<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>

</head>

<body dir="ltr">

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

I ran into this same problem a few times in both CentOS 7 and Fedora 24, both for ffmpeg and MatPlotLib (really bz2 in the latter case) (tickets #668 and #1165), but it's been masked for me ever since because I just added the missing libbz2.so.1.0->libbz2.so.1.0.6

 symlink in /usr/lib64. Looking at a recent CentOS 7 daily build, it looks like it's still current (or has re-emerged):<br>

<br>

ldd /usr/libexec/UCSF-ChimeraX-daily/bin/ffmpeg</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

linux-vdso.so.1 =>  (0x00007ffd75dcd000)

<div>libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x00007f25cb849000)</div>

<div>libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00007f25cb547000)</div>

<div>libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00007f25cb343000)</div>

<div>liblzma.so.5 => /lib64/liblzma.so.5 (0x00007f25cb11d000)</div>

<div><b>libbz2.so.1.0 => /lib64/libbz2.so.1.0 (0x00007f25caf0d000)</b></div>

<div>libz.so.1 => /lib64/libz.so.1 (0x00007f25cacf7000)</div>

<div>libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007f25ca929000)</div>

<span>/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f25cba65000)</span></div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Can't check the bz2 example because the compiled _bz2 library is missing - which probably means that the yum bzip2 package isn't installed in the image used for compiling ChimeraX.<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div id="appendonsend"></div>

<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">

<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> ChimeraX-users <chimerax-users-bounces@cgl.ucsf.edu> on behalf of Guillaume Gaullier via ChimeraX-users <chimerax-users@cgl.ucsf.edu><br>

<b>Sent:</b> 30 September 2021 12:04<br>

<b>To:</b> goddard <goddard@sonic.net><br>

<b>Cc:</b> ChimeraX Users Help <chimerax-users@cgl.ucsf.edu><br>

<b>Subject:</b> Re: [chimerax-users] movie encode bug on Rocky Linux 8.4</font>

<div> </div>

</div>

<div class="" style="word-wrap:break-word; line-break:after-white-space">Thank you!

<div class="">I installed ChimeraX using the RPM package for CentOS/RHEL 8. I also posted this info in the bug report.<br class="">

<div class="">

<div dir="auto" class="" style="color:rgb(0,0,0); letter-spacing:normal; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px; text-decoration:none; word-wrap:break-word; line-break:after-white-space">

<div dir="auto" class="" style="color:rgb(0,0,0); letter-spacing:normal; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px; text-decoration:none; word-wrap:break-word; line-break:after-white-space">

<div dir="auto" class="" style="color:rgb(0,0,0); letter-spacing:normal; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px; text-decoration:none; word-wrap:break-word; line-break:after-white-space">

<div dir="auto" class="" style="color:rgb(0,0,0); letter-spacing:normal; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px; text-decoration:none; word-wrap:break-word; line-break:after-white-space">

<div dir="auto" class="" style="color:rgb(0,0,0); letter-spacing:normal; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px; text-decoration:none; word-wrap:break-word; line-break:after-white-space">

<div class="" style="color:rgb(0,0,0); letter-spacing:normal; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px; word-wrap:break-word; line-break:after-white-space">

<div class="" style="color:rgb(0,0,0); letter-spacing:normal; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px; word-wrap:break-word; line-break:after-white-space">

<div class="" style="color:rgb(0,0,0); font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-variant-caps:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px; word-wrap:break-word; line-break:after-white-space">

<div class="" style="word-wrap:break-word; line-break:after-white-space">

<div style="color:rgb(0,0,0); font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-variant-caps:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px">

<br class="x_Apple-interchange-newline">

Guillaume</div>

<div style="color:rgb(0,0,0); font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-variant-caps:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px">

<br class="">

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div><br class="">

<blockquote type="cite" class="">

<div class="">On 29 Sep 2021, at 22:28, Tom Goddard <<a href="mailto:goddard@sonic.net" class="">goddard@sonic.net</a>> wrote:</div>

<br class="x_Apple-interchange-newline">

<div class="">

<div class="">

<div class="" style="word-wrap:break-word; line-break:after-white-space">Hi Guillaume,

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">  I made a bug report for this.<br class="">

<div class=""><br class="">

</div>

<div class=""><span class="x_x_Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span><a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/trac/ChimeraX/ticket/5314" class="">https://www.rbvi.ucsf.edu/trac/ChimeraX/ticket/5314</a><br class="">

