<div dir="ltr">Well, it's good to know I'm the only one who sometimes fails to RTFM :)<div><br></div><div>While we're on the topic of pb files, I was hoping to play with the number of dashes (since the last line of the doc for pbfiles mentions a default dashes of 8), but I guess this is not something that can be set in the pb file? I was trying something like this:</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><font face="monospace">; pseudo bonds for figure<br>; radius = 0.05<br>; dashes = 3<br>#1/L@H42 #1/B:940@OE1 rgba(12,56,100,0.2)<br>#1/L@O11 #1/A:840@HH dodgerblue<br>#1/B:940@HE21 #1/B:887@OG dodgerblue<br>; dashes = 8<br>#10841 #1/A:840@CD2 yellow<br>#10884 #1/A:840@CE1 yellow<br>#10840 #1/B:940@HE22 yellow<br>#10001 #1/B:947@CZ yellow<br>#10002 #1/A:841@CZ yellow</font></blockquote></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Mar 9, 2020 at 2:25 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Oops, didn't read my own documentation carefully enough!<br>
<br>
When using the rgba(N,N,N,N) form only the first three numbers can be whole numbers in the range 0-255, or percentages indicated with % symbols, which I failed to do.  The transparency number has to be in the range 0-1.<br>
<br>
So you would need something like the following, which also works.  Tested in daily build and in release 0.92.<br>
<br>
rgba(20%,90%,90%,0.7)<br>
<br>
Sorry for the mistake -- I normally use the simpler form:  20,90,90,70<br>
Elaine<br>
<br>
> On Mar 9, 2020, at 2:18 PM, Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi Alexis, <br>
> I can reproduce the problem with reading the pb file transparency using a color specification of the form:<br>
> <br>
> /a:1@c3' /a:1@n3 rgba(20,90,90,70)<br>
> <br>
> However, if I use these alternative forms of transparent color specification, it works, i.e. the pseudobond is transparent:<br>
> <br>
> /a:1@c3' /a:1@n3  20,90,90,70<br>
> - OR -<br>
> /a:1@c3' /a:1@n3  #00ced155<br>
> <br>
> <<a href="http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/colornames.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/colornames.html</a>><br>
> <br>
> Those atoms are in PDB 1bna, for example.  Tested in current daily build<br>
> I hope this helps,<br>
> Elaine<br>
> -----<br>
> Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
> UCSF Chimera(X) team<br>
> Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
> University of California, San Francisco<br>
> <br>
> <br>
>> On Mar 6, 2020, at 10:33 AM, Alexis Rohou <<a href="mailto:a.rohou@gmail.com" target="_blank">a.rohou@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> <br>
>> Thanks Elaine!<br>
>> <br>
>> Great - so now I'm using "measure center" to create markers with 0.0000001 radius at the center of my rings with specified modelId's. Then I have a .pb file that specifies the pseudobonds to draw between markers and atoms. That all seems to work pretty well, thanks!<br>
>> <br>
>> Only little snag right now is I can't seem to get transparency working when the color-spec in the .pb file is in the format rgba(). Setting the transparency after opening the pb file using "transparency" works fine though, so I'm not stuck.<br>
>> <br>
>> Thanks again for the help. <br>
>> <br>
>> Cheers,<br>
>> Alexis<br>
>> <br>
>> On Fri, Mar 6, 2020 at 9:36 AM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
>> Here is the more detailed description of pseudobond file format:<br>
>> <br>
>> <<a href="http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/pseudobonds.html#pbfiles" rel="noreferrer" target="_blank">http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/pseudobonds.html#pbfiles</a>><br>
> <br>
> <br>
> _______________________________________________<br>
> ChimeraX-users mailing list<br>
> <a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
> Manage subscription:<br>
> <a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a><br>
<br>
</blockquote></div>