Changes between Initial Version and Version 1 of Ticket #6441


Ignore:
Timestamp:
Mar 23, 2022, 10:31:16 AM (4 years ago)
Author:
Eric Pettersen
Comment:

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified

  • Ticket #6441

    • Property Component Unassigned → Window Toolkit
    • Property Owner set to Tom Goddard
    • Property Platform → all
    • Property Project → ChimeraX
    • Property Status new → assigned
    • Property Summary ChimeraX bug report submission → Crash in self.graphics_window.mapFromGlobal(QCursor.pos())

  • Ticket #6441 – Description

    initial v1  
    1313  File "/private/var/folders/4n/w8pqvfmn6k3g3yngkc79qj1c0000gn/T/AppTranslocation/BC9AD1C5-AE9E-439F-BBAD-A0F4F0A0C81B/d/ChimeraX-1.3.app/Contents/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-packages/chimerax/core/updateloop.py", line 140 in _redraw_timer_callback
    1414  File "/private/var/folders/4n/w8pqvfmn6k3g3yngkc79qj1c0000gn/T/AppTranslocation/BC9AD1C5-AE9E-439F-BBAD-A0F4F0A0C81B/d/ChimeraX-1.3.app/Contents/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-packages/chimerax/ui/gui.py301event_loop/private/var/folders/4n/w8pqvfmn6k3g3yngkc79qj1c0000gn/T/AppTranslocation/BC9AD1C5-AE9E-439F-BBAD-A0F4F0A0C81B/d/ChimeraX-1.3.app/Contents/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-packages/ChimeraX_main.py867init/private/var/folders/4n/w8pqvfmn6k3g3yngkc79qj1c0000gn/T/AppTranslocation/BC9AD1C5-AE9E-439F-BBAD-A0F4F0A0C81B/d/ChimeraX-1.3.app/Contents/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-packages/ChimeraX_main.py1018/private/var/folders/4n/w8pqvfmn6k3g3yngkc79qj1c0000gn/T/AppTranslocation/BC9AD1C5-AE9E-439F-BBAD-A0F4F0A0C81B/d/ChimeraX-1.3.app/Contents/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/runpy.py87_run_code/private/var/folders/4n/w8pqvfmn6k3g3yngkc79qj1c0000gn/T/AppTranslocation/BC9AD1C5-AE9E-439F-BBAD-A0F4F0A0C81B/d/ChimeraX-1.3.app/Contents/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/runpy.py197_run_module_as_main
     15
     16Process:               ChimeraX [610]
     17Path:                  /Volumes/VOLUME/*/ChimeraX-1.3.app/Contents/MacOS/ChimeraX
     18Identifier:            edu.ucsf.cgl.ChimeraX
     19Version:               1.3.0 (1.3.0.0)
     20Code Type:             X86-64 (Translated)
     21Parent Process:        ??? [1]
     22Responsible:           ChimeraX [610]
     23User ID:               501
     24
     25Date/Time:             2022-03-23 10:59:23.272 +0100
     26OS Version:            macOS 11.5.2 (20G95)
     27Report Version:        12
     28Anonymous UUID:        EE595A99-6D69-E7DC-EED0-546482C19A30
     29
     30
     31Time Awake Since Boot: 3700 seconds
     32
     33System Integrity Protection: enabled
     34
     35Crashed Thread:        0  CrBrowserMain  Dispatch queue: com.apple.main-thread
     36
     37Exception Type:        EXC_BAD_ACCESS (SIGBUS)
     38Exception Codes:       KERN_MEMORY_ERROR at 0x000000010b359018
     39Exception Note:        EXC_CORPSE_NOTIFY
     40
     41Termination Signal:    Bus error: 10
     42Termination Reason:    Namespace SIGNAL, Code 0xa
     43Terminating Process:   exc handler [610]
     44
     45VM Regions Near 0x10b359018:
     46    Rosetta Generic             10b358000-10b359000    [    4K] rw-/rwx SM=PRV 
     47--> mapped file                 10b359000-10b5be000    [ 2452K] r-x/rwx SM=COW  Object_id=c9046f0d
     48    mapped file                 10b5be000-10b5f8000    [  232K] rw-/rwx SM=COW  Object_id=c8e9450d
     49
     50Thread 0 Crashed:: CrBrowserMain  Dispatch queue: com.apple.main-thread
     510   dyld                                0x0000000202f9da90 ImageLoaderMachO::usesTwoLevelNameSpace() const + 8
     521       0x0000000102ebd01c ???
     532   dyld                                0x0000000202fa92ad ImageLoaderMachOCompressed::doBindFastLazySymbol(unsigned int, ImageLoader::LinkContext const&, void (*)(), void (*)()) + 45
     543   dyld                                0x0000000202f8754b dyld::fastBindLazySymbol(ImageLoader**, unsigned long) + 86
     554   libdyld.dylib                       0x00007fff20474ce8 _dyld_fast_stub_entry(void*, long) + 65
     565   libdyld.dylib                       0x00007fff20474c26 dyld_stub_binder + 282
     576   ???                                 0x000000010b5be1a8 ???
