bonds, 364 residues, 1 model selected
> select up
5913 atoms, 6036 bonds, 831 residues, 1 model selected
> hide sel ribbons
> show #!14 models
> color #46/C #e6e600
> color #46/C #99ccff
> save /nfs_storage/070725/figs/hC3a_EP54-mC3aR_v1.png width 2000 height 1125
> supersample 4 transparentBackground true
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/complement_receptors_combined_session_includeMap_20250708.cxs
> includeMaps true
——— End of log from Tue Jul 8 18:54:09 2025 ———
opened ChimeraX session
> ui tool show CliX
> hide #!2 models
> hide #!14 models
> hide #!46 models
> show #!3 models
> show #!17 models
> ui tool show Matchmaker
> matchmaker #18/A to #3/A pairing ss
Parameters
---
Chain pairing | ss
Alignment algorithm | Needleman-Wunsch
Similarity matrix | BLOSUM-62
SS fraction | 0.3
Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6
Gap extend | 1
SS matrix | | | H | S | O
---|---|---|---
H | 6 | -9 | -6
S | | 6 | -6
O | | | 4
Iteration cutoff | 2
Matchmaker 03_hC5a-hC5aR1-Go_2023, chain A (#3) with 17_mC5adesArg-mC5aR1-Go,
chain A (#18), sequence alignment score = 1138.1
RMSD between 247 pruned atom pairs is 0.827 angstroms; (across all 290 pairs:
2.199)
> matchmaker #18/A to #3/A pairing ss
Parameters
---
Chain pairing | ss
Alignment algorithm | Needleman-Wunsch
Similarity matrix | BLOSUM-62
SS fraction | 0.3
Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6
Gap extend | 1
SS matrix | | | H | S | O
---|---|---|---
H | 6 | -9 | -6
S | | 6 | -6
O | | | 4
Iteration cutoff | 2
Matchmaker 03_hC5a-hC5aR1-Go_2023, chain A (#3) with 17_mC5adesArg-mC5aR1-Go,
chain A (#18), sequence alignment score = 1138.1
RMSD between 247 pruned atom pairs is 0.827 angstroms; (across all 290 pairs:
2.199)
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/BIAS-
> COMPARE_complement_receptors_combined_session_includeMap_202507141128.cxs
> includeMaps true
> show #!19 models
Drag select of 355 residues, 3 pseudobonds
> select up
2914 atoms, 2948 bonds, 3 pseudobonds, 414 residues, 2 models selected
> select up
5963 atoms, 6085 bonds, 3 pseudobonds, 834 residues, 2 models selected
> select up
7897 atoms, 8066 bonds, 6 pseudobonds, 1095 residues, 2 models selected
> select up
7897 atoms, 8066 bonds, 6 pseudobonds, 1095 residues, 2 models selected
> select up
222588 atoms, 227459 bonds, 9 pseudobonds, 30457 residues, 65 models selected
> select down
7897 atoms, 8066 bonds, 6 pseudobonds, 1095 residues, 2 models selected
> select down
6 pseudobonds, 1 model selected
> select down
5963 atoms, 6085 bonds, 3 pseudobonds, 834 residues, 2 models selected
> select down
2914 atoms, 2948 bonds, 3 pseudobonds, 414 residues, 2 models selected
> select down
2384 atoms, 3 pseudobonds, 340 residues, 2 models selected
> select down
2384 atoms, 3 pseudobonds, 340 residues, 2 models selected
> select clear
[Repeated 1 time(s)]
> hide #19/G,B,C ribbons
> hide #19/G,B,C,H ribbons
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/BIAS-
> COMPARE_complement_receptors_combined_session_includeMap_202507141135.cxs
> includeMaps true
> hide #!19 models
> show #!19 models
> ui tool show "Side View"
> show #!18 models
> hide #!18 models
> show #!8 models
> hide #!8 models
> show #!4 models
> hide #!4 models
> hide #!3 models
> show #!42 models
> hide #!17 models
> hide #!19 models
> show #!3 models
> show #!17 models
> hide #!42 models
> show #!42 models
> hide #!17 models
> show #!17 models
> hide #!42 models
> close #28-41,43,45,47
> close #24
> save /nfs_storage/figures_prep/Version_1/Models-Maps-Complement-
> Fingerprint_Final/BIAS-
> COMPARE_complement_receptors_combined_session_202507141148.cxs includeMaps
> true
——— End of log from Mon Jul 14 11:48:33 2025 ———
> view name session-start
opened ChimeraX session
> ui tool show CliX
> open 7YIT
Summary of feedback from opening 7YIT fetched from pdb
---
notes | Fetching compressed mmCIF 7yit from http://files.rcsb.org/download/7yit.cif
Fetching CCD IVB from
https://files.wwpdb.org/pub/pdb/refdata/chem_comp/B/IVB/IVB.cif
7yit title:
Molecular mechanism of biased signaling at the κ opioid receptor [more
info...]
