<div dir="ltr"><div>Dear Elaine, Thank you very much! I was able to use this vop command for my movie effectively. <br></div><div><br></div><div>Another question if you have a moment: After showing the field of view of my entire model, I am trying to zoom/pan/focus into a specific point on my model (a sulphur atom, which has a marker #3). I see in the chimera instructions for  "view" (<a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/view.html#initial">https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/view.html#initial</a>) that I should be able to focus onto a specific point, but I am not sure how to specify the sulphur atom marker. Also, is there a way to define the field of view? <br></div><div><br></div><div>"view spec"  --> "view  #3 models" returns me an error "expected an integer >= 1 or a keyword<br></div><div><br></div><div>Any help or point in the right direction greatly appreciated !!</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Megan<br></div><div><br></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Jul 28, 2020 at 11:07 AM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Megan,<br>
The "vop cover" command (actually "volume cover" in ChimeraX, but both will work) needs both the map model number and the atomic model number.  So if your map model is #1 and the atomic model is #2, maybe something like:<br>
<br>
volume cover #1 atomBox #2<br>
<br>
You can see the help for "volume cover" by using the command "help volume cover" ... or the same thing on our website here:<br>
<<a href="http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/volume.html#cover" rel="noreferrer" target="_blank">http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/volume.html#cover</a>><br>
<br>
That manual page shows the command syntax and explains the options.  The "volume-spec" in the usage is the map model number.<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Jul 28, 2020, at 7:42 AM, Megan Mayer <<a href="mailto:mmayer@nanoimagingservices.com" target="_blank">mmayer@nanoimagingservices.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi chimeraX forum,<br>
> <br>
> I am trying to get an electron density map (.mrc) to overlap with atomic structure (.cif) file of a small organic molecule. When I open my electron density map in ChimeraX, only one rectangle ( i am assuming one lattice piece) appears, which does not encapsulate the entire small molecule. <br>
> <br>
> I am thinking to use the "vop cover" command to get the density to expand to multiple lattices, but I am not sure what numbers to enter.  When I try "vop cover atomBox #2" (#2 is the ID of the .cif structure), I get a "Missing or invalid 'volumes' argument: invalid density map specifier" response. <br>
> <br>
> Thanks in advance for any help!!<br>
> <br>
> Megan<br>
> <br>
</blockquote></div>