<div dir="ltr"><div>Thanks for the information Elaine. This will be very useful.</div><div><br></div><div>     Roberto<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Jul 23, 2021 at 5:42 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Roberto,<br>
Yes, you can mask with a shape.  The "shape" command creates a surface model, and then you can use any surface model in the "volume mask" command.<br>
<br>
<<a href="https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/shape.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/shape.html</a>><br>
<<a href="https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/volume.html#mask" rel="noreferrer" target="_blank">https://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/volume.html#mask</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Jul 23, 2021, at 1:25 AM, Roberto Marabini via ChimeraX-users <<a href="mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimerax-users@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi,<br>
>     It is possible to create a mask from a shape?. For example from the result of  "shape icosahedron".<br>
> <br>
>     If the command does not exist I guess I may create it as follows<br>
> <br>
> * the input would be the 3D map to be masked and the shape to be used as mask<br>
> * request all the (varray, tarray) from the shape.<br>
> * from varray,tarray build the  triangles that define the surface of the shape<br>
> * for each triangle create the normal vector<br>
> * multiply each normal vector by the position of each voxel (dot product)<br>
> * keep those voxels that have negative dot products for all the triangles.<br>
> <br>
>   thanks for the help<br>
<br>
</blockquote></div>