Changes between Initial Version and Version 1 of Ticket #8877


Ignore:
Timestamp:
Apr 20, 2023, 1:29:52 PM (3 years ago)
Author:
Eric Pettersen
Comment:

Reported by Leonardo Lima

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified

  • Ticket #8877

    • Property Component Unassigned → Third Party
    • Property Owner set to Tristan Croll
    • Property Platform → all
    • Property Project → ChimeraX
    • Property Status new → assigned
    • Property Summary ChimeraX bug report submission → ResidueStepper referencing dead structure

  • Ticket #8877 – Description

    initial v1  
    24552455ISOLDE: stopped sim 
    24562456
    2457 > isolde sim start sel
    2458 
    2459 ISOLDE: started sim 
    2460 
    2461 > isolde sim stop discardTo start
    2462 
    2463 reverting to start 
    2464 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    2465 chains... 
    2466 ISOLDE: stopped sim 
    2467 
    2468 > isolde sim start sel
    2469 
    2470 ISOLDE: started sim 
    2471 
    2472 > isolde pepflip sel
    2473 
    2474 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2475 
    2476 > isolde pepflip sel
    2477 
    2478 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2479 
    2480 > isolde pepflip sel
    2481 
    2482 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2483 
    2484 > isolde sim stop
    2485 
    2486 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    2487 chains... 
    2488 ISOLDE: stopped sim 
    2489 
    2490 > isolde sim start sel
    2491 
    2492 ISOLDE: started sim 
    2493 
    2494 > isolde pepflip sel
    2495 
    2496 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2497 
    2498 > isolde pepflip sel
    2499 
    2500 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2501 
    2502 > isolde sim stop
    2503 
    2504 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    2505 chains... 
    2506 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    2507 standards. 
    2508 ISOLDE: stopped sim 
    2509 
    2510 > isolde sim start sel
    2511 
    2512 ISOLDE: started sim 
    2513 
    2514 > select clear
    2515 
    2516 > isolde pepflip sel
    2517 
    2518 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2519 
    2520 > isolde pepflip sel
    2521 
    2522 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2523 
    2524 > isolde pepflip sel
    2525 
    2526 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2527 
    2528 > isolde pepflip sel
    2529 
    2530 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2531 
    2532 > isolde pepflip sel
    2533 
    2534 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2535 
    2536 > isolde pepflip sel
    2537 
    2538 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2539 
    2540 > isolde pepflip sel
    2541 
    2542 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2543 
    2544 > isolde pepflip sel
    2545 
    2546 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2547 
    2548 > isolde pepflip sel
    2549 
    2550 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2551 
    2552 > isolde pepflip sel
    2553 
    2554 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2555 
    2556 > isolde pepflip sel
    2557 
    2558 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2559 
    2560 > isolde pepflip sel
    2561 
    2562 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2563 
    2564 > isolde sim stop
    2565 
    2566 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    2567 chains... 
    2568 ISOLDE: stopped sim 
    2569 
    2570 > isolde sim start sel
    2571 
    2572 ISOLDE: started sim 
    2573 
    2574 > isolde pepflip sel
    2575 
    2576 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2577 
    2578 > isolde pepflip sel
    2579 
    2580 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2581 
    2582 > isolde pepflip sel
    2583 
    2584 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2585 
    2586 > isolde pepflip sel
    2587 
    2588 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2589 
    2590 > isolde pepflip sel
    2591 
    2592 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2593 
    2594 > isolde pepflip sel
    2595 
    2596 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2597 
    2598 > isolde pepflip sel
    2599 
    2600 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2601 
    2602 > isolde pepflip sel
    2603 
    2604 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2605 
    2606 > isolde pepflip sel
    2607 
    2608 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2609 
    2610 > isolde pepflip sel
    2611 
    2612 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2613 
    2614 > isolde pepflip sel
    2615 
    2616 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2617 
    2618 > isolde pepflip sel
    2619 
    2620 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2621 
    2622 > select clear
    2623 
    2624 > isolde pepflip sel
    2625 
    2626 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2627 
    2628 > isolde pepflip sel
    2629 
    2630 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2631 
    2632 > isolde pepflip sel
    2633 
    2634 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2635 
    2636 > isolde sim stop
    2637 
    2638 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    2639 chains... 
    2640 ISOLDE: stopped sim 
    2641 
    2642 > isolde sim start sel
    2643 
    2644 ISOLDE: started sim 
    2645 
    2646 > isolde pepflip sel
    2647 
    2648 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2649 
    2650 > isolde pepflip sel
    2651 
    2652 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2653 
    2654 > select clear
    2655 
    2656 > isolde pepflip sel
    2657 
    2658 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2659 
    2660 > isolde pepflip sel
    2661 
    2662 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2663 
    2664 > isolde pepflip sel
    2665 
    2666 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2667 
    2668 > isolde pepflip sel
    2669 
    2670 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2671 
    2672 > isolde sim stop discardTo start
    2673 
    2674 reverting to start 
    2675 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    2676 chains... 
    2677 ISOLDE: stopped sim 
    2678 
    2679 > isolde sim start sel
    2680 
    2681 ISOLDE: started sim 
    2682 
    2683 > isolde pepflip sel
    2684 
    2685 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2686 
    2687 > isolde pepflip sel
    2688 
    2689 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2690 
    2691 > isolde pepflip sel
    2692 
    2693 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2694 
    2695 > isolde pepflip sel
    2696 
    2697 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2698 
    2699 > isolde pepflip sel
    2700 
    2701 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2702 
    2703 > isolde sim stop discardTo start
    2704 
    2705 reverting to start 
    2706 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    2707 chains... 
    2708 ISOLDE: stopped sim 
    2709 
    2710 > select #1/a:93
    2711 
    2712 22 atoms, 21 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    2713 
    2714 > isolde sim start sel
    2715 
    2716 ISOLDE: started sim 
    2717 
    2718 > isolde sim stop discardTo start
    2719 
    2720 reverting to start 
    2721 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    2722 chains... 
    2723 ISOLDE: stopped sim 
    2724 
    2725 > isolde sim start sel
    2726 
    2727 ISOLDE: started sim 
    2728 
    2729 > select #1/a:93
    2730 
    2731 22 atoms, 21 bonds, 1 residue, 1 model selected 
    2732 
    2733 > isolde pepflip sel
    2734 
    2735 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2736 
    2737 > isolde pepflip sel
    2738 
    2739 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2740 
    2741 > isolde sim stop
    2742 
    2743 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    2744 chains... 
    2745 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    2746 standards. 
    2747 ISOLDE: stopped sim 
    2748 
    2749 > isolde sim start sel
    2750 
    2751 ISOLDE: started sim 
    2752 
    2753 > isolde pepflip sel
    2754 
    2755 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2756 
    2757 > isolde pepflip sel
    2758 
    2759 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2760 
    2761 > isolde pepflip sel
    2762 
    2763 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2764 
    2765 > isolde pepflip sel
    2766 
    2767 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2768 
    2769 > isolde pepflip sel
    2770 
    2771 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2772 
    2773 > select clear
    2774 
    2775 > isolde pepflip sel
    2776 
    2777 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2778 
    2779 > isolde pepflip sel
    2780 
    2781 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2782 
    2783 > isolde pepflip sel
    2784 
    2785 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2786 
    2787 > isolde pepflip sel
    2788 
    2789 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2790 
    2791 > isolde sim stop
    2792 
    2793 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    2794 chains... 
    2795 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    2796 standards. 
    2797 ISOLDE: stopped sim 
    2798 
    2799 > isolde sim start sel
    2800 
    2801 ISOLDE: started sim 
    2802 
    2803 > isolde pepflip sel
    2804 
    2805 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2806 
    2807 > isolde sim stop
    2808 
    2809 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    2810 chains... 
    2811 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    2812 standards. 
    2813 ISOLDE: stopped sim 
    2814 
    2815 > isolde sim start sel
    2816 
    2817 ISOLDE: started sim 
    2818 
    2819 > isolde pepflip sel
    2820 
    2821 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2822 
    2823 > select clear
    2824 
    2825 > isolde pepflip sel
    2826 
    2827 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2828 
    2829 > select clear
    2830 
    2831 > isolde pepflip sel
    2832 
    2833 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2834 
    2835 > isolde pepflip sel
    2836 
    2837 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2838 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    2839 
    2840 > isolde pepflip sel
    2841 
    2842 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2843 
    2844 > isolde pepflip sel
    2845 
    2846 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2847 
    2848 > isolde pepflip sel
    2849 
    2850 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2851 
    2852 > isolde pepflip sel
    2853 
    2854 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2855 
    2856 > isolde pepflip sel
    2857 
    2858 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2859 
    2860 > isolde pepflip sel
    2861 
    2862 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2863 
    2864 > isolde pepflip sel
    2865 
    2866 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2867 
    2868 > select clear
    2869 
    2870 > isolde pepflip sel
    2871 
    2872 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2873 
    2874 > select clear
    2875 
    2876 > isolde pepflip sel
    2877 
    2878 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2879 
    2880 > isolde pepflip sel
    2881 
    2882 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2883 
    2884 > isolde pepflip sel
    2885 
    2886 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2887 
    2888 > isolde pepflip sel
    2889 
    2890 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2891 
    2892 > select clear
    2893 
    2894 [Repeated 1 time(s)]
    2895 
    2896 > isolde pepflip sel
    2897 
    2898 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2899 
    2900 > isolde pepflip sel
    2901 
    2902 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2903 
    2904 > select clear
    2905 
    2906 > isolde pepflip sel
    2907 
    2908 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2909 
    2910 > isolde sim stop
    2911 
    2912 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    2913 chains... 
    2914 ISOLDE: stopped sim 
    2915 
    2916 > isolde sim start sel
    2917 
    2918 ISOLDE: started sim 
    2919 
    2920 > isolde pepflip sel
    2921 
    2922 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2923 
    2924 > isolde pepflip sel
    2925 
    2926 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2927 
    2928 > isolde pepflip sel
    2929 
    2930 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2931 
    2932 > isolde pepflip sel
    2933 
    2934 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2935 
    2936 > isolde pepflip sel
    2937 
    2938 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2939 
    2940 > isolde pepflip sel
    2941 
    2942 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2943 
    2944 > select clear
    2945 
    2946 > isolde pepflip sel
    2947 
    2948 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2949 
    2950 > isolde pepflip sel
    2951 
    2952 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2953 
    2954 > isolde pepflip sel
    2955 
    2956 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2957 
    2958 > isolde sim stop
    2959 
    2960 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    2961 chains... 
    2962 ISOLDE: stopped sim 
    2963 
    2964 > isolde sim start sel
    2965 
    2966 ISOLDE: started sim 
    2967 
    2968 > isolde pepflip sel
    2969 
    2970 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2971 
    2972 > isolde sim stop
    2973 
    2974 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    2975 chains... 
    2976 ISOLDE: stopped sim 
    2977 
    2978 > isolde sim start sel
    2979 
    2980 ISOLDE: started sim 
    2981 
    2982 > isolde pepflip sel
    2983 
    2984 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2985 
    2986 > isolde pepflip sel
    2987 
    2988 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2989 
    2990 > isolde pepflip sel
    2991 
    2992 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2993 
    2994 > isolde pepflip sel
    2995 
    2996 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    2997 
    2998 > isolde pepflip sel
    2999 
    3000 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3001 
    3002 > isolde pepflip sel
    3003 
    3004 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3005 
    3006 > isolde pepflip sel
    3007 
    3008 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3009 
    3010 > isolde pepflip sel
    3011 
    3012 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3013 
    3014 > isolde pepflip sel
    3015 
    3016 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3017 
    3018 > isolde pepflip sel
    3019 
    3020 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3021 
    3022 > isolde pepflip sel
    3023 
    3024 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3025 
    3026 > isolde pepflip sel
    3027 
    3028 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3029 
    3030 > isolde pepflip sel
    3031 
    3032 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3033 
    3034 > isolde pepflip sel
    3035 
    3036 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3037 
    3038 > isolde pepflip sel
    3039 
    3040 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3041 
    3042 > isolde pepflip sel
    3043 
    3044 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3045 
    3046 > isolde pepflip sel
    3047 
    3048 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3049 
    3050 > isolde pepflip sel
    3051 
    3052 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3053 
    3054 > isolde pepflip sel
    3055 
    3056 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3057 
    3058 > isolde pepflip sel
    3059 
    3060 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3061 
    3062 > select clear
    3063 
    3064 > isolde pepflip sel
    3065 
    3066 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3067 
    3068 > isolde pepflip sel
    3069 
    3070 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3071 
    3072 > isolde pepflip sel
    3073 
    3074 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3075 
    3076 > isolde pepflip sel
    3077 
    3078 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3079 
    3080 > isolde pepflip sel
    3081 
    3082 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3083 
    3084 > isolde pepflip sel
    3085 
    3086 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3087 
    3088 > isolde pepflip sel
    3089 
    3090 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3091 
    3092 > select clear
    3093 
    3094 > isolde pepflip sel
    3095 
    3096 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3097 
    3098 > isolde pepflip sel
    3099 
    3100 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3101 
    3102 > isolde pepflip sel
    3103 
    3104 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3105 
    3106 > isolde sim stop
    3107 
    3108 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    3109 chains... 
    3110 ISOLDE: stopped sim 
    3111 
    3112 > isolde sim start sel
    3113 
    3114 ISOLDE: started sim 
    3115 
    3116 > isolde sim stop
    3117 
    3118 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    3119 chains... 
    3120 ISOLDE: stopped sim 
    3121 
    3122 > isolde sim start sel
    3123 
    3124 ISOLDE: started sim 
    3125 
    3126 > isolde pepflip sel
    3127 
    3128 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3129 
    3130 > isolde pepflip sel
    3131 
    3132 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3133 
    3134 > isolde pepflip sel
    3135 
    3136 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3137 
    3138 > isolde sim stop
    3139 
    3140 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    3141 chains... 
    3142 ISOLDE: stopped sim 
    3143 
    3144 > isolde sim start sel
    3145 
    3146 ISOLDE: started sim 
    3147 
    3148 > isolde pepflip sel
    3149 
    3150 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3151 
    3152 > isolde pepflip sel
    3153 
    3154 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3155 
    3156 > isolde pepflip sel
    3157 
    3158 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3159 
    3160 > isolde pepflip sel
    3161 
    3162 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3163 
    3164 > isolde pepflip sel
    3165 
    3166 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3167 
    3168 > isolde pepflip sel
    3169 
    3170 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3171 
    3172 > isolde pepflip sel
    3173 
    3174 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3175 
    3176 > isolde sim stop
    3177 
    3178 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    3179 chains... 
    3180 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    3181 standards. 
    3182 ISOLDE: stopped sim 
    3183 
    3184 > isolde sim start sel
    3185 
    3186 ISOLDE: started sim 
    3187 
    3188 > isolde pepflip sel
    3189 
    3190 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3191 
    3192 > isolde pepflip sel
    3193 
    3194 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3195 
    3196 > isolde pepflip sel
    3197 
    3198 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3199 
    3200 > isolde pepflip sel
    3201 
    3202 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3203 
    3204 > isolde pepflip sel
    3205 
    3206 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3207 
    3208 > isolde pepflip sel
    3209 
    3210 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3211 
    3212 > isolde pepflip sel
    3213 
    3214 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3215 
    3216 > isolde pepflip sel
    3217 
    3218 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3219 
    3220 > isolde pepflip sel
    3221 
    3222 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3223 
    3224 > isolde pepflip sel
    3225 
    3226 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3227 
    3228 > isolde pepflip sel
    3229 
    3230 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3231 
    3232 > isolde pepflip sel
    3233 
    3234 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3235 
    3236 > isolde pepflip sel
    3237 
    3238 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3239 
    3240 > isolde pepflip sel
    3241 
    3242 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3243 
    3244 > isolde pepflip sel
    3245 
    3246 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3247 
    3248 > isolde pepflip sel
    3249 
    3250 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3251 
    3252 > isolde pepflip sel
    3253 
    3254 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3255 
    3256 > isolde pepflip sel
    3257 
    3258 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3259 
    3260 > isolde pepflip sel
    3261 
    3262 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3263 
    3264 > isolde sim stop discardTo start
    3265 
    3266 reverting to start 
    3267 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    3268 chains... 
    3269 ISOLDE: stopped sim 
    3270 
    3271 > isolde sim start sel
    3272 
    3273 ISOLDE: started sim 
    3274 
    3275 > isolde pepflip sel
    3276 
    3277 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3278 
    3279 > isolde sim stop discardTo start
    3280 
    3281 reverting to start 
    3282 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    3283 chains... 
    3284 ISOLDE: stopped sim 
    3285 
    3286 > isolde sim start sel
    3287 
    3288 ISOLDE: started sim 
    3289 
    3290 > isolde pepflip sel
    3291 
    3292 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3293 
    3294 > isolde pepflip sel
    3295 
    3296 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3297 
    3298 > isolde pepflip sel
    3299 
    3300 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3301 
    3302 > isolde pepflip sel
    3303 
    3304 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3305 
    3306 > select clear
    3307 
    3308 > isolde pepflip sel
    3309 
    3310 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3311 
    3312 > isolde pepflip sel
    3313 
    3314 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3315 
    3316 > isolde pepflip sel
    3317 
    3318 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3319 
    3320 > isolde sim stop
    3321 
    3322 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    3323 chains... 
    3324 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    3325 standards. 
    3326 ISOLDE: stopped sim 
    3327 
    3328 > isolde sim start sel
    3329 
    3330 ISOLDE: started sim 
    3331 
    3332 > isolde pepflip sel
    3333 
    3334 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3335 
    3336 > isolde pepflip sel
    3337 
    3338 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3339 
    3340 > select clear
    3341 
    3342 > isolde sim pause
    3343 
    3344 > isolde sim resume
    3345 
    3346 > isolde pepflip sel
    3347 
    3348 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3349 
    3350 > isolde pepflip sel
    3351 
    3352 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3353 
    3354 > isolde pepflip sel
    3355 
    3356 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3357 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    3358 
    3359 > isolde pepflip sel
    3360 
    3361 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3362 
    3363 > select clear
    3364 
    3365 > isolde pepflip sel
    3366 
    3367 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3368 
    3369 > isolde sim stop
    3370 
    3371 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    3372 chains... 
    3373 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 4 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    3374 standards. 
    3375 ISOLDE: stopped sim 
    3376 
    3377 > isolde sim start sel
    3378 
    3379 ISOLDE: started sim 
    3380 
    3381 > isolde pepflip sel
    3382 
    3383 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3384 
    3385 > isolde pepflip sel
    3386 
    3387 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3388 
    3389 > isolde pepflip sel
    3390 
    3391 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3392 
    3393 > isolde sim stop
    3394 
    3395 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    3396 chains... 
    3397 ISOLDE: stopped sim 
    3398 
    3399 > isolde sim start sel
    3400 
    3401 ISOLDE: started sim 
    3402 
    3403 > isolde pepflip sel
    3404 
    3405 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3406 
    3407 > isolde pepflip sel
    3408 
    3409 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3410 
    3411 > isolde pepflip sel
    3412 
    3413 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3414 
    3415 > isolde pepflip sel
    3416 
    3417 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3418 
    3419 > isolde pepflip sel
    3420 
    3421 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3422 
    3423 > isolde pepflip sel
    3424 
    3425 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3426 
    3427 > isolde pepflip sel
    3428 
    3429 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3430 
    3431 > isolde pepflip sel
    3432 
    3433 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3434 
    3435 > isolde pepflip sel
    3436 
    3437 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3438 
    3439 > isolde sim stop discardTo start
    3440 
    3441 reverting to start 
    3442 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    3443 chains... 
    3444 ISOLDE: stopped sim 
    3445 
    3446 > isolde sim start sel
    3447 
    3448 ISOLDE: started sim 
    3449 
    3450 > isolde pepflip sel
    3451 
    3452 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3453 
    3454 > isolde pepflip sel
    3455 
    3456 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3457 
    3458 > select clear
    3459 
    3460 > isolde pepflip sel
    3461 
    3462 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3463 
    3464 > isolde pepflip sel
    3465 
    3466 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3467 
    3468 > isolde pepflip sel
    3469 
    3470 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3471 
    3472 > isolde pepflip sel
    3473 
    3474 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3475 
    3476 > isolde pepflip sel
    3477 
    3478 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3479 
    3480 > isolde pepflip sel
    3481 
    3482 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3483 
    3484 > isolde pepflip sel
    3485 
    3486 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3487 
    3488 > isolde pepflip sel
    3489 
    3490 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3491 
    3492 > isolde pepflip sel
    3493 
    3494 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3495 
    3496 > isolde sim stop
    3497 
    3498 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    3499 chains... 
    3500 ISOLDE: stopped sim 
    3501 
    3502 > isolde sim start sel
    3503 
    3504 ISOLDE: started sim 
    3505 
    3506 > isolde sim stop discardTo start
    3507 
    3508 reverting to start 
    3509 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    3510 chains... 
