<div dir="ltr">Hello Tom,<div><br></div><div>Hope you are doing well.</div><div><br></div><div>I am creating a GUI, and I have some problems. At the right bottom DL Struct window, I want to click the browse button and select a file, but it holds this error. I wonder if you know what's the problem? (My goal is let users find or input the path of a file, and use this path to submit jobs)</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Yongcheng</div><div><br></div><img src="cid:ii_ko35pkcg4" alt="Screen Shot 2021-04-29 at 1.24.02 PM.png" width="809" height="523" style="margin-right: 0px;"><br><div></div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Apr 23, 2021 at 7:20 PM Yongcheng MU <<a href="mailto:ymu004@odu.edu">ymu004@odu.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello Tom,<div><br></div><div>Thank you for the information. I will check these documents you have provided.</div><div><br>Best regards,</div><div>Yongcheng</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Apr 23, 2021 at 7:01 PM Tom Goddard <<a href="mailto:goddard@sonic.net" target="_blank">goddard@sonic.net</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Hi Jing, Yongcheng,<div><br><div>  ChimeraX requires all different code from Chimera so I suggest not looking at a Chimera example, that will only confuse you as none of it is right for ChimeraX.  There are simple examples of Python scripts for ChimeraX at the ChimeraX recipes site</div><div><br></div><div><a href="https://rbvi.github.io/chimerax-recipes/" target="_blank"><span style="white-space:pre-wrap">        </span>https://rbvi.github.io/chimerax-recipes/</a></div><div><br></div><div>For packaging up a plugin there are examples in the ChimeraX programming manual</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">       </span><a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/devel/index.html" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/devel/index.html</a></div><div><br></div><div>And it can also the packaging for plugins using a bundle_info.xml is used by each of the tools in ChimeraX and you can look at any of those as examples at the ChimeraX GitHub code repository</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">   </span><a href="https://github.com/RBVI/ChimeraX/tree/develop/src/bundles" target="_blank">https://github.com/RBVI/ChimeraX/tree/develop/src/bundles</a></div><div><br></div><div>Let me know if you run into trouble.</div><div><br></div><div>  Tom</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br><blockquote type="cite"><div>On Apr 23, 2021, at 2:53 PM, He, Jing <<a href="mailto:jhe@cs.odu.edu" target="_blank">jhe@cs.odu.edu</a>> wrote:</div><br><div><div style="font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">Hi Tom,</div><div style="font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt"><br></div><div style="font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">Yongcheng has been setting up the bundle of a PyTorch-based deep learning method to detect secondary structures from medium-resolution density maps. He is able to install the bundle on Mac and PC and it looks like working. He started to create a GUI. I passed him our previous code for a Chimera plugin. Below he shows a few snapshots for that code. We are wondering if ChimeraX has similar functions to be called. Previously our code uses Chimera's functions to do input, output, and any display of some calculated results. How do we do this in ChimeraX? </div><div style="font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt"><br></div><div style="font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">Jing</div><div style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none"><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt"><br></div><div id="gmail-m_-1658530009025658637gmail-m_3106040176959892444appendonsend"></div><hr style="display:inline-block;width:735px"><div id="gmail-m_-1658530009025658637gmail-m_3106040176959892444divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt"><b>From:</b><span> </span>Yongcheng MU <<a href="mailto:ymu004@odu.edu" target="_blank">ymu004@odu.edu</a>><br><b>Sent:</b><span> </span>Friday, April 23, 2021 2:04 PM<br><b>To:</b><span> </span>He, Jing <<a href="mailto:jhe@cs.odu.edu" target="_blank">jhe@cs.odu.edu</a>><br><b>Subject:</b><span> </span>ChimeraX-Deeplearning plugin</font><div> </div></div><div><div dir="ltr">Dear Dr. He,<div><br></div><div>I am trying to create a GUI for the bundle. When I check the previous work, I find some codes were called such as chimera.extension. I wonder if ChimeraX needs this kind of code or package as well, and where I can search and find this useful information.</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Yongcheng</div><div><div><br></div><div><img alt="Screen Shot 2021-04-23 at 1.55.24 PM.png" id="gmail-m_-1658530009025658637gmail-m_31060401769598924446F01AB14-8D83-422B-9ED4-0FA310E36643" width="562" height="480" src="cid:1790108c0f89e5069e1"><br></div><div><img alt="Screen Shot 2021-04-23 at 1.55.40 PM.png" id="gmail-m_-1658530009025658637gmail-m_310604017695989244485A68CFB-D6A5-4BC9-A113-B5954C695587" width="577" height="480" src="cid:1790108c0f892e931242"><br></div><div><img alt="Screen Shot 2021-04-23 at 1.56.01 PM.png" id="gmail-m_-1658530009025658637gmail-m_3106040176959892444BE62F869-69C6-4D86-9FBE-AEC8657A30AC" width="495" height="480" src="cid:1790108c0f83e9d54c03"></div></div></div></div></div></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div>
</blockquote></div>