Chain information for 7yit #24
---
Chain | Description | UniProt
A | Kappa-type opioid receptor | OPRK_HUMAN 54-358
D | Nanobody39 |
E | Soluble cytochrome b562 | C562_ECOLX 1001-1106
Non-standard residues in 7yit #24
---
IVB — nalfurafine
(~{N}-[(4~{R},4~{a}~{S},7~{R},7~{a}~{R},12~{b}~{S})-3-(cyclopropylmethyl)-4~{a},9-bis(oxidanyl)-1,2,4,5,6,7,7~{a},13-octahydro-4,12-methanobenzofuro[3,2-e]isoquinolin-7-yl]-3-(furan-3-yl)-~{N}-methyl-
propanamide)
> rename #24 id #47
> select #47/A
2171 atoms, 2229 bonds, 4 pseudobonds, 284 residues, 2 models selected
> ui tool show Matchmaker
> matchmaker #47/A to #3/A pairing ss
Parameters
---
Chain pairing | ss
Alignment algorithm | Needleman-Wunsch
Similarity matrix | BLOSUM-62
SS fraction | 0.3
Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6
Gap extend | 1
SS matrix | | | H | S | O
---|---|---|---
H | 6 | -9 | -6
S | | 6 | -6
O | | | 4
Iteration cutoff | 2
Matchmaker 03_hC5a-hC5aR1-Go_2023, chain A (#3) with 7yit, chain A (#47),
sequence alignment score = 601.3
RMSD between 166 pruned atom pairs is 1.242 angstroms; (across all 271 pairs:
2.717)
> cartoon style modeHelix tube radius 1.5
> select clear
> open 6B73
Summary of feedback from opening 6B73 fetched from pdb
---
notes | Fetching compressed mmCIF 6b73 from http://files.rcsb.org/download/6b73.cif
Fetching CCD CVV from
https://files.wwpdb.org/pub/pdb/refdata/chem_comp/V/CVV/CVV.cif
Fetching CCD OLA from
https://files.wwpdb.org/pub/pdb/refdata/chem_comp/A/OLA/OLA.cif
6b73 title:
Crystal Structure of a nanobody-stabilized active state of the kappa-opioid
receptor [more info...]
