<div dir="ltr">Hello Tom,<div><br></div><div>Thank you so much for your reply.</div><div><br></div><div>Yes, I am developing this DLstruct Plugin. I have some other questions:</div><div> </div><div>    1. I have Visual studio code (attached below). Do I still need to install Visual Studio 2019 to use instead of Visual Studio Code</div><div>    2. How does ChimeraX find the required packages? In my understanding, if ChimeraX couldn't find a required package in the system, it will install the package automatically by using pip, is that correct?</div><div>Thank you for your time.</div><div><br>Best regards,</div><div>Yongcheng</div><div><br></div><div><b><i><font color="#ff0000"> (C++ 14 in the Visual Studio code APP)</font></i></b></div><div><img src="cid:ii_kn6e5h9i0" alt="Screen Shot 2021-04-06 at 2.00.04 PM.png" width="695" height="383" style="margin-right: 0px;"> <br></div><div><br></div><div><b><i><font color="#ff0000">(Bundle info and Dependencies)</font></i></b></div><img src="cid:ii_kn6e5hbh1" alt="Screen Shot 2021-04-06 at 2.00.35 PM.png" width="696" height="385" style="margin-right: 0px;"><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Apr 6, 2021 at 1:53 PM Tom Goddard <<a href="mailto:goddard@sonic.net">goddard@sonic.net</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="overflow-wrap: break-word;">Hi Yongcheng,<div><br></div><div>  Did you develop this DLStruct plugin?  I have not seen it before.  The error message says it was trying to install the quadprog package from PyPi, I guess a quadratic programming library.  You can see on PyPi that it only has a source code distribution</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">   </span><a href="https://pypi.org/project/quadprog/#files" target="_blank">https://pypi.org/project/quadprog/#files</a></div><div><br></div><div>and your error indicates it needs to be compiled with Microsoft Visual C++ compilers which you apparently do not have installed.</div><div><br></div><div><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div><div><b><i><font color="#ff0000">building 'quadprog' extension <br>error: Microsoft Visual C++ 14.0 is required. Get it with "Build Tools for Visual Studio": <a href="https://visualstudio.microsoft.com/downloads/" target="_blank">https://visualstudio.microsoft.com/downloads/</a> </font></i></b></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>You will have to get the C++ compiler to build quadprog on Windows.</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">   </span>Tom</div><div><br></div><div><br></div><div><br><blockquote type="cite"><div>On Apr 6, 2021, at 8:31 AM, Yongcheng MU <<a href="mailto:ymu004@odu.edu" target="_blank">ymu004@odu.edu</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>Hope this email finds you well.</div><div><br></div><div>I'm trying to Plugin a bundle into ChimeraX. I have successfully installed a bundle on macOS, now I'm trying to install the bundle on a Window Desktop. It holds some errors, I searched a lot and I failed to fix this issue. I wonder if you have any suggestions?</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Yongcheng<br><div><br></div><div><br></div><div><br>[toolshed install Z:/Plugin_dl\dist\ChimeraX_DLStruct-0.1-py3-none-<br>any.whl](cxcmd:toolshed install<br>Z:/Plugin_dl\\dist\\ChimeraX_DLStruct-0.1-py3-none-any.whl)<br><br>Traceback (most recent call last):<br>File "C:\Program Files\ChimeraX 1.1\bin\lib\site-packages\chimerax\toolshed_utils\__init__.py", line 489, in _pip_install<br>results = _run_pip(command, logger)<br>File "C:\Program Files\ChimeraX 1.1\bin\lib\site-packages\chimerax\toolshed_utils\__init__.py", line 540, in _run_pip<br><b><i><font color="#ff0000">raise RuntimeError(s)<br>RuntimeError: Looking in indexes: <a href="https://pypi.org/simple" target="_blank">https://pypi.org/simple</a>, <a href="https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/pypi/" target="_blank">https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/pypi/</a> </font></i></b><br>Processing z:\plugin_dl\dist\chimerax_dlstruct-0.1-py3-none-any.whl <br>Requirement already satisfied: ChimeraX-Core~=1.0 in c:\program files\chimerax 1.1\bin\lib\site-packages (from ChimeraX-DLStruct==0.1) (1.1) <br>Requirement already satisfied: numpy~=1.16.4 in c:\users\ymu\appdata\local\ucsf\chimerax\1.1\site-packages (from ChimeraX-DLStruct==0.1) (1.16.6) <br>Requirement already satisfied: torch~=1.7.1 in c:\users\ymu\appdata\local\ucsf\chimerax\1.1\site-packages (from ChimeraX-DLStruct==0.1) (1.7.1) <br>Requirement already satisfied: numpy~=1.16.4 in c:\users\ymu\appdata\local\ucsf\chimerax\1.1\site-packages (from ChimeraX-DLStruct==0.1) (1.16.6) <br>Requirement already satisfied: typing-extensions in c:\users\ymu\appdata\local\ucsf\chimerax\1.1\site-packages (from torch~=1.7.1->ChimeraX-DLStruct==0.1) (3.7.4.3) <br>Collecting quadprog~=0.1.7 <br>Using cached quadprog-0.1.8.tar.gz (269 kB) <br>Requirement already satisfied: Cython in c:\program files\chimerax 