[Chimera-users] minimization error

Fri Feb 3 15:15:41 PST 2023

Hi Alaa,
	Well, the major stumbling block is that the minimization parametrization process cannot handle a proline directly connected to a non-standard amino acid (such as AIB).  A secondary problem is that the parameterization of a single AIB differs from that for consecutive AIBs, which confuses the minimization machinery.  If you execute these commands (Favorites→Command Line) after opening your structure:

	setattr r type AXB :11-12,14-15
	swapaa ALA :13

...then minimization "works".  Of course, it isn't really the same structure anymore since the the proline was changed to an alanine.

--Eric

	Eric Pettersen
	UCSF Computer Graphics Lab

> On Feb 3, 2023, at 12:58 PM, Alaa Nahhas via Chimera-users <chimera-users at cgl.ucsf.edu> wrote:
> 
> Please find the attached pdb file for the peptide. I just need the minimized step.
> Thanks
> 
> ‫في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:50 م تمت كتابة ما يلي بواسطة ‪Alaa Nahhas‬‏ <‪anahhas at kau.edu.sa <mailto:anahhas at kau.edu.sa>‬‏>:‬
> It does work with other peptides that contain Aib. Can I send to you the pdb file to check it.
> Thanks,
> 
> ‫في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:47 م تمت كتابة ما يلي بواسطة ‪Dr. Kevin M Jude‬‏ <‪kjude at stanford.edu <mailto:kjude at stanford.edu>‬‏>:‬
> It looks like your peptide contains the nonstandard amino acid alpha-aminoisobutyric acid (AIB), and chimera doesn’t have a dictionary for it.
> 
>  
> 
> From: Chimera-users <chimera-users-bounces at cgl.ucsf.edu <mailto:chimera-users-bounces at cgl.ucsf.edu>> on behalf of Alaa Nahhas via Chimera-users <chimera-users at cgl.ucsf.edu <mailto:chimera-users at cgl.ucsf.edu>>
> Date: Friday, February 3, 2023 at 12:38 PM
> To: chimera-users <chimera-users at cgl.ucsf.edu <mailto:chimera-users at cgl.ucsf.edu>>
> Subject: Re: [Chimera-users] minimization error
> 
> Dear Elaine,
> 
> The version is updated. I don't know why this message appears?
> 
> Thanks,
> 
> Alaa
> 
>  
> 
>  
> 
> ‫في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:07 م تمت كتابة ما يلي بواسطة ‪Elaine Meng‏ <‪meng at cgl.ucsf.edu <mailto:meng at cgl.ucsf.edu>‏>:
> 
> Dear Alaa, 
> 
> Forwarding your question.  However, when you get a Chimera error and you think it may be a bug, instead of using e-mail it is usually more helpful to use the Chimera menu: Help... Report a Bug.  Also make sure you are using a recent version of Chimera.  If you haven't updated in a while, you should try the newest release, then if you still get the error, you could report it.
> 
> Best,
> 
> Elaine
> 
>  
> 
> Begin forwarded message:
> 
>  
> 
> From: Alaa Nahhas <anahhas at kau.edu.sa <mailto:anahhas at kau.edu.sa>>
> 
> Date: February 3, 2023 at 12:00:13 PM PST
> 
>  
> 
> Dear Chimera team,
> 
> I have a peptide and when I minimize its structure, I got the attached message. How can I solve it.
> 
> Thanks,
> 
> Alaa
> 
>  
> 
> Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended. 
> 
>  
> 
> إخلاء مسؤليه:  ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
> 
>  
> 
> <Screen Shot 2023-02-03 at 12.03.46 PM.png>
> 
>  
> 
>  
> 
> Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended. 
> 
>  
> 
> إخلاء مسؤليه:  ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
> 
>  
> 
> 
> Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended. 
> 
> إخلاء مسؤليه:  ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
> 
> <pep1.pdb>_______________________________________________
> Chimera-users mailing list: Chimera-users at cgl.ucsf.edu <mailto:Chimera-users at cgl.ucsf.edu>
> Manage subscription: https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users <https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users>
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://www.rbvi.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/attachments/20230203/d9ce2fe5/attachment.html>