<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div>Seems like with NAG glycans the addh result is incompatible with phenix real space refinement. It's easy enough to fix by deleting HD2 - the offending hydrogen - manually.</div><div><br></div><div>I was wondering if anyone had an opinion about this, before I report a phenix bug.</div><div><br></div><div>Error looks like:<br></div><div>
<span><br></span></div><div><span>Number of atoms with unknown nonbonded energy type symbols: 5<br>
</span>
<div>    "ATOM   2629  HD2 ASN A 362 .*.     H  "</div>

</div><div><br></div><div>(4 more similar lines).<br></div><div><br></div><div>Best,</div><div>-da<br></div></div>