<div dir="ltr">Hi Elaine,<div><br></div><div>The chain IDs were assigned by Coot. Perhaps Paul or some Coot people can give some input regarding that. </div><div><br>Regards. </div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Jan 8, 2020 at 12:26 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Ahmad,<br>
Those special characters are not allowed as chain IDs. It is not just a Chimera(X) requirement, but part of the PDB/mmCIF format description, for example described in:<br>
<br>
<<a href="https://www.wwpdb.org/deposition/preparing-pdbx-mmcif-files" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.wwpdb.org/deposition/preparing-pdbx-mmcif-files</a>><br>
<br>
"Each polymer chain must have a unique chain ID. Permissible characters are uppercase letters A-Z, lowercase letters a-z, and numbers 0-9. PDB format allows only single-character chain IDs, while PDBx/mmCIF can accommodate chain IDs of up to four characters.”<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Jan 8, 2020, at 8:11 AM, Ahmad Khalifa <<a href="mailto:underoath006@gmail.com" target="_blank">underoath006@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> I can do "show #2/m cartoons" for a chain with ID m, but for a chain with ID % or $, I get: <br>
> <br>
> show #2/% cartoons<br>
> Expected a collection of one of 'atoms', 'bonds', 'cartoons', 'models', 'pbonds', 'pseudobonds', 'ribbons', or 'surfaces' or a keyword<br>
<br>
</blockquote></div>