<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I hope you all are well and had a lovely holiday. I have a couple questions. I was able to measure the inner volumes through the directions Tom had given me a couple months ago:</div><div><br></div><div>open 1lp3</div><div>open alphafold prediction</div><div>matchmaker #2 to #1</div><div>sym #2 symmetry #1 copies true</div><div>molmap #3 12</div><div>volume #4 level 0.07</div><div>choose "blob", right click to color it</div><div>surface splitbycolor #4.1</div><div>view position #5 sameAs #4</div><div>hide #4,5.1 model</div><div>measure volume #5.2</div><div><br></div><div>For some reason, on one of my AAVs it is giving me a different volume that is not accurate. The AAV3B inner volumes seems correct since the sequence for VP4 is shorter, therefore has more space in the inside:</div><div><br></div><div>AAV3B VP3 only: 2.348 X 10^6</div><div>AAV3B VP4 only: 2.488 x 10^6</div><div><br></div><div>However, the AAV8 is showing the opposite with VP4 having less space compared to VP3, and the sequences are very similar between AAV3B and AAV8. I am hoping you may know why? or was curious if this may be a bug? And how can I fix it to reflect the data given to me?</div><div><br></div><div>AAV8 VP3: 2.558 x 10^6</div><div>AAV8 VP4: 2.478 x 10^6</div><div><br></div><div>I also attached an MSA to help show that the sequences are very similar length wise, so they should come out to be close in inner volume measurements. </div><div><br></div><div>Last question, I am still learning but is there a way to use the Chimera and ChimeraX through a command prompt with the computer or is the command line the only thing available? I thought maybe I could try to see where the error is coming from using a prompt, but I do not know how to access this.</div><div><br></div><div>Thank you, and I hope to hear from you soon.</div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Thank you,</div><div><br></div><div>Heather Noriega</div>PhD-Pharmaceutical Science student <div>Howard University<br><div><a href="mailto:heather.noriega@bison.howard.edu" target="_blank">heather.noriega@bison.howard.edu</a></div><div>520-203-1883</div></div></div></div></div></div></div>