[Chimera-users] minimization error

[Alaa Nahhas]

Please find the attached pdb file for the peptide. I just need the
minimized step.
Thanks

‫في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:50 م تمت كتابة ما يلي بواسطة ‪Alaa Nahhas‬‏
<‪anahhas at kau.edu.sa‬‏>:‬

> It does work with other peptides that contain Aib. Can I send to you the
> pdb file to check it.
> Thanks,
>
> ‫في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:47 م تمت كتابة ما يلي بواسطة ‪Dr. Kevin M
> Jude‬‏ <‪kjude at stanford.edu‬‏>:‬
>
>> It looks like your peptide contains the nonstandard amino acid
>> alpha-aminoisobutyric acid (AIB), and chimera doesn’t have a dictionary for
>> it.
>>
>>
>>
>> *From: *Chimera-users <chimera-users-bounces at cgl.ucsf.edu> on behalf of
>> Alaa Nahhas via Chimera-users <chimera-users at cgl.ucsf.edu>
>> *Date: *Friday, February 3, 2023 at 12:38 PM
>> *To: *chimera-users <chimera-users at cgl.ucsf.edu>
>> *Subject: *Re: [Chimera-users] minimization error
>>
>> Dear Elaine,
>>
>> The version is updated. I don't know why this message appears?
>>
>> Thanks,
>>
>> Alaa
>>
>>
>>
>>
>>
>> ‫في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:07 م تمت كتابة ما يلي بواسطة ‪Elaine Meng‏
>> <‪meng at cgl.ucsf.edu‏>:
>>
>> Dear Alaa,
>>
>> Forwarding your question.  However, when you get a Chimera error and you
>> think it may be a bug, instead of using e-mail it is usually more helpful
>> to use the Chimera menu: Help... Report a Bug.  Also make sure you are
>> using a recent version of Chimera.  If you haven't updated in a while, you
>> should try the newest release, then if you still get the error, you could
>> report it.
>>
>> Best,
>>
>> Elaine
>>
>>
>>
>> Begin forwarded message:
>>
>>
>>
>> *From: *Alaa Nahhas <anahhas at kau.edu.sa>
>>
>> *Date: *February 3, 2023 at 12:00:13 PM PST
>>
>>
>>
>> Dear Chimera team,
>>
>> I have a peptide and when I minimize its structure, I got the attached
>> message. How can I solve it.
>>
>> Thanks,
>>
>> Alaa
>>
>>
>>
>> Disclaimer: The information contained in this message is intended for the
>> addressee only and may contain classified information. If you are not the
>> addressee, please delete this message and notify the sender; you should not
>> copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any
>> views or opinions expressed in this message are those of the individual(s)
>> and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this
>> message without written confirmation from an authorized representative of
>> its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment
>> is virus free or has not been intercepted and amended.
>>
>>
>>
>> إخلاء مسؤليه:  ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم،
>> وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة
>> واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين.
>> ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية
>> وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم
>> تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه
>> الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>> Disclaimer: The information contained in this message is intended for the
>> addressee only and may contain classified information. If you are not the
>> addressee, please delete this message and notify the sender; you should not
>> copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any
>> views or opinions expressed in this message are those of the individual(s)
>> and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this
>> message without written confirmation from an authorized representative of
>> its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment
>> is virus free or has not been intercepted and amended.
>>
>>
>>
>> إخلاء مسؤليه:  ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم،
>> وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة
>> واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين.
>> ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية
>> وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم
>> تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه
>> الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
>>
>>
>>
>

-- 
Disclaimer: The information contained in this message is intended for the 
addressee only and may contain classified information. If you are not the 
addressee, please delete this message and notify the sender; you should not 
copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any 
views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) 
and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this 
message without written confirmation from an authorized representative of 
its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment 
is virus free or has not been intercepted and amended. 


إخلاء مسؤليه:  ان 
جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات 
سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع 
نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع 
الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة 
منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة 
خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها 
خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها


-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://www.rbvi.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/attachments/20230203/72fb0f60/attachment-0001.html>
-------------- next part --------------
A non-text attachment was scrubbed...
Name: Screen Shot 2023-02-03 at 12.03.46 PM.png
Type: image/png
Size: 148628 bytes
Desc: not available
URL: <http://www.rbvi.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/attachments/20230203/72fb0f60/attachment-0001.png>
-------------- next part --------------
A non-text attachment was scrubbed...
Name: pep1.pdb
Type: application/octet-stream
Size: 24993 bytes
Desc: not available
URL: <http://www.rbvi.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/attachments/20230203/72fb0f60/attachment-0001.obj>