<div dir="ltr">Oh, I get it now. O and N refer to backbone atoms only, so to color sidechains I would have to refer to each sidechain nitrogen and oxygen group specifically. Any shortcut for this in ChimeraX? Do I have to define a named selection?</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, May 30, 2019 at 7:06 PM Liz Kellogg <<a href="mailto:lizkellogg@gmail.com">lizkellogg@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi, <div><br></div><div>There used to be this handy command in Chimera to color oxygen atoms and nitrogen atoms specific colors:</div><div><br></div><div>color @O red,a </div><div>color @N blue,a</div><div><br></div><div>but I can't find the corresponding command in ChimeraX. Is there a way to color all nitrogen atoms blue and all oxygen atoms red?<br>When I try what I think the equivalent command should be (I'm displaying cartoon backbone with stick side chains):</div><div>color @O red target a</div><div>color @N blue target a</div><div><br></div><div>it says 'Colored 1120 atoms' but none of the sidechains are colored differently.</div><div><br></div><div>Thanks for the help</div><div><br></div><div>Liz</div></div>
</blockquote></div>