<div dir="ltr">
  
    
  
  <div>
    <p>Good morning!<br>
      <br>
      Thanks a lot to everybody for their suggestions and especially to
      Tom for implementing the feature directly! <br>
      <br>
      Cheers,</p>
    <p>Yiannis<br>
    </p>
    <div>On 20.05.21 04:25, Tom Goddard wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      <pre>Hi Yiannis,

  I added a "measure mapvalues" command to ChimeraX, in tonight's build (dated May 20) that allows you to interpolate a local resolution map at atom positions and assign the interpolated value to each atom.  Then the "color byattribute" command can do the coloring you want.  For example, if your local resolution map is #2 and your atomic model is #1

        measure mapvalues #2 atoms #1 attribute "resolution"
        color byattribute "resolution" #1 palette 3,blue:4.5,white:6,red key true

The color command will color the atoms and each residue in a ribbon using the average resolution value for that residue's atoms.  See the color command documentation for more details

        <a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/color.html#byattribute" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/color.html#byattribute</a>

  Tom


</pre>
      <blockquote type="cite">
        <pre>On May 19, 2021, at 10:22 AM, Tom Goddard <a href="mailto:goddard@sonic.net" target="_blank"><goddard@sonic.net></a> wrote:

Hi Yiannis,

 I'll see if I can add that today to the ChimeraX daily build.

        Tom


</pre>
        <blockquote type="cite">
          <pre>On May 19, 2021, at 6:22 AM, Ioannis Skalidis <a href="mailto:johnskalidis@gmail.com" target="_blank"><johnskalidis@gmail.com></a> wrote:

Dear all,

I am trying to color a protein model based on the local resolution of the corresponding map. I can color the overall surface of the model, but not the residues themselves. Is there a way to do this, e.g, color the model backbone somehow?

Thanks a lot for your help!

Cheers,
Yiannis

-- 



Skalidis Ioannis, MSc
Biochemistry & Cryo-EM Scientist
PhD Candidate
Kastritis Laboratory for Biomolecular Research
Cryo-Electron Microscopy & Computational Structural Biology

________________________________________________
Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg
Biozentrum, Room A.2.21
IWE ZIK HALOmem NWG III
"Kryo-Elektronenmikroskopie an Membranproteinkomplexen"
Weinbergweg 22, 06120 Halle
tel: +49 345 5524986
web (Lab): <a href="https://blogs.urz.uni-halle.de/kastritislab/" target="_blank">https://blogs.urz.uni-halle.de/kastritislab/</a>
web (HALOmem): <a href="https://www.halomem.de/en/" target="_blank">https://www.halomem.de/en/</a>

_______________________________________________
ChimeraX-users mailing list
<a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a>
Manage subscription:
<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a>

</pre>
        </blockquote>
        <pre>_______________________________________________
ChimeraX-users mailing list
<a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a>
Manage subscription:
<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a>

</pre>
      </blockquote>
      <pre></pre>
    </blockquote>
    <pre cols="72">-- 



Skalidis Ioannis, MSc
Biochemistry & Cryo-EM Scientist
PhD Candidate
Kastritis Laboratory for Biomolecular Research
Cryo-Electron Microscopy & Computational Structural Biology  

________________________________________________
Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg
Biozentrum, Room A.2.21
IWE ZIK HALOmem NWG III
"Kryo-Elektronenmikroskopie an Membranproteinkomplexen"
Weinbergweg 22, 06120 Halle
tel: +49 345 5524986
web (Lab): <a href="https://blogs.urz.uni-halle.de/kastritislab/" target="_blank">https://blogs.urz.uni-halle.de/kastritislab/</a>
web (HALOmem): <a href="https://www.halomem.de/en/" target="_blank">https://www.halomem.de/en/</a></pre>
  </div>

</div>