
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>

</head>

<body dir="ltr">

<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">

Hi</div>

<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">

<br>

</div>

<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">

I have two questions about the homology modelling tool:</div>

<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">

<br>

</div>

<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">

<ol>

<li>Why is the default number of models to be built five? Does having five models provide a better choice for choosing the best model?</li><li>In evaluating a protein model which of the following parameters plays a much more dominating role: zDOPE, predicted RMSD or the predicted native overlap? Or do all three measures contribute the same effect on model evaluation? For instance a model might

 have a low zDOPE score but have a higher RMSD while another model might have a much more positive zDOPE score but a lower RMSD. Based on this, would the first model be the better one to pick or do both models have equal weight in terms of overall model quality? <br>

</li></ol>

<div><br>

</div>

<div>I would be very glad for advice.</div>

<div><br>

</div>

<div><br>

</div>

<div>Thanks</div>

<div><br>

</div>

<div>Tiglath</div>

</div>

</body>

</html>