     587   _multiarray_umath.cpython-39-darwin.so      000000000000000000 0 + 0
     598   ???                                 0x0000000000000001 0 + 1
     60
     61Thread 1:: com.apple.rosetta.exceptionserver
     620   runtime                             0x00007ffdffe28a28 0x7ffdffe24000 + 18984
     631   runtime                             0x00007ffdffe2deec 0x7ffdffe24000 + 40684
     642   runtime                             0x00007ffdffe2f2c0 0x7ffdffe24000 + 45760
     65
     66Thread 2:
     670   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     681   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff20427cde __psynch_cvwait + 10
     692   ???                                 0x000000010cb4ba9f ???
     703   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     714   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     72
     73Thread 3:
     740   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     751   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff20427cde __psynch_cvwait + 10
     762   ???                                 0x000000010cb4ba9f ???
     773   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     784   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     79
     80Thread 4:
     810   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     821   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff20427cde __psynch_cvwait + 10
     832   ???                                 0x000000010cb4ba9f ???
     843   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     854   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     86
     87Thread 5:
     880   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     891   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff20427cde __psynch_cvwait + 10
     902   ???                                 0x000000010cb4ba9f ???
     913   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     924   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     93
     94Thread 6:
     950   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     961   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff20427cde __psynch_cvwait + 10
     972   ???                                 0x000000010cb4ba9f ???
     983   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     994   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     100
     101Thread 7:
     1020   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     1031   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff20427cde __psynch_cvwait + 10
     1042   ???                                 0x000000010cb4ba9f ???
     1053   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     1064   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     107
     108Thread 8:
     1090   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     1101   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff20427cde __psynch_cvwait + 10
     1112   ???                                 0x000000010cb4ba9f ???
     1123   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     1134   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     114
     115Thread 9:: ThreadPoolServiceThread
     1160   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     1171   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff2042e1d2 kevent64 + 10
     1182   ???                                 0x000000012d0b6cc7 ???
     1193   ???                                 0x000000012d03f62b ???
     1204   ???                                 0x000000012d0037cb ???
     1215   ???                                 0x000000012d04aa94 ???
     1226   ???                                 0x000000012d05ea7d ???
     1237   ???                                 0x000000012d0a7e07 ???
     1248   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     1259   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     126
     127Thread 10:: ThreadPoolBackgroundWorker
     1280   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     1291   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff204252ba mach_msg_trap + 10
     1302   ???                                 0x000000012d0ac492 ???
     1313   ???                                 0x000000012d054778 ???
     1324   ???                                 0x000000012d055150 ???
     1335   ???                                 0x000000012d054c44 ???
     1346   ???                                 0x000000012d0a7e07 ???
     1357   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     1368   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     137
     138Thread 11:: Chrome_IOThread
     1390   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     1401   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff2042e1d2 kevent64 + 10
     1412   ???                                 0x000000012d0b6cc7 ???
     1423   ???                                 0x000000012d03f62b ???
     1434   ???                                 0x000000012d0037cb ???
     1445   ???                                 0x0000000130f83f06 ???
     1456   ???                                 0x000000012d05ea7d ???
     1467   ???                                 0x000000012d0a7e07 ???
     1478   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     1489   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     149
     150Thread 12:: NetworkConfigWatcher
     1510   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     1521   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff204252ba mach_msg_trap + 10
     1532   ???                                 0x000000012d0ac492 ???
     1543   ???                                 0x000000012d0ac2cf ???
     1554   ???                                 0x000000012cfd41db ???
     1565   ???                                 0x000000012d03f62b ???
     1576   ???                                 0x000000012d0037cb ???
     1587   ???                                 0x000000012d05ea7d ???
     1598   ???                                 0x000000012d0a7e07 ???
     1609   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     16110  libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     162
     163Thread 13:: ThreadPoolForegroundWorker
     1640   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     1651   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff204252ba mach_msg_trap + 10
     1662   ???                                 0x000000012d0ac492 ???
     1673   ???                                 0x000000012d054778 ???
     1684   ???                                 0x000000012d055150 ???
     1695   ???                                 0x000000012d054cd4 ???
     1706   ???                                 0x000000012d0a7e07 ???
     1717   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     1728   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     173
     174Thread 14:: CompositorTileWorker1
     1750   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     1761   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff20427cde __psynch_cvwait + 10
     1772   ???                                 0x000000012d0a3e18 ???
     1783   ???                                 0x000000012e35b5f8 ???
     1794   ???                                 0x000000012d0a7e07 ???
     1805   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     1816   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     182
     183Thread 15:: Chrome_InProcGpuThread
     1840   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     1851   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff204252ba mach_msg_trap + 10
     1862   ???                                 0x000000012d0ac492 ???
     1873   ???                                 0x000000012cfd420f ???
     1884   ???                                 0x000000012d03f62b ???
     1895   ???                                 0x000000012d0037cb ???
     1906   ???                                 0x000000012d05ea7d ???
     1917   ???                                 0x000000012d0a7e07 ???
     1928   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     1939   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     194
     195Thread 16:: Chrome_ChildIOThread
     1960   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     1971   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff2042e1d2 kevent64 + 10
     1982   ???                                 0x000000012d0b6cc7 ???
     1993   ???                                 0x000000012d03f62b ???
     2004   ???                                 0x000000012d0037cb ???
     2015   ???                                 0x000000012d05ea7d ???
     2026   ???                                 0x000000012d0a7e07 ???
     2037   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     2048   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     205
     206Thread 17:: VizCompositorThread
     2070   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     2081   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff204252ba mach_msg_trap + 10
     2092   ???                                 0x000000012d0ac492 ???
     2103   ???                                 0x000000012d0ac2cf ???
