<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">

<div dir="auto" style="word-wrap:break-word; line-break:after-white-space" class="">

Dear gurus,

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">I am trying to produce a series of figures on the fly with chimeraX, using a python script of the following format (this is only a simple demo):</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">test.py:</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">#!/usr/bin/env python3<br class="">

<br class="">

import sys<br class="">

from chimerax.core.commands import run<br class="">

<br class="">

run(session, "open 1d66")<br class="">

run(session, "color red")<br class="">

run (session, "save fig1.png”)<br class="">

<br class="">

==<br class="">

<br class="">

This works like a charm with the gui, but without the gui it gives the following error, stops and no figure is produced, we tried both in Mac and linux. We are interest in the —nogui option:</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">.../MacOS/ChimeraX --script "test.py 1d66" —nogui </div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 22px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(42, 175, 26); background-color: rgb(254, 250, 207);" class="">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">Executing: surface sel-residues enclose sel-residues</span></div>

<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 22px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(42, 175, 26); background-color: rgb(254, 250, 207);" class="">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">Executing: transparency 0 ribbons</span></div>

<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 22px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(196, 15, 197); background-color: rgb(254, 250, 207);" class="">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">Set transparency of 542 residues</span></div>

<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 22px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(42, 175, 26); background-color: rgb(254, 250, 207);" class="">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">Executing: ~select</span></div>

<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 22px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(42, 175, 26); background-color: rgb(254, 250, 207);" class="">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">Nothing selected</span></div>

<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 22px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(196, 15, 197); background-color: rgb(254, 250, 207);" class="">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">Nothing selected</span></div>

<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 22px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(42, 175, 26); background-color: rgb(254, 250, 207);" class="">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">Executing: save fig1.jpg</span></div>

<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; font-size: 22px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(176, 33, 24); background-color: rgb(254, 250, 207);" class="">

<span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">Unable to save images because OpenGL rendering is not available</span></div>

</div>

<div class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class=""><br class="">

</span></div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">So is this solvable? How?</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">We tried also with the —offscreen, no luck either.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class=""><br class="">

<div class="">

<div class="">

<div>Best,<br class="">

<br class="">

Fabian<br class="">

<br class="">

Fabian Glaser PhD<br class="">

<br class="">

Bioinformatics Knowledge Unit - BKU<br class="">

The Lorry I. Lokey Center for Life Sciences and Engineering<br class="">

Technion - Israel Institute of Technology, Haifa, Israel<br class="">

Web <a href="https://lokey.technion.ac.il/bioinformatic-knowledge-unit/" class="">https://lokey.technion.ac.il/bioinformatic-knowledge-unit/</a><br class="">

Tel +972 (0) 4 8293701</div>

</div>

<br class="">

</div>

</div>

</div>

</body>

</html>