<div dir="ltr"><div>Hi All,</div><div><br></div><div>I have been recently trying to color a volume by a map value...</div><div>So far it worked really well using the color command....</div><div><br></div><div>color sample #1 map #2 offset 0.1 palette " values"<br></div><div><br></div><div>But my problem is the following: when I clip the volume the surface cap is now transparent... is there a way to have the surface cap not transparent but instead colored according to the map value like it is in Chimera?<br></div><div><br></div><div>Also another thing, I usually do is the following: <br></div><div><br></div><div>open volume1.mrc</div><div>volume surfaceSmoothing true</div><div>surface dust #1</div><div>lighting soft</div><div><br></div><div>Then, when  I clip through the map the surface cap is again transparent unless dust is turn off (suface undust #1)... I also tried surface cap false and then true but nothing changes... <span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Times;font-size:medium;font-style:normal;font-variant-ligatures:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:700;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(221,221,221);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;display:inline;float:none"></span></div><div><br></div><div>Is there a way around it? or does the surface dust function is somehow turn the surface cap always transparent? <br></div><div><br></div><div>Thanks for the hard work and the nice software!</div><div><br></div><div>Best</div><div><br></div><div>Bertrand<br></div><div><br></div><div><br></div><div><span class="gmail-gI"><span></span></span></div></div>