1.1\bin\lib\site-packages (from quadprog~=0.1.7->ChimeraX-DLStruct==0.1) (0.29.20) <br>Collecting importlib-metadata~=0.17 <br>Using cached importlib_metadata-0.23-py2.py3-none-any.whl (28 kB) <br>Requirement already satisfied: zipp>=0.5 in c:\users\ymu\appdata\local\ucsf\chimerax\1.1\site-packages (from importlib-metadata~=0.17->ChimeraX-DLStruct==0.1) (3.4.1) <br><b><i><font color="#e69138">Building wheels for collected packages: quadprog <br>Building wheel for quadprog (setup.py): started <br>Building wheel for quadprog (setup.py): finished with status 'error' <br>Running setup.py clean for quadprog </font><br><font color="#ff0000">Failed to build quadprog </font></i></b><br>Installing collected packages: quadprog, importlib-metadata, ChimeraX-DLStruct <br>Running setup.py install for quadprog: started <br>Running setup.py install for quadprog: finished with status 'error' <br><b><i><font color="#ff0000">ERROR: Command errored out with exit status 1: </font></i></b><br>command: 'C:\Program Files\ChimeraX 1.1\bin\ChimeraX.exe' -u -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'C:\\Users\\ymu\\AppData\\Local\\Temp\\pip-install-xakoctiw\\quadprog_7cb25d8bb3904ea3b64643e58389ec80\\setup.py'"'"'; __file__='"'"'C:\\Users\\ymu\\AppData\\Local\\Temp\\pip-install-xakoctiw\\quadprog_7cb25d8bb3904ea3b64643e58389ec80\\setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' bdist_wheel -d 'C:\Users\ymu\AppData\Local\Temp\pip-wheel-gloxcthl' <br>cwd: C:\Users\ymu\AppData\Local\Temp\pip-install-xakoctiw\quadprog_7cb25d8bb3904ea3b64643e58389ec80\ <br>Complete output (6 lines): <br>running bdist_wheel <br>running build <br>running build_ext <br><b><i><font color="#ff0000">skipping 'quadprog\quadprog.cpp' Cython extension (up-to-date) <br>building 'quadprog' extension <br>error: Microsoft Visual C++ 14.0 is required. Get it with "Build Tools for Visual Studio": <a href="https://visualstudio.microsoft.com/downloads/" target="_blank">https://visualstudio.microsoft.com/downloads/</a> </font></i></b><br>---------------------------------------- <br><b><i><font color="#ff0000">ERROR: Failed building wheel for quadprog <br>DEPRECATION: Could not build wheels for quadprog which do not use PEP 517. pip will fall back to legacy 'setup.py install' for these. pip 21.0 will remove support for this functionality. A possible replacement is to fix the wheel build issue reported above. You can find discussion regarding this at <a href="https://github.com/pypa/pip/issues/8368" target="_blank">https://github.com/pypa/pip/issues/8368</a>. <br>ERROR: Command errored out with exit status 1: </font></i></b><br>command: 'C:\Program Files\ChimeraX 1.1\bin\ChimeraX.exe' -u -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'C:\\Users\\ymu\\AppData\\Local\\Temp\\pip-install-xakoctiw\\quadprog_7cb25d8bb3904ea3b64643e58389ec80\\setup.py'"'"'; __file__='"'"'C:\\Users\\ymu\\AppData\\Local\\Temp\\pip-install-xakoctiw\\quadprog_7cb25d8bb3904ea3b64643e58389ec80\\setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' install --record 'C:\Users\ymu\AppData\Local\Temp\pip-record-gcrsp7lk\install-record.txt' --single-version-externally-managed --user --prefix= --compile --install-headers 'C:\Users\ymu\AppData\Local\UCSF\ChimeraX\Python37\Include\quadprog' <br>cwd: C:\Users\ymu\AppData\Local\Temp\pip-install-xakoctiw\quadprog_7cb25d8bb3904ea3b64643e58389ec80\ <br>Complete output (6 lines): <br>running install <br>running build <br>running build_ext <br>skipping 'quadprog\quadprog.cpp' Cython extension (up-to-date) <br>building 'quadprog' extension <br>error: Microsoft Visual C++ 14.0 is required. Get it with "Build Tools for Visual Studio": <a href="https://visualstudio.microsoft.com/downloads/" target="_blank">https://visualstudio.microsoft.com/downloads/</a> <br>---------------------------------------- <br>ERROR: Command errored out with exit status 1: 'C:\Program Files\ChimeraX 1.1\bin\ChimeraX.exe' -u -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'C:\\Users\\ymu\\AppData\\Local\\Temp\\pip-install-xakoctiw\\quadprog_7cb25d8bb3904ea3b64643e58389ec80\\setup.py'"'"'; __file__='"'"'C:\\Users\\ymu\\AppData\\Local\\Temp\\pip-install-xakoctiw\\quadprog_7cb25d8bb3904ea3b64643e58389ec80\\setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' install --record 'C:\Users\ymu\AppData\Local\Temp\pip-record-gcrsp7lk\install-record.txt' --single-version-externally-managed --user --prefix= --compile --install-headers 'C:\Users\ymu\AppData\Local\UCSF\ChimeraX\Python37\Include\quadprog' Check the logs for full command output. <br>WARNING: You are using pip version 20.2.2; however, version 21.0.1 is available. <br>You should consider upgrading via the 'C:\Program Files\ChimeraX 1.1\bin\ChimeraX.exe -m pip install --upgrade pip' command. <br><br></div></div></div>
_______________________________________________<br>ChimeraX-users mailing list<br><a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a><br>Manage subscription:<br><a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div>