<div dir="auto">Dear Tom,</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Got it. Thank you! </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Best regards,</div><div dir="auto">Zichen “Cardiff” Jiang</div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sat, May 15, 2021 at 11:07 AM Tom Goddard <<a href="mailto:goddard@sonic.net">goddard@sonic.net</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">Hi Cardiff,<div><br></div><div>  The ChimeraX marker files use red, green, blue values in the range 0-1, not 0-255.  So your color components greater than 1 are probably all just being treated as 1.</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">    </span>Tom<br><div><br><blockquote type="cite"></blockquote></div></div></div><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space"><div><div><blockquote type="cite"><div>On May 15, 2021, at 11:00 AM, Cardiff Jiang <<a href="mailto:z8jiang@ucsd.edu" target="_blank">z8jiang@ucsd.edu</a>> wrote:</div><br></blockquote></div></div></div><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space"><div><div><blockquote type="cite"><div></div></blockquote></div></div></div><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space"><div><div><blockquote type="cite"><div><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">Dear ChimeraX Users Help,</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr"><div dir="auto">I want to color each atom, which is a TAD, according to its genes’ expression value.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">My code writes a Chimera marker file because it has RGB variables (shown below, the <span>lower the gene expression, the lighter the shade of green</span>). However, ChimeraX shows the entire model in the same color. How should I color each atom (TAD) according to its gene expression level?</div><div dir="auto"><img src="https://mail.google.com/mail/?ui=2&ik=00ae10ecec&attid=0.0.1&th=179712138884c6a7&view=fimg&rm=179712138884c6a7&sz=w1600-h1000&attbid=ANGjdJ_88bAMPTPZpac7EaKGmc6QLJVNEnfuoF61EHBMN0QWQS9NarD1nVRxEFofEwzYH7Qm_q1l_u2hrvUnMQgaythSoHbJzMr5qUVUp8GiQj0zDjnHXysrE_o-lCI&disp=emb&realattid=ii_koq1hcxa1&zw" alt="image.png" style="width:844px;max-width:100%"><br></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Thank you. </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Best regards,</div><div dir="auto">Zichen “Cardiff” Jiang</div></div></div>
</div>-- <br><div dir="ltr" data-smartmail="gmail_signature">Best regards,<br>Zichen “Cardiff” Jiang</div>
</div></blockquote></div></div></div><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space"><div><div><blockquote type="cite"><div><img src="cid:1797136e7b6ea654a7f1" style="width:844px;max-width:100%"><img src="cid:1797136e7b68ac7c3f22" style="width:844px;max-width:100%">_______________________________________________<br>ChimeraX-users mailing list<br><a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a><br>Manage subscription:<br><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users__;!!Mih3wA!Xv0_QscH1AyB5c22fvwb3z__bBuw7wzWhnp_kqL1OK6GPScI_CdeoZ_2PVN5kpme$" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">Best regards,<br>Zichen “Cardiff” Jiang</div>