    3511 ISOLDE: stopped sim 
    3512 
    3513 > isolde sim start sel
    3514 
    3515 ISOLDE: started sim 
    3516 
    3517 > isolde pepflip sel
    3518 
    3519 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3520 
    3521 > isolde pepflip sel
    3522 
    3523 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3524 
    3525 > isolde pepflip sel
    3526 
    3527 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3528 
    3529 > isolde pepflip sel
    3530 
    3531 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3532 
    3533 > isolde pepflip sel
    3534 
    3535 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3536 
    3537 > isolde sim stop discardTo start
    3538 
    3539 reverting to start 
    3540 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    3541 chains... 
    3542 ISOLDE: stopped sim 
    3543 
    3544 > isolde sim start sel
    3545 
    3546 ISOLDE: started sim 
    3547 
    3548 > isolde pepflip sel
    3549 
    3550 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3551 
    3552 > isolde pepflip sel
    3553 
    3554 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3555 
    3556 > isolde pepflip sel
    3557 
    3558 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3559 
    3560 > isolde pepflip sel
    3561 
    3562 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3563 
    3564 > isolde pepflip sel
    3565 
    3566 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3567 
    3568 > isolde pepflip sel
    3569 
    3570 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3571 
    3572 > isolde pepflip sel
    3573 
    3574 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3575 
    3576 > isolde pepflip sel
    3577 
    3578 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3579 
    3580 > isolde pepflip sel
    3581 
    3582 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3583 
    3584 > isolde pepflip sel
    3585 
    3586 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3587 
    3588 > isolde pepflip sel
    3589 
    3590 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3591 
    3592 > select clear
    3593 
    3594 > isolde pepflip sel
    3595 
    3596 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3597 
    3598 > select clear
    3599 
    3600 > isolde pepflip sel
    3601 
    3602 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3603 
    3604 > isolde pepflip sel
    3605 
    3606 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3607 
    3608 > isolde sim stop
    3609 
    3610 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    3611 chains... 
    3612 ISOLDE: stopped sim 
    3613 
    3614 > isolde sim start sel
    3615 
    3616 ISOLDE: started sim 
    3617 
    3618 > isolde pepflip sel
    3619 
    3620 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3621 
    3622 > isolde pepflip sel
    3623 
    3624 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3625 
    3626 > isolde pepflip sel
    3627 
    3628 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3629 
    3630 > isolde pepflip sel
    3631 
    3632 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3633 
    3634 > isolde sim stop
    3635 
    3636 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    3637 chains... 
    3638 ISOLDE: stopped sim 
    3639 
    3640 > isolde sim start sel
    3641 
    3642 ISOLDE: started sim 
    3643 
    3644 > isolde pepflip sel
    3645 
    3646 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3647 
    3648 > isolde pepflip sel
    3649 
    3650 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3651 
    3652 > isolde pepflip sel
    3653 
    3654 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3655 
    3656 > isolde pepflip sel
    3657 
    3658 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3659 
    3660 > isolde pepflip sel
    3661 
    3662 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3663 
    3664 > isolde pepflip sel
    3665 
    3666 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3667 
    3668 > isolde pepflip sel
    3669 
    3670 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3671 
    3672 > isolde pepflip sel
    3673 
    3674 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3675 
    3676 > isolde sim stop discardTo start
    3677 
    3678 reverting to start 
    3679 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    3680 chains... 
    3681 ISOLDE: stopped sim 
    3682 
    3683 > isolde sim start sel
    3684 
    3685 ISOLDE: started sim 
    3686 
    3687 > isolde pepflip sel
    3688 
    3689 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3690 
    3691 > isolde pepflip sel
    3692 
    3693 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3694 
    3695 > isolde pepflip sel
    3696 
    3697 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3698 
    3699 > isolde pepflip sel
    3700 
    3701 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3702 
    3703 > isolde sim stop discardTo start
    3704 
    3705 reverting to start 
    3706 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    3707 chains... 
    3708 ISOLDE: stopped sim 
    3709 
    3710 > isolde sim start sel
    3711 
    3712 ISOLDE: started sim 
    3713 
    3714 > isolde sim stop
    3715 
    3716 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    3717 chains... 
    3718 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    3719 standards. 
    3720 ISOLDE: stopped sim 
    3721 
    3722 > isolde sim start sel
    3723 
    3724 ISOLDE: started sim 
    3725 
    3726 > isolde pepflip sel
    3727 
    3728 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3729 
    3730 > select clear
    3731 
    3732 > isolde pepflip sel
    3733 
    3734 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3735 
    3736 > isolde pepflip sel
    3737 
    3738 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3739 
    3740 > isolde pepflip sel
    3741 
    3742 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3743 
    3744 > isolde pepflip sel
    3745 
    3746 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3747 
    3748 > isolde pepflip sel
    3749 
    3750 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3751 
    3752 > isolde pepflip sel
    3753 
    3754 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3755 
    3756 > isolde pepflip sel
    3757 
    3758 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3759 
    3760 > isolde pepflip sel
    3761 
    3762 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3763 
    3764 > isolde sim stop
    3765 
    3766 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    3767 chains... 
    3768 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 2 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    3769 standards. 
    3770 ISOLDE: stopped sim 
    3771 
    3772 > isolde sim start sel
    3773 
    3774 ISOLDE: started sim 
    3775 
    3776 > isolde pepflip sel
    3777 
    3778 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3779 
    3780 > isolde pepflip sel
    3781 
    3782 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3783 
    3784 > isolde pepflip sel
    3785 
    3786 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3787 
    3788 > isolde pepflip sel
    3789 
    3790 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3791 
    3792 > isolde pepflip sel
    3793 
    3794 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3795 
    3796 > isolde pepflip sel
    3797 
    3798 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3799 
    3800 > isolde pepflip sel
    3801 
    3802 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3803 
    3804 > select clear
    3805 
    3806 > isolde pepflip sel
    3807 
    3808 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3809 
    3810 > isolde pepflip sel
    3811 
    3812 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3813 
    3814 > isolde pepflip sel
    3815 
    3816 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3817 
    3818 > isolde pepflip sel
    3819 
    3820 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3821 
    3822 > isolde pepflip sel
    3823 
    3824 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3825 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    3826 
    3827 > isolde pepflip sel
    3828 
    3829 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3830 
    3831 > isolde pepflip sel
    3832 
    3833 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3834 
    3835 > isolde pepflip sel
    3836 
    3837 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3838 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    3839 
    3840 > isolde pepflip sel
    3841 
    3842 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3843 
    3844 > isolde pepflip sel
    3845 
    3846 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3847 
    3848 > isolde pepflip sel
    3849 
    3850 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3851 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    3852 
    3853 > isolde cisflip sel
    3854 
    3855 Performing cis<\-->trans flip for 1 residues 
    3856 
    3857 > isolde pepflip sel
    3858 
    3859 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3860 
    3861 > isolde pepflip sel
    3862 
    3863 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3864 
    3865 > isolde sim stop
    3866 
    3867 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    3868 chains... 
    3869 ISOLDE: stopped sim 
    3870 
    3871 > isolde sim start sel
    3872 
    3873 ISOLDE: started sim 
    3874 
    3875 > isolde pepflip sel
    3876 
    3877 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3878 
    3879 > isolde pepflip sel
    3880 
    3881 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3882 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    3883 
    3884 > isolde sim stop
    3885 
    3886 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    3887 chains... 
    3888 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 3 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    3889 standards. 
    3890 ISOLDE: stopped sim 
    3891 
    3892 > isolde sim start sel
    3893 
    3894 ISOLDE: started sim 
    3895 
    3896 > isolde pepflip sel
    3897 
    3898 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3899 
    3900 > isolde pepflip sel
    3901 
    3902 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3903 
    3904 > isolde pepflip sel
    3905 
    3906 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3907 
    3908 > select clear
    3909 
    3910 > isolde pepflip sel
    3911 
    3912 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3913 
    3914 > isolde pepflip sel
    3915 
    3916 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3917 
    3918 > isolde pepflip sel
    3919 
    3920 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3921 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    3922 
    3923 > isolde pepflip sel
    3924 
    3925 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3926 
    3927 > isolde pepflip sel
    3928 
    3929 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3930 
    3931 > isolde sim stop discardTo start
    3932 
    3933 reverting to start 
    3934 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    3935 chains... 
    3936 ISOLDE: stopped sim 
    3937 
    3938 > isolde sim start sel
    3939 
    3940 ISOLDE: started sim 
    3941 
    3942 > isolde pepflip sel
    3943 
    3944 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3945 
    3946 > isolde pepflip sel
    3947 
    3948 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3949 
    3950 > isolde pepflip sel
    3951 
    3952 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3953 
    3954 > isolde pepflip sel
    3955 
    3956 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3957 
    3958 > isolde pepflip sel
    3959 
    3960 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3961 
    3962 > isolde pepflip sel
    3963 
    3964 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3965 
    3966 > isolde pepflip sel
    3967 
    3968 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3969 
    3970 > isolde pepflip sel
    3971 
    3972 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3973 
    3974 > isolde pepflip sel
    3975 
    3976 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3977 
    3978 > isolde pepflip sel
    3979 
    3980 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3981 
    3982 > isolde pepflip sel
    3983 
    3984 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3985 
    3986 > isolde pepflip sel
    3987 
    3988 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3989 
    3990 > isolde pepflip sel
    3991 
    3992 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3993 
    3994 > isolde pepflip sel
    3995 
    3996 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    3997 
    3998 > isolde pepflip sel
    3999 
    4000 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4001 
    4002 > isolde pepflip sel
    4003 
    4004 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4005 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    4006 
    4007 > isolde cisflip sel
    4008 
    4009 Performing cis<\-->trans flip for 1 residues 
    4010 
    4011 > isolde cisflip sel
    4012 
    4013 Performing cis<\-->trans flip for 1 residues 
    4014 
    4015 > select clear
    4016 
    4017 > isolde pepflip sel
    4018 
    4019 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4020 
    4021 > isolde pepflip sel
    4022 
    4023 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4024 
    4025 > isolde sim stop
    4026 
    4027 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4028 chains... 
    4029 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    4030 standards. 
    4031 ISOLDE: stopped sim 
    4032 
    4033 > isolde sim start sel
    4034 
    4035 ISOLDE: started sim 
    4036 
    4037 > isolde pepflip sel
    4038 
    4039 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4040 
    4041 > isolde pepflip sel
    4042 
    4043 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4044 
    4045 > isolde pepflip sel
    4046 
    4047 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4048 
    4049 > isolde pepflip sel
    4050 
    4051 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4052 
    4053 > isolde pepflip sel
    4054 
    4055 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4056 
    4057 > isolde pepflip sel
    4058 
    4059 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4060 
    4061 > isolde pepflip sel
    4062 
    4063 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4064 
    4065 > isolde pepflip sel
    4066 
    4067 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4068 
    4069 > isolde pepflip sel
    4070 
    4071 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4072 
    4073 > isolde pepflip sel
    4074 
    4075 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4076 
    4077 > isolde pepflip sel
    4078 
    4079 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4080 
    4081 > isolde pepflip sel
    4082 
    4083 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4084 
    4085 > isolde pepflip sel
    4086 
    4087 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4088 
    4089 > isolde pepflip sel
    4090 
    4091 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4092 
    4093 > isolde pepflip sel
    4094 
    4095 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4096 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    4097 
    4098 > isolde sim stop
    4099 
    4100 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4101 chains... 
    4102 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    4103 standards. 
    4104 ISOLDE: stopped sim 
    4105 
    4106 > isolde sim start sel
    4107 
    4108 ISOLDE: started sim 
    4109 
    4110 > isolde pepflip sel
    4111 
    4112 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4113 
    4114 > isolde pepflip sel
    4115 
    4116 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4117 
    4118 > isolde sim stop
    4119 
    4120 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4121 chains... 
    4122 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    4123 standards. 
    4124 ISOLDE: stopped sim 
    4125 
    4126 > isolde sim start sel
    4127 
    4128 ISOLDE: started sim 
    4129 
    4130 > isolde sim stop
    4131 
    4132 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4133 chains... 
    4134 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 2 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    4135 standards. 
    4136 ISOLDE: stopped sim 
    4137 
    4138 > isolde sim start sel
    4139 
    4140 ISOLDE: started sim 
    4141 
    4142 > isolde pepflip sel
    4143 
    4144 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4145 
    4146 > isolde pepflip sel
    4147 
    4148 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4149 
    4150 > isolde pepflip sel
    4151 
    4152 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4153 
    4154 > isolde sim stop
    4155 
    4156 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4157 chains... 
    4158 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    4159 standards. 
    4160 ISOLDE: stopped sim 
    4161 
    4162 > isolde sim start sel
    4163 
    4164 ISOLDE: started sim 
    4165 
    4166 > isolde pepflip sel
    4167 
    4168 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4169 
    4170 > isolde pepflip sel
    4171 
    4172 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4173 
    4174 > isolde sim stop
    4175 
    4176 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4177 chains... 
    4178 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    4179 standards. 
    4180 ISOLDE: stopped sim 
    4181 
    4182 > isolde sim start sel
    4183 
    4184 ISOLDE: started sim 
    4185 
    4186 > isolde pepflip sel
    4187 
    4188 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4189 
    4190 > isolde sim stop
    4191 
    4192 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4193 chains... 
    4194 ISOLDE: stopped sim 
    4195 
    4196 > isolde pepflip sel
    4197 
    4198 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4199 ISOLDE: started sim 
    4200 
    4201 > isolde pepflip sel
    4202 
    4203 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4204 
    4205 > isolde sim stop
    4206 
    4207 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4208 chains... 
    4209 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 2 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    4210 standards. 
    4211 ISOLDE: stopped sim 
    4212 
    4213 > isolde sim start sel
    4214 
    4215 ISOLDE: started sim 
    4216 
    4217 > isolde pepflip sel
    4218 
    4219 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4220 
    4221 > isolde pepflip sel
    4222 
    4223 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4224 
    4225 > isolde pepflip sel
    4226 
    4227 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4228 
    4229 > isolde pepflip sel
    4230 
    4231 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4232 
    4233 > isolde sim stop
    4234 
    4235 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4236 chains... 
    4237 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    4238 standards. 
    4239 ISOLDE: stopped sim 
    4240 
    4241 > isolde sim start sel
    4242 
    4243 ISOLDE: started sim 
    4244 
    4245 > isolde pepflip sel
    4246 
    4247 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4248 
    4249 > isolde sim stop
    4250 
    4251 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4252 chains... 
    4253 ISOLDE: stopped sim 
    4254 
    4255 > isolde pepflip sel
    4256 
    4257 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4258 ISOLDE: started sim 
    4259 
    4260 > isolde pepflip sel
    4261 
    4262 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4263 
    4264 > isolde pepflip sel
    4265 
    4266 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4267 
    4268 > isolde pepflip sel
    4269 
    4270 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4271 
    4272 > isolde pepflip sel
    4273 
    4274 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4275 
    4276 > isolde pepflip sel
    4277 
    4278 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4279 
    4280 > isolde sim stop
    4281 
    4282 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4283 chains... 
    4284 ISOLDE: stopped sim 
    4285 
    4286 > save D:/Rafa/OneDrive/Documentos/ubuntuStorage/krsp/5OPT-refinement/40S-wt-
    4287 > refinement/6-40S-KSRP-wt-Second-steps.pdb models #1
    4288 
    4289 > save D:/Rafa/OneDrive/Documentos/ubuntuStorage/krsp/5OPT-refinement/40S-wt-
    4290 > refinement/6-40S-KSRP-wt-Second-steps.cxs
    4291 
    4292 Taking snapshot of stepper: 40S-wt-concat.pdb 
    4293 
    4294 > isolde sim start sel
    4295 
    4296 ISOLDE: started sim 
    4297 
    4298 > isolde sim stop
    4299 
    4300 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4301 chains... 
    4302 ISOLDE: stopped sim 
    4303 
    4304 > isolde sim start sel
    4305 
    4306 ISOLDE: started sim 
    4307 
    4308 > isolde pepflip sel
    4309 
    4310 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4311 
    4312 > isolde pepflip sel
    4313 
    4314 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4315 
    4316 > isolde pepflip sel
    4317 
    4318 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4319 
    4320 > isolde pepflip sel
    4321 
    4322 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4323 
    4324 > isolde pepflip sel
    4325 
    4326 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4327 
    4328 > isolde pepflip sel
    4329 
    4330 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4331 
    4332 > isolde pepflip sel
    4333 
    4334 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4335 
    4336 > isolde pepflip sel
    4337 
    4338 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4339 
    4340 > isolde pepflip sel
    4341 
    4342 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4343 
    4344 > isolde pepflip sel
    4345 
    4346 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4347 
    4348 > isolde pepflip sel
    4349 
    4350 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4351 
    4352 > isolde pepflip sel
    4353 
    4354 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4355 
    4356 > isolde pepflip sel
    4357 
    4358 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4359 
    4360 > isolde pepflip sel
    4361 
    4362 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4363 
    4364 > isolde pepflip sel
    4365 
    4366 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4367 
    4368 > isolde pepflip sel
    4369 
    4370 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4371 
    4372 > isolde pepflip sel
    4373 
    4374 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4375 
    4376 > isolde pepflip sel
    4377 
    4378 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4379 
    4380 > isolde sim stop
    4381 
    4382 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4383 chains... 
    4384 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 2 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    4385 standards. 
    4386 ISOLDE: stopped sim 
    4387 
    4388 > isolde sim start sel
    4389 
    4390 ISOLDE: started sim 
    4391 
    4392 > select clear
    4393 
    4394 > isolde pepflip sel
    4395 
    4396 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4397 
    4398 > isolde pepflip sel
    4399 
    4400 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4401 
    4402 > isolde pepflip sel
    4403 
    4404 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4405 
    4406 > select clear
    4407 
    4408 > isolde pepflip sel
    4409 
    4410 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4411 
    4412 > isolde pepflip sel
    4413 
    4414 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4415 
    4416 > isolde pepflip sel
    4417 
    4418 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4419 
    4420 > isolde pepflip sel
    4421 
    4422 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4423 
    4424 > isolde pepflip sel
    4425 
    4426 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4427 
    4428 > isolde pepflip sel
    4429 
    4430 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4431 
    4432 > isolde pepflip sel
    4433 
    4434 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4435 
    4436 > isolde pepflip sel
    4437 
    4438 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4439 
    4440 > isolde pepflip sel
    4441 
    4442 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4443 
    4444 > isolde pepflip sel
    4445 
    4446 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4447 
    4448 > isolde pepflip sel
    4449 
    4450 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4451 
    4452 > isolde pepflip sel
    4453 
    4454 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4455 
    4456 > isolde pepflip sel
    4457 
    4458 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4459 
    4460 > isolde sim stop
    4461 
    4462 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4463 chains... 
    4464 ISOLDE: stopped sim 
    4465 
    4466 > isolde sim start sel
    4467 
    4468 ISOLDE: started sim 
    4469 
    4470 > isolde pepflip sel
    4471 
    4472 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4473 
    4474 > isolde sim stop
    4475 
    4476 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4477 chains... 
    4478 ISOLDE: stopped sim 
    4479 
    4480 > isolde sim start sel
    4481 
    4482 ISOLDE: started sim 
    4483 
    4484 > select clear
    4485 
    4486 > isolde pepflip sel
    4487 
    4488 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4489 
    4490 > isolde pepflip sel
    4491 
    4492 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4493 
    4494 > isolde pepflip sel
    4495 
    4496 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4497 
    4498 > isolde sim stop
    4499 
    4500 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4501 chains... 
    4502 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 3 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    4503 standards. 
    4504 ISOLDE: stopped sim 
    4505 
    4506 > isolde sim start sel
    4507 
    4508 ISOLDE: started sim 
    4509 
    4510 > isolde pepflip sel
    4511 
    4512 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4513 
    4514 > isolde pepflip sel
    4515 
    4516 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4517 
    4518 > isolde pepflip sel
    4519 
    4520 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4521 
    4522 > isolde pepflip sel
    4523 
    4524 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4525 
    4526 > isolde sim stop
    4527 
    4528 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4529 chains... 