Chain information for 6b73 #24
---
Chain | Description | UniProt
A B | Soluble cytochrome b562, kappa-type opioid receptor | C562_ECOLX -54-51, OPRK_HUMAN 54-358
C D | Nanobody |
Non-standard residues in 6b73 #24
---
CLR — cholesterol
CVV —
N-[(5alpha,6beta)-17-(cyclopropylmethyl)-3-hydroxy-7,8-didehydro-4,5-epoxymorphinan-6-yl]-3-iodobenzamide
OLA — oleic acid
6b73 mmCIF Assemblies
---
1| software_defined_assembly
2| software_defined_assembly
> rename #24 id #48
> cartoon style modeHelix tube radius 1.5
> ui tool show CliX
> ui tool show Matchmaker
> matchmaker #48/A to #3/A pairing ss
Parameters
---
Chain pairing | ss
Alignment algorithm | Needleman-Wunsch
Similarity matrix | BLOSUM-62
SS fraction | 0.3
Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6
Gap extend | 1
SS matrix | | | H | S | O
---|---|---|---
H | 6 | -9 | -6
S | | 6 | -6
O | | | 4
Iteration cutoff | 2
Matchmaker 03_hC5a-hC5aR1-Go_2023, chain A (#3) with 6b73, chain A (#48),
sequence alignment score = 550.3
RMSD between 159 pruned atom pairs is 1.081 angstroms; (across all 269 pairs:
3.083)
> hide #!17 models
> hide #!3 models
> show #!3 models
> hide #!3 models
> hide #!47 models
> hide #!48 models
> show #!48 models
> show #!47 models
> close #48
> open 8F7W
Summary of feedback from opening 8F7W fetched from pdb
---
notes | Fetching compressed mmCIF 8f7w from http://files.rcsb.org/download/8f7w.cif
Fetching CCD PLM from
https://files.wwpdb.org/pub/pdb/refdata/chem_comp/M/PLM/PLM.cif
8f7w title:
Gi bound kappa-opioid receptor in complex with dynorphin [more info...]
Chain information for 8f7w #24
---
Chain | Description | UniProt
A | Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 | GNAI1_HUMAN 1-354
B | Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 | GBB1_RAT 2-340
C | Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 | GBG2_BOVIN 1-68
E | scFv16 |
P | Dynorphin | PDYN_HUMAN 208-215
R | Kappa-type opioid receptor | OPRK_HUMAN 3-380
Non-standard residues in 8f7w #24
---
CLR — cholesterol
PLM — palmitic acid
> rename #24 id #48
> hide #48 atoms
> show #48 ribbons
> cartoon style modeHelix tube radius 1.5
> ui tool show Matchmaker
> matchmaker #48/R to #47/A pairing ss
Parameters
---
Chain pairing | ss
Alignment algorithm | Needleman-Wunsch
Similarity matrix | BLOSUM-62
SS fraction | 0.3
Gap open (HH/SS/other) | 18/18/6
Gap extend | 1
SS matrix | | | H | S | O
---|---|---|---
H | 6 | -9 | -6
S | | 6 | -6
O | | | 4
Iteration cutoff | 2
Matchmaker 7yit, chain A (#47) with 8f7w, chain R (#48), sequence alignment
score = 1499.7
RMSD between 238 pruned atom pairs is 0.923 angstroms; (across all 276 pairs:
1.615)
> show #!17 models
> show #!3 models
Drag select of 680 residues, 2 pseudobonds
> select up
5798 atoms, 5904 bonds, 2 pseudobonds, 756 residues, 4 models selected
> select up
7357 atoms, 7499 bonds, 2 pseudobonds, 960 residues, 4 models selected
> select up
12473 atoms, 12734 bonds, 11 pseudobonds, 1625 residues, 4 models selected
> select up
12473 atoms, 12734 bonds, 11 pseudobonds, 1625 residues, 4 models selected
> select down
11 pseudobonds, 2 models selected
> select up
12473 atoms, 12734 bonds, 11 pseudobonds, 1625 residues, 4 models selected
> select down
11 pseudobonds, 2 models selected
> select clear
Drag select of 366 residues
> select up
3318 atoms, 3358 bonds, 433 residues, 1 model selected
> select up
6621 atoms, 6748 bonds, 851 residues, 1 model selected
> hide sel atoms
> hide sel ribbons
Drag select of 30 residues, 1 pseudobonds
> select up
359 atoms, 362 bonds, 1 pseudobond, 57 residues, 2 models selected
> select up
736 atoms, 751 bonds, 1 pseudobond, 109 residues, 2 models selected
> hide sel ribbons
> open 8ibv
Summary of feedback from opening 8ibv fetched from pdb
---
note | Fetching compressed mmCIF 8ibv from http://files.rcsb.org/download/8ibv.cif
8ibv title:
Cryo-EM structure of the motilin-bound motilin receptor-Gq protein complex
[more info...]
