<div dir="ltr">Hi Eric,<div><br><div>Thank you very much for your reply and suggestions. It works if I deleted all the 2d labels. I tried to add one 2d label back, and it still can be saved. I will add all the 2d labels back and see what happens. The saving process is very slow, probably due to the 20 maps generated with 'volume gaussian'.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Yixiao</div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Dec 11, 2019 at 4:57 PM Eric Pettersen <<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu">pett@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">deleted → deleting<br><div><br><blockquote type="cite"><div>On Dec 11, 2019, at 1:56 PM, Eric Pettersen <<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:</div><br><div><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">Okay, I tried various things and was able to reproduce the problem.  I will be opening a ticket for it in our bug-tracking database with you cc’ed.<div><br></div><div>So, aside from deleted your 2D labels, you should also try closing the Basic Actions tool if you have it open.</div><div><br></div><div>—Eric<br><div><br><blockquote type="cite"><div>On Dec 11, 2019, at 1:50 PM, Eric Pettersen <<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:</div><br><div><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">Yes, the error is related to 2D labels, but something weird is going on because saving 2D labels in sessions doesn’t normally need the class that is being complained about.  Your best chance to save most of your work is to delete all the 2D labels (probably easiest by closing them in the Model Panel) and try to save the session again.<div><br></div><div>It’s unfortunate that a session doesn’t save, because that would give us the best chance to reproduce and fix the problem.</div><div><br></div><div>If you can save the 2D-label-less session, and adding the 2D labels back gives the same error, that would also give us a chance to track it down…</div><div><br></div><div>—Eric<br><div>
<div style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none"><span style="white-space:pre-wrap"><br>       </span>Eric Pettersen</div><div style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none"><span style="white-space:pre-wrap">  </span>UCSF Computer Graphics Lab</div><div style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none"><br></div><br>
</div>
<div><br><blockquote type="cite"><div>On Dec 11, 2019, at 1:38 PM, Yixiao Zhang <<a href="mailto:zhangyixiao8867@gmail.com" target="_blank">zhangyixiao8867@gmail.com</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Dear all,<div>I'm preparing a movie in chimeraX on macOS. There are more than 25 maps opened and also another 20 low-pass filtered maps generated within chimeraX by "vol gaussian". There are also ~20 pdb models, several positions saved by "view name" and ~20 2dlabels. I got the following error message when I save the .cxs file, and the session was not saved.</div><div><br></div><div><div style="white-space:pre-wrap;font-family:-webkit-standard;margin:0px">RuntimeError: Unable to restore objects of LabelModel class in ChimeraX-Label bundle because the class name is not listed in the name to class table for session restore<br><br>File "/Applications/ChimeraX_Daily.app/Contents/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/lib/python3.7/site-packages/chimerax/core/session.py", line 142, in from_obj<br>(obj_cls.__name__, <a href="http://bundle_info.name/" target="_blank">bundle_info.name</a>))<br><br><span style="font-style:italic">See log for complete Python traceback.</span></div><div style="white-space:pre-wrap;font-family:-webkit-standard;margin:0px"><br></div><div style="font-family:-webkit-standard;margin:0px"><font size="3">The session is still alive, and I have no problem when I save other much simpler sessions. Is there a way that I can get this big session saved? Is the error related to 2dlabels? </font></div><div style="font-family:-webkit-standard;margin:0px"><font size="3"><br></font></div><div style="font-family:-webkit-standard;margin:0px"><font size="3">Many thanks,</font></div><div style="font-family:-webkit-standard;margin:0px"><font size="3">Yixiao</font></div></div></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>ChimeraX-users mailing list<br><a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a><br>Manage subscription:<br><a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a><br></div></blockquote></div><br></div></div>_______________________________________________<br>ChimeraX-users mailing list<br><a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a><br>Manage subscription:<br><a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a><br></div></blockquote></div><br></div></div>_______________________________________________<br>ChimeraX-users mailing list<br><a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a><br>Manage subscription:<br><a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a><br></div></blockquote></div><br></div>_______________________________________________<br>
ChimeraX-users mailing list<br>
<a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
Manage subscription:<br>
<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a><br>
</blockquote></div>