<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I'm trying to use ChimeraX to visualize Single-Molecule Localization Microscopy (SMLM) data. In short, the output of an SMLM acquisition and processing is a list of fluorophores XYZ coordinates with associated uncertainty, that can be used to reconstruct a 3D image.</div><div><br></div><div>I have made a script that make a pdb file from these localization so that I can directly display the resulting structure as if it was a protein with a number of random atoms (the only difference is that angstroms in ChimeraX are really nanometers in my data). <span style="color:rgb(0,0,0)">The rendered pqr file is here (I use a pqr pdb format to specify the radius to the localization uncertainty, hence the variable diameter of each sphere)</span><span style="color:rgb(0,0,0)">:</span></div><div><div style="color:rgb(0,0,0)"><a href="http://www.neurocytolab.org/up/Example_File.pqr">http://www.neurocytolab.org/up/Example_File.pqr</a></div></div><div>The rendering with the "Spheres" view of atoms works well, see a screenshot here:</div><div><a href="http://www.neurocytolab.org/up/Render.png">http://www.neurocytolab.org/up/Render.png</a></div><div><br></div><div>However, when I try to get the enveloppe of the resulting object using the "Surfaces" display (click on Surfaces>Show), ChimeraX hangs (I'm on OSX and get the dreaded infinite rainbow beachball).</div><div><br></div><div>Is there a chance that I can get ChimeraX to render the enveloppe object this way, or is it really too far from what it's supposed to do? I can imagine that I'm trying to use ChimeraX for something completely different than its intended use, but it definitely has a lot of potential for this.</div><div><br></div><div>Thank you,</div><div><br></div><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">--<br>Christophe Leterrier<br>NeuroCyto lab<br>INP CNRS UMR 7051<br>Aix Marseille University, France<br></div>
<br></div></div><div><br></div></div></div></div></div></div></div>