    4530 ISOLDE: stopped sim 
    4531 
    4532 > isolde sim start sel
    4533 
    4534 ISOLDE: started sim 
    4535 
    4536 > isolde pepflip sel
    4537 
    4538 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4539 
    4540 > isolde pepflip sel
    4541 
    4542 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4543 
    4544 > isolde pepflip sel
    4545 
    4546 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4547 
    4548 > isolde pepflip sel
    4549 
    4550 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4551 
    4552 > isolde pepflip sel
    4553 
    4554 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4555 
    4556 > isolde pepflip sel
    4557 
    4558 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4559 
    4560 > isolde pepflip sel
    4561 
    4562 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4563 
    4564 > isolde pepflip sel
    4565 
    4566 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4567 
    4568 > isolde pepflip sel
    4569 
    4570 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4571 
    4572 > isolde pepflip sel
    4573 
    4574 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4575 
    4576 > isolde pepflip sel
    4577 
    4578 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4579 
    4580 > isolde pepflip sel
    4581 
    4582 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4583 
    4584 > isolde pepflip sel
    4585 
    4586 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4587 
    4588 > isolde pepflip sel
    4589 
    4590 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4591 
    4592 > isolde pepflip sel
    4593 
    4594 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4595 
    4596 > isolde pepflip sel
    4597 
    4598 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4599 
    4600 > isolde pepflip sel
    4601 
    4602 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4603 
    4604 > isolde pepflip sel
    4605 
    4606 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4607 
    4608 > isolde pepflip sel
    4609 
    4610 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4611 
    4612 > select clear
    4613 
    4614 > isolde pepflip sel
    4615 
    4616 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4617 
    4618 > isolde pepflip sel
    4619 
    4620 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4621 
    4622 > isolde pepflip sel
    4623 
    4624 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4625 
    4626 > isolde pepflip sel
    4627 
    4628 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4629 
    4630 > isolde pepflip sel
    4631 
    4632 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4633 
    4634 > isolde pepflip sel
    4635 
    4636 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4637 
    4638 > select clear
    4639 
    4640 > isolde pepflip sel
    4641 
    4642 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4643 
    4644 > isolde pepflip sel
    4645 
    4646 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4647 
    4648 > isolde pepflip sel
    4649 
    4650 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4651 
    4652 > isolde pepflip sel
    4653 
    4654 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4655 
    4656 > select clear
    4657 
    4658 > isolde pepflip sel
    4659 
    4660 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4661 
    4662 > isolde pepflip sel
    4663 
    4664 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4665 
    4666 > isolde pepflip sel
    4667 
    4668 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4669 
    4670 > isolde pepflip sel
    4671 
    4672 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4673 
    4674 > isolde pepflip sel
    4675 
    4676 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4677 
    4678 > isolde pepflip sel
    4679 
    4680 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4681 
    4682 > isolde pepflip sel
    4683 
    4684 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4685 
    4686 > isolde pepflip sel
    4687 
    4688 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4689 
    4690 > isolde pepflip sel
    4691 
    4692 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4693 
    4694 > isolde pepflip sel
    4695 
    4696 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4697 
    4698 > isolde sim stop
    4699 
    4700 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4701 chains... 
    4702 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    4703 standards. 
    4704 ISOLDE: stopped sim 
    4705 
    4706 > isolde sim start sel
    4707 
    4708 ISOLDE: started sim 
    4709 
    4710 > isolde sim stop
    4711 
    4712 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4713 chains... 
    4714 ISOLDE: stopped sim 
    4715 
    4716 > isolde sim start sel
    4717 
    4718 ISOLDE: started sim 
    4719 
    4720 > isolde pepflip sel
    4721 
    4722 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4723 
    4724 > isolde pepflip sel
    4725 
    4726 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4727 
    4728 > isolde pepflip sel
    4729 
    4730 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4731 
    4732 > select clear
    4733 
    4734 > isolde pepflip sel
    4735 
    4736 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4737 
    4738 > isolde pepflip sel
    4739 
    4740 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4741 
    4742 > isolde pepflip sel
    4743 
    4744 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4745 
    4746 > isolde pepflip sel
    4747 
    4748 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4749 
    4750 > isolde pepflip sel
    4751 
    4752 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4753 
    4754 > select clear
    4755 
    4756 > isolde sim stop
    4757 
    4758 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4759 chains... 
    4760 ISOLDE: stopped sim 
    4761 
    4762 > isolde sim start sel
    4763 
    4764 ISOLDE: started sim 
    4765 
    4766 > isolde pepflip sel
    4767 
    4768 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4769 
    4770 > isolde pepflip sel
    4771 
    4772 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4773 
    4774 > select clear
    4775 
    4776 [Repeated 1 time(s)]
    4777 
    4778 > isolde pepflip sel
    4779 
    4780 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4781 
    4782 > isolde pepflip sel
    4783 
    4784 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4785 
    4786 > isolde sim stop
    4787 
    4788 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4789 chains... 
    4790 ISOLDE: stopped sim 
    4791 
    4792 > isolde sim start sel
    4793 
    4794 ISOLDE: started sim 
    4795 
    4796 > isolde pepflip sel
    4797 
    4798 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4799 
    4800 > isolde sim stop
    4801 
    4802 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4803 chains... 
    4804 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    4805 standards. 
    4806 ISOLDE: stopped sim 
    4807 
    4808 > isolde sim start sel
    4809 
    4810 ISOLDE: started sim 
    4811 
    4812 > isolde pepflip sel
    4813 
    4814 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4815 
    4816 > isolde sim stop
    4817 
    4818 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4819 chains... 
    4820 ISOLDE: stopped sim 
    4821 
    4822 > isolde sim start sel
    4823 
    4824 ISOLDE: started sim 
    4825 
    4826 > isolde pepflip sel
    4827 
    4828 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4829 
    4830 > isolde pepflip sel
    4831 
    4832 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4833 
    4834 > isolde pepflip sel
    4835 
    4836 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4837 
    4838 > isolde pepflip sel
    4839 
    4840 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4841 
    4842 > isolde pepflip sel
    4843 
    4844 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4845 
    4846 > isolde sim stop
    4847 
    4848 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4849 chains... 
    4850 ISOLDE: stopped sim 
    4851 
    4852 > isolde sim start sel
    4853 
    4854 ISOLDE: started sim 
    4855 
    4856 > isolde pepflip sel
    4857 
    4858 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4859 
    4860 > isolde pepflip sel
    4861 
    4862 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4863 
    4864 > isolde pepflip sel
    4865 
    4866 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4867 
    4868 > isolde pepflip sel
    4869 
    4870 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4871 
    4872 > isolde pepflip sel
    4873 
    4874 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4875 
    4876 > isolde pepflip sel
    4877 
    4878 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4879 
    4880 > isolde sim stop
    4881 
    4882 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4883 chains... 
    4884 ISOLDE: stopped sim 
    4885 
    4886 > isolde sim start sel
    4887 
    4888 ISOLDE: started sim 
    4889 
    4890 > isolde pepflip sel
    4891 
    4892 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4893 
    4894 > isolde pepflip sel
    4895 
    4896 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4897 
    4898 > isolde pepflip sel
    4899 
    4900 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4901 
    4902 > isolde pepflip sel
    4903 
    4904 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4905 
    4906 > isolde pepflip sel
    4907 
    4908 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4909 
    4910 > isolde pepflip sel
    4911 
    4912 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4913 
    4914 > isolde pepflip sel
    4915 
    4916 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4917 
    4918 > isolde pepflip sel
    4919 
    4920 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4921 
    4922 > isolde pepflip sel
    4923 
    4924 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4925 
    4926 > isolde pepflip sel
    4927 
    4928 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4929 
    4930 > isolde pepflip sel
    4931 
    4932 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4933 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    4934 
    4935 > isolde pepflip sel
    4936 
    4937 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4938 
    4939 > isolde pepflip sel
    4940 
    4941 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4942 
    4943 > isolde sim stop
    4944 
    4945 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4946 chains... 
    4947 ISOLDE: stopped sim 
    4948 
    4949 > isolde sim start sel
    4950 
    4951 ISOLDE: started sim 
    4952 
    4953 > isolde pepflip sel
    4954 
    4955 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4956 
    4957 > isolde pepflip sel
    4958 
    4959 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4960 
    4961 > isolde pepflip sel
    4962 
    4963 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4964 
    4965 > select clear
    4966 
    4967 > isolde pepflip sel
    4968 
    4969 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4970 
    4971 > isolde pepflip sel
    4972 
    4973 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4974 
    4975 > isolde pepflip sel
    4976 
    4977 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4978 
    4979 > isolde sim stop
    4980 
    4981 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    4982 chains... 
    4983 ISOLDE: stopped sim 
    4984 
    4985 > isolde sim start sel
    4986 
    4987 ISOLDE: started sim 
    4988 
    4989 > isolde pepflip sel
    4990 
    4991 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4992 
    4993 > isolde pepflip sel
    4994 
    4995 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    4996 
    4997 > isolde pepflip sel
    4998 
    4999 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5000 
    5001 > isolde sim stop
    5002 
    5003 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5004 chains... 
    5005 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 3 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    5006 standards. 
    5007 ISOLDE: stopped sim 
    5008 
    5009 > isolde sim start sel
    5010 
    5011 ISOLDE: started sim 
    5012 
    5013 > select clear
    5014 
    5015 > isolde pepflip sel
    5016 
    5017 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5018 
    5019 > isolde pepflip sel
    5020 
    5021 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5022 
    5023 > isolde pepflip sel
    5024 
    5025 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5026 
    5027 > isolde pepflip sel
    5028 
    5029 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5030 
    5031 > isolde pepflip sel
    5032 
    5033 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5034 
    5035 > isolde pepflip sel
    5036 
    5037 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5038 
    5039 > isolde pepflip sel
    5040 
    5041 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5042 
    5043 > isolde pepflip sel
    5044 
    5045 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5046 
    5047 > isolde pepflip sel
    5048 
    5049 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5050 
    5051 > isolde pepflip sel
    5052 
    5053 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5054 
    5055 > isolde pepflip sel
    5056 
    5057 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5058 
    5059 > isolde pepflip sel
    5060 
    5061 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5062 
    5063 > isolde pepflip sel
    5064 
    5065 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5066 
    5067 > isolde sim stop
    5068 
    5069 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5070 chains... 
    5071 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 2 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    5072 standards. 
    5073 ISOLDE: stopped sim 
    5074 
    5075 > isolde sim start sel
    5076 
    5077 ISOLDE: started sim 
    5078 
    5079 > isolde pepflip sel
    5080 
    5081 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5082 
    5083 > isolde pepflip sel
    5084 
    5085 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5086 
    5087 > isolde pepflip sel
    5088 
    5089 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5090 
    5091 > isolde pepflip sel
    5092 
    5093 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5094 
    5095 > isolde sim stop
    5096 
    5097 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5098 chains... 
    5099 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 2 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    5100 standards. 
    5101 ISOLDE: stopped sim 
    5102 
    5103 > isolde sim start sel
    5104 
    5105 ISOLDE: started sim 
    5106 
    5107 > isolde sim stop
    5108 
    5109 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5110 chains... 
    5111 ISOLDE: stopped sim 
    5112 
    5113 > isolde sim start sel
    5114 
    5115 ISOLDE: started sim 
    5116 
    5117 > select clear
    5118 
    5119 > isolde pepflip sel
    5120 
    5121 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5122 
    5123 > isolde pepflip sel
    5124 
    5125 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5126 
    5127 > isolde sim stop
    5128 
    5129 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5130 chains... 
    5131 ISOLDE: stopped sim 
    5132 
    5133 > isolde sim start sel
    5134 
    5135 ISOLDE: started sim 
    5136 
    5137 > isolde pepflip sel
    5138 
    5139 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5140 
    5141 > select clear
    5142 
    5143 > isolde pepflip sel
    5144 
    5145 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5146 
    5147 > isolde pepflip sel
    5148 
    5149 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5150 
    5151 > isolde pepflip sel
    5152 
    5153 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5154 
    5155 > isolde pepflip sel
    5156 
    5157 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5158 
    5159 > isolde pepflip sel
    5160 
    5161 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5162 
    5163 > isolde pepflip sel
    5164 
    5165 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5166 
    5167 > isolde pepflip sel
    5168 
    5169 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5170 
    5171 > isolde pepflip sel
    5172 
    5173 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5174 
    5175 > select clear
    5176 
    5177 > isolde pepflip sel
    5178 
    5179 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5180 
    5181 > isolde pepflip sel
    5182 
    5183 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5184 
    5185 > isolde pepflip sel
    5186 
    5187 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5188 
    5189 > isolde pepflip sel
    5190 
    5191 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5192 
    5193 > isolde pepflip sel
    5194 
    5195 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5196 
    5197 > isolde sim stop
    5198 
    5199 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5200 chains... 
    5201 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    5202 standards. 
    5203 ISOLDE: stopped sim 
    5204 
    5205 > isolde sim start sel
    5206 
    5207 ISOLDE: started sim 
    5208 
    5209 > select clear
    5210 
    5211 [Repeated 1 time(s)]
    5212 
    5213 > isolde pepflip sel
    5214 
    5215 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5216 
    5217 > isolde pepflip sel
    5218 
    5219 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5220 
    5221 > isolde pepflip sel
    5222 
    5223 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5224 
    5225 > isolde pepflip sel
    5226 
    5227 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5228 
    5229 > isolde sim stop
    5230 
    5231 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5232 chains... 
    5233 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    5234 standards. 
    5235 ISOLDE: stopped sim 
    5236 
    5237 > isolde sim start sel
    5238 
    5239 ISOLDE: started sim 
    5240 
    5241 > isolde pepflip sel
    5242 
    5243 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5244 
    5245 > isolde sim stop
    5246 
    5247 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5248 chains... 
    5249 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 2 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    5250 standards. 
    5251 ISOLDE: stopped sim 
    5252 
    5253 > isolde sim start sel
    5254 
    5255 ISOLDE: started sim 
    5256 
    5257 > isolde sim stop discardTo start
    5258 
    5259 reverting to start 
    5260 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5261 chains... 
    5262 ISOLDE: stopped sim 
    5263 
    5264 > isolde sim start sel
    5265 
    5266 ISOLDE: started sim 
    5267 
    5268 > isolde pepflip sel
    5269 
    5270 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5271 
    5272 > isolde pepflip sel
    5273 
    5274 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5275 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    5276 [Repeated 1 time(s)]
    5277 
    5278 > isolde pepflip sel
    5279 
    5280 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5281 
    5282 > isolde pepflip sel
    5283 
    5284 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5285 
    5286 > isolde pepflip sel
    5287 
    5288 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5289 
    5290 > isolde pepflip sel
    5291 
    5292 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5293 
    5294 > isolde pepflip sel
    5295 
    5296 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5297 
    5298 > select clear
    5299 
    5300 > isolde pepflip sel
    5301 
    5302 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5303 
    5304 > isolde pepflip sel
    5305 
    5306 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5307 
    5308 > select clear
    5309 
    5310 > isolde pepflip sel
    5311 
    5312 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5313 
    5314 > isolde pepflip sel
    5315 
    5316 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5317 
    5318 > isolde pepflip sel
    5319 
    5320 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5321 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    5322 
    5323 > isolde pepflip sel
    5324 
    5325 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5326 
    5327 > isolde pepflip sel
    5328 
    5329 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5330 
    5331 > isolde pepflip sel
    5332 
    5333 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5334 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    5335 
    5336 > isolde pepflip sel
    5337 
    5338 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5339 
    5340 > isolde pepflip sel
    5341 
    5342 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5343 
    5344 > isolde pepflip sel
    5345 
    5346 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5347 
    5348 > isolde pepflip sel
    5349 
    5350 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5351 
    5352 > isolde sim stop
    5353 
    5354 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5355 chains... 
    5356 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 2 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    5357 standards. 
    5358 ISOLDE: stopped sim 
    5359 
    5360 > isolde sim start sel
    5361 
    5362 ISOLDE: started sim 
    5363 
    5364 > isolde pepflip sel
    5365 
    5366 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5367 
    5368 > isolde pepflip sel
    5369 
    5370 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5371 
    5372 > isolde pepflip sel
    5373 
    5374 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5375 
    5376 > isolde sim stop
    5377 
    5378 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5379 chains... 
    5380 ISOLDE: stopped sim 
    5381 
    5382 > isolde sim start sel
    5383 
    5384 ISOLDE: started sim 
    5385 
    5386 > isolde pepflip sel
    5387 
    5388 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5389 
    5390 > isolde sim stop
    5391 
    5392 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5393 chains... 
    5394 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    5395 standards. 
    5396 ISOLDE: stopped sim 
    5397 
    5398 > isolde sim start sel
    5399 
    5400 ISOLDE: started sim 
    5401 
    5402 > isolde pepflip sel
    5403 
    5404 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5405 
    5406 > isolde pepflip sel
    5407 
    5408 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5409 
    5410 > isolde pepflip sel
    5411 
    5412 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5413 
    5414 > isolde pepflip sel
    5415 
    5416 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5417 
    5418 > isolde pepflip sel
    5419 
    5420 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5421 
    5422 > isolde pepflip sel
    5423 
    5424 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5425 
    5426 > isolde pepflip sel
    5427 
    5428 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5429 
    5430 > isolde pepflip sel
    5431 
    5432 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5433 
    5434 > isolde pepflip sel
    5435 
    5436 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5437 
    5438 > isolde pepflip sel
    5439 
    5440 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5441 
    5442 > isolde pepflip sel
    5443 
    5444 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5445 
    5446 > isolde sim stop
    5447 
    5448 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5449 chains... 
    5450 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    5451 standards. 
    5452 ISOLDE: stopped sim 
    5453 
    5454 > isolde sim start sel
    5455 
    5456 ISOLDE: started sim 
    5457 
    5458 > isolde pepflip sel
    5459 
    5460 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5461 
    5462 > isolde pepflip sel
    5463 
    5464 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5465 
    5466 > isolde pepflip sel
    5467 
    5468 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5469 
    5470 > isolde sim stop
    5471 
    5472 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5473 chains... 
    5474 ISOLDE: stopped sim 
    5475 
    5476 > isolde sim start sel
    5477 
    5478 ISOLDE: started sim 
    5479 
    5480 > isolde pepflip sel
    5481 
    5482 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5483 
    5484 > isolde pepflip sel
    5485 
    5486 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5487 
    5488 > isolde sim stop
    5489 
    5490 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5491 chains... 
    5492 ISOLDE: stopped sim 
    5493 
    5494 > isolde sim start sel
    5495 
    5496 ISOLDE: started sim 
    5497 
    5498 > isolde pepflip sel
    5499 
    5500 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5501 
    5502 > isolde pepflip sel
    5503 
    5504 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5505 
    5506 > isolde pepflip sel
    5507 
    5508 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5509 
    5510 > isolde pepflip sel
    5511 
    5512 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5513 
    5514 > isolde pepflip sel
    5515 
    5516 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5517 
    5518 > isolde pepflip sel
    5519 
    5520 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5521 
    5522 > isolde pepflip sel
    5523 
    5524 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5525 
    5526 > isolde pepflip sel
    5527 
    5528 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5529 
    5530 > isolde pepflip sel
    5531 
    5532 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5533 
    5534 > isolde pepflip sel
    5535 
    5536 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5537 
    5538 > isolde pepflip sel
    5539 
    5540 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5541 
    5542 > isolde pepflip sel
    5543 
    5544 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5545 
    5546 > isolde sim stop
    5547 
    5548 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5549 chains... 
    5550 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 4 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    5551 standards. 
    5552 ISOLDE: stopped sim 
    5553 
    5554 > isolde sim start sel
    5555 
    5556 ISOLDE: started sim 
    5557 
    5558 > isolde pepflip sel
    5559 
    5560 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5561 
    5562 > isolde pepflip sel
    5563 
    5564 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5565 
    5566 > isolde pepflip sel
    5567 
    5568 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5569 
    5570 > isolde pepflip sel
    5571 
    5572 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5573 
    5574 > isolde pepflip sel
    5575 
    5576 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5577 
    5578 > isolde pepflip sel
    5579 
    5580 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5581 
    5582 > isolde pepflip sel
    5583 
    5584 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5585 
    5586 > isolde sim stop
    5587 
    5588 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5589 chains... 
    5590 ISOLDE: stopped sim 
    5591 
    5592 > isolde sim start sel
    5593 
    5594 ISOLDE: started sim 
    5595 
    5596 > select clear
    5597 
    5598 > isolde pepflip sel
    5599 
    5600 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5601 
    5602 > isolde pepflip sel
    5603 
    5604 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5605 
    5606 > isolde pepflip sel
    5607 
    5608 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5609 
    5610 > isolde sim stop
    5611 
    5612 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5613 chains... 
    5614 ISOLDE: stopped sim 
    5615 
    5616 > isolde sim start sel
    5617 
    5618 ISOLDE: started sim 
    5619 
    5620 > isolde pepflip sel
    5621 
    5622 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5623 
    5624 > isolde pepflip sel
    5625 
    5626 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5627 
    5628 > isolde pepflip sel
    5629 
    5630 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5631 
    5632 > isolde pepflip sel
    5633 
    5634 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5635 
    5636 > isolde pepflip sel
    5637 
    5638 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5639 
    5640 > isolde pepflip sel
    5641 
    5642 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5643 
    5644 > isolde pepflip sel
    5645 
    5646 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5647 
    5648 > isolde pepflip sel
    5649 
    5650 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5651 
    5652 > isolde pepflip sel
    5653 
    5654 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5655 
    5656 > isolde sim pause
    5657 
    5658 > isolde sim resume
    5659 
    5660 > isolde pepflip sel
    5661 
    5662 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5663 
    5664 > isolde pepflip sel
    5665 
    5666 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5667 
    5668 > isolde sim stop
    5669 
    5670 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5671 chains... 
