<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Thank you!
<div class="">I installed ChimeraX using the RPM package for CentOS/RHEL 8. I also posted this info in the bug report.<br class="">
<div class="">
<div dir="auto" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div dir="auto" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div dir="auto" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div dir="auto" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div dir="auto" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
<br class="Apple-interchange-newline">
Guillaume</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On 29 Sep 2021, at 22:28, Tom Goddard <<a href="mailto:goddard@sonic.net" class="">goddard@sonic.net</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="">
<div class="" style="word-wrap:break-word; line-break:after-white-space">Hi Guillaume,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">  I made a bug report for this.<br class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><span class="x_Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span><a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/trac/ChimeraX/ticket/5314" class="">https://www.rbvi.ucsf.edu/trac/ChimeraX/ticket/5314</a><br class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Missing shared libraries on the various Linux distributions is a never ending scourge.  Almost always I have seen links that include 1, 2, and 3 digit version suffixes.  I think this is a deficiency of the RPM you got.  I would be very surprised
 if CentOS 8 or RHEL 8 fails to encode movies in ChimeraX as   no one has reported that.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">  Could you reply to the bug report email whether you installed the ChimeraX generic linux build or ChimeraX RPM?  I believe the generic Linux ChimeraX distribution is especially prone to missing libraries because it does not use a package manager.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><span class="x_Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>Tom</div>
<div class=""><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Sep 29, 2021, at 3:32 AM, Guillaume Gaullier via ChimeraX-users <<a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu" class="">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:</div>
<br class="x_Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="">
<div class="" style="word-wrap:break-word; line-break:after-white-space">Hello,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">This time I am reporting what looks almost certainly like a bug.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Using ChimeraX version 1.2.5 on Rocky Linux 8.4 (installed from the RHEL/CentOS 8 RPM package), I get the following error in the Log when trying to use the movie encode command (I attached a copy of the full error message in the Log):</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">/usr/libexec/UCSF-ChimeraX/bin/ffmpeg: error while loading shared libraries: libbz2.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory</div>
<div class="">
<div class=""><br class="x_x_webkit-block-placeholder">
</div>
<div class="">Turns out I definitely have libbz2 on my system, but not under the filename ChimeraX (or ffmpeg bundled with ChimeraX) is looking for:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><font face="Courier New" class="">$ ls -l /usr/lib64/ | grep libbz2<br class="">
lrwxrwxrwx.  1 root root           11 Apr  7 03:44 libbz2.so -> libbz2.so.1<br class="">
lrwxrwxrwx.  1 root root           15 Apr  7 03:44 libbz2.so.1 -> libbz2.so.1.0.6<br class="">
-rwxr-xr-x.  1 root root        73008 Apr  7 03:44 libbz2.so.1.0.6</font><br class="">
<br class="">
</div>
<div class="">If I create a symlink to libbz2.so.1.0.6 and name it libbz2.so.1.0, my movie encode command finishes fine and produces a movie file. So it was easy to work around this problem, but obviously it would be a lot better if it worked out of the box
 and the user did not have to mess with system files as root.</div>
<div class=""><br class="x_x_webkit-block-placeholder">
</div>
<div class="">Thank you in advance,</div>
<div class=""><br class="">
Guillaume<br class="">
<br class="">
</div>
<div class=""></div>
</div>
</div>
<div class="" style="word-wrap:break-word; line-break:after-white-space">
<div class="">
<div class=""></div>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
<br class="">
<br class="">
<br class="">
<br class="">
<br class="">
<br class="">
<br class="">
<br class="">
När du har kontakt med oss på Uppsala universitet med e-post så innebär det att vi behandlar dina personuppgifter. För att läsa mer om hur vi gör det kan du läsa här:
<a href="http://www.uu.se/om-uu/dataskydd-personuppgifter/" class="">http://www.uu.se/om-uu/dataskydd-personuppgifter/</a>
<br class="">
<br class="">
E-mailing Uppsala University means that we will process your personal data. For more information on how this is performed, please read here:
<a href="http://www.uu.se/en/about-uu/data-protection-policy" class="">http://www.uu.se/en/about-uu/data-protection-policy</a>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div class="" style="word-wrap:break-word; line-break:after-white-space">
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">_______________________________________________<br class="">
ChimeraX-users mailing list<br class="">
<a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" class="">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">
Manage subscription:<br class="">
<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users" class="">https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a><br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
<span id="cid:21BBB37AA9F281489EB62FB410E38346@user.uu.se"><chimerax-libbz2-error.txt></span></div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>