<div dir="ltr">Hi Elaine,<div>That's exactly what I needed:</div><div><br></div><div>transparency sel 70 target a</div><div><br></div><div>I was not able to put the "sel" specifier in the right place, and I had a hard time trying to find the solution in the documentation.</div><div>Thanks for your prompt response!</div><div>Best,</div><div><br></div><div>Gabriele</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Nov 20, 2020 at 7:12 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Gabriele,<br>
It would be useful to give more detail on what exactly you tried and what you want. I don't know if you were using the menu, or the "color" command, or the "transparency" command and whether you mean the atomic representation (sticks, balls, ...), ribbons, and/or molecular surface.<br>
<br>
However, here is an example of changing the transparency of the atomic representation of selected atoms only, using the transparency command and a value of 70%.  Example commands:<br>
<br>
open 2gbp<br>
select ligand<br>
transparency sel 70 target a<br>
<br>
You can use command "help transparency" to show the help page for the command:<br>
<<a href="http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/transparency.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/transparency.html</a>><br>
<br>
In commands, you use "sel" to mean the selected atoms.  See:<br>
<<a href="http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/atomspec.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/atomspec.html</a>><br>
<br>
The Actions menu automatically applies to the selected parts, but it does not have an option for changing transparency of atomic representations.<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Nov 20, 2020, at 4:02 PM, Gabriele Cerutti <<a href="mailto:gc2695@columbia.edu" target="_blank">gc2695@columbia.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hello,<br>
> I am trying to display transparency only for selected residues in my protein model but I am having a hard time trying to restrict the transparency only to the selected set of atoms (it sets the transparency to all residues).<br>
> Do you have any suggestions and/or examples about this?<br>
> Thanks,<br>
> Gabriele<br>
<br>
</blockquote></div>