    5672 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    5673 standards. 
    5674 ISOLDE: stopped sim 
    5675 
    5676 > isolde sim start sel
    5677 
    5678 ISOLDE: started sim 
    5679 
    5680 > isolde sim stop
    5681 
    5682 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5683 chains... 
    5684 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    5685 standards. 
    5686 ISOLDE: stopped sim 
    5687 
    5688 > isolde sim start sel
    5689 
    5690 ISOLDE: started sim 
    5691 
    5692 > isolde pepflip sel
    5693 
    5694 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5695 
    5696 > isolde pepflip sel
    5697 
    5698 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5699 
    5700 > isolde pepflip sel
    5701 
    5702 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5703 
    5704 > isolde pepflip sel
    5705 
    5706 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5707 
    5708 > isolde pepflip sel
    5709 
    5710 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5711 
    5712 > isolde sim stop
    5713 
    5714 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5715 chains... 
    5716 ISOLDE: stopped sim 
    5717 
    5718 > isolde sim start sel
    5719 
    5720 ISOLDE: started sim 
    5721 
    5722 > isolde pepflip sel
    5723 
    5724 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5725 
    5726 > isolde pepflip sel
    5727 
    5728 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5729 
    5730 > isolde pepflip sel
    5731 
    5732 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5733 
    5734 > select clear
    5735 
    5736 > isolde pepflip sel
    5737 
    5738 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5739 
    5740 > isolde pepflip sel
    5741 
    5742 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5743 
    5744 > select clear
    5745 
    5746 > isolde pepflip sel
    5747 
    5748 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5749 
    5750 > isolde pepflip sel
    5751 
    5752 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5753 
    5754 > isolde pepflip sel
    5755 
    5756 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5757 
    5758 > isolde pepflip sel
    5759 
    5760 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5761 
    5762 > isolde pepflip sel
    5763 
    5764 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5765 
    5766 > isolde pepflip sel
    5767 
    5768 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5769 
    5770 > isolde pepflip sel
    5771 
    5772 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5773 
    5774 > select clear
    5775 
    5776 > isolde pepflip sel
    5777 
    5778 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5779 
    5780 > isolde pepflip sel
    5781 
    5782 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5783 
    5784 > select clear
    5785 
    5786 > isolde pepflip sel
    5787 
    5788 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5789 
    5790 > isolde pepflip sel
    5791 
    5792 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5793 
    5794 > isolde sim stop
    5795 
    5796 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5797 chains... 
    5798 ISOLDE: stopped sim 
    5799 
    5800 > isolde sim start sel
    5801 
    5802 ISOLDE: started sim 
    5803 
    5804 > isolde pepflip sel
    5805 
    5806 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5807 
    5808 > isolde sim stop
    5809 
    5810 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5811 chains... 
    5812 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    5813 standards. 
    5814 ISOLDE: stopped sim 
    5815 
    5816 > isolde sim start sel
    5817 
    5818 ISOLDE: started sim 
    5819 
    5820 > isolde pepflip sel
    5821 
    5822 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5823 
    5824 > isolde sim stop
    5825 
    5826 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5827 chains... 
    5828 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    5829 standards. 
    5830 ISOLDE: stopped sim 
    5831 
    5832 > isolde sim start sel
    5833 
    5834 ISOLDE: started sim 
    5835 
    5836 > isolde pepflip sel
    5837 
    5838 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5839 
    5840 > isolde pepflip sel
    5841 
    5842 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5843 
    5844 > isolde sim stop
    5845 
    5846 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5847 chains... 
    5848 ISOLDE: stopped sim 
    5849 
    5850 > isolde sim start sel
    5851 
    5852 ISOLDE: started sim 
    5853 
    5854 > isolde pepflip sel
    5855 
    5856 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5857 
    5858 > isolde pepflip sel
    5859 
    5860 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5861 
    5862 > isolde pepflip sel
    5863 
    5864 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5865 
    5866 > isolde pepflip sel
    5867 
    5868 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5869 
    5870 > isolde sim stop
    5871 
    5872 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5873 chains... 
    5874 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 2 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    5875 standards. 
    5876 ISOLDE: stopped sim 
    5877 
    5878 > isolde sim start sel
    5879 
    5880 ISOLDE: started sim 
    5881 
    5882 > isolde pepflip sel
    5883 
    5884 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5885 
    5886 > isolde pepflip sel
    5887 
    5888 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5889 
    5890 > isolde pepflip sel
    5891 
    5892 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5893 
    5894 > isolde pepflip sel
    5895 
    5896 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5897 
    5898 > isolde pepflip sel
    5899 
    5900 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5901 
    5902 > isolde pepflip sel
    5903 
    5904 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5905 
    5906 > isolde pepflip sel
    5907 
    5908 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5909 
    5910 > isolde pepflip sel
    5911 
    5912 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5913 
    5914 > isolde pepflip sel
    5915 
    5916 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5917 
    5918 > isolde pepflip sel
    5919 
    5920 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5921 
    5922 > isolde pepflip sel
    5923 
    5924 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5925 
    5926 > isolde pepflip sel
    5927 
    5928 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5929 
    5930 > isolde pepflip sel
    5931 
    5932 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5933 
    5934 > isolde pepflip sel
    5935 
    5936 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5937 
    5938 > isolde pepflip sel
    5939 
    5940 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5941 
    5942 > isolde pepflip sel
    5943 
    5944 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5945 
    5946 > isolde sim stop
    5947 
    5948 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5949 chains... 
    5950 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 3 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    5951 standards. 
    5952 ISOLDE: stopped sim 
    5953 
    5954 > isolde sim start sel
    5955 
    5956 ISOLDE: started sim 
    5957 
    5958 > isolde sim stop
    5959 
    5960 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5961 chains... 
    5962 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    5963 standards. 
    5964 ISOLDE: stopped sim 
    5965 
    5966 > isolde sim start sel
    5967 
    5968 ISOLDE: started sim 
    5969 
    5970 > isolde sim stop
    5971 
    5972 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    5973 chains... 
    5974 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 2 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    5975 standards. 
    5976 ISOLDE: stopped sim 
    5977 
    5978 > isolde sim start sel
    5979 
    5980 ISOLDE: started sim 
    5981 
    5982 > isolde pepflip sel
    5983 
    5984 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5985 
    5986 > isolde pepflip sel
    5987 
    5988 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5989 
    5990 > isolde pepflip sel
    5991 
    5992 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5993 
    5994 > isolde pepflip sel
    5995 
    5996 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    5997 
    5998 > select clear
    5999 
    6000 > isolde pepflip sel
    6001 
    6002 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6003 
    6004 > isolde pepflip sel
    6005 
    6006 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6007 
    6008 > isolde sim stop
    6009 
    6010 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    6011 chains... 
    6012 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    6013 standards. 
    6014 ISOLDE: stopped sim 
    6015 
    6016 > isolde sim start sel
    6017 
    6018 ISOLDE: started sim 
    6019 
    6020 > isolde pepflip sel
    6021 
    6022 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6023 
    6024 > isolde pepflip sel
    6025 
    6026 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6027 
    6028 > isolde pepflip sel
    6029 
    6030 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6031 
    6032 > isolde pepflip sel
    6033 
    6034 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6035 
    6036 > isolde pepflip sel
    6037 
    6038 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6039 
    6040 > isolde pepflip sel
    6041 
    6042 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6043 
    6044 > isolde pepflip sel
    6045 
    6046 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6047 
    6048 > isolde pepflip sel
    6049 
    6050 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6051 
    6052 > isolde pepflip sel
    6053 
    6054 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6055 
    6056 > isolde pepflip sel
    6057 
    6058 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6059 
    6060 > isolde pepflip sel
    6061 
    6062 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6063 
    6064 > select clear
    6065 
    6066 > isolde pepflip sel
    6067 
    6068 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6069 
    6070 > isolde pepflip sel
    6071 
    6072 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6073 
    6074 > isolde pepflip sel
    6075 
    6076 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6077 
    6078 > isolde pepflip sel
    6079 
    6080 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6081 
    6082 > isolde pepflip sel
    6083 
    6084 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6085 
    6086 > isolde sim stop
    6087 
    6088 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    6089 chains... 
    6090 ISOLDE: stopped sim 
    6091 
    6092 > isolde sim start sel
    6093 
    6094 ISOLDE: started sim 
    6095 
    6096 > isolde pepflip sel
    6097 
    6098 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6099 
    6100 > isolde pepflip sel
    6101 
    6102 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6103 
    6104 > isolde pepflip sel
    6105 
    6106 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6107 
    6108 > isolde pepflip sel
    6109 
    6110 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6111 
    6112 > isolde pepflip sel
    6113 
    6114 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6115 
    6116 > isolde pepflip sel
    6117 
    6118 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6119 
    6120 > isolde pepflip sel
    6121 
    6122 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6123 
    6124 > isolde pepflip sel
    6125 
    6126 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6127 
    6128 > isolde pepflip sel
    6129 
    6130 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6131 
    6132 > isolde pepflip sel
    6133 
    6134 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6135 
    6136 > isolde pepflip sel
    6137 
    6138 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6139 
    6140 > isolde pepflip sel
    6141 
    6142 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6143 
    6144 > isolde pepflip sel
    6145 
    6146 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6147 
    6148 > isolde pepflip sel
    6149 
    6150 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6151 
    6152 > isolde pepflip sel
    6153 
    6154 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6155 
    6156 > isolde pepflip sel
    6157 
    6158 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6159 
    6160 > isolde pepflip sel
    6161 
    6162 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6163 
    6164 > isolde pepflip sel
    6165 
    6166 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6167 
    6168 > isolde pepflip sel
    6169 
    6170 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6171 
    6172 > isolde pepflip sel
    6173 
    6174 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6175 
    6176 > isolde pepflip sel
    6177 
    6178 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6179 
    6180 > isolde pepflip sel
    6181 
    6182 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6183 
    6184 > isolde pepflip sel
    6185 
    6186 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6187 
    6188 > isolde pepflip sel
    6189 
    6190 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6191 
    6192 > isolde sim pause
    6193 
    6194 > isolde sim resume
    6195 
    6196 > isolde pepflip sel
    6197 
    6198 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6199 
    6200 > isolde sim pause
    6201 
    6202 > isolde sim resume
    6203 
    6204 > isolde pepflip sel
    6205 
    6206 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6207 
    6208 > isolde pepflip sel
    6209 
    6210 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6211 Peptide bond must be mobile in the simulation! 
    6212 
    6213 > isolde pepflip sel
    6214 
    6215 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6216 Peptide bond must be mobile in the simulation! 
    6217 
    6218 > isolde pepflip sel
    6219 
    6220 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6221 
    6222 > isolde pepflip sel
    6223 
    6224 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6225 
    6226 > isolde pepflip sel
    6227 
    6228 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6229 
    6230 > isolde pepflip sel
    6231 
    6232 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6233 Peptide bond must be mobile in the simulation! 
    6234 
    6235 > isolde pepflip sel
    6236 
    6237 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6238 
    6239 > isolde pepflip sel
    6240 
    6241 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6242 
    6243 > isolde pepflip sel
    6244 
    6245 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6246 
    6247 > select clear
    6248 
    6249 > isolde pepflip sel
    6250 
    6251 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6252 
    6253 > isolde pepflip sel
    6254 
    6255 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6256 
    6257 > isolde sim stop
    6258 
    6259 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    6260 chains... 
    6261 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    6262 standards. 
    6263 ISOLDE: stopped sim 
    6264 
    6265 > isolde sim start sel
    6266 
    6267 ISOLDE: started sim 
    6268 
    6269 > isolde pepflip sel
    6270 
    6271 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6272 
    6273 > isolde sim stop
    6274 
    6275 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    6276 chains... 
    6277 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 2 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    6278 standards. 
    6279 ISOLDE: stopped sim 
    6280 
    6281 > isolde sim start sel
    6282 
    6283 ISOLDE: started sim 
    6284 
    6285 > isolde pepflip sel
    6286 
    6287 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6288 
    6289 > isolde pepflip sel
    6290 
    6291 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6292 
    6293 > select clear
    6294 
    6295 > isolde pepflip sel
    6296 
    6297 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6298 
    6299 > isolde pepflip sel
    6300 
    6301 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6302 
    6303 > isolde pepflip sel
    6304 
    6305 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6306 
    6307 > select clear
    6308 
    6309 > isolde pepflip sel
    6310 
    6311 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6312 
    6313 > isolde pepflip sel
    6314 
    6315 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6316 
    6317 > isolde pepflip sel
    6318 
    6319 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6320 
    6321 > isolde pepflip sel
    6322 
    6323 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6324 
    6325 > select clear
    6326 
    6327 > isolde pepflip sel
    6328 
    6329 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6330 
    6331 > isolde sim stop
    6332 
    6333 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    6334 chains... 
    6335 ISOLDE: stopped sim 
    6336 
    6337 > isolde sim start sel
    6338 
    6339 ISOLDE: started sim 
    6340 
    6341 > isolde sim stop
    6342 
    6343 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    6344 chains... 
    6345 ISOLDE: stopped sim 
    6346 
    6347 > isolde sim start sel
    6348 
    6349 ISOLDE: started sim 
    6350 
    6351 > isolde pepflip sel
    6352 
    6353 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6354 
    6355 > isolde pepflip sel
    6356 
    6357 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6358 
    6359 > isolde pepflip sel
    6360 
    6361 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6362 
    6363 > isolde pepflip sel
    6364 
    6365 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6366 
    6367 > isolde pepflip sel
    6368 
    6369 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6370 
    6371 > isolde pepflip sel
    6372 
    6373 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6374 
    6375 > isolde pepflip sel
    6376 
    6377 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6378 
    6379 > isolde pepflip sel
    6380 
    6381 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6382 
    6383 > isolde pepflip sel
    6384 
    6385 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6386 
    6387 > isolde sim stop
    6388 
    6389 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    6390 chains... 
    6391 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    6392 standards. 
    6393 ISOLDE: stopped sim 
    6394 
    6395 > isolde sim start sel
    6396 
    6397 ISOLDE: started sim 
    6398 
    6399 > select clear
    6400 
    6401 > isolde pepflip sel
    6402 
    6403 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6404 
    6405 > isolde pepflip sel
    6406 
    6407 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6408 
    6409 > isolde pepflip sel
    6410 
    6411 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6412 
    6413 > isolde pepflip sel
    6414 
    6415 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6416 
    6417 > select clear
    6418 
    6419 [Repeated 1 time(s)]
    6420 
    6421 > isolde pepflip sel
    6422 
    6423 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6424 
    6425 > isolde pepflip sel
    6426 
    6427 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6428 
    6429 > isolde sim stop
    6430 
    6431 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    6432 chains... 
    6433 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    6434 standards. 
    6435 ISOLDE: stopped sim 
    6436 
    6437 > isolde sim start sel
    6438 
    6439 ISOLDE: started sim 
    6440 
    6441 > isolde pepflip sel
    6442 
    6443 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6444 
    6445 > isolde pepflip sel
    6446 
    6447 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6448 
    6449 > isolde pepflip sel
    6450 
    6451 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6452 
    6453 > isolde pepflip sel
    6454 
    6455 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6456 
    6457 > isolde pepflip sel
    6458 
    6459 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6460 
    6461 > isolde pepflip sel
    6462 
    6463 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6464 
    6465 > isolde pepflip sel
    6466 
    6467 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6468 
    6469 > isolde pepflip sel
    6470 
    6471 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6472 
    6473 > isolde pepflip sel
    6474 
    6475 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6476 
    6477 > isolde pepflip sel
    6478 
    6479 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6480 
    6481 > isolde pepflip sel
    6482 
    6483 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6484 
    6485 > isolde sim stop
    6486 
    6487 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    6488 chains... 
    6489 ISOLDE: stopped sim 
    6490 
    6491 > isolde sim start sel
    6492 
    6493 ISOLDE: started sim 
    6494 
    6495 > isolde pepflip sel
    6496 
    6497 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6498 
    6499 > isolde pepflip sel
    6500 
    6501 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6502 
    6503 > isolde pepflip sel
    6504 
    6505 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6506 
    6507 > isolde sim stop
    6508 
    6509 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    6510 chains... 
    6511 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 2 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    6512 standards. 
    6513 ISOLDE: stopped sim 
    6514 
    6515 > isolde sim start sel
    6516 
    6517 ISOLDE: started sim 
    6518 
    6519 > isolde pepflip sel
    6520 
    6521 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6522 
    6523 > isolde pepflip sel
    6524 
    6525 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6526 
    6527 > select clear
    6528 
    6529 > isolde pepflip sel
    6530 
    6531 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6532 
    6533 > isolde pepflip sel
    6534 
    6535 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6536 
    6537 > select clear
    6538 
    6539 > isolde pepflip sel
    6540 
    6541 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6542 
    6543 > isolde pepflip sel
    6544 
    6545 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6546 
    6547 > isolde pepflip sel
    6548 
    6549 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6550 
    6551 > isolde pepflip sel
    6552 
    6553 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6554 
    6555 > isolde pepflip sel
    6556 
    6557 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6558 
    6559 > isolde pepflip sel
    6560 
    6561 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6562 
    6563 > isolde pepflip sel
    6564 
    6565 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6566 
    6567 > isolde pepflip sel
    6568 
    6569 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6570 
    6571 > isolde pepflip sel
    6572 
    6573 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6574 
    6575 > isolde pepflip sel
    6576 
    6577 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6578 
    6579 > isolde sim stop
    6580 
    6581 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    6582 chains... 
    6583 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    6584 standards. 
    6585 ISOLDE: stopped sim 
    6586 
    6587 > isolde sim start sel
    6588 
    6589 ISOLDE: started sim 
    6590 
    6591 > isolde sim stop
    6592 
    6593 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    6594 chains... 
    6595 ISOLDE: stopped sim 
    6596 
    6597 > isolde sim start sel
    6598 
    6599 ISOLDE: started sim 
    6600 
    6601 > select clear
    6602 
    6603 [Repeated 2 time(s)]
    6604 
    6605 > isolde pepflip sel
    6606 
    6607 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6608 
    6609 > isolde pepflip sel
    6610 
    6611 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6612 
    6613 > isolde sim stop
    6614 
    6615 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    6616 chains... 
    6617 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    6618 standards. 
    6619 ISOLDE: stopped sim 
    6620 
    6621 > isolde sim start sel
    6622 
    6623 ISOLDE: started sim 
    6624 
    6625 > isolde pepflip sel
    6626 
    6627 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6628 
    6629 > isolde pepflip sel
    6630 
    6631 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6632 
    6633 > isolde pepflip sel
    6634 
    6635 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6636 
    6637 > isolde pepflip sel
    6638 
    6639 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6640 
    6641 > isolde pepflip sel
    6642 
    6643 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6644 
    6645 > isolde sim stop
    6646 
    6647 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    6648 chains... 
    6649 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 2 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    6650 standards. 
    6651 ISOLDE: stopped sim 
    6652 
    6653 > isolde sim start sel
    6654 
    6655 ISOLDE: started sim 
    6656 
    6657 > isolde pepflip sel
    6658 
    6659 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6660 
    6661 > isolde pepflip sel
    6662 
    6663 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6664 
    6665 > isolde sim stop
    6666 
    6667 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    6668 chains... 
    6669 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    6670 standards. 
    6671 ISOLDE: stopped sim 
    6672 
    6673 > isolde pepflip sel
    6674 
    6675 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6676 ISOLDE: started sim 
    6677 
    6678 > isolde pepflip sel
    6679 
    6680 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6681 
    6682 > isolde pepflip sel
    6683 
    6684 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6685 
    6686 > isolde pepflip sel
    6687 
    6688 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6689 
    6690 > isolde pepflip sel
    6691 
    6692 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6693 
    6694 > isolde pepflip sel
    6695 
    6696 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6697 
    6698 > isolde pepflip sel
    6699 
    6700 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6701 
    6702 > isolde pepflip sel
    6703 
    6704 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6705 
    6706 > isolde pepflip sel
    6707 
    6708 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6709 
    6710 > isolde pepflip sel
    6711 
    6712 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6713 
    6714 > isolde pepflip sel
    6715 
    6716 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6717 
    6718 > isolde pepflip sel
    6719 
    6720 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6721 
    6722 > isolde pepflip sel
    6723 
    6724 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6725 
    6726 > isolde pepflip sel
    6727 
    6728 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6729 
    6730 > isolde pepflip sel
    6731 
    6732 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6733 
    6734 > isolde sim stop
    6735 
    6736 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    6737 chains... 
