
<html><head><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body dir="auto">Currently, I think the shell is your friend here. First, select the two sulfurs. Then, in the shell:<div><br></div><div>from chimerax.atomic import selected_atoms</div><div>sel=selected_atoms(session)</div><div>m = sel.unique_structures[0]</div><div>m.new_bond(*sel)<br><br><div dir="ltr"><div>- Tristan</div><div> </div><div><br></div><div> </div></div><div dir="ltr"><br>On 7 Apr 2020, at 12:24, Mutum YAikhombA <<a href="mailto:mutum.yaikhomba@mrc-mbu.cam.ac.uk">mutum.yaikhomba@mrc-mbu.cam.ac.uk</a>> wrote:<br><br></div><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">Hi </div><div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><br class=""><div class="">I was trying to make new disulphide bonds between a pair of cysteine residues (say residue numbers 142 and 157) using ChimeraX. The standard Chimera command - 'bond' doesn’t work in ChimeraX.</div><div class="">I have gone through the structure editing tool and couldn’t find an equivalent tool. I found some command-line tools in this page (new-bond), but this seems to be not so straightforward to use - <a href="https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/devel/bundles/atomic/src/atomic.html#chimerax.atomic.structure.AtomicStructure" class="">https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/devel/bundles/atomic/src/atomic.html#chimerax.atomic.structure.AtomicStructure</a>.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Could you please help?</div><div class="">Thanks</div><div class="">Yaikhomba</div></div></div></blockquote><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><span>_______________________________________________</span><br><span>ChimeraX-users mailing list</span><br><span><a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a></span><br><span>Manage subscription:</span><br><span><a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users">http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a></span><br></div></blockquote></div></body></html>