<div dir="ltr">Thanks Elaine,<div><br></div><div>I should have added some explanation for my workflow:</div><div>1. I read a while back that ChimeraX sessions may or may not be forward compatible, and I wanted to ensure long-term reproducibility of my figures</div><div>2. a requirement I have is that I should be able to quickly remake the exact same figure after I change the input files. For example, perhaps I prototype an elaborate figure using a PDB that's a work in progress and later re-make it with an updated PDB. The advantage of a .cxc script is that I just have to change the filename near the beginning of the script and everything else stays the same. I can regenerate all my figures pretty quickly that way. That's the big payoff for investing the time to write a script upfront.</div><div><br></div><div>The view functionality does sound very nice though, especially since I don't currently have a way to achieve transitions with my scripts (other than perhaps creating views within the scripts themselves?). Elaine, is there a way to use sessions so that I could replace a model or map with a new version of a file after I've already created a session?</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Alexis</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Feb 10, 2020 at 9:26 AM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hello,<br>
Maybe I’m missing something, but the “view” command allows saving and restoring named views.  These are included in saved session files.  I agree window size is also a factor, so you would make sure to set the same window size too.<br>
<br>
E.g. once you have the view you like then use a command like:<br>
<br>
view name myview<br>
<br>
<<a href="http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/view.html#name" rel="noreferrer" target="_blank">http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/view.html#name</a>><br>
<br>
Then you can save the session file and/or move things around.  Later in the same session or after restoring the previously saved session from file,<br>
<br>
view myview<br>
<br>
…will restore that view.  Restoring the session restores window size if you have that Window Preference set:<br>
<<a href="http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/preferences.html#window" rel="noreferrer" target="_blank">http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/preferences.html#window</a>><br>
<br>
or you could have noted the window size when you saved the view:<br>
<br>
windowsize<br>
<br>
…and then use the reported values later to restore that size, e.g.<br>
<br>
windowsize 600 400<br>
<br>
<<a href="http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/windowsize.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/windowsize.html</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Feb 10, 2020, at 8:53 AM, Alexis Rohou <<a href="mailto:a.rohou@gmail.com" target="_blank">a.rohou@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi Christophe,<br>
> <br>
> I prepare my figures using ChimeraX command (.cxc) scripts and I believe I have a workflow that lets me reproduce exact views. I know it's not 100% robust, but it's reliable enough for me. It basically relies on a sequence of close; windowsize; view matrix; zoom; clip; save.<br>
> <br>
> Here is a pseudo script. To work out the values you need for the matrices, just move your point of view and your models until you are happy, then do "view matrix".  I have not worked out a good way to get the distances for the clip planes. So I just play with them on the command line until I get the look I want, then save the values in my cxc file.<br>
> <br>
> Hope this helps & that more experienced users can chime in with improvements.<br>
> <br>
> Cheers,<br>
> Alexis<br>
> <br>
> <br>
> # close anything currently open<br>
> close<br>
> # go to relevant directory<br>
> cd /my/absolute/path<br>
> # <br>
> windowsize 1200 1200<br>
> camera ortho<br>
> clip near off far off front off back off<br>
> # Open files<br>
> open my_model.pdb name "my model"<br>
> open my_map.mrc name "my map"<br>
> # etc.<br>
> <br>
> #insert here coloring, styles, for the model/map/background etc<br>
> <br>
> # Go to your favorite view point, save a shot<br>
> view matrix camera 1,0,0,182.59,0,1,0,229.79,0,0,1,352.89<br>
> zoom 0.33<br>
> clip near off far off front off back off; clip near -100.0 far +100.0 front off back off<br>
> ~select<br>
> save my_figure.png supersample 3 transparentBackground false<br>
> <br>
> # If you need to move your models<br>
> view matrix models #1,0.91269,-0.0093359,-0.40855,59.153,-0.40865,-0.018906,-0.91249,368.7,0.00079806,0.99977,-0.02107,-44.893,#2,-0.83654,-0.058918,-0.54474,344.52,-0.54355,-0.035951,0.83861,293.33,-0.068993,0.99762,-0.0019503,-42.032<br>
> <br>
> # then take another shot<br>
> view matrix camera 0.98289,-0.005269,-0.18408,131.07,-0.17421,-0.3506,-0.92018,70.662,-0.059691,0.93651,-0.34553,163.8<br>
> clip near off far off front off back off; clip near -20.0 far +12.0 front off back off<br>
> save Figures/TRPA1_3551_binding_site_details1.png supersample 3 transparentBackground false<br>
> <br>
> <br>
> <br>
> <br>
> On Sun, Feb 9, 2020 at 10:01 AM Christophe Leterrier <<a href="mailto:christophe.leterrier@gmail.com" target="_blank">christophe.leterrier@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hi,<br>
> <br>
> I haven't been able to find how to<br>
> - log<br>
> - set<br>
> - store<br>
> - recall<br>
> <br>
> a precise view (ie get the same exact image if I do a snapshot). <br>
> <br>
> First use case would within the same session (fixed computer, window size, no restart of the application in between). Second use case (more tricky?) would be independently of computer / window size / current session.<br>
> <br>
> Thanks for your help!<br>
> <br>
> Christophe<br>
<br>
</blockquote></div>