    6738 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 2 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    6739 standards. 
    6740 ISOLDE: stopped sim 
    6741 
    6742 > isolde pepflip sel
    6743 
    6744 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6745 ISOLDE: started sim 
    6746 
    6747 > isolde pepflip sel
    6748 
    6749 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6750 
    6751 > isolde sim stop
    6752 
    6753 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    6754 chains... 
    6755 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    6756 standards. 
    6757 ISOLDE: stopped sim 
    6758 
    6759 > isolde sim start sel
    6760 
    6761 ISOLDE: started sim 
    6762 
    6763 > isolde pepflip sel
    6764 
    6765 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6766 
    6767 > isolde pepflip sel
    6768 
    6769 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6770 
    6771 > select clear
    6772 
    6773 [Repeated 1 time(s)]
    6774 
    6775 > isolde pepflip sel
    6776 
    6777 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6778 
    6779 > isolde pepflip sel
    6780 
    6781 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6782 
    6783 > isolde sim stop
    6784 
    6785 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    6786 chains... 
    6787 ISOLDE: stopped sim 
    6788 
    6789 > isolde sim start sel
    6790 
    6791 ISOLDE: started sim 
    6792 
    6793 > isolde pepflip sel
    6794 
    6795 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6796 
    6797 > isolde pepflip sel
    6798 
    6799 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6800 
    6801 > select clear
    6802 
    6803 > isolde pepflip sel
    6804 
    6805 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6806 
    6807 > isolde pepflip sel
    6808 
    6809 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6810 
    6811 > isolde pepflip sel
    6812 
    6813 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6814 
    6815 > isolde pepflip sel
    6816 
    6817 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6818 
    6819 > isolde pepflip sel
    6820 
    6821 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6822 
    6823 > isolde pepflip sel
    6824 
    6825 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6826 
    6827 > isolde pepflip sel
    6828 
    6829 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6830 
    6831 > isolde pepflip sel
    6832 
    6833 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6834 
    6835 > isolde pepflip sel
    6836 
    6837 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6838 
    6839 > isolde pepflip sel
    6840 
    6841 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6842 
    6843 > isolde pepflip sel
    6844 
    6845 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6846 
    6847 > isolde sim stop
    6848 
    6849 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    6850 chains... 
    6851 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 2 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    6852 standards. 
    6853 ISOLDE: stopped sim 
    6854 
    6855 > isolde sim start sel
    6856 
    6857 ISOLDE: started sim 
    6858 
    6859 > isolde pepflip sel
    6860 
    6861 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6862 
    6863 > isolde pepflip sel
    6864 
    6865 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6866 
    6867 > isolde pepflip sel
    6868 
    6869 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6870 
    6871 > isolde pepflip sel
    6872 
    6873 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6874 
    6875 > isolde cisflip sel
    6876 
    6877 Performing cis<\-->trans flip for 1 residues 
    6878 
    6879 > isolde cisflip sel
    6880 
    6881 Performing cis<\-->trans flip for 1 residues 
    6882 
    6883 > isolde pepflip sel
    6884 
    6885 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6886 
    6887 > isolde pepflip sel
    6888 
    6889 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6890 
    6891 > isolde pepflip sel
    6892 
    6893 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6894 
    6895 > isolde pepflip sel
    6896 
    6897 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6898 
    6899 > isolde pepflip sel
    6900 
    6901 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6902 
    6903 > isolde pepflip sel
    6904 
    6905 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6906 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    6907 
    6908 > isolde pepflip sel
    6909 
    6910 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6911 
    6912 > isolde pepflip sel
    6913 
    6914 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6915 
    6916 > isolde pepflip sel
    6917 
    6918 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6919 
    6920 > isolde pepflip sel
    6921 
    6922 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6923 
    6924 > isolde cisflip sel
    6925 
    6926 Performing cis<\-->trans flip for 1 residues 
    6927 
    6928 > isolde pepflip sel
    6929 
    6930 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6931 
    6932 > isolde pepflip sel
    6933 
    6934 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6935 
    6936 > isolde pepflip sel
    6937 
    6938 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6939 
    6940 > isolde cisflip sel
    6941 
    6942 Performing cis<\-->trans flip for 1 residues 
    6943 
    6944 > isolde pepflip sel
    6945 
    6946 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6947 
    6948 > isolde pepflip sel
    6949 
    6950 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6951 
    6952 > isolde pepflip sel
    6953 
    6954 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6955 
    6956 > isolde pepflip sel
    6957 
    6958 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6959 
    6960 > isolde pepflip sel
    6961 
    6962 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6963 
    6964 > isolde pepflip sel
    6965 
    6966 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6967 
    6968 > isolde pepflip sel
    6969 
    6970 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6971 
    6972 > select clear
    6973 
    6974 [Repeated 2 time(s)]
    6975 
    6976 > isolde pepflip sel
    6977 
    6978 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6979 
    6980 > isolde cisflip sel
    6981 
    6982 Performing cis<\-->trans flip for 1 residues 
    6983 
    6984 > isolde pepflip sel
    6985 
    6986 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6987 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    6988 
    6989 > isolde pepflip sel
    6990 
    6991 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    6992 
    6993 > isolde sim stop
    6994 
    6995 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    6996 chains... 
    6997 ISOLDE: stopped sim 
    6998 
    6999 > isolde sim start sel
    7000 
    7001 ISOLDE: started sim 
    7002 
    7003 > isolde pepflip sel
    7004 
    7005 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7006 
    7007 > isolde pepflip sel
    7008 
    7009 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7010 
    7011 > isolde pepflip sel
    7012 
    7013 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7014 
    7015 > isolde pepflip sel
    7016 
    7017 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7018 
    7019 > isolde sim stop
    7020 
    7021 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7022 chains... 
    7023 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    7024 standards. 
    7025 ISOLDE: stopped sim 
    7026 
    7027 > isolde sim start sel
    7028 
    7029 ISOLDE: started sim 
    7030 
    7031 > select clear
    7032 
    7033 > isolde sim stop
    7034 
    7035 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7036 chains... 
    7037 ISOLDE: stopped sim 
    7038 
    7039 > isolde sim start sel
    7040 
    7041 ISOLDE: started sim 
    7042 
    7043 > isolde pepflip sel
    7044 
    7045 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7046 
    7047 > isolde pepflip sel
    7048 
    7049 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7050 
    7051 > isolde pepflip sel
    7052 
    7053 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7054 
    7055 > isolde pepflip sel
    7056 
    7057 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7058 
    7059 > isolde sim stop
    7060 
    7061 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7062 chains... 
    7063 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    7064 standards. 
    7065 ISOLDE: stopped sim 
    7066 
    7067 > isolde sim start sel
    7068 
    7069 ISOLDE: started sim 
    7070 
    7071 > isolde pepflip sel
    7072 
    7073 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7074 
    7075 > select clear
    7076 
    7077 > isolde pepflip sel
    7078 
    7079 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7080 
    7081 > isolde pepflip sel
    7082 
    7083 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7084 
    7085 > isolde pepflip sel
    7086 
    7087 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7088 
    7089 > isolde pepflip sel
    7090 
    7091 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7092 
    7093 > isolde pepflip sel
    7094 
    7095 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7096 
    7097 > select clear
    7098 
    7099 > isolde pepflip sel
    7100 
    7101 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7102 
    7103 > isolde pepflip sel
    7104 
    7105 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7106 
    7107 > isolde pepflip sel
    7108 
    7109 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7110 
    7111 > isolde pepflip sel
    7112 
    7113 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7114 
    7115 > isolde cisflip sel
    7116 
    7117 Performing cis<\-->trans flip for 1 residues 
    7118 
    7119 > isolde cisflip sel
    7120 
    7121 Performing cis<\-->trans flip for 1 residues 
    7122 
    7123 > isolde pepflip sel
    7124 
    7125 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7126 
    7127 > isolde pepflip sel
    7128 
    7129 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7130 
    7131 > isolde pepflip sel
    7132 
    7133 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7134 
    7135 > isolde pepflip sel
    7136 
    7137 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7138 
    7139 > isolde pepflip sel
    7140 
    7141 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7142 
    7143 > isolde pepflip sel
    7144 
    7145 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7146 
    7147 > isolde pepflip sel
    7148 
    7149 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7150 
    7151 > isolde pepflip sel
    7152 
    7153 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7154 
    7155 > isolde pepflip sel
    7156 
    7157 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7158 
    7159 > isolde pepflip sel
    7160 
    7161 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7162 
    7163 > isolde sim stop
    7164 
    7165 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7166 chains... 
    7167 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 2 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    7168 standards. 
    7169 ISOLDE: stopped sim 
    7170 
    7171 > isolde sim start sel
    7172 
    7173 ISOLDE: started sim 
    7174 
    7175 > isolde pepflip sel
    7176 
    7177 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7178 
    7179 > isolde pepflip sel
    7180 
    7181 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7182 
    7183 > isolde sim stop
    7184 
    7185 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7186 chains... 
    7187 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    7188 standards. 
    7189 ISOLDE: stopped sim 
    7190 
    7191 > isolde sim start sel
    7192 
    7193 ISOLDE: started sim 
    7194 
    7195 > isolde pepflip sel
    7196 
    7197 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7198 
    7199 > isolde pepflip sel
    7200 
    7201 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7202 
    7203 > isolde pepflip sel
    7204 
    7205 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7206 
    7207 > isolde sim stop
    7208 
    7209 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7210 chains... 
    7211 ISOLDE: stopped sim 
    7212 
    7213 > isolde sim start sel
    7214 
    7215 ISOLDE: started sim 
    7216 
    7217 > isolde sim stop
    7218 
    7219 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7220 chains... 
    7221 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    7222 standards. 
    7223 ISOLDE: stopped sim 
    7224 
    7225 > isolde sim start sel
    7226 
    7227 ISOLDE: started sim 
    7228 
    7229 > isolde pepflip sel
    7230 
    7231 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7232 
    7233 > isolde pepflip sel
    7234 
    7235 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7236 
    7237 > isolde pepflip sel
    7238 
    7239 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7240 
    7241 > isolde pepflip sel
    7242 
    7243 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7244 
    7245 > isolde pepflip sel
    7246 
    7247 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7248 
    7249 > isolde pepflip sel
    7250 
    7251 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7252 
    7253 > isolde pepflip sel
    7254 
    7255 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7256 
    7257 > isolde pepflip sel
    7258 
    7259 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7260 
    7261 > select clear
    7262 
    7263 > isolde pepflip sel
    7264 
    7265 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7266 
    7267 > isolde sim stop
    7268 
    7269 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7270 chains... 
    7271 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    7272 standards. 
    7273 ISOLDE: stopped sim 
    7274 
    7275 > isolde sim start sel
    7276 
    7277 ISOLDE: started sim 
    7278 
    7279 > isolde pepflip sel
    7280 
    7281 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7282 
    7283 > isolde pepflip sel
    7284 
    7285 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7286 
    7287 > isolde sim stop discardTo start
    7288 
    7289 reverting to start 
    7290 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7291 chains... 
    7292 ISOLDE: stopped sim 
    7293 
    7294 > isolde sim start sel
    7295 
    7296 ISOLDE: started sim 
    7297 
    7298 > select clear
    7299 
    7300 > isolde pepflip sel
    7301 
    7302 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7303 
    7304 > isolde pepflip sel
    7305 
    7306 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7307 
    7308 > isolde pepflip sel
    7309 
    7310 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7311 
    7312 > isolde pepflip sel
    7313 
    7314 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7315 
    7316 > select clear
    7317 
    7318 > isolde pepflip sel
    7319 
    7320 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7321 
    7322 > isolde pepflip sel
    7323 
    7324 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7325 
    7326 > isolde pepflip sel
    7327 
    7328 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7329 
    7330 > isolde pepflip sel
    7331 
    7332 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7333 
    7334 > isolde pepflip sel
    7335 
    7336 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7337 
    7338 > select clear
    7339 
    7340 [Repeated 1 time(s)]
    7341 
    7342 > isolde pepflip sel
    7343 
    7344 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7345 
    7346 > isolde pepflip sel
    7347 
    7348 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7349 
    7350 > isolde pepflip sel
    7351 
    7352 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7353 
    7354 > isolde pepflip sel
    7355 
    7356 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7357 
    7358 > isolde sim stop
    7359 
    7360 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7361 chains... 
    7362 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    7363 standards. 
    7364 ISOLDE: stopped sim 
    7365 
    7366 > isolde sim start sel
    7367 
    7368 ISOLDE: started sim 
    7369 
    7370 > isolde sim stop
    7371 
    7372 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7373 chains... 
    7374 ISOLDE: stopped sim 
    7375 
    7376 > isolde sim start sel
    7377 
    7378 ISOLDE: started sim 
    7379 
    7380 > isolde pepflip sel
    7381 
    7382 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7383 
    7384 > isolde pepflip sel
    7385 
    7386 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7387 
    7388 > isolde pepflip sel
    7389 
    7390 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7391 
    7392 > isolde pepflip sel
    7393 
    7394 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7395 
    7396 > isolde pepflip sel
    7397 
    7398 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7399 
    7400 > isolde pepflip sel
    7401 
    7402 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7403 
    7404 > isolde pepflip sel
    7405 
    7406 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7407 
    7408 > isolde pepflip sel
    7409 
    7410 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7411 
    7412 > isolde sim stop
    7413 
    7414 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7415 chains... 
    7416 ISOLDE: stopped sim 
    7417 
    7418 > isolde sim start sel
    7419 
    7420 ISOLDE: started sim 
    7421 
    7422 > isolde pepflip sel
    7423 
    7424 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7425 
    7426 > isolde pepflip sel
    7427 
    7428 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7429 
    7430 > isolde pepflip sel
    7431 
    7432 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7433 
    7434 > isolde pepflip sel
    7435 
    7436 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7437 
    7438 > isolde pepflip sel
    7439 
    7440 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7441 
    7442 > isolde sim stop
    7443 
    7444 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7445 chains... 
    7446 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 2 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    7447 standards. 
    7448 ISOLDE: stopped sim 
    7449 
    7450 > isolde sim start sel
    7451 
    7452 ISOLDE: started sim 
    7453 
    7454 > isolde pepflip sel
    7455 
    7456 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7457 
    7458 > isolde pepflip sel
    7459 
    7460 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7461 
    7462 > isolde pepflip sel
    7463 
    7464 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7465 
    7466 > isolde pepflip sel
    7467 
    7468 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7469 
    7470 > isolde pepflip sel
    7471 
    7472 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7473 
    7474 > isolde pepflip sel
    7475 
    7476 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7477 
    7478 > isolde sim stop
    7479 
    7480 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7481 chains... 
    7482 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    7483 standards. 
    7484 ISOLDE: stopped sim 
    7485 
    7486 > isolde sim start sel
    7487 
    7488 ISOLDE: started sim 
    7489 
    7490 > isolde pepflip sel
    7491 
    7492 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7493 
    7494 > isolde pepflip sel
    7495 
    7496 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7497 
    7498 > isolde pepflip sel
    7499 
    7500 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7501 
    7502 > isolde pepflip sel
    7503 
    7504 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7505 
    7506 > isolde pepflip sel
    7507 
    7508 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7509 
    7510 > isolde pepflip sel
    7511 
    7512 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7513 
    7514 > isolde pepflip sel
    7515 
    7516 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7517 
    7518 > isolde pepflip sel
    7519 
    7520 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7521 
    7522 > isolde pepflip sel
    7523 
    7524 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7525 
    7526 > isolde pepflip sel
    7527 
    7528 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7529 
    7530 > isolde pepflip sel
    7531 
    7532 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7533 
    7534 > isolde pepflip sel
    7535 
    7536 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7537 
    7538 > isolde pepflip sel
    7539 
    7540 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7541 
    7542 > isolde pepflip sel
    7543 
    7544 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7545 
    7546 > isolde pepflip sel
    7547 
    7548 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7549 
    7550 > select clear
    7551 
    7552 > isolde pepflip sel
    7553 
    7554 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7555 
    7556 > isolde pepflip sel
    7557 
    7558 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7559 
    7560 > isolde pepflip sel
    7561 
    7562 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7563 
    7564 > isolde pepflip sel
    7565 
    7566 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7567 
    7568 > isolde pepflip sel
    7569 
    7570 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7571 
    7572 > isolde sim stop
    7573 
    7574 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7575 chains... 
    7576 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    7577 standards. 
    7578 ISOLDE: stopped sim 
    7579 
    7580 > isolde pepflip sel
    7581 
    7582 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7583 ISOLDE: started sim 
    7584 
    7585 > isolde pepflip sel
    7586 
    7587 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7588 
    7589 > isolde pepflip sel
    7590 
    7591 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7592 
    7593 > isolde sim stop
    7594 
    7595 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7596 chains... 
    7597 ISOLDE: stopped sim 
    7598 
    7599 > isolde sim start sel
    7600 
    7601 ISOLDE: started sim 
    7602 
    7603 > isolde pepflip sel
    7604 
    7605 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7606 
    7607 > isolde pepflip sel
    7608 
    7609 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7610 
    7611 > select clear
    7612 
    7613 > isolde pepflip sel
    7614 
    7615 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7616 
    7617 > isolde sim stop
    7618 
    7619 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7620 chains... 
    7621 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    7622 standards. 
    7623 ISOLDE: stopped sim 
    7624 
    7625 > isolde sim start sel
    7626 
    7627 ISOLDE: started sim 
    7628 
    7629 > isolde pepflip sel
    7630 
    7631 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7632 
    7633 > isolde pepflip sel
    7634 
    7635 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7636 
    7637 > isolde pepflip sel
    7638 
    7639 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7640 
    7641 > select clear
    7642 
    7643 [Repeated 1 time(s)]
    7644 
    7645 > isolde pepflip sel
    7646 
    7647 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7648 
    7649 > isolde pepflip sel
    7650 
    7651 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7652 
    7653 > isolde sim stop
    7654 
    7655 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7656 chains... 
    7657 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 3 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    7658 standards. 
    7659 ISOLDE: stopped sim 
    7660 
    7661 > save D:/Rafa/OneDrive/Documentos/ubuntuStorage/krsp/5OPT-refinement/40S-wt-
    7662 > refinement/7-40S-KSRP-wt-Second-steps.cxs
    7663 
    7664 Taking snapshot of stepper: 40S-wt-concat.pdb 
    7665 
    7666 > save D:/Rafa/OneDrive/Documentos/ubuntuStorage/krsp/5OPT-refinement/40S-wt-
    7667 > refinement/7-40S-KSRP-wt-Second-steps.pdb models #1
    7668 
    7669 > isolde sim start sel
    7670 
    7671 ISOLDE: started sim 
    7672 
    7673 > isolde pepflip sel
    7674 
    7675 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7676 
    7677 > isolde sim stop
    7678 
    7679 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7680 chains... 
    7681 ISOLDE: stopped sim 
    7682 
    7683 > isolde sim start sel
    7684 
    7685 ISOLDE: started sim 
    7686 
    7687 > isolde pepflip sel
    7688 
    7689 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7690 
    7691 > isolde sim stop
    7692 
    7693 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7694 chains... 
    7695 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    7696 standards. 
    7697 ISOLDE: stopped sim 
    7698 
    7699 > isolde sim start sel
    7700 
    7701 ISOLDE: started sim 
    7702 
    7703 > isolde pepflip sel
    7704 
    7705 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7706 
    7707 > isolde pepflip sel
    7708 
    7709 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7710 
    7711 > isolde pepflip sel
    7712 
    7713 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7714 
    7715 > isolde sim stop
    7716 
    7717 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7718 chains... 
    7719 ISOLDE: stopped sim 
    7720 
    7721 > isolde sim start sel
    7722 
    7723 ISOLDE: started sim 
    7724 
    7725 > isolde pepflip sel
    7726 
    7727 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7728 
    7729 > isolde pepflip sel
    7730 
    7731 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7732 
    7733 > isolde pepflip sel
    7734 
    7735 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7736 
    7737 > isolde pepflip sel
    7738 
    7739 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7740 
    7741 > isolde pepflip sel
    7742 
    7743 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7744 
    7745 > isolde pepflip sel
    7746 
    7747 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7748 
    7749 > isolde pepflip sel
    7750 
    7751 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7752 
    7753 > isolde pepflip sel
    7754 
    7755 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7756 
    7757 > isolde sim stop
    7758 
    7759 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7760 chains... 
    7761 ISOLDE: stopped sim 
    7762 
    7763 > isolde sim start sel
    7764 
    7765 ISOLDE: started sim 
    7766 
    7767 > isolde pepflip sel
    7768 
    7769 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7770 
    7771 > isolde pepflip sel
    7772 
    7773 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7774 
    7775 > isolde pepflip sel
    7776 
    7777 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7778 
    7779 > isolde pepflip sel
    7780 
    7781 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7782 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    7783 
    7784 > isolde pepflip sel
    7785 
    7786 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7787 
    7788 > isolde pepflip sel
    7789 
    7790 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7791 
    7792 > isolde pepflip sel
    7793 
    7794 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7795 
    7796 > isolde pepflip sel
    7797 
    7798 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7799 
    7800 > isolde sim stop
    7801 
    7802 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7803 chains... 