Chain information for 8ibv #24
---
Chain | Description | UniProt
A | Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha |
B | Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 | GBB1_HUMAN 7-345
C | Motilin | MOTI_HUMAN 1-22
E | Scfv16 |
G | Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 | GBG2_HUMAN 1-70
R | Soluble cytochrome b562,Motilin receptor,Soluble cytochrome b562, motilin receptor | C562_ECOLX -116--12, MTLR_HUMAN 1-412
> hide #!47 models
> hide #!48 models
> rename #24 id #49
QAbstractItemView::commitData called with an editor that does not belong to
this view
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
[deleted to fit within ticket limits]
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
Traceback (most recent call last):
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 169, in _on_text_changed
self._update_completion_state(False)
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/cli_widget.py", line 94, in
_update_completion_state
self._current_completion_state =
list_widget._get_completion_list(cursor.selectedText())
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/widgets/popups.py", line 170, in _get_completion_list
if state := complete_path(last_word, current_command):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 8, in complete_path
if completions := _complete_path_impl(last_word):
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/nr/.local/share/ChimeraX/1.10/lib/python3.11/site-
packages/chimerax/clix/algorithms/filepath.py", line 27, in
_complete_path_impl
if _maybe_path.exists():
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1235, in exists
self.stat()
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
OSError: [Errno 36] File name too long:
'/home/nr/#3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333'
File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.11/pathlib.py", line 1013, in stat
return os.stat(self, follow_symlinks=follow_symlinks)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
See log for complete Python traceback.
> hide #49 atoms
OpenGL version: 4.5 (Core Profile) Mesa 24.2.8-1ubuntu1~24.04.1
OpenGL renderer: llvmpipe (LLVM 19.1.1, 256 bits)
OpenGL vendor: Mesa
Python: 3.11.4
Locale: en_US.UTF-8
Qt version: PyQt6 6.8.1, Qt 6.8.2
Qt runtime version: 6.8.2
Qt platform: xcb
XDG_SESSION_TYPE=wayland
DESKTOP_SESSION=ubuntu-wayland
XDG_SESSION_DESKTOP=ubuntu-wayland
XDG_CURRENT_DESKTOP=ubuntu:GNOME
GNOME_SETUP_DISPLAY=:2
DISPLAY=:1
WAYLAND_DISPLAY=wayland-0
Manufacturer: Dell Inc.
Model: OptiPlex 5090
