<div dir="ltr">Hi folks-<div><br></div><div>I'm trying to add hydrogens to an mmCIF file (5byl) using the <font face="monospace">addh</font> command. However, every time I try, I encounter the following error:</div><div><br></div><div><font face="monospace">Traceback (most recent call last):<br>  File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.8/site-packages/ChimeraX_main.py", line 712, in init<br>    run(sess, cmd)<br>  File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.8/site-packages/chimerax/core/commands/run.py", line 36, in run<br>    results = command.run(text, log=log, return_json=return_json)<br>  File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.8/site-packages/chimerax/core/commands/cli.py", line 2852, in run<br>    result = ci.function(session, **kw_args)<br>  File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.8/site-packages/chimerax/addh/cmd.py", line 63, in cmd_addh<br>    add_h_func(session, structures, template=template, in_isolation=in_isolation, **prot_schemes)<br>  File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.8/site-packages/chimerax/addh/cmd.py", line 170, in hbond_add_hydrogens<br>    add_hydrogens(session, atoms, type_info_for_atom, naming_schemas, hydrogen_totals,<br>  File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.8/site-packages/chimerax/addh/hbond.py", line 214, in add_hydrogens<br>    _attach_hydrogens(atom, altloc_hpos_info, bonding_info)<br>  File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.8/site-packages/chimerax/addh/hbond.py", line 895, in _attach_hydrogens<br>    add_altloc_hyds(atom, altloc_hpos_info, invert, bonding_info, total_hydrogens, naming_schema)<br>  File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.8/site-packages/chimerax/addh/cmd.py", line 862, in add_altloc_hyds<br>    h = new_hydrogen(atom, i+1, total_hydrogens, naming_schema,<br>  File "/usr/lib/ucsf-chimerax/lib/python3.8/site-packages/chimerax/addh/cmd.py", line 882, in new_hydrogen<br>    metal_pos = metal.get_alt_loc_coord(alt_loc)<br>  File "atomic_cpp/cymol.pyx", line 587, in chimerax.atomic.cymol.CyAtom.get_alt_loc_coord<br>ValueError: Atom /A MG 702 MG has no alt loc B</font><br></div><div><br></div><div><br></div><div>I'm using ucsf-chimerax_1.2.5-1_amd64.deb installed on Ubuntu 20.04. I've done some digging, and I cannot figure out what is going on. Any help would be appreciated.</div><div><br></div><div>Thanks in advance!</div><div>-James</div><div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>James Loy, Ph. D.</div><div>614.915.9792<br></div><div><a href="https://www.linkedin.com/in/james-m-loy-ph-d-ba2256a/" target="_blank">LinkedIn</a><br></div></div></div></div></div></div></div>