
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>

</head>

<body dir="ltr">

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Hi All,</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

I was wondering if anyone has a preferred way of calculating the polar and apolar surface areas for a macromolecule with ChimeraX? I've tried deleting all of the solvent and then using the command "measure sasa @N @O @S" for the polar surface area and then

 "measure sasa @C" for the apolar surface area, but the calculation for either comes up with a number too close to the total surface area, i.e. apolarSASA + polarSASA > totalSASA. So clearly I'm not approaching this problem correctly.<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div id="Signature">

<div id="divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt; color:#000000; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif">

<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;margin-top:0; margin-bottom:0">Scott Gorman</p>

<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;margin-top:0; margin-bottom:0">PhD Candidate</p>

<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;margin-top:0; margin-bottom:0">Boehr Lab</p>

<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;margin-top:0; margin-bottom:0">PSU Chemistry</p>

</div>

</div>

</body>

</html>