[chimerax-users] Generating surfaces from a specific selection
Diego Amaya
diaamayaram at unal.edu.co
Thu Jul 1 05:16:26 PDT 2021
Hello Eric,
It works like a charm ! Thank you so much for your help.
Best regards.
El mié, 30 jun 2021 a las 19:21, Eric Pettersen (<pett at cgl.ucsf.edu>)
escribió:
> Hi Diego,
> If there are interior voids within the structure your main surface is
> enclosing, there will be "bubbles" like what you're seeing, where solvent
> (or possibly larger things) could theoretically be contained. If you want
> to only create the outermost surface and not any of the interior void
> surfaces then add "visiblePatches 1" to your surface command, and only the
> single largest surface will be created.
>
> --Eric
>
> On Jun 30, 2021, at 8:32 AM, Diego Amaya <diaamayaram at unal.edu.co> wrote:
>
> Hi Eric,
>
> Thanks for your fast reply. The script works but I identify a "weird
> behavior" in some surfaces. In some cases, you can find "isolated spheres"
> and if you superimpose them with the corresponding entire surface, these
> spheres are buried in the structure. All the pdb files have the same atom
> order and there are no waters, ions or other molecules. The structure is
> composed of two protein chains. I tried several probeRadius and gridSpacing
> values but the problem stays. Any suggestions ?
>
> Best regards,
>
>
>
>
> El mar, 29 jun 2021 a las 22:58, Eric Pettersen (<pett at cgl.ucsf.edu>)
> escribió:
>
>> Hi Diego,
>> It's impossible to be 100% certain without knowing exactly which line it
>> crashed in, but my strong suspicion is that the long atom spec you generate
>> overran some limit in the atom spec or command parser and resulted in a
>> crash. I will be investigating in more detail later, but working off that
>> assumption I would change your script to directly select the atoms in
>> Python rather than via a command. I'm going to assume the atoms in your
>> PDB files are always in the same order, and that the structure is the only
>> model open. If so, change these lines in the 'if' block:
>>
>>
>>
>>
>> * cur_sel =
>> selected_atoms(session).unique_structures[0].atoms.serial_numbers
>> for a in cur_sel:
>> list_atoms.append('@@serial_number='+str(a)) sel_atoms = ' |
>> '.join(list_atoms)*
>>
>> to:
>>
>>
>>
>> * selected = session.models[0].atoms.selecteds*
>> and these lines in the 'else' block:
>>
>>
>> * rc(session, 'sel {}'.format(sel_atoms))*
>>
>> * rc(session, 'surface {} enclose #1'.format(sel_atoms))*
>> to:
>>
>> * session.models[0].atoms.selecteds = selected*
>>
>> * rc(session, 'surface sel enclose #1')*
>> --Eric
>>
>> Eric Pettersen
>> UCSF Computer Graphics Lab
>>
>>
>> On Jun 29, 2021, at 10:00 AM, Diego Amaya via ChimeraX-users <
>> chimerax-users at cgl.ucsf.edu> wrote:
>>
>> Hello,
>>
>> I have a pdb trajectory of 50 frames (in separated pdb files). I want to
>> generate only the solvent accessible surface around amino acid 31 within a
>> radius of 15 A. I want to use the same set of atoms when generating each
>> surface with respect to the first frame of the trajectory. I'm using the
>> python script here below but it doesn't work, I get a segmentation error in
>> the else block. It works if I use "*rc(session, 'surface zone #1.1
>> nearAtoms :{} distance {}'.format(resid, radius))*" in the else block
>> but in that way I don't use exactly the same atoms each time. Any
>> suggestions?
>>
>> Thanks in advance.
>>
>> Here the code :
>>
>> ###########################################################
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>> *from chimerax.core.commands import run as rcdef get_surfaces(resid,
>> radius): from chimerax.core.commands import run as rc from
>> chimerax.atomic import selected_atoms with open('list_pdbs.txt', 'r') as
>> list_pdbs: flag = 0 for pdb_file in list_pdbs: if
>> flag == 0: list_atoms = [] rc(session, 'open
>> ' + pdb_file.strip()) rc(session, 'sel :{}
>> @<{}'.format(resid, radius)) cur_sel =
>> selected_atoms(session).unique_structures[0].atoms.serial_numbers
>> for a in cur_sel:
>> list_atoms.append('@@serial_number='+str(a)) sel_atoms = ' |
>> '.join(list_atoms) rc(session, 'surface #1 enclose #1')
>> rc(session, 'surface zone #1.1 nearAtoms :{} distance
>> {}'.format(resid, radius)) rc(session, '~ribbon')
>> rc(session, '~disp') rc(session, "save
>> {}_resid_{}_radius_{}.stl format stl".format(pdb_file.strip()[:-4], resid,
>> radius)) rc(session, 'surface close')
>> rc(session, '~sel') rc(session, "close all")
>> flag = 1 else: rc(session, 'open ' +
>> pdb_file.strip()) rc(session, 'sel {}'.format(sel_atoms))
>> rc(session, 'surface {} enclose #1'.format(sel_atoms))
>> rc(session, '~ribbon') rc(session, '~disp')
>> rc(session, "save {}_resid_{}_radius_{}.stl format
>> stl".format(pdb_file.strip()[:-4], resid, radius))
>> rc(session, '~sel') rc(session, 'surface close')
>> rc(session, "close all") resid = 31radius =
>> 15get_surfaces(resid, radius)rc(session, "quit")*
>> #############################################################
>>
>>
>> --
>> Diego A. Amaya Ramírez
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>> confidenciales y de uso exclusivo de la Universidad Nacional de Colombia.
>> Se encuentran dirigidos sólo para el uso del destinatario al cual van
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>> cualquier persona diferente a este y puede ser ilegal. Si usted lo ha
>> recibido por error, infórmenos y elimínelo de su correo. Los Datos
>> Personales serán tratados conforme a la Ley 1581 de 2012 y a nuestra
>> Política de Datos Personales que podrá consultar en la página web
>> www.unal.edu.co. Las opiniones, informaciones, conclusiones y cualquier
>> otro tipo de dato contenido en este correo electrónico, no relacionados con
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