<div dir="ltr">Hi, <div><br></div><div>I am trying to make a movie to rotate density in a manner that follows rotation between two atomic coordinates. To do that, I am aligning the two models and using the reportMatrix output to inform turn and move commands in order to transform the density. However, I am encountering some difficulty, and I'm not sure if this is related to bugs or my lack of understanding. </div><div><br></div><div>For example, if I want to move from the position of model #1 to model #2, "align #1/b toAtoms #2/b move nothing reportMatrix true" produces the following:</div><div><br></div><div><i>Axis 0.11 -0.018 0.99<br>Axis point 166 190 0<br>Rotation angle (degrees) 108<br>Shift along axis -0.24</i><br></div><div><br></div><div>I would think my turn command should be</div><div><br></div><div><i>turn 0.11,-0.018,0.99 108 models #1 center 166,190,0</i></div><div><i><br></i></div><div>But that doesn't work. I can get it to work if I assume that the reported axis is x,z,y instead of the expected x,y,z. Also, I have to use a rotation angle of -108 instead of 108. </div><div><br></div><div>I'm not sure if I am using the axis point value correctly though, is it correct to use that as my center of rotation? It's location (166, 190, 0) places at the top of the box, which seems unusual to me. And finally, would I use this same information in a move command (i.e. move axis distance(shift), as reported by the align command?</div><div><br></div><div>Many thanks in advance, I hope explained this clearly.</div><div><br></div><div>Best, </div><div><br></div><div>Yazan</div><div><br></div></div>