     2114   ???                                 0x000000012cfd41db ???
     2125   ???                                 0x000000012d03f62b ???
     2136   ???                                 0x000000012d0037cb ???
     2147   ???                                 0x000000012d05ea7d ???
     2158   ???                                 0x000000012d0a7e07 ???
     2169   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     21710  libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     218
     219Thread 18:: NetworkConfigWatcher
     2200   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     2211   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff204252ba mach_msg_trap + 10
     2222   ???                                 0x000000012d0ac492 ???
     2233   ???                                 0x000000012d0ac2cf ???
     2244   ???                                 0x000000012cfd41db ???
     2255   ???                                 0x000000012d03f62b ???
     2266   ???                                 0x000000012d0037cb ???
     2277   ???                                 0x000000012d05ea7d ???
     2288   ???                                 0x000000012d0a7e07 ???
     2299   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     23010  libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     231
     232Thread 19:: NetworkConfigWatcher
     2330   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     2341   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff204252ba mach_msg_trap + 10
     2352   ???                                 0x000000012d0ac492 ???
     2363   ???                                 0x000000012d0ac2cf ???
     2374   ???                                 0x000000012cfd41db ???
     2385   ???                                 0x000000012d03f62b ???
     2396   ???                                 0x000000012d0037cb ???
     2407   ???                                 0x000000012d05ea7d ???
     2418   ???                                 0x000000012d0a7e07 ???
     2429   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     24310  libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     244
     245Thread 20:: ThreadPoolSingleThreadForegroundBlocking0
     2460   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     2471   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff204252ba mach_msg_trap + 10
     2482   ???                                 0x000000012d0ac492 ???
     2493   ???                                 0x000000012d0ac2cf ???
     2504   ???                                 0x000000012d05476a ???
     2515   ???                                 0x000000012d055150 ???
     2526   ???                                 0x000000012d054d34 ???
     2537   ???                                 0x000000012d0a7e07 ???
     2548   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     2559   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     256
     257Thread 21:: MemoryInfra
     2580   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     2591   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff204252ba mach_msg_trap + 10
     2602   ???                                 0x000000012d0ac492 ???
     2613   ???                                 0x000000012d0ac2cf ???
     2624   ???                                 0x000000012cfd41db ???
     2635   ???                                 0x000000012d03f62b ???
     2646   ???                                 0x000000012d0037cb ???
     2657   ???                                 0x000000012d05ea7d ???
     2668   ???                                 0x000000012d0a7e07 ???
     2679   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     26810  libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     269
     270Thread 22:: NetworkConfigWatcher
     2710   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     2721   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff204252ba mach_msg_trap + 10
     2732   ???                                 0x000000012d0ac492 ???
     2743   ???                                 0x000000012d0ac2cf ???
     2754   ???                                 0x000000012cfd41db ???
     2765   ???                                 0x000000012d03f62b ???
     2776   ???                                 0x000000012d0037cb ???
     2787   ???                                 0x000000012d05ea7d ???
     2798   ???                                 0x000000012d0a7e07 ???
     2809   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     28110  libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     282
     283Thread 23:: com.apple.NSEventThread
     2840   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     2851   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff204252ba mach_msg_trap + 10
     2862   com.apple.CoreFoundation            0x00007fff20553855 __CFRunLoopServiceMachPort + 316
     2873   com.apple.CoreFoundation            0x00007fff20551f0b __CFRunLoopRun + 1332
     2884   com.apple.CoreFoundation            0x00007fff20551310 CFRunLoopRunSpecific + 567
     2895   ???                                 0x00007fff22e0923a ???
     2906   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     2917   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     292
     293Thread 24:: ThreadPoolSingleThreadSharedBackgroundBlocking1
     2940   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     2951   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff204252ba mach_msg_trap + 10
     2962   ???                                 0x000000012d0ac492 ???
     2973   ???                                 0x000000012d0ac2cf ???
     2984   ???                                 0x000000012d05476a ???
     2995   ???                                 0x000000012d054e3d ???
     3006   ???                                 0x000000012d054c74 ???
     3017   ???                                 0x000000012d0a7e07 ???
     3028   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     3039   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     304
     305Thread 25:
     3060   runtime                             0x00007ffdffe467c8 0x7ffdffe24000 + 141256
     307
     308Thread 26:
     3090   runtime                             0x00007ffdffe467c8 0x7ffdffe24000 + 141256
     310
     311Thread 27:
     3120   runtime                             0x00007ffdffe467c8 0x7ffdffe24000 + 141256
     313
     314Thread 28:
     3150   runtime                             0x00007ffdffe467c8 0x7ffdffe24000 + 141256
     316
     317Thread 29:
     3180   runtime                             0x00007ffdffe467c8 0x7ffdffe24000 + 141256
     319
     320Thread 30:
     3210   runtime                             0x00007ffdffe467c8 0x7ffdffe24000 + 141256
     322
     323Thread 31:
     3240   runtime                             0x00007ffdffe467c8 0x7ffdffe24000 + 141256
     325
     326Thread 32:
     3270   runtime                             0x00007ffdffe467c8 0x7ffdffe24000 + 141256
     328
     329Thread 33:
     3300   runtime                             0x00007ffdffe467c8 0x7ffdffe24000 + 141256
     331
     332Thread 34:: ThreadPoolForegroundWorker
     3330   ???                                 0x00007ffe946928f4 ???