OS: Ubuntu 24.04
Architecture: 64bit ELF
Virtual Machine: none
CPU: 12 11th Gen Intel(R) Core(TM) i5-11500 @ 2.70GHz
Cache Size: 12288 KB
Memory:
total used free shared buff/cache available
Mem: 15Gi 9.7Gi 302Mi 290Mi 6.0Gi 5.6Gi
Swap: 2.0Gi 768Ki 2.0Gi
Graphics:
01:00.0 VGA compatible controller [0300]: NVIDIA Corporation TU117GL [T400 4GB / T400E] [10de:1ff2] (rev a1)
Subsystem: NVIDIA Corporation TU117GL [T400 4GB] [10de:1613]
Kernel driver in use: nvidia
Installed Packages:
alabaster: 1.0.0
appdirs: 1.4.4
asttokens: 3.0.0
auditwheel: 6.4.0
babel: 2.17.0
beautifulsoup4: 4.13.3
blockdiag: 3.0.0
blosc2: 3.5.0
build: 1.2.2.post1
certifi: 2025.6.15
cftime: 1.6.4.post1
charset-normalizer: 3.4.2
ChimeraX-AddCharge: 1.5.19
ChimeraX-AddH: 2.2.7
ChimeraX-AlignmentAlgorithms: 2.0.2
ChimeraX-AlignmentHdrs: 3.6.1
ChimeraX-AlignmentMatrices: 2.1
ChimeraX-Alignments: 2.20.2
ChimeraX-AlphaFold: 1.0.1
ChimeraX-AltlocExplorer: 1.1.2
ChimeraX-AmberInfo: 1.0
ChimeraX-Aniso: 1.1.4
ChimeraX-Arrays: 1.1
ChimeraX-Atomic: 1.60.7
ChimeraX-AtomicLibrary: 14.1.18
ChimeraX-AtomSearch: 2.0.1
ChimeraX-AxesPlanes: 2.4
ChimeraX-BasicActions: 1.1.3
ChimeraX-BILD: 1.0
ChimeraX-BlastProtein: 3.0.0
ChimeraX-Boltz: 1.0
ChimeraX-BondRot: 2.0.4
ChimeraX-BugReporter: 1.0.2
ChimeraX-BuildStructure: 2.13.1
ChimeraX-Bumps: 1.0
ChimeraX-BundleBuilder: 1.5.1
ChimeraX-ButtonPanel: 1.0.1
ChimeraX-CageBuilder: 1.0.1
ChimeraX-CellPack: 1.0
ChimeraX-Centroids: 1.4
ChimeraX-ChangeChains: 1.1
ChimeraX-CheckWaters: 1.5
ChimeraX-ChemGroup: 2.0.2
ChimeraX-Clashes: 2.3
ChimeraX-clix: 0.2.1
ChimeraX-ColorActions: 1.0.5
ChimeraX-ColorGlobe: 1.0
ChimeraX-ColorKey: 1.5.8
ChimeraX-CommandLine: 1.3
ChimeraX-ConnectStructure: 2.0.1
ChimeraX-Contacts: 1.0.1
ChimeraX-Core: 1.10
ChimeraX-CoreFormats: 1.2
ChimeraX-coulombic: 1.4.5
ChimeraX-Crosslinks: 1.0
ChimeraX-Crystal: 1.0
ChimeraX-CrystalContacts: 1.0.1
ChimeraX-DataFormats: 1.2.4
ChimeraX-Dicom: 1.2.7
ChimeraX-DistMonitor: 1.4.2
ChimeraX-DockPrep: 1.1.4
ChimeraX-Dssp: 2.0
ChimeraX-EMDB-SFF: 1.0
ChimeraX-ESMFold: 1.0
ChimeraX-FileHistory: 1.0.1
ChimeraX-FunctionKey: 1.0.1
ChimeraX-Geometry: 1.3
ChimeraX-gltf: 1.0
ChimeraX-Graphics: 1.4.1
ChimeraX-Hbonds: 2.5.1
ChimeraX-Help: 1.3
ChimeraX-HKCage: 1.3
ChimeraX-IHM: 1.1
ChimeraX-ImageFormats: 1.2
ChimeraX-IMOD: 1.0
ChimeraX-IO: 1.0.3
ChimeraX-ItemsInspection: 1.0.1
ChimeraX-IUPAC: 1.0
ChimeraX-KVFinder: 1.6.2
ChimeraX-Label: 1.1.14
ChimeraX-LinuxSupport: 1.0.1
ChimeraX-ListInfo: 1.2.2
ChimeraX-Log: 1.2
ChimeraX-LookingGlass: 1.1
ChimeraX-Maestro: 1.9.1
ChimeraX-Map: 1.3
