<div dir="auto">Ok, thank you. I will look into it and discuss with my advisor. I appreciate it. <br><br><div data-smartmail="gmail_signature">Thank you,<br><br>Heather Noriega<br>PhD-Pharmaceutical Science student<br>College of Pharmacy<br>Howard University<br><a href="mailto:heather.noriega@bison.howard.edu">heather.noriega@bison.howard.edu</a> <br>520-203-1883</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jan 10, 2022, 2:26 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Maybe you can try to find alternative ways of measuring the volume (other programs/web servers), then see if they corroborate the estimates from ChimeraX.<br>
<br>
E.g. see suggestions in earlier posts,<br>
<br>
Uppsala software factory: Flood + VOIDOO<br>
<<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/pipermail/chimerax-users/2021-November/002868.html" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/pipermail/chimerax-users/2021-November/002868.html</a>><br>
<br>
3V web server<br>
<<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/pipermail/chimerax-users/2021-November/002871.html" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/pipermail/chimerax-users/2021-November/002871.html</a>><br>
<br>
I also like Castp but have only used it on pockets in monomers. I don't know if it can be used for something like a virus capsid...<br>
<<a href="http://sts.bioe.uic.edu/castp/calculation.html" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://sts.bioe.uic.edu/castp/calculation.html</a>><br>
<br>
Elaine<br>
<br>
> On Jan 10, 2022, at 11:07 AM, Elaine Meng via ChimeraX-users <<a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank" rel="noreferrer">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi Heather,<br>
> If there were a bug causing a calculation error, you would not get a value, and there would be an error message in the Log.  So even if you did run commands directly from the system prompt, I don't think that would give you any more information than you have already.<br>
> <br>
> Stepping back, it sounds like you are expecting a much greater level of precision than this type of calculation can give.  Because ChimeraX cannot calculate the volume of a cavity surrounded by surface in which there are holes, it requires first making a density map and then adjusting the density map threshold to make a surface that does not have holes. It is not giving the exact precise volume value that would be given if you calculated a detailed molecular surface and then (in some way we don't have in ChimeraX) blocked off any small openings to the exterior.<br>
> <br>
> Secondarily, I don't think you can predict a priori a bigger or smaller volume based solely on sequence length of the capsid protein.  Maybe it is a characteristic of this specific system (family of viruses) that I don't know, since I'm not an expert about it... but in general, it would depend on loop conformations, sidechain types and how they pack, etc.  For example, a longer sequence could just have an extra domain or loop that sits on the outside without affecting the interior volume.<br>
> <br>
> I hope this helps,<br>
> Elaine<br>
> -----<br>
> Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
> UCSF Chimera(X) team<br>
> Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
> University of California, San Francisco<br>
> <br>
>> On Jan 10, 2022, at 9:45 AM, Noriega, Heather via ChimeraX-users <<a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank" rel="noreferrer">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
>> <br>
>> Hello,<br>
>> I hope you all are well and had a lovely holiday. I have a couple questions. I was able to measure the inner volumes through the directions Tom had given me a couple months ago:<br>
>> <br>
>> open 1lp3<br>
>> open alphafold prediction<br>
>> matchmaker #2 to #1<br>
>> sym #2 symmetry #1 copies true<br>
>> molmap #3 12<br>
>> volume #4 level 0.07<br>
>> choose "blob", right click to color it<br>
>> surface splitbycolor #4.1<br>
>> view position #5 sameAs #4<br>
>> hide #4,5.1 model<br>
>> measure volume #5.2<br>
>> <br>
>> For some reason, on one of my AAVs it is giving me a different volume that is not accurate. The AAV3B inner volumes seems correct since the sequence for VP4 is shorter, therefore has more space in the inside:<br>
>> <br>
>> AAV3B VP3 only: 2.348 X 10^6<br>
>> AAV3B VP4 only: 2.488 x 10^6<br>
>> <br>
>> However, the AAV8 is showing the opposite with VP4 having less space compared to VP3, and the sequences are very similar between AAV3B and AAV8. I am hoping you may know why? or was curious if this may be a bug? And how can I fix it to reflect the data given to me?<br>
>> <br>
>> AAV8 VP3: 2.558 x 10^6<br>
>> AAV8 VP4: 2.478 x 10^6<br>
>> <br>
>> I also attached an MSA to help show that the sequences are very similar length wise, so they should come out to be close in inner volume measurements. <br>
>> <br>
>> Last question, I am still learning but is there a way to use the Chimera and ChimeraX through a command prompt with the computer or is the command line the only thing available? I thought maybe I could try to see where the error is coming from using a prompt, but I do not know how to access this.<br>
>> <br>
>> Thank you, and I hope to hear from you soon.<br>
>> <br>
>> Thank you,<br>
>> <br>
>> Heather Noriega<br>
>> PhD-Pharmaceutical Science student <br>
>> Howard University<br>
>> <a href="mailto:heather.noriega@bison.howard.edu" target="_blank" rel="noreferrer">heather.noriega@bison.howard.edu</a><br>
>> 520-203-1883<br>
>> <AAV3B VP3.pdb><AAV8_VP3.pdb><AAV8_VP4.pdb><AAV3BVP4_best_model.pdb><AAV3B_AAV8_MSA.afasta><br>
> <br>
> <br>
> <br>
> _______________________________________________<br>
> ChimeraX-users mailing list<br>
> <a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank" rel="noreferrer">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
> Manage subscription:<br>
> <a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a><br>
<br>
</blockquote></div>