     3341   libsystem_kernel.dylib              0x00007fff204252ba mach_msg_trap + 10
     3352   ???                                 0x000000012d0ac492 ???
     3363   ???                                 0x000000012d054778 ???
     3374   ???                                 0x000000012d054e3d ???
     3385   ???                                 0x000000012d054cd4 ???
     3396   ???                                 0x000000012d0a7e07 ???
     3407   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff2045a8fc _pthread_start + 224
     3418   libsystem_pthread.dylib             0x00007fff20456443 thread_start + 15
     342
     343Thread 0 crashed with X86 Thread State (64-bit):
     344  rax: 0x000000010b359000  rbx: 0x00007fff20474d1a  rcx: 0x00007fff20474d1a  rdx: 0x0000000203026298
     345  rdi: 0x000000020302e3b0  rsi: 0x0000000000000e87  rbp: 0x00007f80d815fd20  rsp: 0x00007f80d815fd20
     346   r8: 0x00007fff20474d33   r9: 0x88f87a276f6ffcb2  r10: 0x0000000203059eac  r11: 0x000000010b5be1a8
     347  r12: 0x88f87a276f6ffcb2  r13: 0x000000020302e3b0  r14: 0x0000000000000e87  r15: 0x0000000203026298
     348  rip: 0x0000000202f9da90  rfl: 0x0000000000000202
     349
     350
     351Binary Images:
     352                 0 - 0xffffffffffffffff +_multiarray_umath.cpython-39-darwin.so (???) /Volumes/VOLUME/*/ChimeraX-1.3.app/Contents/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-packages/numpy/core/_multiarray_umath.cpython-39-darwin.so
     353       0x10ae47000 -        0x10ae96fff +libRosettaRuntime (203.58)  /Library/Apple/*/libRosettaRuntime
     354       0x202f82000 -        0x20301dfff  dyld (852.2)  /usr/lib/dyld
     355    0x7ffdffe24000 -     0x7ffdffe53fff  runtime (203.58)  /usr/libexec/rosetta/runtime
     356    0x7fff20192000 -     0x7fff20193fff  libsystem_blocks.dylib (79)  /usr/lib/system/libsystem_blocks.dylib
     357    0x7fff20194000 -     0x7fff201c9fff  libxpc.dylib (2038.120.1)  /usr/lib/system/libxpc.dylib
     358    0x7fff201ca000 -     0x7fff201e1fff  libsystem_trace.dylib (1277.120.1)  /usr/lib/system/libsystem_trace.dylib
     359    0x7fff201e2000 -     0x7fff2027ffff  libcorecrypto.dylib (1000.140.4)  /usr/lib/system/libcorecrypto.dylib
     360    0x7fff20280000 -     0x7fff202acfff  libsystem_malloc.dylib (317.140.5)  /usr/lib/system/libsystem_malloc.dylib
     361    0x7fff202ad000 -     0x7fff202f1fff  libdispatch.dylib (1271.120.2)  /usr/lib/system/libdispatch.dylib
     362    0x7fff202f2000 -     0x7fff2032bfff  libobjc.A.dylib (824)  /usr/lib/libobjc.A.dylib
     363    0x7fff2032c000 -     0x7fff2032efff  libsystem_featureflags.dylib (28.60.1)  /usr/lib/system/libsystem_featureflags.dylib
     364    0x7fff2032f000 -     0x7fff203b7fff  libsystem_c.dylib (1439.141.1)  /usr/lib/system/libsystem_c.dylib
     365    0x7fff203b8000 -     0x7fff2040dfff  libc++.1.dylib (905.6)  /usr/lib/libc++.1.dylib
     366    0x7fff2040e000 -     0x7fff20423fff  libc++abi.dylib (905.6)  /usr/lib/libc++abi.dylib
     367    0x7fff20424000 -     0x7fff20453fff  libsystem_kernel.dylib (7195.141.2)  /usr/lib/system/libsystem_kernel.dylib
     368    0x7fff20454000 -     0x7fff2045ffff  libsystem_pthread.dylib (454.120.2)  /usr/lib/system/libsystem_pthread.dylib
     369    0x7fff20460000 -     0x7fff2049bfff  libdyld.dylib (852.2)  /usr/lib/system/libdyld.dylib
     370    0x7fff2049c000 -     0x7fff204a5fff  libsystem_platform.dylib (254.80.2)  /usr/lib/system/libsystem_platform.dylib
     371    0x7fff204a6000 -     0x7fff204d1fff  libsystem_info.dylib (542.40.3)  /usr/lib/system/libsystem_info.dylib
     372    0x7fff204d2000 -     0x7fff2096ffff  com.apple.CoreFoundation (6.9 - 1777.103)  /System/Library/Frameworks/CoreFoundation.framework/Versions/A/CoreFoundation
     373    0x7fff2256b000 -     0x7fff227cafff  libicucore.A.dylib (66112)  /usr/lib/libicucore.A.dylib
     374    0x7fff227cb000 -     0x7fff227d4fff  libsystem_darwin.dylib (1439.141.1)  /usr/lib/system/libsystem_darwin.dylib
     375    0x7fff22bea000 -     0x7fff22bf5fff  libsystem_notify.dylib (279.40.4)  /usr/lib/system/libsystem_notify.dylib
     376    0x7fff24b82000 -     0x7fff24b90fff  libsystem_networkextension.dylib (1295.140.3)  /usr/lib/system/libsystem_networkextension.dylib