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Missing shared libraries on the various Linux distributions is a never ending scourge.  Almost always I have seen links that include 1, 2, and 3 digit version suffixes.  I think this is a deficiency of the RPM you got.  I would be very surprised

 if CentOS 8 or RHEL 8 fails to encode movies in ChimeraX as   no one has reported that.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">  Could you reply to the bug report email whether you installed the ChimeraX generic linux build or ChimeraX RPM?  I believe the generic Linux ChimeraX distribution is especially prone to missing libraries because it does not use a package manager.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class=""><span class="x_x_Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>Tom</div>

<div class=""><br class="">

<blockquote type="cite" class="">

<div class="">On Sep 29, 2021, at 3:32 AM, Guillaume Gaullier via ChimeraX-users <<a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu" class="">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:</div>

<br class="x_x_Apple-interchange-newline">

<div class="">

<div class="">

<div class="" style="word-wrap:break-word; line-break:after-white-space">Hello,

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">This time I am reporting what looks almost certainly like a bug.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Using ChimeraX version 1.2.5 on Rocky Linux 8.4 (installed from the RHEL/CentOS 8 RPM package), I get the following error in the Log when trying to use the movie encode command (I attached a copy of the full error message in the Log):</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">/usr/libexec/UCSF-ChimeraX/bin/ffmpeg: error while loading shared libraries: libbz2.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory</div>

<div class="">

<div class=""><br class="x_x_x_webkit-block-placeholder">

</div>

<div class="">Turns out I definitely have libbz2 on my system, but not under the filename ChimeraX (or ffmpeg bundled with ChimeraX) is looking for:</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class=""><font face="Courier New" class="">$ ls -l /usr/lib64/ | grep libbz2<br class="">

lrwxrwxrwx.  1 root root           11 Apr  7 03:44 libbz2.so -> libbz2.so.1<br class="">

lrwxrwxrwx.  1 root root           15 Apr  7 03:44 libbz2.so.1 -> libbz2.so.1.0.6<br class="">

-rwxr-xr-x.  1 root root        73008 Apr  7 03:44 libbz2.so.1.0.6</font><br class="">

<br class="">

</div>

<div class="">If I create a symlink to libbz2.so.1.0.6 and name it libbz2.so.1.0, my movie encode command finishes fine and produces a movie file. So it was easy to work around this problem, but obviously it would be a lot better if it worked out of the box

 and the user did not have to mess with system files as root.</div>

<div class=""><br class="x_x_x_webkit-block-placeholder">

</div>

<div class="">Thank you in advance,</div>

<div class=""><br class="">

Guillaume<br class="">

<br class="">

</div>

<div class=""></div>

</div>

</div>

<div class="" style="word-wrap:break-word; line-break:after-white-space">

<div class="">

<div class=""></div>

</div>

<div class=""><br class="">

</div>

</div>

<br class="">

<br class="">

<br class="">

<br class="">

<br class="">

<br class="">

<br class="">

<br class="">

N�r du har kontakt med oss p� Uppsala universitet med e-post s� inneb�r det att vi behandlar dina personuppgifter. F�r att l�sa mer om hur vi g�r det kan du l�sa h�r:

<a href="http://www.uu.se/om-uu/dataskydd-personuppgifter/" class="">http://www.uu.se/om-uu/dataskydd-personuppgifter/</a>

<br class="">

<br class="">

E-mailing Uppsala University means that we will process your personal data. For more information on how this is performed, please read here:

<a href="http://www.uu.se/en/about-uu/data-protection-policy" class="">http://www.uu.se/en/about-uu/data-protection-policy</a>

</div>

</div>

</blockquote>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div class="" style="word-wrap:break-word; line-break:after-white-space">

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<blockquote type="cite" class="">

<div class="">_______________________________________________<br class="">

ChimeraX-users mailing list<br class="">

<a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" class="">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">

Manage subscription:<br class="">

<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users" class="">https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a><br class="">

</div>

</blockquote>

</div>

<br class="">

</div>

</div>

</div>

</div>

<span id="x_cid:21BBB37AA9F281489EB62FB410E38346@user.uu.se"><chimerax-libbz2-error.txt></span></div>

</blockquote>

</div>

<br class="">

</div>

</div>

</body>

</html>