ChimeraX-MapData: 2.0
ChimeraX-MapEraser: 1.0.1
ChimeraX-MapFilter: 2.0.1
ChimeraX-MapFit: 2.0
ChimeraX-MapSeries: 2.1.1
ChimeraX-Markers: 1.0.1
ChimeraX-Mask: 1.0.2
ChimeraX-MatchMaker: 2.2.2
ChimeraX-MCopy: 1.0
ChimeraX-MDcrds: 2.10.1
ChimeraX-MedicalToolbar: 1.1
ChimeraX-Meeting: 1.0.1
ChimeraX-MLP: 1.1.1
ChimeraX-mmCIF: 2.16
ChimeraX-MMTF: 2.2
ChimeraX-ModelArchive: 1.0
ChimeraX-Modeller: 1.5.19
ChimeraX-ModelPanel: 1.5.1
ChimeraX-ModelSeries: 1.0.1
ChimeraX-Mol2: 2.0.3
ChimeraX-Mole: 1.0
ChimeraX-Morph: 1.0.2
ChimeraX-MouseModes: 1.2
ChimeraX-Movie: 1.0
ChimeraX-MutationScores: 1.0
ChimeraX-Neuron: 1.0
ChimeraX-Nifti: 1.2
ChimeraX-NMRSTAR: 1.0.2
ChimeraX-NRRD: 1.2
ChimeraX-Nucleotides: 2.0.3
ChimeraX-OpenCommand: 1.14.1
ChimeraX-OrthoPick: 1.0.1
ChimeraX-PDB: 2.7.10
ChimeraX-PDBBio: 1.0.1
ChimeraX-PDBLibrary: 1.0.4
ChimeraX-PDBMatrices: 1.0
ChimeraX-PickBlobs: 1.0.1
ChimeraX-Positions: 1.0
ChimeraX-PresetMgr: 1.1.3
ChimeraX-ProfileGrids: 1.1.2
ChimeraX-PubChem: 2.2
ChimeraX-ReadPbonds: 1.0.1
ChimeraX-Registration: 1.1.2
ChimeraX-RemoteControl: 1.0
ChimeraX-RenderByAttr: 1.6.3
ChimeraX-RenumberResidues: 1.1
ChimeraX-ResidueFit: 1.0.1
ChimeraX-RestServer: 1.3.1
ChimeraX-RNALayout: 1.0
ChimeraX-RotamerLibMgr: 4.0
ChimeraX-RotamerLibsDunbrack: 2.0
ChimeraX-RotamerLibsDynameomics: 2.0
ChimeraX-RotamerLibsRichardson: 2.0
ChimeraX-SaveCommand: 1.5.1
ChimeraX-SchemeMgr: 1.0
ChimeraX-SDF: 2.0.3
ChimeraX-Segger: 1.0
ChimeraX-Segment: 1.0.1
ChimeraX-Segmentations: 3.5.7
ChimeraX-SelInspector: 1.0
ChimeraX-SeqView: 2.17.1
ChimeraX-Shape: 1.1
ChimeraX-Shell: 1.0.1
ChimeraX-Shortcuts: 1.2.1
ChimeraX-ShowSequences: 1.0.3
ChimeraX-SideView: 1.0.1
ChimeraX-SimilarStructures: 1.0.1
ChimeraX-Smiles: 2.1.2
ChimeraX-SmoothLines: 1.0
ChimeraX-SpaceNavigator: 1.0
ChimeraX-StdCommands: 1.19.1
ChimeraX-STL: 1.0.1
ChimeraX-Storm: 1.0
ChimeraX-StructMeasure: 1.2.1
ChimeraX-Struts: 1.0.1
ChimeraX-Surface: 1.0.1
ChimeraX-SwapAA: 2.0.1
ChimeraX-SwapRes: 2.5.2
ChimeraX-TapeMeasure: 1.0
ChimeraX-TaskManager: 1.0
ChimeraX-Test: 1.0
ChimeraX-Toolbar: 1.2.3
ChimeraX-ToolshedUtils: 1.2.4
ChimeraX-Topography: 1.0
ChimeraX-ToQuest: 1.0
ChimeraX-Tug: 1.0.1
ChimeraX-UI: 1.45.2
ChimeraX-Umap: 1.0
ChimeraX-uniprot: 2.3.1
ChimeraX-UnitCell: 1.0.1
ChimeraX-ViewDockX: 1.4.4
ChimeraX-VIPERdb: 1.0
ChimeraX-Vive: 1.1
ChimeraX-VolumeMenu: 1.0.1
ChimeraX-vrml: 1.0
ChimeraX-VTK: 1.0
ChimeraX-WavefrontOBJ: 1.0
ChimeraX-WebCam: 1.0.2
ChimeraX-WebServices: 1.1.5
ChimeraX-Zone: 1.0.1
colorama: 0.4.6
comm: 0.2.2
contourpy: 1.3.2
coverage: 7.9.1