     377    0x7fff24bef000 -     0x7fff24c05fff  libsystem_asl.dylib (385)  /usr/lib/system/libsystem_asl.dylib
     378    0x7fff26300000 -     0x7fff26307fff  libsystem_symptoms.dylib (1431.140.1)  /usr/lib/system/libsystem_symptoms.dylib
     379    0x7fff28613000 -     0x7fff28623fff  libsystem_containermanager.dylib (318.100.4)  /usr/lib/system/libsystem_containermanager.dylib
     380    0x7fff2932b000 -     0x7fff2932efff  libsystem_configuration.dylib (1109.140.1)  /usr/lib/system/libsystem_configuration.dylib
     381    0x7fff2932f000 -     0x7fff29333fff  libsystem_sandbox.dylib (1441.141.1)  /usr/lib/system/libsystem_sandbox.dylib
     382    0x7fff29f33000 -     0x7fff29f35fff  libquarantine.dylib (119.40.2)  /usr/lib/system/libquarantine.dylib
     383    0x7fff2a4d1000 -     0x7fff2a4ddfff  libbz2.1.0.dylib (44)  /usr/lib/libbz2.1.0.dylib
     384    0x7fff2a4de000 -     0x7fff2a4e2fff  libsystem_coreservices.dylib (127.1)  /usr/lib/system/libsystem_coreservices.dylib
     385    0x7fff2a6df000 -     0x7fff2a6f1fff  libz.1.dylib (76)  /usr/lib/libz.1.dylib
     386    0x7fff2a6f2000 -     0x7fff2a73dfff  libsystem_m.dylib (3186.100.3)  /usr/lib/system/libsystem_m.dylib
     387    0x7fff2a73f000 -     0x7fff2a744fff  libmacho.dylib (980)  /usr/lib/system/libmacho.dylib
     388    0x7fff2a761000 -     0x7fff2a76cfff  libcommonCrypto.dylib (60178.120.3)  /usr/lib/system/libcommonCrypto.dylib
     389    0x7fff2a76d000 -     0x7fff2a777fff  libunwind.dylib (201)  /usr/lib/system/libunwind.dylib
     390    0x7fff2a778000 -     0x7fff2a77ffff  liboah.dylib (203.58)  /usr/lib/liboah.dylib
     391    0x7fff2a780000 -     0x7fff2a78afff  libcopyfile.dylib (173.40.2)  /usr/lib/system/libcopyfile.dylib
     392    0x7fff2a78b000 -     0x7fff2a792fff  libcompiler_rt.dylib (102.2)  /usr/lib/system/libcompiler_rt.dylib
     393    0x7fff2a793000 -     0x7fff2a795fff  libsystem_collections.dylib (1439.141.1)  /usr/lib/system/libsystem_collections.dylib
     394    0x7fff2a796000 -     0x7fff2a798fff  libsystem_secinit.dylib (87.60.1)  /usr/lib/system/libsystem_secinit.dylib
     395    0x7fff2a799000 -     0x7fff2a79bfff  libremovefile.dylib (49.120.1)  /usr/lib/system/libremovefile.dylib
     396    0x7fff2a79c000 -     0x7fff2a79cfff  libkeymgr.dylib (31)  /usr/lib/system/libkeymgr.dylib
     397    0x7fff2a79d000 -     0x7fff2a7a4fff  libsystem_dnssd.dylib (1310.140.1)  /usr/lib/system/libsystem_dnssd.dylib
     398    0x7fff2a7a5000 -     0x7fff2a7aafff  libcache.dylib (83)  /usr/lib/system/libcache.dylib
     399    0x7fff2a7ab000 -     0x7fff2a7acfff  libSystem.B.dylib (1292.120.1)  /usr/lib/libSystem.B.dylib
     400    0x7fff2a7ad000 -     0x7fff2a7b0fff  libfakelink.dylib (3)  /usr/lib/libfakelink.dylib
     401    0x7fff2a7b1000 -     0x7fff2a7b1fff  com.apple.SoftLinking (1.0 - 1)  /System/Library/PrivateFrameworks/SoftLinking.framework/Versions/A/SoftLinking
     402    0x7fff2dd09000 -     0x7fff2dd09fff  liblaunch.dylib (2038.120.1)  /usr/lib/system/liblaunch.dylib
     403    0x7fff301a0000 -     0x7fff301a0fff  libsystem_product_info_filter.dylib (8.40.1)  /usr/lib/system/libsystem_product_info_filter.dylib
     404    0x7fff5d246000 -     0x7fff5d255fff  libSimplifiedChineseConverter.dylib (90)  /System/Library/CoreServices/Encodings/libSimplifiedChineseConverter.dylib
     405
     406Translated Code Information:
     407  tmp0: 0x0000000102ebd880 tmp1: 0x0000000202fa92ad tmp2: 0x0000000102ebd01c
     408
     409
     410External Modification Summary:
     411  Calls made by other processes targeting this process:
     412    task_for_pid: 0
     413    thread_create: 0
     414    thread_set_state: 0
     415  Calls made by this process:
     416    task_for_pid: 0
     417    thread_create: 0
     418    thread_set_state: 0
     419  Calls made by all processes on this machine:
     420    task_for_pid: 0
     421    thread_create: 0
     422    thread_set_state: 0
     423
     424VM Region Summary:
     425ReadOnly portion of Libraries: Total=517.7M resident=0K(0%) swapped_out_or_unallocated=517.7M(100%)
     426Writable regions: Total=1.9G written=0K(0%) resident=0K(0%) swapped_out=0K(0%) unallocated=1.9G(100%)
     427 
     428                                VIRTUAL   REGION