    7804 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 2 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    7805 standards. 
    7806 ISOLDE: stopped sim 
    7807 
    7808 > select #1/H:
    7809 
    7810 Expected an objects specifier or a keyword 
    7811 
    7812 > select #1/h
    7813 
    7814 2780 atoms, 2803 bonds, 173 residues, 1 model selected 
    7815 
    7816 > view #1/h
    7817 
    7818 > isolde sim start sel
    7819 
    7820 ISOLDE: started sim 
    7821 
    7822 > isolde pepflip sel
    7823 
    7824 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7825 
    7826 > isolde pepflip sel
    7827 
    7828 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7829 
    7830 > isolde pepflip sel
    7831 
    7832 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7833 
    7834 > isolde cisflip sel
    7835 
    7836 Performing cis<\-->trans flip for 1 residues 
    7837 
    7838 > isolde pepflip sel
    7839 
    7840 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7841 
    7842 > isolde pepflip sel
    7843 
    7844 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7845 
    7846 > isolde sim stop discardTo start
    7847 
    7848 reverting to start 
    7849 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7850 chains... 
    7851 ISOLDE: stopped sim 
    7852 
    7853 > isolde sim start sel
    7854 
    7855 ISOLDE: started sim 
    7856 
    7857 > isolde pepflip sel
    7858 
    7859 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7860 
    7861 > select clear
    7862 
    7863 > isolde pepflip sel
    7864 
    7865 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7866 
    7867 > isolde pepflip sel
    7868 
    7869 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7870 
    7871 > isolde pepflip sel
    7872 
    7873 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7874 
    7875 > isolde sim stop
    7876 
    7877 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7878 chains... 
    7879 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    7880 standards. 
    7881 ISOLDE: stopped sim 
    7882 
    7883 > isolde sim start sel
    7884 
    7885 ISOLDE: started sim 
    7886 
    7887 > isolde sim stop
    7888 
    7889 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7890 chains... 
    7891 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    7892 standards. 
    7893 ISOLDE: stopped sim 
    7894 
    7895 > isolde sim start sel
    7896 
    7897 ISOLDE: started sim 
    7898 
    7899 > isolde sim stop
    7900 
    7901 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7902 chains... 
    7903 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    7904 standards. 
    7905 ISOLDE: stopped sim 
    7906 
    7907 > isolde sim start sel
    7908 
    7909 ISOLDE: started sim 
    7910 
    7911 > isolde sim stop
    7912 
    7913 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7914 chains... 
    7915 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    7916 standards. 
    7917 ISOLDE: stopped sim 
    7918 
    7919 > isolde sim start sel
    7920 
    7921 ISOLDE: started sim 
    7922 
    7923 > isolde pepflip sel
    7924 
    7925 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7926 
    7927 > isolde sim stop
    7928 
    7929 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7930 chains... 
    7931 ISOLDE: stopped sim 
    7932 
    7933 > isolde sim start sel
    7934 
    7935 ISOLDE: started sim 
    7936 
    7937 > isolde pepflip sel
    7938 
    7939 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7940 
    7941 > isolde pepflip sel
    7942 
    7943 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7944 
    7945 > isolde sim stop discardTo start
    7946 
    7947 reverting to start 
    7948 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    7949 chains... 
    7950 ISOLDE: stopped sim 
    7951 
    7952 > isolde sim start sel
    7953 
    7954 ISOLDE: started sim 
    7955 
    7956 > select clear
    7957 
    7958 > isolde pepflip sel
    7959 
    7960 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7961 
    7962 > isolde pepflip sel
    7963 
    7964 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7965 
    7966 > isolde pepflip sel
    7967 
    7968 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7969 
    7970 > isolde pepflip sel
    7971 
    7972 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7973 
    7974 > isolde pepflip sel
    7975 
    7976 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7977 
    7978 > isolde pepflip sel
    7979 
    7980 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7981 
    7982 > select clear
    7983 
    7984 > isolde pepflip sel
    7985 
    7986 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7987 
    7988 > isolde pepflip sel
    7989 
    7990 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7991 
    7992 > isolde pepflip sel
    7993 
    7994 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7995 
    7996 > isolde pepflip sel
    7997 
    7998 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    7999 
    8000 > isolde pepflip sel
    8001 
    8002 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8003 
    8004 > isolde pepflip sel
    8005 
    8006 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8007 
    8008 > isolde pepflip sel
    8009 
    8010 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8011 
    8012 > isolde pepflip sel
    8013 
    8014 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8015 
    8016 > isolde pepflip sel
    8017 
    8018 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8019 
    8020 > isolde pepflip sel
    8021 
    8022 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8023 
    8024 > isolde pepflip sel
    8025 
    8026 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8027 
    8028 > isolde pepflip sel
    8029 
    8030 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8031 
    8032 > isolde pepflip sel
    8033 
    8034 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8035 
    8036 > isolde pepflip sel
    8037 
    8038 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8039 
    8040 > isolde pepflip sel
    8041 
    8042 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8043 
    8044 > isolde pepflip sel
    8045 
    8046 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8047 
    8048 > isolde pepflip sel
    8049 
    8050 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8051 
    8052 > isolde pepflip sel
    8053 
    8054 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8055 
    8056 > isolde pepflip sel
    8057 
    8058 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8059 
    8060 > isolde pepflip sel
    8061 
    8062 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8063 
    8064 > select clear
    8065 
    8066 > isolde pepflip sel
    8067 
    8068 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8069 
    8070 > isolde pepflip sel
    8071 
    8072 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8073 
    8074 > isolde pepflip sel
    8075 
    8076 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8077 
    8078 > isolde pepflip sel
    8079 
    8080 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8081 
    8082 > isolde pepflip sel
    8083 
    8084 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8085 
    8086 > isolde pepflip sel
    8087 
    8088 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8089 
    8090 > isolde pepflip sel
    8091 
    8092 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8093 
    8094 > isolde pepflip sel
    8095 
    8096 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8097 
    8098 > isolde pepflip sel
    8099 
    8100 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8101 
    8102 > isolde pepflip sel
    8103 
    8104 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8105 
    8106 > isolde pepflip sel
    8107 
    8108 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8109 
    8110 > isolde sim stop discardTo start
    8111 
    8112 reverting to start 
    8113 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8114 chains... 
    8115 ISOLDE: stopped sim 
    8116 
    8117 > isolde sim start sel
    8118 
    8119 ISOLDE: started sim 
    8120 
    8121 > isolde sim stop
    8122 
    8123 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8124 chains... 
    8125 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    8126 standards. 
    8127 ISOLDE: stopped sim 
    8128 
    8129 > save D:/Rafa/OneDrive/Documentos/ubuntuStorage/krsp/5OPT-refinement/40S-wt-
    8130 > refinement/7-40S-KSRP-wt-Second-steps.pdb
    8131 
    8132 > save D:/Rafa/OneDrive/Documentos/ubuntuStorage/krsp/5OPT-refinement/40S-wt-
    8133 > refinement/7-40S-KSRP-wt-Second-steps.cxs
    8134 
    8135 Taking snapshot of stepper: 40S-wt-concat.pdb 
    8136 Traceback (most recent call last): 
    8137 File "C:\Program Files\ChimeraX\bin\lib\site-
    8138 packages\chimerax\core\session.py", line 899, in save 
    8139 session.save(output, version=version, include_maps=include_maps) 
    8140 File "C:\Program Files\ChimeraX\bin\lib\site-
    8141 packages\chimerax\core\session.py", line 630, in save 
    8142 fserialize(stream, data) 
    8143 File "C:\Program Files\ChimeraX\bin\lib\site-
    8144 packages\chimerax\core\serialize.py", line 65, in msgpack_serialize 
    8145 stream.write(packer.pack(obj)) 
    8146 File "C:\Program Files\ChimeraX\bin\lib\site-
    8147 packages\chimerax\core\safesave.py", line 136, in write 
    8148 self._f.write(buf) 
    8149 File "C:\Program Files\ChimeraX\bin\lib\site-packages\lz4\frame\\__init__.py",
    8150 line 741, in write 
    8151 self._fp.write(compressed) 
    8152 OSError: [Errno 22] Invalid argument 
    8153  
    8154 OSError: [Errno 22] Invalid argument 
    8155  
    8156 File "C:\Program Files\ChimeraX\bin\lib\site-packages\lz4\frame\\__init__.py",
    8157 line 741, in write 
    8158 self._fp.write(compressed) 
    8159  
    8160 See log for complete Python traceback. 
    8161  
    8162 Cannot save 'D:/Rafa/OneDrive/Documentos/ubuntuStorage/krsp/5OPT-
    8163 refinement/40S-wt-refinement/7-40S-KSRP-wt-Second-steps.cxs': [Errno 22]
    8164 Invalid argument 
    8165 
    8166 > save D:/Rafa/OneDrive/Documentos/ubuntuStorage/krsp/5OPT-refinement/40S-wt-
    8167 > refinement/7-40S-KSRP-wt-Second-steps.cxs
    8168 
    8169 Taking snapshot of stepper: 40S-wt-concat.pdb 
    8170 
    8171 > isolde sim start sel
    8172 
    8173 ISOLDE: started sim 
    8174 
    8175 > isolde sim stop
    8176 
    8177 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8178 chains... 
    8179 ISOLDE: stopped sim 
    8180 
    8181 > isolde sim start sel
    8182 
    8183 ISOLDE: started sim 
    8184 
    8185 > isolde pepflip sel
    8186 
    8187 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8188 
    8189 > isolde pepflip sel
    8190 
    8191 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8192 
    8193 > isolde pepflip sel
    8194 
    8195 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8196 
    8197 > select clear
    8198 
    8199 > isolde pepflip sel
    8200 
    8201 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8202 
    8203 > isolde pepflip sel
    8204 
    8205 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8206 
    8207 > isolde pepflip sel
    8208 
    8209 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8210 
    8211 > select clear
    8212 
    8213 [Repeated 1 time(s)]
    8214 
    8215 > isolde pepflip sel
    8216 
    8217 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8218 
    8219 > isolde pepflip sel
    8220 
    8221 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8222 
    8223 > isolde pepflip sel
    8224 
    8225 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8226 
    8227 > isolde pepflip sel
    8228 
    8229 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8230 
    8231 > isolde pepflip sel
    8232 
    8233 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8234 
    8235 > select clear
    8236 
    8237 > isolde pepflip sel
    8238 
    8239 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8240 
    8241 > isolde pepflip sel
    8242 
    8243 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8244 
    8245 > isolde sim stop
    8246 
    8247 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8248 chains... 
    8249 ISOLDE: stopped sim 
    8250 
    8251 > isolde sim start sel
    8252 
    8253 ISOLDE: started sim 
    8254 
    8255 > select clear
    8256 
    8257 [Repeated 3 time(s)]
    8258 
    8259 > isolde pepflip sel
    8260 
    8261 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8262 
    8263 > isolde pepflip sel
    8264 
    8265 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8266 
    8267 > select clear
    8268 
    8269 > isolde pepflip sel
    8270 
    8271 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8272 
    8273 > isolde pepflip sel
    8274 
    8275 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8276 
    8277 > isolde pepflip sel
    8278 
    8279 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8280 
    8281 > isolde pepflip sel
    8282 
    8283 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8284 
    8285 > isolde pepflip sel
    8286 
    8287 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8288 
    8289 > isolde pepflip sel
    8290 
    8291 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8292 
    8293 > isolde pepflip sel
    8294 
    8295 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8296 
    8297 > isolde pepflip sel
    8298 
    8299 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8300 
    8301 > isolde pepflip sel
    8302 
    8303 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8304 
    8305 > isolde sim stop
    8306 
    8307 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8308 chains... 
    8309 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    8310 standards. 
    8311 ISOLDE: stopped sim 
    8312 
    8313 > isolde sim start sel
    8314 
    8315 ISOLDE: started sim 
    8316 
    8317 > isolde pepflip sel
    8318 
    8319 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8320 
    8321 > isolde pepflip sel
    8322 
    8323 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8324 
    8325 > isolde pepflip sel
    8326 
    8327 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8328 
    8329 > isolde pepflip sel
    8330 
    8331 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8332 
    8333 > select clear
    8334 
    8335 > isolde pepflip sel
    8336 
    8337 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8338 
    8339 > isolde pepflip sel
    8340 
    8341 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8342 
    8343 > isolde pepflip sel
    8344 
    8345 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8346 
    8347 > isolde pepflip sel
    8348 
    8349 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8350 
    8351 > isolde pepflip sel
    8352 
    8353 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8354 
    8355 > isolde sim stop discardTo start
    8356 
    8357 reverting to start 
    8358 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8359 chains... 
    8360 ISOLDE: stopped sim 
    8361 
    8362 > isolde sim start sel
    8363 
    8364 ISOLDE: started sim 
    8365 
    8366 > isolde pepflip sel
    8367 
    8368 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8369 
    8370 > select clear
    8371 
    8372 > isolde pepflip sel
    8373 
    8374 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8375 
    8376 > isolde pepflip sel
    8377 
    8378 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8379 
    8380 > isolde pepflip sel
    8381 
    8382 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8383 
    8384 > isolde pepflip sel
    8385 
    8386 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8387 
    8388 > isolde pepflip sel
    8389 
    8390 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8391 
    8392 > isolde pepflip sel
    8393 
    8394 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8395 
    8396 > isolde pepflip sel
    8397 
    8398 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8399 
    8400 > isolde pepflip sel
    8401 
    8402 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8403 
    8404 > isolde pepflip sel
    8405 
    8406 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8407 
    8408 > isolde pepflip sel
    8409 
    8410 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8411 
    8412 > isolde pepflip sel
    8413 
    8414 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8415 
    8416 > isolde pepflip sel
    8417 
    8418 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8419 
    8420 > isolde pepflip sel
    8421 
    8422 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8423 
    8424 > isolde pepflip sel
    8425 
    8426 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8427 
    8428 > isolde pepflip sel
    8429 
    8430 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8431 
    8432 > isolde pepflip sel
    8433 
    8434 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8435 
    8436 > isolde pepflip sel
    8437 
    8438 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8439 
    8440 > isolde sim stop
    8441 
    8442 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8443 chains... 
    8444 ISOLDE: stopped sim 
    8445 
    8446 > isolde sim start sel
    8447 
    8448 ISOLDE: started sim 
    8449 
    8450 > isolde sim stop
    8451 
    8452 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8453 chains... 
    8454 ISOLDE: stopped sim 
    8455 
    8456 > isolde sim start sel
    8457 
    8458 ISOLDE: started sim 
    8459 
    8460 > isolde pepflip sel
    8461 
    8462 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8463 
    8464 > isolde pepflip sel
    8465 
    8466 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8467 
    8468 > isolde sim stop
    8469 
    8470 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8471 chains... 
    8472 ISOLDE: stopped sim 
    8473 
    8474 > isolde sim start sel
    8475 
    8476 ISOLDE: started sim 
    8477 
    8478 > isolde pepflip sel
    8479 
    8480 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8481 
    8482 > isolde pepflip sel
    8483 
    8484 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8485 
    8486 > isolde pepflip sel
    8487 
    8488 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8489 
    8490 > isolde pepflip sel
    8491 
    8492 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8493 
    8494 > isolde pepflip sel
    8495 
    8496 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8497 
    8498 > isolde pepflip sel
    8499 
    8500 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8501 
    8502 > isolde pepflip sel
    8503 
    8504 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8505 
    8506 > isolde pepflip sel
    8507 
    8508 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8509 
    8510 > isolde pepflip sel
    8511 
    8512 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8513 
    8514 > isolde pepflip sel
    8515 
    8516 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8517 
    8518 > isolde pepflip sel
    8519 
    8520 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8521 
    8522 > isolde pepflip sel
    8523 
    8524 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8525 
    8526 > select clear
    8527 
    8528 [Repeated 1 time(s)]
    8529 
    8530 > isolde pepflip sel
    8531 
    8532 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8533 
    8534 > isolde pepflip sel
    8535 
    8536 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8537 
    8538 > isolde pepflip sel
    8539 
    8540 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8541 
    8542 > isolde pepflip sel
    8543 
    8544 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8545 
    8546 > isolde pepflip sel
    8547 
    8548 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8549 
    8550 > isolde pepflip sel
    8551 
    8552 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8553 
    8554 > isolde pepflip sel
    8555 
    8556 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8557 
    8558 > isolde sim stop
    8559 
    8560 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8561 chains... 
    8562 ISOLDE: stopped sim 
    8563 
    8564 > isolde sim start sel
    8565 
    8566 ISOLDE: started sim 
    8567 
    8568 > select clear
    8569 
    8570 > isolde pepflip sel
    8571 
    8572 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8573 
    8574 > isolde pepflip sel
    8575 
    8576 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8577 
    8578 > isolde pepflip sel
    8579 
    8580 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8581 
    8582 > isolde pepflip sel
    8583 
    8584 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8585 
    8586 > isolde pepflip sel
    8587 
    8588 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8589 
    8590 > isolde sim stop
    8591 
    8592 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8593 chains... 
    8594 ISOLDE: stopped sim 
    8595 
    8596 > select clear
    8597 
    8598 > isolde sim start sel
    8599 
    8600 ISOLDE: started sim 
    8601 
    8602 > isolde sim stop
    8603 
    8604 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8605 chains... 
    8606 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    8607 standards. 
    8608 ISOLDE: stopped sim 
    8609 
    8610 > isolde sim start sel
    8611 
    8612 ISOLDE: started sim 
    8613 
    8614 > isolde pepflip sel
    8615 
    8616 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8617 Peptide bond must be mobile in the simulation! 
    8618 
    8619 > isolde sim stop
    8620 
    8621 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8622 chains... 
    8623 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    8624 standards. 
    8625 ISOLDE: stopped sim 
    8626 
    8627 > isolde sim start sel
    8628 
    8629 ISOLDE: started sim 
    8630 
    8631 > select clear
    8632 
    8633 > isolde sim stop
    8634 
    8635 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8636 chains... 
    8637 ISOLDE: stopped sim 
    8638 
    8639 > isolde sim start sel
    8640 
    8641 ISOLDE: started sim 
    8642 
    8643 > select clear
    8644 
    8645 [Repeated 2 time(s)]
    8646 
    8647 > isolde sim stop
    8648 
    8649 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8650 chains... 
    8651 ISOLDE: stopped sim 
    8652 
    8653 > isolde sim start sel
    8654 
    8655 ISOLDE: started sim 
    8656 
    8657 > isolde sim stop
    8658 
    8659 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8660 chains... 
    8661 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    8662 standards. 
    8663 ISOLDE: stopped sim 
    8664 
    8665 > isolde sim start sel
    8666 
    8667 ISOLDE: started sim 
    8668 
    8669 > isolde sim stop
    8670 
    8671 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8672 chains... 
    8673 ISOLDE: stopped sim 
    8674 
    8675 > isolde sim start sel
    8676 
    8677 ISOLDE: started sim 
    8678 
    8679 > isolde sim stop
    8680 
    8681 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8682 chains... 
    8683 ISOLDE: stopped sim 
    8684 
    8685 > isolde sim start sel
    8686 
    8687 ISOLDE: started sim 
    8688 
    8689 > isolde sim stop
    8690 
    8691 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8692 chains... 
    8693 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    8694 standards. 
    8695 ISOLDE: stopped sim 
    8696 
    8697 > isolde sim start sel
    8698 
    8699 ISOLDE: started sim 
    8700 
    8701 > isolde pepflip sel
    8702 
    8703 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8704 
    8705 > isolde pepflip sel
    8706 
    8707 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8708 Peptide bond must be mobile in the simulation! 
    8709 
    8710 > isolde sim stop
    8711 
    8712 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8713 chains... 
    8714 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    8715 standards. 
    8716 ISOLDE: stopped sim 
    8717 
    8718 > isolde sim start sel
    8719 
    8720 ISOLDE: started sim 
    8721 
    8722 > isolde pepflip sel
    8723 
    8724 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8725 
    8726 > isolde pepflip sel
    8727 
    8728 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8729 
    8730 > isolde pepflip sel
    8731 
    8732 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8733 
    8734 > isolde sim stop
    8735 
    8736 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8737 chains... 
    8738 ISOLDE: stopped sim 
    8739 
    8740 > isolde sim start sel
    8741 
    8742 ISOLDE: started sim 
    8743 
    8744 > select clear
    8745 
    8746 > isolde pepflip sel
    8747 
    8748 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8749 
    8750 > isolde pepflip sel
    8751 
    8752 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8753 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    8754 
    8755 > isolde sim stop
    8756 
    8757 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8758 chains... 
