<div dir="ltr"><div>Hello Elaine</div><div><br></div><div>1) Thanks for the correction of the syntax for setting the symmetry. Chimera-X does accept C33, but fitmap , with the "symmetric true" option, of the PDB structure that I want to model into the map gives a slightly wonky result. Maybe even though C33 is accepted the symmetry has been properly applied?</div><div><br></div><div>2) I do not want to use the Segment Map tool as the initial segmentation is automatic if I understand correctly. Is there a command or set of commands by which once I have manually assigned the C33 symmetry, I can segment of visualize the unit cell? This would give us the capability to utilize fitmap with greater confidence.  <br></div><div><br></div><div>Thanks</div><div><br></div><div>Shahid<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Sep 11, 2019 at 6:34 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Shahid,<br>
(1) The “symmetry” option of the “volume” command only marks the specified map with the specified symmetry —  it does not split or segment that map, so I don’t understand the series of actions you are trying to perform.  The command also looks wrong.  Is the map #1?   (Does C33 = 33-fold cyclic symmetry even exist??)  <br>
<br>
If the map is #1 and you wanted C33 symmetry, command syntax would be something like:<br>
<br>
volume #1 symmetry C33 axis z centerIndex 107.5<br>
<br>
<<a href="http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/volume.html#dimensions" rel="noreferrer" target="_blank">http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/volume.html#dimensions</a>><br>
<br>
(2) it depends what mean by “created segments” … how did you create them?  If you used the Segment Map tool, it has its own File menu with options for saving:<br>
<<a href="http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/tools/segment.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/tools/segment.html</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Sep 11, 2019, at 5:24 AM, Shahid Khan <<a href="mailto:smkhan@lbl.gov" target="_blank">smkhan@lbl.gov</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hello<br>
> <br>
> I am having difficulty in manually imposing symmetry on a map (*.mrc file) and then extracting the unit cell for the subsequent fitting of PDB structures with fitmap. <br>
> <br>
> (1) When I use the command<br>
> "Volume symmetry #1, C33 axis z centerIndex 107.5"<br>
> <br>
> I get the error message "No placements for #1" that I do not understand.<br>
> <br>
> (2) I cannot figure out from the help documentation on how to save and display one of the created segments.<br>
> <br>
> Any ideas? Thanks<br>
> <br>
> Shahid<br>
<br>
</blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div>Dr Shahid Khan<br></div>Senior Scientist<br></div>Molecular Biology Consortium<br></div><div>Lawrence Berkeley National Laboratory<br></div></div></div></div>