     429REGION TYPE                        SIZE    COUNT (non-coalesced)
     430===========                     =======  =======
     431Accelerate framework               128K        1
     432Activity Tracing                   256K        1
     433CG backing stores                 5760K        6
     434CG image                           112K       15
     435CoreAnimation                       96K       10
     436CoreGraphics                        12K        2
     437CoreUI image data                 2220K       17
     438Foundation                          16K        1
     439Kernel Alloc Once                    8K        1
     440MALLOC                           339.2M       69
     441MALLOC guard page                  192K        8
     442MALLOC_MEDIUM (reserved)         656.0M        6         reserved VM address space (unallocated)
     443MALLOC_NANO (reserved)           384.0M        1         reserved VM address space (unallocated)
     444Mach message                        24K        6
     445OpenGL GLSL                        384K        5
     446Rosetta Arena                     4096K        2
     447Rosetta Generic                   1492K      370
     448Rosetta IndirectBranch            1024K        1
     449Rosetta JIT                      128.0M        1
     450Rosetta Return Stack               680K       68
     451Rosetta Thread Context             680K       68
     452STACK GUARD                         36K        9
     453Stack                            144.6M       34
     454Stack Guard                       56.1M       25
     455VM_ALLOCATE                       98.6M      156
     456VM_ALLOCATE (reserved)           160.1M       11         reserved VM address space (unallocated)
     457__DATA                             532K       53
     458__DATA_CONST                      2984K       42
     459__DATA_DIRTY                        95K       24
     460__LINKEDIT                       505.2M        7
     461__OBJC_RO                         70.3M        1
     462__OBJC_RW                         2480K        2
     463__TEXT                            12.6M       52
     464__UNICODE                          588K        1
     465dylib                             1932K       19
     466dylib (reserved)                   120K       12         reserved VM address space (unallocated)
     467mapped file                        5.3G      835
     468shared memory                     7396K       35
     469unshared pmap                      9.9M        5
     470===========                     =======  =======
     471TOTAL                              7.8G     1982
     472TOTAL, minus reserved VM space     6.6G     1982
     473
     474===== Log before crash start =====
     475UCSF ChimeraX version: 1.3 (2021-12-08) 
     476© 2016-2021 Regents of the University of California. All rights reserved. 
     477How to cite UCSF ChimeraX 
     478
     479
     480===== Log before crash end =====
     481
     482Log:
     483UCSF ChimeraX version: 1.3 (2021-12-08) 
     484© 2016-2021 Regents of the University of California. All rights reserved. 
     485How to cite UCSF ChimeraX 
     486
     487
     488
     489
     490OpenGL version: 4.1 Metal - 71.7.1
     491OpenGL renderer: Apple M1
     492OpenGL vendor: AppleHardware:
     493
     494    Hardware Overview:
     495
     496      Model Name: MacBook Air
     497      Model Identifier: MacBookAir10,1
     498      Processor Name: Unknown
     499      Processor Speed: 2.4 GHz
     500      Number of Processors: 1
     501      Total Number of Cores: 8
     502      L2 Cache (per Core): 4 MB
     503      Memory: 16 GB
     504
     505Software:
     506
     507    System Software Overview:
     508
     509      System Version: macOS 11.5.2 (20G95)
     510      Kernel Version: Darwin 20.6.0
     511      Time since boot: 3:29
     512
     513Graphics/Displays:
     514
     515    Apple M1:
     516
     517      Chipset Model: Apple M1
     518      Type: GPU
     519      Bus: Built-In
     520      Total Number of Cores: 8
     521      Vendor: Apple (0x106b)
     522      Metal Family: Supported, Metal GPUFamily Apple 7
     523      Displays:
     524        DELL U3219Q:
     525          Resolution: 5120 x 2880 (5K/UHD+ - Ultra High Definition Plus)
