<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Hi Volodymyr,</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
You can change the ball diameter with the command:<br>
<br>
setattr #1 model ball_scale {scale}</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
... where scale is a multiplier on the van der Waals radii of the atoms (the default is 0.25). Bond radii can be changed with:</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
setattr #1 bonds radius {radius}</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
(default is 0.2).  Colors can be set by selecting the atoms to color, then:</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
color sel {color spec} <br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
... where {color spec} is either a name ("color list" to get the full list of built-in colors), a comma-separated list of 3 (RGB) or 4 (RGBA) numbers on a 0-100 scale, or a built-in specifier like "byhetero" or "bychain". Do "usage color" for a more complete
 set of options.<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Hope this helps!</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Tristan<br>
</div>
<div id="appendonsend"></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> ChimeraX-users <chimerax-users-bounces@cgl.ucsf.edu> on behalf of Volodymyr Dvornyk via ChimeraX-users <chimerax-users@cgl.ucsf.edu><br>
<b>Sent:</b> 21 June 2021 11:02<br>
<b>To:</b> ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu <ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu><br>
<b>Subject:</b> [chimerax-users] Ball-and-stick model modification</font>
<div> </div>
</div>
<style>
<!--
@font-face
        {font-family:"Cambria Math"}
@font-face
        {font-family:Calibri}
p.x_MsoNormal, li.x_MsoNormal, div.x_MsoNormal
        {margin:0in;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif}
span.x_EmailStyle17
        {font-family:"Calibri",sans-serif;
        color:windowtext}
.x_MsoChpDefault
        {font-family:"Calibri",sans-serif}
@page WordSection1
        {margin:56.7pt 42.5pt 56.7pt 85.05pt}
div.x_WordSection1
        {}
-->
</style>
<div lang="EN-US" link="#0563C1" vlink="#954F72" style="word-wrap:break-word">
<div class="x_WordSection1">
<p class="x_MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="">Hello,</span></p>
<p class="x_MsoNormal"><span lang="EN-GB" style=""> </span></p>
<p class="x_MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="">I wonder whether it is possible to modify the ball-and-stick model shape, i.e., change color, ball diameter, stick length, etc. Right now, the only available presentation style is like one in the attachment.
 Maybe there is some way to modify it but I was unable to find.</span></p>
<p class="x_MsoNormal"><span lang="EN-GB" style=""> </span></p>
<p class="x_MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="">Thank you,</span></p>
<p class="x_MsoNormal"><span lang="EN-GB" style=""> </span></p>
<p class="x_MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="">Volodymyr</span></p>
<p class="x_MsoNormal"><span lang="EN-GB" style=""> </span></p>
<p class="x_MsoNormal"><span lang="EN-GB" style=""> </span></p>
<p class="x_MsoNormal"><span lang="EN-GB"> </span></p>
<p class="x_MsoNormal"> </p>
</div>
<br>
<hr>
<font face="Arial" color="Gray" size="1"><br>
DISCLAIMER: This electronic mail transmission contains confidential information intended only for the person(s) named. Any use, distribution, copying or disclosure by any other person is strictly prohibited. If you received this transmission in error, please
 notify the sender by reply e-mail and then destroy the message. Opinions, conclusions, and other information in this message that do not relate to the official business of Alfaisal University shall understand to be neither given nor endorsed by Alfaisal University.
 The contents of any attachment to this e-mail may contain software viruses, which could damage your own computer system. While “Alfaisal University” has taken every reasonable precaution to minimize this risk, we cannot accept liability for any damage which
 you sustain as a result of software viruses. You should carry out your own virus checks before opening the attachment.<br>
</font></div>
</body>
</html>