<div dir="ltr">Hi Christophe,<div><br></div><div>I prepare my figures using ChimeraX command (.cxc) scripts and I believe I have a workflow that lets me reproduce exact views. I know it's not 100% robust, but it's reliable enough for me. It basically relies on a sequence of close; windowsize; view matrix; zoom; clip; save.</div><div><br></div><div>Here is a pseudo script. To work out the values you need for the matrices, just move your point of view and your models until you are happy, then do "view matrix".  I have not worked out a good way to get the distances for the clip planes. So I just play with them on the command line until I get the look I want, then save the values in my cxc file.</div><div><br></div><div>Hope this helps & that more experienced users can chime in with improvements.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Alexis</div><div><br></div><div><br></div><div># close anything currently open</div><div>close</div><div># go to relevant directory</div><div>cd /my/absolute/path</div><div># </div><div>windowsize 1200 1200</div><div>camera ortho</div><div>clip near off far off front off back off<br></div><div># Open files</div><div>open my_model.pdb name "my model"<br></div><div>open my_map.mrc name "my map"</div><div># etc.</div><div><br></div><div>#insert here coloring, styles, for the model/map/background etc</div><div><br></div><div># Go to your favorite view point, save a shot</div><div>view matrix camera 1,0,0,182.59,0,1,0,229.79,0,0,1,352.89</div><div>zoom 0.33</div><div>clip near off far off front off back off; clip near -100.0 far +100.0 front off back off<br></div><div>~select</div><div>save my_figure.png supersample 3 transparentBackground false</div><div><br></div><div># If you need to move your models</div><div>view matrix models #1,0.91269,-0.0093359,-0.40855,59.153,-0.40865,-0.018906,-0.91249,368.7,0.00079806,0.99977,-0.02107,-44.893,#2,-0.83654,-0.058918,-0.54474,344.52,-0.54355,-0.035951,0.83861,293.33,-0.068993,0.99762,-0.0019503,-42.032</div><div><br></div><div># then take another shot</div><div>view matrix camera 0.98289,-0.005269,-0.18408,131.07,-0.17421,-0.3506,-0.92018,70.662,-0.059691,0.93651,-0.34553,163.8<br>clip near off far off front off back off; clip near -20.0 far +12.0 front off back off<br>save Figures/TRPA1_3551_binding_site_details1.png supersample 3 transparentBackground false<br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Feb 9, 2020 at 10:01 AM Christophe Leterrier <<a href="mailto:christophe.leterrier@gmail.com">christophe.leterrier@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="auto">Hi,<div dir="auto"><br></div><div dir="auto">I haven't been able to find how to</div><div dir="auto">- log</div><div dir="auto">- set</div><div dir="auto">- store</div><div dir="auto">- recall</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">a precise view (ie get the same exact image if I do a snapshot). </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">First use case would within the same session (fixed computer, window size, no restart of the application in between). Second use case (more tricky?) would be independently of computer / window size / current session.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Thanks for your help!</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Christophe</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><br></div></div>
_______________________________________________<br>
ChimeraX-users mailing list<br>
<a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
Manage subscription:<br>
<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a><br>
</blockquote></div>