     526          UI Looks like: 2560 x 1440 @ 60.00Hz
     527          Main Display: Yes
     528          Mirror: Off
     529          Online: Yes
     530          Automatically Adjust Brightness: Yes
     531
     532Locale: (None, 'UTF-8')
     533PyQt5 5.15.2, Qt 5.15.2
     534Installed Packages:
     535    alabaster: 0.7.12
     536    appdirs: 1.4.4
     537    appnope: 0.1.2
     538    Babel: 2.9.1
     539    backcall: 0.2.0
     540    blockdiag: 2.0.1
     541    certifi: 2021.5.30
     542    cftime: 1.5.1.1
     543    charset-normalizer: 2.0.9
     544    ChimeraX-AddCharge: 1.2.2
     545    ChimeraX-AddH: 2.1.11
     546    ChimeraX-AlignmentAlgorithms: 2.0
     547    ChimeraX-AlignmentHdrs: 3.2
     548    ChimeraX-AlignmentMatrices: 2.0
     549    ChimeraX-Alignments: 2.2.3
     550    ChimeraX-AlphaFold: 1.0
     551    ChimeraX-AltlocExplorer: 1.0.1
     552    ChimeraX-AmberInfo: 1.0
     553    ChimeraX-Arrays: 1.0
     554    ChimeraX-Atomic: 1.31
     555    ChimeraX-AtomicLibrary: 4.2
     556    ChimeraX-AtomSearch: 2.0
     557    ChimeraX-AtomSearchLibrary: 1.0
     558    ChimeraX-AxesPlanes: 2.0
     559    ChimeraX-BasicActions: 1.1
     560    ChimeraX-BILD: 1.0
     561    ChimeraX-BlastProtein: 2.0
     562    ChimeraX-BondRot: 2.0
     563    ChimeraX-BugReporter: 1.0
     564    ChimeraX-BuildStructure: 2.6.1
     565    ChimeraX-Bumps: 1.0
     566    ChimeraX-BundleBuilder: 1.1
     567    ChimeraX-ButtonPanel: 1.0
     568    ChimeraX-CageBuilder: 1.0
     569    ChimeraX-CellPack: 1.0
     570    ChimeraX-Centroids: 1.2
     571    ChimeraX-ChemGroup: 2.0
     572    ChimeraX-Clashes: 2.2.2
     573    ChimeraX-ColorActions: 1.0
     574    ChimeraX-ColorGlobe: 1.0
     575    ChimeraX-ColorKey: 1.5
     576    ChimeraX-CommandLine: 1.1.5
     577    ChimeraX-ConnectStructure: 2.0
     578    ChimeraX-Contacts: 1.0
     579    ChimeraX-Core: 1.3
     580    ChimeraX-CoreFormats: 1.1
     581    ChimeraX-coulombic: 1.3.2
     582    ChimeraX-Crosslinks: 1.0
     583    ChimeraX-Crystal: 1.0
     584    ChimeraX-CrystalContacts: 1.0
     585    ChimeraX-DataFormats: 1.2.2
     586    ChimeraX-Dicom: 1.0
     587    ChimeraX-DistMonitor: 1.1.5
     588    ChimeraX-DistUI: 1.0
     589    ChimeraX-Dssp: 2.0
     590    ChimeraX-EMDB-SFF: 1.0
     591    ChimeraX-ExperimentalCommands: 1.0
     592    ChimeraX-FileHistory: 1.0
     593    ChimeraX-FunctionKey: 1.0
     594    ChimeraX-Geometry: 1.1
     595    ChimeraX-gltf: 1.0
     596    ChimeraX-Graphics: 1.1
     597    ChimeraX-Hbonds: 2.1.2
     598    ChimeraX-Help: 1.2
     599    ChimeraX-HKCage: 1.3
     600    ChimeraX-IHM: 1.1
     601    ChimeraX-ImageFormats: 1.2
     602    ChimeraX-IMOD: 1.0
     603    ChimeraX-IO: 1.0.1
     604    ChimeraX-ItemsInspection: 1.0
     605    ChimeraX-Label: 1.1
     606    ChimeraX-ListInfo: 1.1.1
     607    ChimeraX-Log: 1.1.4
     608    ChimeraX-LookingGlass: 1.1
     609    ChimeraX-Maestro: 1.8.1
     610    ChimeraX-Map: 1.1
     611    ChimeraX-MapData: 2.0
     612    ChimeraX-MapEraser: 1.0
     613    ChimeraX-MapFilter: 2.0
     614    ChimeraX-MapFit: 2.0
     615    ChimeraX-MapSeries: 2.1
     616    ChimeraX-Markers: 1.0
     617    ChimeraX-Mask: 1.0
     618    ChimeraX-MatchMaker: 2.0.4
     619    ChimeraX-MDcrds: 2.6
     620    ChimeraX-MedicalToolbar: 1.0.1
     621    ChimeraX-Meeting: 1.0
     622    ChimeraX-MLP: 1.1
     623    ChimeraX-mmCIF: 2.4
     624    ChimeraX-MMTF: 2.1
     625    ChimeraX-Modeller: 1.2.6
     626    ChimeraX-ModelPanel: 1.2.1
     627    ChimeraX-ModelSeries: 1.0
     628    ChimeraX-Mol2: 2.0
     629    ChimeraX-Morph: 1.0
     630    ChimeraX-MouseModes: 1.1
     631    ChimeraX-Movie: 1.0
     632    ChimeraX-Neuron: 1.0
     633    ChimeraX-Nucleotides: 2.0.2
     634    ChimeraX-OpenCommand: 1.7
     635    ChimeraX-PDB: 2.6.5
     636    ChimeraX-PDBBio: 1.0
     637    ChimeraX-PDBLibrary: 1.0.2
     638    ChimeraX-PDBMatrices: 1.0
     639    ChimeraX-PickBlobs: 1.0
     640    ChimeraX-Positions: 1.0
     641    ChimeraX-PresetMgr: 1.0.1
     642    ChimeraX-PubChem: 2.1
     643    ChimeraX-ReadPbonds: 1.0.1
     644    ChimeraX-Registration: 1.1
     645    ChimeraX-RemoteControl: 1.0
