<div dir="ltr">Dear ChimeraX User List,<div><br></div><div>How can I compare two chromosome 3D models (PDB files) that have different numbers of "atoms"?</div><div><br></div><div>Matchmaker tool reports, "Reference and/or match model contains no nucleic or amino acid chains. Use the command-line 'align' command to superimpose small molecules/ligands." <font face="monospace" style="background-color:rgb(238,238,238)">align #1 toAtoms #2</font> reports, "Unequal number of atoms to pair, 49 and 63." <span style="background-color:rgb(238,238,238)"><font face="monospace">align #1 toAtoms #2

matchNumbering true</font></span> reports, "Pairing dropped 49 atoms and 63 reference atoms. No atoms paired for alignment."<font face="monospace"> <span style="background-color:rgb(238,238,238)">align #1:1-40 to #2:1-40</span></font> reports, "No atoms paired for alignment."</div><div><br></div><div>How should I compare 

two chromosome 3D models below? Thank you.</div><div><img src="cid:ii_kms2xpcs0" alt="image.png" width="201" height="252" style="margin-right: 0px;"><br></div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Zichen "Cardiff" Jiang</div></div>