cxservices: 1.2.3
cycler: 0.12.1
Cython: 3.0.12
debugpy: 1.8.14
decorator: 5.2.1
distro: 1.9.0
docutils: 0.21.2
executing: 2.2.0
filelock: 3.18.0
fonttools: 4.58.4
funcparserlib: 2.0.0a0
glfw: 2.9.0
grako: 3.16.5
h5py: 3.14.0
html2text: 2024.2.26
idna: 3.10
ihm: 2.2
imagecodecs: 2024.6.1
imagesize: 1.4.1
iniconfig: 2.1.0
ipykernel: 6.29.5
ipython: 8.26.0
ipywidgets: 8.1.7
jedi: 0.19.1
Jinja2: 3.1.6
jupyter_client: 8.6.3
jupyter_core: 5.8.1
jupyterlab_widgets: 3.0.15
kiwisolver: 1.4.8
line_profiler: 4.2.0
lxml: 5.3.1
lz4: 4.4.4
MarkupSafe: 3.0.2
matplotlib: 3.10.1
matplotlib-inline: 0.1.7
msgpack: 1.1.0
ndindex: 1.10.0
nest-asyncio: 1.6.0
netCDF4: 1.6.5
networkx: 3.3
nibabel: 5.2.0
nptyping: 2.5.0
numexpr: 2.11.0
numpy: 1.26.4
OpenMM: 8.2.0
openvr: 1.26.701
packaging: 24.2
ParmEd: 4.2.2
parso: 0.8.4
pep517: 0.13.1
pexpect: 4.9.0
pickleshare: 0.7.5
pillow: 10.4.0
pip: 25.0.1
pkginfo: 1.11.1
platformdirs: 4.3.8
pluggy: 1.6.0
prompt_toolkit: 3.0.51
psutil: 7.0.0
ptyprocess: 0.7.0
pure_eval: 0.2.3
py-cpuinfo: 9.0.0
pycollada: 0.8
pydicom: 2.4.4
pyelftools: 0.32
Pygments: 2.18.0
pynmrstar: 3.3.5
pynrrd: 1.0.0
PyOpenGL: 3.1.9
PyOpenGL-accelerate: 3.1.9
pyopenxr: 1.1.4501
pyparsing: 3.2.3
pyproject_hooks: 1.2.0
PyQt6: 6.8.1
PyQt6-Qt6: 6.8.2
PyQt6-WebEngine: 6.8.0
PyQt6-WebEngine-Qt6: 6.8.2
PyQt6_sip: 13.10.0
pytest: 8.4.1
pytest-cov: 6.2.1
python-dateutil: 2.9.0.post0
pytz: 2025.2
pyzmq: 27.0.0
qtconsole: 5.5.2
QtPy: 2.4.3
qtshim: 1.1
RandomWords: 0.4.0
requests: 2.32.3
roman-numerals-py: 3.1.0
scipy: 1.14.0
setuptools: 78.1.0
sfftk-rw: 0.8.1
six: 1.16.0
snowballstemmer: 3.0.1
sortedcontainers: 2.4.0
soupsieve: 2.7
Sphinx: 8.2.3
sphinx-autodoc-typehints: 3.1.0
sphinxcontrib-applehelp: 2.0.0
sphinxcontrib-blockdiag: 3.0.0
sphinxcontrib-devhelp: 2.0.0
sphinxcontrib-htmlhelp: 2.1.0
sphinxcontrib-jsmath: 1.0.1
sphinxcontrib-qthelp: 2.0.0
sphinxcontrib-serializinghtml: 2.0.0
stack-data: 0.6.3
superqt: 0.7.1
tables: 3.10.2
tcia_utils: 1.5.1
tifffile: 2025.3.13
tinyarray: 1.2.4
tornado: 6.5.1
traitlets: 5.14.3
typing_extensions: 4.14.0
tzdata: 2025.2
urllib3: 2.5.0
wcwidth: 0.2.13
webcolors: 24.11.1
wheel: 0.45.1
wheel-filename: 1.4.2
widgetsnbextension: 4.0.14
Change History (1)
comment:1 by , 3 months ago
| Component: | Unassigned → Third Party |
|---|---|
| Description: | modified (diff) |
| Owner: | set to |
| Platform: | → all |
| Project: | → ChimeraX |
| Status: | new → assigned |
| Summary: | ChimeraX bug report submission → CliX: path completion: File name too long |
Note:
See TracTickets
for help on using tickets.
