<div dir="ltr">Hi Eric, thanks. I'm sure the code for parsing the `prmtop` is beastly.<div><br></div><div>When you say "open a structure first [...]", do you mean load an `inpcrd` and `nc` for the trajectory? My understanding is that without the topology, connectivity would need to be inferred. Or are you thinking `pdb` and `nc` together? </div><div><br></div><div>And yup, `cpptraj` is a good option, but I don't want to create DCD copies of all my trajectories just yet. Especially since I don't believe Amber supports writing DCD trajectories from `pmemd.cuda`.</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Aug 24, 2020 at 1:53 PM Eric Pettersen <<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Hi David,<div><span style="white-space:pre-wrap">     </span>I don't think we are planning on implementing MD metafiles -- I think the plan is the same as for the current DCD and XTC/TRR support:  open a structure first and then load additional coordinate sets into it from the coordinates file.  So you wouldn't use 'prmtop' at all and would use the 'nc' file to load additional coordinates into a structure corresponding to your simulation.  Avoiding the need to write code to parse a prmtop file is a big advantage because such code is a big effort to write, and typically needs updating much more frequently than code just to read coordinate files, which rarely change in format.</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>I will open a feature-request ticket in our bug-tracking database for this, so you'll be notified when something gets implemented.  In the interim, <a href="https://amber-md.github.io/cpptraj/CPPTRAJ.xhtml#toc-Subsubsection-10.5.7" target="_blank">CPPTRAJ</a> can convert nc files to Gromacs xtc/trr (or DCD), so you could use that to convert your trajectories into a format that ChimeraX can read.</div><div><br></div><div><div>--Eric</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">   </span>Eric Pettersen</div><div><span style="white-space:pre-wrap">   </span>UCSF Computer Graphics Lab</div></div><div><br><div><br><blockquote type="cite"><div>On Aug 24, 2020, at 11:04 AM, David Slochower <<a href="mailto:slochower@gmail.com" target="_blank">slochower@gmail.com</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr"><div>Hi, are there any plans to implement a "metafile" interface (e.g., <a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/movie/movie.html#metafile" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/movie/movie.html#metafile</a>) for loading trajectories with ChimeraX?  In particular, it would be great to be able to load `prmtop` and `nc` trajectories, even if it were available only through the command line and without a GUI. (This can be considered a follow up to this message: <a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/pipermail/chimerax-users/2019-December/000773.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/pipermail/chimerax-users/2019-December/000773.html</a>)<br></div><div><br></div><div>I'm aware of the Molecular Dynamics Viewer in the Toolshed, but that appears to be geared for multi-PDB trajectories.</div><div><br></div><div>Thanks.</div></div>
_______________________________________________<br>ChimeraX-users mailing list<br><a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a><br>Manage subscription:<br><a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users" target="_blank">https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div>