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Dear ChimeraX Admins and Elaine,

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Hello, I was wondering if ChimeraX now has a “bond” command.  I saw an inquiry like this in the mailing list archives (<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/pipermail/chimerax-users/2020-April/001029.html" class="">https://www.rbvi.ucsf.edu/pipermail/chimerax-users/2020-April/001029.html</a>),

 but it seems like bond is still not an official functionality.  When I switched over to Chimera and tried using the “bond” command, I get the error “Cannot form covalent bond joining two molecules,” even though I’ve saved all of the molecules into one PDB

 file.  Is it because Chimera still sees these two sub-models as un-joinable?  My command looks something like: "<b class="">bond #0:61.A@ND2 #0.1:1222.X@C1</b>”.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">For further context, we are trying to script orienting/bonding residues to glycans.  We’ve been able to figure out aligning and orienting the glycans quite well with the scripts alone (.py scripts), but it seems like we’ll have to find another

 way to make bonds between the proteins/glycans.  Do you have any suggestions?  Ideally, we’d also keep as much of the pipeline in ChimeraX, but if it’s necessary, we could further pursue the ChimeraX+Chimera route.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Thank you for your help!</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Many thanks,</div>

<div class="">Steven Truong</div>

<div class=""><a href="mailto:sdt45@cam.ac.uk" class="">sdt45@cam.ac.uk</a></div>

<div class="">Cambridge University</div>

</body>

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