     646    ChimeraX-ResidueFit: 1.0
     647    ChimeraX-RestServer: 1.1
     648    ChimeraX-RNALayout: 1.0
     649    ChimeraX-RotamerLibMgr: 2.0.1
     650    ChimeraX-RotamerLibsDunbrack: 2.0
     651    ChimeraX-RotamerLibsDynameomics: 2.0
     652    ChimeraX-RotamerLibsRichardson: 2.0
     653    ChimeraX-SaveCommand: 1.5
     654    ChimeraX-SchemeMgr: 1.0
     655    ChimeraX-SDF: 2.0
     656    ChimeraX-Segger: 1.0
     657    ChimeraX-Segment: 1.0
     658    ChimeraX-SelInspector: 1.0
     659    ChimeraX-SeqView: 2.4.6
     660    ChimeraX-Shape: 1.0.1
     661    ChimeraX-Shell: 1.0
     662    ChimeraX-Shortcuts: 1.1
     663    ChimeraX-ShowAttr: 1.0
     664    ChimeraX-ShowSequences: 1.0
     665    ChimeraX-SideView: 1.0
     666    ChimeraX-Smiles: 2.1
     667    ChimeraX-SmoothLines: 1.0
     668    ChimeraX-SpaceNavigator: 1.0
     669    ChimeraX-StdCommands: 1.6.1
     670    ChimeraX-STL: 1.0
     671    ChimeraX-Storm: 1.0
     672    ChimeraX-Struts: 1.0
     673    ChimeraX-Surface: 1.0
     674    ChimeraX-SwapAA: 2.0
     675    ChimeraX-SwapRes: 2.1
     676    ChimeraX-TapeMeasure: 1.0
     677    ChimeraX-Test: 1.0
     678    ChimeraX-Toolbar: 1.1
     679    ChimeraX-ToolshedUtils: 1.2
     680    ChimeraX-Tug: 1.0
     681    ChimeraX-UI: 1.13.7
     682    ChimeraX-uniprot: 2.2
     683    ChimeraX-UnitCell: 1.0
     684    ChimeraX-ViewDockX: 1.0.1
     685    ChimeraX-VIPERdb: 1.0
     686    ChimeraX-Vive: 1.1
     687    ChimeraX-VolumeMenu: 1.0
     688    ChimeraX-VTK: 1.0
     689    ChimeraX-WavefrontOBJ: 1.0
     690    ChimeraX-WebCam: 1.0
     691    ChimeraX-WebServices: 1.0
     692    ChimeraX-Zone: 1.0
     693    colorama: 0.4.4
     694    cxservices: 1.1
     695    cycler: 0.11.0
     696    Cython: 0.29.24
     697    decorator: 5.1.0
     698    docutils: 0.17.1
     699    filelock: 3.0.12
     700    funcparserlib: 0.3.6
     701    grako: 3.16.5
     702    h5py: 3.6.0
     703    html2text: 2020.1.16
     704    idna: 3.3
     705    ihm: 0.21
     706    imagecodecs: 2021.4.28
     707    imagesize: 1.3.0
     708    ipykernel: 5.5.5
     709    ipython: 7.23.1
     710    ipython-genutils: 0.2.0
     711    jedi: 0.18.0
     712    Jinja2: 3.0.1
     713    jupyter-client: 6.1.12
     714    jupyter-core: 4.9.1
     715    kiwisolver: 1.3.2
     716    lxml: 4.6.3
     717    lz4: 3.1.3
     718    MarkupSafe: 2.0.1
     719    matplotlib: 3.4.3
     720    matplotlib-inline: 0.1.3
     721    msgpack: 1.0.2
     722    netCDF4: 1.5.7
     723    networkx: 2.6.3
     724    numexpr: 2.8.0
     725    numpy: 1.21.2
     726    openvr: 1.16.801
     727    packaging: 21.0
     728    ParmEd: 3.2.0
     729    parso: 0.8.3
     730    pexpect: 4.8.0
     731    pickleshare: 0.7.5
     732    Pillow: 8.3.2
     733    pip: 21.2.4
     734    pkginfo: 1.7.1
     735    prompt-toolkit: 3.0.23
     736    psutil: 5.8.0
     737    ptyprocess: 0.7.0
     738    pycollada: 0.7.1
     739    pydicom: 2.1.2
     740    Pygments: 2.10.0
     741    PyOpenGL: 3.1.5
     742    PyOpenGL-accelerate: 3.1.5
     743    pyparsing: 3.0.6
     744    PyQt5-commercial: 5.15.2
     745    PyQt5-sip: 12.8.1
     746    PyQtWebEngine-commercial: 5.15.2
     747    python-dateutil: 2.8.2
     748    pytz: 2021.3
     749    pyzmq: 22.3.0
     750    qtconsole: 5.1.1
     751    QtPy: 1.11.3
     752    RandomWords: 0.3.0
     753    requests: 2.26.0
     754    scipy: 1.7.1
     755    setuptools: 57.5.0
     756    sfftk-rw: 0.7.1
     757    six: 1.16.0
     758    snowballstemmer: 2.2.0
     759    sortedcontainers: 2.4.0
     760    Sphinx: 4.2.0
     761    sphinx-autodoc-typehints: 1.12.0
     762    sphinxcontrib-applehelp: 1.0.2
     763    sphinxcontrib-blockdiag: 2.0.0
     764    sphinxcontrib-devhelp: 1.0.2
     765    sphinxcontrib-htmlhelp: 2.0.0
     766    sphinxcontrib-jsmath: 1.0.1
     767    sphinxcontrib-qthelp: 1.0.3
     768    sphinxcontrib-serializinghtml: 1.1.5
     769    suds-jurko: 0.6
     770    tifffile: 2021.4.8
     771    tinyarray: 1.2.3
     772    tornado: 6.1
     773    traitlets: 5.1.1
     774    urllib3: 1.26.7
     775    wcwidth: 0.2.5
     776    webcolors: 1.11.1
     777    wheel: 0.37.0
     778    wheel-filename: 1.3.0
     779
     780}}}