<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I hope you are well. I have a quick question about the bond command. I attached the pdb file I have been using to try and learn this command. I am having a hard time figuring out how I should write it on the command line. If I want to create a bond between residue Lys76 from the antibody and the Oxygen #2 from my polymer, how would I write it on the command line?</div><div><br></div><div>bond :lys76:O2</div><div><br></div><div>I have read the section in the manual but I think I am misunderstanding something, it keeps giving me a mangled atom specifier. </div><div><br></div><div>Also, I figured out the problem from my last question/email about the volume in my viral capsid. :) Thank you for your help on that one Elaine. </div><div><br></div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Thank you,</div><div><br></div><div>Heather Noriega</div>PhD-Pharmaceutical Science student <div>Howard University<br><div><a href="mailto:heather.noriega@bison.howard.edu" target="_blank">heather.noriega@bison.howard.edu</a></div><div>520-203-1883</div></div></div></div></div></div></div>