<div dir="ltr">Hi ChimeraX team,<div><br></div><div>I'm running into unexpected behavior when using the build tool.</div><div><br></div><div>Here's what I'm doing:</div><div>- open map --> model #1</div><div>- open PDB --> model #2</div><div>- fit #2 in #1 (the PDB moves by ~20 Å at this step)</div><div>- cofr centerOfView showPivot true</div><div>- move the view around so that the pivot axes intersect where I want to place a new atom</div><div>- build start atom #2</div><div><br></div><div>expected result: a new H atom is created exactly at the center of view (where the pivot axes intersect)</div><div><br></div><div>actual result: the new H atom is created some distance away; I think the vector from where the new H atom is built to the cofr is the same vector as the PDB model was displaced by the fitting into the map (my second step, above), but I haven't checked that carefully. </div><div><br></div><div>Is this what is expected? It confused me :)</div><div>Is there a command I can use to move the atom to the correct location after it's been created?</div><div><br></div><div>Interestingly, if I add a H atom into a new model, then it appears where I expect it, at the cofr:</div><div>- build start atom "custom built"</div><div><br></div><div>This is with 1.2.5 (2021-05-24)</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Alexis</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div>