<div dir="ltr">oh yes! thanks so much! how neat!</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, May 30, 2019 at 7:19 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Liz,<br>
The “at” symbol is for atom names (in both Chimera and ChimeraX), so the commands you gave would work only to color the atoms actually named O and N in the backbone, which are usually hidden when ribbon is shown (in both Chimera and ChimeraX).<br>
<br>
You’re almost there — all you have to do to get the element in either program is to omit the “at” symbol.  In ChimeraX:<br>
<br>
color O red targ a<br>
color N blue targ a<br>
<br>
Also command “color byelement” colors all atoms by element, “color byhet” all atoms except carbons, both using the stereotyped element colors:<br>
<<a href="http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/colortables.html#element" rel="noreferrer" target="_blank">http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/colortables.html#element</a>><br>
<br>
Atom specification (by element or other things…)<br>
<<a href="http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/atomspec.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/atomspec.html</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On May 30, 2019, at 4:17 PM, Liz Kellogg <<a href="mailto:lizkellogg@gmail.com" target="_blank">lizkellogg@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> Oh, I get it now. O and N refer to backbone atoms only, so to color sidechains I would have to refer to each sidechain nitrogen and oxygen group specifically. Any shortcut for this in ChimeraX? Do I have to define a named selection?<br>
> <br>
> On Thu, May 30, 2019 at 7:06 PM Liz Kellogg <<a href="mailto:lizkellogg@gmail.com" target="_blank">lizkellogg@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hi, <br>
> <br>
> There used to be this handy command in Chimera to color oxygen atoms and nitrogen atoms specific colors:<br>
> <br>
> color @O red,a <br>
> color @N blue,a<br>
> <br>
> but I can't find the corresponding command in ChimeraX. Is there a way to color all nitrogen atoms blue and all oxygen atoms red?<br>
> When I try what I think the equivalent command should be (I'm displaying cartoon backbone with stick side chains):<br>
> color @O red target a<br>
> color @N blue target a<br>
> <br>
> it says 'Colored 1120 atoms' but none of the sidechains are colored differently.<br>
> <br>
> Thanks for the help<br>
> <br>
> Liz<br>
> _______________________________________________<br>
> ChimeraX-users mailing list<br>
> <a href="mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
> Manage subscription:<br>
> <a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users</a><br>
<br>
</blockquote></div>