    8759 ISOLDE: stopped sim 
    8760 
    8761 > isolde sim start sel
    8762 
    8763 ISOLDE: started sim 
    8764 
    8765 > isolde pepflip sel
    8766 
    8767 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8768 
    8769 > isolde pepflip sel
    8770 
    8771 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8772 
    8773 > isolde pepflip sel
    8774 
    8775 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8776 
    8777 > isolde pepflip sel
    8778 
    8779 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8780 
    8781 > isolde pepflip sel
    8782 
    8783 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8784 
    8785 > isolde pepflip sel
    8786 
    8787 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8788 
    8789 > isolde pepflip sel
    8790 
    8791 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8792 
    8793 > isolde pepflip sel
    8794 
    8795 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8796 
    8797 > isolde pepflip sel
    8798 
    8799 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8800 
    8801 > isolde sim stop
    8802 
    8803 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8804 chains... 
    8805 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 3 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    8806 standards. 
    8807 ISOLDE: stopped sim 
    8808 
    8809 > isolde sim start sel
    8810 
    8811 ISOLDE: started sim 
    8812 
    8813 > isolde pepflip sel
    8814 
    8815 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8816 
    8817 > isolde sim stop
    8818 
    8819 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8820 chains... 
    8821 ISOLDE: stopped sim 
    8822 
    8823 > isolde sim start sel
    8824 
    8825 ISOLDE: started sim 
    8826 
    8827 > isolde sim stop
    8828 
    8829 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8830 chains... 
    8831 ISOLDE: stopped sim 
    8832 
    8833 > isolde sim start sel
    8834 
    8835 ISOLDE: started sim 
    8836 
    8837 > isolde sim stop
    8838 
    8839 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8840 chains... 
    8841 ISOLDE: stopped sim 
    8842 
    8843 > isolde sim start sel
    8844 
    8845 ISOLDE: started sim 
    8846 
    8847 > isolde sim stop
    8848 
    8849 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8850 chains... 
    8851 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    8852 standards. 
    8853 ISOLDE: stopped sim 
    8854 
    8855 > isolde sim start sel
    8856 
    8857 ISOLDE: started sim 
    8858 
    8859 > isolde pepflip sel
    8860 
    8861 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8862 
    8863 > isolde pepflip sel
    8864 
    8865 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8866 
    8867 > isolde pepflip sel
    8868 
    8869 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8870 
    8871 > isolde pepflip sel
    8872 
    8873 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8874 
    8875 > isolde pepflip sel
    8876 
    8877 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8878 
    8879 > isolde sim stop
    8880 
    8881 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8882 chains... 
    8883 ISOLDE: stopped sim 
    8884 
    8885 > isolde sim start sel
    8886 
    8887 ISOLDE: started sim 
    8888 
    8889 > isolde sim stop
    8890 
    8891 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8892 chains... 
    8893 ISOLDE: stopped sim 
    8894 
    8895 > isolde sim start sel
    8896 
    8897 ISOLDE: started sim 
    8898 
    8899 > isolde sim stop
    8900 
    8901 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8902 chains... 
    8903 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    8904 standards. 
    8905 ISOLDE: stopped sim 
    8906 
    8907 > isolde sim start sel
    8908 
    8909 ISOLDE: started sim 
    8910 
    8911 > isolde sim stop
    8912 
    8913 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8914 chains... 
    8915 ISOLDE: stopped sim 
    8916 
    8917 > isolde sim start sel
    8918 
    8919 ISOLDE: started sim 
    8920 
    8921 > isolde pepflip sel
    8922 
    8923 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8924 
    8925 > isolde pepflip sel
    8926 
    8927 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8928 
    8929 > isolde pepflip sel
    8930 
    8931 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8932 
    8933 > isolde pepflip sel
    8934 
    8935 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8936 
    8937 > isolde pepflip sel
    8938 
    8939 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8940 
    8941 > isolde pepflip sel
    8942 
    8943 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8944 
    8945 > isolde pepflip sel
    8946 
    8947 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8948 
    8949 > isolde pepflip sel
    8950 
    8951 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8952 
    8953 > isolde pepflip sel
    8954 
    8955 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8956 
    8957 > isolde pepflip sel
    8958 
    8959 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8960 
    8961 > isolde pepflip sel
    8962 
    8963 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8964 
    8965 > isolde pepflip sel
    8966 
    8967 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8968 
    8969 > isolde pepflip sel
    8970 
    8971 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8972 
    8973 > isolde pepflip sel
    8974 
    8975 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8976 
    8977 > isolde pepflip sel
    8978 
    8979 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    8980 
    8981 > isolde sim stop
    8982 
    8983 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8984 chains... 
    8985 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    8986 standards. 
    8987 ISOLDE: stopped sim 
    8988 
    8989 > isolde sim start sel
    8990 
    8991 ISOLDE: started sim 
    8992 
    8993 > isolde sim stop
    8994 
    8995 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    8996 chains... 
    8997 ISOLDE: stopped sim 
    8998 
    8999 > isolde sim start sel
    9000 
    9001 ISOLDE: started sim 
    9002 
    9003 > isolde pepflip sel
    9004 
    9005 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9006 
    9007 > isolde pepflip sel
    9008 
    9009 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9010 
    9011 > isolde pepflip sel
    9012 
    9013 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9014 
    9015 > isolde sim stop
    9016 
    9017 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9018 chains... 
    9019 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    9020 standards. 
    9021 ISOLDE: stopped sim 
    9022 
    9023 > isolde sim start sel
    9024 
    9025 ISOLDE: started sim 
    9026 
    9027 > isolde sim stop
    9028 
    9029 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9030 chains... 
    9031 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    9032 standards. 
    9033 ISOLDE: stopped sim 
    9034 
    9035 > isolde pepflip sel
    9036 
    9037 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9038 ISOLDE: started sim 
    9039 
    9040 > select clear
    9041 
    9042 > isolde sim stop
    9043 
    9044 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9045 chains... 
    9046 ISOLDE: stopped sim 
    9047 
    9048 > isolde sim start sel
    9049 
    9050 ISOLDE: started sim 
    9051 
    9052 > isolde sim stop
    9053 
    9054 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9055 chains... 
    9056 ISOLDE: stopped sim 
    9057 
    9058 > isolde sim start sel
    9059 
    9060 ISOLDE: started sim 
    9061 
    9062 > isolde sim stop
    9063 
    9064 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9065 chains... 
    9066 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    9067 standards. 
    9068 ISOLDE: stopped sim 
    9069 
    9070 > isolde sim start sel
    9071 
    9072 ISOLDE: started sim 
    9073 
    9074 > isolde pepflip sel
    9075 
    9076 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9077 
    9078 > isolde pepflip sel
    9079 
    9080 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9081 
    9082 > isolde pepflip sel
    9083 
    9084 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9085 
    9086 > isolde pepflip sel
    9087 
    9088 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9089 
    9090 > isolde sim stop
    9091 
    9092 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9093 chains... 
    9094 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    9095 standards. 
    9096 ISOLDE: stopped sim 
    9097 
    9098 > isolde sim start sel
    9099 
    9100 ISOLDE: started sim 
    9101 
    9102 > isolde pepflip sel
    9103 
    9104 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9105 
    9106 > isolde pepflip sel
    9107 
    9108 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9109 
    9110 > isolde pepflip sel
    9111 
    9112 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9113 
    9114 > isolde pepflip sel
    9115 
    9116 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9117 
    9118 > isolde pepflip sel
    9119 
    9120 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9121 
    9122 > isolde sim stop
    9123 
    9124 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9125 chains... 
    9126 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    9127 standards. 
    9128 ISOLDE: stopped sim 
    9129 
    9130 > isolde sim start sel
    9131 
    9132 ISOLDE: started sim 
    9133 
    9134 > isolde sim stop
    9135 
    9136 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9137 chains... 
    9138 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 3 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    9139 standards. 
    9140 ISOLDE: stopped sim 
    9141 
    9142 > isolde sim start sel
    9143 
    9144 ISOLDE: started sim 
    9145 
    9146 > isolde pepflip sel
    9147 
    9148 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9149 
    9150 > isolde pepflip sel
    9151 
    9152 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9153 
    9154 > isolde pepflip sel
    9155 
    9156 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9157 
    9158 > isolde sim stop
    9159 
    9160 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9161 chains... 
    9162 ISOLDE: stopped sim 
    9163 
    9164 > isolde sim start sel
    9165 
    9166 ISOLDE: started sim 
    9167 
    9168 > isolde sim stop
    9169 
    9170 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9171 chains... 
    9172 ISOLDE: stopped sim 
    9173 
    9174 > isolde sim start sel
    9175 
    9176 ISOLDE: started sim 
    9177 
    9178 > isolde sim stop
    9179 
    9180 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9181 chains... 
    9182 ISOLDE: stopped sim 
    9183 
    9184 > isolde sim start sel
    9185 
    9186 ISOLDE: started sim 
    9187 
    9188 > isolde sim stop
    9189 
    9190 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9191 chains... 
    9192 ISOLDE: stopped sim 
    9193 
    9194 > isolde sim start sel
    9195 
    9196 ISOLDE: started sim 
    9197 
    9198 > isolde pepflip sel
    9199 
    9200 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9201 
    9202 > isolde pepflip sel
    9203 
    9204 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9205 
    9206 > isolde pepflip sel
    9207 
    9208 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9209 
    9210 > isolde pepflip sel
    9211 
    9212 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9213 
    9214 > isolde pepflip sel
    9215 
    9216 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9217 
    9218 > isolde pepflip sel
    9219 
    9220 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9221 
    9222 > isolde pepflip sel
    9223 
    9224 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9225 
    9226 > isolde pepflip sel
    9227 
    9228 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9229 
    9230 > isolde pepflip sel
    9231 
    9232 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9233 
    9234 > isolde sim stop
    9235 
    9236 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9237 chains... 
    9238 ISOLDE: stopped sim 
    9239 
    9240 > isolde sim start sel
    9241 
    9242 ISOLDE: started sim 
    9243 
    9244 > isolde pepflip sel
    9245 
    9246 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9247 
    9248 > isolde pepflip sel
    9249 
    9250 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9251 
    9252 > isolde pepflip sel
    9253 
    9254 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9255 
    9256 > isolde pepflip sel
    9257 
    9258 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9259 
    9260 > isolde pepflip sel
    9261 
    9262 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9263 
    9264 > isolde pepflip sel
    9265 
    9266 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9267 
    9268 > isolde pepflip sel
    9269 
    9270 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9271 
    9272 > isolde pepflip sel
    9273 
    9274 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9275 
    9276 > isolde pepflip sel
    9277 
    9278 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9279 
    9280 > isolde pepflip sel
    9281 
    9282 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9283 
    9284 > isolde pepflip sel
    9285 
    9286 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9287 
    9288 > isolde pepflip sel
    9289 
    9290 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9291 
    9292 > isolde pepflip sel
    9293 
    9294 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9295 
    9296 > isolde pepflip sel
    9297 
    9298 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9299 
    9300 > isolde sim stop
    9301 
    9302 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9303 chains... 
    9304 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 2 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    9305 standards. 
    9306 ISOLDE: stopped sim 
    9307 
    9308 > isolde sim start sel
    9309 
    9310 ISOLDE: started sim 
    9311 
    9312 > isolde pepflip sel
    9313 
    9314 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9315 
    9316 > isolde pepflip sel
    9317 
    9318 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9319 
    9320 > isolde pepflip sel
    9321 
    9322 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9323 
    9324 > isolde sim stop
    9325 
    9326 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9327 chains... 
    9328 ISOLDE: stopped sim 
    9329 
    9330 > isolde sim start sel
    9331 
    9332 ISOLDE: started sim 
    9333 
    9334 > isolde pepflip sel
    9335 
    9336 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9337 
    9338 > isolde pepflip sel
    9339 
    9340 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9341 
    9342 > isolde pepflip sel
    9343 
    9344 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9345 
    9346 > isolde pepflip sel
    9347 
    9348 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9349 
    9350 > isolde pepflip sel
    9351 
    9352 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9353 
    9354 > isolde pepflip sel
    9355 
    9356 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9357 
    9358 > isolde pepflip sel
    9359 
    9360 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9361 
    9362 > isolde pepflip sel
    9363 
    9364 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9365 
    9366 > isolde pepflip sel
    9367 
    9368 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9369 
    9370 > isolde pepflip sel
    9371 
    9372 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9373 
    9374 > isolde cisflip sel
    9375 
    9376 Performing cis<\-->trans flip for 1 residues 
    9377 
    9378 > isolde pepflip sel
    9379 
    9380 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9381 
    9382 > isolde pepflip sel
    9383 
    9384 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9385 
    9386 > isolde pepflip sel
    9387 
    9388 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9389 
    9390 > isolde pepflip sel
    9391 
    9392 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9393 
    9394 > isolde pepflip sel
    9395 
    9396 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9397 
    9398 > isolde pepflip sel
    9399 
    9400 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9401 
    9402 > isolde sim stop
    9403 
    9404 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9405 chains... 
    9406 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    9407 standards. 
    9408 ISOLDE: stopped sim 
    9409 
    9410 > isolde sim start sel
    9411 
    9412 ISOLDE: started sim 
    9413 
    9414 > isolde pepflip sel
    9415 
    9416 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9417 
    9418 > select clear
    9419 
    9420 > isolde pepflip sel
    9421 
    9422 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9423 
    9424 > isolde pepflip sel
    9425 
    9426 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9427 
    9428 > isolde pepflip sel
    9429 
    9430 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9431 
    9432 > isolde pepflip sel
    9433 
    9434 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9435 
    9436 > isolde pepflip sel
    9437 
    9438 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9439 
    9440 > isolde pepflip sel
    9441 
    9442 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9443 
    9444 > isolde pepflip sel
    9445 
    9446 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9447 
    9448 > isolde sim stop
    9449 
    9450 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9451 chains... 
    9452 ISOLDE: stopped sim 
    9453 
    9454 > isolde sim start sel
    9455 
    9456 ISOLDE: started sim 
    9457 
    9458 > isolde sim stop
    9459 
    9460 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9461 chains... 
    9462 ISOLDE: stopped sim 
    9463 
    9464 > isolde sim start sel
    9465 
    9466 ISOLDE: started sim 
    9467 
    9468 > isolde sim stop
    9469 
    9470 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9471 chains... 
    9472 ISOLDE: stopped sim 
    9473 
    9474 > isolde sim start sel
    9475 
    9476 ISOLDE: started sim 
    9477 
    9478 > select clear
    9479 
    9480 > isolde sim stop
    9481 
    9482 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9483 chains... 
    9484 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 3 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    9485 standards. 
    9486 ISOLDE: stopped sim 
    9487 
    9488 > isolde sim start sel
    9489 
    9490 ISOLDE: started sim 
    9491 
    9492 > isolde pepflip sel
    9493 
    9494 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9495 
    9496 > isolde pepflip sel
    9497 
    9498 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9499 
    9500 > isolde pepflip sel
    9501 
    9502 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9503 
    9504 > isolde cisflip sel
    9505 
    9506 Performing cis<\-->trans flip for 1 residues 
    9507 
    9508 > isolde cisflip sel
    9509 
    9510 Performing cis<\-->trans flip for 1 residues 
    9511 
    9512 > isolde pepflip sel
    9513 
    9514 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9515 
    9516 > isolde pepflip sel
    9517 
    9518 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9519 
    9520 > isolde sim stop
    9521 
    9522 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9523 chains... 
    9524 ISOLDE: stopped sim 
    9525 
    9526 > isolde sim start sel
    9527 
    9528 ISOLDE: started sim 
    9529 
    9530 > isolde pepflip sel
    9531 
    9532 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9533 
    9534 > isolde pepflip sel
    9535 
    9536 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9537 
    9538 > isolde pepflip sel
    9539 
    9540 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9541 
    9542 > isolde pepflip sel
    9543 
    9544 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9545 
    9546 > isolde sim stop
    9547 
    9548 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9549 chains... 
    9550 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    9551 standards. 
    9552 ISOLDE: stopped sim 
    9553 
    9554 > isolde sim start sel
    9555 
    9556 ISOLDE: started sim 
    9557 
    9558 > isolde pepflip sel
    9559 
    9560 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9561 
    9562 > isolde pepflip sel
    9563 
    9564 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9565 
    9566 > isolde pepflip sel
    9567 
    9568 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9569 
    9570 > isolde pepflip sel
    9571 
    9572 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9573 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    9574 
    9575 > isolde pepflip sel
    9576 
    9577 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9578 
    9579 > isolde pepflip sel
    9580 
    9581 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9582 
    9583 > isolde pepflip sel
    9584 
    9585 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9586 
    9587 > isolde pepflip sel
    9588 
    9589 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9590 
    9591 > isolde pepflip sel
    9592 
    9593 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9594 
    9595 > isolde pepflip sel
    9596 
    9597 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9598 
    9599 > isolde pepflip sel
    9600 
    9601 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9602 
    9603 > isolde pepflip sel
    9604 
    9605 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9606 
    9607 > isolde pepflip sel
    9608 
    9609 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9610 
    9611 > isolde pepflip sel
    9612 
    9613 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9614 
    9615 > isolde pepflip sel
    9616 
    9617 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9618 
    9619 > isolde pepflip sel
    9620 
    9621 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9622 
    9623 > isolde pepflip sel
    9624 
    9625 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9626 
    9627 > isolde pepflip sel
    9628 
    9629 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9630 
    9631 > isolde sim stop
    9632 
    9633 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9634 chains... 
    9635 ISOLDE: stopped sim 
    9636 
    9637 > isolde sim start sel
    9638 
    9639 ISOLDE: started sim 
    9640 
    9641 > isolde pepflip sel
    9642 
    9643 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9644 
    9645 > isolde pepflip sel
    9646 
    9647 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9648 
    9649 > isolde pepflip sel
    9650 
    9651 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9652 
    9653 > isolde cisflip sel
    9654 
    9655 Performing cis<\-->trans flip for 1 residues 
    9656 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    9657 
    9658 > isolde cisflip sel
    9659 
    9660 Performing cis<\-->trans flip for 1 residues 
    9661 
    9662 > isolde pepflip sel
    9663 
    9664 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9665 
    9666 > isolde pepflip sel
    9667 
    9668 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9669 
    9670 > isolde pepflip sel
    9671 
    9672 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9673 
    9674 > isolde pepflip sel
    9675 
    9676 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9677 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    9678 
    9679 > isolde pepflip sel
    9680 
    9681 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9682 
    9683 > isolde pepflip sel
    9684 
    9685 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9686 
    9687 > isolde pepflip sel
    9688 
    9689 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9690 
    9691 > isolde pepflip sel
    9692 
    9693 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9694 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    9695 
    9696 > isolde pepflip sel
    9697 
    9698 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9699 
    9700 > isolde pepflip sel
    9701 
    9702 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9703 
    9704 > isolde pepflip sel
    9705 
    9706 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9707 
    9708 > isolde pepflip sel
    9709 
    9710 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9711 
    9712 > isolde pepflip sel
    9713 
    9714 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9715 
    9716 > isolde pepflip sel
    9717 
    9718 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9719 
    9720 > isolde pepflip sel
    9721 
    9722 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9723 
    9724 > select clear
    9725 
    9726 [Repeated 1 time(s)]
    9727 
    9728 > isolde pepflip sel
    9729 
    9730 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9731 
    9732 > isolde pepflip sel
    9733 
    9734 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9735 
    9736 > isolde sim stop
    9737 
    9738 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9739 chains... 
    9740 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    9741 standards. 
    9742 ISOLDE: stopped sim 
    9743 
    9744 > isolde sim start sel
    9745 
    9746 ISOLDE: started sim 
    9747 
    9748 > isolde pepflip sel
    9749 
    9750 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9751 
    9752 > isolde pepflip sel
    9753 
    9754 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9755 
    9756 > isolde pepflip sel
    9757 
    9758 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9759 
    9760 > isolde sim stop
    9761 
    9762 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9763 chains... 
    9764 ISOLDE: stopped sim 
    9765 
    9766 > isolde sim start sel
    9767 
    9768 ISOLDE: started sim 
    9769 
    9770 > isolde sim stop
    9771 
    9772 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9773 chains... 
