<div dir="ltr"><div>Dear  <span>ChimeraX</span><div><br></div></div><div>Thank you very much for your kind words in the past.　When I opened the PDB file and mol2 file saved by pymol using the method you gave me, the ligands disappeared.</div><div><br></div><div>How can I get pymol to display the ligands as well?　<br></div><div><br></div><div>Here is in detail.<br></div><div><br></div><div>As you suggested, I created a new model by combining #1 and #10, and saved the newly single model in a PDB file. However, when I displayed this file in pymol, I could not see the ligand as shown in the figure.<br></div><div><img src="cid:ii_kxe8bszo0" alt="image.png" width="278" height="71"><br></div><div><img src="cid:ii_kxe8c1vg1" alt="image.png" width="412" height="320"><br></div><div>So we tried to align the ligand OSW-1 to the protein osh4 in this figure, but it was difficult to analyze because OSW-1 was far away from the distance of the protein osh4 as shown in the figure below.<br></div><div><br></div><div><img src="cid:ii_kxe9lsj92" alt="image.png" width="410" height="472"><br></div><div><br></div><div><br></div><div><div><div>Refernece：Save command:</div><div><<a href="https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/save.html#pdb" target="_blank">https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/save.html#pdb</a>></div></div></div><div><br></div><div>Also, I've looked at tutorials and other sites on the Internet to try to figure out what's causing this, but no luck!</div><div><br></div><div>I'm sorry for the many questions.<br clear="all"><div><div dir="ltr" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><span style="color:rgb(34,34,34)">------------------------------</span><span style="color:rgb(34,34,34)">------------------------------</span><span style="color:rgb(34,34,34)">---------------</span><br></div><div>Kenji Matsui<br> Graduate School of Tokyo University of Agriculture and Technology<br>2-24-16, Nakamachi, Koganei-shi, Tokyo 184-8588, Japan<br><div> Mail: <a href="mailto:s214903z@st.go.tuat.ac.jp" target="_blank">s214903z@st.go.tuat.ac.jp</a></div></div></div></div></div></div></div>