<div dir="ltr">Dear Elaine,<div><br></div><div>Thank you so much for your support.</div><div><br></div><div>I want to ask you something more, If I use Chimera in Windows I could be able to try the Workaround #2? I believe that this approach requests  other systems.</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">El jue., 5 nov. 2020 a las 12:42, Elaine Meng (<<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Greetings,<br>
I changed the subject line to something descriptive.<br>
<br>
Sorry, ChimeraX does not write DMS files.  <br>
<br>
Unfortunately, as you saw, Chimera molecular surface calculations fail on some structures.  If you can't get the calculation to work in Chimera (e.g. with workaround #2 in this page):<br>
<<a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/surfprobs.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/surfprobs.html</a>><br>
<br>
...then my only other suggestion is to get the separate open-source program "dms"... this is an older program in C:<br>
<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/Overview/software.html#dms" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/Overview/software.html#dms</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
<br>
> On Nov 5, 2020, at 8:58 AM, Diego Fernando Leon Vargas <<a href="mailto:difleonva@unal.edu.co" target="_blank">difleonva@unal.edu.co</a>> wrote:<br>
> <br>
> Greetings,<br>
> <br>
> Hope that you're doing well.<br>
> <br>
> Currently, I'm using dock6 to develop some experiments  as you understand this software needs Chimera as visualizator, however, I was tried to create a surface for a specific protein and this software generated an issue because my protein exceed the size, so I read the possible solutions and one of them is using ChimeraX, nevertheless, I downloaded ChimeraX and I was able to create the surface, however, I didn't find an option to save this surface and I didn't find and option to create a DMS file. Then I have already read your user guide to ChimeraX but I didn't find information about how to create the DMS file, or how to save the surface information in any format that Chimera would be able to open, because I found a lot of differences between "Structure editing" option in Chimera and ChimeraX, then I'm requesting your help to create the DMS file using ChimeraX or indicanting me a way to save the surface information to use it later using Chimera.<br>
> <br>
> Thank you so much for your help.<br>
> <br>
> Kind regards,<br>
> <br>
> B.Sc Diego Fernando León Vargas, Ph.D (c)<br>
<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div></div><div><p style="color:rgb(80,0,80);font-family:Roboto,RobotoDraft,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12px;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt;margin-left:0in;direction:ltr;word-break:normal"><font face="arial narrow, sans-serif" color="#000000" size="2">Cordialmente,</font></p><p style="color:rgb(80,0,80);font-family:Roboto,RobotoDraft,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12px;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt;margin-left:0in;direction:ltr;word-break:normal"><font face="arial narrow, sans-serif" color="#000000" size="2"><br></font></p><p style="color:rgb(80,0,80);font-family:Roboto,RobotoDraft,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12px;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt;margin-left:0in;direction:ltr;word-break:normal"><font face="arial narrow, sans-serif" color="#000000" size="2"><b>Q.F Diego Fernando León Vargas</b></font></p><div style="color:rgb(80,0,80);font-family:Roboto,RobotoDraft,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12px"><font face="arial narrow, sans-serif" color="#000000" size="2">Estudiante - Doctorado en ciencias farmacéuticas</font></div><div style="color:rgb(80,0,80);font-family:Roboto,RobotoDraft,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12px"><font face="arial narrow, sans-serif" color="#000000" size="2">Grupo de estudios en síntesis y aplicaciones de compuestos heterocíclicos - (GESACH)</font></div><div style="color:rgb(80,0,80);font-family:Roboto,RobotoDraft,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12px"><font face="arial narrow, sans-serif" color="#000000" size="2">Facultad de Ciencias </font></div><div style="color:rgb(80,0,80);font-family:Roboto,RobotoDraft,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12px"><font face="arial narrow, sans-serif" color="#000000" size="2">Universidad Nacional de Colombia<br></font></div><div style="color:rgb(80,0,80);font-family:Roboto,RobotoDraft,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12px"><font face="arial narrow, sans-serif" color="#000000" size="2">Sede Bogotá </font></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>

<br>
<b style="color:rgb(34,34,34);font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6667px;font-style:normal;letter-spacing:normal;text-align:justify;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-size:6.5pt;line-height:9.96667px;font-family:"Ancizar Sans",sans-serif;color:black">Aviso legal:</span></b><span style="font-style:normal;font-weight:400;letter-spacing:normal;text-align:justify;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255);font-size:6.5pt;line-height:9.96667px;font-family:"Ancizar Sans",sans-serif;color:black"> El contenido de este mensaje y los archivos adjuntos son confidenciales y de uso exclusivo de la Universidad Nacional de Colombia. Se encuentran dirigidos sólo para el uso del destinatario al cual van enviados. La reproducción, lectura y/o copia se encuentran prohibidas a cualquier persona diferente a este y puede ser ilegal. Si usted lo ha recibido por error, infórmenos y elimínelo de su correo. Los Datos Personales serán tratados conforme a la Ley 1581 de 2012 y a nuestra Política de Datos Personales que podrá consultar en la página web </span><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:Calibri,sans-serif;font-style:normal;font-weight:400;letter-spacing:normal;text-align:justify;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255);font-size:6.5pt;line-height:9.96667px"><a href="http://www.unal.edu.co/" style="color:blue" target="_blank"><span style="font-family:"Ancizar Sans",sans-serif">www.unal.edu.co</span></a></span><span style="font-style:normal;font-weight:400;letter-spacing:normal;text-align:justify;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255);font-size:6.5pt;line-height:9.96667px;font-family:"Ancizar Sans",sans-serif;color:black">.<u><span> </span></u>Las opiniones, informaciones, conclusiones y cualquier otro tipo de dato contenido en este correo electrónico, no relacionados con la actividad de la Universidad Nacional de Colombia, se entenderá como personales y de ninguna manera son avaladas por la Universidad.</span><br><span style="color:rgb(245,132,111);font-family:ClearSans-Regular,Arial,Verdana,Helvetica,sans-serif;font-size:14px;font-style:normal;font-weight:400;letter-spacing:normal;text-align:left;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255);display:inline!important;float:none"><span></span></span><span style="color:rgb(245,132,111);font-family:ClearSans-Regular,Arial,Verdana,Helvetica,sans-serif;font-size:14px;font-style:normal;font-weight:400;letter-spacing:normal;text-align:left;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255);display:inline!important;float:none"><span></span></span>