<div dir="ltr"><div>Hi Elaine,</div><div>Thanks! Your suggestions (gentle lighting + commands) work well for me! Now the lines are almost invisible.</div><div>All the best,</div><div>Steve<br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jul 6, 2020 at 12:28 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Steve,<br>
If you're going to zoom in that much, simple lighting may be better than an ambient-occlusion mode (soft or gentle).<br>
<br>
However, if you are sure you want to use one of those, bear in mind that the ambient-occlusion modes use various approximations like a finite number of shadowing directions, depth map size, and a depth bias value.  Each of these parameters can be changed individually with the "lighting" command:<br>
<<a href="http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/lighting.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/lighting.html</a>><br>
<br>
I see that the lines are more obvious with "gentle" lighting, but "soft" is prone to a sootier appearance especially viewed at such close range.  Starting from "gentle" lighting, I was able to decrease the appearance of the lines by increasing the number of shadowing directions and the map depth, e.g. commands:<br>
<br>
lighting multishadow 256<br>
light msmap 512<br>
<br>
It's more difficult to avoid the sootiness of "soft" in this situation, without simply changing its parameters to be more like "gentle."<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Jul 5, 2020, at 1:52 AM, Steve Chou <<a href="mailto:stevezchou@gmail.com" target="_blank">stevezchou@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi ChimeraX folks,<br>
> When I used soft lighting, I saw lines/seams on the molecular surface (see the attached image). <br>
> To reproduce this:<br>
> ----------------------<br>
> load xxxx.pdb<br>
> surface<br>
> color violet<br>
> lighting soft<br>
> ----------------------<br>
> How to remove these artificial lines/seams? These lines also show up in the cutting plane in a section view.<br>
> Many thanks in advance!<br>
> Steve<br>
</blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Steve Chou</div><div><br></div><br></div></div></div></div>