<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">

Dear ChimeraX Admins,

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">I have a question about the Matchmaker (mmaker) command.  If I wanted to specify which residues to prioritize in the alignment, how would I specify that in the command line?  Is there a way to do this without changing the alignment algorithm/scoring

 matrix?  I have tried tinkering with the matrix but wasn’t able to get it to work.  I see that you can specify which chains to align, but I can’t seem to find the equivalent for residue ID numbers.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Thank you for your help,</div>

<div class="">Steven Truong</div>

<div class="">Vendruscolo Lab</div>

<div class="">Cambridge University</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class=""> <img apple-inline="yes" id="A2AD56F9-0BE3-42B3-A681-57C6DC21E09A" width="688" height="636" src="cid:280F6707-7208-4DBD-9A6C-ED9A0DF8E3BF" class=""></div>

</body>

</html>