
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>

</head>

<body dir="ltr">

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Hi</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

I'm trying to model the N-terminus of mature canine Apolipoprotein A-I using Chimera. However the actual sequence in uniprot is not that of the mature protein. Here is the sequence:</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<pre style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; overflow-wrap: break-word;"><span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;">MKAALLTLAVLFLTGSQARHFWQQDEPQSPWDRVKDLATVYVDAVKDSGRDYVAQFEASA

LGKQLNLKLLDNWDSLSSTVTKLREQIGPVTQEFWDNLEKETEVLRQEMSKDLEEVKQKV

QPYLDDFQKKWQEEVELYRQKVAPLGSELREGARQKLQELQEKLSPLAEELRDRARTHVD

ALRAQLAPYSDDLRERLAARLEALKEGGGASLAEYHARASEQLSALGEKARPALEDLRQG

LLPVLESFKVSLLAAIDEATKKLNAQ</span></pre>

<pre style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; overflow-wrap: break-word;"><span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;"><br></span></pre>

<pre style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; overflow-wrap: break-word;"><span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;">The sequence of the mature form is:</span></pre>

<pre style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; overflow-wrap: break-word;"><span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;"><pre style="background-color:rgb(255, 255, 255);overflow-wrap:break-word"><span style="margin:0px;font-size:12pt">DEPQSPWDRVKDLATVYVDAVKDSGRDYVAQFEASA

LGKQLNLKLLDNWDSLSSTVTKLREQIGPVTQEFWDNLEKETEVLRQEMSKDLEEVKQKV

QPYLDDFQKKWQEEVELYRQKVAPLGSELREGARQKLQELQEKLSPLAEELRDRARTHVD

ALRAQLAPYSDDLRERLAARLEALKEGGGASLAEYHARASEQLSALGEKARPALEDLRQG

LLPVLESFKVSLLAAIDEATKKLNAQ</span></pre></span></pre>

<pre style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; overflow-wrap: break-word;"><span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;"><br></span></pre>

<pre style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; overflow-wrap: break-word;"><span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;">According to how the sequence is labeled in uniprot the first aspartate residue of mature canine</span></pre>

<pre style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; overflow-wrap: break-word;"><span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;">Apolipoprotein A-I starts at position 25, and this what Chimera uses. However, for the mature</span></pre>

<pre style="overflow-wrap: break-word;"><font face="Calibri, Helvetica, sans-serif">protein this should start at position 1. How can I change the numbering system so the first</font></pre>

<pre style="overflow-wrap: break-word;"><font face="Calibri, Helvetica, sans-serif">aspartate residue starts at position 1?</font></pre>

<pre style="overflow-wrap: break-word;"><font face="Calibri, Helvetica, sans-serif"><br></font></pre>

<pre style="overflow-wrap: break-word;"><font face="Calibri, Helvetica, sans-serif">I would be very glad for your advice.</font></pre>

<pre style="overflow-wrap: break-word;"><font face="Calibri, Helvetica, sans-serif"><br></font></pre>

<pre style="overflow-wrap: break-word;"><font face="Calibri, Helvetica, sans-serif">Thank you.</font></pre>

<pre style="overflow-wrap: break-word;"><font face="Calibri, Helvetica, sans-serif">Tiglath</font></pre>

<br>

</div>

</body>

</html>