    9774 ISOLDE: stopped sim 
    9775 
    9776 > isolde sim start sel
    9777 
    9778 ISOLDE: started sim 
    9779 
    9780 > isolde pepflip sel
    9781 
    9782 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9783 
    9784 > isolde pepflip sel
    9785 
    9786 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9787 
    9788 > isolde pepflip sel
    9789 
    9790 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9791 
    9792 > isolde pepflip sel
    9793 
    9794 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9795 
    9796 > isolde pepflip sel
    9797 
    9798 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9799 
    9800 > isolde pepflip sel
    9801 
    9802 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9803 
    9804 > select clear
    9805 
    9806 > isolde pepflip sel
    9807 
    9808 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9809 
    9810 > isolde pepflip sel
    9811 
    9812 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9813 
    9814 > isolde pepflip sel
    9815 
    9816 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9817 
    9818 > isolde pepflip sel
    9819 
    9820 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9821 
    9822 > isolde pepflip sel
    9823 
    9824 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9825 
    9826 > isolde pepflip sel
    9827 
    9828 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9829 
    9830 > isolde pepflip sel
    9831 
    9832 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9833 
    9834 > isolde pepflip sel
    9835 
    9836 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9837 
    9838 > isolde pepflip sel
    9839 
    9840 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9841 
    9842 > isolde pepflip sel
    9843 
    9844 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9845 
    9846 > isolde pepflip sel
    9847 
    9848 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9849 
    9850 > isolde pepflip sel
    9851 
    9852 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9853 
    9854 > isolde pepflip sel
    9855 
    9856 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9857 
    9858 > isolde pepflip sel
    9859 
    9860 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9861 
    9862 > isolde pepflip sel
    9863 
    9864 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9865 
    9866 > isolde pepflip sel
    9867 
    9868 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9869 
    9870 > select clear
    9871 
    9872 [Repeated 1 time(s)]
    9873 
    9874 > isolde pepflip sel
    9875 
    9876 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9877 
    9878 > isolde pepflip sel
    9879 
    9880 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9881 
    9882 > isolde pepflip sel
    9883 
    9884 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9885 
    9886 > isolde pepflip sel
    9887 
    9888 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9889 
    9890 > isolde sim stop
    9891 
    9892 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9893 chains... 
    9894 ISOLDE: stopped sim 
    9895 
    9896 > isolde sim start sel
    9897 
    9898 ISOLDE: started sim 
    9899 
    9900 > isolde sim stop
    9901 
    9902 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9903 chains... 
    9904 ISOLDE: stopped sim 
    9905 
    9906 > isolde sim start sel
    9907 
    9908 ISOLDE: started sim 
    9909 
    9910 > isolde sim stop
    9911 
    9912 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9913 chains... 
    9914 ISOLDE: stopped sim 
    9915 
    9916 > isolde sim start sel
    9917 
    9918 ISOLDE: started sim 
    9919 
    9920 > isolde pepflip sel
    9921 
    9922 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9923 
    9924 > isolde pepflip sel
    9925 
    9926 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9927 
    9928 > isolde pepflip sel
    9929 
    9930 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9931 
    9932 > isolde pepflip sel
    9933 
    9934 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9935 
    9936 > isolde pepflip sel
    9937 
    9938 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9939 
    9940 > isolde pepflip sel
    9941 
    9942 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9943 
    9944 > select clear
    9945 
    9946 [Repeated 1 time(s)]
    9947 
    9948 > isolde pepflip sel
    9949 
    9950 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9951 
    9952 > isolde pepflip sel
    9953 
    9954 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9955 
    9956 > isolde pepflip sel
    9957 
    9958 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9959 
    9960 > isolde pepflip sel
    9961 
    9962 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9963 
    9964 > isolde pepflip sel
    9965 
    9966 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9967 
    9968 > isolde pepflip sel
    9969 
    9970 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    9971 
    9972 > isolde sim stop
    9973 
    9974 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9975 chains... 
    9976 ISOLDE: stopped sim 
    9977 
    9978 > isolde sim start sel
    9979 
    9980 ISOLDE: started sim 
    9981 
    9982 > isolde sim stop discardTo start
    9983 
    9984 reverting to start 
    9985 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9986 chains... 
    9987 ISOLDE: stopped sim 
    9988 
    9989 > isolde sim start sel
    9990 
    9991 ISOLDE: started sim 
    9992 
    9993 > isolde sim stop
    9994 
    9995 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    9996 chains... 
    9997 ISOLDE: stopped sim 
    9998 
    9999 > isolde sim start sel
    10000 
    10001 ISOLDE: started sim 
    10002 
    10003 > isolde sim stop
    10004 
    10005 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10006 chains... 
    10007 ISOLDE: stopped sim 
    10008 
    10009 > isolde sim start sel
    10010 
    10011 ISOLDE: started sim 
    10012 
    10013 > isolde pepflip sel
    10014 
    10015 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10016 
    10017 > isolde pepflip sel
    10018 
    10019 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10020 
    10021 > isolde pepflip sel
    10022 
    10023 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10024 
    10025 > isolde pepflip sel
    10026 
    10027 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10028 
    10029 > isolde pepflip sel
    10030 
    10031 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10032 
    10033 > isolde pepflip sel
    10034 
    10035 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10036 
    10037 > isolde pepflip sel
    10038 
    10039 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10040 
    10041 > isolde pepflip sel
    10042 
    10043 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10044 
    10045 > isolde pepflip sel
    10046 
    10047 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10048 
    10049 > isolde pepflip sel
    10050 
    10051 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10052 
    10053 > isolde pepflip sel
    10054 
    10055 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10056 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    10057 
    10058 > isolde sim stop
    10059 
    10060 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10061 chains... 
    10062 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    10063 standards. 
    10064 ISOLDE: stopped sim 
    10065 
    10066 > isolde sim start sel
    10067 
    10068 ISOLDE: started sim 
    10069 
    10070 > isolde sim stop
    10071 
    10072 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10073 chains... 
    10074 ISOLDE: stopped sim 
    10075 
    10076 > isolde sim start sel
    10077 
    10078 ISOLDE: started sim 
    10079 
    10080 > select clear
    10081 
    10082 > isolde pepflip sel
    10083 
    10084 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10085 
    10086 > isolde pepflip sel
    10087 
    10088 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10089 
    10090 > isolde pepflip sel
    10091 
    10092 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10093 
    10094 > select clear
    10095 
    10096 > isolde pepflip sel
    10097 
    10098 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10099 
    10100 > isolde sim stop
    10101 
    10102 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10103 chains... 
    10104 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    10105 standards. 
    10106 ISOLDE: stopped sim 
    10107 
    10108 > isolde sim start sel
    10109 
    10110 ISOLDE: started sim 
    10111 
    10112 > isolde pepflip sel
    10113 
    10114 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10115 
    10116 > isolde pepflip sel
    10117 
    10118 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10119 
    10120 > isolde pepflip sel
    10121 
    10122 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10123 
    10124 > isolde sim stop
    10125 
    10126 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10127 chains... 
    10128 ISOLDE: stopped sim 
    10129 
    10130 > isolde sim start sel
    10131 
    10132 ISOLDE: started sim 
    10133 
    10134 > isolde pepflip sel
    10135 
    10136 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10137 
    10138 > isolde pepflip sel
    10139 
    10140 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10141 
    10142 > isolde pepflip sel
    10143 
    10144 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10145 
    10146 > isolde pepflip sel
    10147 
    10148 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10149 
    10150 > isolde pepflip sel
    10151 
    10152 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10153 
    10154 > select clear
    10155 
    10156 > isolde pepflip sel
    10157 
    10158 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10159 
    10160 > isolde pepflip sel
    10161 
    10162 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10163 
    10164 > select clear
    10165 
    10166 > isolde pepflip sel
    10167 
    10168 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10169 
    10170 > isolde pepflip sel
    10171 
    10172 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10173 
    10174 > isolde pepflip sel
    10175 
    10176 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10177 
    10178 > isolde pepflip sel
    10179 
    10180 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10181 
    10182 > isolde pepflip sel
    10183 
    10184 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10185 
    10186 > isolde pepflip sel
    10187 
    10188 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10189 
    10190 > isolde pepflip sel
    10191 
    10192 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10193 
    10194 > isolde pepflip sel
    10195 
    10196 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10197 
    10198 > isolde sim stop
    10199 
    10200 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10201 chains... 
    10202 ISOLDE: stopped sim 
    10203 
    10204 > isolde sim start sel
    10205 
    10206 ISOLDE: started sim 
    10207 
    10208 > isolde pepflip sel
    10209 
    10210 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10211 
    10212 > isolde sim stop
    10213 
    10214 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10215 chains... 
    10216 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    10217 standards. 
    10218 ISOLDE: stopped sim 
    10219 
    10220 > isolde sim start sel
    10221 
    10222 ISOLDE: started sim 
    10223 
    10224 > isolde pepflip sel
    10225 
    10226 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10227 
    10228 > isolde sim stop
    10229 
    10230 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10231 chains... 
    10232 ISOLDE: stopped sim 
    10233 
    10234 > isolde sim start sel
    10235 
    10236 ISOLDE: started sim 
    10237 
    10238 > isolde pepflip sel
    10239 
    10240 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10241 
    10242 > isolde pepflip sel
    10243 
    10244 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10245 
    10246 > isolde pepflip sel
    10247 
    10248 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10249 
    10250 > isolde pepflip sel
    10251 
    10252 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10253 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    10254 
    10255 > isolde pepflip sel
    10256 
    10257 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10258 
    10259 > isolde pepflip sel
    10260 
    10261 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10262 
    10263 > isolde pepflip sel
    10264 
    10265 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10266 
    10267 > isolde pepflip sel
    10268 
    10269 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10270 
    10271 > isolde pepflip sel
    10272 
    10273 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10274 
    10275 > isolde pepflip sel
    10276 
    10277 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10278 
    10279 > isolde pepflip sel
    10280 
    10281 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10282 
    10283 > isolde sim stop
    10284 
    10285 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10286 chains... 
    10287 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 3 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    10288 standards. 
    10289 ISOLDE: stopped sim 
    10290 
    10291 > isolde sim start sel
    10292 
    10293 ISOLDE: started sim 
    10294 
    10295 > select clear
    10296 
    10297 > isolde pepflip sel
    10298 
    10299 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10300 
    10301 > isolde pepflip sel
    10302 
    10303 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10304 
    10305 > isolde pepflip sel
    10306 
    10307 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10308 
    10309 > isolde pepflip sel
    10310 
    10311 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10312 
    10313 > isolde pepflip sel
    10314 
    10315 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10316 
    10317 > isolde pepflip sel
    10318 
    10319 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10320 
    10321 > select clear
    10322 
    10323 > isolde pepflip sel
    10324 
    10325 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10326 
    10327 > isolde pepflip sel
    10328 
    10329 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10330 
    10331 > isolde pepflip sel
    10332 
    10333 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10334 
    10335 > isolde pepflip sel
    10336 
    10337 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10338 
    10339 > isolde sim stop
    10340 
    10341 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10342 chains... 
    10343 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    10344 standards. 
    10345 ISOLDE: stopped sim 
    10346 
    10347 > isolde sim start sel
    10348 
    10349 ISOLDE: started sim 
    10350 
    10351 > isolde pepflip sel
    10352 
    10353 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10354 
    10355 > isolde pepflip sel
    10356 
    10357 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10358 
    10359 > isolde pepflip sel
    10360 
    10361 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10362 
    10363 > isolde sim stop
    10364 
    10365 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10366 chains... 
    10367 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 2 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    10368 standards. 
    10369 ISOLDE: stopped sim 
    10370 
    10371 > isolde sim start sel
    10372 
    10373 ISOLDE: started sim 
    10374 
    10375 > isolde pepflip sel
    10376 
    10377 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10378 
    10379 > isolde pepflip sel
    10380 
    10381 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10382 
    10383 > isolde pepflip sel
    10384 
    10385 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10386 
    10387 > isolde pepflip sel
    10388 
    10389 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10390 
    10391 > isolde pepflip sel
    10392 
    10393 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10394 
    10395 > isolde pepflip sel
    10396 
    10397 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10398 
    10399 > isolde pepflip sel
    10400 
    10401 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10402 
    10403 > isolde pepflip sel
    10404 
    10405 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10406 
    10407 > isolde pepflip sel
    10408 
    10409 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10410 
    10411 > isolde pepflip sel
    10412 
    10413 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10414 
    10415 > isolde sim stop
    10416 
    10417 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10418 chains... 
    10419 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    10420 standards. 
    10421 ISOLDE: stopped sim 
    10422 
    10423 > isolde sim start sel
    10424 
    10425 ISOLDE: started sim 
    10426 
    10427 > isolde sim stop
    10428 
    10429 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10430 chains... 
    10431 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    10432 standards. 
    10433 ISOLDE: stopped sim 
    10434 
    10435 > isolde sim start sel
    10436 
    10437 ISOLDE: started sim 
    10438 
    10439 > isolde pepflip sel
    10440 
    10441 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10442 
    10443 > isolde pepflip sel
    10444 
    10445 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10446 
    10447 > isolde pepflip sel
    10448 
    10449 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10450 
    10451 > isolde pepflip sel
    10452 
    10453 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10454 
    10455 > select clear
    10456 
    10457 > isolde pepflip sel
    10458 
    10459 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10460 
    10461 > isolde pepflip sel
    10462 
    10463 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10464 
    10465 > isolde pepflip sel
    10466 
    10467 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10468 
    10469 > isolde pepflip sel
    10470 
    10471 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10472 
    10473 > isolde pepflip sel
    10474 
    10475 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10476 
    10477 > isolde pepflip sel
    10478 
    10479 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10480 
    10481 > isolde pepflip sel
    10482 
    10483 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10484 
    10485 > isolde pepflip sel
    10486 
    10487 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10488 
    10489 > isolde sim stop
    10490 
    10491 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10492 chains... 
    10493 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 2 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    10494 standards. 
    10495 ISOLDE: stopped sim 
    10496 
    10497 > isolde sim start sel
    10498 
    10499 ISOLDE: started sim 
    10500 
    10501 > isolde pepflip sel
    10502 
    10503 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10504 
    10505 > isolde pepflip sel
    10506 
    10507 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10508 
    10509 > isolde cisflip sel
    10510 
    10511 Performing cis<\-->trans flip for 1 residues 
    10512 
    10513 > isolde pepflip sel
    10514 
    10515 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10516 
    10517 > isolde pepflip sel
    10518 
    10519 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10520 
    10521 > isolde cisflip sel
    10522 
    10523 Performing cis<\-->trans flip for 1 residues 
    10524 
    10525 > isolde sim stop
    10526 
    10527 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10528 chains... 
    10529 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    10530 standards. 
    10531 ISOLDE: stopped sim 
    10532 
    10533 > isolde sim start sel
    10534 
    10535 ISOLDE: started sim 
    10536 
    10537 > isolde pepflip sel
    10538 
    10539 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10540 
    10541 > isolde pepflip sel
    10542 
    10543 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10544 
    10545 > isolde pepflip sel
    10546 
    10547 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10548 
    10549 > isolde pepflip sel
    10550 
    10551 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10552 
    10553 > isolde pepflip sel
    10554 
    10555 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10556 
    10557 > isolde pepflip sel
    10558 
    10559 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10560 
    10561 > isolde pepflip sel
    10562 
    10563 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10564 
    10565 > isolde pepflip sel
    10566 
    10567 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10568 
    10569 > select clear
    10570 
    10571 > isolde pepflip sel
    10572 
    10573 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10574 
    10575 > select clear
    10576 
    10577 > isolde pepflip sel
    10578 
    10579 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10580 
    10581 > isolde sim stop
    10582 
    10583 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10584 chains... 
    10585 ISOLDE: stopped sim 
    10586 
    10587 > isolde sim start sel
    10588 
    10589 ISOLDE: started sim 
    10590 
    10591 > isolde pepflip sel
    10592 
    10593 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10594 
    10595 > isolde sim stop
    10596 
    10597 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10598 chains... 
    10599 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    10600 standards. 
    10601 ISOLDE: stopped sim 
    10602 
    10603 > isolde sim start sel
    10604 
    10605 ISOLDE: started sim 
    10606 
    10607 > isolde sim stop
    10608 
    10609 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10610 chains... 
    10611 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    10612 standards. 
    10613 ISOLDE: stopped sim 
    10614 
    10615 > isolde sim start sel
    10616 
    10617 ISOLDE: started sim 
    10618 
    10619 > isolde pepflip sel
    10620 
    10621 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10622 
    10623 > isolde pepflip sel
    10624 
    10625 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10626 
    10627 > isolde pepflip sel
    10628 
    10629 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10630 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    10631 
    10632 > isolde sim stop
    10633 
    10634 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10635 chains... 
    10636 ISOLDE: stopped sim 
    10637 
    10638 > isolde sim start sel
    10639 
    10640 ISOLDE: started sim 
    10641 
    10642 > isolde pepflip sel
    10643 
    10644 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10645 
    10646 > isolde pepflip sel
    10647 
    10648 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10649 
    10650 > isolde pepflip sel
    10651 
    10652 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10653 
    10654 > isolde sim stop
    10655 
    10656 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10657 chains... 
    10658 ISOLDE: stopped sim 
    10659 
    10660 > isolde sim start sel
    10661 
    10662 ISOLDE: started sim 
    10663 
    10664 > isolde pepflip sel
    10665 
    10666 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10667 
    10668 > isolde pepflip sel
    10669 
    10670 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10671 
    10672 > isolde sim stop
    10673 
    10674 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10675 chains... 
    10676 ISOLDE: stopped sim 
    10677 
    10678 > isolde sim start sel
    10679 
    10680 ISOLDE: started sim 
    10681 
    10682 > isolde pepflip sel
    10683 
    10684 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10685 
    10686 > isolde pepflip sel
    10687 
    10688 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10689 
    10690 > isolde sim stop
    10691 
    10692 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10693 chains... 
    10694 ISOLDE: Corrected atom nomenclature of 1 residues in model #1.2 to IUPAC-IUB
    10695 standards. 
    10696 ISOLDE: stopped sim 
    10697 
    10698 > isolde sim start sel
    10699 
    10700 ISOLDE: started sim 
    10701 
    10702 > isolde pepflip sel
    10703 
    10704 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10705 
    10706 > isolde pepflip sel
    10707 
    10708 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10709 
    10710 > isolde pepflip sel
    10711 
    10712 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10713 
    10714 > isolde pepflip sel
    10715 
    10716 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10717 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    10718 
    10719 > isolde sim stop
    10720 
    10721 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10722 chains... 
    10723 ISOLDE: stopped sim 
    10724 
    10725 > isolde sim start sel
    10726 
    10727 ISOLDE: started sim 
    10728 
    10729 > isolde pepflip sel
    10730 
    10731 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10732 
    10733 > isolde pepflip sel
    10734 
    10735 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10736 
    10737 > isolde pepflip sel
    10738 
    10739 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10740 
    10741 > isolde pepflip sel
    10742 
    10743 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10744 
    10745 > isolde pepflip sel
    10746 
    10747 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10748 
    10749 > isolde pepflip sel
    10750 
    10751 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10752 
    10753 > isolde pepflip sel
    10754 
    10755 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10756 
    10757 > isolde pepflip sel
    10758 
    10759 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10760 
    10761 > isolde pepflip sel
    10762 
    10763 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10764 Unable to flip peptide bond after 50 rounds. Giving up. 
    10765 
    10766 > isolde pepflip sel
    10767 
    10768 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10769 
    10770 > isolde pepflip sel
    10771 
    10772 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10773 
    10774 > isolde pepflip sel
    10775 
    10776 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10777 
    10778 > isolde pepflip sel
    10779 
    10780 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10781 
    10782 > isolde pepflip sel
    10783 
    10784 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10785 
    10786 > isolde pepflip sel
    10787 
    10788 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10789 
    10790 > isolde pepflip sel
    10791 
    10792 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10793 
    10794 > isolde pepflip sel
    10795 
    10796 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10797 
    10798 > isolde pepflip sel
    10799 
    10800 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10801 
    10802 > isolde pepflip sel
    10803 
    10804 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10805 
    10806 > isolde pepflip sel
    10807 
    10808 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10809 
    10810 > isolde pepflip sel
    10811 
    10812 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10813 
    10814 > isolde sim stop
    10815 
    10816 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10817 chains... 
    10818 ISOLDE: stopped sim 
    10819 
    10820 > isolde sim start sel
    10821 
    10822 ISOLDE: started sim 
    10823 
    10824 > isolde sim stop
    10825 
    10826 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10827 chains... 
    10828 ISOLDE: stopped sim 
    10829 
    10830 > isolde sim start sel
    10831 
    10832 ISOLDE: started sim 
    10833 
    10834 > isolde sim stop
    10835 
    10836 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10837 chains... 
    10838 ISOLDE: stopped sim 
    10839 
    10840 > isolde sim start sel
    10841 
    10842 ISOLDE: started sim 
    10843 
    10844 > isolde pepflip sel
    10845 
    10846 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10847 
    10848 > isolde pepflip sel
    10849 
    10850 Flipping the peptide bond for 1 residues 
    10851 
    10852 > isolde sim stop
    10853 
    10854 ISOLDE: Checking and correcting nomenclature for (pseudo)symmetric side
    10855 chains... 
    10856 ISOLDE: stopped sim 
    10857 
    10858 > isolde sim start sel
    10859 
    10860 ISOLDE: started sim 
     2457
     2458[deleted to fit within ticket limits]
    108612459
    108622460> isolde sim stop